1VSLA

Asv integrase core domain d64n mutation with zinc cation
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTNFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
publication title Structural basis for inactivating mutations and pH-dependent activity of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (INTEGRASE)
total genus 55
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vslA00
4PA1A 1Q8IA 5T7BA 3IAYA 4BDYA 1N6QA 4CESA 4N56A 2OZSA 4DS4A 1TV6A 2OPPA 2XY5A 4ZTFA 1J53A 1T03A 2QK9A 3AVKA 2HHUA 4GMJB 2KFZA 4Z4CA 4CK1A 3U6FA 3HXMA 4FJMA 3VQ5A 1XC9A 3AA2A 4ELTA 2BANA 4PQUA 4E7IA 3RRHA 1RBTA 1WLJA 4RW7A 1KSPA 4FVMA 4B08A 3SV4A 1QSLA 4E0DA 2G8WA 1S1TA 1HQUA 4F3TA 4LSLA 2G8UA 4DSKA 1LW2A 3HPHA 4W5RA 4DTOA 4IDKA 1U49A 3RR7A 1C0MA 2D5RA 2P5GA 1TAUA 4M3TA 1EETA 4MFBA 1HNVA 4Q0BA 5HBMA 3SPYA 4O5BA 4KB1A 5DK5A 3LZJA 4NCGA 3K5MA 4CJKA 3U3YA 1RBUA 3CFOA 4C8MA 3MECA 2DFEA 1Z26A 3V1OA 3LDSA 3DLBA 4OGEA 4BE2A 3HO1A 1C0UA 4FLTA 4O0JA 3HJFA 3OS2A 1VSJA 4E7LA 3TAEA 3PV8A 2A1RA 1SKWA 1QE1A 4Z4GA 1HYZA 2G8HA 3ZSWA 3AV9A 4CGJA 3OJSA 3NDKA 1TK0A 1IG9A 3C6UA 1VSKA 3AVMA 2XY6A 3V9SA 3T3FA 1U48A 4DQPA 1A5WA 3ZT0A 4KTZA 1CXQA 4FM0A 3HPOA 2XRIA 5FDLA 3L8BA 4AHTA 3K57A 2YNIA 1UA1A 1IKVA 1C6VA 4OKKA 1BCOA 3TI0A 1TL3A 1XHZA 2B6AA 1HYVA 3ZCMA 4CE9A 4CEQA 4KREA 4KPYA 4FW2A 3TAQA 1T05A 2HHSA 3L2RA 4CGDA 1DLOA 1BI4B 3SQ0A 4FJIA 4LH4A 3CM5A 1I39A 4W5TA 3KK3A 1SV5A 4BE0A 3LPUA 3ZSQA 3TARA 4EZ9A 3AA3A 2HMIA 4F3OA 1RDAA 2D0BA 3HPGA 4FK0A 1DTTA 4CFCA 4YFUA 3NH0A 5K14A 1JLEA 1W9HA 3LAMA 4RW9A 4Y1CA 4DWIA 4BWMA 3K59A 3ZT1A 1WSIA 4KTWA 4DG1A 4E1MA 1WSEA 4RG8A 1NK6A 4RW6A 4GVMA 4CJRA 3OS0A 3OYFA 3SQ1A 4B9LA 1TKXA 2PZSA 1LWFA 4OPKA 