3I56N

Co-crystal structure of triacetyloleandomcyin bound to the large ribosomal subunit
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome/antibiotic
molecule keywords 50S ribosomal protein L2P
publication title Structures of triacetyloleandomycin and mycalamide A bind to the large ribosomal subunit of Haloarcula marismortui.
pubmed doi rcsb
total genus 45
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3i56N00
2OTJN 3CCSN 3CXCM 1VQKN 5GADP 1YJNN 1VQMN 2ZJPL 3G71N 4UY8O 5JVHL 3CCJN 3CPWM 1VQPN 2QEXN 4U67L 5H1SQ 2OTLN 1QVFM 3CCQN 1M1KO 3CCLN 4WF9L 1W2BM 1KQSM 5DM6L 1YI2N 1YITN 3CD6N 5HL7L 3DLLL 3CCUN 3G4SN 4IOCL 1YJ9N 1JJ2M 1Q81O 4WFNL 3CCEN 1Q86O 1VQON 3I55N 3CF5L 1S72N 1N8RO 1KC8O 1OVYA 1YIJN 4WCEL 2ZJRL 1VQLN 5DM7L 3CCVN 1KD1O 4WFBL 3PIOL 3CC7N 5JVGL 4IO9L 3CCRN 3OW2M 3I56N 4WFAL 5MLCQ 2QA4N 3CCMN 1VQ9N 1VQ6N 3CMEN 3G6EN 1K9MO 1Q82O 3J7ZO 3CC4N 1VQ4N 5GAGP 5GAEP 3CMAN 1M90O 3PIPL 1VQ7N 1NJIO 2ZJQL 1Q7YO 3CC2N 1ILYA 5GAHP 1VQ8N 1YJWN 1K8AO 1YHQN 4IOAL 1K73O 1VQ5N 1QVGM 1VQNN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MWPA 3DXKB 3D2EA 1NM1A 2IIRA 3LP1A 2QWOA 1J53A 2F9TA 1HQUA 2A40A 5JMVA 1C6VA 1QTMA 1QHTA 1MA9B 2PAVA 2BE2A 4CGJA 2HHQA 2BDPA 2EX3A 3UKRA 4AHVA 1DGKN 3V81A 3L2UA 4FLWA 1TUUA 3M8PA 2E2NA 4KHUA 4H5VA 2VQEK 1NOYA 3NHGA 2UUAK 3DOLA 3WT0A 3MEEA 3BZCA 3MXJA 2AA4A 2YHAA 3VOVA 4CGHA 3DLHA 3C7NA 2YKMA 4PKGA 3OYNA 4J2DA 5DK5A 1TK8A 2G8VA 3IFRA 2G8FA 2GX9A 2XY7A 3VQQA 5ELZA 4DF8A 3KD1E 4HCBA 2NRXA 5EU7A 1TK0A 2ITGA 3UKUB 3CJCA 3ULEB 3THXB 3AARA 1U48A 4JEPA 4L3QA 4YNQA 1NGCA 2GEMA 1IBMK 2DFEA 4MO5A 4V19S 1JKHA 3ZSOA 3WXKA 3KK2A 4WE1A 5B8HA 3ZSZA 4BRPA 1B9DA 4ICLA 3I56N 1K8KB 1SUQA 4BVPA 4DQQA 3HPHA 3HPOA 4MDAA 2FSKA 5AQJA 3S41A 5GINA 