2IS3A

Crystal structure of escherichia coli rnase t
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
203
structure length
203
Chain Sequence
LTGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of RNase T, an Exoribonuclease Involved in tRNA Maturation and End Turnover.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli k12
total genus 53
structure length 203
sequence length 203
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2006-10-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2is3A00
1ASWA 3LAKA 4DLGA 3CM5A 4B9NA 1HNIA 4I9QA 4NYFA 4IBNA 3VQDA 1D5AA 1ZBLA 2HW3A 3V9SA 2B6AA 3VQ6A 4C8MA 3NHGA 1NOZA 4HVJA 1BHLA 4B9SA 1KVCA 1QTMA 4CJKA 4M3TA 2F8SA 4BWMA 1I39A 3RTVA 3V9WA 4N56A 1RCHA 4I2QA 3OJSA 3QNNA 3P5JA 2HVHA 3F9KA 2HHTA 1YTAA 3TAMA 5HRNA 4BE2A 1J54A 3NH2A 3VN5A 4J2DA 3RMBA 3AVGA 1IG9A 2Y1IA 4DSKA 1N6QA 3TARA 3QLHA 4O44A 4OKEA 3K5MA 4PQUA 4Z4EA 2GUIA 4RW4A 4FM0A 4PY5A 1QSYA 3OYLA 1NOYA 1RT4A 4CGJA 4DQQA 1BCOA 3MXMA 2G8FA 4KI6A 4OLAA 3IS9A 4H8KA 1T05A 3CFRA 3MXIA 3NF9A 1TL3A 3VQPA 4DQRA 3AO4A 3MEDA 1GOCA 2FC0A 1VSIA 2P1JA 3HP9A 3I0RA 3OJUA 3VA3A 4M3UA 4CCHA 1CZ9A 1XC9A 2B4JA 4E19A 3ZT4A 4EZ9A 4CEEA 3IRXA 3SUOA 2O4IA 3KK1A 3S9HA 3SJJA 3NCIA 3SCXA 3ITHA 1T7PA 4FJIA 3SI6A 4F8RA 4M45A 3LALA 4FJ5A 4XIUA 3ASMA 3TWHA 4F2RA 3V4IA 4C8NA 3CQ8A 1QSLA 4C8LA 2HHQA 1WNSA 1JXEA 1RDCA 3HSTB 1C0TA 5HP1A 3KD1E 4DQPA 1LV5A 4WE1A 4E7HA 4E7IA 1S9GA 1VSDA 4CF9A 2IC3A 2DFEA 1YTUA 4HTUA 5HRSA 1ZBFA 2VG6A 1TK8A 4IFYA 5CY4A 4YFUA 4E7LA 4W5QA 5JS2A 4AHVA 4O0JA 3QIPA 4HUGA 4FLWA 3SUPA 3ZSVA 1J53A 3AV9A 4FW1A 1FKPA 1WN7A 5FDLA 4ID1A 3LAMA 1UA1A 4NCGA 3PUFA 1KRPA 4FJ7A 4CE9A 3VQAA 3DM2A 4KKOA 3OVNA 3MECA 4MFBA 2FBTA 4KV8A 3RR7A 1WSGA 3V1RA 4FJKA 2Z1GA 2XHBA 3AVIA 4IKFA 3VQEA 1O1WA 3AVFA 4F3OA 4CEQA 4DS5A 4FK2A 3HPOA 2X6NA 3OYEA 4DTMA 1SKSA 4CFBA 4B9UA 4OLBA 4PWDA 4CK2A 2PYJA 1VSKA 1QHTA 1S1WA 4FJJA 2OPRA 4KTWA 2G8VA 