The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
115
|
structure length |
115
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKF
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
|
| publication title |
Crystal structure of the Thermus thermophilus 30S ribosomal subunit
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
24
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| structure length |
115
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| sequence length |
115
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-04-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4LF7 K; 3T1Y K; 3J80 O; 2UUB K; 2UXB K; 2UU9 K; 4LF9 K; 3J7A P; 4JI7 K; 2E5L K; 4JI2 K; 1HNX K; 4GKK K; 4JI3 K; 2ZM6 K; 4X62 K; 4LFC K; 4K0K K; 4KHP K; 5IWA K; 2HHH K; 1J5E K; 4JI6 K; 5IT9 O; 5BR8 K; 4CW7 B; 1HNW K; 4JI4 K; 4DV4 K; 2F4V K; 1HR0 K; 1HNZ K; 4DR3 K; 4DV0 K; 4DR7 K; 4CVN E; 1XNQ K; 1XMO K; 1N32 K; 4YY3 K; 1N36 K; 4DR5 K; 2UXC K; 4LF4 K; 2UXD K; 4AQY K; 4LFB K; 5LMU K; 4B3R K; 4DR1 K; 3J7Y P; 5A2Q O; 4DV2 K; 2UUC K; 4B3M K; 4X64 K; 4B3T K; 4JI8 K; 4DR2 K; 4YHH K; 4NXM K; 4LF5 K; 1N34 K; 4X65 K; 3J81 O; 1XMQ K; 4DR6 K; 4NXN K; 4OX9 K; 1IBL K; 4DV3 K; 1N33 K; 4DV5 K; 2VQE K; 2VQF K; 4DR4 K; 3OTO K; 4DV7 K; 4DV6 K; 1I94 K; 4B3S K; 5FLX O; 4V19 S; 4GKJ K; 4JYA K; 5LMN K; 4LFA K; 3T1H K; 4JI5 K; 4DUY K; 1XNR K; 5LL6 Z; 3JAM O; 4DUZ K; 4LF6 K; 4JV5 K; 1IBM K; 1IBK K; 4JI0 K; 5AJ3 K; 4DV1 K; 2UUA K; 1FJG K; 4JI1 K; 4X66 K; 4LF8 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1S6Q A; 4BDZ A; 1QSY A; 5C12 A; 2QWO A; 3NBP A; 2IIR A; 4FWK A; 1CXQ A; 1GLF O; 2WOM A; 3V4I A; 4LFC K; 3TPQ A; 2E2Q A; 3S3M A; 4KO0 A; 4GNI A; 2F4V K; 4W5R A; 3DLE A; 3VF6 A; 1LV5 A; 1S1X A; 4ICL A; 4DTM A; 3K0S A; 1S3X A; 4AHS A; 5AQV A; 4FPA A; 4KHU A; 3ID8 A; 2WBN A; 4Z4C A; 3BUZ B; 3GBT A; 4YOX A; 5FPN A; 3CFO A; 1XQS C; 4DSE A; 4IG0 A; 4CD3 A; 2Q1N A; 1NK5 A; 2ZGY A; 2P1J A; 4ELV A; 3QEV A; 1XC3 A; 1UOC A; 3KLG A; 