1ASUA

Avian sarcoma virus integrase catalytic core domain crystallized from 2% peg 400, 2m ammonium sulfate, hepes ph 7.5
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
PLREPRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHFERGENTKTNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Dna integration
source organism Avian sarcoma virus
publication title High-resolution structure of the catalytic domain of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords AVIAN SARCOMA VIRUS INTEGRASE
total genus 55
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1asuA00
1X1PA 4W5NA 4CF8A 3PX0A 2XY6A 4DTSA 3O4NA 3SQ4A 3S3OA 4FM1A 2G8IA 3AVGA 3V9WA 1XWLA 2P5GA 4O0JA 4Q0BA 3QEXA 4KRFA 2P1JA 3K5NA 3NGYA 4IFYA 2ETJA 5FRMA 3H08A 1NK7A 2OA8A 1A5WA 3LWMA 4FCYA 1W0HA 1JLAA 4KPYA 3SUPA 3OYEA 4CGIA 4CJ3A 3HP9A 4CJKA 4Z4HA 4CJPA 2VG7A 2HMIA 2XY5A 1B92A 3QIPA 4DLGA 1LW0A 4DQQA 4DQSA 4N56A 2HHSA 1J9AA 1TGOA 3MEEA 2O4IA 1BQNA 4JS4A 4E0DA 1BCMA 4FJXA 3ZSZA 4HUEA 1WAFA 1Q9YA 2YNHA 4FJ8A 2RPIA 4WE1A 3SPYA 4OPKA 3OYCA 1KVAA 5KGWA 2DFFA 5CYMA 3VQAA 1NKCA 4YNQA 1FKOA 2HHXA 1BCOA 4OGCA 4CEQA 4M3ZA 2HNZA 3AA5X 4DS4A 4N76A 4CFCA 3KKSA 1RT1A 1LWEA 5SWMA 4KTQA 3V1QA 3A2FA 3AVLA 1IH7A 3ZCMA 1X9WA 1UOCA 1FKPA 5FROA 4IDKA 2QXFA 2YHBA 2VWJA 3K2PA 4KHNA 4BWMA 5DK5A 4FLTA 3OYKA 4KFBA 1R0AA 3ZSQA 3L3VA 3TAGA 3O4QA 1FXXA 2PYLA 3O3HA 2NUBA 3S3NA 2G8WA 2B4JA 2P51A 4QOZB 3KLFA 2W42A 1EKEA 2D0AA 3SYZA 1VSFA 3MAQA 4HTUA 2X78A 4Z4EA 3HT3A 4QAGA 1ASUA 3NF9A 3RTVA 3SI6A 1X9SA 4W5OA 1J5OA 3VQDA 4DFKA 1N6QA 3QESA 1EETA 3D45A 3TABA 3LZJA 5DMRA 1SL0A 4DWIA 1C1BA 2XY7A 1NJYA 4CJ5A 1RILA 3NF7A 4CEZA 3KK3A 1TKDA 2ZQBA 4ELTA 4DG1A 4FJ5A 4M3XA 4N5SA 1B9FA 1S9GA 2HHUA 4DSIA 3TAMA 5CY4A 