3I56N

Co-crystal structure of triacetyloleandomcyin bound to the large ribosomal subunit
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
b'ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of triacetyloleandomycin and mycalamide A bind to the large ribosomal subunit of Haloarcula marismortui.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 50S ribosomal protein L2P
molecule tags Ribosome/antibiotic
total genus 45
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3i56N00
4WF9L 3CCQN 1VQ4N 5GAGP 3I56N 5JVGL 1YJNN 1Q86O 1KD1O 3CC4N 3CMEN 3PIOL 3CPWM 5GAEP 4WCEL 1K8AO 5GADP 1YJ9N 3CCVN 5JVHL 1QVGM 4IO9L 1VQON 4IOCL 1VQ7N 5GAHP 3I55N 1VQKN 1NJIO 5DM7L 1VQMN 1VQ9N 1Q7YO 2QEXN 1YI2N 4WFBL 1VQ8N 1W2BM 1VQPN 2QA4N 3PIPL 3OW2M 1YHQN 1KQSM 2ZJRL 1YJWN 3DLLL 4U67L 5DM6L 1K9MO 2ZJQL 1YITN 3CCSN 3CC7N 3CCUN 3CF5L 1Q82O 3CD6N 2OTLN 1JJ2M 4IOAL 1N8RO 4WFAL 1VQ6N 2ZJPL 1Q81O 1VQLN 3G4SN 1S72N 1OVYA 3CXCM 3CCLN 3CCMN 2OTJN 3CMAN 3G6EN 5HL7L 1YIJN 3CCEN 4UY8O 3CCJN 3J7ZO 1KC8O 1M1KO 1VQNN 1ILYA 5H1SQ 1QVFM 5MLCQ 1VQ5N 3CCRN 3G71N 4WFNL 1M90O 3CC2N 1K73O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ISFA 4H0YB 5JMVA 4JI0K 1BG3A 4LF5K 1DTQA 4BWJA 4F2SA 1RT5A 3TAQA 2RKIA 4PL8A 5AFUA 3C95A 3FR0A 5C12A 1IKVA 4JHDA 2B5JA 5FROA 1T8EA 4CZIA 2RE2A 3TR8A 4LH4A 3RTVA 1SL1A 4FJKA 4O8UA 4AHVA 1HMVA 3ITHA 3KLGA 4BE1A 3LDNA 3I55N 1L3SA 2YX6A 4EZ9A 4E1JA 3SV3A 4K25A 1VQMN 1NM1A 4BGBA 5M1KA 2ASOA 3FZLA 4JHDB 4H0VB 4CJ7A 4BR7A 4BC5A 3O3FA 4OKKA 3MN7A 3SUNA 4Y1DA 1W2BM 3A0IX 1K8KA 3ZX0A 2KFNA 3AAQA 4BC3A 2NRVA 3VQ7A 4X66K 1KFSA 3S9HA 2FXUA 1L3TA 1Z25A 1YF5L 5EU7A 1NKBA 2QWQA 5AQSA 3DAWA 3W0LA 4K8ZA 1QE1A 4E3SA 4GV6A 3MX2A 3VTIA 3VF6A 4DV7K 5BRDA 1KXPA 4Y1CA 3CJAA 1XHZA 3ZEUA 3O08A 