2A1RA 4DSLA 5GAEP 2E1YA 1BU6O 3C65A 2P5OA 4EHUA 3ZX2A 2HBMA 5GAHP 2IVNA 4HTUA 4I6MB 3Q7CA 3ZETA 5FLXO 1BDGA 4B9NA 4IXCA 1YHQN 2HHSA 4M3XA 4QCLA 4DTUA 4BDZA 2VYPA 1QVGM 3AY9A 3TAMA 1VRUA 1WNSA 1JLAA 4B1WB 4DTOA 4ISGA 3ZX0A 3SZ2A 1JL2A 2Z1JA 1JXBA 4K0KK 4FWRA 1C0TA 4C23A 1NK4A 2WUSA 3E9PA 2JLEA 4M45A 3MMVA 1NGHA 3O80A 4ELUA 3HP6A 4B3TK 4E7LA 1RDDA 4CJ7A 4DHYA 3A5MC 1HNWK 3GG4A 2PZSA 2OTLN 5FPNA 1MWMA 3HK2A 5HRNA 3PO4A 3VQ7A 2E88A 2KW4A 1BL3A 4PKHA 2ZM6K 3QBWA 1Z25A 4A5BA 4KREA 1X9MA 3PSIA 4F2RA 4YORA 5AZJB 4CHOA 4B1ZA 4DR6K 4LH5A 2QXFA 1SQKA 2QI2A 4O8UA 1ASWA 3VEXA 3LZIA 4W5QA 2VWJA 3KK7A 4BREA 3O3GA 5JS2A 2D0AA 4H4MA 5AQXA 4CK2A 4PWDA 1RDCA 3EO3A 1Z26A 1JCFA 4DFMA 2YCHA 3V4IA 3QLHA 3QFUA 1Y97A 3CCRN 4FJIA 1DTQA 2OPPA 3J80O 5TKWA 1XC9A 2YX6A 2AP1A 4KKOA 1T05A 3V9SA 1TGOA 1VAZA 4OPKA 4RW9A 3AVLA 1FJGK 4FWNA 3T69A 3E01A 2O8EA 1HNXK 5AJ3K 5AZIB 2F8SA 1M90O 4ID1A 3VQ5A 1DEJA 5E41A 4W5RA 4E1JA 3ZT3A 4FJGA 4BRGA 2OPSA 4CF2A 2ASOA 3EL2A 2D0BA 3CM5A 3NH2A 4DR3K 1YT3A 4NO7A 2HMIA 2NRTA 3AAQA 1XMOK 1RBUA 1Q18A 1NK6A 2FLOA 4B1XB 3ULEA 1V4TA 3THXA 4JI8K 4JLHA 1NGIA 4PUOA 4GKKK 2JGUA 1KAYA 3R3LA 3FR0A 4RTFD 4DS4A 4H4OA 3OYJA 2CH5A 3K57A 4FJNA 4G1QA 4O8KA 2X78A 4PA1A 1NGJA 3H3OB 3H46O 2X74A 3TTFA 5KRSA 1ZC6A 3RR8A 3BP8A 2WBNA 1LAVA 3VERA 4DFKA 1WAJA 3FE1A 4J8FA 1NG9A 5GIOA 3THYA 1IG8A 1BHLA 3NBPA 4Y1DA 1X9WA 3RMDA 1TVRA 3F9KA 1YTAA 5TKYA 2FBTA 3VPZA 3WNHA 4A61A 5AFUA 1TAQA 4IEIA 3NGIA 4FJ5A 4F9OA 5AR0A 4FWOA 3HPGA 1VSFA 3ASMA 4CBWA 4ELVA 3CCUN 5M1FA 3ZX3A 4CF1A 3AA4A 1BUPA 3DOKA 4NCGA 3K59A 2HVIA 2YHXA 1H1VA 4KHYA 3K5LA 2UXBK 4HUEA 2P9PA 1KVBA 3K58A 1ZBIA 4OLBA 1NJZA 4LF7K 4JV5K 2DY4A 4BR9A 2FSNA 3KIOA 3HVTA 2IDOA 3ENHA 3LAKA 4M3RA 3PIOL 2VWKA 1B9FA 4AHSA 1FW6A 3PLAA 