3I56N

Co-crystal structure of triacetyloleandomcyin bound to the large ribosomal subunit
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of triacetyloleandomycin and mycalamide A bind to the large ribosomal subunit of Haloarcula marismortui.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome/antibiotic
molecule keywords 50S ribosomal protein L2P
total genus 45
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3i56N00
1W2BM 5GAEP 3I55N 3CMAN 1VQ4N 5HL7L 1VQ7N 1YHQN 3CC7N 1VQ8N 1OVYA 3CCQN 1QVFM 3CCEN 1M90O 2QEXN 1VQ5N 3CPWM 1K9MO 4IOCL 5GAHP 5MLCQ 3DLLL 1VQNN 5DM7L 1YI2N 3CC2N 3I56N 4U67L 1M1KO 1YJ9N 1Q81O 1Q82O 1VQLN 1Q7YO 3CCMN 1Q86O 3OW2M 1K8AO 4WFAL 2ZJQL 1KC8O 3CCSN 1YITN 3G71N 1N8RO 1KQSM 1YIJN 3CCLN 3CCVN 1VQPN 2ZJRL 1QVGM 1ILYA 4WFNL 3CD6N 5GAGP 3CMEN 1VQON 3CXCM 3CCRN 1K73O 2ZJPL 1S72N 1VQKN 5DM6L 3G4SN 4WFBL 1VQ6N 4WF9L 3CC4N 5H1SQ 4WCEL 5JVHL 1VQ9N 3PIOL 1VQMN 2OTLN 3G6EN 5JVGL 1YJWN 2QA4N 4IO9L 4UY8O 5GADP 1JJ2M 3PIPL 3CCUN 2OTJN 1NJIO 1KD1O 4IOAL 3J7ZO 3CCJN 3CF5L 1YJNN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4B9TA 4NXNK 4CERA 1QHTA 4RW7A 1TVRA 5C2DA 2FBXA 1YHQN 2YV0X 4CFCA 2QK9A 1DLOA 2OANA 1ESVA 2HNDA 3CCQN 2ZF5O 4ILGB 4F4KA 4NLCA 2QKKA 3MEGA 3R3LA 1NGBA 3TAFA 5GAHP 2VWKA 4FLYA 4CZEA 3IFRA 3EE8A 4LSNA 4FJKA 4DTJA 3DXMA 4B3OA 4FJ5A 5GIPA 4CEDA 1BGXT 4XH1A 1BQMA 3QEWA 4CHOA 3NAEA 1GOBA 3AGKA 4BRDA 4K25A 4WFAL 3AVKA 1WBBA 3FFIA 2NRVA 5F2RA 2UXDK 4KH6A 3DLHA 1KFSA 4BVPA 3GL1A 1SKSA 4Y1CA 2W6LA 3THXB 1ZXOA 3F5TA 1XWLA 2OPQA 4JRPA 4ELVA 3SMPA 3LDQA 5C25A 3THWB 3O08A 4JD2A 3CM6A 3WNEA 3O9SA 4FSVA 2QI2A 3CI5A 1RTJA 4F3OA 4CHNA 4DMNA 2HHTA 4A59A 4B1ZA 4JAXA 1BG3A 3HTVA 5DM6L 2X6SA 3C7NA 3G4SN 3R6MA 4DV0K 3KLGA 1LWEA 1C0FA 4DSKA 2G8UA 3AVIA 4H03B 4C8LA 5BPMA 4CBXA 2OYQA 3V9UA 4AHUA 4JI1K 3QERA 2ZD1A 4CECA 3F9KA 2OPRA 2P9KB 1U45A 4O4GA 4PHTX 5BPNA 3DWLA 1HYVA 1DTTA 5ELZA 4H5NA 3TWHA 2HF3A 3E01A 4JS5A 4JI7K 2P51A 2D5RA 5BR9A 2RN2A 3KD1E 3LAKA 3HM8A 5C0YA 3DLGA 3LP3A 2H3GX 5GINA 1F21A 3PV8A 5CHIA 3SMSA 2HHQA 4GMJB 1NJZA 1XHXA 4DQSA 4Z4EA 3WNGA 4MO4A 1VQNN 2PYJA 