The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
N(6)-methyladenosine in mRNA disrupts tRNA selection and translation-elongation dynamics.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| total genus |
27
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-12-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4LFA K; 5IT9 O; 4DR6 K; 4X64 K; 3T1Y K; 5LMU K; 4DV1 K; 4DV2 K; 2E5L K; 4JV5 K; 4LF5 K; 4KHP K; 4GKJ K; 2VQE K; 1N36 K; 1HR0 K; 4B3T K; 1N34 K; 4CVN E; 4DV5 K; 2UUC K; 4LF7 K; 1XNR K; 1FJG K; 1XMQ K; 2HHH K; 4X66 K; 4JI4 K; 2UUA K; 1IBM K; 2UXB K; 4AQY K; 4DR1 K; 4DV4 K; 5A2Q O; 4CW7 B; 4OX9 K; 3J7A P; 3J80 O; 4DR5 K; 4JI8 K; 4GKK K; 4DR3 K; 4DV6 K; 4YHH K; 3OTO K; 4LF8 K; 4JI3 K; 4DR4 K; 4B3R K; 1XNQ K; 4JI6 K; 4V19 S; 4DUZ K; 4DV0 K; 1N33 K; 1J5E K; 4DV3 K; 4LF6 K; 4LFC K; 1HNX K; 5BR8 K; 3JAM O; 2UXC K; 4B3M K; 1HNZ K; 4JI5 K; 4DV7 K; 2ZM6 K; 5LL6 Z; 5IWA K; 4LF9 K; 4X65 K; 4K0K K; 1IBK K; 4LFB K; 1XMO K; 1I94 K; 4NXN K; 4JI1 K; 5AJ3 K; 2VQF K; 4DR2 K; 5LMN K; 4JI7 K; 4LF4 K; 2UU9 K; 5FLX O; 1N32 K; 4X62 K; 4JI0 K; 4NXM K; 4YY3 K; 4JI2 K; 4DR7 K; 4B3S K; 2UXD K; 3J81 O; 3J7Y P; 2F4V K; 1HNW K; 2UUB K; 4JYA K; 1IBL K; 3T1H K; 4DUY K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1QVF M; 4K42 A; 3WQU A; 3SUP A; 3NDK A; 3T1Y K; 2Z1H A; 1ESV A; 1GLC G; 3UKR A; 4KO0 A; 3ZSO A; 1E4G T; 1K73 O; 3G10 A; 3TSU A; 1BI4 A; 1N34 K; 4CGD A; 3C6A A; 3H3N O; 2D1K A; 1TV6 A; 2P9S B; 3WXM B; 4CZG A; 3F5T A; 3MX2 A; 1NOY A; 2VWK A; 4IOX A; 1YIT N; 1WSH A; 5JVH L; 4H5N A; 1A5W A; 4MQ3 A; 3SV3 A; 4RW4 A; 4U7B A; 3W0L A; 1NJW A; 2B6A A; 1U48 A; 3E1Y A; 4CIG A; 3HP6 A; 3SMP A; 3IKM A; 1M90 O; 4BRC A; 3C95 A; 3SQ2 A; 4CJS A; 4BGB A; 2F8S A; 1YTU A; 1TK0 A; 3LAN A; 3JYT A; 3CER A; 3VQP A; 1WLJ A; 1E4F T; 2FLO A; 1EKE A; 1HNV A; 4XIU A; 4M3U A; 1G15 A; 5AQX A; 4W5Q A; 3PUF A; 1W9H A; 4KHQ A; 1QE1 A; 4DUZ K; 2YKN A; 2E1Y A; 3H08 A; 1S6P A; 