1ASUA

Avian sarcoma virus integrase catalytic core domain crystallized from 2% peg 400, 2m ammonium sulfate, hepes ph 7.5
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
PLREPRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHFERGENTKTNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-resolution structure of the catalytic domain of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords AVIAN SARCOMA VIRUS INTEGRASE
molecule tags Dna integration
source organism Avian sarcoma virus
total genus 55
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1asuA00
1T7PA 3DLKA 3DM2A 4E19A 1J9AA 1U49A 1FKOA 1WSJA 2KFNA 2XHBA 1RT5A 3SQ2A 1F21A 3B6PA 1KFDA 4B8CA 4CFBA 2RKIA 3MEDA 4CJ3A 3BDPA 3K5LA 3O3HA 4FLXA 4OGEA 4FJ8A 4CHPA 1IO2A 2Q3SA 4PA1A 2Z1HA 3QO9A 2HHWA 4OGCA 1YTUA 1EETA 3LP2A 1R0AA 3K58A 1CZBA 3OJSA 4CEQA 3AA5X 2F8TA 3UIQA 3VQ7A 2WOMA 5K14A 3AO1A 1TK8A 1Q9XA 4F2RA 4I2PA 1SL0A 2A1SA 3ITHA 4CEDA 4WE1A 3ZSYA 1KCFA 4CJWA 2X74A 4KTZA 3G0ZA 3VQEA 4FJHA 2RF2A 1VSHA 1NJZA 4Q0BA 4RG8A 2O4IA 2KZMA 3D0PA 3C95A 1RDDA 2VG7A 3I0SA 4CE9A 4JS4A 1TGOA 4M3WA 2X78A 3AVLA 1WAFA 3OYGA 5I3UA 4JLHA 1X9WA 3HPHA 1S1TA 4CIFA 3OYJA 3IS9A 3ALYA 3DRSA 4DTXA 3PV8A 1NK5A 3HM9A 4R5PA 3OS0A 3M8PA 3SPYA 1EX4A 4NCBA 1ZBHA 1TKXA 3VQAA 3THVA 4W5NA 1VSIA 3HYFA 1FK9A 3P5JA 4Y1DA 4W5QA 3TAGA 4CGIA 3PO5A 4RW7A 4Z4GA 4B9NA 5C25A 4FK2A 5E41A 1TK0A 4CGJA 4O0IA 1QSYA 3PX4A 4IG3A 3V6DA 3VQBA 4IBNA 4LY7A 1RT1A 3AA4A 3RMDA 4O4GA 3DMJA 4M3RA 3QEWA 4BDPA 3DLRA 2HHSA 4KKOA 5EU7A 3HP6A 1QQCA 4CF1A 3OYHA 1LAVA 2VWJA 4GW6A 1Y97A 1Z25A 2QXFA 2X6NA 4CF2A 2OPPA 5CY4A 4DMNA 4CJSA 3SUOA 1T05A 3BGRA 1YVUA 2LSNA 1WNSA 3V81A 4HVJA 4KHYA 3KJVA 4Q5VA 4CK2A 3JSMA 4DQRA 1WSHA 3E01A 1LV5A 1VSEA 