1Q9YA 5IT9O 3GDQA 4OKKA 4H5WA 1VSDA 1D4XA 2E1ZA 3A5NC 3CQYA 3VGKA 3I56N 3VEOA 1VQLN 4N47A 4XEIA 1KFDA 3OYLA 1S6QA 3HXMA 5CYMA 3VEWA 1KC8O 1KRPA 4W5NA 1JCEA 3NGZA 3C6TA 3EN9A 4EAHD 4M3UA 1CZBA 2I7PA 1N8RO 1IKWA 3CETA 4CZLA 1TL1A 5J1EA 3A8YA 3NMUA 4LF8K 4HCBA 1EKEA 4FJXA 2KZZA 1Y64A 2IGIA 3O1BA 2UXBK 3PSIA 4BVOA 3F9MA 4KREA 3WT0A 4DTMA 3P1GA 3EKUA 3LPUA 5LL6Z 2IOCA 3U9DA 3DOKA 2G8HA 4DV5K 3AVCA 4CF9A 2R7YA 5SZTA 4HUFA 2EWSA 1RT3A 3IDHA 1LW2A 1ATRA 4PKGA 2F8SA 1VSEA 1W9HA 2QA4N 2ITGA 3VTIA 4B3MK 4IO9L 1QSLA 1ZBFA 3RVCA 4Z4HA 1TKXA 3V1RA 2WOMA 4RW6A 5AQLA 3PX4A 1V4TA 1N6QA 3KK2A 4FZYA 1RILA 3K57A 2HHXA 1YF5L 3SBGA 4DSIA 2AP1A 1ZBLA 4YFUA 4LH5A 4KB0A 1WSHA 1IH7A 3HPHA 4MO5A 4YOWA 2RPIA 1TK0A 3T3FA 4BC2A 1L3VA 2B4JA 5HRPA 2WTUA 1JLEA 4CEOA 1VQ5N 4HCCA 1EWQA 3TSQA 1C0TA 3H1VX 4A61A 3VA0A 1NK7A 4K41A 3WXIA 5DM7L 1RDBA 4BRMA 3CFRA 2HW3A 1YUWA 1NMNA 4I2QA 3VEYA 1JLFA 3UB5A 4RW9A 1UA1A 2RKIA 3PO5A 4FWSA 3PX0A 5FRNA 1E4FT 1TYQB 4GVMA 4A5BA 1HMVA 4CK1A 2OPPA 4BRAA 4IEIA 4HHTA 3LDNA 3O4NA 3QMLA 2F8TA 3G71N 2P9SB 1WSEA 1GLLO 2A42A 3O1WA 5HRNA 4M3YA 3ATVA 4F8RA 1GLEG 5LJVA 4DV4K 4DSEA 3KLEA 1QVGM 4FWLA 4CIFA 4AH9A 1HR0K 2VWJA 1DTQA 3CQXA 2ZGYA 5BN8A 4ID1A 4FCYA 1VQKN 2Q2RA 3ID8A 4KO0A 3L2QA 2JLEA 3O6WA 3WXKA 3LWMA 2OCEA 3HP6A 3N4PA 3QBXA 4FZZA 4HTUA 5KRSA 4BE1A 5M1NA 5AQQA 4CJVA 3L3VA 1NWKA 1W0HA 3MXIA 2ZE2A 3I8DA 1IG8A 3K2PA 4FWRA 3LALA 1JLBA 2FF3B 4DF8A 3AO5A 1HNZK 3WEEA 2P5OA 4KHUA 4AHSA 2P9NA 4CJ4A 1J5OA 1E3MA 3OBWA 5JMVA 4CJQA 2GWJA 2P9UA 4X64K 5AQYA 2PZSA 4PKIA 1UWBA 3R1XA 3MEEA 4H4OA 4OLAA 3K5MA 3MK6A 1JCFA 4FJLA 3VQ9A 2P9IB 2EHGA 1KSPA 4JI5K 3I8BA 3U4LA 1WSIA 2BGGA 1HRHA 3VESA 4CEZA 1ASUA 4M45A 4EFHA 4DQRA 3TSUA 1NK5A 3NFAA 1YI2N 5D3GA 1T6CA 4CGGA 4YOVA 3M8RA 3SZ2A 2KFNA 3HM9A 1BQNA 2VG5A 1NGJA 4BRKA 3T1HK 3KK3A 3SYZA 4QS7A 1EP4A 4CHQA 3TANA 4GKKK 3QO9A 1QSSA 1Z25A 2O8BB 4K8ZA 3RMCA 4MDAA 3GBTA 4WE1A 4JEPA 3WUHA 3ZSZA 4B3TK 4GY2B 2DY4A 3AO4A 4MLHA 3DLBA 1P8ZA 4WFNL 4CI6A 4FJ7A 4E1JA 2QWPA 3TAMA 3E9LA 4O5FA 3UIQA 4H5VA 1OH7A 4A2BA 5CY4A 1X9SA 1QQMA 4RW4A 1C1BA 1BU6O 4BRQA 4EHTA 3J80O 1NOZA 1HPMA 