1BI4B

Catalytic domain of hiv-1 integrase
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
153
structure length
143
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFLIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of the catalytic domain of HIV-1 integrase free and complexed with its metal cofactor: high level of similarity of the active site with other viral integrases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Dna integration
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 45
structure length 143
sequence length 153
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1bi4B00
4KB0A 4MQ3A 5KRSA 2QK9A 4CJEA 3HK2A 4E7LA 2YNHA 4KB1A 2KW4A 3ASMA 1JLQA 5HRPA 2AJQA 2PYJA 3IRXA 3CFRA 3L2UA 2HMIA 3EY1A 4DQQA 4EP4A 4DTXA 5HRSA 3SUNA 3AO5A 3TARA 1RT2A 2ZE2A 1KCFA 3DOKA 4K8XA 1JLEA 1TV6A 2JLEA 3VQ6A 1YTUA 3SQ0A 4B9SA 4J2DA 3ZT1A 1DTQA 3ZSWA 1VK0A 4FJKA 1NK7A 5J2MA 3DLGA 4CHZA 1JL1A 2X74A 4CFDA 1TKTA 1WSFA 3O3HA 3VA0A 3S3OA 5CY4A 3SPZA 4CJRA 5DK5A 5CZ2A 2YV0X 4H8KA 4KTQA 4LSLA 3DRPA 3L3VA 2RPIA 3JSMA 1BL3A 3NCIA 1C1CA 1WSJA 4CEAA 2XY8A 3SPYA 3EYZA 4RW9A 4DFPA 4FM0A 3VQ8A 3LAKA 4DSLA 4DG1A 2VG7A 2XO7A 3ZSVA 1WAJA 4YNQA 4CECA 3TAPA 3AVIA 4E19A 4BE0A 1NKEA 2Y1IA 1HJRA 3KLEA 4DQSA 4DSJA 3VQAA 2D0BA 3HXMA 3B6OA 4FJJA 3OYAA 4FCYA 1DLOA 1LW0A 1BI4B 1XHZA 3DLHA 4CFAA 3ZT2A 5HROA 2RF2A 4B08A 3QEWA 1SL1A 3KK1A 3OYEA 1Z25A 1QQCA 3BGRA 3KIOA 3TAFA 3MEDA 4CF9A 3SYZA 4B9UA 1W9HA 4ID5A 3K5OA 1LAWA 5I42A 1C0TA 2BGGA 3AA5X 4CJLA 3UIQA 4DTSA 4JS5A 1NK5A 1RTHA 3MXJA 4O5BA 2A1SA 4CGJA 4CJ5A 1GOBA 3JYTA 3HVRA 3CM5A 4E7IA 2BDPA 2HW3A 1TAQA 4PWDA 1IO2A 1ZBHA 1NJYA 1YT3A 2WONA 3SV3A 3VA3A 2P5GA 3ZCMA 4FXDA 4CJQA 1TAUA 4LH5A 4DF8A 2P51A 4RW7A 3RMAA 4CJUA 1KRPA 1D9DA 5FRMA 3QIPA 1XC9A 3ZSZA 3OY9A 2D0AA 4B9VA 4CEZA 4FJ5A 4KHYA 3KKRA 4IFYA 4KHSA 4DTRA 4ICLA 1XHXA 4PA1A 2D5RA 3AA4A 4FYDA 2IAJA 4MFBA 2F96A 3V81A 3VQ5A 5HP1A 4DLEA 3DLBA 2KZZA 3RMCA 3OYDA 1A5WA 4B9MA 