2Z1GA 2NUBA 3OJUA 3ID6A 3PX0A 1B9DA 1NG9A 4IWVA 3AVBA 3LZIA 4QS8A 4CF9A 1NJXA 3SAHA 1YVUA 3ZT2A 3RSEA 3ZEUB 3G4SN 1SKWA 4HUEA 3NF8A 4JI7K 2IVPA 4XH5A 1ZBLA 2P9NB 4IKFA 1YIJN 4BVPA 3ENBA 3DLBA 3QICA 4KB0A 2HMPA 3BP8A 5C25A 2GELA 3WQTA 1BISA 4CJTA 2Y1JA 1QHAA 3LWLA 1QTMA 2P9KA 1TKZA 2OPQA 3LDPA 1WAJA 4KKOA 3CCRN 2QK9A 3JS6A 4WFNL 1YAGA 3WUHA 2P9IA 3QNOA 1S1TA 3T19A 3R9PA 4BROA 2IAJA 4CIFA 4EAHD 2P9KB 3O4NA 5AQUA 3HYFA 3AO1A 2ASMA 3DWLA 5ELZA 3L2RA 3O4WA 3TSQA 4OX9K 1RT6A 1HRHA 5F0XA 2I7NA 1LW2A 4PKHA 2P9IB 5JLHA 2HHHK 2OA8A 4XIUA 4FZXC 5BN8A 1QSLA 5KPZA 4ID1A 3K58A 4DTUA 4DTSA 1NGFA 2HHQA 4DLEA 3IAYA 3O1BA 3AVIA 3EKUA 3QESA 1WSJA 2YI1A 3WT0A 4Y0WA 4B3MK 2CH5A 1NGHA 3THXA 3VQBA 3C6AA 4CEEA 2KZMA 2OCEA 3AAPA 1TAQA 4BE0A 1KQSM 5B8HA 1JLCA 4DSFA 4YY3K 4AHRA 4M7YA 4WQ4A 3KJVA 4I7FA 3ZT3A 1GLFO 1YITN 3T7ZA 4A62A 3OY9A 1W9HA 1KLNA 2HF4A 5AQJA 3N4PA 3I33A 5LJVA 1Q82O 1L3UA 3IS9A 1GOBA 4FLZA 2PYJA 3VQQA 1J5OA 3SPZA 4BDZA 4MO4A 4PA1A 3SZ2A 4M7XA 3IDHA 1ZYQA 3HO1A 3O8MA 5HRNA 2NLXA 3H1QA 5AZIA 3VQAA 3QERA 1P90A 3K9KA 4CHOA 3EY1A 3M8RA 4DV6K 1EP4A 4BY9C 3QIPA 3R6MA 4FW1A 1NGJA 3B6PA 4MQ3A 4JKBA 5FPDA 4JYAK 4H0XB 5AZIB 3MN9A 3V1RA 2NNWA 2OPRA 4DR6K 1M1KO 1X9MA 4K8XA 3F9KA 3O9QA 3MCAB 4FM0A 3FFKB 5KGXA 4JRQA 2VG5A 1JCFA 4FK0A 2FSJA 2O8EA 4DTOA 2YKMA 3TI0A 5C2DA 4CZEA 4CHZA 4CZHA 4CVNE 5AQXA 1RTIA 5GAEP 1SQKA 1TUUA 3K5LA 2O8EB 1V4TA 1NGIA 2HNZA 3OYJA 1LAWA 4C8KA 2QKKA 4CZFA 5C0YA 3T1HK 1LCUA 4JI6K 1TL1A 4H5NA 3QETA 5AQZA 3J81O 4NCBA 1RBTA 1KSPA 4WFBL 2HNYA 3G25A 3FLCO 4KHPK 1BCOA 3OW2M 1GLAG 3EE9A 5HRRA 2DFFA 3FZMA 2ZJRL 4I2PA 4JAXA 3FFIA 4AH9A 4BR2A 3ENHA 3RR7A 4IDHA 3L6QA 1KCFA 3A2FA 2F9TA 3MX5A 1BO5O 4JD2A 3O9UA 4YDUA 3HM8A 3MAQA 2QM1A 3QBWA 4M3XA 2V7YA 3NCIA 1HQUA 4Z4CA 1N8RO 