3LPTA 4ZHRA 4N56A 4DSFA 2XY5A 1IG9A 4B3OA 4B9LA 4E3SA 3KKSA 1DTTA 1HQUA 3CM6A 4CGGA 1SUQA 3RRHA 4O0JA 4CEFA 4EP4A 4DSJA 3KD5E 3KTQA 2QKKA 3V9UA 2YHAA 3AO4A 3O4NA 3V1OA 4CEAA 4CHZA 3LP3A 2D0CA 4Z0UA 1T03A 4Z4IA 4DU3A 4CF8A 3HO1A 1WSIA 3CFRA 1S1VA 1YTAA 4CJTA 2HW3A 3HT3A 2HNDA 4KREA 3HJFA 2OA8A 1NKEA 4HCBA 3SI6A 1YT3A 4QOZB 1SKRA 4HTUA 1NJWA 3C6UA 1ASVA 1TV6A 3AVAA 5HRPA 4PY5A 3TI0A 3QETA 3U6FA 1W0HA 1JLQA 4CHNA 3F9KA 4DTOA 4HHTA 1K6YA 1RTIA 4QAGA 4OPJA 3SV4A 1NJYA 4CFAA 1IKYA 3LP1A 4OVLA 4DQIA 3ZSQA 2YKMA 2GBZA 2PYLA 1X9MA 4FJKA 3LALA 3VA0A 5KGXA 1SL1A 4N47A 4CJUA 3KKRA 4OKEA 3L2QA 4KHQA 1HMVA 4KHNA 3AO2A 2NUBA 3LPUA 4NCGA 2OPRA 1ZBIA 4DS5A 3QEVA 1T8EA 3SQ1A 3P83D 1ASUA 1VSJA 4B08A 1NOYA 2G8WA 5HRRA 3DYAA 2IDOA 4BE1A 1IKVA 2P1JA 1ZYQA 1X9SA 2HHQA 1RT6A 1HQEA 4CJEA 1RTJA 3A2FA 2P5OA 4HCCA 3M8QA 3AVBA 4C8NA 1TKTA 3AVJA 2ATQA 4Z4CA 4CJRA 1NK0A 4DSLA 4B9VA 3KD1E 2JGUA 4EP5A 2DTUA 1HPZA 3AVNA 2YKNA 2HB5A 2IAJA 1L3TA 1C0MA 1B92A 1BCOA 5KRTA 4KPYA 2HHUA 2YNGA 3TWHA 2E4LA 1Q9YA 5CZ2A 3TABA 4FJ5A 2W42A 3DOKA 3K5OA 2BANA 2IS3A 3VQPA 1X1PA 1SKWA 4C8LA 3IAYA 4DFKA 4G1QA 4J2DA 1D9DA 1VSLA 1XHXA 4FJXA 2B5JA 3LWMA 1IKXA 4DQPA 2XRIA 3DLEA 3NDKA 1VSMA 1KLNA 4N76A 4CHQA 2G8HA 4DTMA 1EKEA 4FJNA 4EZ9A 1WN7A 4CESA 3HP9A 3VQ8A 3TAPA 4B9MA 3I0RA 4J2BA 4B9UA 3K57A 4LH4A 3VQ6A 4F4KA 4FJMA 1RBTA 1U48A 3I8DA 3NF9A 4CJQA 4FVMA 1B9DA 3DI6A 4M42A 2FC0A 3QINA 2D0BA 4J2EA 3M8SA 4CHYA 4DF8A 5I42A 4YNQA 1RT2A 5KI6A 4CF0A 1WLJA 4N5SA 3DLHA 4K8ZA 4M3UA 3NH1A 3AV9A 1KRPA 1EP4A 2GV9A 3O4QA 3SV3A 1QTMA 1KFSA 4CCHA 4ELUA 4KHWA 1JLGA 2PYJA 3OYFA 1RDBA 4OKKA 4DTUA 3PY8A 5KGWA 1KTQA 1ASWA 4Y1CA 4CK1A 4KI6A 4OLBA 1VRUA 1KVCA 4IG0A 1DTQA 4JRPA 2KFZA 2DY4A 1UOCA 3K5NA 3MAQA 3WNGA 1QHTA 3QIOA 