1VSLA

Asv integrase core domain d64n mutation with zinc cation
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTNFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for inactivating mutations and pH-dependent activity of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (INTEGRASE)
total genus 55
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vslA00
4FLXA 4KTWA 1NJZA 3V9WA 1B9DA 2YHBA 3AVAA 4CEEA 4DFKA 3OYBA 1XWLA 4H4MA 5FRNA 1T05A 3JYTA 5J2MA 4E7JA 1JLQA 4J2BA 1UWBA 4RW6A 2GBZA 3SUNA 1RDCA 4KTQA 3QEWA 4BWJA 4B9SA 1TK0A 3DLHA 4CCHA 4FZYA 4DU1A 4HCBA 3DLKA 1D9FA 4BE2A 1WNSA 1RT4A 3SQ0A 5KRTA 1Z25A 4BDPA 1SL2A 4FJMA 2KFNA 4CEAA 3DRPA 4KV8A 3K5NA 2F96A 2ZQBA 4CF2A 4W5TA 4F2SA 1NOZA 4FK4A 1RT6A 3HT3A 4CIGA 1TVRA 3AVIA 3C6UA 2X6SA 3LP3A 4CF0A 4DTRA 4E1NA 2XY5A 4DS5A 5JS1A 4BACA 1GOCA 1U04A 1Q8IA 2P51A 3NF7A 3OYLA 1HYVA 3HO1A 1C1AA 3DRSA 3OYDA 1X9SA 3AV9A 3T3FA 1SKWA 3O3HA 1U48A 1S1TA 3CFOA 2HMIA 4CEZA 1D8YA 1BCOA 4OGCA 4BDZA 4DTJA 4Q0BA 3L2QA 1D5AA 4FLZA 1RT1A 3VA0A 2PZSA 3RR8A 3L2RA 3MECA 2NUBA 3HSTB 1X9WA 3PV8A 2G8FA 4CFAA 5FROA 4KO0A 3EY1A 1RNHA 3V6DA 2RN2A 4PUOA 1KVAA 4E3SA 4FLUA 1LV5A 4KI6A 3VQ5A 1KLNA 1QSLA 3QIPA 3AO2A 2HHXA 3KLFA 3QEXA 2O4GA 1SV5A 1ASWA 3DLGA 3WNGA 4R5PA 3QO9A 3SQ4A 3K2PA 3MXJA 1S1WA 3SQ1A 5I42A 2D0CA 1BIUA 2Z1JA 1VSIA 1N5YA 4KB0A 3HL8A 3NGIA 3SJJA 2HNZA 2BGGA 1XI1A 4NYFA 4FM1A 5J2PA 3OYJA 1B9FA 4I9QA 1BL3A 1A5VA 4CESA 2KQ2A 3RMBA 3WNFA 1RTIA 1CLQA 2IOCA 4FJ5A 3LAKA 1Q9YA 2KW4A 3KD1E 5JS2A 1I39A 4DWIA 3ZT4A 2FBVA 4CJFA 4M3ZA 1S1UA 3P1GA 1NJXA 4PQUA 4DSIA 1KFDA 4CIEA 4DQSA 3KLGA 1S6QA 4IFYA 1YTAA 3AO3A 4EZ6A 5SWMA 5C25A 3OYKA 4B8CA 3M8SA 1BISA 4FCYA 1TK8A 1VSJA 3NCIA 