3PIPL

Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit
Total Genus 13
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
13
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords RIBOSOMAL 23S RNA
publication title Crystal structure of the synergistic antibiotic pair, lankamycin and lankacidin, in complex with the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome/antibiotic
total genus 13
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3pipL01
3G4SN 3CCEN 2ZJPL 5DM6L 1VQ5N 5HL7L 1VQLN 1VQMN 3CCUN 1YJWN 1KD1O 3PIPL 1NJIO 3CC4N 3CMAN 3OW2M 1OVYA 1VQPN 1YJNN 1Q7YO 4WF9L 4UY8O 1VQNN 1KQSM 3CCMN 1K8AO 1QVFM 2OTJN 1VQ6N 4WCEL 1K9MO 1JJ2M 1QVGM 4IOAL 3CC7N 5GADP 3I56N 3CC2N 1YITN 5MLCQ 1VQ8N 3J7ZO 1YHQN 5JVHL 1VQKN 2ZJRL 1ILYA 3CCQN 1K73O 3I55N 5GAHP 2QEXN 2OTLN 4U67L 5DM7L 1S72N 1VQON 4WFBL 1Q86O 3DLLL 5GAEP 4WFNL 2QA4N 1M1KO 1Q82O 4WFAL 3CCLN 3G71N 3CCVN 5GAGP 3CCRN 3CCSN 4IOCL 1N8RO 1M90O 3CF5L 3CXCM 1YIJN 3G6EN 3CCJN 1YJ9N 1Q81O 1VQ4N 4IO9L 3CPWM 1VQ9N 1VQ7N 1W2BM 3CMEN 5JVGL 5H1SQ 2ZJQL 1KC8O 3PIOL 3CD6N 1YI2N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LWCA 5FPDA 4FWMA 2HHUA 1WUAA 4K43A 3I8DA 3THWA 4KTWA 5J2QA 2OYQA 1VQMN 2HBLA 3T1YK 3QEXA 3WNEA 4BRMA 1BGXT 1VRUA 3HVRA 3O5BA 4F3OA 2HHWA 3LAMA 3OW2M 3Q7CA 2D0OA 1T7PA 2WBNA 3O4NA 1RT2A 3OYMA 1RT4A 3ZT3A 2A5XA 1BDGA 4CJFA 4CBUA 4FSVA 4JKBA 1TKTA 4Y1DA 2AJQA 3OJSA 1O1WA 4FJXA 1GLLO 2OA8A 2FSNA 4H4OA 1IBMK 2NRHA 4E0DA 3MECA 1VSKA 3KLIA 2HNYA 2OZSA 3MEEA 4WCEL 2Q97A 3PX4A 2PYJA 4CI6A 2UUAK 4V19S 1RNHA 3VGKA 4ELVA 1JKHA 3VA0A 3MN6A 2Y1IA 5FPNA 3ID8A 5AZJB 4PKIA 4I9QA 4EFHA 5CY4A 4HUEA 3QBWA 3CJ9A 3CYMA 5E41A 3O3HA 5EU7A 4B3OA 4CJEA 3LZIA 3THWB 1YVUA 4LFCK 3DYAA 1JLEA 1OH5A 1IV0A 3F2KA 2YNGA 1N36K 4DTNA 1DEJA 1Q8IA 1G15A 4YORA 4JI2K 3SZ2A 3V9XA 3SUPA 3TAEA 2W42A 4WFAL 5BR9A 3DRPA 1MA9B 1OH8A 3CXCM 4EZ9A 4RW8A 3K5MA 2BGGA 3LP1A 1GLAG 3VESA 3K9JA 3L8BA 4IG3A 2RHKA 3KZBA 3DXMA 3NMUA 4FOEA 3VQ6A 3NGYA 4BQLA 3LZJA 4FLXA 3EY1A 5BRDA 1ZBUA 3CCEN 3OBWA 3O1WA 3KWGA 2ZJPL 3QEWA 3CJ1A 3I0RA 3V9SA 4CZEA 3NH0A 3TAPA 4DLGA 1NLVA 4CFBA 