1W0HA

Crystallographic structure of the nuclease domain of 3'hexo, a deddh family member, bound to ramp
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
200
structure length
200
Chain Sequence
b'ADSYYDYICIIDFEATCEEGNPPEFVHEIIEFPVVLLNTHTLEIEDTFQQYVRPEINTQLSDFCISLTGITQDQVDRADTFPQVLKKVIDWMKLKELGTKYKYSLLTDGSWDMSKFLNIQCQLSRLKYPPFAKKWINIRKSYGNFYKVPRSQTKLTIMLEKLGMDYDGRPHCGLDDSKNIARIAVRMLQDGCELRINEKM'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Structure of the Nuclease Domain of 3'Hexo, a Deddh Family Member, Bound to Ramp
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3'-5' EXONUCLEASE ERI1
source organism Homo sapiens
molecule tags Hydrolase
total genus 57
structure length 200
sequence length 200
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2004-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1w0hA00
4N41A 4FLVA 1KVBA 3TARA 4CEFA 1BL3A 1XWLA 2DFFA 2XY8A 3MEEA 3NH0A 4DTSA 3HSTB 4FK2A 3QNOA 1R0AA 2ITGA 3CYMA 1KFDA 4Z4EA 1KLMA 3KLGA 1J9AA 4CJTA 3K58A 1VSMA 3QINA 3AO4A 3VA3A 1W9HA 2OZSA 1VRTA 4CHNA 1B92A 3FFIA 4CHPA 3U6FA 1HNVA 4I2QA 3LDSA 4DTXA 4FM0A 4KFBA 3QESA 2O4IA 1ZYQA 1C1CA 3K2PA 3NGIA 2X74A 4DQQA 2HHVA 3MECA 3ZCMA 3IRXA 2KFZA 1RTDA 2E6LA 3AA5X 4EZ6A 1C0UA 1A5XA 1IO2A 5HRSA 4FJ8A 1LWEA 1VRUA 2ZE2A 4I7FA 3G10A 2YNFA 3SPYA 1Q9YA 3AVKA 3SZ2A 4I2PA 2KFNA 4G1QA 2G8FA 3EYZA 3EZ5A 4ELVA 2DTUA 1L3TA 4BDZA 3ZSXA 4B9TA 4JRQA 1ZBLA 3KK3A 4CEQA 4KHSA 4Z4FA 5CZ2A 3OYLA 3ASMA 1YVUA 5HP1A 1EXQA 4FZZA 4FM1A 1S5JA 3V1OA 1K6YA 1SL2A 4CF8A 1LW2A 3K57A 5KTQA 3A2FA 4GVMA 4DTUA 1RTJA 3LALA 1NK9A 4JS4A 4KHQA 3QIPA 4ID5A 1HMVA 3OS1A 1X1PA 5HRPA 3SUNA 1HYZA 4RW6A 1X9WA 4GW6A 2KW4A 1BI4B 4DSFA 4PQUA 2O4GA 1SKSA 4BWJA 3D0PA 3IAYA 1SL1A 3QERA 4KRFA 3V81A 1L5UA 2Z1IA 4FLZA 1U48A 1WSHA 4OKEA 