3I56N

Co-crystal structure of triacetyloleandomcyin bound to the large ribosomal subunit
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 50S ribosomal protein L2P
publication title Structures of triacetyloleandomycin and mycalamide A bind to the large ribosomal subunit of Haloarcula marismortui.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome/antibiotic
total genus 45
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3i56N00
5DM6L 3CCVN 1VQLN 1NJIO 3CCQN 4WCEL 3PIPL 4WFAL 1YJNN 1K9MO 3G6EN 3CCLN 4UY8O 5H1SQ 4IO9L 1YI2N 1YHQN 1YJWN 2OTLN 5GAEP 1ILYA 1N8RO 1VQMN 5GADP 4IOCL 1Q82O 3CD6N 1VQ4N 3CC2N 4U67L 5JVGL 5GAHP 1OVYA 1VQPN 3OW2M 3I55N 3CCUN 3CPWM 1VQON 3CMAN 1VQKN 1Q86O 3CCMN 1K8AO 2ZJPL 3I56N 3CF5L 2ZJQL 1VQ7N 3CMEN 3CC4N 1KD1O 3CC7N 4IOAL 1Q7YO 3DLLL 5JVHL 4WF9L 1M90O 3CXCM 3CCJN 1QVGM 3PIOL 3J7ZO 1KQSM 5GAGP 1YITN 3G71N 4WFNL 2OTJN 1VQ6N 5HL7L 2ZJRL 5MLCQ 1KC8O 5DM7L 1VQ9N 3CCRN 3G4SN 1W2BM 1VQ5N 1JJ2M 3CCSN 2QA4N 1S72N 1YIJN 1Q81O 1VQNN 1M1KO 4WFBL 1VQ8N 1K73O 3CCEN 1YJ9N 1QVFM 2QEXN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LP2A 2Z1JA 4XH1A 4BG8A 1NK6A 4IG0A 4KHNA 2RKIA 3MCAB 2D0AA 3ATVA 3CM6A 2EX3A 3WUHA 1NG9A 2D0CA 1ASWA 4FWSA 3O9RA 2IS3A 4CIFA 4CEEA 2A6AA 5BREA 3WXMB 1YI2N 4FWKA 4BVOA 4CJFA 4Z4EA 1XUPO 5CE3A 4HVJA 4JI0K 3HO1A 1JLCA 3T1YK 1ILYA 1B92A 1NLVA 5AQNA 2HVIA 4C8LA 3CC2N 3ID8A 3QEIA 4FWPA 3VPZA 1VQON 1C0MA 1VQKN 4YOXA 2X78A 1IJJA 5J2PA 4FK2A 4CZIA 4CJWA 1Q9XA 3VETA 3Q7BA 4KHWA 3A2FA 4CZFA 3ULEA 1U2VB 4NO7A 4DUZK 4JKGB 3S3OA 3ZLJA 3I33A 3KD1E 1FW6A 2HHXA 1NBWA 2WOMA 2OANA 1D5AA 1G15A 3L4QA 2ASPA 4M7XA 1M90O 4WQ4C 3T69A 2J4RA 3FE1A 5LJVA 3CETA 4BDZA 1D8YA 2E6LA 4FVUA 3MEEA 3LDOA 4BRCA 3EKUA 2ZJRL 3SCXA 2ASOA 2NRRA 