3O4QA

Crystal structure of the rous associated virus integrase catalytic domain a182t in citrate buffer ph 6.2
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
145
structure length
136
Chain Sequence
LGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSFTSKSTREWLARWGIAHTTQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Dna binding protein
source organism Rous sarcoma virus
publication title A crystal structure of the catalytic core domain of an avian sarcoma and leukemia virus integrase suggests an alternate dimeric assembly.
pubmed doi rcsb
molecule keywords integrase
total genus 50
structure length 136
sequence length 145
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-07-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3o4qA00
2G8KA 3QEWA 3BDPA 1FXXA 1KFSA 4CF1A 3KLFA 4PY5A 4PA1A 4J2BA 2P1JA 1I39A 1MU2A 2HNDA 1LV5A 4FLXA 3TANA 3O4QA 4M42A 4IG3A 1RBSA 4CERA 1T03A 3VQQA 4GW6A 2WOMA 1HYZA 5KGXA 1CLQA 1WAJA 5E41A 4N41A 3U3YA 1NK9A 1ASVA 1RT2A 1VK0A 4CJPA 2F8TA 4FJHA 1VSHA 1B9FA 4RG8A 4OKEA 3QEIA 3AVLA 3PX4A 4RW4A 3SPZA 4Z4CA 1Q9YA 4ELVA 3U3GA 1KVBA 3D0PA 1DTTA 5J1EA 2OA8A 4O0IA 1QHTA 1HNIA 1XHZA 2X74A 3KD1E 4QAGA 4KHUA 3NHGA 1L5UA 2HNYA 1HYSA 1RTDA 3LWMA 2O4IA 4B9NA 1CXUA 3PX6A 2X78A 3ZT3A 4GVMA 1BI4B 2YKMA 1NJWA 1TVRA 3DLHA 3VQAA 3OS2A 1XWLA 3VQ7A 3SQ0A 3TABA 1T7PA 5KRSA 1LWEA 2KFNA 3NH1A 1D5AA 4G1QA 3IAYA 4E1MA 1JLBA 2XRIA 3S3OA 1S1TA 3LALA 4N56A 3AO5A 1EXQA 1RDAA 4CEEA 4DU3A 2YNHA 4KPYA 4ICLA 1ASWA 1NK7A 3CM5A 4ZHRA 3TWHA 3HO1A 1BGXT 4LH4A 3RMDA 1J5OA 3M8QA 4DLGA 1NK4A 4DSLA 1BI4A 3SNNA 3HK2A 3HP9A 3ITHA 4EZ9A 2XY7A 5HP1A 3AA3A 1A5WA 1ITGA 2ATQA 1U48A 4Q0BA 1IO2A 3TR8A 3VQCA 1W9HA 2IOCA 3B6OA 4KKOA 1X9WA 3DM2A 3RWUA 4PUOA 1WN7A 3ZT0A 4C8MA 4CF8A 3DLKA 