1BI4A

Catalytic domain of hiv-1 integrase
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
152
structure length
142
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of the catalytic domain of HIV-1 integrase free and complexed with its metal cofactor: high level of similarity of the active site with other viral integrases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Dna integration
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 42
structure length 142
sequence length 152
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1bi4A00
4CGDA 2PYJA 3K5LA 2Y1IA 1U47A 4LSNA 4FJ5A 4DSLA 3HYFA 1NK9A 1NK7A 3KTQA 4FZYA 1YVUA 2RPIA 4DTOA 5FRNA 4PQUA 1TGOA 4CIGA 4WE1A 4DTRA 1RBRA 1L3UA 4F2SA 3P5JA 4BWMA 4CEAA 4Z4FA 3WNHA 2O4IA 4BDZA 3TWHA 4XIUA 3JSMA 4CGFA 3SV3A 1KLNA 4O4GA 1B9FA 3TAGA 1QSLA 2HHTA 4MQ3A 2HHWA 1C0TA 3OYGA 1UA1A 4B9NA 3T3FA 1U04A 4DSEA 2KQ2A 3FFIA 1ITGA 1UOCA 3NF6A 4FW2A 3V1RA 4CJEA 1EP4A 4JS4A 3SQ4A 2VG6A 3MXJA 2DFEA 4LH4A 4KTQA 4I7FA 1C6VA 4I2QA 4CJFA 4O44A 1R0AA 4FJJA 3TR8A 4CECA 3AVAA 1JKHA 4E89A 3VQ6A 2AJQA 3DLRA 4DFPA 4CJWA 2OPQA 3IG1A 3U3YA 1TAUA 1K6YA 1Z25A 2G8FA 2FC0A 4IKFA 3E01A 3QEWA 4CHOA 4RG8A 3AVGA 4DQSA 1IKYA 1U49A 2IDOA 3A2FA 4YFUA 4ELVA 4M3UA 4PA1A 2DY4A 2B6AA 1WSIA 3IS9A 4DU3A 4CCHA 1ASWA 3AVCA 3HT3A 3QEXA 5D3GA 2OPSA 4CK2A 3KK1A 4FLUA 3QESA 3KLEA 4EZ6A 3OYNA 3TABA 1ZBHA 1NJYA 3OYCA 1JLGA 3EY1A 4DQRA 1WSJA 1XWLA 4DMNA 3LANA 5KGXA 3PX4A 4TSXA 3QERA 4E7LA 1VSLA 1KTQA 3C94A 3DLHA 1IKWA 3NHGA 5HBMA 3HVRA 1F21A 3V81A 4FJHA 2KZZA 4OKJA 4Y1DA 4ZHRA 1RBUA 1L3VA 1L3TA 1D8YA 3SQ2A 3CM5A 4KV8A 4W5QA 1SKSA 1KLMA 4FK0A 2Y1JA 4CK1A 4N47A 3S3MA 1LWFA 3D45A 3F73A 1IKXA 1SKRA 1EX4A 3P83D 2HHVA 4M3WA 1RT3A 1J9AA 1S1VA 4CHNA 5E41A 3AO4A 3ZSVA 3OYJA 3VQBA 1BCMA 3HXMA 3LAMA 1CZ9A 4F3OA 2KFNA 1JLFA 3OYAA 3NBPA 3QETA 4K8ZA 3SZ2A 5HRRA 1NK0A 3DOKA 1VK0A 1I39A 1EETA 3C6TA 4FLXA 4ZTFA 3OS0A 3ZT2A 4FJ9A 4CJKA 4AHUA 1VSJA 1S1WA 1BQNA 