1J54A

Structure of the n-terminal exonuclease domain of the epsilon subunit of e.coli dna polymerase iii at ph 5.8
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
174
structure length
174
Chain Sequence
RQIVLDTETTGMNQIGAHYEGHKIIEIGAVEVVNRRLTGNNFHVYLKPDRLVDPEAFGVHGIADEFLLDKPTFAEVADEFMDYIRGAELVIHNAAFDIGFMDYEFSLLKRDIPKTNTFCKVTDSLAVARKMFPGKRNSLDALCARYEIDNSKRTLHGALLDAQILAEVYLAMTG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords DNA polymerase III, epsilon chain
publication title Structural Basis for Proofreading during Replication of the Escherichia coli Chromosome
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 57
structure length 174
sequence length 174
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2002-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1j54A00
1S9GA 3NBPA 4DSJA 3AVCA 4M3WA 4BDPA 3HPHA 2ZE2A 1TKDA 4DSLA 2IS3A 1EP4A 2LSNA 4CEBA 3S9HA 3VQBA 2IGIA 4O44A 4RW9A 4QAGA 3WNEA 3WNFA 1VSIA 3AO5A 4EP4A 3O3FA 4NYFA 3IS9A 4GVMA 4BDZA 1QSYA 3KIOA 4CK3A 4TSXA 1KLNA 4N47A 2HHUA 4RW4A 3HVRA 3C6TA 4FLZA 4M42A 4DQPA 3DLGA 2YNFA 4KB1A 2Z1IA 1D9FA 4H4MA 4HCBA 4C8LA 1JL2A 4E19A 4HHTA 4M45A 1C0UA 3OYCA 1VRUA 3NH0A 1TAUA 1U45A 3LZJA 1HYVA 3CQ8A 4FVMA 4NCGA 4M3TA 4CGFA 4CF2A 3NGIA 4FLUA 3JYTA 3OVNA 3K5LA 2XY6A 4L8RB 1L5UA 3O4QA 3L2WA 3SI6A 1IKVA 4LSLA 2A1RA 1TGOA 3OYIA 3HPOA 3NE6A 2PZSA 3SNNA 2Y1IA 3OYMA 1LW0A 4FCYA 3RMCA 4LY7A 1IG9A 3THVA 4B9NA 4DF4A 4O0IA 4I9QA 2KZMA 1RBSA 4OKJA 3EYZA 4CGDA 4FJJA 3ZT2A 2KTQA 3PX0A 3VA3A 4Q0BA 1JLCA 3TAPA 4AHTA 2HB5A 2RF2A 4KV8A 3SZ2A 4M41A 3AVLA 4ID5A 3AVKA 3TAGA 1L3TA 1B9FA 2HHQA 4CEEA 1WAJA 3O3HA 1D9DA 1L3UA 3C95A 4DSEA 4J2AA 3K5MA 5I42A 4B8CA 3MXMA 3AO2A 3SJJA 4CEZA 1IKWA 4NYNA 4KPYA 1C0MA 4CJFA 3K2PA 2IC3A 3IG1A 3KK3A 3QNOA 2P5GA 