1WN7A 1X9MA 4B9TA 2KZMA 2HNDA 4N47A 4CF8A 3TABA 4CJEA 5C42A 1DTQA 2B6AA 3VQEA 4IDKA 1ASVA 4RW8A 3L2UA 2LSNA 2HHSA 4B8AB 1S9EA 4M3RA 3PX0A 2P5GA 4E7HA 1VSMA 4KHYA 4OLBA 1RILA 2E4LA 4LSNA 4H4OA 3CM5A 4EP4A 3T1AA 4O0JA 3KLEA 3LZJA 3LANA 3SYZA 4DQIA 3O3FA 4WE1A 4M45A 3AA5X 1QSYA 4OJRA 3EZ5A 4FJXA 1KSPA 1ZBLA 1IKWA 1RBVA 4M3YA 3L3UA 5CZ2A 4O0IA 4DTPA 3OS2A 3F73A 1KTQA 4ZTFA 4C8KA 1I3AA 2E6LA 2HNYA 3EYZA 3SQ2A 4KI4A 3QERA 3L8BA 1RCHA 3AVKA 3AO5A 4CJWA 4FJLA 3CG7A 4DS4A 4CHNA 3NH2A 1U47A 4FLYA 4Z4GA 1TKXA 2ZD1A 1DTTA 4CECA 4CHPA 1Q9XA 2PYJA 4N41A 4IKFA 1WSFA 2HW3A 4FK0A 3SNNA 2XRIA 4JRPA 3TAEA 1KLMA 2YKMA 3TR8A 4OPKA 1WAFA 3UIQA 3VQ4A 4DG1A 3ASMA 3OYCA 2XHBA 4JS5A 4FJJA 1S9GA 4AHTA 2DFFA 1BQMA 4PA1A 1TL3A 2Z1GA 1CZBA 3PO4A 4K8ZA 2G8WA 1LW0A 2G8HA 1YVUA 4M41A 3V9UA 4FLVA 3K5MA 1NKBA 1C1CA 4O4GA 1EX4A 2HB5A 4CHOA 1D9DA 3RRGA 2HVIA 3KKRA 4HCCA 5HRSA 4EZ9A 4N5SA 3ZSOA 1BHLA 2DFEA 4Z4EA 3KLIA 4Y1DA 3VQAA 4RW4A 1JLEA 3DLEA 4AHVA 4DTXA 4CJSA 4FJ9A 2EX3A 1J9AA 3NF6A 3VQ9A 5CZ1A 2G8VA 4CE9A 1T03A 2OYQA 3LWLA 3OYMA 5EU7A 2OZMA 3SPZA 4FZZA 3BDPA 3NFAA 4CJQA 3OJSA 5SZTA 3SZ2A 1R0AA 5KGWA 3NDKA 4Z4HA 1KCFA 3ZSRA 1FXXA 3OY9A 1BQNA 5DK5A 1RTHA 1GOBA 3DM2A 3V1OA 4KREA 4AHRA 1SL1A 4CJTA 4G1QA 4GW6A 4CFDA 2D0BA 3KJVA 5FRMA 1RBTA 5DMRA 1EP4A 1UOCA 2KFZA 3NH1A 4LY7A 2HHWA 1TV6A 4GMJB 1BIZA 3G10A 3AVNA 4ID1A 4B9VA 1CXUA 3ZSXA 4DQRA 1U49A 1NK0A 1VRTA 1VSLA 2YNIA 3THVA 1L5UA 4KHSA 2OPRA 2Q3SA 4N56A 3KK1A 4DF4A 4KB1A 2B5JA 3NH0A 2BANA 1ZBUA 2RF2A 4AHUA 2OPPA 2W42A 2IAJA 3NHGA 4B9MA 5FDLA 3SUOA 4C8LA 2YNFA 4J2AA 3RMDA 4KFBA 4C8NA 1FKPA 2VWKA 4MFBA 5CYMA 1QHTA 3OYFA 1S6PA 2YNGA 2Y1IA 4Z4FA 1DLOA 1J54A 3ALYA 4E7IA 2HHQA 4DQPA 1G15A 1ITGA 