4FLXA 4M42A 4QAGA 1QQOA 5B8HA 4IO8A 4YORA 1MA9B 4DTJA 4KPYA 1W2BM 3VF2A 4YDUA 3E1YA 3VQ7A 4I9LA 2UXBK 4YNQA 3VQEA 3VEYA 1TV6A 4CJUA 3LANA 2V7ZA 3EZWA 1MWMA 4RW8A 4ILGB 2EHGA 1KRPA 1C1CA 3VQPA 4CGIA 3V81A 4ELUA 2P9NB 1LOTB 4CF9A 4GVEA 1HLUA 1QVFM 3MAQA 1IBLK 3SBGA 5BPNA 1KLNA 2FC0A 3PSIA 4JNEA 2FF6A 3QB0A 3ALYA 1ZBUA 1C0TA 3JS6A 4AH9A 3KK2A 1RT4A 2W40A 1S5JA 3CCQN 4E7IA 3AVAA 1UA1A 1SV5A 4B1ZA 2VGNA 3VGKA 3QEPA 1JCFA 4FLWA 3KVGA 1XMQK 4FW2A 1XHXA 1NOZA 3J7YP 4LC9B 2WBNA 4CK3A 3ZX3A 3VQ8A 3LAMA 2FSKA 3ITHA 3TTFA 1YUWA 1S9EA 3DYAA 5AQOA 2DTUA 3SAFA 1VK0A 4FJLA 4FJ5A 5ADXA 2FXUA 4GKKK 3L0QA 5J2QA 2HHHK 5M1NA 4F4KA 4AILC 1VRUA 4HTUA 4LSNA 3JAMO 4JD2B 2OPPA 3AV9A 3O1BA 4CESA 2QWMA 3PUFA 2WUSA 1YVUA 4KB1A 3DOKA 3HP6A 1EKEA 4CHYA 2ZGZA 5KQDA 3QNOA 2O8EB 3OVNA 3OYFA 3N4QA 2FBTA 1NGAA 5AQQA 3V1QA 3QEXA 4PWDA 4Y0WA 1KQSM 3J7ZO 2GELA 3VQBA 4CFDA 2HMPA 4WFNL 3VEOA 3W3DA 4FSVA 2IAJA 1JLGA 2QWQA 3G0ZA 3WXJA 4CJTA 4DSFA 2O8FB 4B1WB 5M1QA 1U6ZA 3ZX2A 2VCPA 4BRDA 3NVMA 2XRIA 1KVCA 2E1ZA 4AHUA 4LH5A 4NXMK 4OKKA 3L2QA 2NRWA 1GLDG 3UKRB 3LDSA 4Z4FA 1RDWX 1MWKA 1T44A 3OY9A 2G8IA 4BRMA 2UUBK 1NGDA 4GNIA 1EO1A 1YJ9N 4FLTA 1NK5A 3IKMA 3VQ5A 3WNGA 1FKPA 3NF9A 1TGOA 4FLVA 2VQEK 3WEEB 2KTQA 3O6WA 4AM6A 4KV8A 3O4QA 2Q0RA 2HHUA 3DMJA 1BQNA 1DTTA 3UKUB 2E88A 4LY7A 2BANA 3D45A 2F4VK 2NNWA 4LF4K 3DOLA 3BY5A 4DTSA 1JCGA 1SL0A 1BUPA 2KW4A 4HHTA 4Z4IA 5E26A 3CFOA 3OJSA 3K59A 3DXKA 2BTFA 4DFMA 4LFBK 3RRHA 4OGCA 3ZX0A 3LP1A 3MEDA 4PQUA 3CJCA 4WYBA 2ZWHA 2DFFA 4IWVA 4ID1A 4XH5A 5DK5A 4DHYA 1VQPN 2HHQA 1RT1A 4CEAA 3NAEA 4DMNA 3CMAN 1VSDA 1QTMA 4UQGA 3TANA 1V4TA 3VQ4A 4KB0A 1Y97A 2P9SB 4E7HA 1S1XA 4IFYA 3QIPA 1WNSA 1TK8A 4C8NA 4CIEA 4QS8A 3VTIA 1RT5A 3SV3A 4CZJA 2O4IA 2IOCA 2KHOA 1DEJA 3OYEA 1J5EK 