1VSLA

Asv integrase core domain d64n mutation with zinc cation
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTNFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords PROTEIN (INTEGRASE)
publication title Structural basis for inactivating mutations and pH-dependent activity of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
molecule tags Hydrolase
total genus 55
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vslA00
3MXJA 4CJTA 1C0MA 1TL3A 4YNQA 3OYEA 1C6VA 1ZYQA 3VQCA 1NKEA 4E7KA 3A2FA 1MU2A 4NYNA 3RR8A 4CF2A 4Z4IA 3ZT4A 3ZCMA 1RTJA 1RNHA 1IO2A 1K6YA 1SV5A 2D0BA 2HHWA 1HRHA 4JRQA 4CGHA 4DSIA 3HP9A 3RMCA 3RMDA 1RBVA 3VN5A 4CJVA 4ID5A 3AA2A 3VA3A 1KTQA 3I0RA 4OLBA 3KJVA 1CZBA 4F3TA 1UWBA 1D9DA 2BDPA 4FK4A 5FRMA 2HW3A 4EP5A 2YNHA 3MAQA 4AILC 4OLAA 2XO7A 1VK0A 4IKFA 4HHTA 1JKHA 2FBYA 2YHBA 3NF8A 4KO0A 4BWMA 1Q9YA 3THVA 4CJWA 2D0CA 1KCFA 3SV3A 4IG3A 4PWDA 1HYVA 4I2QA 3D0PA 4DFPA 3AO5A 1HYSA 1LWFA 3MECA 4LSNA 1KVAA 4HUEA 4FLUA 4C8OA 3SUPA 3KD1E 1WSEA 3DOKA 3KKRA 3VQ4A 3PY8A 4CFBA 4CHYA 3PX6A 4OGEA 1TKTA 4QOZB 4HCCA 3AO3A 3AVCA 2FC0A 4M41A 3PX0A 4O0JA 1RTHA 1VSJA 3ZSOA 3ULDA 3KLEA 1TAQA 4DS4A 2OYQA 1TKDA 4J2BA 1HYZA 3BGRA 3SUNA 5FRNA 2RF2A 2FBVA 4AHTA 3HP6A 1NJZA 2Z1IA 3LP1A 4DSKA 3VQ8A 4FJ7A 4DTUA 1FXXA 4CEQA 1YTAA 3KLIA 3LP2A 3ZSRA 1T05A 3RWUA 2DFEA 1IG9A 3IS9A 1RDCA 1RBSA 4FLZA 3SQ4A 1SL2A 2G8FA 3TANA 2AJQA 3IAYA 2HVIA 3AO4A 3TAQA 5HP1A 1Z26A 4CEZA 5D3GA 3DM2A 1VSMA 1EETA 1HMVA 4H4OA 3HYFA 5FROA 4DLEA 1D5AA 1HNVA 4CGIA 1QTMA 4KPYA 1BISA 4DTXA 1L3UA 1SL0A 4CJQA 4E1NA 4DQPA 1TVRA 3WNEA 3ZSXA 3P5JA 4CIGA 3ZT1A 3L8BA 3AVKA 1LW0A 4E7HA 1VSHA 3DLHA 1EX4A 2HNYA 4CEFA 2I5JA 1VSFA 4R5PA 3QEPA 1LWCA 2B5JA 