5MLCQ

Cryo-em structure of the spinach chloroplast ribosome reveals the location of plastid-specific ribosomal proteins and extensions
Total Genus 25
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
25
sequence length
118
structure length
118
Chain Sequence
RREDRTARHVRIRKKVEGTPERPRLCVFRSNKHLYVQVIDDTKMHTLAAASTMQKAISENIDYSAGPTVEVAQKIGEMIAKSCLEKGITKVAFDRGGYPYHGRVKALADAAREHGLVF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords 23S ribosomal RNA, chloroplastic
publication title Cryo-EM structure of the spinach chloroplast ribosome reveals the location of plastid-specific ribosomal proteins and extensions.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 25
structure length 118
sequence length 118
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-12-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Q PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5mlcQ01
4WFAL 3CCQN 1YJWN 3CCJN 3DLLL 1VQ9N 2OTLN 2OTJN 1ILYA 1K73O 2ZJPL 5GAGP 5DM6L 1QVFM 3CD6N 3CMAN 4WCEL 1KQSM 1VQON 3CCUN 4UY8O 1W2BM 3CC7N 1M1KO 1YJNN 3CC2N 1M90O 1JJ2M 5MLCQ 3CCVN 5JVGL 5GAEP 1YIJN 3G6EN 1VQNN 1VQ5N 1K8AO 1VQLN 1VQPN 3PIOL 1NJIO 2ZJRL 2ZJQL 3PIPL 3CF5L 1S72N 3G71N 3CPWM 3G4SN 4IOAL 1KD1O 4IO9L 1YI2N 1VQ7N 1VQ6N 3OW2M 5GAHP 3J7ZO 1VQKN 2QEXN 3CMEN 4WF9L 3CCEN 5HL7L 1K9MO 3I56N 3CCRN 1YHQN 1Q82O 3CCSN 4IOCL 1Q7YO 4U67L 1VQ8N 2QA4N 1YJ9N 4WFNL 1YITN 1Q86O 3CC4N 4WFBL 3CXCM 3CCMN 1OVYA 3CCLN 5JVHL 1N8RO 5DM7L 5GADP 1VQ4N 1KC8O 1Q81O 5H1SQ 1QVGM 1VQMN 3I55N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FK0A 3CCQN 5BPMA 3HOSA 4FOEA 3F2KA 4H5NA 5CY4A 5EXWA 4CVNE 1VSLA 1K73O 4FJGA 3CI5A 1BL3A 2GX9A 5CE3A 1Q18A 1NNEA 4AHSA 1A5WA 4CIGA 2F4VK 4H03B 4LH5A 5BREA 3TPQA 3C94A 3P4IA 4Y1DA 3UIQA 4GKJK 4QAGA 1S9GA 2RN2A 4EZ9A 5HROA 3H1QA 1DTTA 1T3VA 3THWA 4BWMA 3CPWM 2F9TA 4ILGB 4JRQA 4CECA 4JI7K 4NCGA 5EX5A 4XIUA 3LWLA 5AQWA 1D4XA 3IS9A 5EU7A 3OYKA 4FJ9A 4PQUA 1NK6A 1RT7A 3AA2A 3ZSXA 4DF8A 