2DPNA

Crystal structure of the glycerol kinase from thermus thermophilus hb8
Total Genus 161
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
FLLALDQGTTSSRAILFTLEGRPVAVAKREFRQLYPKPGWVEHDPLEIWETTLWAAREVLRRAGAEAGEVLALGITNQRETTLLWDRKTGKPLHNAIVWQDRRTTPLCEALRAKGLEPLFRERTGLLFDPYFSGTKLVWLLENVPGLKARAEGGGVAFGTVDTWLIWNLTGGKVHATDPTNASRTLLFNLHTLAWDPELLEALGIPAALLPEVRPSDGDFGETLPELLGAPVPIRGVLGDQQAALFGQAALGGGEGKCTYGTGAFLLLNTGKRPVLSEKGLLATVAWSLGGRATYALEGSLFVAGAAVGWLKEVGLIRESAEVEALAASVEDTGDVYFVPAFTGLGAPYWDPYARGTLLGLTRGTSRAHLARAALEGVAFQVRDVVLAMEEEAGVRLKVLKADGGMAQNRLFLKIQADLLGVPVAVPEVTETTALGAALMAGVGAGALSPEDVAGRFREAERFLPTMPEGRREALYRRWREAVERAKGWARE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase
molecule keywords Glycerol kinase
publication title Nucleant-mediated protein crystallization with the application of microporous synthetic zeolites.
pubmed doi rcsb
source organism Thermus thermophilus
total genus 161
structure length 492
sequence length 492
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-05-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2dpnA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2dpnA01
1ATNA 3DJCA 2F9WA 3CETA 4A62A 3HBTA 1GLCG 2W41A 4RWTA 1TUUA 3OHRA 1P8ZA 2I7NA 5FPDA 4GNIA 3VPZA 5EY4A 4BRIA 4O5FA 4H5VA 4CBXA 1WUAA 3FR0A 3O6WA 2Q31A 4JD2B 1Q18A 4ISGA 2E1YA 4CD3A 3CI5A 3MN5A 4IWVA 2V7ZA 3VGLA 3O8MA 4JN4A 3UB5A 2P9PB 5AQTA 3QICA 4BRLA 1YXQA 2A41A 4XEIA 3R8EA 5KQ8A 2KHOA 4H5NA 1JCGA 4QS8A 2F9TA 4BR2A 2E8AA 5FPNA 3MK6A 1NM1A 1YVNA 3ZEUB 3I8BA 4H5WA 2A5XA 2HF3A 3CJBA 1BA0A 1GLDG 5AQSA 5E26A 3FGUA 3U8XA 5AQLA 4B1XB 2QM1A 4FWQA 4ISFA 2CGJA 1GLLO 3MN9A 2P9SB 1ZC6A 4XH1A 4CJ7A 1X3NA 1EQYA 5AZJA 3UKUA 4JD2A 4BG8A 3CIPA 2W40A 3KVGA 3ENOA 4BGBA 3GL1A 4K43A 3CJAA 2CGLA 3FE1A 5AQOA 