1W0HA

Crystallographic structure of the nuclease domain of 3'hexo, a deddh family member, bound to ramp
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
200
structure length
200
Chain Sequence
ADSYYDYICIIDFEATCEEGNPPEFVHEIIEFPVVLLNTHTLEIEDTFQQYVRPEINTQLSDFCISLTGITQDQVDRADTFPQVLKKVIDWMKLKELGTKYKYSLLTDGSWDMSKFLNIQCQLSRLKYPPFAKKWINIRKSYGNFYKVPRSQTKLTIMLEKLGMDYDGRPHCGLDDSKNIARIAVRMLQDGCELRINEKM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords 3'-5' EXONUCLEASE ERI1
publication title Crystallographic Structure of the Nuclease Domain of 3'Hexo, a Deddh Family Member, Bound to Ramp
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 57
structure length 200
sequence length 200
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2004-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1w0hA00
1ASVA 2GBZA 4CJVA 2FBVA 1T03A 3AO4A 4WE1A 3SUOA 3KLGA 4R5PA 4DQSA 2FBYA 4KB1A 1JLFA 2BGGA 1BGXT 1TK5A 4HVJA 4Y1DA 3NAEA 4RG8A 4GMJB 3L3VA 1XC9A 2RN2A 2IGIA 1RDCA 4FM0A 4DTNA 3V9UA 3OS1A 1ZBLA 2KW4A 4HUGA 3I0SA 2PZSA 4ELTA 3OS2A 4O44A 1NOZA 3DLRA 4FJXA 4W5NA 1ZYQA 4DTMA 5CZ2A 4N56A 4KB0A 4AHCA 3DOLA 4K8XA 1RBRA 3OYLA 4CEEA 3KLHA 3T19A 2KQ2A 4DFJA 4I9LA 3OYIA 1ASUA 2HNYA 3AVKA 5HBMA 3SUQA 2HHWA 2HHVA 5K14A 1Q9YA 1BL3A 1WSIA 1RT6A 4AHSA 4EP4A 4CIFA 4GW6A 4IKFA 4CJPA 1JLEA 3M8PA 1WSFA 4DU1A 4CF0A 3OYNA 3RMDA 1XI1A 4F8RA 1C1CA 2X74A 1UAXA 4F4KA 2KTQA 4E7IA 4FZXC 1RT2A 2OPRA 5J2NA 3OYCA 3LP1A 3O3HA 5J2MA 3MECA 4Z4CA 3MXJA 3SQ0A 3NF8A 3FFIA 3DLHA 3LAMA 4BE0A 2QKBA 4CE9A 4CHYA 2YV0X 1KRPA 3AVLA 1RBVA 2F8SA 3RRHA 3NHGA 4CIEA 3ZT1A 1C6VA 3AO1A 4PA1A 4IFYA 2P5GA 2HNZA 3V9SA 3CG7A 1NKBA 4C8LA 4FZYA 4E7JA 4PQUA 4EZ9A 3ZSOA 4RW8A 3TABA 4FJMA 3ZSVA 3LP3A 3E01A 3KKRA 4JRPA 5DMRA 3NFAA 4CJQA 2QXFA 3O3FA 3K59A 