1A5XA

Asv integrase core domain with hiv-1 integrase inhibitor y3
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
publication title Structure of the catalytic domain of avian sarcoma virus integrase with a bound HIV-1 integrase-targeted inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 51
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-02-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1a5xA00
4DQSA 4KKOA 1C0MA 3V81A 3U3GA 3KLEA 1YTAA 1SL0A 1RILA 2IOCA 3AVIA 5C42A 1BQNA 4PWDA 1KVCA 2FBXA 2VWKA 1BCOA 3NBPA 4FZYA 4KI4A 1U47A 3RMDA 2BDPA 1XI1A 3O4QA 2F96A 2DFEA 3DRSA 3RR7A 3OYNA 1J9AA 4L8RB 1VSLA 1VSHA 3OS1A 1C6VA 4LD0A 3VQ6A 2HNYA 3BGRA 1IKVA 4O0JA 1J5OA 4DTSA 4N56A 4QCLA 4DTXA 2IDOA 5EU7A 3L2UA 4J2BA 4NYFA 1ITGA 4ELTA 1WSHA 1JL1A 2EX3A 3IG1A 2WONA 4CEQA 1NK8A 4CGHA 3B6OA 1VRTA 4DQQA 4CJUA 3OYFA 1WSJA 3DRRA 3LAMA 3D45A 4DU4A 1QE1A 4OLAA 4I9LA 2G8KA 4CF9A 3PO5A 4H8KA 3VQPA 1NKBA 1NK0A 2PYLA 3KTQA 3K59A 2E6MA 4CGGA 2VG6A 3MXMA 4FJ9A 3C6TA 3AVMA 3TAPA 3NCIA 1SV5A 4KTZA 3TAFA 3ZT4A 1U48A 3O3GA 4FW2A 3VQ9A 4CHOA 1W9HA 1RBUA 3KKSA 4CEDA 3QIOA 1UA1A 1NJZA 1IG9A 3HK2A 4PUOA 3P5JA 4IBNA 3HYFA 3AVCA 3ZT2A 3SV4A 2HHWA 1RBRA 2XY6A 3RRGA 4FXDA 1LAVA 3AVKA 4CERA 4DFJA 3NFAA 3ZT0A 1BI4A 2I5JA 3PX0A 1KFDA 1NJXA 3OYDA 3SNNA 4J2AA 4NCAA 4EP4A 3QO9A 4CJKA 4DTMA 3DLEA 1YTUA 3VQAA 4CIGA 2X6SA 2Z1GA 3VA3A 4YFUA 4F3TA 2HMIA 5HRPA 4DLGA 5I42A 1TVRA 3LP3A 4KFBA 4RW8A 2EHGA 3PV8A 4IFVA 4B8CA 4EZ9A 1SL2A 4NYNA 4CCHA 1L3SA 3AVFA 3SUPA 3NH1A 1ZBFA 4CJ4A 4CECA 2JLEA 3CQ8A 4DSEA 3TAQA 4KTQA 4FJMA 5HLFA 3V9SA 4KREA 4KI6A 2YNFA 3M8PA 2OPPA 1KVBA 3MXJA 3OJUA 3S9HA 2Q3SA 1C0UA 3LP2A 4B08A 2G8FA 4DQIA 4HCCA 3AA5X 4E7IA 4KB0A 