3WXKA

Crystal structure of trypanosoma brucei gambiense glycerol kinase in complex with glycerol
Total Genus 188
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
188
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGTGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Molecular basis for the reverse reaction of African human trypanosomes glycerol kinase.
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma brucei gambiense
molecule tags Transferase
molecule keywords Glycerol kinase
total genus 188
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2014-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxkA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxkA01
3VEZA 3VEVA 4PL7A 2A5XA 3H6EA 4YDUC 3UKUA 3CI5A 4FWRA 4BR7A 4EIAA 4B1YB 2HF3A 3BEXA 2VYPA 4M63C 5BN8A 4MLHA 3ULEA 1XUPO 3A5LC 4NO7A 3R9PA 3EN9A 2Q2RA 3VEWA 1YVNA 2Q1NA 4FWPA 1U6ZA 1YAGA 5AQZA 3SLCA 3U9DA 2YJEA 4FWQA 5AQLA 4BRLA 4DQ8A 5AQRA 3B8AX 4BRAA 3ULEB 4H5NA 1GLCG 3FGUA 3UE5A 1C0FA 2A41A 1CZAN 3EO3A 4H0OA 4BR9A 4JN4A 2YI1A 2E1YA 1C0GA 5JLHA 4QS8A 3QFPA 2A3ZA 1X3MA 4I6MB 2QWRA 4L3QA 4JHDB 4FPAA 1GLAG 1NGCA 1V4TA 1TYQA 4GY2B 1RDWX 2QWQA 3GDQA 2I7NA 3A0IX 3D2FB 1SAZA 2DPNA 4HTLA 3QMLA 2IIRA 4FWLA 4H03B 4CD3A 1BO5O 5E26A 3AAPA 1TUYA 4BRKA 4H5TA 4F9OA 2QXLA 3ZX0A 4WQ5A 2ZWHA 4O5FA 5I9EB 2V52B 3W0LA 5LJWA 3DXMB 4ISEA 1KXPA 1GLFO 2I7PA 2E88A 4FPBA 2H3GX 1NWKA 3HBTA 4NB4A 4WQ4C 4BRIA 1EQYA 2YHXA 4FWNA 3A5MC 3QFUA 4MLEA 3DXKB 5JMVA 4YDUA 4XH1A 5B8HA 5EY4A 3A5NC 2VWBA 4B1ZA 1NBWA 2Q36A 4ISFA 3VF2A 4CJ7A 4RCHA 2KHOA 4A61A 2P9NA 4ISGA 4KBOA 5EX5A 1T6DA 3VEXA 5F2RA 3C7NA 3ZETA 5AQUA 3UKRA 4IO8A 3DJCA 1NGDA 3WEEB 3F9MA 2QWMA 4Y0WA 4H0VB 2J4RA 1SZ2A 3GG4A 2D4WA 5AQGA 3U9ZA 1E4GT 1NGHA 5BR9A 3BUZB 3UKUB 5EOYA 3M3ZA 3O5BA 4CZMA 2P9LB 4CBUA 2FSJA 4H5WA 4QS7A 2YCHA 3HTVA 