1T6CA

Structural characterization of the ppx/gppa protein family: crystal structure of the aquifex aeolicus family member
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
306
structure length
306
Chain Sequence
PIMRVASIDIGSYSVRLTIAQIKDGKLSIILERGRITSLGTKVKETGRLQEDRIEETIQVLKEYKKLIDEFKVERVKAVATEAIRRAKNAEEFLERVKREVGLVVEVITPEQEGRYAYLAVAYSLKPEGEVCVVDQGGGSTEYVFGKGYKVREVISLPIGIVNLTETFFKQDPPTEEEVKRFFEFLEKELSKVKKPVDTIVGLGGTITTLAALEYNVYPYDPQKVHGKVLTYGQIKKWFDTFKEIPSEERSKRFRQVEDRRAKVILAGIGIFLKTLEIFEKDCLIVSDWGLREGVLVSEVLKENHS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords exopolyphosphatase
publication title Structural characterization of the stringent response related exopolyphosphatase/guanosine pentaphosphate phosphohydrolase protein family
pubmed doi rcsb
source organism Aquifex aeolicus
molecule tags Hydrolase
total genus 112
structure length 306
sequence length 306
ec nomenclature ec 3.6.1.11: Exopolyphosphatase.
pdb deposition date 2004-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02541 Ppx-GppA Ppx/GppA phosphatase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1t6cA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 1t6cA02
2F9WA 4B1XB 1TUUA 2GUPA 5FPDA 1LOTB 1G99A 1XQSC 1XC3A 1KAZA 1ZBSA 3FLCO 2E20A 5F0XA 4H0XB 1GLLO 1GLEG 1EQYA 5AQTA 5BREA 3CHWA 4RTFD 5ADXH 2YJFA 2FF6A 3M6GA 5BRDA 1R59O 2QWLA 3H1VX 4CZIA 1K8KA 2YHYA 4H0PA 1GLJO 2A5XA 4KBOA 3FZKA 5EOYA 3FR0A 3LL3A 2P9PA 3MN5A 3QBXA 1RDWX 2HMPA 3QFUA 1V4TA 4CI6A 5BN9A 4MO4A 2W40A 3DJCA 1ATRA 2D0PA 2FSKA 4IO8A 2D1KA 3RSEB 5ADXA 2P9IB 2P9SB 2D0OA 2D4WA 1ESVA 5AQWA 3FZLA 3KVGA 1GLDG 5KPZA 1DEJA 3FZFA 3QFPA 1MDUB 3EO3A 2VYPA 2GWJA 5KQDA 4H0TB 1HKGA 2ITMA 3QMLA 2V7YA 4CZEA 3SJHA 4GNIA 4PL8A 4BRNA 1ZC6A 3VF4A 1S22A 2VWBA 3BF1A 3A5OC 3VERA 3VEOA 3J8AA 4IJAA 1QZ6A 3ZX0A 4FPAA 1NGJA 4BRGA 3VGKA 4J8FA 2Q1NA 2V51B 1H1VA 2NLXA 5AQRA 4EHTA 4A62A 5B8HA 5KQ8A 4CD1A 5BRFA 4BRHA 1C0GA 4L3QA 3AARA 5AFUH 3UKRB 1BA0A 1XUPO 3H3NO 3LDOA 1BA1A 4DHYA 2FF3B 4CZHA 4DQ8A 3IUCA 4ISFA 4NB4A 3O1BA 1HKCA 5AQQA 2Q0UA 2CGLA 4FWKA 4CZGA 2IIRA 4IXCA 3EN9A 4BRAA 1QZ5A 1E4FT 1NGHA 3U9ZA 5LY3A 5AFUA 1BG3A 2EWSA 4FWRA 4BROA 