1ASWA

Avian sarcoma virus integrase catalytic core domain crystallized from 20% peg 4000, 10% isopropanol, hepes ph 7.5 using selenomethionine substituted protein; data collected at-165 degrees c
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
152
structure length
152
Chain Sequence
REPRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHFER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-resolution structure of the catalytic domain of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Dna integration
source organism Avian sarcoma virus
molecule keywords AVIAN SARCOMA VIRUS INTEGRASE
total genus 53
structure length 152
sequence length 152
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1aswA00
4KHYA 3QEXA 4C8OA 2G8HA 3F9KA 2IOCA 4W5QA 4CFBA 1VSDA 5C24A 1N5YA 2PZSA 4NYNA 2PYJA 4FJMA 3LWMA 4CEOA 3HT3A 4CHQA 3RTVA 4DTMA 1RDCA 3IG1A 1A5VA 1GOAA 3VQAA 1Y97A 3AA4A 1S9GA 3O3GA 4KPYA 1L3UA 4CEQA 1NKBA 3UIQA 5JS2A 1U49A 4Q5VA 1TL1A 3PV8A 1NOZA 4J2BA 3C94A 3ZSYA 4DU4A 2P5OA 1TAQA 4CF8A 1NJZA 1VK0A 4M3YA 1RNHA 1WLJA 3AV9A 3LP0A 1W0HA 4AHSA 4CEDA 5E41A 3L3UA 3RRHA 3QEWA 3TAEA 1NK6A 3NF9A 3V1QA 4LD0A 3KD5E 4CHNA 3D0PA 4B9MA 3WNGA 3K57A 4LSNA 2PY5A 1C0UA 5J1EA 4LSLA 3M8RA 2HHQA 5CYQA 4DFKA 2X6NA 4F8RA 4L8RB 4KI4A 1RCHA 3QLHA 1BIZA 1XC9A 4OVLA 5C42A 1EETA 5JS1A 1B92A 2VG5A 4JLHA 4E89A 3KKRA 3AVGA 2BDPA 1TV6A 1Z26A 2O4GA 2OPQA 1XI1A 2B6AA 4CGGA 3TWHA 4FLWA 4FK4A 1REVA 1SUQA 2D0CA 4CEAA 5HBMA 1TKTA 3KJVA 3F73A 3OYFA 1D8YA 4HCCA 3BGRA 4CJ3A 2RN2A 3HP9A 2D0AA 4W5RA 4FLYA 4DF8A 3A2FA 4K8ZA 3AVNA 4RW9A 3VA3A 3RRGA 1JXBA 1R0AA 4PQUA 1FKOA 3K5OA 1EX4A 4PUOA 3SI6A 1O1WA 1SKWA 4Z4HA 3KD1E 4KV8A 4KB0A 4FJLA 5FRNA 2HHUA 3KKSA 3PO4A 5J2QA 4ZTFA 2QKBA 3NHGA 1YTUA 4AILC 4M42A 1HYSA 4AHVA 3PY8A 1TL3A 4CJRA 1TKZA 2HVIA 