3I56N

Co-crystal structure of triacetyloleandomcyin bound to the large ribosomal subunit
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome/antibiotic
publication title Structures of triacetyloleandomycin and mycalamide A bind to the large ribosomal subunit of Haloarcula marismortui.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 50S ribosomal protein L2P
total genus 45
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3i56N00
3CD6N 3CPWM 1VQ4N 3CXCM 1M90O 3CC7N 5HL7L 1KQSM 3PIOL 5GAGP 1VQ8N 1KD1O 4WCEL 3CF5L 2ZJPL 2OTJN 4WFBL 3DLLL 1VQKN 1VQLN 1M1KO 1YI2N 3I55N 4UY8O 1VQON 3G71N 5JVGL 1YHQN 4U67L 1QVFM 1YJWN 1JJ2M 1YITN 1QVGM 1Q7YO 4IOAL 1K8AO 3I56N 1Q81O 3CMEN 3CCQN 1YIJN 2QEXN 3J7ZO 4WF9L 3CC2N 4WFAL 5DM6L 1Q82O 1N8RO 5MLCQ 1VQNN 1VQ5N 4WFNL 3G4SN 1YJNN 1K73O 3CCVN 4IOCL 5GADP 2ZJQL 3OW2M 3G6EN 1NJIO 1OVYA 3CCUN 2OTLN 1S72N 1VQ6N 1Q86O 5GAHP 1VQ7N 2QA4N 3CCSN 3CCJN 1VQMN 1W2BM 3CC4N 1VQ9N 5JVHL 1K9MO 5H1SQ 3CCMN 1YJ9N 5GAEP 3PIPL 1KC8O 4IO9L 1ILYA 5DM7L 3CCEN 1VQPN 3CCRN 3CMAN 2ZJRL 3CCLN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3I0SA 3HXMA 4BG9A 4WQ5C 4AM6A 1HJRA 2Y1IA 4E89A 2B6AA 3QFUA 4OVLA 3ZEUA 3TWHA 4K42A 4B1WB 2NRWA 1C0TA 3LWMA 1E3MA 1LCUA 1RDUA 1L5UA 1NWKA 2UXBK 3HOTA 4B9UA 3GL1A 1ZXOA 2Z1GA 1J5EK 4L8RB 3OYJA 3UKUB 3IG1A 4GMJB 5HRSA 3NDKA 3P1GA 3WNEA 1C1BA 3E01A 1TKXA 1D5AA 1YF5L 3ZSWA 4J2DA 1VQON 3MX2A 4FWMA 4BE2A 3LP2A 4F9OA 1NMNA 2ASOA 3E9LA 1XMOK 2VWBA 1KLMA 3VMFB 4DUYK 3LP0A 1KLNA 2UUBK 3OTOK 1VSHA 2HBJA 3VQBA 5EVZA 2OYQA 2KFNA 1YVUA 4KH5A 2E2OA 2KQ2A 3NH1A 2WUSA 3CQXA 4BDPA 2XO7A 4O8UA 1VHXA 4W5NA 2BUPA 4JHDA 2RN2A 5FPEA 3WXMB 1NKEA 2AP1A 2NRRA 3KLFA 2HHXA 2O8FB 3EE8A 1U04A 3FE1A 4FLZA 3TSQA 5KPTA 4YOVA 3CCVN 1VSFA 2ZJQL 3KZBA 4IJNA 3MN7A 4OLBA 2RPIA 2P9SA 4LSNA 4M41A 3OS1A 4H5VA 3SCXA 4FJ9A 4E1MA 4DV5K 4FOIA 4DSKA 4DQIA 4QAGA 3QEVA 2XY7A 1T7PA 4KB0A 3SQ0A 1HYZA 3VF2A 2QXFA 4CEZA 2ZM6K 4DSEA 3THVA 4MO4A 3VOVA 3SPZA 3OVNA 5AQMA 3FZHA 2IOCA 3H45C 4JKGA 3IUCA 4A62A 1XNQK 4KHYA 3AVJA 4BRCA 1HKCA 5AJ3K 4F2RA 4F4KA 4FJHA 1NGHA 2P9PA 4Z4EA 4CZFA 3O4NA 1ATRA 3LALA 