1BI4A

Catalytic domain of hiv-1 integrase
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
152
structure length
142
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of the catalytic domain of HIV-1 integrase free and complexed with its metal cofactor: high level of similarity of the active site with other viral integrases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Dna integration
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 42
structure length 142
sequence length 152
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1bi4A00
1NKBA 4DMNA 1BI4B 3NFAA 1GOAA 3SV4A 4CGJA 4BACA 4CEBA 1RT4A 2D0AA 2IDOA 3NH1A 1RDBA 1LWFA 3V1OA 2P5OA 1ASWA 4PA1A 2HMIA 3V9UA 3MECA 3DOKA 3NF9A 3ZT2A 3QNOA 3TAGA 1FXXA 2B4JA 2FC0A 3QLHA 4B8AB 3JSMA 2DY4A 2HNYA 4AH9A 1YVUA 3C6UA 3K57A 4F4KA 1LW0A 2G8IA 3PUFA 3B6OA 3V4IA 1Q8IA 4GW6A 4CHOA 4KTWA 4OGEA 2HHUA 3BDPA 4FJ5A 3AVHA 4IFVA 1HNVA 5HP1A 3I0SA 4CJQA 4FJLA 1RTIA 1TAQA 2KZZA 1TL1A 1VSLA 4EZ6A 4NYNA 1TKZA 3OYGA 3VQBA 1NJYA 4FW2A 4KI6A 4E19A 1SV5A 3AVIA 4DTPA 4O0IA 3OVNA 3SQ4A 1WSHA 1VSFA 4E89A 4JS4A 2XY6A 4EP4A 5J2QA 1NK4A 4DQPA 1TV6A 3DRRA 1NJZA 4N41A 1LAWA 2D0CA 1VSMA 3AA2A 2A1SA 1IKYA 3SQ1A 1L3UA 3OY9A 1VSDA 2IC3A 4HUGA 1VRUA 5HROA 3O3FA 1VSEA 2RN2A 2E4LA 3V6DA 1RT6A 1S9EA 1YTAA 1KFSA 2NUBA 4PQUA 4OLAA 2E6MA 4CEQA 3OYIA 1JLAA 3EY1A 4CEEA 4CF1A 3TI0A 4B08A 4JRPA 3KKRA 3VN5A 4CGFA 5KRSA 4DTSA 4FM2A 3C6TA 1TKXA 5J2NA 4CF9A 4CHQA 1X9WA 1L3SA 3O4NA 2JLEA 4FZZA 2VG6A 5SZTA 4CF0A 1KVBA 3QERA 3LZJA 3SPZA 5SWMA 3MEEA 4FJJA 3NAEA 4F3OA 4LSLA 4AHVA 1JXEA 4FM1A 3VQDA 1W0HA 3CM6A 1J9AA 4CJ5A 1C1AA 4FLUA 3PX6A 3H08A 4KHYA 3SPYA 4NYFA 4KO0A 2JGUA 3ZSWA 3QEVA 4HCBA 3OYDA 2ATQA 4FLZA 1RTJA 4IFYA 2KZMA 