1S9EA 1TYQA 4FK4A 2YKNA 3OBYA 1SKWA 2AA4A 3HYFA 1VHXA 1RCHA 4IFEA 3QNOA 2ASPA 4ISFA 1YJ9N 3VGLA 5KI6A 4MDBA 1S6QA 3OYCA 4CBXA 4EHTA 3TAPA 1RDWX 1S1XA 3L4QA 5JLHA 3THWB 4CF8A 5JVHL 4BR4A 1HNZK 3K0SA 4ILHA 3ITHA 4CIEA 2F8SA 3M6GA 5CHIA 3IUCA 3D45A 3OYDA 4B9LA 2ITMA 3CFPA 1LW0A 3T3FA 1OVQA 2G8KA 2KZZA 2GWJA 4MO4A 4ZTJA 1RT6A 4YOTA 1NGIA 4B9QA 3SJHA 3EEQA 3LAKA 1NKBA 3SCXA 4FM0A 4CGJA 1UA1A 2HNDA 2OZMA 1YVUA 3HP6A 1JCGA 3CERA 4FSVA 1TYQB 1SAZA 3ISNC 1KQSM 3C95A 2HMPA 1S6PA 2YHBA 2HF4A 3P38A 4FWMA 3CC2N 4LF6K 3KTQA 3CCVN 5M1OA 4CHZA 2DFEA 2VG5A 3GE1A 4WE1A 3ZX3A 4BR9A 3OJUA 1YIJN 1VQNN 3H3NO 3OYEA 3A8YA 3RSEA 2IVOA 5I9EB 1B92A 3J7AP 3H3OB 4DFPA 4CJEA 3K2PA 4CHNA 3MX2A 3LANA 1X9MA 3VQBA 2V52B 1X9WA 4IEEA 1JXBA 1NGAA 1CLQA 5C12A 1R59O 1VQKN 2DFHA 2VYPA 2VGNA 3RMDA 4JI2K 3I56N 3O08A 5M1FA 3F5TA 3HPGA 4CFAA 3SNNA 4BWJA 1BDGA 3CIPA 3IDHA 4U67L 2XHBA 3KKSA 4IXCA 4FJ7A 4EZ6A 1YITN 1NMNA 3CJCA 4JI0K 5C10A 4WYBA 3D2FA 3PX0A 5EOYA 3RSEB 4E7LA 1ASVA 2W42A 3IAYA 1Q8IA 3FE1A 3S3OA 5J2QA 3NH0A 3DLBA 1N8RO 3LL3A 4LF5K 3V9WA 4CZEA 2E2PA 3R8EA 1QHAA 4DTNA 5AQLA 4B1VA 1JLQA 3CFRA 3DLGA 3R3LA 4XEIA 3P31A 4NCAA 3D2EA 1KRPA 1C0MA 2YHXA 4PHTX 4WFAL 2QWLA 4JD2A 1MDUB 2QWQA 2RF2A 4JV5K 3BY5A 4DSFA 3QETA 2IVPA 5DM6L 3WQTA 5J2NA 3QB0A 2D0CA 3K9JA 3ENHA 3LWMA 3KJVA 1C0GA 4BREA 4FJHA 5GINA 4CEEA 1X3MA 2R7YA 4FJLA 2DPNA 4CF9A 4ZTFA 1M90O 3D2FB 4Y0WA 3EN9A 3NCIA 5JVGL 4TSXA 3HT3A 3SMPA 4K8ZA 1WAJA 1RT3A 4OVLA 4AF1A 4DV7K 3AO4A 1C0UA 5BPNA 2QK9A 1U45A 5GIOA 2I7PA 3LPTA 3CF5L 2QTDA 2F8TA 3HSCA 1W0HA 3R9PA 1KAYA 3D2EB 1ZBHA 1LOTB 1C6VA 2D0OA 4JD2B 4DR6K 3NGYA 2KTQA 1T6DA 1VQ7N 4OKJA 5GAHP 3QBXA 4CZIA 3F9KA 2OPQA 5HRNA 4YNQA 3Q7BA 3VGKA 4GVMA 4DR2K 2HVHA 1K9MO 2FBTA 4ID1A 2YJEA 3DAWA 4DV3K 1N32K 1ASWA 2YNGA 3AY9A 2W41A 4E3SA 3AVKA 4GNIA 1DTQA 4CEDA 4F4KA 4F2RA 2YNFA 3LM9A 3A2FA 2G8FA 4B9SA 1O13A 3MMVA 3OA9A 4GY2B 4O55A 1RBUA 1ESVA 2HOEA 3A5LC 3DRRA 5BR8K 1J53A 1HQEA 2HF3A 5GADP 4N76A 3WXKA 1VAZA 3I8BA 4B1WB 