4FLZA 1SKSA 1N5YA 1LW2A 3I0RA 3KLFA 1C1BA 3RR7A 2OA8A 2HMIA 3PX0A 1NJXA 3IS9A 1NK9A 4OKJA 4CFDA 5J1EA 4AHTA 1BCMA 4FCYA 3DM2A 3VA3A 4DF4A 1NK5A 4CERA 2X6NA 3MEGA 4OVLA 4CHPA 3AVFA 5KGXA 3AA2A 1BI4B 4W5RA 3AVBA 3HL8A 3ZCMA 3VQCA 4DTRA 2PYJA 2D0AA 1RBSA 4JRQA 1XHXA 1CZ9A 4DTUA 1JLAA 4XIUA 3DLKA 5HROA 4M3WA 3NGZA 4ZHRA 4CEDA 2XY6A 4BDZA 1QQCA 3KK1A 2G8VA 3PO4A 3ZT2A 4Q0BA 1SUQA 3LPTA 5SWMA 3QERA 2OZMA 4B9TA 4KO0A 3SV4A 4OGEA 4HCCA 1JLGA 4RW9A 4F2RA 4CEAA 1HRHA 3SQ2A 5HRNA 1S9GA 3SUNA 2QKKA 2O4IA 4HUFA 4BDYA 4DLGA 4E7HA 4FJKA 1KFDA 2R7YA 4DS4A 3MXMA 4M45A 1KFSA 4KI4A 4FK4A 4Z4GA 3VN5A 4YFUA 1CXUA 1RT7A 1UWBA 4G1QA 2OPSA 1T8EA 2HHUA 4FJHA 2A1SA 2XY8A 4M3YA 1D5AA 4NCGA 5KRSA 3CFPA 4H4OA 2G8WA 3HSTB 1I39A 3ZSYA 4O0IA 3DLBA 1B9FA 1QHTA 1RDBA 3CYMA 1RT3A 4CGFA 4DQQA 1VK0A 3V4IA 2VWKA 4E7KA 3KTQA 3O4QA 4DFKA 4J2BA 4J2AA 4OJRA 4CGIA 4CCHA 3AVAA 2XHBA 2HHSA 2RPIA 1GOBA 3QEWA 3VQPA 3KKSA 2HNDA 2YNIA 4E1MA 4Y1CA 3TAFA 3M8SA 1WNSA 3MXIA 4L8RB 2XO7A 1Q8IA 3V1QA 5T7BA 1VSHA 3S3MA 1MU2A 2HW3A 1SL2A 1CXQA 4F3OA 4FK2A 1X9WA 3ZT0A 1C1AA 4NYNA 3K5NA 4O55A 4DTSA 3NF9A 4BWMA 3TI0A 3DRRA 5SZTA 1JLCA 3KD1E 3NGIA 3T3FA 4FK0A 1S1XA 3T1AA 3DI6A 4KTZA 1I3AA 3HYFA 1UA1A 4TSXA 1WAJA 2PYLA 2EHGA 3NH0A 3IRXA 4H8KA 4J2DA 4M3XA 3OS0A 3OJSA 2WONA 1VRUA 5HP1A 1WSJA 1NK8A 3ITHA 4CJUA 1TGOA 2BANA 3KIOA 3OYMA 2HB5A 2DFHA 3OYBA 1IH7A 4Z4FA 3DRPA 4W5TA 2ZD1A 3LP0A 1S1UA 1HMVA 1JXEA 3P5JA 1NKCA 1U45A 4PY5A 1NK6A 4CHQA 3QEVA 3V9ZA 4KHWA 4B08A 2FBTA 3OYGA 1BQNA 3ZT4A 5C42A 4OPJA 1S6PA 3QEPA 1TKDA 2P5OA 4FJNA 4KI6A 3TAPA 2YHAA 5KI6A 4I2PA 3ZSRA 1GOCA 4CJLA 5FROA 1YTAA 3L2WA 3OYJA 1ITGA 4AH9A 3VQ8A 1TV6A 3ZSQA 3O4NA 1RDDA 2OZSA 3VQ7A 3VQ4A 3AVJA 4B9NA 3TAMA 1XHZA 1UA0A 4LH4A 2Z1HA 1FKPA 3P83D 1U47A 3ALYA 4EP5A 4CGHA 4FJ8A 2D5RA 4CJWA 