The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
72
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sequence length |
227
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structure length |
204
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Chain Sequence |
WVPHELNERQMERRKNTCEILLSRYKRKSFLHRIVTGDEKWIFFVNPKKTMLCVWWDQSGVIYYELLKPGETVNAARYQQQLINLNRALQRKRPEYQKRQHRVIFLHDNAPSHTARAVRDTLETLNWEVLPHAAYSPDLAPSDYHLFASMGHALAEQRFDSYESVKKWLDEWFAAKDDEFYWRGIHKLPERWEKCVASDGKYFE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Mechanism of Mos1 transposition: insights from structural analysis
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Mos1 transposase
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| molecule tags |
Dna binding protein
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| source organism |
Drosophila mauritiana
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| total genus |
72
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| structure length |
204
|
| sequence length |
227
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-12-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01359 | Transposase_1 | Transposase (partial DDE domain) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5HOO A; 3K9J A; 3F2K A; 4R79 A; 4U7B A; 3K9K A; 4MDB A; 2F7T A; 3HOS A; 5CR4 A; 3HOT A; 4MDA A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3SZ2 A; 1BDG A; 4N76 A; 1IG8 A; 4K42 A; 1JCF A; 3AO3 A; 4J2A A; 4CEE A; 3FLC O; 4I6M A; 3A8Y A; 5BR9 A; 3BF1 A; 4BRI A; 2DTU A; 4CHN A; 2QW9 A; 3EZ5 A; 2OPQ A; 2Q2R A; 1Y97 A; 3T19 A; 4O8K A; 4BR2 A; 3KJV A; 2NRT A; 3M8S A; 3GDQ A; 4OKK A; 3CF5 L; 4L8R B; 4B9U A; 3H1V X; 3C6T A; 3ZSR A; 4CJR A; 3ATU A; 4FK0 A; 1UAX A; 2QWP A; 3EKU A; 4B1Z A; 2AA4 A; 2D0O A; 4KAZ A; 3SV4 A; 3QBX A; 4FLW A; 1CXQ A; 4JKD A; 3CET A; 3EZW A; 1NGA A; 4A2B A; 1VSE A; 2E8A A; 5KGX A; 4H5V A; 5FLX O; 2VGM A; 5SZT A; 3MCP A; 1HPM A; 2WUS A; 1V4S A; 2KFZ A; 1S9G A; 2CH5 A; 5AQO A; 3D2F B; 3PY8 A; 1NGI A; 2YJF A; 1OH5 A; 1P8Z A; 4QS9 A; 3QML A; 4CJP A; 1SAZ A; 3C6U A; 1RT3 A; 3CQ8 