1ASUA

Avian sarcoma virus integrase catalytic core domain crystallized from 2% peg 400, 2m ammonium sulfate, hepes ph 7.5
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
PLREPRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHFERGENTKTNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-resolution structure of the catalytic domain of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords AVIAN SARCOMA VIRUS INTEGRASE
molecule tags Dna integration
source organism Avian sarcoma virus
total genus 55
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1asuA00
4CJ3A 3LPUA 4FJJA 4BWJA 4FJGA 2RN2A 2HMIA 4JRPA 1R0AA 4QAGA 1SKRA 4FLWA 4M41A 1IO2A 1SKSA 1YT3A 2G8KA 1BIUA 2IS3A 4CIGA 1U4BA 3KTQA 4CE9A 1HYSA 2G8HA 4DU4A 3NH0A 3AO4A 2AJQA 1IKXA 3MEDA 4E1NA 4JLHA 4PA1A 3M8SA 1GOAA 1NKBA 4FM1A 3O4QA 4KHNA 4DFMA 3ZSYA 4C8NA 4FZZA 4CJRA 4CJSA 5D3GA 3V81A 1N5YA 3DLKA 1RDCA 3HT3A 1JL1A 2OZMA 4C8MA 1TKTA 4DSJA 4PWDA 4CGIA 3MXMA 3I0SA 4CJLA 4C8LA 1VSIA 1WAFA 2LSNA 3ZT4A 1WN7A 4ID1A 4CESA 3L2UA 3NAEA 1KTQA 4BE1A 3DOKA 1GOCA 4FLYA 1XHZA 2YKNA 4OGCA 1RBUA 4FLXA 1N6QA 4Z4CA 4KB0A 2HVIA 5FDLA 1HMVA 2ZD1A 4W5TA 4I9LA 4DQSA 3DLBA 1VSLA 4E1MA 1QSLA 2IDOA 4LD0A 3V1QA 3HXMA 1B9FA 2OZSA 4CJTA 1IKVA 4JS4A 3M8RA 2DY4A 3PV8A 1RILA 1LWFA 4OVLA 4KO0A 4H8KA 1IG9A 3AVBA 4Z4IA 3AVHA 4DTRA 3VQBA 4HCBA 4N41A 3SV4A 4DFKA 1KFSA 1J54A 3PO5A 2O4GA 4Z4EA 1JLCA 2GV9A 2HHVA 3RWUA 3AVJA 2YNGA 3DM2A 4BE0A 4NYFA 5JS1A 1RTJA 1WSFA 1RDAA 4F3TA 1BI4A 2BGGA 3TAPA 2JLEA 3NFAA 3OYBA 3DRRA 2BE2A 3VQAA 4O5BA 4B9NA 2RPIA 5J2QA 4CEEA 3SPZA 1B92A 4E3SA 2YHBA 3RMBA 3HPHA 3MXIA 3LPTA 2G8UA 4LSLA 3SJJA 4KI4A 4N56A 3LAMA 3ULDA 3RRHA 5I42A 1QQCA 1D8YA 3ISNC 4HUGA 4FVMA 1X9WA 2VWKA 4PY5A 2KZMA 