4CF9A 3RRHA 2IGIA 4DQQA 1NK4A 1UA0A 3V1RA 1IO2A 3LPTA 2QXFA 3CFRA 4FJGA 4OLAA 1TKDA 4CGGA 3LAMA 3VQ6A 1C0TA 3AVCA 1J53A 3C94A 4H8KA 4YFUA 3TWHA 2OA8A 2XY8A 1VSDA 3VN5A 4W5NA 3KIOA 2OPQA 3OYEA 3IG1A 4CK3A 4LH4A 3V9SA 1NOYA 1TL1A 4CEQA 3B6PA 4CK1A 4DTNA 1LAVA 2HHTA 2ITGA 3C6TA 3DRRA 2JGUA 3O4NA 3LP2A 4BE0A 3MXMA 1S1XA 1CXQA 4CJPA 3PY8A 1HNIA 2FBXA 3C95A 2IC3A 3IRXA 1JXBA 1WSHA 3AO4A 1WLJA 4O5BA 5HBMA 1WSJA 4ICLA 1N6QA 2G8IA 1SKRA 4DSKA 1JKHA 3TAFA 3OVNA 1VSEA 3AVBA 4RW9A 1MU2A 5J1EA 1BCMA 1VSKA 3DMJA 3SUPA 1YTUA 4DSJA 1NK8A 4DLEA 1NKEA 3VQDA 4FZXC 3ZSQA 5HRPA 4Q5VA 4CIFA 5HLFA 1BI4B 3OYIA 4J2DA 3HPOA 4DSEA 4AILC 3QIOA 3QEIA 3PUFA 2E6MA 2IS3A 4LD0A 3KLHA 4DU3A 3RR7A 3OYAA 4DTSA 1TAUA 3CM6A 3G0ZA 3QLHA 1JLBA 1ZBHA 1A5XA 1O1WA 4CEBA 2G8UA 4YNQA 3PO5A 4HUEA 4BDYA 4DLGA 4E7LA 1NK7A 1ZYQA 4FLTA 3DOKA 4HHTA 3SPYA 4Z0UA 3HJFA 1WAJA 1SKSA 4CEFA 3IS9A 4RG8A 4JS4A 4DTMA 2A1RA 4FJIA 4KAZA 1XHXA 1HYSA 3D0PA 2GUIA 3TAGA 3QEPA 4NYNA 2O4IA 2RPIA 3RTVA 1L3VA 1ZBIA 3WNHA 1JXEA 1S5JA 1HYZA 3ZCMA 3ZSVA 3L2VA 1YT3A 3DLRA 3F9KA 4CJVA 4CJRA 3RMCA 3ZT1A 1NJWA 3WNEA 3B6OA 4FYDA 1RT7A 5T7BA 1XC9A 1JL1A 2AJQA 3VQPA 1ASUA 4LSLA 3LZIA 1TKTA 4ELUA 1A5WA 1RT3A 2VG7A 4MQ3A 2P5OA 4F3OA 4B9LA 1KRPA 3K58A 1VK0A 2XO7A 2BDPA 3QINA 3DI6A 1S1VA 3TAPA 2G8KA 1L3SA 3KTQA 4LH5A 2QKBA 1EETA 3SUQA 4OKEA 4K8XA 4FJ8A 1U45A 3JSMA 3CFPA 4ZHRA 1NJYA 1KVBA 3D45A 3CYMA 4O55A 4CHQA 1HMVA 3OJUA 1U4BA 1TK5A 1ZBFA 4FVMA 2X6NA 3VQCA 2EHGA 2DTUA 3CQ8A 4CJ5A 1RTDA 4M3XA 2B4JA 2GV9A 3I0RA 3O3GA 3I8DA 3IAYA 3ITHA 3K5OA 4B3OA 2XY7A 4E89A 5HP1A 1HRHA 2YNHA 4FXDA 2YKNA 1LW2A 1RDBA 3ZT2A 3BGRA 4BE1A 2HVHA 3FFIA 3M8PA 4RW7A 4HTUA 3NF9A 1VSFA 1C0MA 1IKVA 1KVCA 1C0UA 