1M90O

Co-crystal structure of cca-phe-caproic acid-biotin and sparsomycin bound to the 50s ribosomal subunit
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RRNA
publication title Structural insights into peptide bond formation.
pubmed doi rcsb
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-07-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1m90O00
5GADP 5JVHL 4UY8O 5JVGL 3CMAN 1NJIO 1YJWN 1Q7YO 1K73O 1YJNN 1KD1O 4IOAL 1VQON 3CCRN 1YHQN 5GAEP 1M1KO 1YITN 4WFNL 5DM7L 3CCMN 1QVFM 1YIJN 1Q82O 1K9MO 2ZJQL 3CXCM 4WFBL 3CMEN 2QA4N 3G71N 3CPWM 3I55N 3G6EN 1OVYA 4WCEL 2ZJPL 1YI2N 3CCQN 3J7ZO 5H1SQ 1W2BM 4WFAL 1VQ5N 1JJ2M 1S72N 3CCEN 3OW2M 5HL7L 1QVGM 1VQ8N 1ILYA 2OTLN 3CD6N 3CCLN 3PIPL 1N8RO 3CCUN 1VQ9N 3CCSN 1VQKN 2ZJRL 2QEXN 1YJ9N 4WF9L 1KQSM 5DM6L 4IO9L 3CCVN 3PIOL 1VQPN 2OTJN 1VQ6N 1Q81O 1KC8O 1VQLN 1M90O 3CC7N 3CC2N 3G4SN 4IOCL 1K8AO 3CCJN 1VQ4N 3CC4N 1VQ7N 1VQMN 3I56N 1Q86O 5MLCQ 3CF5L 4U67L 1VQNN 5GAHP 5GAGP 3DLLL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YDUA 1NGCA 1VSEA 3O80A 1NGGA 1TAQA 3MN5A 1Q8IA 2D4WA 4JKCA 3BEXA 3QESA 3AV9A 3VEXA 4FPAA 2KLAA 3NH2A 3TAFA 2P9KB 4JI0K 3BF3A 3HI0A 2O8FA 1MDUB 2IVNA 1RDUA 4DFJA 3NF7A 1VHXA 4YOTA 4BRQA 1L5UA 3O9SA 5M1NA 2NRTA 2E5LK 3LDNA 4AHUA 1QSSA 3CMEN 2QWQA 3AO3A 3LP3A 4DWIA 3G10A 3R3LA 1HPZA 1LAWA 4W5QA 4YHHK 1L3VA 4O5FA 1ASVA 3VQQA 1NKEA 3NGIA 4O0IA 1RDCA 2F9TA 2WONA 4PHTX 3HO1A 2VWBA 3DWLA 4B9VA 3LDLA 2HBMA 4RW8A 1J5OA 3HT3A 1GLEG 2FSKA 2P9NB 4CHYA 1TKXA 2WBNA 1RFQA 4B1ZA 1TL1A 1Z25A 4DR1K 4Z94A 4MLHA 1OVQA 4YFUA 4FOIA 2G8KA 4DTNA 2WFBA 2Q0RA 5EX5A 5F1XA 3C65A 2FXUA 1V4TA 3GE1A 4PUOA 4CK2A 3TAPA 4MLEA 1W0HA 4BRFA 5AFUH 3DI6A 4Z0UA 4HCCA 1BCOA 3CJ7A 3SUNA 3TSPA 3D2EA 3L2UA 3WNGA 3MECA 5MLCQ 2QWMA 4CFBA 1VQNN 4CGDA 1JCGA 2F7TA 5GAGP 5HLFA 4PWDA 2GV9A 1A5VA 1RT6A 3TARA 3M8PA 3HOSA 1KVCA 5LJWA 1EKEA 2ETJA 3VENA 4JHDA 3OHRA 4LD0A 