1BISA

Hiv-1 integrase core domain
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
154
structure length
146
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACEWAGIKQEFGIPIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Three new structures of the core domain of HIV-1 integrase: an active site that binds magnesium.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 INTEGRASE
molecule tags Dna integration
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 44
structure length 146
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1bisA00
4CK2A 4DTOA 3NCIA 4ELUA 4ELVA 3ZT1A 1NJZA 1WSEA 2PYJA 3VA0A 1XHXA 3HJFA 3VQBA 3VQDA 4CHZA 4AH9A 3U6FA 1GOAA 4RW6A 5SZTA 3LZIA 2HHWA 1KFSA 2WOMA 2FBTA 2Q3SA 2O4IA 1WAJA 5KI6A 5FROA 1HYSA 1I3AA 4B3OA 2KZZA 2DY4A 1VSJA 4HUEA 4CEZA 1HQEA 1L5UA 1WSIA 3HP9A 3ZSWA 2HB5A 2G8FA 4FJ9A 4J2EA 3V81A 1TK8A 1JLCA 3NBPA 4BWMA 4DWIA 1S1VA 3OYJA 5HLFA 2B5JA 1JL2A 4BACA 5KGXA 1RBVA 1RT2A 5HRNA 5J2NA 4DTSA 1TAUA 4N41A 4OKJA 4CF1A 3TABA 4CERA 1S6QA 2GV9A 4DTXA 1KVBA 1TKZA 3HP6A 2Y1JA 1SL1A 2Z1HA 4CK3A 1UWBA 5I42A 3NH2A 3SV4A 2DFEA 4DU3A 1EP4A 4FZXC 3AVGA 1WSGA 1NKEA 1RDAA 4DFKA 3VN5A 3QEVA 1FKPA 3OJSA 3KK2A 3MEEA 2P1JA 3ZT0A 3RRGA 1C0MA 1TKXA 2X74A 1L3UA 2FC0A 4C8NA 3OYLA 4DLGA 4FK0A 1ZBHA 1YT3A 4N47A 3THVA 4B9VA 4OJRA 4DSLA 4M3XA 4CJLA 3SNNA 1ZBUA 1J9AA 1X9MA 3IAYA 3CM6A 4DU4A 4AHRA 3O3FA 1Q8IA 1NK4A 4E0DA 3QEXA 1JL1A 3ZSQA 3QEIA 5E41A 4O0JA 2D0BA 1VSLA 4FM2A 3WNGA 2G8UA 2GUIA 3MAQA 3DOKA 3NGYA 3O3GA 4CHOA 4DTJA 3KIOA 4CECA 1L3VA 1HPZA 3PO4A 3K59A 4J2AA 1VSHA 2HHSA 4CEEA 3QNOA 3HL8A 1C6VA 4CEOA 4OVLA 3NH0A 2DFHA 4Z0UA 1RT7A 4R5PA 1TK0A 1CXUA 2XY8A 1HYVA 2NUBA 4CFDA 4KTWA 1NJYA 4F8RA 2O4GA 3FFIA 3ITHA 4CHPA 