1BHLA

Cacodylated catalytic domain of hiv-1 integrase
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
151
structure length
133
Chain Sequence
SPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Dna integration
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Crystal structures of the catalytic domain of HIV-1 integrase free and complexed with its metal cofactor: high level of similarity of the active site with other viral integrases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 INTEGRASE
total genus 43
structure length 133
sequence length 151
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-06-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1bhlA00
1JXBA 2WONA 3SUOA 3ISNC 4FJLA 4KHQA 1B9FA 1RT5A 3OYAA 1NK0A 1L3UA 4KPYA 5J1EA 4CEDA 5DK5A 3OYIA 4LSLA 4CIEA 3V6DA 2YV0X 4CERA 3V9SA 3M8SA 1BQMA 1TL3A 2JGUA 3BGRA 1YTAA 3K2PA 2F96A 3AVGA 4LH5A 3OVNA 2XY6A 3AA5X 3ZSRA 4AILC 3S3NA 3QNOA 1VSDA 1TKXA 1BGXT 4E7LA 1NOYA 2ZE2A 4IG0A 2DFEA 5KRTA 4BWJA 3PY8A 4KO0A 3IS9A 1TL1A 3AVMA 3P1GA 1I3AA 4B9MA 4OKEA 4E7JA 2QK9A 4F8RA 1LWFA 1UOCA 4CJUA 4CJ3A 3QEWA 2F8TA 1ASVA 4DTJA 1HJRA 1ZBUA 4CJSA 4Q0BA 3L2UA 2HB5A 1KVCA 5JS2A 4E19A 1WLJA 3B6OA 1Q8IA 3NHGA 3LALA 2G8UA 2OPSA 1XHZA 2YHAA 1T7PA 3AO3A 1XHXA 3VQCA 3OS1A 2PYLA 5SZTA 2RF2A 4J2EA 3TAGA 1VSLA 4CGHA 1BI4A 1JLFA 4IDKA 1ITGA 3CFRA 2IOCA 5EU7A 3LAMA 4CJEA 3VA0A 3O4QA 4DFKA 4TSXA 3LDSA 4KB0A 1NK5A 4AHCA 4KFBA 1X9SA 1LV5A 2XY7A 3MAQA 4F4KA 4KB1A 4ICLA 4NYFA 3ZSZA 4M3TA 3KLFA 1A5XA 3OS0A 2ZD1A 1RDDA 4GVMA 1B9DA 3K5MA 1NKEA 2DY4A 4B8CA 2VWKA 1RT4A 4NCAA 3K5NA 4PY5A 3LWLA 1WNSA 5HROA 4LSNA 4R5PA 3K5LA 1U49A 4GW6A 4OGEA 2X6SA 4IFVA 4FZYA 3ZSWA 4DTSA 3DM2A 1KFSA 1JLAA 1JL1A 3SV4A 2VWJA 5C25A 4DF4A 4FJMA 3V1QA 