4B1YB

Structure of the phactr1 rpel-3 bound to g-actin
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
375
structure length
364
Chain Sequence
DEDETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 136
structure length 364
sequence length 375
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1yB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1yB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1yB03
2W40A 1WUAA 5CE3A 1MA9B 5AQIA 3FZHA 2Q36A 5E26A 4BRHA 4BRAA 2CGLA 5FPDA 1BWFO 1BU6O 3BEXA 3ENOA 3MN5A 3VEYA 4BRDA 4CBWA 3S41A 3VEXA 4JN4A 5B8HA 4FWOA 4EIAA 1MDUB 3H3NO 1C0FA 1U2VB 1X3NA 1H1VA 3O8MA 4H0TB 1NBWA 3VEOA 3DJCA 2HF3A 1U2VA 3R6MA 3H1VX 5I9EB 1SZ2A 4CZHA 3BP8A 5AQZA 5F1XA 1C0GA 4BRGA 3CIPA 4CZGA 4H5TA 1BOTO 3ENHA 4PL7A 2NRHA 2YJEA 1RGIA 5AQJA 1HKBA 5F2RA 1DGKN 1HJOA 4FL9A 3IMXA 2A5XA 5AQLA 4IXCA 3F9MA 5BRFA 2VCPA 1BG3A 3DWLA 2D0PA 5KQ8A 4HWIA 3VPZA 1T44A 3JS6A 1QZ6A 3I8BA 4BG9A 5BPLA 5AQUA 2EWSA 4CZEA 4DCHA 2GTDA 2FSKA 5AZIB 5F0XA 2A41A 4FPBA 2FF3B 1IG8A 3EZWA 5AZIA 3GOIA 3WXLA 4CBXA 1ATRA 4MLEA 3J8AA 3MCPA 2F9WA 3FZMA 2Q0RA 2CGKA 4H03B 3WT0A 2V7ZA 4H0XB 1EQYA 3WXIA 1V4SA 1NGJA 1NGAA 3VGMA 1DEJA 1TUUA 2YJFA 4C23A 3LDLA 1NGDA 3VGLA 4IZ9A 2V52B 3MN6A 5BRDA 4B1XB 3L0QA 4FWSA 3DAWA 3CQXA 3WQUA 4CD3A 2OANA 5AQKA 3VF4A 3A5MC 3O5BA 1JCGA 3LL3A 4BRMA 5AQYA 5KPTA 4E1JA 1KAXA 1GLJO 4JAXA 4RCHA 4FWKA 2ZWHA 3MDQA 4BRCA 4BQZA 4H0VB 4BR4A 2FF6A 2GWKA 1ATSA 5BPNA 2ZGYA 3MN7A 2P9PA 2Q97A 4CZIA 5AQHA 3UKRB 4BRNA 4CZFA 4XH5A 4BRIA 3UKUB 3UKRA 4NO7A 2P9SB 2DPNA 2Q31A 3SLCA 3UKUA 2IVPA 1NGEA 2P9SA 3U8XA 2GWJA 3CJAA 4H0OA 2QWNA 1BUPA 3G25A 3DXKB 4K41A 3TPQA 4CI6A 1HPMA 3DXKA 4FOIA 4FO0A 4A2BA 4A61A 1QZ5A 4FWNA 4O5FA 4B1UB 3QDKA 3LDPA 1JCFA 2FXUA 2GELA 3HSCA 1LOTB 2Q0UA 1GLDG 2A3ZA 3EKUA 2P9UB 1YXQA 5AQMA 4A62A 3FLCO 3VEWA 4BREA 2P9UA 3H3OB 3KZBA 3O4WA 3AARA 2NZTA 3C7NB 1NGGA 5KPZA 4BROA 2IIRA 2YHYA 3HTVA 3GG4A 4DQ8A 1TYQB 1MWKA 3MK6A 3CQYA 3QMLA 3BF1A 3MN9A 1GLBG 1QHAA 3H45C 