5HROA 1HJRA 1T7PA 5HP1A 1NK6A 4QOZB 3PX6A 1CLQA 3BDPA 4LH5A 1NJXA 4HVJA 3T3FA 1JXEA 1SL1A 1W9HA 1VSFA 2KW4A 2G8WA 3NFAA 5KGWA 2Y1JA 1ITGA 3KKRA 4H4OA 4JS5A 1DTTA 1QS4A 2G8VA 4Z4GA 2ITGA 1Q8IA 4DG1A 4KI4A 2ZD1A 4HUEA 4DS4A 1NKCA 3SUPA 3OYGA 4M3UA 1RT1A 1XWLA 1YVUA 3K58A 5KGXA 5J2QA 1UA1A 1I39A 4B3OA 3K57A 4IKFA 2HHWA 3VQCA 4NCAA 1EETA 4B9LA 1XHXA 5HRSA 4DTRA 3PUFA 4B9UA 3QINA 1YTUA 3AVHA 2X74A 2VWJA 3ZSWA 3DLHA 2HVHA 4OPKA 1TL3A 1X9MA 1ZBFA 1KSPA 2X6SA 3C94A 4DLEA 3NF9A 4F2SA 1NK8A 3CM6A 3VQAA 4CEAA 3MEDA 4MFBA 3I8DA 2A1SA 3NAEA 2PY5A 3VQPA 3VN5A 3HT3A 4B9SA 4PWDA 4AHVA 4F2RA 3LAKA 4FLYA 2P1JA 4B08A 3G10A 1QTMA 4DTMA 1WSFA 1NK9A 3B6PA 1QQCA 5SWMA 3QIOA 4E7IA 4BACA 1N5YA 1D8YA 3RR8A 4B9VA 3V1OA 3DLEA 1TV6A 3P1GA 2ETJA 3L2VA 3SQ1A 4EZ6A 1Z25A 1RBUA 4IFYA 3V6DA 1S1UA 4FK0A 2HHSA 3OYLA 3UIQA 4IBNA 4DTNA 2E6LA 3M8SA 2FBYA 4AHCA 1BISA 4FZYA 4LD0A 4CECA 2FC0A 4FJNA 4KI6A 4G1QA 2X78A 1XC9A 1KCFA 1RDAA 3KLEA 3E01A 3B6OA 3OYEA 2EHGA 5J1EA 1HRHA 1IKXA 4R5PA 1R0AA 1KFSA 1B9DA 2O4GA 3DYAA 3ASMA 4CHZA 1NOZA 2G8FA 2B6AA 4DTSA 1RT7A 4CJEA 4DS5A 4C8OA 1ZBIA 1RDBA 2QK9A 2BE2A 4Z4FA 3KLHA 3SQ0A 3AVAA 1A5WA 2DFHA 3U3GA 3TAEA 4W5NA 4FLVA 3DLKA 4E7HA 2KQ2A 3T1AA 2HW3A 4CE9A 3MEGA 3T19A 4CF1A 1CZ9A 2Q3SA 4DFMA 1IO2A 1JKHA 3PV8A 3AO1A 3AA3A 1U4BA 2GUIA 4K8XA 2Z1HA 3ISNC 4KFBA 3AA5X 4GMJB 4OJRA 5CZ1A 1NKBA 1IH7A 3TR8A 1KFDA 4DLGA 4FJMA 1S6QA 1BIUA 1NJWA 3TANA 4PUOA 4OKKA 4W5QA 1SUQA 4BE1A 2W42A 4DSFA 3QERA 3QEPA 5D3GA 2RPIA 3A2FA 4ID1A 3RWUA 3EZ5A 4J2EA 4Q5VA 1U04A 3SQ2A 3ZT4A 3OS2A 3SV3A 3HXMA 4DFPA 2OPPA 4DQSA 4CFDA 1TKXA 5E41A 1X9WA 4FJHA 4CESA 4DTPA 4CJKA 5FDLA 3VQ4A 4FYDA 1I3AA 4C8KA 1HNIA 2QKKA 2XHBA 3G0ZA 5C25A 3PO4A 1IKYA 1GOCA 4FM0A 4Z4CA 4ZTJA 2B4JA 3NF8A 4DQIA 3RRHA 4DTUA 4JRQA 2NUBA 3BGRA 3NHGA 