3WXKA

Crystal structure of trypanosoma brucei gambiense glycerol kinase in complex with glycerol
Total Genus 188
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
188
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGTGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Molecular basis for the reverse reaction of African human trypanosomes glycerol kinase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycerol kinase
molecule tags Transferase
source organism Trypanosoma brucei gambiense
total genus 188
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2014-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxkA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxkA01
1S22A 4H5TA 4ISGA 2QWRA 3CJBA 3HZ6A 4BGBA 2P9NA 3UKRA 3H1VX 5BRDA 3WQTA 3VGMA 1YUWA 3HTVA 1U2VB 1ZC6A 3LDOA 3MDQA 4QS9A 4WQ5C 3WEEA 3ULEB 4C23A 1MWKA 4A2BA 2HOEA 2FSJA 3G25A 1BUPA 4L3QA 3S41A 2D0PA 2D4WA 1NGJA 2CH6A 2P9IB 3IFRA 4WYBA 4CD1A 1GLCG 3H46O 3SMPA 2PAVA 3D2FA 5LJVA 2ZGYA 4WQ4A 2QWLA 2GEMA 4MO5A 3QICA 4I6MA 4M7YA 3ENHA 3ZX3A 3CJAA 5AQLA 4K25A 2I7NA 2A5XA 3ID8A 5BPMA 4B1ZA 1IG8A 4BR9A 4H03B 3ZX0A 1SQKA 4DCHA 4H5VA 3O1BA 4CZHA 2E2PA 5EXWA 3VENA 3IDHA 3H6EA 1GLBG 1ZBSA 1RFQA 4MLHA 5FPMA 4BR5A 3MN9A 4H5RA 4IJNA 4FL9A 3KHYA 4EIAA 4H0PA 2F9TA 4FWSA 4B9QA 3H1QA 4CZEA 3GDQA 2QWNA 2Q1NA 3I8BA 3QBWA 3O08A 3JS6A 3LDQA 2Q31A 5AQQA 4BC4A 2YHWA 3OHRA 4FO0A 4O5FA 4E1JA 2IIRA 3HI0A 5BRHA 3BF3A 4BR7A 4AM6A 4FWQA 1BO5O 4BROA 4BVPA 1U2VA 2DPNA 5AFUH 2H3GX 2QWQA 1NMDA 5BREA 2P9UA 4H0OA 3RSEA 4BR0A 4CZGA 4A61A 5FPNA 1C0FA 3A5OC 1H1VA 1T6DA 3MN5A 3HBTA 3UKRB 3DXKA 5F0XA 2Q97A 3M6GA 3D7EO 5AQYA 1K8KA 3HM8A 3AAPA 5AQVA 1HJOA 4FPAA 3WEEB 3C0BA 2Q2RA 2ZGZA 2YCHA 1BA1A 1BWFO 3VF6A 5EOYA 3VERA 1GLJO 1MWMA 4A62A 5AQOA 5ADXA 3FZHA 3FZLA 3VESA 4Z94A 4CZMA 3ZETB 2E88A 3D2FB 3LDLA 3U4LA 3FLCO 3WUHA 4BRCA 4I6MB 3D2EB 1NGIA 4BRGA 5AQJA 5BPLA 3BUZB 4FWNA 4BRPA 3CJ9A 2YJEA 3CHWA 3VEWA 4EAHD 3O1WA 1U6ZA 4BRHA 4H0YB 1KXPA 2FLOA 3A5NC 1NGCA 3AAQA 4KBOA 2ZWHA 5JICA 1G99A 3VEOA 4YDUC 1E4GT 4CZLA 