1A5VA 4CEBA 3KLFA 4FZZA 3M8RA 3G0ZA 1NK7A 3AO2A 4CFCA 5SWMA 2D0BA 4KTQA 4FYDA 2KFNA 1NK5A 1ASUA 3SPZA 3T1AA 4DTJA 3AVBA 3D45A 3PX6A 4BDZA 1NK0A 4NCAA 2G8KA 2WOMA 3SV3A 5D3GA 2VWKA 4KREA 2EX3A 2P51A 2YHAA 4CJTA 3VA0A 1HQEA 2HHXA 2QXFA 3CM6A 1Q8IA 4OVLA 4JRQA 3KD5E 3UIQA 1FKOA 3AVNA 2D0CA 3IG1A 1SL2A 2IDOA 1SKWA 3AVLA 4KAZA 4KPYA 3S3OA 3HXMA 1JLBA 2F8TA 4CK1A 3V1QA 4F3TA 3AA4A 4RW9A 3VQBA 3KLHA 5I3UA 4CEZA 3NFAA 3TANA 4FLZA 3DLBA 2YV0X 4EZ6A 4J2BA 4LD0A 1Q9XA 1NKCA 4CHZA 4W5NA 4FJHA 4N41A 2A1RA 3RRGA 4C8KA 4DSLA 4RG8A 4DTOA 1GOAA 1TK5A 1WSJA 3ISNC 2A1SA 2E6LA 4B3OA 3DLRA 4BDPA 3U3GA 4FZYA 2YKMA 1TKDA 2ATQA 4NYNA 3SZ2A 3CG7A 3ALYA 4OGCA 5KGWA 4DFPA 3KJVA 4RW6A 3O4QA 3KKSA 3VQCA 3LP2A 3LPTA 3B6OA 4CFAA 1NKEA 2YNIA 1NK9A 1QSSA 3HO1A 3ZSXA 4IDKA 1REVA 3S3MA 1WAFA 4DTXA 2X74A 1S1UA 3VQ8A 4FVMA 4CGGA 3SQ4A 4CK3A 1BCMA 1S1TA 3K57A 4AHSA 1J9AA 2NUBA 3OYGA 2XRIA 5C25A 4LSNA 3L3VA 3OYKA 3AVCA 1U49A 5HRPA 4CJ4A 3M8SA 4IFVA 1JLFA 1HMVA 5CZ1A 3WNEA 1NK6A 1BQNA 5CYQA 4CJ5A 4O0IA 3TABA 3DLGA 1HNVA 3K5OA 2OPPA 4QAGA 4CF8A 1C1AA 3ZSWA 3NDKA 4FLVA 1S6PA 2G8WA 3DLEA 1ZBHA 2GBZA 5HLFA 4KFBA 1WSIA 2O4GA 3QO9A 4CEFA 3EZ5A 4BE0A 2XY6A 1Y97A 5CZ2A 3SPYA 2PZSA 2KTQA 1JL2A 3DLHA 4J2AA 4LH4A 5KI6A 3SQ1A 2PY5A 2DTUA 3AO3A 1F21A 1JL1A 2IAJA 1Q9YA 3HVTA 3O3FA 3DMJA 1C1BA 4J2EA 2Z1IA 3LP3A 4FLUA 4CEDA 4AILC 1RT7A 1L3TA 1JLCA 1B92A 1EKEA 3LP0A 4ELUA 1BI4A 1RNHA 4E1NA 2P5GA 2OYQA 2ZE2A 2HNDA 1RTJA 5HBMA 4CJPA 1IKVA 1T03A 3OYNA 1BGXT 3TI0A 2DFFA 1KSPA 4FW2A 1SL1A 3VQQA 1VRUA 2Q3SA 2YNGA 3DRSA 5FROA 4B08A 4PUOA 1KCFA 3HJFA 4YNQA 4KHSA 3V9UA 4CHQA 4FJXA 4FLXA 3M8PA 5J2MA 1U45A 1KVBA 1ZBUA 3MAQA 3ZCMA 3SUNA 4ZHRA 1N5YA 4FZXC 3NBPA 3KLEA 5KRSA 2KFZA 3NE6A 3SYZA 4CHOA 3C6TA 1SKRA 1S5JA 1WSFA 4DU1A 1BI4B 3ZT0A 2QK9A 4Y1DA 2RPIA 3VQ9A 4DU4A 2HHWA 3ZSZA 4W5RA 2OPSA 3KKRA 2R7YA 4FXDA 1S1XA 3OYDA 1C0MA 4H4OA 2ZQBA 1A5WA 3PO4A 1IKXA 3T3FA 1JXBA 3ZSRA 4N76A 