3S3OA 2UUAK 1YJNN 1S1VA 4OPAA 3CCRN 1IBLK 2JWLA 5JLFA 1S1XA 1SKRA 4GNIA 2O8FB 3QEVA 4BRHA 4DV2K 3JXUA 1NG9A 4H0PA 1YIJN 5AQHA 3AGRA 4FJIA 3U9DA 2A40A 3AA5X 4MDBA 1CZAN 5ADXH 1BQNA 4W5OA 2YNIA 4B1YB 4AHCA 4WQ4C 2W42A 4M45A 3KK1A 1HQEA 4GW6A 3KLIA 5KRTA 5HRPA 1WAFA 3I33A 2E6LA 4CK3A 4QAGA 3WNFA 2R7YA 4DSLA 3SUOA 2HVHA 1NJYA 1S22A 2YJEA 4BRGA 4NO7A 2O4IA 1T8EA 3ZEUA 1BI4B 3DRPA 3A2FA 4EAHD 4LH4A 2P51A 3MDQA 2ZJRL 1KAXA 3MXMA 2GTDA 1N34K 4BGAA 3TAGA 4Q0BA 2ASPA 1NOYA 4BE0A 3UKRA 3GOIA 4KHPK 4AHTA 3IG1A 4RW9A 3L3UA 3P4IA 3T69A 1M90O 4DCHA 4H4OA 1L3SA 4IFVA 4H0OA 1BIZA 5KPRA 3WXIA 1WSIA 4BGBA 2IAJA 3VTHA 5AR0A 3CHWA 4FW2A 3D2EB 4BVPA 3AVNA 3U6FA 2V51B 3QLHA 1RT5A 4J2BA 1S3XA 2CGJA 2ZQBA 3DLLL 4JLHA 2ZGZA 4DV4K 5JLHA 1IKWA 1Q9XA 2VG6A 2E1ZA 2HMIA 3L8BA 4K0KK 3SMPA 3KKRA 3U4LA 1Q7YO 4I9QA 4DS4A 4JHDB 3HPHA 4CZLA 3EL2A 3BZKA 3LPUA 3IDHA 4X66K 3A0IX 5AQZA 4CZHA 4WFNL 1C1BA 4B9LA 4OPJA 2XY5A 2Z1JA 4LF5K 4AILC 1Q82O 2KFZA 4N47A 1VSHA 4CD3A 4DKWA 1HLUA 4Z4EA 5AQOA 3G71N 1J9AA 4KPYA 1IJJA 5FROA 4C1NK 3I55N 3AA3A 5ELZA 4DR5K 1HR0K 2HBKA 3SJHA 5AQKA 3U3YA 1JLFA 4F2SA 4HVJA 4IFYA 1C1AA 3ZYYX 1EWQA 4CE9A 3W0LA 1YVNA 2ZM6K 3PUFA 3SCXA 2A5XA 3E9OA 2YHXA 1GLAG 2CH6A 3CM6A 3PIPL 3ZSXA 3QBXA 3ZEUB 4CHQA 1JXBA 2HB5A 3OYNA 4CZEA 5A2QO 3B8AX 2P9IB 3IS9A 4HTLA 1NU0A 4ZTJA 4FLZA 2FC0A 5TKYA 1CLQA 1SZ2A 4YORA 2WTUA 4OPHA 3ASMA 2YNFA 1P8ZA 1U49A 4NLCA 1SKWA 2Q0UA 2E2QA 5AQGA 5C12A 5C24A 4CJWA 4B1UB 2ASOA 3LL3A 4I2PA 1REVA 4Y0WA 3VTIA 3NF9A 4KI6A 2E6MA 3G4SN 2BH1A 3TTCA 4YY3K 4GY2B 3KD1E 1EETA 4M3ZA 1VQ7N 1VQMN 1NKCA 3VF4A 5GIOA 4BRPA 4FZYA 4JI7K 4BACA 4B3MK 2IGIA 2F8SA 5CY4A 1TK5A 3FFIA 4DQIA 4QS8A 3DM2A 1O13A 1LV5A 3J7YP 2X78A 2RHKA 1X1PA 2FBXA 4WQ4A 1Q9YA 2P5GA 1Z05A 1SQKA 3G25A 1OH7A 4LH5A 4BDYA 5JS1A 4DFKA 3SI6A 2HBLA 2PY5A 4M3TA 3ID6A 4ICLA 1IBKK 3A5NC 2O4GA 2X74A 4CGFA 5DK5A 1NGBA 2E2PA 3WQTA 4O8KA 4EZ6A 4WYBA 3O3FA 4B3TK 