3WXKA

Crystal structure of trypanosoma brucei gambiense glycerol kinase in complex with glycerol
Total Genus 188
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
188
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGTGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Glycerol kinase
publication title Molecular basis for the reverse reaction of African human trypanosomes glycerol kinase.
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma brucei gambiense
molecule tags Transferase
total genus 188
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2014-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxkA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxkA01
3H6EA 1RFQA 1XUPO 1EQYA 2Q31A 1Z05A 1IJJA 3WT0A 4CZMA 2PAVA 5AQRA 1GLBG 2CH5A 1J6ZA 3LDOA 3MN9A 1S3XA 2P9KA 5AFUH 3QBWA 2OANA 3UKRA 4K42A 3CJAA 4B9QA 4PKGA 4BRHA 1H1VA 4IWVA 4AM7A 4L3QA 1HUXA 2P9IA 1HPMA 3VEXA 2E20A 1JCEA 2A5XA 5EVZA 4BRNA 2E2QA 2ASMA 4H5VA 3SK3A 4CZFA 1YUWA 1SZ2A 3ZEUB 4DQ8A 2FLOA 1NGEA 3CJ9A 2FSJA 2A41A 5BRHA 4CD3A 1HX1A 2YI1A 2Q36A 4GNIA 4BC5A 1DGKN 4H0TB 2P9LA 1RGIA 3UB5A 4BQLA 5BREA 5BPLA 3LDLA 3ULEB 3UKUB 1QHAA 3M6GA 2YHXA 4NB4A 3WQUA 4PL7A 3W3DA 2YCHA 3DXKA 4BR5A 3AY9A 5FPEA 2ITMA 4QS7A 2I7NA 4FOIA 4Z94A 1TUYA 1TYQA 1NGJA 2VWBA 4BROA 2KHOA 2Q2RA 5AZJA 3FFKB 4NO7A 5ADXA 3EKSA 2IVOA 4BRMA 3H3OB 3L6QA 1C0FA 5AQKA 2ZWHA 2NRHA 2IIRA 4BGAA 1KAXA 3O4WA 3GDQA 4JAXA 2E8AA 3SLCA 2NZTA 3DAWA 1WUAA 1U2VB 2Q0UA 3VEZA 2P9PA 2QWQA 4CZJA 4XH5A 1NLVA 3U9ZA 1LOTB 4O5FA 4YDUC 5BR9A 3I33A 3I8BA 1P8ZA 4B1VA 2W40A 2GUPA 1GLCG 4H5NA 3C0BA 5AFUA 2D0OA 1Y64A 5KPTA 3WXKA 2HF4A 4FWOA 3EKUA 3EZWA 3O08A 2Q0RA 4MO5A 1GLDG 3DXMA 4ISFA 3A0IX 5CE3A 1MWMA 3O1BA 1HKBA 1K8KB 1MWKA 3IFRA 4H5TA 3J8AA 3O8MA 3A5LC 2QWRA 4RCHA 2A40A 5AZIA 1X3NA 1NMDA 3C7NA 4CZHA 2VYPA 2YJEA 3CI5A 1U6ZA 2GELA 5FPMA 4BREA 4BQZA 4H0XB 2Q1NA 3R9PA 2A6AA 4B1YB 3IUCA 2D4WA 4H03B 5KQDA 4FWKA 5I9EB 3BF3A 5AR0A 4FO0A 4CD1A 2P9NA 2YHYA 4M63C 1BA0A 4A2BA 1JCGA 4H5WA 4YDUA 5AQMA 5EOYA 4CI6A 4EAHD 1NBWA 4K41A 5AQTA 