4FJ8A 5DMRA 4OKEA 1HNIA 2HHXA 3O3FA 1ZBUA 1TK0A 3HYFA 4CCHA 3IS9A 3VQ7A 2HHTA 2GUIA 3DLRA 2G8WA 1HNVA 1NJXA 4CHPA 4CGJA 1HQEA 3TABA 3K5MA 3KLIA 3SCXA 1S1VA 4KI6A 1KSPA 1CZBA 3MEEA 3V1OA 3IG1A 4BDYA 4KHQA 3AA5X 3HL8A 3HO1A 4DTSA 3U3YA 4DQPA 4LH4A 2DFEA 4CFBA 2X78A 3LZIA 4CIFA 1ITGA 1LAVA 3OS0A 2YKMA 3AV9A 4N47A 4CJFA 3MAQA 1NK9A 2FBTA 4N5SA 4C8OA 2XO7A 4DU3A 2Z1JA 2ETJA 4DU1A 4B9LA 4I7FA 1G15A 5E41A 1VSHA 3P83D 1I3AA 5HLFA 4F2SA 2O4IA 3G10A 1W9HA 4WE1A 1WSGA 4M3YA 3TWHA 3CYMA 1EX4A 2YNHA 4GMJB 4BWMA 1TK5A 3DRSA 5FRMA 4W5OA 4KHSA 2QXFA 2B5JA 3AA3A 3SQ1A 4B8CA 1JLEA 5C25A 3VQ6A 4CGFA 3S3OA 2KTQA 3L2QA 1RTHA 1NOYA 4CJVA 1TKXA 3T1AA 4E7KA 3TAGA 4B9SA 4F2RA 4KREA 2B4JA 4DFPA 1UAXA 1YVUA 1RT4A 1S1XA 5J2MA 3NE6A 4CK3A 4FXDA 3C6UA 3ASMA 1IKYA 3P1GA 3ITHA 3LZJA 4NCBA 1VSDA 2Y1JA 1VSFA 4M3WA 3SUNA 2HB5A 3OVNA 1CLQA 3VQ4A 3C94A 3SQ4A 2G8FA 1FXXA 1KCFA 4AHCA 3BDPA 4W5NA 4L8RB 3LAKA 1BISA 3QEWA 2EX3A 1HYZA 3VQ5A 2D0AA 1T05A 3L3UA 4CFAA 5CZ2A 3QETA 3TAEA 1BCMA 3QNOA 3KK1A 4M45A 2D5RA 1ZBHA 2QKBA 1SL0A 3EY1A 4Q0BA 3KD5E 2A1SA 3ZT3A 4CJEA 4Z4GA 1XWLA 2KZZA 3AVFA 5J2PA 1HQUA 4CFCA 4FJ9A 4KFBA 4OKJA 3AVNA 5KGXA 4FK2A 4KB1A 2PYLA 1JLGA 3DOLA 3VQ9A 4HVJA 3NHGA 3RMDA 1T03A 4JS5A 1QSSA 1XI1A 2HHWA 1LV5A 1TAQA 4R5PA 4CF9A 1FKPA 4RW8A 3E01A 1Y97A 1BI4B 3B6PA 4CEAA 3NGZA 1K6YA 5HRNA 3QNNA 3NBPA 4LH5A 2YNIA 3EYZA 1ASWA 3IRXA 1C1BA 1S1TA 1VSMA 4O44A 3A2FA 4OKKA 3ZSOA 2FBVA 3I8DA 2E4LA 2R7YA 4CF0A 1RDBA 3NCIA 1RT7A 3V9XA 3PY8A 2WONA 4DLGA 2D0CA 4OPJA 4MQ3A 1KLNA 2HNDA 3OYJA 1NK7A 4KRFA 3ZT1A 4CHZA 1VRTA 3V9ZA 2A1RA 4PQUA 1CXQA 4KTQA 4FJ7A 4DS5A 4DSKA 3O3GA 1YTUA 1EKEA 4DG1A 1GOBA 1KVBA 1U04A 1ZBLA 1A5XA 1D9DA 4IFYA 1UA0A 2BDPA 4J2EA 3DI6A 3H08A 1RDDA 1BHLA 1RT2A 3SQ0A 5FROA 