4FOEA 3H45C 3CQXA 3WXJA 3D2EA 1HKBA 1IG8A 4QS7A 5AQJA 4B1UB 3UKUA 2HOEA 4MO5A 2CH5A 3DAWA 4BQLA 3BEXA 2A3ZA 1LCUA 5AQIA 4CZKA 3BP8A 4JHDA 3MDQA 3DXKA 4H5NA 5AQVA 5FPNA 1NLVA 3I33A 2IVOA 3GE1A 2I7PA 1TYQB 1X9JA 3HI0A 5FPMA 3MCPA 1E4GT 2QM1A 5KPRA 2GELA 3JXUA 4BRDA 3SMPA 4NO7A 2QWMA 3ZETB 1RFQA 4O8KA 3D2FB 4IWVA 3C0BA 4YDUC 3VF6A 3QBWA 3DXMA 1HX1A 5JLFA 3ID8A 5JICA 2E1ZA 2P9UA 3CERA 2A42A 4BGBA 4CJ7A 4BRLA 5AQZA 3CJ1A 4FSVA 3ULEA 2P9LB 4CZMA 3LM2A 1JCGA 4H03B 2P9KB 3FGUA 3LDNA 3OHRA 3QICA 3LM9A 1T44A 3WEEB 4QS9A 3H46O 1BOTO 3VEZA 4BRPA 2HF4A 4FL9A 1U6ZA 2BTFA 3P4IA 3WXKA 3A5MC 4WQ4C 5AQSA 1YAGA 3CQYA 4IJNA 1P8ZA 3M1FA 5AQGA 1RGIA 2GTDA 2Q31A 5FPEA 1NGEA 1HUXA 5JLHA 1OKJA 2E88A 1SQKA 4BR5A 4FWSA 2QXLA 1YUWA 5E84A 4FWQA 2A6AA 2E2QA 5F2RA 3IFRA 5AQUA 2QWQA 3TPQA 1D4XA 4H5RA 3LDLA 4FWPA 2AA4A 4I6MB 4PKGA 4CZJA 1Z6RA 4HTLA 4A2AA 1T6DA 4K41A 4XH1A 2CH6A 4AM7A 3R9PA 1NBWA 4BRIA 1NM1A 1MWKA 1NGIA 3HZ6A 1NGCA 2W41A 4BC3A 4B1VA 1HJOA 4BRMA 4K43A 2ZGYA 3O80A 3VPZA 4JN4A 3L6QA 3ZEUB 2Q2RA 4H0YB 1S3XA 4BQZA 3KZBA 4BRKA 4DCHA 3O4WA 3RSEA 4M63C 1U2VB 2P9IA 2BUPA 2P9SA 5AQXA 1GLAG 4BR2A 5AQLA 4PL7A 1GLBG 1JCFA 3MMVA 3CIPA 2F9TA 1QHAA 4XH4A 3W3DA 2CGJA 4FOIA 4B1WB 5I9EB 3BF3A 2KHOA 4BR0A 4H0OA 3IMXA 2YCHA 5AQYA 5BRHA 5BR9A 1IJJA 3VEWA 3H6EA 4CBUA 4IZ9A 5EVZA 2WUSA 5AQPA 3VENA 3HBTA 4CBXA 1X3MA 3HTVA 1WUAA 4DB3A 3WXIA 3QDKA 1BU6O 2E8AA 5AZIB 2P9NB 4GY2B 2Q0RA 4JD2B 5CE3A 1GLCG 3GL1A 3VEXA 4M7YA 2ZWHA 3UKRA 4BG9A 2IVPA 4H0VB 5BN8A 2HF3A 3CJ9A 4B9QA 3CI5A 3VF2A 2QWPA 2V52B 4WQ5C 3I8BA 1CZAN 4XEIA 1NGDA 2NZTA 4RCHA 3QB0A 3B8AX 3C7NB 4BC4A 5AQHA 3HM8A 2CGKA 3FZMA 1NGAA 3AAPA 5AZJB 1WOQA 4PKHA 2VCPA 1QQMA 5ELZA 3WXLA 3CJ7A 5AQNA 3BUZB 4O5FA 4AM6A 3SMSA 2PBDA 4Y0WA 1SAZA 2E1YA 1ATNA 4MLEA 2DPNA 2J4RA 3O08A 1HLUA 3W0LA 4K25A 3MN9A 4H5VA 3A8YA 3AAQA 4WQ4A 3D7EO 4CD3A 3L4IA 3WT0A 5BPMA 1NMDA 2ZGZA 3S41A 1KAXA 1TYQA 3SK3A 1BWFO 3O1WA 3WQTA 3ZETA 3D2FA 4C23A 1DGKN 4BRCA 2FSNA 5AQOA 5BPLA 2E2NA 2Q36A 3WUHA 4BC5A 1Q18A 3VETA 4BVPA 3EZWA 4Z94A 2OANA 1K8KB 3O5BA 4MLHA 3LDPA 2P9LA 1X3NA 2P9PB 2UYTA 3VGLA 2P9KA 4FO0A 3GDQA 2IVNA 4RWTA 3CETA 2Q97A 2I7NA 4BR9A 4EFHA 1DKGD 3VEYA 3WEEA 3CJCA 3GG4A 2FLOA 