1BHLA

Cacodylated catalytic domain of hiv-1 integrase
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
151
structure length
133
Chain Sequence
SPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Dna integration
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Crystal structures of the catalytic domain of HIV-1 integrase free and complexed with its metal cofactor: high level of similarity of the active site with other viral integrases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 INTEGRASE
total genus 43
structure length 133
sequence length 151
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-06-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1bhlA00
2JLEA 3KJVA 5CYMA 1SKWA 3V9WA 2KQ2A 3V1OA 3KLEA 1X1PA 3T3FA 4YFUA 1ZBLA 4J2DA 4KHUA 1BQMA 2FBVA 3LP3A 3ULDA 1NK4A 4CJRA 4EZ6A 3SPYA 3ZSQA 3NF8A 2R7YA 4FJNA 3HJFA 4CFDA 3DOLA 3ITHA 3VQ5A 3QESA 4FLZA 2RPIA 3ZSZA 1JXBA 4MFBA 4KHWA 4XIUA 4C8MA 3HVTA 3ZSRA 3M8RA 1KRPA 4W5NA 3HK2A 3VQBA 3SUPA 4IFVA 2GV9A 1EXQA 4OPKA 1FK9A 1X9SA 4OGEA 2XO7A 2RN2A 1J54A 1VSLA 3MECA 4FZZA 2VWJA 2F96A 3VQ6A 4CJLA 3AVNA 4M45A 4TSXA 1JKHA 3VQ7A 3TABA 4M3YA 4FM0A 5C25A 4KAZA 1IH7A 3E01A 1B9FA 1DTQA 1KVBA 1JLQA 4KTWA 4PQUA 4IKFA 4KV8A 3O3FA 4M3UA 3DLEA 3I0RA 3QETA 4DSEA 1K6YA 3QEWA 4DTUA 4CHYA 2VG6A 3CFRA 4Z4CA 4OJRA 2B6AA 3IG1A 2JGUA 4LD0A 1TKZA 5KRSA 3SZ2A 4OPJA 4IFYA 4AHUA 2OZMA 1RBTA 5SZTA 4JLHA 5SWMA 4BDZA 2HHQA 1HQEA 3AVJA 3SNNA 1SUQA 4Z4EA 2AJQA 4W5QA 1T03A 1IKWA 1DTTA 3SQ4A 1GOAA 1C1CA 1S1WA 3TI0A 3AVAA 3AVLA 2OPRA 4OKKA 4B9UA 3VA0A 1TGOA 3QINA 4CJEA 4CFAA 3MAQA 2BDPA 4E7IA 3T19A 5HRSA 1TV6A 1T7PA 4F2SA 3LANA 1CXUA 4DU1A 2HHTA 1TVRA 1VSHA 1HQUA 1KVCA 1KCFA 1WSGA 3K5OA 4FJ8A 3V9XA 4E7LA 3RMCA 4I2QA 4E7KA 1BI4A 