1T6CA

Structural characterization of the ppx/gppa protein family: crystal structure of the aquifex aeolicus family member
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
306
structure length
306
Chain Sequence
PIMRVASIDIGSYSVRLTIAQIKDGKLSIILERGRITSLGTKVKETGRLQEDRIEETIQVLKEYKKLIDEFKVERVKAVATEAIRRAKNAEEFLERVKREVGLVVEVITPEQEGRYAYLAVAYSLKPEGEVCVVDQGGGSTEYVFGKGYKVREVISLPIGIVNLTETFFKQDPPTEEEVKRFFEFLEKELSKVKKPVDTIVGLGGTITTLAALEYNVYPYDPQKVHGKVLTYGQIKKWFDTFKEIPSEERSKRFRQVEDRRAKVILAGIGIFLKTLEIFEKDCLIVSDWGLREGVLVSEVLKENHS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords exopolyphosphatase
publication title Structural characterization of the stringent response related exopolyphosphatase/guanosine pentaphosphate phosphohydrolase protein family
pubmed doi rcsb
source organism Aquifex aeolicus
total genus 112
structure length 306
sequence length 306
ec nomenclature ec 3.6.1.11: Exopolyphosphatase.
pdb deposition date 2004-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02541 Ppx-GppA Ppx/GppA phosphatase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1t6cA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 1t6cA02
2P9SB 5AQGA 2D4WA 4BC3A 3I33A 4BR0A 2ZWHA 1BA0A 3BUZB 2I7PA 2Q0UA 2ASPA 2Q1NA 3QICA 4GNIA 3R6MA 5FPNA 4WQ4C 5LJWA 1HKBA 4J8FA 3U8XA 3FE1A 2AA4A 3JS6A 1CZAN 1NGAA 3GOIA 4H0PA 3CHWA 2D1KA 5LY3A 3LM2A 5F0XA 1BOTO 3WXLA 1BA1A 2W40A 4M7YA 2YHXA 3LDPA 2GTDA 4CZMA 3KZBA 2Q36A 4FOIA 5EVZA 2H3GX 2QWMA 3IFRA 1DGKN 1QHAA 1YXQA 3VEZA 2QWQA 3H6EA 2AP1A 2P9NA 2E1YA 3KHYA 4H5VA 2F9TA 4CBUA 4JAXA 5EXWA 3O80A 2ZF5O 2FSKA 3DXMB 3UKUA 1R59O 2CH6A 3LDNA 2YI1A 2QW9A 4H5WA 3J8AA 4BGBA 4WQ5C 3ENOA 3SK3A 2HMPA 3ZEUB 2IVPA 1MWKA 3GL1A 1YAGA 3ATVA 4BREA 1RFQA 2P9UB 2YHWA 1DEJA 3MN7A 5AQOA 3ZETB 4CZKA 3HSCA 1YUWA 2E2OA 3WQUA 4BQZA 3FZHA 4ISGA 1QZ6A 4BGAA 4QS9A 5AFUA 3MN6A 1X3MA 3C7NB 5B8HA 1GLAG 2FXUA 5AQHA 4IXCA 4BC4A 2ASMA 1GLBG 2CGKA 2NLXA 5AZIA 1GLCG 3QFPA 2A40A 3O5BA 4JHDA 1QQMA 4DHYA 5KQ8A 4NB4A 4MLEA 1OKJA 2EWSA 1HPMA 2GEMA 4CD1A 3D2EB 2P9KA 2CGLA 5ADXH 4CJ7A 4PKIA 3R9PA 1XUPO 3WQTA 2QWLA 3RSEB 3O4WA 4AM7A 5FPDA 2E2NA 2P9PA 1IJJA 4FPBA 3EL2A 5AR0A 4K25A 