2DPNA

Crystal structure of the glycerol kinase from thermus thermophilus hb8
Total Genus 161
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
FLLALDQGTTSSRAILFTLEGRPVAVAKREFRQLYPKPGWVEHDPLEIWETTLWAAREVLRRAGAEAGEVLALGITNQRETTLLWDRKTGKPLHNAIVWQDRRTTPLCEALRAKGLEPLFRERTGLLFDPYFSGTKLVWLLENVPGLKARAEGGGVAFGTVDTWLIWNLTGGKVHATDPTNASRTLLFNLHTLAWDPELLEALGIPAALLPEVRPSDGDFGETLPELLGAPVPIRGVLGDQQAALFGQAALGGGEGKCTYGTGAFLLLNTGKRPVLSEKGLLATVAWSLGGRATYALEGSLFVAGAAVGWLKEVGLIRESAEVEALAASVEDTGDVYFVPAFTGLGAPYWDPYARGTLLGLTRGTSRAHLARAALEGVAFQVRDVVLAMEEEAGVRLKVLKADGGMAQNRLFLKIQADLLGVPVAVPEVTETTALGAALMAGVGAGALSPEDVAGRFREAERFLPTMPEGRREALYRRWREAVERAKGWARE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Nucleant-mediated protein crystallization with the application of microporous synthetic zeolites.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Thermus thermophilus
molecule keywords Glycerol kinase
total genus 161
structure length 492
sequence length 492
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-05-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2dpnA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2dpnA01
3VEXA 4H5NA 4MO4A 2QXLA 4BGBA 4BRMA 1BA0A 1LOTB 4J8FA 3UKRA 4EAHD 5F1XA 1HUXA 1QZ6A 3ATUA 4MO5A 4O5FA 3UKRB 1TUUA 3ZEUA 3MK6A 2A42A 4BRKA 5AQPA 2V7ZA 4GNIA 3ZEUB 2GWJA 3ZETA 4L3QA 3CIPA 5LY3A 4FWLA 3ZETB 1U6ZA 1WOQA 3DJCA 2YHYA 4FWPA 3DXKA 3H3NO 4H0VB 1KAYA 4WQ5C 3WUHA 3R9PA 1EQYA 3DXKB 1BG3A 3BUZB 3H46O 3SJHA 1K8KA 4H0XB 2P9SA 1HKBA 3H1VX 4ISFA 3VGKA 4PKIA 1K8KB 2P9SB 2VWBA 3FZFA 2Q36A 1SQKA 4B1XB 4YDUC 5I9EB 3CERA 1RFQA 2FLOA 3VF4A 2IVNA 3VETA 1NM1A 1Y64A 4HTLA 5FPDA 5AQWA 4Y0WA 4O8KA 3BEXA 2FXUA 5AQNA 4K25A 3VERA 1BU6O 1DKGD 4FO0A 4IJAA 3VESA 3WXJA 4BG9A 1QQOA 3J8AA 4BRQA 1QQNA 3LDNA 4JAXA 4BR2A 4DB3A 2CH5A 2I7PA 3FZKA 4M63C 3EZWA 3I33A 4CZFA 3O6WA 4LC9B 3GDQA 1NBWA 3CJ7A 5CE3A 4FOEA 4AM6A 1IJJA 1TUYA 1QQMA 3FZHA 2ZGYA 5E26A 2Q1NA 2HMPA 