The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
118
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structure length |
118
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Chain Sequence |
RREDRTARHVRIRKKVEGTPERPRLCVFRSNKHLYVQVIDDTKMHTLAAASTMQKAISENIDYSAGPTVEVAQKIGEMIAKSCLEKGITKVAFDRGGYPYHGRVKALADAAREHGLVF
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
Cryo-EM structure of the spinach chloroplast ribosome reveals the location of plastid-specific ribosomal proteins and extensions.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
23S ribosomal RNA, chloroplastic
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| total genus |
25
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| structure length |
118
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| sequence length |
118
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-12-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| Q | PF00861 | Ribosomal_L18p | Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VQ7 N; 3I56 N; 5H1S Q; 3OW2 M; 2OTL N; 1YI2 N; 3CME N; 3G6E N; 4IO9 L; 4WFN L; 2QA4 N; 3CCJ N; 1K9M O; 1VQP N; 1QVF M; 1QVG M; 1ILY A; 1VQK N; 1Q81 O; 1JJ2 M; 1W2B M; 1K73 O; 3CCS N; 1Q7Y O; 2ZJP L; 3CCM N; 3DLL L; 3I55 N; 3CCR N; 3CCV N; 3CC7 N; 5GAH P; 1K8A O; 3G4S N; 5JVH L; 1KD1 O; 5GAD P; 5DM6 L; 5GAE P; 1N8R O; 2QEX N; 3CF5 L; 1YJ9 N; 4WF9 L; 1VQ5 N; 2ZJR L; 1KC8 O; 1YHQ N; 1M1K O; 3CC2 N; 3CCU N; 3PIO L; 3CC4 N; 1VQO N; 4WFA L; 4IOC L; 3G71 N; 3CCE N; 4UY8 O; 2OTJ N; 1VQ8 N; 3CCL N; 4U67 L; 1VQL N; 3CPW M; 1Q86 O; 1OVY A; 1YJW N; 3J7Z O; 1VQN N; 1NJI O; 1Q82 O; 5DM7 L; 1KQS M; 3CCQ N; 1VQM N; 2ZJQ L; 1S72 N; 1M90 O; 3CMA N; 4WFB L; 3CXC M; 5MLC Q; 5JVG L; 1YJN N; 4IOA L; 4WCE L; 1YIJ N; 3PIP L; 1YIT N; 1VQ9 N; 3CD6 N; 5HL7 L; 5GAG P; 1VQ4 N; 1VQ6 N; #chains in the Genus database with same CATH topology 