1QSSA 4DTRA 1B92A 3QLHA 4DTNA 3SQ2A 1T7PA 3I0RA 2JLEA 2HHVA 2D5RA 3VQ4A 1W0HA 3VQ9A 1LAWA 3K2PA 3VQPA 1SKRA 3LANA 2E6MA 3HYFA 4PY5A 4CJ4A 1JLEA 4DMNA 4W5TA 3VQQA 3RMAA 2YNFA 4CJWA 3QESA 3BGRA 1NK5A 1REVA 1I39A 1LWFA 5J2QA 5FRMA 2A1SA 4BDPA 3OYEA 3SCXA 3K5OA 1UAXA 2FBYA 4CK1A 1JLGA 2KZMA 1QHTA 3C6UA 1UOCA 2PZSA 1TL3A 3DLEA 3VQ6A 3UIQA 3AO5A 4IFYA 2HMIA 4KAZA 3DOLA 3O4NA 1VSMA 2KFZA 3SJJA 2P51A 1KLNA 2BDPA 1JXEA 1TGOA 4BDYA 3KTQA 1RT6A 1IKYA 3T3FA 4E19A 4K8XA 3OVNA 1IG9A 4NCGA 4KTZA 1VRTA 4B9NA 2ATQA 3OYKA 1KVAA 1QE1A 3K5LA 4DSJA 4F3OA 4CEQA 4RW4A 1NK6A 1JKHA 1U47A 4CGIA 4RG8A 3L2WA 4DS5A 4F4KA 1C1AA 4JRQA 4CJQA 3EYZA 2JGUA 1UA0A 3L2QA 2HVHA 3L2RA 1C0TA 1RNHA 2E6LA 4CE9A 3L2UA 1JXBA 3K5NA 1QS4A 1Z25A 4FM0A 3TAQA 1RCHA 3DMJA 4CJVA 1A5VA 1HRHA 2FBXA 3TWHA 4HHTA 3PX6A 2HHXA 3ZSXA 3ZT3A 4KI6A 4Y1DA 1U48A 1VK0A 2KTQA 2XRIA 3JYTA 5D3GA 1SV5A 3F9KA 3SUQA 4DQIA 3OS0A 1RTDA 2YHAA 5EU7A 4FJNA 4OLBA 5T7BA 4FK4A 2HHQA 4IDKA 4M3WA 2Z1JA 4CJ3A 1ASVA 2OZMA 3QIOA 3KK3A 4HCBA 3DLKA 1HNIA 1RDDA 1JLQA 4Q5VA 4KB1A 3NE6A 1U45A 3AA4A 4E7HA 2Y1IA 3LP2A 4AHSA 1KTQA 1T05A 4KHYA 1RBSA 4IBNA 3T1AA 3OYCA 2IGIA 3P5JA 4CF9A 4CHYA 5HRPA 2YV0X 4W5RA 4DQSA 4CEBA 3LAMA 2ETJA 2ZQBA 4Y1CA 2AJQA 1BI4B 1EX4A 3AA5X 4KPYA 4Z4GA 1C1CA 3P83D 3KKRA 5KGWA 2KW4A 4QOZB 3E01A 4N56A 1CZ9A 2B4JA 2WONA 4NCBA 3IG1A 3V4IA 3HT3A 3DLGA 1W9HA 4DQPA 3K5MA 3DLRA 2HW3A 4FJHA 4E1MA 3OYDA 4CESA 4B8AB 1S9GA 4K8ZA 4JS5A 1K6YA 3U3YA 4IG0A 1S1UA 3C95A 1Z26A 3PY8A 4FJ5A 3AVJA 3LP0A 2IC3A 4N76A 4E1NA 3WNFA 4LSLA 3HPHA 4EZ6A 2XHBA 3V9UA 1BGXT 1BQNA 4Z4HA 4I9LA 3MEGA 3NDKA 3JSMA 2Z1IA 2G8HA 2OPSA 5FDLA 2YNGA 4RW8A 3A2FA 1XC9A 1FK9A 5CY4A 2QK9A 4C8MA 3K57A 3AVHA 4KO0A 2R7YA 3TAEA 3CFPA 1LWCA 3KLFA 3HPOA 3AVCA 