1Q7YO

Crystal structure of ccdap-puromycin bound at the peptidyl transferase center of the 50s ribosomal subunit
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
b'ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title Structural Insights Into Peptide Bond Formation
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 52
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1q7yO00
3CCMN 5JVGL 4IOCL 1YIJN 1YHQN 5MLCQ 1QVFM 1VQ6N 4WCEL 4WF9L 1KC8O 1KD1O 5DM7L 3CD6N 3PIOL 3CCQN 1QVGM 3CCLN 2OTJN 1VQ7N 2QEXN 1K9MO 2ZJPL 1K73O 3CC2N 3G4SN 1Q86O 1VQNN 5H1SQ 1YJWN 1VQ5N 3CCEN 1VQPN 1Q7YO 4UY8O 4WFNL 3CCSN 2ZJQL 1YJ9N 1K8AO 3CCUN 3CCRN 1Q81O 3DLLL 1S72N 1VQMN 3CC4N 1VQ8N 1M90O 3CXCM 5HL7L 5GAHP 3CPWM 3CF5L 1VQ9N 1VQON 4WFAL 3CMEN 2ZJRL 3I56N 3CCJN 1NJIO 3PIPL 1YITN 1KQSM 1YJNN 1N8RO 1W2BM 2QA4N 3CMAN 5DM6L 4U67L 3CCVN 1VQ4N 1VQKN 3I55N 3OW2M 1M1KO 3CC7N 1OVYA 5GAGP 5GADP 1YI2N 3G6EN 3G71N 1JJ2M 4IO9L 2OTLN 1Q82O 1VQLN 4IOAL 1ILYA 3J7ZO 4WFBL 5GAEP 5JVHL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4E3SA 2KFNA 4MDAA 4YY3K 4PL8A 4GY2B 4HTUA 3L2QA 4BRMA 4QS9A 1QZ5A 1XNRK 5BPLA 1XNQK 3S3NA 3CYMA 2QKBA 4QCLA 3TTFA 2QWQA 5AQQA 4FWPA 2JWLA 4FJNA 2Z1GA 3B8AX 3I8DA 5HBMA 1KVCA 5C12A 4CBXA 3I33A 2FSNA 1KRPA 2KTQA 3CCEN 4LF9K 2IAJA 1ASWA 1S5JA 4H0YB 3A0IX 5M1FA 1LCUA 5JICA 4KRFA 5C42A 4KV8A 4PL7A 1K8AO 3OYIA 1BA0A 2AJQA 3TAGA 4H03B 1NGGA 5T7BA 4PWDA 3AVLA 3KLFA 1Z6RA 3AGKA 1QSSA 3WEEB 2ZF5O 4BR7A 2JLEA 3VQCA 4DR3K 1UA1A 4GV3A 3EL2A 1IBLK 2KZZA 3R6MA 3C65A 3ZEUB 3V9UA 4B9VA 1TAQA 4Z4HA 4I2PA 1M90O 4XH5A 3C7NA 1X9JA 5AQHA 4BR5A 4YDUC 3W3DA 2IVPA 4FJMA 4DV4K 3EE8A 4KI4A 5KPZA 4CJUA 1T3VA 1BQMA 1WNSA 1KQSM 4FK0A 1NGIA 4YOYA 4DF8A 4CHPA 2XHBA 5AQUA 3K5NA 2I7NA 1ZBFA 3NHGA 2FLOA 5AQXA 1T6DA 1KVAA 4DCHA 4B3TK 3L3VA 2FBTA 1HJRA 3QERA 2AP1A 3OW2M 3CETA 1TL3A 1OVYA 3U9ZA 4CE9A 4H5RA 4JAXA 1NM1A 3ULEB 3TTCA 1LV5A 1N33K 3GE1A 5AQFA 4CFAA 3H46O 3BP8A 4BGBA 4BQLA 3DRPA 4FLYA 2O8EA 3P39A 3O3HA 3H1QA 4I2QA 3T7ZA 4KKOA 4CEAA 4OGCA 5HRRA 4DTMA 1YHQN 3WQTA 4FOEA 1KCFA 1DKGD 3CJCA 5AQOA 3VTHA 2QWOA 3QO9A 5FRMA 