3VQCA

Hiv-1 in core domain in complex with (5-methyl-3-phenyl-1,2-oxazol-4-yl)methanol
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
151
structure length
141
Chain Sequence
b'SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPSMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
total genus 49
structure length 141
sequence length 151
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vqcA00
3AA3A 4CHNA 2EHGA 1BCOA 4CIGA 1SL2A 3VQEA 3KLHA 1HYZA 4EZ9A 2D5RA 1ZBLA 3HL8A 2ZE2A 3PY8A 1QQCA 1S1VA 4M3WA 4CHPA 4AHRA 5J2MA 3S3OA 5HRSA 2BDPA 3HYFA 1U4BA 4DSJA 2DFHA 4FXDA 4DSFA 3WNEA 5CY4A 1RCHA 2X6SA 1VSDA 1DTTA 3MECA 1S9GA 1XWLA 4AHVA 4DQIA 2RN2A 3LP3A 2XRIA 3L2QA 4M41A 5JS1A 1FKPA 4FZYA 3C6TA 4TSXA 4CHOA 4O5BA 4LSLA 4O0JA 4JS4A 4DLEA 4FJ9A 3U3GA 3MEGA 5K14A 4J2AA 4DQQA 1U47A 3OYGA 4F2SA 3ZSZA 5JS2A 1VSFA 1KSPA 1I39A 2OZMA 3OYAA 1LWEA 4GW6A 1RBVA 4KAZA 3B6OA 1LW0A 1DTQA 4DLGA 3AA5X 4CFBA 1RBTA 1HPZA 3E01A 1X1PA 1TAUA 4N47A 3ALYA 1S1UA 1QTMA 4CJWA 1QSLA 1TL1A 1ASVA 1CZBA 1JLBA 4FM0A 1C0UA 4CK2A 2LSNA 4DU1A 1KCFA 3OJSA 4IG0A 2EX3A 5CYMA 3CFPA 2VG7A 4DF4A 2KFZA 2B5JA 1NK9A 4CJKA 4MFBA 1HYVA 3QEPA 3WNGA 4DG1A 2Y1IA 3OYBA 3MXJA 4CEBA 1IG9A 3KLIA 1HJRA 3T1AA 3L2WA 4KHSA 2FC0A 2F8TA 3S3MA 3EY1A 3D45A 4FLTA 3SNNA 4KREA 3LPTA 4M3UA 1WSGA 3AVKA 2D0CA 4YNQA 5J2QA 1GOBA 5HRRA 1NK4A 1S1XA 3VN5A 1SUQA 4KKOA 5I42A 5HLFA 3QEIA 5SWMA 4CK3A 2IAJA 3SPYA 3SQ1A 4DMNA 4GVMA 4NYNA 1EKEA 3CYMA 3K5OA 1NK8A 2QK9A 1A5XA 4LY7A 3KJVA 3HO1A 1MU2A 4N76A 1L5UA 4IFYA 4DTXA 2YKNA 3TAFA 1W0HA 3PV8A 3IG1A 1JL1A 4CF2A 4FK0A 4W5TA 3NBPA 3K59A 5J2PA 4NCGA 4ZTJA 1JLEA 3NH1A 5CYQA 2P5GA 4CJRA 3LP1A 2Z1HA 2OA8A 3F9KA 3LP0A 3NF7A 4CJUA 3QNOA 