4CHOA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 52
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4choA00
2FC0A 1ZBUA 1U4BA 4DTPA 4KI6A 1RT6A 4C8MA 2OPRA 3SQ2A 4FZXC 4DSJA 4CF0A 4W5OA 1IKXA 4NYNA 3OYFA 3AA5X 1NOYA 4ELTA 2KFZA 2B6AA 4MQ3A 1C1BA 5KRTA 2OPPA 4PUOA 4Z4EA 1WN7A 4C8OA 2X6NA 3QLHA 1O1WA 4G1QA 3VQ5A 4CK3A 1C6VA 3WNHA 3MECA 4RW9A 3ZSVA 3OJSA 3VA0A 1GOAA 2IS3A 3AVHA 3I8DA 3VQ8A 4DG1A 1WSGA 3MEDA 3ZT0A 1C0MA 4CFCA 3MXMA 1B92A 3S3NA 1NJXA 4KPYA 3K5NA 4CFAA 2HVHA 3AVBA 3LALA 4FM0A 3D45A 4CEFA 4I7FA 4N76A 1I39A 4IG0A 2BE2A 1EETA 1K6YA 2RPIA 3DRRA 3KJVA 4DFKA 4K8ZA 4RW7A 1Z25A 2Z1HA 4E7HA 1MU2A 3QINA 4DQQA 2G8IA 1JLAA 5SWMA 3OYCA 3TAGA 4F3OA 4E7LA 1RBSA 3LP0A 1TK8A 1CZBA 3ITHA 3EYZA 3C6UA 4CJRA 4ZTJA 4CGGA 4DSKA 3L2VA 1WAFA 3EZ5A 3ZCMA 3OYEA 1HYSA 2RN2A 3AVLA 3C6TA 4E7IA 4KAZA 1RT3A 1VSLA 4CESA 4I2PA 2HNYA 4FJ7A 5KRSA 1WSFA 4CJKA 4OPJA 4M3UA 4ZTFA 2Y1IA 4E7JA 3DLKA 3CM5A 4RG8A 3DLRA 4N47A 5J2MA 4RW4A 1KFDA 2D0AA 3S9HA 3QEPA 1U48A 1SKRA 1HQUA 3OJUA 4W5NA 1BIZA 1VSFA 3I0RA 1RCHA 4N56A 1I3AA 3DRPA 4FM2A 4FJ8A 1QE1A 3HYFA 3NF7A 1D9FA 2QXFA 1TL3A 2KZMA 1VK0A 1S9EA 4M41A 3L2WA 1RDDA 3NH0A 4BDPA 1RBUA 4DSIA 4B9NA 1JKHA 4M3ZA 5J2QA 3HJFA 2D5RA 4Y1DA 2ZE2A 4KRFA 2OPQA 1NK4A 3ZT3A 4FJMA 1RT4A 4Z4HA 1SUQA 3AVAA 3LZJA 3CG7A 3AO3A 2F8TA 4CHYA 3H08A 1VRTA 3P83D 1X9WA 4XIUA 4JS4A 4DFMA 1WSJA 1KSPA 4NCAA 4KI4A 3DI6A 1LWCA 2WOMA 3LP1A 4OGEA 3SI6A 3DLEA 4DQPA 3VQ7A 2HW3A 1VSIA 1HYVA 1JLBA 3V4IA 3V9UA 1VSKA 3DRSA 3AVGA 1ASWA 3NF9A 1KLNA 2HMIA 1YTUA 1LWEA 3CQ8A 1WLJA 4DU4A 1JLEA 1L3UA 4FLXA 4DS4A 2F96A 4O44A 4ICLA 4J2EA 4PQUA 1TAUA 1A5WA 3ZT2A 4MFBA 4PY5A 2BGGA 1KVCA 1LWFA 3LP2A 3VQ9A 3BDPA 4CJTA 4FLWA 3C94A 1RT5A 3V9SA 4KB1A 3NH2A 2P51A 3KK2A 3HM9A 1D8YA 1ZBIA 1RDCA 3QO9A 2G8UA 4FLUA 3O4QA 3K5LA 1L3SA 1TGOA 4Z0UA 3HVRA 4DLEA 3VQ6A 2DTUA 3HPOA 4PA1A 1ASUA 1D5AA 3CFPA 4FJHA 3PO4A 3HP6A 4DFJA 4AHTA 4FLYA 4FJGA 5J1EA 3T19A 3LDSA 5HRSA 3SV3A 3KK1A 3QNOA 3PO5A 3DOKA 4E1NA 1HRHA 2G8HA 1HQEA 3JSMA 3NGYA 4CJ5A 3KIOA 4E89A 3NH1A 2YNFA 2YNGA 2G8FA 2D0CA 