4B1YB

Structure of the phactr1 rpel-3 bound to g-actin
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
375
structure length
364
Chain Sequence
DEDETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
source organism Mus musculus
publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
total genus 136
structure length 364
sequence length 375
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1yB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1yB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1yB03
1GLCG 4CD1A 4CZLA 4CZHA 5KQDA 1TUUA 5ADXA 4BC3A 3MN9A 1WOQA 3ZX0A 2F9TA 5I9EB 4KBOA 4FPBA 4CZGA 4K25A 5LY3A 3D2FB 3D2EB 4FWLA 4H0TB 4H0VB 4BRNA 5AQGA 3JXUA 2CGLA 2FXUA 1HX1A 2D0OA 2YI1A 1E4FT 4BRMA 2GTDA 2A6AA 4IJNA 4RCHA 3HI0A 1MWKA 4CBXA 1BDGA 5F0XA 5AQOA 2E2QA 3GOIA 1OKJA 4IO8A 2E2OA 2Q36A 4M7YA 1C0GA 3D2EA 4BC4A 2FSKA 4B1ZA 4PKIA 3U9ZA 4FSVA 4O8KA 1NMDA 5EXWA 3FGUA 1KAZA 4FOEA 3VEOA 2QM1A 1X9JA 2BTFA 5JLFA 3HZ6A 1Q18A 3CETA 2YHWA 3BEXA 4H5VA 4BG8A 4QS9A 5AQWA 3U9DA 1NWKA 2AP1A 3VF4A 5AQHA 2HMPA 5AQMA 4M63C 2YJFA 4A62A 3R6MA 2E2NA 3GE1A 5KPZA 5LJWA 4CZJA 3MDQA 3ULEB 3B8AX 3VESA 4FPAA 1NGEA 3QBWA 3MMVA 1NGIA 1TYQA 4MLHA 4DQ8A 3CJCA 3VGMA 3LDPA 3IFRA 1SZ2A 3M1FA 1CZAN 5AQXA 2Q1NA 4MLEA 3FE1A 4RTFD 1NGCA 4B9QA 3VEYA 3L0QA 3O08A 3DJCA 1NGAA 4NB4A 1BA1A 2FSNA 3C7NA 4BRHA 1YXQA 3ULEA 1SAZA 3HBTA 4FO0A 4I6MB 4JNEA 1QZ6A 1ESVA 1K8KB 1BUPA 2NRHA 2HF3A 3P4IA 4CD3A 1NGBA 3WEEB 2P9LB 5BRDA 2GEMA 4IWVA 1LCUA 3QMLA 2FF3B 3I8BA 4FOIA 1NGGA 1BU6O 2V7YA 3LDOA 4CBWA 5AQFA 1GLAG 2QWOA 2CH6A 4BVPA 5FPEA 3QFPA 4CZFA 1SQKA 1QHAA 3O8MA 4CZKA 3O5BA 4I6MA 1U2VB 5EY4A 3SJHA 1K8KA 3FZKA 1BA0A 2Q31A 1G99A 2E8AA 5BRFA 3FFKB 5BN9A 4BGAA 3RSEB 1KAYA 3BP8A 3HSCA 5AZJB 5JICA 4LC9B 3WT0A 4EIAA 4H0XB 1GLLO 5KPRA 1KAXA 3WQUA 5EOYA 4QS8A 3DXMA 4JAXA 1NLVA 3H45C 1T6DA 1GLJO 3DWLA 4JD2B 3ENHA 5CE3A 4WYBA 2GWKA 3JS6A 2P9NB 4H03B 4H5RA 4H0YB 3BF1A 4DHYA 3EL2A 3MCPA 3U4LA 1V4TA 3RSEA 2P9PB 3CQXA 2E2PA 1QQNA 4M7XA 1BOTO 2ZF5O 4BRAA 