4CJ4A 2ZQBA 2XY5A 4FK2A 4DFJA 3TAEA 4CJLA 4DSFA 1DTQA 2W42A 3S3MA 3T19A 2D5RA 1RT4A 4FJ7A 1TL3A 3NE6A 2ZD1A 4CEBA 3OY9A 3HM9A 3KK3A 3O3HA 4FLZA 3T1AA 4H4MA 3OYAA 4IDKA 3QERA 1X9MA 3L2RA 2OPRA 4OPKA 4E7JA 3OYHA 1RT1A 1JKHA 3ALYA 3KD5E 4I2QA 1RCHA 2YHBA 3OYBA 4CEZA 3ZSOA 3U6FA 4PWDA 4DTOA 2FBXA 4DTRA 4KAZA 3G0ZA 2YNIA 5EU7A 3HPGA 4FJXA 4E0DA 3DLRA 1BHLA 4CHPA 3PV8A 1IKWA 4CEQA 1B9DA 5J2MA 3LP0A 1RTIA 4W5QA 3KK2A 5C42A 1ZBIA 3HPOA 1S6PA 3M8SA 4CJEA 3G10A 1WSEA 4N76A 1C6VA 3VQPA 3HYFA 3DOKA 3QNNA 1NK6A 4DF4A 3QIOA 4IG0A 1UA0A 1YTUA 3PUFA 3DYAA 1C1BA 3LP2A 4EP5A 1GOCA 1VRTA 1RTHA 2Z1JA 4AHUA 2EHGA 4HUGA 3AV9A 2D0CA 3T3FA 3PO4A 3LAMA 4Z4IA 5CYMA 1U4BA 3H08A 2FBYA 3V1QA 3TAQA 1KLMA 1NK0A 1JLAA 4O44A 4C8LA 1TKZA 4DWIA 4FK4A 3SQ4A 3HJFA 4NCGA 2IS3A 4F2SA 4NYNA 1K6YA 3E01A 4PQUA 4I2PA 4CJTA 5HRRA 3KLIA 3CM6A 3L2QA 1BCMA 3MEDA 4CIFA 1S1WA 3ZT2A 1R0AA 4FJ8A 4CECA 4M3WA 2KFZA 2P51A 4HTUA 1KVCA 3SYZA 3AO2A 4B8AB 4E19A 3C94A 5FDLA 4OKJA 4KB0A 1C1AA 1N5YA 4XIUA 4Z4EA 4OGEA 4CK3A 2G8WA 3ZSYA 3O3GA 4LH5A 4CK1A 3EYZA 2VG6A 4WE1A 2HMIA 1NKCA 1VSLA 4O0JA 5JS2A 1Q8IA 3ZSWA 3AVCA 4FW2A 4KTWA 1GOAA 1RTJA 3B6PA 3OYMA 4H8KA 1S9EA 4M3RA 3RMAA 3S9HA 3SI6A 1TV6A 2YHAA 4AH9A 4DQQA 1ZBUA 4KI4A 3IG1A 4CJUA 3NDKA 3LP1A 3SUQA 5KI6A 2Y1JA 1HMVA 1TAUA 4AHSA 4CF2A 4JS5A 2HHUA 1S1XA 1G15A 3OYDA 1LAVA 3TARA 4AHTA 2B4JA 1BISA 3ZT4A 2P5GA 4KHSA 1LW0A 3KKRA 4R5PA 3QNOA 5HRPA 4B9UA 4O5BA 4HHTA 3K57A 4DQSA 4KHNA 1L3TA 4CFAA 4FJNA 1N6QA 4Z4GA 4RW9A 2FC0A 4O55A 4E7KA 4QCLA 4BDPA 1JLQA 3K58A 2A1RA 1SUQA 2OPQA 1IKXA 2X6NA 4BWMA 3KLHA 4YNQA 3RTVA 5I3UA 3M8RA 1NOZA 1VRUA 4DFPA 4Z4FA 2Z1IA 2IGIA 3MEEA 5DK5A 4BE2A 4FLUA 4BACA 2E6LA 1CZBA 2GUIA 3OS1A 4E7IA 2HHQA 4AHRA 1WNSA 1NOYA 4J2EA 4B9MA 4K8XA 3K5OA 4I7FA 4FJLA 4M3YA 4RW6A 5I42A 