2H3GX 2QWPA 3LDPA 4I6MB 4CZJA 1X3MA 4RCHA 3AAQA 3C7NB 3WXKA 1QQNA 3EKUA 3WEEB 4H0OA 4L3QA 3VEYA 2P9KA 1HKGA 3H1VX 1MA9B 4HWIA 1T6CA 1V4SA 3VESA 1LOTB 3WT0A 5KPZA 2A42A 1HKBA 4K25A 2A6AA 3M1FA 2P9IB 2D1KA 5BRHA 1IG8A 1NGIA 4MO4A 3GG4A 4BVPA 3J8AA 2EWSA 4CZLA 4CZFA 4B1ZA 2YHYA 2GUPA 3GOIA 2P9SA 3R6MA 4EHUA 2FF6A 4PL8A 3CQYA 4CD1A 2E88A 4FWRA 2P9UB 5I9EB 4IJNA 4A2AA 5AQKA 1U2VA 5BN9A 1T6DA 3ZETB 2NRHA 3FLCO 1SZ2A 2V52B 1X9JA 4I6MA 5BPMA 4H5RA 4BC3A 2ZF5O 3D2FB 1ESVA 4M7XA 5AQIA 3A0IX 3WEEA 4QS9A 5ADXA 3QDKA 3O5BA 2CH5A 4HTLA 1TYQA 1ZBSA 1KAZA 4JHDB 5FPMA 2QWRA 2E2OA 5BPLA 1DEJA 4BC5A 4JNEA 4CZIA 4BRFA 4FPBA 3ZX2A 4EAHD 3BF1A 2P9UA 1LCUA 1Z05A 4CI6A 3ULEB 3HZ6A 4CZHA 4B1UB 3CJ9A 3L0QA 5EXWA 3D7EO 4BC4A 4CZGA 3LDLA 1E4GT 1BUPA 3WXIA 1NBWA 4CBUA 1QQMA 2IVPA 3D2FA 1NWKA 4IZ9A 1BO5O 2NLXA 5AQVA 1K8KB 1QZ5A 1NGCA 1YAGA 5F2RA 1J6ZA 5AZJB 3R9PA 3UKUB 4H03B 3MN6A 4JHDA 4DB3A 5JLFA 1S3XA 2PAVA 4Y0WA 4H0VB 3QBWA 5AFUA 1HKCA 2FSKA 4DHYA 3LL3A 1ATRA 5KPRA 2P9KB 3ULEA 4BRKA 5AQYA 1KAXA 1DGKN 1HPMA 3UKRB 5TKYA 1BA1A 4WQ5C 4WQ4A 3SJHA 1E4FT 3A8YA 3WQUA 3WXJA 5BRDA 4EHTA 1SAZA 4AM6A 1Y64A 1QZ6A 3FZHA 5AQPA 1MWMA 1K8KA 4BR5A 2Q97A 4BRDA 3SK3A 2PBDA 3D2EB 3ATVA 4FWOA 1U2VB 3BEXA 1H1VA 4YDUA 4JAXA 3W0LA 4K41A 3VGMA 4B1YB 3ID8A 4FWMA 3I33A 1RGIA 4KBOA 3VETA 4BRCA 2QWNA 2GTDA 3VGKA 4B1VA 3L4IA 5AQRA 4BRNA 3VEXA 3UKRA 2ZWHA 3H45C 1TYQB 1NLVA 3MMVA 1NMDA 3IFRA 3HTVA 5BR9A 4C23A 1V4TA 5AR0A 2ZGYA 1GLEG 4GY2B 3WQTA 3DXKB 4MLHA 1G99A 1GLBG 4CBWA 3JS6A 3DWLA 4WQ4C 3D2EA 3VERA 4MO5A 3QFPA 2YHXA 3CJCA 5EVZA 5AQXA 4B1WB 4BRQA 2J4RA 4PKGA 1BOTO 2QWMA 3CHWA 3A5NC 2IVOA 4M63C 2YHWA 4FWKA 4H0TB 3SMPA 4A61A 5BPNA 1SQKA 2FLOA 3FZLA 5JICA 3EL2A 3VENA 1TUYA 2I7PA 4XH4A 4BROA 1HJOA 2HF4A 3LM2A 1C0GA 1D4XA 2P9NA 5BRFA 4YDUC 2CH6A 2AP1A 