1QSSA 1N34K 4RCHA 1RDBA 2E88A 3J8AA 2QWNA 4CEFA 3ID6A 1T03A 3FZFA 3WQTA 2I7NA 1NM1A 3ENHA 3CC7N 4C23A 2FC0A 1YT3A 2DY4A 3AA4A 1Z6RA 1BQNA 3HYFA 3SBGA 2KZZA 3ZETA 4CD3A 4AHUA 4F3OA 1IKXA 1O13A 5C12A 3C65A 3R9PA 3QMLA 3WXLA 3TAPA 2O4GA 4PKGA 2UU9K 3B6PA 1XWLA 3MN6A 4YOWA 4IBNA 5JMVA 3NF8A 5LJWA 3P31A 3L0QA 3TPQA 2KFZA 1YJWN 3CPEA 1XI1A 1TYQA 2Q97A 1WSEA 4G9ZA 3AA5X 1O1WA 3AVFA 3VQCA 3DRRA 4PKIA 4R5PA 3DWLA 2HHUA 5CYQA 4LF8K 3O3HA 4CJEA 3HP9A 4CGGA 3MN9A 4I9QA 5J2QA 4FO0A 2P9KA 4ILGB 3T69A 1Q9XA 1SAZA 4BWMA 2OANA 2P9LB 2ZWHA 1YJNN 2Q2RA 3EEQA 1HQUA 1RT6A 1B92A 1LWEA 3VPZA 4K25A 3ZCMA 3CERA 4LC9B 4CEBA 1Q8IA 1KCFA 1GOBA 4WE1A 2KW4A 4BR9A 3DRSA 1QTMA 5J2PA 3HPHA 2QA4N 4HCCA 1S6PA 1OKJA 4MDAA 4AILC 1NK7A 1RNHA 3ZX3A 2P9UA 4GNIA 2V7YA 3ZSRA 3KTQA 2E2NA 5AZJA 4M7XA 3SMSA 3U6FA 1C1AA 4DTSA 3AVMA 3A8YA 5I9EB 2HBKA 2WBNA 5AQNA 3CPWM 2IVNA 3RRGA 4EIAA 1ZYQA 1IBLK 2FSKA 3FFIA 3BDPA 3M8RA 2HOEA 3LDOA 2E6MA 4CK1A 1BO5O 4E19A 4KI6A 3VF4A 4JI6K 4BE0A 1OH8A 4H0XB 1X9WA 1JLEA 3EYZA 1F21A 4RW9A 1NJWA 3D2FA 4JLHA 4BWJA 1KFSA 3GBTA 1BI4A 1KVBA 1BCOA 2A3ZA 2ZF5O 3G71N 5JVGL 3KD5E 5M1NA 3D2EB 1JXEA 5BRDA 4DSFA 3CQ8A 1IBKK 4A2BA 3TSUA 1GOAA 1JJ2M 3THWA 4I6MB 3OYKA 4BRQA 5AQLA 1NK6A 2G8IA 1RFQA 4ISFA 3ENOA 2A1SA 3J7ZO 1JLGA 5BPMA 5CHIA 2GWKA 3A5OC 3OBWA 4O5FA 4C1NI 3U9ZA 3ZSXA 3H3NO 3C6UA 2HVHA 5GADP 1FJGK 4W5QA 2YJEA 4B9NA 3PV8A 3V1RA 1GOCA 4ELUA 3LDNA 3NGIA 4B1ZA 4FJIA 4JKDA 4EAHD 1WLJA 1W2BM 1NNEA 4CJSA 3VQDA 5A2QO 3L2QA 3I8DA 5JVHL 1QHTA 4FLTA 2Z1IA 5GAEP 3TU5A 4CJWA 4KV8A 3WNHA 3QERA 1RTHA 5C2DA 3D45A 3C95A 3VETA 2P9NB 3O9RA 3F9MA 1NKBA 4DU3A 3UB5A 3O9UA 1YAGA 1GLEG 1RTJA 1Q9YA 4BRGA 3PX4A 3LZIA 2LSNA 3MEDA 4NCGA 4C8NA 4M3XA 2VGMA 1V4TA 1KQSM 1EO1A 5BRHA 2OPQA 1VAZA 2E6LA 1TVRA 1XMQK 3L8BA 4YDUC 5EOYA 4HCBA 2EHGA 4BC4A 3H3OB 1YTAA 1OH5A 3K57A 1U2VB 1C0FA 3UKUA 1ATNA 3F2KA 3KLEA 4FLWA 3SV3A 1IG9A 4N47A 3J81O 1YITN 4B1VA 1BQMA 3SYZA 1SQKA 3HTVA 1VSLA 1Q7YO 1LW2A 1Q81O 3QEPA 2GUIA 2KZMA 2VQFK 4WFAL 3VQAA 3TAMA 3HO1A 2BTFA 1IKVA 1NU0A 4DR6K 2JWLA 1VQNN 3VQQA 1IO2A 5CZ2A 3ZT3A 4ZTFA 2NRTA 3HM8A 4KAZA 4DTUA 4QOZB 2Q31A 3T3FA 4FL9A 