2W42A 2P1JA 4CJTA 3OYEA 3DLHA 2E6MA 4FYDA 3KK3A 3SJJA 3MXJA 3VQCA 4E1NA 1UWBA 3WNHA 4FLYA 3AA3A 3QEXA 4J2BA 4IG0A 3KK2A 2XY7A 4OVLA 3DRPA 4DQPA 4O44A 2KTQA 1C0MA 3NGYA 3TAFA 2XY6A 4BE2A 1TK8A 1QHTA 1TK5A 4KRFA 1NK8A 4PUOA 3M8PA 4BACA 1NOYA 1RT1A 4DFMA 3TAGA 1JLFA 3S3MA 1NK6A 4F3TA 4HVJA 4F8RA 1S9GA 2QK9A 4KTQA 3VQEA 1Q9XA 3DI6A 4DTMA 4DTNA 2HNZA 4FJ7A 4KI6A 3OJSA 1CZBA 2HHXA 2PYJA 5J2NA 2IDOA 4JRPA 4CK3A 4DS5A 4DF8A 3D0PA 2D5RA 4CHZA 1L3SA 1JLCA 4HUGA 1LAWA 3O3GA 4FLUA 2RKIA 3TAQA 1D9FA 1Z26A 1WNSA 4O55A 3V9ZA 4JRQA 1A5WA 3LPTA 4DFJA 3L2RA 3ZT1A 4KKOA 2DFEA 3V1RA 1EKEA 2VG7A 3ALYA 4BWMA 3HXMA 3TAMA 4ID1A 4KHSA 2FBYA 5KI6A 3CFOA 2Q3SA 2RF2A 4DTOA 4B9MA 4FW1A 3P5JA 5KTQA 3AA5X 3L2VA 5JS2A 3ZT4A 3QEIA 2HW3A 3MEEA 4FK2A 1XHZA 1UA0A 3WNEA 3B6PA 3LPUA 3F9KA 4O5BA 2A1RA 4F3OA 4FJLA 1VSEA 3AVCA 1TKXA 4CJWA 3MXMA 4CJKA 1U45A 1NK7A 1U48A 4I9QA 3SQ1A 4DG1A 3LAMA 4KHQA 3WNFA 3LWMA 1JLBA 2FBXA 1TAQA 1RILA 2ITGA 3NF6A 3VQQA 3TANA 1WAJA 3DLGA 1KSPA 1KFSA 4UQGA 4B9TA 4M3ZA 1C0UA 3THVA 2WONA 1RDBA 1VSKA 1HPZA 2YNFA 3TR8A 1XWLA 3NF7A 3DLBA 1S1UA 1UOCA 1RNHA 4RW4A 1ASVA 3OYMA 5DK5A 1D9DA 3QO9A 1QE1A 1X9MA 4DLEA 3SUQA 3AVHA 4FJMA 4QCLA 3HYFA 1ASWA 3TWHA 3OYBA 2DFHA 4E0DA 4CGGA 4FJ9A 2B5JA 2FBTA 4CJ5A 4JS5A 3RTVA 4OLAA 1KLMA 1U4BA 1NOZA 2G8WA 4KTZA 4Q5VA 3LDSA 2HMIA 2XY8A 4I2PA 2KZZA 4AHTA 2OPQA 3OYFA 4E7HA 3QIPA 2HB5A 2IC3A 3ASMA 4CIGA 3F73A 4BDYA 4FZYA 3AVIA 1HYSA 1B9DA 3RR7A 1QTMA 2EHGA 3K5NA 5HRPA 1KTQA 4O0JA 3I8DA 1LWEA 3DYAA 1A5XA 2DFFA 4RW8A 4CEFA 2OPSA 2XY5A 3PX0A 4FCYA 2D0AA 3K58A 4JS4A 2KZMA 1Q9YA 3PO5A 3ZSXA 2B4JA 4C8NA 4O0IA 2D0CA 3VQ8A 4CCHA 5DMRA 4GMJB 3K5MA 5FDLA 4DTJA 1EETA 1RT3A 4Z4GA 1NJYA 1X9WA 1SKRA 1RT4A 1RBRA 3ISNC 1HMVA 4FLXA 4FJJA 4CEOA 4DMNA 4B9NA 1TL1A 4EP5A 