4AM6A 3GBTA 1U6ZA 1GLCG 3U9ZA 4CZKA 3BF3A 1SQKA 1YUWA 2HMPA 4WQ5C 4MLHA 4WYBA 1NGBA 2F9TA 3CJBA 1GLEG 4FWRA 5BN8A 5FPNA 1HX1A 3VGKA 4FSVA 4CZJA 3M6GA 4CD1A 4IJNA 3SK3A 5BRHA 3LDOA 2QWQA 3ATVA 3M3ZA 5AQNA 3HI0A 3IDHA 3BUZB 4MO5A 5AQWA 5AQPA 3R9PA 5JLFA 3EN9A 5TKYA 3IFRA 3QB0A 4BR5A 4Y0WA 2CGJA 2WUSA 1OKJA 2Q1NA 2I7NA 2PBDA 4BR7A 3QFPA 4WQ4C 2FSNA 2ZF5O 4WQ5A 3A0IX 1LCUA 3ATUA 1S3XA 1Z05A 3EO3A 3FZLA 2FLOA 4O8KA 1QQNA 3TU5A 4JHDB 4QS9A 4BVPA 3FZKA 5EVZA 4KBOA 2D0OA 4CZLA 3A5NC 2AA4A 1XQSC 4JHDA 2YI1A 4PL8A 3EKSA 5JMVA 4BRKA 3U9DA 1ZC6A 5AQOA 1MWMA 2I7PA 3R8EA 3UE5A 4EFHA 1YAGA 2V51B 4J8FA 3QICA 3ZX2A 1IJJA 4IO8A 3VETA 4RWTA 4I6MB 1K8KB 4BR2A 3L6QA 4M7YA 4WQ4A 4I6MA 3AAQA 3H6EA 3AAPA 1JCEA 4B9QA 1NMDA 1XUPO 2E88A 2P9IB 3QBWA 4ISEA 4BC2A 3HM8A 5JICA 2QM1A 1QQMA 4BC3A 2P9IA 3I33A 1BDGA 4QS7A 1BA0A 3P4IA 3ZEUB 4PKIA 3QBXA 1Q18A 5AZJB 2QWLA 3ZEUA 1ATNA 1D4XA 1HUXA 2BTFA 2GEMA 1GLAG 3FR0A 3L4IA 2E1YA 4F9OA 4QS8A 4B1VA 4A2AA 3A8YA 2D4WA 4B1ZA 5JLHA 2W41A 2Q2RA 4AM7A 2QWOA 3FE1A 4JD2B 2QWRA 3HBTA 2QWPA 2E20A 4JD2A 4K43A 4NB4A 3O6WA 4H5RA 5AQGA 3UB5A 3O1BA 3CJCA 3EL2A 4BC5A 3ULEB 1V4TA 5AR0A 2A40A 4BG8A 2E2PA 2KHOA 1NLVA 4MO4A 3B8AX 2J4RA 5BREA 2ITMA 3WXKA 5LJVA 1P8ZA 4B1WB 4BC4A 4EAHD 1RFQA 2E2QA 1G99A 4IJAA 3RSEB 5AQFA 1E4FT 1DKGD 4HTLA 3SJHA 2NLXA 3RSEA 3KVGA 3KHYA 2E2OA 4BRQA 4YDUA 2A42A 3C7NA 5BPMA 4BR9A 5BR9A 1NGIA 3W0LA 1TYQA 3O08A 4XH4A 3QFUA 1NGHA 4BVOA 4FWQA 1KXPA 3FZFA 2D1KA 3DXMB 5KPRA 5EOYA 2YHWA 5E84A 3GL1A 1E4GT 3C0BA 3DXMA 3LDQA 3FGUA 3CETA 3D7EO 3VF2A 1BA1A 2QWMA 4PKHA 2ASOA 5ADXA 3VOVA 1KAZA 4FWLA 4FPAA 4M63C 4LC9B 5EY4A 1GLLO 1GLFO 1TUYA 2IVOA 4IWVA 5AQTA 4BRPA 1HLUA 4B1YB 2QW9A 2P9NB 4XH1A 3WUHA 4H5NA 2FSJA 2V7YA 4DHYA 1QQOA 2P9NA 2CH6A 5EXWA 3CJ9A 3CHWA 4EHTA 3HZ6A 1YVNA 4H0PA 3H1QA 3OHRA 5BN9A 3WXJA 2P9LB 3D2EB 4M7XA 3ID8A 2A6AA 2P9LA 4JNEA 2BUPA 3D2EA 1ZBSA 3CJ7A 4FWMA 1HKCA 1T6CA 2HF4A 2IVNA 1BO5O 1X9JA 3VERA 2PAVA 2H3GX 1Y64A 3D2FB 3FFKB 4PKGA 4BRFA 4EHUA 5AQRA 3LDNA 