4CD3A 3UE5A 3P4IA 4BC5A 3R9PA 4CBWA 1YAGA 5BR9A 2VWBA 3DWLA 2PBDA 4JNEA 4BREA 4PL7A 4HWIA 2CH5A 5AQIA 1HKCA 3DAWA 1KAXA 1OKJA 1V4SA 1BOTO 4BG8A 2W41A 3C7NA 2P9PA 5AQXA 3GG4A 3GE1A 1TYQA 1BA0A 3JXUA 3L0QA 1T44A 3EO3A 3QFUA 5CE3A 3CJ7A 2GWKA 4BRIA 4CZKA 3BF1A 3QB0A 4IXCA 1HLUA 3VEYA 4IJAA 3MK6A 3FZKA 2P9UB 3EKUA 3RSEB 4BR2A 5AQTA 5JMVA 5AQNA 4IZ9A 3BP8A 3SMSA 1NLVA 4RCHA 3B8AX 4CJ7A 3DXKB 2ITMA 1GLEG 1BU6O 3WXLA 5KPZA 1DGKN 4ISFA 3ZETA 1K8KB 4MO4A 3CI5A 2BTFA 4JHDA 3FZMA 4RWTA 2ASPA 3VETA 3D2EA 4XH5A 3VPZA 2A3ZA 2GUPA 1GLLO 2V7ZA 5BN9A 2V52B 4K43A 5KQ8A 1NGFA 1NBWA 4BVOA 5AZJA 4BQZA 4NB4A 5AQZA 1HKBA 3QBXA 4FSVA 4CBUA 2AP1A 3SLCA 1NGBA 5F1XA 3EZWA 4JD2B 3GL1A 5AZIB 4BR4A 4BGAA 2ZF5O 5LY3A 3O80A 5ELZA 1RDWX 4RTFD 5EVZA 2A40A 1Y64A 2QWPA 4BQLA 4QS7A 5BN8A 2YJFA 1QQMA 5AQUA 5JLFA 5F2RA 1XC3A 1IJJA 3GOIA 5FPEA 3EKSA 2E1ZA 5ADXH 3SJHA 4XH4A 4DQ8A 3FGUA 2Q36A 4M63C 2P9KA 2YHYA 2ASMA 3LM9A 1ATRA 3C7NB 2P9PB 3FFKB 5JLHA 2FF3B 2P9LA 4FWKA 1TYQB 3LM2A 4WQ5A 5AR0A 2J4RA 5AQGA 2BUPA 1EQYA 1QZ5A 3W0LA 3QFPA 2V7YA 3FR0A 2NZTA 4H5NA 5AQPA 3I33A 1JCFA 4FPBA 4BRLA 4FWOA 4EHTA 1NGEA 2GTDA 4MLEA 5AQKA 1ATSA 4JD2A 5AZIA 4JHDB 4LC9B 3R6MA 4Y0WA 3A5LC 4BRFA 3VEZA 1ATNA 4B1UB 4B1YB 1LCUA 5AZJB 2UYTA 3FZFA 4WQ4C 3UKUA 2P9SA 2Q0RA 3TU5A 4ISEA 2FF6A 5BRFA 1YXQA 4BG9A 1Z6RA 4BC3A 4GY2B 4GNIA 4HTLA 4XEIA 1GLDG 5AQSA 2E20A 2QXLA 1GLFO 4XH1A 4CZJA 3J8AA 3H3NO 2CGJA 4CI6A 2YI1A 5E26A 3ZEUA 2GELA 4AM7A 3CETA 2WUSA 4IO8A 2IVNA 1NGGA 4EFHA 3ATVA 4B1WB 4FWRA 1ZXOA 5KPRA 1TUYA 3WT0A 2FSNA 2NRHA 1E4FT 1QHAA 3ENOA 2P9KB 1X3NA 3QDKA 4H0VB 2QWMA 2CGLA 5AQHA 5BPNA 2P9LB 5KPTA 4BRMA 1D4XA 4PKIA 1Q18A 5LJWA 3H45C 4O8KA 3O8MA 5EX5A 2NLXA 2FSKA 1T6CA 4NO7A 3O4WA 2I7PA 3DXMA 1JCGA 3O6WA 4K41A 3LDPA 3CJ1A 4JAXA 3SK3A 3MN7A 1ESVA 1JCEA 2HF3A 1DKGD 4H0XB 3CJCA 1P8ZA 2A6AA 3CIPA 4FWLA 4BRAA 5AQRA 2E2NA 2KHOA 4FOEA 3VOVA 3WXIA 3L6QA 2QWOA 2A41A 2D0OA 3KVGA 1NM1A 1DEJA 1J6ZA 3DJCA 5FPDA 3VGLA 4PL8A 1BG3A 3A8YA 3UKUB 2P9SB 4B1XB 3IUCA 3VF2A 2VCPA 4CZIA 4YDUA 4BRDA 1TUUA 1X9JA 3U8XA 1GLAG 3VGKA 2HF4A 