4EP5 A; 3CCE N; 3ZLJ A; 3VQE A; 5AQH A; 2YJE A; 5AQF A; 4KPY A; 5C25 A; 3H3O B; 4ISF A; 5GAH P; 2XY6 A; 1E3M A; 3NAE A; 3DLL L; 1IBL K; 4IJA A; 1RDB A; 1WSF A; 4BRI A; 3HXM A; 2AJQ A; 3DXM B; 4E89 A; 3OYF A; 4B1U B; 3HO1 A; 3IG1 A; 3LM2 A; 1BI4 A; 3TAM A; 2GWK A; 3VQQ A; 4H0Y B; 4LFA K; 3B6O A; 4DQR A; 2D0O A; 3O8M A; 4M7X A; 1VSF A; 3LP1 A; 1Q86 O; 5C2D A; 2Q3S A; 2NRX A; 4CI6 A; 1XWL A; 2B4J A; 3I0S A; 5GIP A; 4FJ8 A; 2EX3 A; 3IFR A; 3AVA A; 4BR5 A; 1QHA A; 2RKI A; 1RCH A; 4OLA A; 1U2V B; 1BIU A; 1UWB A; 1ASU A; 2UU9 K; 3CJ7 A; 3VOV A; 3WNH A; 2QA4 N; 3DOK A; 2Q36 A; 2GWJ A; 1RDD A; 4DQQ A; 1HNX K; 1IG8 A; 3FE1 A; 4C8O A; 3U8X A; 4NLB A; 3DLR A; 4NCA A; 3HP6 A; 2P9N A; 4X62 K; 4ELU A; 1KVC A; 4RWT A; 3QEX A; 4CJT A; 4FJG A; 4DV4 K; 3MMV A; 5F0X A; 4IXC A; 2BAN A; 2AP1 A; 3K2P A; 4FLW A; 4M63 C; 3UE5 A; 4AF1 A; 2HHW A; 2XY8 A; 3TAR A; 3ZT1 A; 3VGL A; 3OY9 A; 4KBO A; 2ITM A; 1JLB A; 5ADX H; 4JD2 A; 1U47 A; 1X9W A; 1VQ7 N; 4FJ7 A; 2UXC K; 4N47 A; 3ZSQ A; 1HX1 A; 4JS5 A; 3QER A; 3U6F A; 4O5B A; 4DV2 K; 2YKN A; 1X9J A; 1TK8 A; 3CF5 L; 1ZBS A; 4CEQ A; 3KWI A; 1LWC A; 5BPM A; 2BDP A; 3CI5 A; 4MO4 A; 3DRS A; 5HOO A; 3NGI A; 3CJC A; 3NFA A; 4X65 K; 4B1W B; 1YJ9 N; 5GIN A; 5B8H A; 2E2N A; 1KLN A; 2ETJ A; 4CGD A; 3SI6 A; 3DLB A; 4DKW A; 3U9Z A; 1P8Z A; 3UKU A; 2W40 A; 3THV A; 5CHI A; 2HBL A; 1ATR A; 1JLA A; 3ZT2 A; 4N76 A; 4BDP A; 3SAG A; 4OJR A; 4OVL A; 4IWV A; 4BRE A; 3OTO K; 4DV6 K; 3RRH A; 1JL2 A; 4Q0B A; 3R9P A; 1RDW X; 3H3N O; 3OVN A; 4DQ8 A; 5LMN K; 3L3U A; 4J2E A; 3WXI A; 4IEE A; 1K9M O; 4IFV A; 2P9K B; 3VQB A; 3H6E A; 4WQ4 C; 4JI0 K; 1U04 A; 1RDC A; 3QLH A; 5AZJ B; 2F8T A; 4PL7 A; 3SYZ A; 1WUA A; 5JS1 A; 3SJJ A; 5ADX A; 3VEX A; 4LF7 K; 2KLA A; 2ITG A; 2AA4 A; 2O8F A; 2NRV A; 1NGC A; 3DLG A; 3K59 A; 1JLQ A; 1BOT O; 3O1B A; 4CF1 A; 1Y97 A; 3OBY A; 1ATN A; 1T44 A; 2HVH A; 1UA0 A; 5IT9 O; 3O80 A; 1ASV A; 1YIJ N; 4JI4 K; 3QEW A; 3KK1 A; 1TYQ B; 2BH1 A; 3WQU A; 3BY5 A; 2HF4 A; 1KAZ A; 4FLZ A; 3L2W A; 2F9W