1ASVA

Avian sarcoma virus integrase catalytic core domain
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
146
structure length
145
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-resolution structure of the catalytic domain of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords AVIAN SARCOMA VIRUS INTEGRASE
molecule tags Dna integration
source organism Avian sarcoma virus
total genus 49
structure length 145
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1asvA00
4ELVA 3FFIA 3VQAA 1YVUA 2WOMA 1XWLA 2F8SA 3ZCMA 1NK9A 2AJQA 3AVIA 3F73A 3BGRA 4YFUA 4O0IA 4N76A 3RR7A 2HHWA 2OYQA 4KB0A 4Z4GA 1RTIA 3LWLA 3VA0A 3RTVA 4WE1A 3DLGA 3V9XA 1U4BA 2QKKA 4DQIA 4CJ3A 1XHXA 3OYFA 4HCCA 1A5XA 3DLRA 3OJUA 4KB1A 5J2MA 4FK4A 3ZSOA 4KHQA 3DLBA 4CJTA 4O0JA 4M45A 1WN7A 2HHQA 3KLHA 3SUPA 3B6PA 3OY9A 4FK0A 4HHTA 4ICLA 2GBZA 3P1GA 4Q0BA 3KK3A 4HUEA 1KLMA 3HO1A 3RRGA 4AHCA 3LAMA 3CM6A 4MFBA 4CECA 1XHZA 3ASMA 4NCAA 1TKTA 3AVGA 4ZHRA 4DQRA 4CIEA 1RDAA 3H08A 4FJ5A 1HYZA 4FJ9A 2YKNA 1D8YA 3DMJA 4HTUA 4RW7A 4CERA 3QERA 3VQEA 5FRMA 1Z26A 5EU7A 4OKKA 4CE9A 5KRSA 3SV4A 1C0MA 1TVRA 1X1PA 4DSEA 4DFKA 1NOYA 4PUOA 4KRFA 3P83D 1EKEA 3DLEA 4CEZA 2OZMA 3M8PA 3E01A 2RPIA 3MAQA 4DQSA 3ZT0A 4KI4A 4DTMA 4C8MA 3LP1A 3TAPA 2XY8A 4CCHA 3OVNA 4E0DA 4PWDA 3DM2A 1EXQA 1VSFA 3U3GA 2G8UA 3V4IA 1ZBFA 2KFZA 1X9WA 4CJVA 2G8IA 1S1UA 1TKZA 1CZBA 2Z1JA 3I8DA 3QIOA 3HM9A 4NCBA 4OPJA 4W5NA 4EP5A 1F21A 1TK0A 4K8ZA 3L2RA 2RKIA 3PX0A 1N6QA 1VSDA 4DU1A 4M3TA 1S6QA 2KZMA 3L2QA 1S5JA 1KVAA 4KO0A 3VQ8A 3LWMA 4YNQA 4FM0A 1NK6A 2XHBA 5DK5A 4FM1A 1RBUA 2F96A 3AO5A 4CF0A 1JLFA 4FW1A 3KLFA 4DU3A 3MECA 4H8KA 4M3RA 3G0ZA 1U49A 1Q9YA 2QK9A 5J1EA 4DFJA 3MEDA 3AVJA 3QINA 4CJFA 4ZTFA 4J2AA 2YNFA 4EZ6A 1Z25A 2VG5A 4FJMA 4XIUA 4I2PA 2PYJA 2X78A 3VQBA 4RW6A 1RDCA 2DFHA 4KFBA 4NCGA 4LD0A 5KRTA 1D9FA 1NKEA 3THVA 1NOZA 1S1WA 4BWJA 2KTQA 1J9AA 3VQDA 1IKYA 4I7FA 3S9HA 