3I8DA 3KD5E 4CJTA 3L2QA 1CZBA 1SUQA 3PV8A 3RRGA 4CEBA 3HPGA 1C0TA 1GOAA 1JXBA 1ZBFA 4IG3A 2G8VA 3OJUA 4DS5A 5KTQA 4HUFA 3NF8A 4DTUA 3AVCA 4W5QA 1TK8A 3NAEA 4CGJA 3TANA 4LSLA 3ZSYA 1BI4A 3KTQA 4KB1A 4ID5A 2G8HA 3VQEA 3MEGA 4M3UA 3MXMA 1T8EA 2E4LA 1VSKA 4Z4GA 3VA3A 1XHZA 4ELVA 2QK9A 1ASVA 5I42A 2FBVA 4FM0A 3PO4A 4NCAA 4O55A 1JL1A 3AVIA 2OPSA 3V4IA 4DSJA 4FK2A 5J1EA 4I7FA 3L2WA 4FLYA 1NK4A 3AVFA 1HJRA 2KZMA 1HQUA 4LH5A 4RW7A 1WN7A 4I9QA 3AVNA 4FJJA 1HNIA 1QHTA 1JL2A 2YHAA 4OKKA 3V81A 3RWUA 1T03A 1RT6A 1J53A 4M42A 1SL1A 4FM2A 5D3GA 3LANA 3ULDA 5J2PA 2IGIA 3DRPA 3ZSVA 4EP5A 3HSTB 1S6QA 3G10A 4DSFA 3T1AA 3QEWA 3PX4A 3S9HA 1K6YA 5JS2A 4OLAA 4FZZA 1HMVA 3IS9A 2YV0X 3O3FA 4DU3A 4BDYA 3TAQA 5CZ1A 2D0BA 5HP1A 2G8KA 3SV4A 3QEIA 2HNYA 4E7IA 3K57A 1I39A 1JKHA 1JLFA 4RG8A 3HYFA 4O5BA 4FW1A 2IS3A 3O3GA 4CF0A 1KLMA 3LP1A 3NH1A 5HRPA 1S1UA 1KSPA 1ZBHA 3OYJA 1NK8A 1U48A 3DLBA 3HK2A 3SQ0A 1WSJA 4CK3A 4LY7A 2OZSA 4ICLA 4FLZA 3SUQA 2GUIA 3M8QA 1LAWA 2WONA 5C24A 3DMJA 1XI1A 4RW9A 4CGHA 3OS2A 4FJ7A 3HJFA 4Y1CA 5HRRA 1U49A 3AV9A 1SKRA 1LAVA 3QO9A 4CHNA 3L2RA 1VSLA 1D9FA 4FJIA 1KVCA 3NF6A 4BE0A 2HHWA 3U6FA 2RF2A 2RKIA 3KK2A 3TWHA 3AVHA 4K8ZA 3AA4A 4DQPA 3WNHA 3V6DA 4KV8A 4CFDA 4B3OA 3DRRA 4NCGA 4O44A 5CYQA 1TKXA 4M3YA 4EZ6A 4DFJA 3QERA 1RDAA 4F3TA 4JS5A 4PWDA 5E41A 3NH0A 1KTQA 1WNSA 1LW2A 2KQ2A 3SNNA 3RR8A 4CEAA 1I3AA 3UIQA 4XIUA 3MXJA 4DSKA 1C1AA 1VRUA 4FJHA 4FJKA 3VQPA 1A5VA 4H8KA 2Q3SA 1SKSA 3TARA 4BACA 3NGIA 1LWFA 3ZSWA 3K5MA 4E1MA 2DY4A 1TK5A 4CF2A 4CECA 1WSEA 1GOCA 4AHCA 4ZHRA 5K14A 4M41A 2HB5A 4KAZA 4OPJA 1WSFA 1RBTA 2E6LA 4CFBA 1RTIA 3ZSOA 4JRQA 3NE6A 1RT7A 3MEDA 3CQ8A 3SUNA 2BANA 3LWLA 4RW4A 1QSSA 3P83D 4EP4A 3RMCA 4OKJA 2RN2A 4CJLA 1RTJA 1YTUA 4CGGA 3OYBA 1BI4B 