1K8KB 4FL9A 4PL8A 3SMSA 4CBXA 3FZFA 3I8BA 3EZWA 4FWOA 1NGDA 4IJAA 3VESA 3QFUA 2QWRA 4H5NA 5KPZA 2I7NA 3EO3A 3C0BA 2ZGYA 5AQIA 5AQRA 2P9LB 3FZLA 4BVOA 3VF4A 4JHDB 1TUUA 3LDLA 2YHYA 4H0VB 3S41A 4AM6A 2P9KB 5JICA 4FWRA 1LOTB 1ZC6A 2V7ZA 3GG4A 3HM8A 4CD3A 3MMVA 5BRHA 3FLCO 4H0OA 4EHTA 1U6ZA 4K42A 3UKRB 3VETA 3IUCA 3WXIA 3EKSA 3KVGA 4IO8A 5FPMA 4CI6A 1Z6RA 4IZ9A 4M7XA 3M1FA 4EHUA 3VEVA 4ISFA 1KAYA 3FZMA 5AQTA 4BC2A 3WEEB 3LM9A 2A5XA 3ENHA 3GE1A 1RGIA 2E8AA 4JNEA 4FWKA 2GWKA 3VEXA 1MA9B 3IMXA 4BROA 4Y0WA 5JLHA 5BRDA 1ATNA 2YCHA 5AQYA 5E26A 3B8AX 2PAVA 3ULEA 3H1QA 1T6DA 4FWQA 4B1WB 4YDUA 1U2VB 3VGKA 1XQSC 3MN9A 4CZEA 4IWVA 4B1XB 3FFKB 3CQXA 4FWPA 3VPZA 3GDQA 4NO7A 1JCGA 1Y64A 1NGJA 2Q0RA 4BR9A 1HJOA 5ADXA 3DAWA 4DB3A 4H5RA 5ELZA 3AAQA 1H1VA 3BEXA 4FWMA 2D0OA 3O1WA 5BN9A 3VGLA 4FWSA 4BRFA 1ZXOA 5E84A 4A62A 5AQSA 2QWNA 3LDQA 2E1ZA 4BRAA 1NGIA 1J6ZA 2WUSA 3A5MC 2HF4A 1GLEG 2Q2RA 3G25A 2VWBA 2E20A 3TU5A 5AQZA 3TPQA 3MN5A 1QZ5A 4BRKA 2F9WA 4QS8A 1NGGA 3CETA 5FPEA 3CJBA 1JCFA 1HKGA 2OANA 2E2QA 1HX1A 2P9IA 3VOVA 5KQDA 2P9NB 2KHOA 5BPLA 3CERA 4BRHA 5BR9A 1S22A 1X9JA 2BTFA 3FGUA 4FSVA 3EN9A 4PKGA 3UKUB 1NLVA 3EKUA 4BG8A 1QQNA 2FSJA 3ZX2A 1SAZA 5AQLA 4MLHA 4XEIA 1EQYA 1NGFA 1SQKA 1C0GA 2ZGZA 1NGCA 3D2FA 5JLFA 3H46O 3L4IA 2BUPA 3HZ6A 1QQOA 1DKGD 4CZLA 3A0IX 5AQXA 3VERA 2D0PA 1C0FA 4YDUC 3DXKA 4DQ8A 2Q97A 4JD2A 4A2BA 4BG9A 5BRFA 4CZHA 1NBWA 2A41A 3QMLA 4I6MA 4B1YB 3WXJA 5JMVA 4B1UB 4BRLA 5AQJA 1V4TA 4BRNA 5AZIB 2J4RA 3D7EO 4MO4A 5I9EB 1JCEA 3H45C 1Z05A 2YJFA 4Z94A 3D2FB 5AQKA 3MDQA 4K43A 5BPNA 3OHRA 1V4SA 1ATSA 4FWLA 4FOEA 1XC3A 3H3OB 1WOQA 1RDWX 3A5OC 2P9PB 4BRCA 3P4IA 4BRPA 4A61A 3A8YA 1NGEA 3BF1A 3QDKA 1T6CA 4FO0A 3VF2A 4HTLA 5KPRA 1GLDG 5F1XA 2W41A 4BR5A 4WQ5A 4MO5A 2ITMA 3F9MA 1P8ZA 4WYBA 1WUAA 3ZX0A 2ASOA 1TYQA 1NMDA 2HOEA 3IDHA 4FPAA 3O08A 5EX5A 2PBDA 3U4LA 2GWJA 1BWFO 1GLJO 4CZGA 5EOYA 5AZJA 1S3XA 3U9DA 2VYPA 4O5FA 3WUHA 2GELA 4B1ZA 3DWLA 2CGJA 2NZTA 2V51B 2FSNA 4GY2B 3VF6A 1HKCA 3DJCA 2A42A 4F9OA 5AQVA 4BRQA 4XH5A 2IIRA 1TYQB 1E4GT 3DXMA 3H3NO 2V52B 3ZX3A 1GLLO 2A3ZA 5AQNA 5F2RA 1KXPA 4BR2A 4BRGA 1MDUB 4EIAA 4BR4A 3O1BA 4FWNA 2NRHA 3ULEB 5AZJB 3ZEUA 4QS7A 1Q18A 1GLFO 