3PIPL

Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit
Total Genus 13
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
13
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome/antibiotic
publication title Crystal structure of the synergistic antibiotic pair, lankamycin and lankacidin, in complex with the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBOSOMAL 23S RNA
total genus 13
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3pipL01
4IO9L 1VQMN 1JJ2M 1Q81O 3G4SN 1VQPN 2OTLN 3J7ZO 3OW2M 4WFNL 1YJ9N 1VQ9N 5H1SQ 3CCJN 1YJWN 1W2BM 1M90O 3CXCM 3G6EN 3CF5L 1KC8O 3PIPL 4IOAL 1K9MO 5JVHL 3CCLN 3CC7N 1S72N 1K8AO 1KD1O 3G71N 3CCVN 1ILYA 3CCUN 5JVGL 3CCEN 1YJNN 1YI2N 2QA4N 1OVYA 5MLCQ 4WFBL 1VQNN 1M1KO 4WFAL 2ZJRL 3I56N 3CCRN 3DLLL 4U67L 1Q82O 1VQON 1YHQN 5GAEP 3CC4N 3CD6N 5HL7L 3CMAN 1YIJN 5GAHP 1YITN 2OTJN 5DM6L 1Q86O 3CC2N 1VQ6N 1K73O 3CCSN 3I55N 1VQ8N 3CMEN 5DM7L 4UY8O 1VQ7N 1QVGM 4WCEL 3PIOL 1NJIO 1KQSM 1VQ5N 1VQ4N 2QEXN 4WF9L 3CCQN 4IOCL 1VQKN 3CPWM 3CCMN 1N8RO 5GAGP 2ZJPL 2ZJQL 1QVFM 1Q7YO 5GADP 1VQLN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Q36A 2YJEA 3M8QA 4Y1DA 3SUQA 5KRSA 3CERA 4X62K 1NGIA 4LD0A 2JLEA 1IBMK 1LCUA 3HM8A 2GWJA 4JK9A 5CHIA 1DLOA 4HHTA 1TL3A 3PX6A 1VSLA 4UQGA 2QWNA 3H3OB 2BE2A 1KC8O 3NAEA 4JN4A 3ULEA 4W5QA 1N33K 3O4NA 4PY5A 4L3QA 5CY4A 3DXMA 3KK1A 1HQEA 4CJVA 4MDBA 4BRIA 1HQUA 1ILYA 1XWLA 1U47A 3WUHA 1HNZK 2UXBK 1RT5A 3ID8A 5FPEA 2P9NA 1IKYA 4J2DA 1NGFA 2HW3A 2RKIA 4DR3K 1M1KO 2E5LK 3WNEA 2ZJRL 4CW7B 1L3SA 3TABA 4JI6K 2W6KA 4EHTA 4JS5A 3NFAA 1LAVA 1XNRK 3OYAA 3VEXA 5IWAK 4I9QA 2WFBA 3AVKA 1ASVA 3J7AP 2FBTA 3A5MC 1QSYA 4KRFA 1S6PA 3MN9A 5KRTA 3LDNA 3IS9A 3W0LA 4FWQA 3R3LA 5M1QA 5C10A 4BRNA 3CC2N 3C6HA 3FE1A 2O8DA 3CCSN 2VGNA 4NXMK 4MFBA 5BRHA 3SMPA 1J53A 5E41A 1EQYA 1JCEA 3KLFA 4JK7A 1LAWA 4K8ZA 5AQSA 3SPYA 4BRPA 3CM6A 1VQ4N 1BGXT 2D0BA 1RBRA 4B9TA 2JWKA 1SL1A 1RCHA 1LWFA 1FW6A 4BACA 2YX6A 3VTHA 2P9KB 3KKRA 1XC3A 5JS1A 4LFCK 4B9MA 4DV1K 3ISNC 2A1RA 4B1XB 4YOYA 4DTMA 2ASOA 1VK0A 4Y1CA 4DSIA 4DFKA 1JL1A 4GV3A 4BR5A 2G8WA 2P9LA 3J8AA 4OGEA 4KHSA 