3QBWA 3ZEUA 3JXUA 3CQXA 5ADXH 2E2PA 3C7NB 1ZBSA 3J8AA 4FWOA 2IVNA 4BR4A 4EHUA 1NMDA 3FZHA 4PKGA 1QHAA 4XH5A 4GNIA 3VEYA 1Q18A 3EL2A 4FWKA 3GOIA 4BGAA 4HWIA 4BRHA 2E2QA 2V7ZA 1NGFA 3BF1A 4JD2B 4K41A 4RTFD 4A62A 5AQQA 2E2OA 2YHWA 3ENOA 4EAHD 3FZKA 3WXKA 2FSNA 4BRPA 5LJVA 2P9LA 3VOVA 2ASPA 4FOIA 4BRNA 4IXCA 3DXMA 5EVZA 5FPNA 3ATUA 4PL8A 3WQTA 1WUAA 1BG3A 2FLOA 5AQFA 1YUWA 2A40A 3MN7A 3CETA 4CBWA 4BREA 3G25A 2QWOA 5AQIA 3WXIA 2ITMA 1T44A 2AA4A 1JCGA 3AY9A 5AQWA 3SMSA 3L4IA 3CHWA 3CJCA 3I33A 3LDPA 3FZMA 1H1VA 1KAYA 3RSEB 4WYBA 3O4WA 3WQUA 2E2NA 2P9IA 2P9SB 2QM1A 4CI6A 1QZ6A 3MN5A 2GUPA 2A6AA 4CZKA 3ZX3A 3L0QA 4B1VA 2F9TA 3SK3A 3FZLA 4BR2A 1JCFA 1GLDG 3I8BA 3MMVA 4BG8A 2CH6A 3H46O 4BQLA 1XC3A 2D1KA 2FXUA 3LM9A 2GEMA 5AQPA 2HF4A 5FPMA 2Q31A 4PKHA 1Z05A 3HZ6A 4BVPA 1NLVA 2QW9A 2FF3B 4CZLA 2E20A 2PAVA 3CQYA 2P9PA 1RGIA 4MO5A 2W40A 2QWNA 5KPZA 5CE3A 2VCPA 4BR5A 1ZC6A 3VENA 4BRMA 4BRDA 4JHDA 1K8KB 3ZEUB 3JS6A 4MO4A 2BUPA 2ASOA 4QS9A 2BTFA 4K43A 2GWJA 1QQNA 4FO0A 1BA0A 3EKSA 3CJ7A 3H45C 4RWTA 1E4FT 4DB3A 3O80A 3O1BA 5BRDA 4B1WB 5JICA 2Q0RA 1HPMA 2ZGZA 1K8KA 3CERA 1HLUA 2Q0UA 2P9UB 1NGEA 2IVPA 5AZJB 2CGKA 3AAQA 1MWKA 2CH5A 5TKYA 3MN9A 3UKRB 4CZHA 1S3XA 3CJAA 3WXJA 5KPTA 1KAZA 3DWLA 4CZEA 5ELZA 2ZGYA 5AQMA 4AM6A 3CIPA 4BRFA 3S41A 3O08A 5AFUH 4FWMA 3VPZA 5LY3A 4CBXA 3ATVA 1HKGA 2NRHA 1NGJA 1ESVA 3DXKA 1BA1A 1TYQB 5BRFA 1QQMA 3EZWA 3LDNA 1T6CA 2EWSA 3O8MA 4FOEA 1BWFO 2P9UA 1MWMA 3ENHA 4CD1A 4EFHA 3QICA 1WOQA 1NGIA 4LC9B 3EKUA 5FPDA 3WEEA 1MA9B 4FL9A 3FR0A 5KQ8A 4B1XB 5AQHA 4H5RA 4BC4A 2GTDA 1QZ5A 5AQXA 3RSEA 2W41A 5AZIB 5FPEA 4EHTA 2P9SA 5E84A 4M7YA 3U8XA 3VF4A 1Y64A 4XH4A 1HUXA 4PKIA 4CZJA 5AQTA 1NM1A 3U4LA 3R6MA 5BPMA 1ATRA 5ADXA 2ZF5O 3A8YA 4H0PA 3GBTA 4BROA 1BOTO 1HJOA 4CZFA 1P8ZA 4C23A 4H5VA 1NGBA 3KHYA 1GLBG 2UYTA 3VEOA 3VETA 1HKBA 4E1JA 4WQ4A 1LOTB 