1XI1A 1T8EA 4Y1DA 2OYQA 4N76A 2FBYA 3TAPA 1X9SA 2JGUA 3QEWA 3I8DA 3QNOA 1X9MA 2IS3A 3VQAA 3NGZA 4HCBA 4NCAA 4NYNA 4LH5A 4ELUA 3NF6A 1RT1A 1YT3A 2ZQBA 1NOYA 5CZ1A 5FROA 5I42A 1RT6A 1MU2A 2OA8A 4C8LA 3AO1A 5HRRA 4FJXA 1WSGA 1YTAA 3OVNA 3VA0A 4BDPA 1JLBA 1XWLA 3NF9A 4CHOA 3KJVA 2O4GA 4DFJA 5CY4A 5DMRA 3NH1A 1JL1A 2BGGA 3M8SA 2AJQA 4M3XA 4ID5A 1X1PA 4CEAA 1HJRA 1KCFA 4EP4A 4E7JA 1S6QA 2B4JA 1KRPA 4CHPA 1T7PA 3NF8A 3BGRA 4E89A 3VA3A 1SL0A 4M42A 3RRGA 4AHVA 4HUEA 3P5JA 4M41A 2Q3SA 1NJWA 2IC3A 1LW0A 3DRRA 2YNGA 1BCMA 2OPRA 5HROA 3HYFA 3V6DA 4DSJA 4JS4A 1JXEA 3CYMA 1KFSA 1S9GA 3AVHA 3VQBA 3QINA 4EP5A 2PYJA 2IDOA 4IFYA 3KLFA 1BHLA 2ATQA 4E1NA 3EY1A 5D3GA 4CF9A 3DM2A 4DQQA 4DTPA 3OYHA 1RCHA 3CFPA 3O3FA 3OYBA 4KHSA 3NGIA 1EX4A 2KZMA 4DTRA 1D5AA 4FLYA 2FBXA 3ZSRA 3NH2A 4K8ZA 4QOZB 4CEZA 4LY7A 1BL3A 4IG3A 2X6SA 1VRUA 3K5LA 4J2AA 4FW1A 1O1WA 3I0SA 2ITGA 3ALYA 3TR8A 3K58A 1L3VA 1TK5A 4CJSA 1KLNA 4J2BA 2A1SA 4CJVA 2YV0X 3HP9A 4I9LA 3VQCA 3PUFA 1RTHA 3QESA 4N47A 1IKXA 3UIQA 4KHNA 1RDDA 1WSHA 4CEBA 4CFBA 1ASVA 4FYDA 1TVRA 2DFHA 4FM1A 3HK2A 2YHAA 4YNQA 4DQIA 4M3RA 4ELVA 4B3OA 2Y1JA 2HVHA 1J54A 4CGHA 3M8PA 5HLFA 4XIUA 4AHCA 3V9ZA 3BDPA 2VG6A 3E01A 1TK8A 3KLHA 1J5OA 2Z1JA 3K5OA 2NUBA 1KLMA 3IRXA 1S9EA 5C42A 3OS1A 4N5SA 4KO0A 1TGOA 1ZBLA 1NKEA 3AVJA 2ZE2A 4CF1A 1BQNA 1JLAA 3AVCA 4CHZA 4UQGA 3LZIA 4J2EA 2HHXA 4KFBA 1VSHA 4CEOA 4CJFA 1TKTA 3VQQA 4B9MA 3S9HA 4CJTA 3OYIA 4BWJA 3MAQA 1WN7A 3DYAA 4H4OA 1IO2A 3DLHA 1CLQA 2PYLA 4AILC 3V81A 1JL2A 4B8CA 4DLGA 1S1UA 2HB5A 3KLEA 4CCHA 4KAZA 4PWDA 1RNHA 4OLAA 1L3SA 4FJHA 4B9VA 1NJYA 5J2MA 3K5NA 4W5QA 4CF8A 2XHBA 3RMCA 1WSFA 3V9XA 1A5VA 1QS4A 2HHVA 4CHNA 2RKIA 4M3UA 4CEDA 3LPTA 3RMAA 4L8RB 1YTUA 