1VSLA

Asv integrase core domain d64n mutation with zinc cation
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTNFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords PROTEIN (INTEGRASE)
publication title Structural basis for inactivating mutations and pH-dependent activity of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
molecule tags Hydrolase
total genus 55
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vslA00
4CF8A 5CZ1A 4CJPA 3HP9A 2WONA 3OYLA 2X6SA 4Z4IA 5C24A 1JLCA 2FBYA 1NOZA 5CY4A 3HVRA 1FKPA 1EX4A 3CM5A 3ISNC 3HPHA 4ID1A 4LSLA 1UAXA 5KRTA 3HT3A 1L3UA 4CGDA 4PUOA 3M8PA 4KHSA 4E7JA 3QIOA 2YNHA 4CESA 3JSMA 2HHXA 4E3SA 3G0ZA 3SUQA 2YNFA 4OJRA 4AHSA 1U45A 1NK9A 1J9AA 4OGEA 3I0SA 3RR7A 2HHWA 4DSEA 1BCMA 1KVBA 2A1SA 1W0HA 4O55A 4CHNA 4FM2A 3MAQA 2D0CA 3THVA 3OYJA 1LV5A 3HYFA 4FJHA 3IG1A 4FM1A 4DTXA 3SZ2A 3OVNA 3ZT1A 5J1EA 1TKDA 3LP1A 4FK4A 1VRUA 2RKIA 3SI6A 4BWMA 3OS2A 1ASVA 4FLZA 4DU3A 4F2RA 4CIFA 4B3OA 4CHOA 3TAMA 4G1QA 4KPYA 1QHTA 1VSHA 1BCOA 1Y97A 1RILA 4I2PA 4W5OA 4DS4A 3TAQA 1ASWA 2KTQA 1CLQA 3RMCA 4J2EA 1HNVA 1U49A 4KI6A 2HHSA 4HUGA 4B9UA 2KZMA 5SZTA 3TAFA 1L5UA 4FJXA 3NE6A 3V9XA 1U47A 4KAZA 5SWMA 3AV9A 2X78A 3LPUA 3QNOA 4KHQA 3SUOA 1GOCA 2PYJA 3HPOA 4F3OA 1TAUA 1YVUA 1WAJA 1GOBA 3HVTA 3EY1A 2BE2A 3S3NA 1KRPA 1HJRA 4RW8A 3OYFA 3PUFA 5FDLA 3OYGA 1D8YA 1RT3A 4ELTA 3NF8A 3V1OA 2OPPA 4ID5A 4LD0A 3U3GA 3C95A 4CFCA 4JRQA 3K5MA 1HRHA 4OPJA 3LZIA 4HUFA 1XC9A 4B9MA 3L8BA 1A5VA 3SPYA 4C8KA 3RMBA 3BGRA 4HCBA 3EYZA 4AHUA 3K59A 3O4QA 3E01A 1ASUA 2I5JA 4PQUA 3QO9A 2P5GA 1S1WA 3MEEA 1TK8A 1BI4A 2HHQA 1VSLA 4M3RA 3T19A 4CJFA 4CERA 3AVHA 4YNQA 4Z0UA 4PY5A 4C8OA 1REVA 3IRXA 2ZQBA 2P1JA 4Y1CA 1ZBLA 