2RN2A 2IS3A 1QS4A 1ITGA 4O4GA 3AO1A 2IOCA 4IDKA 2Z1HA 1NK0A 1KLNA 2KZMA 2G8KA 1X9MA 1TL3A 4CIFA 1UOCA 1IG9A 2Q3SA 3AVKA 4IG3A 4KHWA 4JRPA 2A1RA 4HVJA 2O4GA 4KRFA 4DTNA 1A5XA 1VRTA 4CJKA 4F2RA 4BE2A 1WSEA 3CYMA 4DTPA 4QCLA 2W42A 4FJ7A 3LANA 1WSIA 1EP4A 3HL8A 3LP0A 4LD0A 1W0HA 2FC0A 4CEEA 3L2RA 3V6DA 3HSTB 1VSHA 4F3OA 4GW6A 1C6VA 1JLGA 3DLKA 2G8HA 1L3VA 3ZSRA 3WNHA 1RT7A 1Y97A 3I0SA 3PX4A 4DQIA 4ELTA 5C25A 4OLAA 2OPPA 1D8YA 5CZ1A 1REVA 4JRQA 1RTDA 5KTQA 4NYFA 4W5QA 4JLHA 1ASVA 2GUIA 4KFBA 2OPRA 1LW2A 1B9FA 3DI6A 1TL1A 1KTQA 1TKXA 3T19A 3S9HA 4ELVA 2HVHA 2RKIA 5J1EA 3MXIA 1RT4A 1BIUA 3RR8A 1QSSA 3NGIA 4KO0A 3DRRA 3MEEA 3LWMA 1NK9A 3MEGA 1HQEA 4CEFA 4FLUA 1RBVA 3RTVA 4ZTJA 2PY5A 3V9XA 4BWMA 4B9NA 3IAYA 4AHSA 4RW6A 2WOMA 3RR7A 1UAXA 4CF1A 1U49A 2OZSA 3KK2A 3U6FA 4DFMA 1CXQA 4B8CA 1SUQA 3FFIA 4CJ3A 1VSMA 4CGFA 3V9ZA 2BE2A 3IG1A 4C8KA 1S6PA 1EETA 4CERA 4CHOA 4L8RB 1U4BA 2FBYA 4Z4CA 3LPUA 3V1RA 2VG5A 4CIEA 3OYFA 3OYLA 3L2WA 1UA0A 3KJVA 1RCHA 2I5JA 4O55A 3KLHA 4DU4A 1GOAA 5C42A 2HHQA 1RT3A 3HPGA 3K5LA 4KV8A 2BANA 4C8MA 4OGEA 4CEQA 3AVCA 4N76A 4CGGA 3RMDA 4CF8A 1HNVA 5JS1A 2IC3A 3OVNA 2XRIA 2O4IA 4G1QA 1JL2A 3TAQA 4OPJA 4FJNA 3KLFA 1WSHA 4KI4A 3ZT4A 4HUFA 1S1UA 3OJSA 2KFZA 4B9LA 1HYZA 4B9TA 4E3SA 4FZXC 3ZT3A 1TK0A 4OPKA 3SJJA 3KK3A 4CESA 1SKWA 1NOYA 1VRUA 4CJPA 4OKJA 2G8UA 4LSNA 4IBNA 3TAEA 1RDDA 4FJHA 1TK5A 4CF0A 4IFVA 2R7YA 3PUFA 4BACA 1ZBLA 4CGDA 4CHPA 1FK9A 1KVBA 4ZHRA 4R5PA 3NGYA 3I8DA 3AVHA 4LH4A 4CE9A 3C95A 2OZMA 2P1JA 4CF2A 1KFSA 1WN7A 4AHTA 3PV8A 3CG7A 4C8OA 3T1AA 1LWFA 1VSIA 3QEVA 3AVNA 4KTWA 4E1NA 3SQ2A 3MXMA 4Z4FA 3ULDA 3ZSYA 1T8EA 4OKEA 3O3FA 3QEIA 2IDOA 5I3UA 1ZBFA 1NKCA 1NKBA 1S9EA 1XWLA 4DTMA 1X9SA 3OYJA 1ASUA 2XY5A 4N41A 3HJFA 2GV9A 5DMRA 4OKKA 3VQ4A 1BCOA 3AVFA 1BIZA 3THVA 1SL2A 3LP3A 3ZSXA 2VG6A 4CFCA 2G8FA 4CJTA 4KAZA 4B3OA 3CM6A 4WE1A 1T03A 4KHQA 4I7FA 4OVLA 2FBVA 1QSLA 2XHBA 3NF7A 1LWCA 1HRHA 3SUQA 4NCBA 2ETJA 3C6TA 2X78A 3VQ9A 1IKYA 3NGZA 3HYFA 