1BISA

Hiv-1 integrase core domain
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
154
structure length
146
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACEWAGIKQEFGIPIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Three new structures of the core domain of HIV-1 integrase: an active site that binds magnesium.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 INTEGRASE
molecule tags Dna integration
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 44
structure length 146
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1bisA00
2LSNA 4DFKA 4FLTA 4DSIA 4HUFA 1QHTA 3KKRA 1D9FA 2KTQA 4N5SA 4M3YA 3SQ2A 4Z4CA 3LZJA 3TAFA 4Z4EA 1BISA 4HCCA 2WONA 3U6FA 5HRSA 1TKXA 3TWHA 4DS5A 4KKOA 3O4QA 2HVIA 5CYMA 3AO5A 3AVKA 5HRRA 4W5TA 4Q5VA 1MU2A 4CJ5A 1CZBA 3OYKA 4B3OA 2KZMA 1RT5A 4KI4A 4ID5A 2X6SA 4C8KA 4PA1A 1VSIA 2RPIA 3AVBA 4BWMA 3IG1A 3SPZA 2OZMA 2FBTA 4DU4A 4K8ZA 4PQUA 5KRSA 4JS5A 4O0JA 4E7JA 3L3UA 3MXMA 1ZYQA 1TV6A 2XHBA 2DFHA 2YKNA 5J1EA 4N56A 1KVBA 1A5WA 4OVLA 1RTHA 2G8UA 4OKKA 3HPOA 1I39A 1J53A 3SJJA 1JKHA 2IGIA 2FC0A 2OZSA 4DQRA 1KFSA 4FLVA 3M8PA 5KI6A 3HVTA 1VSEA 1X9SA 1KCFA 3T1AA 3OS2A 1FKOA 4H4MA 4ZTFA 2JLEA 1JXBA 3I0SA 3MAQA 1DTQA 2B4JA 2XY8A 4ELTA 4B9TA 1NK7A 3VA0A 3VQEA 3HVRA 4CHPA 3KTQA 3V6DA 3ZSYA 2IOCA 2Z1GA 1VSMA 4JRPA 3D45A 3QESA 1XHZA 4CECA 4FJGA 1UA1A 1VSJA 2D5RA 4EZ6A 3OYAA 1SKWA 1YTUA 1TAQA 3WNEA 3B6PA 1L5UA 4CEAA 3KK2A 1RTJA 2KQ2A 3NHGA 1RBVA 1HYZA 3NGYA 5FDLA 4CJFA 1NK6A 1S1WA 3QEPA 4B9LA 2KFNA 1ITGA 4E0DA 4ELUA 4J2DA 4J2AA 4CF9A 4DQIA 4BE2A 1U49A 3NAEA 1J54A 4BDYA 1SKSA 1BQNA 1EP4A 2ZD1A 3SZ2A 4OPKA 4OLAA 3DLKA 3QEXA 4H4OA 1O1WA 1VK0A 3LZIA 1WSIA 4FJNA 1LW0A 4IFVA 4FW2A 1NJZA 4C8LA 4FJKA 3OYFA 1RBRA 3ZSQA 2AJQA 4B8AB 5CYQA 1RILA 1FK9A 1B9DA 1VRUA 3QEIA 5J2QA 5HROA 2HHTA 1TGOA 1X9WA 1RT6A 2D0BA 4L8RB 3ISNC 3ALYA 3VQQA 2E4LA 3BGRA 3VN5A 1WAFA 4CFAA 1NK9A 4FM1A 2YHBA 1L3TA 1LAVA 4KRFA 3RWUA 4CGFA 1NOZA 3TANA 