3BEXA 1VQ9N 2WC9A 4BRKA 5CZ1A 4B9QA 1KFDA 4BRAA 3D2FA 4G9ZA 3Q7BA 4X66K 3AVJA 3CCLN 4IOXA 4ISFA 4YOXA 1RGIA 1J5EK 3MX5A 1LWEA 2QXFA 1GOBA 1C0UA 3VQ6A 4A57A 4YORA 4BE0A 1QQMA 2NRHA 3ASMA 5E84A 5KQDA 1JLQA 1WOQA 2DFHA 4OO1J 2A6AA 3VQ5A 4FK0A 1YVNA 1WNSA 3ALYA 2X74A 5MLCQ 3SUNA 4JHDB 1JLGA 4J2BA 4CCHA 4BR9A 3A8YA 4FJHA 2VWBA 1SL2A 3KHYA 2PFUA 3AVAA 1RNHA 4C1NK 3HSTB 4ILGB 3LWLA 1VQON 2GELA 3QERA 4FZZA 1K8KB 4CBXA 4OJRA 1ZBUA 2BGGA 3KK3A 1F21A 1BISA 3IKMA 4EIAA 1XHZA 4K8XA 1JCFA 3KK7A 2FSKA 3QEXA 1RT7A 3H1VX 3LPTA 4CF2A 4LFBK 1RDCA 2P9PB 4CHZA 1RBSA 4IBNA 2UXCK 3TAPA 4H0PA 4LF8K 4F3TA 1NK9A 1I94K 4N41A 1QHAA 3L4IA 1T6DA 4BE2A 1WN7A 4FWRA 4DR6K 2B6AA 3KJVA 4O0JA 5J2MA 1VSEA 3CPWM 2IVOA 2UUBK 4LH4A 1NNEA 3QO9A 1LWCA 4CJTA 5HOOA 2A41A 1EETA 4F2SA 2P9KA 3CJ9A 2HOEA 4CFAA 5M1PA 4U7BA 4CZJA 4J8FA 4A2BA 4FM0A 5M1FA 4DFMA 3MECA 1QS4A 3OW2M 3RR8A 3VQ8A 1JL2A 4CESA 3JXUA 3ENHA 1RT3A 3N4QA 1TK8A 3VEWA 1V4TA 4KTQA 1HR0K 3VQ7A 2VG6A 3VQ9A 2FC0A 5EVZA 4FYDA 4CZFA 3C6UA 3FFIA 4LF6K 2DFFA 2OPQA 3K59A 2HF3A 4DQ8A 2ASMA 5LY3A 5JLHA 4IEIA 3T1AA 1NK4A 3F2KA 3FZLA 3V81A 4Z4CA 3CFPA 3I56N 5LMNK 3AY9A 3HYFA 4JHDA 3GOIA 4OPAA 2KZMA 3T3FA 4FWNA 2VQEK 3OYMA 4DV7K 2NRRA 1K8KA 4BR2A 3DM2A 2NRXA 1KCFA 5BREA 4BG9A 2KFNA 2JWLA 4DQSA 3SAFA 2CH6A 2QWMA 4HCCA 4OX9K 2G8IA 3DLKA 1XMOK 3VQEA 3IMXA 4AHRA 4L8RB 2P51A 4CVNE 4DU1A 4Z94A 2YHBA 1IKVA 3DRPA 3I0RA 3RTVA 1NKEA 1U6ZA 2BANA 2E88A 2A5XA 1NGCA 4I6MA 4M45A 2Q2RA 5KPTA 4DWIA 1S5JA 3J7YP 5HRNA 3SBGA 4FO0A 4H4OA 4E89A 1RT1A 2X6NA 3ZETA 4JI3K 3LP2A 5AQLA 4B3MK 1TKXA 2HBMA 1JXBA 2OZMA 4DTUA 1LW0A 2DY4A 4CBWA 4LF4K 1TV6A 3IRXA 3WQTA 4DTXA 2I7PA 5AQHA 4DSKA 1TUUA 3KWIA 3LAMA 3MCAB 3FFKB 1IO2A 1ATRA 1O13A 3LWMA 1HNWK 3V9WA 2OTLN 3J7ZO 4CZIA 4GW6A 4CK2A 2IIRA 1GOCA 3OYKA 1E3MA 3HI0A 5AQOA 4C8OA 2YCHA 4CD3A 3WXLA 2D5RA 2YV0X 1SAZA 5AQPA 3ZYYX 4K42A 1J54A 4NLCA 4E19A 4CECA 4FJMA 3E01A 2XHBA 3U6FA 1S3XA 4FWSA 4CJSA 1NK7A 1L3UA 4BE1A 1JLAA 3O4QA 2YHWA 4Q5VA 3MN5A 1Q82O 3C0BA 2IVPA 1NM1A 5C2FA 3I33A 4RW6A 3QFPA 4FCYA 1GLCG 3VGLA 4FPAA 1Q86O 2XY8A 4IJNA 2O8FB 4RWTA 1Z05A 1Z25A 1VQ8N 4WQ4A 2QWLA 