1B9FA

Mobility of an hiv-1 integrase active site loop is correlated with catalytic activity
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
155
structure length
151
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFAIPYNPQSQAVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The mobility of an HIV-1 integrase active site loop is correlated with catalytic activity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (INTEGRASE)
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (clone 12)
total genus 55
structure length 151
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1b9fA00
4Y1DA 5JS2A 1QQCA 4FLWA 4DTPA 3V1OA 1T7PA 3K5NA 1ZBUA 4CJPA 3V81A 4PUOA 3PX0A 1LWCA 3KLEA 3DLBA 2D0BA 2Q3SA 5EU7A 3IAYA 4KTQA 4DTOA 4IKFA 4B3OA 4FJ9A 1Q8IA 3D0PA 1GOAA 2FC0A 3A2FA 1JKHA 4O44A 1XHZA 4Z4CA 4HUFA 1SV5A 2XY8A 3D45A 3ZT4A 1NK8A 3DRPA 3K2PA 1WAFA 5SWMA 3MXJA 4EZ6A 4OLBA 1LV5A 3DLKA 5CZ1A 3KLHA 1IG9A 4H4MA 5HP1A 1BHLA 4NYNA 4CF9A 1UWBA 4E7HA 1VK0A 5I3UA 4KHWA 4KI4A 3OY9A 4EP5A 4DSEA 4M3WA 2IAJA 1BL3A 4Y1CA 3OYIA 5J2QA 2PY5A 4Z4EA 4OJRA 1YTUA 2AJQA 1TL1A 4CJWA 4M3XA 1QTMA 2DY4A 1RT6A 4JS4A 4DTXA 1X9WA 1KFSA 3ZSXA 1S1XA 3L2WA 2QKKA 4E7JA 3IG1A 4FJGA 1B9FA 2HHSA 1B9DA 4G1QA 4CEOA 2HMIA 3AA4A 2YNFA 4DS4A 3TAQA 1WNSA 4ELTA 3OYBA 3OYJA 2D0AA 2RKIA 1UA0A 4H8KA 3HPGA 3K57A 4F3TA 1I39A 3HP9A 4C8NA 3LPTA 2RN2A 2PZSA 4CK2A 3PX4A 2HHWA 4CGDA 1BI4B 3DLEA 2YKMA 4ICLA 4W5OA 4AH9A 3QEPA 1YVUA 1SUQA 4KV8A 1EX4A 3AO2A 3QESA 1X9MA 1RILA 3RRGA 3VQPA 1EP4A 1RT4A 5HROA 4DSIA 4AHVA 4KHYA 4FLZA 2QXFA 3PUFA 3L2RA 4Z4IA 1JL2A 4Z4GA 3I0RA 4DQIA 4CEFA 3RTVA 3VQ6A 3JYTA 1S1UA 3L2QA 3HO1A 2HVHA 2KW4A 3OYCA 1VSEA 1WSFA 3V9XA 3KKSA 2W42A 1TKZA 4M3TA 4RW9A 2DFHA 3V9WA 1VRTA 