3EO3A 3TWHA 4JD2B 3MK6A 5K14A 2O8DA 1RDCA 3WQUA 3I0RA 4DTPA 2DFEA 2HBKA 1D4XA 2ATQA 3CCMN 2FF6A 1BIZA 3UKRA 4B8CA 4KREA 4U7BA 1LV5A 3O9SA 3O9TA 3CCJN 3CQXA 4E89A 2O8DB 3IMXA 2P5GA 2X6SA 3PSIA 1KRPA 4CJKA 1MU2A 5DK5A 4KRFA 3UKRB 3L8BA 1CXQA 3CQYA 4J8FA 2PZSA 2PAVA 5KRTA 1NWKA 3AO2A 3GOIA 3P38A 1D5AA 1D9FA 1G15A 3ZETA 3NGIA 2P9LB 3R3LA 3U4LA 1NLVA 1S1WA 1SZ2A 3DRRA 3SAFA 1EWQA 3CCVN 5JVHL 1HNVA 3DLEA 1QVGM 2FC0A 4DS4A 1RBVA 3VA3A 4QAGA 5LL6Z 1VQON 4NYNA 4ELVA 5AQLA 1S6QA 2AA4A 3LPTA 1NGGA 1VQKN 3WNHA 3ZETB 3CI5A 3TTCA 5AQOA 3R8EA 4F9OA 1HKGA 4FPAA 4B1XB 2B6AA 4C23A 2BDPA 4CGIA 5T7BA 1TGOA 1U45A 1WAFA 4PHTX 4CJUA 5HBMA 2A40A 2E88A 2UXDK 2KW4A 3THYB 4DSEA 3ZX2A 2ITMA 2WC9A 4GV9A 4LFCK 4FWKA 2EWSA 3M8SA 4FJIA 3BGRA 4L8RB 2GX9A 5FRMA 4CJ3A 4DV2K 1IJJA 4DCHA 5SZTA 4CCHA 1QQMA 3TTDA 3QEXA 1A5XA 4E7HA 3U3YA 3MEGA 1BUPA 4BQZA 4Q0BA 3LL3A 5JICA 4ELTA 1SUQA 1BA0A 5JLFA 2ZE2A 4LFBK 1VQ6N 4QS7A 5LY3A 3OS0A 4X62K 3RMAA 1TK0A 1A5VA 4BR9A 3HRGA 2BTFA 5FDLA 3OYAA 4OVLA 3SUOA 2E20A 3K57A 1F21A 2BE2A 3MEEA 1LWCA 5KGWA 3AV9A 5EY4A 3O6WA 4YOYA 2W6LA 3TAMA 4CFCA 2IGIA 2HHUA 2QXFA 4BR0A 3NH2A 4DU4A 2VWJA 5KQ8A 1J6ZA 4E7LA 3TPQA 2A6AA 4CJ5A 3TAPA 1Q18A 2F8TA 1RCHA 5JVGL 1T05A 5EXWA 1KD1O 5F2RA 3RRGA 4KHWA 3W3DA 4DF8A 1WSEA 3L4IA 2ZWHA 4KFBA 1GLEG 1R0AA 4DR3K 5BREA 4FZYA 2P9UA 3HBTA 4PY5A 4CF8A 1LOTB 3J8AA 3O3GA 4FK2A 4LSLA 5E84A 4BVOA 3BF3A 3ID8A 3LP2A 4JS5A 1WSHA 2YHAA 3AVFA 2XY6A 2RHKA 1S1XA 2DTUA 2HHTA 1VQ9N 3LM9A 4E1MA 1NK9A 2WFBA 2VWBA 3NAEA 3AO5A 1TYQA 1YI2N 2P9UB 1NK6A 1SAZA 1VQPN 3OTOK 4BRDA 3PX4A 1FKPA 4E7KA 3AVLA 4UQGA 2D0AA 5CY4A 4DU3A 4W5NA 1LWEA 3KK7A 4RW9A 4BRQA 4KI6A 1TYQB 4RTFD 4ILGB 3HL8A 2GWKA 1SV5A 3HOTA 5FLXO 3J7AP 2Z1JA 1RT7A 4O5FA 5E41A 2W6KA 2HHWA 1ASVA 3IKMA 2OPPA 4KTWA 