1ASWA

Avian sarcoma virus integrase catalytic core domain crystallized from 20% peg 4000, 10% isopropanol, hepes ph 7.5 using selenomethionine substituted protein; data collected at-165 degrees c
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
152
structure length
152
Chain Sequence
REPRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHFER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-resolution structure of the catalytic domain of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords AVIAN SARCOMA VIRUS INTEGRASE
molecule tags Dna integration
source organism Avian sarcoma virus
total genus 53
structure length 152
sequence length 152
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1aswA00
1WSJA 4W5TA 3CG7A 4OKEA 3VQ6A 4CJVA 2B4JA 1NKEA 3IAYA 1JL1A 1QSSA 2Y1JA 1X9SA 3WNEA 4CHYA 2OPSA 2RN2A 3H08A 4G1QA 4KB1A 4J2AA 4L8RB 1LAWA 1S1VA 1RCHA 2ETJA 4BWJA 2G8FA 3HPOA 1S9EA 3ULDA 3M8PA 3SV3A 4I2PA 1LWCA 4CECA 3SNNA 2IC3A 4KHWA 4CJKA 2JGUA 3LPTA 4CEOA 4HHTA 1L3VA 3VA0A 4DTNA 4DWIA 1B9DA 1LWFA 1BGXT 1TK8A 1VSDA 3DLHA 4B9MA 1JLEA 1JLQA 1I39A 4GMJB 4DS4A 1NK7A 4F3TA 3BGRA 5HP1A 4BDPA 3NGIA 1SKWA 4K8XA 2FC0A 3CM5A 4CERA 2G8UA 1IO2A 5T7BA 4ID5A 3NAEA 4CJ4A 3UIQA 4CIGA 3L3VA 4DTOA 4KKOA 4DS5A 2KZZA 3KKRA 4RG8A 1BIZA 3F9KA 5J2NA 1VSLA 1RBRA 2QK9A 4CF8A 4LSLA 1SKRA 2HVIA 3OYCA 1TK5A 1CZ9A 3OYGA 1T03A 3V9WA 3KK3A 1KLNA 3ISNC 4GVMA 4AHVA 3PO4A 3OYKA 4N76A 2BE2A 4YFUA 4C8OA 1RBSA 3PX0A 2EHGA 4KPYA 3K59A 1RDCA 4E0DA 3WNGA 1YTAA 2Z1HA 4CIEA 2RKIA 1ZBUA 4KV8A 1C1AA 3VQEA 4FJGA 2OPQA 2X6NA 1TVRA 2Q3SA 3ZT0A 4FJNA 1HYSA 4F4KA 4JRQA 3HP6A 1UA0A 2HHWA 5KGWA 3VQ4A 1NKBA 3SPZA 4UQGA 5E41A 3QEIA 4FYDA 5J1EA 3DLGA 4CJTA 4CJPA 1YVUA 3RR7A 4Z4CA 3LP0A 4FZXC 2G8IA 4GW6A 3LWLA 3OYAA 