1T6CA

Structural characterization of the ppx/gppa protein family: crystal structure of the aquifex aeolicus family member
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
306
structure length
306
Chain Sequence
PIMRVASIDIGSYSVRLTIAQIKDGKLSIILERGRITSLGTKVKETGRLQEDRIEETIQVLKEYKKLIDEFKVERVKAVATEAIRRAKNAEEFLERVKREVGLVVEVITPEQEGRYAYLAVAYSLKPEGEVCVVDQGGGSTEYVFGKGYKVREVISLPIGIVNLTETFFKQDPPTEEEVKRFFEFLEKELSKVKKPVDTIVGLGGTITTLAALEYNVYPYDPQKVHGKVLTYGQIKKWFDTFKEIPSEERSKRFRQVEDRRAKVILAGIGIFLKTLEIFEKDCLIVSDWGLREGVLVSEVLKENHS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords exopolyphosphatase
publication title Structural characterization of the stringent response related exopolyphosphatase/guanosine pentaphosphate phosphohydrolase protein family
pubmed doi rcsb
source organism Aquifex aeolicus
molecule tags Hydrolase
total genus 112
structure length 306
sequence length 306
ec nomenclature ec 3.6.1.11: Exopolyphosphatase.
pdb deposition date 2004-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02541 Ppx-GppA Ppx/GppA phosphatase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1t6cA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 1t6cA02
5EX5A 5AQVA 1C0GA 3VEWA 3WQUA 5AQRA 3RSEA 3CERA 4B1VA 4BRDA 5AQMA 3DAWA 4PKHA 4BG9A 5ADXA 3EKSA 1ZC6A 2P9LB 3GOIA 4JHDA 3MN9A 3H45C 5JMVA 1BOTO 3WXIA 3LDOA 4ISFA 3EZWA 3LL3A 4FWRA 3ZETA 4I6MA 2I7NA 1Q18A 1BU6O 3FZMA 3QBWA 4NB4A 4QS8A 1K8KB 5TKYA 5I9EB 3D7EO 3L0QA 2YHXA 3HTVA 3ULEB 4RCHA 5AFUH 3SJHA 4DQ8A 4B1YB 3L4IA 3ZEUA 3QDKA 2A40A 3GBTA 4NO7A 2D1KA 3VEYA 1DKGD 4EHUA 1GLJO 3FLCO 3UKRB 3VESA 2H3GX 2CGKA 1NBWA 2YI1A 2ASOA 3S41A 3WXLA 1MWMA 5FPDA 3EL2A 1GLEG 4B1UB 3O8MA 5BPLA 1C0FA 4JN4A 2ASMA 3MN5A 2DPNA 2IIRA 3UKUA 4XH4A 4KBOA 3WXJA 3DXKB 3AY9A 3MN7A 3AAQA 1E4GT 3CQXA 3U4LA 3FZKA 4FWQA 1H1VA 2GEMA 2YHWA 3R6MA 1XUPO 3M3ZA 2NZTA 1QZ5A 3WEEA 1KAYA 3CJ9A 3U8XA 5AQGA 1GLDG 4CZMA 3W3DA 4PL7A 4EAHD 3H1VX 4CI6A 1TYQB 4BRFA 2P9SA 2IVOA 5BRHA 4IJAA 3U9ZA 1D4XA 3L6QA 4H0OA 1JCGA 3H3NO 3VF2A 3LM9A 4A61A 4BRHA 5AQIA 4A62A 4IXCA 2P9NA 2Q36A 5AZJB 1NGEA 4F9OA 2Q0RA 2E20A 2YJEA 3O5BA 1LCUA 2P9UB 4JAXA 5FPNA 2QXLA 2W40A 2A41A 2W41A 