1SAZA 3EN9A 3L4IA 1RGIA 5B8HA 1HUXA 2GWJA 1SZ2A 3R8EA 3ZEUB 3KZBA 3FE1A 4FWPA 3HSCA 2AA4A 2IVOA 1QQNA 4IWVA 2FXUA 5E84A 3O5BA 3CERA 3BEXA 3AARA 1KAZA 1BDGA 3AY9A 1Z05A 3H3OB 2YHXA 2VYPA 1WOQA 2QW9A 3UB5A 3ULEA 1HX1A 3W3DA 5AQFA 2P9NB 5AQMA 3MMVA 2P9IA 3EL2A 1S3XA 1YVNA 1MA9B 2OANA 3DXMB 3IMXA 3QMLA 2V51B 4PKHA 5KQDA 2E2OA 1X3MA 2QM1A 1C0GA 3MN6A 1KAYA 3A0IX 2A42A 1NWKA 2E2QA 5I9EB 4M7XA 1XUPO 2EWSA 5AFUA 2E8AA 2F9WA 3WXKA 1MDUB 2W40A 1V4TA 1LOTB 3CQXA 4PKGA 4DB3A 4FWMA 4BC2A 5EY4A 1QZ6A 4BRNA 4F9OA 2Q0UA 4FOIA 3VEXA 3WQUA 3A5MC 3TPQA 3MCPA 1XQSC 1NGHA 4K42A 4H0TB 4DHYA 1HKGA 1NGDA 1CZAN 2D1KA 4QS8A 3LL3A 2E1YA 3F9MA 3GBTA 3LDNA 3M1FA 4B1VA 4EHUA 3VF4A 2CGKA 5AQWA 2ASOA 4CZFA 4JN4A 3VEVA 4BRKA 1QQOA 4J8FA 3CQYA 4A2AA 1R59O 3U9ZA 5TKYA 3ZX2A 4BRQA 4CBXA 3ATUA 1NGAA 2HMPA 1HPMA 4H5WA 3WXJA 1WUAA 3U9DA 2IVPA 3M3ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TKXA 5HRSA 4BGBA 4DV4K 3UKRA 3WQTA 2IGIA 3L4QA 4BWJA 2B6AA 1ZC6A 3HT3A 4WQ5C 4KO0A 4CJVA 2HVHA 2RE2A 1NK5A 2QK9A 3QERA 4C23A 1MWKA 4JKDA 3S41A 2D4WA 3LPUA 3ZSRA 4W5TA 4JI1K 3T19A 5LJVA 3F5TA 4IFYA 1NK0A 2G8FA 4FJGA 4I6MA 1YHQN 5AQLA 3T3FA 4FCYA 1HNWK 3ID8A 3KWIA 3TAMA 3CPWM 3CCUN 4H5VA 1VSMA 4CZHA 1G15A 3TTFA 3SQ1A 4KKOA 4H0PA 4CE9A 4B9QA 4M42A 1RDCA 1S9EA 2HHUA 3LDQA 5AQQA 3OHRA 3K59A 3SZ2A 3HPHA 2HNZA 1LAWA 5BRHA 1EWRA 2FBXA 1QQCA 3IS9A 1KFDA 2VGMA 3ZSYA 5IWAK 3QEVA 2D0BA 1SL2A 3LALA 4M3WA 3HXMA 2PFUA 4A61A 5FPNA 4Z4IA 3A5OC 1H1VA 1T6DA 1BISA 3HBTA 3KD5E 2FBTA 1BL3A 3TAGA 1RT6A 4OX9K 2Q97A 2JGUA 1VRUA 4KHWA 3IAYA 4CECA 4NCBA 4CJ4A 2FC0A 3C0BA 2YCHA 3AO2A 3VF6A 3VERA 3ASMA 2HHWA 3SYZA 1NKCA 4A62A 4HCCA 3EE8A 4JV5K 4CZMA 3ZETB 3U3GA 1FW6A 3FLCO 4LH5A 4FJLA 4QAGA 5BPLA 4DUYK 1IV0A 2NRVA 2YJEA 3CHWA 4EAHD 2JLEA 1Q86O 1U6ZA 4ELUA 4OVLA 3AAQA 3AO1A 2ZWHA 4GV3A 4JKEA 3VQ5A 3CCEN 3OYMA 1YJNN 1C0MA 2QKKA 4BC5A 3R9PA 4CBWA 4J2BA 4JNEA 4FZZA 5AQIA 1QE1A 1HKCA 1KAXA 4NYNA 4YNQA 1OKJA 3O3HA 5M1PA 1ZBUA 4HUGA 3C7NA 2WFBA 3DMJA 5D3GA 2OYQA 4M41A 4B9TA 4JKGA 4E7JA 4OLAA 3TI0A 1KVAA 3CM6A 3QFUA 2GWKA 4HTUA 