3E1YA 5FROA 3U3YA 2HHSA 3CJ7A 5AQOA 2O4GA 3E9PA 3O80A 4IEEA 1CZAN 2NNWA 3CG7A 3NF9A 4B9VA 3U9ZA 5BRDA 3AGRA 5GADP 3S3NA 3DM2A 3CJ1A 3B6PA 4KV8A 4FWPA 5AQKA 4LF6K 3DLEA 4F2SA 3KK7A 5LJWA 4CEQA 3CF5L 5AQVA 2DTUA 3C6HA 1VSKA 2GELA 4Z4GA 1IBMK 4J2AA 1IBLK 3D6RA 4MFBA 1VQ4N 3LP1A 4YDUA 5J2QA 3ENOA 3OYIA 4RW8A 1JLAA 1JXEA 2YHAA 4FVUA 3DRRA 3C0BA 2BTFA 4FM2A 5I3UA 1NLVA 3DLLL 3D2EB 3TU5A 3OYNA 1TKTA 1FK9A 2KKZA 3KD5E 1HJOA 4PL8A 2CGKA 1Z6RA 3L0QA 4M3ZA 3VOVA 1S1XA 4QS9A 3OYFA 4CGJA 1ZBHA 1YITN 1QZ5A 3GOIA 2WUSA 3DRPA 3D0PA 4B1VA 3A5MC 3G0ZA 4DR1K 4Y1DA 5AQJA 4JS4A 1NJWA 2P9SA 4FWOA 3DXKB 3MXJA 3BDPA 4ID5A 5C15A 3K9JA 3QEVA 4WQ5A 4W5QA 1GLFO 1EX4A 2HNYA 1XNQK 1K73O 4OX9K 3QIPA 5AQHA 1J9AA 5J2PA 1S72N 4ELUA 4CBWA 3RRHA 3VEZA 4WFBL 4Y0WA 3MMVA 5FPNA 4CJ3A 1XHZA 4KTZA 2Q1NA 3J7YP 2E6MA 2P1JA 4CK2A 4FPBA 3ZSRA 4B8AB 1VQMN 2RE2A 2OTLN 3WQUA 4JKBA 2Z1IA 1KVCA 3IG1A 3IMXA 4FW1A 3V9WA 4CHZA 4DS5A 5EXWA 1HJRA 4LF9K 2FC0A 4MLEA 2UUAK 3KVGA 3KLHA 4I2PA 2YNHA 3H1QA 4G1QA 3AVBA 4GV9A 3FZMA 4H8KA 1KLMA 4AM7A 1OKJA 4LF5K 1WUAA 3LPTA 3AVAA 1T7PA 3PSFA 4E89A 2P9NB 3HZ6A 4M3RA 1XC9A 3CMAN 4DTOA 4FM1A 1NK8A 3SI6A 4IG0A 3VA3A 5CZ1A 2ASMA 4JLHA 1KAXA 1QVFM 3CCEN 2KTQA 4YDUC 2NRXA 1DKGD 4BG8A 1TUUA 3VQ8A 2IC3A 4DFKA 4WYBA 5AQPA 3CC2N 3QETA 2ZWHA 5IWAK 4FJMA 1EQYA 3BEXA 3ZLJA 4PY5A 2O8DB 1T3VA 3MN7A 2AJQA 2UUBK 3K9KA 4CJ5A 1U4BA 3R8EA 1VSMA 2G8FA 4KRFA 2ZGZA 3NVKA 1XQSC 1S22A 4B9MA 4DTXA 2LSNA 3H45C 2CGLA 4JI4K 4Z4CA 4EP5A 3BZCA 4B3SK 1C1AA 1X9MA 4X66K 1RBUA 4M3XA 4N56A 4HUGA 2HHUA 1H1VA 3ZETB 1SL2A 1ZBIA 2RF2A 4H5RA 4JKCA 4BRIA 1TAQA 2ITMA 4FPAA 2ETJA 3BP8A 4CHYA 3CCVN 5FRMA 1A5XA 4IFEA 2BH1A 2NRHA 3HI0A 5GAGP 3O8MA 2Z1HA 5JS2A 3B8AX 1JL2A 1S9EA 3EY1A 4J2DA 1U2VB 2PY5A 2GX9A 4JHDB 4H0XB 3M8PA 3L2VA 3LL3A 4GNIA 2ZM6K 5JVHL 3RRGA 5I42A 1T03A 4BWMA 1C0MA 3CPEA 3LDSA 3MX2A 1W97L 3C95A 1ASWA 2FBVA 4BY9C 3LM2A 4DFMA 3SV3A 3PO4A 4F3TA 1KVBA 1Q8IA 4JKAA 4KHPK 3WXLA 3S3MA 1HQUA 4CEFA 5LMUK 3OYAA 4B1YB 3SCXA 3TTDA 2XY8A 3SK3A 3J7ZO 5C2FA 1YJNN 1RCHA 1FJGK 3LM9A 4DTPA 3TPQA 3QLHA 1A5VA 4H4MA 3AVLA 3LAMA 5LY3A 3OA9A 3AAPA 2D4WA 