1M90O

Co-crystal structure of cca-phe-caproic acid-biotin and sparsomycin bound to the 50s ribosomal subunit
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S RRNA
publication title Structural insights into peptide bond formation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-07-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1m90O00
3G4SN 2OTJN 1QVGM 5DM6L 1OVYA 1YJNN 1S72N 3CF5L 1VQON 1YIJN 3CC2N 1VQ9N 3CCEN 2QA4N 5HL7L 4IO9L 1YITN 3CCSN 3CCVN 3OW2M 1KC8O 3DLLL 3CCQN 1VQKN 1NJIO 1QVFM 5H1SQ 1VQNN 3CCUN 1Q86O 3CC4N 2ZJPL 3CMEN 2QEXN 3CD6N 2OTLN 4U67L 3CCLN 3CPWM 1W2BM 4IOAL 1VQ5N 5DM7L 1VQMN 2ZJRL 1VQ8N 1VQ6N 3G6EN 1KQSM 1Q7YO 5JVGL 1VQ7N 1K9MO 1ILYA 3CCRN 1K8AO 3CMAN 1VQPN 1JJ2M 1M1KO 3I55N 1Q82O 4WFNL 3I56N 3CXCM 1YJ9N 1Q81O 1VQLN 3CCJN 3PIPL 5GADP 4WF9L 3PIOL 4IOCL 3CC7N 1N8RO 5JVHL 3CCMN 5MLCQ 3G71N 1YI2N 5GAEP 4UY8O 4WCEL 3J7ZO 4WFBL 5GAGP 1K73O 2ZJQL 1YHQN 5GAHP 1YJWN 1KD1O 1VQ4N 1M90O 4WFAL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3N4QA 1NM1A 5LJVA 2F4VK 1BG3A 2PFUA 3RMDA 1S72N 4B9TA 1CZAN 2VWBA 4YORA 1HYSA 2D5RA 1VAZA 4DTXA 1ATNA 2OPQA 4C8KA 2X6NA 1MU2A 3L3UA 3CCVN 1LWCA 3OYFA 1G15A 4CEQA 4ISFA 3MEDA 4EFHA 2HHWA 1JCEA 5GIOA 1HMVA 4ELTA 3O6WA 4IBNA 4HCCA 1RBRA 3VEVA 4IEEA 3BF3A 1EQYA 3O5BA 4AILC 1HNZK 3KD1E 2Q1NA 1I94K 1T8EA 3L0QA 4DF8A 3K2PA 3ULEA 3AO1A 5LL6Z 3AVHA 3THXB 1WBDA 2ZJRL 3VQ8A 4B8AB 2UUBK 2ZF5O 3GE1A 4IO8A 4PKGA 4CEFA 5JVGL 1ZXOA 3MDQA 3TTDA 1UOCA 4DKWA 4BY9C 2NNWA 4BRDA 2FF3B 1NG9A 1Q8IA 4KTWA 3PV8A 4B1XB 3AGRA 3D2FA 3AO2A 3PUFA 1T44A 2ZGYA 4IOCL 2E1ZA 2QXLA 3UB5A 5TKYA 1J9AA 1S1TA 4A62A 4MO5A 1TK5A 4B9MA 2V52B 3B6OA 4CK3A 3JXUA 2P5OA 1KVBA 5FPNA 4PY5A 2EX3A 1NJWA 4EAHD 2A42A 5GAGP 5T7BA 4Z0UA 4U7BA 2VQFK 5HBMA 5K14A 3T69A 4CJTA 4CGJA 4N5SA 1GOAA 3IG1A 4CFCA 3V9XA 1X9WA 2F7TA 3NF7A 4K41A 3HPGA 4NYNA 1JLGA 3WXMB 3L2UA 4O44A 4CJUA 3DM2A 1BIUA 1BQNA 5C2FA 3F73A 3QDKA 2Q3SA 4W5OA 5M1PA 3FZHA 1VQON 3LP0A 3VQ4A 3KLGA 2H3GX 4FW2A 3ZSZA 3CFOA 5B8HA 1J5EK 4JI3K 2GX9A 3RRGA 2UXDK 4XH5A 4FJ5A 2HHVA 3B8AX 4DTPA 1JL2A 1IH7A 4CZHA 5H1SQ 1W0HA 