3AO1A 1B92A 1VRUA 4F8RA 3NGZA 1CZ9A 3HVTA 4IG3A 4B08A 1C6VA 1NK9A 3LWMA 1IKXA 5J2QA 4NCBA 4KHWA 3AVMA 5HRRA 3S3NA 1REVA 1UAXA 3LALA 1K6YA 5CY4A 1FKOA 3ZSYA 3QNNA 4JRQA 1RDDA 3DLBA 4E7KA 4L8RB 4HUFA 1L3UA 1Y97A 3LPUA 3LP1A 4I2PA 3TAMA 3HM9A 3ULDA 4DTUA 1IG9A 1IH7A 2PY5A 4I9LA 4KHUA 5KTQA 1RT2A 1W0HA 4KRFA 4KKOA 4CEOA 3HVRA 3AVGA 1F21A 1QE1A 4EP5A 1HNVA 4BWMA 1W9HA 3S3MA 5D3GA 5J2NA 3MAQA 2WONA 3HPGA 5HROA 2YV0X 1EKEA 3U3GA 3TARA 4TSXA 1TKZA 4W5RA 2QK9A 4FJHA 3NF8A 3NAEA 3U6FA 4DFPA 4FW1A 4M3WA 3ZT3A 1RBRA 4OPJA 5KI6A 4IBNA 3MEDA 4OVLA 4B9UA 4IG0A 4N76A 2A1SA 3VQQA 2WOMA 4FM0A 2PYLA 3LP0A 3KKSA 3I0SA 4CK2A 3OYGA 2Z1IA 3VQBA 4W5OA 2KTQA 4HVJA 4F3TA 3HPHA 3L2WA 1RBUA 4E0DA 4CGDA 1QTMA 4KHQA 4Y1CA 3KK3A 4E19A 4DU4A 4AH9A 2R7YA 4IFVA 2VG6A 1JL2A 4KPYA 4CGFA 4UQGA 3VQ8A 1LWFA 2Z1HA 4FJ7A 2P1JA 4C8OA 1BI4A 2YHAA 4CERA 1LWEA 4F4KA 3AVLA 1WSIA 4QOZB 1EXQA 4DTOA 4ID5A 4CHZA 1RBSA 2VWJA 1NK5A 2IDOA 2FBTA 4E1MA 4J2EA 3V9ZA 4XIUA 3TANA 3U3YA 2D5RA 3SCXA 1T8EA 3AVJA 4DSFA 4CGHA 1C1BA 3MEGA 4F2RA 3ZSWA 1IKYA 4OGEA 1NK6A 1SUQA 1VSHA 2JLEA 1LAWA 5E41A 2BE2A 4GVMA 3OYNA 4CF1A 4QAGA 1UA1A 3RWUA 4DFMA 5K14A 4DF8A 3AA4A 3QETA 3KD5E 1BGXT 1GOAA 2HHVA 2DY4A 5C24A 1XHZA 4CHYA 1JLFA 3MXIA 3SV3A 1SL0A 4JLHA 4OKKA 2I5JA 3HK2A 4ZTJA 4FLWA 2ETJA 2ZE2A 3L3VA 3P5JA 4FW2A 1QSSA 3S9HA 3M8RA 2OZSA 2HHUA 3MEEA 3K59A 3TI0A 4FK2A 1JLCA 1QQCA 4NCGA 3ISNC 4O44A 2Y1JA 2XY6A 1KFSA 3DOLA 4M3UA 4CJ4A 3ZSZA 5HRNA 4M3TA 1X1PA 1HJRA 4AHSA 4AHCA 3VQ7A 4CJLA 3K57A 3QEVA 3PX4A 1HPZA 2QKKA 4NCAA 3NBPA 1NKCA 1LWCA 3V9XA 3HP6A 1QS4A 2D0AA 3A2FA 3O4QA 3M8QA 4KTZA 4ELVA 4CJ3A 2F8SA 4QCLA 4DMNA 3K5LA 2FC0A 3AVFA 4FJKA 5KGXA 3AVHA 3RMAA 2DFHA 3H08A 3DYAA 4CGJA 