1V4TA 3WNGA 4LSNA 3U8XA 4CJWA 4JKCA 3A0IX 4CESA 2W6LA 3DMJA 4NLCA 4IKFA 3FZMA 4CJ3A 3S3NA 3AVNA 4MLEA 2D5RA 3VERA 4LD0A 3C6AA 5K14A 1NJWA 4I2QA 4I7FA 2F96A 4ILJA 2YX6A 4Z4EA 4BE1A 3O4QA 1W2BM 4PKHA 2IC3A 5E84A 3WXLA 4M41A 3TAQA 4DV5K 1KLNA 4OPAA 2OA8A 1I94K 1ATNA 4KH6A 1RT4A 3IMXA 4Z94A 1QZ5A 1VQ5N 1FW6A 3HP9A 1T03A 5JS1A 4CJ5A 4CZMA 2HHXA 1C1BA 5AQMA 1QE1A 4DLGA 4FJIA 4IEIA 4K41A 3G4SN 4F3TA 3W3DA 3UKRA 3TAMA 1T6CA 3K5MA 4ISEA 4MFBA 3ZSZA 4M7YA 4CZGA 4DR4K 4LFAK 3QNNA 3OS2A 4GVEA 4IJNA 1HPMA 3QIOA 1CZ9A 1NKEA 1N5YA 3M5RA 5AQRA 1Q7YO 3E9LA 4M3XA 3M8SA 3LDSA 3D7EO 1BCMA 1TV6A 4FLYA 3T1HK 4B3MK 4B9NA 4JS4A 4AQYK 3EY1A 1FKPA 2HHSA 2CGLA 3MN7A 1BI4A 1Q86O 3U9ZA 5M1NA 2WUSA 5SWMA 3QERA 4E0DA 1KVBA 4KI4A 4E1JA 4IBNA 1TKDA 1CXUA 4DTUA 4DQQA 1VSFA 2RHKA 4LF7K 1RDDA 4FWRA 2O8FA 4O8KA 2OPSA 3WXIA 3E01A 5J1EA 1NJXA 3ZEUA 3UKRB 2VWKA 3NVMA 3SMSA 4M7XA 4FZZA 1JLAA 3ZSOA 4NXMK 3SJJA 4DFKA 1OH8A 2HW3A 4IDKA 3M8QA 1ZBIA 2O8DA 2ETJA 1EWQA 4FLUA 2OTLN 1TK8A 3MECA 3HBTA 4FZXC 2D1KA 1C1CA 1ITGA 4ELTA 5C2DA 1GOAA 1Q9XA 2E8AA 3T1YK 1KFDA 2Z1JA 3ZLJA 3HSTB 3L2VA 1HMVA 4F2SA 3HM8A 2UXCK 3J81O 3TSUA 3NH2A 4BACA 3SQ4A 3QDKA 1BI4B 5ADXA 1ZC6A 4CHOA 4LF9K 4W5RA 4B3OA 2O8CA 1HYVA 2QWMA 1J5OA 3LPUA 2O8FB 3LP0A 1WOQA 5AQNA 1NJIO 2Q36A 3V1RA 5BN8A 1BWFO 3K5LA 1IKWA 3OVNA 2A42A 4IFYA 4I9LA 5D3GA 4CK3A 2O8DB 4NO7A 4DCHA 1NK7A 1HR0K 4AM7A 3K57A 4HUGA 1IV0A 2QEXN 4O8UA 4MLHA 1HNWK 4BC5A 2NUBA 1KCFA 1HJOA 3RRGA 4FLTA 1SZ2A 3VMFB 4BG9A 2Y1IA 4CJVA 3M3ZA 1WNSA 4J2EA 1NGBA 4Q0BA 2EHGA 3R6MA 2O8CB 3O9QA 4YOYA 2O4GA 4DTOA 2GV9A 4YOVA 5AQYA 4OPJA 3ZX2A 1WN7A 4NXNK 3VEOA 3OHRA 1SL1A 4A2AA 4CHQA 2OPRA 2IDOA 1FXXA 1RDAA 2NRVA 1EKEA 3HPHA 3K5NA 3AV9A 3SAHA 1BISA 2QXLA 5AQOA 3TANA 1QQCA 2QI2A 3GG4A 4B1ZA 4DQ8A 3VA0A 3TSPA 1NK5A 4FW2A 2G8VA 5C25A 4KFBA 4CERA 2E5LK 3H6EA 4OPKA 4CE9A 1TKTA 2YCHA 3AVGA 4AHUA 4CEFA 5FRMA 3KLEA 2Q2RA 1ILYA 3L0QA 3HO1A 4FWNA 3VPZA 1Z26A 2FLOA 2IVNA 1KSPA 2QW9A 4FJ8A 2UUBK 3ZT1A 5FRNA 4PWDA 