4C8MA 4CIEA 4Y0WA 1JLEA 1VSLA 3B6PA 3I8DA 2ZJPL 3G25A 2AJQA 1RTIA 1HX1A 3WXJA 2P9NA 3CM6A 3CJCA 2IC3A 1T3VA 4ELUA 5LMNK 4WE1A 3QIOA 1ZBLA 3CJ9A 4E0DA 1MA9B 4KKOA 2O8FA 4B8CA 1OH5A 3J7YP 3MCPA 4IXCA 1NK0A 1TL3A 2ZWHA 2F8TA 4CESA 1WAFA 5KQ8A 1K8AO 4C23A 4CIGA 1M1KO 4CF8A 2CH6A 1MWMA 4FJ8A 1Q81O 1VQLN 2NUBA 4DV0K 4WF9L 3CC7N 3OVNA 3GG4A 5JVHL 3NH2A 3W0LA 1YVNA 2W40A 3LDNA 3UKRA 4LF5K 2UUCK 4OPHA 2I5JA 1D4XA 3OJUA 4FJIA 4BRNA 4KI4A 1WSIA 2YJEA 3ID6A 2DFFA 2G8HA 1EX4A 4KI6A 1T7PA 3WXLA 4HUFA 4CJSA 3R1XA 4BRQA 1NGGA 4DR4K 1ATRA 4WFAL 2VWJA 2A1SA 4FWMA 3M6GA 4DQRA 4M42A 3HVRA 2HHUA 2D0OA 4IFYA 4F9OA 4OPKA 3V6DA 1HYZA 5JLHA 1QSLA 5LY3A 1W97L 1TYQB 1S1UA 3EE9A 4FM1A 3EY1A 2KFNA 1XUPO 3A2FA 3IUCA 5AQXA 1KLNA 3C95A 3BGRA 1SQKA 4B9NA 4E7JA 3TAGA 1S6QA 3M5RA 4FOIA 4B1WB 3IRXA 1ASVA 2P9LB 3P38A 3KK1A 4F8RA 3THWA 1GLCG 3H1VX 4MDAA 3WNHA 4IEIA 4YOYA 1BWFO 1WSGA 4M7YA 3LWLA 4CHNA 1BCOA 5LJWA 3T1YK 4FJNA 3H08A 1K8KB 1VSHA 3G6EN 4DFMA 4CGHA 3PX6A 3SV4A 2P9PA 1BQMA 3VQEA 1E4GT 1KCFA 2V7YA 3THVA 2NZTA 3PO4A 4KV8A 3I0RA 4CERA 4PHTX 3GBTA 3EKSA 5FPDA 3CXCM 2O4IA 5F2RA 3PIPL 3EYZA 3I33A 3O9QA 2O8DA 1N6QA 2AP1A 2RKIA 4G1QA 4AHCA 1UAXA 3G71N 2HF3A 2YX6A 2E2NA 4FCYA 4FVMA 3F5TA 3J81O 3HYFA 4H0PA 1HJOA 4N76A 1VHXA 4J2BA 1ZBHA 1KAXA 3SBTA 5A2QO 2UXCK 3MWTA 1Z26A 3T3FA 3QINA 3L4QA 1S22A 1NGCA 2KW4A 5DM6L 4HCBA 3DOKA 4Z4IA 1YJNN 5KI6A 2BANA 4Z4EA 3U3GA 4H0XB 2A5XA 3VQBA 1HYVA 5BPNA 3CI5A 5HL7L 4K43A 3H6EA 3N4PA 4NB4A 4JI0K 4HHTA 1NKCA 3VERA 2GWJA 4KTZA 1S1WA 5AQTA 3L2QA 3BUZB 3AAQA 5AQPA 3ENHA 2O8EA 1BIZA 2DTUA 1KRPA 1NK4A 2ZE2A 3EE8A 3WEEB 2HBKA 3KK2A 3VQAA 4JHDA 4J8FA 3ZSVA 2F9WA 3HPHA 2Z1HA 5IT9O 1TUYA 5KPZA 4M63C 1BA1A 3QIPA 1S9EA 4CHZA 4NCGA 3RSEB 1ZC6A 1VQ6N 1ATSA 3ZT1A 1NOYA 5KGXA 4BRGA 1FKPA 3EKUA 1OH7A 4QOZB 4BACA 1RT7A 4CJRA 4BE0A 3HM8A 4AHUA 3VQQA 4FW1A 3QBWA 3WT0A 4FM0A 1NGBA 3T1AA 5FRNA 3VOVA 4M3UA 1REVA 4CZMA 3ZSOA 3LL3A 4FWNA 4DQIA 4FYDA 3FFKB 1L5UA 3V4IA 1TGOA 4M3TA 4V19S 3SAFA 3CM5A 4OO1J 4FWSA 3OYDA 2QWQA 4L3QA 4WCEL 1IKVA 1EWRA 3I8BA 3RTVA 3CQYA 1XC9A 1S5JA 1DTQA 2ITMA 4I9QA 4OKEA 4CK2A 4L8RB 