1J54A

Structure of the n-terminal exonuclease domain of the epsilon subunit of e.coli dna polymerase iii at ph 5.8
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
174
structure length
174
Chain Sequence
RQIVLDTETTGMNQIGAHYEGHKIIEIGAVEVVNRRLTGNNFHVYLKPDRLVDPEAFGVHGIADEFLLDKPTFAEVADEFMDYIRGAELVIHNAAFDIGFMDYEFSLLKRDIPKTNTFCKVTDSLAVARKMFPGKRNSLDALCARYEIDNSKRTLHGALLDAQILAEVYLAMTG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for Proofreading during Replication of the Escherichia coli Chromosome
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transferase
molecule keywords DNA polymerase III, epsilon chain
total genus 57
structure length 174
sequence length 174
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2002-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1j54A00
1WNSA 4HTUA 4KB0A 1CZ9A 3DLEA 2E6LA 1QE1A 4ELVA 3ZSVA 4BDYA 3RRGA 1FK9A 5EU7A 4E7KA 4BWMA 3KLGA 4M3WA 2Q3SA 5HRSA 3PX4A 1X9MA 4FW1A 4CF9A 4DQQA 3SZ2A 2PYJA 3MAQA 3ZT4A 3DRPA 1BL3A 3ZSWA 3LP2A 1B9DA 5CYQA 1RBSA 1Q8IA 1WSGA 2ITGA 2DFEA 4CGFA 1HQUA 1S1UA 3G10A 1U49A 1NKCA 4IKFA 4M3RA 3AA2A 4E7LA 3QNNA 4CHZA 1SUQA 1XHXA 4I2QA 1D9DA 4NCBA 4KTWA 4DSFA 3OYEA 3QEVA 4BE2A 4H4MA 3SI6A 3WNEA 3QERA 4CK1A 4E19A 3OYFA 4CEQA 1Y97A 1LWFA 2XO7A 2R7YA 1NJZA 3DI6A 3ZSOA 4KHNA 2FC0A 4FVMA 2HVHA 1T05A 3OS2A 3HXMA 4ZTJA 3DLKA 4DU3A 4CCHA 1BI4B 1L5UA 1KFSA 1DLOA 2D5RA 3L3VA 4KB1A 4GW6A 2HHTA 4BWJA 1RDAA 1VSEA 2WOMA 5FDLA 3LWMA 4I7FA 4CEZA 4OLBA 3K5LA 4FZXC 1D5AA 3OYMA 4FXDA 1GOBA 4KPYA 4Z4CA 3VA0A 4F2RA 2YNFA 3HT3A 4HUGA 3ZT2A 1UAXA 1VRTA 2HB5A 4FJ7A 4M3TA 3TAMA 4FJXA 3E01A 3NH1A 2XHBA 2X6SA 4O55A 3LWLA 2HHQA 2VG7A 1GOAA 3THVA 5HBMA 5T7BA 4NYNA 2Z1HA 3K5OA 1GOCA 4HUFA 1BISA 3KD5E 5HROA 1T8EA 3QEXA 4KFBA 1CXQA 4JS5A 3SQ0A 3LPUA 4B08A 1IKVA 4DQRA 4FJ5A 4DF8A 4PUOA 4IBNA 3AV9A 1S1TA 1ZBFA 4KHWA 3CFOA 3ULDA 1JL1A 3VQDA 3CQ8A 1LV5A 5J2PA 4CJEA 3F73A 2F8SA 2G8UA 3TAQA 4FK2A 4HHTA 4FJGA 4CIEA 3DLGA 4WE1A 3SNNA 3AVMA 3QIPA 4ID1A 4CEFA 3B6PA 