4FJLA 1LWCA 2ATQA 4AHVA 2DY4A 3HM9A 1RT6A 4EZ6A 3SQ2A 1Q9XA 4QOZB 3MXIA 4LY7A 4AHRA 3SUNA 1S1VA 2BE2A 3HSTB 4DTRA 2YHAA 1K6YA 4H4MA 4CFCA 4DG1A 1DTTA 4FLXA 3IS9A 4RW9A 4OPJA 1T7PA 2KFNA 4JLHA 2HHXA 1CZ9A 4FJ7A 4FM0A 1C1BA 2ITGA 2XRIA 4OJRA 4CGJA 1L3UA 1ASUA 1TK8A 4O5BA 5HBMA 2ZD1A 3L2RA 3ZSYA 4KHWA 4H4OA 3LZJA 3RTVA 1TV6A 3M8RA 4CHYA 2RN2A 1R0AA 1TK0A 4IKFA 4PQUA 4CGFA 1BISA 5CY4A 4M41A 3NE6A 1XC9A 2LSNA 5KRTA 1SUQA 3ALYA 1REVA 2Z1IA 3IRXA 4CESA 3NHGA 3OYMA 3V9XA 3CFPA 2Y1JA 3S3MA 4C8LA 2QXFA 3SUOA 4W5QA 1RTDA 3QNNA 4RW6A 1S6PA 4CFAA 2OZSA 3DLGA 1VSIA 3HPGA 1S1TA 4CHPA 3NGIA 3HVTA 1N6QA 1XWLA 1DTQA 1C1CA 3PO4A 1FK9A 2E6LA 1BL3A 4E7LA 4CEOA 1SKRA 4W5OA 1KTQA 3WNGA 3OY9A 4ELVA 1D9DA 1VSKA 1HNVA 3NDKA 5J2MA 4I9QA 3UIQA 4ID1A 1LW0A 3NH0A 3VQQA 4E1MA 3T3FA 2PYJA 4E89A 1WAFA 2OPRA 3I0RA 4C8MA 1ZBIA 4CF2A 1IKYA 3LP0A 1A5XA 4FZZA 1KRPA 4WE1A 4CFDA 1GOBA 4DS4A 4Y1DA 3LZIA 4DSJA 2KFZA 2RPIA 1KLMA 3HO1A 4OKJA 1NKEA 3HXMA 1QSLA 2HHSA 3K5OA 1RT7A 1TKTA 3V9UA 3KLGA 1WSGA 3OYBA 3I8DA 3KKRA 2IS3A 1GOAA 1NJYA 4KB1A 4KV8A 1JLAA 1Q8IA 3E01A 3LALA 5C24A 3VQ7A 2PZSA 5D3GA 4E19A 4CF8A 4C8KA 1LAWA 1FXXA 1F21A 1JKHA 1TL1A 3MEDA 2G8WA 4FJJA 2ZQBA 3NGYA 3OYHA 3RWUA 4Z4GA 5J2QA 2IC3A 3AO3A 3F9KA 4ZTJA 3C94A 1BI4B 1S6QA 5HROA 4QAGA 4KHYA 4C8NA 4CHZA 3D0PA 1C0TA 5HRSA 4CGIA 3VQ4A 4C8OA 1CXUA 1WSEA 4TSXA 1BIUA 3CM6A 3B6PA 2KW4A 5KRSA 5KGWA 3H08A 2G8IA 1EXQA 1T8EA 4ZHRA 3VN5A 4CIEA 1ZBLA 5KTQA 2W42A 4FLWA 4O44A 2GBZA 4ELUA 5KI6A 2KZMA 4M45A 2QK9A 5CYQA 4KHNA 4XIUA 4G1QA 3TAEA 3AVLA 3MEEA 4B9NA 4FJ5A 1IO2A 1RT4A 3EYZA 2G8VA 4F2RA 4N41A 4MFBA 1G15A 3ZSRA 4M3RA 4E7JA 3CG7A 4B9LA 4K8XA 1JLFA 1TAUA 1JL2A 1GOCA 3MECA 1BQMA 4Z4HA 3AA4A 3L3VA 3NGZA 