3P5JA 4E0DA 3C95A 4B3OA 1WSIA 4CK1A 1J54A 1B9FA 1RT1A 4DS4A 2KW4A 2QXFA 4KHQA 1IKXA 4ID5A 4BE1A 3RR7A 3V1QA 1KLMA 3QO9A 3LP0A 4ELUA 2ZQBA 1JLCA 3SUPA 4CJRA 1RBVA 1L3TA 4GVMA 3TAPA 3BGRA 1CXQA 4AHSA 5FRNA 3KK2A 5T7BA 3VA3A 2ZD1A 2BDPA 4J2EA 2XY8A 3DLGA 4Y1CA 3KIOA 4DU3A 1NK9A 4FZXC 1SKWA 4Z4IA 2VWKA 1FK9A 3QINA 2A1RA 3OYNA 4C8NA 2YNFA 4F8RA 3PX4A 3K5LA 1S5JA 5KTQA 4DFMA 3HJFA 4AHRA 3OYMA 3WNFA 1BQMA 4CHNA 4CJWA 1BL3A 1RTHA 3DLKA 4GMJB 3OYEA 3KLFA 4DSEA 4DLGA 3TANA 2YHBA 3T19A 4E7IA 4AHCA 1FKOA 1G15A 5K14A 3V9ZA 3QETA 3TAEA 2G8FA 3ZSRA 4BWJA 3K5NA 4I7FA 1U4BA 3ZT3A 3L3UA 1XC9A 1RBTA 4OPKA 1CXUA 1LV5A 1SKSA 2Q3SA 2XRIA 2FBTA 1I39A 1KCFA 3ZT1A 3EZ5A 3KTQA 1NOYA 1LW2A 2X78A 1S1WA 2I5JA 3AO2A 4DTXA 5CZ1A 5J2PA 3L2WA 1C0MA 1HYZA 4N47A 4IKFA 4O44A 1ZBUA 1JKHA 4E1MA 3PX0A 4N5SA 1IG9A 1KRPA 2OYQA 3O3GA 4AHTA 1IO2A 4CK3A 2G8WA 1BIUA 1S9GA 1N5YA 4B9TA 3AVGA 4CF2A 4CFDA 4EP5A 4IG3A 1WSFA 1FKPA 1MU2A 3TAQA 3DRSA 4FYDA 4B8CA 4CJTA 4M42A 3DM2A 2BE2A 4B9VA 1EKEA 1UWBA 3M8QA 1VK0A 3NF6A 3HM9A 3RRHA 4M41A 5I3UA 3ITHA 4KTQA 5JS1A 3AA3A 1KLNA 2HHTA 5HBMA 4CFBA 1ZBLA 2F8SA 3G10A 2HW3A 2RPIA 1SL0A 4BDYA 1NKEA 1IKVA 3HO1A 5JS2A 2PYLA 2HNDA 2QK9A 4F2SA 3VA0A 4OGCA 4FK0A 4J2AA 5E41A 3V9XA 4DSLA 3HPOA 1K6YA 4CJUA 1VSJA 1EXQA 3S9HA 3L2UA 1ZBHA 4DQQA 5DMRA 4FJ8A 4DU4A 4G1QA 3L2VA 3HXMA 4KHUA 4DTOA 5FDLA 3ZSOA 3O3HA 1TAUA 3AVLA 3CG7A 4E7JA 4OVLA 4DFPA 1RT3A 4KPYA 4PY5A 1VSHA 2FBVA 4Z0UA 4M3XA 3VQ8A 1DTQA 2D5RA 2LSNA 3SV3A 2F96A 1REVA 2YNGA 3KLIA 5DK5A 3P1GA 4DU1A 4J2DA 4L8RB 4Z4GA 1S1TA 3TARA 4WE1A 4E1NA 3MEGA 3K5MA 1S6PA 1WNSA 5KGWA 4W5OA 3HK2A 4LH4A 1U47A 1IH7A 4FLYA 4O5BA 3U6FA 4CJKA 4PUOA 4C8MA 4ICLA 3CFPA 4KFBA 1UA1A 4DSJA 4FK2A 1HRHA 1YT3A 3HPHA 4Z4EA 4O4GA 4CGGA 