The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
mRNA bound to the 30S subunit is a HigB toxin substrate.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| source organism |
Proteus vulgaris
|
| total genus |
30
|
| structure length |
119
|
| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-03-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4CW7 B; 4DR5 K; 1J5E K; 1I94 K; 1XNR K; 2VQF K; 4K0K K; 1HNZ K; 4DR4 K; 4JI2 K; 4YY3 K; 4LFB K; 4DV7 K; 4B3R K; 4LFA K; 2F4V K; 4NXN K; 5FLX O; 4YHH K; 4DR1 K; 3JAM O; 4JI8 K; 4LF7 K; 5A2Q O; 4V19 S; 4DV2 K; 4GKK K; 4LFC K; 4DR7 K; 5IWA K; 1XMQ K; 4DV1 K; 2UXB K; 5BR8 K; 1IBM K; 1N33 K; 4LF8 K; 4JYA K; 1XNQ K; 4X66 K; 2UUB K; 5LMU K; 4JI0 K; 4GKJ K; 4AQY K; 3T1H K; 4LF6 K; 4LF4 K; 1HNW K; 4DUY K; 4B3T K; 3J81 O; 1IBL K; 1N36 K; 1N34 K; 4DR2 K; 1N32 K; 3J7Y P; 4CVN E; 4DR3 K; 2VQE K; 4JI7 K; 2UXD K; 4KHP K; 4LF9 K; 4X64 K; 4JV5 K; 1HR0 K; 4X65 K; 1XMO K; 4DV0 K; 4DV4 K; 4B3M K; 4JI4 K; 2UUC K; 3OTO K; 4B3S K; 4DUZ K; 2UXC K; 4NXM K; 4JI3 K; 3J80 O; 4JI1 K; 5LL6 Z; 5AJ3 K; 4DV5 K; 2E5L K; 2HHH K; 5LMN K; 4OX9 K; 2UU9 K; 1IBK K; 4DV6 K; 1HNX K; 3T1Y K; 4JI6 K; 4X62 K; 1FJG K; 5IT9 O; 4JI5 K; 4LF5 K; 2UUA K; 2ZM6 K; 3J7A P; 4DR6 K; 4DV3 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4W5Q A; 4CK2 A; 3LPT A; 2Z1I A; 1S6P A; 2XY6 A; 3LDQ A; 3BZC A; 4DQP A; 4DR4 K; 4LFB K; 3NDK A; 2P9K A; 4BRC A; 4PKI A; 3CFR A; 4YHH K; 5AFU A; 1MU2 A; 3H1V X; 5KPZ A; 3U3G A; 4DR1 K; 4QAG A; 3PIP L; 1QSY A; 1VQ8 N; 2ZGZ A; 1D9D A; 4YOT A; 5AQI A; 3QEP A; 3D45 A; 3FZK A; 3HST B; 4JKC A; 2Q1N A; 3KIO A; 4W5O A; 3AVI A; 1RDU A; 2XY5 A; 1WB9 A; 2IS3 A; 4KHS A; 3BDP A; 4BC4 A; 3QIP A; 3H1Q A; 4I2Q A; 1TUU A; 4B1V A; 4CHZ A; 3AAR A; 4IXC A; 1G15 A; 4CJT A; 3EKS A; 4E0D A; 2FBV A; 2OZM A; 4DR2 K; 1NNE A; 3ISN C; 3HL8 A; 3TAN A; 1P8Z A; 4CJU A; 3TWH A; 1JL1 A; 1CZB A; 2ZWH A; 4FK4 A; 4CIE A; 5I3U A; 3L2U A; 2RE2 A; 1C6V