1BIS | Genus

Total Genus 44

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	44
sequence length	154
structure length	146
Chain Sequence	CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACEWAGIKQEFGIPIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

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loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__2473504214424365__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__2473504214424365__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1BIS/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__2473504214424365__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"2473504214424365","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1BIS/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__2473504214424365__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Dna integration
source organism	Human immunodeficiency virus 1
publication title	Three new structures of the core domain of HIV-1 integrase: an active site that binds magnesium. pubmed doi rcsb
molecule keywords	HIV-1 INTEGRASE
total genus	44
structure length	146
sequence length	154
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date	1998-06-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00665	rve	Integrase core domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.420.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H	1bisA00

1BHLA 3O4NA 1SKSA 3NH2A 1NK0A 3OJSA 3AVFA 1SV5A 1HPZA 3AVMA 3LPTA 3KLFA 1HMVA 1RILA 3AVHA 3TAPA 4FJIA 3NH0A 2IS3A 4DQPA 3KJVA 1QSYA 1Q9XA 3ALYA 3VQ6A 4J2BA 4CEQA 1A5VA 1QTMA 4DG1A 1F21A 1WSJA 4N56A 1S1UA 2ZD1A 2KW4A 4CJPA 4DTOA 1ZBLA 5C24A 4CEEA 4CEOA 3KLEA 3LPUA 4C8KA 2KFZA 4M41A 3PX0A 2FBTA 4CHYA 4KTZA 1VSIA 3AVIA 3VQEA 1XHZA 1S1WA 4Y1CA 4AHTA 3SQ4A 1A5WA 4KHNA 2YNHA 4JRQA 4KTQA 3TABA 4OJRA 4KHQA 1C6VA 5CYQA 5DK5A 4KHYA 1I39A 4B9SA 4KI6A 1KTQA 1TV6A 4HUFA 4FM2A 1BCOA 4YFUA 5FRMA 3PX4A 4DTNA 4Z4IA 3B6OA 3LP1A 1NJWA 5J2MA 3UIQA 1A5XA 1EKEA 3ZSXA 4AHCA 4FJXA 4ICLA 1L3TA 3RWUA 4M3WA 1QE1A 4CJSA 1RTIA 4OKEA 1WSHA 1QQCA 3DOKA 4B08A 1SL1A 