1B9DA

Mobility of an hiv-1 integrase active site loop is correlated with catalytic activity
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
154
structure length
143
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The mobility of an HIV-1 integrase active site loop is correlated with catalytic activity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (INTEGRASE)
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 51
structure length 143
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1b9dA00
2GUIA 3LAKA 1J5OA 1RTDA 3DLEA 3CYMA 1JKHA 4OKEA 3PO4A 4PUOA 5KGWA 4E7JA 1KTQA 3JYTA 4M3TA 3L2RA 2O4IA 3KLGA 4OJRA 4ID5A 4DWIA 1JXEA 3QIPA 2HHXA 1ZYQA 1SUQA 1VK0A 2QXFA 4G1QA 3LP3A 1FKOA 3K5NA 2XO7A 3AVCA 4N5SA 1T05A 3K2PA 1EP4A 3NBPA 3HPHA 4F3TA 2YKMA 3MXJA 4KI4A 3A2FA 4BACA 4O0JA 1D9FA 3ZT3A 3IAYA 1TKXA 3V1OA 1QSYA 2HVHA 3SNNA 1ZBLA 3AO2A 3SQ1A 1KLNA 2Q3SA 4K8ZA 1GOAA 4DLEA 2B4JA 3VQBA 4CGIA 2X6SA 3TABA 1S1WA 4DTUA 4ZTJA 1EXQA 1DLOA 1I3AA 1YVUA 1SL0A 3VQAA 4CGJA 4H4MA 3LZJA 4DQSA 2OZSA 4DLGA 3E01A 1BHLA 2RN2A 4CEBA 2X78A 4DTSA 1RT1A 1RDAA 3THVA 2BDPA 2P5OA 1WLJA 1BIUA 1ITGA 4FW2A 2D5RA 3OYFA 3M8RA 4CK3A 1TKZA 4E7KA 4N41A 4OPJA 2NUBA 1BCOA 2Z1IA 1A5XA 2P51A 5T7BA 4GW6A 4B8AB 3NE6A 2VWJA 4DSEA 3TAQA 2GBZA 4E19A 4DSIA 1HYSA 4DSFA 4ZTFA 1RT2A 4FJ5A 4GVMA 3LP1A 3QLHA 5CYMA 4HCBA 1KFDA 5KI6A 4KI6A 4CHOA 4JRPA 3HK2A 1HYZA 1Q8IA 3HPOA 3OS2A 1QSLA 3LP0A 1U49A 1BI4B 3VQ8A 4AH9A 4FM2A 1NK6A 2RKIA 3DMJA 4Y1CA 2X6NA 3WNGA 4DFJA 3BGRA 4CHQA 3OJSA 3ZT2A 1G15A 4CFBA 1NK5A 4O55A 4FLUA 4FM1A 1S6QA 4E1MA 2WONA 4Z4GA 3SQ0A 3HXMA 4LSNA 3ALYA 5E41A 4KHSA 1C0UA 2IGIA 1BI4A 2PYJA 5C24A 4CF2A 4IKFA 3SV3A 4BE1A 3NF8A 4DSKA 4L8RB 3G10A 4IG3A 4KV8A 