3L2QA 4HCBA 5T7BA 3THVA 2VG5A 1RT1A 3M8QA 4F2SA 3PX6A 1WAJA 2FC0A 3KD1E 1JLBA 4GW6A 4K8ZA 1QSYA 4BE0A 3ZSWA 4DSKA 4CJSA 3QEXA 3U6FA 3L8BA 4DQPA 1RNHA 1B9FA 4DSLA 3DYAA 3M8SA 4HHTA 4DS5A 4LSNA 4FLYA 4O0IA 1CXQA 4E3SA 4FJKA 1SKSA 3CFOA 4OVLA 1D8YA 3RRHA 4AH9A 1T05A 4DLEA 3HL8A 3AVHA 4OKKA 1NOYA 4CF0A 3QINA 3CFRA 3DLBA 3VQCA 4FLTA 4IDKA 5J1EA 3KK3A 1HQUA 4RW4A 3SPZA 4HVJA 1VSJA 3ASMA 4GVMA 4HUFA 4CHNA 3QERA 3SQ4A 2GUIA 2FBVA 3ZSOA 4F3OA 4RW7A 1LV5A 1ASWA 1C1AA 1EETA 1YVUA 4CJWA 1WN7A 4DTUA 5J2PA 1J54A 1NK5A 1KVAA 3SCXA 4FK4A 2QKKA 4NCGA 4J2EA 4Z0UA 4JS4A 2B4JA 3TARA 4CJEA 4DWIA 3SJJA 4FLZA 2Z1JA 4BE2A 2HW3A 1NKCA 1O1WA 4Q5VA 1ZYQA 1I39A 1Z25A 3K2PA 4DTPA 4CJRA 3JSMA 4B9UA 1X9MA 2F8SA 3LPUA 4FYDA 2DFHA 1RTHA 1RT5A 1RT3A 4BE1A 1U4BA 4OKEA 4E0DA 3SZ2A 3C95A 4CJLA 2PY5A 2P1JA 2OA8A 3LAKA 2YV0X 4FCYA 3OYJA 4FM2A 2OZMA 4OLBA 1QQCA 4BDYA 1S5JA 1VK0A 2OPQA 3V1QA 4CEEA 4CJVA 4KHQA 3QNOA 3TANA 4W5NA 4DQRA 2F8TA 4DSFA 4O55A 1KCFA 4FJGA 3AVBA 3SYZA 4CF1A 2XHBA 1TAQA 3TWHA 4N76A 2BGGA 3AO5A 2YNGA 4E7HA 2Z1HA 1HRHA 1X1PA 2YHBA 2QKBA 2YNHA 4I7FA 3K5NA 3SQ0A 3V9ZA 4N5SA 3AV9A 3DLKA 3P83D 4BACA 1HYVA 3ZSQA 3DOLA 4ZTFA 4CJTA 1JXEA 1VSMA 2YNIA 1HPZA 3CM5A 1XHXA 4KPYA 3QESA 4CEBA 4B9TA 1DLOA 2YKNA 4Z4EA 3ZT3A 5HRRA 4F8RA 3L3UA 1VSEA 3AA2A 4KTWA 5DMRA 4YNQA 2OYQA 3HJFA 3LWMA 1EKEA 3AVNA 1D9FA 4N47A 3KK2A 3PUFA 2DFFA 3WNHA 3NF8A 1QHTA 1Z26A 3I0SA 4E7KA 1JLQA 4M42A 3OYLA 1S9EA 1IKXA 1RCHA 1YT3A 1TKDA 3VA0A 3AA3A 1JLGA 4BWMA 4DTNA 3VQ8A 3PX4A 4DTJA 4DF8A 3G0ZA 2HVHA 1JLEA 4E1NA 3U3YA 3AVGA 1X9WA 2HVIA 1QTMA 4CHQA 1SL1A 3HP6A 2B6AA 4AILC 3SI6A 1MU2A 2FBYA 3EZ5A 3QIPA 3OYAA 1T03A 3V4IA 3K58A 3QEWA 1NJWA 1S1XA 3OYCA 2YKMA 4M3XA 3BDPA 5SWMA 