3FFIA 3DRPA 4CE9A 3OS2A 4DQRA 2QKBA 4PWDA 3CFOA 1D9DA 2GBZA 2OA8A 1ZBFA 1HQUA 3VQ9A 1C6VA 4H4OA 2WOMA 2HHSA 3SQ0A 1T03A 4KHNA 1GOBA 3PV8A 3ASMA 4CJEA 3HVRA 3LZIA 3MXMA 4OLBA 2B5JA 2IOCA 3G0ZA 3HL8A 4M45A 2E6LA 2XY5A 3IG1A 3L3VA 2G8VA 4TSXA 3EYZA 3LAMA 3AO4A 1HJRA 4O0JA 5HLFA 3ZT4A 4Z4CA 1NKCA 3D0PA 1U04A 1NJXA 3OYKA 2Y1JA 3ISNC 4UQGA 3NCIA 1CLQA 3RMCA 4FZYA 1DLOA 2Z1HA 3SYZA 1BQNA 1Z26A 4KTZA 2Y1IA 1Y97A 1KSPA 2KFNA 4KB1A 3QIOA 4KV8A 3JYTA 4CIGA 4JS5A 1HNIA 2RF2A 5HRRA 4FLWA 3NE6A 4W5QA 4BE2A 3F9KA 1RILA 4CGIA 1JLQA 3SUNA 1SL1A 2D0BA 3QEIA 4M3YA 4DFJA 1TVRA 3VQEA 3HT3A 3SCXA 3ZCMA 1S1UA 4E3SA 3LP1A 3V81A 2O4GA 1EP4A 5FROA 4B9LA 2HVHA 1B92A 3WNGA 1XI1A 4F3TA 3V1RA 1I3AA 1F21A 5EU7A 1RDCA 2P1JA 1D5AA 3ZSZA 3SQ2A 4RW7A 3CM5A 1BCOA 3LPUA 2X74A 4CHPA 3VQ6A 1U45A 3QEXA 2Z1JA 4FLVA 1U48A 3LP3A 4OKKA 3AVCA 3DOLA 4FM0A 4DTRA 4CFCA 3QEWA 4DQIA 2DFEA 1NJWA 2FBXA 3V9SA 3K5OA 4CEZA 4C8LA 3S3MA 3LWMA 3SUQA 2ETJA 1RBUA 3DMJA 2W42A 1BISA 3AO5A 4H4MA 3F73A 1A5VA 2YNHA 4DTUA 1RNHA 2WONA 4QOZB 4FW1A 3ZSVA 1QS4A 1RDDA 2VG7A 3HPGA 4LSNA 4N56A 3OYCA 4QCLA 3TAMA 3RMAA 1NK6A 1WSEA 4FJ7A 2OPPA 2YV0X 4RG8A 1TK5A 2DFHA 1D8YA 2GV9A 1X9MA 4HVJA 1EX4A 4FJHA 3VQPA 4CJ3A 1JLGA 2FBYA 1XHXA 3KLEA 5J2MA 4CGHA 4OKJA 4CHYA 3V9WA 2XHBA 4E7LA 1XHZA 4KAZA 3NBPA 1RBRA 4FJIA 3QNNA 4ZTFA 2KTQA 2YKMA 1WAFA 3OYAA 4CK2A 3DLHA 3M8SA 4DF4A 1J53A 4N76A 2HHXA 1R0AA 3OYLA 4CIEA 4F2RA 4M3RA 1BIZA 4CFAA 5D3GA 5KI6A 4CF8A 3SJJA 2IGIA 1N6QA 4DF8A 4FJXA 1QSYA 1A5WA 3ZSXA 3ULDA 4DSFA 3THVA 5I42A 3HP9A 2B6AA 3K59A 1HQEA 4M3ZA 2PZSA 3IRXA 3TAFA 1JLEA 3S3OA 1BGXT 3AA4A 1L5UA 4CESA 3KJVA 3TWHA 1U49A 5KRTA 3KLGA 4AHUA 3U3GA 2VG5A 3D45A 1QSLA 3RRGA 4DLEA 3QEPA 1KFDA 3VQ5A 4CEAA 1DTTA 4CEOA 3NGZA 3KLHA 