4DU4A 4CE9A 3OYAA 3QIOA 2B6AA 2X6SA 1C1CA 2JLEA 4NYNA 2JGUA 3DI6A 4CJVA 4E7HA 4FK0A 3L2UA 4M3TA 3RMAA 1D9DA 3AO3A 4AH9A 1T7PA 3KLEA 4CEDA 1SL2A 2ZE2A 1ZBUA 3NHGA 1YTAA 2DFEA 2VG5A 3T19A 1TV6A 3QEVA 4DQIA 2ATQA 3C95A 1JLGA 2GV9A 2AJQA 2PYJA 1ITGA 4ELUA 4HCBA 5CZ2A 2D0CA 3LAKA 2BGGA 3TAEA 4E89A 4J2AA 1BQMA 2YKMA 2XRIA 3AVMA 3NDKA 3AO2A 1Q9XA 3NGZA 3S3MA 4FJLA 1HRHA 4FXDA 3M8RA 2DTUA 3AO5A 1HQEA 3V9UA 1JLQA 2KTQA 5T7BA 1VSMA 2F8TA 2P5OA 4KI6A 4DQRA 4B9LA 1YT3A 3QLHA 4CEFA 1HPZA 2B5JA 4CERA 1REVA 4FLXA 3QNNA 1UA1A 4CHZA 4ZTJA 1RDDA 4CIFA 4DF4A 3PX6A 1U47A 4RW6A 1S1WA 1KRPA 4MQ3A 3DLEA 4CIEA 4DTOA 3NFAA 2HNDA 3SQ1A 4FYDA 3TAPA 3E01A 2IC3A 5J2QA 2G8FA 1JLEA 2HVIA 3K5OA 3ZT1A 2QKKA 3OYHA 3VQBA 1G15A 1WSGA 4Y1DA 2PZSA 4KTZA 2Z1IA 4BE2A 1VSEA 2G8UA 4CGFA 4L8RB 1Z25A 4FZYA 3ZT0A 5HROA 3B6OA 4CJWA 1RDCA 1X9MA 1SV5A 3HL8A 4HHTA 3AVJA 2ITGA 4B9NA 3LAMA 1NK0A 3AVAA 5C42A 4DTJA 4DTPA 4FJGA 1HNVA 2FBTA 4LSNA 3LPUA 5FDLA 2IDOA 4CHPA 1QSYA 4CJSA 4OJRA 2PY5A 1BL3A 4E7LA 4DTXA 1VRTA 2BE2A 1VSJA 3OYLA 3EZ5A 4C8OA 3HXMA 3DLHA 4M45A 4E7KA 4CIGA 5C25A 3U3GA 3ZSXA 3KLGA 3QNOA 3NH2A 1LWCA 3CFPA 4FJMA 3HPHA 4DTNA 3QETA 4OKEA 5HLFA 4AHVA 4AHSA 4FLVA 4CGDA 1Y97A 3OVNA 1D5AA 1NKEA 2Z1GA 4B08A 5HRSA 1TVRA 5HBMA 3OY9A 5KRSA 3CFOA 1C0MA 3NCIA 5I3UA 4B9VA 4F2SA 2YKNA 1F21A 4KO0A 1IKWA 1RBSA 3ITHA 4QCLA 3CM5A 3OYIA 1S1TA 1RBRA 3LPTA 4GMJB 1NJXA 3RR7A 4IFVA 1S1XA 4LD0A 2HHVA 4CHOA 3VQ5A 4E19A 3V9ZA 1IG9A 4YFUA 3V9SA 3M8SA 5J2NA 2OZMA 1RNHA 3AVBA 3P1GA 3VQ8A 4AHRA 1TKTA 1KFSA 4CK1A 1QTMA 3DRSA 2HHQA 3AVKA 4DSEA 4CJ4A 3NBPA 5EU7A 3PUFA 4MFBA 4O0IA 3K5LA 3EY1A 2KZZA 3OYGA 3PO5A 3WNFA 1JXEA 2OPRA 1W9HA 1Q8IA 3HVRA 3VA0A 3ZT4A 1NK6A 4FJ9A 2ZD1A 2KFZA 3KIOA 3KLHA 3VQ6A 2HW3A 1L3SA 1WSIA 