3I56N

Co-crystal structure of triacetyloleandomcyin bound to the large ribosomal subunit
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of triacetyloleandomycin and mycalamide A bind to the large ribosomal subunit of Haloarcula marismortui.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome/antibiotic
molecule keywords 50S ribosomal protein L2P
total genus 45
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3i56N00
1QVGM 3G71N 1YI2N 5DM7L 5GAHP 3CF5L 3CD6N 2OTJN 1ILYA 1KC8O 3CMEN 1VQ4N 1VQKN 3CCJN 1VQLN 4WFNL 1W2BM 3G6EN 4WFBL 3CXCM 1YITN 4U67L 3CC7N 1K9MO 1VQON 3PIOL 3DLLL 1NJIO 1VQ8N 3OW2M 1M1KO 2QA4N 1JJ2M 1VQ7N 1YJWN 1Q82O 3CCEN 1VQ9N 1YJ9N 3CCUN 1VQ5N 1YIJN 1YHQN 5GAGP 2ZJRL 1Q81O 1KQSM 1K8AO 4WFAL 4UY8O 1N8RO 1S72N 1VQMN 3CCQN 1Q7YO 4WCEL 4IOAL 3CC2N 1VQ6N 5GADP 2ZJPL 3I55N 4IO9L 4WF9L 2ZJQL 3CC4N 1Q86O 5MLCQ 3CCMN 5HL7L 3CPWM 5DM6L 1QVFM 2QEXN 1K73O 3CCLN 1OVYA 5H1SQ 1KD1O 3J7ZO 3CMAN 5GAEP 1VQNN 1M90O 2OTLN 1YJNN 3PIPL 1VQPN 3CCRN 3I56N 5JVHL 3CCSN 5JVGL 3G4SN 3CCVN 4IOCL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FJKA 3RMDA 3LDOA 3CETA 5BPLA 1MDUB 3ASMA 3DXKA 3M5RA 4BR2A 4LSLA 2O8FB 2ZM6K 1BI4B 2OPQA 1VQKN 1TKZA 3MWPA 3UIQA 1VQLN 3T1AA 1RFQA 2VWBA 4O5FA 3SNNA 4BR5A 1VSLA 3LDPA 4J8FA 3PLAA 1L3UA 4FJJA 1A5WA 1RDAA 1BISA 1LV5A 4KHSA 3CJBA 1HPZA 3VPZA 3SQ2A 2WUSA 4H0VB 3SQ1A 2GBZA 4DHYA 4LFCK 3KVGA 1N34K 2G8WA 4JKAA 2OYQA 3DJCA 1BDGA 2FSJA 4BRFA 4HVJA 2IAJA 3LZIA 1WAJA 5B8HA 4CIEA 3AGRA 2A41A 2F7TA 3TTCA 1VQ6N 2UXDK 4IFEA 3U3YA 2E5LK 5BR8K 4B1WB 4GW6A 4RCHA 4E7HA 3HVRA 5JS1A 3UE5A 3L0QA 3V1OA 1HKBA 2BANA 5D3GA 1NLVA 2PBDA 3PY8A 4F3OA 4DTJA 3EKUA 1CLQA 3DAWA 4GV3A 4JKFA 4CEQA 1MU2A 1IBKK 1MWKA 3RMBA 4H5NA 2ITMA 4GVEA 3VEXA 3CHWA 2OANA 3J7ZO 2WC9A 5C2FA 3MX5A 1HJRA 3VQDA 3KJVA 3SBGA 4C1NI 1XUPO 5EXWA 4CJPA 1BIUA 2VWKA 3K2PA 1E3MA 4V19S 1NK0A 1BCMA 1WSIA 3AA4A 3ZYYX 4E1NA 3ID8A 2VQEK 3VTHA 5AQPA 2JWLA 2P9UB 4CGIA 2RHKA 3AVLA 3MK6A 4BDYA 2CGKA 3S41A 1BI4A 4FM1A 2NRHA 1KFSA 3IS9A 4IOCL 1NKBA 1QVGM 1RBSA 1GLDG 1JL2A 1ZXOA 3V9WA 4BRIA 4FJ8A 1J54A 5C42A 3OYAA 3ZETA 