3NE6A 1S1TA 4CERA 3CFPA 4AHCA 1RTDA 4DQQA 4NYFA 1KVCA 5K14A 4ID5A 3QEVA 4FLTA 1TAUA 1RT5A 4K8ZA 3M8RA 3FFIA 2HB5A 2JLEA 4CHNA 3SUNA 4DQRA 3NBPA 1EXQA 1NK4A 1XWLA 3UIQA 3QEIA 3RMAA 4DTRA 2DFFA 1IKVA 4W5QA 1CXUA 3O4NA 4MQ3A 3K58A 1TKDA 4CCHA 2HHTA 2KZMA 1ASVA 4AHRA 3ZSYA 3NGIA 3MEDA 4CECA 3WNHA 4KHNA 1VSLA 3O3FA 3V4IA 1XI1A 1TK0A 2WONA 1L5UA 4N76A 1ZBLA 3HPHA 1QS4A 1UOCA 4FW1A 3T1AA 3OYEA 3EZ5A 4B9VA 3S3NA 5KTQA 3SZ2A 3M8QA 1L3UA 4W5TA 5J2MA 3F73A 3HPOA 1D9DA 1TKXA 5KGWA 3MEGA 4CHZA 4M41A 1B92A 1Z26A 4RG8A 3NF7A 4KKOA 4KHQA 4F2RA 2YNGA 3OYLA 2D0CA 1KVAA 2WOMA 2HNYA 3VA3A 3SQ4A 2VG5A 3I8DA 4B9SA 1KVBA 3KD5E 4DF8A 1BQNA 1KCFA 5C42A 1XC9A 1UA1A 3KJVA 5J2PA 3EYZA 3G0ZA 3OS1A 3HT3A 1NK6A 2G8IA 4OKJA 4FVMA 3HYFA 4LD0A 1U48A 4DG1A 1Y97A 3OYFA 2RPIA 4RW4A 5HBMA 4FXDA 1S1WA 2O4GA 3V1RA 3SNNA 2O4IA 4I7FA 3ITHA 5KRSA 3AO3A 3NH2A 3OS0A 2HHVA 1KLNA 2KZZA 2YV0X 3V6DA 1DLOA 1S6QA 1D8YA 2ATQA 3IRXA 4BE1A 1S1VA 3ISNC 4LH5A 4AILC 4QAGA 1U49A 4M3RA 5FDLA 3DYAA 3OYNA 3DLHA 4DWIA 5KRTA 4NCBA 2DFEA 4DSFA 4CJLA 3SV4A 4J2AA 4CJUA 2B5JA 2ZE2A 5C25A 4B9MA 1S9GA 1JXEA 1HMVA 4O0JA 4FZXC 4IFYA 5CZ2A 1JLBA 1VSIA 3ASMA 4CHOA 5SZTA 3SV3A 3V9SA 3QERA 1NK0A 2OZMA 1FXXA 3C94A 1ZBFA 3B6PA 1K6YA 3LP3A 3TI0A 3L3VA 3S3MA 1HRHA 2Z1GA 3AVIA 1LWFA 2E6MA 2F8SA 3CYMA 1WAJA 4XIUA 4HCCA 2OPRA 1TK5A 4CJEA 4HHTA 4OKKA 4BDZA 3QO9A 5CYMA 1ASUA 1BISA 2X74A 3CM5A 4CJTA 3KLFA 4CFBA 3KK2A 3S3OA 4CHQA 4DSKA 5CY4A 1NJWA 1JLEA 2G8FA 4C8LA 1LW0A 3OYHA 3OYDA 3HJFA 1JLCA 1W9HA 3AV9A 3DRRA 3U3GA 4CJSA 3OS2A 2Y1IA 4E7LA 2JGUA 5DK5A 3QEXA 1BIZA 4B08A 2BGGA 1X1PA 2PYJA 1SKSA 1BGXT 3SPZA 1J53A 3PO4A 2VWKA 4ID1A 3TABA 2NUBA 3IS9A 4ELVA 1C6VA 4DQSA 3L3UA 3QETA 4FJJA 1IKXA 4M3UA 2XO7A 1WSIA 2YNIA 5HRRA 3O3GA 3KIOA 4M42A 