1B92A

Mobility of an hiv-1 integrase active site loop is correlated with catalytic activity
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
155
structure length
144
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGAVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The mobility of an HIV-1 integrase active site loop is correlated with catalytic activity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (INTEGRASE)
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 53
structure length 144
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-02-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1b92A00
4GVMA 3AO5A 4M3ZA 3LPUA 3K57A 2F8TA 3VQ4A 3SQ2A 3OYCA 3KIOA 1TKTA 1YTUA 3K59A 1KVCA 1B9DA 5SWMA 1WN7A 3NE6A 3ULDA 3RMAA 1L3SA 2EX3A 3DM2A 3M8PA 3PX0A 4CJUA 1J53A 4CGFA 3LZIA 1I3AA 3NF6A 1S6QA 1VK0A 1WSEA 2GBZA 4MQ3A 3DLRA 4JRPA 5HBMA 4FLUA 3OY9A 2LSNA 3NF8A 5CYMA 1JL2A 1VSMA 4PA1A 5EU7A 3RMCA 3NGIA 3B6PA 3WNHA 2G8VA 3HL8A 2FBXA 1SKRA 1JXEA 1T03A 1LAVA 3V1RA 1X9SA 4JS5A 3RMBA 2YHAA 4IBNA 4CJPA 1DTQA 1KVAA 3VQDA 3KLHA 4B08A 5T7BA 4Q0BA 4FLTA 3TAFA 3QNOA 4I2QA 2KFZA 3VA3A 4CIFA 3KK2A 3SQ0A 2HVIA 3K5LA 4UQGA 4OGCA 4JS4A 3OYHA 4DSIA 3DYAA 2X6SA 3ZSVA 2HVHA 1RCHA 3LP1A 3OYNA 3KD5E 3LP0A 3KKSA 4CCHA 3TR8A 4DQIA 1IKYA 3AO2A 1JLFA 4FJ5A 1BCMA 2PYJA 3KLEA 3JSMA 3C95A 3ZSRA 4DQQA 1U47A 4FJHA 1RT3A 2VG6A 3C6TA 3HJFA 4EP4A 3AVMA 2XO7A 2BGGA 1W9HA 3AVFA 3AVJA 1JLAA 3HYFA 4KAZA 3OYGA 3QIOA 4KI4A 3AA3A 1NK6A 1B9FA 1N5YA 1EP4A 4Z4GA 2A1SA 1WAJA 3QLHA 5JS2A 4M3YA 2Y1JA 1RT1A 4NYFA 5KRSA 5E41A 3OJSA 3ITHA 1BQNA 1KFDA 3LDSA 1SL1A 1BI4A 5D3GA 1S1XA 2R7YA 4FJGA 3ZCMA 2HHQA 1T8EA 4C8MA 1JLBA 4M3RA 3HPHA 4E0DA 2E6MA 2Q3SA 5HROA 4Z4CA 1S5JA 3ALYA 3AVNA 1NKCA 