1Q7YO

Crystal structure of ccdap-puromycin bound at the peptidyl transferase center of the 50s ribosomal subunit
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
publication title Structural Insights Into Peptide Bond Formation
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 52
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1q7yO00
3G71N 3CXCM 5JVHL 5GAEP 3CCRN 5JVGL 3G6EN 3CCSN 2QEXN 1JJ2M 5DM6L 3DLLL 1VQ4N 3I55N 2ZJQL 1OVYA 1ILYA 1VQ9N 1VQ7N 4WFBL 1QVGM 1KQSM 1K8AO 2ZJPL 1YJWN 3CCEN 1VQLN 1VQPN 4WFAL 3I56N 3CCUN 1Q81O 1NJIO 1YITN 2OTLN 1K9MO 1YJNN 3CCJN 1YJ9N 1VQON 4IOAL 1Q86O 3CCVN 1Q7YO 1S72N 5GAGP 1VQ6N 1M90O 1VQ5N 5GAHP 3J7ZO 3PIPL 2ZJRL 4WF9L 1K73O 4WFNL 3CC4N 3OW2M 1W2BM 3PIOL 1YHQN 1VQNN 5GADP 5MLCQ 4WCEL 4IOCL 3CMAN 3CCLN 3CCQN 1YI2N 3CCMN 2OTJN 1VQKN 3CMEN 1KD1O 5DM7L 5H1SQ 4IO9L 1Q82O 4UY8O 3CF5L 1N8RO 3CPWM 3G4SN 3CC7N 3CD6N 1M1KO 4U67L 3CC2N 1QVFM 1VQMN 1VQ8N 1KC8O 5HL7L 1YIJN 2QA4N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KGWA 4DTOA 2YJFA 1RTHA 2G8VA 1RT1A 4YOUA 3IS9A 1D9FA 4J2BA 1VSDA 4BG9A 3FZFA 3SUPA 1NGIA 1VQ4N 3BEXA 5AQSA 2EX3A 3VA0A 3I55N 2IVPA 4CJ4A 2E5LK 3CJBA 1S1UA 3GG4A 4LD0A 1ILYA 1KVAA 2P9LB 1I3AA 3HPHA 3L2QA 3QIOA 3O8MA 4M3XA 1G99A 4KHUA 1QHAA 4K41A 2I7PA 4LF9K 1NKEA 3AY9A 1GOAA 3EEQA 3HPOA 3K9KA 2HMIA 3DWLA 1WAJA 3VGMA 1WLJA 1TUYA 4FVMA 4OLAA 4DLEA 3CIPA 1MWMA 3T1AA 5C10A 4KH6A 3VF4A 1BCOA 4CK3A 2KZMA 4QS9A 1JLCA 4IO8A 4BRDA 3IAYA 3HK2A 3OHRA 4Z4CA 4A57A 3LZIA 1TK5A 5K14A 4MO4A 4FJ9A 3VEVA 3J7ZO 3U3GA 2VWJA 5LJWA 3OYNA 5JLFA 3DRRA 4OGEA 5CHIA 4NCBA 4JN4A 2ITMA 1BISA 3AA2A 3LP3A 1N34K 1X9JA 3ALYA 3VF6A 4E1MA 4WQ4C 4KHQA 3S3NA 3BP8A 5BPMA 5I42A 2YKNA 4CJRA 3J80O 2FXUA 3OS1A 3K5OA 3N4QA 4FZZA 2VG6A 4DTPA 1VQKN 1YTUA 2BDPA 3ZX2A 4GVEA 3T7ZA 1QZ6A 3IDHA 3ZCMA 4M3TA 1B9DA 4N76A 5BRDA 1ZBHA 3TANA 2F4VK 2HMPA 1J5OA 1BHLA 3I8BA 