4DSJA 3QIOA 2P5OA 3AO4A 1SKSA 4Z0UA 3AVNA 4CEBA 5CZ1A 4B9LA 4IBNA 3LAKA 1CZBA 2OA8A 4IG0A 5DMRA 2E6LA 3K58A 4DSFA 3QNNA 4M3ZA 4H4MA 5KRSA 3L8BA 3ZT3A 2HHSA 3O3GA 4EZ6A 1EETA 3ZT2A 2HNDA 4Q5VA 2YV0X 1W9HA 3M8RA 3QLHA 5I42A 1Y97A 1T7PA 4KI6A 1IH7A 4KHUA 3AVLA 3CM6A 4FW2A 4OKKA 4CESA 4OPKA 3LDSA 3TWHA 4FLZA 2HHUA 1HQUA 3TAMA 3V9ZA 5J2QA 3HP9A 4E1NA 4DFKA 1BISA 3C6TA 4CEDA 4DMNA 2HNZA 4DTRA 4Z4EA 3K57A 3O3HA 4HUEA 1ASUA 2PYLA 5J2PA 3D45A 3TI0A 3EYZA 4F8RA 3OYIA 3AVKA 4E19A 2XY7A 1VSHA 1KVAA 1L3SA 2P1JA 1BCOA 1RT1A 4DFPA 3V1QA 3ZT4A 1U4BA 2BGGA 1C6VA 3ZSWA 4BE2A 1VRUA 3V9XA 2QKKA 1DTTA 4M3TA 4CHPA 2OZSA 1NJXA 3WNHA 4B08A 4I9QA 3LANA 1A5VA 4FM0A 1A5XA 4AH9A 1BCMA 1S9GA 4ELTA 4I2QA 1LW0A 3PO5A 1RT2A 2XRIA 4I7FA 1HYZA 5HLFA 1C0TA 1QSLA 4FJ7A 4CF1A 1KFDA 2BANA 3OJUA 1B92A 3LP3A 3ZSOA 2XO7A 3KK2A 4DTJA 1BIUA 4KO0A 5HBMA 3NGYA 5HRRA 4FJIA 3VQ7A 1SL0A 1S1XA 1JLBA 5SWMA 4W5QA 4PUOA 3V81A 1L3UA 4BE1A 1WSHA 4TSXA 3SCXA 3RMBA 1T05A 1L5UA 3P5JA 3ZSRA 5FROA 3SJJA 4HUFA 4CCHA 2HNYA 3U3YA 4Z4FA 4OGEA 4CGJA 3SQ1A 5KRTA 2FBTA 1NOZA 2FBXA 2IGIA 4EP5A 2IOCA 1WSFA 3C94A 2XY6A 1BI4A 2ZQBA 5I3UA 3THVA 3P83D 4I9LA 3G10A 1S1TA 3CQ8A 1IKYA 1KCFA 1RBTA 4HUGA 3S3MA 1L3TA 4IDKA 3HXMA 3SUQA 3HYFA 1NOYA 3VQPA 3AA2A 4DU3A 3RR8A 1EX4A 3AV9A 4ZTFA 1GOBA 4E89A 3DLRA 4O5BA 4E3SA 2VWKA 4AHTA 3F73A 3C95A 5EU7A 1XI1A 1JXBA 1K6YA 4J2DA 3K5LA 4FK0A 4OLAA 3T3FA 1SUQA 3MEGA 1RT6A 4E7LA 4HVJA 1N6QA 1GOAA 3OYNA 1C0MA 3KKSA 3V9SA 1TK0A 3RRGA 4LH4A 1GOCA 3O4NA 3IG1A 3K2PA 3VQ9A 2YNFA 4CK1A 3SPYA 3VQBA 4FLVA 4CF2A 4KHQA 4QOZB 2YNIA 3RMCA 1VSJA 3QIPA 1J5OA 3QEPA 4DTPA 5K14A 3QNOA 4N56A 4FLTA 4DU4A 1T8EA 1UA1A 3KLGA 2RF2A 3HPHA 4IKFA 2HHVA 3PUFA 3OS2A 4M3RA 1I3AA 4IFVA 4OGCA 4CJEA 3T1AA 4ZHRA 1RDAA 3O3FA 4NCBA 2FBYA 3QEWA 