1B9DA

Mobility of an hiv-1 integrase active site loop is correlated with catalytic activity
Total Genus 51

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
154
structure length
143
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGYSAGERIVDIIATDIQT
2040608010012014014012010080604020
01020304050Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI2 (78-81)TI3 (79-82)TI1 (57-60)S1 (60-68)TIV1 (67-70)S2 (71-78)S3 (83-89)TVIII1 (89-92)3H1 (118-121)S4 (112-115)TIV2 (115-118)AH2 (124-133)S5 (136-137)AH1 (94-106)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
publication title The mobility of an HIV-1 integrase active site loop is correlated with catalytic activity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (INTEGRASE)
total genus 51
structure length 143
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1b9dA00
2D5RA 1BI4B 3NGYA 3V9SA 4ELTA 1HNVA 2YKMA 3TWHA 2OZSA 1LAVA 4DG1A 4JRPA 4OLAA 3VQBA 3SYZA 4DQRA 4NCBA 3AO2A 3SUNA 1BIZA 1C6VA 1REVA 3I0RA 5HRRA 3S9HA 2X78A 3QETA 3OYKA 5HRPA 5HROA 4N76A 2XY8A 4LSLA 1QE1A 1NK8A 4OVLA 3AVBA 1VSMA 1KTQA 5FRNA 5HBMA 1L3SA 3AVLA 3VA3A 1RTIA 5E41A 3NH1A 1RBUA 3AVCA 3ZT3A 2B6AA 5CY4A 4Z4EA 1IH7A 3SI6A 4CJVA 1TGOA 3C6TA 1NJYA 1RT7A 3NCIA 3D0PA 1K6YA 4HCBA 2B5JA 4W5TA 4OJRA 4Q5VA 4M3WA 2D0BA 3ULDA 4FXDA 1BQNA 1JLAA 1XWLA 3OYFA 3SQ0A 1L3TA 1HPZA 1S6PA 2IAJA 3P1GA 1RILA 4XIUA 3NF6A 3LP0A 4CJQA 4CEZA 2HNZA 4NYNA 3M8SA 3F73A 4HTUA 3V9ZA 1MU2A 4ICLA 3TABA 4CEQA 3E01A 4Z0UA 3RRGA 2BANA 4DS4A 1TL1A 1YT3A 1RT3A 3VQ5A 4EZ9A 1JXEA 1W9HA 4OPJA 4FLXA 4DSEA 2QKBA 5HRSA 3K5MA 2G8HA 1TL3A 4H4MA 2XY5A 2YNIA 3P83D 3VQ7A 4CECA 2FC0A 3AA5X 5EU7A 3SV3A 4QAGA 2XHBA 4DLEA 4CJFA 4FJLA 1IKXA 2RN2A 3L8BA 1VSKA 1GOAA 4M41A 3QESA 3SQ1A 1WSJA 3AA3A 1ITGA 4EP4A 2D0CA 