3ZT0A 4FLXA 2HNDA 2PY5A 4FLVA 1RDDA 4AILC 4DFMA 2A1RA 4KAZA 4PY5A 2OPRA 3ASMA 1BCOA 4O4GA 4AHTA 4DTRA 3QEPA 4OKEA 3O3HA 2AJQA 1N6QA 5SWMA 3M8SA 4FLYA 1BGXT 1LAVA 3PUFA 3VQ8A 3HL8A 5DK5A 1ZBLA 1S6QA 4ELUA 3RTVA 4N56A 2DY4A 4DTOA 1EETA 4IFYA 4HVJA 1XC9A 3DM2A 3AO3A 1RTIA 1UOCA 2BE2A 5C25A 2HNYA 1NJWA 3DLRA 3A2FA 3V9ZA 1HJRA 1JLQA 3D45A 2FBYA 1Q9YA 4DSIA 1VSIA 5SZTA 3KLEA 3LAKA 3C94A 4ELTA 4DQSA 1L3SA 4DSKA 3S3NA 2YHAA 4CJLA 1HYSA 4DMNA 3SYZA 1FXXA 3NBPA 4AHUA 3HYFA 3KTQA 4KRFA 5HRNA 3U6FA 4G1QA 1VK0A 4DWIA 4FJIA 1YT3A 3SQ1A 2D0BA 3ISNC 3AVFA 2OPPA 3V9SA 5D3GA 2KTQA 1L3VA 1KCFA 1KVBA 3VQPA 4Z0UA 4F2SA 2IOCA 3OYJA 3NF8A 4NYFA 5J2MA 4FM0A 1KLNA 1LW2A 1CXUA 2GV9A 1S5JA 4KTZA 2D0AA 2BDPA 2QK9A 1VSMA 2I5JA 3NF9A 5CZ1A 4KV8A 5C24A 1U48A 3O3GA 3IAYA 1BHLA 1D8YA 4DTUA 3AVAA 1K6YA 4N41A 3KLFA 4DLEA 3MEDA 1IG9A 3DLBA 5JS1A 4DS5A 4BE0A 1HPZA 4QCLA 3V9UA 1HNIA 4HCCA 4C8OA 4PQUA 3I0SA 2Z1JA 2KZMA 3MEGA 1U47A 4KHYA 3ITHA 1JLGA 2KFNA 4KI4A 1ASWA 3L2RA 3JSMA 4R5PA 1WN7A 4RW7A 3WNGA 1NJXA 1TL1A 1D9FA 2HW3A 1C1AA 2GBZA 1EX4A 2ZQBA 3OYKA 4AHRA 3LZJA 1RDCA 1WSFA 1HQEA 3T19A 5KGXA 1QSSA 3HP9A 4CJ4A 3EYZA 4H4OA 4JS4A 5J2NA 3NFAA 3VQQA 3TR8A 4CFBA 3OVNA 4DU4A 4KHSA 4J2BA 4CJWA 2VWKA 3MEEA 4DTPA 3ZSZA 3AVIA 4KI6A 1RBVA 2BANA 3DRSA 3QLHA 3KK1A 4W5NA 4E3SA 1S1VA 4LD0A 3O3FA 1NK8A 1TKXA 1C6VA 1KSPA 2X74A 1ITGA 3QIOA 1J53A 1VSLA 3SQ4A 4FM1A 4MFBA 2QKKA 4J2EA 1XWLA 4BDZA 3HPHA 1B92A 4CGGA 2XY7A 2KFZA 4XIUA 2FBVA 5C42A 3T3FA 3M8QA 1REVA 4CE9A 3VQ9A 3NF6A 3AVKA 4LSNA 2OYQA 2GUIA 2KW4A 3VQCA 1TK8A 1TVRA 4ICLA 3V6DA 4CIGA 3L2UA 3LP3A 3NHGA 5FRNA 3AVJA 3P5JA 4CF2A 3OYHA 3L8BA 4I2PA 4CJPA 5I3UA 3QEWA 1TGOA 1SL0A 3CM6A 3AO4A 4LH4A 4CGHA 3H08A 4CFCA 4CJSA 4TSXA 5E41A 4C8LA 3SUNA 4N76A 4M3UA 4OGCA 2XRIA 4CHOA 3HJFA 3KLIA 4PWDA 1B9FA 3LAMA 4I9LA 5CZ2A 4UQGA 3AVGA 3NH2A 4FZZA 4OKJA 3I0RA 5JS2A 2O4GA 4CEDA 1TKDA 3DLHA 2YNHA 4FZYA 2B5JA 3LPTA 4OJRA 5K14A 1KTQA 3L3UA 3K59A 4CF8A 3KKRA 3DMJA 5FRMA 4M45A 1SKRA 4ID5A 1NK0A 3RMDA 1T7PA 3ZT1A 