1B9FA

Mobility of an hiv-1 integrase active site loop is correlated with catalytic activity
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
155
structure length
151
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFAIPYNPQSQAVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The mobility of an HIV-1 integrase active site loop is correlated with catalytic activity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (INTEGRASE)
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (clone 12)
total genus 55
structure length 151
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1b9fA00
4Z4CA 2IAJA 2OPRA 3WNGA 3LDSA 1Y97A 1IKXA 3SV4A 1BL3A 2PYJA 4F2RA 2OPPA 1DTQA 1MU2A 2HHTA 3AO2A 4CHZA 1WLJA 4F8RA 2Z1HA 3VQCA 4CJSA 3S3MA 1WSHA 1GOBA 3V1QA 1L3SA 1D9FA 1RT5A 2ZQBA 1VRTA 3NAEA 4JS4A 1QSLA 4DTSA 4HUEA 3VA3A 2B6AA 1LV5A 3AO3A 3P83D 1YT3A 2XY5A 1T8EA 1HYZA 1X1PA 1IH7A 4CF1A 1QHTA 4FW1A 1BCMA 3C6UA 2PZSA 2VG5A 3V1RA 3SCXA 3OY9A 1UWBA 1S1WA 3B6PA 3QETA 1NOYA 4FJNA 1JKHA 1ASWA 4I9LA 2W42A 3ZSXA 1NKBA 4FZYA 3OJSA 1NK5A 4OKJA 3WNFA 4N76A 3V9SA 3AA5X 3V9ZA 1CXUA 5KRSA 1NK8A 3TAPA 4CJLA 2RPIA 4E1MA 2KZMA 4HUFA 1D8YA 3LALA 1IKYA 3TARA 4RW6A 1JLBA 3T19A 2Y1IA 3VQBA 1Q9XA 1Q8IA 2WOMA 1EXQA 3C94A 1UOCA 2E6MA 1JL2A 3ASMA 2VWKA 3LPUA 4GW6A 3VQ6A 4CE9A 3OYFA 3NDKA 4KV8A 4DF4A 4ZTFA 4DQIA 4J2DA 4FM1A 1LWCA 1KFSA 3QEXA 4ZTJA 3MEDA 4FLWA 4KHNA 5T7BA 4DLEA 2EHGA 1TKDA 3O3HA 1BQNA 2BGGA 3SJJA 2B4JA 4OJRA 3TANA 3SV3A 3K57A 2HNZA 1BI4B 2HB5A 4BACA 4K8XA 1VSDA 3IAYA 4FJ8A 1X9SA 1TKZA 2HW3A 1ASUA 2FBTA 3HT3A 3TI0A 5KRTA 3NBPA 2NUBA 2D0AA 2GUIA 3QO9A 2F96A 4AHSA 1S5JA 1W0HA 1IKVA 3K5NA 3SQ4A 5J2QA 1C1BA 3AV9A 1NJXA 4B9SA 3MXMA 4DFJA 4KB1A 4E1NA 3KLFA 1ZBFA 3DYAA 