4C8KA 1TK8A 4CIFA 4FW2A 1SL2A 3VQ6A 3DMJA 4OGEA 1HRHA 4DLGA 3DLRA 4LH5A 4O0JA 2YNGA 1LWFA 1X9WA 2O4GA 4AHUA 1HYVA 3AO5A 3SCXA 1BISA 1C0MA 2I5JA 2ITGA 3HP6A 2YHAA 2G8UA 1TKXA 1C1BA 3CYMA 2HHTA 3OYBA 4FJNA 4HCCA 4PWDA 5HRNA 3S3NA 4O5BA 3VQEA 1RT5A 4FJ9A 3VQCA 4CGHA 4DQPA 3NDKA 3T19A 3OYIA 4LSNA 2DFFA 3TAEA 3CFRA 3MXMA 1Q9XA 4KV8A 2RF2A 2ZD1A 1NK4A 3KKSA 4DMNA 5CYQA 3PV8A 1U04A 1ASWA 4E1NA 3ITHA 4KKOA 3NF9A 4C8OA 3I8DA 4ID5A 4ELUA 1A5XA 3OYMA 4I7FA 4Z4CA 3A2FA 4DQQA 1ZBHA 2WONA 4CF9A 3AA2A 3AVFA 4N56A 1S9GA 1X1PA 4WE1A 1NJZA 1RBVA 4FLWA 4HVJA 1L3UA 5FROA 5I3UA 1JXBA 3IRXA 4GVMA 4CHYA 2FBXA 3QEVA 2ZQBA 4KB1A 4N41A 4KHYA 4E7KA 1RDBA 3V9WA 2RKIA 1NKEA 4M3UA 3LP3A 3LAMA 4HUGA 1I39A 3ALYA 4OLBA 2BGGA 3S3OA 1JKHA 3L2WA 3LDSA 1NK0A 1RTHA 1J53A 1CXUA 2OZMA 3O3FA 3THVA 2HHQA 3OS0A 4J2EA 4L8RB 1KLNA 2HNYA 4B08A 4CGJA 2G8WA 2OPQA 1UAXA 3DLHA 4Y1CA 4DFMA 3HPGA 4ELVA 3V1RA 4FYDA 1KVCA 4CF2A 4E3SA 1YTAA 2E4LA 3U3YA 4BE2A 4CHPA 4Z4GA 1X9SA 4YNQA 3ZT2A 1BGXT 3SQ4A 4DTXA 2KZMA 3KLFA 4KRFA 1ZBIA 1CZBA 4IBNA 1SKRA 1XHXA 3C94A 3HP9A 4M3RA 3BGRA 4CIGA 4CJRA 2KFNA 1N6QA 4FLZA 1XHZA 1B9DA 2OA8A 3ZSOA 1DTQA 2EX3A 1C1AA 5KGWA 3QNNA 2QXFA 4RW4A 4CEEA 5KTQA 2Y1IA 4RW7A 3OY9A 4DF8A 3DLBA 3TARA 1Z25A 3TR8A 3AVIA 2ATQA 4BWJA 4LD0A 1LW0A 2IS3A 4J2DA 5JS1A 3EY1A 1TAQA 5JS2A 3M8RA 3L2RA 4DS5A 2XY7A 4NYFA 1IKYA 4DTJA 1X9MA 3AA4A 3K5LA 1WLJA 4B8CA 4CHOA 3OJUA 3O4NA 2A1RA 1IO2A 4C8NA 3WNFA 3ZSRA 3DOKA 4AHSA 4CJ5A 3HSTB 4ZHRA 3QEWA 2DFHA 3PY8A 4KAZA 4LY7A 1NOYA 4J2AA 3G0ZA 3ZSWA 2KTQA 3KLIA 4DU1A 2OPSA 3L3UA 4CEBA 1UWBA 4B9VA 1IG9A 1C1CA 2F96A 5DMRA 5HLFA 2OYQA 3NAEA 4KHWA 1FXXA 2IOCA 1VSEA 4F4KA 1IKVA 2F8TA 2P1JA 4CEAA 5K14A 1WN7A 3V1OA 4OPKA 4H4OA 5SWMA 1BIUA 3VQAA 1S6QA 4DSKA 2PYJA 4NCAA 4FW1A 4KHSA 4E7LA 4RW9A 2P5GA 3CM5A 2OPRA 3DRPA 