2VWKA 1RCHA 2HHSA 3MXMA 3KKRA 4FCYA 1KRPA 1WB9A 2O8FA 3MWTA 1S72N 4BRNA 3NE6A 2YHBA 3OYIA 1NKCA 5GAHP 1I3AA 2DFFA 4E7LA 4J2EA 2E4LA 3CCJN 4ISEA 1RILA 3B6OA 3OYLA 5AQKA 4BRKA 2D1KA 4HUFA 2HBMA 3NF9A 4CJPA 4EZ9A 1A5XA 3C6HA 4H8KA 1TKZA 4CF2A 3CCRN 1T3VA 4AHSA 5F1XA 3TAFA 3SPYA 4FJ5A 3EZ5A 1H1VA 2FF6A 4CEOA 4CVNE 2A6AA 1QE1A 3OS0A 2HHHK 3O1BA 3JXUA 3OJUA 3QNOA 3I33A 1ASVA 3CG7A 3CJ7A 4DTJA 4OKJA 1C0MA 4A2AA 3SK3A 2OCEA 2ZGZA 3QEWA 4DB3A 1J5OA 2UXCK 1BHLA 4QS7A 3UKRB 3PLAA 1TUUA 3WUHA 4FWKA 3SUQA 1UAXA 2IC3A 1S1WA 3IS9A 4BGAA 5AQVA 4DTXA 3C7NB 1ITGA 4CF8A 4CF9A 5HBMA 3RRHA 5BN8A 1KAXA 1D4XA 1BL3A 4LFAK 3DLHA 2G8WA 3NH2A 2D0CA 1S3XA 4ZHRA 1IBMK 4CJTA 4K0KK 3NF7A 3I56N 4KH6A 4CFDA 4K41A 4H0YB 4CGJA 2P51A 3QO9A 3ULDA 4JNEA 4BRHA 4YOXA 5AQOA 1NK9A 1GLBG 3V9WA 3VQ8A 4EP4A 2W40A 3OW2M 1NJIO 2HNDA 3ALYA 4DFJA 4FJNA 3THXB 1L3UA 2XY6A 4FW1A 2P9LA 2JGUA 2X78A 4LF4K 1GLFO 5KRSA 4E3SA 1BGXT 4CHYA 3Q7CA 2YHWA 2PBDA 1KFDA 4CBWA 3TAQA 2YNGA 1QSLA 3PX6A 3K9JA 3ENBA 4DQPA 3AO3A 4JKFA 4JK8A 3ITHA 1WSHA 5HRNA 4DV2K 5AQQA 1RDWX 2G8VA 3O08A 4GKKK 1VQPN 3HP6A 3CMAN 1JCEA 4ID5A 4KHPK 4QCLA 3CIPA 3LAKA 3BP8A 4DSLA 4BR7A 3R8EA 3BZKA 3RTVA 4OPJA 2QWMA 2QWQA 4GVEA 1EWRA 1LOTB 3M1FA 2QTDA 4GV9A 5KGXA 3O6WA 1DEJA 4CGHA 3N4QA 2HNYA 3EZWA 1J9AA 4CZKA 4EHUA 3CF5L 3AAPA 4JAXA 1WSFA 3O80A 5KTQA 3L2RA 5DMRA 4Z94A 2HSTA 3VF6A 3I55N 4IXCA 4XEIA 4BC3A 4DTOA 3THYB 3OYEA 3LPUA 3O3FA 5GIPA 4HHTA 4XIUA 4U67L 4LH4A 3U8XA 2HW3A 4OPAA 4CZIA 2E2QA 4CZMA 4GV3A 2YNHA 2G8UA 3A5NC 2ZGYA 3D2EA 4PQUA 4JKCA 1OVQA 1SZ2A 4DU4A 1U49A 2P5GA 4I6MA 4FWPA 1BU6O 1HX1A 2HMIA 1XHZA 3NVKA 3DI6A 4LF7K 3MXIA 1NOYA 2GWJA 1IJJA 4YOYA 3KWIA 3Q7BA 4NCBA 5AZIB 3ZX2A 4FVUA 4O0JA 4XH5A 4AM7A 1WSIA 2PYLA 4IWVA 3RSEB 2IGIA 2Q1NA 4H5WA 5BRFA 3CC4N 4ILHA 5J2MA 2CH6A 2RF2A 3SQ2A 5EU7A 1DLOA 4E7HA 1ILYA 1P90A 3CJBA 2WONA 4JRQA 4B3OA 3CJ9A 2QXLA 3RR7A 1ZBHA 4A57A 2ASMA 3EKUA 4CHPA 3KWGA 4YFUA 5C0YA 3H1QA 4Q5VA 4GKJK 3HSTB 1RT1A 1IG8A 4OPHA 4CHNA 5EXWA 4I9LA 3CXCM 4DF8A 1I94K 1R59O 1S9GA 3AV9A 3CQYA 5M1QA 1NJZA 2P9NA 3F5TA 4CI6A 3IAYA 2HB5A 3VENA 2FBYA 1RT4A 4I2PA 5BN9A 1HJOA 4GW6A 4BVPA 