3S3OA 1L3UA 4C8LA 4E3SA 4LY7A 1YTUA 3TARA 1XC9A 4KFBA 4OKEA 1QS4A 1VRUA 3NF9A 4N5SA 4M3WA 1GOCA 3OYLA 4FK4A 4FJXA 3HM9A 1RTIA 1SL0A 3OYNA 4C8OA 2G8HA 1LWFA 3L3VA 2Z1JA 4CGFA 3IAYA 4DQRA 3C6TA 1JLGA 1WSFA 4CECA 1J5OA 1L3TA 3T1AA 1ZBHA 4DFKA 3PO4A 2P51A 3V9SA 2IOCA 3BGRA 3C6UA 4AHCA 4CF8A 2KFNA 4AH9A 1W9HA 2ZQBA 4OLBA 4O4GA 2OZSA 1ASUA 4CEZA 1L3VA 3PV8A 4B9VA 4CGDA 1EX4A 4FJ5A 3V9UA 4CJPA 1BCMA 3SV3A 1BIUA 1WN7A 4QAGA 4CJ3A 4DSKA 3ZSVA 2YKNA 4WE1A 1ZBUA 3I0SA 3ZT0A 1L5UA 4N76A 1LWCA 1RTJA 4NCBA 4G1QA 3LAKA 1SL2A 3ZCMA 3M8QA 4I9LA 4EP4A 2Y1IA 2DTUA 4FW2A 3PX4A 2IGIA 1I39A 4I7FA 4Z4IA 1NKCA 3NDKA 2XRIA 3KLGA 1U49A 1NJXA 4LH5A 2KW4A 2I5JA 3OYKA 3SYZA 4FZXC 5FRMA 1VSIA 3TAPA 4DSJA 2QXFA 4KPYA 4FXDA 4CEBA 3ZT3A 3MEGA 2X6NA 2G8VA 2HNYA 4CEQA 1REVA 4HTUA 4CEAA 1D5AA 3L3UA 4GW6A 1HNIA 4PWDA 5J2QA 3KLHA 2PZSA 3SQ0A 1IKVA 1J9AA 1RDCA 3VQDA 3KKRA 1XHXA 4FLVA 1WSIA 1T05A 4DTPA 4B9SA 3AO2A 3P83D 3QLHA 4DFPA 2G8FA 1WAFA 1WLJA 3BDPA 1VSFA 1I3AA 3L8BA 1S9EA 3DRRA 1LW0A 4OGCA 3OYDA 4CERA 2O4GA 4M42A 3C95A 3G10A 3OYCA 4HUFA 4KB1A 4N41A 5K14A 1NKEA 3NBPA 1LV5A 3AVFA 2BE2A 4CF1A 1TKDA 3ZSOA 3HPHA 2HHWA 3NE6A 4E89A 1HYZA 3VQ4A 4FJGA 5KRTA 4C8KA 3H08A 1EP4A 4CEEA 2X78A 3O4NA 4DQSA 4FK0A 3EY1A 1CZ9A 3OYAA 1HJRA 1TKTA 1VSMA 3RRGA 3OYGA 4DU4A 4KHNA 3L2QA 2G8IA 1BQNA 3AA4A 4B08A 3QERA 1N6QA 4BE0A 1UAXA 4CJVA 4HCBA 4LH4A 4H8KA 1KLNA 2EX3A 3EYZA 4DTXA 4W5RA 3JYTA 1C1BA 1W0HA 4N47A 3DM2A 2F8SA 4NCAA 5J1EA 1BCOA 3DRSA 4CK2A 3HVRA 2NUBA 3AVGA 3IRXA 4FJIA 4FJKA 1Z25A 1O1WA 3KLIA 1CLQA 4PA1A 2E6LA 4CF9A 5J2PA 4BDPA 3LZJA 1A5VA 4GVMA 2G8UA 3AO4A 2P5GA 4CJQA 1HNVA 3O4QA 5KGWA 3VQPA 4ZHRA 3NGIA 4J2AA 1UA1A 3WNGA 2Z1IA 1J53A 5EU7A 3QNOA 4Z0UA 2A1SA 3SUNA 1LW2A 2YKMA 4N56A 5C24A 3ZT2A 4W5TA 3AVMA 3C94A 3SCXA 