3VEZA 4AQYK 5C2FA 1VQ8N 4H0PA 1WSGA 2E1YA 2Z1GA 2QA4N 4PWDA 3ZSWA 4FLTA 1TL1A 4CFCA 3ZSVA 1T3VA 1NK0A 5IT9O 4IEEA 1D8YA 4CZFA 1RTIA 2HHUA 4CZIA 3KD1E 4CZJA 2A3ZA 3BF1A 4BE2A 3WXJA 2OPSA 3VQCA 4W5RA 1TKTA 2OYQA 3O80A 4LF4K 3JYTA 5AQQA 3PSFA 1U2VB 5ADXA 3H1QA 4M3RA 3SV4A 1KQSM 1U45A 4CZLA 2Y1JA 4FW2A 4KTZA 1HPMA 3VENA 4DTXA 3V81A 2DFHA 1BQNA 1SZ2A 3AVKA 2GUPA 3LDNA 5C25A 3KKSA 3QMLA 4FJKA 4M3ZA 3OS2A 4CJLA 4WQ5A 4KHNA 3SUQA 2HHSA 1SKWA 3QFPA 2OA8A 3VEXA 3DLHA 1S72N 3QEIA 1XUPO 1UA1A 3I0RA 1EXQA 2QWMA 1BCMA 3GL1A 3CC4N 3VQ9A 2O8BB 3RMBA 1I94K 3ZYYX 4EFHA 4FW1A 1NK9A 1SQKA 2HNZA 3M6GA 4CERA 3M5RA 1U47A 4JI8K 1X9WA 4CCHA 3RSEA 2QW9A 3VQDA 1RBVA 4XEIA 4H0XB 3L0QA 4YFUA 3OYAA 3H45C 3LAKA 4BY9C 1K8KB 5AQTA 5LMUK 4DSJA 3HVTA 4L8RB 3ZSXA 4RCHA 4AH9A 4RWTA 1IH7A 4MO5A 5HRNA 3L6QA 4DTUA 1WB9A 4BR0A 3CYMA 3TAQA 3WEEA 4MDBA 3MX5A 2R7YA 3OYBA 3NGZA 4GW6A 4BDPA 5AR0A 2P9IA 4GKJK 5M1PA 4G9ZA 2WC9A 4E1NA 3OJSA 3NF8A 2NZTA 3TTDA 1NMNA 1QHTA 4EIAA 4WE1A 1L3SA 1JLGA 3NBPA 1T7PA 3IRXA 3O1WA 1NGGA 2YV0X 2UUAK 1C0UA 1LW2A 4IBNA 1X9MA 3HT3A 2O8EB 1C1BA 2W40A 3VQQA 3NCIA 4E7KA 1F21A 1ASVA 3I56N 3P38A 4FL9A 1HKGA 2IIRA 4ELVA 4DR7K 4JHDB 2IVNA 3F73A 1S9GA 1MWKA 3D7EO 1W97L 2HHTA 4BR7A 5B8HA 3LP0A 4JK9A 1YT3A 2CH5A 3H3NO 3F9MA 2CH6A 3O9SA 3MN5A 3ZT2A 1LCUA 4DV3K 4WFNL 1S6PA 2X6NA 5LL6Z 4DV2K 5AQRA 4JI3K 2OANA 2P9NA 3AVIA 4C8OA 3QFUA 4ISFA 2G8WA 2Y1IA 5FRNA 2P9PB 3V4IA 1L3VA 3HVRA 1ATRA 4ILHA 3AO1A 5AZIA 1RT5A 2ASMA 3DOLA 2F96A 4CHPA 3VMFB 4DTMA 4M3WA 4AHCA 4K43A 4I9QA 3SZ2A 1SL0A 3PO5A 5BREA 3ZSQA 3DMJA 1JLBA 3CFOA 5HRSA 3THXB 2VCPA 1GLCG 5FPDA 1QSLA 3OYMA 2GUIA 3NF6A 4JKEA 4RW7A 5AFUA 3TPQA 4CHZA 1P90A 3U9ZA 2Z1IA 4BRGA 4CBUA 2HBMA 4LH4A 3VTIA 2NRHA 2P9UB 2FLOA 1HRHA 3NVKA 3ATUA 2JWLA 2A41A 4KKOA 3G71N 4BRPA 4RW4A 1ZYQA 3WUHA 1QTMA 3G6EN 1NK7A 4BRNA 4JI0K 1N33K 4F3OA 2IC3A 1NGCA 3UKRA 3U3YA 3E9LA 