3KLIA 4IDKA 2RKIA 4Z4HA 1JLFA 4DU1A 3VA0A 1L3VA 1UAXA 1VSHA 4OLBA 4DWIA 1B92A 3VQEA 3SYZA 3U3YA 3RMAA 2DTUA 1RT4A 4AHRA 5HLFA 1RTHA 5CYQA 5HRRA 2O4IA 3D0PA 3V4IA 3CFPA 4OKEA 1Q9XA 2OZSA 4NCBA 3CFOA 4E7JA 4C8NA 3SPZA 3ULDA 1HYZA 3KK2A 1EKEA 4XIUA 2JGUA 3PX4A 1KVCA 1JXBA 4AILC 3M8RA 1C0TA 4RW8A 5HRNA 2P5OA 1RDCA 2YKMA 1X1PA 4FW1A 3HL8A 4FM2A 4FJIA 2G8KA 3OS1A 1WLJA 3DRRA 3DRSA 4DTOA 1CZBA 2BANA 1S9EA 2YKNA 2BDPA 3P5JA 1ZYQA 4CJ5A 4ELTA 3QIPA 2OPRA 4FM1A 4JRPA 1CXQA 3ZSQA 4CFAA 1SKRA 1RTIA 1TK5A 5K14A 2DFEA 1RTJA 3WNHA 4CJUA 1A5XA 1CXUA 1HMVA 1QSLA 3I0SA 3NF6A 4AHUA 3MAQA 2KFZA 4F3OA 2HVIA 4HUFA 5FRMA 1O1WA 3V9UA 1WSEA 3NH1A 3L2UA 3TABA 4W5RA 1XHZA 2PYLA 1NK5A 3AVJA 4M3YA 2F8SA 3NCIA 4CHPA 4CF8A 4W5TA 4DTJA 1LWEA 3VQDA 3DM2A 3ZSXA 1U47A 4JLHA 1HPZA 1NKEA 3LP3A 4LH4A 4H8KA 4B8AB 4F4KA 2VG7A 4FJ9A 1J9AA 3KTQA 4EZ9A 3MECA 4ELUA 1TL1A 3L2QA 3VQ8A 2RN2A 4Y1CA 4PA1A 4CJ3A 4B9TA 3V9ZA 1Z26A 3O4NA 3OYKA 1VSDA 3V81A 1BQNA 1RDDA 2WONA 5T7BA 3QEIA 1QHTA 4CGHA 3DI6A 2HHTA 2E6MA 1S1XA 1SV5A 1RILA 4CJSA 4CK1A 4O0JA 3ZCMA 3PY8A 3M8PA 1T05A 4DSKA 1RBRA 3QETA 2R7YA 1RT6A 1LWCA 1W0HA 1U48A 1RTDA 4CJQA 3L2RA 3O3GA 4CJPA 3OYDA 1LAWA 5KRTA 3LWMA 3F73A 1N6QA 3LAMA 4BWMA 3OS0A 4IG3A 3HVTA 1VK0A 3V9SA 1RT2A 3OYAA 4MQ3A 5CZ2A 2KFNA 1QE1A 1RBTA 2OYQA 5J2MA 3HJFA 2X6NA 4M3ZA 4E0DA 1ASVA 1GOBA 1T8EA 4AHSA 1HNVA 3QESA 1NJZA 2QKBA 4YFUA 2YNHA 3QEWA 4CJVA 4CHOA 3K59A 4F8RA 5FRNA 1FXXA 4DFKA 3AVFA 3V1QA 3ZSYA 3QEXA 2VWKA 4HCCA 1BCOA 2G8IA 3TAQA 1C1BA 5CYMA 4CIEA 4E1MA 2F8TA 1RT3A 1WAFA 3AO4A 3U6FA 1TK0A 4ICLA 4OLAA 3AV9A 3ZT1A 4CEFA 3P83D 4BE0A 3KKSA 4E7LA 5J2PA 3RRGA 2XY7A 3RR7A 4DTXA 4AH9A 3I0RA 3MXJA 4OGEA 4YNQA 1BQMA 1ASWA 1QSSA 1TVRA 2BGGA 2FBXA 2I5JA 2YNIA 3LANA 1JLBA 5KRSA 2FBTA 1NOYA 1HQUA 3OYFA 3HYFA 3HP6A 4CF9A 