3O3HA 1VQ4N 2V7ZA 4PL7A 2BUPA 2W6LA 3TABA 4AF1A 1BISA 1NK7A 2KZMA 4FOEA 2D0AA 3ATVA 2E6MA 3VEZA 5ELZA 3QB0A 1QVGM 5HRRA 3A5MC 4H5RA 4FL9A 5C2DA 4JKDA 3CF5L 4ILJA 4B9UA 2GEMA 4JI7K 1VQ9N 3KK7A 4HUGA 4CZKA 1IBMK 3FE1A 4DS4A 1YITN 1VSMA 3ZT3A 3HJFA 1TKXA 3R8EA 4J2DA 1HRHA 3QESA 1C0MA 3OYIA 1RDBA 1FXXA 5GINA 4GVMA 3RR8A 4BREA 1IKWA 1QTMA 2YHYA 3IS9A 4H4MA 1L3UA 4I2PA 1KSPA 5ADXH 4DTUA 3CCLN 1BGXT 1LCUA 3ID8A 3OYEA 1XNQK 2KZZA 4RTFD 5KRTA 1QHTA 3JYTA 2P9UA 3MCAB 5AQJA 2YNFA 3EZWA 4BRMA 2XY5A 1J54A 4CZEA 3LDQA 5C15A 3OJSA 1WSEA 3TI0A 4G9ZA 3CJAA 1JJ2M 3ZEUA 3AY9A 1X3MA 3TAEA 1OH6A 2B5JA 3QO9A 2OPPA 2YCHA 1C1AA 4LSLA 2FSJA 5AZJB 4BRIA 3LDOA 2HW3A 1U2VB 3TSUA 3PX4A 3CFPA 4DMNA 4CZGA 4FJJA 3C0BA 4CI6A 4RWTA 4OX9K 4A57A 4BR2A 1VSDA 2B4JA 3KWIA 1KXPA 3LP1A 1NBWA 2F96A 5AQOA 4B3RK 3CQXA 3QEXA 1NGAA 2X78A 4CD1A 1Q18A 1YHQN 2NRTA 2WTUA 4FM2A 1BI4A 4JEPA 4GY2B 4A5BA 1RTHA 3DI6A 3U4LA 2HBMA 3MAQA 4B3MK 3SQ1A 1P8ZA 3K0SA 2J4RA 4DG1A 4KHPK 3SPYA 4FK2A 4FLUA 4KBOA 3ZCMA 4CEAA 4OKJA 5F0XA 5BR8K 3THXA 5HRNA 1V4SA 2NLXA 4EP5A 3V9ZA 4OVLA 1GLEG 1TK8A 1YF5L 2HVHA 4FZZA 2KLAA 4FWQA 4TSXA 3OYBA 3OS1A 5CY4A 4PL8A 3TAMA 2F9TA 3EN9A 3CCQN 1V4TA 4LF6K 3VTHA 1VQKN 2JLEA 4N56A 3LDPA 3S3MA 1I3AA 2W42A 5FLXO 4DFPA 1NJIO 1IKYA 2A3ZA 4PQUA 1Y64A 4BWMA 4H0OA 3EZ5A 3O9TA 3M3ZA 2Y1IA 4WQ4A 1NK5A 2QXFA 3DLEA 1XNRK 4O8UA 3V9SA 5AR0A 2AA4A 3ZSYA 4CFAA 4KH4A 4M3WA 5AFUH 2P9SB 4DCHA 4YOUA 1BL3A 2WONA 4X62K 3J7AP 3OYNA 2XHBA 2KTQA 4DQSA 1HKGA 2OPSA 3O08A 5FROA 4DTNA 4JNEA 4JI8K 4X66K 2HHHK 3JAMO 1J53A 3LM2A 4C1NK 1VQ7N 1U04A 3OHRA 4KB1A 4O8KA 5BPLA 2GUIA 3LAMA 3KLFA 1VRTA 4EHTA 3S41A 4FPAA 1IKXA 2PZSA 2D0BA 3O1BA 4DV1K 3SQ0A 3V1QA 3C6UA 3VEWA 5GADP 1RCHA 4RW8A 4BRCA 1LV5A 4FJGA 2PAVA 3CG7A 4JKGB 5MLCQ 4BDYA 1VRUA 3MX2A 3P83D 4BRHA 5C24A 3VF2A 2NRRA 3NF9A 1T6CA 3JSMA 1P90A 3MN7A 4W5TA 3LZJA 2QW9A 3P1GA 5GAHP 5TKWA 4DSEA 4FLYA 5C42A 4GKKK 1EXQA 1QZ5A 2P9IA 1N32K 2HHXA 4I6MB 2LSNA 5ADXA 2JWLA 4Z4FA 2FXUA 3QETA 4C8OA 5JLFA 1U47A 4PWDA 2QI2A 3O4QA 4DTSA 4E7IA 3J80O 3RWUA 4DR7K 5IWAK 2OYQA 4KAZA 1D9DA 3K5LA 2FBVA 4M3YA 4O55A 2O8BB 