4CECA 3ZSRA 4FM2A 2HHSA 3LDSA 2NUBA 4B9VA 5KTQA 1JXBA 3SUPA 3V9XA 3SUQA 1U45A 1RTJA 3PO4A 1RTHA 3C95A 1HYZA 2IAJA 3WNFA 4W5QA 3K5MA 1L3UA 4F3TA 2HHUA 2ZE2A 2HVIA 1Z26A 2P1JA 3RMAA 1BI4A 4AHVA 4CEAA 4B9UA 2YKMA 4Q5VA 4DFPA 3NAEA 1KRPA 4HUEA 2DTUA 4CK2A 3HVTA 1J9AA 3HK2A 4Z4HA 4CIFA 4DTMA 3L2VA 1IO2A 4CJUA 4EP4A 3KLHA 3T1AA 2VG6A 1U04A 3PX0A 1TK5A 4Z4IA 4HCBA 1FKPA 3L2WA 3KD1E 1RBRA 4MQ3A 4OPJA 4CK3A 2D0CA 4QOZB 4BDPA 1RCHA 3OS1A 5J2QA 4KTQA 1IKYA 4YFUA 4E89A 1FKOA 1XI1A 3IS9A 1J5OA 3AA5X 3HPOA 2XY6A 3LALA 1C1CA 4RW6A 3K58A 1A5WA 3HP6A 1QQCA 4JRQA 1HMVA 4BE1A 4F8RA 3VA3A 3ALYA 3NGZA 3IG1A 2KQ2A 3BGRA 4W5OA 4RW9A 4RW4A 1C0TA 3QO9A 1TKZA 3TAPA 1C0MA 1LWCA 3AA4A 1S1WA 4EZ6A 2E6MA 4FJ8A 4OLAA 3AVLA 4M42A 4CF0A 4FJMA 4FJLA 2OA8A 3OYDA 1JLBA 3DRRA 1ASUA 2B6AA 3OYBA 2YNIA 4CGJA 3V9WA 1X9SA 4FJNA 1QHTA 3VQ6A 1SL2A 1WSIA 1L3TA 2XY8A 1NK5A 3RWUA 1I39A 4KHQA 4EZ9A 4GMJB 4LSLA 1S9EA 3OYIA 4CGIA 4B9MA 3SJJA 4ZTFA 2YV0X 2KZZA 3AVHA 1JXEA 3MECA 4M41A 3KK2A 5HP1A 2RPIA 1NK6A 3LZIA 4B9NA 2P5GA 3IRXA 4DSLA 1X9WA 4DQIA 1U4BA 4B3OA 4IG0A 2A1SA 1LW0A 4E7JA 3V1RA 5DMRA 3HSTB 1HYVA 1ASVA 3VQ4A 1JLCA 1IKWA 1TAUA 4H8KA 4C8KA 1HRHA 3U3YA 2JLEA 1DTQA 4E7HA 2XY5A 3TANA 1RT6A 1RT4A 1RT2A 1WSJA 1QSYA 3ZSQA 1NOZA 4CHQA 4K8XA 3SUOA 2F96A 3NF7A 3AO2A 4FJKA 2QKBA 1SKSA 1TK0A 4M3YA 1NJYA 3MXMA 1JKHA 4IDKA 1SV5A 1VSJA 1LAWA 1O1WA 4CGDA 3S9HA 1Q9XA 4K8ZA 5HRPA 2VG5A 1MU2A 4B8CA 4DF4A 3U3GA 3K2PA 3KIOA 4FLWA 1VSKA 3AVNA 3CYMA 3DYAA 3P1GA 3OYGA 1G15A 1TAQA 1RDBA 3CG7A 4CJKA 4N5SA 3V1QA 3OYLA 3TWHA 3PX6A 1ZYQA 3I8DA 2IS3A 1N5YA 1KFDA 5HLFA 4DU1A 5KI6A 2Y1JA 4FJJA 1JLFA 1S9GA 4OPKA 1IH7A 4DSEA 4O0JA 1UWBA 4JLHA 3B6OA 4IG3A 4LY7A 4N47A 4CHYA 4CHNA 3NDKA 2G8KA 1WAJA 1QTMA 5FROA 1J54A 3OS0A 2G8HA 3SV3A 1X1PA 1C1BA 3EY1A 1EXQA 1DTTA 1R0AA 2HNZA 2IGIA 4O44A 3LP1A 4AHSA 2ATQA 1WSHA 1JLEA 2G8VA 3VQ5A 3RMCA 1ZBIA 1CZBA 1EKEA 3KK3A 3C6TA 3K57A 3JYTA 2DFFA 3TAEA 2IDOA 3M8RA 3S3OA 2O4IA 3F9KA 1LWEA 4Z4FA 2OPQA 4E1NA 3RMBA 2EX3A 4FK4A 3ZSYA 4NCGA 