1ASVA 1WSHA 3V9WA 3L2WA 3ZT4A 1T8EA 3SCXA 4CCHA 4J2AA 4FJ8A 2G8IA 4CJQA 4Z4EA 3LPUA 5DK5A 4R5PA 1WN7A 3V1OA 3SV3A 3VN5A 4DFJA 1RT5A 1VSKA 4HUGA 2ZE2A 4FJHA 4FW1A 2KFZA 4QOZB 3PX0A 3QNNA 3NFAA 3NF6A 5SWMA 3HPOA 1TK0A 1NK7A 3O4NA 4OGCA 4FK2A 3OYHA 3OYLA 4ICLA 2IDOA 3KLGA 4BE0A 3KK1A 3EZ5A 3DRSA 1JLGA 4KTQA 2F8TA 4AH9A 4CIEA 4NYFA 4IBNA 1LAVA 4FJXA 3SUNA 4OPKA 2XY7A 1TKDA 1ZBIA 1LW0A 4F2RA 4DU3A 2IS3A 3P83D 3ZT2A 4ELUA 1ZYQA 4N47A 3VQEA 3MEDA 2HMIA 4EZ6A 3M8PA 4E0DA 1ZBFA 3KK2A 4CEEA 2B4JA 2P1JA 1L3VA 4CK2A 2ETJA 1S1XA 3SZ2A 4QCLA 2QXFA 3ZT0A 1S5JA 1EXQA 1UWBA 1TVRA 1WAJA 4IFVA 3P5JA 1CXUA 4RW8A 3OYBA 1VSHA 4IKFA 1XHXA 1ITGA 1KCFA 4B3OA 4E7LA 2KTQA 1UOCA 2GBZA 2YNFA 3H08A 5HRRA 4HCBA 4NCBA 1U04A 3OY9A 3V6DA 4FK0A 1CLQA 3ZSOA 3D45A 2WONA 1B9FA 3ZT3A 1IKWA 1C6VA 3L2UA 1LWCA 3AVKA 3CFRA 1NKCA 3SQ2A 4FVMA 3LAKA 3ALYA 3KLIA 2XRIA 4RG8A 3DMJA 4NCGA 4DTSA 4O44A 3WNEA 1I39A 3VQ5A 2DFFA 1IKYA 4ID1A 5SZTA 3AVJA 1LWEA 3IAYA 1RTHA 4DSJA 2X6SA 3SQ4A 1S1WA 3AO4A 3O3HA 4E1NA 3QINA 4CJUA 4DQRA 3SUOA 1NK8A 4B9NA 2OA8A 3NGYA 3DLKA 1EKEA 1Q9YA 4QAGA 4N5SA 4GMJB 4CEFA 1BQNA 2B5JA 4EP4A 1F21A 2ATQA 2BANA 3C95A 3ITHA 2HW3A 2KFNA 2IAJA 4IG3A 4CF1A 4FJIA 4KAZA 1IO2A 3ASMA 2R7YA 2BE2A 4AHUA 3NF7A 3RR8A 2HHVA 4ELVA 3HP6A 2X74A 4CF0A 1IG9A 1I3AA 2GUIA 2OPPA 3SPYA 3MAQA 4H4MA 3DLBA 3AVHA 3NF8A 3B6PA 4I9LA 3VQCA 4LH4A 1TK5A 1SL0A 5CZ1A 1NK9A 1S1VA 1KVCA 3TAMA 1RBSA 4BWMA 1BIUA 3LALA 5FROA 2YNGA 2VG6A 1RT2A 4CJEA 3AO3A 1JLCA 4FJ5A 3QNOA 4OKJA 4Y1CA 3L3VA 2I5JA 1D9FA 4AHRA 3V9UA 3MEEA 4DTNA 1J53A 4Z4FA 3HYFA 1JLFA 3O4QA 3LDSA 3TAFA 3RR7A 5KRSA 1RDDA 1WNSA 1W9HA 3HSTB 4YNQA 1DTQA 1LAWA 4JRQA 3M8QA 2XY5A 3SUQA 4M41A 2WOMA 1HPZA 4FJ9A 2BGGA 1RBVA 4ID5A 3OYMA 4B08A 1RTDA 4F3TA 4M3UA 4HUFA 3KLHA 4CJ4A 4B8CA 3OYDA 4BWJA 3AA5X 3SPZA 2GV9A 1RDBA 