4CHOA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords INTEGRASE
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
total genus 52
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4choA00
4OKEA 4AHUA 3OYFA 4JRQA 1BHLA 2WONA 3LWLA 3LZIA 3QNNA 1WSJA 3AVNA 4I9LA 3TAFA 2E6LA 3C6TA 3TARA 3VN5A 4ELVA 4CJUA 3KK2A 3TABA 1Q9YA 1NK8A 1QSSA 4FJIA 4IFYA 1ZYQA 2OPSA 4CJFA 4HUFA 2OPRA 3DOKA 4RG8A 4AHVA 3VQ4A 4CEDA 4FLXA 1ASVA 1IKWA 1BQNA 3KKRA 1LWEA 4CJTA 3AVAA 4CFDA 3K5NA 1JLQA 1L3VA 2HW3A 3PV8A 4GW6A 1EP4A 4KAZA 3HSTB 4KPYA 4CEQA 1U49A 1BISA 1KVBA 1S9EA 3U3YA 3SUPA 2VG5A 4PUOA 3QIOA 4Z4CA 2HHXA 3RMDA 4FLVA 1BGXT 3TAPA 3AV9A 4FK4A 3CM5A 3RR7A 3M8SA 2HMIA 3PX0A 4Z4IA 4EP4A 1ASWA 1RT6A 4C8MA 4YFUA 1NKEA 2FBTA 2IGIA 2RF2A 3OJUA 5J2PA 2BDPA 4OGEA 3MECA 3QEXA 4HUEA 4B8AB 3MEDA 4FZYA 2BANA 5KI6A 4O0IA 4QOZB 1G15A 3LP0A 4ELUA 4H8KA 1S5JA 4TSXA 3KJVA 4DTPA 4B9UA 3TR8A 3VQ5A 3OYGA 4DLEA 3DRPA 1VSEA 3EYZA 1RDAA 3NFAA 4CJ5A 4BE2A 3QESA 2G8HA 4CJWA 3AVJA 1U04A 4KV8A 2QXFA 2G8FA 3V1RA 1Q8IA 2HHWA 3LDSA 3PUFA 2D0CA 1U48A 1RCHA 3M8RA 3ALYA 3P83D 4FJKA 2DY4A 3V9SA 3AVLA 4IG3A 1C0UA 1J53A 3QEPA 2KFNA 1S1UA 4FJXA 1RTHA 4CEFA 2RN2A 3RRGA 4FLUA 4OLAA 4JS5A 1HJRA 3AO2A 4I7FA 4B9MA 2D5RA 3KK3A 1TK8A 1KFDA 2IDOA 4Z0UA 1ZBUA 4DQQA 1FKOA 3VQ8A 1KRPA 3ZSVA 1ASUA 4CGHA 1NKBA 4O0JA 4RW7A 4YNQA 5SWMA 3VQCA 2G8UA 1RT5A 4RW9A 4CFCA 2X74A 4CGJA 3VQPA 4KKOA 3SV4A 4CF9A 3AA5X 1BL3A 4M3TA 4ID5A 3MXIA 4F2RA 2DFFA 3SPYA 4CJEA 2HHSA 3U6FA 1RBTA 3DLEA 3HPOA 3BDPA 1RTDA 1KTQA 1W9HA 4HVJA 3HJFA 3NGIA 2BGGA 4Y1DA 3F73A 1WLJA 3OYCA 3V9UA 5FDLA 4DSEA 4DF4A 4DTUA 2Y1IA 4BDPA 2B5JA 4FJMA 1YTAA 5KRSA 3UIQA 3K5LA 3VA0A 3P5JA 4DQPA 4F2SA 2Z1HA 3ITHA 4J2DA 1U4BA 2F8TA 5C42A 1Q9XA 1HMVA 1TAQA 2Z1JA 4M3UA 5J2MA 1C0TA 4OPJA 1IKXA 3HP6A 4DQIA 1WSEA 2E6MA 3NF7A 4DMNA 3L2VA 3PO5A 3KLIA 2HHVA 4FLTA 4O5BA 1RBUA 3OYBA 3SQ1A 1VSKA 