1T6CA

Structural characterization of the ppx/gppa protein family: crystal structure of the aquifex aeolicus family member
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
306
structure length
306
Chain Sequence
b'PIMRVASIDIGSYSVRLTIAQIKDGKLSIILERGRITSLGTKVKETGRLQEDRIEETIQVLKEYKKLIDEFKVERVKAVATEAIRRAKNAEEFLERVKREVGLVVEVITPEQEGRYAYLAVAYSLKPEGEVCVVDQGGGSTEYVFGKGYKVREVISLPIGIVNLTETFFKQDPPTEEEVKRFFEFLEKELSKVKKPVDTIVGLGGTITTLAALEYNVYPYDPQKVHGKVLTYGQIKKWFDTFKEIPSEERSKRFRQVEDRRAKVILAGIGIFLKTLEIFEKDCLIVSDWGLREGVLVSEVLKENHS'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords exopolyphosphatase
publication title Structural characterization of the stringent response related exopolyphosphatase/guanosine pentaphosphate phosphohydrolase protein family
pubmed doi rcsb
source organism Aquifex aeolicus
molecule tags Hydrolase
total genus 112
structure length 306
sequence length 306
ec nomenclature ec 3.6.1.11: Exopolyphosphatase.
pdb deposition date 2004-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02541 Ppx-GppA Ppx/GppA phosphatase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1t6cA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 1t6cA02
4FOIA 1C0FA 2CGLA 3FZHA 5AQGA 5CE3A 3UKUB 4BRHA 2E2QA 3GDQA 2F9WA 3C7NB 4EHTA 5E26A 5AQMA 3D2EA 4BRAA 1HKCA 2AA4A 2I7PA 3VEVA 3VF2A 4BRGA 2J4RA 4Z94A 3H45C 5BN8A 3CERA 4MLHA 2P9IA 3LDNA 1LCUA 5KPZA 4ISGA 1BU6O 4CZHA 5BRHA 3A0IX 3ULEA 3D2EB 2QM1A 3O6WA 4B1WB 1DGKN 2F9TA 4FL9A 4FWPA 5AQJA 3WQUA 2ASMA 4FPAA 1K8KA 4F9OA 5KQDA 5AQRA 3BUZB 2P9IB 3P4IA 4IJAA 1QZ5A 4K43A 1GLAG 4BG8A 3ULEB 5BPMA 3L0QA 3VF4A 4B1ZA 1EQYA 2P9NA 3FZLA 1IJJA 4JAXA 4M7YA 3C0BA 2D0PA 4IWVA 1NGEA 2ASOA 1K8KB 1NGAA 3O8MA 3CJBA 1LOTB 3HI0A 3H1VX 4BRPA 3FE1A 2YI1A 4CZKA 3H3NO 3ID8A 4ISFA 2P9NB 3R6MA 1GLEG 1C0GA 1MWMA 2IVPA 4I6MA 4YDUA 1SAZA 4AM6A 2V7ZA 3VETA 2P9UA 3EN9A 3QICA 2ZGYA 3VEXA 5FPMA 5BR9A 4H0VB 4H5TA 4WQ5A 4A2BA 3LDPA 2KHOA 5AQUA 1R59O 1QQOA 4I6MB 5EVZA 3TU5A 2P9SA 1TUYA 3L4IA 2ZGZA 4BC4A 3QB0A 5BRDA 3CJ7A 1ZBSA 4BRQA 5KPTA 1T6DA 1V4SA 2P9UB 4E1JA 1S22A 4H0TB 2A41A 2HF4A 3MCPA 4FWOA 1KAXA 4CZLA 3CJAA 4AM7A 1HKGA 2WUSA 4CZFA 4FWSA 1GLBG 2P9SB 