1U2VA 4H0PA 1X9JA 1XWLA 4KHNA 2WONA 3C6HA 4F3OA 2UXBK 2O8EA 3EO3A 4HCBA 5LY3A 4Z4CA 3TABA 5I3UA 1QTMA 1D9FA 4X64K 4Z4FA 2W6KA 3VQ9A 3TR8A 4A5AA 4CJFA 3ZCMA 1K8AO 1E4FT 3D0PA 1WSGA 3D6RA 4NCBA 3OTOK 1GLEG 1QS4A 4FLXA 4IOAL 3O9TA 4YORA 1YI2N 1H1VA 1QSSA 3EKUA 3ZT3A 1Q9YA 4RW7A 5HL7L 2P9LA 3N4PA 3OS0A 3O5BA 1MWKA 3O8MA 2P9NA 5KPZA 1U2VB 4AHVA 4JN4A 1NGFA 1WSFA 3WQUA 3L2QA 2O8EB 1YTAA 2XRIA 4JKBA 1IG9A 1WB9A 3V9XA 4CJSA 2QA4N 2IS3A 3E9PA 3HM9A 1YUWA 3V4IA 5M1QA 3SQ2A 1Y97A 3V9UA 4FJJA 4E1MA 4CZJA 4C8OA 2KFNA 4BR2A 4A59A 3ZSYA 1WSJA 2ZQBA 2Q3SA 4DR5K 1NK0A 3VQPA 2VG7A 3RMBA 4FL9A 5C2FA 4B8CA 5BRFA 3WXMB 2VQFK 4FZYA 3VEVA 3AAQA 1Y64A 3T1AA 1T05A 4DMNA 4X66K 2P9LB 3ALYA 1K6YA 2G8IA 1JLFA 1TL3A 2P9NB 4DS5A 4CBUA 5M1KA 4WQ4A 3TTFA 3T19A 3FLCO 4NYFA 5ADXH 1JLGA 1SV5A 3C6UA 4CZHA 3KLGA 1D8YA 3CC7N 5J2MA 2UU9K 4YOXA 1JJ2M 3KK2A 4J2AA 1RBTA 4WQ4C 2AP1A 3NGZA 4FVUA 4F8RA 3LZIA 3G6EN 1U47A 2P9KA 1W97L 4BRQA 3VN5A 2UUCK 4JI1K 3VQQA 3PLAA 1WSIA 3PIOL 2ZJRL 1SL0A 1HPZA 4H8KA 3VQEA 3DLEA 5C15A 4B9VA 5KRTA 4G9ZA 4CJTA 4JKHA 4B3TK 1REVA 4FWSA 4FWOA 5FPDA 5AZIA 4FVMA 4K8XA 4JK7A 3CM5A 4ELVA 1W7AA 3CCEN 1SUQA 3P39A 1BA0A 4HWIA 4CJ7A 4KTQA 5AJ3K 2E6LA 4BY9C 1HJRA 1NMDA 1XUPO 2EWSA 2E2QA 1WSHA 4M3UA 2OCEA 4PL8A 4DTSA 3TAGA 5EY4A 2I5JA 4FXDA 4DHYA 1U48A 3QMLA 1GLLO 3H46O 4HTUA 3ZX0A 4BVPA 4DQIA 3DI6A 3KVGA 2UUAK 4KI6A 2HBJA 1W9HA 2P9KB 3OS1A 4OJRA 1HKBA 4E7JA 3AA5X 4IWVA 5HRPA 2VCPA 2VQEK 4N41A 5AQPA 5TKWA 1J5EK 4KV8A 2EX3A 3CFOA 4FCYA 1ZBFA 1XNQK 4HTLA 2PFUA 3QFUA 2O4IA 4JNEA 2F7TA 3FR0A 1VSIA 4LFCK 4OKEA 1VQMN 4DV2K 5AZIB 1IBLK 3RWUA 1KXPA 1RBRA 3KLIA 5AQGA 3C6TA 2FBVA 2P5OA 4C8LA 3NF9A 3OYFA 3TAEA 2IGIA 4O44A 4U7BA 3DLHA 3QFPA 1N33K 3AVCA 3ASMA 1VSJA 4JI8K 3U6FA 4W5TA 5B8HA 1IKVA 1LV5A 4BE0A 2P5GA 3AVLA 4KRFA 3DM2A 4UY8O 1FKOA 4OLAA 1A5XA 3C7NA 3OYLA 3K9KA 3L2WA 4H0TB 2Y1JA 3VQAA 3THVA 4DQPA 3SYZA 2GUPA 1J6ZA 4ICLA 4JKFA 4KKOA 1RDBA 3L3VA 5FPMA 4A61A 2HHUA 2Q97A 4Q5VA 1U49A 4OO1J 3THXA 3VQ4A 