4DTMA 4I9QA 2AJQA 5CZ2A 1XWLA 3OS1A 1LWCA 1RT5A 3DYAA 5C42A 3CFRA 2HNZA 2OZSA 4I2PA 5KGXA 4KHWA 2R7YA 4HUFA 4CCHA 2KFZA 3PO4A 3HSTB 4M3WA 1QSSA 4NCBA 2OPQA 3LANA 4CHZA 4RW8A 4LH5A 4B9SA 1HYVA 3NF7A 3SI6A 3C94A 3TABA 3IAYA 2HB5A 3AV9A 3MXIA 4DQSA 2YHAA 2QKKA 3DLBA 3AA5X 2VWJA 4C8KA 3DLRA 1D9FA 2EHGA 4CJLA 2HHWA 4RW4A 1UAXA 2G8HA 4DSIA 3AO1A 3L2RA 1QQCA 3P83D 4NCGA 5HRPA 1RT7A 4R5PA 1C1BA 3OJUA 1NK5A 4Z4FA 1UA0A 4XIUA 4FLTA 4IG0A 4B9NA 4ZHRA 3NGIA 1A5XA 1TKDA 1B9DA 3E01A 4Z4HA 4CGDA 1RCHA 3LALA 2F8TA 3S3NA 1TGOA 3OYJA 3T1AA 1L3VA 3QESA 2HVIA 3AVNA 4I9LA 3NH2A 1WLJA 1BHLA 5C24A 4KRFA 2G8UA 1C0TA 3AO3A 1YTUA 3NH0A 4FK4A 4Y1DA 4ELTA 1RT2A 1S1VA 1T7PA 3LP2A 3ALYA 3NGYA 3CYMA 1Q9XA 3SZ2A 3HYFA 2Z1GA 2YKNA 4JLHA 4BDZA 2G8KA 3SUOA 2RKIA 3HVTA 2OZMA 1CZ9A 1VSIA 4IBNA 4O55A 3M8PA 4DSKA 4HCCA 1QHTA 5J1EA 2PY5A 4W5NA 4BWMA 3NDKA 5HRSA 4FLXA 4KB0A 2HHQA 4NCAA 4MQ3A 4FJ9A 3ZT0A 1SL2A 1J5OA 2X6SA 3K2PA 4OKEA 5CY4A 1KVAA 1T05A 3T3FA 2BGGA 4KKOA 2KQ2A 2BANA 2EX3A 2X6NA 4BDPA 3OS0A 3AVMA 4DWIA 1X1PA 3LAKA 3U3YA 4J2BA 2DTUA 3LDSA 4FCYA 3DI6A 1IKWA 4CIFA 3AVJA 3RTVA 1QE1A 1W9HA 3NHGA 2P51A 1LAVA 1JLBA 1NK8A 1WSGA 3RWUA 5HRNA 3LWLA 1RBSA 3WNEA 3CQ8A 4W5TA 3WNHA 2XO7A 2Z1IA 1T8EA 1S6QA 1JLFA 4FXDA 1LWEA 1WAJA 5CYMA 3KD5E 4FJKA 3VQQA 1JL2A 4DG1A 1C0UA 2OPRA 4YFUA 1BI4A 1ITGA 3OYBA 3OYHA 1Q9YA 1NK7A 4CEFA 4ZTJA 4Q5VA 3KK1A 2PYJA 3A2FA 3MAQA 3PY8A 1HMVA 3PO5A 4ID1A 3M8RA 4LD0A 1NK0A 1TKTA 4QAGA 3KKSA 2DFFA 4RW9A 3ZSQA 3I0RA 4JRQA 3RMBA 1WSJA 4C8OA 5FRMA 4RW6A 4HTUA 4B9MA 3RR8A 4I2QA 1KVCA 4KI4A 3MXJA 4OJRA 1EETA 3VQ4A 3DLEA 3HP6A 3KK3A 1TK8A 5C25A 4FJNA 1QTMA 4CJFA 1VSKA 4CJSA 4HHTA 4M3UA 2HHVA 1BCMA 1NOZA 1SKRA 4DFKA 3VQAA 1O1WA 3L8BA 2ZE2A 2P5GA 4FJMA 3VQCA 2O4IA 