4BE0A 4KTWA 2HVIA 4RW6A 2G8WA 1VSMA 1A5WA 1Q8IA 3DRSA 1RT4A 3CQ8A 1DTTA 3QNOA 3PO4A 2GUIA 1Q9YA 1GOBA 2VG7A 3KK3A 4O0IA 4AHTA 2KTQA 1NKBA 1JLEA 4BACA 5HLFA 1T03A 1SL0A 3V9WA 3K58A 3NFAA 4NYNA 4DU4A 4C8OA 3T19A 3V1QA 1TKTA 2F8TA 3G0ZA 1JXBA 3DOLA 3NAEA 3KLHA 3ISNC 3WNGA 3VQ7A 3OYKA 1NJXA 3UIQA 2EX3A 3CFPA 1QE1A 1X9WA 3DLBA 1S9GA 3PV8A 5I42A 3EYZA 4I9QA 2ZD1A 3I0SA 3M8RA 1FKPA 1YTAA 2KZMA 4B8AB 4AHRA 1S9EA 4DTNA 4CESA 3NGZA 1UWBA 3NH1A 3OS2A 1JL1A 1L3SA 1NJWA 4F2RA 4FJKA 5SWMA 4CEQA 4B9TA 1TKXA 2OPPA 1BI4A 4M3RA 3S3NA 4C8LA 2HHXA 3QEPA 3V1OA 2P5GA 1EXQA 1HRHA 2A1RA 4E19A 3O3HA 3LP2A 2ETJA 4DFKA 2VWKA 1U45A 4G1QA 2IOCA 4J2BA 1BL3A 2YV0X 1SV5A 3RWUA 3AVNA 3CM6A 2F8SA 3B6PA 3SJJA 4KI6A 4IFVA 1RDDA 4MFBA 1BISA 1LAVA 4OLAA 4AHCA 2DFHA 1TL1A 3CG7A 3SV4A 1NKEA 3AVHA 5J2QA 1IG9A 1J5OA 1VSFA 4FLWA 4DTUA 3KD5E 3TAFA 4FJXA 4RW8A 4CGHA 4B9MA 1JLBA 1KVAA 2X78A 4F8RA 1MU2A 2XRIA 4FYDA 2YKNA 1B9DA 3K5MA 4O5BA 2JGUA 1ZBFA 3VQAA 3LZJA 1TK8A 2IS3A 3AVIA 5SZTA 4DTSA 2G8HA 5J2PA 1IO2A 2PY5A 4F3TA 1JXEA 2XY6A 1HYZA 1A5XA 3VQDA 4CIEA 3L8BA 3SNNA 1N6QA 2Z1IA 4KTZA 3SUQA 4M3TA 3LPTA 3ZSYA 1NK5A 2RF2A 3O3GA 3SUNA 4FZXC 1XC9A 4DFJA 1XHXA 3NF8A 1TVRA 4FJ7A 4HUEA 4OVLA 5C42A 3DI6A 3SPZA 1JLCA 4HUFA 4FJLA 2FBTA 4W5RA 4LD0A 3AA3A 4JRPA 1ASUA 1CXUA 3S9HA 4ELUA 4J2EA 1RDAA 4AILC 2OZMA 1RTJA 1KSPA 4CF2A 3OYDA 3L2UA 4KHQA 3K57A 1QHTA 3AVFA 1RT5A 1KCFA 3P1GA 3AVBA 3SUOA 1VSEA 3AO5A 4AH9A 1WNSA 3SUPA 1JL2A 2RN2A 1G15A 3L2QA 3K59A 3THVA 2YNHA 1FK9A 5HRPA 5T7BA 3RRHA 3VQ9A 1DTQA 2Z1HA 3C95A 1TL3A 1KRPA 1C1CA 4N5SA 3MAQA 1TKDA 4CJSA 4DS5A 1IKVA 1LW2A 4RW7A 1HYSA 3SCXA 4CJ5A 3OJUA 3VQCA 4E1MA 4NCBA 3QNNA 3AA2A 1BIZA 1X9MA 4Z4GA 2R7YA 3OS1A 3LP0A 4IG3A 5KTQA 4CEDA 1HNVA 4N56A 3V9ZA 4M3XA 3NCIA 4BWJA 1T8EA 1D9FA 4CHYA 5KRTA 4M42A 3RMAA 3HJFA 3NGIA 5I3UA 3OVNA 4DSIA 4FJMA 1KVBA 2XY5A 3HPHA 4FLVA 1RCHA 1LWEA 4CERA 4FLYA 1FKOA 4FM2A 1RNHA 3OYBA 1RT7A 2E6LA 2VWJA 5J2NA 1LWCA 3QEVA 2QKBA 4OJRA 