4TSXA 1VSFA 5HRRA 1WLJA 2XY7A 3EY1A 3RMCA 1XHXA 1EX4A 4JS5A 1SL0A 3WNGA 1ASVA 1D9FA 2QKKA 2XO7A 3DLKA 2PYLA 2YKNA 3TAEA 2KQ2A 4CEOA 1NK8A 5FRNA 3C94A 3K5LA 1HPZA 4DF4A 2QKBA 4H4MA 1NJWA 1HYVA 3DI6A 1BL3A 1LWFA 4M3WA 3THVA 1KTQA 2IOCA 3K58A 1S1VA 3QEPA 4KHWA 4I2PA 3S3NA 1VSEA 1DTQA 5J1EA 3B6PA 3K5NA 3ULDA 4KRFA 3C95A 3QEXA 4L8RB 4BWJA 4CGDA 4DU3A 1FXXA 3SQ2A 1RBVA 3QNOA 4FJMA 1WAJA 5SZTA 3NF6A 2X78A 4Y1CA 3LDSA 4ELVA 4Z4HA 4DSFA 1TGOA 4W5OA 1CXUA 2OZSA 5DMRA 3L2RA 3KIOA 1BIUA 3SNNA 4E3SA 1QQCA 4FLYA 2FBVA 3KK3A 4CHPA 3ZSQA 5E41A 4FJGA 4E7JA 4PA1A 4B9LA 2GV9A 4ZTFA 4HUEA 4FM1A 3AA5X 3O4NA 2HHSA 4KHQA 2D5RA 3TR8A 3U3YA 2YNHA 4GVMA 4F4KA 2DFHA 3NGYA 1RBSA 1U4BA 4NCBA 4AHRA 1I3AA 1LWCA 4Z4IA 4CF0A 5I42A 1KFDA 4CJ3A 1VSHA 2BGGA 2KZZA 3LWMA 3SUQA 3FFIA 5DK5A 4KB1A 2HNYA 1EXQA 3NGIA 2E6MA 1TKZA 4FK4A 4JLHA 4OPJA 4BE1A 2JGUA 4CEAA 3PO5A 3I0SA 5C24A 1TKTA 3AA3A 2I5JA 3AA2A 5KRTA 3L2WA 3QETA 3TAGA 1LWEA 3AVAA 3HL8A 3DOKA 3V81A 2KZMA 3HPGA 1SV5A 3MEEA 1HQUA 4JS4A 3BDPA 1NJZA 4M3YA 1VK0A 1RT2A 4AH9A 3OS1A 3KK2A 3NAEA 1JLAA 3AO1A 3JSMA 1U48A 2OA8A 1RBRA 1TL1A 2D0AA 1IKYA 2VG7A 4DSJA 1D8YA 3ZT1A 4KI4A 4FK0A 2P5OA 2Z1HA 4KHUA 3V9XA 1TV6A 3AVKA 3HM9A 4CJSA 1A5XA 1X1PA 3DRPA 1UWBA 3LZJA 1HRHA 4LSLA 4LY7A 2ZD1A 2Y1JA 3P83D 2BE2A 1QE1A 3JYTA 3KLIA 4K8XA 3BGRA 4DTPA 4OPKA 4DFMA 1LW2A 4CHYA 1JLQA 1HYZA 1NKBA 3NF8A 1NJXA 4ID5A 4K8ZA 3L3UA 3KLGA 3AO5A 3HP6A 1T8EA 1RTDA 1QS4A 1YVUA 2ITGA 1VRTA 2YNFA 4ICLA 4OJRA 4B8AB 4E0DA 1RT5A 1S9EA 1IH7A 4DLEA 5HROA 3OYBA 4CESA 3CFPA 3D0PA 3KTQA 3V6DA 5KTQA 4M3XA 3AVHA 3C6UA 3LZIA 4I9LA 1LW0A 4CJFA 1FK9A 1RBTA 1Z25A 3OYMA 2XY5A 1NK4A 1D9DA 3G10A 4N5SA 4CJQA 4W5TA 1RDAA 4CJVA 4CIFA 1S6QA 4DF8A 3HK2A 1L3VA 4E89A 1RTHA 4B9MA 4FJ8A 5CYMA 1TAUA 2OZMA 3O3GA 2HNZA 1K6YA 5K14A 5J2QA 3HT3A 1JLEA 4KHYA 4GW6A 4ELTA 3QIOA 1KLNA 2RKIA 4AHCA 1TVRA 4KTZA 4DSEA 2BDPA 5EU7A 3NGZA 3O3HA 3CYMA 4G1QA 3RRHA 4HCCA 3I8DA 