4ILJA

Crystal structure of an prp8p rnaseh w1911a mutant protein
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
254
structure length
254
Chain Sequence
GAMNSSNYAELFNNDIKLFVDDTNVYRVTVHKTFEGNVATKAINGCIFTLNPKTGHLFLKIIHTSVWAGQKRLSQLAKAKTAEEVSALVRSLPKEEQPKQIIVTRKAMLDPLEVHMLDFPNIAIRPTELRLPFSAAMSIDKLSDVVMKATEPQMVLFNIYDDWLDRISSYTAFSRLTLLLRALKTNEESAKMILLSDPTITIKSYHLWPSFTDEQWITIESQMRDLILTEYGRKYNVNISALTQTEIKDIILGQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Pre-mRNA-splicing factor 8
publication title Structural basis for dual roles of Aar2p in U5 snRNP assembly.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Splicing
total genus 81
structure length 254
sequence length 254
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-12-31
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4iljA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4iljA01
4JKGA 4JKFA 4JK8A 4JKCA 4JKDA 4JK7A 4JKHA 4JKGB 3E9LA 4JKBA 4ILGB 4JKEA 3ENBA 4JK9A 3E9OA 4ILJA 4ILHA 3SBTA 3E66A 3E9PA 3SBGA 4JKAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FLTA 4CCHA 4FSVA 4QS7A 5AQYA 3ZT3A 1D8YA 3C65A 5DK5A 3ZSRA 2BH1A 2HHTA 3AVFA 4KHSA 3KWGA 5AQWA 1RILA 3QFPA 4KHPK 1HQUA 1IJJA 4WYBA 3SQ4A 1BI4A 4CD1A 4BRIA 4YFUA 4M3UA 2PAVA 4E3SA 3V1RA 4Q0BA 3QDKA 3MXMA 4CGFA 3MEEA 5HLFA 4YOXA 1SQKA 3PSFA 3MN7A 5LJWA 3OJSA 2PYLA 2HF3A 3ZEUA 4HTUA 4GKJK 4Z0UA 4CHPA 3C6UA 1DGKN 3DYAA 2LSNA 3HZ6A 4FWMA 3PIPL 1JXEA 2XHBA 3SYZA 4CJ5A 3OS0A 3NH0A 1XNQK 4AM6A 1CZBA 1BOTO 4AF1A 4CHQA 4FJMA 3WEEB 4R5PA 2ASOA 4LSNA 2HMIA 4JKHA 2ZJRL 4CK3A 2IS3A 5M1KA 3OS1A 3AO1A 4Z4IA 4DTNA 3W3DA 4CF0A 2EMTA 5IT9O 4IO8A 3DAWA 3KTQA 4DQRA 2GBZA 2WC9A 1WB9A 1JL1A 2F8TA 3E1YA 1NGJA 3IDHA 1N8RO 2V51B 1U2VA 3ZX3A 1OKJA 5CY4A 2E8AA 4CEOA 2FBVA 3TAFA 4AHRA 1SKSA 4BY9C 4B1ZA 