4RW4A 5K14A 3VQQA 1WAFA 4FCYA 1HJRA 3PX0A 1N5YA 1SL1A 4DQPA 3TAPA 4PUOA 3HP9A 3I0RA 4LY7A 3ZT4A 3KLFA 1QS4A 3MXMA 4FK2A 2DFFA 5C24A 4DQIA 4O0JA 4DTJA 3G10A 1RDCA 4BE1A 1S6PA 3NGYA 3SQ0A 1SL2A 1VRTA 3ZSRA 4DLEA 1S6QA 4CEEA 1VSIA 1NK4A 3RR7A 4CJQA 1T05A 3QO9A 3CFOA 2YNFA 4DTPA 2X6SA 2HHUA 2Z1GA 4M41A 1WSGA 2WONA 3BDPA 3LWMA 1WSEA 4OGEA 3I8DA 1C0MA 4HUGA 4B9UA 2HB5A 3ZT3A 1S1TA 3V9UA 2G8IA 4DSFA 4KO0A 1NJZA 4N76A 4B08A 3C6UA 3EZ5A 4ID1A 4IG0A 4CGJA 2D0CA 4Q5VA 1YTUA 2HHQA 2OA8A 4CEOA 4J2DA 1REVA 4CGGA 2FBXA 3LZIA 3SQ1A 4FVMA 3OYLA 2PYLA 4ZTJA 4KB0A 4H4MA 3MEGA 1HMVA 3ZSXA 1BGXT 4C8NA 4PWDA 1JLQA 3QIOA 4E1NA 3NH2A 3OYFA 5FRMA 1XI1A 3O4NA 3MEDA 4CJUA 4HTUA 1SKWA 3NDKA 2YKMA 4OKEA 2IC3A 3NF7A 4DWIA 2D0AA 4M45A 4AHVA 5CY4A 4HCCA 1BI4B 2XO7A 3ITHA 3VN5A 3DLGA 1BCOA 4OGCA 3RMCA 2G8VA 4L8RB 1X9SA 3RMDA 4Z4IA 4H8KA 4JS5A 2YHBA 3LALA 3AVKA 4E0DA 1KVCA 3LP3A 3L2RA 2HNDA 3SYZA 2HVHA 4HHTA 4Z0UA 4FJGA 1RBVA 3VQ4A 3BGRA 2YNGA 4W5OA 1HNIA 3OYMA 3ALYA 4FZZA 3AO2A 4CF9A 1QSYA 4KPYA 1LW0A 4CEFA 1J53A 3DRPA 3QINA 3OYEA 4E7JA 3AO1A 2B5JA 2P1JA 3KD1E 3ULDA 3B6OA 3HPOA 1UA0A 2O4GA 2X74A 5FDLA 4GW6A 1W9HA 5CYQA 3LDSA 4W5NA 4JLHA 3OYHA 1RBSA 2PZSA 3LWLA 1WSHA 3H08A 5KI6A 2OPRA 4FW1A 4CE9A 1Z26A 4FLZA 4CJPA 2XY8A 2FBVA 1Y97A 2E4LA 1WN7A 1SUQA 1TKZA 4FM0A 1VSDA 4O55A 4DF4A 3RR8A 4GVMA 4M3ZA 1ZBIA 1CXQA 3RTVA 3AVLA 2E6MA 2YNIA 4EP4A 3TAEA 1Q9XA 3ZT1A 4F4KA 4E7IA 2QKKA 4FJIA 5C25A 4KHYA 4CK3A 4CHQA 4OLBA 1I3AA 3K2PA 3KLGA 4LSLA 3LP1A 4DSKA 4CEZA 4CF1A 3HM9A 3TI0A 1NK8A 3S3OA 3ZCMA 5JS2A 2GV9A 4CF0A 4N41A 3TANA 5CZ1A 3ZT0A 5HROA 2QK9A 3PX6A 3V6DA 4W5TA 2G8KA 1BHLA 1QTMA 1CLQA 4J2AA 1KFDA 5J1EA 1J54A 4ICLA 3VA0A 5JS1A 2A1SA 3O3FA 2P51A 2EHGA 4CHPA 4GMJB 4AHSA 1TK5A 1RTDA 4E7HA 4QOZB 4K8XA 4CJVA 3ASMA 3KLIA 3HK2A 1BIUA 1VSKA 4DTMA 4UQGA 4BDPA 2ITGA 3PUFA 1GOAA 3LAKA 2BGGA 1C1BA 1YT3A 4DG1A 1RT6A 3KJVA 2RKIA 3WNEA 2Q3SA 3AV9A 1DLOA 3JYTA 1RTHA 3M8QA 2BE2A 4KB1A 4QCLA 2HW3A 2Z1JA 