4WYBA 4BGAA 4CZFA 2QWRA 3SLCA 4ISEA 5LJVA 3CJAA 3FE1A 3A0IX 3TU5A 2YI1A 2V7ZA 4FWMA 2ASMA 4F9OA 2GWKA 4XH5A 5TKYA 4FWNA 1C0FA 2NRHA 1BUPA 3MK6A 1JCEA 1MWMA 4K42A 1BO5O 3L0QA 3FZHA 3O6WA 4EIAA 1Y64A 4A2BA 3CJBA 1KXPA 3G25A 4BRFA 2QWOA 4I6MA 1J6ZA 3MN7A 1V4SA 1TUYA 4JNEA 4M7XA 4BR7A 4ISGA 3R8EA 2E2OA 4FWOA 3ATUA 1NGGA 4BR4A 3HSCA 5BPNA 3ENOA 3ATVA 3VEVA 4LC9B 2YJEA 5EXWA 3EL2A 2A41A 4WQ5A 3ZEUA 5JMVA 4B1YB 3EKSA 4HWIA 2E2PA 2A40A 1BDGA 1KAYA 3IDHA 4BREA 5AQFA 2ASPA 4E1JA 2FSJA 1U2VA 5EX5A 1YXQA 4FPBA 3ZX2A 4B1ZA 3ZX3A 4PKIA 1QQNA 4EHUA 3R6MA 3D2EB 1NGBA 3A5NC 3M3ZA 3LDQA 4CZLA 4BC2A 4BVOA 3UKUB 3AY9A 2ASOA 4JAXA 5LJWA 4H5TA 3MN6A 4JHDB 4YDUA 3DWLA 3DXKB 1MA9B 5AQKA 3A5LC 2YHXA 1ZXOA 3U9DA 1QQOA 3U4LA 3KHYA 3VOVA 5KPTA 2FXUA 5AZIA 3UB5A 2P9NA 4JD2A 3EKUA 2ZF5O 3DXMB 1SZ2A 3H3OB 2P9UB 5AQMA 3VGMA 2GEMA 4H5WA 1Z05A 1GLFO 2QWNA 4FWLA 3O8MA 2AP1A 3F9MA 3GOIA 2H3GX 5E26A 3ULEB 3C7NA 4EAHD 5F1XA 3ENHA 4A61A 5EY4A 3U8XA 3FFKB 1YVNA 1ATSA 4QS8A 5AZJA 1T6CA 2YHWA 1NWKA 3UE5A 4BG8A 3GBTA 4CBWA 3WQUA 2PAVA 5AR0A 3VESA 4BRQA 1NGFA 3JS6A 3H1QA 1HPMA 2QW9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3RRGA 2PYLA 3NE6A 1W7AA 2Z1IA 1OH7A 1WNSA 3O4QA 3CCEN 2GUPA 1A5WA 3QETA 4LF6K 4FZXC 1S9EA 3OS0A 3NF6A 1NJIO 1VRUA 1M90O 4PWDA 3DRPA 4M41A 2G8VA 5BREA 3CHWA 4HCBA 5ADXH 2B4JA 3M6GA 5BRDA 3THWB 4F4KA 4MQ3A 1WN7A 4CEDA 2YHYA 2LSNA 1GLJO 2NRRA 3KIOA 5EOYA 3DLHA 2HHWA 3QBXA 2HNDA 1RDWX 4E3SA 1V4TA 2BE2A 2IDOA 4DTMA 4FJLA 4M3RA 5ADXA 2PYJA 3THVA 3FZLA 3HPHA 3KD5E 4FXDA 3FZFA 4K0KK 1MDUB 3EO3A 2GWJA 4H0TB 1HKGA 2ITMA 1HYSA 1QVGM 3SJHA 4PL8A 1RBSA 4EZ6A 2VWBA 1TK0A 1L3UA 3AGRA 3CCRN 3LP3A 4A59A 3VQ4A 3ZX0A 4RW8A 3J81O 5JVGL 4BRGA 3THXA 3VGKA 3ITHA 3E66A 4J8FA 2Q1NA 4JI7K 4DTRA 1H1VA 4NCAA 4EHTA 5B8HA 2ITGA 3UIQA 1JXBA 4L3QA 3KLGA 2DFEA 1U4BA 2YX6A 3ZT3A 3HK2A 4OGEA 2WTUA 3SV4A 2FF3B 5CZ1A 4WFNL 4CHOA 3IUCA 4ISFA 4NB4A 2XO7A 3CCUN 2YHBA 3EN9A 3U9ZA 4GKKK 2PY5A 1LWEA 1S1UA 4E7LA 1NNEA 3VTIA 4BROA 3QESA 3CQXA 3WXJA 4AH9A 4DR3K 1IG8A 4QS7A 2HOEA 3DAWA 1UAXA 2A3ZA 3VQAA 3ZT2A 4KI6A 5FPNA 1NLVA 5J1EA 2WBNA 1TYQB 3HI0A 5FPMA 4CK1A 4FM1A 1VK0A 1UOCA 4DG1A 5KPRA 4N76A 3JXUA 3SMPA 4NO7A 3MEEA 4JI1K 