4B1YB

Structure of the phactr1 rpel-3 bound to g-actin
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
375
structure length
364
Chain Sequence
DEDETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
molecule tags Structural protein
total genus 136
structure length 364
sequence length 375
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1yB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1yB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1yB03
3R8EA 3DXKA 1LCUA 2D4WA 1MWKA 2E20A 4I6MA 5FPEA 4XH5A 2CGLA 3VPZA 2HF4A 4BROA 4FWMA 3LDQA 4K42A 4O5FA 1RGIA 1NGGA 1T44A 4MLEA 5EY4A 2QXLA 1ATNA 5AQMA 1T6CA 2FLOA 3O1BA 2P9LA 4JAXA 1SQKA 3A5MC 4BR2A 1KAYA 2GWJA 1ZXOA 2PBDA 4H0PA 4QS7A 5AQRA 4HTLA 3SMPA 3AAPA 1KXPA 5AQXA 1E4FT 1TUUA 3A5OC 2E88A 3EO3A 2QWPA 1Y64A 4FWNA 2QWOA 3U9DA 3VEVA 4BR7A 4IZ9A 3D2EA 1HJOA 3IDHA 2YI1A 2E8AA 4PKIA 3FZFA 2A42A 3BP8A 1J6ZA 1DGKN 4H0TB 5FPDA 3FZMA 1ESVA 3RSEA 1BWFO 4EHTA 2V51B 3GG4A 5KPRA 5B8HA 2D1KA 3HBTA 5EVZA 5ADXA 4B1XB 5KQ8A 5AQWA 3ULEA 4YDUC 5AQYA 3O08A 2UYTA 5BN9A 5AQGA 3BF1A 1JCFA 3H1VX 4FPAA 1V4SA 4JHDB 3H6EA 4CZLA 5BRDA 1GLEG 2YJFA 3FZHA 3DXMA 1HX1A 3GBTA 4ISEA 4BRDA 3F9MA 3VEYA 4K41A 3CJ9A 3KVGA 5TKYA 4B1VA 4K43A 3FFKB 3QB0A 5AQZA 2V52B 4RTFD 5AZIB 5AQIA 4BR9A 3CJ1A 2KHOA 5AQSA 4BG8A 2P9SB 3SJHA 2GWKA 1BDGA 3ATVA 3SK3A 5AQFA 3SMSA 3ID8A 4B9QA 3QDKA 3WEEB 3LDPA 3QFPA 4CD3A 1HUXA 3C0BA 1WUAA 3FGUA 1X3NA 1NGFA 2QWNA 4BG9A 3CIPA 4BC4A 2GELA 4FOIA 2Q0UA 4C23A 4H0OA 2NZTA 3WXKA 1YUWA 2ASMA 1JCGA 5E84A 1HKBA 3BF3A 3VERA 1U6ZA 4B1ZA 1DEJA 4H03B 1EQYA 2VWBA 2V7YA 2VYPA 4A2BA 3I33A 3VGLA 1QZ6A 2FF6A 5JICA 2NLXA 3H46O 1P8ZA 3AAQA 4FOEA 2ASOA 3CJ7A 2V7ZA 4LC9B 3A0IX 4CZMA 4CZJA 3LL3A 1NGCA 3HI0A 1TUYA 1KAXA 3O1WA 1XC3A 1X9JA 4BRMA 1ATRA 5BRHA 1QZ5A 3JXUA 5KQDA 4CBUA 5BRFA 1DKGD 4MLHA 2QWQA 5BR9A 3DJCA 4WQ5C 3KHYA 1BOTO 4B1YB 5I9EB 4WQ5A 3VETA 3M1FA 1G99A 3MN7A 3VEZA 2YHWA 4H5VA 2P9SA 3QMLA 1BO5O 5BPMA 1YAGA 4KBOA 4BC5A 2J4RA 5AQTA 4DB3A 2QWLA 3B8AX 