2IS3A

Crystal structure of escherichia coli rnase t
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
203
structure length
203
Chain Sequence
LTGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of RNase T, an Exoribonuclease Involved in tRNA Maturation and End Turnover.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli k12
total genus 53
structure length 203
sequence length 203
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2006-10-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2is3A00
3AVIA 1J53A 4KFBA 4OPKA 1CXQA 1LW2A 1QS4A 1QSSA 2ITGA 3ZSQA 3EZ5A 1ZBHA 4AHUA 2I5JA 4E3SA 1TL1A 1VSEA 1QTMA 3CYMA 1JLBA 3E01A 3LZIA 4BDYA 4HUEA 2DFHA 1RNHA 4DTSA 1RTIA 3OS0A 1HJRA 3OYIA 4B9UA 4F3TA 3DMJA 3KTQA 1T8EA 4N47A 4FJ8A 4FJKA 3KK1A 4B8CA 4DS4A 4K8XA 3OYDA 4HCBA 2P51A 1LAWA 1DTTA 1S9EA 4FK2A 1WSGA 3ISNC 5I3UA 3TAGA 2BANA 2IDOA 4KHSA 2P1JA 3OYNA 3I8DA 2A1RA 3ASMA 4DQQA 3M8QA 3NFAA 3AVHA 1U04A 2VWJA 3LZJA 4E7KA 1QSLA 4IKFA 4DFJA 5HRNA 2YNFA 1IKYA 4KO0A 4CE9A 4E1MA 1HNIA 1U49A 1SKWA 2W42A 3P83D 4DTMA 1UWBA 5CYMA 2B5JA 2KW4A 3RTVA 4JS5A 5CY4A 3G0ZA 4F8RA 3SPYA 4CK3A 3UIQA 4HCCA 3T3FA 3SUNA 1R0AA 1C1CA 4OLBA 4BWMA 3VQEA 2R7YA 4H8KA 3L3VA 1GOBA 1QQCA 3CG7A 4CJEA 5KGXA 3OYGA 4B9LA 4FZYA 3S3NA 1KLMA 4LY7A 4DSFA 1C0UA 1IKVA 3AVFA 5K14A 2GUIA 3SCXA 1X1PA 3OYEA 1KCFA 4CK2A 4DQSA 1D8YA 1YT3A 3RRGA 4KB0A 4M3YA 4FJ7A 2HHUA 1UA1A 4MQ3A 5KRSA 1S1XA 1NJZA 1L3VA 1VSDA 2XY7A 4HTUA 4CJ4A 1VSMA 4CJ3A 3NHGA 1NKEA 4M3TA 1HNVA 2WOMA 1BI4A 4HUGA 3IS9A 1K6YA 1S1UA 4M3RA 3L8BA 5C24A 2HW3A 3MEGA 1EP4A 3HVRA 3OJUA 2FBVA 1S6PA 2Z1GA 1DLOA 4DLEA 2F96A 2ATQA 4CJQA 3LP0A 4FLXA 1JLEA 2XHBA 4CGJA 4Z4IA 3SI6A 4BWJA 1NOZA 4AHTA 4FCYA 1U48A 1J5OA 3THVA 