2PY5A 3D45A 3K2PA 1NKCA 5KI6A 3QEVA 4F8RA 1I3AA 1Q9XA 3VQPA 3HPGA 3CFRA 4Q5VA 2D0BA 1TL1A 1TKTA 2XRIA 3AVBA 4DS5A 4CEDA 4KHNA 4KI4A 4ZHRA 1EETA 1BGXT 5HP1A 1JLGA 1CZBA 3DYAA 3M8QA 4IFVA 3OYDA 4OKJA 4KRFA 4KTQA 2FBVA 1SKWA 1WSHA 5FRNA 4IFYA 4LY7A 4CHPA 2PZSA 4FZXC 4M3UA 2FC0A 1BQNA 3ZSRA 1VSJA 1L3VA 1DTQA 2RN2A 3LP3A 3ALYA 3ZSVA 4CIGA 4W5QA 3K58A 2GV9A 4B9TA 3I8DA 1S9GA 4DSIA 1EXQA 3ASMA 1ZBUA 1BL3A 2X6NA 4M3XA 3RTVA 1JKHA 3S3OA 3WNGA 3AVNA 1JL2A 4FLWA 1WLJA 3K57A 3NGZA 4DTUA 1F21A 1XI1A 5K14A 4KTWA 4RW4A 4BE0A 4KREA 3NGIA 1VK0A 2QKKA 2OZMA 1A5XA 1C0UA 4FJ9A 4WE1A 3KKSA 1WSIA 5HRNA 3OYKA 3LDSA 3MXMA 1J5OA 4M42A 3AA4A 3L2WA 1HNIA 3DLRA 4MFBA 4R5PA 1KVCA 4ELUA 4IBNA 1UA1A 4CEFA 1BIUA 1NK7A 4DQIA 4FLYA 3WNHA 4DLGA 4C8LA 1SKSA 4E7HA 4NCAA 2FBTA 4FJJA 3VQAA 3HJFA 4CJSA 4CJUA 3DLBA 4I2QA 3AO4A 4FLXA 4W5RA 2G8WA 2IAJA 4DG1A 4E1NA 2HNDA 3K5LA 1QSSA 1VRTA 1LAVA 4FW2A 1SL2A 4DSJA 2XY7A 1NJZA 1T03A 3BDPA 4N47A 3CFPA 1T7PA 4N41A 3SV4A 1KCFA 1JXEA 2FBXA 4FVMA 4LH4A 3AVFA 5CYQA 3SYZA 3V9SA 4FYDA 2DTUA 3OYAA 1JLEA 2W42A 1QS4A 3SUPA 4GMJB 3UIQA 3NF6A 2HNYA 3PY8A 4OGCA 3VQQA 2BDPA 3KD1E 3V9WA 2XHBA 1VSMA 2BANA 4Z4CA 1C1CA 2EX3A 3WNEA 1ZBHA 1QSLA 4M45A 1JXBA 3P83D 5T7BA 4DU1A 3VA0A 3KLHA 3NFAA 3KK1A 1HYVA 3CFOA 3ZSZA 3RMAA 4OLAA 1TKZA 4ICLA 3U6FA 4E7LA 1N6QA 4M3TA 2YKMA 4QAGA 2OA8A 2IC3A 1UOCA 2HHVA 1HQEA 3QNNA 1UWBA 4RW9A 4DTOA 4HUEA 3IAYA 3PO4A 3ZSOA 4Z4HA 1EP4A 2VG5A 1HQUA 2JGUA 1EKEA 3OJSA 3K5NA 3DM2A 2LSNA 5DMRA 3MECA 3KLFA 4CE9A 4CJLA 2G8FA 3B6OA 3QINA 1NK0A 1MU2A 5J2MA 4I9QA 1SKRA 3U3YA 4O0JA 4FM0A 4CF2A 4CHZA 3DRSA 5E41A 2VG6A 5J2QA 4Z4GA 5JS1A 1BQMA 3DMJA 4DTJA 1S1TA 5EU7A 1YTUA 1NJYA 1RBTA 4AILC 4JS4A 1K6YA 2YNGA 4ZTFA 1KFSA 