3KKSA 3HO1A 2A1RA 3V9WA 1RDCA 3OYMA 4CFCA 1JLBA 3TAFA 1Q9YA 3L2VA 4NCAA 4FJIA 4AHVA 1S1WA 3VQ8A 3HXMA 5HRRA 4W5NA 2ZD1A 5J2PA 4RW9A 3S3MA 1RTHA 2HNDA 2IOCA 2G8WA 4CJ5A 4B9LA 4PUOA 1ZYQA 4M42A 1D5AA 1IO2A 2ITGA 3AVBA 3I0SA 4PA1A 3NF7A 2XO7A 2XY7A 4PWDA 3DI6A 3VA3A 3AVMA 1YVUA 4DFJA 1RT3A 3TAMA 3OYFA 3QERA 1QQCA 2YHBA 3G0ZA 1TKDA 3DLHA 3MXJA 1HQUA 4FLZA 3S9HA 3KD5E 3MXMA 4ZHRA 4FJKA 1BCMA 1RT5A 5HP1A 1N5YA 3AA3A 4FLXA 3D0PA 1IKWA 3C6TA 1D8YA 4OKEA 1C0UA 3QEWA 1UA1A 1BIZA 4FJ7A 2EHGA 4BWJA 2KFNA 1D9FA 3PO5A 5SWMA 3NGZA 3LAKA 3RRHA 4B9MA 2PY5A 3SQ4A 3OYGA 1DTTA 3VQAA 2Z1GA 1X9SA 1B9FA 4FVMA 3QEPA 3RR8A 3ZT4A 4OPKA 3NF9A 4L8RB 1KFDA 3ALYA 2GBZA 3CG7A 1IKVA 1FKOA 4AILC 1SKSA 1CXQA 3AVFA 4HUFA 1RTIA 3SV3A 1XWLA 3NFAA 4E7IA 3VQCA 4EP5A 5KRTA 1TK5A 4GW6A 3LDSA 5K14A 3AVAA 4CGGA 4B9UA 4KFBA 4O4GA 2G8KA 4CGDA 4FCYA 2YKNA 3DM2A 1U49A 4DSFA 1T03A 4BE2A 3SUPA 2HHTA 2HHUA 3OS2A 3CFRA 4E7JA 3V9XA 4DF4A 4IFVA 2XY5A 2OPQA 3LWMA 5CZ1A 1VSEA 4Z4FA 3AO4A 3AVIA 5J1EA 3SQ1A 4LH4A 4CEDA 1B9DA 4CJPA 1ZBFA 4FZZA 3ZSVA 3NF6A 4XIUA 4CJTA 4KI4A 1RT4A 5J2MA 5DMRA 4C8KA 1EXQA 3SPYA 1J54A 4MFBA 3NF8A 3NH1A 4F2SA 4DU1A 3QETA 1ASWA 5FRNA 4BDZA 4N5SA 1LWEA 3QO9A 3D45A 3MEDA 4DTPA 1R0AA 3KLHA 3LP1A 4DS4A 3AA2A 4F2RA 3AV9A 5C42A 4KB0A 4KRFA 2EX3A 3QINA 3H08A 3V1RA 2IDOA 3DRRA 4DSEA 4Z4EA 4QCLA 4O55A 3F73A 1NK9A 3M8RA 3KLEA 2P5OA 4KHWA 3HK2A 5KTQA 4AHCA 3AVLA 1SL0A 2YNHA 1S1TA 1S6PA 2D0CA 4CHNA 4CIFA 4HUGA 1Y97A 1LV5A 2OYQA 3RTVA 3VQEA 5I3UA 4NYFA 2OPRA 3NAEA 4DQQA 4FK2A 1CLQA 4KHSA 1ITGA 4AHTA 4ID1A 1SUQA 3MECA 3PV8A 4QAGA 1C1BA 3DYAA 3IS9A 4EZ9A 3ZSZA 1U4BA 1S9EA 4GMJB 4E7KA 5CZ2A 4E7LA 4I9QA 3S3NA 4FLWA 1WSHA 1NOYA 5HRSA 2I5JA 3L8BA 1SKWA 4FJ8A 2E4LA 3G10A 4M3YA 1JLFA 1FXXA 