3QEVA 1TKZA 2YHAA 4F4KA 2KTQA 4O55A 1NK0A 2B6AA 2IGIA 4YNQA 1RT5A 4Z4EA 4FK0A 1BQMA 1L3SA 3DI6A 2BGGA 2X6SA 4Z4FA 1LAVA 1TV6A 4KTZA 5CZ1A 3V9ZA 1IG9A 4KHNA 1KSPA 2RF2A 1RBRA 2HVIA 3F9KA 3LP1A 3U3GA 1REVA 3IRXA 4KKOA 4CGHA 1NK8A 3AV9A 1ASWA 3A2FA 3VQ9A 1BIUA 3MECA 4OKJA 4HHTA 1RDAA 4FM2A 3K57A 2O4IA 2P5OA 4N5SA 5HRRA 1JLCA 4DF8A 3V81A 4ELTA 3L3UA 2VG7A 4KB1A 3AA5X 3RRHA 1EXQA 4F3OA 3TANA 1D9DA 1F21A 3NH1A 2Z1IA 3KLHA 4CECA 2HNYA 1IKXA 2YKMA 4O5BA 1TK0A 4PQUA 3VQ5A 1TVRA 3LDSA 2PYLA 1C0MA 4OLAA 1VSJA 3DLRA 1TAUA 4CJUA 4DSEA 2ZE2A 4E7LA 4KREA 1X9SA 4NCGA 1UAXA 4DFPA 2YV0X 2Z1HA 4CIFA 4B9TA 1SL1A 4OKKA 5J2MA 1B9DA 1WAFA 4KHUA 3ALYA 3CFPA 3NGYA 3AVNA 4CEBA 3HP9A 4W5NA 2OPSA 4CCHA 1TKXA 3AVKA 3QNNA 3OYFA 1RDBA 4CGIA 1VSKA 1ZYQA 2YHBA 4CEEA 4E19A 1RT6A 4C8KA 2OYQA 3VQBA 2HHQA 3U3YA 2EHGA 1J54A 3NF8A 4M41A 3OYMA 1EETA 5T7BA 3NH2A 3ZSYA 4FLUA 2QXFA 3HVTA 4Z0UA 1ZBFA 2IC3A 1TK5A 3K5MA 1D5AA 4KV8A 3DRSA 3KJVA 1NJXA 1UA0A 2WONA 1N6QA 1RT4A 4ELUA 4FK4A 3V9WA 2Y1JA 5HBMA 4YFUA 3TABA 4FZXC 4PUOA 1B92A 1JXEA 3ZSWA 3SV3A 5JS1A 2HNZA 4FJ5A 4J2AA 4JS4A 4CJ5A 4B08A 3VN5A 5KI6A 1J9AA 1RBSA 3HPOA 4IBNA 3O3GA 3OYBA 3RR7A 3KD5E 3LWMA 1TKTA 1RT7A 3RMBA 1A5XA 1IO2A 4FM0A 3ZT3A 4DTOA 3EYZA 1LV5A 4E7IA 3OVNA 1L5UA 1RTDA 4NCBA 3TAMA 3DLHA 1MU2A 1W9HA 1XI1A 4C8NA 3TARA 1RTJA 2ZQBA 4DSIA 3SQ4A 4CF0A 3S3MA 4NYNA 3QIOA 3SQ1A 4UQGA 1JLGA 4CESA 3C6TA 3D45A 3V9UA 4N76A 1S1VA 3NF7A 4CGGA 4KHWA 3SUQA 2AJQA 4ZTFA 3CFOA 1FKPA 4L8RB 1JLAA 4HUFA 4CEDA 4FLWA 3AVLA 4IFYA 4I9LA 3NBPA 4C8MA 4CIEA 1KVAA 3SUOA 1BCMA 4H4OA 4CF8A 3KLIA 5HRPA 3NDKA 1TK8A 4DTXA 1BIZA 4MFBA 2G8KA 4CJLA 4OPJA 1KFSA 3OYCA 2GV9A 3K5LA 1SV5A 4CEOA 4IFVA 1KLNA 4C8LA 1RT3A 4DG1A 4DQIA 2E4LA 5HRSA 4M45A 4N56A 