1J54A

Structure of the n-terminal exonuclease domain of the epsilon subunit of e.coli dna polymerase iii at ph 5.8
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
174
structure length
174
Chain Sequence
RQIVLDTETTGMNQIGAHYEGHKIIEIGAVEVVNRRLTGNNFHVYLKPDRLVDPEAFGVHGIADEFLLDKPTFAEVADEFMDYIRGAELVIHNAAFDIGFMDYEFSLLKRDIPKTNTFCKVTDSLAVARKMFPGKRNSLDALCARYEIDNSKRTLHGALLDAQILAEVYLAMTG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
publication title Structural Basis for Proofreading during Replication of the Escherichia coli Chromosome
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase III, epsilon chain
total genus 57
structure length 174
sequence length 174
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2002-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1j54A00
1JXEA 4EZ6A 2JGUA 3OS2A 1IG9A 4FLWA 3PV8A 4J2EA 2OZMA 2F8TA 4KHUA 1TAUA 1N6QA 3FFIA 4F3OA 1BI4A 4FJKA 3V9UA 3G10A 1A5WA 4B9VA 4W5NA 3VQAA 1A5XA 1RT2A 3OYFA 1KCFA 4LH5A 3HO1A 4FYDA 1J9AA 4MQ3A 3DRRA 4OGEA 5DMRA 2Z1HA 4CIEA 4M3WA 1XWLA 3LDSA 1HYZA 1DTTA 3LAKA 2YHAA 3SI6A 2RN2A 3KLEA 1RNHA 4JS5A 1BISA 1RBSA 2G8HA 2HMIA 4OLAA 3AO1A 4CEEA 4N5SA 2HVHA 1REVA 1TK8A 2Z1JA 4DSJA 3OYDA 4FZXC 3VA0A 1TK5A 3S3MA 3PUFA 1SL2A 2EHGA 4ELUA 5KTQA 3OYBA 3DLBA 3OJUA 3OYIA 1SL1A 1HQUA 1L5UA 4FLVA 3V9SA 1GOBA 4BDZA 3ZT0A 2HW3A 2OZSA 4MFBA 1XHZA 3S9HA 4M3UA 4PWDA 4DSFA 3SQ2A 1ASVA 2B4JA 2NUBA 1LW2A 4I7FA 4CHZA 1C1CA 3M8SA 4BE0A 1I3AA 1TAQA 2WONA 1VRUA 3OYMA 2GUIA 3V9WA 2ITGA 3RRHA 4CK1A 4B3OA 4B9SA 3ZSVA 3L3VA 4PA1A 2Y1IA 2FBXA 3V1QA 3V1RA 4ZTJA 1BIZA 3V6DA 1NJZA 3CM6A 4BE2A 3SV4A 4XIUA 4CJFA 3ZSYA 4E7JA 1SKWA 3AA5X 4KB0A 1RBUA 2ZE2A 4CJWA 3LWLA 1JLBA 4Z4HA 2RKIA 4KREA 3AO4A 4L8RB 3BGRA 4M3XA 4CEZA 4HUGA 4CEFA 3VN5A 1FKPA 4FK2A 1TV6A 3L2QA 1YTUA 2O4IA 4CESA 4CK2A 