3SPYA 5J2MA 1HYVA 2UUCK 4CEFA 3H1VX 3EYZA 2UYTA 2J4RA 5AZJA 4IOXA 3BUZB 4FJIA 2FF3B 3LAMA 4BE0A 1QS4A 3A2FA 1TAUA 3NDKA 4LF8K 3TTFA 2ZJPL 2BUPA 1HR0K 4PL7A 4ZTFA 4CEBA 1NJZA 2PFUA 2QKBA 3KJVA 4EP5A 4CF0A 2Q2RA 3C7NA 4F2RA 2CGKA 2VQFK 3RR7A 3UKUB 4W5QA 1D5AA 1YJ9N 4F3TA 4O5BA 3D2FA 1JXEA 4CHNA 1KAZA 2QWRA 3O3FA 3OVNA 1NGAA 3G25A 1BA0A 1RDUA 1VQ5N 5AQVA 2HVIA 5HP1A 5E26A 3TAGA 1A5WA 3O5BA 4DTSA 2LSNA 4O0IA 4BRIA 4CF1A 4Z4IA 4JYAK 4JKDA 3CM6A 5MLCQ 4ID1A 2P9LA 4Y0WA 3VQ8A 1LOTB 4LFCK 3L4IA 2AP1A 2GV9A 4QCLA 3KZBA 1L3TA 2P9KB 3KHYA 4GMJB 4IWVA 4C8LA 2FBVA 1U6ZA 2IS3A 3CPEA 3THWB 1LWCA 4FM0A 2UU9K 4AM7A 3RR8A 1JCFA 1NK6A 4FOIA 4MQ3A 2X6SA 3LP1A 1WSHA 2O4IA 4BC5A 2VQEK 4DF8A 1WBDA 4CZKA 5AQZA 1LW0A 3JSMA 3O4WA 4YDUA 1E4FT 2G8FA 3NFAA 1VRTA 4PKGA 4FJNA 5F0XA 3HRGA 4DF4A 2F7TA 1BIZA 1IKYA 2XY7A 4E89A 1SKRA 1EO1A 2F9WA 3VGKA 5BR9A 1NM1A 4DMNA 4IDKA 4DU4A 1IKVA 3L3UA 4JKGB 5DM6L 3VGLA 3LPTA 2D0AA 4OPKA 4B1XB 3IFRA 1CXUA 1NGHA 2P5GA 4JKBA 3ZEUB 1JL1A 3FZMA 1WBBA 4K8ZA 2O8CA 4JNEA 4DQSA 4FK0A 2GWJA 2VG7A 2UXDK 2VWBA 3AVHA 1TKDA 3ENOA 5LY3A 4GV9A 1ESVA 3V6DA 3TAPA 3J8AA 3QEVA 1GOBA 4M41A 3J7YP 4IG0A 4JKFA 1RBUA 4DQIA 3Q7CA 3WXKA 3L2UA 2HW3A 3CQYA 3KK2A 3WT0A 2O8DB 3LZJA 5KRSA 4ICLA 2P5OA 5JS1A 2RKIA 5ADXH 4W5TA 2E4LA 3D45A 3DYAA 3DJCA 1O1WA 2A1RA 2DFEA 1YTAA 3SAHA 4CGDA 1FKOA 3EE8A 1X9SA 2ZF5O 2PZSA 1VQNN 3ZX3A 1R0AA 1BI4B 3L4QA 4J2DA 2KW4A 4DU1A 1NGEA 1W9HA 4NXNK 1RGIA 2NRWA 4ISGA 2BE2A 2RPIA 3QICA 4DHYA 4BRMA 5JICA 4BRQA 1TUUA 4XH1A 4L3QA 4DV4K 2UXBK 4DV1K 1HYZA 1XHZA 3CC7N 5AQPA 1REVA 4BGAA 2E6MA 1QZ5A 4RW9A 2OZMA 4EP4A 2O8FA 1NK4A 3ID8A 2IAJA 4C8KA 2WBNA 1KC8O 1HQEA 5AQMA 1L3UA 2HF3A 5BPNA 2B6AA 3BY5A 4R79A 3ISNC 4PL8A 4LH5A 2BTFA 3FFKB 4E3SA 2AJQA 3CQ8A 4M7YA 4GKKK 2Z1HA 4J8FA 4CJWA 2O8BA 1OH5A 4M3YA 3QBWA 3SAGA 4PKIA 3SYZA 1QQOA 1WN7A 2IGIA 1HJRA 4TSXA 4LF5K 2HF4A 3RRGA 3HP9A 3B6PA 