3DI6A 5CZ2A 4CE9A 3T3FA 3MEEA 1TK5A 1LAVA 4H8KA 4CEEA 4C8LA 4CHPA 3K59A 2HMIA 4OJRA 3K2PA 3WNHA 4AHSA 1S1XA 3LP3A 2PYLA 3PV8A 4DFJA 2HVHA 1WAJA 3RMAA 3QIOA 1HNIA 1BHLA 3AO2A 3HM9A 1B92A 2Y1JA 1S9GA 2B4JA 5HRSA 4CJ5A 3TAFA 3UIQA 3HO1A 1N6QA 4DTRA 3AVLA 3HPGA 3S9HA 1QSLA 1KVCA 3QO9A 3CFOA 1ASWA 3LPUA 3VQBA 4N76A 1S1VA 1JLBA 1RDAA 2HHXA 3RRGA 1GOCA 4LSLA 2G8WA 3AVHA 4DQQA 4C8KA 2F8TA 2DY4A 4Z4HA 1RBRA 4Z0UA 4FM0A 3SI6A 1IKXA 4NCGA 4RG8A 2KQ2A 3KK2A 1CZ9A 1WSGA 4M3XA 3SV4A 3FFIA 4DTJA 3OYCA 1BGXT 4DSLA 1VSDA 2F8SA 3OYKA 4DTPA 2GBZA 3O3FA 3NCIA 3QNNA 3TAEA 4I2PA 2E4LA 2HNZA 5KGWA 1XI1A 4JS4A 3U6FA 4QAGA 2HHQA 1TL1A 4CJUA 3TARA 2XY7A 2KFNA 2HHUA 1CLQA 5I3UA 1FK9A 2ATQA 1RT3A 3VQDA 1XC9A 4KHQA 4E0DA 2IDOA 4W5OA 3DMJA 5HRRA 4JRPA 4BDZA 4CIFA 4FW2A 3OY9A 1KFSA 1ASVA 2YKNA 4KHUA 1D9FA 2JLEA 2OPRA 3HPOA 4HUFA 3VQ9A 3K58A 3C6UA 2NUBA 2Z1HA 3CFPA 1C0TA 4RW9A 3KD5E 3B6PA 1SUQA 3OYAA 3SJJA 1EXQA 4CF1A 3NHGA 4FVMA 4OKEA 1JL2A 1NKBA 3RMBA 5DMRA 1G15A 1WAFA 1L5UA 2YNFA 1RT4A 4Q0BA 4N56A 3DLBA 1JLCA 1WLJA 4KFBA 4K8XA 3U3YA 4M42A 1NK5A 5SZTA 1VSEA 3EZ5A 4NYFA 4AHCA 3VA0A 3ZSWA 2JGUA 3OJUA 1EP4A 3OYGA 3M8PA 1L3VA 2KTQA 4O5BA 1CXQA 5KI6A 3DLGA 4M3ZA 3HSTB 1A5WA 1UA1A 4EZ6A 1C1AA 3TAMA 3LDSA 3O4QA 4CJFA 5FDLA 1QSYA 2PZSA 4CK3A 5DK5A 3AVAA 1WSIA 1SKSA 4AHUA 1NJXA 4FJLA 1DTTA 1ITGA 4DFMA 3TAGA 4I9QA 1IH7A 5C24A 4N47A 3PO5A 4BDPA 4KAZA 1S1UA 2P1JA 4Y1DA 1VRUA 2P51A 4O4GA 4CF9A 1JLQA 3L2UA 1B9FA 4FM1A 3TI0A 4ZTFA 1J5OA 2QXFA 4M3YA 3OYFA 3EY1A 4DTNA 2XY5A 4GMJB 1CXUA 4CHZA 5J2NA 2G8UA 4I9LA 4FZXC 1BCOA 4B9TA 4Z4EA 2DTUA 1ZBUA 3AVBA 2YKMA 3S3OA 2VWKA 1JLGA 2A1SA 4E7IA 3NDKA 4KTWA 3OYDA 3SNNA 4N41A 3AV9A 3C95A 4LY7A 1DTQA 4O0IA 1IKWA 2Z1GA 3H08A 