1NGGA 4BC3A 4BRQA 4O8KA 5AQOA 1ATSA 3KZBA 3R8EA 1D4XA 4BRGA 1GLJO 4BVOA 5BRHA 3TPQA 3FLCO 5BN9A 2E8AA 5AQSA 3WT0A 5F1XA 1TUUA 3GL1A 3ZX2A 5BPNA 5BREA 2V7YA 4WQ5C 3W3DA 3CJ9A 1X9JA 3O6WA 3VF6A 4J8FA 3H1VX 4BG9A 3ZETB 1NGAA 1OKJA 4BR0A 3O1WA 4FWSA 2HMPA 3DAWA 3FZFA 5AQJA 3WUHA 4Z94A 3SMPA 1DKGD 3D2FA 1KAXA 4IJAA 5AFUA 2E1ZA 2P9PB 2P9NB 3OHRA 5AZJA 1ZXOA 1YXQA 4CZGA 1S22A 3HI0A 3KVGA 5BPLA 1BUPA 1ATNA 3H1QA 1RFQA 4H0TB 1LCUA 3TU5A 2AP1A 3M6GA 1G99A 2NZTA 4BC5A 5AQYA 5KQDA 3IMXA 4JD2A 2GELA 3D7EO 2D0PA 2PBDA 3H3OB 3M1FA 3QBXA 1QQOA 4FSVA 4IJNA 4I6MA 4CZIA 5F0XA 3LL3A 3VGKA 4B9QA 3LDOA 5JLFA 4H0XB 2P9KA 3IFRA 4B1UB 4JAXA 3LDLA 1U2VB 1DEJA 2FF6A 1HX1A 4AM7A 4DHYA 1SQKA 4A2BA 3L6QA 3CJBA 3BF3A 3IUCA 2HOEA 3VERA 2P9KB 3SJHA 1IJJA 1HKCA 2GWKA 3MN6A 4DCHA 3FFKB 2YJFA 1BDGA 5AR0A 1IG8A 3VGLA 1JCEA 3MDQA 3QDKA 3WXLA 4K25A 3LM2A 3HSCA 2QWLA 5AQNA 4BQZA 4JNEA 3IDHA 1Z6RA 4K42A 3FE1A 3AARA 2NLXA 3P4IA 3D2EA 3MK6A 4BC2A 4M7XA 2P9IB 1BU6O 1MDUB 4BGBA 1J6ZA 2IVOA 3A5OC 3CJ1A 3QB0A 5AQKA 3VESA 3GE1A 2Q97A 1U2VA 2D0OA 2A42A 3MCPA 4H0YB 4A2AA 1XQSC 1GLLO 2CGJA 3D2EB 3HM8A 1DGKN 4XEIA 5EXWA 1R59O 2FSKA 3LDQA 2YHYA 2ASMA 4IWVA 2OANA 5AQVA 1X3NA 2QWPA 2V51B 5AZIA 5KPRA 3H3NO 4IZ9A 2CGLA 1V4SA 3BP8A 2F9WA 3UB5A 1GLEG 2WUSA 3VGMA 3C0BA 4BRCA 3ID8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OLBA 1N32K 3VEZA 4PL7A 4CCHA 2A5XA 3H6EA 4OKJA 4FWRA 1VRUA 1REVA 1VSLA 3TAFA 1R0AA 4NO7A 4RW6A 4DTUA 5AQZA 1U6ZA 1YAGA 3SLCA 3ZYYX 5FLXO 2YJEA 4E1MA 3OBWA 3NDKA 3I56N 1VSFA 4V19S 3B8AX 1SUQA 3MECA 1N34K 1S6QA 1L5UA 2YX6A 4JN4A 2E1YA 3CC4N 3L2VA 4YOXA 4AHRA 4OVLA 4JHDB 5J2NA 1K73O 1K8AO 1NGCA 4GY2B 1T03A 1EWRA 4CVNE 3O9RA 4HTLA 3VQBA 3QMLA 3O4NA 4FWLA 3J7YP 2HBLA 3CM5A 5D3GA 5E26A 1TUYA 3HP6A 4CECA 3C6UA 2LSNA 4H5TA 5LMNK 4F9OA 2F8TA 3W0LA 3S3OA 3T1YK 2E88A 4JK9A 3P5JA 