3OJSA 4Z0UA 3SPZA 1HYSA 3LANA 2KFZA 4F2RA 3IS9A 4CERA 4RW9A 5KI6A 3RMDA 4K8ZA 3PY8A 1O1WA 1UA1A 1KFSA 4M41A 1D9FA 4M42A 3KKSA 3RTVA 3IAYA 1J53A 1UWBA 3DLKA 5J2QA 4W5QA 3OYHA 1QSYA 3QIPA 2P51A 3SQ1A 1IH7A 5HRSA 1Q9YA 4CJUA 3OY9A 4OJRA 4RW7A 3NF8A 4FM2A 1XI1A 1VSDA 3SUNA 3I0SA 3LALA 3NHGA 4Z4GA 1EX4A 2QXFA 4F8RA 2B5JA 4PY5A 2XY5A 3DLEA 4I2QA 4KI6A 3T3FA 3SZ2A 4FJ7A 1SKRA 4JRPA 4KTZA 3DLHA 3AVNA 3AVLA 4CJVA 4M3RA 2IAJA 2IS3A 5KRSA 3OYAA 4DU4A 1KRPA 4FXDA 2HHTA 3CQ8A 1BQMA 3LP1A 1X9WA 3OYCA 2GBZA 4RW4A 2G8FA 3OVNA 1C1BA 4O55A 1Q8IA 2F8SA 3KLGA 3HVRA 3VQ5A 4DWIA 3RR7A 3K2PA 1ZBIA 4RW6A 1EXQA 1QS4A 3WNFA 1U45A 2YKNA 3VQBA 1JL2A 2VWKA 1CZBA 1Y97A 4E1MA 4CE9A 5HRPA 1DTQA 1FKOA 3JYTA 1VSHA 3HVTA 4DFJA 2G8KA 2KFNA 1J54A 4CIGA 1EKEA 4DFPA 1X9SA 1WSJA 4GMJB 3LP3A 4CJPA 1SV5A 4O4GA 4DLGA 4IG3A 4ID5A 4RW8A 4I2PA 4DF8A 2X6NA 3QO9A 3KKRA 3QEIA 3LAMA 1NKBA 4W5RA 4EP4A 2P5OA 1Z25A 3DI6A 1ZBUA 4BWMA 4DU3A 1IO2A 3U6FA 4FLXA 3SV3A 4WE1A 2YV0X 1FK9A 1NK7A 4PUOA 1U49A 3NF6A 4FVMA 1S9EA 4DSKA 3AO3A 4N47A 1JLGA 3HM9A 1X9MA 2Y1JA 3AV9A 3S3OA 4J2DA 1VSJA 3QESA 4IKFA 1X1PA 4DTPA 3QETA 4KAZA 3PX6A 4KTWA 4E89A 2PY5A 1LAWA 3RMBA 4FLZA 4KI4A 3I0RA 4G1QA 4CJSA 2D0AA 3MAQA 4CJ3A 3TAQA 1UOCA 2I5JA 4DLEA 2D0CA 1NK4A 4FK0A 1KSPA 4AHRA 3KD1E 1RT6A 3AVIA 3B6PA 3NBPA 4DSLA 4Q0BA 4HUEA 3S3NA 3MEEA 3PO4A 4Z4EA 3CFOA 3L2WA 3M8QA 1ASWA 2FBVA 3ZSRA 1WN7A 1EETA 4CEAA 2HHWA 1Q9XA 1ZYQA 4Y1DA 2X78A 3U3YA 4CF2A 1RT5A 4DTNA 4E0DA 3AVJA 4CHQA 4M45A 3V81A 3DMJA 2G8IA 4KRFA 1VSIA 1VRTA 3AA4A 1TKZA 2YKMA 1WSFA 1XC9A 5D3GA 1IKVA 1YTAA 1S6QA 4FW2A 1B9FA 1RDAA 1HNIA 2YNGA 4OKJA 3M8RA 5I42A 1NK0A 4CFDA 1N5YA 1WAJA 3HPGA 1LWCA 1VSKA 1NK6A 4FJ5A 3OYJA 4N76A 4N56A 3AA2A 1MU2A 3KLIA 2OPRA 4IG0A 5KGWA 3T1AA 2HVIA 1QE1A 3DOLA 3VQPA 1RTDA 4KFBA 3IRXA 3ZT2A 3O4NA 3V1OA 4HVJA 3DRPA 