4K41A 4BRMA 3RSEB 2FLOA 4ISEA 2D0OA 3SMSA 1IJJA 4C23A 4XEIA 5BN9A 1SAZA 4JHDB 1HKGA 3CIPA 1BDGA 1S22A 3QICA 3VETA 4CD1A 3LDLA 4BRAA 1YXQA 1U2VA 1Z05A 4I6MB 3VEOA 3J8AA 4FPBA 3MK6A 5BRDA 1HX1A 3FE1A 4CZLA 5ADXH 1BWFO 2NRHA 1TUUA 3D2EA 1RGIA 3VPZA 1HLUA 3G25A 3CJBA 4B9QA 3VENA 5EOYA 3M6GA 3JXUA 3ZX0A 1NLVA 4IO8A 1HKCA 4BC4A 3LM2A 2E1YA 1NMDA 4AM7A 3VGKA 3ZEUB 1ZBSA 3I8BA 4Z94A 3LDNA 4FWKA 5AQTA 4IZ9A 4YDUA 2D0PA 2QWOA 4H5RA 1BUPA 1NGCA 2FF6A 3AARA 4FPAA 1WUAA 1XQSC 1GLLO 4H0TB 5E26A 3UKUB 4BRCA 2ZF5O 1ZXOA 3KHYA 4BR2A 1KAXA 3EKUA 1GLBG 4RTFD 4YDUC 4BR7A 1NGDA 4H0XB 3HSCA 4IWVA 3WEEB 3VGMA 2BUPA 4BRLA 4RWTA 5B8HA 3B8AX 1BA0A 3A0IX 3ATVA 4QS9A 3C0BA 3UE5A 1T6CA 4WQ5A 3VF6A 2P9SB 1T6DA 2OANA 4L3QA 4LC9B 1SQKA 1MA9B 4BC3A 3SLCA 3CHWA 2E2PA 1WOQA 2ITMA 3O80A 4FWOA 2F9TA 3A5OC 1QQMA 3SK3A 2P9NB 1MDUB 5AZIA 2A5XA 4CD3A 4B1WB 4WQ5C 3D2FA 2P9PA 2I7PA 2V52B 4M7YA 3ATUA 3IFRA 4BREA 2P9KA 4HTLA 3WXKA 3C7NB 3A5LC 1J6ZA 1GLAG 2YJFA 4ISGA 5AQZA 3F9MA 1S3XA 4CZFA 1JCEA 4H0VB 4E1JA 3FZFA 3DJCA 2HF3A 3MMVA 3I33A 2QWNA 4BR0A 4IJNA 1U2VB 1CZAN 4DB3A 4EHTA 1NGIA 2Q0UA 4H0YB 5JLHA 2CGLA 4BQLA 3TU5A 2A3ZA 3QFUA 4CJ7A 1GLFO 4FOIA 2V7YA 3FZHA 3UB5A 2E88A 4BVOA 3HM8A 2FSKA 3IDHA 3QB0A 2V51B 5LJWA 5BREA 4XH5A 5AQHA 2E8AA 1XC3A 3EN9A 4M63C 2GTDA 2VWBA 4H5WA 4CZEA 1KAZA 3O1WA 5EXWA 4GY2B 3CJ7A 3W0LA 3EO3A 4H5NA 4CZKA 4K42A 2E2NA 1V4SA 1BO5O 3GDQA 2FXUA 2AP1A 5AQXA 1DEJA 1NWKA 5AQKA 3JS6A 5AQQA 2GELA 3ZETB 4EFHA 1RDWX 4BQZA 4H5VA 4B1XB 2CH5A 5AQYA 2CGJA 5KQ8A 3ENOA 4H5TA 4BC5A 1QZ6A 2QWLA 1BG3A 3VF4A 3FR0A 3CETA 2HMPA 5BRFA 1OKJA 4CZHA 2UYTA 3SMPA 4J8FA 5KPZA 4O8KA 3R9PA 3VERA 1MWKA 2E2QA 1JCFA 4MLEA 2PBDA 3FFKB 3LDQA 4BC2A 1LOTB 4FWSA 3AAPA 1U6ZA 2Q1NA 2QM1A 2A42A 3DWLA 3HI0A 5AZIB 5LY3A 2WUSA 3D2FB 1SZ2A 3TPQA 5CE3A 3GG4A 2J4RA 3CI5A 5AQWA 3IUCA 4FOEA 2P9KB 1NGHA 5AQOA 2YCHA 3U9DA 4BRGA 5KQDA 4DHYA 1ATNA 3IMXA 5EVZA 1ATSA 1HKBA 3HBTA 2HF4A 1NGJA 5FPMA 4M7XA 5F0XA 3A5NC 3O08A 2FSNA 4GNIA 4K25A 4BR5A 4BGBA 4BR4A 5ELZA 3BF3A 1BA1A 3GE1A 2P9IA 3OHRA 3ZX2A 1NGFA 2AA4A 3CJCA 2Q97A 3BEXA 1X3MA 2E1ZA 2YHYA 4CBWA 3VEVA 1RFQA 1T44A 5KPRA 2FF3B 4FSVA 5JLFA 4QS7A 3QBXA 4FO0A 2ZWHA 1QHAA 1E4FT 5AQJA 1HPMA 