The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
|
sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| publication title |
N(6)-methyladenosine in mRNA disrupts tRNA selection and translation-elongation dynamics.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
27
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| structure length |
119
|
| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-12-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4KHP K; 4DR3 K; 4B3T K; 1I94 K; 2UUC K; 1N34 K; 4V19 S; 2UXB K; 4AQY K; 4NXN K; 1FJG K; 4JI1 K; 4DUY K; 4JYA K; 4DR5 K; 3T1H K; 1XNQ K; 5BR8 K; 4DR6 K; 4DV2 K; 2UU9 K; 4JI2 K; 4JI8 K; 4LF4 K; 1IBK K; 2VQF K; 2HHH K; 4DV6 K; 1HNW K; 4JI6 K; 3J81 O; 3JAM O; 3T1Y K; 1N32 K; 5LMN K; 4JI3 K; 1XMO K; 4DR7 K; 4B3R K; 4DR1 K; 4JI0 K; 1XNR K; 2UXC K; 4LF6 K; 4DV3 K; 2UXD K; 4OX9 K; 4LFC K; 4LF9 K; 2F4V K; 4X62 K; 4LF8 K; 1XMQ K; 1N36 K; 4LF5 K; 4X66 K; 2UUB K; 4X65 K; 4DR2 K; 4B3S K; 5LL6 Z; 5IWA K; 4YHH K; 2UUA K; 4JI5 K; 2VQE K; 4NXM K; 5A2Q O; 4DR4 K; 4DUZ K; 4K0K K; 4LF7 K; 5IT9 O; 5FLX O; 4CW7 B; 4X64 K; 4JV5 K; 4LFB K; 2E5L K; 5AJ3 K; 3OTO K; 1N33 K; 4DV5 K; 4DV4 K; 4DV1 K; 1IBM K; 4GKK K; 4JI4 K; 5LMU K; 3J7A P; 4CVN E; 1IBL K; 4B3M K; 4JI7 K; 4DV0 K; 1HNX K; 4YY3 K; 4GKJ K; 3J7Y P; 1J5E K; 2ZM6 K; 1HR0 K; 4DV7 K; 1HNZ K; 3J80 O; 4LFA K; #chains in the Genus database with same CATH topology 5H1S Q; 3K59 A; 4CJ4 A; 5FRN A; 1XHX A; 3G10 A; 1ZBL A; 4DR3 K; 4DHY A; 4A2B A; 1YJ9 N; 4I7F A; 1W97 L; 5FRO A; 4CHO A; 3DRP A; 3TU5 A; 2VWJ A; 4KHU A; 4JAX A; 4H0P A; 3NF9 A; 1NK8 A; 1QSY A; 1SAZ A; 2ZQB A; 2YNI A; 3JS6 A; 4Y1D A; 5BRH A; 4CZI A; 2BH1 A; 5I42 A; 4M3T A; 1XQS C; 2QXF A; 5AQF A; 3AA4 A; 3C95 A; 4YDU C; 4M41 A; 1HLU A; 3J81 O; 1S1X A; 4PHT X; 3ULE B; 1NG9 A; 3PX4 A; 2CGK A; 3OYJ A; 4OPH A; 5EU7 A; 2WBN A; 1XMO K; 4LH5 A; 3NDK A; 1IO2 A; 2IGI A; 4NCG A; 3MXM A; 3TTC A; 3TWH A; 1XNR K; 4FOI A; 1X9J A; 4IO8 A; 5CYM