4FW1A 4FCYA 3HL8A 4QOZB 4JRQA 2D0BA 3SNNA 2PYLA 5J2MA 1ZBHA 4J2AA 1KVCA 4E7KA 4CGDA 1C0UA 1WSEA 4Q5VA 4LSLA 3P1GA 4DF4A 4E19A 3OYNA 3IG1A 4BE1A 3T19A 3VQ6A 5KGXA 1K6YA 3AVKA 4H4OA 4PQUA 3WNGA 4OLBA 1C0MA 4O0JA 2XY7A 3LP2A 4CF0A 1LWFA 3ZT3A 4CEQA 4DTRA 1NK9A 5FROA 1IKWA 2LSNA 4FZYA 2DTUA 1S9GA 4DU1A 3HXMA 3V9XA 2HHQA 4CF1A 1IKYA 1BGXT 3CG7A 1L3SA 3PO5A 4FJLA 2D5RA 3DRSA 5SZTA 1RCHA 2QKBA 4CHPA 2A1SA 4CHNA 4FZZA 3TAPA 4BWJA 5J2PA 1U47A 1G15A 3HT3A 3HPOA 1C6VA 3OYEA 1RTIA 4DSEA 4DFMA 1HJRA 3K5OA 1FXXA 5HROA 4W5OA 4RG8A 1TKDA 4GVMA 3F9KA 4AH9A 2R7YA 3QEVA 2XY8A 3MXMA 3K5MA 1HYVA 3K5NA 2QKKA 4FJIA 3F73A 2BDPA 3QEWA 4FM0A 1BCMA 1QQCA 2HHVA 1LWEA 3P83D 1YVUA 1RT1A 1SUQA 1EP4A 2E6LA 3RR8A 4Z4FA 1B9DA 2PZSA 1S1UA 3ZSWA 1CXQA 2OPQA 4Y1CA 3AA3A 4B8CA 3SCXA 1JLEA 3HP9A 1WSIA 1KVBA 1RDDA 2Q3SA 3KLFA 3EYZA 3K5LA 1T05A 3NGIA 4BDPA 2FBTA 2YNFA 3M8PA 4YNQA 1VSMA 3L8BA 1ITGA 1BL3A 2FBYA 4DFKA 3O3FA 3AVGA 3MECA 3V4IA 3DM2A 2DY4A 4KV8A 3CFPA 4J2BA 3ZSQA 4FLUA 1UA0A 1KLNA 4AHTA 3AVBA 1RBTA 1NJXA 3TR8A 4FJXA 1W0HA 5CYMA 4CJLA 2IC3A 3QIOA 5CYQA 3K59A 1JLFA 1J5OA 4IBNA 3LP0A 4TSXA 3K57A 3P5JA 2OYQA 3OYGA 3SUQA 2XRIA 1RTHA 3OYKA 5SWMA 3SQ4A 3QEPA 4LSNA 4KHSA 3TI0A 4E7LA 1RTJA 1T7PA 5E41A 4CCHA 3DLGA 3SJJA 1GOCA 2GV9A 1WSGA 4E3SA 4DTUA 1S6PA 1TL1A 4NYFA 4CF8A 3MXIA 2VWJA 2KZZA 3LWMA 3AO5A 2HNZA 4B8AB 1VSFA 4HUFA 4FJ9A 1D5AA 4ICLA 3L2RA 2RPIA 4GW6A 1NK8A 1L3TA 4NYNA 2HNDA 2P1JA 3KLHA 3RMCA 1RT3A 2VG7A 4O5BA 1RT7A 4UQGA 3RRGA 1WSHA 4CEBA 1KVAA 2BGGA 1S1TA 3L2UA 1BCOA 2ZD1A 4O44A 4CFBA 4DQRA 1BI4B 3V9ZA 1CLQA 3AO2A 5HRRA 3WNHA 4CJKA 3G0ZA 4NCGA 1T8EA 4B9UA 4CJQA 4DSIA 2F96A 1S1WA 4AILC 4H8KA 2DFFA 2BE2A 1IKXA 1SKSA 4CEDA 4CHOA 2HHSA 1QSLA 3SPYA 1LAVA 2XHBA 1Z26A 2IOCA 1HQEA 3NH1A 3AVHA 1QTMA 2B6AA 2OPPA 2VG5A 3MEGA 3OYLA 3VQ7A 2ETJA 4KPYA 4DS4A 1RDBA 