4ELUA 2KQ2A 3AO2A 4M3XA 1QE1A 3O4NA 1C0UA 1X1PA 1NOZA 4W5RA 3SCXA 1Z26A 4FJMA 4FJ8A 3AVJA 3U3GA 1RILA 3AVAA 1VSFA 1XI1A 4H4OA 1C1AA 3VQEA 3OYIA 3SUOA 4ZTFA 4HTUA 2F8SA 4J2AA 4KREA 5HRNA 3LP2A 1FKPA 3SUPA 2OPQA 4CK1A 4E7JA 1U45A 1NJZA 1LV5A 4KHUA 4B8AB 1IKWA 1RDBA 3G0ZA 3V1OA 3LAMA 3LDSA 4DSEA 2KFNA 3S3MA 4KPYA 4DF4A 1EX4A 4DWIA 4DFKA 4GMJB 3F73A 4FLZA 1RBTA 4OJRA 2ZQBA 3AVLA 4UQGA 4F2SA 4HCCA 4J2BA 3V4IA 1C0MA 2DY4A 1VSKA 1BISA 2ITGA 3P1GA 1L3SA 4NYNA 4BDPA 1ASWA 1KLMA 4FJGA 4HUGA 3L2VA 3OS2A 4DU1A 3H08A 1KFDA 3ITHA 1R0AA 3PO5A 4FK0A 4YFUA 2DFEA 4DSKA 4I2QA 4FLWA 1S5JA 1KVCA 1S1VA 1RT6A 2DFFA 4DFJA 2X6NA 1QSYA 3NDKA 3DLEA 5KGWA 5J2QA 3OYCA 2HB5A 3ALYA 3K59A 2XY7A 3QIOA 1Q9XA 1QTMA 1U04A 4KI6A 4FZZA 4Z4EA 1TKZA 3V9SA 3LALA 3C6UA 1X9WA 2HHXA 4Q5VA 3ZT0A 3B6PA 3SI6A 1J53A 3LZIA 3KD1E 5J2PA 4KTZA 2E6MA 4NCAA 1HMVA 1F21A 3KLIA 3SNNA 4M45A 1D9FA 4Z4GA 1J54A 2FBXA 1J9AA 1N5YA 4M3WA 3QEPA 2YNFA 4KKOA 4HUEA 1L3TA 3L2QA 1KVAA 2VWKA 4CK2A 1IKXA 1G15A 2OPSA 4CFBA 5E41A 2Y1JA 3HO1A 3TR8A 4OGCA 3P83D 2HHVA 1D5AA 3AA2A 4CGIA 1BHLA 3QINA 1RBUA 4FJIA 2DTUA 3QETA 2HNZA 3QLHA 4M3ZA 1ZYQA 3K5NA 1NK8A 4E1MA 1A5VA 3NH2A 3V9UA 1S9GA 3TABA 1JLBA 1CZBA 1JXEA 4QAGA 3HT3A 1L3UA 3PY8A 3LP1A 5K14A 3O3GA 3LWLA 4CEBA 4PUOA 3OJUA 2HVIA 4CK3A 3TANA 2HHTA 1C1BA 1Q8IA 3M8PA 3NH0A 4KHNA 4C8NA 2HNDA 3E01A 3WNGA 4CEDA 4FM2A 4DU3A 4IKFA 2DFHA 2EHGA 5FDLA 4CGHA 1SV5A 5FROA 3HVTA 1SL0A 3M8SA 5J2NA 3BDPA 4N5SA 4DQPA 2ATQA 1T7PA 4CHYA 4M3YA 2YHAA 5EU7A 5KRTA 3SQ4A 1Q9YA 3QESA 2HHWA 4DTUA 3PX0A 1S6QA 1LAVA 4N47A 4CIGA 1TGOA 3DM2A 2Z1JA 4FM1A 1YVUA 2PZSA 4Q0BA 3PX6A 4Y1DA 4H4MA 1TVRA 4FLYA 1HQUA 5CYQA 3K5MA 3K58A 3QNNA 4QOZB 1BQMA 3VQCA 3PO4A 4FK2A 1WNSA 4FJ9A 4CJFA 1UA1A 3RMBA 4F4KA 4DS4A 3M8RA 2D0CA 3OYHA 1SKRA 3U3YA 1DTTA 3NHGA 1ZBUA 4W5NA 4FZYA 2F8TA 3WNEA 4CEOA 3NAEA 1VSDA 1VSEA 1RT5A 4AHRA 3NF6A 3TWHA 1NJXA 4E89A 4HCBA 4BWJA 3DYAA 3L8BA 4E7HA 3QERA 1SKSA 2B4JA 1WSGA 4DMNA 1NK4A 2E6LA 4DSIA 3NF9A 