A; 4FCY A; 4CER A; 3OYE A; 1XMO K; 1OH5 A; 4HCB A; 4BR0 A; 3S9H A; 1ZBU A; 4CZK A; 5I9E B; 3TSU A; 1TKT A; 2QXL A; 4DTS A; 4DU1 A; 4BG8 A; 3ATU A; 4AQY K; 2DTU A; 5M1O A; 1LAW A; 4BC4 A; 1GOB A; 1IJJ A; 2YV0 X; 4BRG A; 4CGF A; 4A5A A; 5SZT A; 5KRS A; 4FWS A; 3UKR B; 3NDK A; 4CJ7 A; 1U45 A; 1IO2 A; 4BRL A; 1HYV A; 4BRF A; 3AO5 A; 4FLY A; 1U49 A; 3NCI A; 4CJU A; 4E7K A; 3OS1 A; 2HHV A; 5MLC Q; 3SAF A; 4O44 A; 2ZE2 A; 5KQD A; 3SUQ A; 4MDB A; 1U6Z A; 2YKM A; 5DM6 L; 2VQF K; 4C1N I; 2VWB A; 5BRH A; 3V9Z A; 1VSH A; 2NRH A; 5KQ8 A; 3Q7B A; 4CJP A; 3MXM A; 3CQX A; 4H0O A; 3IUC A; 3D45 A; 4E7I A; 1RT6 A; 2VG7 A; 4N41 A; 4Z94 A; 4JYA K; 3C0B A; 3KLF A; 4RG8 A; 1GLE G; 3IDH A; 4FWL A; 3HT3 A; 1WBD A; 5FPD A; 3MK6 A; 1XNR K; 1DKG D; 4GVM A; 4DSJ A; 4IDK A; 5AJ3 K; 1NGA A; 3FZH A; 3AGR A; 3V9U A; 3P1G A; 1LWE A; 1HPZ A; 4C23 A; 4LC9 B; 1B92 A; 3THW B; 3CIP A; 3OS0 A; 4W5Q A; 5EY4 A; 5BPN A; 2LSN A; 3A5L C; 1L3U A; 3OYH A; 2KW4 A; 3P31 A; 1QZ6 A; 1TV6 A; 3WXK A; 2PYL A; 4GKK K; 5HRP A; 2HHX A; 4R79 A; 2A3Z A; 4YOW A; 3FZM A; 5DK5 A; 1NK6 A; 1TKZ A; 1NK4 A; 3PO4 A; 2HBK A; 3ZET B; 3P38 A; 4FK0 A; 2HHQ A; 3VQP A; 4DTX A; 3UIQ A; 1VSD A; 2O8D B; 1UA1 A; 4JK8 A; 2HNY A; 1BO5 O; 2Y1J A; 1VQ8 N; 2YNI A; 1RBR A; 3BZK A; 4FJM A; 1RNH A; 3KWG A; 5AQX A; 3TAF A; 1KQS M; 1K73 O; 4M3T A; 4ILH A; 2GEM A; 4FM1 A; 1IKV A; 2HF3 A; 4H5R A; 4IG3 A; 4AM6 A; 4DQI A; 1C1A A; 3LPU A; 2P5O A; 3CHW A; 3L0Q A; 3CXC M; 2WC9 A; 3QB0 A; 3LAK A; 4M3Y A; 4LFB K; 3EZW A; 4BC3 A; 4EIA A; 3RR8 A; 3QNO A; 1RFQ A; 4EZ6 A; 5AQP A; 2Q97 A; 2BUP A; 2B6A A; 4CEA A; 5KGX A; 2WUS A; 4YHH K; 4BRO A; 5HRR A; 4O0J A; 4BRD A; 4E7J A; 4WQ4 A; 3ZSR A; 1X3M A; 2VWJ A; 4DTP A; 5EX5 A; 4IEI A; 4FJ9 A; 5CR4 A; 2P9P B; 3L3V A; 1WNS A; 4BRC A; 3LP2 A; 5JS2 A; 3VEN A; 3DJC A; 4HVJ A; 3TWH A; 4CEB A; 4JKG B; 1RGI A; 2QTD A; 3HOT A; 3F73 A; 4H0T B; 1NGJ A; 1N33 K; 2QK9 A; 2VG6 A; 2QWP A; 4GVE A; 3ZYY X; 2D4W A; 2VYP A; 2D5R A; 3WEE A; 4CHQ A; 3CCQ N; 1BGX T; 4C8M A; 