2J4R A; 3SUO A; 1VQO N; 2YHW A; 3ITH A; 4BR2 A; 3JAM O; 5JIC A; 3SAG A; 2G8H A; 3CF5 L; 1YJW N; 3SQ4 A; 5M1P A; 4BRN A; 2V51 B; 5KRS A; 5K14 A; 3QEP A; 4JKH A; 1IBK K; 3EY1 A; 4C8L A; 3AVM A; 4FZZ A; 4CHO A; 4B08 A; 4A62 A; 1BWF O; 1DKG D; 4CEE A; 3HOT A; 2HMP A; 3U8X A; 1WSG A; 2HB5 A; 4IG0 A; 4MO5 A; 4KTQ A; 2W40 A; 5AZJ A; 4FM2 A; 3K58 A; 4EIA A; 3I33 A; 3V1O A; 3CPW M; 4CZE A; 1WOQ A; 1TKT A; 3FZL A; 3CME N; 2HBL A; 4B1V A; 2QWM A; 3WNE A; 3THW A; 1MU2 A; 1WSJ A; 4PKI A; 3THX A; 3H1V X; 5AQG A; 1VRT A; 2GTD A; 1HYS A; 3Q7C A; 4BRM A; 2NRW A; 4LY7 A; 3TAR A; 4ELU A; 4O44 A; 4DV2 K; 4CEO A; 1J6Z A; 4A59 A; 4FJN A; 2O8B B; 4UQG A; 3TAQ A; 3MK6 A; 2E2Q A; 5BPM A; 4CK2 A; 3LPU A; 3L6Q A; 4BRD A; 1FKO A; 3D2E A; 4O8U A; 3WEE B; 2JWK A; 4CJR A; 3LZI A; 1BUP A; 3RR8 A; 1WSI A; 3H1Q A; 1RT4 A; 3P5J A; 1VRU A; 3QNO A; 3EZ5 A; 1FK9 A; 4Z0U A; 4O8K A; 2HVI A; 4JS4 A; 2GEL A; 2X6N A; 3KWG A; 4KTW A; 4BRK A; 3QEV A; 1Y97 A; 3DAW A; 4Z4G A; 3RSE A; 4A57 A; 1NK8 A; 4RW8 A; 2X74 A; 1ITG A; 1Y64 A; 1NG9 A; 3L2W A; 1OH7 A; 3GL1 A; 5C10 A; 2D0B A; 4JKB A; 3KZB A; 4YHH K; 2O8F A; 2QWO A; 1K8A O; 1QSY A; 3GE1 A; 4C1N I; 4KFB A; 3TAM A; 4JHD A; 4FW1 A; 3HM8 A; 1BCM A; 1NJX A; 4BAC A; 4FLV A; 4CD1 A; 3CQY A; 4PL8 A; 3LAK A; 4FWR A; 4ICL A; 4DFM A; 3C7N B; 3H45 C; 4IG3 A; 4OPA A; 5EX5 A; 3ZSV A; 4JK8 A; 1ZYQ A; 1QSL A; 1XC3 A; 3KJV A; 5TKY A; 3VOV A; 4PQU A; 1DEJ A; 3MWP A; 3O1B A; 3R8E A; 1JLA A; 4OVL A; 1Q8I A; 2ZQB A; 4DCH A; 3VQ7 A; 1EXQ A; 4CGG A; 3HOS A; 3K5N A; 2F9T A; 1TK8 A; 2V52 B; 4NXM K; 1XWL A; 1W97 L; 5E41 A; 2UXD K; 2FF6 A; 1KFD A; 1MWK A; 4DTU A; 5HLF A; 2WUS A; 3V6D A; 3O4Q A; 4OPJ A; 1BA1 A; 5AQL A; 1HJO A; 4FWN A; 4F2R A; 4DR6 K; 2YNI A; 3THY A; 2P9U B; 3TAP A; 2E88 A; 4H4O A; 2FXU A; 4YOU A; 3VQE A; 1RDD A; 4GV9 A; 4JLH A; 3SJH A; 4FLW A; 1RBV A; 2RHK A; 4I7F A; 2YKM A; 5LJV A; 4PL7 A; 4I2Q A; 4EFH A; 4IFE A; 2UUC K; 4OKJ A; 2FBX A; 2R7Y A; 2RF2 