4NCAA 3VA3A 3HXMA 3HJFA 4EP5A 4AILC 3VQAA 3VQ4A 4FXDA 1BI4B 1JL2A 3QLHA 3K5OA 4RG8A 4FJJA 3HP6A 1WSIA 3IAYA 1U47A 1Y97A 3QEWA 1JXBA 2YNHA 3VA0A 4IG3A 4M3ZA 4W5TA 1YVUA 5CZ2A 3ITHA 3TAPA 1XC9A 1SL0A 4DMNA 4FJ9A 1NK6A 1FKOA 5J1EA 1HQEA 3MEEA 4OVLA 3HPHA 2IOCA 1XHZA 3NCIA 1TL3A 3OY9A 4BACA 1WN7A 1BCOA 1HYVA 2Z1JA 3M8SA 3DOKA 3QNOA 2XY6A 3CFRA 4W5QA 1LWCA 3SJJA 2OA8A 4M3UA 1JKHA 3MXIA 4KHYA 4RW6A 2DTUA 1JLFA 4W5OA 3OJSA 5SZTA 3K59A 1VSFA 3B6OA 1A5VA 1ZBIA 2HVHA 1ASUA 3OYJA 1SKSA 4ICLA 4Z4CA 3S9HA 3QIPA 4DSKA 4F2SA 4KI6A 4O0JA 5J2QA 2VG5A 4FJMA 5E41A 3HSTB 2KQ2A 4Y1DA 3SQ2A 2YNGA 3V9SA 2PZSA 2GBZA 4M3XA 3V1QA 3KKSA 3VQDA 2F8SA 4LSNA 4CJVA 1WAJA 2EX3A 4PA1A 4H4MA 3VQQA 1XHXA 5HROA 1RT1A 1CZBA 4FLVA 3BGRA 1O1WA 1T7PA 1I39A 3ZCMA 1NKCA 4KAZA 3S3OA 5KGWA 4B9NA 4CJRA 5KRTA 3QETA 3OS1A 3HL8A 3SQ0A 2HMIA 1SUQA 3QERA 3AVJA 1BISA 2ZD1A 4QCLA 3WNEA 3ZT1A 4G1QA 2KFZA 3QO9A 2HHXA 3SV4A 3LP3A 3PX4A 3WNGA 2XY5A 4LD0A 3VQ6A 4ZHRA 4FZZA 1XWLA 4B3OA 3C94A 3HYFA 3SNNA 2HHSA 4FJIA 4ID1A 1WSHA 4CF1A 4CHPA 1NJWA 3EY1A 4E7JA 5I42A 2PY5A 1RDDA 3VQ7A 3U6FA 3KK2A 4RW4A 3JYTA 1WSJA 1NK5A 3SPZA 1IH7A 1ZBLA 4PWDA 4B9VA 3WNHA 3QEXA 2X78A 3AVMA 1T05A 3BDPA 4BDZA 2D0AA 3MEDA 1LW0A 4OJRA 3LP2A 4AHCA 1Q8IA 4FJHA 2BE2A 3IG1A 3PO5A 3V4IA 4FJNA 1S9GA 1NK4A 1I3AA 1ITGA 1TAQA 3ZT0A 4CEQA 3K5NA 1X9MA 1WLJA 3DYAA 3RMAA 4E1NA 1VRUA 3LANA 3LAMA 3HK2A 4ID5A 2YNIA 4CJSA 4LSLA 4R5PA 3KD1E 4M42A 3NAEA 1NK7A 5DMRA 1ASVA 4JRPA 3HO1A 2RPIA 1L3TA 2E6MA 4E7HA 4N41A 3VQ8A 3ZSZA 4I9QA 1YTAA 1CXUA 1NOYA 1KVCA 1U45A 1HPZA 1KTQA 1Z26A 3P1GA 3CM5A 4DTJA 3LPTA 4RW8A 3KLGA 3L2UA 2DFFA 4DQRA 3ZT2A 1L3UA 3QEIA 3MAQA 4KTWA 3AA4A 3KIOA 2KZMA 1KVBA 5CYQA 3L2QA 1S6QA 1C1BA 1WSFA 3DRRA 4B8AB 3ZT4A 