3FFIA 4YNQA 3TWHA 1TK5A 3DLGA 4KHNA 3KLEA 4E7LA 5D3GA 3RR7A 2EX3A 3QEVA 4HCCA 2KTQA 1RDCA 2ATQA 4CK1A 3TAMA 1VRTA 3SV4A 1W9HA 3ASMA 4QOZB 3QEWA 1SKRA 4Z4FA 4KKOA 4FJ8A 4KTWA 2DFHA 2ITGA 4KAZA 1KVAA 4JS4A 3HP9A 3I8DA 4M41A 4BDYA 1SKSA 3V9SA 1HQUA 4I7FA 1GOBA 1VSMA 3ZSXA 3AA3A 1XHXA 2D0AA 4OKKA 2ZD1A 1FK9A 1VSIA 1RBRA 3T19A 1NKBA 1C1CA 2FBTA 2VWKA 3ZSQA 3TAGA 1TL3A 1TV6A 3SYZA 3HPGA 5HP1A 1WSGA 1U4BA 3QETA 3CG7A 4CHZA 1JLAA 3LANA 4W5OA 3ITHA 4I9LA 1BQMA 4F2RA 4E89A 1D5AA 4E7HA 3S3MA 4CJVA 3ULDA 2W42A 3KLIA 4CEOA 4DTMA 3OYGA 3KJVA 3KK3A 3H08A 4OGEA 2G8WA 3VQEA 4FK2A 5J2PA 3WNEA 4W5RA 4KHUA 2LSNA 1U47A 3NCIA 4CECA 4R5PA 2B6AA 4HVJA 4HTUA 3KTQA 3S9HA 3IRXA 4H4OA 1CXUA 1NK4A 4B9SA 1DTQA 3V1QA 4DU1A 3U3GA 3RRHA 3AVMA 4FM0A 4KTQA 4M45A 4CGGA 2HMIA 1LW0A 1HYVA 1KSPA 3AO5A 2IDOA 5KRTA 4E3SA 1X9WA 1S9GA 3MEDA 4AHUA 4BDPA 5J1EA 4FLTA 5J2MA 3HO1A 3C95A 3JSMA 4FCYA 1RBVA 2G8KA 4CHYA 1WNSA 4CEAA 3I0SA 1DTTA 4CCHA 1VSKA 4O44A 4B9TA 4M42A 1T7PA 3M8PA 1Q9XA 3B6PA 4DQIA 1VSJA 4Z4HA 3EYZA 1JLCA 1Z26A 3C6UA 4FLXA 4BWJA 1ZBHA 4CIGA 3OYAA 3MXIA 2KFZA 4CJUA 1EETA 4DTNA 2HB5A 2QKKA 1RBSA 4B9UA 4EP4A 2XY8A 4Y1DA 4QCLA 1ZBIA 1IKYA 3SUPA 1RDDA 4BE0A 3LDSA 2Z1GA 1IH7A 2KZMA 3ZSWA 3V1RA 4AHTA 1HQEA 4B8CA 1RT3A 4CJQA 1N5YA 4FJKA 4FJ7A 1LWFA 5FRNA 1UOCA 4FJMA 4BDZA 3ZSZA 2PYLA 4AHCA 3HSTB 1VSEA 2KZZA 5CZ1A 2XRIA 2D0CA 3NF7A 2G8HA 4Z4CA 1JLQA 3AO1A 1U45A 5I3UA 1HMVA 4O4GA 2HNDA 3V9UA 4DTPA 3OS1A 1B9DA 4KTZA 4CE9A 4KRFA 1S6PA 1WSJA 3KD5E 1J9AA 2EHGA 4FJJA 1YTUA 3TARA 3G0ZA 4CGDA 2A1SA 5DMRA 1FKPA 4CFAA 4CJ5A 3PUFA 3OY9A 1TAUA 1CLQA 5JS1A 1IG9A 4MFBA 4CEZA 1JXBA 4IDKA 1S1UA 5FRMA 5CZ2A 4LD0A 4Z4IA 1QSSA 3NH2A 3QERA 4MQ3A 5J2NA 4KREA 2HHTA 4OGCA 4NCGA 2IC3A 1C1BA 