3VQCA

Hiv-1 in core domain in complex with (5-methyl-3-phenyl-1,2-oxazol-4-yl)methanol
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
151
structure length
141
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPSMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
total genus 49
structure length 141
sequence length 151
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vqcA00
4DTXA 3FFIA 4BACA 3H08A 3DOLA 1LWFA 1IH7A 4CJEA 2X78A 4IFVA 4M3RA 3ZSVA 4CJ5A 4DSEA 4FW1A 2KQ2A 4DQPA 2IDOA 3NH1A 2DFHA 3SQ2A 3RR8A 1NJYA 3VA0A 4DFJA 4B9TA 1NK8A 1BCOA 1JL2A 1BHLA 3KKRA 4KI6A 4ELUA 4OKKA 4E0DA 1U49A 4B8AB 1Q9XA 4JLHA 3M8RA 2G8KA 1J5OA 3ASMA 2F8TA 2VWKA 1G15A 3KK2A 3NHGA 1GOBA 4FJXA 1RBSA 1TVRA 1XI1A 1NJWA 5HRRA 5JS1A 3DYAA 5HRNA 1TV6A 4IFYA 4FJMA 2KFNA 3KKSA 3DRSA 1RDBA 3C6TA 2XY6A 3HPOA 1NK5A 1YTAA 4Z4EA 2HVHA 4BWMA 3A2FA 1FKOA 4F4KA 4RW7A 3OYFA 2IOCA 4BE0A 3HP6A 4DLGA 5E41A 3V9XA 3QETA 2OA8A 4HCCA 1BQNA 1IKWA 4E1NA 4Y1CA 4HUGA 5DMRA 4OPJA 3TAFA 1SL2A 1L3TA 1WNSA 4CIEA 1QSLA 2VG5A 4RW4A 3QIPA 3RRGA 4OKEA 2HHQA 2YKNA 3C94A 4RG8A 1WSGA 3AVMA 4CJKA 3HVTA 1RT4A 4CK3A 4ZHRA 3RTVA 1IG9A 1LAWA 3IS9A 1Q9YA 4DQIA 3NF6A 1T8EA 3VQ4A 3RR7A 3M8QA 4N76A 5HP1A 2HW3A 2QXFA 3MEGA 3NF9A 1LW2A 3AVLA 4CFAA 3U3YA 3DOKA 3PUFA 3V9SA 1A5XA 5CY4A 4HUFA 3V9WA 2KFZA 4BE1A 2B5JA 4CHYA 3S3OA 4C8OA 1F21A 3QLHA 2IC3A 4HTUA 1ITGA 1TK0A 4J2BA 3OYNA 4GVMA 4PQUA 4CF8A 4DU3A 3TANA 4DMNA 2Q3SA 3PY8A 2HHUA 2XHBA 4DTPA 1UWBA 4FLUA 4UQGA 1ZBHA 3AA4A 3D0PA 4R5PA 1A5VA 1N6QA 4KKOA 1RT6A 4F2SA 4MFBA 4XIUA 3AVKA 4FLXA 4FJKA 3DLRA 4OLAA 4M3YA 1IO2A 2XY7A 3AO5A 3DRRA 1S6PA 3QESA 1BIZA 4DLEA 4FK0A 5JS2A 1EP4A 1S5JA 4KTQA 4KRFA 3KK3A 4KFBA 4FZXC 4KHNA 