3ISNC 4HUEA 4FM0A 2E4LA 3L2QA 4KHQA 3HPGA 2X78A 4FLUA 2XY8A 3T1AA 3RWUA 3LAMA 4CJPA 1X9MA 1QSLA 3OS1A 2Z1GA 4O4GA 1J5OA 2KW4A 3DI6A 1VSEA 1CZ9A 3TABA 5T7BA 1QS4A 1ZBUA 3SQ0A 2OZMA 4KHNA 3ZSVA 2AJQA 1JLQA 3VQPA 4DSFA 1RT4A 3KTQA 1XHZA 4E7IA 2DFHA 4B9SA 2OPSA 4DTRA 4KB1A 1S1TA 4Y1DA 3DLGA 4CHPA 1T7PA 3AVAA 4E3SA 3EY1A 1D5AA 1QQCA 4FJ7A 4Z4GA 2YNIA 2EX3A 4DWIA 3V9ZA 5DMRA 2A1RA 3VQBA 1T05A 1B9DA 4GVMA 3PX6A 4JRPA 4ELTA 2JGUA 3P1GA 3VQ7A 3NH0A 3AVBA 1Z25A 1FK9A 3DLRA 3ZSWA 1NK5A 2E6MA 2Y1JA 1C0MA 4OKKA 5I3UA 4E7KA 3OS0A 3CYMA 4OPJA 2RF2A 1VSLA 1CZBA 3DLHA 1QHTA 4B9LA 3OYNA 1BISA 4CEBA 2Y1IA 3AO5A 3MXJA 2G8UA 3LP2A 3K59A 4YFUA 4M3ZA 3HK2A 1LW2A 4AHTA 2FBTA 4O0IA 4DFMA 4F4KA 1ZBHA 4CJKA 2KZMA 3DRPA 4M3RA 2P5GA 2QKKA 4ZHRA 4KI6A 1SKRA 2JLEA 4KREA 5CZ2A 4MFBA 4DFPA 4CGJA 5KGXA 2HHWA 1QE1A 1WSEA 1Q9XA 4HHTA 3E01A 5I42A 1GOCA 1VSFA 2Q3SA 4CF9A 4I2PA 3PX4A 4FZZA 1S6PA 3CQ8A 3L8BA 4Z4IA 4O55A 4G1QA 4W5OA 4FLXA 4FLTA 1SL2A 1BHLA 1HMVA 3THVA 1NJWA 3I0RA 4OJRA 3AO2A 3AVCA 3VQ6A 4M45A 3HXMA 1KRPA 3VQ4A 3MXIA 5FDLA 5KGWA 1HYVA 3K5MA 2W42A 2A1SA 5J2PA 2ZD1A 4FZXC 1VRTA 2O4IA 3ZCMA 4CEZA 4FJKA 1HNVA 4TSXA 4JS5A 1U47A 2QK9A 2E6LA 3CM6A 1RBRA 1X9SA 3FFIA 3SNNA 3L2RA 3AVIA 4BE2A 5FRMA 2G8KA 3KIOA 4J2DA 3K5NA 1WSIA 1KVBA 2KZZA 1D9DA 1DLOA 3OVNA 3ZSXA 1RT3A 4C8KA 3PO5A 1LWFA 4IFYA 2RKIA 3OYIA 4OLAA 3CFOA 5EU7A 1JLEA 4FLZA 4DSIA 1UA1A 1WSFA 1ASWA 3ULDA 1RBUA 3SYZA 4NCAA 3HVTA 5KRTA 4H4OA 1RT6A 1BGXT 1KLMA 3LWLA 1SL1A 4W5NA 4WE1A 3OJUA 2YHAA 1WSJA 1HJRA 4MQ3A 4DLGA 4FJGA 4FZYA 4KO0A 3VA0A 3TAGA 4DQIA 3OYGA 1TAUA 1VSJA 4CFDA 1HQEA 3OYKA 3RMAA 4DSKA 1KLNA 4KHSA 3JSMA 1TKXA 4DLEA 3MEGA 4DTXA 4KHUA 1JL1A 4CERA 2DFEA 4LY7A 4CIGA 4FXDA 5C25A 1L3TA 4CHYA 4CJTA 4CHZA 1RDAA 4O5BA 4EP5A 3NH1A 3K5LA 3V4IA 1JLAA 3DOLA 2VG7A 4RW6A 3V81A 3QESA 3S3MA 