2G8VA 1X9WA 2ZQBA 3MAQA 3OYIA 1U04A 4H4MA 4O44A 3OS0A 3QETA 1ITGA 1UAXA 3NGYA 5HRPA 3NGZA 3EYZA 4J2DA 1RT1A 3HPGA 3P1GA 4CJEA 3RRGA 4E1NA 3NH2A 4DTUA 5HROA 4AH9A 4B9UA 1IKYA 3AVFA 3PX0A 4FJXA 1WAJA 1TKZA 3VQBA 3HT3A 3SUNA 1TKDA 3PX4A 1UOCA 1RDBA 4O55A 1GOAA 4CJTA 4CJ4A 3QEWA 3KKRA 1NKCA 4FLXA 1CZ9A 1WAFA 4RW7A 4DFJA 1TK5A 1J9AA 4ICLA 1HQUA 1XHXA 4CGGA 4JS5A 1SKRA 3AVHA 1LW2A 1S5JA 2B4JA 3C6UA 4BWJA 1IKWA 4YFUA 3SPZA 3EZ5A 4DU4A 2A1RA 1ZBIA 4DQSA 4B8CA 3SQ4A 3K57A 4ELUA 3QINA 4Z4IA 1NOZA 1A5VA 4BE2A 4E1MA 3G0ZA 4IG3A 4CE9A 3KK1A 3NGIA 3V4IA 4DSKA 4F2RA 2X78A 1J54A 1VRUA 4KFBA 4I2PA 1KVAA 4M42A 4Z4CA 2AJQA 4AHTA 3I8DA 2KFNA 1HRHA 3M8SA 3OYCA 1N5YA 1LV5A 4DTSA 1LWCA 1WSHA 4W5OA 2DTUA 3DLEA 5I3UA 1FKOA 1Q8IA 2XY8A 4OKJA 4CJVA 3B6PA 3NF9A 3VQ7A 2G8IA 3HXMA 2G8FA 4DTJA 3SQ0A 3KIOA 3L3UA 4C8NA 3V1OA 1XI1A 4F3OA 4CECA 3SUPA 4E3SA 2R7YA 1KLNA 1EXQA 5CZ2A 1YTAA 1VSLA 2RKIA 1BIUA 3KK2A 3VQ6A 3QERA 2HNYA 3AVIA 4CEAA 4CGIA 1VSIA 3SCXA 4IDKA 1BQMA 4DTOA 4FCYA 1X9SA 1T03A 4NCBA 5FRMA 1NOYA 4EP5A 3RR8A 4KV8A 1NKEA 2KZMA 1VSHA 2YHBA 4CJLA 3VQ8A 3VQPA 2X6NA 3MEEA 4HHTA 4CESA 3CQ8A 2PYLA 4B8AB 4B9MA 4DF8A 4KO0A 5J1EA 1RBUA 1O1WA 2JLEA 2QXFA 4AHCA 4I2QA 1Q9XA 1REVA 4CHYA 3JSMA 4WE1A 3F73A 3ZCMA 3DLKA 4CGDA 3OJUA 2A1SA 3VQ4A 4E7KA 3TAGA 4Z4FA 4DSEA 1VSEA 4CEDA 4CJ3A 4BDZA 4FJIA 4M3RA 1KTQA 2BGGA 2ATQA 4DTRA 3NH0A 2ETJA 2Z1IA 4DFMA 2P5OA 3OYNA 4CF8A 1BISA 1VK0A 2HW3A 4F4KA 2DFFA 5HRNA 3LWLA 4CEQA 3PX6A 2HHUA 3V9WA 3ZSYA 4CF0A 4DS4A 2HHXA 5SZTA 3L2VA 1RT6A 2HNZA 2G8KA 2DFEA 4RW6A 4I9QA 3SQ2A 3VQ9A 3JYTA 1L3SA 1JKHA 1CXQA 3K5NA 4CFCA 4N5SA 5C24A 4FYDA 1Z25A 2IGIA 2YNFA 3QO9A 4FLYA 4OKKA 2HHQA 4QCLA 3V81A 1QE1A 3HM9A 2HVHA 5CZ1A 4KTWA 