4DSIA 5HROA 1IG9A 4QOZB 1C1CA 3CYMA 3LPTA 3DRPA 3KIOA 3KJVA 4CESA 4OJRA 5C25A 4DTXA 4DS4A 1ZYQA 1BQNA 1TKDA 4RW8A 4CFDA 1L3VA 1D9FA 1D9DA 4NCAA 4DSEA 1NK5A 2HVIA 3LAKA 5CZ2A 4UQGA 1FKOA 3O3FA 4FLWA 4DF8A 4KHQA 5DMRA 3V9XA 3OJUA 1HNVA 1VSFA 1NK8A 3LP3A 1QSLA 1JXBA 1QE1A 1SL0A 4DTNA 2X6SA 1UAXA 2VG7A 2DFFA 2Z1GA 3AVBA 3VQ9A 3L2VA 3AVKA 3ZCMA 3DI6A 3I0SA 4HUFA 2B5JA 2ZE2A 1NKBA 3HP6A 4DQPA 3L3UA 3VA3A 3HXMA 4AHVA 2O4GA 4E3SA 3RRHA 4F3OA 2I5JA 3KLEA 3KLGA 3VQ5A 3PO5A 4F2RA 5JS1A 5CY4A 3OS0A 4FM2A 3HT3A 2OYQA 4NYFA 4DTJA 4CE9A 2QKBA 1BL3A 2NUBA 2YKNA 4LY7A 3CFRA 2Q3SA 3QEVA 3OYCA 3SUOA 1U47A 4C8KA 4CHOA 4W5RA 4FCYA 1IH7A 5C24A 3OYLA 3MAQA 1J54A 1S9GA 1ZBFA 3CG7A 4DQRA 3QEXA 3WNFA 4KRFA 4KB1A 3AO4A 3HL8A 2HHWA 3ZSVA 4JRPA 2FBTA 1KSPA 3OYEA 4K8ZA 1RBUA 3C95A 1J53A 3OYKA 4ID5A 4CIEA 2QKKA 4CEDA 2YV0X 4CFCA 3TAMA 4LSLA 3V6DA 4OLBA 3L3VA 4IFVA 1S1UA 2RN2A 3DLEA 4B08A 4CF9A 3I8DA 4E7LA 1RT7A 4CGDA 4FZXC 3ZSRA 4LSNA 2F96A 4M3XA 3QLHA 1LAWA 4YFUA 4Z4HA 4CJQA 2G8UA 1NKEA 2RKIA 4F3TA 4KI6A 4HCBA 3SUPA 1T8EA 1KLNA 1EKEA 4CIGA 3LPUA 1YTAA 2RF2A 3DRSA 2HHXA 4Y1DA 4KO0A 2D0AA 4CJSA 3NF8A 5J2NA 3OJSA 2VG5A 4LD0A 3AA4A 4E89A 3V4IA 4DMNA 2VWKA 4B9SA 2OPPA 4M3TA 3SZ2A 3ISNC 2YNFA 3OYJA 3A2FA 4J2DA 2OZMA 2DFEA 3QESA 2KZMA 1SL1A 4ZTFA 4CEAA 3C6UA 1A5VA 1RBVA 3SPYA 4I9QA 4FLYA 1CZ9A 2PYLA 5K14A 3DLBA 1RDBA 4E7HA 5FRMA 4B9TA 1C0UA 3P1GA 1HPZA 2JLEA 1SKWA 4W5OA 4HUEA 3TAFA 1LWCA 3NF7A 5J2QA 1U45A 3ASMA 3K5LA 3NGIA 3NF9A 4CGIA 1RILA 4KFBA 4CF0A 1JLCA 3AA5X 2QK9A 1HQEA 1RT3A 3VQ6A 4IBNA 3TAGA 3QIPA 3MXJA 4C8NA 3F73A 1XHXA 4FJKA 5HRNA 1NJYA 3UIQA 5CZ1A 5SWMA 4N47A 4CJ5A 4B8CA 2LSNA 1X9SA 3QINA 4CGFA 2G8IA 4ID1A 5HLFA 4CHZA 3KK1A 4IKFA 3SQ2A 1ZBHA 3OYGA 4N5SA 4CHYA 1ASUA 3L2WA 4DTMA 4DTUA 1EX4A 4DS5A 2PZSA 1RDCA 