1T6CA

Structural characterization of the ppx/gppa protein family: crystal structure of the aquifex aeolicus family member
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
306
structure length
306
Chain Sequence
PIMRVASIDIGSYSVRLTIAQIKDGKLSIILERGRITSLGTKVKETGRLQEDRIEETIQVLKEYKKLIDEFKVERVKAVATEAIRRAKNAEEFLERVKREVGLVVEVITPEQEGRYAYLAVAYSLKPEGEVCVVDQGGGSTEYVFGKGYKVREVISLPIGIVNLTETFFKQDPPTEEEVKRFFEFLEKELSKVKKPVDTIVGLGGTITTLAALEYNVYPYDPQKVHGKVLTYGQIKKWFDTFKEIPSEERSKRFRQVEDRRAKVILAGIGIFLKTLEIFEKDCLIVSDWGLREGVLVSEVLKENHS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Aquifex aeolicus
publication title Structural characterization of the stringent response related exopolyphosphatase/guanosine pentaphosphate phosphohydrolase protein family
pubmed doi rcsb
molecule keywords exopolyphosphatase
total genus 112
structure length 306
sequence length 306
ec nomenclature ec 3.6.1.11: Exopolyphosphatase.
pdb deposition date 2004-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02541 Ppx-GppA Ppx/GppA phosphatase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1t6cA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 1t6cA02
2P9PA 3H1VX 2ASMA 1BDGA 4JN4A 5AQIA 1QHAA 3IMXA 1MWMA 2QWOA 1ESVA 2HOEA 1C0FA 2ASPA 3DXMA 4IJAA 4AM7A 5EVZA 2V52B 2IIRA 4FSVA 4WQ5C 2D0OA 1MWKA 1BO5O 4BR5A 1GLCG 1JCGA 1BA0A 1HUXA 4K42A 4M7XA 3CHWA 3LDLA 4Z94A 1U6ZA 3MMVA 2J4RA 2ZGYA 4M63C 1HX1A 3SK3A 2ASOA 2QWLA 3CJBA 4GY2B 1EQYA 2A6AA 2VYPA 4A62A 3O1BA 2EWSA 5KQDA 1CZAN 3AARA 4FWNA 2GUPA 4CZHA 1KXPA 3WUHA 1X3NA 1WOQA 4I6MB 3ENOA 1T6CA 2V7YA 3U4LA 4BG9A 4BGAA 1GLEG 3H3OB 3SMSA 4DHYA 3CJ7A 3RSEB 1ATRA 1SZ2A 3WT0A 3WXLA 5FPDA 1LOTB 4EHTA 4BVPA 2AA4A 4BVOA 3CJ1A 4BQLA 4FPAA 1LCUA 2GWKA 2P9LA 4K43A 5EOYA 5FPMA 3MN9A 4IWVA 5E26A 2Q97A 4H5VA 4HWIA 4FO0A 3HTVA 3VPZA 1Z6RA 3O6WA 4FWKA 2P9IB 3O4WA 3CQXA 3C7NB 3LM9A 1T44A 3MN6A 1V4SA 1IG8A 2VWBA 3FZKA 1SQKA 5I9EB 1Q18A 4BRAA 2YI1A 4FWRA 3VOVA 3A5LC 3H45C 1BU6O 3EKUA 3R8EA 1NM1A 5AQOA 3R6MA 3MK6A 3BP8A 4CZFA 2Q36A 4DB3A 4B1ZA 4CZGA 4PL8A 2YCHA 1Z05A 1S3XA 3ULEA 2FLOA 3VGKA 5AZIB 3EL2A 4BRIA 3QBXA 4H5WA 1K8KB 2FSNA 1V4TA 1NLVA 2ITMA 4IO8A 1ZBSA 4PKGA 2HF4A 1QQMA 2QWNA 3L6QA 3VETA 1QZ5A 1GLJO 1HKCA 4DCHA 2H3GX 3BUZB 2YJFA 2W41A 4ISGA 5LJVA 2I7NA 4CBWA 2YHWA 3O8MA 4IJNA 3CERA 3UKRB 3ZEUA 4H5NA 4I6MA 2D1KA 3EZWA 4H5RA 3CJAA 3LDPA 4MO4A 1NWKA 5F1XA 3VENA 4JHDB 2IVOA 1NGEA 3VF2A 3WXJA 1ATNA 4BR4A 4BRDA 2CGJA 2WUSA 5BN9A 3SJHA 4BR2A 5AZJB 3WQTA 2FSKA 1ZXOA 3ID8A 3LDNA 4XEIA 2E1YA 3OHRA 4ISEA 1E4FT 1QQNA 4H03B 4CD1A 1HPMA 4XH5A 5KPRA 2ZF5O 3UB5A 5AQFA 3UKUA 1TYQA 3QFPA 3FZFA 4CD3A 4CI6A 3WXKA 5EX5A 1DKGD 3BF3A 4H0YB 1GLBG 4FL9A 5KQ8A 3FZMA 4CZEA 3FZHA 3KHYA 3D2EA 4CZIA 2IVPA 5AQPA 5AQSA 3CJCA 4CZLA 2P9KB 5AR0A 3DXKA 2V51B 4BRHA 4FWSA 4IXCA 3D2FB 5AQQA 2Q1NA 4BRCA 4BROA 1NGFA 3MN5A 4WYBA 1NGAA 3JXUA 2D4WA 2E20A 1RGIA 4FWQA 3J8AA 5BR9A 4LC9B 4AM6A 1U2VB 3ATUA 4BRPA 1E4GT 1NGHA 5BRFA 2HMPA 5AQMA 4BRLA 2QWMA 3HZ6A 1HKBA 2CH6A 4BG8A 3IFRA 2E8AA 5AQKA 4H0TB 5AQYA 1OKJA 3AY9A 3HSCA 3HBTA 3U9ZA 4WQ4C 1K8KA 1KAXA 3M1FA 4O5FA 3M3ZA 4Y0WA 4EHUA 1YXQA 1NGCA 1RFQA 1JCEA 4B1XB 4RCHA 4FPBA 4B9QA 2DPNA 2P9NB 2P9PB 3CI5A 4H0OA 2E2NA 1X3MA 5AQRA 4BR7A 1GLFO 2W40A 3AAPA 3GDQA 4HTLA 4B1YB 2FF3B 2YJEA 3ZETA 4L3QA 5FPNA 5CE3A 4QS7A 3DXMB 3ENHA 1WUAA 2P9UA 3P4IA 4BQZA 3MCPA 4RWTA 3C0BA 5AFUA 2QM1A 3DAWA 1HLUA 3CIPA 2I7PA 3MN7A 3KZBA 3CETA 2GWJA 3BEXA 1NGJA 3GOIA 5ELZA 3CQYA 1GLDG 1DEJA 4MO5A 2V7ZA 1MA9B 1TUYA 2FSJA 1H1VA 1P8ZA 5AQVA 2QWPA 2UYTA 2F9TA 5AQHA 3L0QA 3UE5A 2Q0UA 4FWLA 5TKYA 1Y64A 4KBOA 4YDUA 1R59O 3EN9A 4BRNA 4CBXA 5KPTA 3DWLA 5AQLA 2QXLA 4EFHA 2A3ZA 3WEEB 4CBUA 3QICA 5AQUA 4JAXA 4PL7A 3QFUA 3D2FA 4A61A 2NZTA 3O08A 2FXUA 1J6ZA 1C0GA 4F9OA 3FFKB 5AQJA 4BREA 4JD2B 2P9LB 3QBWA 2BTFA 3LDOA 1BA1A 3VGLA 3VERA 3HM8A 3O5BA 5JICA 4O8KA 2A5XA 4JNEA 4RTFD 3RSEA 5B8HA 5ADXA 2GTDA 3D7EO 4BC3A 2P9SB 5JMVA 3EKSA 2A40A 3FZLA 1QQOA 4E1JA 1YVNA 3IDHA 4B1UB 2VCPA 4CZMA 1NMDA 1XQSC 3H3NO 4M7YA 4BC4A 5BPLA 2HF3A 2KHOA 5AQZA 4MLEA 5BPMA 3AAQA 3GBTA 2QW9A 2ZWHA 1HKGA 3VEYA 2AP1A 4PKHA 2E2QA 4EIAA 3U8XA 1DGKN 1XC3A 2QWQA 2P9IA 1ATSA 4BC5A 3C7NA 4BGBA 3A5NC 5AQNA 4PKIA 2CGKA 5BREA 2NLXA 1QZ6A 2PBDA 4CZJA 5LY3A 3ATVA 3ULEB 4GNIA 3ZX0A 4NB4A 1KAZA 4J8FA 3TU5A 4FOIA 2NRHA 3QDKA 2A41A 5JLHA 1BUPA 5BRHA 1G99A 3A5OC 4BC2A 1KAYA 2CGLA 5AQWA 3VEXA 