5HP1A 1SKSA 3SJJA 1VSKA 3AVJA 3NFAA 1FXXA 2Q3SA 5D3GA 3LAKA 3NAEA 4DWIA 3HPHA 1KLMA 1SV5A 3ISNC 2Y1JA 4FZZA 1FK9A 3RMDA 3NF6A 3ZSQA 3DOLA 3H08A 3OYKA 1WSFA 5DK5A 4BACA 1ZBHA 1BI4A 2RPIA 4KHQA 2HVIA 1RT5A 1B9FA 4DFPA 1C1AA 3O4NA 3V1RA 4JRQA 2OZSA 2PY5A 3OVNA 1DLOA 4C8KA 1BHLA 3AO3A 3DRRA 4CJSA 3KLFA 3TANA 3PO5A 4CJFA 4E0DA 3OYMA 3LPUA 4M3XA 4KI4A 4KHYA 3C95A 4QOZB 4M3ZA 3TR8A 4AHUA 4PQUA 3O3FA 2NUBA 3A2FA 4OVLA 1RTHA 1L3VA 3AVBA 3WNHA 4CIFA 1VRTA 4W5RA 1SL1A 1LWFA 3ZSOA 2G8UA 4K8XA 4B9SA 4G1QA 4Y1CA 1TV6A 1RBRA 1HYSA 1RT3A 1TVRA 3OYLA 3NCIA 3TI0A 4LH4A 3QIPA 2YNHA 1NJYA 2PZSA 3V1QA 3DLGA 4O4GA 3U6FA 1ZBUA 2OPQA 1ASWA 4BE0A 4UQGA 4DU3A 4OGCA 3QESA 4Z4GA 2DY4A 2OYQA 1C0MA 2OPSA 1UA0A 4C8OA 4ELTA 2IC3A 1T05A 4CJPA 3IS9A 4OPJA 2G8WA 4IFVA 1NKBA 4FJKA 2VWJA 4FK4A 4AHSA 4XIUA 1NJXA 1YTUA 3AO2A 2HHVA 4B9VA 1S1TA 2X74A 4B9LA 2GUIA 4FJHA 3CG7A 1A5WA 4NYFA 3CM6A 3UIQA 3NF8A 1JLQA 2IDOA 4W5QA 3SV4A 1D9DA 3S9HA 2QKBA 1JXEA 1N6QA 1QHTA 2QKKA 4Q0BA 1YT3A 3SZ2A 1HMVA 3ZT0A 2OPRA 1S9EA 1J5OA 4FVMA 3LWMA 3QNNA 5KGXA 2Z1JA 4KI6A 4KB0A 4FM2A 4FJ8A 3TAMA 3HSTB 4FK2A 3SV3A 2JGUA 4E19A 3TAQA 1D8YA 2KZZA 4CERA 2PYJA 3KLGA 4CEFA 5KI6A 4JRPA 1C0TA 3RMCA 4Z4HA 1WSEA 1KFSA 2W42A 1EETA 1T7PA 1L3UA 2XY5A 3V9UA 3QEXA 4KTZA 1EX4A 1J53A 1RILA 4E89A 1RT2A 4B9NA 4CGFA 4HUGA 1BGXT 1QSSA 2F8SA 3RR7A 1WN7A 4OJRA 3VQ5A 4J2BA 3OYEA 1VSJA 3PUFA 4NCAA 4M45A 1S1WA 5FROA 2P1JA 3RMAA 4HTUA 1IKVA 2GBZA 4M3YA 2HHWA 3AO4A 1X9MA 4W5NA 1F21A 1B92A 1ASUA 3M8RA 4FW1A 2YV0X 4RW4A 3KLEA 3AA2A 4KHNA 4RW8A 4HUFA 2O4IA 3AVLA 1RDCA 3LZJA 4OLBA 3ITHA 1UWBA 4CGJA 3HJFA 4M3TA 3DM2A 4C8LA 1TKXA 2HHTA 3THVA 3V9ZA 1Y97A 2WOMA 4C8MA 2P51A 4FJLA 1RTJA 2YNGA 1JLCA 2F96A 4CGHA 