3WXKA

Crystal structure of trypanosoma brucei gambiense glycerol kinase in complex with glycerol
Total Genus 188
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
188
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGTGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase
molecule keywords Glycerol kinase
publication title Molecular basis for the reverse reaction of African human trypanosomes glycerol kinase.
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma brucei gambiense
total genus 188
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2014-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxkA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxkA01
5FPNA 5AQLA 5BREA 4XEIA 4CD3A 1D4XA 3UE5A 4BC5A 1YUWA 3VETA 4BVPA 1KAYA 2ZWHA 5JICA 3AAPA 1QZ6A 3MN9A 2A3ZA 2P9SB 4EHTA 3M6GA 2AA4A 2F9WA 3H3OB 5AZIA 3CETA 1XC3A 3H45C 2A41A 2A6AA 4XH1A 1ESVA 4CD1A 4FL9A 5AZJB 4H03B 3VEYA 1NLVA 1DEJA 1KAXA 2P9KA 5BRFA 1RGIA 4FPBA 3QFUA 3FLCO 4YDUA 4BRAA 3D7EO 4QS9A 2YCHA 4Y0WA 4HTLA 3VGKA 1HX1A 1ZC6A 3A0IX 2NLXA 3CJ9A 4O5FA 1TUUA 2KHOA 4CBWA 4BR5A 5JLHA 3SMPA 4Z94A 3ZETB 1GLJO 1V4SA 3DXMB 2HF4A 2ASPA 4BR0A 1DKGD 2IVOA 4CZGA 5AQOA 4FWNA 1GLBG 1BWFO 3ENHA 4XH5A 5EOYA 3VF4A 2VYPA 2HOEA 2P9UA 4E1JA 2CGLA 1P8ZA 2CH5A 3TU5A 4BRMA 1U2VA 3J8AA 1TYQA 2E88A 4CZFA 3MDQA 4ISGA 2IIRA 2P9NB 4WQ4C 5AFUA 4BRCA 4DQ8A 4A61A 1BG3A 3FGUA 3QBWA 3R8EA 3VEZA 4QS8A 4BRLA 4B1XB 2BUPA 2GEMA 4FWSA 4FWOA 4IO8A 5B8HA 1C0GA 4O8KA 4B1YB 1MDUB 3VGMA 5AQGA 3VF2A 1J6ZA 3O1WA 3VEVA 3ZX2A 1LOTB 3DWLA 4JHDA 5ADXA 3H46O 2YI1A 3WT0A 1NGAA 2P9LB 3CJAA 3BF3A 3U9ZA 3KVGA 4BGBA 3UKRA 2YHXA 1T6DA 1BUPA 1NGFA 2V7ZA 4H0TB 4CZIA 4CZLA 2GUPA 1BO5O 2ZF5O 1V4TA 3O80A 2E2PA 4ISFA 4H0OA 1OKJA 1LCUA 3DXKA 1QQNA 5FPEA 3KHYA 4FPAA 1X9JA 4BC2A 5BPMA 2FF6A 3L4IA 4H0XB 3VPZA 3SLCA 2QM1A 3AARA 3ULEA 3RSEA 2GTDA 2A5XA 4BR9A 4FWMA 2PBDA 2Q97A 5E84A 3L6QA 3WUHA 3ZEUA 2IVPA 5AQIA 1HKCA 1EQYA 3R9PA 4CZKA 3UKUB 5F0XA 2DPNA 1T44A 4H0YB 3LDPA 4FO0A 4IJNA 4EFHA 1X3NA 3O08A 5AQWA 4BQLA 1KXPA 2QWPA 3FZFA 