1BL3A 4DQSA 3CQ8A 5FROA 2YHAA 3OYCA 3LDSA 3HK2A 4BE1A 5CZ2A 3D0PA 3QIOA 4FK0A 1CXQA 3CFRA 1XC9A 2YNFA 3C95A 1VSDA 4O4GA 4H8KA 3DM2A 1RTHA 3HSTB 1TKDA 2Z1HA 1RNHA 2NUBA 1TL3A 3LP2A 3QEWA 1S9EA 3I8DA 3TR8A 4CGDA 3M8SA 3L2QA 1X9MA 3HYFA 4CEDA 3NF9A 3K2PA 4HVJA 5HRPA 3CFOA 3DYAA 4GVMA 3G10A 4H4MA 3AVGA 3JYTA 4DTXA 3A2FA 4BACA 5D3GA 3IRXA 3SUPA 3ZT4A 4CHQA 4JS4A 1NKCA 2OZSA 4RG8A 2VG5A 4ELTA 4OGEA 2HHWA 2E6LA 3DLRA 2DY4A 1S6PA 2OPPA 3PO5A 4M3YA 5C25A 4B3OA 3V1OA 3ZSQA 1RCHA 1WSIA 4DTSA 3I0SA 4LD0A 3AA5X 4Q0BA 1S6QA 1X9WA 3RMBA 3RRHA 3IG1A 4IDKA 1XHXA 1N5YA 1D9DA 4CF2A 1NJXA 4OPJA 2HHTA 4XIUA 1SUQA 1SKWA 3VQPA 5I3UA 2WONA 4CFDA 3G0ZA 4BDPA 1KSPA 2F96A 4EZ6A 4N41A 4N47A 4B8CA 4DS5A 2ATQA 1O1WA 1Z25A 2ZQBA 1ZBFA 4CHPA 2Y1IA 3SQ1A 3LP3A 1NOYA 2FC0A 1YVUA 5J1EA 1B92A 2Z1IA 3PUFA 3SPZA 2P51A 3QEPA 3HVTA 1VSKA 4O0JA 3KLGA 4CEFA 1LWFA 4OGCA 3OYAA 4FLWA 4CFCA 4DTPA 3SUNA 4AHUA 4M3XA 3DI6A 1BQNA 4CEAA 4RW9A 1KVCA 1RDBA 2D0CA 3M8RA 3K57A 1C1CA 1HYVA 4DU4A 1TK5A 3OJUA 4B9LA 1LAVA 3VQ7A 2XHBA 2VWJA 4AILC 1NK8A 3HJFA 3AO4A 3KLHA 1RT4A 3HPGA 3L3UA 4C8MA 4PUOA 2G8UA 1RBTA 1FK9A 4C8LA 4ELUA 4FJJA 5HLFA 2D0AA 1QSLA 4E19A 1I3AA 1CXUA 4OKJA 3MXMA 3ZSYA 3OYEA 3O3GA 2G8KA 1S5JA 3V81A 4CGIA 4W5TA 2YKNA 4JRPA 5JS2A 4B9NA 1C0MA 1U4BA 4RW7A 4FZYA 4GW6A 2Y1JA 4RW4A 3OY9A 3OYJA 3THVA 1GOCA 3SCXA 3K5NA 4DQIA 1W0HA 4FXDA 2P1JA 2G8FA 4AHRA 4PWDA 1HQUA 3HP9A 3VQ9A 1DTTA 5HROA 2JLEA 4AHVA 4IFVA 3QINA 4E7JA 1T8EA 4FJ9A 3BDPA 3SI6A 3WNEA 4NYFA 4DQQA 1B9DA 4AHSA 4DMNA 3V4IA 3LANA 1HQEA 4FLUA 3P5JA 1ZBIA 2FBVA 2IOCA 3E01A 5KGWA 4CF0A 5SWMA 3ZT2A 4FJ5A 3HXMA 4JLHA 3WNGA 2QKBA 1U47A 1NKBA 3PY8A 3AVAA 4MFBA 3B6PA 4DFMA 2KFNA 1ASWA 4CGJA 2GUIA 3KD1E 5HBMA 4DSJA 4W5OA 2YNIA 2E6MA 3OYFA 2IAJA 4DTRA 1U04A 3DLKA 2IGIA 4CFAA 3ZSZA 3U6FA 1FKOA 3NF7A 3HT3A 3SV4A 4I9LA 4I9QA 1BGXT 2G8WA 3AV9A 3AVKA 4LH4A 4E0DA 1UOCA 3AA3A 1KRPA 3F73A 2QK9A 3K5LA 1L3VA 3KK1A 1VSLA 3NAEA 2YHBA 3AVBA 1NJZA 1RBUA 4FK4A 1J5OA 4DFJA 1U45A 1GOAA 1IKYA 3MAQA 4O55A 4NCAA 1RT2A 3QO9A 2X6SA 2OZMA 3TWHA 1RT1A 4KHUA 4M3RA 1RT7A 1TKTA 1UA1A 1EETA 2XY8A 5CYMA 4CJUA 4CJLA 1DTQA 2D5RA 1BISA 2Q3SA 