1NGDA 3EN9A 2FF3B 4RCHA 2Q2RA 5EX5A 3ID8A 3VENA 3A5MC 5EOYA 4CBXA 3M1FA 2YI1A 2E1ZA 3P4IA 1ZC6A 4BRCA 2E2PA 3WQTA 3BF3A 3MN7A 4FWSA 5KPZA 1BA1A 1ATRA 2PBDA 5JLFA 2A6AA 4CJ7A 3A5LC 2EWSA 3QMLA 5ADXH 4BQZA 4CZLA 4H0TB 4H5TA 2QWPA 3L0QA 1HKCA 3ATVA 5FPEA 4IJNA 3QB0A 3FE1A 3AAPA 2Q0RA 3AAQA 1JCGA 1GLLO 3C0BA 5AQTA 1NGAA 4BROA 1J6ZA 2V51B 4JD2A 2A5XA 1GLJO 1YUWA 3CJAA 4JD2B 3FZLA 4XH4A 1YXQA 4CZJA 4BGAA 2E20A 4F9OA 2YHWA 3C7NA 1NLVA 1MWKA 4HWIA 1GLAG 3C7NB 4A62A 2UYTA 3HBTA 5AQFA 1TYQA 4EHTA 2D0PA 4BRLA 1TYQB 1V4TA 3F9MA 5AQKA 4FL9A 4B1YB 3VF6A 4CZMA 5BPMA 1Q18A 1Z05A 2P9KB 2D1KA 2QWMA 4BC5A 3JS6A 3O1WA 1ATNA 4BRIA 2OANA 5EXWA 2YHXA 1S22A 3IUCA 4XH1A 3WXIA 3R8EA 2GTDA 4BRGA 2E1YA 3DWLA 2FF6A 2QWNA 2CGJA 2V7YA 2F9TA 1DEJA 1RGIA 5AQGA 3EKSA 2VYPA 4CZGA 4IXCA 1KXPA 3I8BA 3O5BA 4B1VA 3B8AX 4WQ5A 3SMSA 2NLXA 1GLDG 4BG8A 1NGCA 4K43A 2ASOA 1GLFO 1YAGA 3KZBA 3ENHA 4BRAA 3MN5A 4IWVA 4YDUA 2CGKA 1MDUB 3CQXA 4ISEA 4DQ8A 1NGIA 2BTFA 3A8YA 5AQUA 1GLCG 2NZTA 1ESVA 4BRPA 2GEMA 3EL2A 3CJ9A 4KBOA 3FLCO 4BR9A 1QHAA 2CGLA 3VEWA 4JHDA 3O80A 4A61A 4QS9A 1MWMA 4XEIA 2QWLA 4A2AA 4QS8A 5BN8A 3U9ZA 4B1ZA 3LL3A 3GE1A 3MDQA 3H1QA 5LJWA 1S3XA 2FSKA 4PKGA 2GUPA 5AFUH 4CBWA 3LDPA 3CJ1A 3R6MA 5KQ8A 4H5WA 5KQDA 4A2BA 3O08A 1HJOA 3FGUA 5AQSA 3M3ZA 2P9LA 3HTVA 5AQXA 5F2RA 2E2QA 2NRHA 2E2OA 4H0YB 1HX1A 3WT0A 1KAXA 2P9LB 4RWTA 3BF1A 3RSEA 4DCHA 3MMVA 1U2VA 5JMVA 3RSEB 1BO5O 1U2VB 1X3MA 2P9IA 4FWMA 3VEZA 1SZ2A 4BC2A 5BN9A 1P8ZA 2VCPA 1E4GT 3HSCA 2F9WA 2FSNA 2J4RA 3L6QA 4NB4A 2HF4A 4I6MA 4BR0A 5BRFA 2I7NA 4C23A 4BQLA 2WUSA 5AQZA 3GL1A 4CD1A 4FOIA 3W0LA 4FWQA 3ZX3A 3ZX2A 4MLHA 2BUPA 5TKYA 5B8HA 3EKUA 2YCHA 4H03B 4H5VA 2YJEA 3A5OC 1R59O 4DHYA 1OKJA 1QZ5A 1T44A 2KHOA 3UKUA 4MLEA 2AA4A 5AZJA 2QWRA 3VEVA 1E4FT 3QBWA 3KVGA 5BR9A 5AZJB 2H3GX 2ASMA 1MA9B 2E88A 2IVOA 3IMXA 4PKHA 5FPNA 3S41A 3KHYA 2HF3A 4WQ4C 3MCPA 1G99A 2A41A 4CD3A 1C0GA 2YJFA 3D2EA 2PAVA 5AZIA 1KAZA 2ASPA 3D2EB 1D4XA 2V52B 4FPAA 2AP1A 