3VF6A 4M63C 1RTHA 2RHKA 1HYZA 3M8RA 3BEXA 1GLCG 1RBVA 4YNQA 3BUZB 3SUNA 3CERA 4IJAA 1ZBLA 5LJWA 3VEVA 1KSPA 3OJUA 1NKEA 4C23A 5JLFA 2D0OA 1EXQA 3PSFA 5EOYA 4K43A 4X65K 4BR9A 3D6RA 1IKXA 4DQIA 4EHTA 1NG9A 3QINA 4KHQA 4KREA 4Z4CA 1KAXA 1NK8A 1E4FT 4R79A 1DEJA 3KZBA 1EP4A 1EWQA 3HBTA 3H45C 4B9QA 4LH5A 4A2BA 1IG9A 4CJ5A 3QFUA 4DLEA 3SK3A 4KH4A 3U6FA 1QQMA 3ZSWA 3TU5A 3Q7CA 4DHYA 3SQ4A 4O8KA 4PKHA 1VQ8N 3L2UA 4I9LA 5AQMA 3O3FA 4JRPA 5EX5A 3O4NA 3UB5A 4YOTA 3HXMA 1NJXA 1E3MA 2YHAA 1HRHA 2E8AA 2ZQBA 2ZGYA 1A5WA 3TR8A 3D7EO 4PKGA 1BL3A 1S9GA 1D9DA 5JLHA 1TAUA 3TPQA 4LFCK 3NDKA 1XI1A 4E7IA 3L2WA 3KK1A 4OVLA 4CHYA 1J6ZA 3AO4A 3L3UA 2O8FB 1H1VA 2P1JA 1QQNA 1NMDA 1TKZA 3LP0A 4NLBA 4E19A 1NKBA 4BE1A 3LL3A 3TAQA 1YXQA 3R3LA 3WNEA 3VQ9A 3GG4A 1HNIA 3H08A 4XH4A 4B1WB 2ETJA 3C6UA 4DS5A 2PYLA 3MXMA 1J5OA 3HVTA 3VN5A 1J54A 3CM6A 4O44A 5JVGL 3CFOA 2E2NA 3PX0A 4CJFA 1C6VA 1NJZA 3QBXA 3MXJA 4CJ3A 4Z0UA 2ZM6K 5DM7L 3ZETA 2KW4A 4XEIA 4E7KA 3NF7A 2V52B 2A3ZA 1I39A 3H3OB 4CHZA 4FOIA 4EFHA 4LF5K 4N5SA 4B1VA 3ZX2A 3T1AA 2IIRA 4K0KK 4BDZA 4FJ8A 5KGWA 3OS2A 4C8OA 1ASUA 3L2VA 1C0TA 3KK7A 3M6GA 3O9QA 2OZSA 2I5JA 4CF9A 1CXUA 1ZXOA 2ATQA 2JWKA 2F9TA 5I9EB 4CF8A 2P51A 1YF5L 2QWRA 3OHRA 1UWBA 1OKJA 1NOZA 3IG1A 1NJWA 4CF2A 4L8RB 5HP1A 3T1HK 1R59O 4C1NI 5AQPA 1EKEA 3GL1A 1VQMN 3KD1E 4Y0WA 4B9SA 3HVRA 4V19S 4JNEA 1S22A 3PX4A 3SLCA 2NRZA 3NF8A 1RFQA 3SJHA 1RBTA 3AO3A 3LP1A 3WXKA 2HVIA 3C6HA 4DR5K 1JLQA 4CGIA 4AHCA 4A61A 3VEOA 4H0TB 3VQ4A 5KQ8A 1W97L 3RWUA 4CJQA 1BISA 4LH4A 3MWTA 5JS2A 2FBXA 1LAWA 1HPMA 4BRKA 4BR2A 3M1FA 1HNXK 2HHSA 3OY9A 4CBUA 3HTVA 4DR1K 3OYNA 4FCYA 1BO5O 3AVJA 3VEYA 2Y1IA 3VF4A 3T19A 4IO9L 3ZLJA 1FKPA 4JKHA 4KB0A 4CIGA 4FLUA 4OX9K 3NMUA 5J1EA 4WQ5C 4CHQA 4E7LA 5M1PA 3S9HA 4OO1J 4FJLA 4I7FA 1C0FA 1QS4A 3MCAB 1IJJA 2E2OA 3AAQA 1NK5A 2P9KA 3CIPA 5HRSA 4H0PA 1D5AA 1SL0A 4BE2A 1D9FA 1JKHA 4OPKA 4ICLA 4DWIA 5BREA 1OH5A 1WB9A 5CYMA 1CXQA 1QTMA 5AZJA 1RDAA 3CD6N 4DQRA 2A1SA 2YHYA 3CJAA 4FL9A 2YKMA 2GEMA 5A2QO 1SS6A 5H1SQ 4FWKA 4JYAK 1DTQA 4FZYA 1MU2A 3U4LA 1XMOK 4UY8O 2QWNA 1JLBA 4JI0K 1HYVA 4N41A 3DM2A 4E0DA 4DR2K 