4I7FA 1TKDA 4FJGA 1BQNA 2JGUA 2P5GA 4GVMA 4Q0BA 2FC0A 1BHLA 4AHRA 4FVMA 3CM6A 3DOLA 3KK3A 4CEAA 3AVCA 4GW6A 1RCHA 2YKNA 1Q9XA 3SZ2A 3MXJA 4CFDA 1HYSA 3I0RA 5C25A 1RT2A 1VSHA 3LALA 2HHTA 3B6PA 1C6VA 2FBYA 4Z4HA 4RW7A 4AHSA 3AVGA 4FLZA 4C8OA 4E0DA 4NYFA 4KPYA 4ZTJA 3QINA 3SUPA 4FYDA 4DTPA 4CFCA 2XO7A 1HYZA 1QHTA 4PY5A 4BE1A 4TSXA 4HVJA 4FW2A 2O4GA 2XY8A 1S5JA 4CERA 3D0PA 3F73A 1LWEA 3K58A 3V1RA 3V9XA 2X6NA 3L2VA 5FRNA 3DLEA 3DLBA 1BL3A 4CHZA 4DTUA 2FBXA 5FDLA 4EZ6A 3T19A 1GOAA 3OYKA 1RBVA 5SWMA 4KHQA 3TAQA 1W0HA 4CFBA 4O4GA 3LPUA 3HM9A 1U4BA 4B9SA 2E6LA 4I2QA 3PX6A 2IAJA 4JLHA 3L2WA 1A5WA 1WNSA 1KFDA 2FBTA 3AO3A 3LAKA 4CEZA 3O4NA 3HT3A 2VWKA 2G8UA 3RWUA 4DSLA 4DWIA 4CJPA 4OKEA 4QAGA 2KZZA 3HPGA 4AHVA 3NE6A 3OS2A 5HP1A 2G8HA 3PO4A 5D3GA 3QESA 1S1WA 4DSJA 4LH5A 3AA2A 1VRTA 2RN2A 4LH4A 5JS2A 2LSNA 4Q5VA 4WE1A 5KTQA 4CJKA 3TR8A 4EP4A 3QEPA 1HMVA 4M3WA 1EKEA 1S1TA 4IG0A 3PX0A 3PV8A 4CHNA 2G8FA 2HNDA 2RKIA 4XIUA 3KKRA 1RBUA 4CHQA 1DTQA 3KLEA 3O3HA 1QE1A 2OPRA 2XRIA 3NGIA 1GOCA 3ZSRA 3L2RA 1RDCA 2IS3A 3RMCA 1X9WA 5HLFA 1N5YA 4GMJB 4CGDA 1NJYA 1HRHA 3FFIA 3OYLA 2D0CA 3OYHA 1YTUA 2A1SA 2QKBA 1RBTA 5FRMA 1SKRA 3ZSVA 4FM1A 1C0TA 5J2PA 4KI4A 4DS5A 4DU1A 4DF4A 3M8PA 2DFEA 3NH0A 4IDKA 3DLGA 4CJWA 3JSMA 4DTNA 4DFKA 1TGOA 2HHVA 2HHWA 2OPQA 4DFMA 4CGFA 2OZMA 4DQPA 3K2PA 2KFNA 4OGEA 2PYJA 1EX4A 4BE0A 1VK0A 1Z25A 3KLFA 3P5JA 4FLYA 1SL2A 5C42A 1CZ9A 4CEFA 3H08A 2DY4A 4FJLA 3CQ8A 2D5RA 4FW1A 2X74A 1BGXT 4FLTA 1C1AA 4W5RA 4Y1CA 4RW9A 3VQPA 1QSYA 3ZSOA 4CHOA 1ZBUA 2Q3SA 5FROA 2QKKA 2G8IA 3G10A 4CF9A 1UOCA 2G8WA 1NK9A 4F2RA 1RILA 3AVAA 3I0SA 1NKBA 3MXMA 4KRFA 4AH9A 1VSLA 4CF2A 4DTRA 1WSEA 2OZSA 4FJXA 2NUBA 5J2NA 1Q9YA 1IKWA 3RR8A 4Z4GA 4BDPA 2OPPA 2G8VA 