5HBMA 5KGWA 3ZSOA 4AHCA 4KHWA 4CEZA 3SI6A 2OPSA 3MEEA 4KI6A 4E19A 4DSFA 2FBYA 3HPGA 2PYLA 4ICLA 4E3SA 1C0UA 1VSJA 3AVBA 3QIPA 3L2UA 5J2MA 2X78A 3ZT0A 3PY8A 1JXBA 3AVJA 4Z4EA 2AJQA 3HYFA 1SUQA 2IDOA 3VQ4A 4M3RA 4DFPA 1WSFA 3O4QA 1RDBA 4DTMA 3KLIA 3DMJA 4OPKA 4CEDA 3KLGA 1CXQA 3TABA 3OYHA 4FJLA 1FKOA 1K6YA 2WONA 1W9HA 3DI6A 4O55A 4NCAA 3NGIA 3RR7A 3NFAA 4FM0A 4KTQA 3AVLA 4NCBA 2IC3A 4CF9A 3U6FA 1TK5A 4CCHA 1TKXA 4O44A 3SQ0A 3DOKA 3L8BA 3RMAA 2P51A 2BANA 1WN7A 2HHXA 2DFFA 1LWEA 1SV5A 4AHTA 3TAEA 3JSMA 1J5OA 4DU4A 4KAZA 1ZBIA 4FLVA 2P1JA 2HVHA 4DQPA 3LP2A 3NH1A 1WAJA 4EP5A 2YKNA 4FJXA 4DMNA 2ETJA 1JLFA 4KPYA 3U3GA 2I5JA 1IKWA 3OYAA 3NGYA 1RBSA 2ZD1A 3AVFA 4EZ9A 3K59A 1WNSA 2RN2A 2A1RA 2OPQA 4MQ3A 2KW4A 5JS2A 4Z4FA 1WAFA 4O5BA 4CK2A 1U45A 4KFBA 4B9VA 4BE1A 3CM5A 3MXIA 1RT4A 3VQQA 4DG1A 3QERA 3QEWA 4E0DA 3D0PA 3HO1A 4TSXA 4DS4A 2DTUA 1VSKA 1SKRA 4DSLA 1FXXA 3NH2A 2D0CA 1IO2A 4N41A 3HVRA 5SWMA 1HJRA 2F8TA 3ZSZA 3VQ5A 3LWMA 4CEAA 4CJWA 1EETA 1HPZA 1LW0A 1REVA 4W5OA 3MAQA 4W5RA 4ELVA 3CFOA 3NE6A 4M42A 1G15A 3CG7A 3OVNA 4I9QA 3AVCA 3WNEA 1RNHA 4DTRA 2KTQA 3MEGA 5CY4A 3K5MA 2Y1JA 3A2FA 3NF8A 4B9UA 3SUOA 1I3AA 4DTOA 3CQ8A 3QEIA 2RKIA 4M45A 4CGFA 1TVRA 4C8NA 4B9NA 4B9MA 4LSLA 1KSPA 3RR8A 4Z4IA 4O4GA 1O1WA 5DK5A 3PV8A 3RMDA 3LAKA 4IFVA 4C8LA 1BQMA 1HNIA 3HM9A 4W5NA 3AVMA 5KI6A 4CHYA 2KZZA 1VSIA 3VQEA 4CF0A 1NOZA 3ZSRA 4B9LA 2KFZA 4CGGA 1TK8A 2HNDA 3H08A 4AHVA 2VWJA 3TAFA 4PUOA 3KK3A 3V4IA 1C1CA 3QINA 4OPJA 3OYEA 3QLHA 1D5AA 2YHBA 3PX0A 4CFAA 3RRGA 5HRPA 4W5QA 1JLAA 3HVTA 3M8SA 4BDYA 3SZ2A 1T05A 5J2NA 5C42A 4FXDA 2RF2A 2G8WA 4FJJA 3NF6A 4OVLA 5HRRA 1ZBHA 3ZSWA 1NJWA 1DTTA 1NK9A 4Z4GA 3HXMA 1RCHA 3NF7A 2A1SA 1S1XA 4CGIA 1C0MA 4CGDA 1N6QA 1KLNA 3V9WA 2YNIA 1FKPA 2XY7A 