4DB3A 4PKIA 4H0XB 3J8AA 5AQZA 3MN6A 5I9EB 3W3DA 1MDUB 3U9DA 3SMSA 3VPZA 2VCPA 5BPLA 3U9ZA 4HTLA 4MO4A 2QWRA 3ENOA 5KPRA 3A5OC 3HZ6A 2V51B 4FOEA 1HUXA 4FWNA 1KAYA 4B1UB 4Y0WA 3WT0A 3QDKA 1GLJO 1SZ2A 5AQSA 3I8BA 4RCHA 1NM1A 1X9JA 2AP1A 2NRHA 5AQQA 3B8AX 5AQLA 4LC9B 2A5XA 1HJOA 4BR9A 2CH6A 3CIPA 2I7NA 3OHRA 1ESVA 2VYPA 5JLHA 3DJCA 1KXPA 3VERA 4BC2A 4XH5A 3W0LA 3H1QA 2GTDA 4BR4A 1NMDA 4DQ8A 1RGIA 3HM8A 2E8AA 5AQWA 4BRLA 4CZGA 4DHYA 5LY3A 5BPNA 2QWNA 1JCEA 4CBXA 1BO5O 3KZBA 5EX5A 3EZWA 4JHDA 2E2PA 3CI5A 1V4TA 1HLUA 3D2FA 1T6CA 4XH1A 4H5NA 2D4WA 4NB4A 2E20A 4FWLA 3LDLA 3QMLA 4L3QA 2FSKA 1RDWX 4QS8A 4RTFD 4WYBA 5JLFA 4PL8A 2QWMA 3VEWA 4NO7A 3O1BA 4C23A 2CGKA 2FXUA 3QFUA 3AAPA 4JHDB 3VOVA 3CJ1A 4A2AA 1QQMA 4JN4A 3D2FB 3HTVA 2Q36A 4BR5A 4CJ7A 2YCHA 5AR0A 3RSEA 3O80A 4H0OA 2ITMA 3ATUA 2E88A 1BOTO 3JS6A 3O08A 1BDGA 3SMPA 2P9KA 3WEEA 4BVPA 4WQ4A 3H46O 4IO8A 4MLEA 2D0OA 4H03B 2A42A 3FGUA 1GLDG 2CGJA 3ENHA 3BEXA 1QHAA 3BF1A 3RSEB 1XQSC 1X3NA 1ZXOA 4BRCA 4BR0A 2P9KB 1NGDA 3WEEB 2BTFA 3MN7A 2ASPA 2CH5A 1HKBA 4ISEA 4PL7A 1NLVA 3IUCA 4IXCA 1Z05A 2GELA 2QWPA 2Q31A 3D7EO 4CZIA 5BREA 3A5MC 1NWKA 3H6EA 4CBUA 4H5RA 4PKGA 5JMVA 4XEIA 3H3OB 3VGMA 3EL2A 3GG4A 4GNIA 1YAGA 4CI6A 1NGJA 2DPNA 1U6ZA 4BRMA 3A5NC 2P9LA 3CETA 4BQLA 2QXLA 2EWSA 3KHYA 3VENA 4H5VA 3GE1A 5AQKA 5EY4A 3L6QA 3UKRA 5AZJA 1Y64A 4BREA 3WXIA 3DAWA 1G99A 3AARA 2P9PA 2ZWHA 3G25A 1GLCG 3ZEUA 2GUPA 4BQZA 1HPMA 1SQKA 2E2OA 2P9LB 2UYTA 4BC5A 2Q2RA 4CBWA 1BUPA 4YDUC 1JCGA 1X3MA 5AQIA 5AQHA 5AZJB 3UKRB 4BGAA 3FR0A 1QZ6A 1RFQA 2A40A 2P9PB 4FWQA 1DKGD 3ZEUB 2GWJA 3QFPA 4WQ5C 4K25A 2FF3B 3WXLA 5F0XA 3KVGA 1BG3A 2E2NA 3WQTA 5AQPA 4CZEA 1YXQA 1TUUA 3AY9A 2OANA 4BRFA 3VGLA 5KQ8A 4KBOA 4FWRA 4EAHD 3WUHA 3EKUA 4BG9A 4GY2B 4M63C 1GLLO 3LDOA 5AQTA 3U4LA 3FZMA 1DEJA 4BR2A 3IDHA 2NZTA 5F2RA 2HOEA 3ZX2A 2HMPA 4BROA 3DXKA 2YHWA 4H0PA 4B1YB 3DXMA 4IJNA 1J6ZA 2IVOA 5FPEA 1T44A 1ATNA 1H1VA 3A5LC 1S3XA 3O1WA 5FPNA 3HBTA 4JD2A 3M1FA 4IZ9A 1XC3A 4BC3A 5B8HA 1Q18A 5TKYA 3VESA 2YJFA 1WUAA 3LM9A 1NGFA 2Q0UA 5EOYA 1NGGA 3DXKB 5E84A 4CZMA 3DXMB 4A61A 4EHUA 1HX1A 1WOQA 3IMXA 1OKJA 4J8FA 2NLXA 4O5FA 3LM2A 4CD1A 5AQNA 2HF3A 5AQFA 4JD2B 3MDQA 4PKHA 2IVNA 1QQNA 