1JLAA 1BQNA 3DRPA 4MQ3A 3AO1A 3DLRA 1NK0A 3KTQA 2OPPA 3RWUA 4L8RB 4PWDA 4F8RA 3VQCA 3AVAA 4DS5A 4B9TA 4GMJB 2E6MA 5KRTA 1HNIA 4FLWA 4DTPA 3RTVA 2YNIA 4CEZA 3RMBA 4ID1A 1BL3A 3BGRA 4I9LA 3OYHA 1L3TA 3NHGA 1RTDA 1JLGA 3NDKA 2XY7A 2YHAA 4CEOA 4FLUA 1CXUA 1TGOA 3QLHA 4E7HA 4DQPA 4H8KA 4LSNA 4FJJA 2KQ2A 3OYFA 4ID5A 4HCBA 2VG6A 2I5JA 4RW9A 3DLBA 3VQQA 3ULDA 3VA0A 2G8HA 5DMRA 4O0IA 1C6VA 2HHSA 4CHQA 3G10A 5E41A 4OGEA 3NE6A 1TK0A 1WSJA 4DSLA 4ZHRA 1QSYA 4EZ6A 3ZSWA 2HMIA 3AO5A 3SI6A 4CJQA 4DFKA 4F3TA 2HNDA 1HQEA 3HVRA 1KVBA 3LZIA 2XO7A 3TABA 4DSIA 1CLQA 4FJ5A 3TAPA 1ZBFA 1T8EA 2HB5A 3IAYA 4CIEA 3BDPA 1TK8A 5FRNA 1VSMA 4Z4EA 4PY5A 4KHWA 1C1BA 3TAEA 2FBXA 3LANA 3V6DA 4AILC 1S6QA 3KD5E 3I0SA 3HK2A 3C94A 4FLZA 2VWKA 4OPKA 1W9HA 3I0RA 5T7BA 4BDPA 1TAQA 2BANA 3HP9A 3LAMA 1K6YA 3O3GA 1YVUA 1JXBA 3OS1A 1ZYQA 4N41A 2FBTA 2FBVA 5KGWA 3DOKA 1BCMA 5C25A 1NK6A 1B9DA 3P83D 4ZTFA 1Q9YA 3ZT1A 1XC9A 1RT4A 2RF2A 3OYJA 5HBMA 1IO2A 1IKXA 4Q5VA 3SUQA 1RDDA 1WSIA 2FBYA 3TARA 4BDYA 1XHZA 3QIOA 1GOCA 3M8PA 3FFIA 3OS2A 4FZXC 1SL0A 3ASMA 4IKFA 4FJ7A 4HVJA 4K8ZA 4OLAA 1LAVA 1U49A 3U3YA 3LDSA 4DQRA 2E4LA 4HCCA 1LAWA 1KRPA 4FJMA 4FM1A 1WNSA 1JL2A 1TL3A 3AV9A 3ZT4A 4CCHA 3DYAA 3ZT3A 3VA3A 3ZSXA 4CHZA 4FLVA 4I7FA 3AVMA 3L3VA 4RG8A 3IRXA 3OYDA 3O4QA 4LD0A 3K5LA 3V9SA 4EP4A 4KTQA 2XHBA 2WONA 3DI6A 1C1CA 4FW2A 4BWMA 1I3AA 3SYZA 3RRHA 1QS4A 3AVCA 4Z0UA 3HP6A 5KTQA 4E7IA 4KB1A 4KHUA 2XY6A 4KRFA 3WNFA 1RNHA 3T3FA 1IH7A 1KVCA 4FJNA 3D0PA 1BI4B 4DTNA 3ZSRA 1BIZA 2VG5A 3K2PA 4E7LA 3KKSA 1G15A 4Y1DA 5EU7A 4BE1A 3P5JA 1RT7A 4IBNA 1HNVA 1NK5A 2KW4A 5KRSA 4B3OA 4KPYA 2ZD1A 3CFRA 3QEVA 3S3NA 1U45A 1RBSA 3VQDA 2O4GA 4ELVA 2KTQA 2B6AA 2GV9A 3MEDA 3SUOA 3K5MA 4CEEA 