4Z4GA 3SYZA 3MX5A 4Z4FA 4O0JA 3QNOA 1B9DA 4BRPA 2W40A 1WOQA 4RW7A 1P90A 4NYNA 2V7YA 4ISEA 1L3SA 4DSLA 5J2NA 3R9PA 3BZKA 3J8AA 1N34K 4QAGA 1TL1A 3IS9A 1VQ9N 3IAYA 1BGXT 4WFAL 2UUAK 4JKCA 3TSUA 4GKJK 2YNGA 3CCJN 4A2AA 1KLMA 3D0PA 3Q7BA 4F9OA 3I0RA 4OGEA 3THYB 2YNFA 2P9NB 1YJNN 4W5QA 3HT3A 4KO0A 2WONA 1IKVA 1R0AA 3NGYA 1Q8IA 4DMNA 3WXJA 4IXCA 2E20A 2E6MA 3RMDA 4BQZA 2UXDK 3IRXA 5C10A 1D8YA 2OPSA 3MAQA 4FLVA 2HNYA 2GBZA 5GADP 1NLVA 2X74A 3WT0A 3ZEUA 3HP6A 2OANA 1NKCA 1BOTO 3OYKA 2NRTA 4FJ7A 2BH1A 3NFAA 1HPZA 3VGKA 2OPRA 2NRXA 2Q1NA 4IO8A 1ILYA 3OBYA 3DOLA 4WFBL 3M5RA 4KTZA 2W41A 2E88A 3ZETB 2UXCK 1ZBUA 1JLCA 5MLCQ 3J81O 4BR0A 2F96A 3ENOA 2HF4A 5EU7A 3FE1A 2HHWA 4Z94A 4BVOA 4IZ9A 3ZSRA 2HHHK 3PX6A 2ASMA 4CJVA 3HRGA 4DQSA 3CCLN 1Q18A 1ZBSA 3L0QA 3F73A 3LZIA 2WC9A 3G10A 3MN7A 1XWLA 3ULEA 3PO4A 3OS0A 2HMIA 1IKWA 4NCAA 2WUSA 3FZMA 2OA8A 3KK2A 3D2EB 3VENA 3WXIA 2E2PA 4YHHK 3ZX0A 2HNZA 1HKGA 1U45A 1FJGK 5K14A 3D45A 1A5VA 4JKAA 4Q0BA 2UU9K 4DSKA 3VQ8A 2O8BA 3LDQA 1TKTA 2NUBA 2O4IA 3CI5A 1U2VA 2HHQA 3DRSA 4HTLA 5BRFA 4G1QA 3H1VX 4FJIA 1VSIA 5ADXA 4CZGA 2Q2RA 4CD3A 1Q9XA 4BG9A 3N4QA 1KTQA 2O8CB 1HX1A 3QIPA 4KHPK 2I7PA 2D0CA 3AVHA 4DTRA 3MEGA 3IMXA 1C1AA 4F2SA 3B6OA 3DLKA 3UE5A 3DLBA 4E89A 1J9AA 2FXUA 4FPAA 4CEOA 4FZZA 5AJ3K 3V6DA 3K5OA 3QMLA 4OJRA 4QS7A 3QICA 3LWLA 4JKDA 4I6MB 4DFJA 1FXXA 2HBMA 1NK0A 5JMVA 4BWJA 2VWBA 5LMUK 1CLQA 1MWKA 1X9WA 5AZJB 3AVFA 3SJJA 4RTFD 2B4JA 3W0LA 2NRWA 3QESA 1VAZA 4WF9L 3DXKB 1KD1O 1YVUA 1VSDA 3QEIA 5SWMA 4JI2K 4CJSA 3J80O 2CGJA 2UUCK 2O8FA 4G9ZA 4JI3K 3A5MC 3CJ7A 3EZWA 2DFEA 4RW8A 3OYJA 3CC2N 3S3MA 2P9LB 3LPUA 4DTPA 3IUCA 3O4WA 3LAKA 1J5EK 1VQPN 1CZ9A 3ATUA 4WFNL 1VK0A 3SQ0A 4KB1A 5BN8A 2OPQA 4K25A 4A5BA 1HKCA 2XY8A 1ZYQA 4JI1K 1X9SA 5KRSA 1VRTA 2FF6A 2Q97A 3LP3A 4AF1A 3MXIA 3L8BA 1S1VA 4B9NA 1CZAN 3HZ6A 3CJ1A 3LP2A 1G99A 1X9MA 1QQCA 3VQQA 3BGRA 3V9SA 1GLLO 3CPWM 4DQPA 1IO2A 3AV9A 1DTTA 5IT9O 4DG1A 3KWIA 3OYEA 4AM6A 3K57A 1GOBA 3F5TA 3HI0A 1N8RO 3KLIA 5AQGA 3VGLA 3CMAN 3FZLA 3K58A 4ELVA 3NGIA 1RBUA 3AARA 4JHDB 4AILC 3AA5X 4CEDA 4IG3A 4LF4K 1TKXA 2B6AA 4NB4A 4YOWA 3K2PA 2HOEA 