3FZKA 4H5TA 5AZIA 2V7YA 2A3ZA 2YI1A 4BRHA 2FF3B 3MDQA 3DXKA 3O1BA 3H46O 5AQJA 1NGEA 3LM9A 3ZX3A 4PKHA 1HLUA 4BRGA 3L6QA 3M6GA 3A5MC 4QS7A 4WQ5A 3U9ZA 3WUHA 5FPEA 2GWJA 3BP8A 3CJ7A 3VF2A 2IIRA 3TPQA 3VEWA 1U6ZA 4CZEA 3DAWA 3U9DA 1IJJA 2IVNA 4BR7A 3GDQA 4IXCA 3O1WA 2E1ZA 3GBTA 5AQMA 4BQLA 3IDHA 4BGAA 2ITMA 1RFQA 4FWLA 2DPNA 2Q0RA 2FSNA 1HUXA 3CQXA 1OKJA 4FPAA 1GLJO 2D0PA 3KHYA 3QB0A 3RSEB 4EFHA 4BREA 5LJVA 3P4IA 3AARA 1NGGA 2D0OA 2YJEA 2P9LB 3FFKB 4RTFD 3VOVA 1YUWA 4CZKA 3IUCA 1BG3A 5AQFA 5JMVA 4BQZA 1MWKA 1GLAG 2NZTA 2YJFA 5F0XA 1XQSC 1XUPO 4FL9A 4H0PA 5AQWA 3LDOA 1CZAN 3EO3A 4BC2A 4ISEA 3O4WA 5AQNA 3HSCA 3ZX0A 2E20A 1ATSA 2ASPA 3KZBA 1KAYA 4K42A 3TU5A 1NGFA 5ADXH 1BDGA 5CE3A 2YCHA 3O08A 4H0XB 5BN8A 3CJ1A 4LC9B 4FSVA 1RDWX 3HI0A 3IMXA 1NGHA 2AA4A 4BR0A 3A5LC 3SLCA 4BRPA 2QWLA 3EKSA 3UE5A 3ENHA 1NGDA 3H3OB 4FOEA 3RSEA 1BWFO 2D4WA 5AQGA 3W3DA 3QBXA 4EIAA 2P9LA 4NB4A 3VEOA 5AQUA 5AQZA 5KPTA 5KQDA 2VYPA 3H1QA 1KXPA 2HOEA 3H3NO 3O80A 5AQHA 4DQ8A 3QFUA 4BR9A 1NGJA 3ATUA 4Z94A 2VWBA 4J8FA 2ZGZA 2E2QA 1XC3A 2P9NB 4BR4A 2FXUA 2Q1NA 3EZWA 4BG9A 4FWNA 2QWQA 2GEMA 5AZIB 1DKGD 3WXLA 3DXMB 1T44A 1JCEA 3H6EA 2P9PA 2CGKA 3U4LA 5F1XA 5ELZA 1QQOA 1R59O 2ASMA 1S22A 3VF4A 3FZMA 5LJWA 1BU6O 4F9OA 4BVOA 1ZXOA 2FSJA 2V51B 4CZMA 4BRAA 4FWSA 3EN9A 2VCPA 3BUZB 3F9MA 5AFUH 2WUSA 1HX1A 4B9QA 3ZEUA 3G25A 2QW9A 3LDQA 2Q2RA 2HMPA 3MCPA 3BF3A 1Z6RA 2BTFA 1GLFO 3CERA 3LDNA 3AAPA 5AQQA 3DXMA 5EOYA 3S41A 2UYTA 2ASOA 1MDUB 1NGBA 4E1JA 2E2NA 3HM8A 4FWPA 2QXLA 3C7NA 4XH5A 4H0YB 1JCFA 1C0FA 4BRMA 4PL7A 4PKIA 1NGAA 4IO8A 3VEZA 2E2PA 3B8AX 2OANA 2BUPA 3A5OC 3GE1A 3FZFA 1QHAA 2P9IA 5EX5A 2QWOA 3M3ZA 3C0BA 4O8KA 4DCHA 5JLHA 2A40A 4FO0A 5E84A 3VEVA 3JXUA 3QMLA 4NO7A 1WOQA 5B8HA 4M7YA 4AM7A 4A2BA 5LY3A 3AY9A 3MN7A 3SMSA 2GWKA 2GELA 2Q36A 4IJAA 