1BISA

Hiv-1 integrase core domain
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
154
structure length
146
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACEWAGIKQEFGIPIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Three new structures of the core domain of HIV-1 integrase: an active site that binds magnesium.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 INTEGRASE
molecule tags Dna integration
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 44
structure length 146
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1bisA00
3V1RA 4CJ5A 4CEOA 3QEXA 4FJGA 1R0AA 4CJRA 3S9HA 2KFNA 4CIGA 2XRIA 1DTQA 2ATQA 1Y97A 1ZBFA 4LSLA 3ZT3A 4DLEA 3P1GA 2D0AA 5FROA 4FLUA 4LD0A 3DM2A 1RTHA 1VSJA 3DLKA 1SL0A 4I7FA 1ZYQA 1WAJA 3WNEA 3QLHA 3RR8A 4M3TA 4CESA 1FKPA 3NF8A 1RTIA 4CJFA 4CF2A 1CLQA 4ELVA 3KJVA 4AHTA 1BQMA 3WNGA 3PUFA 2GUIA 4F3TA 4FM0A 4NCBA 4Q0BA 3NF6A 4FXDA 3AO3A 4CEFA 3CQ8A 3QESA 4AHUA 4AHCA 1TK5A 1NKEA 4B9NA 1LWCA 3V9ZA 3NAEA 4GMJB 4E7JA 5D3GA 2BGGA 3DYAA 3OS2A 1HNVA 1S6QA 1RDBA 2A1SA 2E4LA 4CK3A 1HMVA 4B9VA 3DOKA 3HPHA 3VQPA 2P5OA 3NGIA 5HROA 3RRGA 1IG9A 1Q9YA 3SUPA 2KW4A 3K5MA 1S6PA 3OYBA 1EXQA 2FBYA 5SZTA 1QTMA 3ZSOA 3CFOA 1CZ9A 2OPQA 3AVMA 4KI6A 4ELTA 1SL1A 1D9FA 2WOMA 1WSHA 1RT1A 1C0UA 1HQEA 4CF9A 4H4OA 4QCLA 1SKWA 3MECA 3V1OA 3AO4A 2JLEA 4FCYA 3AA4A 2PYJA 2YNFA 1LAWA 2YNHA 3EYZA 4DLGA 4CJWA 2FC0A 5CZ1A 3HVTA 1U45A 1VSIA 3SV4A 3QO9A 4HVJA 2Z1GA 1J9AA 1B9FA 3G10A 3SYZA 3K59A 4ZHRA 1NK7A 4DQPA 3NDKA 1QHTA 3ZSXA 4CJLA 2D5RA 2IOCA 4ZTJA 2YNGA 1IKXA 1CXUA 4CJUA 1O1WA 4DTOA 3MXJA 4LY7A 3E01A 2QKKA 1L3UA 4NCAA 4I2PA 1B92A 2YHAA 2W42A 4FZZA 3AA3A 1KRPA 3FFIA 1A5WA 2E6LA 3ZT0A 2O4IA 3AVHA 3LP2A 2VWKA 4Z0UA 3WNFA 3HT3A 