3JSMA 3AVLA 3VQ4A 2ATQA 1UA0A 3HSTB 1S5JA 2O4GA 3DYAA 1NJYA 4FJMA 4Z4FA 3KLEA 4O5BA 3QLHA 4UQGA 4OJRA 3DM2A 4FJXA 4KHUA 1ASUA 4FVMA 3PX6A 4N41A 4FJLA 3PX0A 5EU7A 4KREA 3EYZA 4O55A 4LD0A 3LAMA 1HRHA 3SQ4A 3SQ0A 4DLGA 4E7IA 3LP0A 1ASVA 3DOKA 1I3AA 1C1AA 1U45A 1RT1A 3ITHA 3WNGA 1KLNA 2HHQA 3AO1A 4DFJA 4KHQA 1A5VA 2E6LA 1RT7A 2PZSA 1BL3A 3NF9A 4CHYA 3DLBA 4CJQA 2QKKA 2DY4A 1NK4A 4CGIA 4AHSA 3TAEA 1JLAA 1DTTA 2OPQA 3KLIA 4FLZA 1KVCA 3V9XA 3K5NA 2KZZA 3NH0A 4M3UA 1RNHA 4JLHA 4NCAA 3C6TA 4HUEA 2G8HA 1TKZA 2ZQBA 3M8SA 4RW7A 1S6PA 4W5RA 3RRHA 2XY6A 4KHYA 2O4IA 3KD5E 4CJPA 4E89A 4CEBA 3F9KA 4GW6A 4OKEA 2IAJA 2ITGA 3NGZA 4OLBA 2WOMA 2DTUA 3TAMA 1JLGA 3HP6A 1VSLA 4FJIA 1BIUA 4FLWA 2FBVA 3HPGA 4M3WA 3DRRA 5JS2A 4FK4A 3AVCA 2P5GA 4KB0A 3AA3A 3NBPA 4CEQA 2HB5A 3SNNA 3B6OA 4AH9A 1L3VA 1J5OA 1BI4A 1HMVA 3AO2A 3S9HA 4DSLA 3DI6A 3T3FA 4BDPA 3SI6A 3OJUA 3M8RA 1KSPA 3JYTA 4F8RA 5CZ2A 3SUPA 4FW1A 4CESA 4CEOA 3SUOA 3K58A 2P5OA 1YTAA 4KO0A 3L2WA 4DSFA 2RF2A 3A2FA 4C8MA 3VQAA 3AA2A 4OGCA 4CF1A 4R5PA 3TAGA 1Z26A 3C6UA 3L2VA 4KHSA 2G8IA 2HNYA 1S9GA 2HVHA 3TR8A 3V9WA 1JLEA 1JL2A 3SUQA 1GOAA 2FBXA 1UAXA 2GUIA 1WNSA 3L2QA 3NCIA 3PY8A 3HT3A 3U3YA 4HCBA 1BHLA 1TK8A 1BI4B 3RR8A 4FJ8A 3SPYA 4CGHA 4DTPA 3SUNA 1ZBIA 1IKXA 3S3NA 1C1BA 1HPZA 3LAKA 2HW3A 2X6NA 2XY5A 2YNGA 1L3UA 4B9SA 3EZ5A 1RTDA 1VRTA 4I7FA 1X9MA 4BACA 4FLUA 3IS9A 3RMDA 3G0ZA 2RKIA 1T7PA 3PX4A 4K8XA 1EXQA 4KPYA 4O0IA 3L3VA 1WSEA 4I2QA 2NUBA 1J9AA 5KRTA 1LW2A 1RDDA 1Z25A 1IO2A 2XRIA 2ZE2A 1WN7A 3NF7A 1KVAA 4CGJA 3O3HA 4F3OA 4DSEA 3QNNA 1KFDA 4TSXA 4HVJA 5HRPA 3MEGA 5KTQA 4XIUA 3C94A 4DU1A 1KLMA 3K5MA 4M3ZA 3QNOA 3ZT3A 4CIFA 4DLEA 1RBUA 3AV9A 3AVHA 2VG5A 3QEWA 3RMCA 3NGIA 1SKRA 2PYJA 3O3GA 3TAPA 4ZTJA 3K57A 1HNVA 3RTVA 4DTOA 4AHUA 1HYSA 4O4GA 2E6MA 3ULDA 3SQ1A 4M45A 4E7HA 1NKCA 4MQ3A 1U48A 2Z1IA 5C24A 3LWLA 3PO4A 4FJ9A 4B08A 4W5NA 3QERA 1KRPA 3KLFA 4CJTA 5DMRA 2BANA 1HJRA 4KTWA 3KIOA 4OPJA 3O3FA 5HP1A 4RG8A 5CY4A 2YKMA 