3WXKA

Crystal structure of trypanosoma brucei gambiense glycerol kinase in complex with glycerol
Total Genus 188
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
188
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGTGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Molecular basis for the reverse reaction of African human trypanosomes glycerol kinase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycerol kinase
molecule tags Transferase
source organism Trypanosoma brucei gambiense
total genus 188
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2014-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxkA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxkA01
1RDWX 1ATRA 3VEZA 4B1YB 1QQNA 1SAZA 2A41A 3MN6A 3IMXA 5EOYA 5TKYA 4NO7A 1YUWA 3O80A 3VPZA 4RWTA 3CJ7A 3ENOA 4DHYA 3CJ9A 4FOEA 2P9LA 3A5NC 3IUCA 3H46O 4BRAA 3VEVA 3U8XA 2E2NA 4FL9A 2Q31A 4BROA 4J8FA 3DXKB 2DPNA 4FWPA 5ADXA 5AQRA 1Y64A 3MN5A 3VEYA 4EFHA 2YJFA 3ZX3A 3HTVA 3WT0A 3VGLA 5JLHA 4EAHD 5KPTA 4CZGA 2A6AA 1ZXOA 1BOTO 5ELZA 1KXPA 1NGFA 2Q36A 3ZEUA 3J8AA 5AZIA 5AQIA 1GLEG 3MN7A 4FOIA 1MWMA 3HBTA 3FFKB 5KQ8A 5AQPA 2QM1A 4JNEA 1OKJA 3QICA 1HKBA 3SK3A 4H0VB 3WQTA 4L3QA 2ZF5O 2Q1NA 2QWQA 3L4IA 4IJAA 4BR7A 1R59O 2FSNA 4JD2A 4FPAA 3VEXA 4AM7A 2P9PB 3A0IX 4BRKA 1G99A 4KBOA 2IVPA 3CQYA 2ZGZA 5AZJA 4B1UB 1RGIA 4BRMA 4DQ8A 4YDUC 5CE3A 4H0PA 3QDKA 2ZGYA 3CJAA 1BO5O 2IVNA 4K41A 1SQKA 1XC3A 4WQ4A 5KPZA 2ZWHA 2P9NB 3IFRA 4BC4A 2I7PA 1X3NA 3VGKA 3CJCA 3BEXA 3QB0A 5BRHA 4FWLA 2Q0RA 5AQGA 1GLAG 3LM2A 4B1XB 3DAWA 4I6MA 3DXKA 1X9JA 2Q2RA 3QFUA 2YJEA 3JXUA 2CH5A 4EIAA 5EX5A 1YAGA 2FXUA 4XH5A 4O5FA 3CERA 5ADXH 1H1VA 4H5TA 2P9LB 2P9UA 5EVZA 4BG8A 5AQXA 4FWOA 2E1ZA 4CD3A 3LDLA 1P8ZA 3LDOA 1ZBSA 1K8KA 4PKGA 2QWPA 3FE1A 3LDPA 3TPQA 4FWSA 1TYQA 3WXKA 4BR4A 2CGLA 3UKUB 3WQUA 5E84A 4PL7A 5BPMA 4BC5A 4DB3A 3VGMA 1HKGA 2GWJA 4H5NA 4F9OA 1QHAA 3L6QA 4CBUA 1NGJA 5LJVA 3ZEUB 1XUPO 5AQTA 1BA1A 5AZIB 2HMPA 3C7NA 2AP1A 2E2QA 1RFQA 5BRDA 4Z94A 1LOTB 1NGDA 2V7ZA 1JCGA 4H03B 2QW9A 3D2EA 3FZMA 4H0XB 