2Q31A 4Z4CA 3OYDA 3CJCA 4H5NA 3SQ1A 1XUPO 3MCAB 3VN5A 3BP8A 1NK6A 4CFAA 3V6DA 3W3DA 1U45A 1U47A 1I94K 3O1BA 1V4SA 4FJHA 4DFPA 1NK8A 4AQYK 4KKOA 1SUQA 3HPGA 3TI0A 4CEZA 1WSFA 1ITGA 2E4LA 3K5LA 3SV4A 2PAVA 3NCIA 4DQ8A 3CCLN 4CHOA 4BRKA 5J2MA 3QNNA 4CCHA 4H5WA 2ITMA 1RT2A 3SQ0A 5EXWA 3TAQA 4FJ5A 3FLCO 1NJZA 3P31A 4CFDA 4ID5A 3SPZA 2HNZA 4FCYA 1MWMA 4W5RA 3SLCA 3V9SA 3FR0A 1GLBG 1NJXA 4BREA 3VPZA 2YV0X 2YKMA 3SNNA 4BG8A 4IWVA 1GLLO 4FZXC 5AQXA 4HUFA 1BDGA 1D9DA 3RR7A 3VQ6A 3OYLA 4CJEA 3S3MA 1ZBFA 2O8CA 1WAJA 1QZ5A 2B6AA 2HBJA 4DR6K 2HMPA 3BZCA 1OH8A 3I8DA 1TUUA 3KLEA 3OS2A 3EO3A 1KLMA 4CEEA 1OH6A 4BRDA 3KLFA 4GV6A 3ZSVA 4DTUA 4CZGA 1K73O 5I3UA 3HJFA 2HHXA 2OA8A 4FLYA 1DEJA 3V1QA 1HJRA 1ZBSA 5AQLA 5LMUK 5CR4A 3PX6A 1ZXOA 2GWJA 4XEIA 5GAEP 3DRSA 4JRQA 3LAKA 4KBOA 3SAFA 3KHYA 4AH9A 1JCFA 5DM7L 1RILA 3OBYA 3SK3A 4JK7A 5HRSA 1SL0A 3L6QA 4JKBA 1S1WA 1ZBHA 3QIPA 4DQSA 4FYDA 4WFBL 4NCGA 2YX6A 5BREA 3RMDA 5FRMA 4HCBA 2WUSA 3VGLA 5C42A 4IG3A 4BG9A 2P9KA 3ENOA 2Q1NA 4YOXA 1CXUA 4JD2A 1ATRA 3EE8A 4BR9A 3ENBA 2I7NA 5E84A 2NRHA 4JK9A 3SMSA 3Q7BA 4FJGA 4OGCA 4LSLA 4PQUA 5HBMA 4EP4A 3CCUN 4BQLA 2D0BA 1T03A 3PO5A 2UYTA 4WE1A 3VERA 1X9JA 3AVCA 2WOMA 5AQUA 2QM1A 4HWIA 3VQ7A 4RWTA 3K0SA 3QBWA 2PBDA 4Z4FA 2UXBK 3PLAA 1ASWA 3VOVA 5CE3A 2Y1IA 1NLVA 2P9NA 5CHIA 4N56A 3JYTA 3ZT0A 3LM2A 4IOCL 1HKGA 3CFPA 4KAZA 5BN9A 4DMNA 4OLAA 1ZC6A 2EHGA 3VF2A 4C8NA 3RR8A 4CK1A 3HZ6A 3PX0A 2O8CB 3TSUA 1XWLA 1VAZA 3WUHA 4NCBA 5J1EA 4KB1A 1SL1A 1S1UA 5JVHL 3PV8A 4C1NI 4CZIA 1RTIA 4GVMA 3SUQA 4CEQA 3CJ1A 4M3YA 4XIUA 4OVLA 2Z1HA 4RW7A 5AQPA 4CVNE 4KHSA 4DQQA 4M3UA 3IRXA 4CGHA 2GBZA 4HUEA 4EZ9A 1JLGA 3AY9A 2YKNA 4CHPA 2Q36A 1BIUA 3CCMN 3M6GA 3MX5A 5JMVA 3EKUA 4DTXA 4YOYA 4ELUA 3C6TA 4CEAA 1KSPA 4FZZA 3LANA 1NGHA 3NHGA 1XMOK 4W5NA 1RBUA 3CPWM 3MMVA 1HRHA 1LCUA 2AJQA 4JKAA 5AFUA 3TANA 3CCQN 1LW0A 1HMVA 4DU1A 4PY5A 4B08A 3QERA 1S72N 4RCHA 4JD2B 