1KVAA 3T7ZA 4DR1K 2AA4A 1NU0A 4DTMA 4FOEA 1EX4A 4KFBA 1VHXA 5HL7L 2YHXA 2UYTA 3IAYA 1BHLA 4ISEA 3M1FA 4XIUA 1IKYA 3CCRN 3OYDA 3V9ZA 5HP1A 1WOQA 3KWGA 1REVA 3H08A 2OPQA 2W6LA 2IVOA 1C6VA 4AHCA 5C2DA 3VEVA 2W42A 4YHHK 4O5BA 5HRPA 3P83D 3HOTA 3QDKA 2D0BA 1D4XA 4HTLA 3OBWA 2FLOA 1ESVA 1Z6RA 3CI5A 4GVMA 4HUGA 2B5JA 4IEEA 3IUCA 1S6QA 5JICA 2HNDA 2XO7A 3L2UA 3VMFB 4CGDA 3O3GA 2D5RA 2OYQA 2XY8A 3BUZB 4WFAL 5JS2A 3VF4A 1NM1A 1W0HA 4JYAK 4JI5K 4OX9K 1XHZA 2A3ZA 3CJ1A 1YJWN 4J2DA 4K41A 4DQPA 3F73A 2VG5A 1C0GA 1BGXT 4RW7A 5CYQA 4CE9A 5IT9O 4E3SA 3DLRA 4BC4A 3TSQA 1SQKA 4I7FA 4LSLA 1IG9A 3QERA 3NGYA 3DRSA 1VSKA 4JKFA 2ZJPL 4CZMA 4OPKA 4BC5A 1GLAG 4CF0A 4CJ7A 4FWQA 4BE0A 1KVBA 2HBLA 3BGRA 2D0OA 4KI4A 4CZLA 3LWLA 1W7AA 4U7BA 5BRFA 1BIUA 1HJOA 1GOAA 3QEWA 1VSIA 4CJ4A 3W0LA 2G8KA 5AQJA 4W5NA 4DV4K 4Y1CA 3GG4A 5CYMA 3RTVA 4M3TA 1QE1A 5AQFA 4CEZA 3MXJA 1VQ5N 5M1OA 4PA1A 3AVCA 1RTHA 1LWEA 4B3SK 4YY3K 4LF7K 4KRFA 1WUAA 4DQRA 3P39A 5F1XA 1BIZA 4DKWA 4WFBL 3O9UA 3MN6A 3P1GA 3HI0A 1NK9A 1UOCA 1U45A 4FVMA 4FJ9A 4FJXA 4CHQA 3OA9A 4BR9A 3SQ0A 3D2FB 3K9KA 4H5NA 3UE5A 1MU2A 4B1YB 3A5OC 4JI3K 2DPNA 3PSFA 4YOTA 4FCYA 4UY8O 1VSLA 5H1SQ 1D9DA 3TTCA 4M7YA 3VOVA 3VQ6A 1TVRA 4PHTX 4CF1A 3TAQA 2XY6A 1Q8IA 3WQTA 1F21A 2E4LA 1SS6A 3FZMA 3CFPA 4N56A 4DV7K 3I8DA 5HLFA 1NGGA 4DS4A 3NF6A 1T05A 1WAJA 3I55N 3BF1A 4FJ7A 5FPDA 4EIAA 5FRMA 4LFCK 3I0RA 4CZGA 3SAGA 4CJQA 5EY4A 3JXUA 1CLQA 5I42A 3QBWA 3S3MA 4JI1K 2ATQA 3PX6A 1LW0A 4AF1A 4AQYK 3ZSVA 2KFNA 2XY7A 3D2EB 2FBVA 3EYZA 2QXLA 3CC7N 4FK0A 3QINA 1IKVA 5HRRA 1RBSA 1SKWA 3NE6A 3HM8A 5EU7A 3SK3A 2PBDA 3KLFA 3JYTA 3G71N 1EETA 4O4GA 5KRSA 3TSUA 5HROA 3AO2A 4B3RK 2YX6A 3NGIA 2O4GA 3U9ZA 3KK3A 4CHNA 4BQZA 1NGIA 1T6DA 3FLCO 3SV4A 2Y1JA 3A8YA 3O3FA 1XI1A 4GV3A 