2EWSA 1ATNA 2FSKA 1NGFA 3CJCA 1BG3A 4B1UB 2W41A 3D2FA 1E4GT 4XH1A 3VOVA 2GTDA 2QWOA 3CJ1A 1ATSA 3RSEA 1NGAA 4AM6A 5AQXA 1ESVA 3LDNA 3D2EB 4IJAA 3JXUA 3SMPA 2ASPA 3LM2A 1SQKA 2HOEA 4FPAA 4JD2B 3CETA 2HMPA 4JHDA 3VERA 1BU6O 3U9DA 4FWQA 4FWNA 4F9OA 4RTFD 5BN8A 3R8EA 4CBXA 3MMVA 4B1ZA 3JS6A 4K43A 4JNEA 4XH4A 5JLFA 1V4SA 2DPNA 1JCFA 4DB3A 3VF4A 4EFHA 3FZLA 2QM1A 4BRQA 3FE1A 1D4XA 4BRAA 4BRIA 2PBDA 1QZ5A 2P9PB 1XC3A 4BRCA 3VEVA 4H5RA 1BDGA 1NGGA 5E26A 3HBTA 2J4RA 2A42A 3CHWA 3FZKA 4BR0A 4CJ7A 3FZHA 2P9UA 5EXWA 4RWTA 4FWLA 5AQVA 2E1ZA 2E2PA 3R6MA 3O5BA 2AA4A 3ZX3A 1GLEG 3DJCA 3LDQA 1S22A 1QQMA 3BEXA 4BRKA 1DKGD 4DCHA 4Y0WA 1R59O 2H3GX 2E1YA 3TU5A 2IVPA 2F9TA 4ISEA 4FOEA 3H3NO 3L0QA 4MLEA 1BUPA 3ZETB 4O8KA 2P9SB 1KAYA 5KQ8A 5B8HA 2GWJA 4BVOA 4CBWA 4BRPA 2CGKA 3ATUA 2CGJA 1WOQA 5LJWA 4A2AA 2P9NB 5AQGA 3WXIA 5AQYA 4BVPA 1LCUA 4FL9A 3M1FA 3MK6A 3SMSA 3A5MC 3ENHA 3VPZA 2ZGZA 3D7EO 5AQNA 3ZEUA 1C0GA 3ENOA 3MN7A 3BUZB 5ELZA 2ZF5O 3CQXA 1OKJA 2E88A 3D2FB 1GLFO 3BP8A 4PKHA 1HLUA 4CZGA 2QWPA 3CJBA 4BGBA 1BO5O 3QB0A 2P9KB 5EY4A 3ULEA 3UKRB 3UKUA 3DWLA 1GLJO 4BRFA 3QMLA 3HZ6A 3S41A 3QBXA 3VENA 3O6WA 3QFPA 5AQWA 5KPRA 1DEJA 2V7ZA 4BC3A 1YVNA 2P9IB 2I7PA 3H46O 3MN5A 4BG8A 5FPDA 4BRLA 3WQTA 1GLAG 2GWKA 1X3MA 3VF6A 2YJFA 3GG4A 2BTFA 3TPQA 4CZLA 1X9JA 3ZX2A 4H0VB 5BPMA 4PKIA 4DHYA 4HWIA 2GEMA 3F9MA 5AQHA 1U2VA 1ZXOA 3LM9A 1NGBA 4IJNA 3MCPA 4BRGA 4WYBA 1GLLO 4CZIA 3KHYA 2CH6A 2P9LB 3FLCO 1IG8A 3B8AX 3ID8A 2P9UB 2YHWA 3AAQA 3EL2A 3M3ZA 4IXCA 1BWFO 4JN4A 2FF3B 3U8XA 3DXKB 4EHTA 5AQPA 4WQ5A 3AARA 4H0PA 1TUUA 3LDPA 4BR4A 3KZBA 1TYQB 3MDQA 3WEEA 4CBUA 3GOIA 5AZJB 4C23A 5BRDA 1K8KA 2V7YA 4BR2A 4E1JA 4BG9A 3WUHA 4IO8A 3W0LA 4FWSA 3IDHA 4CZKA 4BR7A 1G99A 2QWMA 3OHRA 2HF3A 3ATVA 4IZ9A 1T44A 4KBOA 5F1XA 3QFUA 3VEWA 4FSVA 2Q97A 1NM1A 2ZGYA 4LC9B 2WUSA 4H0OA 5E84A 3HI0A 5AQQA 3CQYA 1NGHA 2E2NA 4QS9A 5F2RA 2F9WA 4EIAA 3FR0A 3LL3A 3VEYA 4FWMA 3O1WA 3ZX0A 3HM8A 3HSCA 1T6CA 1Q18A 4I6MA 5BRFA 3DXMB 3EN9A 5AQJA 1RDWX 4A61A 4HTLA 1ZC6A 4XEIA 3SJHA 1QZ6A 3QDKA 3VF2A 4FWRA 5JLHA 4A62A 4ISGA 