1VSLA

Asv integrase core domain d64n mutation with zinc cation
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTNFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for inactivating mutations and pH-dependent activity of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (INTEGRASE)
total genus 55
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vslA00
4FLZA 4DTPA 2Z1HA 2BE2A 4CEOA 3NFAA 3V9UA 4NCAA 5CZ2A 2IOCA 1HQUA 2YHAA 3AVNA 3D45A 3NF6A 4W5OA 3D0PA 4RW7A 3RTVA 3TARA 4CK2A 1NK9A 4N76A 3RR8A 1C0TA 1RCHA 2XY8A 4CF0A 3K5LA 3QNNA 4E7JA 3L2RA 3TAGA 1L3TA 2IS3A 3PO4A 4LH4A 4N47A 4CHNA 4CGHA 1KFSA 4KHUA 2KFNA 3O4QA 4CJSA 3M8SA 2FBXA 3LWMA 4DLGA 4FJ7A 3RR7A 3AVCA 2ATQA 3SNNA 4W5RA 4CGFA 3NBPA 5C24A 1T03A 1RT1A 2HB5A 5KRSA 4YNQA 4I9QA 4CFCA 4JLHA 3OYNA 3OYDA 4DSFA 4ZTJA 3DLGA 1QTMA 1ZBHA 2DY4A 1JLAA 1JL1A 2YKMA 4OVLA 3V9XA 4ZTFA 1CLQA 3M8QA 2FBTA 1ASUA 4FJ5A 3IG1A 4ELVA 1C6VA 3O3FA 4FJKA 3ITHA 3L3VA 4DQIA 1TKXA 2HHVA 4CGIA 1NK6A 4DSIA 4JS5A 3SQ4A 3ZSXA 3LAMA 4KHSA 4DU4A 2B5JA 4G1QA 1A5VA 3CM5A 3E01A 1TKTA 4AHRA 4CF2A 3K5MA 1JLCA 4ID5A 1WAJA 3NGZA 1BCOA 1LWCA 4DS5A 1NK5A 2PY5A 1TVRA 4FK4A 3V81A 1BI4B 4DSEA 3TWHA 4DFJA 4F3OA 2KTQA 2IAJA 3AO1A 4B8AB 4W5NA 3PY8A 3HXMA 2HHSA 4DWIA 4O55A 3V9SA 4KRFA 3L3UA 4CEDA 4E1NA 3S3OA 1S1VA 4DU3A 3L2VA 1HPZA 4H4OA 1RTJA 3AVMA 3TAMA 3AVBA 1FKPA 1WSGA 3MEEA 1S9GA 2DFHA 1QHTA 3B6OA 2D5RA 1TV6A 4CEFA 3K57A 1SKWA 1HYSA 2BDPA 3G10A 4FJLA 1HMVA 4E19A 1GOAA 3LPTA 5J2PA 2R7YA 4CJ4A 2P5GA 2G8HA 3O3GA 3AVLA 1JXBA 4ID1A 3KK1A 1Z25A 3AO5A 1XI1A 4CJLA 3V9WA 4AILC 2Z1IA 1NKEA 1BL3A 4RW9A 1NOYA 1BCMA 1NK4A 1JKHA 3M8PA 3OYGA 2I5JA 3MECA 4Y1DA 5J2MA 1UWBA 2E6MA 4ICLA 4E3SA 3RMBA 1NJXA 4KTQA 4PUOA 2F8TA 3SPYA 1QQCA 3DRSA 4EP4A 5SZTA 4C8OA 2G8UA 2VG5A 2B4JA 4FXDA 4AHUA 4BE2A 1XC9A 1LAVA 1VSHA 1KLNA 3VQEA 1BHLA 2W42A 1T05A 1CXUA 3ZT1A 1UA1A 4FYDA 3QLHA 5I42A 4Q5VA 2FC0A 3C6UA 3SQ2A 4LSLA 2RKIA 1TAQA 3RMCA 1T7PA 1LV5A 4R5PA 1C0MA 4JRQA 1HYVA 1X9MA 1RBVA 4LSNA 4J2AA 3LANA 4DQPA 2VG6A 4CESA 3SUOA 4B9NA 3RRGA 4CFAA 4I7FA 3S3MA 3VQ4A 3LP1A 2F8SA 4KHQA 1VSDA 3LZIA 5D3GA 3DRRA 4M45A 4E0DA 3RRHA 4B08A 4DQQA 1XWLA 4C8KA 3OJUA 4M3WA 1VK0A 4DF4A 3ASMA 4CJEA 2XHBA 2P1JA 2HHUA 5CYQA 3QEPA 4CEBA 1KVBA 3P1GA 4HHTA 4DTMA 1A5WA 4DSKA 1RDCA 4DTUA 1EX4A 4TSXA 4WE1A 1S6QA 4EZ9A 1S1WA 4QCLA 2KW4A 3ZCMA 3HT3A 2RN2A 2G8WA 1N6QA 4Z4EA 4DQRA 3O3HA 4DTNA 4KTZA 4BE1A 3KLGA 2YV0X 3LDSA 4NYFA 4HUEA 1Q8IA 1S1TA 3V1QA 1VRUA 1WLJA 1O1WA 5CY4A 4OKEA 4BWMA 4DTXA 1SKRA 2HHWA 5EU7A 1Q9YA 2FBYA 3LAKA 1J5OA 1D9FA 1BISA 3HO1A 2P51A 4HVJA 4N5SA 2ZE2A 1IH7A 4FJIA 1HYZA 2OPQA 4CFDA 1L3SA 1LWEA 4RG8A 1FXXA 3OYIA 4OLBA 2HW3A 1ASWA 1VSLA 3NF9A 4LD0A 1ZBUA 4CJ3A 1TL1A 1T8EA 3HK2A 2HVHA 5HLFA 1QS4A 4CGDA 5J2QA 4AHVA 4J2BA 2XRIA 3CFPA 3V9ZA 2NUBA 2IC3A 3OYMA 1Y97A 1SL2A 4M3TA 1WSEA 4DTSA 4PA1A 3V6DA 1NJYA 1BIZA 3K5NA 4BWJA 3SZ2A 3JSMA 3I8DA 1U49A 4KHWA 4H8KA 4FW1A 1KLMA 3V1RA 4OGEA 3NHGA 3OJSA 4M3YA 3NF8A 3T19A 2D0CA 3LP2A 3I0SA 3LPUA 3TABA 3OYCA 4B9UA 4HUGA 2HHQA 1DLOA 1RT5A 3LP0A 5DMRA 1UA0A 3CM6A 3VQPA 1J53A 1KTQA 3U3GA 1BQMA 4FJ9A 3IAYA 2X6SA 4YFUA 1FKOA 2IGIA 4OPKA 4BACA 2OPRA 3QETA 1ITGA 4B9MA 1JL2A 2HNDA 1RNHA 1XHZA 4Z4IA 3AVHA 1N5YA 2X6NA 3NH2A 3KKRA 1RBSA 4CJ5A 4J2DA 1JXEA 3HPGA 3K58A 3TAEA 4CJQA 4N56A 3VQAA 3L2WA 4J2EA 1TGOA 4FM0A 1D5AA 1A5XA 3ULDA 3L2UA 2HVIA 5KGXA 2Y1IA 4CHPA 3C94A 4CJRA 4JRPA 4DG1A 4FLXA 4KV8A 3PV8A 4FK2A 4O5BA 4UQGA 2WOMA 3RWUA 1IKXA 1DTQA 3AA2A 2GUIA 3OYBA 3V4IA 4MQ3A 4BDYA 2DFEA 2GBZA 3CG7A 3TANA 1VSMA 1VSKA 3VA0A 3CQ8A 4FM2A 4FM1A 1R0AA 4Q0BA 2A1SA 2KFZA 3K59A 4ELUA 2FBVA 4CHQA 2D0BA 5HP1A 3HVTA 4GMJB 4CJWA 4N41A 3VQDA 3C6TA 4OKKA 1FK9A 3VA3A 2XO7A 1SL1A 5CYMA 4Z4HA 3SQ1A 1VSIA 2KZMA 3K5OA 3AVIA 3HVRA 1L3VA 3KLHA 2QK9A 1RTHA 2OZMA 3SV3A 5HRPA 2G8IA 