1BHLA

Cacodylated catalytic domain of hiv-1 integrase
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
151
structure length
133
Chain Sequence
SPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of the catalytic domain of HIV-1 integrase free and complexed with its metal cofactor: high level of similarity of the active site with other viral integrases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 INTEGRASE
molecule tags Dna integration
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 43
structure length 133
sequence length 151
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-06-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1bhlA00
1HNVA 5FRNA 4F3TA 1VSLA 4O55A 4CJQA 3KKSA 2E6LA 2LSNA 3RMDA 1KVCA 5D3GA 2A1RA 1T7PA 3HK2A 1TGOA 4W5NA 3MXJA 3CM6A 3AVMA 2YV0X 4AILC 4AHTA 3DOLA 4E3SA 3THVA 2GBZA 1ZBLA 3HP6A 4B9SA 1SKRA 1RDCA 4CJRA 4EZ6A 2IOCA 4H4MA 1TKDA 1HJRA 3O3FA 4NCGA 4B8CA 4ELTA 4UQGA 4FJ5A 4FVMA 1SL0A 3HVRA 3ZSYA 3AO2A 3L2WA 3V9XA 2G8UA 3V6DA 4NYFA 4JS4A 3EYZA 4OKEA 3NF6A 3KD1E 4FCYA 4C8NA 3ZSZA 2OZMA 1B92A 1LWEA 4CHQA 1RILA 1KRPA 4KHYA 1ZBUA 3ZT4A 1C6VA 1HYSA 2AJQA 4N76A 4I9QA 4CK2A 2KW4A 3L8BA 1IO2A 5KRSA 1KFSA 4JS5A 2XY7A 1X9WA 4FJ7A 3NF9A 4CJKA 3OYLA 3OYKA 1JKHA 4DS5A 2KZZA 1ZBFA 1HQUA 2P5GA 3DYAA 4GMJB 3K59A 4DFJA 3QESA 4B9TA 4M3XA 3L2VA 3NHGA 3QO9A 1UAXA 5E41A 3KLEA 4BACA 3NH0A 4FLTA 4J2AA 3L3VA 4CF0A 3NAEA 3NGZA 3DMJA 1VSHA 3WNFA 1VSFA 4CGGA 1WSJA 1EKEA 2IAJA 1RTJA 4CECA 3K5MA 3QNOA 4FJLA 3SNNA 4CF2A 4CGDA 2VWKA 3CM5A 1EP4A 3PX4A 2ZQBA 3HXMA 4B9VA 3MAQA 2HNDA 3AVIA 3ASMA 4BWJA 1BQMA 4J2BA 3HJFA 4DU1A 1RT4A 3ZSOA 2IC3A 3OJSA 3KLHA 4CJSA 3C6TA 5HBMA 1JLGA 3G0ZA 4OGEA 1XI1A 3O3HA 4CIGA 4FK4A 3VQ9A 5HRRA 4FJMA 3LP3A 3OS2A 1WSGA 