2VWKA 2G8WA 4F4KA 1NKEA 4CJFA 3SJJA 3WNGA 2IOCA 1C1AA 1JL2A 1KTQA 3NE6A 4KB0A 1IKYA 3RWUA 2KTQA 5CY4A 4CK2A 3PV8A 2LSNA 2P1JA 1RNHA 1CXUA 3AO1A 2FBVA 5EU7A 4CGJA 2Z1GA 4C8LA 2HHUA 1RT7A 1TL1A 4DF8A 1CZ9A 3HVTA 3OYKA 1BIUA 3DLBA 3VQPA 2IDOA 1C1CA 3NFAA 1KCFA 1S6PA 4B08A 4AH9A 1XHZA 2YHBA 1KFSA 1ZBHA 2DFFA 2GUIA 1QTMA 4DTNA 4K8XA 3TWHA 4NCGA 4CHNA 3TAEA 4CHQA 1S1UA 4FLZA 1RTDA 2YV0X 4M3YA 3OYJA 4CIFA 3KLFA 1UAXA 4CFBA 4J2DA 2KQ2A 1Q9XA 2HB5A 2E4LA 3QETA 3TARA 1S5JA 1S9GA 3NCIA 4JS5A 1WAJA 2IC3A 4DQRA 1ITGA 4RW6A 3QIPA 4AILC 4I9LA 5SZTA 4B8CA 4BACA 2Y1JA 3MAQA 1J5OA 3B6PA 3BGRA 4TSXA 3IAYA 1NKBA 4FJXA 4CJEA 4GMJB 1X1PA 4CJPA 2BANA 3HT3A 3TANA 1VSJA 4DWIA 4OPKA 2VG5A 4LH4A 4FJNA 4M3TA 4LH5A 4DTSA 5C42A 3RRHA 3AVCA 2RF2A 3AVKA 3QEIA 3QEXA 3SUQA 4C8KA 2HVIA 3L8BA 3SUNA 1BHLA 1S6QA 1RDAA 1L3VA 3HSTB 3ZSYA 3MXJA 2Z1JA 3LANA 3KK3A 4DU3A 4DTUA 3RR8A 1T05A 2R7YA 1EP4A 1TAQA 4DF4A 3ZSXA 1IO2A 2W42A 2HNDA 2E6LA 4ID1A 2EHGA 2HHTA 3VQDA 3OYBA 1XI1A 1T7PA 1Q9YA 2VWJA 4BE2A 4NCBA 1QQCA 4FM1A 1BCOA 3SNNA 1BGXT 4HUFA 3NGIA 4DFPA 3MEEA 4DQIA 3VQAA 1VSMA 3SUOA 2HHVA 3NHGA 4CEEA 2ZQBA 1J53A 4LY7A 3SZ2A 3PX0A 3OYLA 2XY5A 2FBYA 3U3YA 1KRPA 3LPUA 3NAEA 4AHCA 4KHNA 4FW1A 2HHQA 3KLEA 3S3MA 4CF9A 2GBZA 3AA2A 3TI0A 1R0AA 1EKEA 1Z26A 3AA3A 3M8SA 1SKWA 1UWBA 2Q3SA 2X74A 5E41A 3M8PA 3O3FA 3O3HA 4NYFA 3NDKA 3AA4A 3PX6A 4KHWA 4O5BA 1QHTA 4B9VA 2OPSA 3L2RA 4FCYA 2G8KA 1XWLA 1Y97A 1LAVA 4DSEA 5I42A 1YTAA 1JLGA 4L8RB 2JGUA 3PX4A 3DYAA 1NK5A 4HVJA 4KKOA 1F21A 3K2PA 4QCLA 1S1TA 1JLFA 4OGCA 4QAGA 3TAQA 4RW8A 3V1OA 3ULDA 1D9DA 4FZYA 4KHUA 2HHWA 1N6QA 1JLQA 3K59A 1REVA 3SQ1A 4FK0A 4R5PA 3TAFA 3QEVA 2IAJA 4FK2A 3TR8A 3U3GA 4BDYA 4CJ4A 4F2SA 3P5JA 4OKJA 2XRIA 1U04A 3MXIA 1BI4B 4KFBA 4HTUA 1VSEA 3SPZA 1BQMA 3OYMA 1NK7A 5C24A 4B8AB 2WONA 4JLHA 5FDLA 1IG9A 5D3GA 2E6MA 3U6FA 2KFNA 4KO0A 4FLVA 1SL2A 5FRNA 2X78A 3AVNA 4F8RA 4B3OA 3LZIA 3D0PA 3F73A 1Q8IA 5J2NA 4LD0A 3A2FA 1JL1A 5DK5A 3SPYA 4Q0BA 3B6OA 5DMRA 4CGDA 3QERA 2QK9A 5KI6A 4EP4A 3V9ZA 2XY6A 4E7KA 3ZT1A 4FLTA 5HP1A 1LV5A 3VQ4A 4FZZA 