4J2BA 4FVMA 4CHQA 2OPQA 4CEEA 4DFPA 1TK0A 3OYNA 2QKBA 3WNEA 3ASMA 3SPZA 1QE1A 4C8NA 1RTDA 1IKXA 3TAFA 4CFAA 3KJVA 3DM2A 1MU2A 4B9MA 3HP6A 4F2RA 3VN5A 2OYQA 4KHYA 4RW8A 3OYMA 3FFIA 3LP3A 3LP2A 3RMDA 1RBVA 1VSIA 3C94A 3SJJA 3ZT3A 2FC0A 3HVTA 4R5PA 4Z0UA 4OVLA 3K58A 1BIZA 3QEPA 1VK0A 4DSLA 1RCHA 1Z26A 2FBYA 1XC9A 4BDPA 4CHYA 4EZ9A 4FZXC 1KCFA 4PQUA 2E6MA 3K59A 1RT3A 3TR8A 1L3UA 1KFDA 1UWBA 4C8LA 4JLHA 3KKRA 1IKVA 3OS0A 4DU1A 1IO2A 4NYFA 4BWJA 3THVA 1T05A 3G0ZA 4N41A 3AO4A 1CLQA 2D5RA 5KGXA 5KI6A 4GVMA 3IG1A 3HPOA 3U3YA 2HVHA 1VSHA 3D0PA 4FJNA 3DYAA 4N47A 4B8CA 3SUOA 1NKBA 2IOCA 3OJSA 4KHQA 1BISA 4UQGA 3L2VA 1CZ9A 1DTQA 3ZT2A 4CCHA 2HHTA 1DLOA 3I0SA 3DOLA 4IG0A 4M3RA 3CG7A 4CJFA 4W5RA 3V1OA 4K8XA 4DLEA 3SV3A 3OYFA 3CYMA 4IKFA 2KW4A 3DLKA 4H4OA 4CJRA 4ZTFA 1EX4A 1ZBIA 3BGRA 1WSHA 3WNGA 4M3WA 1JLCA 1TL1A 2EHGA 3M8PA 3JYTA 3DLGA 3MECA 2R7YA 3CM6A 1TAQA 1B9DA 3L3UA 2OPPA 4CF1A 2A1SA 3SZ2A 4E7JA 3TI0A 1U4BA 1NK5A 1RT5A 3I0RA 1NJZA 4B8AB 4KHSA 1UAXA 3LDSA 4KB0A 1EP4A 4CF9A 4PY5A 1S6PA 1SKWA 1L3VA 1TKZA 4CJEA 4GW6A 1S9EA 4ID1A 4C8MA 1TL3A 4CEOA 1S5JA 4PUOA 4KREA 4I9LA 3AA2A 2GBZA 4KI4A 3CFRA 4B9SA 3QINA 1HYZA 4FLUA 3L8BA 1DTTA 3BDPA 4DMNA 3EYZA 2WOMA 1NOYA 1U04A 3LALA 4F8RA 1IKYA 1RBUA 3C6UA 3RRHA 1KLNA 1WLJA 4DF8A 1RT2A 1BIUA 2Z1HA 2XHBA 1FK9A 4C8KA 2YNIA 2Z1JA 1CXUA 4OGEA 3DOKA 2VG6A 1D8YA 1J54A 2F96A 4BE1A 4HVJA 4FW2A 4B9UA 3F9KA 1RT4A 2YNGA 3LP0A 2YNFA 3OS1A 2A1RA 1QSLA 1KVBA 1XHXA 3AA3A 4TSXA 1TAUA 1EXQA 4HCCA 1NJWA 3IAYA 4Z4CA 3P5JA 4NCBA 5FRNA 2XO7A 2Y1JA 4BDZA 4AHTA 4DTRA 3DLRA 3OYDA 4LH4A 2EX3A 4E3SA 1NK9A 4F3OA 4Q5VA 4HUGA 1WAJA 1N5YA 4J2EA 4H4MA 1A5XA 3V9XA 4CK2A 2XY8A 4PA1A 1RTHA 3KD1E 4F4KA 2X6NA 3VQQA 3SQ2A 2F8SA 3ISNC 1NOZA 2VWKA 1GOBA 