3OYHA 4CIEA 4OGCA 4Z4EA 4FJ7A 3OYLA 3SCXA 2P5GA 4AHCA 4CGDA 3NF6A 5J2QA 3LP3A 4I2QA 4E7LA 1IH7A 3T3FA 2YKNA 4ZTJA 1UA0A 2KZMA 4ZHRA 2XY8A 1C0MA 1HQEA 3O3HA 3K58A 3T1AA 1JXEA 1FXXA 4BWJA 2GUIA 5J2NA 4AH9A 3AVKA 4F8RA 2ATQA 5FRNA 3RR8A 1A5VA 4CK1A 3MAQA 1HYSA 4W5OA 4W5RA 4DTNA 2KQ2A 3LP2A 1LWCA 4CK3A 1SL0A 4KHNA 4O4GA 1RNHA 5CZ2A 4HTUA 4KI4A 3O3GA 3HL8A 4F3TA 1LWFA 3H08A 5DMRA 4DTMA 4B9VA 4KI6A 1I39A 1VSDA 3MXJA 1GOCA 4FM1A 3AO1A 1TAUA 4EP5A 3C94A 4FLYA 4O55A 4KHQA 2D0BA 4CHOA 5HRPA 1D9FA 1XHXA 3MXMA 3E01A 4CIFA 1RDDA 1Z26A 1TGOA 1BI4A 4N47A 3IAYA 2DTUA 3F9KA 4MQ3A 3PO4A 3TWHA 1JLBA 5T7BA 3ZT3A 5HRRA 1NKCA 4F4KA 4KFBA 3A2FA 5KGWA 4CGGA 3OYMA 2IOCA 4DTXA 4C8OA 1RBRA 1S1WA 1BCMA 1VSIA 4Z4GA 1GOBA 3HP9A 3MEEA 3K59A 3AA4A 4DS5A 1LV5A 2XY7A 3TAGA 4ELTA 4BE0A 2PZSA 4IKFA 4FK2A 4B9TA 3WNHA 4AHTA 4LSNA 1HQUA 3C95A 5FROA 2A1RA 3VQBA 4Z4FA 3K5OA 4KTQA 1UWBA 1JKHA 1C6VA 2BE2A 3BGRA 3OYIA 4LH4A 4W5TA 2VG6A 4M45A 4DTRA 3LAKA 3M8QA 1SL1A 2ZQBA 3EZ5A 1WAFA 1KSPA 3SQ4A 4B9SA 5I42A 4M3XA 1VSLA 5HLFA 3ZSWA 1HYVA 4CE9A 3NGZA 1LAVA 4DSIA 3AO4A 4Q5VA 4HCCA 2XHBA 1XI1A 1XC9A 4LY7A 2HVHA 2FBXA 4QAGA 2FBVA 2OA8A 4DG1A 1S1XA 2G8IA 5CYQA 3NF9A 3OYDA 3NCIA 1SKRA 3KLFA 1JLAA 4KO0A 3SNNA 3SZ2A 4DSJA 3I0SA 2LSNA 4CJ4A 3KLGA 1YT3A 4FJGA 4KB0A 3L2QA 2X6SA 3AVGA 3D45A 4LH5A 4C8NA 4W5QA 3L8BA 3NBPA 1QTMA 5SZTA 2XY6A 4E19A 3VQ7A 3ZSYA 1CZ9A 4RW8A 5KTQA 1NK4A 3HT3A 1J5OA 4FCYA 4NCAA 1TL1A 4CJQA 4CF2A 1JXBA 3OYEA 2HB5A 3AVHA 2HNYA 2VWJA 4E89A 3SJJA 4B9LA 2QK9A 4KHYA 2KTQA 3AVCA 3ZSRA 4KREA 3U3GA 1HNVA 1LW0A 3PX6A 1XWLA 1GOAA 4DU3A 4FJ8A 1L5UA 2OZSA 1Z25A 4B9NA 4DFJA 1EKEA 3QNOA 2XRIA 4JLHA 1RTJA 1RT2A 2FBYA 1ZBLA 4J2EA 4AHSA 3IRXA 1RBVA 4CJVA 1VK0A 4FXDA 1TK5A 5D3GA 3L2UA 3S9HA 2NUBA 1L3TA 4CGIA 1B9FA 3AO5A 1SKSA 3HVRA 4E7IA 1KLMA 4WE1A 4HUGA 4KHSA 3QO9A 1TK0A 4LSLA 5DK5A 5KRTA 4E7HA 1JL1A 4CCHA 4F3OA 1TKZA 3KIOA 