1D8YA 3AA3A 2HNYA 2DFHA 4DTSA 4CEBA 3OYCA 2G8FA 1GOBA 5HRSA 4Z4EA 4KRFA 2A1RA 4KTWA 1RBVA 2FBXA 4DQSA 4F3OA 1J5OA 3LAMA 4CERA 4CJFA 3LZIA 4ID5A 4W5RA 4AHTA 4BWJA 3ZT2A 2YNFA 3L3VA 3S3OA 3S3MA 1NJXA 3U3GA 5C24A 4ZTJA 1KSPA 2PY5A 2O4GA 4AHSA 4CK3A 1BISA 1RDAA 3DRPA 3NF7A 1JXEA 4CJ4A 3AVKA 5HRNA 4E7IA 3OYDA 4B8AB 3SQ0A 3RWUA 1BL3A 4CEOA 5HP1A 4CIEA 1C1AA 4DFMA 4M3YA 4M45A 5KTQA 2D0AA 1NK8A 4DFPA 3ISNC 4RW4A 2Z1GA 4KTQA 5C42A 4FZXC 3AVIA 4KO0A 1EXQA 4E7HA 1S5JA 1VSDA 4MQ3A 4M41A 1TAUA 2DFFA 2B6AA 3PX6A 3MXJA 4FLTA 1NOZA 4OKJA 2QKBA 2EHGA 3LAKA 4LSNA 4NYFA 3SUNA 3NF6A 1S6QA 1XHZA 3OY9A 4DTNA 4KAZA 3HXMA 1S1UA 3PX0A 2G8IA 1U45A 2IC3A 3AA2A 3OYLA 2OYQA 3AVGA 5KRSA 3OVNA 4PUOA 4OLAA 3OYBA 2HVIA 3WNHA 3EZ5A 2G8KA 3V9XA 3D45A 3KK3A 4DTPA 1JKHA 4FJGA 2GUIA 5HBMA 2HVHA 1Q8IA 4W5OA 1RNHA 3L2WA 4BE0A 3G10A 1L3VA 3WNEA 3QERA 1RILA 2HNZA 1IKWA 1RCHA 3HSTB 1N6QA 1I39A 5JS1A 1LWFA 1BIUA 2AJQA 4H8KA 3EYZA 4KFBA 1ZBFA 4IFVA 4DLEA 1LWCA 1TKDA 3DLGA 3OYEA 4FLYA 4CEZA 1RBUA 3V1RA 3OYIA 4AHCA 4Z4FA 3TANA 5FDLA 1MU2A 2VWKA 3TAQA 1BIZA 1CXUA 1FXXA 3AVMA 1NK7A 4RW8A 4DTRA 1D5AA 1JL2A 1L3UA 4FJIA 4DQQA 2BGGA 4RW9A 3NH2A 3OJUA 3V1QA 3NHGA 2VG5A 2ZQBA 4FK4A 4I2QA 2BDPA 4F8RA 2FBVA 4CECA 1U04A 1WSEA 3H08A 3L2VA 3SCXA 3DLBA 4K8XA 1JLFA 4GVMA 1HYZA 3CQ8A 1ZBUA 3RMBA 3C94A 4H4MA 3V9ZA 3AVCA 2R7YA 3KLHA 2DFEA 2Y1JA 4ELTA 1TKZA 1RBRA 3NCIA 4CJLA 4UQGA 1VSFA 1A5VA 4C8MA 4DLGA 1O1WA 4FW1A 4F2SA 2D5RA 4E7JA 4FM2A 2XY8A 5SZTA 3NH0A 4AH9A 1C0TA 3O3GA 1KLMA 2I5JA 4ID1A 1IH7A 4MFBA 4CIGA 3V9WA 2QK9A 2KTQA 3C6TA 3ZT4A 1JL1A 3HVRA 4C8OA 1DLOA 4YFUA 4FCYA 4FLZA 1VK0A 2WONA 3NGZA 1U47A 4HUEA 4DG1A 2HHXA 2P51A 1HJRA 1RTHA 3NGIA 3T3FA 5J2QA 4Z4HA 3NE6A 3VQCA 1C6VA 1NK6A 4DSIA 3NGYA 2YHBA 