1VSLA

Asv integrase core domain d64n mutation with zinc cation
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
b'GLGPLQIWQTNFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords PROTEIN (INTEGRASE)
publication title Structural basis for inactivating mutations and pH-dependent activity of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
molecule tags Hydrolase
total genus 55
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vslA00
3LAMA 4KTZA 3VQDA 1C1AA 3AO5A 3QO9A 4OKEA 1C0MA 4OGEA 2FBTA 5J1EA 4DLGA 1FXXA 3OYCA 1K6YA 4CEZA 1KLNA 4M3TA 1BCOA 3OYMA 3WNFA 1SUQA 2YHBA 5FRNA 4FXDA 4FJGA 4M41A 3F73A 1YTUA 4KAZA 3TI0A 4PWDA 2PY5A 3LPUA 4I7FA 3HJFA 4I2QA 1QS4A 3ZSQA 3AVLA 4FJNA 2GUIA 4W5NA 2A1SA 3V1RA 3M8SA 1T7PA 4EP5A 2G8VA 3S3NA 3D0PA 1S6PA 4KREA 4M3WA 2HHVA 4M45A 1RCHA 1T05A 3ZSYA 3PX6A 2Z1IA 4I9LA 1NK7A 1QHTA 1JLEA 1C0TA 3RMAA 1TGOA 3WNGA 4J2EA 4AHCA 4CFDA 4HUEA 3S3MA 1FK9A 1RT2A 3JYTA 4DQSA 1Q9YA 3S3OA 4F4KA 1VK0A 4CJKA 2B5JA 4J2DA 4M3UA 3O4QA 1GOCA 3ALYA 2HMIA 3K58A 1EKEA 3P5JA 4DTOA 5CY4A 1LWFA 1HJRA 2YNFA 1RT6A 3MXIA 2HNDA 1TAUA 4KB0A 1XWLA 4DSEA 4ZTJA 1BQNA 1J9AA 1KFDA 3K5NA 3NDKA 4KFBA 4EZ6A 1BIZA 4KHUA 2BGGA 2IGIA 4CGFA 3NGYA 1N5YA 4AHUA 4BE2A 1CLQA 2IOCA 2KQ2A 2Y1IA 4LY7A 3TABA 1WSIA 3IS9A 3OYIA 1NJXA 1KRPA 1RDDA 3QLHA 3WNEA 4DQQA 4ELVA 1RT3A 4C8OA 2YKMA 5CZ2A 2IAJA 2KFNA 5KGXA 4KO0A 3T1AA 2Z1JA 1HYSA 1TKXA 1WNSA 3ITHA 4CF1A 3S9HA 3VQCA 1SL0A 2HHWA 1LAVA 1RTHA 1WSEA 4H8KA 3TANA 4CHQA 3VQ8A 4DQIA 1U47A 1KVBA 3M8QA 3TAQA 3O4NA 3SJJA 2D0AA 4KKOA 4KTWA 4CFBA 4W5TA 3C94A 3CG7A 3QEIA 3HO1A 3V81A 2QKBA 4DU3A 3KIOA 2AJQA 4HUGA 1RDBA 1ZBLA 3NF8A 1NJZA 4DTPA 1KSPA 3QIPA 1CZBA 2BANA 3P1GA 3P83D 3RMBA 3SI6A 