4B9VA 3A2FA 2QK9A 4DCHA 1NGGA 1QSLA 2ASPA 3AVNA 1VHXA 3VEVA 1VSLA 4CJLA 3DLGA 4AHUA 2HSTA 1ZBIA 2A42A 1S6QA 4PQUA 4X64K 4FLYA 3AARA 4MLEA 3U9DA 3MK6A 4DFJA 4E89A 4JKEA 1WOQA 5LMUK 3SV3A 1TK5A 5HLFA 3H08A 4NYNA 2YNHA 2B4JA 4RTFD 1VAZA 3OYJA 3AVLA 1K8AO 1NKCA 4JK7A 1KFDA 2W41A 2HMIA 1BISA 3HPHA 3KLHA 1HYZA 3CC2N 2KFNA 2ZGZA 2O8CA 3DLKA 3O4QA 1T6CA 2OPPA 1W97L 3DXMB 3QESA 2X6SA 4DTOA 1E4GT 1TKXA 3S3OA 4AHVA 4HCBA 1IKXA 3QFUA 4ISFA 3F9MA 4RW9A 4AF1A 2RPIA 3SQ0A 3D6RA 3DRSA 5C25A 4X62K 2XHBA 4Z4FA 4CW7B 1HJRA 3RMDA 4CZMA 1QQCA 1ZXOA 2Y1JA 1IG8A 4B3SK 1U4BA 4FYDA 2NRWA 2RF2A 4GV3A 1HYSA 4FO0A 3L3UA 2QWPA 4M41A 5JLFA 4J2BA 3TSUA 2R7YA 3ID6A 4BREA 5J2NA 2QKBA 3BZCA 3P31A 2NRTA 4Z4GA 1WSGA 3IG1A 4FJLA 1YJ9N 1BHLA 3TTFA 3LP2A 3OVNA 3OYNA 3U8XA 1SAZA 1C0GA 4KO0A 2CGJA 3PIOL 1I94K 4BR4A 2EHGA 2HHVA 4LC9B 4GKKK 4RW7A 4C1NK 3ZSWA 2P5GA 2H3GX 1HNZK 4ZTJA 4ICLA 1NOYA 2O8CB 3G10A 1E3MA 1Z6RA 3KK3A 4DSEA 1GLEG 1HLUA 3PIPL 2VQFK 3CC4N 1VQPN 2W6LA 1D5AA 1WSFA 1LAVA 5AQFA 4DV4K 3SNNA 1LW0A 5CR4A 5AQOA 4DB3A 3KHYA 2ZF5O 3AGRA 4F3TA 3ATUA 4BC4A 4CGHA 2D5RA 3O9SA 2RN2A 3ENHA 3WNHA 4FK4A 2QWQA 3VQ5A 1N32K 3NGIA 2ATQA 3GE1A 1QVFM 3FGUA 1RBSA 3QETA 3DJCA 4DS5A 2B5JA 4MQ3A 4RG8A 3WT0A 5A2QO 4FJIA 1RDUA 4HWIA 1T3VA 3SBTA 4YFUA 4BE1A 3NCIA 4CF2A 3CETA 1VQ8N 1JXBA 5SZTA 3LDLA 1RTJA 3LDNA 3VEWA 1YHQN 2HF4A 3C7NA 1NNEA 1VQKN 1S1XA 1L3TA 5EXWA 3SAHA 3E01A 1NGHA 4JI6K 3T7ZA 3AO3A 5BPLA 3RMCA 3DLLL 3A5NC 2D0PA 4W5OA 3UKUA 4CE9A 4GMJB 4MO4A 3NAEA 4CZFA 1RT3A 1L3SA 2P51A 4BR5A 4Z0UA 4JD2A 4CHYA 2HHHK 3CCSN 4KB1A 3QEPA 1EO1A 3F9KA 5CHIA 4CK2A 1NK6A 4M7XA 3TAQA 2BH1A 1KLMA 4HUGA 1KAYA 5IWAK 4NCAA 5DMRA 2IGIA 3DOKA 3TAFA 3S3NA 4ID5A 2OPRA 4IXCA 4CIGA 2Z1GA 4W5QA 2WFBA 2QTDA 3VF6A 4CHZA 2P5OA 4QS8A 2F8TA 5AQTA 4YDUC 2CGLA 1IO2A 3C7NB 1LV5A 4Z4HA 3QIPA 3T1AA 3CJAA 2X78A 3ZT0A 3J80O 4WF9L 3MCPA 4ELTA 4CK3A 4KFBA 2PFUA 5AZIB 3UKUB 2UXDK 1QSSA 4YDUA 4DHYA 1BA1A 2X6NA 4JD2B 3OYLA 3SPZA 3CCMN 3RRGA 1D4XA 4DF4A 1K6YA 3KLFA 4GVMA 1KXPA 5BR8K 3TI0A 5LMNK 3HK2A 5CYMA 3O4WA 3QEIA 1LWEA 5AQGA 4FWQA 5M1PA 1NWKA 1RDCA 4E1MA 3SPYA 4I2QA 3OYEA 1HKGA 