3CG7A 2A1RA 1S1XA 3KK1A 3D0PA 1QSLA 4DSJA 4DF4A 3HPHA 2Q3SA 4ID1A 3ZCMA 3RMBA 1U04A 3RRGA 4J2EA 3UIQA 2R7YA 4CCHA 2Z1HA 1CXQA 1REVA 1T03A 1TK0A 3F73A 4KHWA 3QIOA 3QINA 3MEEA 3OYBA 2F96A 1NK0A 1ZBUA 4E7KA 3P83D 3VQ9A 4DTNA 2YV0X 1CLQA 1TL1A 3NDKA 3AVIA 1QSSA 3HJFA 2Z1JA 2P51A 3E01A 4CEDA 3V9UA 4CHQA 2HHWA 4O44A 2KFZA 1IKWA 3AVNA 3OS1A 1W0HA 4BDZA 1JLFA 3LP3A 3LANA 3OYJA 1QQCA 2I5JA 4DQPA 3CQ8A 1Q9XA 2X74A 4CEEA 1C1CA 1LWFA 1TVRA 3CM5A 4JRQA 4AILC 1TAUA 3VQ7A 3K5OA 1LWEA 1RT2A 4MFBA 4OKJA 3MECA 3ZT4A 2F8SA 2GV9A 3AVFA 3FFIA 2OPRA 2P1JA 4M3TA 1T8EA 1NJWA 1N6QA 4BWJA 4C8NA 4BE1A 1ZBFA 4DTRA 1LV5A 1SL0A 1VSDA 4CIEA 4DG1A 4CHNA 2VWJA 3VQBA 3VQPA 3KLGA 1X1PA 1XHXA 1LWCA 4QCLA 2X78A 3OYDA 3OYEA 3RMAA 1D5AA 1KTQA 3I0RA 3KK3A 3OYMA 3NF6A 1L3SA 4FZYA 4M3XA 5FROA 2OPPA 4NYFA 5HRNA 2BGGA 1JL1A 1VSHA 2FBYA 3ZSZA 2QKBA 3P5JA 3G10A 4IBNA 5SWMA 3CFRA 4F3TA 2Y1IA 2G8WA 3DMJA 4N76A 5C25A 2BE2A 3DLRA 4FLXA 4DF8A 3ZT1A 3NH2A 1JLQA 1QSYA 3AVAA 3IRXA 4CE9A 3SV3A 3OVNA 1HQEA 4HUGA 1UOCA 5E41A 3DLEA 2VG7A 1ZBHA 4NCGA 4PWDA 2A1SA 3LDSA 2G8FA 4CK1A 1IH7A 2YNHA 1RT4A 1BIZA 1W9HA 4Z4IA 1HYVA 3OS0A 4KHNA 4F2RA 4FJJA 1WSHA 4Z4HA 3O4NA 2PYLA 1IKYA 1U47A 4IG0A 1S9EA 4I9LA 4B8CA 3SCXA 3HM9A 4CF8A 4W5QA 3PO5A 4CJSA 5FRNA 1CXUA 4KI6A 4CK2A 1EKEA 2IC3A 2KW4A 2HNZA 3ZT2A 4IDKA 4CIGA 3LWMA 4DTUA 1S1UA 5SZTA 4DFPA 3V1QA 2Y1JA 4DU3A 1TK5A 1NJXA 3HO1A 4NYNA 3TARA 4LSLA 3K59A 3VA3A 4FCYA 3TI0A 1HNIA 1XWLA 2YNIA 4CGDA 4JS4A 4B9NA 1RCHA 1WSFA 3QETA 3BDPA 4F4KA 1Y97A 4ELVA 4RW9A 2HNDA 1DLOA 4CF0A 4CF2A 3L8BA 4DS4A 3ZSVA 4HTUA 5I42A 1NOYA 4DQSA 4PUOA 1EETA 2F8TA 5I3UA 1TKDA 3THVA 3OYLA 4Y1CA 3MXIA 1C6VA 1GOBA 4IG3A 4OGEA 4YFUA 3AA5X 4CJEA 4CK3A 1XC9A 2BDPA 3DLHA 3AO3A 4CFDA 3ZSOA 3TABA 1FKPA 4CJUA 3DOLA 4ICLA 2EX3A 4AHRA 1SL2A 3NH1A 3CFPA 4FK2A 2HHXA 5JS1A 4G1QA 3L2UA 4DSKA 3OY9A 2W42A 5HLFA 4NCBA 1SV5A 5T7BA 4RW8A 1GOCA 4CEZA 3OYIA 2QXFA 4KAZA 4QOZB 2HHUA 4J2BA 3RR7A 4CGGA 3CFOA 4Z0UA 1QE1A 