A; 1FW6 A; 3W0L A; 1R0A A; 4BRH A; 4B1U B; 1TV6 A; 3O6W A; 5JS2 A; 4FWQ A; 4B9N A; 4M7Y A; 3NF7 A; 4FVM A; 3KLI A; 1RTD A; 4DQS A; 4FOI A; 2HBJ A; 4FWO A; 3P38 A; 1BU6 O; 5C12 A; 3VQ6 A; 1EP4 A; 2RF2 A; 3T69 A; 4BQZ A; 4F4K A; 4CFA A; 4KHW A; 3SLC A; 5CHI A; 3ZCM A; 4Q0B A; 3DM2 A; 3VEN A; 3MN6 A; 1Q9X A; 1QZ6 A; 4OPK A; 3CCM N; 2FSN A; 1RT7 A; 3L2R A; 4DQP A; 1DTT A; 1JL1 A; 4DB3 A; 3OYC A; 4XIU A; 2G8W A; 1Q86 O; 1K9M O; 1VQ7 N; 4OLA A; 1FXX A; 3LP1 A; 5AQT A; 5BPM A; 4GNI A; 4KHP K; 5C42 A; 5CR4 A; 2PFU A; 4L3Q A; 1NGB A; 5ADX H; 4PQU A; 2VWK A; 4OKJ A; 4QS7 A; 1QSY A; 1LWF A; 3GE1 A; 4IFY A; 4JRQ A; 4CGF A; 3NH1 A; 4E0D A; 1C1A A; 5J1E A; 1LW0 A; 3P1G A; 4KHU A; 4DG1 A; 2HVH A; 1VSH A; 4MLE A; 3K58 A; 4HVJ A; 2D0A A; 4LSL A; 2NRH A; 5FDL A; 2BE2 A; 4JKB A; 1BOT O; 5AFU H; 4B9Q A; 4LFB K; 1VQO N; 3NVK A; 1EXQ A; 1Z26 A; 1HRH A; 3FFK B; 1EO1 A; 4FL9 A; 1TKX A; 3JYT A; 4DTX A; 1NK0 A; 1VSM A; 5KTQ A; 1GOB A; 3CXC M; 2NNW A; 3K5O A; 5C2F A; 3SPZ A; 3VEW A; 3FZK A; 4M3Y A; 2A5X A; 4CK1 A; 2E2N A; 3CJ9 A; 3R3L A; 3EO3 A; 4AHT A; 3FFI A; 2NLX A; 4X66 K; 2PBD A; 3CCS N; 3BZK A; 4WFA L; 1VRT A; 4NYF A; 2YCH A; 3TAE A; 1EQY A; 4IBN A; 3KIO A; 2FLO A; 3LPU A; 2V7Z A; 3E9O A; 3H6E A; 4FPA A; 2O8F B; 1C1C A; 3T7Z A; 3HPH A; 3OBW A; 4BRA A; 2QWN A; 3TTF A; 2RPI A; 3EEQ A; 1WBD A; 1RDU A; 1DLO A; 3OVN A; 5KI6 A; 4BRF A; 1WLJ A; 4B1X B; 1SUQ A; 3O5B A; 3TAP A; 4M41 A; 3AA4 A; 4DTM A; 1TK0 A; 5LY3 A; 4FXD A; 4DR1 K; 3CM6 A; 3CHW A; 1C0M A; 3HZ6 A; 1BUP A; 3HPO A; 2Q31 A; 1FK9 A; 2DY4 A; 1DT9 A; 1HMV A; 1LAV A; 5GIP A; 5ELZ A; 4F3O A; 3O08 A; 3E66 A; 3AVJ A; 4O0J A; 4AHS A; 3G71 N; 5GAG P; 3ZSX A; 4DSI A; 1QVG M; 4YOT A; 2Q36 A; 3MK6 A; 4CGH A; 2I5J A; 4GW6 A; 5IT9 O; 2FBT A; 3RMC A; 3D2F A; 3VQ4 A; 1JLF A; 3CIP A; 3SQ2 A; 5SWM A; 3QET A; 3THW B; 4FM0 A; 3CPW M; 5E26 A; 1EWR A; 2OZS A; 4BRP A; 2UXC K; 2P9N A; 3K57 A; 1NK4 A; 3ZSV A; 1NK9 A; 5AQG A; 2KKZ A; 5F1X A; 1ZBI A; 4AHC A; 3TAF A; 3VQA A; 4BC3 A; 3OS2 A; 4DV7 K; 2P9P B; 3DYA A; 1ITG A; 3W3D A; 1R59 O; 1OH8 A; 1WSE A; 3WXM B; 5C10 A; 5CZ1 A; 2O8E B; 3MX5 A; 3I0R A; 4CED A; 3AY9 A; 1OH7 