4LD0A 1RCHA 3ZT2A 4DTMA 1RT5A 4FLVA 1RDBA 3PO4A 1SL1A 1BIUA 4JLHA 3K5LA 3SUOA 4FJ5A 4K8ZA 4DS5A 1HPZA 3OYLA 3LP0A 4FLYA 1BCMA 3K57A 1U45A 4B3OA 4DTOA 1LW2A 3V1OA 1BI4A 1W0HA 2ZD1A 4YFUA 3OYMA 3E01A 4DSJA 4LH4A 3VQ5A 4AHVA 1TKXA 1YTUA 3JYTA 2QKBA 3ZSZA 1NOYA 3RTVA 4G1QA 4RW8A 1KVBA 1LAWA 2X6SA 3OYIA 3L2WA 4DQRA 2W42A 1NK6A 3ASMA 4C8NA 4CEBA 1WN7A 2E6LA 4F2RA 4RW7A 1L3SA 3M8RA 3VQAA 2GV9A 3DLKA 3K5OA 4CFCA 2RKIA 1J9AA 2YNIA 1IKVA 2DFFA 3HL8A 4E7JA 4LH5A 3I8DA 3QEVA 4FJHA 4CJKA 2XRIA 4FJXA 3HT3A 5HROA 4ELVA 1RBTA 2IGIA 3VQPA 5HRPA 4FCYA 4O55A 4DLGA 4FJ9A 3HK2A 4B9LA 1LV5A 4CGFA 3CM6A 4KHYA 4IG0A 4M3UA 4FLTA 3V9SA 3NF7A 3QEWA 4JS5A 3JSMA 4PUOA 1QS4A 5HLFA 5CYQA 5KGXA 2BGGA 3LPTA 4FLXA 3V9WA 4B8AB 1TK0A 1U49A 2KZZA 4CHQA 2X74A 4MQ3A 3KKSA 1X9MA 2X78A 4KHNA 1KLNA 4FJNA 2D0AA 3DRPA 2O4IA 1RT2A 3B6OA 3KIOA 1WSFA 5CY4A 4C8MA 1C1CA 3AVJA 4E1MA 3V81A 4NCAA 4CIEA 1NK7A 4Z4FA 1ZBHA 4AH9A 4B9UA 2YV0X 1JL1A 4O44A 1GOAA 3LWLA 4ICLA 3VQ6A 4ZHRA 3OYNA 2FBXA 1FKOA 3TAPA 1Z25A 4M3TA 4ID1A 2O4GA 3SYZA 4BE1A 4DG1A 1B9DA 2KW4A 4CJRA 3OS1A 3OS2A 5C25A 2KZMA 4UQGA 4B08A 5JS1A 1JLFA 3HXMA 4MFBA 3AA3A 1L3TA 4OPKA 3DRRA 1U04A 4IBNA 3SPZA 2Q3SA 3C6TA 3L2QA 3C94A 3LZJA 3ITHA 5EU7A 4CJSA 4CK2A 4W5RA 1U4BA 4ELTA 4FJIA 3OVNA 4PA1A 4FK2A 1ZBIA 3G0ZA 2EX3A 1LWEA 3QINA 5SWMA 1X9SA 4KTQA 3HJFA 1DLOA 4DQIA 2IC3A 1YVUA 3NAEA 1XHZA 3MEGA 4J2EA 4FYDA 4CFDA 4W5QA 3TR8A 1WSHA 2ZE2A 1JLAA 1BI4B 2HNDA 4CERA 2D5RA 1ZBFA 3DLRA 3L3VA 4OPJA 2G8VA 3AVIA 3DYAA 3IG1A 4OVLA 3RR7A 2OPSA 3S3NA 3OYBA 1SKWA 4W5TA 2XY6A 4Y1CA 5E41A 4KB0A 4KHSA 3QIPA 1BL3A 4Z4CA 3OS0A 3EYZA 3CFRA 3NBPA 1X9WA 1EKEA 3AVNA 1O1WA 4I7FA 4Q5VA 4E3SA 3QEXA 1S9EA 3SPYA 1TV6A 3QERA 3AVFA 4HVJA 3T19A 