3R1XA 1VSMA 5C15A 1KFDA 3C7NA 1JXEA 2HNYA 3HSTB 3NFAA 4E1NA 4H5TA 3WT0A 4M3UA 3CCEN 4FZXC 1L3UA 1RDAA 4ISGA 3KK7A 3PY8A 4CGHA 3C6AA 3K9JA 5CZ2A 4CBWA 1RT7A 4DF4A 3SUOA 4FYDA 3SUNA 1UWBA 4CJKA 4BQLA 5AQSA 3U8XA 2G8UA 1U48A 3PLAA 3FFKB 1LWCA 1S3XA 2W41A 3ZT3A 2WC9A 3PX0A 2P9IA 1GLBG 2DFEA 3HVRA 2AJQA 1HPMA 4KH6A 2HOEA 1LCUA 3VEZA 2ZM6K 2YI1A 2D0PA 5GAEP 4DCHA 2JWLA 5GADP 2IGIA 3CD6N 4A2AA 3OS2A 1NJZA 2VG7A 5JVGL 3OW2M 5AR0A 1RDDA 3NH0A 1YTAA 1RTDA 2JGUA 3E9LA 1Q86O 1K8AO 2IVNA 1RT2A 4IJAA 1FJGK 4JHDB 2ZJQL 1BDGA 1QQNA 5C2FA 4JI8K 5KPTA 4ID5A 3SAHA 3CMEN 2ZD1A 3EKSA 4IBNA 3MN5A 4FWNA 4K0KK 3VESA 3G25A 4O5FA 5AQPA 4XEIA 1NKBA 4X66K 3QMLA 4M3RA 4KHPK 3A5LC 4IZ9A 4B9VA 4Z4HA 1W9HA 2YNIA 1T7PA 4DR6K 1WAFA 5AQYA 2NRHA 3OYHA 3ZYYX 3N4PA 4BRQA 1KAZA 4DV3K 3EE9A 3SI6A 2B4JA 5TKWA 3FGUA 1QHAA 4IEIA 4RG8A 2QWNA 1IV0A 2OA8A 2I5JA 3CJBA 2HVHA 5AQRA 4MO4A 5E41A 3KJVA 5AFUA 2G8HA 1Q81O 3HL8A 4JHDA 1RDUA 4ZHRA 1OH8A 3VGMA 1ZBSA 2UUCK 4KAZA 2P9UB 4DTOA 2UUAK 5JMVA 1B9DA 4RW9A 4EP4A 5AQWA 4BROA 4JK8A 2O8BB 4DFKA 3C65A 4BRPA 3H1QA 4NCGA 1LWFA 1SZ2A 3R8EA 5J1EA 3OYGA 4BRAA 5DM6L 3L6QA 2QKKA 3OHRA 4F8RA 2BUPA 2PZSA 1NWKA 4XH4A 2OPSA 3G6EN 4YOYA 4BGAA 4DR4K 1WSJA 3VA0A 1U2VA 4Q0BA 3THWB 3A5MC 4JKGA 1ATSA 3K0SA 1TL1A 2NRTA 4K8ZA 4CJEA 3LPTA 1GOCA 4BG9A 1N8RO 3RMDA 3TSPA 4AHRA 2B6AA 2QI2A 4CJSA 4F9OA 5GAHP 3P5JA 3RMBA 2JLEA 3MXMA 1OH5A 3QNNA 3S3NA 4ELVA 4NLBA 2HHVA 4H0OA 4BR2A 1E4FT 4KBOA 1U4BA 1T03A 3EO3A 3IMXA 3H1VX 3LWMA 2E2NA 4CHOA 3ZETB 5C0YA 4OKEA 3NF7A 1BQMA 3M5RA 3O08A 4FWRA 3TI0A 3O1WA 2G8WA 1TL3A 1NGEA 4CJRA 2QWOA 3DLLL 2QM1A 1ZBIA 3AVHA 4DV0K 4DU3A 3ZSXA 3VQDA 3OBYA 3A0IX 3CCJN 1BI4B 3PIOL 1YITN 5CY4A 3BEXA 3V1RA 1P90A 2YKNA 4JRPA 2P9NA 4IG3A 1VQ6N 3TAPA 1SAZA 5MLCQ 2WTUA 1VQ9N 