5JS2A 2UU9K 2UXCK 2YHAA 3KVGA 4B08A 1JCGA 4FJ5A 1JLBA 5C10A 3E9LA 3T3FA 5K14A 2PBDA 3Q7BA 5ADXH 3KWIA 4E1NA 1L5UA 1RBVA 5AQPA 3TWHA 5BRFA 2HHTA 1GOAA 4CGFA 5CE3A 3OYDA 3S41A 4EZ6A 1BOTO 4IO8A 5GAGP 3JSMA 2P9UB 3V9WA 2YCHA 4E3SA 3LDOA 4A59A 2GTDA 3L6QA 3D2FB 3WEEA 3M6GA 1Z05A 1NBWA 4H0VB 3TTCA 2WOMA 1VQ9N 1NM1A 1NJXA 2QKKA 1DKGD 3WXMB 4O55A 3FFIA 4PA1A 5HRSA 5M1NA 4FXDA 1P90A 2ZQBA 4CJQA 4DTSA 3C65A 3CCUN 3ZSZA 4RW6A 2Q3SA 3DLRA 5C2DA 1QQMA 3R8EA 2HNDA 2V51B 4CIFA 5J2MA 4DSFA 3CIPA 4A57A 3C95A 1D9DA 5LY3A 4ISGA 2GEMA 2QXFA 4LY7A 3KKSA 3CQ8A 1ASUA 2XY5A 4CEFA 3GBTA 4C1NI 5AQJA 3K59A 1YJNN 3QBXA 1SL0A 2A3ZA 1WSHA 4R79A 4B1XB 5AQXA 3NVMA 4BR2A 4CJVA 4DKWA 2CH5A 3SUOA 4KRFA 2VYPA 4DFKA 3A8YA 5AQKA 4KI6A 1U47A 3I8BA 3W3DA 4H5WA 3MDQA 1TAUA 4R5PA 1QS4A 3WEEB 5HRNA 2JLEA 1WLJA 3C6HA 4GV9A 3RSEA 4LD0A 5TKWA 3U3YA 1NOZA 3R3LA 4BGBA 1VRTA 2ZGYA 1U2VB 5JVHL 1U48A 4F2RA 3L4QA 3I55N 1N6QA 2UYTA 1CXQA 3MAQA 2BDPA 4U67L 3J81O 2FC0A 1NJWA 4IEEA 2F8SA 1DTQA 4IWVA 4CGIA 1P8ZA 3JXUA 2DTUA 2CH6A 4Z94A 3MX5A 4PHTX 3P83D 4B9UA 1RTHA 3OHRA 3SAFA 4U7BA 3EE8A 4BWJA 1LOTB 2E5LK 1MDUB 4BR0A 4DS4A 4NLCA 3MCAB 3K2PA 3WNFA 1SL2A 4FWRA 5GINA 3MXJA 3I0SA 4YOWA 3I33A 1OKJA 2Q31A 3DWLA 3VQ7A 4KTZA 2ITMA 1NMDA 1TL1A 2DFHA 4C8LA 3EN9A 5AQHA 3RSEB 1C0FA 1XHXA 4OKJA 4JNEA 4IG0A 1VQLN 4BROA 1HQUA 3SBGA 4FM0A 1GLJO 1FW6A 1KD1O 3IKMA 3IFRA 4DTMA 1B92A 2XO7A 3CHWA 1KAXA 4B8AB 4DV2K 4JN4A 3ZCMA 3P39A 2ZD1A 4FJNA 4BRNA 4OKEA 2A41A 4IFVA 3UB5A 3DAWA 4FOIA 3VF4A 4KH6A 4L3QA 3SV4A 3HO1A 1S9GA 4GKJK 1VQ6N 4CEZA 1KVAA 4IFEA 1BA0A 3LAKA 1DGKN 3CC7N 1A5VA 1ATSA 4JK9A 3D2EA 2E6LA 4O8KA 3ISNC 3C6UA 4LFAK 1TK0A 2ETJA 2VWJA 3SLCA 3PX6A 4NXMK 2GWKA 1RDBA 1RT6A 1ILYA 1XC9A 1RFQA 4H03B 5GAHP 2E1ZA 3VQCA 3AO1A 4KHQA 4WFNL 2F9TA 3O9QA 3VQ4A 3FLCO 2J4RA 1SV5A 2QA4N 2HVIA 3DLEA 3M8RA 4I7FA 4ZHRA 4PWDA 4CESA 3SUQA 5AQLA 4RCHA 3NGZA 3G6EN 1FKOA 1S6PA 1SQKA 3CI5A 4JI8K 1JLGA 4FVMA 3VN5A 4J2EA 4FWLA 4EP5A 3NH2A 2BUPA 3CMEN 3LWLA 2FBXA 1WBDA 5C2FA 3QERA 2GUIA 3C94A 3U3GA 2QXLA 5KGXA 2FBYA 2HVHA 1RDWX 2B6AA 2KHOA 4CZKA 3IAYA 3FE1A 3WQTA 3TSPA 4C8MA 4KH4A 3LDPA 4JKDA 