1VQ4N 4UQGA 4JHDA 4DU4A 4BGAA 4H0PA 1S1UA 2O4IA 3KK7A 4CVNE 2AP1A 4KKOA 3ZEUB 2P9SB 4DV7K 3E9OA 3VGLA 4Y0WA 3ITHA 2D0AA 5HOOA 3PX6A 3OS1A 5HROA 4FWSA 4OJRA 4ZTJA 1IG9A 2RN2A 3BGRA 3T7ZA 4ELVA 4JAXA 5AQMA 3DLBA 3H45C 3QB0A 4BR0A 2P51A 3NBPA 3MN6A 2W6LA 1NK6A 4CF0A 3MEEA 4CHQA 2YJEA 2I7NA 3ZT3A 4ID1A 3VF4A 1O13A 4AHVA 1WBDA 4BRCA 5M1OA 3DI6A 3V9XA 1T3VA 5CYMA 3DLRA 4DSFA 3C6AA 4LFBK 5GADP 4NXMK 4O8UA 3VEVA 3KK2A 3CC4N 3P39A 1W9HA 2VGNA 1SUQA 1GOCA 3O80A 4GVMA 1IV0A 4EP4A 1X9WA 2UXBK 4FZZA 1LWFA 5BRHA 3AVCA 2P9KB 4OVLA 2KTQA 1UA0A 4MO4A 5LL6Z 4Q5VA 3QEIA 2BH1A 3WXIA 4JS4A 4YOWA 2NRVA 3B8AX 3KD1E 1A5VA 1SL1A 4FSVA 2GWKA 1Y97A 2RF2A 1KVAA 4O44A 1ESVA 3VEOA 3AA3A 4A61A 3KK1A 4FZXC 3I8BA 1JXEA 3IAYA 3BF3A 3I0RA 2F96A 2CH6A 3LP3A 2DFEA 2DTUA 2DPNA 2E6MA 2E2NA 3HSTB 4IJNA 3MXMA 3MXIA 1HJOA 2HHWA 5CHIA 1IO2A 3J81O 3KTQA 2E20A 4E1JA 2Q0UA 5TKWA 4KFBA 3BZKA 2YJFA 3CYMA 5I42A 3PX4A 3D7EO 1OH6A 3J7YP 3NH0A 2YI1A 2E2QA 4DSIA 4AH9A 1N32K 4CZHA 4E7JA 4KHQA 4AQYK 3G0ZA 4EP5A 3E66A 1VQ5N 5KRTA 4PKHA 3MWTA 3U9ZA 1B9DA 5FPNA 4FJ7A 1RT5A 4MDBA 3O4QA 2ZGYA 1NGJA 2ZJPL 2B6AA 2WBNA 3TAPA 3G10A 2G8VA 3WEEB 3ZX2A 2E1ZA 3NFAA 1LW0A 4CEDA 4U7BA 3KLFA 2O8EA 3FZMA 1IG8A 2YKMA 3T1YK 4ELUA 5AFUH 1WOQA 3OYCA 4IBNA 3HXMA 4AHUA 3SV3A 2GTDA 3AVAA 1KD1O 1LW2A 2Y1JA 1NK4A 4WYBA 4E7KA 2WONA 1JLEA 3O9SA 4BROA 4CJVA 4Z94A 1VHXA 3E1YA 5CZ1A 3O9UA 1NOYA 5KPRA 3W0LA 2QWNA 4LH5A 4JI5K 3DOLA 1OH8A 3AO3A 1NK7A 3AVKA 4GMJB 2NRWA 4F8RA 5E26A 3NHGA 1YT3A 1RBUA 4BR7A 1VK0A 2FSKA 4FM2A 3VGMA 3DRRA 1BGXT 1X9MA 1TYQB 4OX9K 3MCPA 1T05A 1VRUA 2OA8A 3OVNA 4I6MA 3QERA 4QOZB 3NGYA 3THYB 1HYZA 1BQMA 1VAZA 5HRSA 4HCBA 5FROA 5C2DA 2HMIA 4KREA 5M1QA 1RT2A 1NJZA 2BDPA 1L3VA 1NBWA 1RDCA 4C23A 3WXMB 1UOCA 2ETJA 1QSSA 5AQJA 1RILA 4KHPK 3C6HA 3L2UA 3SPYA 3F9MA 3ATVA 4CHYA 2P9UA 4AM6A 1BIZA 2D1KA 3AVMA 4CE9A 4NCBA 1I39A 3OYBA 4CK3A 1L3TA 5AQQA 4DR4K 3ENOA 4B1XB 5CZ2A 3AY9A 1YHQN 3AA5X 4CJUA 4JI3K 1GLLO 4UY8O 1BHLA 3CCQN 1RDDA 3VF6A 4FWOA 4BQZA 3CM5A 4DSJA 3VQ9A 4N76A 3LL3A 3KWIA 3AA2A 3Q7CA 4EFHA 3VN5A 1WSGA 3CJAA 2QWQA 5FPDA 4KAZA 4EIAA 3V4IA 3HPHA 3WNFA 