2DPNA

Crystal structure of the glycerol kinase from thermus thermophilus hb8
Total Genus 161
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
b'FLLALDQGTTSSRAILFTLEGRPVAVAKREFRQLYPKPGWVEHDPLEIWETTLWAAREVLRRAGAEAGEVLALGITNQRETTLLWDRKTGKPLHNAIVWQDRRTTPLCEALRAKGLEPLFRERTGLLFDPYFSGTKLVWLLENVPGLKARAEGGGVAFGTVDTWLIWNLTGGKVHATDPTNASRTLLFNLHTLAWDPELLEALGIPAALLPEVRPSDGDFGETLPELLGAPVPIRGVLGDQQAALFGQAALGGGEGKCTYGTGAFLLLNTGKRPVLSEKGLLATVAWSLGGRATYALEGSLFVAGAAVGWLKEVGLIRESAEVEALAASVEDTGDVYFVPAFTGLGAPYWDPYARGTLLGLTRGTSRAHLARAALEGVAFQVRDVVLAMEEEAGVRLKVLKADGGMAQNRLFLKIQADLLGVPVAVPEVTETTALGAALMAGVGAGALSPEDVAGRFREAERFLPTMPEGRREALYRRWREAVERAKGWARE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Glycerol kinase
publication title Nucleant-mediated protein crystallization with the application of microporous synthetic zeolites.
pubmed doi rcsb
source organism Thermus thermophilus
molecule tags Transferase
total genus 161
structure length 492
sequence length 492
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-05-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2dpnA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2dpnA01
1XQSC 3EKSA 2W40A 2QWOA 4B1YB 2A3ZA 3ULEB 4I6MA 4KBOA 1DGKN 4PL8A 3RSEA 4BR2A 5AQFA 5LJVA 4BRAA 4CD1A 2E8AA 1Z05A 1XC3A 2GEMA 5I9EB 2A42A 3UKRB 1T6CA 2NLXA 3EKUA 3ZEUB 1GLCG 1QQNA 2YCHA 4HTLA 1ATNA 3DXMA 4M7XA 4QS7A 5AQNA 1ATRA 1HKGA 4FWNA 1YVNA 5EVZA 2VYPA 4AM6A 3O5BA 4E1JA 2P9LA 4BR0A 4RTFD 3WXKA 3GOIA 3KHYA 1NGBA 1NGAA 4WQ4C 3TPQA 4CZIA 5E26A 4EIAA 1OKJA 1GLJO 3LDLA 2IIRA 4BRPA 2CGLA 1G99A 3CJBA 2HF3A 1NGHA 4JHDB 3C7NA 4A2BA 1ESVA 3O8MA 4B1XB 2ITMA 5F1XA 2D1KA 5AQQA 4ISGA 2NRHA 4HWIA 5AQIA 1CZAN 4QS8A 1JCFA 2P9KB 3UB5A 3DJCA 1LOTB 3MN9A 3ZX2A 2P9UB 3DWLA 4H0PA 5BR9A 4H5VA 3TU5A 2ZGYA 4IJAA 2YHYA 5LJWA 4IO8A 1U6ZA 5BREA 4BRMA 2UYTA 4FSVA 4H0YB 5KPRA 1YXQA 3SLCA 4A2AA 1E4FT 3VEWA 2FF6A 3VEVA 4C23A 3VGMA 4BC3A 1HJOA 3W3DA 2IVNA 3R9PA 5AZJA 3ZX0A 3ZX3A 1NM1A 4BQLA 3GBTA 1BO5O 2PAVA 3FE1A 4XEIA 1X9JA 3CJCA 5JLFA 3AAQA 4GNIA 4BGAA 3F9MA 1NBWA 3P4IA 3S41A 1KAYA 1K8KA 3LDPA 2ZF5O 3QBXA 4CZMA 3MCPA 4CBXA 5AQWA 3VF6A 1X3MA 3CHWA 3D2EA 3LM9A 1SAZA 