1EP4A 1A5XA 3AVIA 3NGYA 4JS4A 4FLTA 2F8SA 5J2PA 3HPHA 1VSJA 3AVHA 4GMJB 3VQ8A 3NF6A 4B3OA 4KHYA 1JL2A 1NJXA 3RR7A 1KVAA 1JL1A 3DOLA 3CFPA 1TAQA 2RPIA 4IFYA 4HCCA 3DRRA 3V9ZA 4J2AA 1LW2A 3RR8A 4FXDA 1BQMA 1WSFA 4KHWA 2JGUA 4I9LA 3K5MA 4DSKA 3V9UA 4FJIA 1S1VA 3NCIA 1WAFA 5HRSA 3OYNA 3M8PA 4Z0UA 3SJJA 1QSSA 4CEFA 4EP4A 3V1OA 3PX0A 3QO9A 2IDOA 3VA0A 1TK8A 5FRNA 2Y1IA 1SV5A 1HRHA 3V9SA 1U04A 4OPJA 1Y97A 1D8YA 2Z1HA 3AVAA 4W5NA 1YT3A 1XI1A 3RMBA 4KREA 2HHSA 4ELUA 4ELTA 4F4KA 3S3NA 1B92A 3HVRA 4M3ZA 3QEPA 1Z25A 2YNGA 4DU1A 1L3SA 1ZBLA 1O1WA 2BE2A 3P83D 4TSXA 3DMJA 3WNHA 2VWJA 3LZJA 4FW1A 3NH2A 1C0MA 2A1SA 3OYIA 4DFMA 4FJ9A 2KTQA 3KTQA 1BIUA 1JXEA 1S6QA 2R7YA 1KFDA 4AHCA 5KRTA 2WONA 3BGRA 2E6MA 2XHBA 4CGGA 4B9VA 4MFBA 2OPSA 4FM1A 4C8OA 4KTQA 2HHVA 1HJRA 2XO7A 3EZ5A 4DLEA 2GBZA 3K2PA 4CHNA 1TK0A 4CGHA 3OYFA 3HSTB 5SZTA 1TKXA 4CJ3A 1NJZA 3ULDA 4FZYA 3CQ8A 3NGZA 3RMCA 4HVJA 3SUNA 4FYDA 1FK9A 4DTPA 2EX3A 4MQ3A 4M45A 2DFHA 4KV8A 1Z26A 1SL2A 2IC3A 2QXFA 5KGWA 1KTQA 2B6AA 2PYJA 4CCHA 1WSHA 2PY5A 4FJGA 2AJQA 1QQCA 2BDPA 2OZSA 1L3UA 4Y1CA 1DLOA 3QETA 3MXIA 1EETA 3WNEA 2HVHA 3CFOA 3MEGA 1QS4A 1T05A 4O4GA 4ZTJA 1UA1A 3VQEA 2BANA 5HBMA 1J9AA 5T7BA 3KKSA 3VQ4A 3OVNA 3PY8A 4BDYA 3NFAA 1JLGA 1CXQA 1TL1A 4EZ6A 3TI0A 1HYVA 3F9KA 1TK5A 1FKPA 4BE0A 2P5OA 3VQDA 4CEOA 1BCOA 3JSMA 1YVUA 4FZZA 4CGJA 3AA2A 3LZIA 3ZSZA 1IKVA 2ITGA 3THVA 2BGGA 1VSKA 3C6TA 3SQ1A 1S5JA 4CJRA 4CHQA 1X1PA 4DSJA 4JLHA 1KRPA 4CJKA 3FFIA 3K5NA 1Q9XA 4E1NA 4AILC 4JRQA 1RBTA 3AO3A 2DTUA 1LWFA 3WNGA 3AVFA 4W5TA 2G8VA 2DY4A 4DFKA 3EY1A 1F21A 3IS9A 5KTQA 2E4LA 1XC9A 1UOCA 1VSIA 3LANA 4FLVA 2D0BA 1RDDA 3AVJA 3RRGA 3HVTA 4OLAA 4M41A 4RW7A 4CJVA 3NH0A 1SKSA 3L8BA 4Q5VA 3NBPA 1QSYA 4FJMA 3TAPA 2FBVA 3AO1A 4FVMA 3ZSXA 4BDZA 3SCXA 1SKRA 2HW3A 