1SL1A 4C8NA 3ZT2A 3HP6A 4C8OA 4K8XA 4FJ7A 4DS5A 1UA1A 4CK1A 1NJZA 1YTAA 1RT7A 2LSNA 4CJPA 3NH0A 4DLEA 4M3XA 4GMJB 4CEDA 4FLZA 1TL3A 4IFVA 3QEPA 4Z4FA 1DLOA 4H4MA 3HYFA 3K5OA 5HBMA 4FLVA 3HT3A 4I2QA 3PV8A 3KK2A 1QE1A 4BE1A 1LW2A 1Y97A 3O4NA 2R7YA 4EP4A 1GOBA 3VN5A 1CZ9A 4B8AB 3OS0A 1YTUA 1BI4A 1ZBHA 1S1TA 3B6OA 3VQPA 4CGDA 1VSEA 4DU4A 3PX6A 4DWIA 4GVMA 3WNGA 3VQ5A 1VSJA 2FBTA 4KTWA 3TAMA 3PO4A 3HK2A 1WAFA 3AO4A 1NJYA 3AA4A 1XC9A 1T03A 1NK8A 3TAFA 2HB5A 5SWMA 4CIGA 1HJRA 3SI6A 4FJKA 5J2NA 4CGGA 4CJRA 1NK7A 1BIZA 3V1QA 4FCYA 4OKEA 3I0SA 4CJLA 3SNNA 2KZZA 1SL0A 4CGHA 1VSIA 3DLHA 1TKXA 4FZXC 4CJWA 3NH2A 4CEOA 4FLYA 1J54A 3NE6A 1FXXA 4CHOA 4E7KA 2FBVA 3L2WA 4HUGA 1T8EA 2HHTA 3OYCA 1B9FA 1NJWA 3U6FA 1RTDA 1JLGA 2XY5A 3OJSA 1BL3A 3T1AA 2BE2A 1FK9A 3RMBA 3KD1E 1R0AA 3NF9A 1RT2A 4N47A 4E1MA 3OYNA 3NHGA 1NK4A 4OGCA 5FROA 3A2FA 4BWMA 4CF8A 2G8FA 2G8WA 4M42A 1JLCA 4O44A 2XRIA 1KFSA 1RBRA 2RN2A 3CFPA 2BGGA 1KTQA 3PUFA 4CEBA 3O3HA 4QCLA 4G1QA 3OYDA 4M3WA 1BCOA 4DTJA 2YNGA 3RWUA 2GV9A 3V9SA 4OJRA 1I3AA 2RF2A 1UA0A 4CJSA 1HQEA 3VQ6A 4CF2A 1C0UA 3ULDA 3TAQA 5CZ2A 5KGWA 3DLKA 4LH4A 3F9KA 5SZTA 4DTOA 3NDKA 2YKMA 3TR8A 4KHSA 3VQ9A 3EY1A 2HHVA 2Q3SA 3L2VA 5C25A 3RRHA 2E6LA 5HROA 3P5JA 1TK5A 3AA5X 4LSNA 2A1RA 4IKFA 3AO3A 1UWBA 4FXDA 4OLBA 4RG8A 1S1XA 1LWFA 1S6PA 1RT3A 4TSXA 5T7BA 1HNIA 4W5QA 1RBSA 1RT1A 2OPRA 1L3TA 4F3TA 4FLTA 1U48A 3QEIA 1IKXA 2QXFA 3V9ZA 5I42A 2EX3A 4DF4A 4CEFA 5J2QA 4FJGA 1IH7A 3LZIA 1BGXT 3NGYA 4DTPA 3ZSRA 1JL1A 1J5OA 3IAYA 4FK2A 3HXMA 3K5LA 3C6UA 3C95A 3WNFA 3SQ0A 4OPKA 1SL2A 4CHYA 3TAGA 2P1JA 2NUBA 3WNHA 3DRRA 3OS1A 1B92A 4BE0A 4E7HA 3SCXA 4CJUA 1VRUA 4JRPA 3DI6A 2DFFA 3M8QA 3VQCA 2KQ2A 3ZT3A 1TL1A 3OYJA 1WSEA 4GW6A 4AHSA 3G10A 2IC3A 3LANA 4DQPA 4J2EA 3OYHA 4NYNA 1RBTA 2GUIA 2VWJA 4DSLA 2XY6A 4O5BA 3SPZA 2FBXA 1B9DA 4I9LA 5FDLA 3TANA 1RT6A 1VRTA 3LP3A 4R5PA 1YT3A 3K2PA 1J53A 1U45A 1X9MA 1CXUA 4CIFA 3HP9A 