3HPHA 1U4BA 4CGIA 2IGIA 4KHNA 3ZSOA 3OS0A 3NE6A 5C24A 4QAGA 3ZSZA 4Z4CA 4BACA 4DQSA 1CXUA 3TAGA 5HP1A 3QNOA 5I3UA 2HHUA 3I8DA 3ISNC 3VQ9A 1UAXA 4F4KA 2IDOA 5KRTA 1GOAA 4IFYA 3LZIA 1HMVA 2OA8A 2P5GA 4LY7A 1WNSA 2X74A 4HCBA 3KIOA 4B9TA 4C8MA 2FC0A 2JLEA 2YNIA 2Z1GA 1T03A 2XO7A 4HHTA 3ALYA 4M3YA 3VQCA 3NCIA 3KK3A 4OKKA 1JXBA 3ULDA 4M3ZA 3CM5A 3TANA 3OS1A 4R5PA 1JL1A 1L3VA 1U48A 4NCAA 5HLFA 3HJFA 4FM1A 4H4MA 4DS5A 1VK0A 3SUOA 4DQIA 1TKXA 3VA3A 4E7HA 3L2VA 3AVAA 4KKOA 1RDCA 2OPSA 4DTSA 1U04A 1NJYA 5HRNA 1KFDA 4F2SA 1D8YA 1S1XA 4O0IA 1HNVA 1TGOA 5T7BA 3JSMA 2KQ2A 3NFAA 4FLYA 1NKEA 1W9HA 4AHCA 3TARA 4KO0A 4B9MA 3HP6A 2X6SA 3U3GA 1HRHA 4CJRA 4ELVA 1BHLA 3TAMA 3NF9A 2EX3A 2DFHA 1NOYA 2XY6A 3EY1A 3E01A 3O3GA 4ZTFA 1JLCA 4OKEA 3C6TA 3VQDA 3TAFA 4CIFA 4B08A 1QHTA 4ZHRA 3HSTB 3KK1A 4DTOA 1L3UA 4AHSA 1DLOA 3DLRA 4I9LA 4CK3A 1JKHA 4CGGA 2HNYA 2ZQBA 3NH2A 3NAEA 4JS4A 4DQQA 1BIUA 1HPZA 1CZ9A 2YHBA 5JS2A 1RT4A 3NF7A 4IDKA 4DTXA 4CJ5A 3DOKA 4Z4IA 2PYJA 1NKCA 1S1VA 2G8WA 3TAEA 1RBRA 1R0AA 3ZSXA 3D0PA 4DTMA 4DMNA 3HK2A 2KTQA 5FDLA 3O4QA 4FJ8A 3AVFA 4KB1A 4CF9A 3DYAA 1I39A 3VQ8A 4CGJA 3THVA 3KJVA 3NH0A 4EP5A 2HB5A 3AVMA 4C8KA 5CZ1A 3SUPA 4FJHA 3ASMA 3LZJA 3PX0A 1QSSA 3SQ0A 4YFUA 4QCLA 1KLMA 3O3HA 4CGFA 3QEXA 2A1RA 2G8UA 2BANA 1B92A 2AJQA 4B9NA 1C1AA 4LH4A 1XHXA 5EU7A 4AHVA 3ITHA 1NOZA 3LPUA 2E6MA 4CJ4A 3UIQA 4FJGA 4N41A 4F3TA 4OVLA 3A2FA 4I9QA 4FJNA 5JS1A 1TK0A 4B9LA 5DK5A 2RF2A 1TL3A 3K58A 2YNHA 4IFVA 1RILA 2KW4A 3C94A 2G8VA 5FRMA 1KTQA 1TKTA 1WLJA 3RMAA 1TVRA 2VG6A 3C95A 5J1EA 3KTQA 3RWUA 3QINA 4E7IA 4OPKA 1ZBLA 3EZ5A 4KHWA 3MEDA 4W5TA 3B6OA 1BQNA 4KHQA 3ZCMA 4CJEA 3QNNA 3LPTA 4K8XA 2QK9A 4BDYA 3BDPA 4DG1A 4KTQA 3TWHA 3KD5E 2DFEA 5HBMA 4FJJA 4OPJA 1LW0A 2W42A 4CFCA 3D45A 2HHXA 4CFAA 3VQ4A 4CECA 4FJMA 3VQQA 4CJTA 1WAFA 1F21A 5J2NA 2O4GA 