4LF7 K; 2A3Z A; 4DTX A; 4FJ9 A; 4OGC A; 4FM1 A; 4DR5 K; 5FPN A; 3SJH A; 3UE5 A; 1T6C A; 2HMP A; 3S41 A; 1HJO A; 2YI1 A; 1U6Z A; 2KW4 A; 4NCG A; 1NGH A; 4CEE A; 1XI1 A; 4MO4 A; 2P1J A; 4FK2 A; 3EY1 A; 4OJR A; 3OYJ A; 4B3S K; 3KTQ A; 2F4V K; 1VRU A; 4O5B A; 4FLU A; 3D7E O; 4RTF D; 1WOQ A; 5AZJ B; 3SMP A; 5CZ1 A; 1QQN A; 1RTJ A; 3RMD A; 2ASP A; 4CZM A; 4PL8 A; 1TL1 A; 4PKH A; 2G8V A; 1U2V B; 4B3T K; 2UUB K; 1JLB A; 1VAZ A; 3ENB A; 2Y1I A; 1YJ9 N; 1DT9 A; 3GOI A; 1VSF A; 3ZSW A; 4ELT A; 4PY5 A; 3AVH A; 5F2R A; 1TK0 A; 4BVO A; 3DLG A; 5LL6 Z; 1ZYQ A; 2H3G X; 4DV4 K; 4DF8 A; 1ZBI A; 3G71 N; 1T05 A; 4FLZ A; 3GG4 A; 1GLD G; 2QWQ A; 2QTD A; 2EHG A; 5M1F A; 2FC0 A; 1IBL K; 1U47 A; 3H3N O; 4LSL A; 3VEV A; 4WQ5 A; 1KLN A; 1N34 K; 3F9M A; 4H4M A; 3AAQ A; 4YOT A; 5K14 A; 3VEY A; 4OKJ A; 4H5N A; 3K5L A; 2YJF A; 3QET A; 1C1C A; 5E26 A; 5ADX H; 3B6P A; 5BRD A; 2F9T A; 3DXM B; 3VEN A; 4DFP A; 3QNN A; 3SPZ A; 4N41 A; 3NVM A; 1MWK A; 1TYQ A; 4BC4 A; 1X1P A; 3WXK A; 3KIO A; 1BI4 A; 4IOA L; 1TUU A; 1BQM A; 4C1N K; 1NGD A; 2R7Y A; 1S5J A; 1S1U A; 2G8W A; 1HKC A; 4IO8 A; 1YIT N; 1L5U A; 1NK7 A; 1NK0 A; 2PZS A; 3KLF A; 4PQU A; 4DQQ A; 1K8K A; 1CZA N; 3KWI A; 4DB3 A; 1IH7 A; 1YI2 N; 3VTH A; 4J2B A; 1ATS A; 4C1N I; 4JHD B; 2KZM A; 3SUO A; 3TU5 A; 4BAC A; 4LC9 B; 1VQP N; 1YTA A; 3SQ1 A; 2FXU A; 1QVG M; 4JKC A; 1ZBL A; 1TK8 A; 5CHI A; 5CZ2 A; 2ASM A; 1GOB A; 4JI4 K; 1YUW A; 2A6A A; 3AO1 A; 2D0P A; 2O4I A; 3BF3 A; 5AQR A; 2QK9 A; 5HRR A; 1RDA A; 5BN8 A; 3VQQ A; 3M5R A; 3BZK A; 2UXC K; 1S6P A; 3ZSQ A; 4LFA K; 1A5X A; 5AQV A; 3ZCM A; 3VF6 A; 5GAE P; 2NRW A; 3EN9 A; 3CF5 L; 2KTQ A; 1DKG D; 1HNW K; 4FM0 A; 3VTI A; 1KC8 O; 1IBK K; 4F3T A; 2P9N B; 3K9K A; 4DR1 K; 3TI0 A; 5JS2 A; 5E84 A; 3ENO A; 3E01 A; 1L3U A; 1WSJ A; 1BDG A; 1SKS A; 1LV5 A; 3HPG A; 3MWT A; 3TTC A; 1GLF O; 4JLH A; 5BPL A; 4GKK K; 4H0X B; 4ELV A; 1Z25 A; 4OPJ A; 1S6Q A; 