4CEBA 4CHYA 4RW8A 3ZSVA 1R0AA 4N47A 3M8SA 1SL1A 4CJKA 1LAWA 1DTTA 2YHAA 1VSKA 4CFAA 4CHPA 4CEZA 4FYDA 3HP6A 1RTHA 3ZSQA 4E7KA 2B4JA 3QINA 4EZ9A 4NCAA 4KRFA 3DI6A 3SQ2A 1ITGA 4DSLA 3LWMA 3DLGA 1N6QA 1UAXA 3NF6A 3VQAA 4KHSA 3KD1E 3LANA 3I0SA 2EX3A 3OJUA 4CGIA 3SUPA 1HNIA 1ZYQA 1C0MA 4LSLA 2OPPA 1HJRA 3AVCA 1VSFA 1QSYA 1LAVA 4DU1A 4RW6A 2VG7A 1RBRA 1NKCA 1JLAA 1EETA 1QSLA 3RR7A 3LP2A 1D9FA 1REVA 2ITGA 4NCGA 4E1MA 1WSEA 3NF9A 1YT3A 2IDOA 2FBYA 4FJ5A 2BANA 4F2SA 4CK3A 3ZT0A 3SQ1A 3DOLA 2G8VA 4KTZA 2P51A 4FM0A 1F21A 4FLYA 4F4KA 2DTUA 3CFRA 2X6SA 3AVKA 1RDAA 3DOKA 4BDYA 3O3HA 4C8OA 2GUIA 4DTSA 2HNZA 4HTUA 4MFBA 4GMJB 2HHQA 3C6TA 3KLGA 2IGIA 3AVHA 1L3VA 4OPJA 2YNHA 3KK3A 2HW3A 1BIUA 3H08A 1VRUA 4PA1A 4WE1A 4BE2A 1C1CA 1DTQA 4I2PA 4M45A 2Z1JA 1VSDA 4ZHRA 4UQGA 3NAEA 4E1NA 3RMCA 3MAQA 1JL1A 1A5VA 1J9AA 3ZSZA 1A5XA 3ZSWA 4BE0A 3SI6A 3OJSA 5I42A 4FK0A 1HYVA 1MU2A 3AVLA 2OPQA 3WNEA 1RT2A 5E41A 3VQ4A 4HUEA 3U3YA 3PX6A 3AO1A 3DM2A 1RT7A 3KK1A 3PV8A 3NHGA 4JRQA 4FJKA 2XY6A 4KHUA 4FK2A 4LH4A 4C8KA 4DQPA 1C1BA 1RBVA 1W0HA 3TARA 3P1GA 3AVAA 4CF0A 2GV9A 3HM9A 1SKWA 4I9QA 4BWMA 3L8BA 4FLXA 4YFUA 2R7YA 3HVTA 1RBUA 4FJMA 2KTQA 1BQMA 1WSHA 3AO4A 2ZD1A 1T03A 1U47A 4LY7A 1N5YA 3O4QA 4CK1A 3LALA 4YNQA 4QOZB 4K8XA 3QIOA 4HUGA 1CXQA 1G15A 4F8RA 2XRIA 1CLQA 3DRSA 1TGOA 3V9UA 3HL8A 4CJRA 2XHBA 4CIFA 3VQ7A 1Q9XA 3AA3A 3RWUA 4O5BA 1NJYA 3M8PA 5D3GA 4DFMA 3NCIA 1NK5A 4CJ5A 2VG6A 1YTAA 3ZSRA 3S9HA 1RDDA 3QIPA 4CJFA 3K59A 3L2UA 3K5LA 1SL0A 4J2EA 5JS1A 1GOCA 3V9ZA 1RT3A 4O0IA 4FM1A 1NK9A 3KLIA 3QEWA 1WLJA 3HVRA 2G8WA 4JRPA 1NKBA 2P5GA 3SCXA 1EKEA 4IG0A 4OLAA 1KTQA 3AA2A 3QLHA 3WNGA 1GOBA 2OA8A 4CFDA 1C0TA 1RCHA 1XHXA 3DMJA 4GVMA 3RR8A 2Y1JA 2G8HA 4M3ZA 1S6PA 5C24A 4AHUA 3F9KA 4CESA 