3K5OA 3OYCA 2VWJA 4IG3A 3NGIA 2G8UA 3DMJA 3JSMA 4CEFA 1RBVA 4ZTFA 4ICLA 3K5LA 3V1OA 4DTMA 3U3GA 3KTQA 1J54A 2BE2A 4W5OA 1C0TA 1L5UA 2YHBA 1TKXA 4LH4A 3OS1A 3KLHA 4DTNA 1IKVA 2OPPA 4MQ3A 2OZMA 4IKFA 1TKTA 1R0AA 4FJNA 3ZSOA 4I2QA 3SQ1A 4CJVA 4PY5A 4CJLA 1O1WA 2Y1IA 1HYVA 2E6MA 3P1GA 3ZSXA 1ZBLA 1RBRA 1TKDA 1L3UA 4M45A 3BDPA 3LDSA 1BI4B 3L3UA 4AHVA 3ZSWA 2DFEA 5J1EA 3AA5X 4FZZA 1W9HA 2P5OA 1VSLA 3NE6A 2KZMA 2DFFA 3CYMA 3QINA 4FM1A 1NJZA 2ZE2A 2PYJA 3S9HA 4E7KA 3L2WA 1VSMA 2I5JA 4I9LA 3K5MA 1ZYQA 2FBXA 3RRHA 4E7IA 4E89A 3T1AA 4DTSA 3QNOA 1BQMA 4CEQA 3OYEA 1RDCA 2YNHA 3IRXA 3LP3A 1D8YA 4FJ5A 5FDLA 4F3TA 4KTZA 1SV5A 3TAPA 1CXUA 3HL8A 2Z1JA 1Q8IA 3LALA 2ATQA 1RCHA 1L3SA 1HJRA 3OYMA 4JS4A 3L8BA 1WSFA 4IBNA 3HM9A 4WE1A 3T19A 1WLJA 1SL0A 1NJXA 4F3OA 3NBPA 1JLFA 4NCGA 4CF1A 3TI0A 2LSNA 2VG6A 3OVNA 4KREA 3HXMA 1JKHA 1RT7A 3SCXA 4Z4FA 3SJJA 3OYDA 2ZQBA 1WSIA 4CHQA 2RKIA 1RT5A 3AVBA 3NFAA 3HJFA 3DM2A 3QEWA 1TK5A 3P5JA 3KK1A 3NCIA 3DLBA 4LD0A 4Q5VA 1S1TA 3UIQA 1DLOA 3NF8A 3TAEA 1WN7A 1RILA 4CEEA 3F9KA 1LWCA 4FW2A 3RMBA 4DSFA 2YNFA 1BGXT 4I7FA 3ZSZA 4FJLA 4DQRA 4PWDA 1I39A 1SKWA 4B9MA 3WNGA 4O5BA 3VQ9A 4AHTA 4CJRA 3M8SA 4IDKA 1S6QA 2G8WA 2HHXA 4CGJA 5DK5A 4HVJA 3NDKA 3IAYA 2HNDA 2XY8A 1U48A 3V9UA 1KTQA 2IS3A 5HRPA 1JLAA 4CCHA 1GOCA 4ID5A 1BISA 1VRUA 4FK2A 1ASWA 1LWEA 1BL3A 2E4LA 4DTOA 3NGYA 3HP9A 3D45A 4PA1A 4RW8A 3V1RA 2YKMA 3ITHA 2E6LA 2GBZA 3M8PA 3AV9A 1W0HA 4DS5A 1HQUA 1HMVA 3WNFA 4CEZA 4CEAA 2IGIA 3B6OA 4CIGA 4CIFA 4Z4CA 3NH2A 3L2UA 3K57A 4CE9A 5CZ1A 3PX0A 1NOYA 4KHSA 3DI6A 4FJHA 4QAGA 3U6FA 3SI6A 4KHWA 2HHVA 1ASUA 5EU7A 3KLGA 5HLFA 4JS5A 3ZT2A 4CJFA 3OS0A 2GUIA 1XHZA 3EYZA 5FRMA 3PO5A 4FLZA 4EZ6A 5CYQA 2BDPA 4B9NA 