5K14A 1CZ9A 4M41A 4E3SA 3AO4A 2D0AA 4Q0BA 5C42A 4KFBA 2DFEA 4CJRA 1WSJA 4RW4A 3P1GA 3PUFA 4FZXC 1RTIA 2XO7A 1VSFA 4CHOA 4FLYA 1BCMA 3MXJA 4F2SA 4E1MA 3T19A 3AVMA 4HHTA 2RN2A 4EP5A 1NK8A 4AHCA 1D8YA 3V9ZA 1XI1A 3V1RA 4ZHRA 3NF8A 1RBSA 4C8OA 4B9VA 4I9QA 3QEVA 3NE6A 3S3OA 4E1NA 3VQ8A 4CEFA 3TAQA 3V1OA 3VQCA 4DFMA 3AVJA 3DRPA 5KGWA 2VG6A 4FJ7A 3K2PA 1F21A 1RDCA 3OYCA 3OJSA 4FZZA 4CHZA 1HQUA 4DTMA 5J2NA 2QK9A 4KTZA 1VSKA 1C0TA 1QTMA 3LP2A 4B9UA 3KLHA 3HK2A 1Q8IA 1WSGA 1S1VA 4DQQA 4FM2A 3S3MA 4W5OA 2YNFA 3OYNA 1YVUA 3V9SA 4FK0A 1RDBA 3LPTA 4GMJB 1BQMA 3EY1A 4YNQA 1ASWA 1TKTA 2HMIA 2OYQA 1N5YA 1BCOA 1BGXT 4QAGA 4N47A 3HXMA 1RDAA 1QS4A 3K5LA 5J2PA 4CJ4A 4DMNA 1WAJA 2DFFA 1C0MA 4CJWA 2ETJA 3HYFA 2XY7A 4RW6A 5CZ1A 3CYMA 3OYGA 4LH4A 5KGXA 4Y1DA 2G8VA 4DTXA 1R0AA 1S6QA 3ASMA 1UWBA 3I8DA 3AA4A 1C0UA 5HBMA 5D3GA 3V81A 3V4IA 4EP4A 1U4BA 4FYDA 1EX4A 3NFAA 3MEDA 3WNHA 4M3RA 3HL8A 1JLCA 3U3GA 4AHTA 1B92A 1IG9A 3KJVA 4FJ5A 4E19A 4DTJA 2PY5A 2IDOA 3VQDA 3ZSXA 2JGUA 1G15A 4I2PA 1Q9YA 4GVMA 4KB1A 4E7LA 4IKFA 5DK5A 4CFBA 2HHVA 3C95A 4EZ9A 2HHSA 4WE1A 4FM0A 4LH5A 1SL1A 3AVGA 1A5XA 3LP1A 4CFCA 3QO9A 3DRSA 4B9MA 1WLJA 1B9FA 1JLBA 4H8KA 1LAWA 3L2RA 1FXXA 2B5JA 4LY7A 3ZT0A 1YT3A 3PV8A 3VQ5A 1T05A 1D9DA 4PY5A 2D0CA 3CM6A 2GBZA 1K6YA 3HP9A 4DTSA 3WNFA 4Z4GA 1IKVA 1NK5A 2G8KA 1RBTA 3LPUA 3M8QA 4IFYA 4CERA 3LALA 2B6AA 2YHAA 1S1TA 4CJKA 3OYHA 1NKBA 4DWIA 4FJHA 4LSNA 4AHVA 2EHGA 4BE0A 4KV8A 4CJ3A 4CJLA 1TL3A 2IS3A 3ZSRA 4KTQA 2OA8A 5FRMA 1JXEA 3DLGA 1NKEA 3QIPA 4M42A 3H08A 3SV4A 3KD1E 1ZBLA 1SUQA 4FXDA 2OPSA 3SYZA 5J2MA 3VQ6A 1RT3A 3KKSA 2VWKA 3ZSWA 3IAYA 4CJVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CHWA 2LSNA 3F2KA 1NGBA 3KKRA 3IKMA 4BVPA 5H1SQ 2NLXA 3VGKA 3CCJN 5HRSA 4KKOA 5HRRA 4W5TA 3OYKA 5GAGP 3I55N 4DHYA 5GAHP 3VOVA 4JHDB 4IFEA 4PA1A 3LM2A 3O9SA 4QS9A 3WQUA 3Q7CA 1NWKA 4PKGA 4DV5K 2DFHA 2RHKA 4JI3K 4N56A 1A5WA 4OVLA 1RTHA 5C10A 1OH6A 1JKHA 2IVNA 3SMPA 3LDOA 4BGAA 