3U8XA 3GBTA 1JCFA 2YJEA 4B1VA 2GEMA 3VEOA 4BRKA 3FZKA 3WXKA 4CD3A 2QWQA 2QW9A 3JXUA 3LDQA 3BF3A 1NGBA 5AQOA 3O4WA 5FPDA 4FSVA 3CHWA 4XH4A 3HSCA 5LJWA 1MA9B 3CJ9A 3M6GA 1E4FT 5F1XA 3O5BA 3S41A 2D1KA 2FF6A 3MMVA 3A8YA 5BRFA 3SLCA 3CQXA 3DWLA 3MN9A 1KAZA 3CJCA 5ADXA 1YUWA 2GWKA 2YHYA 3FLCO 3SJHA 5BN9A 2H3GX 4BRIA 2QWOA 3I33A 4M7XA 4B9QA 3EKSA 2PAVA 2E1ZA 3VGKA 2A6AA 4FO0A 5ADXH 4WQ4C 4BRDA 3SK3A 3QBXA 5AQYA 3R9PA 3FFKB 3EO3A 2QWLA 2W40A 3MK6A 4FWKA 1Z6RA 3UE5A 2ZF5O 5ELZA 4BR7A 2V7YA 4RWTA 3CQYA 4H0YB 3GL1A 3ATVA 1BA0A 3VEZA 3UB5A 1IG8A 5AQVA 3R8EA 5EXWA 2BUPA 3MN5A 2YHXA 4HWIA 1GLFO 1NBWA 2E1YA 1U2VA 3GOIA 5AQXA 2Q0RA 3IFRA 5LJVA 3VF6A 3WXJA 1NGIA 1P8ZA 4DCHA 1ZC6A 3BP8A 4H5WA 2Q1NA 1ATSA 1E4GT 4EFHA 4K42A 4JNEA 4BVOA 3AAQA 2A3ZA 5AZIA 3ZETA 4BGBA 3TPQA 2IIRA 4FPBA 4O8KA 4QS9A 2PBDA 1U2VB 3ZX0A 3FZFA 2FSJA 1XUPO 3F9MA 2V52B 1BWFO 5AFUA 1NGHA 1TYQA 5AZIB 4K41A 4QS7A 4EIAA 5JICA 3ZETB 1ATRA 1MWKA 3LL3A 3QBWA 4CZJA 4MO5A 3UKUA 2W41A 3M3ZA 1BA1A 2Q97A 3C7NA 4FWMA 1CZAN 4B1XB 3VEYA 3ZX3A 4BRNA 1YVNA 2FSNA 5AFUH 2FLOA 1D4XA 1TYQB 2VWBA 4A62A 1NGCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3V1OA 1T7PA 4GMJB 3FZHA 1A5WA 5AQGA 1RT4A 2UXDK 4PY5A 5H1SQ 1N8RO 4AHRA 3VQ7A 4BRGA 4FJKA 4IOAL 4Z94A 1UAXA 1FKPA 5J2QA 1NG9A 3DYAA 4AQYK 2D0CA 4MDBA 1SKRA 3O6WA 4M3RA 3MEDA 3TAPA 1DGKN 4FL9A 4FWPA 3QEXA 5CHIA 2ASMA 2O8EA 4A5BA 4B08A 4JRPA 4ICLA 1W9HA 5KQDA 1FW6A 4I2PA 3PSIA 5BPMA 4DS4A 3ULEB 3U3YA 1IH7A 4JI3K 3VQ6A 4B1ZA 4F2RA 5FRMA 4BWMA 1ZBFA 5M1NA 2E4LA 4IWVA 1NGEA 1Q9YA 2ASOA 3CJBA 3V1RA 3H1VX 3KD1E 4DV1K 4DSJA 2IC3A 3AVGA 3FE1A 4BRPA 3QEWA 3P83D 2P9NB 3C6AA 1SAZA 1SL0A 1OH5A 4CJPA 3LPUA 4FJGA 4A5AA 4CJWA 3EN9A 3VA0A 5BR9A 4PWDA 3MAQA 4WQ5A 3L2WA 5IT9O 2KHOA 1R59O 4CJRA 3SAHA 4BC4A 1XHZA 3CJ7A 2RE2A 4BRQA 1KRPA 1T6DA 2P9UB 4E1JA 1JLCA 2KKZA 3HPOA 3KIOA 4FWOA 3CJAA 2WUSA 2P9SB 3LP0A 2VGNA 4TSXA 5AQZA 3RMAA 3W3DA 3VTIA 3VQQA 1WSIA 3AO4A 4HTLA 4MO4A 2QWRA 3ENOA 4O4GA 1L3TA 2JWKA 3CMAN 3S3NA 3OYDA 3OVNA 1GOCA 4Y0WA 4B1UB 2QKBA 5AQSA 3SUPA 2HBJA 4RCHA 4FVMA 4ZTJA 5KRSA 2A5XA 1W7AA 2O8DA 3CIPA 4FM2A 5AJ3K 3OHRA 4OPKA 3O3HA 2VYPA 4LH5A 5JLHA 5I42A 1KXPA 1WAFA 3NH0A 4XH5A 3W0LA 5C25A 