3ZYYX 1TUYA 3FFKB 4MLEA 1VQ6N 1HNZK 1KLNA 4FZYA 3CJ9A 1KXPA 3G25A 2R7YA 1HYVA 1CZBA 3VQBA 3QEWA 3PIPL 1RBTA 3AVBA 1IKXA 1XHXA 4CEQA 4W5TA 4NCBA 5M1QA 1U4BA 1GLAG 3G0ZA 1FKOA 2JWLA 4BC2A 1OH5A 1YJWN 4DTMA 1ZYQA 3DI6A 1NK8A 4KH4A 1HMVA 1BA0A 3OYHA 1JLGA 4HWIA 4KO0A 2KTQA 3HYFA 2PY5A 4CE9A 1KSPA 1L5UA 3ULDA 1BCMA 4BDPA 1CLQA 3OBWA 4DSFA 4E7KA 3PX6A 1XC3A 1IJJA 3NDKA 2OTJN 1EETA 4Q0BA 4AH9A 5LY3A 4YOYA 4DTSA 5AQSA 1GLBG 2A6AA 4JHDA 1WSIA 2LSNA 3JS6A 4KH6A 5J1EA 3U9ZA 4JI0K 1HX1A 5ADXH 5BPMA 1BG3A 4JNEA 1ITGA 3IKMA 3P38A 1UWBA 2F9WA 3CCLN 4YDUA 4QS7A 1RFQA 3ZSRA 1QZ5A 4OKKA 1IBKK 1QSSA 4FWSA 5SZTA 3H08A 3HVRA 3TANA 1ZBLA 3K5OA 5AQGA 4FOEA 4NB4A 4M63C 5F1XA 3RSEA 5KPTA 4GV6A 2B5JA 1IG9A 3SUNA 3DJCA 2I7PA 2BH1A 3EEQA 4LFBK 2HNZA 3TTCA 4CJLA 1L3SA 2Y1IA 2E4LA 2OZMA 4Z0UA 4O55A 3OS1A 1YTUA 3V1OA 4Z4IA 4CJ4A 3O6WA 4IO9L 4U7BA 3OW2M 4FJ8A 4YOWA 3CCMN 4HUGA 1EKEA 1QQNA 4O5FA 3VQDA 3MEDA 2G8UA 4K41A 3NF8A 2FBYA 3O9TA 4MLHA 4I7FA 4IO8A 1O13A 4ISEA 3WUHA 2QK9A 3VMFB 1Q7YO 5BR9A 1XHZA 4AM6A 3SLCA 3SPYA 3R8EA 4CEFA 3QICA 1VQ8N 1TKTA 3ZSYA 4CJ5A 4H5TA 3T19A 2WTUA 4IG3A 1YVUA 3BY5A 4CECA 4EZ6A 3HJFA 1QSYA 1UA0A 1U2VA 1VQ5N 5BN9A 4DB3A 1EO1A 4FLZA 1U45A 4IKFA 3CXCM 2NRZA 4J2AA 4LH4A 4YY3K 2ZJPL 3ZT1A 5BR8K 2BGGA 5CE3A 4FPBA 4DTNA 5EOYA 4JRQA 4B8CA 3BF1A 2KZZA 4DV1K 3MX5A 4JKCA 2NZTA 4N76A 2Q2RA 3SUOA 1C0FA 1IO2A 1CXUA 4FLXA 2OA8A 3U4LA 1RCHA 4F3TA 4CJSA 4CW7B 3AVIA 4HTLA 5AQTA 3C6UA 3OYAA 1SAZA 2B4JA 4Z4EA 4JYAK 1YITN 4LF5K 3DLLL 4IDKA 4CHYA 4JKFA 5FDLA 4BQZA 1HLUA 1X9JA 5BRFA 1E3MA 5SWMA 2ETJA 3QIPA 1WN7A 2IAJA 4BRCA 3O5BA 1R0AA 4RW6A 1JCEA 4CEOA 3AVAA 4B8AB 3RVCA 3D2FB 1OVYA 4DTXA 5AFUH 3N4QA 5J2NA 4CI6A 4RW8A 3WXMB 4FK0A 5C2FA 3CHWA 3M1FA 5JVGL 1QQCA 3VQ4A 1NGDA 1NGBA 4B9UA 