1NOZA 3QO9A 4K8XA 4AHSA 3AA3A 2PY5A 3SQ0A 1RNHA 2PZSA 4CJ3A 3K2PA 1EXQA 3ZCMA 4N41A 1LV5A 3LWMA 3AO3A 2P1JA 3B6PA 1NK4A 1WSHA 1FKPA 3WNHA 2D0BA 1KVAA 2YHAA 3C95A 1FXXA 2YV0X 5KTQA 3OYGA 3OYIA 3OJSA 4FM2A 3PX4A 4KHQA 1I3AA 2QKBA 1JL1A 4FJ7A 1WSJA 3LP2A 2Z1IA 5KRSA 3F73A 4FLTA 4FJGA 4HHTA 3ZT3A 4FK4A 5HBMA 3BGRA 4E7LA 3CQ8A 4KB0A 3OYAA 4OVLA 1C0MA 4CGIA 4B9VA 1YTUA 1IKYA 3TAQA 2F8SA 3DLEA 4Z4IA 3RMCA 1RBUA 5K14A 3HPGA 3SUQA 1NK6A 4M3WA 3KIOA 3RMAA 4F8RA 4CGGA 4RW9A 1TL3A 4KV8A 1JLGA 3VQQA 4BDZA 2HHSA 1VSJA 3ULDA 1RTJA 1DTQA 3AA2A 3L3VA 3TARA 3QIOA 4CFDA 2G8VA 1VRTA 1HNVA 5I42A 4FM0A 3LPTA 4E19A 4I9QA 3HSTB 1CZBA 1BI4A 1YT3A 4DS4A 3AVGA 3V6DA 3KLFA 1RBTA 4PUOA 4B8CA 1EETA 3RWUA 1X9WA 2YNIA 4M3XA 4Z4GA 3VQDA 4YNQA 2BGGA 3NH0A 3V81A 4EZ9A 3KD5E 2FBTA 4AH9A 1T03A 4KHYA 3VA3A 4DFKA 3AVAA 1D5AA 2Z1GA 3ZT4A 3K59A 4DSLA 3DRPA 4C8LA 3CG7A 3S3NA 1UAXA 3VQPA 4O0IA 2R7YA 5FROA 4M42A 4CJPA 4DTUA 1EX4A 2JGUA 1WSEA 5HROA 4YFUA 3AVJA 4J2AA 1VSKA 3KLEA 4B9UA 3LP1A 3NGZA 3QEPA 3SZ2A 4CGHA 4E7HA 4CF0A 2QKKA 4H8KA 4JRPA 3T3FA 5FRNA 4CECA 3VQ5A 1KFDA 3CFOA 3EY1A 3I8DA 2O4GA 4GW6A 2G8HA 2KW4A 3OYBA 4B08A 3OYLA 4ID1A 1QSSA 2D0CA 1HPZA 4CJ4A 3IG1A 4FLWA 4CEBA 4DF8A 1ZBIA 4CGDA 4DQQA 1C6VA 4Z4HA 1TL1A 1SL1A 1SKSA 3RMDA 3SUOA 4DSJA 3DLKA 4OJRA 4B9SA 1NKCA 2OYQA 1J53A 2JLEA 1FK9A 1RDDA 2Z1HA 1YVUA 2WONA 3TWHA 4LSLA 1JLBA 3NAEA 2HNZA 4DFPA 2HMIA 1NKEA 3OYHA 3TAMA 1X9MA 3LANA 3G0ZA 3TR8A 3OYJA 1KCFA 3LP0A 1S1WA 4FJ9A 2GV9A 4DSKA 4CFCA 4O44A 1RDAA 4ZTJA 2FC0A 3ZT1A 1S1UA 4QCLA 2ITGA 4J2DA 2HNYA 2RN2A 3OS2A 4W5NA 4FJIA 3SPZA 4LH5A 4Y1DA 1JLCA 4HUEA 1JXEA 4G1QA 2Y1JA 1N5YA 3AVHA 3SV4A 2HHTA 5J2QA 4GMJB 3AO2A 4AILC 4J2EA 4N5SA 3L2RA 4KTWA 