4JI1K 4IOAL 1DLOA 4O55A 4WFAL 3WNGA 4BRLA 4C8NA 3Q7BA 3RR8A 3KLIA 1MWKA 2FBTA 3SUPA 4DV5K 1NOYA 4H03B 4FZZA 4BC4A 3ASMA 4I9QA 3HP9A 2A1RA 5HRPA 4DF4A 4W5TA 1OKJA 4IBNA 2OTJN 4BACA 3P5JA 1C1CA 3CCEN 1GLLO 5IWAK 4NLCA 5AQWA 3SYZA 3HPHA 4DSJA 2HBJA 4FJ8A 1WN7A 1VQNN 4DV4K 2O4IA 3CJCA 3LP1A 1L5UA 1QZ5A 3ISNC 2F9WA 4MLHA 3MWTA 2QWNA 5CR4A 3WXMB 4BR4A 4O44A 2WOMA 1KLMA 4IDKA 3VQ4A 4GKKK 3H08A 4CGGA 2JWLA 4YOXA 4ILHA 4JI2K 4KHYA 3OVNA 4DR5K 3PIOL 2GUIA 2NRWA 4M63C 4J2BA 2XO7A 1K8AO 2KZZA 1VSJA 4DTMA 4M42A 3O80A 5C10A 1MDUB 2VG7A 1ZBIA 5GAHP 1NU0A 3NFAA 5AZJB 4H0TB 3KTQA 1KAZA 4DQRA 1ATSA 2A5XA 2WONA 4YOTA 3FZHA 3HTVA 3DOLA 5M1QA 3CG7A 3CETA 3D45A 3MXJA 4KV8A 3PIPL 3VQ5A 3BDPA 1QSSA 2HW3A 4YNQA 1Y64A 4DTXA 1BWFO 4U67L 3NHGA 3CJ7A 4B9UA 4N76A 4HUGA 4CHQA 4JKGA 4JK8A 3P31A 4JNEA 3SNNA 2NRXA 1JXEA 2YNIA 3O1WA 3VGMA 1BL3A 4IJNA 1DEJA 5FPEA 3J7YP 3A5LC 3D6RA 4CJPA 2A1SA 5BRFA 1QSYA 4JKGB 2Q0RA 5I3UA 3LANA 2ZF5O 3KK2A 2KKZA 3VQDA 4DR2K 4FJ5A 4N41A 4CJVA 3FZKA 1EETA 1K8KB 3AVAA 3MEDA 3LM2A 2O8CA 3G6EN 3VQCA 4X65K 2W42A 4IFEA 4AF1A 4DR4K 4NB4A 5LMUK 3V9UA 4JI3K 1ATRA 4RWTA 3P39A 4IEIA 3B6OA 3HP6A 1WBDA 2FBYA 4FO0A 1S3XA 2I5JA 2V7ZA 1HYVA 4H5TA 3NF7A 2G8VA 2EX3A 5LMNK 2AJQA 2O8CB 1NK5A 4FJGA 1FXXA 2HVIA 2VYPA 3DLRA 4BRKA 2G8UA 5GAGP 4ELUA 1BQMA 3TANA 1WNSA 3HVTA 4FWNA 4BG9A 3KKSA 4XH1A 4JRPA 3RSEB 3M1FA 4CHNA 4FLUA 2CGLA 5AQGA 3NMUA 4FJLA 3ZT1A 4YORA 4RW6A 4M3RA 1GLCG 3U9DA 1W7AA 3VQ6A 4IJAA 4XEIA 1C0MA 1VQ7N 4I9LA 3OYCA 4H4MA 4DQPA 4BRAA 4F2RA 4KHUA 1JLQA 4B1YB 2NZTA 3KK3A 4KHSA 4LF6K 2VWKA 1IKYA 3NGZA 4ZTFA 2DFHA 1VQ8N 5KTQA 4JN4A 5BPNA 2IVNA 3O3HA 1RTHA 2YNFA 2EHGA 5HRSA 1RBUA 3AARA 4EFHA 3OYDA 1N33K 4CEOA 4RW7A 3HJFA 2XY5A 3KHYA 2UUBK 2ZJQL 4Z4IA 3OYBA 3D2FA 3LDQA 3LPUA 1NK8A 