4CK1A 2HB5A 1FK9A 3PY8A 4K8ZA 1B9FA 3NF9A 4CFAA 3C6UA 4ELVA 1LWFA 4CHYA 3WNFA 2B4JA 3O4QA 4B9MA 4J2EA 3LWLA 4CIGA 1FXXA 3TWHA 5DK5A 1D9FA 4JRQA 3AO4A 3NGZA 2Y1IA 4KTQA 4J2BA 4OGCA 2BDPA 1G15A 1VSIA 3V1OA 3TAFA 4BE2A 4I2PA 3T1AA 4E89A 3AVBA 2D0BA 2VG6A 1HQUA 3C95A 3DLKA 4DU3A 3AA3A 3O3FA 4DLGA 1JL1A 1JLQA 3VQCA 3SYZA 2F8TA 3DM2A 1KRPA 3OYAA 3RMDA 1CLQA 3ZSXA 3AO2A 3M8RA 3ULDA 4QOZB 4O44A 4O0IA 1RTHA 3TI0A 3PUFA 2JLEA 3NF6A 3TAEA 2QK9A 4CJFA 3AO5A 3V6DA 4EZ9A 2ETJA 3AO1A 5EU7A 4CJTA 4J2DA 4DU4A 1T03A 3DRPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VEXA 5JICA 1N33K 3AVIA 1QS4A 1QSSA 1ZXOA 2I5JA 1TL1A 4A59A 2P9SB 4BDYA 2W41A 1RTIA 1HJRA 3OYIA 1K9MO 1Y64A 3EO3A 3DMJA 4IOAL 5EY4A 1Q82O 4DS4A 5C12A 4MO5A 1TUUA 3ISNC 3FLCO 3TSQA 3I8DA 3M8QA 3LZJA 1IKYA 4CE9A 3H1VX 1RDWX 2P9UA 1JJ2M 3VEVA 1JCGA 2KW4A 3CD6N 3DAWA 2Q0RA 3HOSA 3SPYA 4K25A 3SUNA 3TTDA 2YCHA 1IV0A 3VQEA 4H8KA 1K73O 3UKRA 4CJEA 1KLMA 4LY7A 3AVFA 2GUIA 1X1PA 1YI2N 4O5FA 5KRSA 1NJZA 2XY7A 2HBMA 1VSMA 3R6MA 4M3TA 2WOMA 3R3LA 1K6YA 2HHHK 1XQSC 2V51B 1EP4A 2Z1GA 2ATQA 1ATSA 4CJQA 3VTHA 1JLEA 4DV4K 3TSPA 1KXPA 2ASPA 1V4SA 2E2NA 3QBXA 2Q31A 5KPZA 4Z4EA 1X9JA 3DI6A 4GKKK 4A62A 4H0XB 5AZIB 3CERA 3SAHA 4BRKA 1KSPA 1YHQN 2E2QA 3A2FA 2CH6A 2P5OA 3MX2A 4N5SA 4BRGA 3TTFA 4KB1A 1MDUB 3AA5X 4JKEA 4F3OA 5AQGA 1D9DA 2YKMA 4NXNK 3LDSA 3DLRA 2NRWA 5TKYA 3SAGA 4E7LA 3J8AA 5AQHA 5IT9O 2YV0X 3FZLA 3O80A 4BY9C 3VETA 2UUCK 3UB5A 4BRNA 3QNNA 2KKZA 3ZETA 3BZCA 5GINA 1J54A 3NF8A 3OYMA 5T7BA 4FLUA 1KQSM 3K5MA 1D5AA 2E1YA 1JXEA 1M1KO 2HNZA 4FJ5A 4J2AA 2ASOA 5KI6A 1J9AA 4H5WA 5LMUK 5LL6Z 3O1BA 5AQFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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