A; 2UYT A; 1NLV A; 4JAX A; 3PV8 A; 1J53 A; 4C8K A; 2IGI A; 3GBT A; 3PSF A; 3CCM N; 3NH0 A; 3T69 A; 4U67 L; 4N5S A; 3JXU A; 2CH6 A; 4OX9 K; 2ITG A; 1KVB A; 4JKC A; 4ISF A; 3VEO A; 2F9W A; 2HHT A; 3PO5 A; 2QM1 A; 5FPN A; 3OYB A; 5C0Y A; 4FWQ A; 3WXJ A; 1NJZ A; 4DQ8 A; 4ISE A; 4HCB A; 4DSE A; 3SQ1 A; 4DF4 A; 1J5E K; 5C24 A; 3NVM A; 4K25 A; 4CI6 A; 3RMB A; 5KTQ A; 1JLE A; 5BR8 K; 4PKH A; 5HOO A; 1BI4 B; 3CJC A; 4CF1 A; 3AO4 A; 4PKG A; 3MXM A; 3AVI A; 3IAY A; 4J2E A; 2QWR A; 3TAE A; 3VA0 A; 3HK2 A; 1S1W A; 1QZ6 A; 1BGX T; 1RBS A; 3DLH A; 3PX4 A; 3KLH A; 2KFN A; 4LH5 A; 3O5B A; 2GEM A; 4XH1 A; 4Z94 A; 1WB9 A; 1NK6 A; 4K8X A; 1VQP N; 5AQF A; 3DI6 A; 4DTX A; 4NCA A; 1QHT A; 4JI2 K; 5AFU H; 3DXM B; 1SZ2 A; 5J1E A; 1BOT O; 3QFP A; 1RDA A; 1VQ6 N; 4JYA K; 1Q81 O; 4N56 A; 1L3U A; 5JLH A; 4E19 A; 1T6C A; 4CHN A; 3M8S A; 1HUX A; 3HSC A; 1YTA A; 2HHX A; 1IG8 A; 1O1W A; 3O9R A; 4PUO A; 3MN6 A; 1VSF A; 3NF7 A; 3J7Z O; 4FW2 A; 1VQK N; 3VF4 A; 3AAR A; 2ATQ A; 4GKJ K; 4M3X A; 5GAH P; 3BP8 A; 2QWN A; 5CYQ A; 5HL7 L; 3HJF A; 5CZ2 A; 3OHR A; 3G25 A; 2AJQ A; 2P51 A; 2P9P A; 4BVO A; 1B9F A; 2O8D A; 4CJ3 A; 2NRR A; 5ADX A; 3L2U A; 2F96 A; 4ZTJ A; 3DMJ A; 2AP1 A; 1XQS C; 3SCX A; 5HRR A; 4KI4 A; 2Z1I A; 4CD3 A; 4KH5 A; 4CZH A; 3WQT A; 1YF5 L; 4FJJ A; 3AO1 A; 4OLA A; 1HKB A; 4DR1 K; 1TKZ A; 5AQN A; 4ILJ A; 3KLI A; 2VG7 A; 1RDU A; 4IOA L; 4C8M A; 3THW B; 2HND A; 4FJ9 A; 4DTJ A; 3THX B; 2HNY A; 4WQ4 A; 3OYC A; 2YX6 A; 4F9O A; 3TWH A; 1Q9X A; 4BR4 A; 4KB0 A; 3O9Q A; 1QSS A; 4IJA A; 4A61 A; 5AQQ A; 1NGD A; 3AVF A; 3AAP A; 3E66 A; 3FR0 A; 2VCP A; 5AQU A; 5HRN A; 4YDU A; 4QAG A; 2FBY A; 4K43 A; 3G6E N; 3CCQ N; 3HRG A; 1Q82 O; 4CF9 A; 3DRP A; 3S9H A; 3EL2 A; 3VF2 A; 1VQ8 N; 4DV7 K; 1KAZ A; 1X9S A; 3D2E B; 3ZT4 A; 2YJF A; 1LCU A; 2ZJR L; 1JLQ A; 1Q86 O; 1D4X A; 1SAZ A; 2BE2 A; 1RGI A; 4FWO A; 4AH9 A; 1XMO K; 2P5G A; 2XO7 A; 3RMA A; 3O4W A; 4FZY A; 3OBW A; 1NGA A; 3VN5 A; 4JI7 K; 