4G1QA 2FLOA 4QS9A 2ZE2A 2D1KA 4YL8A 4M3RA 1BCOA 4H0PA 3CF5L 3OY9A 1CXUA 3H1QA 1JLAA 4CJQA 4FJNA 1TKXA 3O9QA 2HMPA 3HO1A 2HOEA 4MO4A 3AA4A 4AILC 4J8FA 1OVYA 3UIQA 4KI4A 3JYTA 4KTQA 4HDQA 2AJQA 5FPEA 1J5OA 4RWTA 4LFCK 1RBUA 1HRHA 2D0CA 3DI6A 3S3OA 1IG8A 4OKKA 4X65K 3L2VA 4KH4A 1VQMN 3M8PA 3SMSA 4AM7A 2HSTA 2VG6A 3CC7N 2GELA 2JLEA 3CJ9A 2NRVA 4FJ7A 5FROA 3MN9A 5KQ8A 3ZX2A 1C0TA 3EN9A 4M7XA 1CZ9A 1SUQA 4A61A 4CGDA 2BUPA 1N32K 1JLFA 3DOKA 3CFRA 2BTFA 4K41A 2E2NA 3K5OA 5EU7A 3KK7A 4YDUA 1C0FA 2V7YA 3W0LA 4CJWA 4CF9A 1RT3A 1WSGA 5JICA 2D0BA 4JHDB 3THYB 2I5JA 3VGMA 1TAUA 4F2SA 2B6AA 3SAFA 3FFKB 4O0JA 1Q8IA 1VK0A 2OTJN 4B9VA 3KHYA 4H5TA 3VEOA 5ADXA 4CIGA 5HL7L 3MEGA 4B8AB 3NE6A 1KC7A 4L3QA 3SJJA 3C7NB 1E4FT 3LPUA 1NGEA 1KC8O 3LDPA 2A42A 1N6QA 3MECA 3OYHA 1GLAG 4JKGA 4OLAA 1VHXA 4WFNL 4HTLA 1BISA 5EOYA 3SUNA 2JWKA 4H5NA 2JGUA 3VTIA 3DLBA 1YTUA 4BQZA 3WXJA 2HNDA 4EHUA 4MQ3A 1N33K 2NRWA 1T44A 3QICA 4LF7K 1EX4A 3D2FB 2OPQA 2X74A 1NGHA 4CZGA 1VQ4N 3CG7A 1ILYA 3K57A 4F3TA 5F0XA 4O5BA 3UB5A 4BC3A 3CM6A 3Q7BA 4QCLA 4WF9L 2QKKA 1CLQA 1XQSC 3OYLA 4Z4EA 1EO1A 4GV3A 4PL8A 1HBKA 2QA4N 3OBWA 1ITGA 3CFOA 4DV5K 3NVMA 2CH5A 3GOIA 4EZ9A 2A5XA 3LAKA 2W6KA 3CMAN 3A5OC 4J2AA 5GIOA 3AVLA 3L4QA 4CHOA 3CQ8A 3P5JA 5KGWA 2NRZA 3VQ7A 2XY5A 1MU2A 1NGGA 4BWJA 3NDKA 3SV3A 3QBXA 4RG8A 4B3RK 3FZFA 2P9NB 4B9QA 3WNFA 3IRXA 3V9ZA 2P9IB 1VSIA 2NRXA 2OYQA 3P83D 1HKGA 3WQTA 4I6MB 1NJWA 5AQTA 1G15A 4CZMA 3OYMA 1GOAA 4KHNA 1L5UA 3PX4A 2ZGZA 4IJNA 3NGYA 5AQUA 1S5JA 3U3GA 1YF5L 4FJLA 4ZRJA 2FBXA 3V1OA 2PBDA 5ELZA 3WNHA 1NBWA 4H0OA 3QEVA 1NU0A 3E01A 4ZRKA 4NXNK 3QETA 1KTQA 5FRNA 1GC6A 4IDHA 2KZZA 4AHVA 3G4SN 4JD2B 4BDZA 3KLIA 5C42A 3VEYA 3DXMB 4M3ZA 2ZGYA 3IUCA 1T05A 3RSEA 3ZCMA 2J0MA 1GG3A 4KTZA 4JI6K 3KLEA 3DLGA 3CJ7A 5M1OA 4YOVA 2QWMA 1FXXA 1NK5A 4DS4A 3O4NA 