3CFOA 3TAGA 4F3TA 1CXUA 2HHUA 1O1WA 3K2PA 4I2PA 4O0JA 2JGUA 3HP6A 3DLRA 4RW8A 3OYMA 2XY6A 1I39A 4Z4IA 3VQPA 3KD5E 1RNHA 4RG8A 4CJSA 3F9KA 4M41A 3EZ5A 1N6QA 4CHQA 4PQUA 1RT1A 4M3UA 1FXXA 4FW1A 1NK6A 2B6AA 2X6SA 4Y1CA 1BGXT 1U48A 5HBMA 5JS2A 5KI6A 4OLBA 1T05A 4J2EA 4FJXA 1FKOA 3VQBA 1TKDA 3VQDA 1BI4A 3L3UA 4EP5A 3NF8A 5HLFA 1HYVA 1KSPA 3IS9A 4BE1A 4W5OA 2YNGA 4BDZA 4FW2A 3ZSQA 3TI0A 1RBSA 4AHCA 2NUBA 1JLCA 3D0PA 1NJWA 1WLJA 1I3AA 4Z4HA 4DQRA 3RRHA 3SQ1A 5T7BA 3KLGA 4DTJA 4ID1A 1HPZA 5HRRA 3SZ2A 3QO9A 3QNOA 3AO3A 1TK8A 4FLTA 1VSLA 1B9DA 3VN5A 4W5TA 3LZJA 4I9LA 4RW4A 2EX3A 1IKVA 1S1WA 1BCMA 2Z1IA 4CJ4A 2PYLA 3AA3A 5SWMA 4CCHA 1UWBA 3V9WA 4C8LA 5FRNA 4BDYA 4Z0UA 4M3TA 2QKBA 1RTJA 2OYQA 2YKNA 4M3RA 4HHTA 3HPOA 2GBZA 4GVMA 2G8IA 3MAQA 3KKSA 3K57A 4CJWA 2Z1GA 1GOCA 4XIUA 1L5UA 1CLQA 4FLXA 3HPHA 3NH1A 3OYBA 3NBPA 2G8VA 4EZ6A 3I0RA 4FVMA 4FJLA 3O4QA 1ZBIA 4AILC 2YKMA 3KTQA 3QEXA 4AH9A 2G8WA 1RDAA 1LWEA 3OS0A 2VWJA 2ZD1A 3D45A 5KGXA 3P5JA 4F8RA 4DLGA 3RWUA 3C94A 5CYMA 3RRGA 2P5OA 3VQ7A 3S3NA 1EKEA 2KTQA 2IGIA 2LSNA 3LPTA 4AHVA 3OYNA 4K8ZA 4E0DA 1K6YA 4M42A 3VQQA 5D3GA 4TSXA 4I9QA 4DSFA 1QHTA 3HM9A 3M8QA 3DOLA 1JXBA 2QKKA 3AV9A 4N56A 4CHNA 4PY5A 3CQ8A 4JS4A 4O0IA 4NCGA 3SV4A 3TAMA 1YTAA 1JKHA 4E7KA 1CZ9A 1VSJA 1RTIA 1RBRA 3G10A 4CJVA 2HNYA 3DMJA 3NE6A 1B92A 1HNIA 1MU2A 2FBTA 3NFAA 1S1XA 1U47A 2YHBA 3AO4A 2E4LA 3OS1A 2B5JA 1RDCA 1JLAA 1IH7A 2HHSA 3MECA 4AHUA 3HP9A 2QXFA 3AVBA 1JLFA 3AVGA 3WNFA 4DTOA 3T3FA 3AVMA 4FK4A 3ZSOA 4EZ9A 1BQNA 4IG0A 3V1QA 3OYGA 3OYKA 5C24A 5SZTA 4DS5A 3ISNC 1S1TA 2YNIA 3DRSA 4LY7A 3A2FA 4O44A 1HYSA 1J5OA 4FLVA 1EXQA 2OA8A 3CFPA 1WAFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QMLA 2P9PB 2P9PA 3A5LC 4CJEA 5KRSA 4E7LA 3W0LA 1NNEA 1EO1A 5HRPA 1JCGA 5E26A 4EP4A 3DOKA 4K8XA 3VQ6A 4QS7A 5TKWA 4NXMK 4K41A 4X66K 1NK7A 3O3HA 3CCJN 4GKKK 3S3OA 1RDUA 1ATRA 3SPZA 5DK5A 4BRMA 3UE5A 4CZKA 1IJJA 2CH6A 3DRPA 3L3VA 4HTLA 1NLVA 4RW9A 4DSLA 4DG1A 1NGIA 