1C1AA 1S1TA 3LPUA 5CYQA 4DTOA 4KHWA 3AVGA 2F8SA 4AHVA 1ZBFA 3AVFA 3NHGA 4LSLA 1WAFA 1XI1A 5K14A 3WNFA 3K58A 4N47A 2HW3A 1W0HA 3OS0A 4DTRA 2BANA 3VQPA 4CHNA 3OYNA 1TKDA 2QK9A 4KHYA 3AA5X 1KLMA 2WOMA 5HROA 3VQ7A 1XWLA 4CEDA 4DFMA 1RTHA 1S5JA 3OYHA 1D9DA 2YHBA 3ZCMA 3M8QA 2Y1IA 4ZHRA 2HVIA 4OPKA 1KVBA 1JLFA 1BIZA 4KB0A 4CJLA 3RMAA 2E6LA 1L3UA 4K8XA 4Q0BA 4FYDA 2P1JA 4RW7A 4FJXA 3SJJA 2QKBA 1HPZA 3KKSA 3ZSRA 4CJWA 4F4KA 4KO0A 5KTQA 4HUFA 3CM6A 5JS2A 1QE1A 1U48A 4RW9A 3OYMA 1WSFA 1U04A 3L2WA 2DFEA 3DLKA 1RT6A 5C42A 1F21A 4I2QA 3LPTA 3SUOA 4DQPA 4JS5A 4CJPA 4CFDA 3AVBA 1ZBUA 4N56A 3LAMA 4DFPA 4M3UA 1NOZA 1JL2A 3DOLA 2IS3A 4CFCA 4FZZA 1JLEA 1LV5A 3LZIA 3V6DA 4FLWA 3HL8A 1Y97A 1TVRA 2B5JA 1RT5A 2F96A 3IG1A 4DTJA 4IFYA 4O0IA 3OYKA 3OJUA 2YKNA 3F73A 3PX0A 1A5VA 4LY7A 4PWDA 1CZBA 5HRPA 3RMBA 3TAEA 2PZSA 2ETJA 3CFRA 2OZMA 2X74A 4CJ4A 3O3FA 4CGHA 1TKTA 3SI6A 4DU3A 1TK8A 1JLBA 1MU2A 2IOCA 4KHQA 2HNZA 3AO3A 1X9MA 2OA8A 3S3OA 1IKWA 3OYDA 3S3NA 4FJIA 3P83D 1KFSA 3D45A 3VQ5A 3V4IA 4H8KA 3NAEA 2YNIA 4C8OA 4ELTA 3I0RA 1SKWA 3KK2A 5C25A 4PA1A 3L8BA 3CQ8A 3VA0A 4F2SA 4J2EA 3ZSVA 1NK8A 1XC9A 2JLEA 2DFFA 1NJZA 1EX4A 4CIFA 4WE1A 3PV8A 2O4GA 2RPIA 4W5NA 2R7YA 1D8YA 3NF6A 2HHUA 1TAQA 2KW4A 3M8SA 1A5WA 4LH5A 2YNHA 4J2AA 3SPZA 4NCAA 2BGGA 3K5LA 4M3ZA 3AVNA 4DQRA 3MEEA 1HNIA 3RMCA 4DU4A 1RT7A 2P5GA 4C8KA 3TAFA 4J2BA 3K57A 4FXDA 1IKXA 4B9LA 1REVA 1L3VA 3AA4A 3AVHA 3PY8A 1RILA 2ZQBA 3L2QA 1TK0A 1IKVA 4NYNA 4ELUA 1WSIA 4B08A 3HP6A 3P1GA 3NGZA 3LWLA 1C6VA 4ICLA 1SV5A 4C8MA 3QEPA 4CJRA 3AVIA 4B9MA 4E1NA 3C6TA 4TSXA 3O3GA 2KQ2A 3TANA 2RF2A 3OYBA 4C8NA 5I42A 4EZ6A 3LALA 2Y1JA 3QNOA 1TL1A 4LH4A 3AVKA 1O1WA 3U6FA 1Q9YA 3O3HA 3V9ZA 3AVJA 1GOCA 4CJTA 1NJXA 2HHVA 3NGYA 4FLYA 