3WQTA 4JD2A 3BUZB 4CZGA 1Z6RA 2V7ZA 5BPMA 4BR9A 4EIAA 3DXMA 5F2RA 2D4WA 4PL8A 5AQLA 1P8ZA 3O1BA 2PAVA 3FGUA 1EQYA 3H3OB 4K43A 4BRNA 5BPNA 1X3NA 5AQUA 3VGLA 4MLHA 5FPEA 1TUYA 2Q31A 1ESVA 5AR0A 1G99A 3ZX3A 4B1ZA 4BRKA 2P9LA 4A2BA 4MO4A 1HJOA 3D2EB 2QW9A 3M1FA 2QWQA 1X9JA 5AFUA 2CH6A 2HOEA 2NLXA 3H46O 4Y0WA 3O6WA 1YAGA 4PKGA 3R8EA 4BRIA 3FZLA 3BF1A 4AM6A 4CBXA 1R59O 1ATRA 5JICA 3ID8A 3BP8A 1K8KA 4H03B 3A8YA 4A2AA 1V4TA 4CZJA 1GLCG 3P4IA 3LDPA 2ASPA 3ULEA 3KZBA 2QWMA 2FSJA 2IVPA 1QQOA 3CJAA 4FWLA 4BG8A 2KHOA 5LJVA 5AQFA 2IVNA 1YVNA 3HZ6A 4JNEA 1HUXA 4BRPA 3GL1A 4MO5A 3UKRA 1DGKN 3O4WA 3ENHA 2ZGZA 3MN6A 4O5FA 5BR9A 3VEXA 1NGGA 5AQSA 3H6EA 2GWKA 4WQ4A 5E84A 1YUWA 5KPTA 3DXKA 1NM1A 3CJ1A 5AQNA 2VCPA 3C7NA 4BROA 3CQYA 3VEZA 2P9IB 5EY4A 3VOVA 5F1XA 4FWNA 4FL9A 3KVGA 5BN8A 4BRQA 4CZIA 4H0PA 4WQ4C 1TYQA 4FWMA 2GWJA 4FWPA 2Q2RA 2A6AA 1NGAA 2F9WA 4WYBA 1Y64A 5AQPA 4BGAA 2P9PB 4JD2B 2GUPA 1IG8A 1QQNA 2BTFA 2ZGYA 1KXPA 2QWRA 2VYPA 3H1QA 2EWSA 4DCHA 3WT0A 3QFPA 3MCPA 3WUHA 2QWPA 3MDQA 4CBUA 5AZJA 4HWIA 1NGBA 3QMLA 4BVPA 3DXMB 2E2OA 4PKIA 4XH1A 3A5MC 2P9UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5EX5A 2RN2A 1XNQK 2IDOA 3VEWA 2QEXN 4EP4A 3RSEA 3CERA 2WBNA 3SPZA 4BWJA 4PKHA 5ADXA 1ZC6A 2B4JA 2P9LB 3MN9A 2HHTA 3H45C 4F3TA 3TAFA 2VQFK 3LDOA 4DTRA 4ISFA 3EZWA 2P5OA 3ZETA 4I6MA 4DG1A 1RDAA 2G8UA 2I7NA 2O8EA 1K8KB 1NOYA 1CLQA 3TR8A 4RCHA 3DRSA 3NFAA 2ATQA 1KQSM 3ZEUA 2D5RA 4KREA 2HNYA 1GLJO 2H3GX 5E41A 4CF0A 3HVTA 3AO4A 1J9AA 1BQNA 2YNIA 4CJ5A 1WSFA 4CJVA 2DPNA 3UKUA 4XH4A 3JSMA 1LAVA 3OYMA 3MN7A 3AAQA 3EEQA 3PX0A 3U4LA 1TK8A 3OY9A 1KTQA 3M3ZA 4LF4K 1QZ5A 4GV3A 4BDZA 3U8XA 3HPGA 4ZTFA 4W5NA 1GLDG 3W3DA 3SUOA 1TYQB 1U47A 1B9DA 3SUQA 3MWPA 2O8FA 4IJAA 3K5NA 4HUGA 2Y1JA 3L6QA 3H3NO 3VTIA 5GADP 3PX6A 4BWMA 3I8DA 1HPZA 4KHSA 4JRPA 3VN5A 3SZ2A 3MWTA 2HW3A 4FVMA 2VWJA 2YJEA 3AA5X 5FPNA 4X66K 2W41A 5DMRA 4DV2K 4GKKK 1J5EK 4JI5K 4ISEA 3T1AA 4PQUA 1IJJA 4CK1A 4JHDB 4YOXA 1S22A 3SQ4A 1SV5A 5M1KA 3RR8A 3VEOA 3WXMB 1RT4A 3HL8A 5HRPA 3RMCA 1LW0A 5BRDA 3FE1A 1EP4A 2NRHA 3D2EA 4EP5A 1HLUA 3G25A 1N6QA 3VENA 3HXMA 3JXUA 3OYGA 1KRPA 4IO8A 4DMNA 1TKTA 5D3GA 3AO3A 4AM7A 4DSIA 5J2NA 4KV8A 4FWKA 4NYFA 