2I1JA 3NGZA 3VEWA 3LDLA 3FFIA 1TKDA 2VYPA 4WQ4C 2FJ9A 3D6RA 1BGXT 2EHGA 4N76A 4ELVA 1OH8A 3GL1A 5BN9A 2PY5A 1VRUA 1NJZA 1EXQA 3U9ZA 4DFJA 1Q81O 3F9KA 1KLMA 2FF6A 4BRKA 3MAQA 1W7AA 1NGDA 2PZSA 1LAVA 2UUBK 2I1KA 3A5MC 4K25A 5BREA 4LF6K 4FJHA 1TGOA 3U9DA 1X9JA 2BE2A 1U04A 3E9OA 4JS4A 1D9FA 3HBTA 3O5BA 4IFYA 2GV9A 3OYNA 3MX2A 1SL2A 1VSFA 2E2OA 3K9JA 2CGKA 4DMNA 2D10A 4BRCA 1RDWX 1Z6RA 2YNHA 4H0YB 1S6QA 1FJGK 4DSLA 1C0UA 1ATRA 4A2BA 1NGCA 3NF6A 4DTSA 3G10A 4FZXC 3OW2M 5AQOA 4F4KA 4F3OA 4Y1DA 3PVLA 3MEDA 2OCEA 5I3UA 3A2FA 1MIXA 4GMJB 4IEIA 5FPMA 1UAXA 1XWLA 1V4TA 2YHBA 1QSYA 3J80O 3EPYA 4KV8A 4H8KA 3NF8A 1LWCA 4IO9L 3TSUA 2AL6A 1C1AA 4Z4HA 4DFMA 4W5QA 3OTOK 3BINA 3IS9A 1KAYA 3RTVA 3ENOA 1C1BA 3V9SA 1A5VA 1U48A 2Y1JA 3VERA 2Q31A 4H4MA 5AJ3K 3I56N 3ZDTA 2QXFA 1K73O 2V7ZA 2HHWA 4U7BA 3C7NA 3ZX0A 1YVUA 3LM2A 1NMNA 4CJUA 3IG1A 2D2QA 1Q86O 1KCFA 1KBLA 1W0HA 3CPWM 4KHWA 1Z26A 3K9KA 3SNNA 4XH5A 3CYMA 4LF8K 4OO1J 4OVLA 4B9MA 2KZMA 4CJTA 1DKGD 3L0QA 4FLUA 4GKKK 3SZ2A 1IBLK 3L4IA 3DMJA 3GBTA 1RDDA 5E84A 3NHGA 4M3TA 2DIKA 3O6WA 1OVQA 4OPKA 1IG9A 4NCBA 4MLEA 1QE1A 4DXAB 1TK5A 4E7JA 1S9EA 2ETJA 4BDPA 3J8AA 1SS6A 2ZF5O 2VQEK 4FCYA 5AQXA 3CJCA 4RW4A 2QI2A 2X0SA 1K6YA 1KVBA 3NMUA 2D4WA 1TV6A 3HL8A 4CBWA 2VWBA 4H0XB 1GOCA 4M3YA 2F8SA 1RNHA 2ZQBA 3KLHA 1HMVA 2VGNA 2GTDA 1WLJA 4C1NK 1GLBG 1TAQA 2P9SB 3OYCA 3EE8A 3AO2A 4Z4CA 2P9IA 3PIOL 1X1PA 1TL3A 1WSEA 3ENBA 4CZFA 4DTRA 4B1UB 2DPNA 3AVAA 4B9TA 3DLKA 3THXB 1RDUA 2HHVA 3IKMA 2O8CA 4DV7K 3K5LA 4CJ7A 2NRTA 1S72N 4GNIA 1BO5O 4OKJA 4JK8A 2YHWA 4HVJA 1FK9A 1SL1A 4FWSA 1OH7A 3LWMA 4B3SK 3V81A 4CZKA 1VSEA 4CZIA 1SKRA 3LP3A 4H03B 3TABA 1YVNA 1NK4A 1JLGA 4FOEA 3C94A 4NLCA 4EHTA 4O8UA 3T1HK 2A3ZA 4A2AA 4DB3A 4AHTA 1WSHA 3O9SA 1XUPO 5BRDA 4JK7A 3WXIA 4BE1A 4A5BA 1GLEG 3AO4A 3HPOA 4E7IA 3M8QA 2CGJA 