1F21 A; 2V7Y A; 3VEV A; 3CCU N; 3T1H K; 2YHY A; 2A1R A; 4CF0 A; 2QI2 A; 1X9S A; 1BU6 O; 4KKO A; 4LH4 A; 5D3G A; 2W41 A; 4PHT X; 3KVG A; 4DCH A; 3OYA A; 5EU7 A; 2BTF A; 2P9L B; 4E7L A; 3FZK A; 4BRH A; 1S9G A; 1K8A O; 1V4S A; 2YHB A; 4LF9 K; 3J7A P; 3VTI A; 1L3V A; 4FZY A; 2E5L K; 5AQR A; 3SNN A; 1D5A A; 5FPE A; 3S3N A; 5KPR A; 4KRE A; 4K0K K; 3VQ8 A; 3O9Q A; 4KHQ A; 2PZS A; 1D9D A; 4GMJ B; 4JK7 A; 4AHR A; 3OYC A; 1D9F A; 4CHN A; 3VA0 A; 3AVG A; 2A6A A; 1T03 A; 4DR7 K; 3GG4 A; 1EX4 A; 3VQC A; 4B9S A; 4ISE A; 4HUF A; 4JKE A; 5CYQ A; 3DRR A; 3CC7 N; 3RMA A; 2EHG A; 1DEJ A; 4WFA L; 1S5J A; 2HHS A; 1VSJ A; 4OKK A; 4O5F A; 3NGZ A; 3T3F A; 2ASP A; 1ZXO A; 2Q31 A; 4I2P A; 5C15 A; 3ZSW A; 3HZ6 A; 1ZBI A; 2Y1I A; 1HYZ A; 3ISN C; 2PYJ A; 4KHS A; 4MQ3 A; 5JLH A; 3LM9 A; 1RIL A; 3NH1 A; 3LDS A; 1XMQ K; 4QS8 A; 3BDP A; 3O3F A; 4H03 B; 2KQ2 A; 1K8K A; 3LAL A; 1W97 L; 3H45 C; 3OYI A; 4I6M B; 5AQT A; 5LJV A; 1C0U A; 3AVI A; 3QFP A; 4CJ5 A; 5GAE P; 1NJI O; 1EQY A; 3D6R A; 2E2P A; 3MCA B; 2O8B B; 2UYT A; 3CCM N; 4M3U A; 3MX5 A; 1A5X A; 3M8S A; 2ASO A; 3V9S A; 1TGO A; 4G9Z A; 4DUY K; 4A2B A; 1JCG A; 4DU3 A; 1Q18 A; 4BRK A; 3JAM O; 3AGK A; 2OPP A; 2WTU A; 3ENO A; 1GOA A; 4CGH A; 3JSM A; 4FLT A; 1OVY A; 3R8E A; 5C24 A; 4DS5 A; 1QSL A; 1C1B A; 4JNE A; 4LF8 K; 1SKR A; 1C0G A; 3QES A; 4A5B A; 3OJS A; 3DXK B; 4AM7 A; 3H46 O; 3ZEU B; 4FZX C; 4BR2 A; 2NRR A; 3CJB A; 4C1N K; 2ZJR L; 3VET A; 3HPG A; 1RT5 A; 4IO9 L; 4FWP A; 1NOY A; 2WFB A; 2OPQ A; 1GOC A; 5J2N A; 5HBM A; 3L2Q A; 4CIF A; 1NMN A; 2X78 A; 3QIO A; 4Z4H A; 4WFB L; 3JYT A; 3NMU A; 4XH1 A; 4BWJ A; 4QAG A; 4FK2 A; 1M90 O; 3SBT A; 1JCF A; 5CE3 A; 2YNF A; 1RT7 A; 4FJL A; 1VQ9 N; 4LY7 A; 4HWI A; 5KI6 A; 4IBN A; 1KAX A; 5AQO A; 1N5Y A; 5FRO A; 3JXU A; 3BF3 A; 5LMU K; 2GV9 A; 2FBT A; 5A2Q O; 4K41 A; 5HRO A; 3I56 N; 3AY9 A; 3C94 A; 3ZSZ A; 3M5R A; 3C6A A; 4CJ3 A; 3OYD A; 3QO9 A; 1C1C A; 2HOE A; 1N34 K; 2IVN A; 3SZ2 A; 3AA5 X; 5AQS A; 3EN9 A; 1KCF A; 2BE2 A; 3TAB A; 5BN8 A; 2Z1H