1VSLA 3KK3A 2X6NA 2R7YA 4FZZA 4CEOA 1NK4A 3NFAA 4E7LA 2RN2A 2VG5A 1TAUA 3TWHA 3PX4A 3AO1A 1TK8A 3DOLA 1QE1A 2EHGA 3TABA 4J2AA 1U47A 4KI6A 3CYMA 3KTQA 1NJYA 3OYJA 3NE6A 2VG7A 4KKOA 5T7BA 3VQQA 2P5GA 1RTIA 3KLHA 4FM2A 1U48A 3L3UA 4DU1A 4Z4GA 4DSFA 1XHXA 1BIZA 3LALA 2DFHA 2LSNA 1NK8A 5HBMA 4F2SA 4J2DA 1TGOA 1ZBLA 4ELUA 3ZSYA 3QNOA 3WNGA 4CHNA 5K14A 3T1AA 5KRTA 3L2RA 1REVA 1NK9A 2QK9A 3V9UA 1KLMA 1I3AA 4B8CA 3LZIA 3ALYA 4CECA 3KLFA 4B9VA 4FJGA 3O3HA 4HUGA 3NGYA 2PY5A 5JS2A 3L2VA 3OYHA 5CZ1A 3ISNC 1IKYA 3QESA 3LANA 4WE1A 5J2MA 1SKRA 5J2QA 3SUQA 4BWJA 2KFZA 1WSJA 4N5SA 1VSIA 4M45A 5C42A 3M8SA 1XWLA 3D45A 4DFKA 4DU3A 3WNFA 1RT1A 3AVMA 3HVTA 4OGCA 3DLEA 3U3GA 2FBTA 4TSXA 4IFVA 4KV8A 2Y1IA 3CQ8A 3PUFA 4B9NA 2WONA 4EZ9A 2XHBA 1Q8IA 1NK0A 3LAMA 5I42A 1NJWA 3V9ZA 4CF0A 1RT6A 4CJ3A 1Q9XA 2IOCA 3F9KA 4F4KA 1JLEA 4GW6A 1W9HA 4GVMA 1JXBA 3K5MA 2OPQA 1RILA 4M3RA 1S6PA 1HQUA 3NH1A 1FKPA 1KFDA 3BDPA 2IS3A 3MEDA 3RRHA 3QETA 4PY5A 1RT7A 4F3OA 3VQ7A 2ETJA 1BQMA 3M8QA 3V6DA 1TKZA 3S3MA 4CCHA 2G8KA 4DTSA 4FK0A 4KHWA 4FXDA 2ITGA 4CGDA 3SQ2A 1UOCA 4FJMA 2VG6A 3KK1A 3SQ1A 4W5NA 4CEAA 2B6AA 4F8RA 3SZ2A 3NF6A 4RW4A 4BACA 4HCBA 1HJRA 2YHAA 2ZQBA 4CGJA 1ASUA 4CJLA 4CESA 1T7PA 4KTZA 5KTQA 4OKJA 3AA4A 2BANA 3HPHA 3MXIA 4CJPA 4BE2A 4B9SA 4KREA 4CGGA 4E89A 2P5OA 4FW1A 2YNGA 4CJ4A 4CF8A 2OZMA 1S5JA 1VSKA 2F96A 3VQEA 1A5VA 2OPPA 4FJKA 3I0SA 4DMNA 3CM5A 3V4IA 1NKCA 5CYMA 2QKKA 3IRXA 3F73A 3LAKA 4B9MA 4FJ8A 1HQEA 2G8IA 1X1PA 2HB5A 4CHOA 1C1BA 4EP4A 2IAJA 3DRSA 1J53A 3V1QA 1F21A 3O4NA 4IFYA 1BQNA 5J2PA 2HHVA 2GUIA 4ZTJA 1JXEA 4XIUA 2A1RA 5J1EA 4DF4A 1KRPA 4DU4A 4FLWA 1QQCA 1RBUA 1S1WA 2VWJA 4DSEA 4CK1A 1R0AA 1UA0A 2G8HA 3O3GA 4L8RB 1QSSA 1T8EA 1YT3A 3QLHA 