3MXIA 2Z1GA 3P83D 3OY9A 1VSDA 4E7IA 2RKIA 3QETA 3TAGA 2HHVA 5KGWA 3SV4A 4DFJA 4Q0BA 4RG8A 4O0IA 4CESA 1XHZA 1NOYA 1RTDA 4W5RA 3D0PA 3QESA 4CJVA 4W5TA 3DOLA 4DLGA 1A5XA 2OPSA 2W42A 4NCAA 1CLQA 3TAFA 3OYCA 3ZT3A 2QXFA 3EZ5A 2FBTA 1RBTA 4RW8A 3VQBA 2F8TA 2X78A 4C8NA 4FLUA 4JRPA 4M3XA 3HO1A 1C0UA 4B9TA 1NK7A 2BGGA 4DS4A 4CJFA 4J2DA 4FJHA 3S3MA 3SPZA 4CJ5A 1SL1A 3HPGA 3K5NA 3UIQA 1RT5A 1IKXA 5I42A 4F4KA 1EP4A 1JL2A 2G8WA 4CF1A 3V81A 4FJ9A 4CJ3A 4DQPA 4I9QA 2Z1IA 3MXJA 1T03A 4DTNA 3QINA 2PYLA 3CM5A 2IC3A 4OKKA 4M3ZA 2WONA 1BCMA 3O4QA 4GVMA 2P5OA 5J1EA 3RRHA 4J2AA 4CEEA 1A5VA 1WAFA 1YTUA 4FYDA 2HHWA 5CY4A 1VSHA 2HMIA 1RT1A 1S6PA 4FCYA 2YHBA 4Z4GA 4F3OA 4CJRA 2HHXA 3NH0A 2PZSA 3QNOA 1QSLA 3PY8A 4CERA 1YTAA 3VQAA 1I3AA 3ZCMA 4E1MA 4OGEA 4KHUA 1HNVA 4Z4EA 3AVCA 4YNQA 4Y1DA 1Z25A 1NKEA 5KRSA 4FLTA 4DTSA 4DTJA 1F21A 3DOKA 3LANA 1BIUA 2EHGA 2ZD1A 3OYAA 3CFPA 2Y1IA 5CYMA 3HM9A 1NK9A 4L8RB 3G0ZA 3OJSA 3HVRA 2LSNA 3VQEA 1WSEA 3KKSA 1VSFA 4DTXA 3SCXA 1KVAA 3AA3A 1S1XA 3VQ7A 4KKOA 3ZSXA 1SKWA 2FBXA 2G8FA 3SQ2A 2P51A 1RT7A 3V1OA 4DFKA 4B9SA 3PV8A 4QAGA 4B9LA 3L2QA 1QS4A 3WNHA 1ZBUA 2YNGA 3FFIA 1BQNA 3SPYA 3NGYA 4EP5A 4FLZA 1NK4A 1UA1A 3OJUA 4FK0A 4CEBA 3O4NA 3M8PA 4Y1CA 3KJVA 1W0HA 1NKBA 2OZMA 1TV6A 4E0DA 1RNHA 4KREA 2DFHA 1UA0A 4DG1A 3RR8A 1BIZA 1KVCA 1RILA 2OZSA 1KLMA 3PO5A 4O5BA 4IFVA 3TABA 2E4LA 4B8AB 3OYNA 3AO5A 4LH5A 1BQMA 1WLJA 2B4JA 2RN2A 3LP0A 4FW2A 5HRRA 2JGUA 4CJQA 4CFDA 4AHCA 3BDPA 5KRTA 3VN5A 4CFAA 4KO0A 1TKTA 3CFRA 3NGIA 3TI0A 2X6NA 4OVLA 1RBUA 2ETJA 3AVBA 4CHPA 4CEOA 1W9HA 3TARA 1VRUA 1ZBHA 4C8MA 4BACA 3NCIA 1JLAA 3RR7A 1TL3A 4CJTA 2RF2A 3NE6A 1YVUA 4AH9A 4ZHRA 2VWJA 3V4IA 4DSJA 2G8IA 3QEIA 1RT3A 3C6UA 4PA1A 3AO1A 2YKNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HTUA 3QDKA 2CH6A 3MMVA 4WYBA 1QE1A 2QWPA 1OKJA 2GELA 5TKYA 1Y64A 3OA9A 4E7KA 3KLGA 3PX4A 4CF9A 3J7AP 3VGMA 2PYJA 3MAQA 1BL3A 3ULEA 3LP2A 5LMUK 2W40A 1WSGA 1NKCA 3WXIA 3DLLL 1D9DA 1NK0A 3SI6A 4BE2A 3QERA 4E19A 4CEQA 2XO7A 1QQOA 4FWQA 