4DTNA 1RBVA 4OLAA 4ZTJA 4CEOA 3OS2A 3TAMA 3HVRA 4E7IA 1KVAA 2PZSA 1NK4A 1UWBA 4W5RA 4E7LA 1SL2A 4CJPA 4E89A 3TAQA 1X9MA 3CG7A 1S5JA 4TSXA 3DLGA 1SKWA 1NJZA 2WOMA 3QEXA 4KAZA 1LAWA 4ZTFA 4OJRA 3TARA 1D5AA 3WNEA 4DLEA 3OYHA 1L3VA 5JS2A 4CJWA 4FJXA 2FBXA 3MEGA 2KFNA 1C0TA 3OS1A 1RT6A 4KV8A 2Z1HA 4CEFA 1LWCA 2FBYA 4AILC 1Z26A 3AA2A 3SYZA 4NCGA 1NK6A 4CJ4A 1KFDA 4CHNA 4OPKA 3K57A 4CF2A 1O1WA 3V9SA 3SUOA 4Z4FA 3S3NA 4M42A 1HPZA 1S9GA 3OYFA 4BE2A 3F73A 1W0HA 2IAJA 1HJRA 4B3OA 3QERA 2W42A 2PYJA 4F4KA 4O4GA 1TV6A 1BCOA 4DTOA 1NK0A 2ITGA 3VQPA 1X1PA 1JLBA 4FJLA 1L5UA 1REVA 3OYIA 4E7HA 4O55A 2XY6A 3HPGA 4DTMA 3OYGA 3ZCMA 3IAYA 2IC3A 4DFJA 1A5VA 4RW6A 1RBTA 5HBMA 2P1JA 3KK3A 4DQIA 3L2WA 4OLBA 1RTDA 1L3TA 3DLHA 4CGHA 4CGGA 1S9EA 3ZSZA 1JLQA 4YFUA 3AVGA 1C0MA 5J2NA 2IGIA 1WSHA 3OJSA 4CIEA 4F3OA 1I39A 3MXJA 1BQMA 1WLJA 1JLAA 3PX0A 2YV0X 1T7PA 1X9SA 3QEVA 2I5JA 3TR8A 4DTXA 2HHUA 4AHVA 1NKEA 4DWIA 4FJNA 4CJKA 5J1EA 3S9HA 5HP1A 3D45A 3CFRA 4KPYA 3VQ8A 4KHUA 1S1UA 2KW4A 1RBSA 3CM6A 1RT5A 3OYLA 1WSIA 1WSEA 3JSMA 4FYDA 2OPPA 4DSFA 3LP1A 1BQNA 1TGOA 3CFOA 1EP4A 1B9DA 4CHOA 5SWMA 2E6MA 3KLGA 4IKFA 2GBZA 4IDKA 2OA8A 1EETA 1S6PA 2D0BA 2FC0A 4M3UA 4FK4A 2P5GA 1TL3A 3AA4A 2YHAA 4RW7A 3WNFA 5KRTA 4ELUA 1Z25A 2OPQA 4KTZA 3OYNA 1JL2A 5C24A 4DF4A 1S1WA 1NJWA 4FLVA 3V4IA 4KKOA 1RBRA 4BACA 3SUQA 1HYVA 3NH1A 5HROA 4W5QA 3RR7A 4DSIA 3DMJA 4CERA 4YNQA 1DLOA 5KTQA 1EXQA 3C6TA 2G8VA 4C8KA 3I0RA 1ZBIA 3LP0A 5K14A 3RTVA 2DFFA 4CFDA 3D0PA 3ZSQA 2ZQBA 4CEQA 4DQRA 4AHUA 3K59A 2VG6A 4RG8A 1T8EA 1SV5A 1L3UA 2Z1IA 4GVMA 4IFVA 3KK2A 3L2RA 3TAFA 3RMAA 4HCCA 3FFIA 1F21A 4FJMA 2HHSA 2QK9A 3PX4A 3V1RA 4B9MA 4B08A 3NF8A 2ZE2A 3OJUA 2KFZA 4J2AA 4DS4A 4KHYA 4B9TA 2P5OA 3K2PA 3MECA 5CYQA 4EZ6A 