3SMSA 4IJNA 3VETA 4O8KA 3EKUA 4QS7A 4CBWA 2YHYA 5FPNA 2D0OA 4JD2B 3BF3A 3UB5A 5AZJB 1MA9B 4PL8A 3DJCA 3CHWA 5F1XA 4XH1A 1ZC6A 1NGGA 3CJ1A 4RTFD 1T44A 2H3GX 4RCHA 3A5MC 4BRIA 5KQDA 5BRFA 4K43A 3WXLA 1HUXA 5AQZA 5BN8A 4IO8A 2FLOA 1SZ2A 4ISGA 3ZETA 4BREA 1NBWA 3KVGA 4HTLA 3UE5A 3R8EA 2VYPA 2YCHA 4BQLA 1NLVA 4HWIA 4I6MB 2AA4A 4WQ5C 3MMVA 2I7NA 5AQMA 4XEIA 2A3ZA 1T6DA 1ATNA 2V7YA 3D2FA 3UKUA 4WQ5A 2P9UB 3AY9A 5AQNA 2IVOA 5AQOA 2P9SA 1TUUA 2E8AA 2IIRA 5AQFA 1C0FA 4M63C 1K8KB 4ISFA 2YHXA 1MWKA 1ATSA 3EO3A 1S22A 1WOQA 1TYQB 3CIPA 3GG4A 3A8YA 2E20A 3WXJA 3DXMB 3LM9A 4QS8A 3MDQA 3LL3A 2QWRA 5BN9A 3SJHA 2QWNA 1HPMA 4AM6A 3WUHA 3C7NB 1GLJO 2BTFA 3CJBA 4JAXA 2D4WA 1NGHA 4B9QA 2D0PA 3AAQA 3H1QA 1Q18A 3D2EB 1ESVA 3ULEA 3O8MA 2P9IA 1HLUA 3QBWA 4YDUA 3R9PA 4BRLA 4BRQA 2P9KA 2EWSA 5EXWA 1LCUA 2E88A 4CZMA 1YXQA 3U9DA 4CZFA 1KAYA 3EZWA 3P4IA 5JICA 4CD1A 2F9TA 4LC9B 3FGUA 1U2VA 1V4SA 1MDUB 3GL1A 5FPDA 2BUPA 5JMVA 3OHRA 1V4TA 3FZFA 4JHDA 5AFUH 3ZETB 2HF3A 2GELA 1U6ZA 3VESA 4BVPA 1E4FT 4GNIA 1C0GA 2QXLA 3F9MA 1D4XA 3VEOA 2HF4A 4XH4A 4B1VA 5JLFA 3BF1A 1Z05A 3D2FB 3O4WA 2YI1A 3AARA 2J4RA 1WUAA 3DXMA 5BPNA 2P9SB 3ATVA 1BWFO 3ID8A 2NRHA 5EY4A 3UKRB 1BA0A 2FSKA 3D7EO 3M1FA 3O08A 3H3OB 3H45C 3RSEA 4MLHA 1IJJA 4Y0WA 2GUPA 3U4LA 1JCFA 3WXIA 5E26A 1NGAA 3ZX2A 5AQWA 4A2AA 4FWKA 4PKIA 2A42A 3CI5A 4K42A 3HM8A 4BC2A 3I33A 4FPBA 3M6GA 3S41A 3VENA 4EHUA 4C23A 1NGCA 3WEEA 4CI6A 4H0OA 4BRHA 4DCHA 3IDHA 2VCPA 2QWLA 4CZLA 3ULEB 1EQYA 2P9IB 3FR0A 2Q97A 3I8BA 4B1WB 3A5OC 4E1JA 4M7XA 2P9KB 3O1WA 5AQHA 2E1YA 1DGKN 1Z6RA 3HSCA 3LDQA 2KHOA 4BVOA 1U2VB 2GTDA 4H0YB 3GE1A 4BR5A 3O6WA 4BR0A 4BRGA 3BUZB 5AFUA 4CBXA 3FLCO 2HOEA 4GY2B 4CZEA 4JHDB 2V51B 4A62A 2ITMA 2ASPA 1NGIA 3GOIA 3VEWA 3UKRA 4BRNA 2D1KA 2QWMA 1GLFO 1BG3A 5F2RA 5AQJA 4JN4A 3VERA 3FZHA 3TU5A 5AQKA 2A40A 4BC3A 4CZHA 1NMDA 4MLEA 5B8HA 3H6EA 4K25A 3ENHA 3L0QA 3JS6A 4BRPA 4CZIA 5AQYA 3EL2A 3ATUA 4CJ7A 1X3MA 4H5WA 4IWVA 2FF3B 5AQVA 3GDQA 1KAZA 2ASOA 4BGAA 1BU6O 1J6ZA 1NGBA 2QWOA 2V52B 3RSEB 2FSJA 4FWRA 3ZX0A 4BRDA 4CZKA 1T6CA 1NM1A 1QQMA 3MK6A 