1RBVA 3NF9A 1CZBA 5SZTA 1UA0A 3AO1A 2FBTA 5CZ2A 3SV3A 4FLVA 1NK4A 2IAJA 2WOMA 4M3TA 4BDZA 4PA1A 1NK9A 1BIZA 4CJ3A 4JRPA 1SKWA 1KFSA 2D0BA 2HB5A 3LDSA 1UOCA 3PY8A 1EP4A 1JXBA 1VRUA 3AVAA 3DI6A 4JS5A 4FZXC 4Z4IA 2HHTA 4CK2A 1S1UA 3RR8A 1BHLA 4CGDA 2P5OA 3IAYA 3ZSZA 3ZT1A 3S3NA 3OYEA 1HNIA 5C25A 4DU1A 4FJHA 3OYIA 4I2QA 4DFKA 2G8UA 2D5RA 4DTOA 5J2NA 4FK2A 2HHQA 4F4KA 4CE9A 4DF4A 4NCBA 1WLJA 3ULDA 2KZZA 2AJQA 2O4IA 1N5YA 2R7YA 2Y1IA 1LWFA 4FJNA 2KTQA 5E41A 3NH2A 2RKIA 3NF6A 2JGUA 4LH5A 3VQBA 3ZCMA 2IGIA 2GV9A 1XHZA 4M3ZA 4FK0A 5FRNA 3WNEA 3JYTA 1IKWA 3TR8A 1WSIA 3O3FA 1Q9YA 4B9MA 2VWJA 1Y97A 3ZSVA 1RDCA 2XO7A 4OPKA 3AO4A 3ZSXA 4Z4FA 1IH7A 4BWJA 3AVJA 3LWLA 3DRPA 3S3OA 3EY1A 4B9VA 3OVNA 1BCMA 5HRNA 1J53A 3KD5E 3LANA 4OGEA 4B9SA 3DOKA 1U04A 4FM1A 3L2VA 4CK3A 1RDDA 3CYMA 4OGCA 2HNDA 3MEGA 4HUGA 4ICLA 1RDBA 4LSLA 3DLRA 3DLHA 4CK1A 1WSFA 4O4GA 3K57A 1RBSA 1ZBHA 1FKOA 4R5PA 3OJSA 3SUQA 1TK5A 2P5GA 1TL3A 1U49A 3OYKA 1L3TA 4DU3A 3V1RA 3QLHA 4M3WA 1UAXA 3OS2A 3T19A 1L5UA 4FW1A 3TAGA 2X6NA 3K5LA 4W5RA 3VQEA 1JLCA 2E4LA 4AHSA 3KLFA 3SPYA 1CLQA 3A2FA 4CEFA 1HYZA 5DK5A 1S9GA 3QEVA 1W0HA 5JS2A 3LP1A 5FDLA 4M3YA 1S1WA 4CJ5A 4CJFA 2D0CA 3QEPA 4EP5A 4FJIA 1A5VA 2B5JA 1A5WA 3ISNC 4CEZA 3V1OA 2ETJA 4J2DA 3KLIA 4W5TA 4KHSA 4B8AB 2G8HA 1UWBA 1HMVA 3NAEA 4KRFA 1RT2A 4IFYA 4RG8A 2D0AA 3VQDA 3SQ1A 4Y1CA 2BANA 3HPHA 4MQ3A 5K14A 4M3UA 5FRMA 1QS4A 5CYMA 4AHCA 1FKPA 3V6DA 5FROA 2HNZA 4IG0A 4CJQA 5KGXA 1RTJA 3HVRA 3RMCA 2DTUA 1RDAA 4ID5A 4CEAA 2HHVA 1TKZA 1LWEA 4UQGA 4FLUA 1WNSA 5HP1A 2A1RA 3DMJA 1QSSA 4KHUA 1B9DA 3NF7A 3OYGA 1NK7A 4CFBA 2RF2A 2O4GA 4HUEA 1RBTA 2X78A 5JS1A 4KAZA 3F73A 1X9SA 3TI0A 4CIFA 3QETA 1HJRA 4AHTA 3OS0A 3KK1A 3HT3A 3T1AA 