4LY7A 2QKKA 4O5BA 4DU1A 1LV5A 1UA0A 4PQUA 4FYDA 3ZCMA 2BANA 4KREA 4IG3A 3NH1A 2JGUA 2VWKA 3L2UA 1RDAA 3WNFA 3P1GA 2HHSA 4ZTJA 1RBRA 4PA1A 3DRRA 3F9KA 4CGHA 1HNIA 1HJRA 3L8BA 3K5OA 1TKXA 2RF2A 4Z0UA 3NHGA 4DLEA 4DWIA 2BDPA 3SYZA 3T1AA 3MXIA 2DFHA 1Q9YA 4Z4CA 3WNHA 3LAMA 4E1NA 4BDYA 1ZBUA 5JS1A 3OYKA 4QCLA 4CHOA 1WAJA 2AJQA 3S3NA 1D8YA 2O4IA 1RT3A 3NGZA 4QAGA 3DLGA 1SL0A 3FFIA 4CESA 2RKIA 3ZSVA 4CIFA 4KB0A 4IBNA 1JLEA 3OYDA 1JL1A 1KLMA 4LSNA 1GOBA 3OS1A 3NE6A 4E89A 3RRGA 4FCYA 2P5OA 1ZYQA 2O4GA 2DFFA 2DFEA 4CF1A 4F2RA 4CJQA 1RDCA 1TL1A 4F4KA 2OYQA 3QERA 3ZT1A 2VG6A 1KVAA 3EY1A 1BI4A 4I7FA 1JLAA 4CEZA 3ULDA 1T7PA 4B9VA 4OKKA 3SPYA 4J2EA 4Z4FA 3VN5A 4F3OA 3V9WA 1WN7A 2D0BA 3HPOA 4DSLA 4FLVA 1KCFA 1FXXA 3L3VA 3VQ4A 4DFKA 3KTQA 1MU2A 3QEVA 4BWJA 4HTUA 5KTQA 3VQQA 3QESA 4M3ZA 1TGOA 4FK2A 4FW2A 3RR8A 2FBXA 3AVJA 3SZ2A 3DLBA 3TANA 5K14A 1CZBA 3SUQA 3HP6A 4FZXC 3AVCA 5KRSA 2KQ2A 3T19A 3U3GA 4CIGA 2HVIA 3O3HA 1HNVA 4EP5A 2XY7A 4KI4A 1TKZA 1L5UA 2ZE2A 3V9ZA 1RT6A 3MECA 4KTWA 5I42A 4UQGA 1L3SA 1BQMA 3I0RA 3OYHA 4FJGA 3K59A 1NOZA 2YKMA 3M8PA 3TAMA 3L2WA 1YTUA 3H08A 4IFYA 3PX6A 1HYSA 3NF8A 4DSEA 3AVLA 3OYBA 4DFPA 4PY5A 5CZ1A 4BE0A 1BIUA 3V1RA 1VSEA 3DRPA 4O0IA 2F8SA 1JKHA 2HHXA 1JXBA 4Z4GA 4LH5A 2B5JA 1LWEA 2KTQA 3C6TA 5EU7A 3TAGA 4DSKA 3V6DA 4NYNA 4OPKA 1G15A 3HM9A 3TI0A 2PY5A 3MEEA 3NCIA 5CY4A 2BGGA 4KFBA 1CLQA 1HYZA 3SQ0A 1KLNA 4DTUA 4FJKA 1TAQA 4E7HA 3SJJA 5KRTA 1N6QA 1KFSA 4KV8A 1S1VA 3KLIA 4ELVA 2W42A 4HCCA 3VQDA 1RBVA 4CK3A 4FM1A 4J2AA 4OLAA 4W5QA 2B6AA 4CHZA 1WAFA 1RBSA 1IKVA 4CEBA 4OLBA 1VSMA 4E7LA 2R7YA 2HHQA 2IC3A 1L3UA 3QNNA 1U48A 3LALA 3CFPA 2OA8A 3V9XA 1YT3A 4I2QA 4CF8A 2HNYA 2RN2A 4Y1DA 3ZT3A 1X9SA 3OYIA 1JLCA 1WSEA 1TK0A 1XI1A 2HHUA 4W5NA 4DF8A 4B9MA 3DMJA 2X78A 5KI6A 1JLQA 3MEGA 3KK3A 1TAUA 3O3FA 4FVMA 3OYNA 4FLYA 4CECA 2I5JA 4HUEA 3RMAA 3D45A 3ZSWA 4C8NA 5SZTA 4R5PA 4CK1A 1FKPA 1J54A 3AO5A 3NFAA 3VQCA 3L2RA 1W9HA 4B9TA 5J2QA 3KD5E 2XRIA 3KKRA 3ASMA 1VSHA 5FDLA 3VQAA 1RTJA 4DTMA 3C6UA 1NK5A 3HO1A 4Z4EA 4KAZA 3T3FA 4FJHA 3RTVA 3QLHA 3VA3A 1S9GA 3LAKA 3CG7A 3EZ5A 3NGYA 3SV3A 3TAFA 1C1AA 4RW6A 4FW1A 3TAEA 5J2NA 2KZZA 