3KJVA 4QAGA 3V9UA 3NF9A 3HM9A 4N47A 4DF4A 4KRFA 1Z25A 1XWLA 4KHNA 2BDPA 3SUOA 4C8MA 2D0AA 1TKZA 3CFRA 1ZBLA 1IKVA 2KFNA 3BDPA 3WNFA 3SUNA 2OZMA 1KLMA 2EX3A 1U04A 4JRPA 3HJFA 3L3UA 4E7KA 4YNQA 1VSFA 4KAZA 4CEQA 1JKHA 1WLJA 1NJZA 3TARA 1J9AA 2X74A 2HVHA 1S1UA 4CF9A 4M3WA 4K8ZA 3DOLA 4CEZA 1KSPA 3CFOA 2VG5A 3IRXA 3ZT1A 2ITGA 4CK2A 3L2VA 1CXUA 3V1OA 3OYEA 1ZBHA 2B6AA 4DSKA 3OJSA 2GV9A 1C1CA 1QE1A 2HMIA 4DSLA 4CJUA 1NK9A 5HRNA 4R5PA 3QETA 1D9FA 2O4IA 1S5JA 4ELVA 1WSIA 3S3OA 3HT3A 4FLWA 3AA4A 2JLEA 4H8KA 1ASVA 4KI4A 1RBVA 2WONA 3DLKA 4H4OA 3KLEA 4KTZA 4OLBA 3QINA 2KQ2A 5KGXA 4FJLA 2O4GA 4CE9A 3I0SA 4CJRA 4N5SA 4CGDA 4B9SA 3OYHA 1VK0A 1FXXA 3M8SA 1UOCA 3LZIA 3RTVA 2YNHA 3HSTB 3QEXA 1RT5A 1QHTA 5FDLA 4CJ3A 1DTQA 4BWMA 3KD5E 1ITGA 2D0BA 3DRSA 2RPIA 3MXJA 4DLGA 3SZ2A 4ELUA 4F2RA 3DLBA 1RT7A 3KLIA 2DFEA 4EP4A 2KZMA 3KK1A 4FJ5A 1BQMA 3AVJA 1TL1A 3OYDA 2X78A 1D9DA 3DRRA 4B9UA 2DFFA 4Z4HA 4FJ9A 5C42A 4B8CA 1CXQA 2E6MA 4RW6A 1RTDA 2HHTA 2HB5A 2IS3A 3AVAA 1UAXA 4DTXA 3NFAA 1D5AA 1A5WA 1RTHA 4O44A 4M3UA 4CHZA 3L2QA 4CHOA 2GUIA 3SQ0A 1HQEA 3AVGA 4DQIA 1KFSA 3MEEA 4B9NA 2AJQA 4WE1A 4CFBA 4AHRA 3ZSVA 4CJ5A 4FK4A 1X9MA 3E01A 4B8AB 3HK2A 3DMJA 1RDBA 4XIUA 3M8QA 3NH2A 1O1WA 4FZYA 3AO5A 4M45A 1IG9A 4FVMA 2OPPA 4MFBA 3NDKA 2HHQA 5JS1A 1HNIA 1WN7A 4JLHA 1SV5A 2XHBA 1RT3A 4KTWA 4DQPA 1CLQA 3MXIA 3HPGA 4CEFA 1BQNA 2VWJA 4FJHA 3JYTA 2KFZA 4O0JA 1XC9A 3AVIA 3AVBA 3VQDA 4B9TA 4FK2A 1RDDA 1XHXA 4JS5A 3DI6A 4JS4A 3MEDA 3HVTA 1C1BA 4CFCA 1REVA 4ICLA 3L2UA 1WAJA 4RW4A 3LP1A 4F3OA 3OYBA 3QERA 5CYQA 2DY4A 3MAQA 2VG7A 4CFAA 2IAJA 4LY7A 3G0ZA 2OPRA 4DQRA 1J54A 4CGFA 3NBPA 3DYAA 4FCYA 4CJSA 2QXFA 1ZYQA 4O55A 1JLAA 1RILA 4OKJA 2W42A 4FJMA 2HHXA 3ZSYA 1Q8IA 3CYMA 3HL8A 3IS9A 1JLCA 1Z26A 4KB0A 4FLUA 4HCBA 4QCLA 