2J0JA 3QEWA 4HCBA 3B6PA 1J19A 5EVZA 5CZ2A 4BROA 1YUWA 3JSMA 4GXBA 4NCAA 4PUOA 4C8KA 4K42A 1D9DA 3SBGA 4QAGA 5GINA 3O9UA 3V1QA 1MK9B 4JKCA 1NK8A 3AVIA 4FJ8A 4JKGB 2E1ZA 2HHXA 2HHUA 3K58A 2ITMA 3RMCA 4FJ5A 4JNEA 4PKIA 1NGFA 2IVNA 3LZJA 3TU5A 2HHSA 1FW6A 1X9SA 1NNEA 1Y19B 2ZWHA 3ZSWA 2VG5A 2J0KA 3QO9A 1VSKA 3DJCA 4NYNA 1WBBA 4LF9K 4JKBA 1JLBA 4CESA 4FYDA 2IDOA 5A2QO 2B4JA 4CF1A 1S1TA 4CBXA 5LMUK 2WFBA 1BA0A 3C6HA 4BDYA 3OVNA 4C8OA 4JI1K 4CEZA 2G8IA 2KFNA 4DUZK 1U4BA 1VQ7N 3C6TA 3KIOA 4B1YB 5I42A 2QM1A 4M3XA 1KD1O 1S22A 4GVMA 3VTHA 3KK2A 1JDEA 2OANA 4RTFD 1T3VA 4F7GA 3MX5A 2YHYA 3AVNA 4KREA 1S1XA 4FWKA 2HBKA 3SPYA 4E0DA 4JS5A 1T03A 3CM5A 4XIUA 2GUIA 2QWPA 2P9LB 1T7PA 3AVJA 3R1XA 3MMVA 1X9MA 2OPRA 4JV5K 3FLCO 1H1VA 2P9KA 2W6LA 2ZJPL 4MDAA 5AQGA 1XI1A 3ZETA 3TTFA 4W5TA 3JXUA 4C8LA 1QSLA 4YOUA 3JS6A 3AY9A 5FPNA 3L8BA 2A1SA 5EXWA 3D7EO 2YKNA 1K8KA 1T6DA 2PYJA 4X64K 5DMRA 4FVMA 4DR3K 1VSMA 2Z1IA 1TK0A 4DV0K 3AV9A 3PLAA 3RMBA 3MK6A 1VQLN 3NH1A 3VQ6A 2FBTA 4CHZA 4DFPA 2I7NA 3VETA 1T8EA 3VA0A 1KLNA 3RRHA 2HNYA 4BR2A 2YNFA 3RSEB 2AP1A 4FVUA 2RQ1A 4O55A 4OGCA 1ACAA 4I2QA 5AR0A 1S1VA 1ZC6A 4OGEA 4Z4FA 2O8EA 2JWLA 4FJGA 4EP4A 4QS8A 3ZT1A 3KKRA 3BGRA 3WQUA 4OX9K 2E4LA 5AQSA 4CIEA 2P9SA 3KZBA 4U67L 4FK4A 1BQMA 5KI6A 3BF1A 5B8HA 2YHAA 5BPNA 4FZYA 4DLGA 1F21A 3FR0A 4YORA 4DTOA 2UU9K 2VWKA 1EQYA 3THXA 4KHQA 3FP5A 2YNGA 3E66A 5GIPA 4JK9A 3N4PA 2V52B 4ISEA 1S3XA 4FPBA 3CERA 3J7ZO 5J2PA 2X78A 4PHTX 3IFRA 5JS1A 1TUYA 3LL3A 4Y0WA 1IKWA 2QWQA 1EKEA 4HDOA 1WNSA 1O1WA 3VQEA 5C24A 1VQ9N 5CR4A 4HHTA 3CMEN 3VQ5A 4OPJA 1JL2A 3VEVA 3VQBA 4KKOA 3KK3A 1LCUA 2YCHA 3CC4N 5C0YA 2FDQA 4CJKA 4X66K 3TTDA 3OYDA 3VQ4A 1ZBUA 5AQRA 4NB4A 1D5AA 3AVGA 4W5OA 4OLBA 4ID1A 2YNIA 3CHWA 2HNZA 3RR7A 2YJFA 4W5RA 4TKNA 3EZWA 1T6CA 3A8YA 4JKDA 3J7AP 4WFBL 5I9EB 