1KFDA 2Z1JA 2EX3A 2YNGA 3VA0A 4CE9A 1LW2A 1UWBA 5HRSA 4K8ZA 3TAQA 2KZMA 3C94A 2PZSA 3PO4A 3MEDA 3VQ5A 4DS4A 3RMDA 1QSSA 1ZBHA 2F8TA 3L2VA 1ITGA 1UAXA 1WLJA 4DLGA 3NDKA 4G1QA 2OPRA 1U49A 3VQBA 2Z1GA 3OVNA 1TK8A 3AO2A 5T7BA 3PV8A 4H4OA 4N76A 4FJMA 1X1PA 4IKFA 1CZ9A 4NCGA 4FM0A 4BE2A 4FLXA 4K8XA 2OPSA 4FLTA 2WOMA 4FLZA 3IS9A 4I2PA 2GBZA 4B8AB 2ETJA 3ZT0A 3HL8A 1BCMA 4O44A 1NK6A 4KHSA 1S1XA 2A1SA 4ZHRA 4GMJB 1T03A 4M3UA 2X6NA 3OS2A 1LAWA 2QXFA 4CCHA 4ID5A 2HNZA 4DSFA 4CJ4A 2OPQA 5C42A 2G8VA 2X74A 5J2PA 5KGXA 1D5AA 4DF4A 3K58A 4BDZA 4CK2A 2HNDA 4WE1A 3EYZA 3OYMA 1VRTA 5HRRA 1RTDA 4BWMA 4CGGA 2VG7A 2HW3A 3S3OA 3DLHA 4FJ8A 1S1TA 1JXEA 4ID1A 3SNNA 3TARA 1NK9A 4LSLA 1WSGA 4CJKA 4KPYA 3DOLA 4CFBA 4TSXA 3OYLA 4M42A 1YTAA 1Q8IA 3ITHA 3ZSOA 2A1RA 2G8IA 3AA4A 4DTJA 4QOZB 3NF6A 3QEIA 3SQ2A 4CJVA 1WSFA 3NGIA 1EX4A 1IKXA 4IG0A 2RPIA 4CJRA 4E3SA 3QEXA 2HVHA 1QHTA 2ITGA 3ZSRA 4FJNA 4CHNA 3QETA 4W5RA 2FBYA 1EP4A 4Q5VA 5HRNA 1B9FA 4CGFA 1D9FA 1NKEA 3CYMA 4F2SA 4FZZA 3OS0A 3BGRA 4CJ3A 4HHTA 1Z26A 1BI4B 1RDDA 2HMIA 4C8OA 4AH9A 2BE2A 3S3MA 2LSNA 4L8RB 3HVRA 3LZJA 1SL2A 4EZ9A 3DRSA 1IH7A 3LZIA 1NJYA 2YV0X 1T05A 4YNQA 3LP0A 1SKRA 4RW8A 4NCBA 1ASVA 2EHGA 4CERA 1J53A 3OYGA 3KK2A 3K5MA 4F3TA 1VK0A 4CIEA 5HP1A 4KO0A 1C0TA 3V1QA 1XWLA 2B4JA 4HCBA 3QIPA 1IO2A 4MQ3A 3LWLA 1C0UA 1QS4A 3P83D 1RT5A 4CJ5A 1C1BA 4DU3A 2XY5A 3NBPA 1EXQA 1HRHA 4F8RA 5FRNA 4DQRA 2IDOA 3AO1A 1VSJA 1REVA 3O4QA 4KHWA 3AA2A 3MXJA 4KRFA 4CJTA 3SUOA 1JLFA 1LW0A 3CM6A 3RR7A 4B9UA 1R0AA 4FJLA 1ASUA 3RMCA 3AO3A 3LWMA 4OVLA 4CF9A 3CM5A 1Y97A 4Z4HA 1JL2A 2G8HA 4DSIA 1WNSA 4J2DA 2PYJA 1IKWA 4M45A 4E7IA 1J9AA 1K6YA 3ISNC 1JLGA 4E1MA 4ZTFA 1VRUA 4CJWA 2DTUA 3U3YA 4HUGA 3S9HA 4E7KA 1LWCA 4JS5A 4KKOA 2XY6A 4FJ7A 3M8QA 3IAYA 3DLEA 3V9SA 3KKSA 1JLBA 4CJEA 1BIZA 5DMRA 3QNOA 3JSMA 4N5SA 1KVBA 1NK7A 1DLOA 1VSFA 2E4LA 2GV9A 2XO7A 3V9UA 1NK4A 2HHVA 3AVNA 3HPHA 4EP4A 2PYLA 4KB1A 4M3TA 1IG9A 3VQ8A 2HB5A 2P5GA 3KIOA 4CJFA 5E41A 1TVRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1BISA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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