1BI4B

Catalytic domain of hiv-1 integrase
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
153
structure length
143
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFLIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of the catalytic domain of HIV-1 integrase free and complexed with its metal cofactor: high level of similarity of the active site with other viral integrases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Dna integration
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 45
structure length 143
sequence length 153
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1bi4B00
4W5OA 3AA2A 1LWCA 3OYHA 2R7YA 4DFKA 3C6TA 4CCHA 1NJXA 2KTQA 2HHUA 3PX0A 4CEOA 4M3TA 4WE1A 4JLHA 1T05A 4MFBA 4N76A 4HCBA 2Y1IA 3QINA 4CJ5A 3LP3A 3DLRA 2ETJA 3RTVA 4I7FA 1RDAA 1L3TA 2BGGA 3C94A 2RF2A 3HVRA 4AILC 1RT4A 2A1RA 3NAEA 2G8FA 4CF8A 1HQEA 4YFUA 1D8YA 4E7IA 4NCAA 4DTJA 2XY5A 4E1NA 1FKPA 3SV4A 5J2MA 1NK4A 1C1BA 1Q8IA 1KVBA 2OA8A 4Z0UA 5D3GA 3IG1A 5CZ1A 4FLZA 2HMIA 3L2VA 3T19A 4DF4A 4EZ6A 3TR8A 4CJSA 3V9UA 3PO5A 4R5PA 1BGXT 3AVCA 3ZT4A 3AO1A 1D9DA 1TKXA 4FW1A 1KFDA 4E3SA 4KHYA 3K5MA 3CM5A 1S1XA 4J2DA 1GOBA 3K5NA 3A2FA 1S5JA 4JRPA 4FJ7A 1HRHA 2QK9A 4FLWA 3MEEA 2QKKA 1Z26A 5FROA 2YNGA 3LP2A 1SL1A 2BE2A 3V81A 4DQSA 3AVMA 4CHQA 3CM6A 2HNZA 1C0MA 3HT3A 4BWMA 1T8EA 1TV6A 4DQRA 1ITGA 3I0SA 3KLIA 3LAKA 1RILA 1UAXA 3V9WA 3QERA 1U49A 1QTMA 2VG5A 2YV0X 4CEZA 2XRIA 4IFVA 4YNQA 2Y1JA 3ASMA 4O55A 1NK0A 2OYQA 1VSJA 4N47A 1RDBA 2FBYA 1WSJA 3UIQA 2KW4A 3ZSVA 3M8PA 4FLUA 4B9UA 1VSKA 1FK9A 4DSIA 2G8IA 3M8RA 1TAUA 1Y97A 4ELUA 4I2PA 3B6OA 4E7KA 3DRSA 1X9WA 4B3OA 1RCHA 1ZBIA 2B4JA 2YNHA 3VN5A 4KTQA 4FZXC 3RMAA 1RTIA 1JLGA 4Z4HA 4QCLA 2X78A 2KQ2A 2OPRA 2FC0A 3C95A 3ITHA 4N41A 4NCBA 2KZZA 3OS0A 3AVJA 3NGZA 3ZT2A 4E7HA 2GV9A 2FBXA 4OKJA 3OYAA 2RKIA 4C8LA 2B5JA 3AVLA 4N56A 2BANA 3QETA 3D45A 3DLGA 3QEVA 2G8WA 4DS5A 4B9NA 4FCYA 1CXQA 3VQAA 3KD1E 3DOLA 3MEGA 3OYGA 4Y1DA 3LPUA 