3B8AX 1NBWA 1XUPO 5BPNA 1MDUB 4H5TA 3G25A 3KVGA 5LJWA 3WQUA 1S22A 3VF6A 3A8YA 5EXWA 4BR9A 2Q0RA 4FWPA 5AZIA 2D0PA 3DJCA 4K25A 4YDUC 3ZX3A 3ZEUB 2YHXA 4IZ9A 1IJJA 3VEWA 2Q2RA 5EY4A 5AQTA 3GL1A 4QS9A 2Q31A 3GE1A 3WEEA 2A42A 3S41A 3VGMA 2E2OA 3JS6A 5F0XA 5FPEA 3H46O 3SMPA 5KPZA 4A2AA 3QMLA 3UKRA 1BWFO 4BR0A 4BRMA 3H6EA 3I8BA 4JD2A 3WXIA 1NGGA 3UKUB 1TYQB 1NGDA 2QWRA 4WQ5A 1GLLO 4BRKA 2GEMA 5AFUH 4JHDA 2OANA 4BRFA 4A2BA 3D2EB 5JLFA 2PAVA 1T6DA 2P9SA 3FGUA 3GG4A 3BF1A 2ZGZA 4XH1A 4H0XB 5AZJA 1SAZA 4H0VB 3DXKB 1NGBA 1BG3A 3VESA 4ISFA 1NGIA 4B1WB 3I33A 3W3DA 1HJOA 5BN8A 2E2PA 1JCFA 4BRQA 1YAGA 3VEOA 3LDQA 3LL3A 5BRDA 3A5MC 2BUPA 3U9DA 4FWMA 4C23A 3R9PA 4CZKA 1D4XA 3A0IX 4BRGA 2P9KA 1GLAG 4FOEA 2GELA 5E84A 2F9WA 4QS8A 3W0LA 3MDQA 3CJ9A 1YUWA 5F2RA 2IVNA 1ZC6A 4XH4A 4EAHD 4WQ4A 4H0PA 2FF6A 3O1WA 3F9MA 4MLHA 2CH5A 3TPQA 4B1VA 2YHYA 4CJ7A 4DQ8A 5ADXH 1U2VA 1TUUA 3L4IA 3FR0A 4NO7A 3VEVA 3LM2A 3O80A 3QB0A 3M6GA 1BOTO 3EO3A 5AQXA 1X9JA 3HI0A 3ZETB 1RDWX 3ZX2A 3VEZA 3SLCA 3FLCO 2E1ZA 5AQGA 3H1QA 3IUCA 3VF4A 2P9UB 4K41A 3FE1A 2E88A 4FWOA 2P9NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HBMA 2ASMA 1BL3A 4M3TA 1XMOK 1TK0A 3J7ZO 2HOEA 4RG8A 4FJ9A 3TABA 4IJAA 4AM7A 2V52B 4GKJK 2E6LA 4FSVA 1HNIA 3OYIA 3E66A 3QEWA 2NRZA 1CXQA 1VHXA 3ZSRA 4M7XA 4KTZA 4KV8A 3MMVA 2J4RA 1FKOA 4M63C 3SK3A 2QWLA 3OTOK 1EQYA 2VWJA 4A62A 3OBYA 4FXDA 5KQDA 3NMUA 2GUPA 4CFBA 5E41A 2OPQA 1KXPA 1J54A 1KQSM 1OH5A 2VG6A 3L3UA 1S9EA 1M90O 3U4LA 3SJJA 3QESA 4CEDA 4GV3A 4AHTA 1XNQK 1UA1A 1SZ2A 1JLFA 1T7PA 3LDSA 4J2BA 3IRXA 4BVPA 4BQLA 2HHSA 2W42A 1KVAA 1LCUA 2GWKA 4PY5A 2QI2A 4I2QA 5FRMA 1NK0A 1IKYA 3VQ5A 5E26A 4RW6A 2D5RA 3SQ0A 5CYMA 4H5VA 4LF5K 2OPPA 4DTUA 1Z6RA 3O6WA 2P9IB 2Z1IA 4LF7K 4YY3K 1S6PA 3QIPA 1SL2A 3LM9A 1T44A 2W6KA 4IDKA 2PY5A 2P5GA 3AVCA 2UU9K 3P31A 1FKPA 3I55N 4KREA 1LV5A 3M5RA 1W2BM 5HROA 4Z0UA 3TAGA 3T1AA 1HMVA 4B9MA 2Q36A 4KPYA 2EX3A 3O3GA 1Z05A 2X6NA 4KHWA 3PSFA 1N6QA 1K8KB 4CE9A 4DR6K 1N33K 3QNOA 2UXBK 3D45A 3CCRN 3HL8A 1I3AA 3ITHA 1UA0A 4G9ZA 2I7NA 5CZ2A 3SQ1A 1TAQA 3CERA 4KH5A 3ZEUA 2XY5A 4H5NA 2D1KA 1XWLA 1YI2N 3IAYA 1YTUA 3WNEA 5KI6A 2XY7A 1L5UA 1IBMK 3VMFB 3G0ZA 3MX2A 3VF2A 4YFUA 