3NF6A 3VENA 3EKSA 3G0ZA 2A6AA 3QICA 2CGJA 4KH4A 4KHQA 4DSLA 4K25A 5CZ1A 1C0FA 1KVCA 4AH9A 3NE6A 5ELZA 5LMNK 2E1YA 3H1VX 1YT3A 1TKXA 2X6NA 1HNIA 1NWKA 2NRHA 3LZJA 3CMEN 1UA0A 4G1QA 1IJJA 1YXQA 3SPZA 1QQOA 5EVZA 4YDUA 4C8MA 2V7YA 3ZT2A 1GLDG 3TTCA 1GLCG 1GLAG 5DMRA 3C7NB 2BDPA 2HVIA 4DFMA 4CZFA 4JK9A 3KD5E 4W5QA 1DKGD 3BUZB 1GOBA 2B6AA 3P83D 4E7IA 4JEPA 1HNXK 1N6QA 4DSKA 2ATQA 4Z0UA 2F9WA 5KGWA 4FO0A 5C0YA 1YVNA 1WBDA 4JYAK 3THXB 3MXJA 3I33A 4FJKA 1OH6A 4BRCA 1KAXA 4H0VB 1RBSA 4HCCA 3SQ0A 1C0TA 4DQSA 4H5TA 4UQGA 2GELA 4LFBK 4KHUA 4B9TA 3FZKA 4IG0A 1QVGM 2X74A 2Z1IA 3OYGA 1D9DA 3W0LA 3HJFA 3CCJN 3V9ZA 4BRHA 3J8AA 1P8ZA 3OYNA 4OPHA 4DTPA 4BR0A 4BRLA 5GAGP 3A5MC 1RDUA 2FBYA 4BRIA 4WCEL 3BGRA 4CZKA 3TI0A 4I2PA 4BROA 3FFIA 4DTMA 1E4GT 1E3MA 3MX5A 5MLCQ 4DWIA 4FWQA 4YOWA 5HRRA 3LM2A 2BE2A 3L8BA 3NVKA 2OZSA 3AO3A 4IJAA 4CEOA 1TGOA 1NGJA 1BHLA 3ZYYX 4M3TA 4C8KA 2YHWA 3G71N 4DU4A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5F1X A;  3FZF A;  4R79 A;  1HUX A;  2E2O A;  4BRG A;  4DR3 K;  3KZB A;  2ZWH A;  2NRW A;  1L3V A;  4QS8 A;  3TAF A;  3WXJ A;  1A5V A;  2DY4 A;  4W5N A;  1EX4 A;  4K0K K;  3IKM A;  2RKI A;  3AO5 A;  2ASO A;  4H0Y B;  4XH4 A;  2FF6 A;  3MCA B;  2QKB A;  3HI0 A;  4B9M A;  1NGH A;  4GV9 A;  3OY9 A;  4BRM A;  2NRR A;  1XMQ K;  1RFQ A;  1YAG A;  1DEJ A;  4JI5 K;  1BGX T;  1EWR A;  1TVR A;  4CFD A;  2XY5 A;  5KPR A;  4F9O A;  4PKG A;  2YV0 X;  5C42 A;  4OKK A;  4O0J A;  4ISG A;  3KK7 A;  2UYT A;  5CYM A;  3ZSW A;  3VF6 A;  3BZC A;  2E4L A;  1O1W A;  3CJ9 A;  2A40 A;  3WEE B;  5AQH A;  5AFU H;  2HHW A;  3VQ7 A;  2PAV A;  3LDL A;  2YI1 A;  3HTV A;  4GKK K;  5M1P A;  4CCH A;  3TU5 A;  4FK2 A;  1WSE A;  4B08 A;  5F2R A;  4FM1 A;  4KH5 A;  3V6D A;  5HRS A;  3KD1 E;  4B1Y B;  1T7P A;  1U04 A;  2PZS A;  3SK3 A;  2NRZ A;  5E26 A;  4OGE A;  5FRO A;  1BO5 O;  1ZXO A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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