4M63C 1ATRA 3SMPA 4BC5A 2QWPA 3M3ZA 4H0XB 4H0YB 2P9UA 3ZETA 3H1VX 2YJEA 1KAXA 3AAPA 4EFHA 2QWOA 2QXLA 2DPNA 4IJNA 2IVNA 3JXUA 1BO5O 3C7NA 4XH4A 3A5LC 3MCPA 3VGMA 5AQQA 4EAHD 2GUPA 1D4XA 1TUYA 1BU6O 5AQFA 1G99A 3L0QA 3A5NC 3CJCA 3FR0A 5BN8A 5AQWA 1HUXA 3W0LA 1SZ2A 4BRDA 3CQYA 3M6GA 2VCPA 2FF3B 3WXKA 3D2EA 4CBWA 1KAZA 3AARA 2QM1A 5AQPA 4H03B 3RSEA 1ESVA 3L6QA 4KBOA 1X3NA 3CIPA 3W3DA 1BDGA 1HLUA 4BRMA 4DCHA 3R8EA 1K8KA 4XH1A 3HTVA 5TKYA 3VEWA 2A6AA 4WQ4A 1NGBA 2P9IB 2Q31A 1MWMA 4BQLA 3CJAA 3MK6A 3BP8A 4L3QA 5LJVA 3U9ZA 4PKHA 2P9LA 3SJHA 1BG3A 2V7YA 4B9QA 3O8MA 4CZFA 3GBTA 4LC9B 3UB5A 4H0TB 4B1VA 3ATUA 3QBXA 1NGHA 1BUPA 5BPMA 2E88A 4JN4A 5EY4A 3VEOA 3CI5A 1E4FT 4BVPA 4E1JA 2E2PA 1T44A 4C23A 3ID8A 3UKRA 2CH5A 3UE5A 1NM1A 4CZJA 4O8KA 4RWTA 5CE3A 5BREA 1ZBSA 3WT0A 2P9SA 3DXKB 4CZIA 5AQMA 4JD2B 4PL7A 4A2AA 4I6MB 3QB0A 1IG8A 2FLOA 3WEEA 3HBTA 3BF3A 3O6WA 4RCHA 4BR7A 2FF6A 2UYTA 4H5TA 5AFUH 1YVNA 4K41A 1NWKA 4HWIA 3AY9A 4RTFD 3HI0A 3CJ9A 3QBWA 4ISEA 3FZKA 3LL3A 3VENA 5AQUA 2IVOA 5KPTA 1LCUA 3LDOA 3CJ7A 3SLCA 1U2VA 3VEYA 4BRIA 2HF3A 3CJ1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4J2DA 3DOLA 5AQGA 4CFAA 4BWJA 2Q0UA 2Q1NA 3QICA 1VQ4N 4OPAA 4FJ7A 3R6MA 3NDKA 4H4OA 4DFKA 4JKEA 3ZT4A 3QETA 4JKFA 1RCHA 3P38A 4CFCA 3DRPA 1VSEA 2GX9A 1EO1A 3C6HA 3AA2A 3V9ZA 3JS6A 5FRNA 5C2FA 1D5AA 3VQ4A 3CHWA 4CIEA 5LY3A 4FJ8A 5DK5A 3MXJA 4RW8A 4F3TA 2YHXA 4AHVA 4JI8K 4CZMA 3KZBA 4IDKA 4M3WA 3THXB 4Q5VA 2NRVA 1BHLA 5EVZA 2H3GX 1X9MA 2O8FB 3CFRA 1RT3A 5IWAK 4CJKA 3VEZA 4JV5K 3K5MA 4LFBK 2AP1A 3O3GA 4H5VA 3VA3A 1JXBA 1SL0A 2ZF5O 4BY9C 4FLVA 3SI6A 3UKUA 3PY8A 1R59O 3I8DA 3SK3A 3ZEUB 4N41A 1MWKA 2ZQBA 3HM9A 3ZSXA 5AQOA 4CZKA 3ZETB 1YUWA 2E2OA 4JI6K 1CXUA 3N4QA 4GVEA 4ISGA 1QZ6A 3HPGA 2X6SA 1VQON 3MN6A 5M1PA 3C7NB 5B8HA 1S5JA 2A1SA 1QVGM 4IXCA 1XC9A 4ID1A 2A40A 4IBNA 4JHDA 1QQMA 1FKPA 3CMAN 2EWSA 4BE2A 4FYDA 3R9PA 3WQTA 2O8BA 3SUPA 1BI4A 4JLHA 3V9XA 1ZYQA 5EU7A 4K0KK 5FPDA 4LF6K 3EL2A 5AR0A 4K25A 1K8KB 4FL9A 2W42A 3EZWA 2QWRA 1VQ8N 2VG6A 5JS1A 4DTUA 2P9LB 1BIZA 3FZLA 3CQ8A 3DLHA 2HBMA 4NCBA 3NBPA 3PIPL 2RHKA 5JICA 4JKGA 3U3YA 1QHTA 4I9LA 4JRPA 1ZC6A 2V7ZA 4CD3A 1WBDA 1IBMK 1K9MO 1NK4A 3FLCO 