3GL1A 1DGKN 1WNSA 3V1RA 4CF0A 3UKUA 4FJMA 4BC4A 4CJ3A 4JAXA 4ELVA 4JV5K 2P5GA 2XO7A 1UA1A 3O4WA 3ZSRA 1GOCA 3FR0A 4QS8A 3V1OA 3P31A 4R79A 3VQDA 3IAYA 4BE1A 4YDUA 3O8MA 3SLCA 4ILGB 1ASUA 2YHXA 4CEOA 3AARA 3QEVA 3PLAA 4MFBA 4O0IA 1O1WA 3U3YA 5FPMA 2VQEK 3ZX2A 4F3OA 1HNIA 5AQQA 3M1FA 3IDHA 1NGJA 3TSPA 4AHSA 4BRFA 1D9FA 3AO3A 2Q97A 4KHUA 2QWLA 5SWMA 4N47A 1KQSM 4NXNK 4H0TB 4H0VB 1X9JA 3KVGA 2XY6A 3GDQA 2P9KB 5DMRA 3A5OC 3ULEB 1ILYA 5CYQA 3U8XA 5BN9A 1NGDA 3I55N 3CJ1A 4B9LA 3IFRA 3WQUA 3SAHA 2Q0RA 1VSEA 4DR1K 3PIOL 3BEXA 1TKZA 4BRLA 4B3SK 5DK5A 4BDZA 4JKBA 4DU4A 4FLXA 3S9HA 2HHQA 2ASMA 3FLCO 4B1UB 1OH8A 3HP6A 3OY9A 1WN7A 4HWIA 4OLBA 3AA2A 5FDLA 1HKBA 2EHGA 4CBXA 1DLOA 3DXKA 1SAZA 4DFJA 1KFSA 5EXWA 3HO1A 3D2EB 3FZKA 3OYCA 3C6TA 2EWSA 3U6FA 2Z1JA 4CVNE 4HTLA 2UXBK 3VTIA 4AHVA 1TUUA 3I0SA 4CHOA 5AFUA 3V81A 4CF2A 5E84A 3P5JA 1OKJA 2CGJA 4CJ4A 2QK9A 1EP4A 2OTJN 3L4IA 4O5FA 5CYMA 1UWBA 2E6LA 1VSIA 4DQPA 4DTJA 4LF9K 2NRHA 1YIJN 3ATUA 3NH0A 2YHWA 2FSKA 5M1NA 4PKHA 4BC2A 2B6AA 3THYB 4EIAA 1HNWK 4CE9A 3NGIA 1NJXA 1ZBIA 4WQ4C 3C65A 2DFHA 5EX5A 4KHQA 3VQPA 1QVFM 2YNIA 4GKJK 1TKDA 5C25A 4A5AA 5J2QA 1UA0A 1BCMA 3KLHA 2RE2A 4E7HA 4WQ5A 4KFBA 4LH4A 5EU7A 4JI6K 4BRAA 1IJJA 3HI0A 5BPMA 2HB5A 5CZ2A 2Y1JA 2GV9A 4KRFA 4CJQA 1QSSA 5EY4A 4FJXA 4NLBA 1VQ5N 2P9NB 4XH1A 3NCIA 3VETA 3V9UA 4I2QA 5AQNA 3VPZA 3WNFA 4CEZA 4CEBA 5AQUA 1B92A 2KKZA 2HBJA 1D8YA 4KO0A 2O8FB 3CIPA 3TSQA 2GTDA 3NDKA 2HMPA 1GLAG 3SBGA 2ATQA 1RT6A 3KHYA 3QEIA 2FBTA 1RT3A 4B9VA 3SUQA 1YTUA 3DJCA 3D45A 3LPUA 5C0YA 5BRFA 2Q2RA 3L6QA 3AVFA 3SAGA 5E26A 5AQYA 3LDLA 1DTTA 4OGCA 3G10A 3FZFA 1HLUA 3ZSWA 3KZBA 1K73O 5HRSA 1JLCA 1U48A 3UKRB 4ISEA 3AA4A 3L2WA 3P39A 3O3FA 5KTQA 4CIFA 5HP1A 5KGWA 1LAVA 3DWLA 3OYAA 3VEXA 1O13A 3CYMA 3OBYA 3WXKA 1J6ZA 5M1OA 1YUWA 2OZSA 1XC3A 1TVRA 3VESA 4CHYA 4KB0A 4R5PA 2IOCA 4YDUC 4ILHA 4IO9L 4Z4HA 3KKRA 4CF9A 3DXMA 3HXMA 3ENBA 4YHHK 4OPAA 1NGFA 3MN6A 4HVJA 1X3NA 4DSJA 3OS0A 4F2RA 4YOVA 3O3GA 1C0TA 3R9PA 4JI4K 1VSJA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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