5GIOA 2QKBA 4B9SA 3AV9A 4LFBK 2CGJA 1WN7A 4FZYA 3LDNA 4FLTA 3TSPA 1NOYA 1VQ8N 4DV0K 2E1YA 1E4FT 4NCBA 2HBJA 1ZBLA 3SNNA 3QINA 3TAFA 1O13A 3QFPA 1CZ9A 3FZFA 4CJLA 3KK2A 4LF9K 2F8TA 4CK2A 4H4OA 3HRGA 1SUQA 2IVPA 4JI5K 4WE1A 3DXKA 2OZMA 5IWAK 2WBNA 4ZTJA 3AVMA 4HUFA 3D2FB 3H08A 3V9UA 4ELUA 2KLAA 4U67L 4WYBA 3JXUA 3CMAN 2E20A 4DFMA 3NFAA 3L2VA 5BR9A 2A1RA 1U2VB 3ATUA 1S5JA 4BRPA 5BRFA 4OPAA 4E1MA 3KLHA 3HZ6A 1C1AA 1HKBA 2O4IA 3IFRA 4FW1A 3PX6A 3V9XA 3S9HA 1VQNN 3OBWA 1NKCA 1Q86O 3U9ZA 1K8KA 4FLYA 4O0IA 4O5FA 2O8CB 2Y1JA 3B6PA 1NGCA 2VWKA 2PFUA 4RCHA 4BDYA 5HLFA 2Z1HA 5FDLA 1TK8A 1X3MA 4KI6A 1GLFO 4IFEA 2ETJA 2ZQBA 2YNGA 4DV7K 2FF3B 4RW4A 3U6FA 5FLXO 4FK2A 4QS7A 2VGMA 1NG9A 3DXMB 1S6QA 3VQEA 1N32K 3CCVN 3CCMN 1FXXA 5TKWA 3V9ZA 5AFUA 1HLUA 4Z4GA 2I7PA 3BEXA 1QSLA 5ELZA 3CQYA 2G8VA 3L3VA 2V7ZA 4DQIA 2YKNA 3LALA 2FSJA 1LW0A 1Q9YA 4TSXA 3O9RA 3NH2A 1C1CA 1JLQA 3MX5A 2HNYA 4OLAA 5TKYA 4CEQA 4YDUA 4KBOA 1A5WA 3OS2A 1WSHA 2HSTA 1VK0A 4W5TA 1HQUA 3WEEB 4YNQA 1D9DA 3D2FA 3RWUA 2DFFA 4KH6A 3O9SA 5AJ3K 1I94K 3KD5E 4JEPA 3U3GA 4B9UA 3FFKB 4CEZA 4JD2B 2P9LB 3ZSOA 2WOMA 1B9FA 3Q7CA 1L3SA 1LWCA 1SL1A 4FJ8A 4CJSA 1WSEA 4DSFA 4JNEA 2HBKA 3NGIA 3KWIA 2P9SB 3OJSA 3EKSA 1KCFA 4CJRA 3T69A 3CMEN 4CZMA 5BPLA 3VQ6A 5AQZA 3VN5A 4DF8A 4LH5A 3GBTA 2QW9A 2ZWHA 2F7TA 4W5OA 3CFPA 4CHQA 2QTDA 2IC3A 4ID5A 2GBZA 4BC5A 2VGNA 5AQNA 1WSJA 4PKIA 1VQON 5JS2A 4C8OA 1QZ6A 5LY3A 4CZJA 3ATVA 2BANA 1KTQA 2G8FA 4NB4A 1L3VA 1QTMA 4FJ7A 2HW3A 2DY4A 4CFDA 1RDCA 4IOCL 5BRHA 2JLEA 1G99A 3A5OC 3MECA 3VEXA 3VQ4A 5BPNA 3G25A 3KVGA 1OVQA 4CF2A 4BR9A 2NRWA 5AZIA 4E0DA 2XHBA 4NYNA 1ILYA 3LAMA 4YDUC 4UY8O 1RT1A 2HVHA 3E9PA 1WB9A 4IG0A 4JI6K 2Q31A 3WEEA 5I42A 4FK0A 3S41A 4HTUA 1ITGA 4JS5A 2HHVA 4JI8K 2QK9A 1XMQK 3NGZA 5JS1A 1GOCA 1U49A 3QERA 1Q81O 2W6LA 4BRMA 1VSDA 2G8HA 4JD2A 3WXIA 3OYEA 1NGGA 3UKUB 1TYQB 5K14A 2QWRA 4BRKA 2O8EB 1VQKN 3IS9A 4DTRA 1O1WA 5JLFA 2PAVA 1ASWA 2P9SA 1SAZA 4DSKA 3CCUN 3VQAA 3SPYA 1NGBA 5DM7L 3VESA 5KRSA 3MEGA 4Z4CA 1NGIA 4FJGA 3W3DA 1HJOA 5BN8A 3THYB 3LP0A 3F2KA 1JJ2M 4CJQA 1NK5A 3N4PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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