2E6MA 4E89A 4FM2A 3DRPA 3OYMA 3AV9A 4DSEA 1NKBA 2KZMA 3OYJA 1JXEA 1KSPA 4HTUA 3LANA 4RW6A 3ZSOA 3HT3A 1QHTA 4I2QA 1TK8A 5I42A 2Q3SA 3OYLA 4DTPA 1L5UA 4DU3A 1SL1A 1VSMA 5J2PA 4NYNA 1LW2A 3VQ4A 4OGCA 4CFAA 1BISA 3MECA 5FDLA 4H4OA 3L2QA 1S1TA 4DQSA 3O3GA 5D3GA 4CK3A 5HRNA 3IRXA 2YNFA 4BE2A 5JS1A 1WSFA 3OYFA 2RKIA 3S3OA 3DLRA 3LP2A 4EP4A 4CHNA 2YNHA 2YHBA 1UA1A 1ZBLA 4N76A 4QOZB 3ZT1A 3SPZA 3RRGA 2NUBA 4FLVA 1J53A 4DF8A 4EZ6A 1WSIA 2HVHA 1RBUA 2OYQA 1T03A 3CFOA 3SI6A 4PQUA 3AVJA 1GOCA 1ASUA 4FJ5A 3EZ5A 2B6AA 3DLBA 4BACA 2DFHA 1NK4A 4DS4A 1NJZA 2Y1JA 4O0JA 4CJVA 4I9QA 1BHLA 4FLUA 4CGDA 4FJHA 3NCIA 2HMIA 4W5QA 3HPHA 1IO2A 3AA4A 1NK7A 4ZHRA 1RTHA 4Z4EA 1ZBHA 3AVLA 1JLQA 1W0HA 3H08A 4M3RA 5KGXA 3OYCA 2PY5A 3LAKA 4CIGA 1BCOA 2XY8A 3K57A 3UIQA 2HHVA 4FJ7A 3C6UA 1VSKA 4CFCA 1TAQA 4ID5A 1IH7A 1NK8A 3V1OA 4AH9A 3U6FA 4O55A 4Y1CA 4FM1A 2G8IA 2G8KA 4RW4A 3CYMA 2B5JA 4N5SA 3QEVA 1X1PA 2FBYA 4DS5A 4CF8A 3SCXA 2HHUA 2IDOA 2HHWA 2X74A 3CM6A 3VQBA 3WNFA 4CJLA 4CIFA 1RT1A 3SQ2A 1XWLA 3V1RA 1QSSA 2Z1JA 2X6NA 3O3FA 3SUNA 3KD1E 3EY1A 4Y1DA 3SZ2A 4HCCA 4FJGA 4W5NA 3CM5A 4DTOA 4EZ9A 1S9GA 4BDZA 1J5OA 2FC0A 4FK4A 2FBVA 4CEAA 3NF7A 2G8FA 4FJ8A 4DQIA 4ZTFA 2E6LA 1RDCA 1O1WA 2P51A 5SWMA 4C8LA 1C1AA 4DTUA 1BI4B 2R7YA 1DTTA 4CF1A 4DSJA 3DMJA 3A2FA 1I39A 3PUFA 4N47A 2VG6A 4CHPA 5I3UA 2P5GA 5KTQA 2KQ2A 1EKEA 4KTWA 4WE1A 3OYDA 1VSFA 2WOMA 1QQCA 3D0PA 3LZJA 4JS4A 4ZTJA 4B9TA 3KTQA 4Q5VA 2HVIA 4K8XA 3MXJA 4LY7A 4FLTA 3RMBA 2JLEA 3HK2A 3LPUA 3SQ4A 4FCYA 3PX6A 1TKTA 3V9UA 3KKSA 3HPOA 4KHYA 4HVJA 1WN7A 4M3WA 1RTJA 1VSEA 4FJXA 4F2RA 3U3GA 1IKVA 2P1JA 4DSIA 2GV9A 5KRSA 4Z4IA 1S9EA 3T19A 2GBZA 4BE1A 1NK9A 2O4GA 5HRRA 1RBVA 3NDKA 1EXQA 4CHOA 2KFZA 1QS4A 3DOLA 4IBNA 4DSFA 4XIUA 4FZZA 4KREA 4N56A 3AVKA 1K6YA 1VSIA 