3VENA 1IBLK 3HXMA 1ZBSA 4ZTJA 4IJNA 5AQNA 2D5RA 4GW6A 1VSEA 2WOMA 5FDLA 4CEZA 4WQ5C 2NRRA 1D5AA 4OPAA 4F2RA 2HB5A 4FJ7A 3TAMA 1QZ5A 3NH1A 3CIPA 2XHBA 4O55A 1XMOK 3VERA 2E20A 2BUPA 5T7BA 1BISA 3QEXA 2UUBK 4B08A 3QBWA 1IKVA 1HUXA 4DF8A 3O9TA 3ZX3A 1S1TA 1JL1A 3VQDA 5J2PA 4YOTA 2UUCK 4HHTA 2P9SB 5GIPA 3E9PA 4CIEA 3SNNA 3E66A 2AP1A 4DV2K 2PY5A 4JKGB 4E1JA 1E4GT 1BCOA 4IOXA 2QWNA 1BGXT 1LAVA 4KH4A 3VQ8A 3HL8A 1NGHA 3RTVA 3UKRA 2DY4A 1EETA 3DM2A 1QQMA 2BE2A 5C25A 3V9ZA 4BC2A 1JLQA 1VSIA 5SZTA 3KLEA 4ELTA 3BF3A 3HYFA 5HRNA 3SQ1A 3ISNC 2OPPA 1L3VA 1KCFA 3VQPA 3OYJA 4LFCK 2GV9A 2D0AA 2I5JA 3IAYA 4DTUA 3HOSA 3L0QA 1DKGD 3A8YA 4N41A 3FZHA 3MEDA 2OANA 5JS1A 4DQ8A 4DV3K 4DS5A 3EO3A 4H5RA 4QCLA 3V9UA 4A2BA 3I0SA 2Z1JA 1HX1A 1U47A 4KHYA 1V4TA 1ESVA 3OW2M 3AY9A 3CETA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4HTU A;  3QDK A;  2CH6 A;  3MMV A;  4WYB A;  1QE1 A;  2QWP A;  1OKJ A;  2GEL A;  5TKY A;  1Y64 A;  3OA9 A;  4E7K A;  3KLG A;  3PX4 A;  4CF9 A;  3J7A P;  3VGM A;  2PYJ A;  3MAQ A;  1BL3 A;  3ULE A;  3LP2 A;  5LMU K;  2W40 A;  1WSG A;  1NKC A;  3WXI A;  3DLL L;  1D9D A;  1NK0 A;  3SI6 A;  4BE2 A;  3QER A;  4E19 A;  4CEQ A;  2XO7 A;  1QQO A;  4FWQ A;  3VEN A;  1IBL K;  3HXM A;  1ZBS A;  4ZTJ A;  4IJN A;  5AQN A;  2D5R A;  4GW6 A;  1VSE A;  2WOM A;  5FDL A;  4CEZ A;  4WQ5 C;  2NRR A;  1D5A A;  4OPA A;  4F2R A;  2HB5 A;  4FJ7 A;  3TAM A;  1QZ5 A;  3NH1 A;  3CIP A;  2XHB A;  4O55 A;  1XMO K;  3VER A;  2E20 A;  2BUP A;  5T7B A;  1BIS A;  3QEX A;  2UUB K;  4B08 A;  3QBW A;  1IKV A;  1HUX A;  4DF8 A;  3O9T A;  3ZX3 A;  1S1T A;  1JL1 A;  3VQD A;  5J2P A;  4YOT A;  2UUC K;  4HHT A;  2P9S B;  5GIP A;  3E9P A;  4CIE A;  3SNN A;  3E66 A;  2AP1 A;  4DV2 K;  2PY5 A;  4JKG B;  4E1J A;  1E4G T;  1BCO A;  4IOX A;  2QWN A;  1BGX T;  1LAV A;  4KH4 A;  3VQ8 A;  3HL8 A;  1NGH A;  3RTV A;  3UKR A;  2DY4 A;  1EET A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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