1WUAA 3MN6A 4O5FA 4BR2A 3EO3A 4BRDA 2FLOA 3VGKA 3ATUA 4ISEA 2WUSA 1ATNA 1IJJA 4JD2A 4BGBA 5BPMA 3O6WA 1GLBG 3CI5A 5AFUH 3WXJA 2CH5A 3D2FA 5AQNA 4BC5A 2P9NA 2HOEA 5AQTA 4FWNA 5AQYA 3A5LC 3FZFA 4WQ5C 4EHUA 4IXCA 3FR0A 3FZHA 3QBXA 4XH5A 2YJEA 5KQ8A 2NZTA 4CZMA 4BR7A 4K43A 5BPLA 4A2AA 2YCHA 4FWQA 4BQZA 3W3DA 3F9MA 3GG4A 4B1XB 1YVNA 1NGJA 3UE5A 3D7EO 1NGDA 3VEZA 5BPNA 5FPDA 3ID8A 5AQVA 5ADXH 5AR0A 5FPMA 2D4WA 2D1KA 3OHRA 3A0IX 2A3ZA 4BRPA 4B1UB 3WUHA 3H3NO 1JCEA 1V4SA 3AAQA 2UYTA 2P9SB 4BR5A 2QWQA 3MN5A 5BR9A 2VCPA 4H0OA 4YDUA 3MK6A 3TU5A 3HM8A 3LDNA 3CJ1A 3GBTA 3LM9A 5F2RA 2IIRA 5AQLA 4PL7A 2QW9A 3KHYA 3SK3A 1Z6RA 2ASMA 2H3GX 3ZX2A 2EWSA 4HTLA 1JCFA 2IVPA 2KHOA 2A5XA 2YHYA 4F9OA 3CJ9A 2IVNA 5ELZA 1EQYA 5EX5A 1MWMA 2P9SA 4FWRA 4B1VA 2F9WA 4BRLA 3SMPA 4CZIA 4B1WB 1JCGA 1MDUB 3CJAA 5BN8A 3LM2A 4JN4A 2AA4A 3S41A 3BF3A 2VWBA 2QWRA 3IMXA 3QDKA 2FF6A 5B8HA 4YDUC 4K42A 4IJAA 2CGJA 1J6ZA 2GUPA 4EFHA 2PBDA 2ASOA 4FWPA 4BR0A 3ATVA 2Q97A 4NO7A 2GELA 1BG3A 3QFUA 3H1VX 5KPTA 1ZC6A 2W40A 4CBUA 4BROA 1GLEG 1T44A 2E20A 1NBWA 2Q0RA 5E26A 3WXKA 4FWMA 4FL9A 5AZIB 1ATSA 3WEEA 1MA9B 2P9LA 3J8AA 2QWPA 3L6QA 3FZLA 2E88A 2QWNA 1KXPA 3KZBA 3H46O 4WQ5A 3SMSA 3O80A 2OANA 3QICA 2ASPA 4BQLA 5AQJA 3FLCO 4H0PA 2QXLA 4H5NA 1U2VA 1RFQA 2E1ZA 3IDHA 3VF2A 4PL8A 3U8XA 1ATRA 1YUWA 4BREA 4CI6A 5AQQA 4BRIA 2J4RA 5AZIA 5AZJA 2E1YA 3A5MC 3WQTA 2V51B 1IG8A 1ZXOA 4J8FA 2D0PA 3H3OB 2CGKA 4WQ4C 5TKYA 4GY2B 4H5TA 3CHWA 4XH4A 1T6CA 4Y0WA 3VEVA 4BRFA 4DB3A 2ZWHA 4BVOA 1S3XA 2ITMA 2NLXA 3AY9A 1RGIA 1HJOA 4Z94A 5F1XA 1GLFO 3WXIA 5JLHA 4AM7A 1LOTB 2P9PA 5LJVA 4QS7A 3A5OC 3LDQA 3ZEUB 1NM1A 5FPNA 1BO5O 4PKHA 1Y64A 3ZX3A 2VYPA 1DGKN 3SLCA 1XUPO 1HKBA 3BUZB 3WXLA 2PAVA 1QQMA 1HKCA 2Q0UA 3C0BA 3MN7A 3VERA 2YHXA 2W41A 3KVGA 2HF4A 5JMVA 3VENA 1C0FA 1E4GT 3IUCA 4CZEA 2IVOA 3ZEUA 4JHDB 4BRGA 4HWIA 2A42A 3CJ7A 1TYQB 4L3QA 3CERA 1XQSC 5AQRA 3VOVA 5AQIA 4XEIA 2BUPA 4MO4A 3VEXA 2Q2RA 4BRKA 1YAGA 1S22A 2I7NA 4E1JA 3M6GA 3O1WA 3ZETB 1QQOA 3A8YA 3R8EA 4FWKA 1X3NA 1GLDG 3VF6A 