4F2SA 4UQGA 5HROA 1VSDA 5I42A 1IKYA 4CJKA 2Q3SA 3V81A 3TAPA 2OZSA 5KGWA 3ITHA 3VQDA 1CXUA 1CZ9A 3OYBA 4B8CA 2G8VA 2QXFA 2IDOA 4DQSA 1BI4B 5J2NA 4BWJA 3LPTA 1NJWA 2ETJA 4DWIA 4KB0A 3G10A 1Q9YA 4KO0A 1FKOA 1TKXA 1B9FA 3F9KA 4CEAA 4CK2A 4CK3A 4ELVA 1JL1A 4CGFA 3SCXA 1ZBIA 4I9LA 3DLGA 1GOAA 3VA3A 4M41A 3MEGA 4CHQA 4YFUA 4TSXA 2D0AA 1W9HA 1TAQA 4RW6A 3PX0A 4CEBA 1L3TA 1RT7A 2QK9A 2D5RA 3MEDA 3JYTA 3QEIA 1BISA 1SUQA 3OYEA 1X9SA 4NYNA 2WOMA 4BDZA 1RDDA 4DFPA 1RDAA 1RCHA 1HYZA 4FCYA 1T8EA 3ZSXA 2XY5A 3K5OA 3RRHA 1IG9A 4CEOA 3AVIA 2DFEA 2IOCA 3NGYA 1IO2A 4HTUA 4DQRA 4IKFA 4JLHA 3ULDA 2P5OA 3M8RA 1NK8A 3M8SA 3L3UA 4JRPA 3HSTB 4HHTA 3L3VA 2G8HA 3KIOA 3ZSYA 3ZCMA 4BACA 2G8IA 3WNFA 3VQ9A 1ITGA 1U48A 3RR8A 1VSEA 4E0DA 4E7KA 3NAEA 4CJ3A 4DSKA 4H4OA 4DTSA 3VN5A 4CF1A 3TAEA 4PA1A 4CFDA 3ZT3A 4H8KA 2A1RA 4OVLA 1IH7A 3AVJA 3LAMA 1TK5A 3LWMA 4W5TA 4CEQA 3OY9A 2HHTA 1KFDA 1NK5A 4OKEA 3CG7A 3IS9A 1TL3A 5KRSA 4BDYA 4KHYA 2O4IA 4RG8A 4QCLA 1D9FA 1D9DA 4LSNA 1TGOA 3V1QA 3LWLA 1C0TA 3QERA 1KLMA 3AO2A 3AA5X 1KTQA 3HM9A 2IS3A 3CQ8A 4FJMA 3AVAA 4AHTA 1TK0A 4CGIA 3OS0A 2XY6A 4DSFA 1NK4A 1FXXA 1KLNA 2YV0X 3L2VA 4RW7A 3VQ7A 4F3TA 5J2PA 1NOYA 1SL1A 1KVAA 4DFMA 4M3YA 1C1BA 2HB5A 3SQ1A 2JLEA 3NH0A 2ATQA 1C0MA 3PV8A 3VQBA 4AH9A 3NCIA 1S1XA 2NUBA 3O3FA 3P5JA 4DFJA 3SQ0A 1XWLA 2RPIA 1S1VA 2P51A 2GUIA 3FFIA 5HBMA 1RDBA 1S6PA 1C6VA 1QSYA 3SQ4A 3RRGA 3V1RA 1QE1A 4EZ6A 3SNNA 4DQPA 3HK2A 3SQ2A 1QQCA 1A5WA 1RNHA 1NKBA 4CJVA 3L2UA 2BGGA 5I3UA 4CJWA 4OPKA 4EZ9A 3AVKA 1HYSA 2X74A 1WNSA 3KLIA 1T05A 1Q8IA 1RT1A 1JLQA 2R7YA 3CYMA 2IGIA 4C8NA 4FK0A 3KKRA 3QETA 4CEZA 4CFAA 1RBVA 3MXJA 5KTQA 2YKNA 2ZD1A 4E89A 4M3WA 4GVMA 1DTTA 4MQ3A 4J2AA 2QKBA 2Y1IA 2DY4A 5HRPA 4N56A 