3RSE B; 1SKR A; 4JN4 A; 3K0S A; 2Z1J A; 3CC4 N; 2QA4 N; 5I3U A; 2QK9 A; 3ENH A; 3RRG A; 1EWQ A; 4AHV A; 3IMX A; 4O55 A; 1VSH A; 2O8F B; 3KLE A; 1QQN A; 1TGO A; 2A41 A; 4NYN A; 2Q31 A; 3FZK A; 4M45 A; 5GAE P; 4BE1 A; 4E7L A; 4E1J A; 4KHP K; 1X1P A; 2EX3 A; 2DTU A; 3MX5 A; 5C2D A; 1NK0 A; 4CJU A; 4EAH D; 2QXF A; 3OYL A; 3R6M A; 4AHR A; 4DTO A; 1K8K A; 4FLU A; 3ZSQ A; 4CIF A; 3QEX A; 4DV5 K; 3LP3 A; 4JRP A; 4FJ7 A; 3U3G A; 4DLG A; 1BG3 A; 5JS1 A; 2UUA K; 2P9K B; 1TAU A; 2HMI A; 2UXB K; 3NVK A; 3VER A; 4DV4 K; 2NUB A; 4DSI A; 4BRL A; 1HKC A; 2KW4 A; 4ISG A; 3KVG A; 5FRN A; 2AA4 A; 3NF6 A; 3ZSR A; 1NWK A; 4LF8 K; 2XY6 A; 3DLE A; 3WNG A; 4CBW A; 2A1R A; 4LC9 B; 3AAQ A; 5BPL A; 4KH4 A; 1CZ9 A; 1VK0 A; 3JS6 A; 3MMV A; 3AA3 A; 4NLC A; 1HNX K; 3CM6 A; 2RE2 A; 1TAQ A; 1MDU B; 4Z4H A; 4DFJ A; 2OPP A; 3AO2 A; 2V7Y A; 2FC0 A; 1HRH A; 3FZH A; 3FLC O; 3LDO A; 4M7X A; 1S1T A; 5HRS A; 1RTI A; 4PA1 A; 1C0U A; 3VQC A; 4JI1 K; 2EHG A; 1TYQ A; 2I5J A; 3CJA A; 3SK3 A; 4ID5 A; 1ILY A; 1QQO A; 2NLX A; 3QDK A; 4B8C A; 5CE3 A; 2QXL A; 3OYG A; 3V9X A; 3J7Y P; 3RVC A; 2QKB A; 1TL1 A; 1RT5 A; 1HNW K; 5M1N A; 2UUB K; 2I7P A; 1E3M A; 1NMD A; 4BDZ A; 2BGG A; 3QBW A; 4IXC A; 2KQ2 A; 2P9I A; 4L3Q A; 1C0F A; 1LW0 A; 2A1S A; 5DM7 L; 3N4P A; 2E2P A; 3CCU N; 4NCG A; 3M3Z A; 3VQ6 A; 3OS1 A; 3G0Z A; 3VEW A; 2WTU A; 2Q97 A; 3KIO A; 1WUA A; 3KHY A; 4TSX A; 2IS3 A; 3HM9 A; 4I2P A; 1W7A A; 3CMA N; 5HBM A; 2DPN A; 5C12 A; 3L0Q A; 4CJ4 A; 2KLA A; 1JXB A; 4IFV A; 2ZWH A; 4CJ7 A; 1XMQ K; 3E01 A; 4EP5 A; 4LH4 A; 4CEZ A; 3ULE A; 2W42 A; 4QOZ B; 2YI1 A; 3RTV A; 2GV9 A; 4UY8 O; 1DLO A; 1KQS M; 2O8E A; 1K9M O; 3J7A P; 4EZ9 A; 1IKV A; 3ZSX A; 3V4I A; 4KB1 A; 4E1M A; 5DK5 A; 2DFF A; 3V1Q A; 4FZX C; 3KKS A; 4RTF D; 1T05 A; 4JKG A; 4R79 A; 3VQQ A; 3LP2 A; 4BRG A; 1D9D A; 1CLQ A; 3KK1 A; 5BR9 A; 1EO1 A; 2G8W A; 4K41 A; 1DTT A; 3IUC A; 4BRO A; 4FJX A; 3B6P A; 1TKX A; 2O8D B; 1CXQ A; 2PAV A; 3GOI A; 4J2B