3O4QA

Crystal structure of the rous associated virus integrase catalytic domain a182t in citrate buffer ph 6.2
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
145
structure length
136
Chain Sequence
LGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSFTSKSTREWLARWGIAHTTQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords integrase
publication title A crystal structure of the catalytic core domain of an avian sarcoma and leukemia virus integrase suggests an alternate dimeric assembly.
pubmed doi rcsb
source organism Rous sarcoma virus
molecule tags Dna binding protein
total genus 50
structure length 136
sequence length 145
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-07-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3o4qA00
2OZMA 2JLEA 3AVLA 1QQCA 4RW8A 1SKSA 4AHCA 2QKKA 3NFAA 2X78A 3KLIA 3OYAA 4DFKA 4DTRA 1X9MA 4BDPA 4F3OA 3SUQA 1S5JA 3TAPA 1RTDA 1ASUA 3U3YA 3AVNA 4ZHRA 1UA1A 3KKRA 1S1UA 4DS5A 1RBSA 3ZSVA 4DSKA 3NGIA 5HLFA 1S6PA 4C8OA 2E4LA 4M3YA 4B9NA 1T8EA 1BCMA 1RT1A 3T3FA 3V1OA 4KHUA 2XY7A 2RKIA 1C0TA 1S1TA 1VSEA 2GV9A 1XC9A 1DTTA 2OPPA 1VRTA 4HUFA 3HT3A 4KHSA 4FW2A 1HRHA 1VSMA 1KLNA 1EX4A 4QOZB 3AA5X 3LP3A 4DSJA 3O4QA 1LWCA 1REVA 3AO3A 3AVAA 1JL1A 4FJXA 2W42A 2XY6A 1WSIA 2O4IA 3HP9A 4DSEA 3F9KA 4OJRA 3C6TA 4CEEA 4CIFA 3AVMA 4BE1A 4DTOA 1IG9A 3DLEA 3DOLA 3V1RA 4F8RA 4C8MA 1A5VA 3C95A 2RPIA 3VQ8A 2IGIA 3ISNC 4CJ4A 1X9SA 5CYMA 1J53A 1QHTA 1T03A 3VQCA 1LAWA 2EHGA 1CXUA 3AVHA 4AH9A 4CEAA 4NCAA 1ZBHA 4NYFA 2EX3A 4FZZA 3LAKA 1TKTA 4OKJA 4DTNA 3OYBA 1IKYA 4DTMA 1ASVA 3VA3A 4RW4A 2X74A 3V9SA 3ZT4A 4M3UA 1J5OA 4I9LA 3S3NA 1VSLA 3V81A 2Y1JA 1RNHA 4CGGA 4F2RA 1TL1A 1JLAA 3MEDA 5CZ1A 1T7PA 1BQNA 2O4GA 2YNFA 3L3VA 4ELTA 2ATQA 3P83D 4DQSA 4CEZA 4FJMA 4M45A 