3IFRA 4H5WA 4HWIA 1NGAA 1SZ2A 5FROA 4DLGA 3S41A 4JKHA 3NH1A 3G10A 3V9ZA 1KQSM 4IDKA 4W5OA 2EX3A 3K0SA 3QFUA 2QKKA 1H1VA 3VPZA 3LM2A 1JXEA 1RT2A 4OKEA 3SBTA 3B6OA 4JNEA 1P8ZA 3CJCA 1BA0A 4CIEA 4FM1A 1WBDA 4JI4K 3HP6A 4KO0A 2P5OA 3UKUB 4DB3A 4A5BA 2PBDA 3P5JA 3F9MA 3BDPA 1EO1A 3QBWA 1MDUB 3OYLA 2ZE2A 1ZBSA 4IWVA 4LFAK 5AQGA 4QAGA 3NHGA 3DLGA 1CLQA 4IJAA 4WQ5C 2P1JA 2P9SA 3EE9A 2Q3SA 3M8SA 2ZM6K 3VTIA 4DFJA 4KHPK 3WT0A 3HVRA 4I9LA 1K6YA 2XO7A 5BPMA 2GUPA 3VQBA 1QHTA 3C6AA 1WSGA 3ZSXA 4CBUA 1BIZA 4BG8A 1A5XA 3CJ1A 3THVA 3OBWA 4F4KA 1C0FA 2WUSA 4KREA 4CHYA 3QEWA 2E4LA 3VQDA 4MLEA 4EP5A 4M41A 4ELVA 2O4GA 1OVYA 3KK2A 4K25A 4B1YB 1UOCA 3GL1A 5KPRA 4BQLA 4U67L 3KIOA 3HL8A 3THWA 4BRHA 3L0QA 4B9UA 2E1ZA 3E9PA 1X9MA 4O8UA 1S22A 3VEZA 3HT3A 2V7YA 4H0OA 3EL2A 2QWPA 3DRRA 4IFYA 2D0AA 4GY2B 1NJZA 3QB0A 1NGGA 4BRQA 4Z4HA 3THXB 4LF9K 4IG3A 1ZXOA 4C8LA 4K0KK 4JKAA 5DK5A 3HPHA 3E9LA 5AQYA 3SI6A 4BDPA 1L5UA 1VQ7N 2O8FA 3TU5A 4DQQA 3ZT2A 4NCBA 1S1TA 3ENOA 4C8KA 2VG7A 4FJ5A 3BGRA 1D9DA 2WBNA 4OGCA 1NMDA 4NXNK 1VSJA 4KHUA 4M3WA 1DGKN 3F73A 4HVJA 5BPNA 1T03A 1NOZA 3O9UA 3TSPA 3NBPA 2W40A 1LW2A 3NGZA 4IOCL 4LH5A 1UA0A 1Q9YA 4JD2B 2AJQA 1KXPA 3MWTA 4CEQA 4CIGA 3JYTA 2IDOA 3FZMA 4PA1A 2HBLA 2HHVA 3ZSRA 1VSHA 3T7ZA 3AVGA 3ID6A 4DTSA 1KVAA 1KFSA 4CZGA 4Z0UA 3JAMO 1Q7YO 2D0CA 3DLRA 4CGDA 1T05A 3IG1A 1S1VA 1X9WA 2IVNA 3AO4A 1LOTB 3HPOA 2UU9K 4R5PA 3O3GA 2RN2A 4H03B 3WXIA 3D0PA 1E4FT 1SQKA 3PIPL 1HNXK 3HOTA 3E66A 3AO5A 4B9LA 3EE8A 3TTFA 4KHQA 4YFUA 4DR4K 4J2EA 1EWRA 3O1WA 3GE1A 4H5TA 4DR5K 1QQNA 4CEZA 4CJ4A 4FJIA 3HRGA 4DTPA 3KLIA 3OYDA 4AQYK 4DR1K 2F7TA 3VQQA 2NRVA 4HUEA 3W3DA 4CEOA 4AF1A 4DSFA 4DTRA 3V1RA 4CIFA 3A2FA 1VHXA 4ID5A 3LP0A 5LJWA 1ASUA 3RWUA 2VCPA 1W0HA 3O9TA 3K5LA 3U9ZA 1WLJA 3CD6N 2W42A 3BF1A 4N76A 4HTLA 4PWDA 2PY5A 4YOVA 3G0ZA 1YIJN 3C95A 3LAKA 2HF4A 3A5NC 2E6LA 3VEOA 3WNHA 2YHYA 3I8BA 4W5NA 4DV2K 3PX4A 2QKBA 1JLEA 2Z1GA 3MEGA 2YI1A 3LZIA 3IUCA 4BC3A 2XRIA 3DJCA 3P39A 3V9UA 2BDPA 2FF3B 2F9WA 1VSDA 4IFVA 4FW2A 5HROA 3QMLA 4AM7A 4XIUA 2ZGYA 4I2PA 5GAGP 1XNQK 4FK4A 4DUYK 4Z4FA 3V9SA 4FPBA 5CE3A 3ZT3A 1OH6A 1QVFM 