4F2RA 3EZ5A 4O4GA 1S6PA 3L2QA 4KKOA 4AHSA 1JLEA 2OPPA 4KAZA 4K8XA 3KD1E 2Z1GA 3OS0A 4FJMA 5K14A 4OLAA 3AVAA 2YNFA 2X74A 3QIPA 3QEXA 3TAFA 3HL8A 1WSJA 5FDLA 1C1BA 3VQ6A 4B9LA 5KTQA 1SL0A 3QEWA 3SUNA 4DQSA 3FFIA 2E6LA 3DMJA 4OJRA 3PX6A 1IKVA 2O4IA 3WNGA 2Z1JA 4Z0UA 4CIGA 2G8VA 4B9VA 1HNVA 4CERA 3DRPA 1GOBA 3CYMA 4XIUA 1WSFA 4DFKA 4F4KA 1JLQA 3VQ5A 1KFDA 3QEIA 1D8YA 1YTUA 5HBMA 2OYQA 1BGXT 2LSNA 3ZT0A 1TKZA 4DMNA 4CK3A 2XY5A 5FRMA 3AO2A 3WNEA 1QSYA 3AV9A 4DFPA 3VQQA 3DYAA 1B92A 3PUFA 4FVMA 2ZD1A 1U48A 3M8RA 4OPJA 3QNOA 1C1AA 3QERA 1U04A 5J2NA 3TAQA 1UAXA 1W0HA 4FJNA 1U47A 2ETJA 5E41A 4DTOA 3SUQA 4FZYA 4CEZA 4FCYA 4K8ZA 3THVA 1HNIA 2PZSA 4CJKA 1J9AA 5HROA 4AHTA 4EZ6A 3SYZA 1IKWA 2KQ2A 4PQUA 2HHXA 4IG3A 3KK2A 3NAEA 1NKCA 4FZXC 1QE1A 4CE9A 2DFFA 3ZT2A 1ZBFA 4DLEA 2HNYA 4NCGA 3VQBA 3MXJA 4CJUA 2PYJA 4KB0A 1X9SA 3KLFA 1TL3A 3OS2A 3KKSA 4KHYA 4CEQA 5FRNA 3TAPA 3ZSYA 4ELTA 1IO2A 3QEVA 1DTTA 1TK0A 1X9WA 1WSHA 3ZSZA 3OY9A 4RW8A 3BDPA 3IRXA 3MXMA 1EXQA 5DK5A 3DLEA 3KLEA 4Z4CA 1BI4A 4IFVA 3B6PA 4F3TA 3OYFA 1RDAA 1JLBA 2XY7A 1RTDA 1W9HA 3HP6A 1S5JA 5KI6A 3NH0A 3ZSWA 1HRHA 4Z4GA 1RT3A 3LALA 4FJGA 4B8CA 2OZSA 3CFOA 4F2SA 4FLWA 3F73A 4FW2A 4LY7A 3OYEA 1CZ9A 2EX3A 5C25A 1X1PA 2Q3SA 4CF9A 3U3YA 1NK0A 1LW0A 2OA8A 1I39A 1S1XA 4CEEA 4KHNA 1U4BA 4IFYA 1EETA 1KCFA 3NE6A 1B9DA 4KI6A 3OYKA 1ZYQA 1CZBA 4NYNA 1REVA 3PX4A 2HMIA 4CHZA 3KK3A 4KFBA 3VQCA 4M3UA 4CGJA 2KZZA 2BANA 4FLYA 1NK7A 3DLKA 1RT6A 2JGUA 2OPSA 5CZ1A 3HJFA 2YNHA 2ITGA 3OYJA 2VWKA 4CF1A 1WAFA 3QO9A 4MFBA 3TR8A 3ZT4A 1ASVA 3AO4A 4EP5A 3SCXA 1C1CA 3T1AA 2F96A 3EYZA 4FJHA 1UOCA 3HYFA 3QINA 4IG0A 1D9DA 1B9FA 3O4NA 4C8MA 1RT4A 1TKDA 3SPZA 4KPYA 3MAQA 1Q9XA 1WNSA 3KTQA 3LWLA 4RW6A 2WONA 1JLFA 4FZZA 3DM2A 5FROA 1WN7A 2D0AA 4E7LA 3DLHA 2G8KA 3OYLA 1IKYA 1SKSA 3SJJA 1F21A 1VSJA 4HUFA 4DS4A 4KB1A 3UIQA 3AA5X 4DU1A 1SV5A 1SUQA 3HM9A 3SUPA 3AVFA 1LAWA 4HTUA 