3DLRA 3TANA 4OPKA 1A5WA 2B6AA 1NJZA 3VQ5A 4CEEA 2LSNA 2E6LA 3ZT2A 1IH7A 2GBZA 1VSMA 2FBTA 4HVJA 3KKRA 4IDKA 1KRPA 2HVIA 4DTUA 2HHUA 1HQUA 4W5RA 1TL3A 4FZYA 1FKPA 2XY5A 3C6UA 4OKEA 2OZSA 3RMDA 3MXIA 3KTQA 1I3AA 1IKYA 1JLGA 3VQCA 4KPYA 1CZ9A 4CIGA 2Z1HA 2ZQBA 1T8EA 3VA0A 1SL2A 1IKWA 3C95A 4Q0BA 3OYGA 3K5OA 4FK4A 3SPYA 4KB1A 4FW2A 3OYKA 3SYZA 4KTWA 4BACA 3MXMA 4ELUA 2YKNA 1KLMA 1WSGA 4DFKA 1JLQA 1HQEA 1RDCA 4Q5VA 2BDPA 3NDKA 4CEQA 1RNHA 4JS5A 5HRNA 5J2NA 3THVA 4KAZA 1RBSA 1S5JA 3U6FA 3VN5A 4KB0A 1U04A 4CF8A 4CJVA 1HYSA 4L8RB 3RRHA 2P5OA 1RT1A 4FJLA 5HRSA 1JXBA 4O4GA 4DS5A 1QE1A 1U4BA 1SKRA 1QHTA 4I2QA 4E3SA 1TK8A 3NGZA 5KGXA 1WN7A 2F96A 3LAMA 3AVFA 4IFVA 4R5PA 3JSMA 3TAFA 4Z0UA 4ZTFA 1NK7A 4Z4FA 1J5OA 2QKBA 1HPZA 3LZIA 3VQQA 1NOYA 4KFBA 4KREA 1NOZA 4N5SA 4C8MA 4DTNA 2HNDA 4I9LA 4CGGA 3CM6A 1RTIA 2I5JA 3ZCMA 2X6NA 3B6OA 3VQEA 1TV6A 4E89A 5HRPA 4ZTJA 3ALYA 4LSNA 3WNFA 2BE2A 4CF1A 4B9NA 2QK9A 4BDPA 4B8AB 3PO5A 2HHXA 1L3SA 2IOCA 2G8KA 4FLUA 4CF2A 2XY7A 3HSTB 3QNNA 4DSJA 4N41A 4DU4A 4FJXA 1TAQA 3LDSA 3AVGA 4QCLA 1S9EA 2KQ2A 3ZSOA 3NH0A 4CGFA 4N56A 3LP1A 3TAGA 1Q9YA 4FJIA 5FRMA 3K5MA 2A1SA 4DFPA 4FJ7A 3G10A 5FRNA 4BWJA 2D5RA 4OGEA 5CYQA 3RMBA 4B9TA 4DF4A 4IG3A 3L2VA 3SUOA 1QSSA 4F3OA 4M3YA 3P83D 1ZBIA 2IS3A 4RW7A 3HK2A 3AVNA 3V1QA 2OYQA 1LWEA 2P1JA 3LAKA 1BCOA 2ETJA 3EY1A 2F8TA 4HCBA 4CE9A 1O1WA 3BGRA 1X9SA 2KFZA 3AVBA 4E19A 3CQ8A 1KSPA 2OPSA 3TAEA 4PQUA 2E4LA 4OVLA 1L3TA 4FJ8A 4FJNA 3NGYA 4CJ4A 1HYZA 1BI4A 1VSHA 3TWHA 2PYLA 4E7IA 4KO0A 3ZT1A 1Z25A 4CGHA 4AHSA 3TR8A 2VWJA 4DLEA 1ASWA 3NF8A 3P5JA 4JLHA 4FJHA 4PY5A 4Z4HA 4EP4A 4AHTA 3HXMA 4FCYA 5DMRA 4FLVA 3T3FA 4E0DA 3BDPA 1ZBHA 1J54A 2A1RA 3E01A 1TVRA 3CG7A 4B9UA 1D5AA 1JLFA 3MEEA 2RF2A 3LWLA 4DTJA 4FM2A 