3C7NB 5AQZA 2DPNA 5AQUA 3CIPA 3CQYA 5BREA 4JHDA 3DXKB 3H1QA 4H5WA 3LL3A 1HUXA 2P9KB 3VPZA 3UKRB 4K41A 3VETA 3O4WA 1X3MA 3AARA 1HLUA 4RWTA 2P9IB 1NGHA 3UKUB 3L4IA 4EHTA 3EN9A 4FWSA 2QWMA 3CJBA 4GNIA 4AM6A 3EKUA 4BRQA 4BR9A 4CJ7A 2GWJA 4BG9A 5AQSA 1U6ZA 3ZETA 2A40A 3VGLA 3AAPA 4A61A 1R59O 1ZBSA 4PKGA 5AQKA 2V7ZA 3M3ZA 1D4XA 1HKGA 3DAWA 4A2BA 3DXKA 2P9UB 4BRCA 3LDLA 2P9KA 1QZ5A 4BR4A 3R9PA 3UKRA 3VEWA 2A41A 4MO5A 4XH1A 4IZ9A 4WQ4A 4C23A 1Z05A 1H1VA 4ISGA 4BC2A 3W0LA 2P9IA 3ENOA 3I33A 1RDWX 3UKUA 5BRHA 3G25A 2QWLA 1TUYA 3EKSA 2V52B 1XC3A 4B1YB 3H6EA 3HTVA 3DXMB 4ISFA 5AQPA 2FSJA 1DEJA 3QB0A 5AFUA 3FZMA 2ZGZA 2I7PA 4DCHA 3A5NC 2P9UA 1P8ZA 3EZWA 3GDQA 1DKGD 1NGFA 1BWFO 3TPQA 1HPMA 3GL1A 4EAHD 2ZGYA 5EVZA 4FWOA 3UB5A 3O1BA 5E84A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JS5A 4CD1A 2O4GA 3NE6A 3LAMA 4AILC 2VGNA 5KQDA 1M90O 4BC3A 4DSFA 4BE7B 4FPBA 3CYMA 2OZMA 1IKYA 1NJWA 5LY3A 1VHXA 3D2FB 1RCHA 4HCCA 2FXUA 2D0OA 3RRHA 1L3UA 1VRTA 3AO2A 2W42A 5HRNA 1DT9A 3TI0A 4CHNA 1MWKA 4CBXA 1BDGA 5F0XA 3LWLA 4E7JA 3GOIA 1LW2A 3VQPA 2IC3A 2QA4N 3D45A 4OPAA 4KKOA 1C0GA 2FSKA 2WBNA 4PKIA 5HBMA 3NVMA 4O8KA 4QAGA 2GX9A 2QM1A 5I42A 1NK4A 1NNEA 4DR7K 3DLBA 5M1KA 4KTWA 3V9ZA 2HHIA 3MEEA 2QTDA 2YHWA 2OCEA 1QS4A 4H5VA 5AQWA 4CK2A 3ITHA 3ZT1A 1QQCA 3VF4A 4EP5A 2HMIA 1GOBA 4JYAK 4GVEA 3U3GA 3LP3A 4IOXA 4M63C 2RPIA 4CJEA 3VQEA 3ZSXA 3BZKA 4M41A 5LJWA 4CZJA 4FJNA 1RT6A 4KV8A 3L8BA 1B9FA 1XHXA 2NRWA 4Z4IA 3I0RA 4DWIA 2X6NA 3NHGA 1BCOA 1FKPA 3OYHA 3IFRA 4DV6K 1CZAN 5AQXA 5I3UA 4CEFA 1FXXA 1W2BM 1NGAA 4NB4A 1RTHA 4BRHA 2XY5A 4DU1A 1YXQA 3ULEA 2F4VK 2PY5A 4G9ZA 1NOYA 3RRGA 3P4IA 3AO4A 3SJJA 1NGBA 3WEEB 2P9LB 5BRDA 3PIOL 1VSDA 4W5TA 3SPYA 3LPTA 2FF3B 3I8BA 1NGGA 4IDKA 4FM2A 4CBWA 2CH6A 4CZFA 4NLBA 1QHAA 1BHLA 1K8KA 4LD0A 3M8SA 5BRFA 5FROA 3T3FA 4FJGA 1HYVA 1KAYA 5AZJB 4H4OA 4HHTA 5GINA 2G8WA 4EIAA 1GLLO 1S1VA 2IDOA 4UY8O 4U67L 1YTAA 3AVAA 5H1SQ 3LZIA 4IBNA 4JAXA 4NXMK 4B9UA 5CE3A 4BACA 2XY8A 2GWKA 4DV1K 3MWPA 3CG7A 1N8RO 4ZTJA 3U4LA 