4M41A 1RTHA 3SYZA 4B9LA 1C0UA 1ASVA 4AHUA 2OPQA 5CZ2A 4KO0A 4EP4A 3CFRA 1C1CA 1MU2A 1C1BA 2X6SA 1TAQA 1VSFA 1KVBA 3O3FA 3QEIA 2DY4A 1KSPA 4CERA 1KLMA 1D9FA 3HYFA 3OJUA 1K6YA 5T7BA 4M3TA 1KLNA 4CF9A 4IG0A 3I0SA 3CFPA 5HRSA 4FLVA 2A1RA 3C6UA 1ZBUA 3V4IA 3AVFA 1HQEA 3MXIA 4KHUA 5KRTA 3AVNA 1CLQA 4M3ZA 2G8IA 1BIUA 4NCBA 1VSEA 1KFSA 1RTDA 1B9DA 1VSDA 3ZSRA 3LWLA 4BDYA 3QNNA 1REVA 4W5TA 1Z25A 3KLIA 4BDPA 4CESA 1T05A 5KI6A 4DU1A 4LY7A 4DF4A 3AVCA 3LAKA 1VK0A 3CM6A 1X9SA 1QTMA 1J9AA 4I2PA 1U45A 4F2RA 4CGFA 4FXDA 1LAVA 5SZTA 1TAUA 3I0RA 1CXQA 2WOMA 1UOCA 1KRPA 1WAJA 3ALYA 3VQ6A 4DG1A 5KGXA 1Z26A 4QOZB 2IAJA 3MEEA 4EP5A 2PYLA 3SQ4A 4CJSA 2D5RA 3V1QA 4O4GA 4H4MA 2DTUA 1S1XA 4H4OA 1XC9A 3KD1E 1CZ9A 4ELTA 4CEDA 4NYNA 4O0JA 1B92A 4CJTA 1VSHA 1NK0A 3O4NA 1UA1A 4CFBA 4Z0UA 2O4IA 4M3UA 2ZD1A 3PV8A 4DSIA 2P5GA 5SWMA 2XY5A 4OPKA 2F96A 3QERA 3QEVA 3VN5A 3QEXA 4DTRA 4OLBA 3S3MA 2BANA 3VQEA 1RTIA 5J2PA 4CHPA 4CF2A 2HVIA 1HYZA 3P83D 2QK9A 1RT1A 1QE1A 4CK2A 4LSNA 3HT3A 3SUNA 1U47A 1QS4A 1Y97A 4N56A 4W5QA 3MAQA 2VG7A 4CHZA 2RPIA 5C42A 5CYMA 4FCYA 4DU4A 1U04A 2EX3A 5KGWA 3OY9A 4DQSA 1EKEA 2X6NA 3LAMA 4AHCA 1L3VA 1S9GA 3CM5A 3SUPA 3NF7A 3K58A 4NCAA 2AJQA 4E1MA 3WNEA 4FLYA 3LZJA 1S1VA 3O3HA 4AHRA 2W42A 4DWIA 3PO4A 2OPSA 3DLHA 4L8RB 4ELVA 4CJQA 3THVA 1D9DA 1VSIA 1ZBFA 2HHWA 1WAFA 2KTQA 3HO1A 1JLEA 2B4JA 4E3SA 3G10A 3DLGA 1JLQA 1HRHA 1UA0A 4B3OA 3KJVA 5C24A 3AO1A 4KAZA 3TABA 5C25A 3AO4A 4OGCA 3HVRA 3TAGA 1X1PA 1HNIA 3VQ8A 4FJ8A 5I3UA 2D0AA 2FBVA 4NYFA 4RW6A 3LZIA 1NK7A 4HCBA 4K8ZA 4N47A 3VQ7A 4CHOA 1NK9A 4KI4A 2KZZA 4KPYA 1IKXA 1B9FA 3O4QA 1TGOA 2RF2A 3L2QA 2HB5A 3MEDA 3JYTA 3EZ5A 4BE2A 1TK8A 3MXMA 1RT3A 5J2NA 4FYDA 2P51A 1HYSA 3OYKA 4JRQA 