4O5BA 3PO5A 4CF0A 3HVTA 2OPQA 4W5TA 2Z1HA 1VSHA 3ZT4A 3SQ4A 3KD1E 1RTJA 3DRPA 3LP2A 1LW2A 3RTVA 1ASVA 3VQCA 3NH0A 5HRSA 3IS9A 3K59A 4HHTA 3RRGA 3B6OA 2Z1JA 3NDKA 4Z0UA 4OLAA 4OKJA 3DYAA 5HBMA 5CY4A 3RWUA 3F9KA 1X9SA 1JL1A 3HJFA 1J53A 1EKEA 1WSEA 2FBYA 2BE2A 4OVLA 3AA2A 4AILC 4KB1A 1NJWA 1B92A 2XY5A 4JLHA 2F8TA 1LWEA 1S1VA 3U3YA 4M3YA 1CZ9A 1ASWA 4EP5A 3ZSOA 4FW1A 3OYLA 3V9XA 2GV9A 2ZE2A 3VQQA 4DG1A 3O4QA 3SPYA 1RCHA 1YT3A 3CM5A 1BGXT 1HNVA 3OYCA 4DQQA 3PX4A 3VQ4A 4CEFA 5HRRA 2A1RA 5FROA 3DM2A 4CF8A 2VG7A 1UAXA 4CF9A 4DFKA 4FJHA 1HJRA 4RW6A 1NOYA 3VQ9A 1LAVA 3OVNA 4FJGA 3QO9A 4DS5A 3CFPA 3VN5A 1UWBA 4E7IA 1K6YA 4CJEA 1QQCA 1IO2A 4CESA 1QTMA 3DRRA 3AVAA 3O4NA 1NJYA 4RW4A 4B9VA 3NF9A 3SUQA 2HHWA 1J54A 2PY5A 4FZYA 4DTXA 2FC0A 1SL1A 3QESA 4NYFA 3L3UA 3KLHA 3SZ2A 1C0TA 4JRQA 4DF4A 3HVRA 3OYEA 2OYQA 1S1XA 4KPYA 3ZSYA 3SQ2A 2XHBA 3T3FA 4RG8A 3VQ6A 5HRNA 4XIUA 1LWCA 3K5OA 1NK9A 1RBTA 4FK4A 1QS4A 3KK1A 3DOKA 2JGUA 4IFVA 4FK0A 1RT4A 3RR8A 3AV9A 2I5JA 1VSDA 4CEQA 1VRUA 3LWMA 3TI0A 4CJFA 3RMDA 3NH1A 2FBVA 2VG5A 4FVMA 3KLFA 3ZT1A 1T03A 2KFNA 5DK5A 3OYJA 2E4LA 1HRHA 1RTIA 2HNYA 4E0DA 1X1PA 1TGOA 4PQUA 3T1AA 3DLRA 5FDLA 4Q5VA 4YFUA 3L2VA 4FJ9A 1L3TA 3KKRA 3SUNA 1VSFA 1UA1A 3D0PA 4DF8A 4I2PA 1BCMA 3AVLA 4FLZA 4CHPA 1FXXA 1VSLA 5HLFA 4C8LA 3UIQA 4EZ9A 3WNHA 4ID1A 3TR8A 1LAWA 2G8VA 4DMNA 5J2QA 1B9FA 3K5MA 2AJQA 1WN7A 3CFOA 3L2UA 4BWMA 4UQGA 3EZ5A 3OYIA 1SL2A 2G8FA 2HHQA 3QINA 1JLGA 4CEEA 3SCXA 4CK2A 2YNFA 3MECA 3HYFA 4IG0A 1XHZA 2IAJA 1UA0A 2YV0X 4F3OA 3DI6A 4CERA 2DY4A 4Z4EA 1T8EA 2OPRA 3ISNC 3TAPA 3KIOA 4M3RA 4N76A 2G8IA 3L3VA 2VG6A 3P5JA 1ASUA 1CXQA 4CJ3A 3BDPA 4NCBA 3DLHA 4PY5A 1BISA 4DS4A 1KVCA 4I9QA 3MAQA 2D0BA 4FJNA 1BL3A 2HHSA 1N6QA 1S9EA 