3L8BA 5FRNA 4KPYA 3HVRA 2Q3SA 3DRPA 4UQGA 2VWJA 4BDZA 4CF0A 3VQEA 3K59A 4Z4IA 3SV4A 3HPGA 3RMCA 4W5OA 2G8HA 2BANA 1RT7A 5C42A 4Z4EA 1RT5A 2D0CA 5DMRA 4N76A 4CJVA 4GVMA 3OYKA 4C8KA 1WLJA 1C1BA 3M8PA 4CJQA 2YV0X 1TAQA 2OPQA 3QO9A 4BE2A 1FKPA 4FVMA 3ZSRA 4FLVA 1I39A 4JRQA 5HROA 4DSLA 3MXIA 3V9WA 4F4KA 3EZ5A 4CESA 3L2RA 2PZSA 4PQUA 3AO5A 5FROA 2RN2A 3CFOA 4M3XA 3WNGA 4O0JA 4KRFA 1HPZA 3M8QA 3HP6A 1QSSA 3PX4A 3VQAA 2G8IA 1VK0A 2Z1HA 3NBPA 4CJFA 1RDDA 3SPYA 4DS4A 1HQUA 3MAQA 5C25A 4OLAA 4I2QA 4IFYA 4KHQA 4CIEA 1IH7A 4FJ8A 3SCXA 3H08A 1BI4A 3QEVA 4DQRA 4K8XA 2HB5A 2HHSA 2D0AA 5KGWA 4CEFA 3LZJA 4JRPA 1UAXA 3P1GA 4CJSA 1RDBA 5JS1A 3VQDA 2KQ2A 4XIUA 3IG1A 1WSHA 5CYQA 3K5NA 4E7IA 5J2NA 3SQ1A 1VSDA 3IS9A 3D45A 4FZXC 5FDLA 1L3UA 1VSFA 4DF8A 4CEBA 1HYSA 1JLQA 1U48A 3VQPA 4DTXA 2B5JA 1Y97A 4IFVA 1CZBA 3QIPA 3OJUA 3L2VA 4DU1A 1NJWA 3G0ZA 1BIUA 4KFBA 3DLBA 4PWDA 2P5OA 1JLGA 3CG7A 4JS4A 1JXBA 2FBXA 3B6OA 1FXXA 1B9DA 4L8RB 2RF2A 1G15A 3RRHA 3AA3A 1XHZA 5JS2A 4YNQA 4FJKA 1QS4A 3NF7A 1TKXA 3KKSA 1WSFA 1Q9YA 2ZD1A 4FJHA 2HHXA 1RDAA 3O3FA 3AVJA 4CF8A 1KVCA 3AA4A 3TAFA 1B9FA 4B9MA 2Z1JA 2F8TA 4KI4A 2DFEA 1N5YA 1Q9XA 2HHQA 3TAQA 3K58A 1RTJA 3VQ6A 1UWBA 4DMNA 1YT3A 3JYTA 1DTQA 1ZYQA 4CCHA 1NK5A 4KHWA 3WNFA 4E1NA 3OYIA 1CZ9A 1U45A 3RWUA 1N6QA 1NK8A 4CERA 4O0IA 1HNVA 4E89A 3KJVA 3NH2A 3QERA 3PX6A 4E19A 3NH0A 1SL0A 3SQ0A 4ICLA 1WSGA 5DK5A 1RBUA 1HNIA 4OKEA 2VG5A 3CQ8A 3QETA 1IO2A 1HQEA 1S9GA 4OPKA 4DQQA 4OGCA 4PA1A 4HVJA 4M3ZA 1RT2A 5K14A 4CGJA 4N56A 3V6DA 1S1XA 3RRGA 3K5MA 4FM0A 1U4BA 3HO1A 2DTUA 4LY7A 3SUNA 2XY5A 3O3HA 3HM9A 1B92A 3HL8A 4CFDA 4BACA 3SV3A 3NGYA 3S3OA 2QKBA 3KLHA 4CFCA 5KRTA 3D0PA 1NKBA 3TAEA 2HMIA 4O55A 2DY4A 2G8UA 3TAGA 2AJQA 3SNNA 4CIGA 2G8FA 3C94A 1SKRA 3F73A 4KKOA 4M42A 1TL3A 2KZMA 1LWFA 