1X9WA 4LY7A 3VEOA 2KLAA 3CD6N 4YOVA 3A5MC 1HX1A 4NXNK 1HNXK 3WNFA 2G8WA 1JLAA 3MECA 3NVMA 1HQEA 1LAVA 3D7EO 3CCLN 3THXB 3PX6A 2E5LK 1BGXT 3SQ1A 4YOWA 4OKEA 3H3NO 3QFPA 4H5RA 4L3QA 1NNEA 4E19A 2H3GX 3FE1A 1FJGK 2CH6A 4HWIA 4K41A 3AVCA 4AHTA 1ZBUA 1WSFA 5HLFA 4JI4K 1GLDG 1HYSA 1IH7A 2PY5A 2HVHA 2P51A 3CM5A 3S3OA 2X6NA 3GL1A 4HCCA 3RVCA 3IUCA 1XUPO 1RT3A 3MMVA 1IG9A 1YJNN 3HXMA 4CGFA 1DTTA 3JYTA 4JKFA 1K6YA 1XC3A 5AQNA 1WB9A 1UA0A 1RDUA 3CPWM 2Y1IA 2QWPA 4WCEL 5I42A 1U48A 4OGEA 2QKBA 4CZGA 2UYTA 2KHOA 1UOCA 1HUXA 3KLFA 4KH4A 3EN9A 3L2UA 3E9LA 2HBMA 5AQFA 3P83D 4BQLA 3KK1A 3PV8A 1NBWA 4CZKA 4BREA 3V1QA 4FJHA 3VERA 4FLTA 4KHQA 4CBXA 4B3TK 1HR0K 1CLQA 2P1JA 4LD0A 4CFAA 4RG8A 2HHXA 1S9EA 1BI4A 1VSHA 3PY8A 2XY8A 4LC9B 1YJWN 3DLLL 3BZCA 4DQ8A 1TV6A 1N6QA 4BC2A 2D0PA 3AVJA 3SLCA 3Q7CA 3HPOA 3OS1A 1BI4B 1X3NA 4FJ7A 3WXKA 4KPYA 3V9WA 3DLHA 4ILJA 3T69A 3C0BA 4FWLA 1EQYA 3CM6A 4ZHRA 1S5JA 3KVGA 4JEPA 4DSLA 5SWMA 1I3AA 3VN5A 2G8KA 4DTJA 4HHTA 4HUFA 3VEVA 1U04A 3CJ9A 1TKTA 5KPRA 5HL7L 1JLEA 3ZT4A 2QTDA 4O0IA 4AHUA 5AQQA 4IG3A 1VHXA 4H4OA 4FK4A 4B3SK 1GOAA 4OPJA 3VQ8A 3NF6A 5GINA 3F73A 3OYHA 3CERA 3LZJA 2F7TA 3R1XA 4B9MA 4FWQA 4B1ZA 2V52B 4A2BA 3KD1E 2HOEA 5C15A 3EZ5A 3QEIA 2F4VK 2QWRA 4Z0UA 2UUCK 1Q86O 3S41A 3L3VA 3A5OC 1BA1A 3CMEN 2HBLA 3MXMA 3ZSWA 1MA9B 3AVGA 2ZQBA 1Z6RA 5GADP 3D0PA 2D0CA 2UXCK 1RNHA 3NGYA 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 4WF9 L;  3CCQ N;  1VQ4 N;  5GAG P;  3I56 N;  5JVG L;  1YJN N;  1Q86 O;  1KD1 O;  3CC4 N;  3CME N;  3PIO L;  3CPW M;  5GAE P;  4WCE L;  1K8A O;  5GAD P;  1YJ9 N;  3CCV N;  5JVH L;  1QVG M;  4IO9 L;  1VQO N;  4IOC L;  1VQ7 N;  5GAH P;  3I55 N;  1VQK N;  1NJI O;  5DM7 L;  1VQM N;  1VQ9 N;  1Q7Y O;  2QEX N;  1YI2 N;  4WFB L;  1VQ8 