1HKBA 5KI6A 3HVTA 3O5BA 4C1NI 3H6EA 3CI5A 4H4MA 3I0SA 2NRRA 3OHRA 1DTQA 2XY8A 3ZSYA 1IJJA 4FJGA 1YTUA 1UA1A 4EZ6A 2GUPA 1TAQA 1ATSA 3KK2A 5BR9A 2KQ2A 1RBVA 1HYZA 2E2PA 5FDLA 3KWIA 1NK6A 5BPMA 3QEPA 4EAHD 4B9LA 4ELUA 2D0PA 1VHXA 3J8AA 3N4QA 3P38A 4IO9L 4FW2A 4XH5A 3O6WA 4JKGA 2AJQA 4AQYK 4B8AB 4GNIA 4RWTA 1RT6A 1YAGA 5EX5A 2HF3A 1NG9A 2O8BA 3ID8A 3FGUA 4C1NK 1LAVA 4KRFA 3TANA 2KKZA 5KPRA 3AVLA 2W6LA 1X9JA 4IOXA 4O5BA 4JI6K 1ASUA 5M1KA 4GVEA 3UKUA 4N41A 5MLCQ 5EU7A 4KREA 4LD0A 3SQ4A 3LP0A 2I7PA 4MDBA 3DOKA 1I3AA 3ITHA 5F1XA 5BN8A 3FFKB 4JI5K 3VGLA 3DLBA 2DY4A 2YHXA 1NK4A 3H3OB 4AHSA 3HTVA 3KLIA 5AQZA 3M1FA 1OKJA 4M3UA 1Z6RA 4HUEA 2F9TA 2G8HA 2Q1NA 4RW7A 4W5RA 4KHYA 4IOAL 2H3GX 4DV7K 4H03B 2O8FB 4JK7A 3F9KA 4OKEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4CZH A;  4H0T B;  3AVH A;  3RMC A;  2P9N A;  3NGI A;  1SKR A;  1TYQ A;  4O4G A;  4CD1 A;  3IDH A;  3OA9 A;  4M45 A;  3T1H K;  1NKC A;  3EO3 A;  4MQ3 A;  1U48 A;  2BUP A;  3E9P A;  1ZXO A;  5EOY A;  4B08 A;  4A2B A;  4W5N A;  4GKK K;  4GV3 A;  5AJ3 K;  2BAN A;  4KTW A;  3KIO A;  3O3F A;  1TK5 A;  2VGM A;  4RG8 A;  1S1X A;  4DSJ A;  3RMB A;  4J2E A;  1VQN N;  2R7Y A;  3THW B;  1TK0 A;  3DXM A;  4E7K A;  3P83 D;  2GEM A;  2YV0 X;  3NDK A;  1QSS A;  3OBW A;  4CHQ A;  3V9U A;  2HHW A;  3AVN A;  5F0X A;  3OS1 A;  3MN9 A;  3C65 A;  4BDZ A;  1QQC A;  5JVG L;  3CQ8 A;  5M1O A;  1LWF A;  2CGL A;  2WUS A;  4MLH A;  3VQ7 A;  3K5O A;  4MFB A;  4OKJ A;  4RCH A;  2IVO A;  4BRF A;  3VTI A;  1T8E A;  1NJW A;  4BWJ A;  3UE5 A;  1VSD A;  3F9M A;  4CHN A;  2NRH A;  3KWG A;  1LWC A;  4BC2 A;  1D5A A;  3OYM A;  1L3S A;  4FZY A;  5HRN A;  4WQ4 A;  3P5J A;  4F3T A;  3ATV A;  3EEQ A;  4DF8 A;  3CC4 N;  1QSY A;  3IRX A;  4WFN L;  3AAR A;  4HUG A;  1UOC A;  3DLE A;  2VG7 A;  3DXK A;  4CBW A;  4CK1 A;  3O1W A;  4BR0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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