3M3ZA 5JLHA 4CF8A 3SUNA 1S6QA 2A42A 4GV3A 1QVGM 4E7IA 3ULEA 3O3GA 3SBGA 3VPZA 1S1TA 5EVZA 1YJWN 1WOQA 3BDPA 3FFIA 2E6LA 4B1YB 5KTQA 3V1RA 4NYFA 3OS0A 1QQNA 5AJ3K 1QE1A 1ASWA 4FJ7A 3FGUA 3L2RA 2YI1A 4FXDA 2EHGA 2QM1A 1C6VA 3PLAA 4OLBA 3T3FA 3K0SA 3OYLA 3U8XA 1XMQK 1WSIA 4XH5A 1VHXA 3P4IA 3THYB 3MCPA 3M8RA 5M1OA 1YHQN 2WTUA 4N41A 3K9JA 1IG9A 2IDOA 4G1QA 4CJQA 5F2RA 3KK1A 3JS6A 2VWKA 2E2OA 1BIUA 3FR0A 2CGJA 4CJFA 1Q82O 3TSPA 2YX6A 5I3UA 3AVGA 4JD2B 4Y1DA 2NLXA 3WXMB 5T7BA 4IDHA 2ASPA 4QS7A 1NGBA 1XNQK 3V9UA 4H5RA 3JAMO 4CEAA 4FJLA 4DUYK 1VSIA 1J54A 4YOYA 5FPNA 4EZ6A 1S9EA 2UUBK 4DB3A 1A5XA 3TI0A 3WXLA 1Q9YA 4M42A 3M8QA 4BRFA 3CJCA 2X74A 3M1FA 3KK7A 2P9PA 4LFAK 4N56A 1X3NA 4M3UA 3VQ5A 2X78A 1V4SA 3P39A 1BG3A 5M1NA 1BA1A 4JI7K 5AFUH 3K58A 1S5JA 4BC2A 2FC0A 2P9SB 4YY3K 3L2VA 3R1XA 1VQ9N 3O1BA 3C95A 3KLFA 4HVJA 3B8AX 1XWLA 5SZTA 3ULDA 3THXA 1RBTA 2E1ZA 3DLRA 3SPZA 3ZSOA 4BRKA 5LMNK 3FZHA 4CJ5A 1ZBLA 4NLBA 1NU0A 2P9UA 5I9EB 5JS2A 1A5VA 2Q36A 1V4TA 5A2QO 1JLFA 3EZ5A 3ZETB 3V9SA 5CYQA 1Q7YO 3QNOA 3WNGA 1RILA 4JI6K 1Q8IA 4H0OA 1IKWA 3VOVA 4A61A 3PIPL 3NAEA 1RT4A 3P31A 4MFBA 1RDBA 3SK3A 3VESA 2W6LA 3IKMA 4FJ8A 4QS8A 3PIOL 2V51B 1HNZK 4FK2A 3M8SA 2HNYA 2ZM6K 3TWHA 3P83D 3SMPA 2GEMA 4BR9A 5FROA 2YJEA 2HBJA 2YNHA 5AQHA 2OPQA 1VSHA 2BGGA 4AHTA 4CJUA 4NB4A 3M8PA 1DKGD 5H1SQ 1E3MA 4BE1A 1NNEA 1ZC6A 3A0IX 2KFZA 5HRRA 3AO3A 2HHWA 1RDDA 3AGKA 2E2NA 4YNQA 1QVFM 1IO2A 1WNSA 3RMCA 1G15A 3VQBA 3DXKA 3K59A 4HTLA 1Q18A 3O3HA 2FSNA 3NF9A 4FPBA 3ATVA 3ZSRA 1QSYA 2QEXN 4DQPA 2YKMA 2QWLA 2HNDA 4KPYA 1NGJA 3D2EB 2D5RA 3TAFA 2YHYA 1HQUA 4KB1A 2P9KA 2E8AA 1OKJA 4OPJA 1ZXOA 3QO9A 2QI2A 2FSKA 3C6UA 3IMXA 3PY8A 4HUFA 2D1KA 2WFBA 4CF2A 4DTRA 3R8EA 4FYDA 1ZBSA 5FPMA 4DSFA 4B1VA 5CE3A 3H46O 4RG8A 3OYJA 4DSKA 5GIPA 4CEEA 4DR3K 3QEXA 4OO1J 3OJUA 4W5OA 3NH2A 4QAGA 4WF9L 1C0TA 1VSJA 2NRZA 3SV3A 1NWKA 5CR4A 1N6QA 3SQ0A 