3VQQA 4J2BA 1DTTA 4BDYA 1DTQA 4B9SA 3LZJA 2G8KA 1JLAA 4KAZA 2ATQA 3L3UA 2KFNA 1REVA 2IOCA 1EP4A 2F8TA 1QSLA 4PQUA 3LAKA 1L3SA 2B6AA 4F8RA 2IDOA 3VA3A 2BANA 4NYFA 5JS2A 4IFYA 2X6NA 3HPGA 4MQ3A 3RMDA 3KTQA 1KCFA 4KTQA 4N41A 5DMRA 3AO1A 3CYMA 3K5NA 3K58A 3K59A 4ELUA 1TAQA 1S1VA 4FJ8A 4DLGA 4JLHA 5CZ1A 1LAVA 3JYTA 2D0BA 1RT5A 3AO2A 2B5JA 2IGIA 3QO9A 4N56A 3MXIA 4BDZA 4B9TA 1S9EA 2P51A 4JRQA 3HJFA 3LDSA 4OGEA 3U3YA 4B9UA 2Y1IA 4CF1A 3HPOA 2P5OA 4FZYA 1G15A 1WSFA 4AHVA 1LV5A 1HMVA 2DFEA 5CYQA 1I39A 2JLEA 5E41A 4FLXA 3QEXA 3AA3A 4W5TA 1JLEA 2Z1HA 3OYIA 4Y1DA 2O4GA 3DRPA 4CFAA 4ID5A 3OYBA 4AH9A 4DTUA 3MXMA 1TK8A 1NKCA 3QEVA 1QTMA 4KHWA 4E19A 4C8KA 3KKRA 3OYKA 3ZSXA 4FM2A 4DSFA 1SUQA 2YHBA 4FJIA 1RTHA 1C6VA 4LSLA 3ZSZA 4DFMA 2HNYA 4E89A 3OYGA 4E7LA 2HVIA 3AVBA 3V1OA 1SV5A 2JGUA 1LW0A 2PZSA 2ETJA 1U47A 3LPTA 1XI1A 1RDDA 1VK0A 4DF8A 3CG7A 1C1CA 2D0AA 4Q5VA 4FJJA 3ZT4A 1QSYA 1ASWA 4O55A 2P5GA 4JS5A 2HVHA 1EX4A 3AVMA 1FKOA 1QQCA 1ZBLA 3LP2A 4FZZA 3AVHA 2YNIA 1CLQA 3RR8A 1MU2A 1RBVA 4I9QA 3SQ4A 1D5AA 1GOCA 3KIOA 1WNSA 1C1AA 1WSHA 3I0RA 3LALA 3NBPA 3K57A 2FC0A 3AVFA 3RMAA 4B9MA 4B9VA 4BDPA 4DTRA 3ZT1A 3SZ2A 4KHYA 2QKBA 1RCHA 1NKBA 1C0TA 3NF7A 4F2SA 1KVCA 2X6SA 5HP1A 5KI6A 3IRXA 3AVAA 3DYAA 4M3YA 4M41A 4AILC 1JXEA 3IG1A 4IBNA 3NAEA 2W42A 3JSMA 1Q9XA 2HNDA 2Y1JA 3AV9A 1L3VA 3KJVA 1UOCA 1W9HA 2A1SA 4E3SA 2G8HA 3QLHA 4UQGA 3TI0A 3C6TA 4F3OA 3VQ7A 5HRRA 3L8BA 3KD5E 2BDPA 3QEWA 3V9UA 4CK3A 2G8VA 2YV0X 3HVRA 1N5YA 4CEQA 3L3VA 4FLWA 3ITHA 3T19A 4Z4EA 4CJ5A 3M8RA 1NK0A 1RTJA 4CESA 4KHUA 4W5OA 2ZE2A 3K5MA 2OPPA 4DSJA 1KRPA 3SQ2A 3QETA 4FW2A 4AHTA 1BISA 3CFOA 4FJNA 3SUNA 1RNHA 4ELTA 2WONA 3WNEA 4CGIA 3D45A 2I5JA 3V9WA 3EYZA 3NGZA 3RMCA 2HW3A 4CJQA 1TGOA 3KLIA 4O4GA 4CGJA 4KHNA 1QHTA 1TV6A 5K14A 4M3UA 2DTUA 2HMIA 1C1BA 2FBYA 3EZ5A 4KTZA 3NH1A 5HRNA 3NCIA 2HNZA 4E7JA 3NGIA 1Q8IA 3HSTB 3PY8A 4LH5A 4DTSA 1S9GA 1WLJA 4FLUA 1EETA 1BIUA 