5KRSA 2F8SA 2RF2A 1UOCA 4B9SA 1Q9XA 5HRSA 1QSYA 3ZT4A 4CEFA 4I2QA 3D45A 1JLQA 5KGXA 1HYSA 4F8RA 3F9KA 2YKNA 1D9FA 3DRSA 4CECA 3MXMA 4E19A 4FZXC 3AO3A 2F96A 1HMVA 3KD1E 3C95A 4OPJA 4KRFA 5FRMA 4Z4FA 5HRNA 4R5PA 1BIUA 1NK0A 3AVNA 4FXDA 3PO4A 1UWBA 4DSFA 1C0TA 1Y97A 3DLRA 3K2PA 3NHGA 1TKZA 4DU4A 1W0HA 4FJ8A 3VN5A 3AO4A 4FLWA 4Z0UA 4BE1A 4KHYA 4CERA 1RBSA 5SWMA 4J2DA 1VK0A 2I5JA 2OPSA 3L3UA 5KI6A 2GV9A 4I9QA 4CFAA 3L2QA 1VSFA 1HQEA 3RTVA 4DTXA 1BI4A 3DMJA 1TKDA 4DSIA 4KI6A 4KHUA 3VQEA 3ZT3A 4CIGA 1BISA 3OY9A 3QETA 1GOBA 4CJEA 3OYGA 1WSJA 1JLFA 4CJ4A 4FJKA 3MEGA 4I2PA 2GUIA 3AVIA 1IKWA 1N5YA 4CGIA 1ZBIA 3LWMA 4HCCA 4AH9A 4DTNA 4KTQA 3ZSZA 3KKRA 4CJUA 4F2RA 2YNFA 4LSNA 1S1VA 4O4GA 4CHYA 2VG7A 4B9UA 1CZBA 1KFDA 3PX6A 2XO7A 3L2WA 1U4BA 2QXFA 4JLHA 1QTMA 3HVRA 3S3MA 4M3YA 4RW4A 5HP1A 3P1GA 2P1JA 4DQSA 4IKFA 2QKBA 1LV5A 5KGWA 3NF7A 4DSLA 3O3HA 3OYNA 1UAXA 1NJZA 4C8OA 1NK9A 2Z1IA 1RTDA 1NK7A 2HVIA 1RDCA 4CJWA 4KKOA 3I0RA 1DTQA 4H8KA 3OJUA 3OYMA 1NK4A 1A5XA 2HHTA 1JXBA 3DOKA 3AO5A 4JRQA 3AVBA 4FLZA 4M3WA 1KVBA 3HP6A 1RT7A 3LAKA 1D8YA 2YKMA 3DLEA 1L5UA 5FRNA 1R0AA 2G8FA 3AA4A 4KI4A 1HNIA 2XY7A 3VQDA 3T19A 3AA5X 2O4IA 3KIOA 4DTJA 1F21A 3C94A 3NBPA 3V4IA 1S6PA 4E7KA 1L3TA 3QO9A 3THVA 3NGYA 4DQRA 2Z1HA 2KQ2A 3QEPA 1VSDA 4CK2A 3L2VA 3IS9A 4NYFA 4C8KA 3QEIA 1G15A 4FJLA 4FZYA 3MXJA 5E41A 1XHXA 3SYZA 4OJRA 5SZTA 1RTIA 2D0CA 3CM6A 4IG0A 2X6NA 1VRTA 2IGIA 3OYDA 3L2UA 3OYLA 3DLGA 3O4QA 4F2SA 2KTQA 4BACA 3QNNA 4B9NA 4Q5VA 3KD5E 4KV8A 3ZSXA 3O3GA 1S1WA 4MQ3A 4DMNA 4AHRA 4W5OA 1KVAA 1TAQA 3CG7A 3VQ7A 4CJLA 5I3UA 1IKYA 4IBNA 4FM2A 3OYJA 3TABA 3AO2A 3HT3A 1RT5A 4DTUA 4IFVA 5HRPA 5CYMA 3VQ4A 4FLXA 5J2NA 2Y1IA 2B5JA 1RT2A 2BDPA 2EX3A 