4RW4A 4FWPA 4FWLA 5KQ8A 4X62K 2Z1GA 2F9WA 1NK5A 4BC2A 5HRNA 4H5TA 1DTQA 5FPMA 3HP6A 2QKBA 4HUGA 2HHTA 3L2WA 2P1JA 1NK9A 2QW9A 3P39A 2FBVA 3IMXA 2IIRA 3AVMA 4DQPA 3O8MA 3CYMA 2EWSA 1GLJO 3HSTB 3QEXA 4NXMK 5AQWA 3F9MA 4F3OA 1P90A 1BGXT 1FKOA 1NM1A 1U4BA 2OANA 1NOZA 1BI4A 4MO5A 1YVUA 3CC4N 3ZSZA 1KTQA 4CJVA 3ZT3A 4DSFA 3VQCA 4CJSA 4FWMA 4FLVA 2RF2A 4QCLA 3L2RA 1VSIA 3ZT2A 4CF8A 4JS4A 3K5MA 3L4QA 3NGYA 2ZF5O 3ZSWA 2D0PA 4G9ZA 3O9TA 3GG4A 3HM8A 3UIQA 3D0PA 4B1XB 4LFCK 1ZYQA 1BCMA 3TU5A 1J5EK 4X65K 3MN6A 4CIEA 2BGGA 3J81O 4E1JA 1BL3A 2FBYA 4WQ5C 2V7ZA 3DLGA 4A59A 3FZHA 3WNHA 3LZJA 2F4VK 4JK8A 4B9QA 2VYPA 4IG0A 4CJUA 4KH6A 1HJOA 1VRUA 2RPIA 3MCPA 4FJJA 1T6CA 3VQPA 3OYCA 4DV7K 1T6DA 4CJKA 3J7ZO 4NLBA 1BU6O 1SL2A 2FSJA 4FJ8A 4EHTA 2HVIA 2BANA 3KK7A 1UOCA 1RCHA 4B3OA 1XC3A 1OKJA 3CCEN 4YOUA 4B3RK 3NMUA 2Z1IA 1VQ8N 2HF3A 2PZSA 1B92A 2LSNA 3IAYA 1RGIA 1WSEA 3MK6A 1BQMA 4PL8A 2HOEA 1BOTO 3PX4A 1U48A 2NRWA 4BRLA 3QEPA 1YJ9N 3FZFA 4FJ9A 2P5OA 3K58A 5AQIA 3CETA 4BROA 4DU3A 1IH7A 1S5JA 1TAUA 4M42A 3O9RA 4KTQA 2OTJN 3C6UA 1NBWA 3AO2A 3A5MC 3SQ4A 3HL8A 3H6EA 4KTZA 4J2EA 3OYKA 2P9LA 4JS5A 4BRIA 3HBTA 3CI5A 2I5JA 4L3QA 1W97L 4TSXA 2P9IA 1RDBA 3MEEA 3FZMA 3CJBA 2QI2A 3M3ZA 3OS0A 1QQMA 4IFEA 4PKHA 4OPKA 4Y1CA 3ENHA 4DF4A 3VQAA 3SAHA 3QO9A 4BE2A 4UY8O 5IT9O 1YT3A 1VSKA 3CPEA 4Q5VA 1L3UA 1GOBA 3LM9A 3CMAN 3H3NO 4DR2K 2A6AA 3HPOA 4MDAA 1GLFO 4LC9B 2FLOA 3AVHA 5AQSA 2PYLA 4FJXA 4DF8A 4IO8A 3G0ZA 2QKKA 1R0AA 4O5BA 3U9ZA 1CXQA 5SWMA 1NJWA 4FLWA 4EP5A 1NNEA 3OYIA 4E3SA 4GKKK 3VEOA 3SBTA 2P9PA 4C8LA 3TABA 5HROA 3KK2A 4FJ7A 3GL1A 4B8CA 3VQEA 3QETA 1NGEA 2E2NA 3CFOA 4AHSA 5KGXA 4DUZK 2KHOA 1C0UA 1TK8A 2RN2A 5H1SQ 1HKBA 1RT1A 1FJGK 2D0CA 3O1WA 2YNGA 2KZZA 1RDAA 1NK4A 3MEGA 2G8VA 5AQFA 4B9UA 3ATVA 2O8EB 4GVEA 1TVRA 4IJAA 2RE2A 5KTQA 4AHVA 2HHHK 4BWMA 2E20A 3TPQA 4CEDA 4J2AA 1N8RO 3OYAA 4CF2A 1HYSA 4R5PA 1VQ9N 4FK2A 3DMJA 4M7XA 