4K25A 4B1VA 2E1ZA 1WOQA 3B8AX 1NWKA 3C7NB 4CI6A 4KBOA 2GWJA 3DJCA 2P9SA 2W41A 3CIPA 4WQ4A 5E26A 1GLAG 5FPDA 1NGGA 5LY3A 1Y64A 1MWKA 4XH4A 5AZJA 4NB4A 4AM6A 2CGJA 3VESA 3QBXA 2QWMA 4BG9A 3GL1A 1QQOA 3SJHA 1BOTO 1HKBA 3D2EB 2I7PA 2D0PA 3VEOA 2V51B 2YHYA 5AQZA 5KPRA 3WQTA 2YHWA 4BVOA 3WEEB 3FE1A 2ASOA 4BGAA 5AQUA 3GE1A 4GNIA 2P9PB 5AZIB 5AQXA 3FR0A 4PL7A 4FWQA 3D2FA 3MN6A 1RDWX 3W0LA 2PAVA 1GLFO 3ATUA 3DXMA 4H5VA 4H0PA 3QB0A 4HWIA 3BF1A 1NGCA 1JCEA 2A42A 3LL3A 1GLEG 4BRFA 3VENA 3CQXA 1BA0A 4AM7A 3CQYA 1YAGA 1S3XA 5BRDA 2WUSA 3CJ7A 3L0QA 3WXLA 4CJ7A 4RWTA 4PKHA 1QQMA 4EHUA 4BRDA 1MWMA 1HLUA 5AQNA 4B1ZA 3AY9A 5KPZA 4IJAA 2P9IB 3FZKA 4H5RA 4DHYA 1NGBA 1HPMA 3JXUA 5I9EB 3IDHA 1NGJA 3ATVA 3GDQA 4B1WB 1S22A 2NZTA 4PKGA 3JS6A 4CZMA 5EY4A 3VERA 1ZBSA 4F9OA 1TUYA 4MLEA 1U2VB 4H5WA 1BA1A 2P9LA 2V7YA 2FF3B 3A5OC 4LC9B 1NBWA 2FSKA 3H1QA 3R6MA 3MN5A 3H6EA 4I6MB 5TKYA 3VF6A 1DGKN 4CZJA 3BEXA 5FPMA 1XQSC 1T6CA 3LM2A 2AP1A 4M7YA 3A8YA 3HSCA 1C0FA 2H3GX 4MO4A 5KPTA 4IZ9A 5AFUH 4BR7A 4BRHA 5BN9A 2E1YA 2HF3A 1Z05A 3O4WA 3MMVA 3AAQA 4A2BA 5LJVA 5AQVA 4BC4A 3CJCA 3HTVA 3IMXA 2YJFA 1GLCG 2GELA 4FSVA 4PKIA 4FOEA 4JD2B 1K8KA 2FSNA 1YVNA 4FWRA 3LDLA 5BN8A 1SQKA 3UKRB 3CJ1A 3UKUA 4WQ5C 3VOVA 3SK3A 3HBTA 5ADXH 4B1UB 2V52B 4BG8A 5CE3A 4JNEA 2OANA 4BRQA 3VEXA 3QDKA 5BPLA 4BRNA 1E4FT 5AQYA 2W40A 1QHAA 3P4IA 1XUPO 3EZWA 5ELZA 2CGKA 3A5LC 4L3QA 2VCPA 1SZ2A 2E20A 3W3DA 3LDOA 2D4WA 3ULEB 2FSJA 5KQDA 3TPQA 3ENOA 2E8AA 3CERA 3ZEUB 1YXQA 2NRHA 3M3ZA 2Q0RA 4ISEA 3D2EA 3GBTA 3LDNA 4K42A 4PL8A 3I8BA 5BR9A 2IVNA 3BP8A 5AQTA 4K41A 4WYBA 2YJEA 1MA9B 3DAWA 3VGLA 3O6WA 3WEEA 3SMSA 3GG4A 4IXCA 3ZX0A 1Q18A 2Q2RA 2QXLA 1ATRA 2P9PA 1NGEA 5EVZA 1WUAA 3OHRA 4H5NA 2ASMA 4K43A 3VEWA 3HI0A 3ZETA 3CHWA 1RFQA 1G99A 4BRPA 3HM8A 2FLOA 4RCHA 3LDQA 2E2NA 2P9KB 3QFPA 4FWLA 4FOIA 4JN4A 5AQMA 4CBUA 4GY2B 3S41A 3LM9A 3U9DA 5AQHA 3WXKA 2HMPA 3U4LA 1IG8A 1JCGA 3G25A 1SAZA 4RTFD 5AQRA 4FWPA 3FZHA 2GWKA 4BR4A 4CZEA 2Q31A 4C23A 2ZGYA 3ZX3A 2Q36A 5AQPA 3MN7A 2P9IA 2D1KA 2P9NA 3FFKB 1GLDG 1H1VA 4WQ5A 3C0BA 3D2FB 5JMVA 