1JLAA 3M8SA 1S6PA 4CGHA 1KVAA 4CK1A 4B9LA 4KREA 2DY4A 4DSIA 1BGXT 3QEVA 1CXQA 4FLWA 2GUIA 3RMAA 1Y97A 4FM2A 3SUOA 4DWIA 3NAEA 5HLFA 1ZBIA 3OYJA 4ID5A 5I3UA 1RDDA 3EZ5A 4F2RA 3DLKA 1QSLA 1SV5A 3NHGA 4EZ9A 3S3NA 1RT7A 3OJUA 2PY5A 1YVUA 1VRTA 4IG3A 3VN5A 4CHQA 2XHBA 1S1TA 2YNGA 3AVBA 2IS3A 4W5OA 1TK0A 4LSNA 1NK9A 3KD5E 1FKPA 2ZE2A 4YNQA 1TL3A 4M41A 4AILC 1NK5A 2ATQA 4B8AB 1QQCA 3KK1A 3JSMA 3LZIA 1BIZA 4OKJA 5HBMA 3OYIA 3HP6A 4DF4A 1RTDA 4M3TA 3V1QA 1RBUA 4ZTFA 4KHYA 3KLFA 1B92A 3IS9A 3HPGA 2GBZA 3HP9A 4Q0BA 5HP1A 1JXEA 1U04A 4Z4FA 4HCCA 3KIOA 3P1GA 4J2EA 3SQ2A 1TAUA 4DLGA 4AHRA 2YNIA 4LSLA 4BE1A 1FXXA 2G8KA 3NH2A 3V6DA 2QKKA 1BHLA 3PX6A 2X74A 4E7JA 3RR8A 3CG7A 1VSDA 1IKYA 2YHBA 3RMBA 3OY9A 5HROA 2Y1JA 2HHVA 3K57A 3V81A 1NKBA 4CHPA 4CHOA 4K8XA 3KKSA 1WSJA 1HRHA 3SPZA 4CJUA 3HSTB 1RBVA 1RT5A 4CEDA 1NJWA 1S1VA 1XI1A 3VA3A 3HL8A 4CIEA 2VG5A 3SI6A 5CY4A 4B8CA 3FFIA 3RRHA 3CYMA 1YT3A 1D8YA 3DLRA 4Y1CA 3CFPA 5J2MA 5HRRA 3PY8A 4CFCA 1C6VA 5I42A 2F8TA 4FLTA 4DU3A 3LP2A 3KD1E 1RBSA 4H4OA 4DTRA 1IO2A 4ELTA 1YTAA 3NCIA 2YHAA 3CM5A 1R0AA 3HO1A 1IG9A 3U6FA 4CF0A 1ZBFA 3KTQA 1RT6A 1LAVA 4IBNA 2Z1GA 2ZD1A 4AHVA 4CESA 1BL3A 3L2UA 4F4KA 2O4IA 5T7BA 1S5JA 2LSNA 3VQAA 3RWUA 1RT2A 3MEDA 4RW9A 1WSEA 2BANA 4DQIA 2HHUA 2PYLA 4KB0A 4DSLA 3S9HA 4M3XA 1KFDA 4ELUA 1C1AA 5C42A 3AO5A 3TAEA 4H4MA 3U3YA 1NJZA 3QEPA 1QSSA 3LWLA 2IAJA 1ZYQA 2HNDA 4KO0A 4CJ4A 4E19A 3SV4A 3AA2A 4CFBA 1BISA 1G15A 4HHTA 4B3OA 4QOZB 3OYHA 2KFZA 3B6OA 1IKXA 4RW6A 3U3GA 4BWJA 3ZSYA 1DLOA 2OPPA 4IDKA 4CHNA 1SL1A 4Z4HA 1S6QA 3D45A 5E41A 1VSJA 1MU2A 4K8ZA 3O3HA 4CGIA 3LP0A 3OVNA 3AVKA 3OS0A 3OS2A 5FROA 3CM6A 3K2PA 2BGGA 2VWKA 3AO3A 4Y1DA 4CJSA 3HT3A 3A2FA 1JL2A 3QIOA 4RW7A 3K59A 4DS4A 4DTSA 3ZSWA 3UIQA 5D3GA 4E1MA 3LP1A 4CE9A 