3QIPA 1KVBA 4I7FA 5CY4A 1D9FA 4PUOA 4HUEA 5I42A 2I5JA 2YHBA 4FW2A 3I8DA 1WSEA 2JLEA 1X9SA 1KTQA 5FRNA 3VQBA 3TAEA 1HJRA 3L2UA 3IG1A 4KHQA 3M8RA 2Z1GA 4F2SA 2WOMA 1HPZA 3S3OA 3K5MA 3SCXA 1QTMA 1R0AA 4IG3A 2IS3A 4N76A 1LAWA 4ZTFA 4B8CA 2GV9A 3PX4A 2E4LA 4DSFA 3WNFA 2OPPA 1ZBFA 5I3UA 5HRSA 4CF1A 1JKHA 2NUBA 1U48A 1LWCA 3OYHA 5FRMA 1WN7A 2O4GA 3VQ5A 3CFRA 2XY5A 2B4JA 4DLEA 2Y1IA 2HVHA 3MAQA 4N47A 3LDSA 3HPHA 1Y97A 1XWLA 4HTUA 4DQIA 3LP2A 5CYQA 3NF6A 5J2QA 1WSHA 5CZ1A 1L3SA 4B9UA 3QIOA 3TANA 2ITGA 3O3GA 1Q9XA 4DQRA 4N41A 2IOCA 1KLMA 4CJKA 3ULDA 1BHLA 2PY5A 4KHUA 3AA3A 1S1VA 1B9DA 4CGGA 4DSKA 1W0HA 4DFPA 2AJQA 1TKTA 3AVNA 1VSMA 4Z4HA 3EZ5A 5DK5A 1YTUA 1VSKA 4CEQA 5J2PA 4CESA 3SI6A 4I9QA 4CEFA 4E19A 3LZIA 3SJJA 4KHNA 4FJ9A 3KLEA 4IG0A 3K57A 3SQ4A 2Q3SA 1VSFA 4E89A 4CHOA 3QNOA 1KSPA 4Q5VA 1GOAA 3K5OA 3CFOA 2Y1JA 4W5QA 1FKOA 4JS5A 4KFBA 1D9DA 3QESA 1F21A 4CF2A 1C0MA 3SZ2A 4CJSA 4GVMA 1D8YA 3SPZA 4LSLA 3K2PA 1U49A 4M42A 3KD5E 4FLYA 4CHZA 1T7PA 3NH1A 4E1NA 2Z1JA 3S3NA 2HHQA 1HQEA 3OJUA 3HVRA 3QINA 4BE2A 2Z1IA 3A2FA 3RR8A 4KV8A 3V6DA 1W9HA 1BISA 2X78A 3F9KA 3TR8A 1TKZA 1TAUA 1VSDA 1T05A 1KLNA 3OVNA 3AVGA 4CGJA 1CZBA 1RCHA 2EX3A 3TAGA 1N6QA 4CIGA 4FJGA 1A5VA 4CF9A 1QE1A 4DTOA 3KJVA 5HLFA 3D0PA 4FM1A 4FLTA 4E3SA 3RMCA 3EYZA 3BGRA 4RW7A 4FXDA 3PX6A 3L2RA 3AA4A 3AVMA 2P51A 3JSMA 2FBXA 2QK9A 4DTJA 2F96A 1NK4A 4FJLA 3HPGA 1VRTA 3F73A 3RMBA 3CM5A 3V1RA 1S1TA 4CJEA 1C0UA 4C8NA 4O0JA 3NH2A 3OYDA 4JS4A 1A5XA 4IFVA 1Z26A 1YT3A 3RMAA 1DTQA 1SKWA 2HHXA 1J53A 2D0CA 1VSJA 3WNGA 3ZT3A 1REVA 2DFEA 1TVRA 4AILC 2BDPA 4ICLA 1B92A 4FLWA 2KFZA 3VQQA 4H4MA 4BWJA 3EY1A 3LWMA 1BIZA 4Z0UA 1JL1A 4E0DA 4FYDA 4CK2A 3V9XA 4B9VA 4OPKA 1EKEA 4NCBA 4DG1A 1EP4A 5FDLA 3PO5A 2KFNA 1Z25A 1EXQA 4AHVA 1JLBA 3HT3A 3SYZA 1RTHA 3SNNA 4F3TA 