3BY5A 4IDHA 1CZ9A 2P9LA 2UXCK 4CJ5A 4KTWA 1C0GA 3CJ9A 3H46O 1M90O 3HJFA 3L2QA 3OTOK 4CERA 2BUPA 2E1YA 4KTQA 3TI0A 2HVIA 3P83D 4B1ZA 4GKJK 3FZLA 3GG4A 4HUEA 1S3XA 3CPEA 2A1SA 3UKRB 2HF4A 4CI6A 3QINA 2GEMA 4FW2A 4AHRA 4G9ZA 4A2BA 4ID5A 1DTTA 4Z4CA 3UKUA 3P31A 5JLHA 3SYZA 2NRTA 3EE9A 3NF6A 4I6MB 3RR7A 1NK8A 5FRMA 3HZ6A 1YITN 4JK8A 4FLTA 2I7PA 1XI1A 2P5OA 3AVNA 3DXKB 2NRXA 3ZSQA 4YNQA 4DMNA 3NGIA 3OBYA 4LF6K 2F4VK 3ZX0A 1S1VA 3LDSA 3K9KA 4FOIA 4K25A 1BA0A 4YOYA 3ULEB 1VQ7N 1KTQA 1BU6O 2Z1GA 1RBRA 3CQXA 4JKGB 4C8MA 3AO5A 2W40A 4OPAA 3V81A 4B9UA 1D8YA 4R5PA 2X74A 3D2EA 3SAFA 3LDQA 1LOTB 4FLUA 2HB5A 1EKEA 4IOAL 1L3SA 5M1KA 4JV5K 3QESA 3I55N 3AGKA 2KZMA 4NB4A 1WAFA 3KHYA 4CK2A 1ZBLA 1RBVA 4JKBA 1N33K 1U47A 4BG8A 1SAZA 5HL7L 4JNEA 1TKTA 4YY3K 1U4BA 2VQFK 1T6DA 4CIFA 1YTUA 4BGBA 4M3UA 4F4KA 3VENA 5KPTA 4M3TA 4M63C 3PO4A 1NJXA 3FFIA 4CEFA 1BCOA 1VQNN 3THWA 2HBMA 4LF7K 1C0MA 1E4FT 4BRAA 1HKCA 3VQ8A 2WOMA 1NGHA 4M3XA 1R59O 3TPQA 5EY4A 4KBOA 1YVNA 4KH6A 4ILGB 1J53A 1X9SA 3KLGA 5JVHL 4N56A 3CCSN 1KAZA 3OYKA 3DXMA 4CEBA 3QEXA 4FJHA 4O5BA 2KZZA 4B1YB 4LF9K 1GLAG 4I2PA 4YDUA 4M42A 3PUFA 1U2VB 4X66K 1C0UA 3ZSRA 3OA9A 3L2RA 4CEEA 2WFBA 2F8SA 3WQUA 3HI0A 3NH2A 3HP6A 5KGWA 2JWKA 1HMVA 3VERA 1HX1A 1XHXA 4U67L 2QWLA 3CC7N 5KI6A 4TSXA 1X3MA 3O3HA 4IFVA 4DWIA 2Z1JA 3WUHA 3ZSXA 2HHXA 1BUPA 3H3OB 4K43A 1TVRA 3VEWA 2HBKA 3ZT0A 4BRPA 3VA0A 4CGHA 2V7ZA 4PY5A 4YOUA 3FFKB 2FBVA 1YJWN 2RE2A 3DOKA 4CGFA 1EXQA 3W3DA 3JYTA 4FLVA 1Z26A 5M1PA 3SBTA 1V4SA 4CF2A 3CG7A 4XIUA 3P5JA 1K8AO 1U49A 4IOXA 4DR6K 4CZLA 4BC3A 4DFMA 3O4NA 1QHTA 1BA1A 2ATQA 2Q1NA 4AHSA 5BN8A 1HRHA 4DV6K 3DRPA 4JD2A 3CC2N 4BDPA 3CM6A 4CZGA 4DTMA 1EWQA 3K9JA 5AFUA 1HKGA 5F2RA 1QQCA 4K41A 2UU9K 5KQDA 1Z05A 3I8DA 3CCMN 3CJCA 3SUOA 1HQUA 2PYJA 4YOXA 2P5GA 3L8BA 3V9SA 5HRRA 4DQIA 3TR8A 3WNEA 2VG7A 3QFPA 4M45A 2FF3B 2YHWA 5H1SQ 4K0KK 2Q31A 1VSFA 2HSTA 3PSFA 2NRRA 3TSQA 3LDNA 2OPPA 1IJJA 3HPOA 4BVOA 3KIOA 3O6WA 3E9LA 4JKGA 4W5NA 5DK5A 4IJAA 4BR4A 2LSNA 1C0FA 3LZJA 3PIPL 3KLEA 3AVGA 4PL8A 3UB5A 1DTQA 3CCRN 2GV9A 3ZCMA 4Z0UA 1NGCA 4IFYA 4E89A 2NLXA 3AO2A 2FSNA 5GAHP 