2Q0UA 3VF6A 3ZETA 4FOIA 4MLEA 4WYBA 5BREA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ATNA 1RTHA 3LZIA 3QLHA 4CGGA 3OYKA 1TUUA 3OHRA 1JLEA 3QO9A 3QESA 3AVJA 5EY4A 4KO0A 5HBMA 3T7ZA 2RKIA 2E1YA 1U49A 3QICA 1YXQA 2A41A 4CK1A 4CW7B 5KQ8A 5T7BA 4CJVA 4F8RA 2E4LA 2F9TA 3VQQA 1IKYA 4XIUA 2E8AA 3OBWA 5FPNA 3TABA 2RPIA 3ZLJA 3KK1A 4IO9L 1NM1A 1WAFA 3I8BA 2OYQA 4H5WA 2A5XA 2HF3A 4AF1A 1GLDG 4CFDA 3HK2A 5E26A 4Q5VA 3U8XA 4K8ZA 4B1XB 2QM1A 3LWMA 3MAQA 5KGXA 2OA8A 2P9SB 1P90A 1ZC6A 4Y1CA 2B4JA 4CJ7A 4FLWA 3UKUA 4JKGA 4DTSA 4ELVA 4WFBL 1RT5A 1JLBA 1N33K 1NK8A 3FE1A 3KKRA 3KWGA 4DTRA 3AAQA 3AVLA 4OLBA 4J2DA 2OCEA 3E9OA 3EKUA 3WEEB 1SL2A 2P9KA 1J53A 1HKGA 3EE8A 4CGIA 4PUOA 3THWA 1LOTB 4K25A 3VTIA 1DLOA 1N5YA 1J9AA 4I9LA 5C42A 4B1ZA 3SCXA 2PZSA 2YHYA 3SAHA 1KFSA 1NMNA 2FF6A 2G8HA 5KI6A 4CHQA 4B3TK 2E88A 4FJ9A 1Y97A 1Z25A 1TK5A 4M3UA 4G9ZA 3E01A 2F4VK 3HJFA 2O8FA 3EY1A 2Z1HA 4IFEA 1M90O 4OPHA 3G6EN 3A0IX 4F2RA 3QDKA 4JKBA 1VRUA 3J7ZO 1KAZA 3I0RA 3CMAN 3L2VA 5J2PA 1HYZA 1LAVA 4BRFA 3ZX2A 1L3UA 4EAHD 4CVNE 3BZKA 4FM1A 3SQ0A 2RHKA 5EXWA 4ZTFA 4JKAA 3LDLA 3D45A 4CJWA 2VG7A 4F3TA 1BO5O 2NLXA 3CQ8A 3NGIA 1QE1A 1K8KB 3MECA 5J2NA 1QZ5A 4E19A 1J6ZA 5AZJB 3NBPA 4X65K 4KHNA 2P5OA 2IGIA 2PAVA 1C1AA 3AVIA 1FJGK 4DSJA 4FVMA 3ITHA 4KFBA 1M1KO 3LL3A 3O3HA 3ALYA 3KLGA 2XHBA 4WQ5C 3SJHA 2RN2A 1IKXA 2DFHA 3JAMO 3WXJA 3PO5A 5BRDA 1IBMK 1SAZA 1QZ6A 1MWMA 4O0JA 4BRDA 3SK3A 3OVNA 1NK6A 1VSLA 2EHGA 1N6QA 4FWOA 4CHZA 3Q7BA 1U2VB 3BEXA 1H1VA 5SZTA 4B9VA 1Q9XA 3W0LA 3JYTA 1BCOA 3I33A 1RGIA 2ZM6K 3NH1A 4KBOA 4R5PA 1UA1A 1KD1O 5AQRA 1KLMA 4MQ3A 4B08A 4BE2A 3IFRA 3HTVA 5BR9A 3M8SA 2OTJN 1BCMA 2ZGYA 4PA1A 3WQTA 3N4QA 2E6MA 4DUYK 1G99A 2XY6A 4CGDA 1U4BA 4CJ5A 5J1EA 4C8KA 3K59A 3CJCA 5EVZA 5AQXA 2WTUA 1VK0A 1JLFA 2HVHA 1YI2N 3HP9A 4CF2A 