3N4PA 3G6EN 5AQZA 3LP0A 4CIFA 3NF7A 1RDBA 1SV5A 4ISFA 1GOAA 3OYFA 3SQ0A 1J54A 2HMPA 1ATNA 2RHKA 1KLMA 3CQ8A 2E2PA 4GV9A 4CEAA 4E1MA 3LDSA 3OS2A 1TL1A 1NGAA 4I2PA 2YJFA 3SQ4A 2P9NB 3MK6A 4F3OA 3EKSA 1NJYA 4JI4K 4CZMA 5C24A 3LM2A 1W97L 4NYFA 2UXCK 2FXUA 1KRPA 1LV5A 4B08A 1VQNN 2EWSA 2DFFA 2YKNA 3DLBA 4KHWA 4EFHA 4DS5A 2W41A 3L6QA 4E0DA 4FWQA 2D0CA 2ATQA 2NNWA 4C8OA 2FBVA 3IDHA 2D4WA 3C6AA 1OVQA 2YHYA 1ATRA 3MWTA 2HSTA 3I33A 3SBGA 4BRMA 3KK3A 4O44A 2B6AA 5KI6A 4CJ3A 1OH6A 5CHIA 2P9LA 2QKKA 4N56A 1YI2N 4JKGB 4B9LA 1FXXA 2XRIA 5AQFA 4NLBA 5HL7L 2OPQA 2E2QA 4JS5A 4H5RA 4ZTFA 4DQ8A 2A1SA 4AHRA 4A2BA 4HHTA 4JD2B 4H0YB 4H5WA 4DSKA 1SKRA 3CQXA 4I9QA 4KBOA 3OJSA 5HP1A 3U6FA 4KHSA 1S1VA 1VSKA 2IVPA 1N6QA 3KD5E 2RPIA 4BRDA 3WEEA 4FZZA 2RF2A 3TAGA 4B3OA 3AVFA 4BRHA 1OH7A 1KD1O 3QNOA 2V7YA 1U49A 1RBSA 3AO3A 4CFCA 3LWLA 4C8NA 2F8TA 1TKZA 3TABA 1BOTO 2QKBA 3ZT4A 4CZFA 4DTPA 2BUPA 4OGCA 5JICA 5BRHA 5C25A 4JK8A 4CF9A 1NGFA 3F5TA 3QEVA 1P90A 1VSMA 2KFNA 4I9LA 1HKCA 5C10A 5LMNK 3WXIA 3L0QA 3OTOK 3K9JA 4IZ9A 4O4GA 4FOIA 3MCPA 1JL1A 3DM2A 4BRFA 2I5JA 4DUZK 1Z05A 1LW2A 4KHQA 3SQ2A 4OJRA 3OVNA 1LOTB 4B1UB 5JLFA 2F4VK 3U8XA 3RWUA 3RRHA 3I8DA 4K25A 1X3MA 3HTVA 4YOTA 5KTQA 3OYMA 3PX0A 3SUPA 3VEVA 1UAXA 1S9GA 1WSHA 2IVOA 4RCHA 5ADXA 4PL8A 1I39A 3ISNC 4CFAA 4CJEA 3MN7A 5M1OA 4JKDA 1VQPN 1HYZA 4LSLA 3IG1A 2HHXA 5HBMA 3J8AA 3THWB 4DU3A 1BISA 4WF9L 1NWKA 4WQ5A 4M3WA 2HBLA 1NLVA 1S1UA 3VGLA 5M1KA 3S3OA 3HL8A 1EXQA 5HROA 4KI6A 3L8BA 3M5RA 4DKWA 3AO5A 2HHUA 5AQOA 4CJKA 3AVMA 1HJOA 4FWMA 1L3UA 1N32K 4DFPA 1BI4B 3OYGA 4CFDA 4CERA 4M3UA 3PY8A 4GMJB 1Q86O 3CF5L 4Y1CA 1N8RO 3CETA 3DLRA 3FZLA 1YF5L 4C8KA 1S22A 4QAGA 3NMUA 3ZCMA 3CJ1A 1GOBA 1QQMA 3EYZA 4FVUA 4FLVA 2OYQA 2E6LA 4K8XA 5KPZA 3R1XA 4OKJA 