3AO1A 1BL3A 3I8DA 4FLUA 3PUFA 4MQ3A 3T19A 4M3RA 2IAJA 1ZBLA 3V9SA 3TAGA 4ICLA 3TR8A 4FW2A 1ZBIA 4YFUA 1A5XA 1L3SA 4W5OA 1DLOA 3K58A 1BQMA 3ZSYA 4YNQA 1X1PA 4FW1A 1YTAA 2VG6A 4FLYA 3SUNA 1A5WA 3SZ2A 2VWJA 4H4OA 2PYLA 1WSJA 3PX0A 3L3UA 1QSYA 4FJJA 3V9ZA 4IKFA 4J2BA 5JS2A 4CIGA 1NJWA 3ASMA 4CGHA 3CQ8A 4DF8A 1RBUA 1N6QA 2HVIA 4BE0A 4ZTJA 3LPUA 1GOBA 3TI0A 4CEFA 3ZSOA 3SYZA 1O1WA 2W42A 3TANA 1BCOA 4CF0A 1BHLA 3VQ5A 4CF2A 3NGIA 4J2DA 1VSIA 4B8CA 4JS4A 1KVCA 3S3OA 4LSNA 3O4QA 3U3GA 4M3ZA 3KJVA 4TSXA 4WE1A 3SUOA 3M8SA 2P5GA 4NYNA 5C25A 1ASUA 1BIUA 1RTJA 2X6NA 4DLEA 2HNYA 3ZT2A 3RWUA 4M3UA 1D9DA 3KLGA 4CCHA 3V1QA 2QXFA 4OKKA 1KCFA 2F8SA 1NKCA 4RW7A 3IRXA 3KLIA 3OYNA 1SL2A 3V1OA 3ULDA 3OYIA 4H8KA 5HROA 4H4MA 4E89A 3AO2A 4CFAA 3CM5A 1S5JA 3EZ5A 1NK7A 4DSIA 4I2PA 4I2QA 3OYHA 1WN7A 1TL1A 2YKMA 3LWLA 3AO3A 1JLAA 2ZE2A 4DTUA 4O44A 4OGCA 1RT1A 1S1XA 4I7FA 3EY1A 4BE1A 1NK0A 4FXDA 1VSFA 1BISA 1HYZA 4LD0A 4O5BA 4CFBA 4EP4A 4KKOA 1BI4A 3HSTB 3QIPA 3M8PA 3LPTA 1KLMA 4B08A 1HJRA 2D0AA 2KQ2A 2RPIA 3VQ7A 4CEAA 4F3TA 3RMCA 4Z4IA 4KHQA 2YNIA 1WSFA 4UQGA 2OA8A 4CHQA 1IH7A 2OPPA 4ID5A 4KHUA 1L3TA 1TKTA 1T8EA 2G8VA 1RBRA 3SI6A 1J53A 1WAFA 4CJUA 1HMVA 1RBTA 4C8LA 2B6AA 1KSPA 1X9WA 1U04A 4W5QA 3QNNA 5HBMA 4DFPA 3RMDA 3RR7A 2VG5A 2HNZA 2RKIA 3KD1E 1DTQA 1GOCA 4M3TA 4CGJA 3HPGA 4OGEA 1TAQA 4OPJA 5CYQA 4DSKA 4G1QA 4M45A 1VSDA 1TVRA 5DK5A 4KV8A 4FZYA 1LW2A 1F21A 1RILA 4KTQA 2VWKA 1VSKA 4LH5A 4AHUA 1NKBA 3KK1A 4KREA 2BANA 4IG3A 3HM9A 3OJUA 4FJLA 1VRUA 4CIEA 4CJRA 2BGGA 2F8TA 4CJFA 3OY9A 4PQUA 1G15A 3HVRA 5C24A 4FM1A 4O0IA 1LW0A 3DRSA 3OYAA 1XI1A 3P1GA 2OZSA 4JRPA 3O3HA 4FJGA 4Q0BA 4KHNA 3M8QA 2IS3A 3AVKA 3ISNC 3AVNA 1NK8A 4M41A 5JS1A 2QKBA 3ZSRA 4HTUA 3SQ0A 3C94A 2DFFA 3OS1A 