A; 5BRF A; 3DWL A; 2IVO A; 4FWL A; 5FPD A; 3MXI A; 1U47 A; 2HHS A; 3TTD A; 1YVN A; 3U6F A; 3CCL N; 4J2D A; 4BR0 A; 3CET A; 3MN5 A; 5FDL A; 1I94 K; 3LM2 A; 2QWL A; 3FFI A; 1IKY A; 3CXC M; 1RT2 A; 1HPZ A; 3C6U A; 3CJ1 A; 1S1U A; 3C94 A; 4CJE A; 1C1C A; 1V4S A; 1REV A; 4FJ5 A; 1ASW A; 4A5A A; 4DR7 K; 2E2O A; 4BRI A; 4MLH A; 3AA5 X; 3P83 D; 4FJI A; 2KHO A; 5M1K A; 4B9V A; 3O6W A; 4MFB A; 1S1V A; 1ZBL A; 2XRI A; 1LV5 A; 1B9D A; 1KCF A; 4DF8 A; 5AQS A; 4CJ5 A; 1RT7 A; 3K5M A; 1JLG A; 5LY3 A; 5EU7 A; 1HQE A; 2GUP A; 3DRR A; 4ID1 A; 3DOK A; 1NKE A; 4B8A B; 3L4I A; 2Q3S A; 1HR0 K; 3HT3 A; 3CIP A; 4FPA A; 1C1A A; 3I0S A; 4CJF A; 3T19 A; 2G8K A; 3U9Z A; 1IH7 A; 2B4J A; 1JJ2 M; 2IOC A; 4OPH A; 4BE2 A; 3BDP A; 3UIQ A; 4KHS A; 1FJG K; 3IS9 A; 2LSN A; 3SYZ A; 1T44 A; 3NAE A; 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2F8T A; 2VQE K; 1K6Y A; 1L3V A; 4DQP A; 3ZT1 A; 1OH6 A; 4B3T K; 2CGJ A; 5DM6 L; 1C0G A; 4JKE A; 3A5M C; 5KI6 A; 5CHI A; 4JD2 A; 4CEA A; 4JEP A; 4OLB A; 1ZBI A; 5C25 A; 4KAZ A; 4Z4E A; 3NGZ A; 3I8D A; 2G8U A; 3TTF A; 4CHQ A; 1S9E A; 4QS8 A; 4IEI A; 1NM1 A; 1TYQ B; 3VEV A; 4GV3 A; 2HHQ A; 1Q9Y A; 3LWL A; 1VSL A; 4X66 K; 3QB0 A; 3EEQ A; 5AQW A; 4E7K A; 4BGA A; 4RW7 A; 4C1N K; 1JCE A; 4FWS A; 2IVN A; 1BIU A; 2QWQ A; 1GLL O; 4IKF A; 3H3O B; 5I42 A; 1FKP A; 5EVZ A; 3TR8 A; 4W5O A; 1KD1 O; 3NF8 A; 3T3F A; 2QI2 A; 4CEF A; 2P9I B; 2XY7 A; 4B9T A; 1HQU A; 3R9P A; 4YOW A; 3SZ2 A; 4ILH A; 1YI2 N; 4LFC K; 4CGJ A; 3H6E A; 2UXC K; 4FXD A; 4BQZ A; 1HNZ K; 5C2F A; 3NF9 A; 5IWA K; 3AVK A; 3VQD A; 3QIP A; 1QTM A; 1T03 A; 4IO9 L; 3J8A A; 3O9S A; 3ENO A; 5TKW A; 1UA1 A; 3P4I A; 4CGI A; 1XC9 A; 3L8B A; 1Z26 A; 4WFA L; 1SKW A; 1VSD A; 4WQ5 A; 3K57 A; 4FJK A; 4HVJ A; 4DR2 K; 4Y0W A; 3L2R A; 4F8R A; 3SPZ A; 3OA9 A; 2XY5 A; 3UKR B; 1D8Y A; 1C6V A; 5FLX O; 3CQX A; 3D6R A; 4DU3 A; 2O8E B; 4DLE A; 5CZ1 A; 3C6T A; 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