1CLQA 1RBRA 4O44A 4DF8A 1QSLA 2ZQBA 3SUOA 4CIFA 2HHQA 3WNEA 1BGXT 3V9SA 3M8RA 4NCGA 1UWBA 2Y1JA 4F3OA 4KTQA 3QIOA 3AO5A 4W5RA 1BIUA 3MAQA 1NJWA 4R5PA 4AHVA 3IG1A 3RMCA 1TL3A 4CFDA 3KTQA 4N76A 4IBNA 4OPKA 3SCXA 1KTQA 1U47A 1KCFA 1RCHA 1EP4A 1S1XA 2IAJA 3AVIA 3O3GA 1UOCA 3HM9A 3VQ7A 5CYQA 3RTVA 1QHTA 3VQ4A 1ZBUA 1QTMA 1LWCA 1RT6A 4ELUA 3QNNA 4CFAA 5J2NA 3LAKA 1U4BA 2P51A 4OKJA 3THVA 4FJ5A 1FKOA 4CJEA 3AVBA 2YNHA 3ZSYA 3DRRA 1SKWA 3KD1E 1JLCA 3P83D 1EX4A 1BISA 2KQ2A 1HYVA 1G15A 1RNHA 3D45A 4CESA 3TAFA 4CJSA 4CGDA 1WSGA 3NF6A 2Q3SA 3NDKA 3WNHA 4FJJA 1WSEA 4KPYA 3NH1A 3QEVA 3DRSA 1IKYA 3QEPA 3AO3A 1J54A 4CK2A 1XHZA 1T03A 3KKSA 3OYFA 4BDYA 4EZ9A 2IC3A 1QSYA 5EU7A 3CFPA 2G8WA 1JLGA 4CERA 3AA4A 4CJVA 2X6NA 4ICLA 3V9ZA 4C8LA 1ZBHA 1GOAA 4LD0A 1RTIA 5HRRA 3LPUA 1NOZA 3L3VA 4BE1A 4CJ3A 4FYDA 1JLBA 3HYFA 2VG7A 3HK2A 1JLFA 1RDDA 3KK1A 4W5QA 3DRPA 5I3UA 3TANA 1UAXA 4KTZA 3HPOA 4CJRA 3TAGA 2HVHA 4B08A 4DSLA 5CZ1A 3PO5A 3HVTA 4F3TA 1JLQA 3ZSRA 4OPJA 3OY9A 3NHGA 4HCBA 3SQ4A 3DI6A 3EY1A 4DQRA 1BQNA 4BE0A 5CYMA 5K14A 4MQ3A 3F9KA 1Q9XA 1D9FA 4FJXA 4M3XA 4Z4GA 4C8NA 4CJLA 4CIGA 4RW8A 2D0BA 3TWHA 1RBUA 5DMRA 3ZT1A 1NK6A 3M8QA 2BGGA 3NGZA 3LZJA 4FCYA 3DLEA 4CEDA 1LWFA 1TK0A 4KB1A 2ATQA 1HJRA 5C42A 4WE1A 3SI6A 3LP1A 3V9WA 1W0HA 3I0RA 3KKRA 4CECA 4E1NA 3O4QA 3CM5A 4FJKA 1T05A 3KK2A 1KVAA 1KLNA 3PX6A 4K8ZA 1XHXA 3DOKA 2IS3A 4E0DA 2ETJA 4PUOA 4B8AB 2HHSA 1C1BA 3KIOA 1TKXA 4CEEA 2PY5A 4C8OA 4H4OA 2WONA 3OYMA 3RR8A 3ZT0A 3NGYA 3ZT4A 5HRNA 2VWJA 5KI6A 1Y97A 2HNYA 3DYAA 3RMDA 1LW0A 2VG5A 4DSIA 3AO2A 3QLHA 3VQCA 3E01A 4CGGA 3LZIA 3QEIA 3V1QA 2A1SA 2PZSA 4DQPA 4H4MA 4FJNA 3HXMA 1BHLA 3OYJA 1JXEA 4OVLA 2XY5A 5KRSA 1VSJA 3PX4A 5J2MA 3PUFA 4RW4A 2QKKA 4KI6A 2DY4A 4ZHRA 1ASVA 1IKVA 3QEXA 4L8RB 3CFRA 4DTRA 3ISNC 2G8IA 4CFBA 4DTJA 