2PYLA 4DSIA 3DOKA 3E01A 3OYMA 4CGDA 1VRUA 4NCGA 3RMBA 3HXMA 4DWIA 3L2WA 4M3RA 4FK0A 3QEIA 4FJ9A 3CM5A 1LW0A 2B6AA 2B4JA 3SJJA 4K8ZA 4KTZA 5CZ2A 4OVLA 3NGZA 3NCIA 1LAVA 2FBYA 1WSJA 3V1QA 1UOCA 3ZCMA 3ITHA 3QEWA 1JLEA 4DF4A 3BGRA 3HK2A 4CHYA 5HBMA 5KRSA 1L3TA 2KZZA 1YVUA 4KI6A 2KFZA 3MECA 3NE6A 2FC0A 3L2UA 3QEXA 4HUEA 4CF9A 4O4GA 1GOBA 3AA2A 3S9HA 3LZIA 1SKWA 1SV5A 2NUBA 3K57A 4LSLA 3T1AA 1UA0A 4CJUA 3K5LA 4QAGA 1RBVA 3HVTA 2A1SA 3WNEA 1TK0A 3OYDA 4B9LA 1WN7A 3QNOA 2HNDA 2IOCA 4FCYA 3U3GA 1JLBA 3WNHA 1HJRA 3VQ5A 1TAUA 5T7BA 4B9SA 1FK9A 1W9HA 2LSNA 4C8NA 1C6VA 4H8KA 2P5GA 4CK1A 4I7FA 2XO7A 4CJ5A 1C0MA 3DLKA 4C8LA 4KTQA 1F21A 1A5WA 1SUQA 3HJFA 3OYCA 3OY9A 2XHBA 4FJNA 2ZQBA 3AVBA 5HRPA 1TVRA 3QNNA 1U49A 3A2FA 4B08A 4NCBA 3EY1A 3QESA 1SL1A 3RMDA 1K6YA 2QK9A 4W5QA 1JXEA 1RTHA 1NOZA 2DFFA 2X6SA 3LALA 3ZSZA 5HRNA 3L2QA 3VA0A 1EETA 3NDKA 3OYNA 3KK1A 3VQ9A 5C24A 4QCLA 4CE9A 4CJEA 4ELUA 4KHNA 5D3GA 2KFNA 3AVFA 4E0DA 4HUGA 1JLFA 4JS5A 3SPZA 1L3SA 4GMJB 1D5AA 1BGXT 1NK6A 1NOYA 3P5JA 4LH5A 2JGUA 3DM2A 4OGEA 3LDSA 1SL2A 2BDPA 2YHAA 1YTUA 1IKVA 2A1RA 1RT3A 1S1WA 3KK3A 2OPRA 1RCHA 3ZSYA 1L5UA 3DI6A 3AVGA 4FLYA 4I2PA 3L3UA 1XI1A 2FBVA 1NK9A 1EXQA 4O44A 3SUOA 4E3SA 5CY4A 2BGGA 1HYZA 4DTJA 1NJZA 1HMVA 1Z25A 1CXQA 2GBZA 4CHPA 1U04A 3K2PA 3MXJA 4CJKA 4E7HA 1S6QA 1VSKA 4CHQA 3OS1A 4MFBA 2GUIA 3VQ4A 4CFBA 1X1PA 4ID1A 4CJ3A 4DU4A 2F96A 3TWHA 4FLZA 3AV9A 3O3GA 4DLGA 3OYJA 1ITGA 3VQ7A 1QSLA 4B9TA 1KFDA 5FRMA 2I5JA 3DRSA 3HPHA 3OJSA 1ZBLA 3BDPA 4B9UA 4AHVA 4CF2A 4F3TA 4M41A 3V9ZA 1RBTA 3B6PA 1ZBUA 1BISA 4DTUA 3I8DA 4PY5A 4Z0UA 4AHRA 4O5BA 5E41A 2IC3A 2YHBA 2D5RA 4R5PA 1RT6A 4Y1CA 5SWMA 4DQIA 4KHYA 3NAEA 4DSFA 3LANA 5KTQA 3SI6A 4FZYA 4J2BA 1D8YA 4WE1A 1NKEA 3QIOA 3DYAA 4FLXA 1NKCA 1C1AA 2E6MA 4RW6A 1T05A 