3TAGA 3ZSVA 4ZTFA 3L2UA 1VQ8N 4AF1A 3MWPA 3TAPA 2A3ZA 5A2QO 2IVOA 3VQBA 3QNNA 3CPWM 4DTUA 4PQUA 1TV6A 3SQ0A 2QW9A 3L2RA 3HL8A 5CR4A 2KZMA 4JI2K 1U49A 3EZWA 5KQ8A 2VWBA 4ILHA 3OYDA 1M1KO 3VN5A 1WBDA 1QSYA 3UKRB 4M41A 3CERA 4KBOA 3OBYA 3B6OA 1RTIA 2A6AA 3QDKA 4FJ9A 5BN9A 4B9QA 5E41A 4KHWA 1S1WA 2KHOA 3PUFA 3CM5A 1IKVA 2YCHA 3AA2A 4RCHA 1CXUA 3HVTA 3RSEB 4IJNA 1RTDA 2E8AA 4DUYK 3LDLA 2ZJRL 3ZX3A 1ILYA 2WFBA 4DFJA 1BOTO 1N36K 5HLFA 2NRWA 2V52B 1IV0A 1J53A 1D9DA 1W7AA 2E1YA 2JWLA 4ILJA 3BY5A 3LANA 1SS6A 4OKJA 2PAVA 2FLOA 4CF2A 1X3MA 4GV3A 3NE6A 1RBTA 4FJJA 1X1PA 4KH5A 3CC4N 4IXCA 1HKBA 4AM6A 4BREA 4I9QA 4B1XB 3L3UA 3VQ5A 2O8CB 3OTOK 5KPTA 2O4IA 5AQNA 4DF4A 1V4SA 4B08A 5AFUA 4FYDA 4O0IA 4PUOA 1IKYA 4KTQA 4DQIA 3AVNA 4JNEA 5ADXH 3VF2A 3EEQA 5AZJB 1ASVA 4DV6K 4FO0A 1X9WA 4FJIA 3K0SA 5AJ3K 2XY5A 4E1MA 2AA4A 3HO1A 3A2FA 1IBKK 5LMNK 2CGJA 4BDZA 4KH4A 2WONA 4ISFA 1UOCA 4FLWA 1M90O 3SUQA 4CJWA 3CFPA 1C6VA 1TKZA 1U2VA 4CEBA 5EOYA 3THVA 3MAQA 1XC3A 4B8CA 4A5AA 4FL9A 1RGIA 1T6DA 3EO3A 4E7IA 3VQQA 4IBNA 1RDWX 1Q86O 3AA4A 3CJ9A 4KKOA 4CGDA 4DU4A 1VSLA 4CZGA 4E7HA 3VETA 3VGMA 3TSPA 2FSNA 3OHRA 4WQ4C 3A5LC 3O3HA 4E7JA 3TABA 2Z1GA 1G99A 2B6AA 4DTSA 4M42A 3VEVA 1NG9A 5DK5A 1I3AA 1KVAA 3JAMO 1JCGA 5J2NA 4PL7A 3VF6A 4I9LA 1RT1A 2J4RA 3TTCA 3DXKA 5AQZA 3QICA 1BCMA 4Z0UA 3ZX0A 4J8FA 1GLCG 4HTLA 2F7TA 4IG3A 4TSXA 4LFCK 5K14A 4B9SA 3HBTA 4CJRA 4DV7K 4DV2K 1N33K 4CZHA 3OYCA 1VQ9N 1RT6A 2F9WA 2VGMA 2YHWA 3CFOA 3LZIA 2E5LK 3IAYA 3V9ZA 4NLBA 4NYNA 4BE0A 2W41A 1E4GT 1NM1A 4CW7B 1BI4A 2Q36A 3S3OA 3H46O 1SQKA 3NBPA 4DR5K 4DV3K 4ELTA 1KD1O 1OH8A 1RDDA 4FK4A 3SQ1A 5KGXA 4CF8A 4IDKA 1W2BM 3WXJA 1Q18A 3O3GA 1S1VA 3IUCA 3MN5A 1NGFA 1RDCA 5HL7L 1TL3A 3NCIA 3V1OA 3QB0A 5AFUH 1NK6A 4ZHRA 2NRZA 5FLXO 5M1KA 1LWCA 2GTDA 4RTFD 2PYLA 2E2QA 1LAVA 4I6MB 1GLJO 2KLAA 3I0SA 2IS3A 4XH5A 1KLNA 4U67L 2YNGA 3O9RA 1UAXA 4OO1J 2HOEA 2YHXA 5C10A 2HSTA 3T1YK 1HYSA 4M3WA 1NK0A 5EY4A 3HOTA 4DQ8A 1Q7YO 3VQ4A 4DR4K 3OS2A 3SLCA 2Q31A 1WSFA 1QQNA 1ATSA 3VERA 2O8DA 4CZFA 3OW2M 3VQPA 1KAYA 2WBNA 3HT3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1W2B