4KAZA 4MQ3A 4CESA 1T03A 3SI6A 3QNOA 4PA1A 1TL3A 2YKMA 4FK4A 3VQCA 3LZIA 1BHLA 1J53A 4BWJA 3O3FA 1SL0A 1RDCA 3HO1A 3OVNA 3LDSA 1LAVA 2IS3A 2P51A 3THVA 1T7PA 4E19A 3NF6A 5FRMA 3ZSOA 1FXXA 1RBTA 2HNDA 2VWKA 3DI6A 4H4OA 4CJVA 5J2PA 1QSYA 4C8KA 3CFRA 1G15A 2ZD1A 3FFIA 4FJLA 1W9HA 3VQDA 1ASUA 3VQQA 5KTQA 1S1VA 2Z1GA 3OS2A 3CFPA 3LP0A 1JXBA 3ZCMA 2XHBA 3EY1A 4M3RA 1B9FA 4F2SA 3KIOA 4RW4A 1NKEA 3DMJA 4FJ5A 4Z4FA 2IAJA 1LW0A 1C0TA 4CGIA 4FLXA 4DSKA 1XHXA 2HVHA 3V4IA 1J54A 3QEXA 1TKZA 3WNGA 3KTQA 1TK0A 1CZ9A 3AA3A 4LY7A 4DTUA 4DTRA 3AVKA 4HUFA 4OVLA 3DLBA 1IG9A 2OZMA 3ZSQA 4CJKA 3PV8A 4Z4EA 1TK5A 1VSEA 2DY4A 3HP9A 5CYQA 2FBVA 1EKEA 3TAQA 5C42A 4RG8A 3VQ5A 2IDOA 1GOAA 4E1MA 3SQ2A 1WN7A 4AHUA 3U3YA 4HUEA 4KPYA 3HJFA 4RW7A 4FM1A 1NKBA 1BL3A 1YT3A 5J1EA 3QO9A 2VWJA 2XY8A 4DWIA 4B9LA 3PUFA 3I8DA 2YHAA 3SQ4A 4CJ3A 5HRRA 4AH9A 1Q9XA 1R0AA 3V1OA 4CJRA 3L3UA 1LV5A 3AO5A 4ELTA 1RT3A 4CHYA 1XC9A 4C8NA 3OYMA 2KZMA 5C24A 2XO7A 2OPPA 2YNIA 4CGHA 1N5YA 1EP4A 3IS9A 3S3MA 1QHTA 1IKXA 1RTDA 1WAJA 2X74A 4DLGA 4HHTA 1GOCA 4DSLA 2F8SA 1QE1A 3HPOA 1NJZA 4OLBA 3NGIA 1D5AA 1U04A 1Z25A 2D0BA 2EHGA 4L8RB 4KKOA 4CJFA 4QOZB 4CFBA 5CY4A 4W5NA 3DOKA 1RT7A 4I2QA 4DMNA 4BE0A 4DU3A 3P83D 1S9GA 1ZBHA 3AVIA 4G1QA 1SKWA 1U4BA 3AA5X 1YTUA 2OPSA 3TAMA 1UA0A 3V6DA 4CJLA 2X6SA 3VQEA 3EYZA 3QEWA 3TAGA 5I3UA 3M8QA 4DU1A 3SCXA 3WNEA 2HHSA 4O5BA 4CHNA 3SUNA 1KLMA 1S6PA 2HNYA 3NH0A 3P1GA 2Z1HA 3NGYA 3NDKA 1KVAA 3NH1A 4JS4A 3P5JA 2HHXA 4FXDA 1K6YA 2HB5A 1I3AA 4CIFA 4EZ9A 3OYKA 4BE1A 5KRSA 2EX3A 3NHGA 3KLFA 4B9MA 4CE9A 2JGUA 4M41A 1RT2A 1ZBLA 4FJIA 5HRNA 3AO3A 4M3ZA 1HYSA 3ZSYA 3OYDA 3LWMA 1U48A 4DTSA 4CIEA 3TAFA 1BIUA 3RMBA 3ZT3A 4KRFA 1A5WA 1JLAA 1L3UA 4JS5A 3DLHA 4FZYA 3C6UA 1LWFA 4W5RA 3ULDA 5SWMA 4W5TA 4FJ8A 4K8ZA 5JS1A 3F73A 4CEQA 1BCOA 3SJJA 1IKYA 2Z1IA 4RW6A 4B8AB 4DG1A 4B9VA 4DSJA 3NF7A 1NJWA 3PO4A 3KKRA 4FJKA 1UWBA 3OYBA 2LSNA 3DLEA 1NK8A 4Z4CA 4KHWA 3IRXA 5EU7A 5KI6A 3HYFA 4GVMA 3SNNA 3V9SA 1VSLA 4CEBA 