1SKSA 3BF1A 4Z4EA 4IJAA 3MK6A 3FZKA 4A5BA 3QLHA 3PSFA 5AQTA 5JMVA 1NLVA 3ZT2A 3S3MA 3BZKA 3QNNA 1KVBA 3VTHA 4Z4HA 3OYJA 1EX4A 4IO9L 3IRXA 5GADP 3SQ4A 1XHXA 2ASPA 2A3ZA 2A1SA 2V7ZA 1Q7YO 5KQ8A 3THYB 1NGFA 1NBWA 3G0ZA 1XHZA 5AQZA 4JKHA 4FSVA 3OS2A 2AP1A 2Z1HA 5SWMA 1OH5A 1IKXA 5F1XA 3GL1A 4PA1A 3NF8A 2KTQA 3LP1A 3M8SA 3NF6A 1S5JA 4RTFD 5KRSA 3V9UA 4OLBA 4DG1A 4JI0K 1S6QA 4NLBA 4DV3K 4BQLA 2YJFA 4C8LA 1IJJA 2XY6A 3EKSA 3K0SA 5C10A 4XH4A 4KB1A 4GVMA 4FK0A 3OS0A 4GW6A 4M63C 2YHYA 2ASMA 3LM9A 1ATRA 3AA2A 2P9PB 1J5EK 3LM2A 4E1NA 4FJ7A 2J4RA 1E3MA 5AQGA 1IBKK 3Q7BA 3AO4A 4DS4A 1UA1A 3MXJA 2OPPA 1YITN 2NZTA 1BGXT 1VSHA 3ISNC 3E9LA 4AHTA 4FWOA 4EHTA 1NGEA 3OYHA 1IO2A 4FJ5A 4UQGA 3HRGA 3SUPA 5AZIA 4FXDA 4FW2A 4Y0WA 2UUCK 1VSDA 2Q0RA 1KFSA 1YXQA 5AJ3K 3OYAA 4BG9A 3NGYA 4BE0A 3RR8A 1VSKA 4IDKA 1N33K 5EU7A 1X1PA 3H3NO 1D8YA 2CGJA 1TL3A 2O8EA 2VQFK 1OVQA 4C8MA 4YHHK 1QVGM 3SUQA 4LD0A 4M3XA 4IO8A 2IVNA 1X9WA 3RRGA 1ZXOA 1TUYA 3MX2A 4CHNA 2AJQA 4ILHA 1DLOA 2NUBA 3WNHA 4FLWA 2OA8A 5AQHA 5KGWA 3THXA 4ILJA 4A59A 4IFVA 1D4XA 1Q18A 3H45C 3LWMA 4O8KA 5EX5A 2NLXA 3P1GA 5BR8K 3QNOA 3EYZA 3O4WA 2BH1A 3L3VA 2HSTA 3AVIA 1JCEA 1M90O 4IKFA 3CIPA 4BRAA 1RBRA 3THWA 2KHOA 4FOEA 4CEOA 4H4MA 4I2QA 3TAFA 3DLGA 3L6QA 1QTMA 3AVKA 4Z4FA 2A41A 1NM1A 2YNGA 1Q9YA 3ZYYX 3A8YA 3UKUB 3QEWA 4N76A 4B1XB 2F4VK 2VCPA 4CZIA 1GLAG 1KLNA 1RGIA 1HNIA 4V19S 2E6MA 2LSNA 2GWJA 5KRTA 1W9HA 1SKRA 3NH1A 3OW2M 1SKWA 3R8EA 3ZEUB 3E01A 3KZBA 4KTWA 4HUEA 3L8BA 4B8CA 1QQNA 4CF9A 1NG9A 2E6LA 4DFPA 1RTDA 1LWFA 1NJZA 1Z05A 3V9WA 1KSPA 2F7TA 1OH7A 1NK9A 3G10A 4LFBK 1HX1A 3W3DA 4KI6A 5AQFA 1HQUA 3PSIA 2P9NB 1HNXK 1XMOK 1S3XA 5J2QA 3KK3A 3OYLA 4YFUA 4WF9L 5CY4A 1BIZA 5KQDA 1C0GA 1KAYA 3DLEA 2E2QA 4M7XA 2EWSA 5AFUA 4DV7K 1C1CA 1S1XA 1RBUA 3NDKA 4PKGA 4DB3A 4KH6A 4N47A 3O4NA 3KLFA 4FLXA 4DR1K 3HYFA 4OPAA 4JI6K 1MU2A 4YOVA 2VGNA 1Z26A 4H0TB 4B9UA 1HKGA 1W97L 1GOBA 5GIPA 1EP4A 3LL3A 4EHUA 4E1MA 2CGKA 2ASOA 2IDOA 4CF1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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