2YHAA 2YNGA 5SZTA 2XY6A 3DLBA 3MXMA 4GMJB 3V9WA 3VQDA 3HM9A 4M3XA 5KGXA 3ZT0A 4CIEA 1NK0A 2FBXA 1WAJA 3QEXA 4W5QA 3MEGA 3EY1A 4BE2A 3PX6A 3QIOA 1RDBA 4AHSA 1L3SA 5EU7A 1C0MA 4QAGA 4HUEA 1I39A 4B9NA 4DSJA 4OLBA 5SWMA 4B3OA 1R0AA 4CJKA 1NKEA 4CF1A 1L5UA 1WSHA 4ELVA 1NK7A 2XY7A 4IBNA 3VA3A 4FJLA 3NFAA 3DRSA 4CJSA 5KRSA 4M3WA 4CGFA 2OPSA 2G8UA 4AHRA 1NKCA 4J2DA 3HT3A 4F8RA 2DTUA 3NGIA 3QEIA 3V81A 3AO4A 1Z25A 4HUGA 4FLVA 2OPPA 4FZXC 1RBUA 4KFBA 4RW8A 1KRPA 1QHTA 4DSLA 3QNNA 1YTAA 2E6MA 1BQNA 1RNHA 3C94A 1KCFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GUIA 4QS9A 3VF4A 3DLEA 3I8BA 1JKHA 4E7JA 2FF6A 3GBTA 1G99A 1BOTO 2HHXA 1SUQA 1VK0A 2QXFA 3K5NA 2XO7A 2KKZA 1T05A 3K2PA 3CCSN 4F3TA 2QXLA 2YKMA 4KI4A 4YY3K 3IAYA 3TSQA 1KLNA 4K8ZA 2ZJRL 4H03B 3VQBA 4IOCL 1YJWN 1DLOA 1YVUA 3LZJA 4CVNE 1IBKK 3J8AA 2RN2A 1R59O 1RDAA 1E3MA 1BIUA 1ITGA 4FW2A 2D5RA 3M8RA 4IFEA 4N41A 4OPJA 3NE6A 2GBZA 5KQ8A 4CZFA 3QLHA 1KFDA 1OH5A 3HPOA 1J5EK 3LP0A 3VQ8A 4YOXA 4FM2A 4JI8K 1TAUA 4DFJA 4CHQA 1NLVA 2UU9K 2W6LA 5GIOA 1GLDG 1NU0A 2CGKA 3SQ0A 3HXMA 3O1BA 3ALYA 1C0UA 1NGDA 4CF2A 3NF8A 4KV8A 2VWBA 4IDHA 4HWIA 3RR7A 1D4XA 3H1QA 2P9IB 2ZJPL 4CK1A 1VQ7N 4QOZB 4Z4FA 4KKOA 3ZETA 4KTWA 4LF5K 2DFHA 1YXQA 1TYQB 3IKMA 4BRGA 4HTLA 5LJVA 1T3VA 3KHYA 3LDNA 1HKBA 3C6HA 4BGAA 5BN8A 1U4BA 4CHZA 1JLAA 4E89A 5C15A 5M1FA 4E7HA 4NB4A 3ULDA 5KPTA 3G4SN 3KLIA 4B1UB 3KK3A 3H08A 3SJHA 2G8WA 4HTUA 3VTIA 3ZX0A 1DTQA 3U3GA 1GLJO 4JKGA 3RRHA 4KTQA 4FM0A 4CGGA 2E2OA 1HYVA 3AO5A 4E3SA 3RSEA 2P9SB 3VEYA 3BF3A 2E2PA 1XNRK 4CEAA 1DKGD 3A5OC 1VSJA 1IBMK 4Z4HA 3C6UA 3FZKA 4BWJA 1ZBHA 2E8AA 4IJNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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