3SI6A 2X74A 1TGOA 4PWDA 1T7PA 4FM2A 3NE6A 3P83D 3HXMA 3ZT0A 3OYHA 3HYFA 1J5OA 1TAQA 3HP9A 1HQEA 2KZZA 1RT5A 4HUGA 1RDAA 1Z26A 4FJNA 1WSGA 5I3UA 4I7FA 4ELTA 3V4IA 4CJUA 3SV4A 4DSLA 1WSEA 4CFCA 3V1QA 1L3TA 3QNOA 4Z4IA 4PY5A 4Z4CA 4CGIA 4CFBA 2F8TA 4B9NA 3T19A 3S3OA 2VG5A 2ATQA 3KK2A 4KHNA 3AA3A 1JLAA 2FBYA 3LDSA 3AA2A 3OS0A 4OKJA 1FK9A 2RKIA 4CJKA 5CYQA 3QESA 4M42A 4DFJA 1JLGA 4I2QA 3VA3A 3PX6A 3E01A 2X78A 1HQUA 1RTJA 4C8MA 2OPSA 4W5QA 4CEDA 3OS1A 3V81A 3TAQA 5KRSA 3NGYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YOWA 3TU5A 4A2BA 2J4RA 3KZBA 4DFKA 2ZGZA 3MN5A 1T05A 4IFEA 1UWBA 5BR8K 2GBZA 1X9JA 1RDCA 3E1YA 1YI2N 4KTQA 5AQFA 4CCHA 4DU1A 4HCBA 1WNSA 3A5MC 1LOTB 2ASPA 4BDPA 4FL9A 3BY5A 1SL2A 1YJNN 1RFQA 4FK4A 1RT6A 3ID6A 3AVIA 3LM2A 2X6SA 4A5BA 3LP3A 4CF0A 1K73O 5JS1A 1U04A 2HSTA 1Q8IA 3OYDA 4JI7K 3VGKA 5C12A 3KWGA 5JMVA 3EL2A 3CCJN 1S1TA 2O8CB 2ZJPL 3D7EO 3ULEB 3CCEN 4DV2K 4FLZA 1RT1A 2H3GX 3RR8A 3DJCA 3L2RA 3MECA 1U2VA 2RHKA 1HUXA 2G8FA 4CFAA 3MX2A 4LF7K 2UYTA 4B1VA 2RN2A 1Q7YO 4K42A 3VQ5A 4JHDA 3QIPA 2ZWHA 2O4GA 1Z6RA 1ASWA 4HWIA 3QO9A 3TSPA 1VHXA 3LDLA 3M1FA 2D1KA 5J2PA 1B9FA 4I9QA 1BL3A 1NGDA 3RMBA 3ATUA 3DXMB 1RTIA 3M3ZA 2IOCA 1CLQA 2KW4A 3OBYA 3AAPA 3D2FA 3MCAB 4JAXA 4DSIA 2HBJA 1T3VA 3KLGA 3E9LA 4BVOA 4CZFA 3NCIA 1WN7A 3HOSA 2W41A 3FR0A 3L0QA 5AQQA 4RW8A 3L2UA 1HJOA 1GLEG 2ZF5O 1VSMA 5AQLA 2QWQA 4EHTA 3A8YA 4EP4A 4DB3A 3T1AA 4O0JA 3O3FA 4WE1A 5BPMA 4OJRA 3EZ5A 3HBTA 1BA0A 5JICA 1RBVA 4B3SK 3L3UA 4NB4A 4DTPA 2KKZA 4C8KA 1I3AA 1KAZA 4CJWA 2E5LK 3CG7A 2F4VK 4JI1K 4FLYA 2NRVA 1XUPO 4GKJK 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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