1X9JA 5DM6L 4BRKA 3D2EB 4O4GA 3ENOA 4FZZA 2VQEK 4FM2A 3G25A 3CG7A 1SKWA 4E1JA 2YV0X 3ZT4A 5FROA 3CJ7A 5B8HA 5FPEA 4JYAK 4DV7K 5KGWA 4WQ5C 3LP3A 4CF8A 3AVCA 3WXIA 1ATNA 3CM6A 5AQRA 1LCUA 3K5LA 4B9SA 4CVNE 3M1FA 2W40A 3MN7A 4E19A 1NKBA 4X65K 4JLHA 5KPZA 4KREA 4FWOA 1RBUA 2D0BA 3OA9A 4JI7K 4BG9A 5KQ8A 2VWKA 5I42A 1D8YA 4OPKA 4JKAA 3P4IA 4FPAA 4H5NA 1KTQA 3SUNA 5JLHA 3DXKA 2E6MA 2LSNA 4WQ5A 1L3VA 5C42A 3M8QA 3HP9A 4CJPA 3F73A 4FJ9A 1NK9A 4CHNA 1S1WA 3PO4A 3CJBA 4FL9A 2AP1A 4O5FA 3HOSA 4CEEA 2FLOA 3OYGA 2E1YA 2HHQA 3H1VX 4Z4CA 4FJHA 1IH7A 4IJAA 3HXMA 3ZEUA 4DLEA 3PX0A 4DR5K 1ZBFA 1S3XA 3KKRA 3AGKA 4YOYA 2YNIA 4M45A 3KD5E 2FXUA 3EKSA 3VGMA 1S72N 1DLOA 1ASWA 3AO4A 3LPUA 1Q18A 1KAZA 4QOZB 2CGKA 2P9LA 2A1RA 1M90O 4Q0BA 3T69A 3O08A 3CFOA 4TSXA 2XY7A 4BE0A 2O8FA 3UE5A 1Z26A 4BQZA 3CPWM 2FF6A 1W2BM 1WSJA 3DXKB 3A5LC 3CD6N 2A1SA 3VF2A 3HM9A 3EKUA 3HSCA 4N41A 2O8EA 1VQ5N 3RVCA 4JS5A 4MDAA 3BEXA 1CZAN 1GLCG 3QINA 1J53A 4AHRA 3DLBA 3HJFA 3LWMA 5E84A 3ZEUB 3LDQA 4CJUA 3UIQA 2HF3A 4DV1K 3TABA 3HI0A 4H5VA 4BWMA 1XMOK 5AFUH 4HTUA 4CJ7A 3HYFA 4H0OA 2HHXA 1OVQA 2VCPA 4BDYA 4NCBA 2IIRA 3O3FA 4IDHA 4DU3A 3AVAA 1RILA 3CQYA 4BRDA 4JRPA 4FJKA 2A40A 4NCGA 4C23A 1TGOA 1V4SA 2ZE2A 2FSKA 2GBZA 4MFBA 4I9LA 2QWMA 4BRPA 4EAHD 1VSIA 1HUXA 3J7ZO 4BRQA 4JKCA 1J9AA 2O8EB 1XNQK 4EHTA 3ZX3A 3DRRA 3TARA 2KFZA 4CJWA 4HTLA 4NB4A 3AVFA 4K8XA 2P9PA 3MXMA 1QHAA 1RTIA 4DUZK 1X3NA 4XH4A 1I3AA 3KLEA 3KLGA 3L2UA 4J2DA 4YOXA 4O0JA 1XC3A 2P9NA 1HR0K 4B3RK 2QWNA 4FW2A 3OYHA 2HNZA 2JGUA 5E26A 1U04A 3A0IX 4WQ4C 4G9ZA 4AM6A 1HNWK 1Y64A 1RT1A 2ITGA 4B8CA 3FFKB 3WXJA 2BE2A 5EVZA 1O13A 2V7ZA 1YI2N 5AQIA 3VQ9A 3DM2A 3U4LA 3MN9A 3RMBA 3B8AX 2QWRA 4FWNA 4HHTA 2OCEA 4H0XB 3SCXA 1X9WA 2O8DA 3VEXA 3VOVA 4YHHK 2E2QA 4XEIA 4DTXA 2NNWA 3PLAA 3VEZA 3MWPA 2E8AA 1TVRA 3VGLA 4OO1J 4CEOA 2YI1A 4BC2A 1LAWA 1IKWA 4CD3A 3U9ZA 4CEDA 1S1UA 2YHXA 4UY8O 5D3GA 1S1TA 1QQNA 4LF7K 4FK0A 4B3MK 3VQ8A 4AQYK 4OJRA 5FRNA 2P9PB 2Z1JA 3FZFA 3B6PA 2D1KA 4AHTA 2KZMA 2OTJN 2P9KA 5F2RA 1E4FT 3MN5A 2I7NA 2YNFA 2P9NB 4DV6K 4I6MA 3SJHA 5KPRA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3G4S