2E4LA 1ASUA 4LD0A 5CY4A 4FLTA 1A5VA 4ELTA 1C0TA 1LV5A 4ID1A 3PX4A 1JLQA 3NDKA 4CEOA 2KZMA 3VQEA 3CYMA 3MXJA 1VSEA 1SL0A 3AVCA 3WNEA 5K14A 1JLAA 4CHYA 5FRNA 5C42A 4AHUA 4C8NA 4EZ9A 4OGCA 4C8LA 4DTJA 4HCCA 1YT3A 3ZT1A 4HTUA 4E1NA 3ZT4A 2ATQA 5CZ2A 3TABA 3HYFA 4C8OA 3C6UA 3L3UA 3NGZA 3SYZA 1NJWA 1D9DA 2Z1IA 5C25A 3H08A 3CFRA 1NK5A 1ZBFA 1VSLA 1RBVA 4DQPA 4JLHA 3QLHA 4KHYA 4NCBA 4M3TA 3NGYA 4CGHA 3QERA 1S5JA 4FK4A 3KK2A 2WOMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4EZ6A 2P9IA 4J2EA 2OZMA 2OCEA 4QS7A 1BI4A 1J6ZA 3U8XA 3V9UA 4JD2B 3OYFA 4IO9L 1KCFA 3I33A 3E66A 2F7TA 1J9AA 5DMRA 4M3WA 3WXIA 1XWLA 1NLVA 3LAKA 2KLAA 1BISA 1RBSA 2HMIA 3AO1A 4CEEA 4N5SA 4FZXC 1K8KB 3VA0A 3S3MA 2CGLA 4FSVA 4IEIA 2P9PA 2O8CA 3OYBA 1WOQA 2E20A 1SL1A 4H5TA 1HQUA 3CC7N 1GOBA 2V7YA 4BDZA 2OZSA 1XHZA 3MCPA 3SQ2A 4DB3A 4CHZA 4I7FA 3TAFA 2WONA 4GV3A 2QWRA 4B3OA 1NGAA 4B9SA 4PA1A 4ZTJA 1NJZA 5EX5A 3SV4A 4XIUA 1SKWA 2P9LA 2RKIA 5LL6Z 3AO4A 4KREA 3BGRA 4CEZA 4B3TK 4FK2A 3LDLA 2UUAK 3OJSA 4EFHA 3QDKA 2P9UA 5KI6A 3T69A 2VQEK 5I9EB 3PY8A 1O1WA 1UA1A 4U7BA 3IAYA 1J53A 3DLKA 4Z94A 4W5QA 2QWPA 4LF8K 2P51A 3OTOK 1H1VA 4CJUA 3OY9A 3LDPA 5C0YA 3LALA 4IFEA 4K42A 1FW6A 3A5NC 4NB4A 2XY5A 3DLEA 1OH8A 2FSJA 3GL1A 3SZ2A 3ZEUA 4FJ7A 1SKRA 4KTZA 3MWTA 2HHTA 4DU4A 3KHYA 3OYAA 4FXDA 4BRNA 3LP1A 4IJNA 3KLGA 1YUWA 4DWIA 3CJAA 3VF4A 1GLJO 1YIJN 3MX2A 1JL2A 5HRPA 1CZBA 1Y97A 1FKOA 3HVTA 4FWMA 1J54A 3R8EA 3H3NO 5FPMA 1SV5A 4O4GA 1ILYA 2F9TA 2VGMA 4DF8A 2X6NA 3QEIA 1NKBA 4W5RA 2RE2A 2P5OA 4WQ5C 1NGEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1LAV A;  2XHB A;  4BRQ A;  2O8C B;  3OYL A;  1HKB A;  3MEG A;  4DS4 A;  1RDB A;  3HPH A;  4YOU A;  4Z4C A;  4BAC A;  4DQS A;  3TAG A;  5I3U A;  2W41 A;  3D2E A;  1UAX A;  3DXM A;  3IUC A;  3VQ9 A;  1KQS M;  1BOT O;  5ADX H;  