4YNQA 2P9PB 2KKZA 3CQXA 2E2PA 4LSLA 4O44A 4RW4A 3KWGA 4BRAA 3WNGA 3SI6A 4BRDA 1TKZA 2FLOA 5GIOA 4B3TK 5KRSA 2HHTA 3VGKA 3E9LA 4JD2A 1X9MA 5AFUH 3D2FA 3G0ZA 2P9NA 4BC5A 1D8YA 4CERA 5HP1A 1Z25A 1S72N 4K0KK 5KGWA 4KHWA 3S3NA 4CZMA 3JSMA 1VQ9N 4NLCA 3VMFB 2UXBK 4FWQA 4LF6K 4DF8A 1Q9YA 4O4GA 1NGJA 3UE5A 3C6TA 3QERA 3D7EO 5FRMA 2KZZA 3ID8A 5AQVA 4LFCK 1VQMN 4BDYA 3CCVN 3OHRA 4O55A 4BRPA 4B9TA 4DUYK 1JXBA 3WUHA 1YJWN 4WF9L 2XY7A 4MQ3A 5HRSA 1U49A 4H0OA 4DFPA 4B9NA 3TU5A 3P5JA 1RILA 2OTLN 3VQDA 3AVNA 3RMAA 1RBRA 4EZ6A 1LW0A 1Z6RA 1CZBA 2IVPA 1W0HA 2A5XA 1HR0K 1JXEA 1EP4A 4FWRA 1T3VA 1JLCA 4B1WB 1UWBA 2GUIA 1OH7A 3MX2A 2AA4A 3O9RA 2HVHA 1TAQA 3VTIA 4Q0BA 2FF6A 2RKIA 4WFBL 3NH1A 4NCBA 4YDUC 4DQQA 2CGJA 3CCEN 4Z4FA 3OYLA 4EFHA 4YY3K 1YITN 2GELA 3AGRA 1X9WA 3CMEN 3QFUA 1TGOA 2BGGA 4CBUA 4CEEA 4LSNA 2Q0RA 2HB5A 1S1TA 1KLNA 4N41A 3WXKA 3NH0A 3OYFA 2X74A 3TAEA 3WEEA 2P9LA 1J9AA 4CEAA 3LWMA 1K9MO 1BGXT 1KXPA 2BE2A 3TSUA 4B8CA 3SBTA 1LWFA 3H46O 3K5NA 5IT9O 3V9WA 3F5TA 3QICA 4FW1A 4QOZB 5AQJA 3FLCO 1WSFA 3IDHA 3VF2A 4PL8A 4Q5VA 5AQQA 5AZJA 5AZIA 3WQTA 2V51B 4C8KA 2HVIA 4OX9K 3TANA 2D0PA 4GY2B 1HNIA 1OH8A 4XH4A 4BRFA 5LMUK 2E6MA 4DSEA 2G8IA 4CEQA 2ITMA 3EEQA 3VQ4A 4Z94A 3THVA 4OGEA 5T7BA 1FJGK 5CR4A 5JLHA 4JI0K 1LOTB 2P9PA 3ZEUB 1L3SA 4M42A 3TWHA 5FPNA 5JVHL 2VGMA 4DS5A 4FK0A 1Y64A 3D6RA 3OBWA 1KVCA 3ZX3A 1HKBA 3SAGA 3DRRA 5GAGP 3VERA 3KLFA 4BDPA 1NJZA 3KVGA 2HF4A 5FDLA 4KHUA 3MWTA 2HHHK 1C0FA 4B9MA 2F8TA 3DLLL 4KTQA 4IOCL 4HVJA 2WOMA 1ZBLA 1D5AA 3OYGA 3NVKA 1NJXA 4X65K 2HHVA 1XQSC 5HL7L 4IFVA 4HUFA 2YNIA 3VEXA 2Q2RA 4J2EA 1RDUA 2I7NA 1NOZA 4B3SK 3O1WA 3B6OA 2HBMA 4M45A 3ZETB 1TV6A 2FBYA 1IBKK 3J7AP 3HSTB 2B4JA 1GLDG 3RR7A 5D3GA 3CCSN 2HBLA 2JLEA 3O4WA 4LF8K 1X3MA 3CXCM 2NUBA 1HLUA 4EHTA 1OH6A 4CGGA 4GNIA 3SQ2A 2VQEK 4IDHA 4BR9A 4CJ7A 3LP0A 2DFEA 1Q82O 3VGLA 4J2AA 1NU0A 2JWKA 4PQUA 4O5BA 2OTJN 4A5BA 2VG6A 1R59O 3LDSA 3ZSRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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