M;  5GAE P;  3I55 N;  3CMA N;  1VQ4 N;  5HL7 L;  1VQ7 N;  1YHQ N;  3CC7 N;  1VQ8 N;  1OVY A;  3CCQ N;  1QVF M;  3CCE N;  1M90 O;  2QEX N;  1VQ5 N;  3CPW M;  1K9M O;  4IOC L;  5GAH P;  5MLC Q;  3DLL L;  1VQN N;  5DM7 L;  1YI2 N;  3CC2 N;  3I56 N;  4U67 L;  1M1K O;  1YJ9 N;  1Q81 O;  1Q82 O;  1VQL N;  1Q7Y O;  3CCM N;  1Q86 O;  3OW2 M;  1K8A O;  4WFA L;  2ZJQ L;  1KC8 O;  3CCS N;  1YIT N;  3G71 N;  1N8R O;  1KQS M;  1YIJ N;  3CCL N;  3CCV N;  1VQP N;  2ZJR L;  1QVG M;  1ILY A;  4WFN L;  3CD6 N;  5GAG P;  3CME N;  1VQO N;  3CXC M;  3CCR N;  1K73 O;  2ZJP L;  1S72 N;  1VQK N;  5DM6 L;  3G4S N;  4WFB L;  1VQ6 N;  4WF9 L;  3CC4 N;  5H1S Q;  4WCE L;  5JVH L;  1VQ9 N;  3PIO L;  1VQM N;  2OTL N;  3G6E N;  5JVG L;  1YJW N;  2QA4 N;  4IO9 L;  4UY8 O;  5GAD P;  1JJ2 M;  3PIP L;  3CCU N;  2OTJ N;  1NJI O;  1KD1 O;  4IOA L;  3J7Z O;  3CCJ N;  3CF5 L;  1YJN N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4B9T A;  4NXN K;  4CER A;  1QHT A;  4RW7 A;  1TVR A;  5C2D A;  2FBX A;  1YHQ N;  2YV0 X;  4CFC A;  2QK9 A;  1DLO A;  2OAN A;  1ESV A;  2HND A;  3CCQ N;  2ZF5 O;  4ILG B;  4F4K A;  4NLC A;  2QKK A;  3MEG A;  3R3L A;  1NGB A;  3TAF A;  5GAH P;  2VWK A;  4FLY A;  4CZE A;  3IFR A;  3EE8 A;  4LSN A;  4FJK A;  4DTJ A;  3DXM A;  4B3O A;  4FJ5 A;  5GIP A;  4CED A;  1BGX T;  4XH1 A;  1BQM A;  3QEW A;  4CHO A;  3NAE A;  1GOB A;  3AGK A;  4BRD A;  4K25 A;  4WFA L;  3AVK A;  1WBB A;  3FFI A;  2NRV A;  5F2R A;  2UXD K;  4KH6 A;  3DLH A;  1KFS A;  4BVP A;  3GL1 A;  1SKS A;  4Y1C A;  2W6L A;  3THX B;  1ZXO A;  3F5T A;  1XWL A;  2OPQ A;  4JRP A;  4ELV A;  3SMP A;  3LDQ A;  5C25 A;  3THW B;  3O08 A;  4JD2 A;  3CM6 A;  3WNE A;  3O9S A;  4FSV A;  2QI2 A;  3CI5 A;  1RTJ A;  4F3O A;  4CHN A;  4DMN A;  2HHT A;  4A59 A;  4B1Z A;  4JAX A;  1BG3 A;  3HTV A;  5DM6 L;  2X6S A;  3C7N A;  3G4S N;  3R6M A;  4DV0 K;  3KLG A;  1LWE A;  1C0F A;  4DSK A;  2G8U A;  3AVI A;  4H03 B;  4C8L A;  5BPM A;  4CBX A;  2OYQ A;  3V9U A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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