1Z05 A; 3ZSX A; 1YVN A; 4FLT A; 1Q86 O; 1N32 K; 2O8C B; 3VEO A; 2Y1J A; 1LWF A; 3O4N A; 3ZT2 A; 4DTO A; 4JI3 K; 4V19 S; 4BRI A; 5DM7 L; 3SMS A; 4HTL A; 3VEW A; 4X64 K; 1L3S A; 1KQS M; 4CFA A; 4LD0 A; 3CXC M; 3D0P A; 5M1O A; 3OYN A; 4DTP A; 3D2F B; 3V1R A; 4O0I A; 1TAU A; 4JI7 K; 4E1J A; 5BPM A; 4DU1 A; 3DLB A; 2HHX A; 3I0R A; 3OYA A; 3NMU A; 1JKH A; 4FJG A; 1YTU A; 1NGF A; 2YNH A; 3CM6 A; 4B9U A; 3K59 A; 4H0O A; 3OYH A; 1OH7 A; 2HND A; 3LDQ A; 4CJQ A; 1NJX A; 1BU6 O; 2QA4 N; 3TAB A; 4KHN A; 5BRE A; 3TAR A; 2F96 A; 4KH6 A; 3WT0 A; 2AP1 A; 2VYP A; 4O8K A; 5KRS A; 2VCP A; 3UKR B; 2VGN A; 1NGA A; 1NJZ A; 3TAF A; 3LDN A; 2YNI A; 2P9L A; 3O80 A; 3NDK A; 1NU0 A; 5AQM A; 2DPN A; 3VQA A; 3E66 A; 3PUF A; 3OYC A; 3RSE B; 2YX6 A; 4CK3 A; 3NGZ A; 3DJC A; 1IKW A; 4CFD A; 3VEX A; 3C7N A; 1F21 A; 2GBZ A; 3DOL A; 2VG5 A; 4OGE A; 3MEG A; 4BRN A; 3HI0 A; 3GL1 A; 4Y1C A; 1WAF A; 2FF3 B; 1SKR A; 4M3T A; 2FBT A; 5EXW A; 3A5O C; 3WXI A; 5I9E B; 5AQX A; 1WSH A; 4KTQ A; 1YXQ A; 2YHA A; 3ID6 A; 4AH9 A; 5FPD A; 4C8O A; 1NGG A; 3RWU A; 1Q9Y A; 2O8E A; 3I33 A; 3V9W A; 3ULE A; 4CW7 B; 1J54 A; 4F3O A; 3AVB A; 2CGK A; 3AA3 A; 4ICL A; 4QOZ B; 1GLL O; 4BWJ A; 1W9H A; 4KKO A; 2O8B B; 4A57 A; 2QXF A; 3CG7 A; 2OPP A; 4CJS A; 4CJW A; 2V51 B; 2RPI A; 2YNG A; 4QS7 A; 3N4Q A; 1KLM A; 4NO7 A; 1WBB A; 4LFB K; 2IC3 A; 3IRX A; 5KQ8 A; 2Q0R A; 4DU4 A; 2Z1I A; 4OLA A; 3BEX A; 5E41 A; 4DFM A; 3KD1 E; 1VSK A; 2E8A A; 3PV8 A; 3DOK A; 1BG3 A; 3EL2 A; 1BCM A; 1JCE A; 3WNE A; 2P9S A; 4FYD A; 1EX4 A; 4CEC A; 1B9D A; 1NOY A; 3VQ5 A; 3QBX A; 3O1B A; 1BIS A; 2IDO A; 4DTN A; 3TAN A; 2KLA A; 1QQM A; 2QWP A; 2QKK A; 3CME N; 1NLV A; 2OPQ A; 3C6H A; 4CE9 A; 4FJL A; 3CCJ N; 1Q8I A; 3UKU B; 4B1Y B; 1QVF M; 5CR4 A; 1ILY A; 2XY5 A; 3QIP A; 4DFJ A; 4JI5 K; 1C6V A; 3ITH A; 3VF2 A; 4KHP K; 1BWF O; 4B1V A; 2IVP A; 4JI8 K; 5JLH A; 1EO1 A; 5FRN A; 1NGB A; 3V6D A; 4DR2 K; 3H1Q A; 