4DWIA 5I42A 3NH0A 3NHGA 4KTQA 3AVMA 1RBSA 3QINA 2P51A 3AA2A 3KLEA 2FBYA 3KKRA 2XHBA 1JLAA 4CJTA 2KZZA 3AVIA 1NKCA 3AVNA 2ZQBA 2G8UA 3DOLA 2QXFA 1CZ9A 4FW1A 3NAEA 3TAPA 2ZE2A 2HHSA 1BL3A 3L3VA 1IG9A 3VQ6A 3SQ4A 4NYNA 3SUQA 4WE1A 4FJXA 4RW9A 2YNHA 3BGRA 2A1RA 4IG3A 1WSJA 5CYQA 5EU7A 2B4JA 4B9UA 2O4IA 3O3FA 2OZSA 2XY7A 3VQ4A 1VSKA 4QAGA 3L2QA 3OJSA 3CFPA 2ITGA 5KTQA 2VWJA 3PY8A 4G1QA 1IKVA 3L8BA 3TARA 4FW2A 1I39A 4M3RA 3ZCMA 3SNNA 4QOZB 4DQPA 3NGZA 3KK1A 1RT1A 2DFFA 1U49A 4FLWA 2P5OA 3VQQA 2XY6A 4CJQA 4FLVA 1SL1A 2HHUA 2EHGA 4CJRA 4CJFA 5I3UA 1T8EA 4FJ8A 4FZXC 4F2RA 4F3TA 4IKFA 1NK6A 3O3GA 3HXMA 4DTXA 1L3SA 4OGCA 1SKWA 1LW2A 3AVAA 1JLGA 1TL3A 3TWHA 1RT4A 3AO3A 4CIFA 2Z1GA 4N76A 5KI6A 4CEDA 4FVMA 4B9MA 1FKOA 1NOZA 4KI6A 3NGIA 3ZT2A 2KFZA 3K57A 1X1PA 4CGHA 3CFOA 3C6UA 4CEQA 4N5SA 3SV4A 1QTMA 3MAQA 1RBVA 1L3VA 1IKYA 2HNZA 2RPIA 3DRRA 4BE1A 2D0BA 4M42A 3KK2A 1BGXT 4Z4GA 1KTQA 3V9SA 4B9VA 3WNHA 4FLYA 4DG1A 1EX4A 3MEEA 5HLFA 4PUOA 1NK9A 5JS1A 3NBPA 3K5MA 2IC3A 3B6PA 3DMJA 3HSTB 3QNOA 4F8RA 4PQUA 3MEGA 4CF8A 4CHNA 4DSLA 3LAKA 4W5QA 3ISNC 3HK2A 2F8SA 3HPGA 4BDPA 1JLBA 3NFAA 4CFAA 4NCAA 1S1XA 3RMDA 3A2FA 3K5OA 3L2WA 1UA1A 1U45A 1TKDA 2O4GA 1S5JA 4OJRA 4E3SA 3DLBA 4E89A 1UWBA 4XIUA 1RDCA 3I8DA 1XI1A 4CJPA 3QESA 1IH7A 1ITGA 1LWCA 2B6AA 1ZYQA 4IDKA 2VG7A 3AV9A 3IG1A 3I0SA 3LP2A 1HNVA 1UAXA 2ETJA 5DK5A 4KB1A 4N41A 2WOMA 5J2PA 1S1VA 1KVAA 4CF0A 1SKRA 1NK0A 3MXJA 3QEPA 1NJWA 4PY5A 2VG5A 1JL1A 1J53A 4MFBA 4NCGA 4W5OA 3EZ5A 1XC9A 3SQ2A 3MECA 4Y1CA 3KD1E 2ATQA 2HW3A 4GW6A 4DS4A 3SUNA 1HYVA 1TK5A 5HBMA 2Q3SA 3LZJA 3QEXA 4J2AA 1YVUA 1L5UA 4B9TA 1BI4B 1I3AA 4W5RA 3VN5A 1RDAA 5HRRA 2Z1HA 2YNIA 4E1NA 3OYEA 4KRFA 3OYJA 3SV3A 3ASMA 5HP1A 5HRNA 