1JLCA 4AHUA 3AV9A 1TK5A 3RMAA 1GOBA 2HNZA 4CF2A 4CJ3A 5C25A 3OY9A 3V9WA 1BI4A 4EP5A 4CHZA 3K57A 1J54A 3NF6A 3HO1A 3ZSOA 1NK6A 1FK9A 2YNHA 1DTTA 3THVA 2QKBA 4B9SA 2KW4A 4M3WA 3C95A 3OS0A 4Z4GA 1SV5A 4BE0A 3V6DA 1FKOA 2VG7A 3O3GA 2P5OA 1FKPA 3VQCA 5JS2A 5HLFA 2YKNA 1RBTA 2DFHA 3MEGA 4CJWA 4DTOA 4FJKA 4KHYA 4AHRA 2ATQA 3JYTA 2I5JA 3OYHA 4FYDA 3IG1A 4E0DA 3ASMA 1HMVA 4IBNA 3L2QA 3QIOA 3DOLA 4QOZB 4OJRA 1CLQA 1RTHA 3AVJA 3RR7A 2EX3A 4F2RA 4HUGA 1VSHA 1VRUA 2A1RA 4W5QA 1RBRA 3KKSA 3AVIA 4M3XA 3QESA 4CGHA 2FBTA 4ELUA 4AHVA 4FXDA 1BCMA 2B5JA 3HL8A 1RT2A 3LAMA 3LP3A 2F8SA 1QSSA 3AO5A 1DTQA 4IFYA 4OLAA 4OVLA 4O55A 3OYGA 4M3RA 3ZSWA 4IG3A 4CHPA 1HPZA 2PYLA 2KZZA 2OZSA 1C0TA 1WNSA 2PZSA 1QS4A 2O4GA 3VQEA 4YNQA 3LWLA 4IKFA 1CXQA 1XHXA 4GW6A 4PWDA 2OZMA 1WSEA 1W9HA 3DMJA 1KLMA 3VQBA 1YT3A 2DFEA 3OYDA 4DTXA 2DY4A 1FXXA 1RTIA 3FFIA 2JLEA 3ZSQA 4CJSA 5HRNA 4CE9A 3K58A 1N5YA 2OA8A 4DSLA 4HCBA 3SCXA 1U45A 4FJIA 1TVRA 4M45A 4N5SA 2NUBA 4DSFA 3CYMA 3RMBA 4BE1A 1RILA 4BDZA 2PYJA 5CZ1A 3TAMA 5HRRA 4CERA 3OS1A 3SUPA 1LW0A 5FRMA 1RDBA 1WSIA 1NKCA 1T8EA 3OYNA 4GVMA 1VSDA 5HBMA 4CF8A 1RT1A 3CFRA 4JRQA 3NGZA 5KTQA 1SL0A 3CM6A 2BDPA 2GV9A 4KHQA 1S1WA 1YVUA 3WNFA 3HP9A 4CHOA 1HJRA 3OYAA 3RTVA 3LPTA 4LSLA 4CEZA 3VQQA 4Y1CA 1IKVA 4BWMA 3HXMA 4DLGA 3NBPA 1B9DA 5KGWA 3HPGA 4O4GA 4FW2A 5HROA 1DLOA 4CEAA 3VA3A 4E3SA 4J2AA 2O4IA 2AJQA 2XY8A 1NJZA 3PUFA 5CYQA 5KGXA 3K5OA 5T7BA 4ZHRA 3ISNC 1ZYQA 4UQGA 4KTQA 1J9AA 4B9UA 4H4OA 1W0HA 2HHSA 2PY5A 3PY8A 4KTZA 2G8VA 4O0JA 2Z1IA 4H8KA 3VN5A 3SQ4A 4FJ5A 1BQNA 1TKXA 3L3UA 1KVAA 1C0UA 5J2PA 4CJLA 4HCCA 4B9MA 1TKTA 1X9SA 1EX4A 4CEQA 3DLGA 1UOCA 5K14A 4YFUA 4FJLA 1S1VA 1TV6A 1TKZA 4DTRA 4N41A 4OLBA 3P1GA 3LAKA 3ZSZA 3T1AA 3CFOA 4CF1A 3OS2A 1RBVA 2VG6A 4DS5A 2RKIA 4HHTA 3AVFA 4KTWA 1NK8A 1QSYA 4DTJA 4CGFA 4WE1A 1IKWA 4DMNA 4FVMA 2YNIA 4KREA 4CECA 4F3TA 3M8RA 1HNIA 1HYZA 1S1XA 3LWMA 1LAWA 3KKRA 3K5MA 1UA0A 4I2QA 3AO4A 3E01A 1WSHA 2YHAA 4IDKA 4KV8A 4OKEA 4CJUA 4CEDA 3L2UA 4H4MA 3V1QA 3KLIA 3EY1A 2X6SA 2XY7A 1T03A 3I0SA 4Z4FA 3AO2A 4CCHA 4O0IA 