1WSIA 1VRTA 2E4LA 3HPHA 3IS9A 5HRRA 3OS1A 5KRTA 2BGGA 3VQ8A 3NF7A 1TK8A 2YNGA 4C8NA 4HCCA 1YVUA 4CEAA 4M41A 2G8FA 4KO0A 1XHXA 3DOLA 3VN5A 4CCHA 4DFMA 4F8RA 1JLGA 4E89A 4CJTA 1MU2A 3G0ZA 4GVMA 4B3OA 3ZT3A 4JS4A 3MXIA 3V1OA 4W5QA 1I3AA 3HPOA 1NJZA 4PY5A 4BDZA 4B9TA 4I2QA 3ISNC 3ZSQA 4CHOA 2O4GA 1NKBA 4FJ8A 1KSPA 3NDKA 4I2PA 3PO5A 1LW2A 4L8RB 2HNZA 4CFBA 3VQ9A 4DSLA 4ZHRA 2YKNA 4BDPA 2VG7A 3QESA 1RTIA 4KTWA 1S9EA 3RMAA 2ZQBA 3AO3A 4CF8A 3JYTA 1NJWA 5SWMA 3F9KA 3C95A 1RDBA 2VWJA 2X78A 3SQ0A 3HSTB 4W5TA 3P5JA 2DTUA 4OGCA 2JLEA 1RBRA 1RBTA 3AA4A 3PX0A 2QXFA 2QKKA 4OKJA 1TK5A 1EP4A 4IBNA 4O44A 3BGRA 3KD5E 1YTAA 5I3UA 3MEDA 3NH1A 4Z4FA 4CGGA 3P83D 3ZSRA 1K6YA 4DTJA 1BQNA 2YNIA 5HRSA 1U45A 4M3XA 2PYLA 1Z26A 4BE0A 3LZJA 1QSLA 4KI4A 2B6AA 1RILA 2A1RA 4NCBA 4KREA 1VSEA 1J54A 4HCBA 3S3NA 3AVKA 3DI6A 3KLIA 4AH9A 4E1MA 3T3FA 1VSFA 4GW6A 4O0IA 4FK0A 2AJQA 3K2PA 3S9HA 4AHCA 3DLRA 4CHYA 4FLVA 4DTRA 2YHBA 5J1EA 4I9LA 1S1UA 3EY1A 1LWFA 1GOCA 3ZSOA 2XY6A 2Y1JA 3RMDA 4DF8A 1KRPA 4CJPA 3WNHA 5T7BA 3SV4A 4E7KA 1L5UA 4QAGA 5JS2A 4Y1CA 3CFRA 3TI0A 3AA3A 3DLBA 4C8LA 4PWDA 3OYAA 4CECA 2GV9A 4FLUA 2EHGA 1ZBIA 4FJXA 4CK1A 2RF2A 3AVJA 1QSSA 5KGWA 1RT2A 4E7HA 1CXQA 3AVGA 4E7IA 3NGYA 4M42A 4RW4A 4QOZB 3HP9A 3KJVA 4H4MA 3L8BA 1RT7A 2RPIA 5JS1A 1C0UA 3DOKA 1EKEA 2P5OA 4IKFA 3ZSVA 1YT3A 3OYHA 1IG9A 4LH5A 4M3ZA 3I0RA 1G15A 1NOZA 3QIOA 3NCIA 1ZBLA 2IDOA 1RDDA 3ALYA 4CIFA 3A2FA 4IDKA 3H08A 4CJFA 1KVCA 3NGIA 1HQEA 4DSJA 4CJVA 1HJRA 5HRNA 3SI6A 1NK8A 1TAUA 1BIUA 3KIOA 4B9SA 2QKBA 2HHTA 3U6FA 4O0JA 1RBUA 3MEGA 4FLTA 3WNFA 3VQ7A 4CIEA 3LP3A 1KVAA 4M3RA 1L3UA 3OVNA 4FJJA 5C42A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XH4A 3VEZA 4JYAK 4CEOA 3E9PA 1TUYA 1N34K 4W5OA 4N76A 2XY8A 4BQZA 4EFHA 1L3TA 3L2RA 5FPNA 3LM9A 3O4QA 4WQ5C 4JAXA 3M8SA 4DLGA 2ATQA 1O13A 4CGFA 3SLCA 4I9QA 2QI2A 3OYNA 1K8KA 2O8BA 1M1KO 1QTMA 1JLAA 1JL1A 