2FXUA 1KAZA 5AQSA 1E4FT 3CERA 5BPNA 5AZIB 4EHUA 4BC2A 3VGKA 3C7NB 2A3ZA 3FZFA 1MA9B 3D2EA 4QS8A 5AQOA 3U4LA 3H45C 2AP1A 5LY3A 4JD2A 2CGLA 1BA1A 2QXLA 3HTVA 4BC4A 3VGLA 2IVNA 3WXJA 2E2OA 5AQZA 1YXQA 3GE1A 4BRDA 3IMXA 4M7XA 1YAGA 1ATRA 1CZAN 2VCPA 5AQLA 5KPZA 3VETA 1KXPA 5FPNA 5AQFA 1NGIA 2V51B 2D0PA 3H1VX 2QW9A 3FZMA 4FPBA 1QQOA 3RSEB 3A8YA 4FWPA 4MLHA 3O80A 1NGDA 2FSNA 2FF6A 2UYTA 3P4IA 4WQ5C 4BR9A 1V4TA 4WQ4C 5AQUA 5BN9A 3FGUA 4H0YB 3QICA 3CIPA 4JHDB 3VGMA 5EX5A 3MN6A 3WEEB 3BF1A 3A5NC 3VEOA 3CJ7A 2QWNA 1T6DA 5AQIA 4CZEA 2D1KA 2BUPA 3EO3A 3H1QA 1HKGA 2NLXA 3VESA 1QQNA 5TKYA 2ASOA 1SAZA 1XQSC 3ZETA 1MDUB 1ZBSA 2P9SA 2V52B 4B1XB 3KVGA 3GL1A 1HKCA 3WXLA 2QWLA 4J8FA 4M7YA 1NGCA 5JMVA 1NWKA 5ADXH 5JICA 3G25A 1HJOA 3A5OC 4PL8A 1Z6RA 4GY2B 4I6MB 5F0XA 4B1WB 3GBTA 3AAPA 3L4IA 4K25A 4MO4A 4WQ4A 3UE5A 5LJVA 1BOTO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3H6EA 3UIQA 4CJ4A 4FVUA 4H8KA 4PY5A 1VQ5N 1Z05A 4RW9A 3WT0A 4ZTJA 4M3UA 3K0SA 4CZMA 3KD1E 5AQRA 1GLBG 2CH5A 3S3NA 3OBYA 3UKRA 4K42A 4FVMA 1H1VA 4AM7A 4BE0A 3PY8A 4L3QA 5LL6Z 3V6DA 4O8UA 1JLAA 3CCMN 1NG9A 3KWIA 2ASMA 4H5VA 3TTDA 3I56N 4GKKK 2PZSA 4LSLA 4AHRA 2FSJA 1JL2A 4N56A 1C0TA 1IKVA 2Q36A 2DFEA 4BQLA 3D45A 5BPLA 3EYZA 3LDLA 3ULEB 4F8RA 4BACA 4ID5A 3M6GA 4E7IA 2HNZA 3W3DA 3AY9A 3OYJA 4DR7K 4DMNA 4Z94A 1UOCA 2VWBA 4BROA 2KHOA 2Q2RA 3FFKB 4NO7A 2UU9K 2IVOA 4IOAL 2YV0X 2ZWHA 1RCHA 4F4KA 1HQUA 3O4WA 4CGIA 4OPJA 3EE8A 2BDPA 3VA3A 1VQKN 3SLCA 4KHUA 3DAWA 1WUAA 5FRMA 3VEZA 2QWQA 4CZJA 1NLVA 3U9ZA 4O5FA 4YDUC 2RN2A 3SUPA 1P8ZA 1REVA 2GUPA 2G8KA 1GLCG 3ZSXA 2DFHA 4BY9C 4CK1A 5KPTA 1EWRA 3V9SA 2HF4A 4X64K 2UXDK 4FLYA 4F3OA 1GOBA 2Q0RA 1JJ2M 5CE3A 3A0IX 5HOOA 3AVHA 4IEIA 4CF1A 4CHNA 1MWKA 1ILYA 3IFRA 1ZYQA 4DF8A 1YT3A 3A5LC 3WXMB 2A40A 4IFEA 1X3NA 2YHAA 4CZHA 1BI4B 1U6ZA 2YNFA 5FPMA 4BQZA 2Q1NA 1I94K 1ZBIA 4B1YB 3IUCA 4NCGA 2D4WA 4DV6K 4BE2A 1W0HA 4C8KA 4FWKA 5FLXO 5CZ2A 5C2DA 3NHGA 4M3YA 4I9QA 3F5TA 5M1FA 4A2BA 4B9VA 4NLBA 4YDUA 4H5WA 3AO1A 4EAHD 4IDHA 5AQTA 2FSKA 1NGFA 4CEDA 1K6YA 1OVQA 3CJCA 5J2QA 