4BRCA 3AAPA 1KAXA 3WXJA 3GE1A 3B8AX 2EWSA 4BG8A 4MLHA 2QWPA 5BPNA 4FWOA 2J4RA 1GLLO 2HF4A 3VPZA 5TKYA 2F9TA 1BA0A 1U2VB 5AFUH 4H5RA 4BVOA 3CERA 4FWPA 5AQTA 2GWJA 1QQMA 1ZXOA 5AQSA 3DXKB 2PBDA 3ZETA 4BGBA 3ULEA 4DCHA 5FPEA 3FZMA 1HPMA 3VEYA 5EX5A 4FWKA 4IXCA 3WEEB 2HOEA 3FLCO 1NLVA 1ZBSA 3H6EA 3UKRA 2ZWHA 3ZEUA 2D4WA 1NMDA 1J6ZA 2P9IB 2HMPA 2V51B 1C0FA 3QMLA 3VF4A 4Y0WA 4BQZA 2ASPA 4MO5A 2WUSA 3U4LA 2GTDA 5LY3A 3HSCA 1BU6O 3QFPA 1GLFO 2VCPA 5AQVA 3D7EO 1BOTO 1T44A 2P9PB 3IDHA 4JHDA 4BRQA 1ATSA 4PKGA 3L4IA 2E1ZA 4J8FA 1DKGD 1NWKA 1NGFA 3AARA 1T6DA 5E84A 4CZKA 3CJ1A 3HZ6A 2P9KA 5BRDA 2CGJA 1MA9B 2P9UA 3FR0A 4NB4A 2CH5A 4O5FA 3A8YA 4JN4A 4FO0A 1BA1A 5B8HA 4EFHA 3WQUA 2QXLA 4BR4A 3C0BA 4BREA 4WQ4A 4FWSA 5BN9A 3HI0A 5AQPA 4A62A 3H1VX 4CBUA 5JLHA 3MN7A 2AA4A 1YAGA 1MWMA 3CJ7A 3CJ9A 2YJFA 1HX1A 1TYQB 1C0GA 5AQMA 1LCUA 3MN6A 3W0LA 5EXWA 2Q2RA 3EN9A 4H03B 3O4WA 3U9ZA 3VGLA 4CJ7A 2CGKA 1SZ2A 4JAXA 3EZWA 5AQRA 5BN8A 5AZIB 3U9DA 2I7PA 3D2FB 5BRFA 4BVPA 4L3QA 1R59O 1D4XA 2QWNA 2F9WA 2Q31A 2ZGZA 3ATUA 3LDNA 4AM7A 1HLUA 2Q1NA 4A61A 1H1VA 4WQ5C 4H5TA 4BRDA 2A5XA 5BPLA 4WQ5A 3O80A 3I33A 4PKHA 4BC2A 2QWLA 2YI1A 1U2VA 3JXUA 3ENOA 2W41A 5ELZA 4B1ZA 1GLAG 4BR5A 3CIPA 4BR7A 3A5OC 3DXKA 1NGCA 3FZKA 3QFUA 4IZ9A 4EAHD 5F0XA 4BROA 1TUYA 1IJJA 3WQTA 3QB0A 2FSJA 5AQHA 4XH4A 3ATVA 5CE3A 1QQOA 3WEEA 4CZJA 4H0XB 3O1BA 1V4TA 1KAZA 3FZLA 2P9IA 1Y64A 3H3OB 4FWQA 5ADXA 3EL2A 1XUPO 5AQLA 3FFKB 2P9SB 3VETA 2P9NB 5EY4A 1GLBG 3SMSA 3L0QA 4FPAA 4ISEA 1E4GT 2QWRA 3CI5A 3J8AA 4FWMA 3LM2A 3UKUB 4JNEA 5AR0A 2IVPA 3VGKA 2V52B 2P9PA 5BPMA 3BF3A 3JS6A 4CZHA 2E2OA 4K43A 3U8XA 4BRFA 4YDUC 3EO3A 3A5NC 3BP8A 2ASMA 3WXIA 1GLEG 2BTFA 4K42A 4BC5A 5AQUA 2H3GX 3KVGA 3VENA 3O1WA 3IMXA 3WUHA 3I8BA 2GWKA 4M7YA 4H5WA 3LDQA 2NZTA 2D0PA 2FXUA 1NGJA 4MO4A 3CQXA 3HTVA 3SMPA 4QS9A 3LL3A 3ENHA 3QBWA 4FPBA 3A5LC 4M63C 1GLDG 4F9OA 5AQZA 1NGDA 4H0OA 4BG9A 3BF1A 2YHWA 3MN5A 2Q97A 3H1QA 4FWLA 5AQGA 1TYQA 1BDGA 2ASOA 3ID8A 3M1FA 2E1YA 3VEXA 3GG4A 3KZBA 3R6MA 4PKIA 3CQYA 5AZIA 4JD2B 3D2FA 3VERA 4BRGA 1HKBA 1NGGA 2KHOA 4BRNA 4CI6A 4FWRA 1JCGA 2DPNA 2Q0RA 3MMVA 5KPTA 4B1VA 4CZEA 4IJNA 5KQ8A 2FF3B 5AQYA 3UE5A 5JICA 2QM1A 2QWQA 