2BDPA 1JLCA 1LAVA 1R0AA 3KKSA 1U47A 5DMRA 4NYNA 3QNNA 1N5YA 4KTWA 1HQEA 1QE1A 4N47A 4OLAA 3PUFA 2FBXA 5C24A 3FFIA 3LAMA 3QIOA 1VRUA 3TR8A 3V9XA 3IG1A 3RTVA 1S6PA 3LP0A 3CYMA 3ZT4A 4H4OA 1RILA 1S9GA 4DTUA 3V6DA 4Q5VA 3L2QA 3LWLA 2PY5A 1A5WA 4FZZA 4CFCA 1KVCA 3OS0A 4DU1A 1U49A 4PWDA 1T7PA 3P5JA 4E89A 3B6OA 3G10A 3KTQA 4CECA 4CFDA 3L2WA 3O4NA 4FK0A 3VQPA 4FW2A 2QXFA 4M3ZA 3K5OA 4IG3A 4I2PA 4Y1DA 4DFMA 1RDAA 4FK2A 4CGJA 4EP4A 1RBVA 2YNGA 4XIUA 4KHSA 4FVMA 3VN5A 4LH5A 3NCIA 5C25A 4CK3A 1XI1A 3PX4A 5FRNA 1JLEA 4CJTA 3OYDA 4KTZA 2XO7A 4JS5A 4B9TA 2OZMA 4KHUA 2GV9A 1JL1A 2YNHA 4E7LA 2ITGA 1BISA 3WNHA 3HPHA 4FLTA 1NK7A 4DWIA 2ZE2A 3VQAA 2YV0X 3E01A 1KVBA 4RG8A 4RW9A 5SZTA 4NYFA 4CIEA 1RDCA 2XY8A 3QEVA 1KLMA 3S3NA 3AVGA 1WSJA 1KTQA 4K8ZA 3DLHA 5CYQA 2R7YA 4CJRA 1XC9A 4HCCA 4J2BA 4DQQA 4ZHRA 4CERA 4LSNA 4DTXA 3OYNA 4L8RB 3K58A 2DY4A 3AA2A 4CGHA 3JYTA 1C1AA 1BHLA 2LSNA 5FDLA 1SL1A 3LP3A 3DLBA 4PY5A 1L3UA 1X9MA 1XHXA 5D3GA 2JGUA 3AVNA 3OYGA 2HHVA 1TGOA 4CEFA 4CEBA 1U4BA 4FJMA 5KGXA 2KFNA 3I8DA 4O0JA 4FJ7A 3HJFA 4Z4HA 2O4GA 3OYBA 1TAUA 4HTUA 4BE2A 4M3TA 3EY1A 2QKKA 1EX4A 3DLGA 3V9UA 4KB0A 4KHYA 1LWFA 1LAWA 3ZT1A 3V81A 4DQRA 4DSEA 3AO1A 3LZJA 2VG7A 4DFKA 1QS4A 1TV6A 4KRFA 3SUQA 5HRSA 4E7IA 3PO4A 2G8KA 4DS5A 2D0BA 2HHSA 5K14A 3K2PA 4ID1A 2F8SA 2X74A 3OYJA 1B9FA 3I0RA 4QOZB 3S9HA 2HNYA 2B5JA 3MECA 4IDKA 5E41A 4EZ6A 1HRHA 3OS2A 4HUGA 1RTHA 1VSFA 3SUNA 3IS9A 4LY7A 4M3WA 3TAQA 3DRSA 1RT2A 4CJVA 3O3FA 4DSIA 5EU7A 4LH4A 3EYZA 4F2SA 1BGXT 1NK6A 4ELTA 4CEEA 3THVA 1RBTA 4CJQA 3O3GA 1UAXA 4HHTA 3AA3A 3P1GA 3ZSQA 3PX6A 4DTNA 1YTAA 3AVHA 1NJYA 1NKCA 4J2EA 4CF8A 1RTIA 3L2VA 3L3UA 4OLBA 2Q3SA 1C6VA 1WSIA 4Z0UA 1BI4A 1EP4A 2KQ2A 3BGRA 5FROA 4KKOA 4B8AB 4FCYA 1HYSA 4OGCA 3OYIA 