1EWRA 3QEPA 1SQKA 4CJPA 3R8EA 2E6LA 3QFPA 1RBSA 4E1MA 2KKZA 3S41A 4AH9A 4KH6A 3CQXA 1I94K 2HF3A 3NE6A 4B1XB 1SKRA 3SV3A 4C8NA 3V9ZA 3FFIA 4WQ5A 3PO5A 4F4KA 1NGBA 3KK3A 3VQ6A 3MN5A 5AQKA 1BCOA 4K42A 3VMFB 4RG8A 5C25A 4KHWA 4IWVA 1HNZK 4PQUA 3ID6A 4PHTX 3MN9A 5M1QA 3VQ5A 3OYBA 4KHYA 1REVA 3CCQN 2GV9A 4IG0A 2IGIA 4JK8A 1VQ7N 4C1NK 3PUFA 3S3OA 3HSTB 4CI6A 4FWRA 4JLHA 4BGAA 1G15A 4HUFA 1O1WA 4DQ8A 4CK2A 4HWIA 4H5WA 3P83D 4W5OA 2O8BB 3IKMA 1W9HA 4BRLA 3SBGA 4EP5A 1U2VB 3D2FB 5KRTA 3QB0A 4EIAA 5FROA 3SAHA 3MDQA 3KHYA 5FPNA 1L3TA 2HHTA 5BR9A 1Q81O 4DU1A 4OKKA 2O8DB 1TVRA 3ZCMA 2F8TA 1YAGA 1VQON 4AHTA 3CMEN 1OH8A 1NJIO 1HJOA 5CE3A 4LF7K 2ZWHA 1Z26A 4CFCA 1SZ2A 5LL6Z 4PA1A 2DFFA 1S1WA 2Z1IA 3BY5A 2Z1JA 4NCGA 1C0UA 2HBJA 2IS3A 4U67L 4EZ9A 3QETA 4F2RA 3UKRA 1NWKA 4BROA 2AA4A 5BR8K 4BRNA 3O3GA 3EO3A 3K5MA 1SL1A 2D5RA 3DLEA 4FM0A 3QEWA 1C1CA 4JRQA 1SKWA 2VCPA 4MLHA 5B8HA 1WSGA 4CERA 3C6AA 5ADXH 3V1OA 1Q82O 3OVNA 1S9EA 4FM1A 3V9WA 1U6ZA 3AVBA 3THYA 1Z05A 1S1TA 2P9NA 3F9KA 3CQ8A 4M3WA 3E1YA 4FJ9A 4M3YA 2HHUA 1E4GT 4HCCA 3QEXA 2GX9A 1T44A 4GVMA 4BRQA 3JS6A 3TAPA 5CZ2A 4KHUA 4FLZA 1QHAA 5J2PA 4KTQA 3G4SN 4DTJA 1VQNN 3R1XA 2VWKA 1NBWA 3CJ9A 4CCHA 3FZHA 1RTIA 3ATVA 2VG7A 2A1RA 3KKRA 3FFKB 4A62A 1ZC6A 4H5TA 4MFBA 3VQDA 2ZJQL 2G8WA 4B1ZA 5HRPA 3ZSZA 4FO0A 3J7AP 4DS4A 3VPZA 2HB5A 3CG7A 3HPGA 3OYLA 1RDCA 2OYQA 3AVCA 4OKJA 1JLAA 4JKGA 4J2EA 1IBMK 3GOIA 4LSLA 2YHBA 4A59A 2GWJA 4OPJA 4LF6K 2HNDA 1LOTB 4N47A 3DYAA 2H3GX 1V4TA 4DFKA 3CQYA 1V4SA 2D4WA 3TSQA 1F21A 1HUXA 4DSEA 3D2EA 1YTUA 1L3UA 1RDBA 4JKEA 3AA4A 4JI8K 4K8XA 2EHGA 1VQKN 2BUPA 1JLFA 1ATSA 2BANA 4O0IA 1JL1A 1GLEG 3K9JA 3DMJA 4MO5A 1T05A 4IEEA 1LWFA 1XUPO 3NCIA 2BGGA 4CIEA 3BF3A 4B3OA 2X78A 2O8CA 4JV5K 5JVHL 3NH0A 4BY9C 3M8QA 5FDLA 4FWLA 3QLHA 3HP9A 5AQZA 3SUOA 4NCBA 3KLEA 4FZXC 2WTUA 3BZCA 4JKFA 2P9IB 2PBDA 4XH1A 4CJ4A 2ZE2A 3VQ7A 2RE2A 3PIOL 3O4QA 3CM5A 3THWB 1LWCA 5CHIA 3RTVA 2BTFA 3HOTA 4B3SK 2FF3B 1TKDA 3RR7A 4DTOA 4I6MA 5DMRA 3OA9A 3AA2A 4FPBA 2G8VA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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