A; 4OX9 K; 4FM0 A; 5FDL A; 3K5O A; 3SV3 A; 3PX6 A; 4RTF D; 4BRM A; 1T8E A; 1ATS A; 4DV5 K; 5CYM A; 3NVM A; 4CHP A; 2OZS A; 3CMA N; 1ZBH A; 3I8D A; 5AQI A; 4FZZ A; 1A5V A; 2QWR A; 1GLJ O; 5C10 A; 1RTJ A; 3M8R A; 3AVJ A; 4V19 S; 4H5W A; 2Q2R A; 1Q82 O; 4FVM A; 4B9L A; 3PUF A; 3K5M A; 4H0X B; 4KV8 A; 1EWQ A; 2YHA A; 2QKK A; 4CFA A; 4CHO A; 4E0D A; 1UAX A; 3O1W A; 4BR7 A; 1SL1 A; 4CJF A; 1NJW A; 2V51 B; 2HHT A; 3TTF A; 3NHG A; 2RPI A; 1FK9 A; 3VGM A; 5J1E A; 4JRP A; 2P9S B; 3AA2 A; 2O8C B; 1N8R O; 3PY8 A; 3R1X A; 4JI7 K; 3DYA A; 2D0B A; 4AHU A; 1C0F A; 2FSN A; 4H4M A; 4NYN A; 3O6W A; 3TAQ A; 3V9X A; 3HL8 A; 4L8R B; 4KI4 A; 1RBV A; 1NGG A; 5BR8 K; 2ZJQ L; 4WYB A; 3ULE A; 5KRT A; 2D0A A; 4I9L A; 1WOQ A; 4LH5 A; 3TI0 A; 1HR0 K; 1C0T A; 5J2P A; 5K14 A; 2Q0R A; 1HNZ K; 1KAY A; 3ATV A; 1OVQ A; 4BVO A; 4CVN E; 3WNF A; 1ILY A; 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1Q8I A; 4CGG A; 4DLG A; 3THX B; 2KFN A; 4CBU A; 1EWR A; 3HTV A; 4YNQ A; 1HRH A; 5AQQ A; 2DPN A; 4QOZ B; 5F1X A; 1VQP N; 4IOC L; 4CF9 A; 4FWQ A; 3K9J A; 4JKB A; 5C42 A; 3KD5 E; 1JXE A; 3R3L A; 1Z05 A; 4YY3 K; 2NUB A; 3HRG A; 1N6Q A; 3FFK B; 4DR5 K; 3NVK A; 4RW8 A; 3O3G A; 3VMF B; 3KK3 A; 2VGN A; 4CJV A; 4B3M K; 4PA1 A; 5FRN A; 1OH7 A; 4DTN A; 1BQN A; 4KH4 A; 5CZ1 A; 4JAX A; 4FL9 A; 3S41 A; 3K5N A; 4JEP A; 1JLC A; 3SQ2 A; 3E66 A; 3J81 O; 4AH9 A; 3LDQ A; 4BGA A; 1T6C A; 4AHV A; 4B8C A; 4YOU A; 1SL0 A; 3TTD A; 1TUY A; 3CJ1 A; 3LP0 A; 3O3H A; 3RSE A; 2HND A; 3W0L A; 4BQZ A; 3KKS A; 4E1J A; 1Q81 O; 4YDU C; 1KFS A; 3QIC A; 1IKX A; 2DFH A; 3D2E A; 3GE1 A; 3TAG A; 1D8Y A; 5BPL A; 4ID5 A; 1YIT N; 2I7P A; 4FLX A; 3ZT0 A; 1TUU A; 1VQN N; 1OKJ A; 1VSM A; 3WQT A; 4CJE A; 3AO3 A; 4EHT A; 3OYM A; 3NF7 A; 1SKW A; 4IJN A; 3DAW A; 4JKC A; 4BRN A; 3H1Q A; 3T1A A; 1QQM A; 2OCE A; 5HP1 A; 2A40 A; 1REV A; 3VQA A; 4B1Y B; 1NJZ A; 2ZF5 O; 3G6E N; 1S72 N; 4DS4 A; 1T05 A; 4FJX A; 5H1S Q; 3O4Q A; 1MDU B; 1DTQ A; 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