3ZSVA 2EX3A 3VQDA 4FJGA 1SKWA 2BE2A 3EZ5A 3HP9A 3TAMA 3NHGA 5HP1A 3SNNA 1QSYA 4B3OA 2HHQA 3T1AA 1Q9YA 4C8OA 2OYQA 4MFBA 3ISNC 4M41A 4CIGA 3SPZA 1KFDA 2Z1GA 4DU3A 4CFBA 1L5UA 5HLFA 1WSGA 3L3VA 3M8PA 4H4MA 1CZBA 4FJ5A 3LANA 1HNVA 4FJ9A 1S1VA 4CJUA 3CFRA 3SUPA 1YTUA 5JS1A 1QQCA 2HHWA 4W5TA 3AA4A 1RBUA 4AHUA 3HSTB 3VQ7A 4NCGA 3HL8A 3I0SA 1CLQA 1HYVA 2QKBA 3AO4A 3DLRA 3RMCA 1C0TA 4I7FA 4FLYA 4G1QA 3G0ZA 4GMJB 4CJKA 1B9DA 3AO5A 2E6LA 1TAQA 4FLXA 3KIOA 1S9EA 3KK1A 3TAGA 1BIUA 1NJZA 1JXEA 1RT6A 2Z1IA 1X9WA 2G8VA 2XY6A 1J54A 3M8QA 3SYZA 1TL1A 3OYMA 3DLKA 4JRPA 3M8RA 4BDZA 4M3YA 1RDDA 2HMIA 4FK4A 3KK2A 4DTJA 3LPTA 4CHNA 4PA1A 4CJEA 3ZSYA 1F21A 4ID5A 4CHPA 4DTPA 1D9DA 2YKMA 4ELUA 1A5VA 3AVKA 2XRIA 4JRQA 1VSHA 3VQ9A 1RT3A 1S1UA 3OS1A 3KJVA 4Y1CA 3OYCA 4C8KA 3AVAA 1SL0A 3TWHA 1JLQA 4BWJA 4CJ5A 4M3XA 1ITGA 2G8HA 2OZSA 3CFPA 1ZYQA 4F3TA 4E7HA 2ATQA 4OGEA 4FJHA 3K5LA 4DSKA 4FLUA 3QNOA 1S1TA 4KHQA 2E4LA 3BDPA 1YVUA 2YHAA 1NK0A 5J1EA 4YFUA 2IGIA 3ITHA 3C6TA 4KO0A 4E7JA 3F9KA 3MXJA 4QAGA 1XWLA 3T3FA 4J2AA 1TKTA 1GOAA 3HK2A 4CJ4A 5FRMA 1VK0A 3OYKA 2Z1JA 1UA0A 2VG6A 1BIZA 1XHZA 1S6QA 4DSJA 4QCLA 3OYLA 2DFHA 3ULDA 3S3OA 1IG9A 3HP6A 3UIQA 4IKFA 2P5GA 2HVIA 3DM2A 1KRPA 3ZCMA 4CIFA 3NH0A 4FZXC 1JLGA 1BCOA 2GBZA 4KI4A 3SPYA 3HPOA 5CZ1A 2X6SA 3VA0A 4OKKA 1RTDA 4CJFA 5J2PA 1LW2A 5I42A 3DLEA 4FM2A 1U48A 3LP1A 1J53A 3RMBA 4CHOA 3AVIA 3L2RA 1TK0A 3DRRA 4CJ3A 1T03A 2X6NA 4JLHA 1A5XA 3F73A 1SL2A 4RW7A 4B8CA 1HQUA 1EKEA 4CF2A 4F4KA 3V1OA 1HMVA 1Z26A 1ZBUA 4N56A 3LZIA 4UQGA 4HCBA 1DLOA 4GVMA 1QSSA 4E7KA 1RTJA 4CJPA 4R5PA 4RW8A 1RT1A 1KVAA 1J9AA 3PO5A 4AH9A 4AHRA 3C95A 3D45A 2XHBA 3QESA 2O4IA 4Q0BA 1SKSA 4FYDA 1WSEA 2G8FA 4FLZA 1L3TA 1VSMA 4BDPA 1TL3A 3U3YA 1NKEA 4F3OA 4FJIA 2D5RA 