1XHXA 4L8RB 3VQ9A 4JRQA 3ZT4A 1B9DA 3NCIA 4FLZA 1S6QA 3VQAA 2ZD1A 1RILA 2F8TA 2GV9A 3PX0A 1ZBIA 3QEVA 2HHTA 4K8XA 3OVNA 1JLCA 1W9HA 4DTUA 3LALA 4FLUA 5HROA 3AVHA 1O1WA 3VQEA 2WONA 3QIOA 3DM2A 4B8AB 3V9WA 3KK3A 3SCXA 4CK2A 4CEFA 3LANA 4PA1A 2X74A 4FM1A 3V9ZA 1C0UA 4ELUA 4RG8A 1RBRA 5FROA 1KCFA 5E41A 3SZ2A 3DLHA 1REVA 1S9GA 1VSFA 4DFJA 2HB5A 1ZBUA 4CHZA 1X9MA 4CJUA 4KHSA 2QK9A 2HNYA 3RR8A 4I2PA 4OLBA 1Q8IA 4CERA 2XY8A 4FK2A 2RN2A 5CZ1A 4AHSA 3AA4A 1ASWA 3T3FA 4B9LA 4N56A 2W42A 1WSFA 5SZTA 4FJ7A 4CHYA 3THVA 3NF7A 4E0DA 4FZZA 2F96A 2KTQA 1EXQA 1RBUA 3DLGA 4E7LA 3SUPA 1TK0A 3V9XA 3RRGA 2OYQA 5C24A 4DTSA 4CEEA 2X6NA 1D8YA 4NCBA 1VSEA 4AHVA 4DTRA 4RW6A 2G8IA 3SPZA 4RW7A 3HYFA 4KHYA 1JXBA 3ZT3A 4CK3A 1SL2A 2PYJA 1C1CA 4LD0A 4IFYA 3VQBA 2OZMA 3UIQA 3M8PA 2KW4A 4FM2A 3VA0A 3LP1A 3I0RA 4DTMA 1NK5A 4KHQA 1JLQA 4FJMA 1J54A 4RW8A 1NK4A 5D3GA 2X6SA 1VSHA 1A5XA 2XRIA 4CF2A 3ZSZA 3ZSXA 3K59A 1JKHA 4DU1A 2FBVA 4C8KA 1HYZA 1NKEA 3VA3A 3HP9A 3SUOA 4ZTFA 4FJKA 2D0CA 3KLFA 3SPYA 3PO5A 4KV8A 4IFVA 3OYAA 3DOKA 1YT3A 3KKSA 4GVMA 1TK8A 4CJWA 3ULDA 4B3OA 1KVCA 1VSIA 1HRHA 4OKJA 1ASUA 4AHRA 4O44A 3DI6A 2HHQA 3SQ1A 3JSMA 4E7IA 3CYMA 4ID5A 1TKZA 1KFSA 4CGDA 3MEDA 4Z4CA 4LH4A 4I9QA 4KHNA 4FJJA 1KLMA 3LPTA 5T7BA 4EP4A 4DF4A 4CECA 2VG6A 1TV6A 1CXQA 5DMRA 4CF9A 5C25A 4Z4IA 2OPPA 1FKPA 1S1TA 2BE2A 4CESA 4FLXA 5J2MA 3TAGA 3DRPA 1WN7A 1HQUA 2OA8A 3ZSRA 3KTQA 4Z4EA 3IRXA 3LWLA 3LWMA 2G8KA 3OYNA 2IS3A 3MXMA 2HVIA 2FBXA 1WLJA 4DSJA 3RTVA 3DRSA 4EZ9A 4OPKA 3OS2A 4CEOA 4Q0BA 1UOCA 4O4GA 1EETA 4BWJA 1RNHA 4KHWA 4DQRA 4DFMA 1LV5A 3QETA 4C8LA 3L2RA 3TAMA 4CJSA 5JS2A 3E01A 2BDPA 4FJHA 1L3UA 3NE6A 2DY4A 3FFIA 1TKTA 4YFUA 2RKIA 4FM0A 1WAJA 4TSXA 1D5AA 3VQ7A 4CHPA 