2ZE2A 1XHZA 1LAWA 5FROA 1NOZA 4KFBA 4CJTA 2KFZA 4IBNA 1TK0A 3KK2A 2XY7A 3O4QA 4FJNA 3TAMA 3QLHA 1KFSA 3U3GA 4Q0BA 3ZSOA 2JLEA 4CFBA 1NOYA 2IAJA 1RT1A 3IAYA 4DSJA 1GOCA 2WOMA 3MEEA 3TARA 1VSHA 4HCBA 4DTXA 4M3YA 2D0BA 4EZ9A 4R5PA 3L2VA 1EKEA 1S5JA 3HPGA 1WAJA 1NK6A 2FBYA 1C1AA 1B92A 2HMIA 4HVJA 2X6NA 3DLKA 4E3SA 3D0PA 3SPYA 1RBTA 1S1XA 4CJLA 3OY9A 3L3VA 1HQUA 4KKOA 2HNYA 4OPJA 1FXXA 3VQ8A 3ZSWA 4Y1CA 5EU7A 4YNQA 4FLTA 1BQMA 3TAQA 4ELTA 4KHNA 1CZBA 4KI4A 1QSSA 3HO1A 2F96A 4JRQA 3VQ5A 3PO5A 4RW9A 3AA4A 1IH7A 2HNZA 3DRRA 3ZSZA 1O1WA 4CIFA 4KHSA 3SI6A 3MXIA 4KHUA 2DTUA 1RDBA 1TAQA 2W42A 1ZYQA 3KIOA 3QIPA 4B9VA 2BANA 1WLJA 4ID5A 4CEBA 2XHBA 1T7PA 4LH5A 4FM1A 2OYQA 2NUBA 4DQQA 2HHSA 3DYAA 3CYMA 3RRGA 1RTIA 1D9DA 3HVTA 4KREA 3F9KA 1HYVA 3AVJA 3AVMA 4QAGA 4DLGA 4CJRA 2D5RA 4FK4A 3DLEA 3VQPA 4CFAA 3HL8A 3DM2A 1S1UA 5DK5A 4NYFA 4DU1A 3L3UA 4EP5A 4IDKA 3CFRA 5HRSA 1U48A 1UAXA 1C0UA 5HRNA 1JLAA 4B3OA 4I9LA 3LPUA 4CJ4A 5HP1A 1QQCA 2ATQA 2YHAA 4OKKA 3WNFA 2IGIA 1WSFA 4CGIA 1HPZA 1X1PA 3T1AA 1TV6A 4Z4CA 1VRUA 4E7KA 1HQEA 3ZSQA 4Z4EA 3AA5X 1A5VA 2P5OA 3IRXA 3HP6A 4NCGA 4OPKA 1L5UA 4CFDA 5KGWA 3V9XA 4DS4A 3U6FA 3KKRA 3OYIA 2QXFA 3NE6A 3RMBA 3QEIA 1ASVA 4KHWA 4DF8A 5J2MA 4CFCA 2I5JA 4CF8A 3V9SA 1U4BA 1ZBUA 1NKCA 4B9SA 4IFYA 3VA3A 2BDPA 4B9LA 4FJ8A 3M8SA 3L2WA 4KRFA 2VG5A 5DMRA 4CJ3A 3V4IA 4BDYA 4BE2A 2LSNA 3K5OA 4I2PA 4Z4HA 4DFMA 1RILA 1RT2A 1W0HA 4KAZA 3VQEA 3OJSA 2KW4A 2G8UA 4FXDA 2ZQBA 3HSTB 1LV5A 3K5NA 3AO3A 4C8MA 3PY8A 4H4OA 3NH0A 3NF9A 2OZSA 5CYMA 3DMJA 4CHZA 3MECA 3M8PA 4PY5A 2B4JA 1ZBLA 4C8KA 3KKSA 5CZ2A 1D5AA 4NCAA 5KRSA 2GBZA 4B8CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TUUA 5AQOA 5FPMA 1U47A 3LL3A 1YIJN 2PBDA 2WUSA 3HYFA 4IOAL 5AQPA 3BY5A 1YVUA 3VGMA 1OH7A 4JI7K 1YITN 4PQUA 4CIGA 1RBRA 4F2SA 4Z4FA 2O4IA 4BDZA 3JSMA 3BEXA 4DR3K 1QSLA 4DV6K 2HHTA 2YI1A 3OYGA 3QICA 4B9NA 4B1ZA 4DSEA 2KQ2A 3FFIA 1EP4A 2JWKA 4LH4A 4I2QA 4FWKA 5GAHP 1R0AA 4CECA 