1TGOA 4CK3A 4CECA 3C6UA 2HB5A 5HROA 4FYDA 4DQPA 3CG7A 4DU1A 3MECA 2NUBA 1JXEA 3OYAA 1UAXA 3AA3A 1VSMA 1BCMA 1UA0A 1VSIA 3LP3A 3DYAA 4CIFA 3TANA 4M3XA 1NJXA 1U4BA 1QSSA 2G8FA 1WSGA 2YKMA 3NH2A 3AVMA 1Q8IA 3AA2A 3LZIA 4F3OA 2OZSA 4CGFA 4RW7A 1KSPA 3S3NA 3HJFA 2D0BA 3SJJA 2ZQBA 3OJSA 2FBXA 3IRXA 3SV4A 5KI6A 2OPRA 1X9WA 3IS9A 3BDPA 3AVFA 3G10A 4FLVA 2HVHA 3VQDA 3LZJA 2XY6A 1SV5A 4DF4A 1TK8A 1KTQA 4FM2A 4CK1A 5K14A 3ZT1A 1KVAA 5J2MA 4E1MA 4CGDA 3CFPA 2HHSA 1KFDA 4C8NA 2P51A 1A5XA 3KLFA 1FXXA 1MU2A 4CFCA 1C1AA 3QERA 4KRFA 4JS4A 4CJ5A 4CJWA 2IC3A 1NK4A 2G8WA 4DSLA 5J2NA 1JKHA 3WNHA 2F8SA 3SQ1A 1C1CA 1VRUA 2FC0A 4KKOA 3WNFA 3VQQA 4KTWA 4M3TA 2F96A 2Z1JA 1ASUA 4LH5A 4C8MA 3OYEA 3ZSRA 3HO1A 2Z1IA 1DTTA 1A5WA 3G0ZA 3NGZA 3M8SA 3K58A 4E7JA 1RILA 1YT3A 1LV5A 1S9EA 4UQGA 4F2SA 1BL3A 3OYJA 3NGIA 2DTUA 2ITGA 4FJJA 2EHGA 1RBTA 3V9SA 3ZSZA 3QIPA 4B8AB 4RW4A 3MXMA 3EYZA 3RMBA 1EP4A 1S6QA 1WAFA 4H8KA 1T03A 2LSNA 1JL2A 3L2VA 4B9TA 4I9QA 1L3SA 5CYMA 4CESA 1NK0A 1RTIA 4N56A 3TI0A 4N76A 4M3WA 3U3GA 4Z4CA 1X1PA 4CGHA 3AVLA 4I2QA 3HPHA 3NE6A 3DLEA 1QSYA 4PWDA 2YKNA 3T19A 2HHXA 3U6FA 3RMDA 1IH7A 4DTPA 3O3FA 3QEIA 3TAQA 3V9XA 4K8XA 3LANA 4GW6A 3VQ9A 4XIUA 4IDKA 1IKXA 4CE9A 4AHCA 1KFSA 3U3YA 3ZSQA 3CM5A 4CJVA 4DQSA 2PYLA 2HHTA 4PY5A 5HRNA 4BDZA 1GOBA 1YVUA 4DTJA 4B9UA 4DMNA 2HNDA 2HNYA 3VQ8A 3TAPA 1HYZA 3B6OA 2YHBA 5CY4A 3NBPA 2VWKA 2FBVA 1QTMA 1RT1A 2G8VA 1N6QA 3OS2A 4I7FA 4CFAA 4CJLA 4OKEA 2D5RA 2YNHA 3DM2A 4O0JA 3LPTA 2HNZA 3HM9A 3S3OA 3NDKA 3S9HA 4DQQA 3HVRA 1L5UA 2FBYA 1IKVA 1HNIA 3SUPA 4N41A 4CHOA 4J2EA 3QETA 4ZTJA 2XHBA 3QO9A 4BE1A 2IGIA 3TARA 5D3GA 1C0TA 3C6TA 1RTJA 4KTZA 2XO7A 1XWLA 3I8DA 3QEVA 1ZBLA 2DY4A 1HRHA 3TR8A 1J9AA 1S1UA 4DG1A 3QIOA 4W5TA 3JYTA 4BDYA 4DSEA 4FCYA 2YV0X 3T3FA 1C1BA 4DTUA 1NOYA 4CJFA 4CGIA 2VWJA 3PUFA 