4RW6A 2XY6A 3TR8A 3DRRA 4H4OA 1QE1A 4DTJA 2YV0X 1QSLA 1TL3A 2RN2A 3T19A 3SPZA 1XI1A 4J2AA 1RT7A 4FJ9A 3PO4A 4KHSA 3NF8A 1HYVA 2ITGA 5J1EA 4JS5A 2HHTA 1BI4A 1VRTA 2Y1IA 4GMJB 4B9SA 3AVHA 2E6MA 3MXIA 4ZTFA 2PZSA 3K2PA 1LW2A 4E0DA 1N5YA 3CG7A 4BWMA 4O55A 5FROA 5J2MA 2F96A 3CM5A 3LANA 3QEIA 1L3SA 3NAEA 3TAEA 3HVTA 4E1MA 1S1WA 3V9SA 1BHLA 1BQMA 4LH5A 3QEXA 3SUQA 4PQUA 1BGXT 2OPQA 3CFPA 2JLEA 2IOCA 2ZD1A 3LDSA 3TAFA 2Z1JA 4TSXA 3ULDA 5CYQA 2Z1IA 4M3ZA 4IKFA 4M3XA 3ZT1A 3S3NA 3HL8A 3JYTA 4DU1A 3MEEA 1GOCA 3VQ5A 3SQ4A 3AO3A 3KK1A 3B6OA 1S9EA 3HPGA 3T1AA 4FLWA 1C1BA 4FYDA 3LWLA 4DF4A 2P5GA 4DU4A 2RPIA 3S9HA 4ICLA 1UA1A 5DK5A 1HNIA 4FM1A 3QESA 4FZYA 2KZZA 1UWBA 3ZSOA 1Z26A 2IGIA 2HMIA 1QS4A 4KHUA 5FRNA 3MEGA 3ZT3A 3O3FA 4KV8A 4E7LA 1SKSA 1CXQA 3KIOA 5DMRA 4IFYA 4E7KA 4DFJA 3QNNA 1SV5A 4FJLA 4C8KA 1JXBA 3OYNA 3IG1A 2XO7A 3VQ4A 1RT4A 3K5MA 2G8UA 4KB1A 3RRGA 4FXDA 2FBTA 1NK4A 1C0UA 1UA0A 2HHVA 1W9HA 1FKPA 1WSFA 4E1NA 1JLBA 4DWIA 3ZSWA 3TARA 3ZSZA 3L3UA 3TAMA 3AVFA 4I7FA 1A5WA 1RTDA 3KLGA 5HLFA 4O44A 4BACA 3QIPA 3SUPA 1RDCA 3CFOA 4OJRA 1HYSA 1KVAA 3KK2A 3ZSXA 4KI4A 4HUGA 4I9LA 1LW0A 5J2NA 5D3GA 4BDYA 3AO5A 1XC9A 4CFCA 4CGDA 3SJJA 3L2RA 3DOLA 3WNFA 3ZCMA 4FLVA 2YNIA 3P1GA 3ZSVA 3OS2A 4FW2A 4AHRA 1TAQA 5J2PA 1SL2A 2BE2A 2OZMA 4DSKA 1QSSA 4NYNA 3PUFA 3KLFA 2OPSA 3RR7A 4NCAA 5FRMA 1CLQA 4ELVA 4AHUA 3RR8A 2B4JA 4CHOA 3HK2A 3NBPA 4HUFA 1JLCA 1BI4B 3FFIA 3M8RA 1GOAA 1TVRA 3QLHA 2KQ2A 2OZSA 4FJJA 4OPKA 1LAWA 3ZT0A 1S6PA 1L5UA 3U3YA 4FJ7A 4PWDA 1WAJA 1UAXA 5CYMA 1J53A 3K59A 3MXMA 4DS4A 3RMAA 3SZ2A 4KB0A 1JLAA 4CGFA 1RBSA 1REVA 2E6LA 3MECA 3OYMA 1S1XA 1ITGA 4BDZA 1B9FA 3L2UA 3ZSRA 1I3AA 3SNNA 3VQDA 4I9QA 4CF9A 3CYMA 2EX3A 4B9TA 4EZ6A 3L8BA 3SYZA 3RTVA 3QNOA 4LD0A 1NKCA 