3CETA 3CJAA 1DEJA 1NGIA 2V7YA 1QZ5A 2FLOA 5FPDA 1KXPA 5AQOA 4MLEA 3LDOA 1JCEA 1HKCA 4I6MB 3GDQA 3RSEB 1P8ZA 3HBTA 5EOYA 1BG3A 2CH6A 3HM8A 1QZ6A 1RFQA 3WT0A 3H3NO 4B1UB 3H46O 3IUCA 2D0OA 4B9QA 3DXMB 3QDKA 3R8EA 1BWFO 5FPMA 1X3NA 2YJEA 4GY2B 4BR9A 5F2RA 2P9LB 2E20A 4XH1A 5KPZA 4EHUA 4CBWA 4CZLA 2P9SA 1MWKA 2AP1A 1MDUB 2P9NA 5AQJA 3VEZA 1S22A 3A5MC 3GL1A 1QHAA 3C7NB 3UKUA 4BRHA 1IG8A 2FSKA 3FZFA 3QICA 2A41A 2QW9A 3G25A 4RCHA 3H45C 1TUUA 4B1WB 5AFUA 1V4SA 4IWVA 3VOVA 3WXLA 2A40A 1Q18A 3O08A 1S3XA 1WUAA 3BEXA 1RGIA 3MK6A 5AQKA 3A0IX 1WOQA 2E2QA 2E2NA 4DB3A 4BC4A 3MDQA 2A6AA 4FOEA 4EHTA 4H0TB 1Z6RA 4H5NA 4Z94A 3DAWA 4FL9A 4K41A 3L6QA 4CZGA 3O6WA 3VESA 4XH5A 1ZC6A 3FGUA 5AQXA 4PL7A 2OANA 5AZJB 4WYBA 2YHXA 5BRHA 3M6GA 4FOIA 4YDUA 3VEOA 3IFRA 4DHYA 4LC9B 4BRKA 1EQYA 5FPNA 1K8KB 1YUWA 2QWMA 3AY9A 5ADXH 1HUXA 1RDWX 4BRIA 4JD2A 3D2EB 2GELA 4H0VB 4DQ8A 5KQDA 3FZHA 4O8KA 3SK3A 4K25A 2IVOA 2E2PA 3M3ZA 3BUZB 2BUPA 4BRLA 2E88A 3SJHA 2Q0UA 2V7ZA 2FSNA 5JMVA 3OHRA 2GUPA 4CD3A 2VWBA 4CZFA 4NO7A 1NGEA 3VF2A 1SQKA 4RWTA 4ISFA 1BUPA 2Q36A 2I7NA 3ZETB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PL8A 4CJLA 1DGKN 4CD1A 3P5JA 2E8AA 1XC3A 2GEMA 1T6CA 3WXMB 3F5TA 3M8QA 1BCOA 3AVBA 1RT2A 5IWAK 2GV9A 3HOSA 1ATRA 1HKGA 4AM6A 4E1JA 3G10A 4YHHK 1WBBA 4CZIA 1U4BA 5E26A 5J2NA 2YHAA 1OKJA 1TL3A 2HB5A 2E5LK 4KHUA 2CGLA 2O8DB 1YIJN 1NGHA 2KZMA 4X62K 3C7NA 4A2BA 3O8MA 4RW8A 2D1KA 4KFBA 5AQQA 2YNHA 1VQNN 2NRHA 4HWIA 1REVA 3SYZA 4KPYA 3HOTA 1JCFA 1ZBLA 1G15A 3ZX2A 2P9UB 4K8XA 2PZSA 2VG6A 5GIPA 1ZBFA 3G4SN 4H5VA 3CCVN 4GV9A 4JRQA 1IO2A 3MXIA 2OZSA 1U6ZA 5BREA 4WFBL 2UYTA 4H0YB 4OLAA 4OKEA 2Z1HA 4C23A 3VEVA 2G8WA 4DTOA 2JLEA 4BC3A 1BI4A 1W0HA 1W9HA 3CPEA 3FE1A 4XEIA 2RPIA 3CJCA 5JLFA 3T3FA 4GNIA 4BGAA 4IFEA 4FZYA 3QBXA 4CZMA 4O44A 3MCPA 3D2EA 3LM9A 1SAZA 4AHVA 2ZQBA 1B9FA 1RNHA 3LDSA 3KLGA 1YJWN 2F9TA 5HBMA 3TAFA 1WBDA 1U2VB 4H5RA 4KTZA 3CERA 2FC0A 5HRRA 5GINA 5AQTA 1NK9A 1KFSA 4I9QA 1ZXOA 4Y1DA 3DXKB 2P5OA 4BGBA 1Q82O 4J2AA 2X6SA 1U47A 3VEYA 3CMAN 3NBPA 4CF0A 5LMNK 3H6EA 2HHSA 3TWHA 3MCAB 5HRPA 3SV3A 2P9IB 2HMPA 4IG0A 3J7ZO 1C0FA 4OKKA 3RR7A 3RRGA 3AO1A 1JJ2M 3OYLA 3DRSA 2GTDA 4FLWA 4DR6K 4CEOA 