5HP1A 1RT7A 4Z0UA 4PA1A 4HTUA 3I0SA 1U48A 1BI4B 4CF2A 4OGEA 3NAEA 3DOKA 3RMCA 4FM1A 1J54A 1K6YA 3QEPA 4E7HA 4EZ9A 1CXQA 1FKPA 2KQ2A 4FW2A 4KFBA 1SKSA 3OYCA 5HRSA 4BDPA 2OYQA 3LP1A 3DRRA 4KHWA 2RPIA 1HQUA 4FJNA 4CJSA 5HRPA 3HL8A 4B9VA 3KLEA 3AO1A 4HVJA 4IG0A 4C8LA 3KK3A 5KTQA 4DS4A 4DS5A 1BQMA 1YTAA 1U45A 5HLFA 4BACA 3K2PA 3NCIA 1BI4A 4Q0BA 3V1RA 4E19A 1NJYA 4OLBA 1BCOA 1JLBA 1G15A 4DTOA 2Z1HA 1NKEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BDGA 5C24A 4CEOA 1BWFO 3U8XA 5BR9A 3VQAA 2J4RA 5GADP 5JS2A 4FL9A 1U49A 4DU4A 4CF8A 3LDNA 2P9KB 2V51B 3LP0A 3RRHA 3QEWA 3L3UA 3NF9A 4C1NI 4LD0A 3VMFB 3D0PA 5TKWA 3WNGA 4QS7A 5J1EA 2HHQA 4F8RA 4KI4A 3U4LA 1BIZA 1XC9A 1NGJA 4JKAA 4JKCA 1KAXA 2ITMA 4E89A 2P9KA 3AVGA 1X9JA 1Z26A 3ULEB 1NGFA 3L4IA 2D0CA 1D8YA 4HCCA 1TKTA 3C7NB 5JVGL 3J80O 3BGRA 4BRGA 4CJ3A 2D0AA 3A2FA 3AVNA 4RW9A 1NM1A 1NMNA 2VGMA 1EX4A 1GLJO 4KB0A 4KV8A 4FJLA 2HHUA 5CR4A 4ISGA 3ULEA 4AILC 1TL3A 1TKZA 3C7NA 4YOWA 1NBWA 4EIAA 3SK3A 5DK5A 3SV3A 3CPWM 1RT5A 2ZE2A 4WQ5C 4BRFA 2BH1A 4DV3K 3HPOA 3VEZA 4EHUA 1TK0A 3OBWA 3DAWA 3HZ6A 4XH1A 1VQPN 4HWIA 2IDOA 3M6GA 4H5TA 4BE0A 3DRSA 4WQ4A 2F8TA 4CIEA 4NYFA 1LAVA 3CJ9A 3CJBA 4DU3A 2IS3A 4N47A 4EZ6A 2HMIA 2FLOA 3KK2A 4CK2A 1S1XA 4DV7K 2QXFA 4X65K 1EXQA 3OYBA 4IKFA 1KCFA 5HRRA 4DV0K 3P38A 5FPMA 3OY9A 4LF9K 3PLAA 3ZT3A 5BPMA 4FVUA 4ISFA 4JKBA 3SQ2A 3ALYA 3KLIA 2P9PB 3O1WA 2ZF5O 3L6QA 3CCSN 4V19S 4DTSA 4A5BA 1IKYA 5SZTA 3HI0A 2OANA 4DSJA 1S1WA 3O3HA 4E1NA 1YXQA 3HBTA 1IBMK 3DLKA 2QWMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1KVB A;  1NU0 A;  3W3D A;  3ZSX A;  4C8K A;  3MX5 A;  3CCE N;  2O8B B;  4FLZ A;  1UA1 A;  2IIR A;  3J8A A;  3SYZ A;  1NGC A;  3FR0 A;  4ILH A;  1RT6 A;  4M7Y A;  1KLM A;  4NB4 A;  1C0G A;  4BG9 A;  3MK6 A;  3OJU A;  3UB5 A;  1NGD A;  4DLG