1ZBHA 3ZSOA 4N41A 1JXBA 3V9XA 4I7FA 1UWBA 3OYIA 3QINA 5FROA 1LWEA 2OPQA 2F8SA 2RPIA 3IRXA 3T1AA 4DSEA 4PWDA 1FKPA 3MECA 4QAGA 3OS2A 3RTVA 3TARA 2XHBA 3AO3A 4NCGA 4CK3A 1F21A 3HPOA 4FZYA 4OKJA 3CFPA 3OYKA 4CF8A 3LAKA 1ZBFA 2W42A 5C42A 4RW9A 3CYMA 1T7PA 1KCFA 1RNHA 2P1JA 4ZHRA 5SZTA 4N5SA 3K5OA 4KB1A 1CZBA 4NCBA 4FM0A 3F73A 4ZTFA 2OPSA 4KTZA 1L5UA 4FJLA 4BDPA 1REVA 1RT4A 5HRSA 3HK2A 1D8YA 1LW2A 2WOMA 1SV5A 2WONA 3AA4A 3IS9A 1RILA 4OLAA 2FBYA 1CXQA 4KHYA 3AA2A 3JYTA 2YNHA 4FZXC 1WSJA 2ZD1A 4Y1CA 1TKDA 3RWUA 3O3FA 1TK0A 4AHVA 4LH5A 3TWHA 3HO1A 1KSPA 3F9KA 4EZ9A 2JGUA 3DRPA 4CGJA 4DF8A 4DFJA 2A1RA 4J2AA 4W5TA 2OZSA 4DU4A 1RDAA 4CHPA 4F4KA 2O4GA 1ZBUA 4H4OA 2IOCA 1NJXA 2YHBA 3EZ5A 1RBUA 3DLGA 4G1QA 5HRRA 4CHZA 3TI0A 1HQUA 2HHVA 1QQCA 2HHTA 1TK5A 1C6VA 2X74A 3AV9A 1RBRA 1RDDA 4KTWA 1XI1A 1X9MA 2GUIA 4Z4EA 1R0AA 2BANA 4M42A 1WSIA 3I0RA 1S9GA 1DTTA 1Z25A 3TAMA 3P83D 5DMRA 4E3SA 4M3UA 3MEEA 5CYQA 1GOCA 4HCBA 5KGXA 3RR8A 3NGYA 1CXUA 1Z26A 3ZT0A 4HTUA 4Z4FA 3QEPA 3L2RA 4CJRA 3ZT2A 2I5JA 4HVJA 3OYFA 3OYLA 4E7HA 5J1EA 1S9EA 3S9HA 1RTDA 3WNGA 1Q9YA 4CGDA 3VQPA 1XHZA 2AJQA 4BE1A 4DQRA 4DTRA 3K5NA 1S6PA 4CHOA 2D0CA 4CF1A 4J2DA 3MAQA 3E01A 3MXIA 3M8RA 4J2BA 4B8AB 4LSLA 1QHTA 3O3HA 4M3TA 2QKBA 4B9MA 3DLEA 2KW4A 1HRHA 4BWMA 4IG3A 3TABA 4PY5A 4PQUA 4RW8A 4CJWA 1WSHA 4QCLA 1KTQA 4DG1A 3ZSYA 4AHSA 4WE1A 1RTIA 2G8KA 2G8WA 4CGHA 2YKMA 4HUGA 1I39A 1D9DA 4FW1A 3V1OA 4CHYA 1QSYA 4CGIA 4FCYA 5J2NA 3LZJA 3AO4A 3ZSQA 4KFBA 4Z4HA 2OYQA 4CJFA 3KLGA 4DFMA 1IKVA 1BHLA 4BDYA 4ELTA 1TAUA 4HUFA 1N6QA 3OS0A 1WSFA 4DSFA 2RN2A 4H8KA 3OYJA 3HXMA 4HCCA 3SUNA 3L2UA 2FBTA 3V9SA 3K2PA 4CJVA 4XIUA 4FJKA 4KHQA 3NHGA 4IKFA 4OGEA 4CJEA 5K14A 3LPTA 4F3TA 4J2EA 4DLEA 3O4NA 2HHWA 3LAMA 3OYBA 4H4MA 3HVTA 