A; 4G9Z A; 4HTU A; 4BGA A; 4CJ4 A; 3TAR A; 1IH7 A; 4MFB A; 1C0T A; 4CZL A; 4IO8 A; 2CGJ A; 2FXU A; 3LZI A; 1ATN A; 3MED A; 2I7P A; 4IWV A; 1XNQ K; 4CJT A; 1D9D A; 2CGK A; 1H1V A; 4RW4 A; 1RDA A; 3CJA A; 3HL8 A; 3KZB A; 1Q9Y A; 4N56 A; 3OTO K; 3TWH A; 3S3O A; 3QEI A; 3C65 A; 3CI5 A; 5H1S Q; 2PYJ A; 5FRM A; 2AJQ A; 4NCA A; 2IC3 A; 4V19 S; 1VSK A; 4FJI A; 4BR0 A; 3A5M C; 4JI6 K; 3N4Q A; 2VGN A; 1I3A A; 4OVL A; 4H0X B; 3U8X A; 5GAE P; 3VN5 A; 3PLA A; 2ITM A; 1X9W A; 3ULE A; 4CD1 A; 3OYM A; 1YXQ A; 4BC2 A; 1KQS M; 4H8K A; 5HRP A; 1JLG A; 5J2N A; 3F2K A; 4YFU A; 3RR7 A; 3LAK A; 5AQL A; 1QQC A; 1S3X A; 4B8C A; 4A2A A; 4CZK A; 3ZSO A; 4K8Z A; 1IV0 A; 3BDP A; 4IZ9 A; 4BC4 A; 1S1X A; 4AF1 A; 5I3U A; 1CZB A; 3ZT0 A; 3C94 A; 3THX A; 2JLE A; 1JLA A; 1SL1 A; 3ZSQ A; 2V7Y A; 2GTD A; 2O8F A; 1CLQ A; 1S9E A; 1VSF A; 2HBM A; 4C8O A; 4OPH A; 4A5B A; 5MLC Q; 4CEO A; 1S22 A; 2IGI A; 3VTH A; 2UUC K; 4CZE A; 3RMD A; 4JI5 K; 1J53 A; 4GV9 A; 4IEI A; 3J81 O; 3U4L A; 3HST B; 4BRQ A; 4H5T A; 4NXN K; 3VGM A; 3V1Q A; 3CFP A; 2J4R A; 3J8A A; 4UQG A; 3SYZ A; 4B3T K; 3IDH A; 4DV1 K; 2FBV A; 4FW2 A; 3BEX A; 4M3T A; 2W6L A; 1YI2 N; 1TAQ A; 1QE1 A; 3AVB A; 3VOV A; 4HUG A; 2XHB A; 1IBM K; 3D45 A; 3THV A; 5B8H A; 1SKW A; 3K0S A; 3V1R A; 4YHH K; 3LDQ A; 2UU9 K; 2OTJ N; 1RBU A; 3H3O B; 4DLE A; 1RBR A; 2E1Z A; 3WQU A; 3HOT A; 3THW A; 4KTZ A; 1TAU A; 2O8C B; 3PSI A; 4DQ8 A; 4IOC L; 3KD1 E; 1T05 A; 4IJA A; 1WOQ A; 3OYL A; 1GLE G; 2HNZ A; 4DV5 K; 2E6M A; 3HRG A; 1VQN N; 3A2F A; 1SQK A; 3CC4 N; 5BN8 A; 4W5R A; 2OAN A; 1WBB A; 3E01 A; 2PZS A; 4F8R A; 4I6M B; 2P5O A; 1GLJ O; 1N6Q A; 4O0I A; 4KV8 A; 1L3T A; 1RT4 A; 2RN2 A; 3ALY A; 4YOU A; 4F2S A; 1YJ9 N; 4CJE A; 3R6M A; 4J8F A; 2QWQ A; 4OGC A; 1VQK N; 1JLC A; 1NGE A; 2A1R A; 2GX9 A; 4LH5 A; 3PX6 A; 2IVP A; 2VYP A; 4F9O A; 2IS3 A; 4CEC A; 1VQ9 N; 2QWO A; 3U9Z A; 1YHQ N; 4FK2 A; 4GKJ K; 4ELU A; 1HYS A; 2DFH A; 4ZHR A; 3KLG A; 3O3H A; 3UE5 A; 3M8P A; 2O8D A; 3MXI A; 4PL7 A; 4UY8 O; 2IOC A; 1VQ4 N; 2D4W A; 3SCX A; 2BH1 A; 4N5S A; 3VEO A; 3HPG A; 1WSJ A; 4PKI A; 1KLM A; 3R1X A; 3WQT A; 4OJR A; 1BL3 A; 4M3R A; 3VF2 A; 3VES A; 4DSF