3AVAA 1JKHA 4E89A 2QWLA 3MN9A 1BA0A 2OPQA 1K6YA 5LJVA 4CHOA 5AZIB 4CJ7A 3MWTA 2HBJA 1U49A 3A2FA 4YFUA 4YOWA 4ELVA 1LCUA 1WSIA 2NZTA 4BR9A 4LF4K 2IVNA 4FWRA 3K9KA 4DR2K 4M7YA 5AQMA 4DQRA 1WSJA 3O9SA 3QERA 4E7LA 4KH4A 4BRIA 3C94A 3DLHA 3KVGA 4JKGA 1IKWA 2V7ZA 3HVRA 4ZHRA 1D8YA 4KV8A 4WQ4A 1KLMA 4FK0A 2Y1JA 4N47A 5BRDA 2HHVA 4M3WA 4CHNA 4BRAA 3OYJA 3HXMA 3O5BA 1QQMA 1JLFA 3IUCA 4WQ5A 3MN7A 2GELA 2Q31A 3OS0A 4X66K 4WFNL 3EE8A 2FSNA 1BQNA 2G8WA 1A5WA 2E5LK 2FF3B 2P9UB 3E9OA 2W6LA 1T03A 2A5XA 4UY8O 3V9WA 3K58A 3HOTA 3T1HK 3DOLA 3SMPA 3KLHA 3OYKA 4NO7A 3UIQA 2WBNA 4LFCK 2EX3A 4M63C 4GKKK 1OH5A 1GLJO 2YX6A 5AQFA 3EYZA 5I42A 4RTFD 1X9JA 3I0SA 3CI5A 1N36K 2GUPA 3UKRB 3NGZA 1UWBA 1L3SA 4O5FA 3EEQA 4C8LA 2VCPA 3LDLA 2UXDK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1TUU A;  5AQO A;  5FPM A;  1U47 A;  3LL3 A;  1YIJ N;  2PBD A;  2WUS A;  3HYF A;  4IOA L;  5AQP A;  3BY5 A;  1YVU A;  3VGM A;  1OH7 A;  4JI7 K;  1YIT N;  4PQU A;  4CIG A;  1RBR A;  4F2S A;  4Z4F A;  2O4I A;  4BDZ A;  3JSM A;  3BEX A;  4DR3 K;  1QSL A;  4DV6 K;  2HHT A;  2YI1 A;  3OYG A;  3QIC A;  4B9N A;  4B1Z A;  4DSE A;  2KQ2 A;  3FFI A;  1EP4 A;  2JWK A;  4LH4 A;  4I2Q A;  4FWK A;  5GAH P;  1R0A A;  4CEC A;  3AVA A;  1JKH A;  4E89 A;  2QWL A;  3MN9 A;  1BA0 A;  2OPQ A;  1K6Y A;  5LJV A;  4CHO A;  5AZI B;  4CJ7 A;  3MWT A;  2HBJ A;  1U49 A;  3A2F A;  4YFU A;  4YOW A;  4ELV A;  1LCU A;  1WSI A;  2NZT A;  4BR9 A;  4LF4 K;  2IVN A;  4FWR A;  3K9K A;  4DR2 K;  4M7Y A;  5AQM A;  4DQR A;  1WSJ A;  3O9S A;  3QER A;  4E7L A;  4KH4 A;  4BRI A;  3C94 A;  3DLH A;  3KVG A;  4JKG A;  1IKW A;  2V7Z A;  3HVR A;  4ZHR A;  1D8Y A;  4KV8 A;  4WQ4 A;  1KLM A;  4FK0 A;  2Y1J A;  4N47 A;  5BRD A;  2HHV A;  4M3W A;  4CHN A;  4BRA A;  3OYJ A;  3HXM A;  3O5B A;  1QQM A;  1JLF A;  3IUC A;  4WQ5 A;  3MN7 A;  2GEL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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