3ZT3A 4TSXA 1CZBA 4GW6A 2YHBA 4CEAA 5J1EA 3ULDA 4DTMA 3SQ0A 1NKEA 1TKTA 2IC3A 1NJXA 4B8CA 3OVNA 3SJJA 1U45A 3SUQA 4DU3A 1C1AA 5KI6A 2KFNA 4CIEA 3VQDA 3LZJA 1FKOA 2FBVA 4CJQA 1VSJA 3PY8A 4CEDA 4KI6A 1IO2A 3AVJA 4IBNA 2X78A 4O55A 3AO5A 3T19A 3NH1A 3VQ9A 3LP0A 2EHGA 3OYAA 4FZZA 3CFOA 3TAMA 1RBTA 3AVMA 3MECA 4H4OA 3TAPA 1BCMA 3OYMA 5HLFA 1FK9A 1T05A 4CGJA 4PWDA 1C0UA 4OGCA 1HNVA 4B9LA 1KFDA 1LW2A 4DMNA 1RTJA 1WSJA 4J2DA 3QNOA 4CFCA 2G8UA 3NFAA 4DLGA 4DFJA 4W5NA 2FBXA 2Z1IA 5FROA 4CJ3A 1RDBA 5T7BA 3AA5X 3VQ8A 4J2BA 3LPUA 3VQBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QQCA 1VQON 4DR3K 4JKCA 4PUOA 4YOXA 3DLBA 3I8BA 3THYA 3IAYA 1I94K 4B3OA 2FC0A 1SV5A 5SWMA 1WAFA 4OLBA 3D2FB 4BRPA 5CZ1A 3KLHA 4YOUA 4DR4K 2PBDA 3WQUA 2IAJA 4Y1CA 3OYIA 2PY5A 4Z4EA 4OJRA 1TUYA 2I7NA 3Q7CA 1S1XA 2QKKA 4H5WA 3O4WA 3SLCA 1B9FA 2HHSA 2O8DA 4IFEA 4ELTA 2O8FA 3OYJA 2RKIA 3PSIA 1JCEA 4F3TA 1I39A 4AM6A 3LPTA 2E1ZA 3PX4A 4CGDA 1BI4B 4W5OA 1DT9A 4ICLA 2V52B 3AO2A 4BRNA 1RT4A 4AHVA 4CD3A 3PUFA 4DR1K 4DQIA 4CEFA 3VQ6A 1W97L 1S1UA 3U9ZA 3OYCA 1VSEA 1YXQA 3V9XA 4PKHA 4O8KA 2D4WA 5M1NA 2QWQA 3CFPA 3UKRA 4AHCA 4DQQA 1KVCA 5K14A 3QEVA 4K8ZA 2HB5A 2JLEA 4CHNA 4DQRA 4BRCA 2I7PA 1SZ2A 4W5QA 4CBUA 1CXUA 4MQ3A 2HHTA 3UKUB 4CECA 4PL8A 1TK0A 2WONA 3EO3A 1L5UA 1ZBLA 2P9PB 1YIJN 3SAGA 3ATVA 4B9VA 4W5TA 2WFBA 5KGWA 3MEGA 4M41A 1HNZK 4IWVA 4KHQA 3OYLA 3BP8A 1C0FA 2WOMA 3SQ4A 1IG8A 5AQZA 4B9SA 4DF8A 1BQNA 3VF2A 1ZXOA 3G0ZA 3OS1A 4XH1A 4CBWA 1U48A 4X64K 2RPIA 4GNIA 2YX6A 4DV6K 3SNNA 2P9KA 5CHIA 1KLNA 1NM1A 3V6DA 4LFBK 2ATQA 1S1VA 4LH5A 4AILC 1U49A 5FDLA 4DWIA 1XMQK 3FZMA 4O8UA 4J2AA 4CJUA 2QTDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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