4DU1A 3TR8A 4DQPA 3JSMA 4E1NA 4J2DA 2OPRA 2OPQA 1SKWA 1S1XA 3PO4A 3HSTB 1KLMA 1L3SA 4CHZA 3TAPA 4BE0A 3AO5A 4UQGA 2LSNA 4ELVA 3P5JA 4KKOA 4FK2A 3HP6A 5HBMA 4CEEA 1D8YA 2BE2A 4CK1A 3SQ1A 4IG3A 1LAWA 4E3SA 4DSLA 1TK5A 1CXQA 2KW4A 3LWMA 3ZT0A 3HVRA 4LH4A 3S3MA 2HNZA 4HUFA 1IG9A 4Z4HA 1S1VA 2EHGA 1CXUA 1QTMA 5DMRA 2OZSA 1NKCA 1RBSA 3EYZA 4FW1A 3SJJA 1RCHA 3OYEA 3SV3A 4DFMA 1VRUA 1ZBFA 3OYKA 4W5RA 1MU2A 2X78A 2XRIA 3RMCA 1A5VA 1FKOA 1RBRA 1YVUA 3ULDA 1HRHA 1U45A 3F9KA 1WSEA 2HNYA 4CF0A 4BDPA 3T1AA 1KFDA 2RN2A 4CEQA 1TKDA 2XY5A 4AHUA 4KI6A 2Z1IA 3QESA 3MXMA 4DFJA 4J2AA 4Z4CA 4E0DA 4AHVA 3F73A 4PUOA 1HNVA 1A5WA 2KTQA 4K8ZA 4KV8A 2IAJA 5J2QA 3L3UA 1BL3A 2QKKA 4B9NA 1VRTA 3SUPA 2VG5A 3M8QA 1WSJA 2YNIA 3P83D 3L2VA 3NGIA 2FBXA 3CG7A 3M8RA 1L3VA 4GMJB 4DU4A 1NK6A 1SKRA 1HMVA 1QSLA 2O4IA 4CECA 1JLGA 2G8WA 1IKXA 1IKWA 3HPGA 3L2RA 5KI6A 4CFDA 2KZZA 1UAXA 3AO4A 3L8BA 1Q9XA 1Z25A 3D45A 3ZSYA 3PV8A 1RT6A 3V81A 1EETA 2G8HA 1LW0A 1S1UA 3TWHA 3HO1A 4I7FA 3VQ9A 4E7IA 1X9MA 4IKFA 4C8KA 1L3TA 3SUQA 1KLNA 3VQ6A 3TI0A 1U4BA 3ZCMA 2KFNA 2VG7A 1RDAA 5FRMA 5T7BA 4DFPA 4AHSA 4CEBA 3HL8A 4B9LA 3DI6A 3KIOA 4CEOA 3AVAA 1EP4A 1SUQA 1TVRA 4OLAA 1SL2A 4OKKA 3KK2A 3LP0A 3OJUA 2ZQBA 4CESA 4OPKA 2PYJA 3KLGA 3TAFA 2ITGA 4FJ9A 3NH1A 2ATQA 3HM9A 1RTDA 3TAMA 4Z4FA 3THVA 1G15A 5HLFA 1HPZA 5J2MA 1SV5A 1HNIA 1LAVA 1VSJA 3ALYA 3KKRA 4FVMA 1NJXA 1BCMA 5HRSA 3TABA 3HVTA 3QO9A 1C1BA 4CJ5A 4AHRA 4B9VA 4KHUA 4CJTA 3HJFA 1J9AA 3ASMA 3O4NA 4CJRA 3OY9A 4OKJA 2XO7A 4FK0A 4FLYA 3NAEA 4N41A 4KRFA 2IGIA 2Y1IA 3NH0A 3CQ8A 1D9FA 5FROA 3LPTA 4RW7A 4CF9A 2HHXA 4B8AB 4C8NA 3ZT4A 1KVAA 1KRPA 1TAUA 1RT2A 2XHBA 2OZMA 1TKZA 4FZXC 1T05A 2E4LA 1FKPA 4CEFA 3RMDA 3NF6A 4M3YA 4FLZA 3DLKA 3DLGA 5FRNA 2BDPA 3KD5E 1CZ9A 3ZSVA 4EP5A 4M3XA 