1BIZA

Hiv-1 integrase core domain
Total Genus 46

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
155
structure length
147
Chain Sequence
VDSSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDI

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (60-68)TIV1 (67-70)S2 (71-78)TI3 (79-82)AH1 (94-107)AH2 (124-133)O1 (108-110)S4 (112-114)3H1 (118-121)EMPTYS5 (136-137)TVIII1 (115-118)S3 (83-89)TI1 (57-60)TI2 (78-81)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Dna integration
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Three new structures of the core domain of HIV-1 integrase: an active site that binds magnesium.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 INTEGRASE
total genus 46
structure length 147
sequence length 155
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1bizA00
4FW1A 3ZSQA 1L5UA 2P5OA 4ELTA 2YKMA 3ZT1A 4FLYA 1LV5A 2WOMA 1CZBA 2HHVA 3ZCMA 4BACA 1IO2A 3L3VA 5FRMA 2KQ2A 3NAEA 1HRHA 2HB5A 2D0CA 4QAGA 2X6SA 1BIUA 4DSIA 1U4BA 4FJ8A 2DY4A 1B92A 4PA1A 3VA0A 4E7HA 2A1SA 1N5YA 4CHOA 4G1QA 1S1XA 4F3TA 4KHYA 3NH1A 2JLEA 2LSNA 3OYBA 4C8LA 1HPZA 3DOLA 4IDKA 1WNSA 2HHQA 1RT3A 4DQSA 4JS4A 3B6PA 4EP4A 4LSLA 3K5LA 4AHVA 3O3FA 3ULDA 2QKKA 4DQIA 3EZ5A 3E01A 3I0RA 4FM0A 3RMBA 1S9EA 2GV9A 3AVMA 4B8AB 4K8ZA 4AHUA 1VSFA 1NK7A 1NK9A 3DLEA 4CEEA 4RW6A 3OYGA 3NCIA 2QK9A 4CHQA 3P5JA 4C8KA 3C6TA 4KHWA 1N6QA 4DWIA 3OYNA 1TAUA 1WAJA 1BL3A 4J2BA 3RMAA 4FJ7A 3AVAA 2KFNA 1NK4A 4Z4FA 2XY6A 4O55A 3L2QA 4FJGA 1WSIA 4ELUA 3RTVA 1KLMA 4FYDA 4OPKA 4KHQA 4DQRA 1X9WA 1T03A 4Z4EA 1QSYA 3QERA 1I39A 5CZ1A 4KHUA 1GOCA 4M3ZA 2HHTA 4B8CA 3SQ0A 4DFJA 1KFSA 4NYFA 2HW3A 4E19A 4N5SA 4FLVA 4DTOA 1VSKA 1CLQA 1HYSA 3TARA 1JLCA 4ZHRA 1JLAA 1K6YA 5HP1A 4Y1CA 1IG9A 4CJLA 2WONA 1ITGA 1Q9YA 4I9QA 2XY7A 4I9LA 2KW4A 3OYKA 4HCBA 3THVA 1F21A 2HNDA 4CEBA 4FJ5A 3L8BA 4E1MA 1J5OA 4I2QA 3CFPA 3LAKA 1J9AA 1TKZA 3FFIA 1FXXA 3PX6A 1Q9XA 1U49A 4KTZA 2ITGA 1RBUA 2RPIA 3MEDA 3QETA 4B9VA 2FBTA 4CEZA 3SV4A 1L3SA 4C8OA 2YNHA 4CF9A 1QE1A 4OKJA 4C8MA 1KTQA 3VQPA 3S3MA 1ZBUA 3HSTB 4CK1A 4M3TA 4C8NA 3HK2A 3QEXA 3UIQA 4DTSA 3DRPA 4B3OA 1ZBHA 3QNNA 3RRGA 4AH9A 1QQCA 2O4GA 3HL8A 3HYFA 3RWUA 4FJHA 2B4JA 3V1OA 4FJNA 4QCLA 1KVBA 3LP0A 1LWCA 3WNFA 1BHLA 3HT3A 1UAXA 3PX0A 2IDOA 2XRIA 1QTMA 4IBNA 1D8YA 4KPYA 