3KLHA 3EY1A 5HP1A 4FW1A 5FRMA 4K8XA 1EETA 3LANA 3SPZA 2A1SA 1DTTA 4KTZA 4B8CA 3RMBA 3T19A 4CFBA 1N6QA 1NOYA 4E0DA 3HVTA 2HNDA 3KKSA 2YNHA 3NGYA 3DMJA 3OVNA 4NCBA 1HYZA 4RW4A 5CYMA 3ZCMA 3G10A 1C1CA 2PY5A 1TVRA 1VSJA 4KRFA 3WNEA 1ZBFA 1TKTA 1SV5A 4CHPA 4PY5A 1ZBHA 2JGUA 1IKYA 1NJZA 3KD1E 2F96A 2G8WA 2RKIA 3NDKA 1VSHA 1TL3A 1Y97A 2KFZA 4FJHA 2OPPA 3TAQA 1NJWA 1CLQA 1L3SA 2P1JA 3ZT4A 2G8VA 4DTSA 4FZZA 4E1NA 3B6PA 3OYJA 4M3YA 3V1QA 1NK6A 1WSGA 2KW4A 5JS1A 3HPGA 4XIUA 1QHTA 2ZD1A 4CJRA 3LWMA 4DSLA 3OY9A 1S9GA 4HHTA 4Z4HA 5JS2A 4HCBA 3S3MA 3AO3A 4NCGA 2YNFA 3OYAA 2XY5A 3HK2A 3CFOA 1O1WA 3KLEA 1S1VA 4OVLA 3DLRA 3RWUA 4PQUA 1QSLA 2YHAA 1T8EA 1VRUA 2X78A 4DFKA 4FJNA 1NK7A 1RILA 3ZSZA 4DF8A 3SQ2A 3CQ8A 4CHNA 3SQ0A 5K14A 1CXUA 2HHUA 3OJSA 4DU4A 3QERA 4KHUA 1BI4B 3AVMA 5EU7A 1WSIA 5HRNA 4FM2A 4CF1A 4CECA 4E7JA 2JLEA 4LD0A 1R0AA 5HRSA 4N41A 3IG1A 3CYMA 1CXQA 1S1TA 3DLKA 1KVCA 1RT3A 2YHBA 3M8PA 3PX4A 2D0AA 1CZBA 1JLCA 4OJRA 4N56A 3NH2A 3D0PA 4N76A 3V4IA 3ZT1A 4B3OA 3O3FA 4CJPA 2YNIA 4BWMA 1DLOA 3NAEA 2R7YA 3THVA 1J54A 3QLHA 3B6OA 2OPQA 4BE1A 1BCOA 1TKXA 1S6QA 2QKKA 1BIUA 4CF8A 3I8DA 4CHQA 1LAWA 4H4OA 2OYQA 1X9MA 3RTVA 1T7PA 2DFEA 1VSFA 2O4IA 2G8KA 2QKBA 1REVA 1BIZA 3AVFA 4H4MA 1KLNA 1ITGA 3L3UA 2EX3A 3ZSQA 4CJ3A 2VWKA 4CGFA 3V6DA 1SKWA 1XHZA 4DTJA 2RPIA 3JSMA 4M3ZA 2I5JA 4IFVA 2W42A 4K8ZA 1BQMA 4DLGA 5J1EA 4DSKA 3LALA 1RTIA 1KCFA 3DLHA 5HBMA 4M3WA 2HVIA 3QEVA 2XO7A 4IBNA 4BACA 4M42A 1QE1A 1EXQA 1RDBA 1RBSA 1FK9A 1U45A 4FJ5A 3HO1A 4L8RB 4BDYA 4IDKA 4DFMA 3SI6A 3S3OA 2HHTA 2YKMA 3ZSXA 5E41A 2X6NA 3OYNA 3JYTA 3ZT2A 3RMAA 1NK5A 3O4QA 4O44A 3DI6A 4IG0A 4E7KA 4KHWA 1TV6A 1SL2A 4FYDA 3SUQA 2Z1GA 1QS4A 3QEWA 1KFSA 3CG7A 3RMCA 4DS4A 1LW2A 1WAJA 2GV9A 2WOMA 2KZZA 4OKKA 1JLGA 5CY4A 4M41A 3SYZA 3V9XA 1KVAA 4AHRA 3AVBA 1WSHA 2P51A 1RT1A 3OS0A 3KTQA 4CIGA 3V81A 1UOCA 3G0ZA 4R5PA 3SUNA 4W5NA 1N5YA 4PWDA 