4XEIA 3WEEA 5KPTA 1CZAN 3H1QA 2IVOA 1GLFO 3AY9A 3O5BA 4BRNA 1QQNA 1Z05A 2ZGZA 2QWMA 4BRPA 3W0LA 2VCPA 3WXIA 3O80A 1NLVA 3VEWA 2W40A 2F9WA 4CZGA 5AQLA 4BRHA 3VESA 2BUPA 4ISFA 3AARA 3CERA 4E1JA 2NRHA 4JD2A 4BRIA 1RFQA 2AA4A 3L0QA 5AQOA 5F1XA 4CZKA 3MCPA 2P9IB 1X3MA 1XQSC 2E2NA 2Q0RA 2Q31A 4A62A 4DQ8A 3D7EO 2A41A 3L6QA 5BPLA 5AFUA 4YDUA 3A5LC 3J8AA 3MN5A 2DPNA 3TPQA 4JNEA 2YHYA 3UKUB 3CQYA 4XH4A 2QM1A 3A8YA 2P9PB 4H0VB 4IXCA 4CBWA 1NGIA 3ZETB 2H3GX 3UKRB 2I7PA 1K8KB 1S22A 3MK6A 2Q1NA 3LDNA 2IVPA 4GY2B 4BVOA 3HTVA 1HKCA 1IG8A 4HWIA 4NB4A 3CI5A 5AZJB 3M6GA 1TYQB 4J8FA 2Q36A 4FWPA 3IMXA 5AQUA 4NO7A 1NMDA 3DXKB 4WYBA 2W41A 3EKSA 1YXQA 3G25A 5BN8A 4I6MB 2F9TA 4M7YA 3C7NB 4CD1A 3MMVA 3MN6A 3KZBA 2Q97A 4O8KA 1GLDG 4L3QA 2GTDA 3ZX3A 3EZWA 1C0GA 2ZGYA 5JLHA 2P9LB 2YCHA 1S3XA 1QHAA 5ELZA 3VF2A 1MDUB 4BREA 5F2RA 3WXLA 1HLUA 1SZ2A 4BRQA 3QBWA 3VGMA 3CHWA 4FO0A 1T6DA 4FSVA 4XH1A 4BRGA 2ZWHA 2FSNA 2CGJA 3H3OB 2E1YA 1HPMA 2IVNA 5FPNA 2E2OA 4IJAA 2CGKA 2ZF5O 1H1VA 2P9IA 1BG3A 4IWVA 4DCHA 4H0YB 3SLCA 5ADXH 3LM9A 3FZLA 2A40A 4JHDA 4A2AA 4K25A 1ATSA 5LJWA 4BRCA 3IFRA 3UKUA 4B1WB 3RSEB 4AM7A 2P9PA 1NGDA 1WOQA 3FR0A 1GLLO 3LDOA 5AQVA 3VF4A 4F9OA 1K8KA 1XUPO 5FPMA 1QQOA 3VEXA 4BGAA 2D0OA 2BTFA 3BEXA 3O4WA 4M63C 2ITMA 4BR0A 3R6MA 2P9NB 3QFUA 2HOEA 4CZHA 5AZIA 4FWRA 3WQUA 2A5XA 4BRLA 5F0XA 1U2VB 1NGAA 4MO4A 3U8XA 1NGJA 3VOVA 3DXMB 1C0FA 2WUSA 3OHRA 4IO8A 4BRFA 3VENA 5AQKA 1KAZA 3CETA 3VGKA 2ASPA 2A6AA 4BQLA 4H5RA 4H5NA 3C7NA 4JN4A 3ZEUB 3BUZB 1NGEA 1GLJO 3ZX0A 3FE1A 4A61A 1D4XA 2P9KB 3H3NO 3LM2A 4QS8A 4EAHD 1LOTB 2FXUA 2IIRA 3FLCO 4BQZA 1V4TA 1MWMA 4BR5A 3D2FB 5AR0A 1BUPA 4BC3A 4AM6A 1Q18A 3VEOA 4B1UB 4CZIA 3GOIA 1MA9B 4CI6A 3MN9A 1NWKA 1BA0A 2P9UB 3CJAA 2YJEA 4BC2A 4CJ7A 3R9PA 5AQHA 1IJJA 3MDQA 2FSJA 3WXJA 4M7XA 2I7NA 4RCHA 3CQXA 2OANA 2QWRA 3U9ZA 1NGBA 3S41A 3WT0A 4H5TA 4FWQA 5LY3A 4EFHA 4EHUA 3H45C 3O8MA 5EOYA 1GLBG 2EWSA 4PKGA 3A5NC 3ATUA 1GLAG 1OKJA 1YVNA 2HMPA 3I8BA 4FWSA 3EL2A 1GLCG 2P9NA 4FWOA 2GUPA 2E2PA 4FWKA 