4IDKA 3OYFA 1HYZA 2I5JA 2G8HA 3AO4A 4OJRA 1HNIA 3K58A 2D5RA 4DQIA 3LPTA 4ZHRA 4O44A 3K5LA 3SUQA 2O4IA 1TK8A 1JLQA 1YTAA 3KLHA 4DU4A 3MEDA 4CJUA 2HHQA 4FJ9A 2VG6A 3SQ1A 3SPYA 5HROA 1HPZA 4CECA 1TAQA 3HSTB 4DTOA 4CJEA 1C1AA 3OYIA 1ASVA 3K2PA 4AHTA 4CK2A 4Q5VA 3OYCA 4DS4A 4DTPA 3EZ5A 3RRGA 2B6AA 3IAYA 1BI4B 1HYVA 3TARA 1J5OA 3AVHA 4CF0A 3D0PA 3F9KA 2G8VA 4HUGA 3VQ7A 1L3SA 1ASWA 3HP6A 5DMRA 4KO0A 4H8KA 3SUOA 4FJHA 3HL8A 2Z1JA 1UOCA 4UQGA 1RNHA 4PUOA 3LZJA 3LWLA 3SZ2A 2YNFA 3JYTA 1KSPA 4W5QA 3ZSRA 3WNHA 1RBRA 3T1AA 2ITGA 4FK2A 5FRNA 1LWEA 3NF8A 2GBZA 4EP5A 5I42A 4C8OA 1S1TA 3L2QA 1A5XA 1N6QA 4OGEA 2KFZA 3OY9A 2VG7A 4H4MA 3HPHA 3DM2A 4N5SA 2KFNA 1ZBUA 3CG7A 2ZQBA 4JRQA 3VQ4A 3V9XA 3U6FA 2O4GA 1KLNA 2DFHA 4FJNA 4PY5A 1KVCA 1WSEA 1SV5A 3DRRA 3RR8A 1RTHA 4QAGA 1NK7A 3CFOA 4CGGA 4CF1A 4CF9A 3TAPA 2BDPA 3K59A 4J2EA 2WONA 1BI4A 3QIPA 3TI0A 3CYMA 5J2NA 3SQ0A 4EP4A 3M8SA 1HJRA 1XI1A 3O3GA 4CHPA 3KLEA 4CJ4A 4DF8A 1B92A 1X9MA 2PZSA 4CEDA 3PX4A 3SV3A 3I0RA 1X9SA 4DQQA 4KHUA 4FZZA 2XY7A 1BIZA 1VSHA 1DTTA 4F3TA 4TSXA 1KCFA 3G0ZA 1JKHA 3RRHA 3OJUA 1IKVA 4BACA 5HRSA 4ZTFA 3KLGA 4RW8A 4ELVA 3OYJA 3ZT1A 2PYJA 4CGFA 3VQ8A 1REVA 1WAFA 2P5GA 4FJJA 4DQPA 1JLBA 4DSFA 2G8KA 1B9DA 1CZBA 1NK6A 5FDLA 3U3GA 1XHZA 2ATQA 4E0DA 1S9EA 4K8XA 3OYLA 5C25A 2RPIA 1VRUA 3K5OA 1SL2A 4AHSA 3NFAA 4CIGA 3RMDA 4PQUA 4FVMA 4DFPA 1HMVA 3L2WA 4AHRA 2NUBA 4C8MA 1LAWA 1W0HA 1WSIA 1YVUA 3ZSXA 1EXQA 1S1WA 3L2RA 1BQNA 4DLEA 3DYAA 3DRPA 4CEAA 4CEFA 3V9ZA 3MXIA 1S6QA 4O0JA 4LSLA 4FLTA 4LSNA 1A5VA 4BE2A 1XWLA 1TL1A 4DTXA 1HQUA 2OPQA 3KKSA 4KFBA 5SZTA 3V1RA 3LP1A 5CZ2A 3MAQA 1NJYA 4I9QA 1DLOA 3SUPA 4OPKA 1NK9A 4BDPA 2OZSA 1RBVA 4E89A 1JL1A 4E7LA 2QKBA 4FJXA 5HRPA 2PY5A 3HM9A 4DFJA 3SPZA 2WOMA 5HBMA 2HHWA 1CLQA 1O1WA 3AVGA 4BDZA 4Q0BA 3RR7A 4OPJA 4J2AA 2AJQA 1QS4A 3QEPA 1WNSA 3S3NA 3V1QA 4M3UA 3ISNC 4BDYA 1JLFA 4CK1A 3TWHA 4NYFA 3L3VA 4CJQA 3H08A 4CFAA 4HTUA 2PYLA 2IGIA 4NYNA 4B9SA 2DTUA 4KI4A 1VSIA 2DFFA 4NCGA 2W42A 