2QWQA 2Q97A 2UUAK 1L3VA 4BY9C 3ZT0A 1WBBA 5ADXH 2VGMA 3WXMB 3DLHA 4GVEA 4JI1K 4E7KA 4FLZA 3SV3A 1U48A 4H5NA 4JI0K 1YJ9N 4PQUA 2FBXA 5AQTA 4DV3K 1VSIA 3LP1A 1NK0A 2O4IA 1S72N 3EKUA 4J2AA 3K58A 4H8KA 4B3RK 4E3SA 2B4JA 3NGIA 2Z1IA 3D2EB 2B5JA 4PKHA 5AQQA 1YF5L 3DXKB 3KTQA 1BCMA 4C8MA 4PUOA 3VEYA 5I9EB 3KLEA 4FSVA 5BN9A 4CJ3A 4CF1A 3VENA 5LL6Z 3DMJA 1ATSA 4CF0A 3DLLL 1BI4B 3ZSOA 2LSNA 2F9TA 2O8EB 1YHQN 1O1WA 4GKJK 2F4VK 1FKPA 2G8HA 3K9JA 3NF6A 4ZTFA 1RTDA 2ASPA 3AGRA 2X6SA 3K2PA 4BROA 1YTAA 3AA2A 4FM2A 2DFEA 1V4SA 4BWJA 1YITN 2QWOA 3L3VA 5E26A 1JLFA 5K14A 3DI6A 1SKWA 4IEEA 1BL3A 2FSNA 4B1VA 4DQRA 3TI0A 4DF8A 5EY4A 2E1YA 3D6RA 3NGYA 3V9XA 5FRNA 4KH5A 3PIOL 3EO3A 4NCGA 1RBTA 2FXUA 1EP4A 4MO5A 4DLEA 3EEQA 1C1AA 2YNGA 1HKGA 4BQZA 2QEXN 4V19S 3OS0A 1ZBIA 3PV8A 4N47A 1HNVA 3AA5X 3VGMA 5C15A 2Y1IA 1N8RO 4BRGA 4FLXA 4CZHA 2OANA 1IJJA 3WEEB 4JK8A 3RRGA 4DR2K 1VQLN 1DT9A 3BF3A 5CR4A 4CFBA 4FVUA 2R7YA 4PHTX 4BC5A 2HHQA 3CQ8A 4GMJB 4O5FA 4M3UA 2ITGA 5AQMA 1Y64A 5AQXA 1HKBA 4A5AA 3OBYA 2O8CB 4JI5K 2ZD1A 3C6TA 4JKBA 4NB4A 4F3OA 1YXQA 2E2PA 4RW4A 4CK3A 1W97L 4DMNA 4W5TA 1C6VA 4E1MA 5B8HA 5AQVA 3ZT1A 1S9GA 1N32K 4DF4A 3PSFA 3D2EA 5M1KA 1NJWA 5ELZA 5M1OA 3U3GA 3DXKA 3L2RA 3VGKA 2OPSA 3NF9A 1Y97A 4FJXA 1TAUA 4PKIA 4CZKA 3CCRN 2HMPA 1NBWA 4BGBA 5GAEP 3GDQA 4KKOA 3VF2A 1BOTO 1BI4A 4CFCA 1N34K 1QZ6A 2O8EA 4KTWA 1IG9A 3FLCO 1T8EA 4Y0WA 1OH5A 5AQRA 3TPQA 5BRFA 3EZWA 1CZAN 2Z1HA 3SJHA 5GAHP 1EXQA 3V1QA 5DM6L 4AHSA 1VQ6N 2UXDK 1MA9B 4DG1A 4KB0A 1B9DA 2IOCA 3I55N 2PYLA 1L3TA 5AFUA 4AM6A 3T1YK 3GBTA 4CHNA 3TAQA 3UIQA 4ZHRA 3AV9A 3ITHA 1IV0A 4AHTA 1GLBG 1ZC6A 2IAJA 4C1NI 1C1CA 4QS9A 3VF6A 3AO2A 2EWSA 4H0XB 3A0IX 3TWHA 4FJNA 1SUQA 3CPEA 4FL9A 4LF5K 1KTQA 1KVBA 1CZBA 2NLXA 4H5VA 1P90A 3VQCA 4ZTJA 3D45A 3BZKA 3B6PA 1VSMA 2P9PA 3WEEA 3KVGA 4KHYA 1Q81O 3PLAA 1NU0A 2NNWA 1QQCA 4B9NA 3R1XA 3SQ0A 2CGKA 3CJ7A 2V52B 3DLBA 5FLXO 3O9SA 3SPZA 4JV5K 1G99A 3KLHA 4JKFA 4OPKA 4KH6A 3TARA 1C1BA 4KV8A 1FKOA 1BG3A 4FJ8A 1S1UA 1OVQA 3O5BA 3CC7N 4CJ7A 2V51B 1K8AO 3ZSQA 1RBUA 3LL3A 1FJGK 5F1XA 4YOTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4IO9 