4BRAA 4QS9A 3LDLA 3L4IA 1U2VA 2E2QA 3DWLA 4FWLA 3WUHA 4CBXA 5LJVA 4WQ4C 5AQJA 1BU6O 1HKGA 3GL1A 3WQTA 2YHXA 2CH5A 5AQNA 3HZ6A 4WQ4A 5JLFA 5EX5A 1NM1A 3ZEUA 3O6WA 1NBWA 3GE1A 4ISGA 2FF3B 2P9KA 1ZBSA 3QBXA 4FPBA 1Z6RA 2CH6A 3ZX2A 3D2FA 1NGHA 3HM8A 1ZC6A 4FL9A 3ENOA 3QICA 3W3DA 3HSCA 4MO5A 4EIAA 5E26A 5BREA 1RDWX 1R59O 2P9UA 2PAVA 3ENHA 1JCEA 3D2EB 4GNIA 4DHYA 2E1ZA 1SAZA 3FZKA 2QW9A 4CZEA 4Z94A 4PL7A 2FSKA 2D0PA 3GDQA 1E4GT 4JD2B 5AFUH 3UB5A 4BR4A 3VF6A 3UKRA 3ZETA 4BGBA 3CJCA 3M3ZA 4CZFA 2AP1A 2GEMA 4BRKA 3IUCA 2Q2RA 3ULEB 2A3ZA 3TU5A 2HF3A 4H5WA 1BA1A 4PL8A 3EN9A 4PKHA 4RWTA 5EXWA 5CE3A 4H0XB 5BPNA 1QQMA 5AZJA 5AQPA 4BVPA 1TYQA 3U4LA 5KPZA 4Y0WA 3JS6A 3UE5A 5JMVA 3EKUA 4IJNA 3CJBA 3P4IA 3DAWA 5AQQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2F4VK 3TAPA 4CW7B 4DTOA 1LCUA 3SI6A 2E20A 4I6MA 5M1QA 1U47A 4KH6A 2HNZA 3VPZA 4WCEL 1Q81O 4OX9K 4K42A 1NGGA 5EY4A 1I3AA 3T1HK 1ASWA 5AQMA 3EZ5A 4JAXA 2P9LA 1SQKA 1KAYA 4A5BA 3CYMA 1C0UA 4HUFA 1ZXOA 5AQRA 2RF2A 3SQ4A 4F2SA 5JVHL 3NF8A 4FJ9A 1E4FT 1WAJA 3Q7BA 1N5YA 4YOWA 4FJMA 1WBBA 4M42A 2QWPA 3I0RA 2QWOA 3U9DA 5HBMA 3VEVA 4BR7A 1JLAA 2NRZA 3CF5L 2XY8A 4IOCL 2YI1A 3EE8A 4KV8A 3BP8A 4H0TB 3VQ9A 3VN5A 3K58A 3HK2A 1LAWA 5B8HA 4LH5A 2D1KA 5EVZA 5KQ8A 4DFJA 3ENBA 4YDUC 1QHTA 5AQYA 1E3MA 1VRUA 2D5RA 4DFKA 3PSFA 3KIOA 1JCFA 3H1VX 1LWCA 1VQMN 4CHYA 5C25A 4XIUA 1A5VA 4WFAL 1L3VA 2FBXA 3KVGA 1VRTA 4B3RK 4K43A 1WBDA 3VQ8A 1ZBLA 4DQPA 2WONA 2GV9A 4AHCA 2P9SB 1JXEA 3ATVA 2P1JA 3SK3A 4DMNA 5HP1A 5KGWA 1UOCA 2UXBK 4M3XA 3LDPA 2QXFA 4FVUA 1RDAA 1HUXA 3C0BA 3NF9A 1RNHA 1X3NA 2QWNA 3CIPA 4FLZA 4C23A 3KWGA 4DQSA 2NZTA 3F5TA 4W5NA 3ASMA 1YUWA 1JCGA 3VQ7A 1NJYA 3HVRA 5E84A 4HHTA 4DTPA 1CLQA 4OLAA 4B1ZA 1EQYA 2VWBA 4OPJA 4CEFA 1QVGM 3KLGA 1X9MA 3LP0A 1BQMA 3AAQA 4CJSA 4DUZK 5I3UA 4FOEA 3KLEA 2G8IA 4LC9B 2OCEA 3AO3A 1C6VA 4QAGA 3R3LA 1NGCA 1X9JA 4Z4HA 1EXQA 3U6FA 1QZ5A 1VSKA 4CBUA 1S1WA 1SL0A 4E7JA 3QNOA 3V1OA 4CHQA 4FZYA 1XNQK 3C65A 1OH7A 4KRFA 3NVKA 4NCAA 4ICLA 4OKKA 3M5RA 