4BRGA 3ZSVA 5M1NA 3E66A 2P9NB 2P9NA 3J8AA 5AQOA 4JN4A 5AQRA 4E19A 5AZJB 5AZJA 1M90O 1Q81O 2E2QA 5FPNA 3OYAA 3ZX2A 2IVNA 4H5RA 3KVGA 4CD1A 3H6EA 2W41A 3QEWA 3OYEA 3BGRA 1T44A 3MEDA 4XEIA 1W9HA 3K5OA 4BRHA 4CJLA 3MN7A 3CPEA 5AFUH 2HW3A 1ILYA 3VA3A 5JVHL 3FGUA 3VEOA 3ZCMA 3PSFA 4BQLA 4DR4K 1KRPA 1W7AA 3EZWA 2VQFK 3OY9A 2D0AA 3VTHA 5GAHP 4H5WA 4O5FA 4DTRA 2W40A 2D5RA 4FYDA 1DKGD 2IAJA 2P9KB 2P9KA 5F2RA 5HP1A 4DLEA 3DLBA 3RMCA 3C7NB 1A5WA 3U9DA 1QS4A 2IOCA 1D4XA 5LJWA 2G8KA 1X9MA 1TL3A 4CIFA 4NLCA 4KHWA 4DR5K 4JRPA 4GVEA 4KRFA 4B3RK 1BOTO 4YORA 4CJKA 2Q31A 4BE2A 4DTPA 2W42A 2A42A 4H0PA 3LDPA 4FWNA 3V6DA 3FZLA 2HHHK 3CHWA 1JLGA 4YOXA 1RT7A 1Y97A 5M1FA 2Q1NA 1U2VB 1U2VA 2UU9K 5KTQA 4NYFA 2GUIA 4KFBA 2OPRA 3S9HA 3DI6A 3CIPA 3HM8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3QML A;  2P9P B;  2P9P A;  3A5L C;  4CJE A;  5KRS A;  4E7L A;  3W0L A;  1NNE A;  1EO1 A;  5HRP A;  1JCG A;  5E26 A;  4EP4 A;  3DOK A;  4K8X A;  3VQ6 A;  4QS7 A;  5TKW A;  4NXM K;  4K41 A;  4X66 K;  1NK7 A;  3O3H A;  3CCJ N;  4GKK K;  3S3O A;  1RDU A;  1ATR A;  3SPZ A;  5DK5 A;  4BRM A;  3UE5 A;  4CZK A;  1IJJ A;  2CH6 A;  3DRP A;  3L3V A;  4HTL A;  1NLV A;  4RW9 A;  4DSL A;  4DG1 A;  1NGI A;  4BRG A;  3ZSV A;  5M1N A;  3E66 A;  2P9N B;  2P9N A;  3J8A A;  5AQO A;  4JN4 A;  5AQR A;  4E19 A;  5AZJ B;  5AZJ A;  1M90 O;  1Q81 O;  2E2Q A;  5FPN A;  3OYA A;  3ZX2 A;  2IVN A;  4H5R A;  3KVG A;  4CD1 A;  3H6E A;  2W41 A;  3QEW A;  3OYE A;  3BGR A;  1T44 A;  3MED A;  4XEI A;  1W9H A;  3K5O A;  4BRH A;  4CJL A;  3MN7 A;  3CPE A;  5AFU H;  2HW3 A;  1ILY A;  3VA3 A;  5JVH L;  3FGU A;  3VEO A;  3ZCM A;  3PSF A;  4BQL A;  4DR4 K;  1KRP A;  1W7A A;  3EZW A;  2VQF K;  3OY9 A;  2D0A A;  3VTH A;  5GAH P;  4H5W A;  4O5F A;  4DTR A;  2W40 A;  2D5R A;  4FYD A;  1DKG D;  2IAJ A;  2P9K B;  2P9K A;  5F2R A;  5HP1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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