2IOCA 4B1UB 2W41A 5KRTA 3SUNA 4ICLA 1WSFA 1QSLA 2HHUA 1ATSA 1W7AA 4DTXA 4LF7K 3G10A 2D0CA 1A5WA 4B8CA 1VSKA 3LDNA 1S1WA 3L2WA 2DY4A 2HHQA 2RE2A 2ASPA 4JK8A 1U45A 4FPAA 2HMPA 3QIOA 3WNHA 1EXQA 4F9OA 5BN8A 3J7AP 1KD1O 3JS6A 4CJEA 4H4OA 4JNEA 4XH4A 3HRGA 1V4SA 3OYMA 4B9NA 4EFHA 3MXJA 3QEIA 5E41A 4CEQA 4BRAA 4BRIA 3AVKA 1XWLA 2P9PB 4HUFA 4AF1A 2Z1GA 3KKRA 3NGYA 3VEVA 1YHQN 4B08A 2BE2A 1BDGA 3SAGA 3HBTA 1U4BA 4J2AA 4BR0A 4CJ7A 3V9UA 2XY5A 5DM7L 4O55A 4FWLA 1ZBUA 4FLUA 5AQVA 2E1ZA 2E2PA 3OYDA 4FJ7A 4DR1K 3ZX3A 1EO1A 1GLEG 2KFNA 3LDQA 4CGFA 1QSYA 1K73O 2X6NA 3TARA 3NE6A 1R59O 2E1YA 3TU5A 4E7HA 4J2DA 2F9TA 4OGCA 4M3RA 4FOEA 3KWGA 2P5GA 2G8FA 1TKTA 1JLEA 4O8KA 5HL7L 1WBDA 4E1NA 2GWJA 4QOZB 4BRPA 4AILC 1HYSA 4MDAA 1L3TA 2E6LA 2P9NB 5AQGA 3WXIA 5AQYA 3THXB 1NU0A 4FL9A 3KK3A 5J2MA 3ENHA 2G8IA 3D7EO 5AQNA 3ZEUA 1C0GA 3ENOA 4H4MA 3M8SA 5J1EA 3CQXA 2E88A 3D2FB 4ID1A 1LAWA 2ATQA 2KLAA 4CZGA 3E01A 3CJBA 4OX9K 4BGBA 2WONA 3G0ZA 2OYQA 1N34K 3UKUA 1IKXA 2HVHA 4FLZA 1Q81O 3DRSA 3QBXA 3VQQA 2P5OA 2WFBA 4QAGA 1NJIO 3DLBA 3H46O 4OLBA 3MN5A 4CECA 4DQPA 4GV6A 3CFRA 3OW2M 3OS1A 1XMOK 1UA0A 1GLAG 1VK0A 3VTHA 4JKDA 3MEGA 3VF6A 1A5XA 4WF9L 2BTFA 3AA3A 4CZLA 1X9JA 1UA1A 4CGDA 2KTQA 5DM6L 2QEXN 3LAMA 3O4NA 3NVKA 4CZIA 3R3LA 4FW2A 1B92A 1QVFM 2P9LB 4CIGA 2A1RA 1IG8A 3P31A 3F73A 4FJNA 2D0BA 3TSQA 5IWAK 4OLAA 1OVYA 2YKMA 1GOCA 3JSMA 4DTOA 3LDPA 4CF0A 1L5UA 1SL1A 4IOCL 1TYQB 3GOIA 4NXNK 5AZJB 5BRDA 4IO8A 4FM1A 1JKHA 3KD5E 3AVIA 3MWTA 4FWSA 2UUBK 1KLNA 4FJ5A 1TGOA 4G1QA 1G99A 2HF3A 1N8RO 4IZ9A 5F1XA 3IS9A 4FSVA 2Q97A 3PIOL 1NM1A 2ZGYA 4ZTFA 5AQQA 4R5PA 3S3OA 3CQYA 3ULDA 1BL3A 1NGHA 3VQDA 3FR0A 3O1WA 1HYVA 3HM8A 1VQNN 1KCFA 1Q18A 3TSUA 4FJ8A 2YNIA 3OY9A 1RDWX 1ASWA 1HNWK 4DV1K 2VWKA 4HTLA 2O8BB 1ZC6A 3CCQN 3SJHA 3VQ8A 1TKDA 4CJQA 4YHHK 3V9WA 1RILA 4A62A 2UUAK 4DTPA 3T3FA 3IKMA 4DV7K 4JS5A 3FZFA 3D2EA 4EP5A 4PQUA 3C6TA 1M1KO 3V1RA 2VG6A 4JD2A 2ZJRL 3ZSZA 3AVAA 3VGLA 2IVNA 1OH5A 5AQZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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