2ZD1A 3NH1A 4DSJA 1WB9A 1NWKA 4RW8A 1LV5A 4CF1A 2HNDA 3RR8A 3K5NA 4FLXA 1NK7A 3ALYA 4F2RA 4FJ5A 3DXKB 3NBPA 1KC8O 4ICLA 4DR1K 4XH1A 5B8HA 3SAHA 1E3MA 2Q36A 4ISFA 3RMCA 1N6QA 4KB0A 4A61A 4UY8O 3VEXA 4M41A 5JVHL 2G8HA 1OVYA 4IO8A 4LD0A 4LF6K 3AVMA 4DTOA 4Y0WA 2DY4A 4KHUA 2J4RA 4GMJB 4CGIA 3T1AA 3K9JA 2D4WA 2O8DA 1NK4A 2X6SA 4E3SA 1E4GT 5BR9A 4HVJA 3LP1A 3CCQN 5EOYA 4BDZA 2FSJA 5H1SQ 1X9MA 3HTVA 3QBWA 4FZZA 4DTXA 4BY9C 4FZXC 4OPHA 3PIPL 1XNQK 2IVNA 4H8KA 1YJNN 3AVKA 1CZ9A 4PKGA 4GV9A 4DF4A 2D0BA 1G15A 4ELUA 3GOIA 4HWIA 4BRHA 1VSHA 4DLEA 2UU9K 1IKVA 4K41A 3RTVA 4R79A 3OYLA 1XWLA 3ENOA 4DLGA 3TANA 4EAHD 3FZKA 5M1PA 1XI1A 4AHCA 2BANA 3TARA 3WXKA 4O55A 2FSNA 1YHQN 3O3HA 4GW6A 3TAPA 4IXCA 1RTJA 5EVZA 1T3VA 2UXCK 3AA3A 3OYJA 4DSFA 1XHXA 4BACA 3MN7A 3ZT4A 4LF5K 3G25A 2QWOA 4W5QA 4JV5K 5CYQA 2IAJA 3SMSA 3CHWA 3I33A 1X9SA 1H1VA 3WQUA 3O4WA 5DK5A 1VRTA 2P9IA 1NJIO 1U04A 3ZLJA 3LWMA 2A6AA 3L0QA 5GAGP 3CCSN 2WC9A 2F9TA 4DU3A 2OTJN 4BR2A 4IDHA 3AGRA 3I8BA 4JLHA 1I94K 1JL2A 5GADP 2KZMA 1HNVA 3LM9A 4O8UA 4JI1K 1YT3A 5AQPA 1ILYA 2HF4A 1ITGA 3THXB 4JKDA 4PKHA 4CEZA 4BVPA 3KK7A 2FF3B 2E20A 2P9PA 1XMOK 2QWNA 4CHPA 4FVMA 4CK3A 3LPUA 3S3MA 2VCPA 4BR5A 1ZC6A 2D0AA 4RG8A 1XNRK 4JHDA 4MO4A 4QS9A 2BTFA 1HNXK 4K8ZA 1QQNA 3DRPA 4GVMA 4FZYA 2OA8A 3EKSA 3OS0A 4RWTA 1HMVA 3T1HK 3PUFA 4M3XA 1B9DA 4A5BA 2Q0RA 3EE8A 3CERA 3RRHA 4KKOA 2IVPA 2E4LA 2CGKA 5E41A 5TKYA 1OVQA 1QTMA 3TAMA 3LZIA 1QE1A 2E6MA 3WXJA 1CXUA 2WTUA 1KAZA 3DWLA 4CHOA 1RT3A 2FBVA 5HRSA 4FXDA 3S41A 3O08A 3CCUN 3VPZA 4Q5VA 3ATVA 4DSEA 4OPKA 1ESVA 3SQ4A 1KCFA 5BRFA 5LMUK 1NK0A 3EZWA 2G8FA 4FJHA 4DTNA 3I0SA 1EETA 1BWFO 2P9UA 3B6OA 1MWMA 3QICA 1GOBA 3KK3A 2BE2A 4YORA 3EKUA 1S1XA 1UWBA 3WEEA 3NE6A 1MA9B 2HHVA 1TV6A 4K0KK 4H5RA 4Q0BA 4BC4A 4M45A 2DFEA 4KHYA 1UOCA 5FPEA 1W7AA 3NF7A 1SKSA 1WBBA 4DV0K 3TAGA 4QCLA 