3V9UA 1Z25A 4EP5A 4EP4A 4ZTJA 1YTAA 3KD5E 1RBUA 1X1PA 1RT5A 4OLBA 4AHCA 3TARA 1D5AA 3ZT0A 4FW1A 3AVMA 3V9ZA 4PWDA 3QEWA 2ZE2A 4K8ZA 3QESA 4I7FA 5FRMA 1CXQA 1RTDA 4M3ZA 4DTMA 1S9EA 1XHXA 1IKXA 2VG7A 2HNZA 3LALA 3LP2A 3VQ4A 5HLFA 3HP6A 4B9VA 4B8AB 1O1WA 2Z1JA 4H4MA 3KLEA 2Y1JA 1R0AA 2OPQA 3SUNA 4FXDA 4GW6A 1BHLA 2RF2A 3C6UA 3NF9A 1X9MA 1UA0A 3T1AA 1B9DA 3PX6A 2KFNA 3AA3A 1IKVA 4CECA 4IDKA 3QEXA 3DLKA 3DOLA 3DRRA 5DK5A 4N76A 3RWUA 3QLHA 1LWEA 5FROA 1I39A 4CJEA 2B6AA 4E1MA 1DLOA 2F8SA 1SL0A 1KSPA 4FLTA 4DU4A 1WN7A 1WSEA 3MXIA 5D3GA 2E6LA 3QIPA 4C8MA 4CJQA 1X9WA 4CK1A 4XIUA 4E19A 1C1AA 4KB1A 2Z1IA 3S3MA 3QEPA 3ZSQA 3TR8A 4FLVA 4FJ7A 3KLGA 1VSIA 4B9SA 2KZZA 5CZ2A 4BE2A 3OS1A 3PX4A 4CGHA 1S5JA 1BIZA 2VWJA 4DF4A 2KW4A 4DTRA 1RT6A 4CJTA 4CCHA 4L8RB 4IG0A 3OJUA 3NHGA 3DOKA 1NJXA 2B4JA 5KGXA 2XY8A 4NCBA 3ZSWA 1VSKA 1RBSA 1J54A 2DFHA 3DRPA 4CJ4A 1ZYQA 4DQQA 1U4BA 2G8UA 1LWFA 4FJ8A 3SJJA 4AHVA 4CHYA 3EZ5A 4KV8A 4E7IA 1JLBA 3C94A 1XHZA 2OYQA 1WAFA 4K8XA 1SV5A 1TVRA 3H08A 2GBZA 1ZBFA 4B08A 1HPZA 4FLUA 4DF8A 1IKWA 3O3GA 3OYIA 1VSFA 1WSGA 3OYMA 1LAWA 2F96A 3NF7A 1RTJA 3TI0A 1JLAA 3AO3A 2E6MA 3VQ6A 3OYCA 3VQEA 3OYHA 2KQ2A 1JLFA 3I0RA 3HXMA 4DMNA 4F4KA 4FJKA 4KHWA 2YHAA 3HO1A 1G15A 4KKOA 3LANA 3HL8A 4FK2A 3KK3A 3V6DA 1QTMA 4DTPA 1J53A 4B9NA 1FK9A 3B6PA 4FJNA 2HVHA 3A2FA 3NDKA 3O4NA 3T3FA 3P1GA 3AVCA 3TANA 1N5YA 1LW2A 4DTNA 3LP0A 4IG3A 4J2BA 1NKEA 4FJGA 3AO5A 4NCGA 3VQ5A 2HW3A 3L2QA 4DLEA 1B92A 2VWKA 3VQ8A 2HVIA 4KHUA 3O3HA 3NH1A 1L3SA 2ITGA 4CJ5A 3TAGA 1LWCA 4CIEA 4DFKA 1TV6A 3VQCA 1RTIA 2PYLA 4BE1A 1YT3A 2HMIA 4Z4EA 4KFBA 3TWHA 2Z1GA 2O4GA 1S1UA 4W5NA 1LW0A 3DLEA 1RTHA 3KK2A 4KTZA 1HMVA 3LAKA 1RDCA 3AO1A 4FJLA 3S9HA 1S6QA 4JS5A 5JS2A 