1JKHA 4M3WA 1Y97A 4GW6A 1QE1A 3SV4A 4W5RA 4DTXA 4FW2A 3I0SA 3SQ4A 4OPJA 2G8UA 1HQEA 2Z1HA 3T3FA 1NKEA 2DTUA 2EHGA 1NKBA 1VSFA 3M8SA 3DLBA 1RTJA 4DTUA 1A5WA 4K8ZA 4KI6A 4OLBA 2YNIA 3P1GA 1LAWA 5HRNA 1T05A 3NCIA 4C8NA 1SL2A 3QERA 2KZMA 4OJRA 4RW7A 4DS4A 1ASWA 2FC0A 3DRRA 3L3UA 3VA0A 4FJJA 1U04A 1RDBA 1W0HA 3SYZA 3NF9A 1HNVA 3KK1A 4CEAA 3EYZA 2G8HA 3K58A 1D9FA 4FK2A 1YVUA 1RDCA 2E6LA 2RF2A 1RBVA 3NFAA 1RT5A 3P5JA 4CEFA 1ASVA 3RR7A 4C8LA 3SQ1A 1IG9A 1CLQA 2HNZA 4CERA 3HP6A 2DFFA 3VQBA 2G8FA 1SKSA 4KHUA 4F2SA 4FYDA 4E7LA 3PO5A 4LD0A 1TK8A 4JRQA 2O4IA 1RBSA 3VQAA 3MXJA 2KQ2A 4E7IA 3VQ8A 2HW3A 3LALA 4C8KA 4DF4A 1JL1A 4CF9A 4LH4A 1ZBIA 2ETJA 4CK1A 3NGZA 4O44A 1VSKA 3AVBA 3DLKA 3O4QA 3S3MA 4ZTJA 1C0MA 1NK7A 5J2QA 4W5NA 4CIEA 2QKKA 2DFHA 4FJ7A 2OA8A 3G0ZA 1HMVA 4AILC 3C94A 4TSXA 1BIZA 1ZYQA 4CIGA 2P5OA 4CF2A 4FJIA 3EY1A 1LWCA 3OS1A 2IDOA 4CGGA 3AVAA 3ZSWA 4E19A 1U48A 4FZZA 4CJ5A 4F8RA 4DSKA 3QESA 1GOAA 1S1TA 4FJ9A 4B9LA 1HNIA 2YNFA 4M45A 3HPGA 3VQ9A 4O5BA 1JLEA 3ZT1A 1QSLA 3CQ8A 4EZ6A 1JLGA 3DLHA 4RW4A 3L2QA 2ITGA 3HM9A 1WNSA 4AHTA 3LWLA 3QEVA 3A2FA 2HMIA 3PY8A 4FJ8A 4K8XA 1WAFA 4B9SA 1L3TA 4F2RA 4CESA 4M3XA 1GOBA 4AHCA 1J5OA 3KD1E 3HP9A 3QETA 3KLFA 1TL3A 1J9AA 1VRUA 1TVRA 3LWMA 4BE0A 3SZ2A 4KPYA 5I3UA 1BGXT 3VQ5A 2B5JA 3OYMA 4CFDA 1YTAA 3QO9A 3OYEA 1U4BA 4QOZB 2JLEA 4DTSA 4RG8A 3DI6A 1A5XA 4FM2A 3VN5A 1UA0A 2QK9A 3KLIA 3SUQA 1FXXA 1VSDA 4N47A 4CHNA 3TAQA 1WLJA 1S1VA 4CJTA 2HHUA 2B4JA 5KTQA 3AVLA 2X6NA 4DFKA 4CJLA 3NBPA 5C24A 3NF7A 2IGIA 4KV8A 4B8CA 3S3NA 1KVBA 1NK9A 3NDKA 1QSSA 3SCXA 1S1UA 1TGOA 3CM5A 3QIPA 4IFYA 1CZ9A 2RKIA 1SL0A 5FDLA 2PYLA 5CZ2A 1B92A 3S3OA 4CHQA 2OPRA 3SI6A 1LW0A 1EXQA 3ASMA 4CF0A 4CFBA 4IG0A 2BDPA 3SV3A 4FJXA 4AHRA 4CEQA 3M8QA 4IFVA 4E7KA 5DK5A 