4ZTFA 1S1TA 5HBMA 1KVBA 2HNYA 3FFIA 4UQGA 1L3SA 1WSJA 4N5SA 1ASUA 1EXQA 4CFCA 4J2DA 3DRPA 2OA8A 1RT5A 3KD5E 1FKPA 1KLMA 4DQRA 1S1WA 1C1AA 4W5OA 4B9MA 4FJXA 1TK8A 1HQEA 3LWLA 3AO3A 1SL2A 1VSMA 4OVLA 2FBVA 4DU4A 1SKWA 4Z4EA 3ALYA 3HM9A 1D5AA 1REVA 1JL1A 5FROA 3D45A 3DLBA 1RCHA 2HNDA 2G8UA 4I7FA 3KD1E 4KTQA 1UA0A 2HHXA 1LV5A 4M3RA 4N56A 4KHQA 1BI4B 3CYMA 2G8HA 2OZMA 3SQ4A 2DFFA 2ZQBA 1YT3A 2JLEA 4JS4A 2D0BA 1S5JA 3F9KA 2WOMA 4E89A 1ZBUA 4FK4A 3OYBA 1VSKA 1VSJA 4RW6A 4DFJA 3L3VA 3ZSOA 1VSLA 5JS2A 4O55A 1TKTA 4DSIA 4FXDA 4KREA 3HP9A 5CY4A 3NDKA 1VSEA 3CM5A 3LALA 4BWJA 1BHLA 2XO7A 3DOKA 3S3MA 4KRFA 3IRXA 1NK7A 3ZT3A 3EY1A 3MXIA 3QLHA 3SV4A 1LWFA 2ATQA 3AVBA 3CFRA 2HNZA 4FW2A 3QEVA 1UOCA 4FJLA 1LAVA 4Z0UA 2D0CA 2XRIA 1T03A 2P51A 4RW7A 4FJ5A 4CGJA 1K6YA 4KKOA 4CEQA 4C8MA 4CEDA 4E3SA 2F96A 3HSTB 4DF8A 1UWBA 4KHUA 3AA2A 4BDYA 2Z1GA 2E4LA 1WSIA 3NGZA 3C6UA 1WSGA 3V9WA 4FJ7A 4CJTA 1WNSA 2GBZA 3MEEA 3OYNA 3V9XA 1JLAA 1RNHA 3RTVA 3LZIA 3TAMA 4CGIA 4Z4IA 4CGGA 5DMRA 4I2QA 3HK2A 1BIZA 1J53A 2EX3A 2D0AA 4CHYA 4N76A 1DLOA 2HHVA 4KTZA 3DLRA 4DU3A 4RG8A 2KZZA 4CIFA 2IDOA 3DOLA 1SKSA 1NK0A 1VRTA 3NF7A 3VQ9A 3NH2A 4CJ4A 1RBVA 4DQQA 2GV9A 2YNGA 3OJSA 5HRPA 1C6VA 4I2PA 1KTQA 3SUQA 1WN7A 3LP1A 4CFBA 1Q9YA 4ZHRA 2D5RA 4GW6A 4FZXC 1G15A 2VG6A 3CG7A 3L3UA 1A5VA 3LPTA 2Z1JA 3OYJA 3PO5A 2YHBA 4FJGA 4FJKA 4KHSA 3HO1A 3M8QA 1C1CA 4O5BA 4CIGA 1NK4A 1LW2A 1NJYA 3HPGA 4J2BA 3TAFA 4CERA 4KHWA 3RMBA 1JLQA 2DY4A 2YV0X 4HUGA 3TWHA 5J2NA 2HMIA 4ELVA 3VQQA 4DMNA 4KAZA 4FLXA 1MU2A 4IFVA 4LSNA 2B5JA 2VG5A 5KI6A 4FLWA 3OYHA 4M3XA 4KHNA 4QCLA 3AA4A 3WNGA 1S6PA 1J5OA 3LDSA 1BL3A 3NGYA 1F21A 3AVNA 5C24A 4BE2A 3TI0A 1JLEA 4CJRA 1BI4A 1GOAA 5JS1A 3KJVA 4FZZA 3KK1A 2XY8A 3SUOA 4KTWA 1S1VA 3V1RA 4CEOA 3OY9A 3QO9A 3LPUA 4CCHA 3VQ7A 3AVMA 