3OVNA 3L3VA 1BL3A 4FJJA 2YKMA 1UA1A 1L5UA 4E1MA 3RRGA 2FBXA 3TABA 3ALYA 1TK0A 4CK1A 3KD5E 4ELVA 3HPHA 4CEOA 3V81A 3ZSRA 4Q5VA 1GOCA 3V1RA 1XC9A 4LSNA 2ETJA 4HUEA 4Z4CA 4W5RA 2HHXA 3QEWA 3T3FA 2D0BA 4DTMA 4KHSA 1KVBA 3M8QA 1IH7A 1ASVA 1B9FA 2ITGA 4B9TA 4Z4IA 3HK2A 4EZ9A 4I9QA 3F9KA 3KLHA 1JXEA 1ZBFA 2OYQA 3WNEA 3AVMA 3OYIA 3SQ0A 1JXBA 3O4NA 1SKSA 4CIGA 4DQSA 1U49A 4AHSA 4W5TA 1SL1A 3IRXA 3ZT4A 5HRPA 3SYZA 4J2BA 4JRPA 3DLHA 5I3UA 4CJQA 4FJ9A 4OKKA 3S3OA 1NJYA 4B9LA 2ZD1A 4E19A 1NK9A 4FK4A 4DU1A 3KTQA 1TKDA 1EXQA 1NOZA 3SV4A 3V9XA 1ZBLA 1A5XA 3DM2A 5CZ2A 4BWJA 1RTJA 4CFDA 1U47A 2QKKA 3IS9A 2XO7A 2P5GA 1A5VA 3TAPA 2B4JA 5CYMA 4CEBA 5JS1A 1L3TA 1LW2A 2XHBA 3KD1E 2A1SA 1HNVA 3KLGA 4M42A 2IGIA 3G0ZA 1X9MA 4CIEA 1NJWA 1G15A 3QNNA 3NF8A 4ID5A 4IFVA 1QSLA 1NK0A 3UIQA 4C8NA 4CJVA 3RMDA 3G10A 4CGIA 5FROA 1BISA 4EZ6A 3RMCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FC0A 1HPMA 3UKUB 4KI6A 3SQ2A 1HNWK 1NGEA 3OYFA 5AZIA 1NOYA 4MQ3A 1C1BA 5KRTA 4OO1J 4C8OA 2ZM6K 2X6NA 1C6VA 2F4VK 4RW9A 1GOAA 2IS3A 4FWKA 3I8DA 4KHWA 3S3NA 4CFCA 4KPYA 3K5NA 2NRRA 3C7NB 4K41A 4CEFA 1MDUB 2BE2A 1EETA 1K6YA 4O5FA 4RW7A 5KPTA 3ATVA 1GLDG 1MU2A 3UKUA 5SWMA 3TAGA 2P9SB 3B8AX 1CZBA 3ITHA 3J80O 4CJRA 4G9ZA 4DB3A 4DSKA 3EZ5A 1DGKN 4NXMK 5BRDA 1R59O 5AQHA 4CESA 1EWRA 1E3MA 3IKMA 4OPJA 3WQTA 4RG8A 4BR0A 5J2MA 3S9HA 1KFDA 1HQUA 1BIZA 3I0RA 4N56A 3DRPA 1QE1A 4M7YA 2QXFA 1VK0A 4IOXA 4IEEA 5J2QA 4Y1DA 2P9SA 2OPQA 5FLXO 4FJMA 4RCHA 4JI1K 1VAZA 3GBTA 1BO5O 1VRTA 2ZJRL 5JLFA 4X66K 4JS4A 2ZJQL 4DFMA 4EHTA 4KI4A 3DI6A 4OGEA 1ZXOA 4DQPA 3SI6A 3DLEA 1VSIA 3AVGA 3TSUA 4BR9A 1ASWA 2HMIA 4H5NA 3HZ6A 1C0FA 4PQUA 2QEXN 4B3SK 1KVCA 3I55N 3LP2A 3V9SA 1RT5A 5LMUK 5F0XA 3HM9A 2IIRA 2W41A 3ENBA 1L3SA 1QQOA 3VQ6A 4BRIA 4KBOA 4JN4A 1YJNN 3PO4A 4DFJA 3UKRB 2O8FB 3LDSA 4FPAA 3KK1A 3PO5A 5AQZA 3F5TA 4E89A 3G6EN 2D0CA 1NKEA 1JL2A 3RVCA 4CK2A 1VQON 4DV4K 2LSNA 2P1JA 2VQFK 4JKDA 2FBVA 4CGJA 1NGDA 2Z1GA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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