3W3DA 3VESA 4CJ7A 3D2FA 4H5WA 4BQLA 1T6DA 1ZXOA 3AY9A 1K8KA 3WEEB 4ISGA 3CERA 5ADXH 5KQDA 1NGCA 4K42A 4BRLA 5AFUA 3ZX3A 3ZETB 3WEEA 4BR0A 2P9KB 3VENA 3ZETA 4BGBA 1NGFA 3U4LA 2P9KA 4L3QA 3ZX0A 4BGAA 4RTFD 3H46O 3GDQA 5ELZA 4FOEA 3WQTA 3A5OC 2E2NA 2ZGZA 1X3MA 1NM1A 5EX5A 2VYPA 4H5VA 3VEZA 4GNIA 5AQQA 2HOEA 3CJ1A 5AZJA 1NWKA 1J6ZA 3LM9A 1XC3A 3SMSA 1R59O 3A5LC 3GE1A 5AQSA 1ESVA 5LY3A 2QXLA 1KAYA 1RDWX 1S22A 2E8AA 3MMVA 5FPMA 2P9PB 3LM2A 4FWPA 4K25A 3VEVA 2YHXA 4CBUA 2UYTA 3IUCA 4YDUC 2E1ZA 3CI5A 3SMPA 5AFUH 2ASMA 3O1WA 1CZAN 1SAZA 2YCHA 4XEIA 4CZMA 1WOQA 4Z94A 2AP1A 5LJWA 2ASPA 3ULEA 4ISFA 3JXUA 4H0YB 4DB3A 3O80A 5AQVA 3VF6A 1Z6RA 5AQXA 3M1FA 2VWBA 1HKGA 5FPEA 2CH5A 4GY2B 2GUPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3J7ZO 1WUAA 2DTUA 2YX6A 4LFAK 2XHBA 1TK5A 2Q36A 4OGCA 4U7BA 1M90O 3S41A 5J1EA 1NNEA 1RILA 3VEXA 4IEEA 1MDUB 3H3NO 1TVRA 1X3NA 3O8MA 5FLXO 3VEOA 3DJCA 5JS2A 1WBBA 2QXFA 3R6MA 1JL2A 3QINA 4RW7A 5AQZA 3QLHA 3I0RA 1P90A 3ENHA 1RTIA 3L8BA 4H8KA 3HPOA 4B9VA 3EEQA 3ZSRA 2NRHA 3F73A 3BDPA 2G8VA 4AHCA 1HKBA 4DKWA 5BR8K 3O9RA 4FL9A 3IMXA 3F9MA 3DMJA 3LPUA 1BG3A 3DWLA 3LANA 5KQ8A 3NVMA 3VPZA 2NRRA 4DF4A 4DV1K 1QZ6A 4BG9A 5AQUA 2HVIA 4OGEA 2A41A 1K8AO 2B4JA 3T19A 3T3FA 3WXLA 1ATRA 4WF9L 2O8FB 3J8AA 4CEQA 5KRSA 4B3MK 1EP4A 2KKZA 3G4SN 4FJMA 2DFEA 3MCAB 1EQYA 3WXIA 1V4SA 1I39A 4LF7K 3VGMA 1DEJA 4CJSA 4DSJA 4C23A 4HCBA 3LDLA 1NGDA 2VQEK 3HK2A 2V52B 3O9QA 4B1XB 4YY3K 3K0SA 1KFSA 3G0ZA 3WQUA 3B6PA 3A5MC 1JCGA 5AQYA 1KAXA 4JAXA 4JS4A 3R3LA 1WSFA 4ZHRA 4CK2A 3KK1A 1REVA 1HJRA 4FWKA 4LH5A 4IG0A 2O4IA 3O3HA 4CHNA 3KJVA 4JLHA 2GUIA 4RG8A 4F3OA 2OTJN 2VQFK 4W5RA 3KTQA 4Z4EA 3UKRB 2YNGA 3AGKA 2RN2A 1Q9XA 4JYAK 3G6EN 3T1YK 2HNDA 2G8KA 3CD6N 1KVCA 2IVPA 3TI0A 2XY5A 2P9SA 1FJGK 4LSNA 1QHTA 3CJAA 1VSEA 3BGRA 3T69A 4K41A 5C2DA 4OO1J 4CI6A 1HPMA 4FJ8A 4FO0A 3E9PA 1W97L 1QZ5A 3N4PA 1VQ9N 3LDPA 4JI3K 2FXUA 3EE9A 4FVUA 4K0KK 2ZJPL 3THWA 3HP9A 5AQMA 4A62A 3E9LA 5I42A 3KZBA 4CE9A 1VQON 4JKCA 3AARA 