3VETA 3SQ2A 1RDBA 3CCVN 1W7AA 2OA8A 3BZCA 1S5JA 1YAGA 5AQTA 4KTQA 4AHVA 1TK8A 3WEEA 1RILA 3KLFA 3NH0A 4CERA 4JI7K 1GLFO 2YV0X 5LMUK 2B4JA 4V19S 1JXBA 4DV6K 3OJUA 3SJJA 1NLVA 3THWB 2F9WA 2O8CB 1RTIA 4BRIA 1Q82O 1NKEA 2OPPA 2XY5A 1R0AA 3JSMA 4A62A 4FLTA 3AA5X 3D7EO 2NRVA 4DQQA 3TPQA 4U7BA 1VQ9N 1FJGK 2P9PB 4H0VB 4E7HA 2NRXA 2H3GX 1JKHA 5JENA 1YF5L 3AO2A 2KZMA 4PHTX 4R5PA 2HHHK 3HTVA 2QKKA 4FLWA 4NB4A 1VSDA 3M6GA 4HUEA 4FZXC 4JV5K 4DR7K 1NK0A 1VQ6N 2ZM6K 4NO7A 3QNNA 4H4MA 5KTQA 3EKSA 5BN8A 4I6MB 4EP5A 3M8SA 3MMVA 2DFFA 5J2NA 3QINA 1GLDG 2KKZA 3NGZA 2GTDA 5HROA 3EZWA 3CXCM 2ZGYA 5JLHA 5CY4A 1EWRA 2P9LB 5ELZA 1MDUB 4BREA 4DTSA 2O8DB 3G6EN 3VQ6A 1SZ2A 4C8OA 3MX5A 1HMVA 3QBWA 2BH1A 2FSNA 1J9AA 3CCRN 2E1YA 1HPMA 4Z4GA 4F4KA 2B6AA 2CGKA 1H1VA 4DCHA 2ZE2A 4ELVA 1O1WA 3LM9A 1QSLA 3KLIA 3HRGA 1KLNA 5LJWA 4BRCA 3IFRA 3UKUA 3WNHA 4AM7A 1NGDA 1WOQA 2VGNA 4EZ9A 4CGJA 2YHBA 4AHUA 1FK9A 1K8KA 5FPMA 3JAMO 3DLBA 3J7ZO 4B8CA 4NXMK 1LW2A 4JRQA 3AVMA 4DSJA 2ITMA 3KK2A 3QFUA 3ZT3A 2UXCK 4KHQA 1KVAA 3WQUA 3SPZA 3CQ8A 4PA1A 2HHWA 1NGAA 1NGJA 1D9FA 3OHRA 4IO8A 1XHZA 4FJLA 3FFIA 5M1OA 3ZSQA 3IAYA 4W5TA 4BQLA 2G8FA 3NCIA 3AA2A 2D0BA 1S1TA 3ZX0A 4DS4A 3LM2A 4EAHD 5MLCQ 1D5AA 3FLCO 1MWMA 4DR6K 4YFUA 4GVEA 3LP3A 3HXMA 4DV4K 3CM6A 3QEIA 5AR0A 3QERA 4CK3A 1Q18A 1WSHA 4B1UB 4JKBA 2HNYA 1RT5A 1W9HA 1NWKA 1BA0A 4CGHA 4OPKA 1OH6A 3IRXA 3R9PA 5GIOA 3SAGA 3T1YK 4KTWA 4LH4A 4RCHA 1YI2N 5SZTA 1NGBA 5HLFA 4DLEA 5DK5A 1JLFA 4KHPK 5HRNA 4CEOA 5LY3A 3PX0A 1YJWN 4ILJA 2HMPA 3WNEA 4FWSA 4B3MK 2OTLN 2E2PA 3C6UA 2F7TA 4QS9A 1BIUA 3D6RA 1U2VA 2E2QA 4JKCA 1RTJA 3AVFA 3WUHA 3OYEA 1BU6O 4RW6A 4FK2A 2GX9A 5JLFA 1TKDA 4FLXA 3O6WA 1N33K 1NBWA 3TSQA 1UWBA 3AVIA 3L3UA 1ZBSA 1TKTA 1KCFA 1Z6RA 4LFAK 3I8DA 3QEVA 4CK2A 4FL9A 3TTCA 4MO5A 4JKHA 1RDWX 1S72N 1R59O 4FJKA 3V1QA 3N4QA 4B9TA 4GNIA 4LSLA 1VQON 4DHYA 2XY7A 3GDQA 3G71N 1LAVA 5AFUH 2HBKA 1HQUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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