3RMBA 1KLNA 4B3OA 4PY5A 4CJPA 3DM2A 2KQ2A 3VQ5A 4IG3A 4AHUA 3RMAA 3K5MA 3P1GA 3FFIA 1HQEA 3KJVA 2X74A 2ZE2A 3KIOA 5CZ1A 1TKXA 1BGXT 4DMNA 1LW2A 1L3VA 1VSFA 2OPSA 1RTIA 2A1SA 1ZBUA 1B92A 4FVMA 4GMJB 3AO2A 4I2PA 3WNFA 4DFMA 1U45A 4Z4CA 3L2WA 3O4NA 4Q0BA 4DSIA 1VSDA 4BDPA 4LH4A 2P51A 2XY7A 3HP9A 3C6UA 4DFPA 3TABA 1NK6A 2NUBA 3HPOA 4FJ8A 3G10A 1HYSA 1KSPA 1NOZA 4HTUA 1I3AA 2HHUA 3LPTA 3MAQA 4JRQA 1ASVA 3V9WA 4FJXA 3TAMA 2XY8A 4KO0A 2XY5A 2VG7A 3O3HA 1D5AA 1TGOA 3KLHA 5I3UA 3QEIA 1EX4A 3ITHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BRPA 3U3GA 2IOCA 5GAEP 1BCOA 3MCPA 5KPZA 1U47A 3CQYA 1MWMA 1J9AA 3VF6A 3VQ6A 5KPRA 2HNYA 3HI0A 5BR8K 2P9NB 1J5OA 4QCLA 3L2UA 2AP1A 2WONA 1NMDA 4CJUA 3DRRA 5M1QA 4OLAA 4CF9A 3PO5A 3H6EA 2E2PA 4H8KA 3H1VX 1T6DA 1NKBA 1LOTB 4JI4K 4IOXA 5FPMA 1VQLN 5EY4A 3TAFA 1HNWK 4X65K 5TKYA 3O3GA 5JMVA 3KKSA 4CEDA 4IBNA 2W6LA 3HYFA 1Q86O 4LF9K 4BR0A 4IDHA 3RRGA 3AVKA 2I5JA 1NJXA 1KFDA 2IIRA 4YFUA 3CI5A 2HMIA 5AZIA 3J7ZO 2P9KA 4KFBA 4RW8A 4BRNA 1G99A 3PV8A 4B8CA 1VQ6N 4NYNA 1L3SA 4GNIA 4CECA 2JLEA 4CJ4A 3KZBA 3ZX2A 4BROA 1KVBA 3TTCA 3S9HA 2Q3SA 4E7IA 4AHVA 2ATQA 2JWLA 5FPDA 2DY4A 3HM9A 4QOZB 4LY7A 1DEJA 3SUNA 1S1VA 3THYB 2QM1A 5AQKA 3ZLJA 5TKWA 1QQMA 2HHXA 4FM0A 4KH6A 1L3UA 4OJRA 3EE9A 1HPMA 5HBMA 3M8RA 4CHYA 4CZIA 4MLHA 4IWVA 4H0TB 4NB4A 3ALYA 3IRXA 4CESA 3V9XA 3OYMA 2G8IA 1W7AA 3RSEB 3DLGA 3HPGA 3J8AA 3QB0A 2O8BA 1YHQN 1C1CA 3ZEUB 4O8KA 4CEOA 5CE3A 3THXA 1D9DA 3O8MA 2KHOA 5ADXH 5AQWA 2QWNA 2PYJA 2QA4N 4CZKA 1WAFA 1ZBIA 1IKYA 4NXMK 1KRPA 4BRAA 1GOBA 1TUYA 5FPNA 2RPIA 1KLMA 3HO1A 4XH4A 1NKEA 3HXMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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