2QWNA 5AQKA 1CZAN 3IFRA 3HZ6A 3A5NC 1JCFA 2ITMA 2BTFA 3U8XA 1NGDA 3FZLA 3EKSA 2E2QA 1KAZA 4A62A 5EX5A 5BRHA 1HJOA 5AQSA 3O8MA 2D0OA 4BREA 2P9UB 4DCHA 4BRKA 4CBXA 2J4RA 5AQFA 4H0VB 1TYQB 4JAXA 4I6MA 1NM1A 1IJJA 1Z6RA 3H1VX 1HUXA 5KQ8A 2CH6A 3CI5A 3O1BA 4J8FA 2UYTA 3EN9A 5EXWA 2E2OA 4M7XA 2A40A 4B9QA 5F2RA 1BDGA 4A2AA 4BQZA 4IWVA 4YDUC 1U6ZA 5AQJA 1ZXOA 4FWKA 3MCPA 4BC3A 3IUCA 4JD2A 4JHDB 4BR2A 1GLLO 1E4GT 3M1FA 4BRGA 2EWSA 2QWLA 1QZ5A 1NGHA 2Q0UA 3H3NO 2F9TA 4DB3A 1HKGA 1ATNA 3QMLA 5AR0A 1NGIA 3A5MC 4EAHD 4EIAA 4M63C 2QWRA 4MLHA 3EO3A 1NMDA 3BUZB 5BPNA 3UB5A 1ATSA 1X3MA 3DXKB 3QICA 3C7NA 3CJBA 3FZMA 2QWOA 4BRIA 5JLFA 4BROA 3WXIA 5F1XA 2QWQA 2ZGZA 1R59O 2Q1NA 3KZBA 4QS7A 3EL2A 4NO7A 3MK6A 1K8KB 1BU6O 2FXUA 3RSEB 4H5TA 3WXJA 2QW9A 3I33A 3WQUA 3O5BA 2VWBA 3ID8A 4MO5A 3F9MA 2I7NA 3GOIA 5AQQA 4CZHA 3EKUA 5LJWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B9DA 3OYBA 1YTUA 3G10A 1WAFA 4XEIA 4HUFA 4CD3A 3UE5A 1NNEA 3O3FA 4O8UA 4BC5A 2VG6A 3O9RA 2YX6A 2KLAA 5FROA 2XRIA 3I55N 1QZ6A 4RW6A 2P9SB 4NXNK 3KLFA 2F9WA 5AZIA 3CETA 3H45C 4DTMA 2A6AA 4FL9A 3LPUA 4FM0A 1L3UA 4KV8A 3D0PA 1KAXA 4FJ9A 2YCHA 1B9FA 4H4MA 4E3SA 2BH1A 3AO4A 4YHHK 3VGKA 4CJUA 4UQGA 3CJ9A 3LDSA 1BHLA 1TUUA 4WFAL 3THXA 3V6DA 3KWIA 1L5UA 4FLWA 1BI4B 2HF4A 1HPZA 3MWPA 2ASPA 1M90O 1KTQA 2IVOA 3DLEA 5AQOA 3BZCA 3O4QA 1QVFM 4XH5A 3VF4A 3KD1E 4CESA 2OPSA 1C1AA 4B08A 4FLXA 1S72N 2CH5A 3OYHA 3SQ0A 3J8AA 2P9NB 4WQ4C 2W42A 4JI3K 3QLHA 5AFUA 3PO5A 1TV6A 4YY3K 2W6LA 4KH6A 4BRCA 3OJSA 1BG3A 3QBWA 3R8EA 1IG9A 4KHPK 1O13A 4FVUA 2BUPA 1VHXA 2GEMA 4DQRA 4FWOA 3T1AA 4NCAA 2KZZA 1C0GA 4O8KA 4B1YB 1FXXA 3VGMA 4KAZA 3NCIA 1VQ9N 1J6ZA 3VEVA 1LOTB 4CFCA 4CEZA 3SUOA 3CCLN 3SAHA 3UKRA 5GIPA 1LAWA 2O8BB 2QA4N 1BUPA 1NGFA 2B4JA 2Z1GA 4JI2K 1BO5O 1NK4A 4DFPA 3HXMA 3BY5A 2E4LA 4HUEA 4PWDA 2O8DB 4FPAA 1X9JA 4BC2A 2FF6A 3L4IA 4E1MA 1K8AO 2NRVA 3SLCA 3TAQA 4B8CA 4IDKA 4FLYA 1RT1A 4FWMA 5FDLA 2Q97A 3L6QA 3V81A 2IVPA 3DRSA 3QEIA 2OYQA 5F0XA 4CE9A 3IS9A 3O4NA 4IJNA 3HYFA 3O08A 1JJ2M 3FZFA 4K25A 1D9FA 3B8AX 4CI6A 2W41A 3P5JA 