4KB1A 2D0AA 3VQPA 5HRPA 2YV0X 1BIZA 1YHQN 2QKBA 4DTNA 3P83D 4IKFA 4JS4A 4DQ8A 4C8OA 2GX9A 3ZLJA 4DF4A 2FF3B 1U2VA 3LZJA 5LJVA 1X9MA 3NBPA 1BWFO 1K8AO 3CCQN 4CZLA 5FLXO 1EP4A 4H0PA 1ZBSA 3LDSA 1XHXA 3V1OA 1CZ9A 4Z0UA 4DSJA 1BDGA 4IOXA 4CJRA 2Z1JA 4DUZK 4LF5K 3MX5A 3UIQA 2BGGA 3L6QA 2XHBA 4JI8K 3DLGA 4CD1A 3C6TA 3U3YA 1HLUA 4RW7A 1T6CA 3LM9A 2HHWA 4IG0A 1V4SA 2DFEA 1QHAA 2OTLN 4CHOA 1C0GA 4YNQA 1S9EA 5HRRA 1VQMN 3NVMA 1HKGA 4J2BA 1W0HA 5H1SQ 3KK3A 4CFCA 3SUNA 4E7IA 3PIPL 4ID1A 4Y0WA 4CFAA 1LAWA 2A40A 4AQYK 4NYFA 4CF0A 5J1EA 3AVLA 3HM9A 1JXBA 3O9TA 2PZSA 3L4IA 1QQCA 3JS6A 2ZJRL 4BREA 4E7KA 4M3ZA 4CGDA 2KHOA 5C2FA 3K0SA 3QNNA 3WT0A 1P8ZA 4C1NK 2F96A 4BVOA 1DGKN 3M8PA 1R0AA 1BA0A 1FW6A 1JKHA 4F3TA 4B9LA 2D4WA 1S5JA 2ATQA 4CERA 1Z26A 2W41A 1RDCA 3S41A 4DFMA 5AQXA 3RVCA 4IEIA 2OTJN 5JICA 1NGEA 4DLGA 4ELVA 3QIOA 1L3SA 4CBUA 3E1YA 1HUXA 3P4IA 4KTZA 2RKIA 3HT3A 1QQNA 1WSJA 2HBLA 3UKRA 4B9TA 5FRNA 2HHVA 3OYMA 1JL2A 2JLEA 3HVRA 4CK2A 4PUOA 4YHHK 4FJGA 1RBRA 1ESVA 4UQGA 2CGJA 4B08A 1WAFA 1BCMA 3C7NA 5AQTA 1MWKA 1EX4A 4CF1A 4B3MK 1NGAA 3A5LC 4BR2A 1L3VA 3AVBA 1JLAA 1ZBFA 3QINA 4NXMK 5FPDA 2D0BA 4J2AA 4U7BA 2VYPA 2HF4A 3KJVA 3AVHA 3AVKA 4M7YA 3G4SN 4ZTJA 4A5AA 3A5MC 3J7AP 4JD2B 5C10A 3OHRA 1QS4A 3MAQA 1IV0A 3MEGA 4X65K 2B4JA 3CCUN 1VSEA 1TL3A 4PA1A 3O4WA 1RDAA 3VQ5A 4FXDA 1VQ7N 2NRVA 3ULEB 2P1JA 5KQDA 4B9QA 4XH1A 3DJCA 4IO8A 4JEPA 3THXA 1KAZA 3CJ1A 1UA0A 3DLKA 2ZE2A 3AO2A 4JYAK 1J54A 2OA8A 4JKBA 3E66A 4CE9A 2HHQA 1LV5A 2QWPA 4CEDA 3CI5A 4DS4A 1HNWK 1B9DA 1ZBLA 1VSMA 3F73A 3V6DA 3RMCA 2F8SA 1VQ4N 4KREA 4BR0A 2OPSA 1M90O 1A5VA 3FZMA 5HL7L 2E8AA 2KLAA 4E1NA 2I5JA 2WTUA 2QM1A 3N4PA 4H0VB 1M1KO 1Y64A 3W3DA 2ITMA 3OYNA 2UUCK 4CJ3A 3UE5A 3HRGA 3QEIA 4JKEA 4BRFA 1XC3A 4MFBA 4C8MA 1TK0A 2XY5A 3R3LA 4DR1K 3CJCA 2IAJA 3WEEB 3CM5A 3ZT2A 1QVFM 5AQRA 3SZ2A 2BE2A 2E20A 2P9IB 1VSDA 4RW6A 1NGCA 2V52B 3THYA 5E26A 1JCGA 3ZT4A 1HMVA 3VEWA 4CW7B 4TSXA 4WQ4C 1KSPA 3D7EO 1K6YA 3S3NA 4FM2A 4IDKA 3T19A 3TR8A 1VK0A 4M42A 4PL8A 1SUQA 2PFUA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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