4FM0A 3LZJA 1TL1A 5CZ1A 3KLIA 4N41A 3OYAA 1C1CA 4W5TA 3KLEA 4CJPA 3QEPA 2X6SA 1HRHA 5JS2A 3VA3A 4M3TA 5SWMA 4IDKA 1KVBA 1NKBA 3EY1A 1J54A 1D9FA 2F8SA 1S9GA 4CJKA 3OS1A 1ZBLA 1RT3A 2ETJA 1BQNA 2G8VA 1WSGA 4DSEA 4XIUA 1G15A 2ZE2A 3V4IA 5T7BA 2KW4A 2VG6A 1JLEA 4CFDA 3F73A 3LP0A 1U4BA 1NK9A 4FLUA 2FBYA 3ASMA 1HNVA 1CZ9A 2YNHA 3VN5A 3RMCA 3IRXA 4BE2A 5HROA 3VQQA 1TK5A 1VSKA 3NFAA 1BCMA 4FK0A 1LWEA 4CJ5A 1A5XA 4JRQA 4FZZA 4E89A 4LSLA 4L8RB 4F3TA 4AHVA 3HPOA 4QCLA 3OYKA 3VQ9A 2XY7A 1XWLA 4CGHA 4CEEA 4CJVA 4O5BA 4AILC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4E19A 3MX5A 3SMPA 1U49A 3SBGA 2KFNA 3SQ2A 1F21A 4K41A 4B8CA 4CFBA 3MEDA 1EWQA 3WUHA 3BDPA 4EHTA 2WC9A 4ILJA 1KD1O 4OGEA 4FJ8A 1IO2A 2Q3SA 4JKFA 2W41A 4JI1K 3FZKA 1YTUA 2EWSA 5K14A 1N34K 4I2PA 3DAWA 1SL0A 2A1SA 4N5SA 3CCJN 4WE1A 5BPLA 4FJHA 3VQEA 1N33K 2RF2A 1W2BM 1VSHA 3LDPA 1NJZA 3D0PA 1EO1A 3CJ1A 2VG7A 3HZ6A 1TGOA 3J7ZO 3EKSA 5HOOA 3DXKB 2X78A 2H3GX 3VEYA 4KH5A 1X9WA 1S1TA 1GLFO 3OYJA 3PV8A 1ZBHA 3M8PA 4JD2B 4Y1DA 4JI7K 4K0KK 3P38A 3H3OB 4BRIA 4RW7A 4B9NA 1X3NA 2OCEA 3ENOA 5C25A 5E41A 2F9WA 5M1OA 4O0IA 4CBUA 4DHYA 4M3RA 3HP6A 4CF1A 2KLAA 4MO5A 5C2DA 2YCHA 1VQ8N 2QXFA 2X6NA 3UKRB 4CZFA 2OPPA 3CMAN 5HL7L 2ASMA 4KHYA 3CPWM 5TKYA 4KHPK 3A8YA 1LV5A 1IG9A 4ZHRA 4N56A 4DSFA 4E3SA 3KKSA 2BUPA 3CM6A 3U8XA 1T6DA 4J8FA 4BC5A 4CEFA 4DSJA 3KTQA 2P9LB 1JJ2M 4BQZA 4EAHD 3ZETA 2GELA 3V1OA 3O4NA 3LP3A 4AF1A 1T03A 3RVCA 3PSFA 3HO1A 1S1VA 1BOTO 3HT3A 4KREA 3SI6A 1YT3A 4HTUA 1NJWA 3AVAA 5HRPA 4H0OA 3U6FA 4PKHA 1DEJA 2P9SB 3F9KA 1L3UA 4HHTA 4DR5K 3LM9A 4CFAA 3LP1A 4DQIA 2A3ZA 2GBZA 3CF5L 4FJKA 4F9OA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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