1TKDA 1A5VA 3AVBA 4DLGA 2QWMA 3IAYA 3H08A 3SJHA 1TKXA 3VQBA 2G8WA 5IWAK 5KPRA 1RDUA 2QTDA 1RDDA 4BVOA 3SPZA 2HHTA 2ASOA 1WAJA 2P9PB 3N4QA 3S3OA 4PL7A 4IOCL 3B6PA 1GLFO 3ATUA 4H0PA 4DR2K 4R79A 4WE1A 4WFBL 3VQQA 3PSFA 3VQAA 3TARA 2FBTA 3G71N 4CEQA 3CQYA 2IDOA 4FJXA 3KD5E 2WUSA 3CJ7A 3F2KA 4PKHA 1YIJN 1WSGA 3VQ4A 1HLUA 4B1ZA 1WSIA 4CHYA 2GV9A 3ZSVA 3ENBA 1KFSA 3Q7CA 1SS6A 3CM6A 4DF8A 1HPMA 1WSJA 4FM1A 3WNEA 4B1WB 4DLEA 3JSMA 4OPKA 3K5MA 2OTJN 3SV4A 1TUYA 1IBLK 4AF1A 4O4GA 3T69A 4DR1K 1U2VB 4H5WA 2P9LA 2RE2A 3AA3A 4IEIA 1FKOA 1RILA 4B9NA 2QKKA 4IG0A 4BDZA 3TAGA 1XQSC 3LM2A 3M8PA 1F21A 4I2QA 3LPTA 5KPTA 4BR7A 2FBXA 2E1YA 2HF3A 4YOTA 3NH1A 3MMVA 3TABA 1JLAA 4BC4A 3IMXA 2YJFA 1S1UA 3VTIA 3J80O 1K8KA 5FRMA 1X9MA 5JVGL 1YVNA 3LDLA 3QEPA 3O3HA 1HMVA 4JKFA 5J2NA 4KHSA 1HYSA 5ADXH 2V52B 5CE3A 3DYAA 3T19A 4CCHA 1I3AA 2OANA 3C6TA 3QDKA 5BPLA 4BE1A 3AO5A 2G8UA 1SKRA 1CZBA 3P4IA 3NF6A 4G1QA 3EZWA 4YOVA 3V4IA 4O44A 1QSSA 2KFNA 2E20A 4CERA 5KRTA 3ULEB 2FSJA 4ILJA 4F8RA 4L8RB 2X6NA 3ZEUB 4DF4A 1JLEA 3HK2A 1VSKA 4LF5K 3D2EA 4AHSA 4PL8A 2DFFA 4B9MA 1TK0A 4K41A 4ZHRA 1NK9A 2YJEA 4CK1A 4A59A 1XC9A 3HP9A 3WEEA 1VQMN 4I2PA 4N76A 4IXCA 2YNIA 3PUFA 2Q2RA 1ATRA 4OKKA 3VQ5A 4GKJK 4AH9A 4B3MK 3HI0A 4CJ3A 1HR0K 1WSEA 1RBTA 2P9KB 5AQMA 5LMUK 1VSDA 4AHCA 3WXKA 4FZXC 3RMDA 5C0YA 5AQRA 3FZHA 2Q31A 2RPIA 1TKTA 2Q36A 2QK9A 3CFRA 1ASWA 1JLBA 4Z4IA 1H1VA 3D2FB 4LFCK 2EX3A 3TAEA 5AQKA 3F73A 4G9ZA 3HZ6A 3V9UA 1OH6A 1ASUA 1JCFA 2NRWA 3KJVA 1OVQA 4BWJA 1NGDA 1BL3A 2GBZA 1KAZA 2ZQBA 5BRHA 3KLHA 2QEXN 1HJOA 3ZCMA 3A2FA 1EWQA 4B3SK 3O8MA 3SUPA 2HBMA 4FVMA 3G6EN 3DLGA 3L3UA 4CBXA 1YI2N 2J4RA 4JAXA 2YHBA 4GV9A 3OA9A 4JI6K 1NM1A 3HJFA 4LSLA 3L8BA 5KQ8A 5JS1A 5GAEP 3OYKA 5HP1A 3CCRN 1NK5A 2UYTA 2YNFA 2D0BA 3VQ7A 2E2OA 4M7XA 3WXMB 2A40A 4B9QA 2Q3SA 3RVCA 4BQZA 4YORA 4M41A 2YNHA 4DQSA 4FWKA 1T03A 3OYLA 2R7YA 3AO2A 4BC3A 4CEOA 4JD2A 4LD0A 1EXQA 1HNZK 4YOYA 4CEFA 1RTHA 1NK6A 1Q9YA 4DR3K 3V9SA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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