4B1WB 5AQHA 1JCEA 2P9NA 5BREA 3ZX0A 3QFPA 2P9NB 3O8MA 2P9UA 3WQUA 4Z94A 3D2FA 3FR0A 4XH5A 2QWOA 3LDOA 4FSVA 3SK3A 3U9DA 3D2FB 3CHWA 3DXMA 3EO3A 1IG8A 3VGMA 1NMDA 3VF2A 1HPMA 1HKGA 3DXMB 2A40A 1Z6RA 3SMPA 1CZAN 1NWKA 1BWFO 3A0IX 2ZGZA 3M6GA 4NO7A 5AQYA 3H45C 3ULEA 5AQVA 3LDLA 1JCFA 1NGGA 3ULEB 3W3DA 3U8XA 3HM8A 4IO8A 5KPRA 3GBTA 5ADXA 1NGJA 2CH6A 3HZ6A 3MN6A 4BR5A 3L4IA 4JN4A 3VGLA 4BRFA 2ZWHA 4M7YA 2QWQA 4FPBA 4CI6A 1V4SA 4BC3A 3CETA 1X9JA 4FWOA 1T6DA 3IFRA 4CZEA 3TU5A 3MN9A 2Q97A 3VEOA 4PL7A 4M7XA 1GLBG 4BVOA 4IZ9A 5EY4A 4EFHA 4WYBA 5AR0A 4JHDB 1XC3A 3BP8A 4E1JA 4BR7A 3LM9A 1SAZA 3GOIA 3JXUA 1ATSA 5AQMA 5EVZA 5AQRA 4RTFD 1NGBA 1ZBSA 3DAWA 5JLHA 1LCUA 1NGEA 4BRNA 4GY2B 3LDQA 1X3NA 3QBXA 5BRHA 1XUPO 2ZF5O 4H0PA 5E84A 1NGFA 3G25A 4BREA 2GELA 5F0XA 4BRHA 3H3OB 2DPNA 2D4WA 3WXKA 3AY9A 3VOVA 3A5NC 5AQQA 3WXLA 2P9IB 5BPNA 1GLEG 4FWKA 3CI5A 3QFUA 5AQJA 4K42A 1BUPA 5AQOA 4B1UB 1DGKN 2FSJA 5BRDA 3LM2A 5AQLA 4BC4A 3AARA 4ISGA 5ELZA 5LJVA 2D0OA 4I6MB 1C0FA 4CZKA 3CJCA 2QM1A 1BDGA 3O4WA 3H6EA 3UE5A 4B9QA 4JNEA 4BRDA 1WUAA 3HI0A 5JICA 3QDKA 3VPZA 2P9PA 4PL8A 4CBUA 3QICA 4H5RA 3UB5A 3VEYA 3IDHA 4QS7A 2P9PB 4AM7A 1BOTO 3SLCA 4FWRA 2ITMA 3GG4A 3TPQA 3UKUB 1T6CA 1HLUA 3FFKB 2E8AA 1XQSC 1H1VA 3OHRA 2Q0UA 1ZXOA 1YVNA 5FPMA 4WQ4A 4EIAA 5BPLA 5AQIA 3WEEA 4EHUA 4CZIA 3ENOA 3WEEB 2E2NA 1RDWX 2A3ZA 2IIRA 4BVPA 4BR4A 1NGHA 3FZMA 5AZIB 4CZHA 4K41A 3O1BA 4H0OA 3D7EO 2HOEA 3U4LA 5AFUA 2GWKA 3CQYA 5KPTA 2IVPA 2QW9A 2P9KA 2W40A 3CJBA 2P9UB 4FWNA 2W41A 2Q31A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BGBA 4BRMA 2G8VA 4CHNA 5F1XA 3MECA 2OPRA 4MO5A 2QA4N 3UKRB 1TUUA 4AHCA 3MK6A 3QNNA 2A42A 1RTDA 4GNIA 3CQ8A 2BE2A 1KQSM 3G10A 4TSXA 1VSFA 3THWB 3I0RA 3KWGA 4FJJA 3H3NO 1SUQA 4JI5K 1BQNA 4E1NA 3DXKB 1BG3A 4OX9K 3MEEA 4B9LA 3RTVA 3ENBA 4C1NK 2P9SA 2FBXA 1RT7A 3VGKA 4YFUA 3OYAA 2VWBA 3FZFA 3K5NA 4CJTA 3WNFA 1IKXA 1JLGA 1RFQA 1W7AA 3ZSYA 1BI4A 2IVNA 3L2UA 3OYKA 3J7AP 4Y0WA 4O8KA 