5CYQA 2IS3A 3KD1E 3AVBA 4W5RA 1JXBA 1JL1A 1ZBIA 3VQ7A 4CECA 4YNQA 1HYSA 1HPZA 4KHSA 3MEDA 4E7HA 3L2QA 3B6PA 2YNIA 4DTJA 4CEDA 1VRTA 4DTNA 4AILC 1GOCA 4ELVA 4FJGA 1SUQA 4CJVA 3IS9A 4LY7A 3ZSYA 4CERA 3TR8A 4K8XA 1ASVA 1UOCA 1WN7A 3OYFA 4Q0BA 1S1XA 1C1CA 3O4QA 3I8DA 4EZ9A 4IDKA 2XY7A 1CZBA 1TK0A 4CJ4A 3K58A 1KTQA 3QIPA 4K8ZA 3AVAA 3SNNA 2GUIA 1TL3A 3AVFA 4H8KA 4HUEA 4B9UA 4MFBA 2OPSA 2IAJA 3LPTA 4CJPA 3AVKA 3RMDA 3UIQA 4BE0A 1ASUA 1RDAA 4M3TA 4KREA 1Z25A 1ZYQA 1X9SA 1RTDA 4FVMA 4DS5A 2ITGA 4E7KA 3NF8A 4OPJA 3OJSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DMNA 1BI4B 3SV4A 4CGJA 4BACA 1XNRK 2UUCK 1RDBA 2FSJA 2E20A 2P5OA 3AARA 2ASMA 3MECA 4WQ4C 3DOKA 5CHIA 3P39A 5BRFA 4ISFA 3TAGA 1FXXA 2ZGZA 3QLHA 2DY4A 2HNYA 3THYA 2G8IA 3PUFA 1DT9A 3OW2M 3V4IA 3CIPA 3QDKA 4KTWA 3GG4A 4OGEA 4Z94A 4IFVA 2HBKA 4CJQA 1VSLA 4NYNA 3OYGA 3WXMB 3KVGA 4KI6A 1SV5A 4DTPA 2F9WA 4EP4A 2W6LA 2QTDA 3AA2A 1XUPO 4FWSA 1DKGD 5KPRA 1VRUA 2RN2A 2E4LA 3V6DA 1HJOA 1RT6A 2NUBA 2YJFA 1JLAA 3EY1A 3O08A 4B08A 4JRPA 5KRSA 4DTSA 1L3SA 1YF5L 3QERA 4J8FA 4IDHA 5AQMA 4FJJA 3NAEA 1OH8A 3O80A 2D0PA 3ULEA 2CGKA 4H0XB 1W0HA 3CM6A 2HMPA 3RVCA 4CJ5A 4KHYA 3PX6A 4FWMA 1VQ7N 4IEEA 3EO3A 3UKUA 4IFYA 4B3OA 1WSIA 4CK1A 4JI3K 1RT1A 4B3TK 4BE1A 3DXMA 5LL6Z 1KAZA 4ELUA 2JWLA 2ZQBA 1JLCA 4JD2B 5CR4A 1RBVA 4IWVA 1VQ4N 3TAPA 2O8EA 1YHQN 3VA3A 1YJNN 3CCEN 2A3ZA 2ZGYA 2OANA 3DLGA 4Y1CA 3ZEUB 4Z4IA 2A1RA 3OYNA 4C8NA 3H3NO 2VYPA 4BRPA 2P9UA 3D2FB 3KWIA 5TKYA 1RTHA 4GMJB 1YIJN 1FKOA 3QETA 3TAEA 5C12A 1P90A 1U4BA 4DV3K 1SKSA 3ZT1A 1KCFA 3KTQA 3A5MC 2X78A 3D6RA 5CZ1A 3L2WA 2V52B 3MK6A 4BRLA 1Q81O 3PX0A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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