A; 4QCL A; 1EX4 A; 3KLE A; 2A42 A; 1TL1 A; 2P5G A; 5AFU A; 4LC9 B; 4BGB A; 3U3G A; 3TSU A; 3HK2 A; 4B9S A; 2YNF A; 4CGD A; 3HOS A; 5AQF A; 5LJV A; 1X1P A; 3QNN A; 2EWS A; 1L3S A; 3K59 A; 1IJJ A; 4H5R A; 4LD0 A; 3CCU N; 4LFA K; 1XNR K; 1B92 A; 1YVN A; 3EY1 A; 2ASM A; 4KHS A; 3HBT A; 3SUN A; 1SS6 A; 4CHO A; 3KLH A; 1VSJ A; 4M3Z A; 3ZEU B; 5GIO A; 4CFB A; 1L3V A; 2HND A; 4IFV A; 2BUP A; 3VQ9 A; 3VQ8 A; 4G1Q A; 4BR5 A; 4CBU A; 3SAG A; 4HCC A; 1KAZ A; 2ASO A; 1KXP A; 4K25 A; 3ZX3 A; 4CK3 A; 3UB5 A; 4JHD B; 2P9S A; 4AHR A; 4BR9 A; 3SUO A; 1K73 O; 4DTP A; 4M3W A; 3Q7C A; 4JI7 K; 4J2D A; 3OS1 A; 4EZ9 A; 3MEC A; 3M8R A; 3I8D A; 4FSV A; 3TSQ A; 4CEQ A; 3QEW A; 5KRT A; 4FWK A; 5EX5 A; 3HYF A; 4DQR A; 3ID6 A; 2QI2 A; 3JSM A; 4DU1 A; 1FKO A; 5CY4 A; 2A6A A; 3AV9 A; 4JV5 K; 1VK0 A; 1HPZ A; 4XH4 A; 3KD5 E; 4BE2 A; 1S1W A; 4N47 A; 2UUA K; 1U04 A; 4FM2 A; 3VMF B; 3D7E O; 3T1H K; 3RWU A; 1Z25 A; 2RKI A; 4RG8 A; 1NKE A; 1NK7 A; 5AQQ A; 1RTJ A; 1RBV A; 4FJ5 A; 4C1N K; 2ZJQ L; 3AVA A; 4CJS A; 5M1K A; 4DUZ K; 4GKK K; 4IO9 L; 3MN7 A; 3HT3 A; 1YIT N; 4Z4G A; 4DFP A; 4CEF A; 1VQP N; 4IEE A; 3GBT A; 3LZJ A; 1B9F A; 4E1M A; 1J5O A; 4CFD A; 4CHQ A; 5M1Q A; 5AQV A; 1OVY A; 4CZG A; 5GAH P; 2HMI A; 3SUQ A; 2HHT A; 4IJN A; 4KTW A; 4CIF A; 1VSD A; 1XHX A; 3F9M A; 4EZ6 A; 4JI0 K; 2YHB A; 2XY7 A; 3AVH A; 4KH5 A; 3QEP A; 2QXF A; 2YNI A; 3KKS A; 3CCL N; 1Z05 A; 5M1F A; 1RIL A; 4WFN L; 1XMO K; 3UKU A; 4FLY A; 1U6Z A; 1HUX A; 5EVZ A; 4JS5 A; 3CCV N; 3VA0 A; 2V52 B; 1YJN N; 1NOY A; 4DU3 A; 5BR8 K; 3DLE A; 4MDB A; 1QQM A; 4WFB L; 3CME N; 1HQU A; 4RW7 A; 3RRH A; 1T03 A; 1OVQ A; 4WE1 A; 1YTU A; 2UYT A; 3VEY A; 2FF3 B; 5BRH A; 4W5Q A; 1BIU A; 4EP5 A; 4JI3 K; 1DEJ A; 3LDL A; 1TKZ A; 4MLH A; 2P9I B; 1K6Y A; 1IKY A; 1TUU A; 2XY6 A; 4BR7 A; 3WXL A; 4LF5 K; 2P9N B; 1JKH A; 4LFC K; 5JLF A; 1UA1 A; 3MXM A; 3KWI A; 4B9V A; 3G10 A; 4DS5 A; 1NGF A; 3ZX0 A; 1U45 A; 3MN5 A; 4BRD A; 3O1B A; 3LAN A; 2YKM A; 4FJ8 A; 2CGL A; 4M3U A; 1S6P A; 3AAR A; 3OBY A; 5DM6 L; 1U4B A; 3VGL A; 2W40 A; 1HYZ A; 5CZ2 A; 3RRG A; 1A5W A; 3FE1 A; 3IRX A; 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