4HTUA 3S9HA 2GBZA 4I9QA 2VG6A 4I9LA 3DOLA 3OYBA 3U3YA 3TAQA 4HUEA 4BACA 4DF4A 3NF7A 4CF0A 3SUPA 2OA8A 1BQMA 3V1RA 4DFJA 3BDPA 4IFVA 3HPGA 3TR8A 3AA2A 1RT3A 3SJJA 4JRPA 3QO9A 4NCBA 1S6PA 1ITGA 1GOBA 2OPRA 1L3SA 3HO1A 4F2SA 3NBPA 1IKXA 2X6SA 4JS5A 3AV9A 3LAMA 4IFYA 4CHZA 4AHUA 3L2RA 3K5NA 1NK4A 3MXIA 4B8CA 2YKNA 1GOCA 4CHYA 1S1UA 3VQBA 4CHOA 4CJPA 3OJSA 1IG9A 3DLBA 4CEBA 1NJYA 3OYAA 1WLJA 3T1AA 1SV5A 2BE2A 4BDPA 4OLAA 3AVMA 3RWUA 1ASUA 1WNSA 3S3OA 1BCOA 3VQ9A 4FLXA 4KREA 2YHAA 5T7BA 1TKZA 2DFEA 4AHRA 3M8SA 4DLGA 5HLFA 4M3ZA 2F96A 3AVNA 3L2UA 2YNIA 3BGRA 3VQDA 1S1WA 4PWDA 4M42A 4E7KA 4NCAA 1CZBA 1VSEA 4LH5A 1CZ9A 1VSKA 4LY7A 3PV8A 3RRGA 2B6AA 2XRIA 3KJVA 4PY5A 3ULDA 4M3WA 1X9MA 5D3GA 1VSHA 2VWKA 1YTUA 4E7JA 4KI4A 1S9GA 3S3NA 2HVIA 1D9DA 3LANA 1TVRA 5C24A 3PY8A 4CGFA 4CGHA 4CGIA 2QXFA 3NCIA 4CF2A 4CEAA 4AHSA 4E19A 4FJ9A 4BWMA 5C25A 1IKWA 3HL8A 5FRNA 4M3YA 4OGCA 3C94A 3ZSWA 2D0CA 3HP6A 2HW3A 1YTAA 4Y1CA 1JLEA 3O4NA 2XO7A 3LWLA 4KHWA 1HQUA 3CFOA 4MFBA 4RG8A 2FBVA 4DS4A 4E1MA 4DTNA 4CIEA 1NOYA 4CK3A 4B9NA 1D8YA 1FXXA 1VSFA 3DLRA 3NF8A 3LPTA 3RRHA 4DFKA 3SQ2A 2A1RA 2OZMA 1NJXA 1F21A 5FRMA 3HVRA 4C8KA 2E4LA 4AHTA 3OYCA 3C6TA 4CF9A 1RILA 1RBTA 1SUQA 2IDOA 4O0IA 3OJUA 4DQSA 1C0TA 4C8MA 4CGJA 4BE2A 4F2RA 3ALYA 3AVLA 3KLFA 4HUGA 1HNIA 1DLOA 3VQAA 4M41A 1WSFA 5HROA 3VQ6A 3L2QA 1HYSA 3I0SA 3OYNA 1CXUA 1C0MA 3DLGA 4E89A 4HHTA 1B9DA 2RN2A 3MXMA 1NK0A 2OYQA 3ZSOA 3NAEA 4FLYA 3ITHA 1A5WA 3V9UA 4DS5A 4RW9A 1TV6A 4NYNA 3VQPA 2PYLA 1NJZA 3ZSQA 3TAPA 4CEOA 4EP5A 1REVA 4DFPA 5HBMA 1NK5A 1QS4A 1T8EA 1U45A 2HNZA 3OYEA 4ELTA 4YFUA 4N5SA 4CFCA 4W5OA 4FVMA 4FJGA 2Z1GA 3KD5E 3B6OA 1TK5A 3DMJA 5JS1A 1C6VA 3O3HA 4B9VA 4AHCA 2X78A 3SV4A 1ZBIA 5J1EA 3OYGA 4FZXC 1WSJA 2GUIA 4B9UA 4DQIA 4HCCA 1BI4A 4HVJA 3V4IA 4J2EA 5KGWA 2KTQA 