4M3RA 5CYQA 1RDAA 3PUFA 2OYQA 4AHSA 4ELVA 1BI4B 2ETJA 3NH0A 1S1XA 4R5PA 3AO1A 2P5OA 4CF2A 1SKSA 2QKBA 3DMJA 4DQQA 2OA8A 1U47A 2YNHA 1JL1A 4NCGA 3K5LA 4PY5A 3LALA 5CZ2A 4RG8A 1HYVA 1RCHA 5KGXA 4ZTJA 1NK0A 1FKOA 1WSHA 4CIFA 3NGZA 4FVMA 1QSYA 4FJHA 5FRNA 3L2WA 3NH1A 3VQ9A 1GOBA 2YV0X 4NYFA 3CQ8A 2HVIA 2E4LA 3RMDA 1C0TA 2WOMA 4ICLA 4CGJA 1F21A 4HUEA 3AV9A 4DSFA 2Z1HA 4CJFA 3MXIA 3G0ZA 1JLEA 2D0BA 1VK0A 3QNNA 4L8RB 1N5YA 3OS1A 3HPOA 5JS1A 5CZ1A 1ITGA 2HVHA 5HRNA 2X6SA 4MQ3A 3V4IA 4KI4A 4NYNA 1T8EA 1Q8IA 1RTHA 2HHSA 2FC0A 3DOKA 4FM1A 3NFAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KJVA 5CYMA 4GV9A 3V1OA 4O5FA 4YFUA 3VF2A 4KHUA 2FBVA 4H5NA 1NK4A 3HJFA 4FJNA 5AQUA 2CGLA 4C8MA 4DV7K 1KRPA 2E2PA 3A5MC 4OPKA 4Y0WA 3SBTA 4CJLA 5LJVA 2F9WA 3TABA 4TSXA 1JKHA 5C12A 4LFCK 4FM0A 2W6KA 1IH7A 3KZBA 4H5RA 1DTQA 1N32K 5M1NA 4M3UA 3FZHA 4DTUA 4B1XB 4Z4CA 3CFRA 2IVNA 4LD0A 4NLBA 5KRSA 4AHUA 1HLUA 4JLHA 2CGJA 1HQEA 3AVJA 3SNNA 2AJQA 4IFEA 4V19S 4GV3A 3TI0A 2OPRA 4BRQA 1TGOA 4CFAA 3O9SA 2UXCK 3GDQA 4MO5A 1Q82O 2HHTA 3OW2M 1TVRA 1VQ9N 1HQUA 3V9XA 4E7LA 4E7KA 2P1JA 3OYEA 2E6MA 3VQCA 3GG4A 1UWBA 1OVQA 3WNHA 3QEXA 3DRPA 4DQPA 4O44A 3Q7CA 2CH6A 3FR0A 3OHRA 3VERA 4FWLA 2HF4A 4PL7A 1NK8A 3BP8A 1NOYA 5AQWA 3MN9A 1W97L 4HVJA 4KTQA 4DTNA 1N36K 4CK3A 4DS5A 3D0PA 2D5RA 5GAGP 1WNSA 3D2EA 1FW6A 4KKOA 1EKEA 3TAMA 1Z6RA 2RF2A 4DTOA 4FW1A 4KH6A 4NXNK 4DV5K 2HW3A 3OTOK 3MEEA 1XHZA 4FJLA 1TKXA 1YIJN 4JI7K 1YVNA 3ZETA 4A57A 1LOTB 3LAMA 3WNFA 2ITGA 5HOOA 4UQGA 1QQMA 4LF8K 4CZEA 2QXLA 1VQ6N 3OYMA 3SK3A 1X9MA 4DLEA 3AVHA 2NRXA 4E0DA 1QVFM 1GLFO 4DV1K 2RHKA 1U4BA 1VQ8N 4QS8A 4KTZA 4Q5VA 2HMIA 2XY8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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