4B08A 3V9WA 1XNRK 3ZETB 4I2QA 1RFQA 2NRWA 3SUQA 3KK7A 4IWVA 3NGIA 2HSTA 1SL0A 4CJFA 2PZSA 2UXBK 4Z4EA 5JLFA 3LAKA 3ID8A 4IBNA 5JICA 2E1ZA 1Q9YA 3AO5A 1YVUA 2EHGA 3T19A 4KHYA 5KRSA 3ZSZA 1J54A 3KTQA 1XHXA 4FZZA 3CC7N 5MLCQ 4CGGA 2ZJPL 4C1NK 4L8RB 3OHRA 4FK2A 3M8PA 3LM9A 1T44A 3WEEB 4QS9A 4FLYA 3O3GA 4M3YA 3H46O 2HF4A 4Z4GA 4GW6A 3WXKA 4JK8A 1RDAA 5J2PA 1BHLA 3CQYA 3M1FA 4HVJA 1RGIA 2FBYA 3OYCA 1NGEA 4IOAL 3DRSA 1NKCA 3AGKA 3ZCMA 1BQMA 4DTXA 1Q82O 3T1HK 4E1MA 3MWPA 3ZT1A 2RN2A 3Q7BA 4DF4A 4FVUA 3AVFA 4FJ8A 4FWPA 4FLVA 2OPQA 4I6MB 3OYGA 3C94A 1Z6RA 4DS5A 4A2AA 3DRRA 2NUBA 1DLOA 1QSLA 4OPKA 5A2QO 4NYNA 1RDUA 3R9PA 4BRIA 4DU4A 1QSYA 4BC3A 4B1VA 2W6KA 3O80A 3PSIA 3ZSRA 3IG1A 2PFUA 5CYQA 3MCAB 4O44A 3L8BA 2XY6A 3KZBA 1JXEA 2VG7A 4BRKA 4DCHA 3NAEA 4JRPA 4KI4A 1U2VB 2P9IA 2P9SA 1GLAG 4CHQA 1ZBUA 4X65K 3L2QA 4CIEA 2RPIA 4CHZA 3ZSVA 4XH4A 3SQ0A 2O4GA 3BF3A 4DV7K 4BR0A 4YY3K 5GIPA 4FJHA 2YCHA 4ZTFA 1XI1A 5BR9A 1TAQA 3WXMB 1VRTA 1KSPA 4IG0A 1BU6O 4CGHA 1EXQA 3TAQA 3SCXA 1GLCG 1NJXA 1IKXA 4M7YA 1LV5A 5GAEP 1RILA 1RNHA 3B8AX 3C65A 2CGKA 1NGAA 4BDZA 3BDPA 1C1AA 1JLGA 1RBUA 4O5FA 1NMNA 1N34K 4G1QA 1IKVA 4CJ4A 3TARA 1CZBA 4LSLA 1RT6A 2DFFA 1ATNA 4JK9A 3QEVA 3ALYA 2J4RA 3RTVA 1OH5A 3IAYA 1NK5A 1K8AO 2BDPA 3CYMA 4DFPA 3K9JA 1Z26A 2ZGZA 4E7KA 3MECA 4OGCA 3SUPA 2VQEK 4FJJA 3O1WA 4CJWA 4YOWA 4RW9A 1JLCA 3VQ5A 5J2NA 1WBDA 4CF0A 3D2FA 1TKXA 4BRCA 2FBXA 5BPLA 1VQ5N 2Q36A 1L5UA 3WUHA 1BIUA 3F5TA 3EZWA 3CXCM 3WNFA 3TAPA 1K8KB 5KGWA 4FLUA 4OLAA 1D9DA 2P9LA 2NRXA 4ID5A 2F8TA 4A5BA 2Q97A 1F21A 4I9QA 2I7NA 1ITGA 4CIFA 2G8WA 3VEYA 3GG4A 4WYBA 4W5OA 1A5XA 3EE8A 2YNHA 3OYAA 3SLCA 1FKPA 1SL2A 2GBZA 5LJVA 1D5AA 4JI8K 4JI5K 5FDLA 2GWKA 3DM2A 1HNIA 1YTAA 4LD0A 3VQ7A 1JCEA 4DUYK 4JS5A 1BO5O 3DOKA 2VWJA 1SKRA 2KFZA 3RMDA 4EIAA 1Y64A 4A2BA 3VA3A 3QEPA 5DM7L 4ILGB 3E9OA 2KTQA 4CJQA 4BRFA 3ZSXA 3HL8A 4HUFA 1S1WA 3TAFA 3R8EA 1YTUA 2E2OA 2HHXA 4FWOA 3ATUA 4BR4A 4KTZA 5BPNA 3ENOA 3ATVA 2YJEA 1DTTA 3QEXA 5EXWA 1VQ8N 4WQ5A 5JMVA 3S3NA 2E2PA 1BDGA 2RF2A 1Z25A 5AQFA 3SAFA 1VQON 3NCIA 1YXQA 3ZX2A 1N8RO 4RG8A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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