N;  1W2B M;  1VQP N;  2QA4 N;  3PIP L;  3OW2 M;  1YHQ N;  1KQS M;  2ZJR L;  1YJW N;  3DLL L;  4U67 L;  5DM6 L;  1K9M O;  2ZJQ L;  1YIT N;  3CCS N;  3CC7 N;  3CCU N;  3CF5 L;  1Q82 O;  3CD6 N;  2OTL N;  1JJ2 M;  4IOA L;  1N8R O;  4WFA L;  1VQ6 N;  2ZJP L;  1Q81 O;  1VQL N;  3G4S N;  1S72 N;  1OVY A;  3CXC M;  3CCL N;  3CCM N;  2OTJ N;  3CMA N;  3G6E N;  5HL7 L;  1YIJ N;  3CCE N;  4UY8 O;  3CCJ N;  3J7Z O;  1KC8 O;  1M1K O;  1VQN N;  1ILY A;  5H1S Q;  1QVF M;  5MLC Q;  1VQ5 N;  3CCR N;  3G71 N;  4WFN L;  1M90 O;  3CC2 N;  1K73 O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4ISF A;  4H0Y B;  5JMV A;  4JI0 K;  1BG3 A;  4LF5 K;  1DTQ A;  4BWJ A;  4F2S A;  1RT5 A;  3TAQ A;  2RKI A;  4PL8 A;  5AFU A;  3C95 A;  3FR0 A;  5C12 A;  1IKV A;  4JHD A;  2B5J A;  5FRO A;  1T8E A;  4CZI A;  2RE2 A;  3TR8 A;  4LH4 A;  3RTV A;  1SL1 A;  4FJK A;  4O8U A;  4AHV A;  1HMV A;  3ITH A;  3KLG A;  4BE1 A;  3LDN A;  3I55 N;  1L3S A;  2YX6 A;  4EZ9 A;  4E1J A;  3SV3 A;  4K25 A;  1VQM N;  1NM1 A;  4BGB A;  5M1K A;  2ASO A;  3FZL A;  4JHD B;  4H0V B;  4CJ7 A;  4BR7 A;  4BC5 A;  3O3F A;  4OKK A;  3MN7 A;  3SUN A;  4Y1D A;  1W2B M;  3A0I X;  1K8K A;  3ZX0 A;  2KFN A;  3AAQ A;  4BC3 A;  2NRV A;  3VQ7 A;  4X66 K;  1KFS A;  3S9H A;  2FXU A;  1L3T A;  1Z25 A;  1YF5 L;  5EU7 A;  1NKB A;  2QWQ A;  5AQS A;  3DAW A;  3W0L A;  4K8Z A;  1QE1 A;  4E3S A;  4GV6 A;  3MX2 A;  3VTI A;  3VF6 A;  4DV7 K;  5BRD A;  1KXP A;  4Y1C A;  3CJA A;  1XHZ A;  3ZEU A;  3O08 A;  2Z1G A;  2NUB A;  3OJU A;  3ID6 A;  3PX0 A;  1B9D A;  1NG9 A;  4IWV A;  3AVB A;  3LZI A;  4QS8 A;  4CF9 A;  1NJX A;  3SAH A;  1YVU A;  3ZT2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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