1LW2A 1U45A 4XIUA 4M3YA 4FLVA 4OKKA 3NCIA 5J2QA 1JLEA 3HVTA 4B08A 2IOCA 3KK1A 3RWUA 3JSMA 4KTZA 3OS1A 4CJPA 4J2BA 4FLYA 4Z4GA 4FYDA 2HHTA 4IKFA 4IG3A 1RBSA 3AA4A 2XY6A 1NKCA 3MXMA 1NOZA 3K57A 2D0CA 3TAEA 1CXUA 1RDDA 4CGDA 1Q9YA 2YKNA 3LANA 3ZT0A 1RT5A 1TVRA 1FKOA 4DTNA 3QEIA 4KB0A 1NK5A 3BDPA 3O4NA 2Q3SA 1S1UA 4IBNA 3OJSA 3VQ9A 3QESA 3S3OA 4AHVA 4M3WA 3QIOA 3VQPA 3ZSZA 2E6MA 1IH7A 2E4LA 5T7BA 4CFDA 2P1JA 3WNFA 4HVJA 1KFSA 4AHCA 4Z4IA 4KV8A 2QXFA 4OGCA 3MECA 1WSFA 4HCCA 3G10A 2HVIA 2F8TA 3ALYA 3DLKA 4O0IA 1KRPA 1TKDA 1TKTA 4KHQA 4DFMA 2D0AA 4I9LA 3VA3A 5DK5A 5HLFA 4FK0A 1C6VA 3AVBA 5K14A 5KRTA 1SKSA 4B9TA 3VQ6A 1L3VA 1WSGA 3NF9A 4F4KA 4F8RA 1QSLA 4ZTJA 1VSFA 2IC3A 4CJTA 4FM0A 3TABA 4KREA 1JLCA 3OYEA 3NBPA 3O4QA 3LAMA 3ZSWA 4PWDA 1BCMA 1C1CA 1SKRA 3QNNA 4KTWA 4OLAA 5HP1A 2X6NA 2E6LA 2GUIA 3HXMA 3HK2A 1J9AA 2F96A 2G8UA 3TANA 4LH4A 3AVFA 1IKWA 4E7JA 2ZE2A 1BISA 2JLEA 1RTJA 4FJGA 1RT1A 4F2RA 2FBTA 4O4GA 4KI6A 1D9FA 1C0UA 3AV9A 3T3FA 3AVAA 3E01A 4ICLA 1QSSA 5E41A 1ZBFA 1VRTA 4OKEA 1RBUA 1SUQA 3MXJA 1WSHA 1QQCA 3SYZA 3KJVA 1I39A 3QLHA 4LH5A 3VQBA 3KK3A 3CQ8A 3KD5E 1VK0A 4F3OA 1MU2A 2P5OA 2HW3A 1EX4A 4CK3A 3RMCA 3B6PA 1BQMA 3VA0A 3KK2A 1KTQA 4CF2A 4RW9A 1ZYQA 3O3HA 4KHSA 4CEEA 4GMJB 3PY8A 3BGRA 1HNVA 3L2UA 4DSEA 4DTMA 1IO2A 1F21A 4CHOA 1UA1A 4KB1A 1DTQA 4M42A 1EETA 4GW6A 3OYNA 2A1SA 3LALA 4FJMA 1JL2A 4LD0A 5KGWA 3NH2A 4ID5A 4ID1A 1TGOA 3L8BA 1VSDA 1NOYA 4B8CA 2DFEA 2RN2A 3PX6A 4CGJA 4KHNA 5CYMA 3HPGA 1WLJA 3S9HA 4Y1CA 5JS2A 3AO2A 1X1PA 4CERA 4CHZA 3AVNA 3NE6A 4M3XA 4IFYA 4FM2A 1JXEA 4M45A 1RT6A 2HHVA 4CFCA 4FW2A 4IG0A 4CJWA 1VSMA 1U47A 1L5UA 5KGXA 2YHBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQPA 2EWSA 2HHUA 4GV9A 4WE1A 2QI2A 4JLHA 1VQLN 1X3MA 3DLRA 4A2BA 5M1OA 3RTVA 3C94A 2RF2A 3HVRA 1E4GT 4H03B 1D8YA 3U4LA 2XY5A 3A5MC 4A57A 2QWQA 5J2MA 1NK4A 4L3QA 4CBUA 1K8KB 5CZ1A 2HMIA 3L2VA 2FSJA 1Y64A 3TR8A 4G9ZA 2YHXA 3H3OB 4FW1A 4FWOA 1N33K 3EO3A 3CM5A 1S1XA 4JRPA 