3VQCA 4O0JA 1XHXA 4CEOA 1NOZA 1FK9A 3SUOA 5KI6A 1VSEA 3KJVA 4RW6A 3TAPA 4CJ4A 4FK4A 3LP2A 1HYZA 1VSIA 2E4LA 3V4IA 3L2VA 2FBVA 4KRFA 4OKEA 4KHSA 1KLMA 3PV8A 3THVA 5J2PA 3KKRA 1LV5A 4E7JA 2P5GA 1FKOA 4AH9A 4B3OA 1C1AA 1KRPA 4KB0A 1IKWA 2IS3A 1J54A 4LY7A 4O0IA 4NYNA 2HB5A 1RT6A 5CY4A 4DTJA 1NJWA 3TAGA 4CEEA 1EKEA 4B9UA 2HNYA 1BL3A 3CFOA 5FRNA 1K6YA 2Z1IA 3AVIA 4DWIA 4FLXA 1HYVA 2XY7A 3RMDA 3SPZA 4B9NA 1ASUA 1UOCA 4DLGA 3VQQA 5CZ1A 3MEDA 1L3VA 1RT2A 1TV6A 4OVLA 3QEWA 1HPZA 3OJUA 3AVKA 3ISNC 3SUPA 3PO4A 3K5MA 4EP5A 2D0BA 4L8RB 3BGRA 3AVGA 3FFIA 4DFPA 2VG7A 4FK0A 1Q8IA 3AA5X 4KHNA 1EETA 1TKXA 4AHUA 3V9UA 1SKWA 3WNEA 4DTOA 1NJYA 2KZZA 4CEBA 4R5PA 2NUBA 3ZT3A 1NK8A 5KGWA 1IKXA 2Z1GA 3DOLA 4HUEA 4Y1DA 2VG5A 2KTQA 4FM1A 2B6AA 4DU3A 4I9QA 3HT3A 4N56A 3QEXA 4CJKA 4ID1A 1BIUA 3NH0A 4FJNA 3CFRA 1MU2A 3O3GA 4CECA 1NK4A 4CJ3A 3NAEA 4DSLA 1DLOA 3OYAA 2PY5A 4M41A 3ZSXA 2Z1JA 4KREA 1NOYA 1BISA 2GV9A 1RT7A 4BACA 4Z0UA 1Q9XA 2Y1IA 4LSNA 4CFCA 4DSJA 3HSTB 2XY6A 1XC9A 3U3GA 3I8DA 3V9ZA 1XWLA 4FVMA 1L3UA 4FLZA 4FJMA 5I42A 4DQSA 1U45A 3V1QA 3D45A 1VSJA 1KLNA 3H08A 2VWKA 1VSHA 3SPYA 4ELUA 2HHXA 3RRGA 3SNNA 3HVRA 1ZBLA 2P51A 1BI4B 3DRSA 4E89A 4B9VA 1VSLA 4N76A 3CG7A 5HP1A 3T19A 1WSGA 1HYSA 4O4GA 4CJQA 1BQMA 2KFNA 4ID5A 1IO2A 2D5RA 4OPKA 4C8OA 4KHWA 2X78A 4MFBA 4I9LA 2YNGA 4JLHA 4CFAA 3D0PA 3LP3A 4BDZA 3L2WA 1NJZA 2IAJA 4HHTA 1NK5A 1UAXA 3KK3A 1TKZA 2ZE2A 3PUFA 4YNQA 4FLVA 2G8IA 2OPPA 1C0UA 4O55A 4PUOA 1BCOA 2XRIA 4ICLA 4DS5A 2DY4A 3LANA 4CE9A 1QS4A 3AVCA 2ZQBA 3PX4A 3QNNA 2OZMA 3CM6A 2XY8A 4B9TA 2PZSA 4BE2A 3ZSZA 1RTHA 3RRHA 4Q5VA 4FXDA 1HJRA 1IH7A 4OKKA 3TAEA 1KFSA 5KRTA 1O1WA 4ELVA 1C0TA 3B6OA 4DTPA 5JS1A 3VQEA 4CEDA 4GMJB 3KTQA 3WNFA 3TANA 4BWJA 4W5OA 3BDPA 4KKOA 4KTQA 3AVHA 