4DQRA 1QSLA 1LAVA 4CJSA 4Z4CA 2FBVA 3OYBA 2RF2A 4CJEA 1MU2A 3L3VA 3LALA 3DRPA 4CGFA 4HCCA 4LY7A 3WNEA 3WNHA 1NOZA 1EETA 2VG7A 3HVTA 4DG1A 3RMBA 3DLBA 1TV6A 4FLVA 4OLAA 1WLJA 3BDPA 4CF8A 1NJXA 1CZBA 1RDBA 1Q9XA 4B9TA 2XY6A 2BE2A 2X6SA 3TARA 4FYDA 1KRPA 4E3SA 1QTMA 3SPZA 3CFOA 3TAPA 1HNVA 1XHZA 3B6PA 4ELTA 2X78A 3LZJA 4B9SA 1YTUA 4C8OA 4HVJA 3NHGA 1WNSA 2DTUA 3CYMA 3LP3A 1IKXA 5CYMA 4CJKA 2LSNA 1EKEA 5KRSA 3MXIA 1J5OA 2F96A 4DFMA 2G8IA 2QKKA 3PX4A 4DTMA 4GVMA 4ZTFA 3B6OA 4JLHA 4FLTA 3V6DA 4FJMA 4FJXA 3ZCMA 2RN2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ASPA 4DTOA 4IEEA 4ELUA 5CE3A 3C65A 2O8BA 1VQMN 3U6FA 4IFEA 1GOAA 3LZIA 1Q18A 3DXKA 2FBTA 4PKIA 2P9PB 1WAJA 5FROA 1HYSA 2DY4A 2EWSA 1WSIA 3HP9A 3V81A 1JLCA 1Q7YO 1MWKA 4XH4A 3D6RA 3GBTA 5KQ8A 3D2EA 1WOQA 1ATNA 1YI2N 2GV9A 4WQ4C 1TKZA 4DV7K 3HP6A 1SL1A 1NMNA 5EVZA 3MN7A 3AVGA 1NKEA 1VQ8N 4DFKA 2CGKA 3MEEA 2P1JA 2CGJA 2P9UA 3DWLA 4B9VA 5FPEA 4B1ZA 1NK4A 1YJ9N 1JL1A 4O0JA 2VQEK 2D0BA 3CJBA 4IOXA 5C10A 1VSLA 2GUIA 1N34K 3NGYA 3FR0A 4CECA 1HPZA 4J2AA 1VSHA 3O1WA 4CEOA 1KXPA 3L0QA 4JK9A 4NLCA 3BEXA 4DTRA 1YJNN 3SQ2A 3VGKA 2D5RA 3VQPA 3VQ9A 1LAWA 2ZGYA 3K2PA 3CXCM 3LANA 2P9NB 4CJWA 1NK5A 1REVA 2NRWA 4GKKK 3UKUB 5J2QA 3OYEA 3E9LA 1N33K 3C6UA 1UOCA 4BR4A 3DLEA 3R3LA 3UIQA 4IFYA 4LF4K 3DOLA 4CZEA 1KLNA 4WCEL 3VGLA 1O13A 2IVNA 3G4SN 1IKYA 3T3FA 2A3ZA 4ILHA 1QE1A 4BG9A 3EN9A 3K5LA 4DSJA 4F3OA 3CF5L 4F4KA 3CIPA 3F5TA 3EYZA 4JHDB 3QDKA 3VTIA 2Q97A 3UKRB 3L2UA 3ID8A 2ZWHA 4CJVA 2FBXA 4HHTA 3PX6A 3LDNA 2HHXA 3JS6A 3ZSXA 4Y1DA 4WFBL 2KTQA 1WB9A 5D3GA 1EQYA 4FK4A 3A0IX 2Z1JA 1ASVA 2OZMA 2PFUA 3AARA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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