3NH2A 3L2RA 3AVGA 2G8KA 4NYFA 3KJVA 4CFBA 4CF0A 4FJ5A 2OPRA 3AA2A 4O4GA 1RT4A 4N5SA 3RMDA 1Z26A 4LH5A 3C6TA 2YNIA 4CF9A 4CGJA 4CEEA 1NK6A 3DLHA 4Z4FA 3SPZA 2KFZA 3D0PA 4HCCA 2HHUA 4Y1DA 2F8TA 3DI6A 2YHBA 3LZJA 3KTQA 4Q0BA 3ZT2A 4QOZB 4FZZA 2DFFA 5C25A 4FZYA 2B5JA 5HRSA 2E4LA 2OPSA 3NBPA 3PO5A 1U04A 4AHRA 2EHGA 4CJRA 4BDPA 1WSFA 2AJQA 4O5BA 3SV3A 4O44A 2XO7A 4FJIA 1RT2A 4DSLA 4J2DA 5HRRA 3TABA 3V4IA 4CGGA 5CYMA 3ZT4A 3F73A 4O0IA 1RBRA 5C42A 2Z1HA 3AVLA 3OYNA 1WSJA 4OKKA 4HVJA 4B9LA 3CM6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5BREA 2X6SA 5C24A 1JLCA 2FBYA 5AQWA 4FYDA 4ID1A 3J7ZO 2DTUA 3HPHA 1UAXA 4BC2A 2O8BA 4E7JA 3G0ZA 2RE2A 2YNFA 1G99A 4AHSA 1U45A 4OGEA 5AR0A 2HHWA 4O55A 2OCEA 3MAQA 4NLBA 1YI2N 3IG1A 2GWKA 1KQSM 1NU0A 3I8BA 2O8FB 3THWA 5J1EA 4YHHK 3LP1A 4H5RA 3OS2A 1J5EK 4CHOA 4G1QA 1BA1A 1Y97A 2FLOA 4W5OA 3CCMN 4BG8A 3RMCA 3O5BA 1M1KO 2HHSA 4BR0A 3TAFA 3NE6A 3V9XA 3CJ7A 5SWMA 2X78A 5AQKA 3J8AA 3OW2M 4F3OA 1TAUA 3HVTA 4MLEA 3EY1A 2ASPA 3E9OA 3H1QA 4X64K 4J8FA 4RW8A 3OYFA 5FDLA 3OYGA 3S41A 1D8YA 3NF8A 5FLXO 3ULEA 4JRQA 4WCEL 3LZIA 1XC9A 3C6AA 3EE9A 5AQQA 4DR7K 3VEXA 3BGRA 3EYZA 2OTLN 2P5GA 3MEEA 1TK8A 3RSEB 1VSLA 3T19A 3QBWA 3ZX0A 5AQVA 4YNQA 3MX2A 4CZHA 1ZBLA 1X3MA 5KI6A 1I3AA 3VQPA 5A2QO 3VGKA 4Q5VA 2ZF5O 4A62A 4KHNA 1SS6A 2P9LB 4ZHRA 3WXJA 5F2RA 3O9SA 3E9LA 4NB4A 1CZBA 4IFVA 2QA4N 2QWRA 4LFAK 2WUSA 3OYDA 4KRFA 5F0XA 4BRKA 1K8KB 1OH5A 4B1VA 1WSHA 1GLAG 1KAYA 4IFYA 4M3UA 1BQNA 3MN7A 3MWPA 2RN2A 2YHWA 1NG9A 4M3XA 3ASMA 2X6NA 3RTVA 3TPQA 3H3NO 1XNRK 3LDNA 3K57A 1Q18A 4DTUA 4JI1K 1BA0A 4BE0A 2OZMA 3MXMA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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