1HYSA 3RMDA 1L5UA 3QINA 3OS0A 3M8QA 2IGIA 4O4GA 4OGEA 4Q5VA 4DTUA 3RWUA 2HB5A 4DQSA 4M3ZA 1X9MA 1UA0A 1KLMA 2FBXA 3DYAA 3V9ZA 1ITGA 1TK0A 5T7BA 3K2PA 1RDDA 4CGHA 3F73A 4FLTA 4FM2A 2Z1JA 3NF7A 4CIGA 2XY8A 4DG1A 1RT6A 1X9SA 4FCYA 4UQGA 4CIEA 4DQIA 1B9FA 4DTRA 3OYJA 3PV8A 1JLGA 3NH0A 1W9HA 4CERA 4KB0A 1HJRA 3PX0A 2DY4A 4FJ9A 4IG3A 4QOZB 3WNFA 4EP4A 1BISA 4DS4A 3L8BA 2HVIA 2IS3A 4I7FA 4DTSA 1UOCA 2EHGA 4C8OA 2F96A 1IKWA 4BACA 3E01A 5J2PA 4O5BA 3U6FA 1R0AA 4MQ3A 3HYFA 3OYFA 2VWJA 1NJYA 4EP5A 3AVMA 4N47A 1GOBA 2G8HA 2YHBA 3OS2A 3SV4A 3LP1A 4CGFA 4Z0UA 3SQ0A 3VQ7A 1WSHA 1DLOA 2X6SA 2RF2A 3DRRA 4FJNA 1ZYQA 3CFOA 1TKXA 1VSLA 3L2UA 4RW8A 3QEIA 3RMAA 4KHNA 4CHNA 1CLQA 1LAWA 3QEWA 3TAFA 3PX4A 4DFJA 3K59A 1EETA 1BQMA 5KGXA 1U47A 3PY8A 3OYCA 1ZBIA 1DTTA 1RBUA 5C42A 3OY9A 4OKJA 3V1OA 4DFKA 5JS1A 5J2NA 3TAQA 4RW7A 1LAVA 2BANA 1U04A 1IO2A 4CJUA 1TAQA 3P1GA 1XHZA 3LPUA 1C1CA 2VG5A 1C0UA 4M3RA 3IAYA 3MEGA 3ZSOA 3WNHA 4CFDA 1VSJA 4R5PA 4AHUA 4CGIA 1RILA 3EYZA 1G15A 1L3SA 2HHVA 4O55A 4HCBA 3OYHA 4DSIA 3HVRA 2FBYA 3NH1A 4LH5A 2G8IA 4CECA 1UAXA 1CZBA 4E1MA 3AVJA 2E4LA 2AJQA 4BDYA 3L2VA 4HUFA 3QESA 4IG0A 4B8CA 1Z26A 3OYAA 3QEVA 1RDBA 2LSNA 4Z4GA 3L2QA 1EP4A 4DMNA 4JRPA 1XI1A 2WONA 4F2SA 1MU2A 2JLEA 3H08A 3VQ4A 4CF2A 4GMJB 2OPQA 1KVAA 1RTIA 4B9VA 1SUQA 4QCLA 1BIZA 1W0HA 2ETJA 1J5OA 2B5JA 3RR8A 3T19A 4M41A 3MXJA 2HMIA 1RT3A 3ZSYA 3LWLA 4E7KA 4Z4CA 4AHTA 3OYIA 2G8UA 3LANA 4CJLA 4CJWA 1JKHA 4CF1A 1RT1A 1YT3A 4DTNA 4FJLA 4CJEA 3VQ5A 4ZTJA 4CJRA 2W42A 4B9TA 2HHUA 3DOLA 1VSMA 2RN2A 4OKKA 3QERA 4KO0A 3HPHA 4Z4FA 4HHTA 4Q0BA 2KW4A 5FRMA 1X9WA 4M42A 3TAPA 3A2FA 3ZT3A 1XWLA 1WSEA 1CXQA 1C6VA 4DWIA 3ZT2A 1B9DA 1L3UA 1KFSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CVNE 3CCUN 5AZIB 1GLJO 1ZBLA 4FWOA 2B6AA 3FZKA 3VQ6A 2F8SA 4CJKA 4BWMA 1I39A 1RCHA 3O9SA 3OJSA 3P5JA 2HVHA 1YTAA 5HRNA 3NH2A 4MO4A 3AVGA 3LM2A 4RW4A 4FM0A 4GV3A 2ZJRL 4DQQA 