4DQSA 3NH0A 4NCBA 2XY8A 4E19A 1QHTA 2RPIA 3G10A 4OKKA 4M3WA 4PQUA 1A5XA 3ZT0A 4BDYA 2OA8A 4FJJA 1S6QA 3V9XA 4DWIA 4CFAA 3NH2A 1Y97A 3K5NA 3NGIA 4HTUA 4KI4A 4QCLA 1J54A 4BE0A 2HHSA 2WOMA 3P83D 4CEDA 1UAXA 1I39A 3V1RA 3HVRA 1T03A 1KSPA 3P1GA 5KRSA 1S1TA 3NGZA 3SCXA 1WNSA 1RDDA 4IDKA 2E6MA 3KLGA 3AA5X 4H4MA 3QEIA 3MXMA 5HRNA 3NF9A 4AHRA 3ZSVA 3ZSQA 4KB1A 2PYJA 3OJSA 1GOBA 3SQ0A 2BE2A 1VRTA 3LWMA 2Z1JA 2OZSA 4KRFA 4FZYA 4CJEA 1D8YA 2HHTA 3AVGA 3ZT3A 4DF8A 1NOZA 1N5YA 1RTDA 4RW6A 3CG7A 1C0UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1S72N 3OYEA 1ZYQA 1C6VA 4FWLA 2F9WA 3CD6N 4E7KA 1MU2A 1KD1O 2CH6A 1RNHA 2WFBA 2O8BA 3HP9A 5AQWA 2A42A 3RMDA 3VN5A 3ENHA 5BN9A 4RCHA 5DM6L 3FZMA 3E9OA 1VK0A 2V7ZA 1JKHA 2FBYA 3NF8A 4KO0A 5M1QA 4GKJK 2D0CA 4WQ5C 3R9PA 1IG8A 1KCFA 1HYVA 4I2QA 3D0PA 1T6DA 1OH7A 1HKGA 3WXKA 3ENOA 1HYSA 4LSNA 3CCSN 2JWKA 4C8OA 3SUPA 4DB3A 3KKRA 4QOZB 2E2PA 4BR7A 4OGEA 4HCCA 3AVCA 3KLEA 1Q7YO 1TAQA 1TKDA 2RF2A 1NJZA 4DTUA 2UU9K 4CEQA 2ZGYA 3LL3A 1RDCA 3SQ4A 4KHPK 3AGKA 2G8FA 3IAYA 3I55N 5AQQA 3DM2A 1VSMA 1EETA 4X65K 2QWMA 3HYFA 5FROA 1HNVA 1R59O 4H5RA 3EN9A 3WNEA 3ZT1A 1KAYA 2UYTA 3C7NB 4CEFA 2I5JA 3HM8A 1LWCA 4AF1A 5AFUH 3T3FA 4H8KA 2FSKA 4JKEA 3K2PA 4K42A 4AHSA 2PYLA 3RMAA 1HNIA 5F0XA 3CF5L 3C0BA 5HRSA 4CJ5A 1N6QA 3TTFA 2ZF5O 1KVCA 3QO9A 3CFOA 3VF4A 3VQBA 2E2OA 2QA4N 2Q97A 4BC3A 1RDAA 2HHXA 1GOCA 2F8TA 3AVHA 3LM9A 4BR2A 5AQJA 3CCJN 2O8EB 4CD3A 5GAGP 2PBDA 1IKXA 4NCGA 4RG8A 5AQFA 2KQ2A 2P9UB 1WSGA 1Q18A 3HBTA 1HPMA 5BPMA 1P8ZA 5GAEP 2V7YA 4DTPA 1D4XA 3ZEUA 3TAEA 5M1OA 2HNZA 5BN8A 3CCRN 3AY9A 2I7PA 4CJUA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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