A; 2YNI A; 4CJ5 A; 3WXI A; 4CEF A; 1QTM A; 4K25 A; 2DPN A; 5SWM A; 1NG9 A; 1C0F A; 3ZSZ A; 4AH9 A; 4DTX A; 2A1S A; 3VQB A; 4E19 A; 1T6D A; 3CIP A; 3CC7 N; 1TUY A; 2E88 A; 4Z0U A; 4DFP A; 1BCO A; 3EE8 A; 3EY1 A; 5AZI B; 5DK5 A; 1SUQ A; 3CHW A; 4HCB A; 2HVI A; 3ALY A; 5FRN A; 3TSP A; 4FJ5 A; 1RDD A; 2A42 A; 3IMX A; 4DS5 A; 1VQO N; 2D0O A; 5DMR A; 3WXK A; 4CFD A; 4X62 K; 5KI6 A; 5AQR A; 3HVR A; 2YNH A; 1BA0 A; 1Q9X A; 3J7Z O; 2E2Q A; 3TTC A; 5AQM A; 3CCR N; 2YHB A; 2DFF A; 4BR5 A; 3MXM A; 4HVJ A; 4PY5 A; 1WOQ A; 4FK2 A; 3EEQ A; 3MEG A; 3DWL A; 3OS1 A; 1JXB A; 3U3Y A; 3O3F A; 5M1N A; 3TSU A; 4PL7 A; 3O3G A; 3FE1 A; 4CD3 A; 4JRQ A; 1NK6 A; 4RW9 A; 4Y1D A; 4QS8 A; 1Z25 A; 4H8K A; 2W42 A; 1HNV A; 1IBM K; 3CI5 A; 2NZT A; 3LP3 A; 1UA1 A; 5DM6 L; 2QXF A; 1HNW K; 3PY8 A; 3ZLJ A; 3TPQ A; 5J2Q A; 4DSL A; 4B3T K; 5BR9 A; 3RR8 A; 4DTP A; 3UKR A; 4FJ9 A; 4DQQ A; 5B8H A; 5BRF A; 1C0U A; 4WQ5 A; 4BRF A; 2FXU A; 2QK9 A; 4GV6 A; 1RGI A; 2HOE A; 2FSN A; 4I6M A; 4ID5 A; 4ZHR A; 3HOT A; 4LF9 K; 4FJ8 A; 3LAK A; 3K9K A; 5CE3 A; 3S9H A; 4KI4 A; 3AGK A; 3C6T A; 1JCF A; 2HF3 A; 1RT7 A; 4B3M K; 4RW6 A; 4JKF A; 5CZ2 A; 1X3N A; 1VSK A; 4GW6 A; 3NVM A; 4Z4H A; 4FXD A; 2CGJ A; 4IFE A; 4R79 A; 3VQ6 A; 1IH7 A; 4E1N A; 4YOR A; 4C8L A; 5JLH A; 2PYJ A; 3ITH A; 4DLE A; 1VHX A; 4A5B A; 1RCH A; 3KK1 A; 3RMD A; 2ASM A; 4KHN A; 1Z26 A; 1RDA A; 2E1Y A; 1TYQ A; 2WOM A; 1X9S A; 3SJJ A; 1GOC A; 1XC9 A; 3VET A; 4C1N K; 4CE9 A; 4H03 B; 4FWM A; 2BTF A; 2D1K A; 4DFK A; 1SS6 A; 2KW4 A; 1JLQ A; 4MQ3 A; 3MX5 A; 3RSE A; 4K0K K; 4Z4C A; 4O5B A; 4CED A; 3H3N O; 1ESV A; 4QOZ B; 5JMV A; 1NGD A; 3F9K A; 4XH4 A; 2RPI A; 2YHA A; 4B8C A; 1J53 A; 3ZET B; 4CF2 A; 1YJ9 N; 1WSE A; 2HHV A; 3O1B A; 4CJS A; 4A5A A; 2VG6 A; 1MWM A; 2OPP A; 3AVJ A; 3WNG A; 3F73 A; 1IJJ A; 2XO7 A; 3D2F A; 4DSK A; 3CCE N; 1DKG D; 4B08 A; 1YVU A; 1T3V A; 2ATQ A; 4B1Y B; 1SQK A; 1QQO A; 2GUP A; 3I8D A; 1JLE A; 4GKJ K; 1RFQ A; 3AA2 A; 1DTT A; 