2BANA 2HMIA 4BDPA 4M3UA 4CFCA 1RTIA 4CK3A 1WNSA 1YT3A 2IDOA 4FZXC 1JL2A 4N5SA 1U04A 3C95A 4DS4A 1S6PA 3SUNA 4CEEA 2X74A 3AVAA 2DFEA 3FFIA 1JLBA 4Z0UA 4FLVA 4DTNA 3MEGA 1C0TA 4LSLA 5DMRA 4LH5A 3TAEA 5HROA 2XY5A 1EETA 4JLHA 2RF2A 3JSMA 3C6UA 2RKIA 5HRNA 2OPRA 3I8DA 3LZJA 1QSYA 3HT3A 4B8AB 1NK0A 3SQ0A 4CJPA 4DFKA 1T8EA 1NJWA 2HW3A 2FBXA 1REVA 1SV5A 3IS9A 3U3YA 2VG7A 3NH2A 1X9SA 4KHQA 3DLEA 1S9GA 4CEDA 2HVHA 1U4BA 1RTDA 4M42A 2ZE2A 4YNQA 3QEWA 4FJNA 4DSLA 2HHTA 4FW2A 5HRPA 4M3ZA 3L2UA 1TKTA 3CFRA 4CEQA 3O3GA 4GVMA 4BE0A 2JGUA 2KQ2A 1LW2A 4M3RA 4IFVA 4KTZA 4KHWA 1SKWA 3QINA 1A5VA 3OYGA 3T3FA 3S9HA 1B9DA 4OLAA 1RDBA 3QETA 4O44A 3DLBA 3VQ6A 4PUOA 4M3YA 3MXMA 3VQ8A 2VWJA 3S3OA 4F2RA 3O4QA 3AVGA 2P5OA 1BISA 2D0BA 4CJTA 4BDYA 4FLWA 1T05A 3OYJA 3MEEA 3AO1A 1KCFA 2VG5A 4RW9A 5C25A 4JRPA 3VQ7A 1TK8A 2G8VA 3U3GA 4R5PA 2B5JA 2YNFA 3VQ5A 1G15A 1LWCA 3VQAA 3TABA 3AA4A 1VSJA 3VQBA 4DTXA 3KK3A 2DTUA 4RW4A 3IAYA 3ZSWA 3F73A 5J1EA 3OYEA 3DLHA 2F8TA 4RW6A 4DQSA 3QEVA 4I2QA 3SPYA 3K5LA 4Y1DA 3I0RA 1ASWA 5CYQA 3HPGA 3AA2A 4CEOA 4KREA 4W5TA 2YHBA 3LANA 4FLUA 2G8HA 2O4GA 4EP5A 3TAPA 1ASUA 2X78A 1Y97A 3SCXA 2OA8A 3DOKA 4FJHA 4NCBA 3PO4A 2GV9A 1VSDA 3ZSQA 4CCHA 3CG7A 1IG9A 4DMNA 1BIZA 3M8PA 4M3TA 1WSEA 2Y1IA 1QQCA 4DTOA 3VQCA 1QSSA 4J2DA 1WAJA 3CFOA 3AVFA 4ELVA 4CJUA 1TK5A 4RG8A 4CGJA 2OPPA 1MU2A 4C8MA 3M8RA 4E0DA 1LAVA 3AA3A 5CY4A 4Z4IA 1S1TA 3QLHA 3E01A 2WONA 4FW1A 5HP1A 3IG1A 4DTPA 1A5WA 1W0HA 3AO5A 4IFYA 4O0IA 4E7LA 3LPUA 4CJWA 1NK6A 3AVNA 4FM2A 3HPOA 3TARA 1C0MA 3WNEA 4OKKA 1NOZA 4AHSA 4KI4A 1WSHA 4FLYA 2QKKA 1O1WA 3ZT1A 4CGIA 2XHBA 4FK0A 2NUBA 1HPZA 1S1XA 4DSEA 3MEDA 3OJUA 4DTSA 4HCBA 2QKBA 4QCLA 1JLCA 1QE1A 3HYFA 3QIOA 5DK5A 1IH7A 3V1RA 4W5QA 4DU4A 2Q3SA 1RT6A 1QHTA 3AVJA 1CZ9A 