1HMV A;  2P5G A;  4HCB A;  3KIO A;  4B9T A;  4DR6 K;  1T3V A;  2JLE A;  3NCI A;  3TAN A;  4BC5 A;  4H5R A;  4FM1 A;  1YHQ N;  4DQI A;  4E7H A;  4B1U B;  4DTS A;  1NJY A;  3R9P A;  3AAP A;  1D8Y A;  5T7B A;  2KQ2 A;  1W97 L;  3NFA A;  1NKE A;  3J7Y P;  1W9H A;  2P9N B;  3TAR A;  4B9M A;  1W7A A;  3T1Y K;  3N4P A;  3QIC A;  4ELV A;  4IOX A;  2HOE A;  5M1O A;  3EY1 A;  3E01 A;  4ZTF A;  1DT9 A;  4B08 A;  4YDU A;  1L3U A;  4I9L A;  4CD3 A;  4WQ5 A;  4PKI A;  3EO3 A;  3HRG A;  2J4R A;  3ZEU B;  4DQQ A;  1HPZ A;  1YF5 L;  5BPM A;  3NF7 A;  4A2B A;  3EL2 A;  2UXC K;  5LMN K;  1MWK A;  2PYJ A;  2UUC K;  5ELZ A;  5DM7 L;  3D0P A;  4DMN A;  3O4Q A;  3AVF A;  4CF9 A;  4DR1 K;  4DUZ K;  1I39 A;  4BQZ A;  2O8F B;  4A2A A;  4FWS A;  1U2V A;  2HB5 A;  3HOT A;  3O3H A;  4CGF A;  4JI2 K;  1GLA G;  2BAN A;  1B92 A;  3OW2 M;  2AJQ A;  4CI6 A;  4NXN K;  3ZX0 A;  5EU7 A;  2O8D A;  1NOZ A;  3K0S A;  4MDA A;  3F2K A;  4OVL A;  1XMQ K;  3BF3 A;  5DK5 A;  2YNH A;  5FRM A;  2HHU A;  1KTQ A;  5AZI B;  2VG6 A;  3C95 A;  5F2R A;  5J1E A;  2E1Z A;  3KTQ A;  4B1Z A;  4R79 A;  1ZBL A;  4MLE A;  4W5T A;  4KHQ A;  3FE1 A;  3ZCM A;  4CJE A;  3LPT A;  4JI4 K;  4K8X A;  3TWH A;  4OPJ A;  3D45 A;  2HHX A;  4CEC A;  4FJM A;  2FLO A;  5AJ3 K;  1OH6 A;  5J2N A;  3THY B;  2Q1N A;  4LD0 A;  5GAG P;  1A5V A;  4FLT A;  1C0T A;  1JLQ A;  2KZM A;  3VQE A;  1VSE A;  5AQY A;  4IDH A;  3L4Q A;  3TU5 A;  4CHY A;  4FPB A;  1ZC6 A;  4HTL A;  4BC4 A;  4DTJ A;  1YT3 A;  3ATV A;  1YIT N;  3ZT4 A;  3TAB A;  3R1X A;  4C8O A;  3L3U A;  1T6D A;  1D9D A;  3DXK B;  3CPW M;  5TKY A;  1RBV A;  2I7N A;  4JLH A;  3F5T A;  2NNW A;  3CCM N;  3NGY A;  1TUU A;  4BRD A;  1ATN A;  2WOM A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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