1LAWA 1EO1A 1C1CA 1GOAA 3O4WA 3EEQA 3M8SA 2ZGZA 3DXMB 3SUQA 4Z4IA 1T7PA 1S5JA 3KWGA 1TK8A 3O9RA 1WLJA 3G6EN 1JLCA 1GLJO 3HRGA 3NVMA 3A8YA 1X1PA 3CFPA 2DY4A 1WBBA 2QM1A 2Q36A 1QQMA 4WQ4C 4B9NA 3RMAA 4AF1A 3OS0A 3RRGA 4RW8A 1NGDA 4FWKA 4BE0A 2G8KA 1ZBIA 1RDUA 4FM0A 4IZ9A 1JJ2M 1YF5L 4PQUA 4NO7A 1VSEA 3D6RA 3FZFA 3GOIA 1NOZA 4H4OA 1NJYA 2YNGA 1IBMK 2OZMA 1I94K 4JRPA 4DF8A 4E0DA 4DQSA 4MLEA 4CBXA 2VYPA 2KFNA 1QSLA 2BE2A 1SV5A 4WFAL 3CFOA 3NAEA 1HYSA 1RGIA 3MXJA 3K5LA 4B3OA 4XH1A 3KK3A 2NZTA 4DG1A 1R0AA 3VQ6A 4NYNA 4WF9L 3WQTA 3QNNA 3EYZA 2GELA 4BR9A 5EU7A 1LWEA 3AVHA 3D2EB 3DLEA 1ZBHA 3K59A 1DLOA 1NKCA 2D0OA 2ITGA 2NUBA 3DMJA 3SAHA 2YHAA 4FLWA 4M3YA 5K14A 5J2PA 2IVNA 3CMAN 3M8QA 3OYFA 2ZWHA 4H4MA 1RTDA 5IWAK 2YX6A 1GOBA 3LP1A 1EETA 4CZIA 1JLBA 1N36K 4KHYA 1XWLA 4EHUA 4KI6A 3MECA 4NCAA 3DYAA 4W5OA 3HPGA 1T03A 1B92A 3IMXA 3OYIA 3QBXA 1HQEA 3WNHA 1NMNA 3HM9A 3NMUA 1RTHA 4CJKA 3VEYA 4GV9A 3CD6N 1ASWA 2KHOA 4I9QA 4FW1A 3LANA 1N6QA 3TSUA 4KI4A 4DTRA 4WE1A 4DQQA 3QO9A 2B4JA 5AQYA 3SV4A 3PO5A 3S3OA 4K8ZA 3CXCM 3RTVA 2O8FA 1HNWK 4YDUC 3ZSOA 3G25A 3OY9A 1QS4A 3R6MA 3FLCO 1NGFA 4PHTX 2HHTA 4DTXA 4I2QA 2E88A 5CYQA 4J2DA 2HNYA 2P9LB 1K6YA 1J5OA 3FE1A 4KPYA 2F9TA 2Y1IA 1OH5A 1WNSA 2Z1IA 3MDQA 3CCUN 1RT6A 5T7BA 1NK9A 3IKMA 2IGIA 3A5MC 4EZ6A 3DM2A 2ZJRL 4F2RA 4DLGA 5C15A 4RG8A 2YV0X 4FLXA 4O8KA 2GWJA 2B5JA 3LPTA 2FBTA 4BRNA 3CQYA 4HUGA 1NM1A 1XQSC 4IDKA 1TL3A 4NLBA 3AAPA 4CIGA 3LWMA 5M1FA 3SJHA 4LY7A 1ZC6A 4CD3A 4YHHK 3WXKA 2RPIA 3F5TA 5C0YA 2A42A 4CCHA 5AQZA 3LM2A 4FWLA 5F0XA 4JS5A 3RR8A 3EE8A 4A57A 4DUYK 1S6PA 3GL1A 4Z4EA 4B3SK 4B9LA 1WSEA 1BOTO 3OYLA 3ID6A 4DR3K 4DCHA 2O8DA 2G8IA 2IS3A 3GE1A 3VEZA 4A2AA 3L3UA 3JAMO 1LAVA 1EQYA 3SLCA 3QDKA 2OPRA 3OYJA 3O1WA 3JXUA 1FKPA 4CECA 1IKXA 5AQVA 3E9PA 1WN7A 1TAUA 1UA1A 3A5LC 1FXXA 1QSYA 1NMDA 4DV1K 2A6AA 3LDLA 3PSIA 1NK5A 3ZSZA 4EAHD 2PAVA 2NNWA 4B9QA 5AQOA 4JK7A 1CXUA 3L4IA 1JLQA 4A5AA 1YI2N 3RSEB 4YFUA 3MEGA 3KZBA 3TWHA 4DV4K 4NCGA 2HHUA 1IKVA 2HNDA 4LD0A 2HHVA 1TAQA 1C0TA 2QKKA 3DLKA 3H1VX 4J2BA 3AV9A 4BVPA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1QVG