3CCJN 3AA5X 2HVHA 1C1CA 4CYEA 3RVCA 2QWNA 2VCPA 3M8RA 1HNIA 1GLDG 2UXBK 4DV6K 3NAEA 1SZ2A 4C8NA 4GY2B 3O8MA 3OYAA 2VQFK 2HBMA 3OHRA 5HRPA 2R7YA 5J1EA 3A5NC 3VENA 3S3NA 5FRMA 2HE7A 3V9XA 3HVRA 3FZMA 4BRLA 3P1GA 4ISFA 4CHNA 3RMDA 2AA4A 3DLEA 3LZIA 2QKBA 4O8KA 3OYEA 4FLWA 2FBYA 4YY3K 2WTUA 4H5VA 3LP0A 3ZYYX 4FO0A 5AZJA 4BC4A 4BE0A 4FLZA 1RFQA 2FSJA 3BZKA 5HROA 4FJKA 3F5TA 4O4GA 1L3TA 3RR8A 2HBLA 4CZEA 4QOZB 4BGBA 2QK9A 3RWUA 1MDUB 1KVAA 2BANA 4CEFA 5DM7L 3LP2A 2P9LA 3NCIA 1KSPA 4H5WA 3H3OB 4CK2A 1Z25A 3FLVA 5JMVA 3LAMA 4EAHD 2D5RA 4H0VB 4I9LA 4XEIA 1VBGA 2E88A 1QHTA 4DV4K 2AEHA 1FKOA 3QEXA 3P39A 3SPZA 5AZIA 4IOXA 1HYVA 4BRNA 4KTWA 4CEAA 2O8CB 1GLFO 5GAHP 3KK1A 4KAZA 1JKHA 4KHUA 1QQOA 4IOCL 4LY7A 2G8WA 1KQSM 4CBUA 5BPMA 3G71N 2Z1JA 4JRPA 5JVGL 1NKBA 1RTIA 1QQNA 4DQ8A 3AVBA 2DFFA 1K9MO 3AO5A 2Q0RA 4CZLA 1XC3A 2G8UA 3EZ5A 4GV9A 1R59O 1TL1A 1UOCA 3H45C 4IG0A 1BUPA 3AGRA 4KRFA 3FZLA 1BQNA 5AQMA 3VEZA 5AFUH 3VMFB 1OH5A 3CCSN 3G9WA 4FOIA 4E1MA 4JRQA 4MDBA 3QMLA 4CZJA 2WOMA 5J2NA 3B8AX 3MN6A 2EWSA 3K2PA 4CJEA 5F1XA 4CD3A 4CE9A 3VESA 2P9PA 4FK2A 5BPLA 4KI6A 1VQ6N 1NGAA 3T1AA 3QNOA 3EY1A 1VSHA 3P38A 1HB8A 2O8DB 3ASMA 1NK9A 3LDNA 3R8EA 5SZTA 3KVGA 2RN2A 3CD6N 2PFUA 1FKPA 5KPRA 1B9DA 3U7DA 1Q7YO 2G8HA 5AQJA 4JI4K 5FPDA 4GV6A 5GAEP 4DS5A 2OPPA 4NLBA 1XHZA 1SV5A 1TKZA 2HF4A 1BG3A 1XMQK 3PV8A 2E2PA 5CYQA 3LANA 4JKFA 2EMSA 3K5NA 1X9WA 3WA0A 1ZBHA 5D3GA 3H6EA 5LL6Z 2P5GA 3CI5A 5HRSA 3UKRA 4CF8A 4CHYA 4BC5A 2DY4A 3ATVA 4DWIA 3I0RA 3ALYA 4E7LA 1NM1A 4CF2A 3SLCA 3L2UA 1HNVA 5F2RA 3CFPA 3C95A 4KFBA 4CI6A 3ZSXA 4B3MK 4FLYA 4CVNE 4B08A 4IDKA 4J2BA 3PSIA 2ASMA 1NK0A 4FXDA 1MK7B 3QIOA 2FF3B 3M5RA 3NGIA 4JI8K 3HRGA 3U3YA 4BRQA 1WSJA 3K0SA 1QQCA 4KB1A 3HOTA 4XH1A 4BACA 4CJ4A 3HI0A 3Q7CA 2P9KB 3TARA 4FM2A 3DRSA 4RW9A 2HBJA 4HUFA 3ZETB 4FM1A 