3CCVN 2WC9A 5JS1A 3BZKA 1C1AA 1RTIA 1C0GA 2HOEA 2UYTA 2WFBA 3L4QA 2FSJA 3BF3A 3MCAB 5M1NA 4DF4A 2O4IA 3LWMA 3K5NA 4A62A 4L8RB 2DPNA 1JLFA 5AQLA 3ENOA 3DXKA 1D9FA 3VEWA 2Y1JA 3FZMA 1XI1A 2E1ZA 3NGZA 3MN5A 3SQ1A 2NRWA 4DU1A 1HNIA 3DLEA 1OH8A 4M3ZA 2V7ZA 2PYLA 2ZGYA 4PY5A 2P9KB 3AVNA 4H03B 1SKWA 2E2OA 3M8RA 3LALA 4IJAA 1BIUA 1E4GT 5BPLA 2V52B 1VSLA 4MFBA 5FPEA 1ZBUA 4JK9A 2HB5A 3QB0A 3KWIA 3VTIA 1BO5O 1LWFA 5CR4A 2Q3SA 4OLAA 3HOTA 3VQ8A 2HBJA 4AF1A 5GADP 2HF3A 3VQ9A 4DMNA 1WSFA 4FZXC 1NK9A 2D1KA 3HT3A 4Z94A 1WAFA 1BIZA 3CCJN 4DWIA 2YI1A 1BWFO 3TSUA 3UKUA 3M8SA 2ZE2A 3F2KA 4MDBA 4B3SK 4M7XA 2Q1NA 4IEEA 2VGMA 2ZQBA 4EIAA 3OYKA 1SL1A 2NRVA 3RRGA 3NVMA 5FPMA 3C94A 3ATVA 3VQPA 4AHTA 3L2RA 1K8KA 2O8BB 3T3FA 2KZMA 4CGGA 4FO0A 2QM1A 3J7AP 3LDPA 2PBDA 3O1WA 1YAGA 5AQUA 4FXDA 3FLCO 3MDQA 1NNEA 3AO4A 2YHBA 1HPMA 3GDQA 1N34K 1EQYA 4M3TA 4LF9K 3SUQA 3NAEA 3IUCA 3LPTA 4Z4HA 1ZBHA 3VA3A 4I6MA 4R5PA 1EWRA 3S3NA 2ZD1A 4LC9B 3TSQA 2P9IB 1S9EA 1CZAN 3HRGA 2HNDA 4DU4A 3TWHA 4M42A 4XH4A 4JN4A 1SL2A 4IOXA 1W7AA 4H0XB 4FM1A 4FJHA 4FPAA 3OJUA 3JXUA 3VTHA 4M7YA 1EWQA 2VWBA 5HOOA 2QTDA 5J2QA 3V1RA 3PV8A 3E9LA 4DTJA 4RG8A 3V9XA 4CJUA 4GVEA 2VGNA 4GV3A 3MXMA 5AQRA 4CJFA 4E7JA 4DSJA 2Z1HA 3KHYA 2ZWHA 2W6LA 2X6NA 4NYNA 1WB9A 5DMRA 1U6ZA 4BG9A 2X6SA 3CERA 1N36K 4CBUA 3B6OA 3OYIA 1C1CA 4TSXA 5AZJA 4DLEA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2OTJ N;  3CCS N;  3CXC M;  1VQK N;  5GAD P;  1YJN N;  1VQM N;  2ZJP L;  3G71 N;  4UY8 O;  5JVH L;  3CCJ N;  3CPW M;  1VQP N;  2QEX N;  4U67 L;  5H1S Q;  2OTL N;  1QVF M;  3CCQ N;  1M1K O;  3CCL N;  4WF9 L;  1W2B M;  1KQS M;  5DM6 L;  1YI2 N;  1YIT N;  3CD6 N;  5HL7 L;  3DLL L;  3CCU N;  3G4S N;  4IOC L;  1YJ9 N;  1JJ2 M;  1Q81 O;  4WFN L;  