4MFBA 1JLQA 4R5PA 4W5RA 4FJGA 1U48A 2O4IA 1LWCA 2YHBA 2JGUA 5HP1A 3HJFA 3K58A 3NH2A 4OKKA 3AVJA 2IGIA 4O0IA 3SJJA 1GOCA 3ISNC 4BDYA 3LZIA 1HYZA 4CGIA 4CJSA 1L5UA 1KFSA 1HYSA 1QS4A 4CJPA 3AV9A 3QINA 1KFDA 2DTUA 1D8YA 2BDPA 1S1VA 1T7PA 1VRUA 4CJTA 4CE9A 1LWEA 3AO4A 1BCMA 2BE2A 1RDDA 1QTMA 1NK9A 4I9QA 4C8MA 4QOZB 1JLEA 1JL2A 3HYFA 4IFVA 1QSYA 1DTTA 4OKEA 4RW8A 3LWLA 3KTQA 1HQUA 4KHQA 1F21A 1LW2A 1S1XA 1TAUA 4B9TA 3DLEA 1O1WA 4CEOA 3MXIA 1N5YA 4LH4A 4EZ6A 3U3GA 3ZSXA 5CYMA 2GV9A 4CJ4A 4HHTA 4M3TA 3AVHA 4KHNA 2IC3A 1VSIA 3C6UA 3VQPA 3OYDA 1UOCA 1SL0A 2RPIA 3HPOA 4FJ7A 4Q0BA 3VQ9A 1D9DA 4K8ZA 3RMBA 1WSGA 5KRTA 4KI6A 4FM2A 1TK5A 1JLBA 3QERA 4CK2A 4CGGA 2ZE2A 4KB0A 4B9SA 2VWJA 2KFZA 1J5OA 1KCFA 4AHRA 1SV5A 3SPZA 4QCLA 4FLYA 3KKRA 4FK2A 1WSHA 1L3VA 3L2QA 2YV0X 1ZBLA 4DSLA 2HW3A 1RBSA 1WSEA 1FKOA 5KRSA 2G8IA 1B92A 4HUFA 1T05A 2D0AA 1JLGA 2E6MA 1SUQA 3V9UA 3AVKA 4F2SA 1C0UA 3OYJA 4CJUA 4M45A 1NOZA 1RDAA 1ZBFA 5T7BA 3QIOA 3TAFA 4FZYA 3SUOA 4CGDA 3T3FA 4N5SA 2F8SA 4FK4A 1HQEA 2W42A 4CF1A 5SZTA 3PX4A 3SV4A 4H8KA 3JYTA 1RTJA 1SKSA 1NK6A 4ID1A 1D5AA 3IS9A 1WAFA 4BDZA 3PX6A 3TAGA 3NBPA 1HJRA 1C0TA 4DU3A 3NGZA 3TAPA 1NJWA 3NHGA 1U49A 1IKWA 3SQ2A 3KLHA 3RR8A 4DU4A 4PUOA 4B9LA 2G8KA 3LAKA 5C25A 5J2QA 3C95A 2PYLA 3CG7A 3MAQA 4DTUA 4IFYA 1JLFA 4KTWA 4FJ5A 4PY5A 4I2PA 3CQ8A 3MECA 3KD1E 1J54A 2KQ2A 3VQQA 4CESA 4IDKA 2VWKA 4FLVA 2GBZA 1UA0A 3MEEA 3AVMA 1QHTA 1VRTA 4EP5A 3LPUA 3K2PA 3V4IA 3WNHA 3KLGA 4CF0A 3K5OA 2ETJA 4CJEA 2HVIA 2HMIA 3VQDA 1RT6A 2HHUA 3TAMA 3ZSZA 2OPPA 3F9KA 3ZT1A 3EZ5A 1QSLA 4FK0A 2HHSA 3RMCA 1LV5A 2DY4A 1U45A 4FJIA 1A5WA 5D3GA 4ZTFA 4OGCA 4F3OA 1FK9A 4BACA 2NUBA 4DQSA 2Z1GA 3NF8A 3PO5A 4AHVA 4KO0A 3LANA 3WNGA 3M8PA 3OYCA 3BDPA 4GW6A 1TK0A 1KVBA 3D45A 4BE0A 4JRQA 4I9LA 3S3MA 1T03A 4B9UA 4PQUA 3OVNA 