5FROA 4M3UA 1QTMA 4DQIA 1REVA 1KCFA 3MECA 1WSIA 3AVGA 3V9WA 1VSDA 1JLFA 3MXMA 4FJJA 1TGOA 4FM0A 1WLJA 1I3AA 4FK0A 5D3GA 1HQUA 1IKYA 1WSGA 3LDSA 1BIZA 1GOBA 1VSMA 3ZT1A 3P5JA 4FJ5A 1RBRA 1RNHA 3I0RA 4OVLA 4KTZA 5CYQA 2KW4A 3SV3A 4DU4A 2G8HA 2GV9A 4B9LA 4L8RB 2HHTA 1JLEA 4OGCA 4CJFA 1TKTA 2ETJA 3V1RA 3D45A 2XY8A 3ZSQA 4BE1A 4DTSA 3LWLA 2G8FA 4CJWA 4F8RA 4DG1A 4BWJA 3AVMA 3VQBA 3L2UA 3NAEA 2KZZA 4CFBA 2HNZA 3AVNA 1WSJA 1VSEA 1RT6A 3DLGA 3IRXA 2HB5A 3SV4A 2IAJA 1UWBA 2KQ2A 4H4OA 1U49A 3JYTA 2XY6A 1C0TA 4OKKA 4NCBA 3V81A 1W0HA 1RT5A 3O4NA 4CK2A 3VN5A 3K59A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2G8KA 3QEWA 3BDPA 1FXXA 3OBWA 3O9RA 4JKAA 3O4QA 1RBSA 4CERA 3VQQA 3J81O 3VEYA 3CC7N 4RTFD 4NO7A 1E3MA 1QQMA 1RT2A 1TUUA 3Q7BA 2QWMA 4OKEA 3PX4A 4ILGB 5CE3A 4JK9A 4JI3K 3MN9A 4O0IA 1QHTA 3PSFA 1Q86O 3HRGA 3U9DA 1NGCA 4KHUA 3NHGA 2YJFA 2X78A 4GVMA 2OANA 4B3SK 3H3NO 1XWLA 3UE5A 3VQ7A 1T7PA 4CZHA 4EAHD 3K9KA 3NH1A 3IAYA 4LF9K 2XRIA 1S1TA 1EXQA 4CEEA 2YNHA 3CJBA 4BRCA 4YOWA 4KPYA 4DV2K 4Z94A 1NK4A 3DXKA 3HK2A 3HP9A 2IVNA 2ATQA 4Q0BA 3RSEB 3O9UA 1W9HA 3VQCA 1X9WA 3O5BA 4YORA 5H1SQ 4DSFA 3RVCA 2W42A 1Z05A 2Q31A 2ZD1A 3OY9A 3KK3A 1YI2N 4CZMA 3C0BA 1X9MA 2OPRA 3SBTA 1YAGA 2QWQA 3R6MA 4BR9A 4B3TK 2FBXA 3G0ZA 2YNIA 4E0DA 1E4GT 5AJ3K 3EN9A 3PV8A 4CEQA 2BUPA 5J2MA 1BO5O 1RTIA 3KK2A 4JI8K 3FZHA 5C42A 5AQMA 3HPOA 1WSEA 1C6VA 1NK6A 1U6ZA 2F7TA 4EP5A 1RTHA 4BG8A 4AHUA 2EHGA 3ATVA 3H08A 1XMOK 2W40A 1TYQA 1KLMA 1NK0A 4O44A 3HJFA 4NCGA 2IS3A 1K6YA 5A2QO 5AZJA 2WC9A 5HRRA 4YOYA 3L2QA 1HUXA 4B1VA 4XH1A 1KVCA 3SYZA 3AO2A 4B8AB 4LF8K 4OKJA 5IT9O 1OVYA 1NKCA 3O8MA 5JS2A 3AVCA 4CBUA 1GOAA 1RTJA 4M3RA 1S9EA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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