2HHQA 3QNNA 1OH5A 4E7LA 3HO1A 3THYB 3ZLJA 4OKKA 4FPAA 3C6TA 3KKRA 4JKBA 3G71N 1XQSC 5E26A 4JKEA 4DQRA 1NKCA 3DI6A 4FW1A 5LMUK 3KJVA 1Q9XA 3P38A 5SZTA 5HL7L 3C65A 1KAXA 4LD0A 1NGDA 1XMQK 4OKJA 4B9LA 3QO9A 3S3NA 1KVAA 2BDPA 4BRLA 2OCEA 2UU9K 4KRFA 2P9SB 2X6SA 4NCAA 3ALYA 4L3QA 4LC9B 1SQKA 4YOTA 1MA9B 4BC3A 4KB1A 1YI2N 2PYLA 4N5SA 4CIGA 1EX4A 4OPHA 2F9TA 3A5OC 4FJ7A 3J7AP 2GUIA 3SK3A 2P9NB 4C8KA 3KLIA 4AQYK 4CIEA 2V52B 3RVCA 2VQEK 2HBKA 3T69A 3V9SA 4K8ZA 5I42A 3WXKA 4FJJA 3A5LC 4KHUA 2E5LK 1T05A 1S3XA 4B9TA 3OJSA 4CGIA 1NU0A 4LFBK 2DTUA 4OLAA 4MQ3A 3DJCA 3OYJA 4DR5K 3CFPA 1JLBA 1QSLA 1YIJN 1SL2A 4H0YB 4B9UA 2CGLA 4CEZA 3P1GA 1A5XA 2A3ZA 3NAEA 1XMOK 3NF8A 3QIOA 4DUZK 2E88A 4JV5K 3HM8A 2V51B 5BREA 4IO9L 1TL1A 5AQHA 3DLGA 1KAZA 3O1WA 5EXWA 3T1YK 3CJ7A 1BCOA 2KTQA 3EO3A 4PUOA 1XNRK 4CJ3A 1V4SA 1JLCA 3GDQA 4M3UA 2KZZA 1BISA 4OLBA 2LSNA 5AQKA 3JS6A 4E1MA 3N4PA 1FJGK 1NJWA 1ZBHA 3QEIA 1RDWX 4B1XB 3J7ZO 3CQ8A 3ENOA 4H5TA 3I55N 4CK3A 3TAGA 3HPHA 1VSDA 1NNEA 1ZYQA 4CZHA 1KVBA 2BANA 1JCFA 3U3GA 5FRNA 3FFKB 2RE2A 4JK9A 4CGJA 1TKDA 3KK2A 3KWIA 3LALA 1I94K 4OPKA 4CGGA 2QM1A 5AZIB 4FJXA 5CE3A 3OYEA 4E7KA 3CI5A 4FOEA 2HBMA 3QESA 1ZBUA 5M1PA 3M8PA 2X6NA 2XY5A 3LDSA 4BRGA 5KQDA 2HHUA 1VQMN 4HVJA 2OYQA 1ATSA 2AJQA 1HKBA 3HBTA 1RT7A 4M7XA 5F0XA 3WNFA 4IFYA 4DLEA 3AO2A 3JAMO 3B6OA 4DU3A 2ITGA 3BF3A 4FZYA 3M8RA 3GE1A 4W5RA 2P9IA 4DQIA 3L8BA 3QNOA 3ZSVA 1S1WA 3E66A 3OYLA 1X3MA 2E1ZA 2YHYA 3NHGA 4LSLA 1BI4A 3ZT2A 3G4SN 1N34K 1WSHA 5M1FA 1GOAA 1L3UA 1C0TA 4U7BA 2YHAA 4JI2K 4JI0K 2PFUA 4FSVA 5TKWA 2PY5A 2KW4A 3V4IA 2B5JA 1UWBA 3LP1A 4BDYA 3WQTA 1K8AO 4KAZA 1HJRA 3BUZB 3K5LA 2P1JA 2V7ZA 3T3FA 3KLHA 3DXMA 3K5OA 5FLXO 3IRXA 1P8ZA 4CHNA 3KLFA 3PX4A 2PAVA 3FGUA 3OVNA 4FM0A 4X64K 4BRNA 3D0PA 1WSIA 1BCMA 5FPEA 4DV0K 4LF6K 4DTMA 2Q31A 4IOCL 4B1ZA 4RW4A 1DLOA 2HHHK 4R5PA 4MO4A 4FLTA 1OVQA 1NG9A 2HHXA 1JLQA 2NLXA 3H46O 1D8YA 4FJ5A 1YAGA 3R8EA 4H4OA 1ATRA 4FJKA 4HCCA 3Q7CA 4DTUA 1FKOA 4A2AA 1X9WA 1M90O 1RBTA 3HVRA 5BR8K 5KI6A 2IVPA 1QQOA 3CJAA 4FWLA 4BG8A 4JS4A 1NMNA 1LAWA 1YVNA 4DR4K 4I2QA 1DGKN 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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