1UA1A 1SUQA 3K2PA 4FM0A 1J9AA 4J2BA 3HM9A 4NYNA 3PY8A 1RDCA 1UAXA 1YVUA 4FJLA 4ZTFA 3AA2A 3LPUA 1HNIA 1MU2A 3QEIA 3AVIA 5C24A 1F21A 1HPZA 4I2PA 4C8KA 1QQCA 4KB1A 3ISNC 4DQRA 4EZ6A 1JLEA 4CJLA 4E3SA 4CHZA 1IG9A 3LZJA 1D5AA 1JL2A 4Y1CA 3DLGA 4FW2A 1C1BA 3OYKA 4JRPA 4DFPA 1VSMA 1T03A 4FVMA 1RT4A 5CZ1A 1IO2A 1L3UA 3C6UA 4NYFA 1JLFA 2ITGA 3QETA 4RW6A 4CJSA 1RT7A 4AILC 1IKVA 1B92A 2DFHA 2E4LA 1DTQA 1FKPA 2HNZA 3VQ9A 4B08A 5C25A 3SV3A 3RRHA 1VRTA 1K6YA 2B6AA 3MEGA 3WNFA 3NH0A 1HRHA 4CF0A 3VQQA 4FJJA 3NHGA 4CERA 3S3NA 2ETJA 3DRRA 3O4NA 3SUOA 3TI0A 1NJYA 1D9DA 3HYFA 4CESA 2O4GA 2EHGA 1X1PA 4FK0A 3L2WA 1A5XA 3DYAA 3LPTA 3HXMA 5HROA 1TKDA 3K57A 4DWIA 4CFAA 4FLZA 1NK9A 4FZXC 4J2AA 2HHQA 3NF8A 2PYLA 2VG7A 3LAMA 5KGXA 3VQAA 4CJKA 3NE6A 4UQGA 2FC0A 3V1OA 1WNSA 4JS4A 3V9ZA 1B9DA 2P5OA 4OKJA 4CHYA 1X9SA 2IS3A 4GMJB 1C1AA 4MFBA 1S6PA 3ZT0A 3VQDA 4E1MA 4N5SA 4G1QA 3AA3A 3DRSA 3VA3A 4DTOA 3KK1A 2AJQA 4I9QA 3DOLA 2F8SA 4CEAA 3QIPA 3L2RA 2Z1IA 4PA1A 1WSFA 2PYJA 1NOZA 1EX4A 4CEOA 3DM2A 3QINA 3WNGA 2Q3SA 2Y1JA 3OS1A 3CFPA 1U47A 2B4JA 2OZMA 4KTWA 3VQEA 5I3UA 3TAMA 4CK2A 4CEBA 3P1GA 4EZ9A 3IS9A 4FJ9A 1T05A 4Q0BA 3OS2A 3DLBA 3CM6A 4M3RA 1D8YA 4OPKA 3HPHA 3KD5E 3TAEA 4C8LA 1I3AA 3TANA 3K5MA 4DU1A 4OLBA 4BDZA 2GBZA 3I0RA 3ASMA 4CEZA 3NH1A 1W0HA 3LP1A 3FFIA 1A5WA 4ID1A 1QSYA 1YTUA 3VQ6A 2YNGA 3L3VA 1X9WA 3CFRA 3ULDA 2ZE2A 2IC3A 4GVMA 1NJXA 4CEEA 4DSFA 1ZBIA 4QCLA 1WN7A 4DQSA 3V9WA 4FLWA 1NK0A 4ICLA 3ZSOA 2IAJA 2YV0X
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3UKRA 2ITMA 4JRQA 3LWLA 5HL7L 4R79A 3QNNA 3C6TA 5AQUA 4G9ZA 4LFAK 2NNWA 4CJUA 4GVEA 1NK8A 4JKFA 4CJFA 3RSEB 4FWPA 4LF8K 3DOKA 4RG8A 3FR0A 2O8BB 1IKWA 1SAZA 3KKRA 3O9UA 1LWEA 3AVAA 4CFDA 1ATNA 1XUPO 1EP4A 1J6ZA 5AQZA 1NWKA 4KHPK 1YHQN 5ADXA 1BISA 1KVBA 3NVMA 4PUOA 4LF5K 4M7XA 4Z4CA 4K0KK 3AV9A 4H5NA 3CM5A 2HMIA 5GADP 1NGCA 4YFUA 2IGIA 3OJUA 