2D5RA 3RSEA 1VRTA 2OZMA 2PFUA 3BF1A 3M1FA 3OY9A 3WXJA 1YXQA 4PKGA 2CH5A 1ATSA 2QWNA 2VQEK 2XRIA 4CGGA 5AZJA 5JS2A 1IG9A 2B5JA 3EKSA 2QXLA 2P9LB 2VCPA 3I0RA 1W9HA 1B9DA 2QWRA 3K2PA 5AQTA 4QOZB 4F9OA 4M3WA 1BO5O 4WQ5A 4NB4A 2I7PA 2W6KA 1JKHA 3LP1A 3RMAA 1YF5L 1SKSA 2HF4A 4XH4A 2GEMA 3DLEA 2NUBA 4A2AA 3L2VA 3QFUA 1GOAA 1HX1A 2UXCK 3TAEA 3GDQA 4IEEA 1ZBLA 2BUPA 3T1HK 1VQON 4H4MA 4BC3A 1UWBA 5D3GA 4DV5K 5AQRA 1N6QA 1GOCA 3HK2A 1VSLA 1T44A 4BC5A 3V9UA 1VSMA 1QHAA 1RBTA 4Z4IA 2A41A 4PKIA 1RT4A 4H5RA 3AVFA 2P9PB 4GMJB 2ZJQL 3MWTA 2QWOA 3DLKA 4MO4A 2QXFA 1KXPA 1ZBUA 1GLDG 1BWFO 1WOQA 3E1YA 3CQXA 3P83D 4BDZA 3DXMA 4E7KA 4O4GA 4MQ3A 1SAZA 3FFKB 1JJ2M 2YHAA 3FE1A 4I6MA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4YDU A;  1NGC A;  1VSE A;  3O80 A;  1NGG A;  1TAQ A;  3MN5 A;  1Q8I A;  2D4W A;  4JKC A;  3BEX A;  3QES A;  3AV9 A;  3VEX A;  4FPA A;  2KLA A;  3NH2 A;  3TAF A;  2P9K B;  4JI0 K;  3BF3 A;  3HI0 A;  2O8F A;  1MDU B;  2IVN A;  1RDU A;  4DFJ A;  3NF7 A;  1VHX A;  4YOT A;  4BRQ A;  1L5U A;  3O9S A;  5M1N A;  2NRT A;  2E5L K;  3LDN A;  4AHU A;  1QSS A;  3CME N;  2QWQ A;  3AO3 A;  3LP3 A;  4DWI A;  3G10 A;  3R3L A;  1HPZ A;  1LAW A;  4W5Q A;  4YHH K;  1L3V A;  4O5F A;  1ASV A;  3VQQ A;  1NKE A;  3NGI A;  4O0I A;  1RDC A;  2F9T A;  2WON A;  4PHT X;  3HO1 A;  2VWB A;  3DWL A;  4B9V A;  3LDL A;  2HBM A;  4RW8 A;  1J5O A;  3HT3 A;  1GLE G;  2FSK A;  2P9N B;  4CHY A;  1TKX A;  2WBN A;  1RFQ A;  4B1Z A;  1TL1 A;  1Z25 A;  4DR1 K;  4Z94 A;  4MLH A;  1OVQ A;  4YFU A;  4FOI A;  2G8K A;  4DTN A;  2WFB A;  2Q0R A;  5EX5 A;  5F1X A;  3C65 A;  2FXU A;  1V4T A;  3GE1 A;  4PUO A;  4CK2 A;  3TAP A;  4MLE A;  1W0H A;  4BRF A;  5AFU H;  3DI6 A;  4Z0U A;  4HCC A;  1BCO A;  3CJ7 A;  3SUN A;  3TSP A;  3D2E A;  3L2U A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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