1ZBFA 2FXUA 2QTDA 5AQNA 4J2AA 4K25A 2X74A 1DKGD 3VESA 3WXJA 4W5TA 2VWKA 1QQNA 3LDNA 4BR2A 3TAMA 4B3OA 4I9LA 3I33A 4LC9B 1T05A 2NRTA 5CE3A 1RTHA 3DRPA 4OPHA 3V1RA 1TUYA 4CJUA 4CJEA 4A59A 3EN9A 4GW6A 2Q2RA 5EOYA 1N8RO 1ZC6A 1IBKK 3TWHA 3C6UA 3Q7CA 3MN7A 5KPZA 2B4JA 1UA1A 2YHAA 1YTUA 3A5LC 1JJ2M 3ID6A 2DFHA 1QSSA 3QMLA 2B5JA 4DF4A 4EP4A 3DLKA 4CZLA 4H0TB 4H5TA 2QWPA 4CF9A 3L0QA 1VRUA 1VAZA 4DSFA 2PY5A 1JLCA 3LANA 1RTJA 4FYDA 3P83D 4FJNA 4DS5A 3T69A 1NJZA 3AVFA 5AQTA 5DMRA 1S1XA 2QKBA 1GLJO 3SUPA 3S3OA 4XH4A 1YXQA 2HHHK 4BWJA 2E20A 3ZT2A 4E7KA 2KZMA 4HWIA 3ZT0A 4AH9A 3THYA 4A62A 1NK9A 4KFBA 4J2EA 3MX2A 4EHTA 1RDBA 4BRLA 4M3XA 3AVNA 4DQPA 1FKPA 5GIOA 4HCCA 2ITGA 4CEFA 2O4GA 1Z05A 2P9KB 2D1KA 4CF0A 2QWMA 3O1WA 1ATNA 5EXWA 4DTRA 3SUNA 3IUCA 4CE9A 4DSKA 1ILYA 2ZJQL 4E7LA 1SV5A 2FF6A 5CR4A 1WBDA 2F9TA 4DWIA 1RGIA 4X62K 3RR8A 1HYVA 3AVMA 2F8TA 1IBMK 5IWAK 1NJXA 3I8BA 3O5BA 1TKTA 4ID1A 3SMSA 4NLBA 4DU3A 1B9FA 4JKHA 1VQ9N 4M3UA 4YOWA 3HO1A 4FJMA 1K6YA 3VQPA 1XNQK 1YAGA 4DSEA 2E6LA 4ZHRA 3MCAB 4BRAA 3SQ2A 3MN5A 1JL2A 5I3UA 1RBVA 3ZSOA 4IO9L 5J2MA 2ETJA 1XC9A 3HJFA 5CZ1A 1ESVA 1KC8O 1N6QA 3P1GA 4O5BA 3CJ9A 3ZLJA 1QTMA 3VEWA 3O80A 4A61A 4F4KA 2I5JA 4BDPA 3LL3A 3GE1A 3H1QA 1HYZA 4B3RK 3SBTA 3NDKA 3VQCA 1W2BM 1HJOA 4IG0A 4A57A 4PQUA 5F2RA 4H0YB 5LL6Z 3TAGA 4CJ3A 1QSYA 1OVQA 3RSEA 1Z26A 3D0PA 5JS1A 5JMVA 3HYFA 1BO5O 1U2VB 1C6VA 2P9IA 4FWMA 4JI4K 5CY4A 2FSNA 1KD1O 4ELVA 2HF4A 3KLEA 4I6MA 1EETA 1VQ8N 2BANA 1HNZK 2AJQA 4J2DA 1BISA 3ZX2A 4MLHA 3PX6A 3QEPA 3EKUA 3EE8A 3TSPA 1KVCA 3SQ1A 2O8CB 4DHYA 5KRSA 1KTQA 1QZ5A 2O8EB 1LWEA 2NRXA 3D6RA 1FK9A 5AZJA 1J53A 2WC9A 3VEVA 2HHQA 1DLOA 2H3GX 1RT1A 4E19A 3IMXA 3QIOA 3LZIA 3MCPA 4MDAA 3I55N 4JKGA 1G99A 2R7YA 5CZ2A 4CGDA 4CHQA 4M3TA 4O44A 1KAZA 3NBPA 2AP1A 4B1WB 3O4NA 1QS4A 2XY7A 2DY4A 5BREA 4CJKA 3C65A 4DSJA 1NJIO 2HNYA 4Z94A 4DV1K 3FR0A 2O8DA 4JK7A 4FSVA 3U9DA 4KHYA 2RPIA 4JI1K 3DXMA 2NUBA 1NMDA 1KFDA 4HUGA 1HKGA 4NYNA 2NRWA 3SMPA 