A; 2D0C A; 2UXD K; 4B1X B; 4CIG A; 3ITH A; 4N47 A; 4CF9 A; 4A59 A; 3D45 A; 1VSH A; 3JYT A; 1NKB A; 3ID6 A; 4CHQ A; 4JKH A; 3OYK A; 1JLB A; 1RTI A; 4X66 K; 1RT7 A; 4IFV A; 3W0L A; 4X65 K; 4E1J A; 2G8I A; 3EY1 A; 1BQN A; 4BWM A; 5GIP A; 4YOY A; 3KIO A; 2NRT A; 3IKM A; 2P51 A; 4BC4 A; 4LF7 K; 3D2F B; 1IG8 A; 2BUP A; 2IDO A; 3SBT A; 2RN2 A; 1NK6 A; 4CHN A; 3THX A; 2RHK A; 1MU2 A; 3NGI A; 1VQM N; 3AO5 A; 1IBM K; 1D9F A; 1P90 A; 4JI4 K; 4DTX A; 2RF2 A; 3EEQ A; 4RW9 A; 2YKN A; 1WSH A; 3O9U A; 3CYM A; 3KK3 A; 5KPR A; 2QKB A; 3V9Z A; 3DLE A; 4FWO A; 5KQ8 A; 5EX5 A; 4FJN A; 5EXW A; 4O4G A; 3K9K A; 4WFN L; 2HHV A; 1BI4 A; 3CC4 N; 1CZB A; 3VTI A; 1RBT A; 2HHW A; 4DTM A; 5C12 A; 4IWV A; 1YVU A; 2ZWH A; 5AQN A; 1S3X A; 3ZSY A; 4JK7 A; 1TVR A; 3RWU A; 1ZBF A; 4B8A B; 4GV6 A; 1BWF O; 1HJO A; 4DR5 K; 3EL2 A; 1TL1 A; 4IZ9 A; 3KK2 A; 4KB0 A; 1W0H A; 1ASU A; 2Z1G A; 4JKG B; 3D7E O; 1QSL A; 3L4Q A; 5HRR A; 4JKF A; 4I9Q A; 1S1V A; 1Y64 A; 2GV9 A; 2QWO A; 3D6R A; 4FJJ A; 2BDP A; 3QIN A; 4FM0 A; 3OYB A; 5ADX H; 3QDK A; 4IKF A; 5FPE A; 3VEZ A; 4ISF A; 4BVO A; 1ZBI A; 1TKT A; 3NAE A; 1VQN N; 4C8M A; 2HMP A; 3QET A; 3MN6 A; 4LF5 K; 3SMP A; 3ZX3 A; 3F2K A; 1X9S A; 3F73 A; 4I6M B; 4DR2 K; 2UUA K; 2KHO A; 2A40 A; 1EX4 A; 3V6D A; 1D8Y A; 4CHZ A; 1KCF A; 1QSS A; 3M3Z A; 4DB3 A; 2E1Y A; 2Q0U A; 4BRC A; 5AJ3 K; 1J9A A; 3WNF A; 3QO9 A; 3SYZ A; 1CLQ A; 1VSE A; 3AVL A; 3ZSZ A; 3HL8 A; 4E19 A; 3U3G A; 4CED A; 4FOE A; 1YUW A; 3H3N O; 1UOC A; 4H5N A; 5HRN A; 3AVH A; 3NHG A; 4BE2 A; 1J53 A; 4F4K A; 4JI7 K; 5AR0 A; 1RDW X; 3EYZ A; 4B9T A; 3LP0 A; 4HUE A; 4BRL A; 2O8E A; 4Y0W A; 4DTO A; 2VG6 A; 1NGD A; 1HPZ A; 2IVP A; 1TYQ B; 3JSM A; 1J6Z A; 1GLJ O; 1OVY A; 3O4W A; 4AM7 A; 3SQ2 A; 4M7X A; 3FLC O; 1C0M A; 3NH2 A; 3UKR B; 2P9I B; 1RBV A; 1GOA A; 5AQG A; 4DSJ A; 2BAN A; 3VA3 A; 1FJG K; 3VGL A; 4JI1 K; 4HUG A; 4UY8 O; 4J2A A; 4G9Z A; 3T1H K; 2JWL A; 1L5U A; 2JWK A; 2NRH A; 4CJL A; 4MLE A; 4KKO A; 4BR7 A; 4Z4I A; 2ZGZ A; 5C0Y A; 3MEG A; 4DQQ A; 2Q1N A; 4LC9 B; 3OYN A; 3VA0 A; 1IKY A; 2D1K A; 5LY3 A; 3U3Y A; 4HTU A; 3HRG A; 4BR2 A; 3CF5 L; 1XC3 A; 4NLB A; 1VSL A; 4CEB A; 3LZI A; 5M1K A; 2HVH A; 3LPU A; 4DV3 K; 2FXU A; 4CZM A; 3PY8 A; 3MK6 A; 3DWL A; 1HQE A; 3NE6 A; 3NMU A; 1X3N A; 4C8K A; 4B1U B; 4CJU A; 2XHB A; 3C0B A; 5AQO A; 4MDB A; 4E7I A; 1DEJ A; 1KXP A; 1RDD A; 5CHI A; 3MMV A; 2GUP A; 1RBS A; 4ELU A; 1MWK A; 4Q5V A; 4NXM K; 2FF6 A; 1BOT O; 3H46 O; 1W9H A; 3HST B; 1UA0 A; 5GIO A; 3SQ4 A; 4DSL A; 2WFB A; 4F2R A; 4LFB K; 2P9S B; 5AFU A; 2P9N A; 4E7K A; 1JLC A; 1Q8I A; 3KJV A; 2VCP A; 4CJT A; 3GDQ A; 3VEY A; 3CJ9 A; 5KQD A; 1BO5 O; 1IBL K; 1NGA A; 3SMS A; 1SV5 A; 2B6A A; 4FWN A; 4CIE A; 1YF5 L; 2GWJ A; 1KAX A; 4GKJ K; 4JRQ A; 3WQT A; 4A2A A; 1U4B A; 3NGZ A; 3CME N; 1ILY A; 3HM9 A; 5J2P A; 2HBJ A; 1EWR A; 4HVJ A; 4CEQ A; 4M3R A; 4FLT A; 4A5B A; 2ITG A; 4BRM A; 3TTD A; 4BRE A; 1N34 K; 2DFH A; 3AVG A; 4V19 S; 3DLG A; 4NXN K; 3NFA A; 5M1N A; 3WEE B; 3KKS A; 1T8E A; 2HST A; 3VTH A; 3ZSW A; 1Q86 O; 5CE3 A; 2LSN A; 4BQZ A; 4FLZ A; 4CHP A; 2JGU A; 3D0P A; 5LJW A; 3HPO A; 3B8A X; 4DV6 K; 4KRE A; 4B9S A; 5CY4 A; 2G8V A; 3THV A; 4FVU A; 1TL3 A; 3CQY A; 3THW B; 2E2N A; 3LDQ A; 3SLC A; 1M90 O; 1RDA A; 4IFE A; 4BRQ A; 4CK3 A; 3OYG A; 4FWK A; 4DR7 K; 1SZ2 A; 4GNI A; 4ILG B; 2ZE2 A; 4WQ4 A; 4DR1 K; 4CJ7 A; 1U6Z A; 3SAG A; 4DF4 A; 4FO0 A; 2G8F A; 1YXQ A; 4N76 A; 4FJ9 A; 4OX9 K; 2NRZ A; 1KLN A; 3BF3 A; 1CZA N; 3WXL A; 4FJM A; 4CZJ A; 3PX6 A; 3EKS A; 1FK9 A; 2HMI A; 3AGR A; 4GY2 B; 4KI4 A; 3V1R A; 2P5O A; 3TAP A; 4XEI A; 2P9L A; 2HNZ A; 4DUZ K; 3DOL A; 2CH5 A; 1TKX A; 3WXI A; 5LJV A; 2QWM A; 2F9W A; 4YOX A; 3RR7 A; 4CEC A; 1HNV A; 3C94 A; 3TAF A; 2VGM A; 3QFU A; 3VQ5 A; 2IAJ A; 3J8A A; 3OYC A; 1HKG A; 2O8F A; 3Q7B A; 4DV4 K; 4KB1 A; 5C24 A; 4WFA L; 3RRH A; 1GLC G; 1S9G A; 2QWN A; 3A8Y A; 3MWP A; 3HOT A; 4FJ7 A; 4JEP A; 3DLR A; 3H6E A; 1BIU A; 2OZS A; 3DOK A; 3FZK A; 4PL8 A; 4JKC A; 4CK1 A; 1NM1 A; 2J4R A; 