3QO9 A; 1LAW A; 2V52 B; 4K43 A; 1N36 K; 4KHW A; 4NCB A; 4CGF A; 3P5J A; 1HUX A; 3V1O A; 1SL0 A; 4M41 A; 4BRL A; 3D7E O; 2O8C B; 3R9P A; 3L2V A; 2I7P A; 3A8Y A; 3TTF A; 2F8T A; 3MXJ A; 1X9W A; 4WE1 A; 1BA1 A; 4DS4 A; 3O5B A; 5HRO A; 1DGK N; 4FZX C; 2QA4 N; 4BDY A; 2GV9 A; 4E7I A; 1HYS A; 1RTI A; 3SZ2 A; 3CJ1 A; 1GLB G; 1TL1 A; 4JI4 K; 1QZ5 A; 3HVT A; 3A5M C; 2P9N A; 3FFK B; 1ZBF A; 5C25 A; 2QI2 A; 4FWO A; 1SKR A; 3DRS A; 5HL7 L; 4NYN A; 5M1Q A; 1NGC A; 5AJ3 K; 2WON A; 4J2E A; 1JLB A; 3QEW A; 4HHT A; 1TKX A; 4FWP A; 4FLV A; 4FSV A; 3PSF A; 3THY B; 2V7Y A; 2EHG A; 4CZJ A; 3EYZ A; 1JCE A; 5FDL A; 3FZF A; 4H0P A; 1KXP A; 4BR2 A; 4I2P A; 4YNQ A; 5AQZ A; 4CZL A; 4JD2 B; 4DG1 A; 3BF1 A; 4KO0 A; 2B6A A; 2YI1 A; 3DJC A; 4DSJ A; 1OH8 A; 4ELT A; 1CLQ A; 3T3F A; 4PQU A; 4JI2 K; 4FJL A; 3T7Z A; 4R5P A; 4K41 A; 4LFA K; 1WSH A; 3S3N A; 2O4I A; 4CZM A; 3AVM A; 3AO3 A; 3C7N B; 3VF2 A; 4CZK A; 1W2B M; 3GOI A; 3OW2 M; 3SUO A; 1BIS A; 1CZ9 A; 2LSN A; 1B9D A; 3VEW A; 4DHY A; 5M1F A; 4K8X A; 4RW8 A; 3VEO A; 1QVF M; 1RDC A; 1C0T A; 5HRR A; 2NNW A; 5E84 A; 4FOI A; 4OPK A; 1RDB A; 1SL1 A; 2GEM A; 1CZA N; 2BUP A; 3HRG A; 4C1N I; 1KQS M; 2O8E A; 2E4L A; 1TL3 A; 3SQ2 A; 3MED A; 2E2O A; 1BU6 O; 2E2P A; 2QW9 A; 3WNF A; 3QNO A; 3DAW A; 1P90 A; 4DB3 A; 2P9U B; 4JKE A; 3JYT A; 3QML A; 4BRG A; 1NJI O; 1LWC A; 3LAM A; 2E20 A; 4DTM A; 4FM0 A; 4EP5 A; 4C8O A; 4W5R A; 1MWK A; 3D6R A; 5AQK A; 3QBW A; 4IO8 A; 2QKK A; 4AHU A; 3SQ1 A; 1TK0 A; 5C12 A; 3L4I A; 3NVK A; 4LC9 B; 4FJM A; 5ELZ A; 1ZXO A; 2A40 A; 5LJV A; 4B9U A; 3A0I X; 2HW3 A; 3KD1 E; 3ZX2 A; 5AQL A; 2I5J A; 4DTR A; 1S1X A; 2UU9 K; 1VRU A; 2P9P A; 3CM6 A; 4O44 A; 1WSG A; 4M3U A; 1ZBL A; 3R3L A; 3DLE A; 4WFA L; 3CXC M; 4EAH D; 3KD5 E; 5KRT A; 3WXL A; 3BY5 A; 4IDH A; 4IDK A; 3MAQ A; 3CCJ N; 3J7A P; 4PUO A; 5ADX H; 3IKM A; 5BPM A; 2NRX A; 3SNN A; 1QZ6 A; 1Z05 A; 2NRZ A; 1T7P A; 4OPH A; 3LM9 A; 4FJK A; 4H5N A; 1D5A A; 1HMV A; 5C24 A; 3ZX0 