4AHUA 3KK1A 1S1VA 3C6TA 1ZYQA 1C0UA 3HM9A 4OLBA 5JS1A 1RDBA 1BHLA 4DFMA 2X74A 4CJUA 1ZBLA 1HYVA 1U45A 2KFNA 4KHWA 4CESA 2LSNA 3V1RA 4G1QA 4CJQA 5SZTA 3HO1A 2I5JA 3LZIA 1YVUA 1QQCA 4I2QA 3VQCA 4KTWA 3JSMA 1JLBA 1UA0A 4Z4FA 1ASWA 2FBXA 2O4GA 1QS4A 5KRTA 1C6VA 1VSDA 4I2PA 1L3TA 4FK4A 1O1WA 3KLIA 2DFHA 4O4GA 3AO1A 2BDPA 3VQ9A 3F73A 4J2DA 4AILC 3ZSRA 4B9TA 4JRPA 4Z4IA 2IAJA 3RMBA 3PY8A 1BGXT 4W5TA 4KKOA 3IRXA 5HRNA 3ALYA 1LV5A 1CXQA 3VQ7A 4KHUA 4IBNA 3SCXA 3MXIA 1HYSA 3B6PA 2Y1IA 1L5UA 4DTMA 4E1NA 3VQ4A 4FLWA 3T3FA 5J2MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XY6A 1NNEA 2UXBK 5AQWA 5GINA 4IO9L 1MDUB 1XWLA 4HWIA 5JVHL 5FRMA 1NK7A 4BR2A 2VGMA 2BTFA 1JLAA 4GV9A 4CJPA 1U6ZA 2XY5A 1B92A 3TU5A 3MEEA 1TGOA 3LDQA 4IFEA 3O80A 3ZSZA 4HUEA 1Q9YA 1Q18A 2YNHA 2RPIA 3SPYA 4PKHA 5CYMA 2HHXA 4OGCA 4BGAA 2HNZA 3VMFB 4DS4A 5SWMA 3C6HA 2QXFA 5BPMA 3UKUA 4WCEL 4FLTA 3O4QA 2RE2A 3WQTA 4ISEA 3KLFA 2W42A 4QOZB 2D0AA 3VGMA 1Y64A 3HT3A 4NLBA 3QESA 3TABA 2ASMA 4LF8K 4YOWA 1NJYA 4M3XA 3TAMA 3I8DA 3KD5E 3IDHA 1VAZA 1WOQA 1ZBFA 2G8VA 2QWMA 4HUFA 4MO4A 3NAEA 3U4LA 3FGUA 2FSNA 3MMVA 3VQEA 1VQON 4YORA 1T8EA 4Z4GA 3VA3A 1K8AO 3O1WA 4DKWA 3AVIA 4DSJA 5J1EA 4I7FA 4FLYA 3L4IA 1NK4A 4LH5A 1WN7A 1QHTA 2A41A 5E26A 4FM2A 5J2PA 3R6MA 4M7XA 3DRPA 4EP5A 3THXA 4DSFA 3MCAB 3CQYA 4BROA 2YV0X 4BDYA 2D0BA 4CZJA 3QEIA 4IJNA 2HNYA 1YAGA 3K57A 4JI7K 3FR0A 4FW1A 3LP1A 5HRPA 2P9LB 3OYJA 3SQ0A 3JXUA 1WSJA 3OA9A 4CBWA 3M8QA 4CZLA 3DMJA 3AV9A 1LAVA 4H0PA 4FJIA 3LDLA 1KVCA 4BE0A 5AFUA 3U6FA 2HHWA 3OW2M 3WNHA 4YOXA 2WFBA 4KV8A 4PL8A 4CFDA 3V6DA 3DRRA 3VERA 4O44A 5CYQA 4M3YA 4JYAK 4CW7B 5BR8K 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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