4DSFA 1TKZA 3MEDA 3HVRA 4DTPA 4K8XA 4FJMA 3AVGA 3PUFA 4DTRA 1A5VA 1BI4A 1HNIA 4FLUA 3OYLA 3V9XA 3KK1A 4FJ8A 4TSXA 4CHNA 3IG1A 5CZ1A 4RW6A 2VG5A 1EETA 1RBRA 4YFUA 3NE6A 3SPYA 3LALA 3HK2A 1VSHA 1S9EA 5I42A 1EX4A 4DF4A 1RTDA 3MXJA 4CFBA 3OS2A 4FJXA 3QIPA 3KK3A 3HM9A 4HUEA 2VG6A 3P5JA 2EHGA 2HVHA 2Q3SA 3OS1A 4E7IA 1EKEA 1RT1A 4FLTA 3NF7A 1RNHA 2FBVA 3QEIA 4M42A 3TAQA 2X74A 3DRSA 3KK2A 1BQMA 1QQCA 3V81A 3L2VA 3V6DA 1NK5A 4CJWA 1J9AA 1ASUA 4E7HA 3DLGA 1R0AA 2YNHA 2IDOA 2G8FA 4F8RA 3OJSA 1CXQA 4KFBA 1CZ9A 1TVRA 1TKDA 1S1TA 4JS5A 3HPHA 1WSFA 4CEFA 1VSLA 2QK9A 2AJQA 4JLHA 4UQGA 4FJJA 1KRPA 3K57A 3LPTA 1HMVA 2Y1JA 4DTNA 1Y97A 4KPYA 4N47A 3SUPA 3DYAA 5C42A 3RR7A 4BDPA 4B3OA 1B9FA 4RG8A 4W5OA 1RCHA 2VG7A 1JLCA 4IG3A 1NJXA 4CJKA 4CJLA 1KVAA 4C8LA 4CFAA 3VQ8A 4CCHA 3I0SA 3V1QA 1RBTA 3IAYA 4IG0A 3VQ4A 1U47A 1RDCA 2G8VA 1YVUA 3OYEA 1TV6A 3HO1A 3LP1A 1S1WA 3PX0A 4KREA 3DI6A 4BE1A 1NKBA 3QNOA 1GOBA 1KLMA 3HL8A 1ZYQA 3KIOA 4O4GA 3EYZA 4JS4A 1ZBUA 2HB5A 5C24A 2B4JA 4AILC 4DWIA 3O3HA 1EP4A 4CIEA 3RMDA 4ZTJA 4FVMA 1BL3A 2X6SA 1VSFA 4Y1DA 3CM6A 4Z4HA 4CGFA 3LZJA 2DFEA 3U6FA 3SUQA 1NK7A 1VSDA 4CERA 3NGIA 3TI0A 2KZZA 1G15A 3ZSQA 4CHQA 2Z1HA 3CFOA 1SL1A 4O55A 4DTSA 3TANA 4GMJB 4AHCA 3K5NA 1RT2A 1XI1A 1Q9YA 4FJKA 2LSNA 1WNSA 4DQIA 3HVTA 1FKPA 3HXMA 4PA1A 2P51A 5DK5A 2XO7A 3VA0A 1DLOA 5KI6A 2XRIA 3O4QA 1BCOA 4CHZA 4W5QA 1JL1A 1KSPA 3QO9A 4CFCA 3ZT0A 2YNFA 1BHLA 4DTOA 4E19A 1U4BA 1RT4A 3AVAA 3T1AA 1ASVA 4M3YA 4CFDA 3NFAA 3QLHA 1Z26A 3UIQA 1YTUA 1I3AA 4FZZA 1EXQA 2Z1JA 3KD5E 4FZXC 3ZSVA 4F2RA 3AO1A 4O44A 4W5NA 3RTVA 5FRMA 1LAWA 2FBYA 3RRHA 4F3TA 3ZT4A 2HHWA 4CF8A 4KTZA 1Q8IA 2KW4A 4MQ3A 4NCGA 1D9FA 4FM1A 3LWMA 1QSSA 2JLEA 3WNEA 3DRRA 4E1MA 4E0DA 3HT3A 2QKKA 3DOLA 2R7YA 4B9NA 4B9MA 4FJHA 4Z4FA 4KTQA 2Z1IA 2E6LA 3AO3A 3ASMA 