1N5YA 4LH4A 1N32K 5M1KA 4DV0K 5HL7L 3VQAA 3NFAA 3ZSXA 3V9UA 1NGGA 2UUBK 3HM8A 4G1QA 4RW7A 5ADXA 3T1HK 2VWJA 2ZD1A 1LV5A 4KH6A 3DOLA 4F2SA 4BRFA 4GMJB 4M7YA 2OA8A 1WSHA 3EZ5A 5GADP 3NF6A 3EEQA 3IFRA 3TU5A 3MN9A 1JKHA 3QEIA 5DK5A 2YNIA 4RW9A 4M7XA 5FRNA 4BVOA 3TTCA 1BQMA 3AA2A 3CF5L 4DV5K 2OPSA 3PV8A 4DFPA 3NHGA 4E1JA 5AQMA 5EVZA 1I3AA 3NF8A 3TAPA 4FJ9A 1ZBSA 1XHXA 3OJSA 3SV4A 1NGEA 1BHLA 1LAWA 4M3WA 5BRHA 2ZF5O 2YNHA 4L8RB 4RG8A 4EP5A 3OA9A 2KLAA 4BWMA 1UOCA 4QCLA 3AY9A 3VOVA 3A5NC 3CI5A 3QFUA 1TL1A 5M1PA 4ZTJA 1OVYA 3LP2A 4ISGA 1T3VA 3ASMA 4JI0K 1WNSA 1C0FA 4JK8A 3VTIA 4CZKA 2QM1A 4KKOA 3M8QA 4FXDA 3O4WA 4O0JA 3UE5A 4OLAA 4BRDA 4M3RA 1RT6A 2P9PA 4H5RA 3V1QA 1TAUA 1HJRA 1CZBA 3VEYA 4U67L 4DFJA 2Z1HA 3CMAN 1KLNA 3SPYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VEX A;  4H5N A;  4MO4 A;  2QXL A;  4BGB A;  4BRM A;  1BA0 A;  1LOT B;  4J8F A;  3UKR A;  4EAH D;  5F1X A;  1HUX A;  1QZ6 A;  3ATU A;  4MO5 A;  4O5F A;  3UKR B;  1TUU A;  3ZEU A;  3MK6 A;  2A42 A;  4BRK A;  5AQP A;  2V7Z A;  4GNI A;  3ZEU B;  2GWJ A;  3ZET A;  4L3Q A;  3CIP A;  5LY3 A;  4FWL A;  3ZET B;  1U6Z A;  1WOQ A;  3DJC A;  2YHY A;  4FWP A;  3DXK A;  3H3N O;  4H0V B;  1KAY A;  4WQ5 C;  3WUH A;  3R9P A;  1EQY A;  3DXK B;  1BG3 A;  3BUZ B;  3H46 O;  3SJH A;  1K8K A;  4H0X B;  2P9S A;  1HKB A;  3H1V X;  4ISF A;  3VGK A;  4PKI A;  1K8K B;  2P9S B;  2VWB A;  3FZF A;  2Q36 A;  1SQK A;  4B1X B;  4YDU C;  5I9E B;  3CER A;  1RFQ A;  2FLO A;  3VF4 A;  2IVN A;  3VET A;  1NM1 A;  1Y64 A;  4HTL A;  5FPD A;  5AQW A;  4Y0W A;  4O8K A;  3BEX A;  2FXU A;  5AQN A;  4K25 A;  3VER A;  1BU6 O;  1DKG D;  4FO0 A;  4IJA A;  3VES A;  3WXJ A;  4BG9 A;  1QQO A;  3J8A A;  4BRQ A;  1QQN A;  3LDN A;  4JAX A;  4BR2 A;  4DB3 A;  2CH5 A;  2I7P A;  3FZK A;  4M63 C;  3EZW A;  3I33 A;  4CZF A;  3O6W A;  4LC9 B;  3GDQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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