4QCLA 4C8MA 1CLQA 4FJIA 4FM2A 4PWDA 4FLVA 3D45A 4RW4A 2OYQA 4UQGA 4IBNA 1NJWA 4HHTA 1JL2A 3SQ1A 4E7LA 1TL3A 2YNGA 1C0TA 1ZBIA 1QSSA 4DTXA 4CK3A 1A5WA 2YKMA 5CYMA 4FJ5A 1KVCA 2XY7A 1L3VA 4C8KA 1HYZA 2F8TA 2XRIA 1RNHA 1UOCA 2ATQA 4HCBA 1X9MA 2FC0A 1RTJA 2G8IA 4NCAA 3NGYA 3RTVA 1ZBHA 2VG5A 4N5SA 4B9MA 1SV5A 3L3UA 3AVCA 3OYFA 3SV3A 4KTQA 1KCFA 4YNQA 3OYAA 3G10A 3OY9A 1DTTA 1HYSA 2G8FA 4BDPA 3LZJA 1IG9A 3DLEA 1LAVA 4BE1A 3WNHA 3HXMA 4W5OA 3JYTA 1TAQA 3HM9A 1QSLA 2KZMA 1BQMA 4LH5A 2JGUA 1RTDA 4FLXA 3QEIA 4KAZA 1U4BA 3THVA 4ELUA 4MQ3A 2GUIA 3AA5X 1S5JA 3C6UA 5EU7A 3SUPA 3C95A 3MEEA 1TKXA 4FZZA 2RKIA 4QAGA 1HNVA 4ID1A 1EX4A 4CECA 1NJZA 1KVAA 3ZSXA 1JXBA 1VSEA 1FXXA 1WSGA 1IKYA 3AV9A 4CJFA 2ZQBA 4KHYA 3QO9A 1S1WA 4DMNA 3AVHA 4M3TA 1X1PA 3NDKA 3HVTA 5KTQA 1TK8A 4J2EA 3NBPA 2HVIA 4DWIA 1RT4A 4OKKA 4B8AB 4LD0A 1QS4A 1IO2A 3AO5A 3LANA 1NJYA 2ETJA 5D3GA 1HQUA 2BE2A 3VQAA 4OLAA 3LAKA 1YVUA 1S6QA 3K5LA 2E6LA 1RBTA 1RBUA 3TARA 4FLUA 3DLGA 1SL1A 3HPOA 1NKEA 3QNNA 2KZZA 4AHRA 1LWEA 2RF2A 3V9WA 3SPYA 3AVIA 4FW1A 2IAJA 3ZSWA 4CFBA 3C6TA 3NE6A 3CQ8A 3VQDA 1IKWA 2YNHA 4DSLA 5HRPA 4DF8A 2VG7A 5JS1A 1LWFA 3DYAA 2YNFA 5JS2A 1WLJA 4KPYA 4CJ4A 3MEDA 4DQPA 2X6SA 2VG6A 1L5UA 3NF7A 5C24A 4M41A 4NYFA 4CJRA 5KRTA 4CEZA 1ZBUA 5C25A 3VQ6A 3M8QA 4OKEA 4B9LA 4FVMA 3ZSZA 3OYEA 4DTPA 4DSJA 2P1JA 4DS5A 3VQ9A 1RT1A 4ZTJA 3H08A 1NK7A 3LWLA 3KK2A 1LW0A 1HNIA 3LPUA 1TK0A 4KHSA 4CEOA 1BCOA 2IC3A 3B6OA 3QETA 3L2QA 3S9HA 1IKXA 3WNEA 3AO2A 3BDPA 4ELVA 4QOZB 1HYVA 3RRGA 3QLHA 3G0ZA 1VSIA 2IDOA 4CFAA 1WAFA 4B3OA 2B5JA 1K6YA 4FJ7A 3K58A 1SKRA 4AHUA 1RT5A 2D0BA 3DMJA 4CEBA 3V81A 1JLQA 3HO1A 2OPQA 4LSNA 2LSNA 1EETA 2DY4A 3ASMA 1S9EA 3U3YA 5E41A 1J5OA 3VQEA 4CFCA 4CJTA 3PUFA 1FK9A 3OYKA 2W42A 2DFFA 2G8UA 4K8ZA 2A1RA 3RWUA 3TWHA 2G8HA 1G15A 