1D9FA 4LH5A 2ITGA 3T19A 2E6LA 3V9XA 4FJGA 1WLJA 3AA4A 3ZT2A 3L2UA 4E7JA 1SKWA 2IS3A 3CFOA 3O3HA 3DLHA 2YKMA 1S6PA 4OKEA 1Z26A 3K58A 1U48A 3AVNA 5J2NA 1JLFA 2BE2A 1RDAA 1EP4A 1UA1A 3L8BA 4CFDA 3M8QA 1NJZA 3HVTA 2D0AA 4R5PA 3KK3A 4JLHA 4CF1A 4N56A 3HPOA 4PA1A 3L2RA 4PUOA 4CJ5A 1D5AA 3LALA 4QAGA 1NK7A 5FDLA 3MXMA 5C42A 3OY9A 1TKTA 3ZSVA 4J2EA 3MXIA 4CF9A 4H4OA 4HUEA 1NJWA 3DRSA 1R0AA 2D0BA 3LP2A 4DTMA 2Z1GA 1KFDA 3CM5A 4CFAA 3VQAA 4CK1A 3KD1E 4B08A 3TWHA 2IOCA 3DMJA 1RTIA 3AVGA 3PO4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AA3A 1SL2A 3KLHA 4K42A 4DHYA 1QQCA 4M3WA 2O8BB 4PKHA 4DV0K 3THWB 4M7YA 3ZX3A 3HYFA 2BDPA 1U4BA 5BPNA 2DFHA 5AQWA 4DSJA 5CY4A 1VSDA 4DR2K 1XWLA 4DQIA 1FW6A 1TYQB 1FKPA 1J5EK 4DV3K 4CHOA 3TSUA 3MK6A 4FJ9A 3U3GA 2YHWA 1KAXA 3ZSZA 5BN9A 1YJWN 1KSPA 2OZMA 1LWEA 1RBVA 2P9LA 3B6OA 4DLGA 1HPZA 2V7YA 1QTMA 4CJWA 4WQ4C 1QSLA 1TL1A 5EXWA 4DU1A 3MN5A 4IG0A 2FXUA 5TKYA 3CFPA 3VEOA 1HYVA 3WNGA 4EFHA 4DG1A 5KPTA 1IG9A 4WQ4A 4KHSA 2F8TA 2DPNA 3S3MA 3T1YK 1Q18A 3LPTA 4YNQA 1NK4A 4HWIA 4CD1A 5BRHA 1SUQA 4KKOA 5I42A 1KAYA 2IAJA 3CCSN 3SPYA 4QS7A 4I6MB 1EKEA 3CYMA 1OH8A 2A3ZA 4WFNL 1LOTB 4W5TA 3NBPA 1JLEA 3O6WA 2O8DB 4CJRA 2Z1HA 1NNEA 1N33K 1X9WA 3CIPA 4H4MA 3NGZA 1UAXA 3DXKB 1RT1A 5HROA 4B9UA 3PX0A 3CMEN 4FJXA 1TKZA 3VQBA 3HT3A 3D7EO 4FOEA 1UOCA 1GOAA 4CJ4A 2UXCK 3LDNA 1CZ9A 3WEEA 1J9AA 1XHXA 4BR5A 3EZ5A 5JVHL 4B8CA 2HHHK 3QINA 1K8KB 1OVQA 1A5VA 3G0ZA 4CE9A 3LDPA 4B3SK 3UKUA 4A2BA 2QI2A 1HRHA 3OYCA 4DTSA 1Y64A 1LWCA 4W5OA 1Q8IA 2CH6A 4OKJA 5AQNA 3B6PA 3VQ7A 1YAGA 3UKRB 3ZX2A 3KHYA 3L3UA 4H0PA 4H0VB 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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