3LAMA 4ID1A 4CIFA 3NGZA 1YT3A 2IDOA 3DRPA 1LW2A 5KI6A 3AA3A 1KTQA 4BE0A 2Z1GA 2LSNA 3V1RA 3C6UA 1U45A 3O4QA 3PX6A 3AVCA 3LWMA 4DTUA 1C0UA 1NJYA 3DLEA 1QSYA 1TKDA 4CJWA 3OYMA 3HVRA 1HJRA 3U6FA 4J2BA 2F8SA 4E1MA 2DFHA 5HRSA 4Z4IA 1NK8A 2DTUA 1S6QA 3DOKA 3NF7A 3EZ5A 5HRPA 1MU2A 3PY8A 1U48A 4HCCA 2OYQA 1F21A 4KHSA 3LPUA 4CF0A 3TAFA 1TKXA 1BI4B 3S3NA 1IKWA 2X6SA 1IKXA 1BHLA 1EP4A 1KVCA 3EY1A 5DK5A 1EXQA 2YHAA 5CYMA 4DTSA 2ZD1A 3KIOA 4PY5A 4E7HA 3SQ4A 1HRHA 4E7IA 4OVLA 2I5JA 3AVMA 3TANA 2E4LA 2ZE2A 4M3YA 3LALA 4FM2A 3VA3A 4DF8A 3OY9A 3NF8A 5C25A 3I0RA 3VQ8A 3RWUA 5FRMA 4CK3A 1LV5A 1LAVA 2A1SA 3K5OA 3LP2A 3AA5X 1BL3A 4HTUA 3MXMA 1QS4A 3OYFA 1J53A 2Z1IA 4DG1A 3ZSZA 3QEVA 1ZBFA 3OYJA 5HROA 4ZTJA 4FJJA 1VRTA 3VQQA 4DFMA 3PX4A 3TR8A 3V4IA 2PY5A 4FJKA 2NUBA 4O4GA 4CHQA 2G8HA 4CJQA 4F2SA 4AHUA 4NCAA 5J2MA 4FXDA 3S9HA 2VG6A 4KFBA 3L2WA 4CHNA 2G8WA 4M41A 4W5NA 3SV4A 1JLFA 4Y1CA 3ZSQA 4IG3A 4Q0BA 1JL2A 3AO1A 5CZ2A 4DFJA 1NJWA 1X9WA 3VQAA 3SUPA 2G8VA 1Q9YA 4B3OA 1VSEA 4DLEA 4PA1A 4M3XA 1FKPA 1X1PA 4FW1A 3NCIA 4DQQA 2XY5A 3TAEA 4M42A 3OVNA 4RW9A 2WOMA 1HPZA 1NKCA 2G8KA 1KRPA 1S1WA 1ASWA 1TV6A 5D3GA 2Z1JA 3NE6A 2Y1IA 4KHYA 2YKNA 2ATQA 1VSIA 4DQSA 1YTUA 1SL2A 1RTIA 4NYFA 3VN5A 3AVFA 3TAGA 2FBVA 1TGOA 1NK6A 3LZJA 4BDYA 1Q9XA 4Z4GA 3NH0A 4W5OA 4LD0A 4IFYA 1DLOA 4CEAA 4PWDA 5CY4A 3QESA 4NCGA 1NK5A 3AO3A 2B5JA 4OJRA 3AVHA 4RW8A 4FZZA 2KTQA 4FLXA 3P1GA 3ITHA 3KLFA 4DSEA 3HO1A 3B6PA 3FFIA 3OS1A 2PYJA 4KTQA 5C24A 1S6PA 1RTJA 4CGIA 1LWEA 3AO2A 3SYZA 1B9FA 3TABA 1D8YA 3KD1E 1RT4A 2F96A 3NH1A 2D5RA 3DM2A 3T19A 3ALYA 4W5RA 1QTMA 4CJLA 4FLYA 4MQ3A 3SI6A 2HW3A 4BDZA 3ZSXA 4CJFA 4EZ9A 1RNHA 4DSIA 4OPJA 3OS0A 4O0IA 3RMDA 4RW7A 3NHGA 2A1RA 4AILC 3A2FA 4B9VA 4FJXA 2XY8A 3VQCA 2F8TA 1WSEA 4LSNA 2YKMA 1FKOA 1TL3A 