4FLXA 4DQIA 1IO2A 3MAQA 1EX4A 3SPYA 1WLJA 4CHNA 3RMDA 1WSEA 3B6PA 3AVLA 3VQDA 4CEEA 3F73A 3M8PA 1UA0A 4PWDA 1JL2A 1VSLA 1C0TA 4CFAA 5HP1A 5HRNA 3NE6A 3TAFA 4FYDA 1RT4A 5K14A 2HNZA 4DFMA 2XY5A 4KB1A 5JS1A 3VQ7A 3DLHA 4CFCA 5FRNA 3F9KA 1EKEA 3LPUA 3CFPA 4FZXC 4CF8A 3CM6A 2E6MA 1S1TA 3VA0A 1X9WA 4DSIA 3AVCA 4E3SA 2HVIA 1NK8A 2Y1IA 1HNIA 3HXMA 1IKYA 3TAPA 1UAXA 2YNIA 3VA3A 1JLQA 3OYKA 4CERA 1JLCA 1SV5A 1VSDA 4AILC 1NJWA 3V9UA 1LAVA 3SQ0A 4KHQA 1S1WA 4OPKA 4W5TA 1UWBA 1G15A 4CECA 1DTTA 2GV9A 3OY9A 3RWUA 1ASUA 3LZJA 3TI0A 2RN2A 3SV3A 2Z1IA 1L3VA 2B4JA 1QE1A 4CIFA 3M8SA 3VQ8A 1X1PA 4HTUA 4RW8A 4E1NA 2YV0X 1NKCA 4L8RB 2ZD1A 4FK2A 3BDPA 4DTSA 2BE2A 3LP3A 2ZE2A 3A2FA 1S9GA 1A5VA 3LAKA 4XIUA 3OJUA 1JLAA 3KK2A 2IAJA 1JL1A 4IFVA 3T19A 3O3HA 3KD1E 1N6QA 2OZSA 3ZT4A 4FW2A 1NK6A 1RT3A 1ASVA 1J53A 5CY4A 1S5JA 3DOLA 3ZSYA 4FVMA 3I8DA 3PV8A 2DFFA 3ZSRA 4CJEA 4CF1A 1HYZA 4B9UA 3MXIA 4N41A 4IKFA 3DLGA 4DQRA 4EP4A 4R5PA 2QKBA 1EP4A 3HPGA 4RW6A 4Y1CA 3NGZA 4J2DA 3ZSVA 4BDPA 1RBTA 3VQQA 4CHYA 4I9LA 3ZT1A 1MU2A 3BGRA 3OYNA 4KTZA 1D9DA 3HK2A 3AVBA 3MEDA 4E7KA 2XO7A 1IKWA 3OYDA 3D45A 3U6FA 1VSFA 1RBUA 3AV9A 1VK0A 3K58A 4C8KA 2HHUA 1ZBHA 4CJTA 5DMRA 4QOZB 1QSYA 2BDPA 3C95A 4RW4A 4CEBA 3RMAA 4CHPA 3ASMA 1VRUA 1C1AA 3NCIA 1BIZA 1TL3A 3PO4A 3KLGA 4DF4A 3H08A 1NJZA 1BI4A 3DMJA 3VN5A 3QEVA 4KFBA 4O0IA 3M8QA 4TSXA 2D0CA 3IAYA 4BACA 3HSTB 4H8KA 1BQNA 4FJ8A 2DTUA 3JSMA 2I5JA 3KLHA 4O44A 2HHSA 2IC3A 2IS3A 4CEAA 2OA8A 3TAMA 4CGIA 4CGDA 4J2EA 1JXEA 3IS9A 4GW6A 3KIOA 2G8FA 1K6YA 1I39A 1KVBA 1XWLA 1YVUA 1Z25A 2X74A 3VQ6A 1ZBIA 1JKHA 3IRXA 4KO0A 4UQGA 1RBRA 4N47A 1WNSA 4FLVA 4KHYA 3PY8A 3ZCMA 5SWMA 4DSLA 1C1CA 1LWEA 4MFBA 4AH9A 1N5YA 4OPJA 1Q9XA 5FDLA 4M3RA 2F96A 3M8RA 4FJ5A 1RCHA 