4CEBA 3CXCM 5GAEP 3QFPA 4JK7A 2HHTA 4ICLA 3PLAA 1NK5A 3IDHA 4F2SA 3RMDA 3TI0A 3TAEA 1K9MO 2QK9A 1T6DA 1ZBHA 2Z1JA 2P9KA 3HZ6A 4OPAA 2CGJA 1HQEA 1X1PA 2O4IA 4FK4A 4JN4A 3OYFA 4CIEA 1NG9A 3MEEA 3OTOK 3V1OA 3NF8A 5BN9A 4MQ3A 4Z4HA 4YOVA 5JLHA 3MN7A 1KCFA 2YJFA 4FVMA 1KD1O 3OYHA 1TYQB 1J9AA 3MN6A 5SZTA 5EXWA 3OYEA 4H03B 1E3MA 4FJ7A 4B3TK 2RN2A 5AQRA 4ILHA 3OBYA 2I7PA 3SPZA 4BVPA 4LH4A 1VSDA 2FBVA 1S1UA 3LDNA 3ZSQA 4AM7A 1HLUA 2YNIA 4A61A 4QOZB 1H1VA 3HO1A 4C1NI 2O8CA 4M3WA 5BPLA 1BQNA 1Q86O 1WSGA 1IBLK 1WB9A 1EXQA 1Y97A 3ENOA 4KH4A 2IAJA 3EE8A 4FJ9A 1GLAG 1RT3A 4BR5A 1N34K 5AJ3K 4IZ9A 4EAHD 2O8FA 5F0XA 5C10A 2XHBA 3KK3A 3V9WA 3WQTA 5GADP 3WEEA 4W5TA 4CZJA 4A57A 4H0XB 3OJSA 3O1BA 5J2PA 4E1MA 1S1XA 4QAGA 3V9SA 1VQ4N 4GW6A 3ALYA 1HNWK 3VETA 2P9NB 1VSHA 3HPGA 3J7YP 1HNVA 3L0QA 4DFPA 3NH2A 1KVCA 3THYB 2QKKA 2QWRA 3J8AA 4FWMA 4MFBA 4C8OA 3UKUB 3L3UA 5IT9O 1J53A 3QERA 3VGKA 5BPMA 2P9PA 4DQSA 2E2OA 4L8RB 4BWMA 2ZJQL 4AHTA 2BTFA 2WC9A 4JKHA 1RDCA 3PY8A 1YJ9N 2VG5A 4Z4FA 4EZ6A 2NZTA 2FXUA 4DTSA 1NGJA 3CQXA 3EY1A 3SMPA 3CCMN 4LY7A 4FPBA 5D3GA 3A5LC 2ZM6K 4DFMA 4BG9A 2B5JA 4FWLA 1QVFM 4KB1A 4CFCA 2ASOA 3M1FA 3OYBA 4JKGB 2Y1JA 4F4KA 3GG4A 3R6MA 1K73O 4CHPA 1CXUA 3I0SA 5EU7A 4Q5VA 3D2FA 3HT3A 1HKBA 4GMJB 4H4MA 3HVRA 4FWRA 3M8PA 4FM2A 3G0ZA 3TAQA 4B1VA 2W42A 5C15A 2O8EB 3HP9A 3CJAA 3TSUA 4CF1A 2F96A 1J5OA 3CCUN 4OGCA 3HM9A 3IRXA 1M90O 3HVTA 3P1GA 4KI6A 1TVRA 4CJFA 3RSEB 4C8NA 2R7YA 3CCSN 4CHOA 1M1KO 3CFRA 1T03A 1HR0K 4GKJK 5EOYA 1VSEA 1FKOA 4FM0A 4E1NA 1RTHA 2VG7A 4WFAL 2IDOA 3QDKA 3ZLJA 5FPMA 1X3NA 5HROA 3QESA 2P9LB 3QEPA 3C6TA 3DLKA 4IKFA 2HMIA 4CZLA 1MWKA 5AQJA 2E6MA 1QHAA 1OVQA 3VA3A 1SL0A 4FYDA 3MEGA 1ASVA 2FSKA 3QICA 2QW9A 4N41A 4BE2A 3TAGA 2YNGA 3VOVA 3NGYA 3AVHA 3WXLA 4X64K 2OYQA 4FVUA 4BDYA 1RBSA 3NVKA 3MK6A 3VQBA 3EEQA 3A0IX 1XNRK 1HNZK 3M8RA 1WOQA 3SBGA 4DSKA 4KHNA 4DB3A 3MDQA 3F9KA 4FOEA 4JI8K 4H5NA 4V19S 3V1RA 4DQQA 2OTLN 2D0AA 4CZGA 2OTJN 4N56A 3SUNA 3O9TA 4KKOA 3AA2A 4FCYA 4W5OA 3EYZA 2RHKA 2OANA 3KKRA 3OYAA 4K8ZA 3AGRA 3OS2A 4OGEA 1XMQK 4CEEA 3ISNC 3THWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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