1NK9 A; 3HM8 A; 4DG1 A; 5HRS A; 3LDN A; 3VF2 A; 3V9X A; 1W2B M; 4DQI A; 2XY6 A; 4H0X B; 1A5X A; 1ZXO A; 3QNN A; 5AQZ A; 1OH8 A; 1E4F T; 1IG9 A; 3CCR N; 4JD2 A; 3JXU A; 5CYQ A; 1NK4 A; 3LM9 A; 4DQ8 A; 1BA1 A; 5F1X A; 5MLC Q; 3K5M A; 2G8K A; 3F9K A; 2ITM A; 3I0R A; 4M45 A; 4YOR A; 3MN7 A; 5BR9 A; 1LW0 A; 1V4T A; 2YHB A; 3EN9 A; 3D2E A; 4CJP A; 2D4W A; 2HOE A; 1RT4 A; 2HBK A; 1ZBU A; 1YTU A; 1C6V A; 2DFE A; 3IMX A; 4M3U A; 4Z4E A; 4FPB A; 2HHH K; 4K43 A; 3V1O A; 5C10 A; 5ADX A; 4B9V A; 2HBL A; 3VQQ A; 4JS5 A; 3L6Q A; 2EHG A; 3FFK B; 5FPM A; 4WF9 L; 1NGG A; 5CR4 A; 5AZJ B; 1KVC A; 1VSK A; 3DXK A; 4FWM A; 2V51 B; 3ZET A; 4FLV A; 4AHS A; 3PO4 A; 5AQS A; 1NBW A; 3CJB A; 2XO7 A; 3PLA A; 3TSU A; 3QEW A; 3ZSO A; 2WON A; 1P8Z A; 2PAV A; 4LF6 K; 4WE1 A; 3O9R A; 3VEV A; 1NGB A; 3AAQ A; 1EP4 A; 1C0U A; 3T1A A; 2F4V K; 3LAM A; 3EE9 A; 2O4G A; 3OYF A; 1GOB A; 1LCU A; 2O4I A; 1RT3 A; 1HX1 A; 2ZD1 A; 4G1Q A; 3TAE A; 3TAB A; 1S9E A; 3NBP A; 1ZYQ A; 4B9U A; 2G8H A; 3N4Q A; 3GOI A; 3G25 A; 2HVI A; 4KHN A; 3VQB A; 3H45 C; 4CGD A; 2O8B A; 3QB0 A; 1VRU A; 1YAG A; 3HBT A; 4OO1 J; 2E8A A; 4KPY A; 3KLH A; 5GAE P; 4NYN A; 4AHR A; 1YJN N; 4ICL A; 5M1Q A; 3DLK A; 1TGO A; 4CJ5 A; 4OLA A; 1BU6 O; 3HVT A; 3O9T A; 3ATU A; 4FJI A; 1OH7 A; 3CPE A; 3EE8 A; 2W41 A; 4WFB L; 4O5B A; 2PY5 A; 4KV8 A; 4J8F A; 2QTD A; 1HNX K; 3ZSQ A; 3CCL N; 1TAU A; 2BTF A; 5HOO A; 3L2W A; 4MFB A; 5SWM A; 4W5R A; 4KI6 A; 4LFA K; 5AQQ A; 4QS8 A; 1X9M A; 1DT9 A; 4OPK A; 1N5Y A; 4EP5 A; 3U4L A; 3TAG A; 4N56 A; 2P9U A; 4BDZ A; 2CGL A; 3THY A; 4B9Q A; 1HRH A; 3H1Q A; 4CJF A; 2D0P A; 4AQY K; 1HQU A; 3K5N A; 2UXB K; 1JXE A; 3DM2 A; 1RDU A; 1VSF A; 2ZGY A; 1WLJ A; 1EXQ A; 3THX B; 3MEC A; 1IBK K; 1EO1 A; 2QWR A; 1U47 A; 5J1E A; 1SKW A; 4C8L A; 4M42 A; 4CEZ A; 2G8U A; 4BGA A; 1KLM A; 4CGF A; 1XUP O; 3CJ1 A; 5DMR A; 4PKI A; 3EO3 A; 1NMD A; 1QE1 A; 4L3Q A; 5ELZ A; 3CCS N; 1VQ8 N; 1BHL A; 4PL7 A; 2AA4 A; 1BI4 B; 3MCA B; 2ZJP L; 3LDS A; 4M3Z A; 