L;  1VQM N;  1JJ2 M;  1Q81 O;  3G4S N;  1VQP N;  2OTL N;  3J7Z O;  3OW2 M;  4WFN L;  1YJ9 N;  1VQ9 N;  5H1S Q;  3CCJ N;  1YJW N;  1W2B M;  1M90 O;  3CXC M;  3G6E N;  3CF5 L;  1KC8 O;  3PIP L;  4IOA L;  1K9M O;  5JVH L;  3CCL N;  3CC7 N;  1S72 N;  1K8A O;  1KD1 O;  3G71 N;  3CCV N;  1ILY A;  3CCU N;  5JVG L;  3CCE N;  1YJN N;  1YI2 N;  2QA4 N;  1OVY A;  5MLC Q;  4WFB L;  1VQN N;  1M1K O;  4WFA L;  2ZJR L;  3I56 N;  3CCR N;  3DLL L;  4U67 L;  1Q82 O;  1VQO N;  1YHQ N;  5GAE P;  3CC4 N;  3CD6 N;  5HL7 L;  3CMA N;  1YIJ N;  5GAH P;  1YIT N;  2OTJ N;  5DM6 L;  1Q86 O;  3CC2 N;  1VQ6 N;  1K73 O;  3CCS N;  3I55 N;  1VQ8 N;  3CME N;  5DM7 L;  4UY8 O;  1VQ7 N;  1QVG M;  4WCE L;  3PIO L;  1NJI O;  1KQS M;  1VQ5 N;  1VQ4 N;  2QEX N;  4WF9 L;  3CCQ N;  4IOC L;  1VQK N;  3CPW M;  3CCM N;  1N8R O;  5GAG P;  2ZJP L;  2ZJQ L;  1QVF M;  1Q7Y O;  5GAD P;  1VQL N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2Q36 A;  2YJE A;  3M8Q A;  4Y1D A;  3SUQ A;  5KRS A;  3CER A;  4X62 K;  1NGI A;  4LD0 A;  2JLE A;  1IBM K;  1LCU A;  3HM8 A;  2GWJ A;  4JK9 A;  5CHI A;  1DLO A;  4HHT A;  1TL3 A;  3PX6 A;  1VSL A;  4UQG A;  2QWN A;  3H3O B;  2BE2 A;  1KC8 O;  3NAE A;  4JN4 A;  3ULE A;  4W5Q A;  1N33 K;  3O4N A;  4PY5 A;  4L3Q A;  5CY4 A;  3DXM A;  3KK1 A;  1HQE A;  4CJV A;  4MDB A;  4BRI A;  1HQU A;  1ILY A;  1XWL A;  1U47 A;  3WUH A;  1HNZ K;  2UXB K;  1RT5 A;  3ID8 A;  5FPE A;  2P9N A;  1IKY A;  4J2D A;  1NGF A;  2HW3 A;  2RKI A;  4DR3 K;  1M1K O;  2E5L K;  3WNE A;  2ZJR L;  4CW7 B;  1L3S A;  3TAB A;  4JI6 K;  2W6K A;  4EHT A;  4JS5 A;  3NFA A;  1LAV A;  1XNR K;  3OYA A;  3VEX A;  5IWA K;  4I9Q A;  2WFB A;  3AVK A;  1ASV A;  3J7A P;  2FBT A;  3A5M C;  1QSY A;  4KRF A;  1S6P A;  3MN9 A;  5KRT A;  3LDN A;  3IS9 A;  3W0L A;  4FWQ A;  3R3L A;  5M1Q A;  5C10 A;  4BRN A;  3CC2 N;  3C6H A;  3FE1 A;  2O8D A;  3CCS N;  2VGN A;  4NXM K;  4MFB A;  5BRH A;  3SMP A;  1J53 A;  5E41 A;  1EQY A;  1JCE A;  3KLF A;  4JK7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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