4LY7 A; 3DLL L; 4ILG B; 1IG8 A; 3E9O A; 3J7A P; 1ZXO A; 3L8B A; 4KI6 A; 2G8I A; 4ZTJ A; 2FF6 A; 4JD2 A; 4BRO A; 5DM6 L; 2HNZ A; 4KHS A; 1TKX A; 4FCY A; 4PKI A; 3QEP A; 3A5M C; 2VGM A; 4IDK A; 2I7P A; 4H5T A; 3L6Q A; 4OPK A; 1KXP A; 3MEE A; 4BRE A; 3CC4 N; 2RHK A; 4YOW A; 4BC3 A; 4NB4 A; 1XHZ A; 2HHU A; 3U3Y A; 1I94 K; 3P38 A; 4MO5 A; 4JEP A; 3JAM O; 3RTV A; 5I3U A; 2E4L A; 2GEM A; 1D9D A; 3M8S A; 4Z4G A; 5AQS A; 2RF2 A; 3MDQ A; 4YOR A; 3L2Q A; 3MXM A; 1QS4 A; 2ITM A; 1S9E A; 4IJA A; 4FLX A; 4M42 A; 4A59 A; 1RT5 A; 1IKV A; 3OS0 A; 2VWJ A; 3KLI A; 1HYV A; 1NK8 A; 1YJW N; 1NNE A; 1SL2 A; 4LH5 A; 1KFS A; 4Z0U A; 3IS9 A; 2Q1N A; 1DLO A; 4CJF A; 3AA2 A; 4JK8 A; 3CFR A; 3VQP A; 3TSP A; 3WXJ A; 4DG1 A; 2A41 A; 3QDK A; 4FJ7 A; 2E20 A; 4LSN A; 4JS4 A; 3ZT0 A; 4IFE A; 2OPR A; 4K8Z A; 4C8L A; 4BGB A; 2QKB A; 4E7J A; 3ZET A; 2GWJ A; 3FZK A; 4I2Q A; 1VK0 A; 3ZEU A; 2ZD1 A; 4CHZ A; 1RDW X; 3KK1 A; 2QM1 A; 5GAG P; 3AO3 A; 4BQL A; 3THW B; 1X9W A; 1N5Y A; 2UXD K; 2KZZ A; 1L3V A; 3AA4 A; 3C65 A; 4BDY A; 4HTU A; 4WQ4 C; 3OW2 M; 3NGY A; 4B9L A; 2HW3 A; 4CD1 A; 5D3G A; 1BO5 O; 4ISE A; 3CQY A; 4FK0 A; 3LZI A; 4HVJ A; 2XY6 A; 3EKU A; 3U9Z A; 4CGF A; 1HKB A; 1ZBH A; 2HBK A; 4CF1 A; 3BP8 A; 1JLQ A; 3L3U A; 1JJ2 M; 1K73 O; 3QER A; 4GNI A; 4Z4H A; 2WUS A; 3PX6 A; 5AQF A; 1NGC A; 1W97 L; 4CHY A; 3TAG A; 3NH1 A; 2DTU A; 3WNF A; 3H46 O; 4ID5 A; 5GAH P; 5FDL A; 4EFH A; 5CYQ A; 1C0T A; 3OS1 A; 1HJR A; 4H0Y B; 4QS9 A; 3AVI A; 2ZJR L; 4CJU A; 3CET A; 3U6F A; 4NCB A; 3SAG A; 4WFA L; 3H45 C; 2ZQB A; 4CJT A; 4E1M A; 4AM7 A; 2QXL A; 5I42 A; 3M8P A; 1XMQ K; 5AQK A; 2F8S A; 5BPN A; 3J8A A; 3HYF A; 3NF8 A; 3MAQ A; 3HPH A; 3IMX A; 4U67 L; 4CZE A; 1D8Y A; 3LDS A; 2A1S A; 2JWK A; 5CY4 A; 1JXB A; 3ZET B; 2QI2 A; 4CJ5 A; 5AZJ A; 2KFN A; 1SZ2 A; 3VQ8 A; 3ZEU B; 1T03 A; 4E7K A; 2IOC A; 3NHG A; 3QES A; 1TL3 A; 5SWM A; 2XY8 A; 1U2V A; 3DXK B; 4CZL A; 2PYJ A; 4CES A; 3SK3 A; 4CI6 A; 1HPZ A; 4CK1 A; 3LDP A; 2AJQ A; 3BGR A; 2BH1 A; 1HUX A; 2YHB A; 2IIR A; 1HPM A; 4PKG A; 3MED A; 1WB9 A; 1QZ6 A; 2VQE K; 4B3R K; 1UOC A; 3RMB A; 1J5O A; 4B08 A; 4KAZ A; 2VG6 A; 4GW6 A; 5DK5 A; 4WFN L; 2WFB A; 3KZB A; 4IWV A; 4F9O A; 1X3N A; 3PY8 A; 2NNW A; 4FLV A; 5AQL A; 1MA9 B; 1LW2 A; 1VSE A; 3RVC A; 4ILJ A; 2OZM A; 1JLA A; 4O5F A; 1RDU A; 5FRO A; 3FR0 A; 3QEX A; 4TSX A; 2YHX A; 3LAK A; 3MN7 A; 2B5J A; 4DV0 K; 2ASO A; 3DXM A; 4FPA A; 3S3O A; 3O8M A; 3CM5 A; 1T8E A; 3FZL A; 1ZBU A; 3MWP A; 4XH1 A; 3NE6 A; 2A40 A; 1KD1 O; 3ID8 A; 4O44 A; 1RDC A; 3DLH A; 3QNO A; 3U9D A; 2FSK A; 2QW9 A; 3HVR A; 5KTQ A; 3HM8 A; 3CCU N; 3M8R A; 1XQS C; 1W0H A; 4CER A; 4JHD A; 3W0L A; 2FLO A; 1G99 A; 5M1P A; 3QO9 A; 4YOU A; 4BGA A; 4CBW A; 1ASV A; 2OTJ N; 4MDB A; 4HUF A; 1NJW A; 3H1V X; 4CZI A; 4BWM A; 4CFB A; 1VSH A; 4BRF A; 5KRT A; 1OVY A; 3J7Z O; 2E1Z A; 2P9U B; 2OPS A; 2UU9 K; 3G10 A; 3LAN A; 1VSJ A; 3ZT1 A; 2OAN A; 5C12 A; 4YOX A; 4B9S A; 1VQM N; 3ZSR A; 3CMA N; 5MLC Q; 5JVG L; 3OYG A; 3LAL A; 2QWR A; 3CFO A; 4W5O A; 4AM6 A; 1YT3 A; 2P9N A; 5LY3 A; 4FOI A; 5AQI A; 1JLE A; 3IFR A; 1Z6R A; 4JNE A; 1LWE A; 3KLH A; 2WOM A; 4F2S A; 2F8T A; 4BG8 A; 4L3Q A; 1CLQ A; 1S3X A; 4I7F A; 1VQ7 N; 3LL3 A; 3ENH A; 1HYS A; 2F7T A; 4B1Z A; 5AFU A; 1X9M A; 5KGW A; 3VER A; 2UXB K; 4KB1 A; 4B9T A; 2Q31 A; 1IBM K; 3K5N A; 4C8M A; 1YVU A; 2WC9 A; 1U4B A; 1R0A A; 3ZLJ A; 2O8C A; 2Q97 A; 1VQK N; 1ZBS A; 4E19 A; 4ISG A; 2HOE A; 4JK7 A; 4DTR A; 3BF1 A; 1NMN A; 2ZJP L; 4YOV A; 2P9I B; 3DLE A; 4I9Q A; 3NAE A; 2GEL A; 1T7P A; 4BRA A; 1J6Z A; 3D2F A; 3WQT A; 3IG1 A; 3MEC A; 3L3V A; 3LM2 A; 4FWK A; 2O4G A; 1XMO K; 1NK5 A; 3O4W A; 3CJ1 A; 1NBW A; 4PWD A; 2E2P A; 4HUE A; 4NCA A; 3LAM A; 2CH5 A; 1UAX A; 4EHU A; 5CE3 A; 4IZ9 A; 5AQU A; 3U4L A; 4YY3 K; 4FJ5 A; 3HVT A; 1RTD A; 2XO7 A; 4HWI A; 4DUY K; 3U8X A; 2E2N A; 4FLY A; 4BRC A; 