3THXA 3A5MC 4HUEA 1OH6A 3MEDA 2BANA 1HPMA 1G15A 4H8KA 5GIPA 4GNIA 2ZWHA 1YJNN 1Y64A 3CCVN 2QXFA 4JI5K 4BG9A 3LDSA 1NGJA 1K73O 3BF3A 3O5BA 3MMVA 5AQHA 2RHKA 4FJXA 1RTHA 4CEFA 4OLAA 1HJRA 3QFPA 1KFDA 4PKGA 3T7ZA 1BO5O 4A57A 2NRHA 1MA9B 3ZSVA 5BN8A 4O0JA 3CC2N 2OTJN 4BRAA 5M1NA 1HKBA 4YNQA 1RT5A 2X74A 1I94K 3MXIA 5BRFA 3IFRA 3ULEB 3IKMA 3HPOA 1RTDA 4I6MA 4IO8A 1ZBSA 3H6EA 4DSEA 5FDLA 3THWB 1YJ9N 3VMFB 3P5JA 4B1XB 2ASOA 2YHWA 2Z1HA 3ITHA 3C6AA 1YTUA 5J2MA 2GUPA 1IKXA 3HP6A 3NF7A 3M1FA 1U6ZA 4DMNA 3M3ZA 5AQJA 4FLTA 4CD1A 1VQNN 1RBUA 3K0SA 4EIAA 3OYHA 4CIEA 1QQOA 4OGCA 3C65A 1HLUA 1YITN 4AHCA 3LP3A 1UA0A 3A0IX 3N4QA 4BWJA 1YI2N 3AVKA 2P9KA 3RR8A 3MAQA 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5KQDA 4FJNA 4IZ9A 2A5XA 4CHNA 3SQ0A 2HHUA 5M1KA 1NJIO 5EU7A 5HRNA 1NBWA 3IG1A 3M8PA 3DJCA 3PX4A 2D0AA 4OJRA 3NH2A 3V4IA 3VF4A 3ZT1A 3O3FA 4CJPA 3LDLA 2QI2A 3NAEA 2R7YA 1J54A 3QLHA 1Q86O 1S6QA 2QKKA 1BIUA 2YI1A 4CF8A 3I8DA 1VQMN 4CHQA 2OYQA 1YAGA 4H4OA 2HBMA 1REVA 3AVFA 2ZJPL 5AQFA 3L3UA 3JXUA 3TSQA 4XH1A 2OTLN 3V6DA 1EQYA 1SKWA 1XHZA 4DTJA 5FPEA 2E2QA 2I5JA 4K8ZA 4JI2K 4DLGA 2O8DA 1KCFA 3QEVA 4IBNA 3WQTA 3BP8A 1W2BM 1G99A 1RDBA 4IXCA 1VAZA 1FK9A 1U45A 4DFMA 4FSVA 4JI4K 2P9IA 3ZSXA 2X6NA 3JYTA 3CCSN 4IJNA 1MWMA 3O4QA 2GELA 4O44A 4IG0A 1TV6A 1SL2A 3D2FA 2FSNA 3CG7A 1T6DA 2GV9A 4OKKA 4M41A 3V9XA 1V4SA 1ESVA 2HOEA 2GWJA 4JKEA 3V81A 4W5NA 2CGLA 3A5LC 1UA1A 4J2BA 3HM9A 4NYNA 1LOTB 3AA2A 3ENOA 1VQ7N 3BZCA 5BPMA 3CERA 4I2PA 4C8KA 2HBLA 3JS6A 3ISNC 4CJLA 4E3SA 1IG9A 1D5AA 4DFPA 1C1BA 3CJBA 5C15A 1IO2A 3CPWM 3QETA 1IKVA 3CCJN 1FKPA 5C0YA 2B6AA 2E2PA 3LDOA 3PIPL 4FWLA 3SAHA 1HRHA 4FJJA 2ETJA 3DRRA 3HZ6A 4CESA 2O4GA 4CW7B 1X1PA 4FK0A 3L2WA 2P9NA 2WC9A 1TKDA 3K57A 2HHQA 4FLZA 3MWPA 2VG7A 3LAMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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