4O44A 3QEXA 1CLQA 4JLHA 3LP1A 3VQ7A 4FLXA 1S6PA 2YNGA 5KGWA 4KTQA 1RNHA 1TV6A 3NBPA 2DTUA 3SPYA 4RG8A 4OVLA 3FFIA 4QAGA 3AVHA 3IG1A 3E01A 4CGJA 1C6VA 4CJWA 3AVBA 4CHYA 1W9HA 3PO5A 5C24A 3NGYA 4ELUA 4H8KA 2B4JA 1CZBA 4O0IA 2QXFA 1S5JA 3K59A 3AVIA 1JLBA 1KTQA 3CFPA 1U47A 4BWMA 2HHTA 1U48A 3AVFA 4DTRA 1X9WA 1NJWA 3RTVA 3DOKA 1QE1A 1N6QA 3SYZA 4CGIA 1WAFA 3K5OA 4M3ZA 3OYGA 4KTZA 4M45A 4HCBA 1Q9YA 1HYSA 5CZ2A 3C95A 1WSHA 1REVA 3V9WA 3QIPA 1D5AA 2AJQA 2D0CA 4OPJA 3C94A 4I9LA 4HHTA 2Z1HA 2A1SA 3L3VA 3NGZA 4M42A 4YFUA 2HHSA 4O4GA 3OJSA 3QEPA 3B6PA 4YNQA 4FJIA 3OYNA 5CYQA 5CYMA 1BQNA 5CZ1A 3DLEA 1KCFA 3RMAA 1DLOA 3C6TA 4CEZA 1RILA 4ID1A 2P5OA 3NF9A 1UWBA 5CY4A 2YKMA 4CGGA 2GUIA 2W42A 1F21A 3PX4A 3AO2A 1NJYA 4MQ3A 1WAJA 4OJRA 3RR8A 2OA8A 4Z0UA 4PA1A 4F2SA 1D9DA 4AHTA 4M41A 1VK0A 4CK2A 3KK3A 3S9HA 4CJFA 1JLEA 4DMNA 3TARA 2OPPA 1C0TA 3MXIA 2DFFA 4CFBA 2RPIA 2QKBA 1C0UA 4F3OA 2G8VA 4HUEA 1YTUA 4FLWA 3VQPA 2BGGA 4FJNA 4RW8A 4KHSA 3WNEA 1ZBIA 1JKHA 1GOAA 4L8RB 4NCBA 4M3UA 4E1MA 4CJ4A 3NH2A 4RW9A 1QSYA 4DLEA 3OYBA 1XC9A 1BIZA 1RBTA 2FBTA 3G0ZA 3SQ0A 4FJJA 1FXXA 1HYVA 4JS5A 3V9XA 2I5JA 1RTIA 1KVBA 2BANA 3DYAA 2HW3A 3M8PA 3NFAA 4F3TA 1GOBA 3HP9A 1EX4A 3RR7A 4E7KA 3I0SA 3KJVA 3MEDA 1Y97A 3HYFA 4MFBA 3RWUA 4KI4A 2PZSA 1N5YA 3QIOA 2YKNA 3QEIA 1TGOA 4NCGA 4HUGA 1RT7A 4OLBA 4G1QA 2D0BA 1S6QA 3QLHA 3KLHA 4DWIA 5HP1A 3NF8A 3VQDA 3KK1A 1XI1A 3AVCA 4CCHA 1ASWA 3DLHA 3TAQA 4FYDA 3PX0A 2HNDA 4J2BA 1C1CA 3VQ5A 2ETJA 3VQQA 2A1RA 1HYZA 3ZSQA 4DG1A 3HXMA 4FM0A 1LWCA 4B9SA 4FJKA 3I8DA 4DTNA 4CGFA 3AVNA 5J2NA 2F8SA 1B92A 1TK0A 3G10A 3WNGA 2IS3A 3I0RA 4IFYA 1WSGA 3DRSA 5K14A 4B08A 4DSKA 4W5OA 1SKSA 1BIUA 4C8OA 1HQEA 1DTQA 4Z4GA 4O5BA 4LD0A 4JRQA 4E7HA 1UA0A 4DQQA 3SNNA 3AO1A 5C42A 3JYTA 4KAZA 1SL0A 