3I0SA 3VQQA 4K8XA 4OO1J 3G4SN 4MLHA 1KXPA 2PAVA 3AO4A 3E9OA 3SMSA 3KLIA 3HOSA 3HPOA 3LDQA 1I94K 3AA2A 5KPZA 4H5VA 1L3VA 4CEDA 4BRFA 2DY4A 4HCBA 1L3SA 4JAXA 5KQ8A 4N41A 4DF8A 4FJJA 3ZSQA 2A40A 3KHYA 4NXNK 2RPIA 4JN4A 1SL2A 3M3ZA 2CGJA 3T19A 3THYB 3OYCA 3ZCMA 2E20A 5GINA 1HRHA 1QHTA 4EFHA 4E1JA 1SL1A 4YOWA 4ZTFA 1Q18A 2HW3A 2F7TA 2VG6A 3FFIA 3GOIA 4JD2A 4B3MK 4N47A 1ATNA 4OPJA 5AZJB 4DQ8A 1EWRA 1DTQA 1YHQN 3AA5X 2O8EA 4MO5A 4MFBA 3ZEUB 3TARA 1HYZA 4L3QA 5J2NA 3QIOA 2D1KA 4FJ8A 1ZBHA 3O8MA 5F2RA 3NMUA 5AQLA 3CCUN 3MN9A 3K5MA 2Q36A 1LAVA 3I56N 3HTVA 4CJ3A 3CF5L 3THVA 2GWKA 2O8FA 1WBBA 1C0UA 3KLEA 4CBXA 3L2VA 3V4IA 1NKEA 1XNQK 1JL2A 4FPAA 4JI7K 3C6UA 3CC4N 2G8VA 5AQZA 5A2QO 4BC3A 1YXQA 4WQ5C 3SMPA 1S9GA 4F2SA 1NGCA 4WF9L 2X6NA 3K57A 3UKRA 3F2KA 1RDBA 2Z1GA 1R59O 1S1VA 4J2EA 3U4LA 2GUPA 3M6GA 3M8QA 5AQHA 5C24A 3K58A 4JKCA 3ZT4A 4I9QA 3CG7A 4FLYA 4JK7A 2A1RA 1O13A 4A57A 3WEEA 4DS5A 4Z94A 4C1NK 4PKHA 1JJ2M 2E6MA 4DTNA 4FZYA 3DXMB 2CH6A 3IFRA 4H0TB 3UKUA 3PV8A 1L5UA 4OKJA 1A5XA 3E01A 3ISNC 1E4GT 2Z1HA 4IOXA 1X9WA 1C1AA 3AA3A 1RTJA 1GLFO 3AA4A 2E2QA 3AVFA 1RTIA 4GY2B 4H0YB 3K5LA 5C25A 4B3OA 3SQ1A 2P5GA 4E89A 3H45C 1RDCA 3OTOK 5I3UA 4CF2A 2P9SA 4CGGA 4O55A 1FKOA 3RMAA 3IG1A 3RSEB 1NK4A 3P31A 1JLFA 2HHSA 4BR0A 2YHBA 3LM9A 4M63C 3H3OB 1EWQA 5AZIB 4NCAA 1QZ5A 3UB5A 3WXIA 2GUIA 1EXQA 4LFAK 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DM6 L;  3CCV N;  1VQL N;  1NJI O;  3CCQ N;  4WCE L;  3PIP L;  4WFA L;  1YJN N;  1K9M O;  3G6E N;  3CCL N;  4UY8 O;  5H1S Q;  4IO9 L;  1YI2 N;  1YHQ N;  1YJW N;  2OTL N;  5GAE P;  1ILY A;  1N8R O;  1VQM N;  5GAD P;  4IOC L;  1Q82 O;  3CD6 N;  1VQ4 N;  3CC2 N;  4U67 L;  5JVG L;  5GAH P;  1OVY A;  1VQP N;  3OW2 M;  3I55 N;  3CCU N;  3CPW