4FM2A 2B4JA 3AVFA 3KLHA 1JL1A 2YV0X 3U3GA 4GMJB 1U04A 4KKOA 4E7LA 2FBXA 3L3UA 1TKTA 3MXJA 4QAGA 5KGXA 3AVJA 4Q5VA 3CQ8A 2RF2A 4CK1A 5E41A 4DTOA 5J2QA 1SKRA 3CG7A 3AVAA 5SWMA 2KZMA 1CXQA 2FBYA 2ZD1A 4FLWA 2E6MA 3SYZA 3ZT3A 4E7IA 3C95A 4DMNA 3RR7A 2HHXA 4DU4A 1TKDA 4B9MA 3PX0A 4KTWA 4Z4IA 1S1TA 3PO4A 3LP0A 1BCMA 1I39A 4J2BA 4DSEA 2G8VA 4FJMA 4FJ7A 3SQ1A 4CJQA 2RKIA 3K5MA 4E7HA 4ID1A 1HRHA 3SQ0A 3S3MA 1DTTA 1TGOA 3I8DA 3RMAA 4FLTA 3V9XA 1TK8A 3OS2A 3TI0A 2Z1HA 4JLHA 4KHYA 4Z4CA 4F8RA 3P1GA 4AH9A 4CF1A 3VA0A 1JLAA 5JS2A 3TAEA 1JL2A 1N5YA 1A5VA 3JYTA 3NF9A 3SNNA 2G8KA 5I42A 3RMBA 4IG3A 4B3OA 1ZBFA 2EHGA 5DK5A 1LAWA 1VK0A 3ZSVA 4FK0A 1LAVA 2I5JA 3AVGA 4Z4HA 3LP3A 3G0ZA 1NKEA 3NE6A 4DSKA 5CY4A 3T3FA 2HHUA 3MEDA 4FXDA 1RBSA 1Z25A 5FROA 4QOZB 2HHWA 4IG0A 1X9SA 3DM2A 1J5OA 4DWIA 1HPZA 4FK4A 1L3UA 2D5RA 4M3TA 3CM6A 1LV5A 4OKKA 3V6DA 3JSMA 3VQ8A 3WNFA 1NK8A 1QSSA 2EX3A 4Z0UA 4CHQA 4F4KA 4KAZA 4M3RA 2IGIA 4QCLA 1S1VA 1TL1A 2OPPA 3WNGA 3OYKA 1NKBA 2BDPA 4Q0BA 1WSIA 4AILC 1U49A 4IDKA 2R7YA 4DLEA 4TSXA 4DU1A 4DFMA 4DSJA 4O0JA 4EP4A 1S6QA 4IKFA 1O1WA 4DTPA 4FJIA 3SUQA 3QEWA 1EETA 2XY6A 3IS9A 4W5NA 4B9LA 2LSNA 4XIUA 2NUBA 2D0AA 2HHTA 1RDBA 3HPHA 1XI1A 2HNDA 2YNGA 3NFAA 1Q8IA 4CJUA 1TAQA 3P5JA 2F8SA 4KO0A 5J2PA 4FZYA 3K5OA 3L2WA 3K59A 1FK9A 4PA1A 5FDLA 2G8UA 2QK9A 3VQ5A 2PYJA 4Y1DA 4N47A 4W5TA 5KRTA 4CCHA 4K8XA 2W42A 3OVNA 3T19A 3VQQA 3DLHA 4CEZA 3AVCA 1JXBA 1JKHA 4KB0A 1EKEA 4ZTJA 4FW2A 3VN5A 3K5LA 2WOMA 2FBTA 3M8PA 1VSIA 3ZSZA 3QETA 4DG1A 1XC9A 1I3AA 2RPIA 4H8KA 3OYDA 1N6QA 4ZTFA 2IOCA 1KFSA 2BANA 1IH7A 3KLEA 4E3SA 1VSLA 1WAFA 1WN7A 3TAMA 2XHBA 1NKCA 2FC0A 2DFHA 2KZZA 1BIZA 2F8TA 1FKPA 1RDCA 4HUFA 2AJQA 3DLKA 1HQEA 4M3UA 3KLIA 1QE1A 4CJ5A 4FJLA 3NH2A 4FJHA 1L3VA 4OLBA 3ZT2A 1RDAA 3F73A 4M45A 3H08A 3O3FA 4O55A 2JGUA 