5CZ2A 3SQ2A 1L3VA 1GOCA 1RT7A 4LD0A 4O0IA 3RRHA 1VSLA 1KCFA 1U04A 5I3UA 4CHQA 4DF8A 4CESA 2FC0A 3KLEA 1ZBLA 1Z25A 4IBNA 3ALYA 4CEOA 2JLEA 1QTMA 3CM6A 4FJKA 3KD5E 4IG0A 5KTQA 1NK4A 2HHUA 5HROA 2IS3A 4CEQA 3SQ1A 3NF9A 4BWMA 1UA1A 3DRPA 4DQSA 3ZT2A 4PQUA 3OJUA 3KLHA 4WE1A 2OA8A 3DOLA 4N5SA 1B92A 4C8MA 3KD1E 3NGZA 1RBRA 1CZ9A 4BE0A 4M3UA 1ASVA 4RW4A 2IOCA 2QK9A 4KREA 5HRNA 4IFYA 3IRXA 2G8IA 1VSEA 2P5OA 3KKRA 1I39A 2FBVA 4H8KA 4CK1A 4HVJA 4AILC 2YNFA 3QEPA 3VQ8A 2G8UA 4DLGA 3RWUA 4YNQA 1FK9A 3ZT3A 4B08A 4I2QA 4OKEA 5CYMA 2DFEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4F2RA 3VOVA 1DTQA 2Z1HA 3VQCA 3S3MA 5FPEA 1GLEG 1GOBA 3VEXA 1D9FA 5AQQA 2B6AA 1LV5A 1YT3A 2XY5A 3CF5L 1IH7A 3TSPA 4CVNE 4WFBL 3SCXA 3V1RA 3B6PA 2VGNA 1IJJA 4OPAA 4JD2B 4N76A 4JHDA 1NM1A 3AA5X 4RCHA 3V9SA 1NK8A 1VQNN 1S3XA 2RPIA 3D6RA 4CBWA 3T19A 1NLVA 3EY1A 3VQ6A 3OYFA 3NDKA 3VF4A 2HMPA 1LWCA 4FM1A 3NMUA 1J5EK 4FLWA 5LMUK 4KHNA 5BN8A 4FWLA 3WQTA 4FJ8A 2V7YA 3LDNA 4I6MB 5KRTA 4AHSA 1W0HA 4FPBA 4BQZA 4IFEA 3K5NA 1NJXA 3MXMA 1SZ2A 3KLFA 1KAZA 2OPSA 3LM2A 1C0UA 3QIPA 4JKCA 3ZT0A 3AVJA 2AJQA 5BPLA 3MWTA 4DTMA 3KLIA 3P39A 4FO0A 3SLCA 5AQJA 1CXQA 3TTFA 3OTOK 1W9HA 2UUBK 3NFAA 4FM0A 2O8FB 4NCBA 1X3MA 3U6FA 2YHWA 3H3OB 3MDQA 4GY2B 3RMAA 2P51A 2Q31A 3WEEA 1SV5A 5AQPA 3JSMA 4JI6K 4DU4A 3BEXA 4B1VA 2P1JA 3EEQA 3CCRN 4DMNA 4KPYA 3O1BA 3U3GA 1IKWA 3BZKA 3OYAA 2P9NB 3NGYA 4EZ9A 2A1RA 3AAPA 1U45A 4KFBA 5AR0A 3QEWA 3VQQA 3FZMA 3D0PA 1SKRA 1JCGA 3O4WA 5AQLA 3NH2A 3VTHA 3R9PA 4CEAA 1RGIA 4ELVA 1XNQK 3CFOA 3U9DA 3CG7A 3WNEA 4DTRA 3MK6A 2KTQA 1HPMA 4B9UA 2D0OA 3L4QA 3CCSN 4O4GA 5DK5A 4IFVA 1BQMA 1HNIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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