2E2QA 1YAGA 3M8QA 4FJ5A 1J6ZA 1C6VA 3O3FA 1JJ2M 3ITHA 3L3VA 5JVGL 4CGIA 1NK6A 4JS5A 2Q0RA 4DU4A 2B5JA 1A5VA 3TI0A 4ID5A 3NGZA 1U2VB 3GOIA 4CZLA 4DSEA 4DR6K 3IDHA 4GV6A 2IAJA 4FWRA 4W5NA 3C7NA 3D2EA 3VF4A 4DWIA 4KRFA 3L3UA 3O6WA 3S3OA 3E1YA 4H4OA 1NJIO 3TAMA 3AVBA 1FKPA 5BPMA 3MEEA 1S9GA 5GAHP 3K9JA 2BDPA 3L6QA 3LPTA 3RSEB 5DM7L 5J2PA 2G8HA 4EAHD 3KK1A 5AQMA 4CJLA 1VQON 2Z1IA 1BL3A 3WXMB 4DV1K 1BCMA 4JI0K 3CHWA 3M8PA 3OYGA 4U7BA 3DXKB 4AHUA 4BE2A 1VSHA 2O8EB 3VQEA 1BHLA 4FYDA 3QLHA 5I42A 4DR4K 4DR2K 1LV5A 3MWTA 1TYQA 1HYVA 3KWIA 1RBVA 1X9MA 1KD1O 4J2AA 2RE2A 3LANA 4DV2K 3SAHA 3RRGA 3S3MA 3VQ4A 3LP1A 2QEXN 5D3GA 2EWSA 4BRIA 4I6MA 4B08A 1XWLA 3VPZA 5AZJB 4DV4K 4CJEA 1Q86O 1U2VA 4CEBA 1A5WA 3WT0A 4WE1A 3ZLJA 3P39A 4EZ9A 2PBDA 4BREA 3L0QA 1DEJA 3VEWA 4JI7K 4QCLA 3T69A 3CPEA 4WQ4C 4AM6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4X62 K;  3HST B;  3KHY A;  2DTU A;  1RBT A;  2FXU A;  1TK5 A;  3BGR A;  3MED A;  4H5N A;  4Z4F A;  1QZ6 A;  1K6Y A;  3WQT A;  2QXL A;  1BQN A;  4FWM A;  5AQF A;  4M3X A;  3ZEU B;  2PYL A;  1Z26 A;  3LZJ A;  2IVO A;  4WQ4 A;  1IBK K;  2A1R A;  1VSE A;  1J54 A;  1W2B M;  1NMD A;  2ZM6 K;  3DI6 A;  3KLI A;  3T3F A;  3ZX2 A;  3JAM O;  4O0I A;  2VWB A;  2HBM A;  2FF6 A;  3TTF A;  4AHC A;  2YHB A;  2Q2R A;  5J1E A;  4I9L A;  4XH1 A;  3TPQ A;  1GOC A;  3ENH A;  2Y1J A;  5TKW A;  3E9O A;  1KRP A;  4QAG A;  4C8L A;  3CFR A;  3CER A;  3DXM A;  2PFU A;  2GV9 A;  4CEC A;  3OYA A;  4H5W A;  1ZBI A;  2RF2 A;  3C65 A;  3CCS N;  1OH5 A;  3NGY A;  4H03 B;  5JS1 A;  1RT7 A;  4B1Y B;  5LJV A;  4BGB A;  4IKF A;  4IJN A;  1KC8 O;  3I0R A;  4FPA A;  3A5L C;  4FWO A;  4A2A A;  1HQE A;  1BA0 A;  2UUA K;  5EY4 A;  2HHT A;  3U6F A;  4FLT A;  3VQ7 A;  3PLA A;  1IBM K;  5JIC A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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