4LSNA 3LWMA 1UA0A 1VSDA 1Z26A 1B9FA 4O4GA 4OGEA 4B9SA 1NK7A 3HJFA 2P1JA 3HP9A 4LH4A 1D5AA 1DTQA 2OPSA 4OJRA 2P5GA 4KV8A 3TABA 2HB5A 4DU3A 4CE9A 1RT5A 4DTMA 4KHUA 4LSLA 1KRPA 1C1AA 3C6UA 3UIQA 1KVCA 4O5BA 2GV9A 4FLUA 1KSPA 1S9EA 3L8BA 1RTHA 3SV3A 1RT4A 3SPZA 1QQCA 3AO1A 1RT2A 1RT1A 4NYFA 4CJWA 2P5OA 3MEGA 2Z1JA 4J2DA 2YHBA 2JLEA 4CJ4A 1T7PA 1MU2A 3AA3A 2HMIA 1RBVA 4N56A 4J2AA 3OS0A 1YT3A 3VQEA 4CJFA 5SZTA 1UA1A 4KHNA 1J53A 2YKMA 1SL0A 4UQGA 3L2VA 1WAJA 1ASWA 3HT3A 3B6PA 4CJKA 3AVHA 1RT7A 2OPQA 1TAUA 2G8HA 4FW1A 3OYIA 4YNQA 2B5JA 4RW7A 2Y1IA 2QKBA 3LP2A 2XY7A 3OYHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TARA 4CEFA 1BL3A 3SBTA 3MEEA 4FK2A 3QNOA 3QDKA 1N34K 3GG4A 3QINA 1T3VA 1VRTA 3AGRA 1YJ9N 2ITMA 3FFIA 4IOAL 4I6MB 3LDSA 4DTXA 2Q2RA 3K2PA 3CF5L 2X74A 4DQQA 2UYTA 1YIJN 1A5XA 1LWEA 4I7FA 2ZE2A 3VGMA 4DR6K 2YNFA 2A42A 3EZ5A 4PKHA 4B1XB 4JKGA 1W7AA 4IEEA 1EXQA 3PLAA 1OKJA 3Q7CA 3A2FA 3ATUA 2E8AA 2V7ZA 3LALA 3P4IA 4KHQA 3QICA 1WUAA 3OS1A 1X1PA 4PL7A 3SUNA 1X9WA 3PIPL 4L3QA 1SKSA 3D0PA 1SL1A 3QERA 2Z1IA 4FLZA 4O44A 2CH5A 1HX1A 3SUOA 1ILYA 4CIFA 2HHQA 3MN7A 3WNEA 3V9SA 3ZX0A 1T44A 2GTDA 4R5PA 3CIPA 4OPKA 3SCXA 1U47A 3CJ9A 1RCHA 3CXCM 3HM9A 2UUAK 1P90A 4WF9L 3RTVA 2F7TA 3VQ4A 1LWCA 4H5NA 2D4WA 4ELUA 3EO3A 5CHIA 1HKBA 2P51A 5B8HA 3AVBA 2YNHA 3ZSYA 4GV3A 1O13A 3EKUA 4JKCA 3O9RA 2KQ2A 1OH6A 4CJSA 1S22A 1WSGA 3NF6A 3L0QA 3CCSN 3QEVA 3A0IX 1HNXK 3QEPA 4BRAA 5C15A 3JS6A 4BDYA 4EZ9A 4JKEA 3J8AA 4CJVA 4C8LA 3L3VA 2ASPA 5AQTA 2HSTA 1JCEA 5I3UA 3HPOA 2PAVA 5CZ1A 1JLQA 3F5TA 1SZ2A 3SQ4A 2J4RA 3D6RA 3CCRN 4BR9A 4DV2K 4BE0A 5M1KA 3F9KA 4Z4GA 2ASOA 3ZT1A 4LF9K 1WOQA 4CEDA 1VQ6N 1LWFA 2P9SB 1W0HA 3FZHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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