2D0AA 3NH2A 3DMJA 3IAYA 3L8BA 4KO0A 3VQ6A 3SJJA 4W5QA 3VQ7A 2HHSA 4CEZA 4FLWA 3UIQA 3QEIA 4NCAA 3C6UA 1X1PA 3DOKA 2BE2A 4DQPA 3ZT4A 1EX4A 4DTNA 1JLCA 4DMNA 2QXFA 1RBTA 4YFUA 2VWJA 3V9WA 3NH1A 3MXMA 4Z4IA 3MEGA 5C25A 2DFEA 4DU1A 4F3OA 1C1BA 1S1WA 4CK2A 1JLQA 1TAQA 3V6DA 3AO1A 2IC3A 2YV0X 2XY5A 4E1NA 1U49A 1UA1A 1NK0A 1X9WA 3IG1A 3L3VA 4DTMA 3V81A 1LWFA 1YT3A 2HNDA 1SUQA 3PX6A 2YKNA 1D5AA 3G10A 4IDKA 4I2PA 4E1MA 3U3YA 4FLYA 1VRTA 2F96A 5HRPA 5J2MA 5HLFA 1C1CA 1TL1A 3OVNA 1A5VA 1G15A 1ITGA 2ATQA 4CJSA 3OYDA 1QTMA 3U6FA 5FRMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GVMA 1IV0A 3K57A 3NVKA 3KIOA 1YTUA 3ULDA 4DV0K 3DM2A 3M8PA 4CJUA 1BDGA 2GBZA 4JRPA 3NF8A 5CYMA 3NGIA 3FZLA 2FBXA 2NRTA 1SKRA 2ASMA 3IMXA 3K9JA 5EVZA 4CD1A 4R79A 3AGKA 3K0SA 4IBNA 4LF4K 3E66A 1DTQA 3KLHA 3CF5L 4BROA 4OX9K 4I2QA 3UKUB 2HVIA 4JS4A 3DYAA 3AAQA 3KD5E 2I7PA 4CCHA 4GV6A 3CCQN 4HWIA 2PYJA 3JSMA 1K73O 1U47A 2P9LA 1W9HA 4KI4A 3OYGA 3O1WA 4B1ZA 3AA3A 5JS2A 4M3YA 1JCEA 1NGFA 3ITHA 5D3GA 1S1XA 4FJGA 3ZCMA 1JLBA 4M3RA 1XUPO 3CC2N 5HROA 4Z4CA 5JVGL 1NKCA 4A57A 3ZSOA 4FWPA 4CJ7A 1UWBA 3OYIA 2ZJQL 3E9OA 3T1AA 3E9LA 4DSEA 1IBLK 3MECA 4FWSA 3OS2A 2XHBA 4CK3A 3QBXA 1M1KO 3O9TA 1Q81O 2CGJA 5EY4A 3G4SN 1HLUA 2YJEA 1KCFA 1RNHA 4DV2K 3CJAA 4FM0A 3F73A 1L5UA 5BR8K 3HK2A 2OCEA 4EAHD 3DXMB 3IS9A 4KHYA 2YNHA 2ZD1A 3CD6N 3RWUA 3O3FA 3CI5A 4AHVA 4DV4K 3D2FA 3F9KA 4EZ9A 3IKMA 4CGJA 4DF8A 4J8FA 3C0BA 5AZIB 3TTFA 4W5TA 1OH6A 4CZJA 1VQ7N 4DU4A 1ILYA 2A3ZA 4H5TA 3EZ5A 5HRRA 1QQCA 5KPTA 2BANA 5C15A 3OHRA 3I0RA 1S9GA 5BRDA 1YHQN 4M3UA 3MEEA 1GLFO 3O8MA 3RR8A 3QEPA 4CJRA 4FSVA 1S9EA 1X9JA 3LDQA 3FLCO 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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