3H1QA 1TKZA 2O4GA 4E7IA 3MX2A 4F3TA 4DQ8A 3HM8A 4DTNA 2E8AA 4JK8A 1TL3A 4ZHRA 1LWCA 2EHGA 4CGJA 1HJRA 3OA9A 3O4QA 4CBXA 2QK9A 1BO5O 1ZBLA 1OH6A 4DFJA 4DTUA 4JHDA 1NJWA 1JLAA 1T6CA 3D2FA 3NF6A 2D4WA 3DRSA 4NB4A 4DR4K 3LDLA 2PYLA 4LF8K 1YHQN 4QS8A 4B3SK 4O8UA 4CE9A 1J54A 4EP4A 4U67L 4CHQA 1ZBUA 3I0SA 3BGRA 4GKJK 3DMJA 4M3XA 2ITMA 3ATUA 3VQ4A 3O08A 4JK9A 3RVCA 2OPSA 3KD5E 4F4KA 4IO8A 4CEOA 3K9KA 1RDUA 3FGUA 4DV5K 1FJGK 3TWHA 2O8CA 4JI7K 1Q82O 4Q5VA 4GVEA 1QHAA 5CY4A 1TAQA 2UXCK 3BY5A 1BGXT 4K0KK 1ZXOA 4IEIA 3Q7CA 1WAJA 4OVLA 3MN7A 3TTCA 4JI1K 4IXCA 1YVUA 2GELA 2Q31A 4NYNA 3U3GA 4CHNA 4X62K 4PKGA 4XEIA 3VGMA 1YT3A 1YAGA 4CEEA 2XY8A 3AVKA 1IKXA 3LAMA 1NGJA 3A5NC 1GOAA 2P9LA 2PFUA 2EWSA 3KHYA 3VENA 1KLNA 4CJUA 2OZMA 1DT9A 1U48A 5AQKA 3HO1A 4AHCA 1EETA 1XMQK 3ZSYA 2B6AA 3C6HA 1TKDA 1RTDA 2UYTA 4BC5A 1CZ9A 4IDHA 4E89A 1VQ6N 4CF8A 3SUNA 3UKRB 2NRZA 4BGAA 2G8VA 4W5QA 1QZ6A 2NRRA 4CJSA 4W5OA 4Z4GA 4WQ5C 3KVGA 1S1WA 4CECA 2QA4N 3WQTA 5AQPA 5GADP 4CZEA 3RMDA 1YXQA 3DLEA 2OPRA 2BGGA 3SUOA 4DTPA 3AY9A 4B9VA 4I9LA 1DTTA 3VGLA 4MDAA 4EAHD 3EKUA 3BDPA 5CYMA 4KTZA 3DI6A 3VQ8A 4CK3A 5AQTA 3QEPA 4HUFA 4BR2A 2YNIA 4N47A 4BROA 3O9RA 1QTMA 3CFOA 2IVOA 1U4BA 4CF9A 1T44A 1ATNA 2G8KA 3A5LC 3V6DA 1XNRK 4DV4K 1RT1A 2O8FA 1NK5A 3M1FA 4IZ9A 5B8HA 5TKYA 1NK7A 1RT2A 1WUAA 2YJFA 3JYTA 3KKSA 5EOYA 3SQ2A 4CZMA 3DXMB 4JKDA 4IDKA 3WNEA 1HX1A 4C8OA 1VSIA 5AQFA 4HVJA 1WSJA 4Z4FA 4YNQA 3DOLA 3GBTA 1L3SA 3ENBA 1KC8O 3CC4N 1JCFA 1VQ5N 3P38A 3OYLA 1UA1A 4W5RA 1VQON 2QI2A 2QW9A 3SZ2A 1T8EA 1IKVA 1RT7A 3K9JA 3HP6A 5AQOA 3O4WA 1S9GA 5LJWA 3CJ9A 3T7ZA 3M6GA 2OPQA 2HNZA 1SS6A 4H4OA 3ISNC 3S41A 4M3TA 2YV0X 4FVUA 1WSHA 4IFYA 2IS3A 3FLCO 3D6RA 3SJHA 3FFIA 5BN9A 3LWMA 3IRXA 4BRIA 2QWOA 5JVGL 4M7XA 3D0PA 2F8SA 2ETJA 3M8PA 4B9QA 3CCSN 1NK6A 1IKWA 2PAVA 2A6AA 4JRQA 3P39A 2ZJRL 2RF2A 2ZM6K 1NJXA 3SQ4A 5AQYA 3R9PA 1DLOA 3CM5A 2ZJQL 5LMNK 1YIJN 2W40A 3MK6A 1Z6RA 5JVHL 1RILA 2V7YA 4IOCL 2VGMA 3OS2A 1EKEA 3K0SA 1IG8A 1KVAA 1QS4A 5AQVA 4WF9L 3DLGA 3R8EA 2BUPA 3KK2A 1GLFO 1NBWA 2E1YA 4KO0A 5AQXA 2Q0RA 1REVA 1P8ZA 4ILGB 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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