4FJ8A 2AJQA 3ZSRA 3K5NA 3VQ6A 3LP0A 4CHQA 4CHNA 1EX4A 4Y1DA 1FKOA 4K8ZA 1Y97A 3JSMA 3IAYA 3ZSVA 4CF0A 5EU7A 5C42A 3QNNA 3SUNA 4N41A 2OPQA 4KO0A 4HTUA 4OPJA 5I3UA 3ZT0A 3DMJA 2PYJA 1HYSA 2OPSA 1BGXT 4FK2A 4KHYA 1TAQA 3ITHA 1TKZA 4WE1A 3LP2A 4E1NA 1X9SA 4EP5A 1ZBHA 1FK9A 1XI1A 1J54A 3RMDA 2IAJA 1JLGA 3H08A 1SL0A 1YTAA 5DK5A 5SZTA 3S3NA 4FLTA 3S3OA 3SPYA 3OJUA 2QXFA 3AVIA 3KLFA 4KB0A 1BCMA 3TARA 4PY5A 1WSHA 4CJLA 4F3TA 1KVAA 3AVGA 1KRPA 2YHAA 2XY5A 2IOCA 3ZSZA 5KTQA 4I9LA 3SCXA 1DTQA 4O4GA 4CJWA 4OGCA 4CK2A 3KLGA 4PQUA 3VQ5A 4E7KA 1ZBLA 4IG0A 1U49A 3K5OA 3L8BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LMNK 4DSJA 3I56N 3D2FB 3AVCA 4BDPA 3WXKA 1TKDA 1EP4A 2IGIA 4O44A 3O3FA 2G8IA 4K0KK 3IS9A 4BRCA 1KLNA 1KC8O 3KIOA 1NGIA 2FF3B 2UYTA 4N47A 3HVRA 2QW9A 3C6TA 4FLZA 3CC7N 3DLGA 1MDUB 4HCBA 4HHTA 1C0UA 1VAZA 4H0TB 4BC2A 4IDHA 5BR9A 2NNWA 4NCGA 4QS9A 3OVNA 1RFQA 5AQWA 3K5LA 1X3NA 3O4QA 2E2PA 3SI6A 3CF5L 1TGOA 2PZSA 3VTHA 2ZGYA 2Y1IA 4LY7A 4CGDA 4FJJA 3ZT2A 1N32K 2KTQA 3VA3A 3TAPA 2HB5A 2RF2A 4KV8A 3TAGA 2E1YA 2QWOA 5IT9O 2HBLA 3IG1A 3QNOA 2QTDA 1NGFA 3BDPA 5B8HA 4C1NI 2KW4A 4H0OA 2WTUA 4KI4A 3VEOA 2O8EB 3HSCA 1XWLA 4DB3A 5J2QA 5KGXA 1UA1A 4ILJA 3IMXA 4XEIA 4AM7A 3WT0A 3E66A 4DTRA 1YTUA 2UXDK 4DR3K 4BRGA 3ZSWA 4OPKA 1S72N 3C94A 4CZEA 4O8KA 3CM6A 3VQAA 4CEAA 4PWDA 4YHHK 4B9SA 4F2RA 2P1JA 1WSFA 3CJ7A 4JKCA 4BRPA 5EX5A 4BACA 5AQFA 3SQ1A 1YVNA 3BP8A 5HL7L 4X66K 3M8SA 4DTNA 3BF3A 1R0AA 3B8AX 5AQIA 2RE2A 3EE9A 4DTSA 4CJEA 4DS5A 1ZBIA 3E9OA 3FR0A 1IBLK 4JKAA 4W5NA 3DLKA 4GV3A 5AZJB 4BG9A 4DFMA 1JKHA 3T1YK 3ISNC 3CC4N 4JI1K 2GUPA 4DLGA 1EWRA 3TU5A 1Q82O 1BIUA 3K9JA 3VGLA 4OKKA 5D3GA 2OANA 2RPIA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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