5I9EB 1NWKA 2CGKA 1CZAN 2PBDA 2E2PA 2WUSA 4FWNA 2E2OA 4BQZA 4CZJA 3W0LA 1DKGD 4FWMA 4FSVA 5AQSA 5AQQA 3M3ZA 5FPEA 3WEEB 3O5BA 3H1VX 2F9WA 5BREA 1BUPA 1GLLO 1QQOA 4QS9A 5LJWA 4WQ4C 4BRCA 1HKCA 3FZLA 5LY3A 3CQXA 2W40A 3HI0A 4ISEA 2A5XA 4FWQA 1HJOA 5AQLA 4A61A 2CH6A 4BRFA 5BPLA 3CETA 3EKSA 3QFPA 3EN9A 3FZKA 4H5VA 4WYBA 2ASMA 1QZ6A 5AR0A 1JCEA 2W41A 5FPMA 4BR2A 4EHTA 3VOVA 4MO5A 3SMPA 2NZTA 1YVNA 4B1ZA 5F0XA 5KPRA 3SLCA 4A2BA 3MN9A 4H5RA 4IZ9A 2GEMA 3KZBA 5BR9A 3LDNA 2VWBA 3QMLA 3W3DA 1QZ5A 3C0BA 3VF6A 2CGJA 4FO0A 1GLCG 3A5LC 1GLDG 4M7YA 4PKHA 3MCPA 4BR9A 4MO4A 1GLBG 3U9ZA 3DWLA 3R6MA 1KAXA 2OANA 3BP8A 3G25A 2NLXA 4BGBA 2YHWA 3B8AX 1BDGA 3O1BA 2P9PA 3GBTA 4IXCA 3QBXA 3KHYA 3HZ6A 4NB4A 1DEJA 3AAPA 1S3XA 1XQSC 2FF6A 2PAVA 2P9NA 4H0TB 3VF2A 3VF4A 1E4GT 4BG9A 2UYTA 1NGEA 1TUYA 2Q0UA 3H3NO 5AQUA 2GWKA 1IG8A 1HX1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3K58A 2A41A 5TKYA 4NO7A 4FJ9A 4CIFA 3ZSXA 4FOEA 5HBMA 3HVRA 1ZBLA 1NJWA 2Q31A 4BROA 2X74A 3OS0A 2VQEK 4KHNA 1HMVA 5AQRA 4DTJA 1Y64A 1ASUA 4HVJA 5FLXO 2YJFA 3ITHA 3WT0A 1HRHA 4EAHD 1ZXOA 4LFCK 3J8AA 5HROA 1WBBA 4B9TA 2HHXA 3CCJN 3HBTA 3WNGA 2QM1A 1OKJA 4CESA 1U4BA 1BISA 2QWQA 4BR7A 4XIUA 3L2QA 3CCSN 3AA5X 1G99A 2I5JA 2IVPA 3UIQA 3CC2N 4DQ8A 4FJXA 2OPSA 1QS4A 2IVNA 1F21A 3N4QA 5KPZA 3IFRA 4BC4A 1NK6A 2OZMA 4E19A 4OO1J 4IOAL 4FJJA 5GADP 1T7PA 4GV3A 4WCEL 1OH5A 1T05A 2EX3A 1GLAG 3P31A 4U7BA 3O9UA 3DAWA 1I3AA 1LW2A 1EWQA 2Q2RA 2WFBA 3HP6A 2YJEA 5EX5A 4CEBA 3DMJA 4KRFA 4FM1A 5JS2A 3I55N 2NRTA 5ADXH 1TL1A 1VHXA 1C1CA 5EVZA 4JS5A 4NLBA 3ZT4A 4BG8A 3V9XA 1P8ZA 3DRRA 3L3VA 4HCBA 3LDPA 1NKCA 4BR4A 4FWSA 3UKUB 3M8QA 3O9RA 2IS3A 4DB3A 2W42A 2KZZA 4K8ZA 1QHAA 1EX4A 1NGJA 4DR7K 5AQTA 2ZE2A 3NBPA 4Z94A 3TANA 4AHCA 3DYAA 3FZMA 4IJNA 4YOTA 3EKUA 3NCIA 3M8PA 4M41A 2XO7A 4N56A 3AGKA 3WNHA 1NGGA 1BI4A 5MLCQ 4CJLA 4GVEA 1WSFA 4CK1A 4N76A 2H3GX 4DQRA 4BRIA 5BRFA 2HB5A 4K43A 2OA8A 3OJSA 1FKOA 2FBXA 4CJ3A 5BN8A 4IO8A 2FLOA 1RTHA 2KZMA 1SZ2A 3VQ6A 4ISGA 3KVGA 1S9GA 3UE5A 2IGIA 4BQLA 4BE0A 4DTRA 2QXFA 4HUEA 5HP1A 3NH0A 