4B9SA 3JAMO 5J2PA 5DM6L 3UKRB 3K58A 3NVKA 3VETA 3IUCA 3J7ZO 1VSDA 1YTAA 4CI6A 1Z6RA 4B9VA 3M1FA 3K5LA 1ZBFA 2XY5A 4AHCA 1MU2A 3FZMA 1VSMA 1J9AA 2EX3A 4CJSA 1NG9A 4FK2A 3GE1A 1SUQA 1Q86O 1RGIA 3TSQA 4C1NK 2NUBA 3G0ZA 1MA9B 5JVGL 2YKNA 4C8NA 1ATNA 4DSJA 5AQYA 5E26A 3QLHA 2HB5A 3NF6A 3H1QA 1NNEA 1C1CA 3VQ7A 4DSLA 1T05A 4IWVA 2PYLA 1T8EA 3VPZA 4CJFA 1JCGA 1Y64A 3L4QA 4BR9A 3VTIA 1JLEA 5ADXA 1Z26A 3QIPA 1BCMA 5ELZA 3BEXA 2O8EB 1YT3A 4CCHA 3O1WA 4FWSA 3J81O 2VQFK 5E84A 1BL3A 2HMIA 5AQSA 2DFEA 3E9LA 3MXIA 1NGIA 3OJSA 4ELTA 4FLUA 2F9WA 4HTUA 4QS8A 2FC0A 4CJPA 3N4PA 4DTOA 1O1WA 3L8BA 5FPEA 2IS3A 4CHYA 3HP6A 1Y97A 1N8RO 2OANA 2E2QA 3TAFA 4CIGA 5KQDA 4M3RA 4OGCA 3JSMA 3SQ4A 5BR9A 1WAFA 2BTFA 3RR8A 3FGUA 4FSVA 3C94A 1B9DA 4PKGA 4C8LA 1NLVA 3EKUA 1QQNA 3ZSRA 2HHHK 4MLHA 2O8CA 1QE1A 4JI3K 4FJNA 5HRNA 4OPKA 3THYA 1NGFA 1SQKA 2Z1GA 1NGCA 3K9JA 4KFBA 4DQSA 3I0SA 1YJWN 3HZ6A 3TI0A 1DKGD 4CGIA 2YV0X 4CZLA 4B8AB 2HNDA 4DV5K 3DLKA 2D0PA 4J2AA 1NOZA 3V4IA 4DMNA 4BG9A 5BRFA 2W6LA 2F7TA 3QMLA 2A41A 4B1YB 5JMVA 1NKCA 3MX2A 3CMEN 2XY8A 3MDQA 4CHPA 3G71N 1VSKA 4FJGA 4KB1A 4JKDA 4FOEA 1WNSA 1BQMA 4TSXA 1FKOA 1IKVA 4KI4A 4AH9A 5E41A 4A61A 4O0JA 3BF1A 3AO4A 1VSHA 3VF2A 4E89A 2KZMA 2ZJRL 4BR5A 2KFNA 4MO5A 2ITMA 1SL2A 1RTIA 1P8ZA 1LWEA 4DV2K 2GBZA 2DFHA 5TKWA 2ASOA 4F3OA 5HBMA 5EX5A 2PBDA 4RW4A 1ASWA 4FJXA 4DU3A 5AZJA 1RT5A 4OGEA 2KLAA 3J7YP 1U47A 2OPSA 2ETJA 5M1KA 4N5SA 2FSNA 4GY2B 2D0AA 1B9FA 3AGKA 1JLBA 1RT1A 2IIRA 3DXMA 4CHOA 3KK7A 3ZX3A 4CF0A 2XO7A 2VWJA 4GV6A 4I7FA 1NMNA 2OPPA 3D6RA 3BZKA 3ULEB 3OYMA 4JI5K 3RMBA 4FJMA 1TL1A 1VK0A 3P39A 1ITGA 3SMPA 1C0MA 3PX6A 2QXFA 2YJEA 3CD6N 4X64K 1OVQA 1S1XA 3LP3A 3QIOA 4IDHA 4JKHA 4XH4A 1W0HA 4JKBA 3CCLN 2GUPA 4FLWA 3HOSA 4KTZA 4E1MA 3EZ5A 4CGDA 4HUEA 2QA4N 1D9DA 3CJCA 1EETA 1NK5A 4BRDA 1RBVA 4CHQA 3D2EA 4Z4FA 3HO1A 4ICLA 3O3FA 5SWMA 4ILJA 4CF8A 1T03A 3L6QA 1X3NA 3HVRA 4DCHA 3R8EA 3VQBA 4FJJA 3HTVA 1RBTA 5TKYA 4EZ6A 3KKSA 4WQ4A 3TAQA 1NGBA 4BQLA 3U9ZA 1NK8A 3OBYA 2QEXN 3SJHA 1BG3A 2XRIA 2V7YA 4B9QA 1RDDA 4G1QA 4CZFA 2VGMA 4LC9B 3UB5A 1S1VA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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