3TR8A 2PYJA 4W5NA 1VSHA 5I42A 3CFRA 3MXMA 3RR7A 4CK3A 3PY8A 3DLRA 1RDCA 2FBTA 4AHSA 4E7JA 4DG1A 4DLEA 1BI4B 3OYEA 3ULDA 2HNZA 4CFAA 1R0AA 2HNYA 1VSJA 3AVIA 3KLGA 3AVCA 4CJPA 4N5SA 1I3AA 4FLTA 1NK4A 4J2DA 4FJ7A 3DLHA 1U47A 2E6LA 3LP1A 4CJWA 3M8RA 5J2PA 4ZTJA 3PO4A 4AHUA 4HCBA 4DFPA 1EP4A 4CHNA 3KLEA 4ELVA 4HCCA 4I9QA 4FJ5A 4B3OA 1TKDA 1L3VA 2HW3A 1TK8A 3DRRA 4W5TA 4CEOA 3ZSWA 4KTWA 3C6UA 5SZTA 3I0RA 4ID5A 4CHZA 3EYZA 4HTUA 4DU3A 3SQ2A 5HRRA 4B9VA 1DLOA 1RILA 4G1QA 3RTVA 3QLHA 3RR8A 1D9DA 3KD5E 1GOCA 4E7LA 1XWLA 3T19A 2HVIA 4E1MA 2YNIA 3V9UA 3SQ4A 2QXFA 3LP0A 2IAJA 4B8AB 2YNGA 1QE1A 2Z1IA 1D9FA 2OYQA 3ZSXA 1ASWA 1WNSA 3OVNA 5KI6A 4H4MA 3KK2A 4IKFA 2Z1GA 1JLCA 4IG0A 2P51A 4FXDA 4W5RA 3LWLA 2YNHA 2VWKA 4KO0A 3OYGA 1QSYA 4FYDA 4LH4A 1LW2A 2WOMA 3RMAA 4ZTFA 3FFIA 1KSPA 4FM1A 3S3MA 1RTIA 2BE2A 1BIZA 1IKWA 1GOAA 3K5OA 3ZT1A 4CJLA 4Q5VA 3MEGA 4Z4CA 3SUPA 4RW7A 4Y1DA 3TANA 1BQMA 1S9EA 4KREA 1TV6A 3QEPA 3THVA 1NJXA 1CLQA 4Z4HA 3QINA 3DLGA 2IS3A 1NK7A 3LAMA 3KD1E 4CK2A 4H4OA 4OPJA 4FW1A 1VSIA 4N47A 3ALYA 2ITGA 3ZSQA 4HHTA 1BHLA 3PV8A 1QTMA 4Z4FA 4IBNA 3UIQA 1C0UA 3ZT2A 1C1CA 4B8CA 4JLHA 1Z26A 4CECA 3V9XA 3IAYA 2YKNA 3VQBA 1X9WA 4M3TA 4CJRA 4FM2A 2G8WA 4IDKA 4EP5A 3KLFA 2DFHA 4KB0A 3I0SA 3KTQA 4CGHA 3TI0A 4TSXA 3OYFA 4FLWA 4FJGA 4KV8A 2WONA 4PUOA 1ZBIA 3ASMA 4NYNA 4LSNA 1A5XA 2VG7A 5HRSA 5J2MA 4RG8A 3TABA 1BL3A 3PO5A 2OZSA 2VG6A 4CJTA 5HP1A 2HHWA 3CYMA 1WAJA 3U6FA 3CFPA 4IG3A 3VN5A 1W0HA 4BDYA 1JL2A 4N41A 4DTPA 1KTQA 3DMJA 4YFUA 3PUFA 4EP4A 3SYZA 2G8VA 1KRPA 4CHOA 3LPUA 3OYHA 2HHTA 4BE0A 1TK5A 4J2AA 1HYVA 2F8SA 4AHTA 4F2SA 1RBRA 2YKMA 2D0BA 3MEEA 1IKXA 4CGIA 2HHVA 2XY8A 3PX0A 3HPOA 1RT4A 5KGXA 4OKKA 1TKZA 3AO2A 1O1WA 5J1EA 4CGFA 4EZ6A 1LV5A 4DFJA 3VQQA 4LD0A 3ZSOA 3LP2A 1YTAA 4KAZA 2HVHA 3OS2A 