3MEGA 5KGXA 2YKNA 3H08A 3OYGA 3OYHA 4DTMA 3QEXA 4CEDA 1SKWA 3K59A 3RWUA 4IKFA 3FFIA 1W0HA 1S5JA 4FCYA 5J2MA 4M3ZA 1TKTA 4AH9A 4KHUA 2HNDA 2FBTA 3DLKA 4G1QA 4E89A 3JSMA 2HHVA 3B6PA 1WSIA 2PZSA 4J2BA 1UA1A 3ZSYA 2P5OA 4FM0A 1VSJA 4I2QA 2HHXA 4CK3A 4DFPA 2X6NA 4OKJA 3KJVA 3PO4A 4DSJA 4DSIA 1WAJA 3QEPA 5J1EA 1T8EA 3ZCMA 3M8QA 4AHTA 5CZ2A 4BWMA 3OYAA 4Z4IA 4E7JA 4DFKA 2PY5A 3O3GA 1XC9A 3SNNA 2XY6A 3CFPA 3LP2A 4M3XA 4B8AB 3SZ2A 3RMAA 2A1SA 3G10A 3L3VA 3OYNA 4DFJA 3NH0A 2WOMA 3AVNA 5FDLA 4CJ3A 4KI4A 3B6OA 3VN5A 1CLQA 3DM2A 5J2PA 1NKCA 3KLEA 1VK0A 2GUIA 3L2UA 5J2NA 4CK1A 1S1UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BI4B 3V9SA 4B1VA 1HNVA 2OZSA 2E1YA 2A6AA 4OLAA 4ISGA 4JKFA 4DQRA 3AO2A 1YHQN 1NGDA 3S9HA 2XY8A 4LSLA 4OVLA 1KTQA 1L3SA 3Q7CA 4IXCA 4WFBL 4ISFA 1GLDG 4CJVA 5AQTA 4YOXA 5BPMA 4W5TA 3CCRN 5M1OA 4Q5VA 1JLAA 1XWLA 1HPZA 1RDUA 3NF6A 3LP0A 4CEZA 3J7ZO 4NYNA 1BDGA 3M8SA 3F73A 2HBJA 2BANA 1YT3A 1M1KO 1YAGA 3ZLJA 1JXEA 5F2RA 4DSEA 3THWA 5EY4A 2Q36A 3K5MA 1TL3A 3P83D 3VQ7A 4B1UB 4CECA 5EU7A 4YOUA 3FR0A 2W41A 4FJLA 3L8BA 1GOAA 1WSJA 2D0CA 4PKGA 2WUSA 3VQ6A 4OGEA 5EOYA 3ZETB 3DLRA 4LH5A 3O9SA 3VF4A 3SCXA 1X9SA 2G8UA 2YHAA 1C1BA 4BRMA 4FJNA 1N36K 4PWDA 3S3NA 4JD2A 3NDKA 4B1YB 3CFRA 5F1XA 1Q9XA 3IKMA 5AQYA 2QM1A 1C0FA 2WC9A 1ASWA 5KQ8A 2O8FA 4C8OA 1BOTO 4I7FA 3A2FA 3ATVA 4CF9A 3ULEA 1S9GA 1NJZA 1BA0A 4HVJA 1L3UA 5I3UA 4BGBA 4GVMA 1MWMA 4BRKA 5AQXA 2HMPA 4WFAL 1N33K 2VWBA 4HUGA 1JKHA 4LFAK 1ESVA 1VQNN 3O3FA 2P9PA 1KLNA 2HNYA 2G8WA 2FSKA 1YXQA 1YJNN 1HX1A 3NVMA 4JNEA 4XH4A 4AQYK 3VEYA 4E3SA 2ZGZA 3SAGA 1OH8A 4DV2K 4DTXA 3ENBA 3KLFA 4M63C 3ZEUB 3W3DA 3C94A 1N6QA 2FLOA 2QXFA 4RW4A 4A2BA 4RW7A 3OY9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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