5HRSA 1YT3A 3CG7A 3LWMA 4KI4A 4CEDA 1RTDA 4B3OA 1VRTA 3SUOA 1HQUA 4CJQA 4C8MA 4K8ZA 3LZIA 1BI4B 5C42A 1SKRA 4CJKA 5KRSA 4JRPA 3HL8A 2NUBA 3AA2A 1JLGA 1LW2A 1TV6A 3AVAA 1QS4A 3DLRA 2DFEA 4AHSA 2JGUA 3CFRA 4FJ9A 4FJNA 3EZ5A 2HNDA 4Q5VA 1UOCA 3SQ2A 2R7YA 3RMCA 1RDDA 2HHTA 1Q8IA 1TL1A 2RPIA 3QETA 1RILA 3V1QA 4CHOA 3SUQA 2PZSA 2P5GA 4CJ4A 3HO1A 1RTJA 2HVHA 3QNNA 3S3MA 2OZMA 3DRRA 3OYEA 3OJSA 1S9EA 1VSHA 3QEPA 2A1RA 3JYTA 4E0DA 3KD5E 3MEEA 1BL3A 1KSPA 1X9MA 2YKMA 1QQCA 2FBTA 4W5RA 3LP0A 4HHTA 3SI6A 1VSEA 4CGJA 3AVGA 1X9SA 2HHQA 5HRPA 4OKJA 2WONA 4HUGA 3TABA 1TGOA 4N56A 3ITHA 3QNOA 1W0HA 2G8UA 1TVRA 3OYMA 2HHWA 2LSNA 4DSKA 3S3NA 4KTQA 4IBNA 4O55A 3O4QA 3DLEA 3VQEA 2QXFA 4FJHA 3ZSQA 3HP6A 4DTMA 3V9XA 3NH0A 4YFUA 4FLZA 3SUNA 3PX4A 1RBVA 1NOZA 1RDCA 4DTNA 2BANA 3K57A 2KZZA 4H4MA 4CEZA 1C0MA 1ITGA 4ZTFA 3TWHA 4PUOA 1SUQA 2YKNA 4LSNA 1JLEA 1CZBA 4NYFA 4OVLA 3KK1A 3KKRA 2QK9A 4E7IA 4KREA 3K2PA 2XY7A 4GVMA 4CGHA 1T8EA 3VQAA 3P83D 4CJVA 3SZ2A 5HRRA 2B6AA 4CFBA 4M3WA 3HYFA 1BCOA 2DFHA 4C8LA 4BE2A 4E1MA 1J5OA 2ITGA 4CK2A 4F2SA 2G8IA 2X78A 4AHRA 4W5QA 4KHUA 1KVCA 1U47A 4W5OA 3C6UA 3OS1A 4KV8A 4E19A 4FJ7A 4Z4EA 3HP9A 4DWIA 1RDAA 4F8RA 4RW7A 1ZBLA 1FK9A 1U49A 4DTUA 1TKXA 2HW3A 3THVA 3TR8A 3P5JA 1BISA 4JS4A 2VG6A 4BE1A 2RF2A 5J2QA 4K8XA 4B8CA 3OS0A 1NOYA 4KHNA 3AO5A 4N76A 3HJFA 5J2PA 2IDOA 4QAGA 3L2WA 1RNHA 4CJPA 4Z4CA 3AVFA 3RRHA 3CM5A 3TAEA 4Z4FA 4KHWA 4M42A 4O0JA 4DTJA 3AA5X 3G0ZA 4FJXA 3NHGA 3U3YA 5J2MA 2F8SA 4CK1A 4CEQA 1S1XA 5I42A 4Z4HA 3NBPA 3O3GA 1BCMA 1GOBA 3SPZA 3HPOA 3ISNC 4IG0A 3V9WA 4LH4A 3T3FA 2X6SA 2OYQA 4NCGA 2FBVA 1HPZA 3K5NA 3PX0A 4B9MA 4LH5A 2OPSA 4CFDA 2F8TA 3TANA 1NKBA 2Y1JA 4IDKA 4O5BA 5HLFA 4ID5A 3OYHA 3K5OA 2G8HA 1SKSA 5KGWA 3TARA 1A5XA 