1BCO A; 1WAJ A; 1NGE A; 1BA0 A; 1KTQ A; 5BN9 A; 3WQU A; 4LFC K; 4KHQ A; 2W42 A; 2NLX A; 4CF2 A; 1LWF A; 3A5N C; 4C23 A; 5M1O A; 5JMV A; 3TAN A; 4DTU A; 1KQS M; 3E9L A; 4CJQ A; 3BGR A; 3ENB A; 1GLA G; 4KTZ A; 1D9D A; 4AHT A; 2F9T A; 1U2V A; 1VQK N; 5AQW A; 1ZC6 A; 4RG8 A; 5C42 A; 1OH6 A; 4B1V A; 4GW6 A; 4ISG A; 3NF6 A; 1YTA A; 2CGJ A; 4FLX A; 3RSE A; 4WQ5 A; 2ZF5 O; 1E3M A; 4M3W A; 1NJZ A; 3M8P A; 4GKK K; 1SKS A; 2P9K A; 4A61 A; 1KAZ A; 3G4S N; 4JK9 A; 1LAW A; 3TPQ A; 4OPJ A; 3SV3 A; 1IH7 A; 4EHU A; 4H5W A; 1JLA A; 5DM7 L; 3VQ6 A; 4H4O A; 1RT1 A; 3RMC A; 4B3M K; 3SAH A; 4H4M A; 3CI5 A; 1QHT A; 3ZSV A; 4DU4 A; 3O6W A; 5JS1 A; 3S3O A; 2QM1 A; 3GL1 A; 1I94 K; 1ATS A; 3DYA A; 1QQC A; 2YHW A; 2VG7 A; 3V1Q A; 3HOS A; 3DLH A; 5JS2 A; 1JLE A; 3AVC A; 4DTS A; 4BR5 A; 1FKP A; 3L0Q A; 4OVL A; 1H1V A; 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3M5R A; 3LL3 A; 4DCH A; 3OYD A; 5AQY A; 3FZH A; 4BRH A; 1Q7Y O; 5AQR A; 4B9M A; 4FZX C; 3FZL A; 3OBW A; 4F3T A; 4AHV A; 4KHY A; 5CZ1 A; 3CJC A; 4O0I A; 4JI8 K; 3K5O A; 2P9N B; 3DMJ A; 1TV6 A; 3VQ8 A; 4ID5 A; 4OJR A; 4E1N A; 2QI2 A; 2WC9 A; 4U7B A; 2NUB A; 4ILJ A; 3JAM O; 3T1Y K; 2FSK A; 2YNH A; 3ZYY X; 1N6Q A; 3DI6 A; 4HHT A; 3KK1 A; 1IKW A; 2AJQ A; 2PYL A; 4FW1 A; 1Y97 A; 3A0I X; 3H08 A; 4O55 A; 1RTJ A; 2FSJ A; 3VPZ A; 4CBX A; 4IOA L; 5GIN A; 1Z26 A; 3IFR A; 4JS4 A; 3NH0 A; 1NJW A; 3P31 A; 4IDK A; 3E9P A; 1V4S A; 3PSI A; 1K8A O; 3KK7 A; 3QEP A; 3MX5 A; 4R79 A; 4O8K A; 1Z25 A; 4DWI A; 4DFJ A; 1QS4 A; 1WSI A; 4KBO A; 4MO4 A; 1Z6R A; 3PSF A; 3FR0 A; 2KW4 A; 1VQP N; 2PZS A; 3HZ6 A; 5TKY A; 2HND A; 4NO7 A; 5FLX O; 4OGC A; 4IOX A; 3P5J A; 2O8C A; 4E0D A; 4JKB A; 3LDO A; 1KD1 O; 4BRF A; 3V4I A; 2G8W A; 2KZZ A; 3KD1 E; 4FWS A; 3VER A; 3I56 N; 4PUO A; 1NWK A; 4BAC A; 4BG8 A; 3TAQ A; 1L3V A; 2ETJ A; 4E3S A; 2O8D A; 3O08 A; 4J2B A; 2PYJ A; 1VSJ A; 2VWK A; 3VQ9 A; 4YY3 K; 3BF1 A; 4E89 A; 1S1U A; 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