2LSNA 3H08A 3SI6A 4G1QA 3JSMA 1C1BA 4JS5A 2P51A 3S3OA 4ICLA 3OYAA 4TSXA 3WNGA 4GW6A 3QEXA 1X9WA 2YNHA 3PY8A 1ZBHA 1VSEA 3ITHA 3T1AA 1KVCA 2VWKA 1GOCA 1B9DA 1FXXA 4JRPA 2DFFA 1RBRA 3IG1A 1IH7A 4CIEA 4DTMA 1FKOA 1ZBFA 2FBTA 4ID1A 3RMDA 1JLCA 1I3AA 3LANA 4CF2A 3OYKA 1U45A 3KTQA 1SL2A 3V1RA 4QCLA 4FCYA 1B9FA 4B8AB 2G8IA 1FKPA 3VQ9A 1NJXA 3JYTA 2VWJA 3SQ2A 3A2FA 4PY5A 1B92A 1LAVA 1S1XA 4CIFA 1NK5A 3NAEA 2WONA 3LALA 3ISNC 4HHTA 5CYQA 3PX0A 4CGFA 4PUOA 3ZSYA 4KHQA 3CQ8A 4FLVA 3PO5A 4RW8A 4ZTJA 5CZ2A 3SUNA 2HNDA 4FJ5A 2DY4A 5C25A 4F4KA 4LD0A 4CEEA 4WE1A 3OYCA 1RILA 1D9DA 1EP4A 3QEVA 2HW3A 1FK9A 3MEEA 2EHGA 1U04A 3SJJA 2OZMA 2HNYA 3WNEA 3MEDA 1VSLA 1CZ9A 3HSTB 4E7HA 3AVLA 5J2QA 4CJ3A 2HNZA 1NK8A 2KFNA 1QHTA 1TL1A 3WNFA 3V9UA 3TAGA 3VQ8A 4CJPA 4DTSA 5JS2A 1LWEA 4Z4IA 2Z1GA 4HTUA 3VQ6A 1RT4A 2X78A 4OKEA 4OVLA 2XY8A 4OKJA 2QKKA 2P5OA 4OLBA 1SKSA 1VSIA 4CHQA 4HUFA 1SUQA 4ZHRA 3D0PA 4FJJA 1S5JA 3LP1A 5J2PA 3LP3A 3U3GA 3SZ2A 1QQCA 1NOZA 1Q9YA 4B9TA 1J9AA 4EZ6A 2IAJA 3SNNA 1ASWA 2KW4A 3KLGA 2E6MA 2ETJA 4CJ5A 3NCIA 1EXQA 4DFKA 3B6OA 4DU1A 3WNHA 2JLEA 3LWLA 3TWHA 4Z4HA 4DF8A 3DRPA 3AVAA 1UA0A 1JKHA 5KRTA 3RWUA 1EKEA 2YHBA 4DS5A 1KTQA 3C6TA 3S3NA 1WAJA 3LP2A 4I7FA 5J1EA 3P83D 1LAWA 3EYZA 1C1AA 4HUGA 3F73A 4E3SA 1QSSA 4C8NA 4DU3A 2OPQA 3L3VA 3QIOA 4FJ9A 3ZT2A 4CFDA 3NE6A 5JS1A 1NKBA 1VSMA 1RDBA 3OYEA 3SPZA 3QERA 4CK3A 4DFPA 1ASUA 3ASMA 2WOMA 4W5NA 4FK2A 1ZBUA 4FJ7A 3SCXA 4O0IA 4AHSA 4M3ZA 3NFAA 3PX4A 3AVFA 2R7YA 3SUOA 3KLIA 4DFMA 1BIZA 4CGGA 4NCBA 2DTUA 3HL8A 3MXIA 3V9WA 2W42A 3SUQA 4FZZA 2FBVA 2E4LA 4H4MA 3TAMA 3KKSA 3RR8A 4FK4A 3VQPA 1BQMA 3CFRA 4Z4EA 1GOAA 2BE2A 2D0AA 2RPIA 1JLGA 4BDZA 4DF4A 3TAFA 1ZYQA 4CJQA 3EZ5A 1RTJA 4FJNA 