N;  3CCE N;  2ZJP L;  5DM6 L;  1VQ5 N;  5HL7 L;  1VQL N;  1VQM N;  3CCU N;  1YJW N;  1KD1 O;  3PIP L;  1NJI O;  3CC4 N;  3CMA N;  3OW2 M;  1OVY A;  1VQP N;  1YJN N;  1Q7Y O;  4WF9 L;  4UY8 O;  1VQN N;  1KQS M;  3CCM N;  1K8A O;  1QVF M;  2OTJ N;  1VQ6 N;  4WCE L;  1K9M O;  1JJ2 M;  1QVG M;  4IOA L;  3CC7 N;  5GAD P;  3I56 N;  3CC2 N;  1YIT N;  5MLC Q;  1VQ8 N;  3J7Z O;  1YHQ N;  5JVH L;  1VQK N;  2ZJR L;  1ILY A;  3CCQ N;  1K73 O;  3I55 N;  5GAH P;  2QEX N;  2OTL N;  4U67 L;  5DM7 L;  1S72 N;  1VQO N;  4WFB L;  1Q86 O;  3DLL L;  5GAE P;  4WFN L;  2QA4 N;  1M1K O;  1Q82 O;  4WFA L;  3CCL N;  3G71 N;  3CCV N;  5GAG P;  3CCR N;  3CCS N;  4IOC L;  1N8R O;  1M90 O;  3CF5 L;  3CXC M;  1YIJ N;  3G6E N;  3CCJ N;  1YJ9 N;  1Q81 O;  1VQ4 N;  4IO9 L;  3CPW M;  1VQ9 N;  1VQ7 N;  1W2B M;  3CME N;  5JVG L;  5H1S Q;  2ZJQ L;  1KC8 O;  3PIO L;  3CD6 N;  1YI2 N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LWC A;  5FPD A;  4FWM A;  2HHU A;  1WUA A;  4K43 A;  3I8D A;  3THW A;  4KTW A;  5J2Q A;  2OYQ A;  1VQM N;  2HBL A;  3T1Y K;  3QEX A;  3WNE A;  4BRM A;  1BGX T;  1VRU A;  3HVR A;  3O5B A;  4F3O A;  2HHW A;  3LAM A;  3OW2 M;  3Q7C A;  2D0O A;  1T7P A;  2WBN A;  3O4N A;  1RT2 A;  3OYM A;  1RT4 A;  3ZT3 A;  2A5X A;  1BDG A;  4CJF A;  4CBU A;  4FSV A;  4JKB A;  1TKT A;  4Y1D A;  2AJQ A;  3OJS A;  1O1W A;  4FJX A;  1GLL O;  2OA8 A;  2FSN A;  4H4O A;  1IBM K;  2NRH A;  4E0D A;  3MEC A;  1VSK A;  3KLI A;  2HNY A;  2OZS A;  3MEE A;  4WCE L;  2Q97 A;  3PX4 A;  2PYJ A;  4CI6 A;  2UUA K;  4V19 S;  1RNH A;  3VGK A;  4ELV A;  1JKH A;  3VA0 A;  3MN6 A;  2Y1I A;  5FPN A;  3ID8 A;  5AZJ B;  4PKI A;  4I9Q A;  4EFH A;  5CY4 A;  4HUE A;  3QBW A;  3CJ9 A;  3CYM A;  5E41 A;  3O3H A;  5EU7 A;  4B3O A;  4CJE A;  3LZI A;  3THW B;  1YVU A;  4LFC K;  3DYA A;  1JLE A;  1OH5 A;  1IV0 A;  3F2K A;  2YNG A;  1N36 K;  4DTN A;  1DEJ A;  1Q8I A;  1G15 A;  4YOR A;  4JI2 K;  3SZ2 A;  3V9X A;  3SUP A;  3TAE A;  2W42 A;  4WFA L; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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