M;  3G71 N;  1YI2 N;  5DM7 L;  5GAH P;  3CF5 L;  3CD6 N;  2OTJ N;  1ILY A;  1KC8 O;  3CME N;  1VQ4 N;  1VQK N;  3CCJ N;  1VQL N;  4WFN L;  1W2B M;  3G6E N;  4WFB L;  3CXC M;  1YIT N;  4U67 L;  3CC7 N;  1K9M O;  1VQO N;  3PIO L;  3DLL L;  1NJI O;  1VQ8 N;  3OW2 M;  1M1K O;  2QA4 N;  1JJ2 M;  1VQ7 N;  1YJW N;  1Q82 O;  3CCE N;  1VQ9 N;  1YJ9 N;  3CCU N;  1VQ5 N;  1YIJ N;  1YHQ N;  5GAG P;  2ZJR L;  1Q81 O;  1KQS M;  1K8A O;  4WFA L;  4UY8 O;  1N8R O;  1S72 N;  1VQM N;  3CCQ N;  1Q7Y O;  4WCE L;  4IOA L;  3CC2 N;  1VQ6 N;  5GAD P;  2ZJP L;  3I55 N;  4IO9 L;  4WF9 L;  2ZJQ L;  3CC4 N;  1Q86 O;  5MLC Q;  3CCM N;  5HL7 L;  3CPW M;  5DM6 L;  1QVF M;  2QEX N;  1K73 O;  3CCL N;  1OVY A;  5H1S Q;  1KD1 O;  3J7Z O;  3CMA N;  5GAE P;  1VQN N;  1M90 O;  2OTL N;  1YJN N;  3PIP L;  1VQP N;  3CCR N;  3I56 N;  5JVH L;  3CCS N;  5JVG L;  3G4S N;  3CCV N;  4IOC L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4FJK A;  3RMD A;  3LDO A;  3CET A;  5BPL A;  1MDU B;  3ASM A;  3DXK A;  3M5R A;  4BR2 A;  4LSL A;  2O8F B;  2ZM6 K;  1BI4 B;  2OPQ A;  1VQK N;  1TKZ A;  3MWP A;  3UIQ A;  1VQL N;  3T1A A;  1RFQ A;  2VWB A;  4O5F A;  3SNN A;  4BR5 A;  1VSL A;  3LDP A;  4J8F A;  3PLA A;  1L3U A;  4FJJ A;  1A5W A;  1RDA A;  1BIS A;  1LV5 A;  4KHS A;  3CJB A;  1HPZ A;  3VPZ A;  3SQ2 A;  2WUS A;  4H0V B;  3SQ1 A;  2GBZ A;  4DHY A;  4LFC K;  3KVG A;  1N34 K;  2G8W A;  4JKA A;  2OYQ A;  3DJC A;  1BDG A;  2FSJ A;  4BRF A;  4HVJ A;  2IAJ A;  3LZI A;  1WAJ A;  5B8H A;  4CIE A;  3AGR A;  2A41 A;  2F7T A;  3TTC A;  1VQ6 N;  2UXD K;  4IFE A;  3U3Y A;  2E5L K;  5BR8 K;  4B1W B;  4GW6 A;  4RCH A;  4E7H A;  3HVR A;  5JS1 A;  3UE5 A;  3L0Q A;  3V1O A;  1HKB A;  2BAN A;  5D3G A;  1NLV A;  2PBD A;  3PY8 A;  4F3O A;  4DTJ A;  3EKU A;  1CLQ A;  3DAW A;  4GV3 A;  4JKF A;  4CEQ A;  1MU2 A;  1IBK K;  1MWK A;  3RMB A;  4H5N A;  2ITM A;  4GVE A;  3VEX A;  3CHW A;  2OAN A;  3J7Z O;  2WC9 A;  5C2F A;  3MX5 A;  1HJR A;  3VQD A;  3KJV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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