3NF7A 3VQQA 4DTUA 4OLBA 2HHXA 4HHTA 4I9LA 3AVLA 3OYDA 1TL1A 1RBSA 2ZD1A 2BGGA 1RBUA 3HSTB 5JS2A 4DTJA 1D9FA 5T7BA 3PX6A 2KZMA 4M3WA 1RBRA 3VQEA 4DLGA 4FLXA 5J2MA 3LWLA 1CXUA 5CYMA 2BDPA 2DFHA 4CEZA 4HUGA 4O4GA 4O5BA 4EZ9A 4RW8A 4ICLA 4OPJA 3OYHA 1XHXA 2EX3A 3AO3A 4CF1A 4DTRA 4CJ4A 4HVJA 1RNHA 1SKSA 3ISNC 1GOBA 3LAMA 1IKWA 4B08A 4DSKA 1S5JA 1Z25A 5KI6A 4IKFA 4N41A 3NFAA 3VN5A 4CFAA 1DTQA 1ZBIA 4PA1A 3D0PA 1CLQA 3WNGA 3OYBA 3DLGA 3VQ4A 4BE1A 1W9HA 3VQDA 1NK8A 3KD5E 2DY4A 5CZ2A 2F96A 3I0SA 3KJVA 2OYQA 3LWMA 2KFNA 3OYMA 1BI4A 3ZSRA 1RBTA 1XC9A 3QEXA 3LP0A 1Q8IA 4OGCA 2G8IA 1RDAA 5FDLA 4E7HA 4KI6A 3T19A 4CEBA 2OPQA 1K6YA 4I2PA 2X6NA 3OYNA 2HVIA 3RR8A 2Z1HA 3F9KA 3LP1A 1IKXA 1YVUA 3ZT2A 4CJ5A 4KRFA 1GOAA 1L3SA 4XIUA 1U48A 4HUEA 3LPTA 4QAGA 4CHYA 4ZTJA 4FZYA 2A1SA 3PX0A 1BI4B 4Q5VA 1L3VA 1S9EA 5HLFA 4OKJA 5FROA 4KAZA 3U6FA 4BE2A 2G8KA 4O0JA 4Z4CA 2HNYA 4DQIA 1J54A 3M8QA 1BHLA 3C94A 3BGRA 4IBNA 4CJLA 1RT2A 5C42A 3TWHA 4CJVA 5I3UA 2D0CA 3ITHA 4LD0A 2E6MA 4CF8A 3QERA 3DLRA 3V9SA 2XY8A 3QEIA 3V9ZA 4PWDA 3AVCA 3PUFA 1TKZA 1VSEA 3AO4A 1A5XA 1IKVA 4OVLA 4AHRA 5SWMA 4CHPA 1JLFA 4CIEA 4E89A 4KFBA 1J5OA 4I7FA 3SJJA 2HHUA 3DRSA 1WAFA 3K5NA 1QTMA 1GOCA 4FM1A 2Z1GA 3TAFA 1Z26A 1L5UA 3NH1A 1UA0A 1KVBA 4Z4FA 5HRSA 1NK5A 2WOMA 3SV3A 3OVNA 1KTQA 1NKEA 4CERA 4KHSA 3PV8A 3SQ4A 1TAUA 4M41A 1JXEA 4DLEA 4RW7A 3VA3A 4LY7A 3HP9A 1LWFA 4CEFA 4W5RA 1NKBA 1IKYA 3ZSVA 1KLNA 4DFPA 1CZBA 1FXXA 2IS3A 5KGWA 4DFMA 4C8OA 4TSXA 3DRRA 1SL1A 1HYZA 5KTQA 3HM9A 3SV4A 1N6QA 2R7YA 4YFUA 4DQPA 4CJ3A 3V81A 3L3UA 1F21A 2PZSA 3RTVA 4FJGA 4FXDA 4F4KA 2RN2A 5SZTA 3RMAA 2FBYA 4E1MA 4E7KA 3S3NA 3K57A 4ZTFA 4CFBA 1C0UA 3L2QA 2G8WA 4DWIA 4LSNA 2HHVA 1L3UA 2HHQA 1N5YA 1HQEA 2P51A 2D5RA 5CZ1A 1RTHA 3AVHA 2JLEA 4FK2A 1XHZA 