2Z1JA 4PKGA 1WB9A 1BOTO 2OZSA 3A5NC 2IVOA 2G8FA 4CEDA 4FWKA 3QEIA 4H0TB 1X9WA 4O44A 4XH4A 4FJKA 4KHQA 5BR8K 2HMIA 4I7FA 4OX9K 2P9NA 2UUBK 3K5MA 3TAMA 3P83D 3DOLA 3QEVA 4KI6A 3NVKA 1KLNA 3FZKA 4H5TA 4J2BA 4A59A 1JJ2M 3SAFA 4JI0K 3PSIA 4DR1K 3DXKA 2UXDK 3H46O 4C8MA 4M3XA 4OJRA 1BL3A 3A5MC 4QS7A 3OYGA 3BP8A 4HCCA 2YV0X 3HT3A 3OYLA 4CZEA 2KFZA 3HYFA 3V9SA 5CHIA 4WCEL 4BACA 2JWLA 1YTUA 3GBTA 1JKHA 3SI6A 4KAZA 4KV8A 1RFQA 4FWLA 1VSJA 2DPNA 5C24A 2GV9A 2FSNA 2Q0RA 4FPAA 3NGZA 1GLJO 4CESA 2VQFK 1NGGA 2D0OA 5FDLA 2YJEA 1KTQA 1Q9YA 1RTJA 4CJKA 4DTXA 2NUBA 4F4KA 4N5SA 1MWKA 1GLAG 4TSXA 1NOYA 3TI0A 3KIOA 2HB5A 1XUPO 4H4OA 1IKVA 1NJWA 2AJQA 4CE9A 2ZE2A 3O4WA 4FZXC 3O9UA 2ASPA 1KAYA 4E1MA 1WSJA 3PX4A 4FJLA 2O8CB 4JI4K 1OVYA 4CK2A 1D9FA 5CE3A 1EX4A 3O08A 5BN8A 2Q3SA 4LC9B 3O3FA 4M41A 3IMXA 4DG1A 2X6NA 4BR0A 1IBLK 4BRPA 1YHQN 3AA5X 3V1OA 4AHTA 2QWLA 1NKBA 2QEXN 3TTFA 4ILJA 1BWFO 3CC7N 4DTJA 4RW9A 3R1XA 3ZSOA 1UOCA 5KPTA 5KQDA 2B6AA 3RMBA 4ELTA 3H1QA 1BISA 2LSNA 4Z4IA 3O80A 4HCBA 1RT3A 4FJ5A 3ATUA 3HSTB 1BGXT 2QXFA 3SUQA 2E2QA 3G71N 2QWQA 1JXBA 2GEMA 1BQNA 1O1WA 5AZIB 3CYMA 1T44A 3OYFA 3MEGA 1ASVA 4HUEA 1R59O 3L2QA 4KHSA 4CHNA 4AILC 1KQSM 1U45A 1S1WA 4FLVA 1NKCA 2V51B 2W6LA 3ZSRA 3DYAA 3C6TA 3E66A 1SS6A 3H08A 3NF9A 2HSTA 2XRIA 3G25A 3C65A 4DTOA 1NK7A 4C8LA 1LW0A 1QS4A 2Q2RA 2JLEA 4CJPA 3DOKA 4KREA 2D0AA 1XNRK 3BF3A 3NVMA 1IV0A 5KRTA 2BTFA 1GLFO 2HNZA 4AHUA 3ASMA 4A5AA 4JS5A 1RT6A 4CFBA 5EOYA 4GVEA 1UWBA 1IKWA 3S41A 3RRGA 3DRSA 3KD1E 1TKXA 5HOOA 3OYCA 5GAEP 1EETA 1RT4A 4FK0A 4FWPA 1RDCA 3C7NA 4CHOA 4LF6K 5K14A 1HNXK 1JCFA 4BRMA 4PKIA 5E41A 1NGAA 5FROA 1I39A 1T8EA 2OANA 2BUPA 1HNIA 3M3ZA 4FK2A 5JLHA 2A40A 1VSHA 4KKOA 5E84A 3OY9A 1KSPA 3J7AP 3D6RA 3JXUA 3QEWA 4JI6K 4DQSA 5DM6L 4FW1A 3THXA 4CJUA 4JKDA 3ZSXA 1OH5A 4A2BA 