4EP5A 4B9TA 3HVRA 4B8AB 3KK3A 3L3UA 4BWMA 4BDZA 3OYIA 1IKVA 3VQ5A 3QERA 1RT2A 3VQCA 4DU1A 4DSFA 4OKEA 4HCCA 1FXXA 3NGYA 3OYJA 2P51A 1U4BA 4B9SA 3V9SA 4M3UA 4IFYA 1NK4A 1KLMA 4CE9A 4E7HA 2D0BA 3O3FA 3LALA 1YTAA 4BE0A 5I3UA 1XHZA 1NJXA 4ID1A 2B5JA 3SQ1A 4FM1A 1XI1A 5CZ2A 1VSKA 4J2BA 3V4IA 4KKOA 3LWLA 4FLYA 3L2QA 5T7BA 4RW9A 2X6NA 1RT6A 4M41A 2G8VA 3RR7A 3L2UA 1NK9A 1GOCA 1TAQA 3I0RA 4YNQA 2XY8A 3SQ4A 4FJKA 1NK5A 3L2VA 3PX6A 5KI6A 3NF7A 4KRFA 1GOAA 3LP1A 1UA1A 1HYSA 3ULDA 1XHXA 1WSJA 3D0PA 1TK0A 3AVNA 4DG1A 4Z4IA 3AO1A 3QIPA 4IG3A 2O4GA 4M3XA 2Q3SA 2ZQBA 5EU7A 1WSFA 3QIOA 1S1VA 3B6OA 4DMNA 1I3AA 5CYMA 4I2QA 3V6DA 3PO5A 4DQQA 3DLBA 3NF9A 4PQUA 4KHSA 4FJMA 4WE1A 4CJ3A 1BIUA 1U04A 3RMBA 4W5NA 4DFKA 3CYMA 4CJSA 2VG7A 4CF0A 1T7PA 3LPTA 3VQBA 3C94A 5C24A 4KPYA 4FK0A 1L3TA 2YHBA 2DY4A 4FW1A 1YTUA 2P1JA 1KFSA 2OPPA 3MEGA 4CIEA 5C25A 1RT7A 1D5AA 3AO2A 4JS5A 3K5LA 4NYNA 1BHLA 2PYLA 1B9DA 5JS2A 3RTVA 4I9QA 3LAMA 4OGCA 4FM2A 4Z4GA 3NH1A 1SL2A 2VG5A 4C8OA 3ZT2A 1LV5A 1ZBUA 5J2NA 4OLBA 1WAFA 3AVIA 4DSEA 3SJJA 1KFDA 2OPRA 4F4KA 5DK5A 2KZMA 4DU3A 3UIQA 4DSJA 4FLWA 1HRHA 4BWJA 3O4NA 5CYQA 2XHBA 1HJRA 1EETA 4O4GA 3VQ9A 3HM9A 3DRSA 4N5SA 4E7LA 3DI6A 5J1EA 1C1BA 1KTQA 3QINA 1T03A 3NH2A 4JLHA 1JLFA 4KTWA 4JRQA 4FJLA 4ICLA 1QSSA 4OGEA 4CGGA 4CHQA 3L3VA 3LANA 1IH7A 1U48A 1WSIA 1WSGA 4DS4A 2HMIA 4M45A 1KVAA 3SNNA 3L2RA 1LW0A 3ALYA 2HHXA 1TKZA 1REVA 4DS5A 4DU4A 4J2AA 1VSMA 1D8YA 1F21A 4M3ZA 1JLBA 4FZYA 4HUFA 3T1AA 1RBSA 2Z1HA 1L5UA 4M3YA 3ZSWA 4DQSA 4DTXA 5FRMA 2HHVA 4EZ9A 2PY5A 4KB0A 4CGFA 4DFJA 3KTQA 1DLOA 3VQ4A 1TKTA 3KLEA 4CCHA 2AJQA 4ELUA 4AHVA 3C6TA 1LWFA 4MQ3A 1Z26A 4Y1DA 4PA1A 3OYAA 2IGIA 3EY1A 4CHZA 4DTRA 1FKOA 4FK4A 3U3GA 1ASWA 2KFZA 1J54A 3OVNA 3NFAA 4FLTA 