2IVN A; 4JKG B; 3I8B A; 3VQD A; 3B6O A; 2PAV A; 3SQ0 A; 3HTV A; 1V4T A; 1BA1 A; 1RT2 A; 5LMN K; 3HO1 A; 3UKR A; 2WON A; 2YJE A; 4H03 B; 3OTO K; 4HHT A; 5J2M A; 3B8A X; 1IJJ A; 2VWK A; 4ILH A; 4DUZ K; 4FZY A; 4GV6 A; 1X3M A; 3E9L A; 3QFU A; 4CJP A; 3RSE A; 2LSN A; 4M45 A; 2QWM A; 4DR7 K; 3OYD A; 1EET A; 4CK2 A; 1FKP A; 3QEI A; 1ASU A; 4CIG A; 4BC5 A; 1U48 A; 2P51 A; 1WSE A; 5BRF A; 1J5E K; 2KFZ A; 2W6K A; 3PIP L; 2HF3 A; 3OYI A; 4BRP A; 1A5V A; 5J1E A; 4DR3 K; 4J8F A; 2RN2 A; 3NF7 A; 2PYL A; 2CGJ A; 2G8K A; 1VQ4 N; 4LFC K; 4K25 A; 3QEW A; 3MXI A; 3TSU A; 2YV0 X; 2Q36 A; 3LDO A; 4B9M A; 4JV5 K; 1K6Y A; 2P9P B; 2O8B A; 1QHT A; 3O5B A; 3G6E N; 4Z4F A; 4L8R B; 1KFD A; 5A2Q O; 3SUQ A; 4OX9 K; 3SV4 A; 4IFV A; 4B8C A; 2O8D B; 4BRL A; 4DQS A; 1SQK A; 1N33 K; 1SAZ A; 3OHR A; 4W5R A; 1XC9 A; 1XUP O; 3WXL A; 5J2Q A; 4LF4 K; 4IKF A; 1J9A A; 3SUP A; 5GIN A; 1BL3 A; 3CCS N; 4DV3 K; 3A8Y A; 5KPZ A; 5HP1 A; 4LF9 K; 3JSM A; 3ZT3 A; 3HM9 A; 4GVM A; 4FWP A; 3OS2 A; 1UA0 A; 2D0O A; 1QE1 A; 3GE1 A; 3V9X A; 3CC7 N; 4BR4 A; 3WEE B; 2HNY A; 4C8K A; 4FZZ A; 3RMA A; 3TPQ A; 4DR6 K; 3KD5 E; 1LCU A; 2QEX N; 3NCI A; 5AQO A; 4XH4 A; 5ELZ A; 5HRP A; 4CGJ A; 3BZC A; 4CJ4 A; 4YDU C; 3NH2 A; 4BC2 A; 5C15 A; 1M1K O; 3ATU A; 5AQQ A; 4DMN A; 1VQO N; 1YF5 L; 1NK4 A; 4F2R A; 4CZG A; 2UYT A; 3QIO A; 4J2E A; 3UKU A; 3AVC A; 4Q5V A; 2GV9 A; 4UY8 O; 4E1N A; 4CIF A; 1NKE A; 3RMC A; 4J2D A; 5AJ3 K; 3V4I A; 4H0V B; 3MN9 A; 3W3D A; 3KK2 A; 2KQ2 A; 3OBW A; 2NZT A; 4KRE A; 2BDP A; 1Q18 A; 1Z26 A; 4B1U B; 3T69 A; 4UQG A; 1U04 A; 2D5R A; 4FVU A; 4FWR A; 3CCQ N; 2G8U A; 4FOE A; 4H0P A; 4JK9 A; 4DSL A; 4BR7 A; 1KVA A; 3LP1 A; 5B8H A; 4NXM K; 3ZX2 A; 4DCH A; 3NFA A; 3NH0 A; 1Q9X A; 3ULD A; 3VQ9 A; 1YAG A; 3P4I A; 1Y97 A; 4CHQ A; 1TGO A; 3HOS A; 4KBO A; 2HHW A; 1FK9 A; 4FM2 A; 4JRP A; 5EY4 A; 3P39 A; 5BR8 K; 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