1BQNA 3OYLA 4DFPA 4IG3A 4OVLA 4F4KA 4L8RB 3ZSVA 3M8SA 1T7PA 1T05A 1JXBA 3TABA 4CFDA 1KSPA 5KTQA 4DS4A 4JS4A 1ZBUA 1HPZA 4DTXA 5FRNA 1O1WA 2E6MA 2VG7A 3ALYA 1QSSA 3BDPA 5HRPA 3KK1A 1D9DA 4KPYA 2XY7A 1X9SA 2B4JA 4CFCA 2Z1IA 1CXQA 3UIQA 4CJEA 4CHQA 2YNHA 3QNOA 1QS4A 3VQ4A 1U04A 1VSLA 4Z4CA 3IS9A 3L2UA 4BE2A 1IG9A 4IG0A 3KLEA 3O4QA 5CY4A 4HCBA 1LAWA 3QIPA 4KV8A 4PA1A 3OS2A 1ASVA 1TKDA 4QOZB 3AA2A 3O3FA 3OYMA 1BI4B 4FJHA 3SUQA 1JKHA 4DQQA 5HRSA 3S3OA 2PY5A 4LY7A 3LP0A 5CYMA 4E7IA 3ZSWA 4CJKA 5HLFA 1A5WA 1WSGA 2OZSA 3PO5A 1FKPA 1ZBIA 1W0HA 3ISNC 2IAJA 3DOKA 1HNVA 5J2PA 1TAUA 3LPUA 2YHAA 3SUOA 4DG1A 1K6YA 4M3ZA 2XO7A 3AVKA 3V81A 2D0CA 2E4LA 3SYZA 3SV3A 3QNNA 4FYDA 1VSKA 2ITGA 2DY4A 3MEEA 4B3OA 3NF8A 4IDKA 1WSJA 1BQMA 2ZD1A 4KKOA 4CHZA 3HL8A 1KVBA 4CGFA 3SQ1A 3S3NA 1JL2A 3SPYA 4FJLA 2ZQBA 3PX4A 4N5SA 2OPSA 2PYLA 3ZSYA 1HYVA 1LWCA 4H4OA 4CK2A 4ZTJA 1WAJA 1SKRA 3TARA 4FJXA 4PY5A 3TWHA 3AVLA 1NJXA 4Z0UA 3KLGA 4RW9A 1BHLA 4AHUA 1HRHA 3CM5A 4E1NA 4W5RA 1JLQA 4Z4HA 3MEGA 1IKWA 1L5UA 2EHGA 3DOLA 3MXJA 3T3FA 2HHUA 3AVCA 2O4IA 4CF9A 4DSKA 4EZ9A 3NF6A 4RW8A 5KGXA 5C24A 1GOAA 1WSIA 3HVTA 4B08A 3CQ8A 4CJ4A 2OA8A 1JLBA 1BCMA 3OYAA 1L3UA 1RDBA 3V6DA 4C8LA 1RILA 3CFRA 1IKVA 4DTNA 3S3MA 2IS3A 3TAEA 1LWEA 2HHXA 3ZSQA 3QESA 4Y1CA 3D0PA 4Z4IA 4BACA 4QAGA 5C42A 4J2DA 5I3UA 4DSIA 4F2RA 1SKWA 3SJJA 2D5RA 4ID1A 2Z1GA 4CHNA 4KI6A 4OLAA 2HHSA 2OPQA 4CEAA 1ITGA 1NK5A 1ASUA 3C94A 4HVJA 4CFBA 3DRSA 4RW4A 4B9NA 1VSMA 1KFDA 1HQUA 5D3GA 3KKSA 1SKSA 3HPHA 3NFAA 4FVMA 3V1RA 3O3GA 1A5VA 4OKJA 4B8CA 1UAXA 3OYEA 1IO2A 2VWKA 5JS1A 1RT4A 4CHPA 1VSHA 2VG6A 4HUFA 1ZYQA 1KLNA 1HYSA 4B9LA 4KREA 2KW4A 4CEEA 4AHRA 2X74A 4DMNA 3AVNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LY3A 4O8KA 4FWPA 4WQ4A 5AJ3K 2VGMA 4JKEA 4OO1J 2WOMA 3THXA 3Q7CA 1EWQA 4ISGA 3F73A 4DUZK 4YFUA 4N76A 2HHWA 1QQOA 4DHYA 4KB0A 1BA1A 1RTIA 3LWLA 3GOIA 3V9XA 1U4BA 2GELA 4WQ4C 3HOSA 