4OLBA 3HK2A 4KREA 4Z4IA 4DFMA 2DTUA 1SL0A 1L3UA 4EZ6A 4C8OA 4IDKA 1RDAA 4CHNA 1LV5A 3B6PA 4CJ3A 2E6MA 1RTIA 3QEXA 1O1WA 5KGWA 3HP6A 2B6AA 3U3GA 3L8BA 4DU4A 1DLOA 4MFBA 3V1OA 1NK0A 4B9SA 3ISNC 4DSIA 4OGCA 1ASWA 4BACA 1TL1A 1L3TA 3LALA 4CF8A 4KRFA 1VSLA 3UIQA 3DOKA 4M3RA 3NCIA 4KKOA 1J54A 3P1GA 5HRRA 3L2VA 1J9AA 2ZE2A 4RW6A 4DU3A 4Z4EA 3PV8A 2G8KA 4CJ5A 3IAYA 2YKNA 1RILA 4I2QA 3DRSA 1IKVA 4CGDA 2VWJA 1NOYA 3KK3A 3TAQA 4DSEA 3KLIA 4JLHA 4O5BA 3U6FA 4M3UA 4ID5A 3AO3A 3PY8A 3CM6A 4KTWA 3VA0A 4O4GA 3C94A 4CK1A 1QSYA 4FJJA 2HHTA 3HP9A 1U04A 3HJFA 1BI4A 4M3ZA 1BIUA 4LY7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GV9A 1T03A 3AO4A 1OKJA 4BR5A 1M1KO 1NM1A 4IOAL 4Y1DA 3NAEA 1HNXK 4BRDA 3OS1A 2KW4A 3I0SA 2PZSA 4W5NA 4FJXA 1NOZA 3N4PA 4KB0A 3IUCA 3W3DA 3M5RA 4XH4A 5LL6Z 4I9LA 1BU6O 3UB5A 3NVKA 5K14A 1Q9YA 1BL3A 4EP4A 1WSFA 1XI1A 5BN8A 4FOIA 4UY8O 1RT2A 1YIJN 4DR4K 3MECA 2HBKA 4DB3A 3SQ0A 3NF8A 3LAMA 4BE0A 2QKBA 4CE9A 5EY4A 3VEOA 1RBVA 4BQLA 1SQKA 4FWRA 3RRHA 4CIEA 4PA1A 4IFYA 5BPMA 2WC9A 3HTVA 3ZSOA 4RW8A 3TABA 4JRPA 4XH1A 5BREA 1BWFO 1C1BA 3PX0A 1NJXA 4CFDA 3T1YK 2D1KA 5DM7L 1VQ7N 4CERA 3E9LA 1BI4B 3O9TA 3ZCMA 4DTRA 1RBSA 5EX5A 1JLAA 4XIUA 3DLKA 2H3GX 1QQCA 3KK1A 2G8VA 3ZT2A 3DWLA 2OZMA 4B9TA 1QHAA 2BTFA 1YITN 1JLGA 4RW9A 5JLHA 1HRHA 2HBMA 3MXMA 3EZWA 1SAZA 3WXIA 2IVPA 4M3YA 3WUHA 1QQMA 4NCGA 5KQDA 4H4OA 4O0IA 4BRLA 3J7AP 1QHTA 2W6LA 3CYMA 1RT3A 4CGFA 3DXMB 1VK0A 3V4IA 2F9WA 3BUZB 2IVOA 3VQPA 3OTOK 5BR9A 4Y1CA 2NRZA 3QFUA 1WNSA 4L8RB 1Q8IA 4EIAA 5DM6L 2HW3A 3U4LA 1NMDA 3ZT0A 1C1AA 4BC4A 4DTSA 3NF9A 4BWMA 4NO7A 2QWPA 3BP8A 3P38A 3T3FA 4BRKA 4BRHA 3DI6A 3GE1A 3NH0A 4FOEA 3OJSA 1WSJA 3FGUA 1TGOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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