1NNEA 1RT6A 3SAFA 2O4IA 3CCEN 4CZJA 3U4LA 3HM9A 5ADXA 5DMRA 4ELVA 3KJVA 3SUOA 3A8YA 4H0PA 1VSEA 2HNZA 4BROA 1YIJN 1RDCA 3OYFA 4CJQA 4H5VA 3KHYA 2UYTA 3VEOA 4DU4A 3DOKA 4IOXA 4WQ4A 3KLIA 1LOTB 2P5OA 3KWIA 5AQOA 3MAQA 3AGKA 4BVOA 1S1WA 4HUEA 3NH2A 4DFKA 3FLCO 4DFMA 1VSIA 1HNWK 4W5NA 3WT0A 2W6LA 4U67L 2ZQBA 4WFNL 3BZCA 3CFPA 2HHWA 1B92A 3CJ9A 1VQ5N 4MDAA 4CHZA 1ASUA 3WNEA 2YNFA 4M3UA 5KI6A 3O1WA 5HLFA 3VQPA 3DAWA 3FZFA 4ILGB 4IJAA 5FDLA 1KVAA 2VWKA 3C95A 4CZGA 1TAUA 2KFNA 3P38A 5BPLA 1EKEA 3SUQA 4JI2K 2JWKA 3H1QA 4CIGA 2ZJRL 1WAJA 5M1QA 4CEOA 3V9SA 4BC5A 4JKGB 1KRPA 5AQYA 2GUIA 1LWFA 1KVBA 1S1UA 1HYSA 4JD2A 4X62K 4OGCA 2PBDA 4FSVA 3H3OB 1QQOA 4B9LA 4PUOA 3VGKA 3HPOA 1RDBA 3QEXA 3CCVN 4GVEA 2FF6A 1ASVA 1DTQA 1GOAA 2G8WA 2DFFA 1IH7A 3L6QA 3BF3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3CPE A;  3IFR A;  2IGI A;  3O9T A;  1C6V A;  3LDL A;  1U2V B;  3J7Z O;  4LF7 K;  1Q9X A;  1A5V A;  3E9O A;  1L3S A;  3MXJ A;  4N5S A;  4KHW A;  4FLV A;  4AM7 A;  3WXM B;  2YKN A;  1SQK A;  4DHY A;  4DWI A;  3IUC A;  4DV7 K;  4FK0 A;  3SJH A;  4E7H A;  4CF9 A;  4DCH A;  2JGU A;  3FFK B;  5DM7 L;  4YOY A;  4B3R K;  1FXX A;  4K25 A;  3LM2 A;  2QWL A;  5AQN A;  5LL6 Z;  4BQZ A;  4DV6 K;  3FE1 A;  3AAR A;  1RTH A;  3P4I A;  3MK6 A;  3IRX A;  4M7X A;  4FLU A;  1N5Y A;  2IVO A;  3A5O C;  3CJ1 A;  5AQK A;  1IBM K;  5GAH P;  4FM1 A;  3MCP A;  2A42 A;  1VSJ A;  4M3T A;  1X9W A;  4DS5 A;  1OH6 A;  5CYM A;  1XQS C;  2CGJ A;  4YOW A;  2KW4 A;  4IOC L;  3V6D A;  3DLB A;  3HJF A;  2YHY A;  4B08 A;  4DUY K;  2ASM A;  4IWV A;  2OAN A;  5AQV A;  1X3N A;  2QWP A;  3OYN A;  4DR5 K;  2DFH A;  4ID1 A;  3OYD A;  4MQ3 A;  4KRE A;  2F9W A;  1L3T A;  2WUS A;  3VGM A;  3MCA B; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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