M;  1VQO N;  3CMA N;  1VQK N;  1Q86 O;  3CCM N;  1K8A O;  2ZJP L;  3I56 N;  3CF5 L;  2ZJQ L;  1VQ7 N;  3CME N;  3CC4 N;  1KD1 O;  3CC7 N;  4IOA L;  1Q7Y O;  3DLL L;  5JVH L;  4WF9 L;  1M90 O;  3CXC M;  3CCJ N;  1QVG M;  3PIO L;  3J7Z O;  1KQS M;  5GAG P;  1YIT N;  3G71 N;  4WFN L;  2OTJ N;  1VQ6 N;  5HL7 L;  2ZJR L;  5MLC Q;  1KC8 O;  5DM7 L;  1VQ9 N;  3CCR N;  3G4S N;  1W2B M;  1VQ5 N;  1JJ2 M;  3CCS N;  2QA4 N;  1S72 N;  1YIJ N;  1Q81 O;  1VQN N;  1M1K O;  4WFB L;  1VQ8 N;  1K73 O;  3CCE N;  1YJ9 N;  1QVF M;  2QEX N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3LP2 A;  2Z1J A;  4XH1 A;  4BG8 A;  1NK6 A;  4IG0 A;  4KHN A;  2RKI A;  3MCA B;  2D0A A;  3ATV A;  3CM6 A;  2EX3 A;  3WUH A;  1NG9 A;  2D0C A;  1ASW A;  4FWS A;  3O9R A;  2IS3 A;  4CIF A;  4CEE A;  2A6A A;  5BRE A;  3WXM B;  1YI2 N;  4FWK A;  4BVO A;  4CJF A;  4Z4E A;  1XUP O;  5CE3 A;  4HVJ A;  4JI0 K;  3HO1 A;  1JLC A;  3T1Y K;  1ILY A;  1B92 A;  1NLV A;  5AQN A;  2HVI A;  4C8L A;  3CC2 N;  3ID8 A;  3QEI A;  4FWP A;  3VPZ A;  1VQO N;  1C0M A;  1VQK N;  4YOX A;  2X78 A;  1IJJ A;  5J2P A;  4FK2 A;  4CZI A;  4CJW A;  1Q9X A;  3VET A;  3Q7B A;  4KHW A;  3A2F A;  4CZF A;  3ULE A;  1U2V B;  4NO7 A;  4DUZ K;  4JKG B;  3S3O A;  3ZLJ A;  3I33 A;  3KD1 E;  1FW6 A;  2HHX A;  1NBW A;  2WOM A;  2OAN A;  1D5A A;  1G15 A;  3L4Q A;  2ASP A;  4M7X A;  1M90 O;  4WQ4 C;  3T69 A;  2J4R A;  3FE1 A;  5LJV A;  3CET A;  4BDZ A;  1D8Y A;  2E6L A;  4FVU A;  3MEE A;  3LDO A;  4BRC A;  3EKU A;  2ZJR L;  3SCX A;  2ASO A;  2NRR A;  4FLX A;  4M42 A;  4QAG A;  1QQO A;  5B8H A;  4IO8 A;  4YOR A;  1MA9 B;  4DTJ A;  4KPY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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