3U6FA 4DSFA 5J2NA 4BE0A 1Q9XA 4DFKA 2VWKA 4CFCA 3NH2A 3O3HA 3HP6A 3AO1A 4BWMA 3OYKA 2G8WA 2JGUA 2YKNA 3AVCA 3AVKA 1S1WA 4HUFA 1QQCA 4CEBA 1N6QA 2HVHA 5HRPA 3TAFA 1ASVA 1B92A 4E19A 2Y1JA 3M8RA 4CEAA 3RMCA 3HM9A 3PUFA 4N47A 1BISA 1A5WA 4Q5VA 3L2UA 4OVLA 3QEWA 4F3OA 4C8NA 1RTIA 2KZMA 4MQ3A 3OJUA 1D9DA 2P5GA 3ZSWA 3KLIA 1LW0A 4O55A 4DFPA 3U3YA 3PO4A 4DSIA 4FK0A 2XY5A 1RT7A 1YTAA 4O5BA 3V1QA 4JS4A 1U48A 1D9FA 3RWUA 1VSMA 3DYAA 3AVFA 3PV8A 3HVRA 3HPOA 2E4LA 1TVRA 1VSDA 4IG0A 4OKKA 2EX3A 4CJ5A 4E7JA 3K2PA 4CJ3A 2PYLA 1S1UA 1G15A 1C6VA 1U04A 4JRPA 4HVJA 4M3XA 1NOYA 3V9UA 1IO2A 1JL2A 1EP4A 4FJ5A 4DU4A 4ID1A 4CK1A 2G8HA 3AVJA 3BDPA 4K8ZA 1QSYA 3RRHA 5FDLA 4CJ4A 3G0ZA 4O0IA 4Z0UA 3ZSOA 4CJVA 4E1MA 3SYZA 2D5RA 4DTNA 4ELTA 2NUBA 4Y1DA 4FLTA 2FC0A 1BIUA 1VSJA 1HNIA 3B6OA 4JLHA 1X9WA 4DSKA 1Z26A 4F2SA 3C6TA 2P1JA 2E6LA 4HCCA 4FYDA 4DS5A 4DLEA 3D45A 3NF9A 4E7HA 4OLAA 4HHTA 3V6DA 1C1BA 4BDYA 1HQEA 4CIGA 1GOAA 3DLRA 2QKKA 1XHZA 3V4IA 4CJLA 4QCLA 1WSHA 4OPJA 4CJEA 1BHLA 1IKWA 5SWMA 4DTJA 3HPHA 3OYGA 1BQMA 3K5LA 4ZHRA 3CFRA 3QNNA 3AVGA 3CM6A 2LSNA 3QERA 4M3YA 4Z4HA 3IAYA 1NKBA 4H4MA 3CQ8A 4HTUA 4B9NA 1JLFA 4IBNA 3VQ5A 2IDOA 4LSNA 4FZYA 1DTQA 4NYFA 3AO2A 4RW4A 3ZT0A 4FK4A 4R5PA 5K14A 3NH1A 3VQPA 1LAWA 3OS1A 4J2BA 1JXEA 4GMJB 4CIEA 2YV0X 1SV5A 1TAQA 4AHTA 2PZSA 3KLHA 1HMVA 1RTJA 2DFEA 3LDSA 1IKXA 1Z25A 3T19A 5C42A 1S9EA 3V1OA 4LSLA 4DF8A 3OYBA 1T03A 1ZBFA 2G8FA 2JLEA 1DLOA 1WAFA 1A5VA 1B9FA 1SKSA 4CCHA 3KLGA 3OYHA 3KD5E 3ZT1A 3G10A 4O0JA 3OY9A 3OS0A 3RR7A 4B9SA 1QSLA 4B08A 3EY1A 4B8CA 3U3GA 3AVBA 4CHOA 4AILC 1RTDA 4FJLA 4JS5A 1UA0A 2OPQA 2X78A 3AA3A 5KGWA 1ZBHA 3C95A 3OYDA 4FCYA 1WSGA 2R7YA 1W0HA 4ICLA 3TAEA 4DMNA 2DFHA 4KI4A 3L3UA 1LWEA 5HRSA 