A; 5GIO A; 5GIP A; 4LH5 A; 3VTH A; 4ELV A; 2O4G A; 3I8B A; 4AM6 A; 4UY8 O; 2DFH A; 4CES A; 4MFB A; 3HT3 A; 3DLH A; 3OYH A; 4FVM A; 1T6C A; 3B6O A; 1ATR A; 1NK9 A; 1D9F A; 2YX6 A; 3ZT4 A; 2P9I B; 1J9A A; 3FZM A; 4DTS A; 4B9S A; 2ZGY A; 2AA4 A; 4AM7 A; 4FLT A; 4CZG A; 1S9G A; 4LF6 K; 3ZEU A; 5C42 A; 3G10 A; 3P31 A; 3L4Q A; 2O8B B; 1VQ5 N; 3K5O A; 1N32 K; 1RIL A; 3HJF A; 4B1Z A; 2JWK A; 3OYL A; 4CZF A; 5AQQ A; 1K8A O; 1CXU A; 2ZD1 A; 1KD1 O; 1NK8 A; 4FWL A; 3RWU A; 1SL2 A; 4JV5 K; 3WXJ A; 3WNE A; 3AVH A; 4E7H A; 1NGA A; 3L8B A; 4N56 A; 1XHZ A; 3MXI A; 2BE2 A; 3NH2 A; 3DOL A; 3HPH A; 1NJX A; 3SLC A; 5FPE A; 4FJN A; 4CJ4 A; 2PY5 A; 2UXC K; 1YTA A; 3ZT0 A; 3SAF A; 3SMS A; 3MWT A; 4LSN A; 4HTL A; 1EO1 A; 1K6Y A; 3SUP A; 1VQ9 N; 3DLG A; 3PX4 A; 1VRT A; 4RG8 A; 4YFU A; 4WQ4 A; 4DCH A; 4B1W B; 3OYC A; 3C6A A; 1KLN A; 3VEV A; 1RBT A; 4KV8 A; 4B1X B; 4B1U B; 4JI5 K; 3UKU B; 4DQI A; 4KTQ A; 3P39 A; 3CYM A; 3O1W A; 3M8P A; 1JL2 A; 3CC2 N; 1NGI A; 3O6W A; 5KRS A; 2XHB A; 4B3O A; 3IRX A; 3T19 A; 3UB5 A; 4CHP A; 3AAQ A; 2FF3 B; 3DI6 A; 3U8X A; 2IIR A; 3L0Q A; 3CMA N; 4CJ7 A; 4M45 A; 5CR4 A; 4LF7 K; 1WUA A; 4IZ9 A; 4W5T A; 1Q7Y O; 1RTD A; 3CPW M; 4CHY A; 1HQE A; 2EX3 A; 3VQ4 A; 4EZ6 A; 4A2A A; 4RW4 A; 4M7X A; 4E1J A; 1OH5 A; 1OKJ A; 2O8F B; 3THW A; 1RT1 A; 2VYP A; 3U9Z A; 3LAL A; 4K42 A; 1ZBU A; 4E7L A; 1HJO A; 1JKH A; 3EO3 A; 2HST A; 2BGG A; 4DTO A; 1ZBH A; 2G8F A; 5SZT A; 4H4M A; 2X6N A; 1RBS A; 2HMP A; 1S1T A; 3VEN A; 4DR3 K; 2VQE K; 4DQS A; 3U6F A; 2QWR A; 2P9L B; 4YOY A; 2VG5 A; 4JS5 A; 5AQW A; 2E8A A; 4WFB L; 2NRH A; 3KK2 A; 3UE5 A; 4KH6 A; 1NWK A; 1HR0 K; 3OYF A; 4C8N A; 1WSJ A; 3LDP A; 1NK4 A; 3LM2 A; 4MDB A; 2OTJ N; 3R6M A; 4DTN A; 2Q0U A; 3JS6 A; 3L2W A; 3R1X A; 5AQV A; 3ZSV A; 4FWS A; 1CXQ A; 5CYM A; 1FKP A; 4IOX A; 1WAF A; 3AO1 A; 2HHH K; 1U4B A; 3QET A; 2VG7 A; 5I9E B; 3KZB A; 3OYN A; 4OPJ A; 2QTD A; 1ATS A; 1HKB A; 3FFI A; 3NF9 A; 3UKR B; 2Y1I A; 3CD6 N; 