3MXMA 3WQTA 5LJVA 2HHHK 3R1XA 3MXIA 4K43A 1TL3A 1GOCA 1VSIA 3H3NO 4M3UA 3CQXA 1CZ9A 1JCGA 1XC9A 2B4JA 1ILYA 3IRXA 2O4IA 3S9HA 3SJJA 3SCXA 4DR1K 4F8RA 4XIUA 4F2RA 3CQ8A 1QSLA 4KH6A 4IWVA 4YOYA 3FLCO 3I55N 5HRSA 2VG6A 4IFYA 5JS2A 1NMDA 3AV9A 4FW1A 4JYAK 4NCGA 4FJ7A 1ATRA 4IFEA 2FSNA 4LF8K 3QFUA 3VQEA 5C0YA 4CEQA 4DS5A 4DTMA 4B9UA 3VETA 5DM6L 2BH1A 2GX9A 1XC3A 4FO0A 2W40A 4KTWA 2G8VA 1A5VA 3CCQN 4OX9K 3AO2A 4BG8A 1IV0A 3QDKA 1NGCA 3SPZA 3FZFA 3PX6A 4NCAA 3D45A 4BDZA 4CZEA 5JMVA 2P51A 2HHXA 2QXFA 4JRQA 3DXMB 1SKWA 3AVLA 1KAXA 3HOSA 3JS6A 3ENOA 3V1QA 4F3TA 3AA4A 5I3UA 1VQ9N 2O8BB 3NFAA 3BF3A 2BUPA 4W5NA 2I7PA 4DQ8A 4DSLA 4B1UB 4RG8A 1GOAA 1TUUA 2P9NB 3ID6A 2YKMA 1Z05A 2HMPA 4RCHA 1N32K 2NLXA 5CHIA 3BEXA 5F2RA 2ZJPL 3KJVA 4CFAA 1NKEA 3VQCA 3LP2A 3LPTA 3B6OA 5AZJB 3VF4A 2YNIA 2O8CA 4IDKA 4CD1A 2YHXA 1S1UA 4FVMA 2D0PA 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 3FFK B;  4BC4 A;  3U6F A;  3E01 A;  4O5B A;  1R0A A;  1Z6R A;  2FF6 A;  5BPN A;  2VWJ A;  3M1F A;  2D4W A;  1IBM K;  3SQ0 A;  2X6S A;  4BR5 A;  1TKX A;  4U67 L;  1VSL A;  3L2U A;  4RW8 A;  1V4T A;  1BUP A;  3QEW A;  3DXM A;  3K59 A;  1U47 A;  1BQM A;  1BDG A;  5C42 A;  2P9I A;  2HBK A;  4DFK A;  5J2N A;  4RW7 A;  1QZ5 A;  1Y64 A;  1IO2 A;  3VGL A;  3P1G A;  1XHZ A;  1C1C A;  3MN6 A;  4XH1 A;  3KWG A;  5GAH P;  4R5P A;  1NGE A;  2HHV A;  3OYH A;  2FBY A;  1UAX A;  2P9N A;  4HUF A;  1NGI A;  4KBO A;  5AQY A;  2LSN A;  3WXM B;  1XI1 A;  3VPZ A;  4F2S A;  4AQY K;  1VHX A;  5AZJ A;  4CF2 A;  1KVA A;  2AP1 A;  3RR8 A;  4M41 A;  3MXJ A;  1RT3 A;  3ZSY A;  3LWL A;  2G8U A;  3CCR N;  1TUY A;  4CF1 A;  3VGK A;  4FJL A;  4B9Q A;  4ZTJ A;  2HHU A;  3MWT A;  1WUA A;  3UKU A;  3QER A;  4KO0 A;  4HHT A;  2KW4 A;  4XH5 A;  5HOO A;  4M42 A;  4DWI A;  1B9D A;  3ENH A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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