4B3OA 3O9RA 4A62A 4BRHA 1ASVA 1RGIA 3CCUN 2E2QA 1A5WA 3M1FA 5AQIA 3SQ1A 3T19A 1HYSA 3QFUA 2ASPA 3TAQA 3WUHA 5CE3A 4CZHA 1K8KB 3BUZB 3C6AA 4J2EA 2RPIA 3VQCA 1KRPA 2XO7A 3I55N 1R0AA 5JVLA 1GOBA 4LF4K 3O3FA 4RCHA 1HJRA 4FPAA 3EYZA 1ZBLA 2W40A 4LF5K 1Q18A 1DTTA 1LAWA 4DR2K 3D45A 1XNRK 1RDBA 1ISNA 3DRPA 1QSSA 1WAFA 3RMAA 3ZSZA 3ISNC 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4JKG A;  4JKF A;  4JK8 A;  4JKC A;  4JKD A;  4JK7 A;  4JKH A;  4JKG B;  3E9L A;  4JKB A;  4ILG B;  4JKE A;  3ENB A;  4JK9 A;  3E9O A;  4ILJ A;  4ILH A;  3SBT A;  3E66 A;  3E9P A;  3SBG A;  4JKA A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4FLT A;  4CCH A;  4FSV A;  4QS7 A;  5AQY A;  3ZT3 A;  1D8Y A;  3C65 A;  5DK5 A;  3ZSR A;  2BH1 A;  2HHT A;  3AVF A;  4KHS A;  3KWG A;  5AQW A;  1RIL A;  3QFP A;  4KHP K;  1HQU A;  1IJJ A;  4WYB A;  3SQ4 A;  1BI4 A;  4CD1 A;  4BRI A;  4YFU A;  4M3U A;  2PAV A;  4E3S A;  3V1R A;  4Q0B A;  3QDK A;  3MXM A;  4CGF A;  3MEE A;  5HLF A;  4YOX A;  1SQK A;  3PSF A;  3MN7 A;  5LJW A;  3OJS A;  2PYL A;  2HF3 A;  3ZEU A;  4HTU A;  4GKJ K;  4Z0U A;  4CHP A;  3C6U A;  1DGK N;  3DYA A;  2LSN A;  3HZ6 A;  4FWM A;  3PIP L;  1JXE A;  2XHB A;  3SYZ A;  4CJ5 A;  3OS0 A;  3NH0 A;  1XNQ K;  4AM6 A;  1CZB A;  1BOT O;  4AF1 A;  4CHQ A;  4FJM A;  3WEE B;  4R5P A;  2ASO A;  4LSN A;  2HMI A;  4JKH A;  2ZJR L;  4CK3 A;  2IS3 A;  5M1K A;  3OS1 A;  3AO1 A;  4Z4I A;  4DTN A;  3W3D A;  4CF0 A;  2EMT A;  5IT9 O;  4IO8 A;  3DAW A;  3KTQ A;  4DQR A;  2GBZ A;  2WC9 A;  1WB9 A;  1JL1 A;  2F8T A;  3E1Y A;  1NGJ A;  3IDH A;  1N8R O;  2V51 B;  1U2V A;  3ZX3 A;  1OKJ A;  5CY4 A;  2E8A A;  4CEO A;  2FBV A;  3TAF A;  4AHR A;  1SKS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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