2D0AA 1LWEA 3ZT3A 4B9UA 4FXDA 1FK9A 3ITHA 1Z26A 3AA2A 4CJQA 3TANA 3IAYA 3LP3A 3BDPA 3VQAA 3ZSXA 1ZYQA 3MEEA 3DRRA 3KLEA 4DLGA 4DQRA 3QETA 3QNNA 1T8EA 4H4MA 4ELTA 3QINA 4KHWA 1IKYA 3AA3A 3VQEA 4QCLA 4CE9A 4CHQA 3ZT2A 1YT3A 3KLIA 3VA3A 1JLCA 3L2WA 1S1WA 3WNHA 1C0MA 1RT3A 3OYHA 4KHNA 2HHQA 1HQUA 1VSHA 2Z1GA 5E41A 3LZIA 1JL2A 3O3HA 3T3FA 3U3YA 3K58A 4BDYA 4W5TA 4PWDA 1RDBA 2IC3A 4I2PA 1U04A 4CJPA 1R0AA 3RRHA 2D5RA 3NE6A 4C8MA 4CJKA 4B3OA 3QERA 2EX3A 3VN5A 3MEGA 1NOZA 3V4IA 3VQ8A 5HRPA 4CF2A 3OS2A 1J54A 3V9ZA 4DTXA 3TAEA 4JRPA 4FW2A 4DTMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JXBA 4MLHA 1B9FA 3TSPA 3HRGA 3OYAA 5J1EA 3T1HK 5DK5A 1Z05A 4CIEA 5BR8K 1Q82O 1TL3A 4MFBA 3J80O 3OVNA 4AILC 3QNOA 1BGXT 3WEEB 3ZYYX 1NOYA 4IG0A 2DFEA 3DXMB 4BWJA 4B3SK 3PY8A 3BEXA 1TL1A 2KKZA 4BRFA 1I3AA 4B9MA 4OKEA 1VQMN 3QEWA 3MN9A 1ILYA 5E26A 4YOUA 3B6OA 3SBGA 3OS1A 2HBJA 4BRMA 4CGHA 1BI4A 1GLJO 4DR2K 5AQSA 3FR0A 4PKIA 3LDSA 4KB0A 1TUUA 4XH4A 1X9SA 2XY7A 3WXKA 2ZJPL 4F4KA 3DXKB 3CI5A 3ZSZA 4M3TA 4BC2A 4FPAA 1OH6A 2E2NA 2DY4A 4V19S 3ZSWA 3DM2A 1H1VA 1JLAA 3SV4A 3ATUA 3V1QA 5JVHL 3ZEUB 4DUZK 2FSNA 4WCEL 3LANA 4RW6A 5AQVA 1GLEG 4I2QA 1NGAA 4XH1A 2VGNA 4JKFA 3VETA 1TK8A 3OYLA 1SL1A 5LL6Z 4NYNA 1HUXA 4YORA 4CFAA 4UY8O 4BROA 3IRXA 3FZKA 4BR9A 4A62A 4IZ9A 1NLVA 4B1ZA 4EZ6A 1WSIA 4H5WA 5AQUA 3H3OB 1T03A 2V7ZA 4PQUA 2HSTA 1GOCA 4DS4A 4I9QA 4FLUA 5AQKA 4W5QA 1IO2A 2A41A 3AVLA 1JLQA 3OYCA 3K57A 3C6UA 3P4IA 3MWPA 1TAQA 2P9PB 4ID5A 2B5JA 1X1PA 3C7NA 4DR4K 2IDOA 1QVFM 2HHWA 1XWLA 4BR5A 1JCEA 3ZETB 2X6NA 3SUNA 4FJGA 1S9GA 4BDZA 4FK4A 3ENOA 4FJ8A 2P51A 5H1SQ 1J5EK 1DTTA 4DSJA 5JLHA 1VSFA 1QQCA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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