2DTUA 3C95A 3NGYA 1NOZA 4GW6A 1DTQA 4CHYA 1RT1A 3OYKA 4F8RA 3VA0A 4DMNA 3HJFA 5CYMA 1BGXT 3CM5A 4CEDA 4K8ZA 1TVRA 4OGEA 3ZSRA 3WNHA 3LP2A 4CF1A 3SZ2A 4I9QA 1C0UA 1Q8IA 3THVA 5HRSA 4QOZB 2OPRA 3AVCA 3EZ5A 3PO4A 1MU2A 1SUQA 1U47A 1CZ9A 4FZYA 4FM0A 5DK5A 3VQDA 4M3TA 2XY5A 4E7JA 4B9UA 4EP4A 1UA1A 1XC9A 3PX6A 4CECA 4E19A 3OYCA 1TK8A 4LSNA 1JLFA 4ICLA 4ZHRA 3RRGA 3LANA 1CXUA 2RKIA 3SUPA 2ATQA 3DRPA 5EU7A 3B6OA 3T19A 5HRPA 4JRQA 3QEPA 5I3UA 3TI0A 3F9KA 3HSTB 1A5WA 3WNGA 2HNYA 1HRHA 4CEZA 3M8PA 4B8AB 4FCYA 1C6VA 1J5OA 4ELVA 2XY8A 3CFPA 1Q9XA 3QEIA 2VG7A 1WSJA 4DTPA 3V9UA 4Q5VA 3OYMA 3DYAA 1IH7A 1J53A 4G1QA 3DLEA 2OYQA 4FK0A 1TAUA 4RW4A 3AVIA 4QCLA 1ASUA 4O0IA 5KGWA 1U45A 4FJKA 3AVKA 3AVLA 3AO1A 4KTWA 3ZSVA 1WNSA 2X74A 4IBNA 4HTUA 1DTTA 4FM2A 4DTJA 1NK5A 3HP6A 1S6QA 3ZT2A 1J9AA 1YTAA 3PUFA 3LWMA 1RTIA 4CF8A 3AO3A 3KLFA 2E6LA 3QIPA 4FW1A 3K58A 1XHXA 4XIUA 1NK8A 4FJIA 1VSEA 1C1CA 3LALA 5FRNA 1UOCA 4BDPA 4IG3A 3HVTA 2NUBA 3KKSA 4FJHA 4J2DA 3SV3A 1VRUA 3V9WA 2VG5A 3OYEA 5T7BA 4I2PA 3K5OA 3O4NA 4MFBA 3K5LA 3RR8A 3AO5A 2DFHA 2Y1IA 5C42A 2G8IA 2XRIA 5SZTA 1NJYA 3L8BA 3L2VA 1BL3A 4Z4HA 1ASVA 3JYTA 3RMCA 2F96A 1IKWA 2XHBA 3VQCA 4UQGA 3QLHA 4DQQA 4DSLA 2OPSA 1L3SA 2VWJA 4CHQA 1QSYA 3UIQA 4M3RA 3OYAA 4Y1DA 3U3GA 3VN5A 4DSEA 4HHTA 1VK0A 3HP9A 1LW2A 4J2BA 5KI6A 3T3FA 3VQEA 3LDSA 3KLEA 1TKDA 1C1AA 1NKCA 3V6DA 1QS4A 4CK2A 2F8TA 4H4MA 3HPOA 5CY4A 4FZXC 4NCAA 2HNZA 1QE1A 1JKHA 3G0ZA 4CJUA 4EP5A 3HM9A 4DF8A 1SL1A 3ZSWA 1KRPA 4M3XA 3NDKA 4HUEA 1FK9A 3QO9A 4NYNA 4FW2A 1BIZA 3NF7A 2RF2A 2QKKA 4M3ZA 3SPYA 4EZ9A 3S3MA 4FJ5A 2F8SA 1RNHA 2P51A 3AVMA 4B9VA 2Z1GA 4E0DA 3NH2A 3K5NA 3SNNA 1JXEA 4HUFA 3NF9A 2X6SA 5HRRA 1VSKA 1ZBFA 4I2QA 4CEBA 3OY9A 4Y1CA 4ID5A 1U49A 2KQ2A 2JGUA 3NGIA 