3RMAA 3ASMA 4CFDA 1WSGA 3KLHA 1N5YA 1G15A 1W0HA 3L2RA 4CGGA 1NK0A 1WNSA 4DTMA 3NF6A 4AHCA 1JXEA 2QKBA 1VSKA 5FRNA 1HMVA 4C8NA 4AHSA 1TAUA 3OYLA 2PZSA 4FJ8A 1TKTA 4N41A 2YNGA 4Y1DA 1ZBIA 1FK9A 3D0PA 4CGHA 1SL1A 3K5NA 4C8LA 1RBUA 1VSMA 3MECA 3SQ2A 2GBZA 1R0AA 1XHZA 1TAQA 1KVBA 3PV8A 4NYNA 3U3GA 4CEEA 3TAQA 1JLGA 4LH5A 3JSMA 4J2EA 4E7JA 3I8DA 2R7YA 3VQ5A 1EKEA 3CFPA 1HNVA 4DU1A 3TAPA 5JS2A 4C8KA 1U47A 1UWBA 1U49A 3RRHA 2D0CA 2KW4A 1HYVA 2P5GA 3V6DA 1NK4A 1WAFA 4BACA 3B6OA 5SZTA 4FM1A 4KREA 3K5MA 3ZCMA 5KTQA 1QQCA 4PQUA 3KTQA 2YHBA 2P51A 3QO9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5BR8K 3CCLN 2DPNA 1QSSA 3IAYA 2QWMA 4KB1A 2RN2A 4G1QA 4JI2K 1S1VA 1RCHA 4BWJA 2G8FA 3C7NA 3ULDA 4CBUA 4I2PA 3SNNA 2IC3A 4KHWA 4DTNA 1B9DA 4H0VB 1TK8A 1VSDA 5C0YA 4DUZK 4B9MA 3JXUA 4GMJB 3L6QA 5HP1A 4BDPA 3ZX3A 4K8XA 5LMNK 4CERA 4JK8A 3BZKA 2O8BB 4YOXA 4CJ4A 5AQHA 3ZETB 4DTOA 4KKOA 3KKRA 1BIZA 3F9KA 1RGIA 4LSLA 1SKRA 2NNWA 4DV0K 3O9QA 1TK5A 3EKSA 1EQYA 3ISNC 4GVMA 3VOVA 3OTOK 2NZTA 1YJNN 4N76A 4C8OA 1RBSA 2VGNA 1HLUA 4DR6K 4KV8A 2Q3SA 4DQ8A 3CCVN 4UQGA 5J1EA 4IJNA 4XEIA 3LP0A 4GW6A 3AO4A 4KH6A 5BRFA 1GLDG 5EVZA 3LAKA 4A5AA 1FJGK 4IG0A 2E2PA 2E6LA 1YF5L 3K58A 1RDUA 1EETA 4BREA 3CM6A 4LF7K 1GLEG 4FLZA 1HQUA 3V9ZA 5IWAK 1BISA 1QQOA 3C6TA 4K43A 2QW9A 3D45A 4F8RA 4DV6K 1VSHA 1L3SA 1BCOA 5AQIA 4DR3K 3TSQA 3M3ZA 3EEQA 4BE2A 4WQ5C 1VRUA 5M1KA 1DTTA 2QKKA 2VYPA 3CCQN 4K25A 1NJXA 2OZSA 4ISGA 4FM0A 5M1QA 1A5XA 1RT2A 5HLFA 2O8EA 4FJ9A 4CF1A 3OJUA 4FJIA 3NGYA 2KFZA 3SCXA 4RWTA 2HNYA 3U3YA 2GELA 1VQNN 3IKMA 3KWIA 5KRTA 2FBTA 1WSFA 5I3UA 3E1YA 4I9LA 1QZ5A 5BRHA 1L3TA 3RR8A 5AQYA 1GOBA 4E3SA 5EU7A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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