3OYGA 1S1UA 4BDYA 4DF8A 1T05A 4C8NA 4OKKA 4OLAA 1TAUA 1XC9A 4G1QA 1KCFA 3S3OA 4F2RA 1WN7A 3I0SA 2HB5A 1TK8A 4FJJA 3WNHA 2VWJA 2EHGA 4PY5A 3LDSA 2ETJA 5KTQA 2Z1JA 3SCXA 3OYFA 2EX3A 3QEWA 3MXMA 3KLIA 3AVKA 3ZSZA 5E41A 4FJIA 2GBZA 1NJYA 4F3OA 1JXBA 3OYCA 3TAQA 2KTQA 1C6VA 3DRPA 5KGXA 2FBXA 3L8BA 3OYLA 1RT5A 2KQ2A 1HYVA 3V81A 1NK0A 2G8WA 2HNYA 2XY6A 2G8KA 3IG1A 4B9LA 5KRTA 4HCBA 4DFPA 5HBMA 3KKSA 1L3SA 3TAGA 3AVJA 3KLFA 4DTPA 1TKDA 4RG8A 1KLNA 4E89A 3QEIA 1W9HA 2RKIA 4B08A 1QSLA 4OJRA 4EZ6A 4HUEA 1BGXT 4KAZA 1CXQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3V1RA 4EFHA 4FWKA 2CH6A 1R0AA 4CJRA 3S9HA 5GIOA 3P39A 4CIGA 1DTQA 1ZBFA 2D0OA 2HF4A 3H1VX 2D0AA 4LF5K 2O8FB 4YDUA 4DKWA 1VSJA 5AFUH 3D2EA 3RR8A 3WNEA 4CI6A 3NF8A 3VF6A 4ELVA 3PUFA 4IEIA 4CEFA 3QESA 4AHUA 4AHCA 3V9ZA 3NAEA 1E4GT 3EN9A 5JICA 1HNVA 2E4LA 1RDBA 3VEZA 4B9VA 3DOKA 2Q36A 3HPHA 4CZJA 4KH5A 4IFEA 5HROA 5LJVA 2KW4A 3T1HK 3K5MA 5SZTA 4BR5A 3O9QA 1GLJO 4ELTA 1D9FA 4FOIA 1WSHA 2P9NA 1HQEA 4H5WA 4CF9A 4H4OA 3CC2N 4GV3A 3MECA 3O6WA 2JLEA 4FCYA 2YX6A 1LAWA 3QO9A 4DV0K 3MX2A 3SYZA 4AM7A 3EL2A 1T6CA 3K59A 1NK7A 4DQPA 2F9WA 3GDQA 2YNGA 1IKXA 1CXUA 1O1WA 4IO9L 4LY7A 2QKKA 2OTJN 4I2PA 1B92A 2W42A 2QWNA 1KRPA 4IZ9A 3AVHA 2VWKA 4AM6A 3HT3A 2QWLA 2VGMA 4FL9A 3MAQA 3SPYA 1WLJA 4CHNA 4MDBA 3RMDA 3AVLA 4NO7A 1KD1O 4DFMA 2HNZA 3VQ7A 3CETA 3VEOA 1VQ6N 4FZXC 2P9KB 3CM6A 2NRRA 3SJHA 1NK8A 1HNIA 3HXMA 3VA3A 3OYKA 1VSDA 4AILC 3C7NA 4CZKA 1LAVA 3V9UA 2GV9A 2PAVA 3OY9A 1ASUA 3LZJA 2Z1IA 1QE1A 4CIFA 4E1NA 1GLCG 4JD2B 1YJ9N 4FK2A 2AJQA 2BE2A 4BRIA 3LAKA 1A5VA 4XIUA 3OBWA 3KD1E 1JL1A 4IFVA 3R3LA 4ISFA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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