4FJ7A 4FOIA 3MEEA 4JAXA 1IBLK 1Z26A 5FROA 3A5NC 3VTHA 3V81A 4CHQA 4MLHA 3FZMA 3ID8A 5AQXA 1BOTO 3V9WA 2CH6A 2XRIA 5EXWA 2Y1JA 4O55A 1VSJA 3UIQA 1GLJO 4B9UA 1BDGA 1VSKA 1FK9A 3QMLA 3QICA 4M63C 5FPMA 1Y97A 1NGDA 4E7KA 4BRLA 1M1KO 1BA1A 3CJBA 4B3OA 4PKHA 2YNHA 1IV0A 2UU9K 2ASOA 1RTIA 3UB5A 2FC0A 3AVJA 3NGZA 4HWIA 3ZT2A 4NB4A 3JAMO 3OYAA 4C8LA 1HX1A 2B5JA 3D45A 2WBNA 3LDNA 4DS5A 4B9NA 4FCYA 4CZEA 1CXQA 3MN5A 3MEGA 3LPUA 4KAZA 3TSPA 1T03A 5FPEA 3CC2N 3DXKA 3VQCA 3FGUA 3OVNA 3LDSA 4OO1J 4E19A 3PSFA 1FXXA 4CJVA 2O8DA 3D2EA 2PBDA 1SQKA 1ASUA 3NVMA 1S1VA 2Z1GA 3C6AA 1CZAN 3ZCMA 4BREA 2XHBA 4DV7K 3KWGA 4RW4A 3D2FA 4BQLA 2IAJA 1XHXA 4B3SK 1TK0A 1CZ9A 3IFRA 4LY7A 5C10A 4PHTX 4IO9L 4CJKA 3PV8A 1VSEA 5CYQA 2FBVA 3TAQA 1OH5A 1R59O 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5AQP A;  2EWS A;  2HHU A;  4GV9 A;  4WE1 A;  2QI2 A;  4JLH A;  1VQL N;  1X3M A;  3DLR A;  4A2B A;  5M1O A;  3RTV A;  3C94 A;  2RF2 A;  3HVR A;  1E4G T;  4H03 B;  1D8Y A;  3U4L A;  2XY5 A;  3A5M C;  4A57 A;  2QWQ A;  5J2M A;  1NK4 A;  4L3Q A;  4CBU A;  1K8K B;  5CZ1 A;  2HMI A;  3L2V A;  2FSJ A;  1Y64 A;  3TR8 A;  4G9Z A;  2YHX A;  3H3O B;  4FW1 A;  4FWO A;  1N33 K;  3EO3 A;  3CM5 A;  1S1X A;  4JRP A;  4FJ7 A;  4FOI A;  3MEE A;  4JAX A;  1IBL K;  1Z26 A;  5FRO A;  3A5N C;  3VTH A;  3V81 A;  4CHQ A;  4MLH A;  3FZM A;  3ID8 A;  5AQX A;  1BOT O;  3V9W A;  2CH6 A;  2XRI A;  5EXW A;  2Y1J A;  4O55 A;  1VSJ A;  3UIQ A;  1GLJ O;  4B9U A;  1BDG A;  1VSK A;  1FK9 A;  3QML A;  3QIC A;  4M63 C;  5FPM A;  1Y97 A;  1NGD A;  4E7K A;  4BRL A;  1M1K O;  1BA1 A;  3CJB A;  4B3O A;  4PKH A;  2YNH A;  1IV0 A;  2UU9 K;  2ASO A;  1RTI A;  3UB5 A;  2FC0 A;  3AVJ A;  3NGZ A;  4HWI A;  3ZT2 A;  4NB4 A;  3JAM O;  3OYA A;  4C8L A;  1HX1 A;  2B5J A;  3D45 A;  2WBN A;  3LDN A;  4DS5 A;  4B9N A;  4FCY A;  4CZE A;  1CXQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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