3ZLJA 1YIJN 1NMNA 3F2KA 4J2AA 4KHSA 3SPYA 3OYGA 3RWUA 3AY9A 5GAHP 4NYNA 2IVOA 3CCMN 4M45A 3QEWA 3AA3A 1TL3A 3HSTB 4ISFA 3MAQA 1ATSA 2A1RA 3HJFA 3A8YA 3CC4N 1A5XA 2E20A 1RBVA 4B3TK 3KJVA 4QS8A 1RDCA 3LL3A 4ZTFA 3CCUN 5BN9A 4LD0A 2PYJA 1HPMA 1J53A 3NHGA 4DV3K 1K8AO 2BTFA 4N47A 4JAXA 1W7AA 2D0PA 3AAQA 3IAYA 1VAZA 1VSJA 1ESVA 3THXA 4F4KA 4YDUA 2Z1HA 4CEFA 3R9PA 1A5WA 3EY1A 4BRLA 4IO9L 2HHVA 5M1NA 2BDPA 2WC9A 3KWGA 4DSJA 4WFAL 4CEAA 3P4IA 5JICA 1LWEA 1BI4B 2F9TA 4CD1A 2PZSA 2QI2A 1V4SA 3E9OA 4C1NK 1MDUB 3GL1A 3NF9A 3P39A 4G1QA 5JMVA 4CJWA 4BDZA 4DR5K 4FW1A 3CCLN 4HUGA 5C2FA 4OKEA 3T1HK 2HVIA 3J80O 2GELA 5E41A 2F8TA 1N34K 3OYBA 3AVIA 1JXEA 1Q9XA 3VEOA 3HPHA 4LSNA 1IKVA 4XH4A 4B1VA 1E3MA 5K14A 1CZBA 3KTQA 2J4RA 4CEEA 3J81O 1S1VA 1RBTA 3CYMA 3DXMA 3TTCA 2NRVA 4CF2A 3KLEA 1BWFO 3HOSA 1ASWA 2NRHA 5HLFA 1JXBA 3HM9A 2NRXA 1W2BM 1VRTA 1HNVA 4F2SA 4Y0WA 3WXIA 3THYA 3TI0A 4A2AA 4FWKA 5CYMA 2A42A 3KD5E 1ZBHA 4EZ9A 3I33A 4DR6K 3S41A 3M6GA 4B8CA 3OYIA 1JLFA 3IRXA 3IDHA 4CZLA 4ZHRA 3THXB 4O0IA 1VQKN 3VQPA 4FJGA 4E1JA 5AQHA 3MX2A 1Z6RA 3HSCA 3LDQA 2ATQA 3P1GA 1TK8A 4DV6K 1YJWN 4B3OA 4BR5A 4DSIA 2UXBK 3SJJA 3DI6A 1GOCA 2HW3A 4GY2B 3PV8A 1WSHA 3V9ZA 4ILJA 4DKWA 3SQ0A 3SQ2A 3SAFA 1BIZA 5AQKA 3TU5A 1YHQN 3TAMA 2BANA 3H6EA 4NYFA 4K25A 3ENHA 4KH5A 1NU0A 2OZSA 5TKWA 4CZIA 1QSLA 4B9VA 1UWBA 4CJ7A 2B5JA 4JI2K 4CGIA 4IWVA 4DTUA 1LWFA 3NAEA 4IKFA 1L3UA 2QWOA 4QOZB 2UXCK 3S3OA 3MK6A 4BDYA 2WUSA 3CCEN 4BQZA 1DKGD 4FWMA 4E7HA 4JI3K 1N8RO 5AQQA 1NJXA 4J2EA 3RR8A 3K57A 5BR8K 1GLLO 1C0MA 1QQOA 4QS9A 5LJWA 5LY3A 1CXUA 2W40A 3HI0A 2A5XA 1YJNN 2GV9A 5BPLA 3CETA 2FBVA 4CJUA 1YITN 3EKSA 3B6OA 4W5RA 1REVA 2NNWA 5LL6Z 2ASMA 4K0KK 5FPMA 4EHTA 3VOVA 2ZJQL 2NZTA 1YVNA 4ID1A 1DT9A 1TKZA 4CJEA 3CCVN 4JK8A 3PSIA 4GKJK 2F96A 1KTQA 4C8MA 4C8OA 4M3UA 1HNXK 2RE2A 3E9LA 3LDNA 4KREA 1UOCA 1QZ5A 2CGJA 4JRPA 1RDUA 1RCHA 4ICLA 1GLCG 3LWMA 4KTWA 4PKHA 3VN5A 4BR9A 3K0SA 1JLAA 1KAXA 2HBLA 4IEEA 1I39A 3LZIA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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