4DR6K 2RF2A 4FOEA 1ZBUA 5C15A 4I6MA 4KBOA 3QESA 3OTOK 1KFSA 4LSNA 5AQIA 1KLMA 4EAHD 3AARA 1XNRK 5DK5A 5SWMA 4JI5K 3AVBA 3V1OA 1GLBG 1Q9XA 4JK8A 1HJOA 4O55A 5AQFA 2UXCK 3KLIA 1NOYA 3R3LA 3RVCA 3I8DA 1GLFO 3CHWA 2O8DA 4DFMA 4B1WB 4HTUA 3QLHA 3NGIA 1KVBA 2ZE2A 4K42A 2I5JA 3O9UA 1UAXA 4CZHA 3K5LA 3CXCM 5JVHL 2G8UA 3VN5A 3BZCA 2IVOA 3LDSA 1B9FA 3DI6A 3UE5A 1TYQA 3HOTA 3OBWA 3AAPA 1BI4A 5IWAK 4CFBA 3KD5E 4CGFA 4AHUA 3VERA 2ZGYA 3MN6A 2Q0RA 3S9HA 4H5WA 2ZJQL 4B3MK 4ID5A 4PY5A 4CGHA 4B9VA 1NMDA 3HPGA 4ILJA 1N5YA 3H6EA 2G8KA 2YHAA 3O6WA 2NNWA 2HVHA 1NGDA 4BRHA 4FVUA 3AVLA 2QWOA 1OH7A 2D0CA 1NJIO 3KKRA 1YITN 4DS4A 4B3SK 4JI4K 1EWQA 4DV7K 4FPAA 1S22A 1C1CA 3SI6A 4FLXA 3A5OC 2A5XA 3CM5A 2HHVA 4B9QA 5LJVA 3KVGA 4WQ4A 3HSTB 1SUQA 4Z4GA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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 3CCE N;  3ASM A;  4FWQ A;  1C1A A;  3ZT0 A;  1YVU A;  4H5T A;  1TYQ B;  4CD3 A;  4KTW A;  3E9O A;  3CCJ N;  4EHU A;  5TKW A;  4PHT X;  3WNH A;  4IOA L;  3F2K A;  4CHY A;  1Q86 O;  1WAF A;  3CCV N;  4LY7 A;  1T6D A;  1QQC A;  1VQ6 N;  4JEP A;  1U49 A;  1WUA A;  4ISE A;  4IFV A;  4JK7 A;  3OYG A;  3KK3 A;  3CQX A;  4A59 A;  4OX9 K;  2NRX A;  4DV5 K;  1QQM A;  1KTQ A;  4XIU A;  4CF9 A;  1XHX A;  2Q31 A;  2HHH K;  4BQL A;  3UKR B;  5GIO A;  5E41 A;  2PYL A;  5EOY A;  1GLJ O;  1P8Z A;  3ENH A;  2FBT A;  3QBX A;  5AZJ B;  4IEI A;  3G10 A;  4KO0 A;  1CXQ A;  4FSV A;  4FWL A;  3LDQ A;  3UB5 A;  4AHR A;  3OY9 A;  5DM7 L;  3QEP A;  4BRA A;  4IO9 L;  4DR4 K;  4GVM A;  3E66 A;  3D2E A;  3NGY A;  1NK8 A;  1EET A;  1ATS A;  1VSF A;  1HLU A;  5FRM A;  4NCA A;  2VGN A;  4BGB A;  2Q97 A;  2NUB A;  1ZBI A;  3C7N B;  4OKK A;  1IBM K;  2QWN A;  5EX5 A;  5C24 A;  4F2S A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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