4Z4HA 1BGXT 4CEAA 4W5OA 3EY1A 3KK1A 1RT3A 4N56A 3ULDA 1U47A 3PY8A 4F3OA 4OPKA 4KHNA 1NK7A 1QS4A 1WSIA 3P1GA 1KLMA 1Q9XA 3RRGA 4FM0A 3CFPA 1U49A 1S1WA 1EX4A 3P5JA 3D45A 4FJ9A 5KRTA 2D0AA 3SYZA 3SUPA 4DF4A 3SUOA 4B9NA 3WNHA 3P83D 1WSFA 4E1NA 3RMCA 1BIUA 3AVBA 1HYVA 3ZT0A 1VSMA 1JLQA 2OPSA 3LAKA 3OS0A 4Z4EA 2YNGA 4BDZA 3QEPA 2ITGA 4KHUA 1LW0A 3SQ1A 1RDDA 1LV5A 1HRHA 4OJRA 5K14A 1RT1A 1R0AA 4FZZA 2YNIA 4KTQA 3VQPA 2Y1JA 4Y1CA 2IGIA 2HHSA 4AH9A 4PQUA 5C24A 5FRMA 3M8SA 4DG1A 4Z4GA 4GW6A 1CXQA 3IRXA 3RRHA 4DQQA 4ELUA 1TKXA 3UIQA 4NYNA 3V1OA 3JYTA 4KKOA 3NE6A 4Q0BA 3KIOA 1KVAA 4CE9A 3ALYA 4CJEA 1QSLA 4FJ8A 5J2QA 1BL3A 3ZT3A 4CHZA 3KK2A 1FKOA 1ASVA 2QK9A 2PY5A 4PY5A 3SI6A 5JS1A 1S1VA 4J2EA 3HPHA 3TI0A 1D8YA 4CFDA 2YHAA 3LP2A 2B6AA 4DF8A 4CHOA 3TANA 4B3OA 2I5JA 3DRPA 3HVTA 2Z1IA 2W42A 1NK4A 4FYDA 4KPYA 2X6SA 4E7IA 1BQNA 3LDSA 4LH4A 3MECA 1NJYA 4H8KA 4CK1A 1FK9A 2ATQA 1J53A 3TR8A 3S3MA 3HO1A 3NGYA 4ID1A 2FBVA 3T1AA 1S6QA 1UWBA 3ZCMA 4DSJA 1RCHA 3HL8A 1T03A 1SUQA 3DLKA 3V1QA 1WLJA 3H08A 3TAMA 1HMVA 2XY6A 3EZ5A 2XO7A 4NCAA 1JLAA 3SZ2A 3KLGA 1SL2A 1NOYA 4L8RB 1NKCA 3TAGA 1FKPA 4C8KA 4AHVA 1ZYQA 1NJXA 4DSIA 5J2NA 2O4IA 1RBVA 5EU7A 3OYCA 2VG6A 4FLZA 1YTUA 1I3AA 4ZHRA 4MFBA 1JXBA 1LAWA 4AHUA 3OY9A 5KGXA 1RT5A 1S1UA 3G10A 3NCIA 3K5OA 2YNHA 3TAQA 4CGFA 3KKRA 4F2SA 4KB1A 1U45A 1D9DA 3CQ8A 3SPZA 2EHGA 1C1BA 1JL1A 1JLEA 1X1PA 3KLIA 4AHCA 1HNIA 2B4JA 2F8SA 4WE1A 1TL3A 4JRQA 3L2RA 1EXQA 4DQRA 3SQ2A 3RMBA 1NK9A 1Q9YA 4DSFA 4IG0A 2RPIA 3B6OA 4KV8A 1NJZA 3LALA 1C1CA 4CJFA 1C1AA 4DTMA 2HHWA 4MQ3A 4E19A 1YTAA 3RWUA 3NF8A 2P1JA 2PYLA 3V9WA 4H4OA 1UOCA 4ID5A 4KB0A 3QIPA 1J9AA 4HUFA 1D5AA 4N47A 4QOZB 2DFFA 4M45A 3BDPA 2PYJA 3OS1A 5J2PA 4EP4A 2HB5A 2BE2A 1ZBHA 3NBPA 4CIFA 1B9FA 3OYAA 3VA0A 