A;  3VA0 A;  1YIT N;  1VSJ A;  1VQ7 N;  2O8B A;  1S22 A;  1HPM A;  4KHS A;  3JSM A;  1P8Z A;  4DTX A;  4KHU A;  4CER A;  4LY7 A;  3TU5 A;  2GTD A;  5C25 A;  4CHZ A;  5TKY A;  2CGK A;  3DOL A;  2VG7 A;  4RW6 A;  3M1F A;  1YF5 L;  3C6U A;  2HB5 A;  2NUB A;  2FXU A;  1JCE A;  1VSI A;  3LP3 A;  5BRH A;  1NJX A;  3LDQ A;  4H0O A;  3S3N A;  2FBX A;  3IRX A;  1X9W A;  5KI6 A;  3AVF A;  3QFP A;  4HTL A;  2P9N B;  3ZT1 A;  2JWL A;  2NRR A;  4E1M A;  5AQX A;  1KFD A;  4A59 A;  1A5X A;  2Q0R A;  4KRF A;  2F8S A;  1VRU A;  4KKO A;  2P9N A;  2F96 A;  3OYE A;  1ASU A;  3CI5 A;  1A5W A;  1VAZ A;  4JI0 K;  1LV5 A;  1RIL A;  3CCR N;  3NGI A;  1HKC A;  4FJJ A;  2EHG A;  3ZSZ A;  2CH6 A;  3QIP A;  4B8A B;  1EP4 A;  3QFU A;  4B9T A;  1IJJ A;  1L3S A;  1VQ6 N;  1T6D A;  4CD1 A;  4N56 A;  3VPZ A;  2F9W A;  4JI7 K;  2A6A A;  1X1P A;  4PWD A;  3DLE A;  1J6Z A;  5AQL A;  3K9J A;  4IDK A;  5BR8 K;  4AHC A;  3S41 A;  4CJV A;  3CM5 A;  3IFR A;  4BRK A;  4DQS A;  1GOB A;  4DMN A;  2HNY A;  5KPT A;  1QVG M;  3SAG A;  3TAP A;  1DKG D;  2NRW A;  5CY4 A;  2VWK A;  4BR2 A;  1QTM A;  4B1Y B;  1RT1 A;  5AQY A;  4KH6 A;  4DUZ K;  3DM2 A;  4O0J A;  2ZM6 K;  4WFN L;  3CHW A;  3FE1 A;  4CJ7 A;  4N41 A;  3QET A;  4JKG B;  3MX2 A;  4BE1 A;  1BO5 O;  2IGI A;  1GLA G;  4BRQ A;  3I8D A;  4BRN A;  1TYQ B;  1ZBL A;  2D0O A;  4BR4 A;  1U6Z A;  4FCY A;  1C1B A;  2O8E B;  4CGI A;  1RT7 A;  4JKG A;  4A62 A;  1ZBS A;  4JD2 B;  4FM1 A;  1K6Y A;  4JEP A;  4IXC A;  4E7H A;  1CXQ A;  1FKP A;  4KFB A;  3OYC A;  2Q36 A;  3LP1 A;  4X64 K;  4CJS A;  4FPA A;  3KLE A;  2O8E A;  4C8L A;  4IG0 A;  3R8E A;  1BQM A;  1YTA A;  1HNW K;  3CXC M;  3NCI A;  4DTO A;  1NKE A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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