3MEDA 4E7LA 2IIRA 5T7BA 3OYIA 3U3YA 3VA3A 3TAGA 4IG3A 3MK6A 4CEEA 2YKMA 4Z4FA 1GLBG 3H45C 4AM6A 1GLCG 3U9ZA 1HR0K 2BGGA 1VQ4N 4E89A 3CJBA 3PO5A 3VGKA 4C8LA 3VN5A 1VQPN 3SK3A 3LDOA 4JV5K 2BANA 3HI0A 3IDHA 3BUZB 1X9MA 1ITGA 4ELTA 5FRMA 4KHPK 3TAQA 3EN9A 3IFRA 1YF5L 4FK2A 5K14A 4M3TA 2WUSA 3CMEN 3K5MA 1OKJA 4M45A 3K2PA 4E3SA 5C12A 1LW0A 3AVAA 4RW4A 2PYLA 3SBGA 4WQ4C 3ZSVA 2UXDK 4DV2K 1LCUA 3ATUA 2FLOA 1NJZA 1A5WA 4QS9A 4W5OA 4KI4A 1WSIA 4CZLA 4B9LA 3NHGA 3V9WA 3EKSA 4BRKA 3U9DA 3AGRA 1ZC6A 4JK9A 2X78A 3UE5A 5HP1A 4EFHA 4OPKA 2D0BA 3CCQN 3HM9A 4RWTA 1K8KB 3AO1A 4BR2A 4YOVA 1LAWA 1KFDA 4WQ4A 4I6MA 3H6EA 2OTLN 1JCEA 4B9QA 4DTOA 4NCAA 1L5UA 1NOZA 3AVNA 3NAEA 4CEDA 4I7FA 3EY1A 2P9IB 4FLWA 4ISEA 4BC2A 3SQ1A 1VHXA 5JICA 4I9QA 1U04A 4FLUA 4FJGA 1VQ5N 1VSDA 4FJJA 4DSIA 1BA0A 4KTQA 4DWIA 4BY9C 3V9UA 1QVFM 3JSMA 3SQ2A 4OJRA 2XY6A 2NRVA 5IT9O 4QS8A 4DV4K 4F8RA 2D4WA 5JLHA 5DK5A 2F4VK 1RDUA 3CM5A 1QVGM 2QWOA 4CJWA 4KHWA 2QWRA 3HBTA 3NGIA 2QWPA 2E20A 3ALYA 4JD2A 4NB4A 4H5RA 2VWJA 1NMNA 3CJCA 3THXB 4IEIA 3THYB 1JLQA 3SUQA 4BC5A 3RMBA 2UXBK 1J54A 1V4TA 2E6MA 3O3FA 4CHOA 2W6KA 2O8CA 2E2PA 1NLVA 3QESA 2FC0A 1HYVA 4JKGB 5BREA 3CCJN 3AVKA 3TWHA 4BECA 1P8ZA 4B1WB 3NDKA 4Z4GA 3RSEB 3TARA 5AQFA 2C1IA 4HTLA 2KW4A 3AO2A 3O9TA 1NK6A 3TANA 5BPMA 4OPHA 1VQ7N 5MLCQ 4BVOA 4Z4IA 4LF4K 1KXPA 3KLGA 1RT5A 3OYFA 2VG7A 2JGUA 4FXDA 5EOYA 5E84A 4DR1K 3DXMA 1IO2A 1J5OA 4JI1K 2OPPA 3BY5A 1BA1A 4AHTA 4AHVA 1KAZA 4FWLA 4B08A 1NK8A 3C94A 5EY4A 1Q81O 1TUYA 3Q7BA 4FW1A 3O9SA 2ZQBA 1QQCA 3WUHA 2FSJA 4IFEA 1HNWK 4DHYA 3HOTA 4EHTA 3OYEA 3CCLN 1JJ2M 5BN9A 2P9LB 4M7XA 3ID8A 4MFBA 2BUPA 1HNZK 3D2EA 3DLBA 4HUEA 3K5NA 4O4GA 1JLCA 4O0JA 1X9JA 2H3GX 3D2FB 3FFKB 4PKGA 1RT6A 3AVLA 3RWUA 1VSHA 4CJ7A 4PUOA 4JI7K 3UIQA 1J53A 2YHBA 4I9LA 5GAEP 3C65A 2P1JA 5KQDA 1J5EK 1GOCA 3ZX3A 3ZSZA 2P9KB 3FFIA 3VENA 3QNOA 3ZETA 1NGFA 4RW9A 1R0AA 3CCSN 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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