3V4IA 1KFDA 3A2FA 1I39A 2QXFA 2XRIA 3AA5X 3V9UA 4FJKA 2HNZA 2YKMA 1TAQA 4CF9A 2FBTA 2KTQA 4DU3A 1VRTA 1VSIA 4F8RA 4E7JA 4IDKA 4FJIA 3MXIA 3OYFA 1TK0A 3O4NA 1KSPA 2OZSA 3K2PA 1TVRA 1VK0A 1DLOA 2Z1JA 4CESA 4B9UA 1ITGA 4B9MA 3SUQA 4CGHA 4KTWA 1L3TA 1X9MA 4KO0A 3NDKA 2YKNA 3RR7A 3ZSXA 3OYIA 3KTQA 1UA1A 4HCCA 3QNNA 1BCMA 3PO5A 3NGIA 2KFZA 4CHNA 3AV9A 4FJJA 4K8XA 1VSKA 1XWLA 3DI6A 4G1QA 4FJXA 1DTTA 2G8FA 4K8ZA 3B6PA 3DM2A 4BWMA 3KLFA 4HTUA 2FC0A 2GUIA 4B9LA 2E4LA 3LZIA 1RT7A 1VRUA 2ETJA 3AVKA 4IG3A 1WN7A 1TV6A 3K58A 4C8LA 5I42A 3CYMA 1BCOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VQ9N 4CJQA 3VPZA 4WQ5C 3KKSA 1K8KB 2E6LA 2LSNA 5D3GA 1TGOA 5AQLA 2OANA 3H1VX 3AVMA 3CETA 3R9PA 5BPNA 4E3SA 3THVA 3MN6A 3HP6A 1S72N 4BR7A 1VQNN 4NCGA 4B8CA 4UQGA 3L2WA 2G8UA 3A5OC 1V4TA 3NF6A 3KD1E 4C8NA 3ZSZA 1HYSA 1LWEA 4CHQA 4KHYA 4E1JA 3ZT4A 3H6EA 4JYAK 2FSKA 1K9MO 1IO2A 1X9WA 4FJ7A 3OYLA 3OYKA 1JKHA 4DS5A 1VQKN 4M3XA 4DFJA 4NXNK 3KLEA 5E41A 3NGZA 5AQUA 4FJLA 4H0OA 2BH1A 5BPLA 2HNDA 3E9OA 3ASMA 4B9QA 3HJFA 3VESA 5GADP 4DUYK 5JLFA 4BG9A 3CJAA 4CJSA 1JLGA 4CIGA 3THXA 1WBDA 4FJMA 3LP3A 1T6CA 4BRGA 2GELA 2GEMA 4BRKA 1C0FA 3ENOA 1JL2A 1Q86O 3CCUN 4DS4A 3F9MA 3SMPA 4FWLA 1S6PA 3SUNA 3FFIA 4FLVA 2VGMA 2UUAK 2P9PB 5DMRA 4X62K 4ILJA 2RF2A 3I33A 5KQ8A 1BUPA 3J80O 1S22A 1QSYA 1NK0A 4BR2A 3E1YA 1NJWA 2BTFA 2FBXA 1REVA 3P38A 2P9SA 1SV5A 2VG7A 1VQ5N 1S9GA 3R3LA 4CEDA 1ZXOA 2O8EA 3O3GA 3FGUA 4IFVA 4NO7A 1U2VB 2WTUA 1SKWA 3S9HA 3T3FA 2ZGYA 3QETA 4F2RA 3AVGA 4B1VA 4CJTA 4WFAL 3OYJA 4M63C 2QXLA 4K42A 5M1QA 2YNFA 4GV6A 3VQ5A 5LMNK 2NRHA 5KPZA 5J1EA 2P9IA 4MLEA 4I2QA 3SPYA 1NMDA 4GV9A 3I0RA 5CYQA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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