3O4NA 3QLHA 4DLEA 1BGXT 3RMBA 3M8RA 3HM9A 3SUPA 4K8XA 3SV3A 3DOLA 2VG5A 2ZD1A 1HRHA 4FLUA 4M45A 1YVUA 2RN2A 2FC0A 3V1QA 2G8VA 1L3UA 3G10A 3DLKA 4FJGA 3KK2A 4DSEA 2KZZA 1RBVA 1C1CA 4O44A 3AVGA 4O55A 2E6LA 4OGCA 3ZSOA 3HVTA 2PY5A 4KHWA 4AHUA 3LP0A 4QAGA 1CXUA 3QIPA 3ZSVA 4KB0A 1Z25A 3TANA 1U47A 1HPZA 3G0ZA 1LWCA 4HVJA 2GBZA 1ITGA 1K6YA 3SQ4A 1REVA 2IOCA 1NKCA 3FFIA 3KK1A 1SKRA 2F8TA 3B6PA 1SL1A 5EU7A 2X74A 3ULDA 2G8KA 4N41A 1WAFA 2HHWA 2HHQA 5KTQA 4CF0A 1WNSA 3M8QA 3DI6A 5C24A 1RT3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FWPA 5T7BA 1Z6RA 4LF8K 4BDYA 4N56A 2OPPA 1HUXA 3BZKA 3VQ5A 4ELTA 1YJ9N 1WLJA 4RW7A 1XMQK 4E0DA 5F0XA 1S1TA 3LM2A 4F3TA 4I6MA 1KAYA 3HPHA 2P5GA 2OTLN 1SAZA 3W0LA 5HBMA 2QWPA 3M3ZA 5DK5A 4B1ZA 4NCGA 3K5MA 1N36K 3HO1A 4FLTA 3VPZA 5C2DA 4E7LA 2A1RA 3HI0A 2PAVA 4JK9A 4Z4GA 3ZSWA 3AV9A 4CGJA 3G71N 4X66K 3C6UA 1BG3A 1VSKA 4R79A 3THYB 1LOTB 5AR0A 3ZT0A 4FM0A 3R6MA 5CR4A 3CPWM 3J8AA 2A41A 3DXKA 3NVMA 1XHZA 1TL3A 1HYVA 4CE9A 4KREA 4FW2A 3TAQA 3L2RA 4MO5A 2HBKA 1ATSA 1EWQA 4LH4A 1HNWK 4ISGA 3CM5A 5FPNA 3ZSQA 2AA4A 4F3OA 4FK0A 1VQ8N 4BR5A 5K14A 3QFUA 4RW9A 4BWMA 4E1JA 5TKYA 4DG1A 1XC3A 4CJRA 4J8FA 1TKXA 4Y1DA 4QS9A 2OYQA 2FBYA 1J5EK 1OVYA 5EY4A 4LH5A 4ELUA 3NF6A 1RT1A 4CVNE 1YT3A 4C8LA 1RT6A 1Q86O 1YTAA 3VA0A 3OVNA 1OH5A 4BDPA 4ISFA 3CCLN 5DMRA 1SQKA 5KQDA 5ADXA 1KCFA 2CH6A 4E7JA 2B4JA 5BR9A 1FW6A 3NF8A 3BGRA 4E89A 1XNRK 3VA3A 4M42A 3RRGA 4AHVA 3AGKA 5LMNK 3MN5A 1HKCA 4X65K 2OPRA 3ZEUB 3HYFA 3VGMA 3K0SA 4A2AA 4DUYK 1S9GA 3VQBA 3KLFA 4JK8A 4CF9A 4DV4K 3OYHA 3CFPA 2QWLA 1E4GT 1DEJA 3O9UA 3NGIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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