3IFR A; 1W9H A; 3ENH A; 3VA0 A; 4GNI A; 1RTH A; 4FL9 A; 4DFJ A; 3AGR A; 4DR5 K; 4E1M A; 3O9T A; 1L5U A; 4OJR A; 3VQA A; 4OGE A; 2YHX A; 2FSJ A; 4CD1 A; 2VQF K; 4OVL A; 4A62 A; 1LCU A; 4CGH A; 4E7K A; 4CGJ A; 4BVO A; 1LAV A; 3NGZ A; 1TGO A; 5KGW A; 3EE9 A; 5LY3 A; 1U2V B; 1U47 A; 4I9Q A; 1S5J A; 4CGG A; 3QIC A; 3RRG A; 4DSE A; 4DV2 K; 3IAY A; 3E9L A; 4I9L A; 4GKK K; 3DLK A; 1G99 A; 4DR7 K; 1VSF A; 1WBB A; 4CIF A; 4EZ9 A; 1DTQ A; 1HPM A; 1SV5 A; 1C1A A; 1VQ7 N; 5IWA K; 1K9M O; 1JCG A; 5GAH P; 4DV1 K; 1QQC A; 4O8U A; 2F8S A; 3OYA A; 1NU0 A; 1S9E A; 3EKU A; 4KHQ A; 3MWP A; 4NLC A; 2YHY A; 4DWI A; 4DQ8 A; 4JI0 K; 2OA8 A; 3O8M A; 2FC0 A; 2YV0 X; 3TAF A; 3ID6 A; 1T03 A; 1XHX A; 4OKE A; 4B9T A; 1YF5 L; 2KZM A; 1JLA A; 1DEJ A; 3O08 A; 1V4T A; 2I7N A; 3KWG A; 4BGB A; 4Z4E A; 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3C6H A; 3RRH A; 3KKR A; 1X1P A; 4CJR A; 3O4N A; 4CZI A; 2IDO A; 5CZ1 A; 3P83 D; 3ATU A; 2R7Y A; 4KHP K; 5J2P A; 4BE1 A; 2NRW A; 4H5V A; 3VOV A; 1V4S A; 2YNG A; 3TU5 A; 3CJA A; 3LPU A; 5EU7 A; 1TKD A; 5HLF A; 1HRH A; 4CFB A; 1FW6 A; 4TSX A; 4FK0 A; 4LSL A; 2Z1G A; 1XMO K; 2A5X A; 4JKH A; 4QS9 A; 5JS1 A; 3NHG A; 3LZJ A; 2ZE2 A; 5BN9 A; 4AIL C; 3Q7C A; 4J8F A; 4E7J A; 2G8I A; 1RBU A; 3J80 O; 2GTD A; 3HP6 A; 3VQQ A; 3VTI A; 1NOZ A; 3VQ5 A; 4OX9 K; 2A3Z A; 3MN6 A; 4BDZ A; 3ZYY X; 3DOK A; 4WYB A; 4CIG A; 1Q9Y A; 3SBG A; 4IFY A; 3V4I A; 4CJQ A; 3CCU N; 1TAU A; 2JLE A; 4ZTF A; 2ITM A; 5IT9 O; 2VGN A; 2ZM6 K; 4M3Z A; 4CEB A; 3VQC A; 5CY4 A; 4FZZ A; 5AQS A; 3VQD A; 3RMA A; 3GL1 A; 4DQR A; 2HNZ A; 4B9M A; 4CFA A; 1KAX A; 1B92 A; 2X78 A; 1WNS A; 4NYF A; 1ZBI A; 1I3A A; 1WLJ A; 4DV7 K; 4B3R K; 3TAM A; 3MDQ A; 4FWN A; 5FLX O; 1EET A; 4MLE A; 4EFH A; 1EP4 A; 4V19 S; 4FLZ A; 3QIO A; 3ULE A; 1I39 A; 2WUS A; 5AZJ B; 4FM2 A; 4CJK A; 1S3X A; 1NK7 A; 4KRE A; 4IJA A; 4CJ3 A; 4ISE A; 1XMQ K; 5M1O A; 5AQO A; 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