3CCE N;  1Q86 O;  1VQO N;  3I55 N;  3CF5 L;  1S72 N;  1N8R O;  1KC8 O;  1OVY A;  1YIJ N;  4WCE L;  2ZJR L;  1VQL N;  5DM7 L;  3CCV N;  1KD1 O;  4WFB L;  3PIO L;  3CC7 N;  5JVG L;  4IO9 L;  3CCR N;  3OW2 M;  3I56 N;  4WFA L;  5MLC Q;  2QA4 N;  3CCM N;  1VQ9 N;  1VQ6 N;  3CME N;  3G6E N;  1K9M O;  1Q82 O;  3J7Z O;  3CC4 N;  1VQ4 N;  5GAG P;  5GAE P;  3CMA N;  1M90 O;  3PIP L;  1VQ7 N;  1NJI O;  2ZJQ L;  1Q7Y O;  3CC2 N;  1ILY A;  5GAH P;  1VQ8 N;  1YJW N;  1K8A O;  1YHQ N;  4IOA L;  1K73 O;  1VQ5 N;  1QVG M;  1VQN N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3MWP A;  3DXK B;  3D2E A;  1NM1 A;  2IIR A;  3LP1 A;  2QWO A;  1J53 A;  2F9T A;  1HQU A;  2A40 A;  5JMV A;  1C6V A;  1QTM A;  1QHT A;  1MA9 B;  2PAV A;  2BE2 A;  4CGJ A;  2HHQ A;  2BDP A;  2EX3 A;  3UKR A;  4AHV A;  1DGK N;  3V81 A;  3L2U A;  4FLW A;  1TUU A;  3M8P A;  2E2N A;  4KHU A;  4H5V A;  2VQE K;  1NOY A;  3NHG A;  2UUA K;  3DOL A;  3WT0 A;  3MEE A;  3BZC A;  3MXJ A;  2AA4 A;  2YHA A;  3VOV A;  4CGH A;  3DLH A;  3C7N A;  2YKM A;  4PKG A;  3OYN A;  4J2D A;  5DK5 A;  1TK8 A;  2G8V A;  3IFR A;  2G8F A;  2GX9 A;  2XY7 A;  3VQQ A;  5ELZ A;  4DF8 A;  3KD1 E;  4HCB A;  2NRX A;  5EU7 A;  1TK0 A;  2ITG A;  3UKU B;  3CJC A;  3ULE B;  3THX B;  3AAR A;  1U48 A;  4JEP A;  4L3Q A;  4YNQ A;  1NGC A;  2GEM A;  1IBM K;  2DFE A;  4MO5 A;  4V19 S;  1JKH A;  3ZSO A;  3WXK A;  3KK2 A;  4WE1 A;  5B8H A;  3ZSZ A;  4BRP A;  1B9D A;  4ICL A;  3I56 N;  1K8K B;  1SUQ A;  4BVP A;  4DQQ A;  3HPH A;  3HPO A;  4MDA A;  2FSK A;  5AQJ A;  3S41 A;  5GIN A;  2A1R A;  4DSL A;  5GAE P;  2E1Y A;  1BU6 O;  3C65 A;  2P5O A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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