2QKKA 3UKUA 2PFUA 2YI1A 1W7AA 4KHQA 1BWFO 3MCPA 2OTJN 2HHQA 4ICLA 1VQ5N 4CIEA 4CVNE 1X9JA 2HBLA 4RW7A 2KLAA 4H0XB 5KRSA 4DSEA 4DFKA 2O8CA 3DLEA 4CEZA 3CCVN 1NG9A 3UKRB 4C8MA 3K9JA 3TAPA 2XY8A 3B8AX 3RVCA 1S1UA 3VENA 4NCBA 2P9UB 4OPJA 3HRGA 4EP5A 1TK0A 1N6QA 4M3TA 2HBMA 4DV6K 2KZMA 1S5JA 3W0LA 3LWMA 5C2FA 4L3QA 4YNQA 5DK5A 4FVUA 4CF0A 3HTVA 2ZGYA 3A5MC 4DFJA 3AVJA 4J2AA 2YNFA 2O8DB 5KRTA 1RDCA 4LD0A 4NCGA 3THVA 3SK3A 4I7FA 3S9HA 1O13A 1VQLN 4C8OA 4K8XA 4FJ7A 4DS5A 3E1YA 4CK1A 1NJZA 4JD2B 2LSNA 4GMJB 4FLZA 1BUPA 2UUBK 1DLOA 4H4MA 5ELZA 3K5OA 5HBMA 3HT3A 4I2QA 3CC2N 2E8AA 2R7YA 3O4NA 3MX2A 5KPRA 4LF6K 1CZ9A 4LF5K 4FWMA 1VSEA 4DWIA 4GKKK 3PO4A 3IMXA 3WQUA 3LDLA 3WEEA 1V4TA 4H5RA 2D4WA 1OKJA 5SWMA 1HUXA 4CIGA 1NK7A 3A8YA 2O8FB 4CJLA 1KQSM 1VSIA 5AFUH 3H1QA 2QWQA 4FZXC 4IOXA 4CJWA 1YJ9N 4CEOA 2P9LB 4JHDA 1NJWA 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 1A5W A;  3IDH A;  3VEZ A;  1W0H A;  3ISN C;  2FF6 A;  2IAJ A;  1XMQ K;  3AVK A;  4IZ9 A;  1GLF O;  1U2V A;  2E4L A;  3SYZ A;  4A2A A;  4MDB A;  2A3Z A;  4JKG A;  2DY4 A;  3FZK A;  2P9I A;  3MEE A;  1N32 K;  3NF8 A;  4IDK A;  1T6C A;  2E88 A;  4KKO A;  4PKG A;  4Y0W A;  3SQ1 A;  4FL9 A;  5EOY A;  2PYL A;  1NWK A;  5FPM A;  1WAJ A;  4GV6 A;  3TWH A;  1NJX A;  4RW9 A;  1HJO A;  4KBO A;  1NGI A;  1IKW A;  4HWI A;  3AVC A;  3SAG A;  2QWR A;  4DSK A;  4RW8 A;  5KGX A;  1WSI A;  4B08 A;  3CQ8 A;  4BVO A;  3OYA A;  5BR9 A;  4C8L A;  1RIL A;  1IKV A;  3S3M A;  3KWI A;  1HPM A;  1NBW A;  3QES A;  5C42 A;  2D5R A;  2HHS A;  2OPQ A;  4CEA A;  3S41 A;  1ASU A;  2QTD A;  4BQL A;  4HVJ A;  4RW4 A;  4B9N A;  1VSM A;  1KFD A;  1HQU A;  3ZET B;  5KQ8 A;  4FVM A;  3NFA A;  5FLX O;  3TSP A;  2VWK A;  5JS1 A;  1RT4 A;  4CHP A;  1VSH A;  1M1K O;  1HYS A;  3G71 N;  1QZ5 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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