1NJYA 2OPSA 2ZE2A 3G10A 4CEDA 3OS0A 1EKEA 1KVAA 3ZT3A 4Q0BA 1KFSA 4FJJA 3ZT0A 4FJIA 3TARA 3LWMA 4GW6A 3M8SA 1JKHA 3AO4A 4MQ3A 4AILC 1XHXA 2G8KA 4FK4A 2KTQA 2XRIA 4BWJA 3IRXA 4CEQA 4M3WA 1WSEA 5J2QA 4DFMA 1LWEA 2IDOA 1KVBA 3NH1A 2HHUA 3SZ2A 5I3UA 3CM6A 3O4NA 1MU2A 1Q8IA 1TGOA 3NF8A 2R7YA 3NF9A 1FKOA 1NK0A 1KLMA 4OLBA 3NHGA 4Z4GA 4FJLA 2P1JA 1J54A 3AO1A 2Y1IA 3KIOA 4CF1A 2X6NA 4FLUA 1ZBFA 3LPTA 4E7KA 4J2EA 4KB1A 1S1VA 3TAMA 3JSMA 5EU7A 4BWMA 1BCOA 4FK2A 1KCFA 2ETJA 3HSTB 4DTSA 2KW4A 3V4IA 2OA8A 1J9AA 3OYLA 2PY5A 4EZ9A 3NF6A 1WAFA 4DQPA 3HYFA 3AVKA 4RW9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RW8A 3D2EA 3KLIA 4DTRA 1X9MA 4BDPA 4BQZA 4F3OA 1S5JA 4EFHA 4ZHRA 2OTJN 3WQUA 3KWGA 1HKBA 3RSEA 3ZEUA 1HKCA 3NGIA 4DSKA 2E8AA 5IT9O 1BCMA 4FPBA 4KHUA 2XY7A 1S1TA 4JAXA 2A41A 5AQUA 5LY3A 4GV9A 5AJ3K 2OPPA 2E5LK 3SMPA 3AA5X 2FF3B 3O9TA 1IJJA 3AVAA 1JL1A 1GLLO 1WSIA 3HP9A 4X64K 4OJRA 4CEEA 4CIFA 3AVMA 1HKGA 4F8RA 3C95A 4DR7K 1X9SA 3ISNC 4X66K 1OH7A 4AH9A 4FZZA 3ENHA 4DTNA 3OYBA 1IKYA 1ASVA 3VA3A 4RW4A 5BN8A 2HBMA 2X74A 3V9SA 3ZT4A 2PBDA 5BPNA 1XUPO 3F2KA 4X65K 4ELTA 1BQNA 2O4GA 3CJCA 3L3VA 2D4WA 3U9DA 1N32K 4M45A 3AARA 3L8BA 4A5BA 3GL1A 4CF0A 3K59A 4JEPA 4YOUA 1RT5A 4FWOA 3C0BA 3TSPA 1TAQA 1FKPA 4JRQA 5HROA 1GLDG 4F4KA 3V9WA 2P9SA 3L2RA 2PZSA 4PQUA 4M3XA 3OBYA 3WNGA 3PSFA 4O0JA 3HP6A 3VQAA 3Q7BA 4CJFA 3CMAN 2VQEK 3GG4A 5C25A 1BA0A 4IFYA 4R79A 4FJ8A 2HHSA 5KGWA 5JS1A 1RDBA 2KQ2A 3M5RA 4FZXC 1VSDA 5AZJB 3RVCA 1L3UA 4CEBA 1JLQA 3VEXA 1BIUA 5B8HA 1KD1O 4B3MK 3B6OA 2FBXA 1FXXA 2RF2A 1G15A 1M90O 4FJKA 1QS4A 3MCAB 2HHXA 2ZD1A 4B3RK 3AVJA 4JI2K 3CC2N 1ZBSA 4B9MA 2Z1JA 2F8TA 2DFEA 3CERA 1N5YA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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