2YNGA 3PX4A 5FRMA 2E6MA 1X9SA 2DTUA 4BACA 4C8MA 2OPRA 1Y97A 1NK8A 3AA5X 2HHXA 4FJ9A 5J2QA 4HCBA 4KPYA 3L2VA 4BDZA 3DLKA 3LZIA 1F21A 3OYLA 4LH5A 1VSLA 3ZSVA 1DTTA 4CGGA 4M3ZA 2RF2A 4YNQA 1J5OA 3F9KA 2OPSA 3CM5A 1GOBA 4UQGA 1BCMA 3NF6A 3HT3A 4E7KA 3KJVA 1CXUA 2GBZA 1L3TA 5CYMA 2I5JA 4FJIA 3OYFA 3AO4A 4Z4FA 1MU2A 5KRTA 2XO7A 4CGJA 4H4OA 1BI4A 1RBTA 3SQ0A 3DLEA 3LP0A 1RT5A 1VRTA 1R0AA 1QE1A 3H08A 4CE9A 3HVTA 3EYZA 1HPZA 1QSSA 1U4BA 2YHAA 3LP3A 1TL1A 3HL8A 4CGIA 3TR8A 5KRSA 1VRUA 1NJYA 4AH9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3F2KA 4NXNK 5J1EA 4OGEA 1C0MA 4CJ7A 3D6RA 4BR7A 3MCAB 4M3TA 2YHBA 5FRNA 3M6GA 1YTUA 4KAZA 3TI0A 4I2QA 4DR4K 3ID8A 2GUIA 2A1SA 4EP5A 2WC9A 3D0PA 5LJWA 1S6PA 5C10A 3HOSA 2D0PA 3ZSYA 3M1FA 1NK7A 1C0TA 4AHCA 5JVGL 3S3MA 5AZIA 2F4VK 1IBKK 3VEYA 3EEQA 4M3UA 3O4QA 3O9QA 3ALYA 2HMIA 3VF4A 3J80O 4DTOA 1HJRA 5GAHP 1RT6A 3BZKA 2O8DB 3CJCA 1TAUA 4KB0A 1MDUB 3CCUN 1Q7YO 4ZTJA 5AR0A 4IEIA 1BQNA 3EZWA 3OTOK 4EZ6A 1BIZA 3ENHA 3E9LA 3W3DA 2V7YA 1KAZA 2IOCA 4LY7A 1C0GA 4GNIA 4YOUA 1YJWN 5DM6L 3CCLN 3IDHA 1QVFM 1HYSA 1TKXA 1WNSA 5LMNK 3VQCA 4DQIA 1RTHA 2ZF5O 3VQ8A 1U47A 5AQZA 4KKOA 4KTWA 3DJCA 2AJQA 4NLBA 3NF8A 3QIPA 3ZETB 2BANA 3P1GA 4DWIA 2P9IB 5I42A 2F9TA 3NHGA 3AVMA 1WBBA 2QWOA 1Q81O 2KZZA 2G8UA 2ZE2A 2Q31A 4FJXA 2A1RA 2YNHA 3ZEUB 4JHDA 2OZSA 2QXLA 3VQ4A 3MX2A 4WQ4C 5KTQA 2VWJA 3L8BA 4B3TK 4M3RA 3SNNA 4NB4A 3RSEA 2ZJRL 4CJQA 2HHUA 4FSVA 4CJRA 4CJFA 4F2RA 4IKFA 1NK6A 2IVPA 5H1SQ 1DKGD 1BG3A 2ASOA 2CGLA 3TWHA 1NBWA 2UYTA 3PSFA 4H03B 3NGIA 3P39A 2KFZA 3K57A 3S41A 4CGHA 4LF5K 3F5TA 4GV9A 2NLXA 5GAEP 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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