4C8NA 4BWJA 4C8KA 3ZSYA 4CEOA 4C8MA 2A1SA 1XHXA 4O55A 1QHTA 1GOAA 3VQBA 3SV3A 3HPHA 3VQAA 3SNNA 4FJJA 4OKJA 3VQCA 2NUBA 2EHGA 4CHNA 3O3GA 2XO7A 4DFMA 5D3GA 1TKZA 4CJWA 2B6AA 3AVIA 4Q0BA 2OPRA 3MXJA 1NKBA 2OZSA 1JXBA 3SPYA 2X74A 3MECA 1QSYA 4KB1A 3V9ZA 3K5NA 1SKRA 2FBYA 1A5WA 3E01A 4W5RA 4E7JA 5J2MA 3ISNC 1LW0A 4DTJA 1S9EA 1C1AA 4FVMA 1RT2A 1SUQA 3L2VA 1U4BA 4CJUA 1KVCA 1T7PA 3HK2A 3LPUA 3ZSQA 1XWLA 2YNGA 1QQCA 4TSXA 1BCMA 2ETJA 3PX6A 4CK1A 2G8FA 4FZYA 3ZT0A 1DTTA 2XRIA 4OGEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DTXA 4BQZA 4FW1A 2DFHA 4CZFA 3VA0A 1Q81O 3SK3A 4B9TA 4BRNA 4ELUA 4OKKA 4E0DA 1YUWA 1U49A 4DV4K 3MDQA 3ZX2A 2VWBA 2F8TA 5TKYA 3QB0A 3BUZB 1TVRA 1OH6A 3OBYA 5HRRA 3DYAA 4IFYA 4FJMA 2NRXA 2YJEA 3DRSA 3KKSA 4NB4A 1TYQA 3HPOA 3T1YK 1QVGM 4BC2A 4BWMA 3S41A 4B1ZA 3OYFA 2IOCA 3HP6A 3SMSA 3V9XA 3QETA 4HCCA 2BTFA 1NG9A 2W41A 4Y1CA 5DMRA 3TAFA 4CZHA 1QSLA 1DT9A 4IO8A 4RW4A 3O1WA 3RRGA 4UY8O 1QQMA 4CK3A 4CJKA 4KHNA 3HVTA 1RT4A 5AQNA 4OX9K 2V51B 3IS9A 1TYQB 3ATVA 3NF6A 4JI2K 3VQ4A 4U7BA 4N76A 5HP1A 3LM9A 1LW2A 3DOKA 3PUFA 3V9SA 3EZWA 4JHDA 3V9WA 2KFZA 4BE1A 3KHYA 4LF5K 3THYA 2P9NA 1ITGA 1IBMK 4J2BA 3OYNA 1VQ4N 4GVMA 1ZBSA 4BRIA 1BOTO 3WEEA 1ZBHA 2E2QA 1N6QA 1RT6A 3J7YP 4FWQA 3O9TA 1GLJO 3DLRA 1T6DA 4JHDB 4OLAA 1N34K 3VGMA 3QESA 5GIPA 3THYB 5JS2A 2P9NB 4KTQA 2GX9A 3O8MA 4IEEA 3FZFA 3WEEB 3K5LA 3KTQA 4LF9K 3RVCA 2BE2A 1C0TA 2P9LA 1M1KO 3CXCM 4BRHA 3KLHA 1IKVA 2OPPA 5ADXH 3NVKA 2ASPA 4CZKA 1HYVA 2E6MA 2VGMA 4JI8K 4AHVA 3ZSWA 2DFEA 1D4XA 4FZZA 1Y64A 5BRHA 1Z05A 2DFFA 1NJZA 3A5OC 3CF5L 2ZE2A 1VQLN 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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