4LY7A 2IOCA 1LW0A 4AHSA 4CJ5A 1TKZA 3TANA 4AH9A 3NF6A 2XY7A 4Z0UA 3O3HA 4KHWA 3L3VA 3QIOA 2Q3SA 4IG0A 3SQ2A 2EHGA 2PY5A 4FLZA 1Q9YA 1RT3A 4ELTA 4H4OA 4CGDA 3QESA 3U6FA 3SI6A 1RCHA 3LP3A 5KRSA 4K8XA 4O0JA 3OYDA 3P5JA 2HHQA 3VQQA 2HW3A 1WAJA 4FLUA 4FLTA 3CQ8A 4CK1A 4RW9A 4AHRA 1QTMA 1U48A 2BANA 3KJVA 2X6NA 3AVAA 1JXBA 4AHTA 3HK2A 4PUOA 1FKOA 3ZSXA 1TL1A 3QINA 4N76A 3KLHA 3LWLA 1QHTA 3AO2A 1D9FA 3KD1E 1VSJA 3VA3A 3BGRA 1KVCA 1ZYQA 4DTUA 1KLMA 3ALYA 3M8QA 1LWEA 2B6AA 4CJQA 3ZT0A 5CZ1A 4BDZA 3KIOA 3KKRA 2YNFA 2HVHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CJ3A 4H0VB 4FJJA 2UUAK 1YF5L 4BWJA 2HMIA 4FOIA 4BR4A 1SKSA 1YT3A 4EHTA 1BIUA 1U4BA 5HOOA 4FOEA 3TTCA 4DU4A 1J6ZA 2Q1NA 2AJQA 4BGBA 3MEDA 4KHNA 4FM1A 3ZSYA 4C8NA 2UU9K 3ZETB 5AQKA 5D3GA 1N5YA 1RDCA 5IWAK 4CGIA 3JS6A 2P9UA 4ID1A 3NAEA 3DOKA 3DLLL 3VTHA 3MX5A 1JCFA 2V51B 4ISFA 1VSLA 3T1HK 1NM1A 5AQFA 3O9SA 2HMPA 2IDOA 4JNEA 3V1QA 3TSUA 5LMUK 1Q7YO 2OZSA 3OA9A 4WQ4A 2O8DA 2DY4A 1RILA 3J80O 1LWFA 3VTIA 4H8KA 2FF6A 4MDBA 2YX6A 1J54A 1KFSA 2HHVA 3AVJA 3CHWA 1RDAA 4A5BA 3M1FA 1BI4A 4JI0K 2JLEA 3NFAA 3L4IA 4H5NA 4B9NA 4CEEA 3TTFA 3RMBA 2P9KA 3SJJA 4N56A 4DV0K 1HPMA 2Q2RA 3ISNC 4JI6K 1X9WA 4RTFD 3EO3A 1HNIA 2QI2A 1ZBUA 3K9KA 3H45C 4CCHA 1HJOA 5AQXA 3TABA 4OX9K 3KLIA 1CZBA 2ASPA 3MEEA 3L6QA 4GKKK 2JWLA 4Z94A 4CIFA 5F2RA 1ITGA 2YHWA 4CJFA 4DU3A 4K41A 3DXMA 3P83D 2O4IA 2W6KA 4GY2B 4WE1A 4M3YA 3CYMA 4BWMA 1JCEA 4WQ4C 4MO5A 4BRHA 2QXFA 3AY9A 2E8AA 1JLEA 4JK7A 3TPQA 5AQPA 4CGFA 4B9SA 1TKXA 1V4TA 3TAGA 1RT4A 3NE6A 3ASMA 2D0OA 3OHRA 5KPZA 2PAVA 1VSDA 3RVCA 2P9UB 4CW7B 4W5NA 2EX3A 4H5WA 4CFAA 1YJ9N 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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