1QSYA 4E7HA 1T05A 3AY9A 5KRSA 2GELA 2HBKA 4IJAA 4CEAA 1NJYA 1SKWA 4FCYA 1QHTA 1HNWK 3LP2A 4DV5K 3MXJA 1VQMN 3MEDA 4LF7K 1GLCG 5FPDA 3G4SN 3KD5E 3VPZA 1B92A 1BQMA 5C25A 4BRIA 4O5FA 4CBXA 3O6WA 3FR0A 4JKGB 1B9DA 5FLXO 4ISGA 4OKEA 3VGLA 4IWVA 2E5LK 3O8MA 4FJXA 3C6UA 4IOCL 4FJMA 2YNGA 3LPUA 3O9RA 4IFVA 1D5AA 4B3OA 2ZJPL 4FXDA 3CC4N 1JCGA 3WNGA 3MK6A 3SQ4A 4NCAA 3HVTA 3THWB 3O4QA 1XMOK 3ZEUB 3D0PA 2FC0A 3O9SA 3CJBA 1BA0A 2VGMA 3FGUA 5AQLA 4DU1A 1ZBIA 4AH9A 4ISFA 1J5OA 1KRPA 2UU9K 4X64K 4CHYA 1EQYA 4CGJA 4JD2A 1VQON 3CIPA 2W40A 1WN7A 3KVGA 1WSIA 4Z0UA 5M1PA 3OYAA 4K43A 2DY4A 3CCRN 2CGLA 1TKZA 2O8FB 5AQOA 5KTQA 1IO2A 2QWPA 4CZJA 4RCHA 1DTQA 4HHTA 3WXKA 1G15A 1VQ7N 4H0OA 4DU3A 2WC9A 1MA9B 1T6CA 4NCBA 1TK8A 2A42A 1HKBA 4CFCA 4DU4A 2D1KA 5BRHA 1IG8A 2YKMA 2HNDA 3EEQA 2GUPA 5JS2A 1NK0A 4PL8A 4JRPA 1QSLA 4DV3K 3PIOL 3U3YA 1XHZA 4BE0A 4IJNA 4CEBA 4A2AA 5AQKA 5C2FA 2NRHA 3FLCO 4MDBA 4I6MA 3T19A 4H5RA 1J5EK 3U6FA 4JLHA 2ITGA 2B5JA 2I5JA 4OKKA 3CXCM 1YT3A 4ID1A 4B9SA 3P39A 2E6LA 3LALA 4LFBK 1XWLA 2CH5A 1TYQA 3B6PA 1HPZA 4DMNA 1DEJA 3V4IA 1WNSA 4FPBA 3E9PA 4DQPA 4IDKA 3KLEA 3OTOK 3V9UA 1LCUA 1Z05A 4CI6A 3CCLN 1XHXA 4DR3K 4CIEA 4BC4A 2OZMA 1YTAA 3NGYA 5AJ3K 1BUPA 1QQMA 3D2FA 3V6DA 1CXQA 1NWKA 4IZ9A 3S3OA 4JI2K 4DS5A 4FLZA 5HRNA 3AVMA 1VRTA 4JK7A 3G10A 3MN6A 4H03B 4YY3K 3AVGA 1TL3A 4Y0WA 3J80O 4PHTX 2X78A 1MU2A 4AHSA 5AFUA 3OYDA 2FSKA 4DHYA 3NAEA 1NU0A 3TTCA 3I55N 4BRKA 1KAXA 1NKEA 1BA1A 3QERA 4EP5A 1YIJN 1RBSA 4CJQA 4A5BA 2HHVA 3PX6A 3LAMA 1O13A 3WQUA 3QNNA 1L3TA 1W0HA 4EHTA 4DV1K 3F5TA 3QEPA 4N56A 5C2DA 4GMJB 3AVBA 3KJVA 4Z4EA 3ATVA 4PWDA 2VWJA 1S9GA 2WFBA 3NF8A 3VGMA 4B1YB 3OW2M 3ID8A 4FZZA 3ZSQA 3PX0A 3AVHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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