3PUFA 4AHSA 2RN2A 3V6DA 3KK1A 1SL0A 4DU1A 3MECA 1RTJA 2YNGA 2X78A 4CF1A 4CEOA 4IFYA 4W5TA 1HQUA 4E7IA 1BQMA 1TK5A 2PYJA 1Y97A 1UA1A 3HPGA 1HMVA 4FK2A 3HVRA 4DG1A 2IAJA 3CG7A 1NK5A 1L3VA 3OS2A 1L3UA 4CJQA 1D9FA 3ITHA 1U45A 1WLJA 3ZSRA 4B08A 5EU7A 4ZTJA 1KSPA 4YNQA 1C0TA 4NCAA 5CYMA 1RTIA 3HPHA 5SZTA 1ASUA 5J2MA 3OYDA 4DTRA 2BE2A 3OYMA 3D0PA 4YFUA 1MU2A 4E7KA 2F96A 3NDKA 5J2PA 4CJ4A 1C0MA 2JGUA 3LWMA 3PY8A 1S1WA 3QIOA 1A5VA 2DTUA 3LPUA 3HM9A 2YHBA 3IS9A 5T7BA 4FW2A 3M8RA 3IAYA 1IKWA 3A2FA 5FRNA 4KFBA 2RKIA 3O4NA 3AO4A 4KAZA 3VN5A 1NK8A 4R5PA 4N47A 3ZSOA 4FM1A 1RBTA 2YNIA 1BCOA 3KKSA 4E7JA 1SL2A 3PO4A 3K5OA 3DMJA 1JXBA 3H08A 4OPJA 3JSMA 3RRHA 4KTQA 1TKTA 2OPRA 4CJWA 4KV8A 3AA4A 5I3UA 3SQ2A 3F73A 4DSKA 3V9UA 2OA8A 1SUQA 3AO3A 3DLBA 1ASVA 3DLGA 1EXQA 4CGGA 3MAQA 3SUQA 4BE0A 3DI6A 1NKBA 3M8PA 3SPYA 4FJKA 5CY4A 4E3SA 4AILC 4Q5VA 4IKFA 3TWHA 3S3OA 3AVKA 2KZZA 1BI4B 4HCCA 3TANA 3P83D 5C25A 3OYIA 3AA2A 4GVMA 4PWDA 1TVRA 1ZBIA 1JXEA 4GW6A 3K58A 1C0UA 3KTQA 3HJFA 1X1PA 3OYAA 1ASWA 1VSJA 1YT3A 3ZT0A 4CJ3A 3CM5A 4ZTFA 2HHXA 2E4LA 4TSXA 3AA3A 3D45A 3SPZA 2O4IA 2IOCA 3CQ8A 2IGIA 3RR7A 4CJSA 3AVBA 3OVNA 5HROA 1GOAA 4B9LA 1FKOA 4QOZB 3QEVA 3L3UA 1WSGA 1KLNA 1RT1A 4FJXA 4OKKA 3K57A 3L2UA 1JLEA 1TK0A 1TV6A 5J1EA 3T3FA 4EZ6A 1VSEA 3OJUA 4EP5A 1HNVA 2QXFA 2X6NA 4E7LA 4DTPA 3PV8A 4FJLA 4M3XA 4M3UA 1LAVA 4B9TA 1TGOA 4CERA 3OYHA 4FVMA 1Q8IA 4J2EA 2KZMA 5CYQA 1SV5A 4DSLA 1BQNA 5KI6A 3KD5E 4CGJA 3IG1A 5JS2A 1HYZA 3VQBA 3T1AA 4CEFA 3LZIA 5KRSA 1X9SA 3HP6A 4M42A 3AO5A 1RILA 2HVIA 3DRSA 5FROA 1S1VA 1EKEA 1FK9A 5KTQA 4FLTA 1JKHA 4CJKA 3OYCA 4FK4A 3C95A 2ETJA 4DS5A 3DOKA 4CIEA 1VSLA 3SI6A 3SUOA 5FDLA 2OPPA 1RT2A 3I8DA 3AVCA 1TAQA 2HNYA 2B6AA 3C6UA 4KO0A 4M41A 3QINA 1U48A 4JRQA 1KVCA 4CJEA 3VQ6A 2OYQA 4PY5A 3AVGA 4M3YA 2P51A 4RG8A 4ELVA 3S9HA 3VQQA 1BIZA 3P1GA 3EY1A 4FJ9A 4BWJA 2IC3A 2Z1HA 1UA0A 1RDBA 4FZYA 4O4GA 4O0IA 1KVAA 2DFHA 4FM2A 2Q3SA 1RTHA 3DRRA 2G8FA 4KI6A 3NH2A 2G8IA 4HVJA 3MXIA 2D0BA 1RBSA 3NGIA 3BGRA 3U3YA 4AHTA 1LAWA 1RBVA 4Z0UA 4CHNA 2DFFA 2EX3A 4F3OA 4FLUA 1WSEA 4N41A 1CZ9A 1RDCA 4CIGA 3NF6A 1U47A 2OPSA 4DLGA 3ZT4A 4CJTA 1S1UA 4OGCA 2P1JA 5HBMA 4AHRA 3SNNA 2BGGA 2RF2A 2D5RA 1B9DA 1SKSA 3L2RA 4FZZA 3ZSWA 3G10A 5C42A 4FLWA 2G8UA 1YTUA 2F8TA 5HRRA 4DTMA 1GOBA 3VQ5A 3ZT3A 3U6FA 4K8XA 1LWFA 4HUGA 1EX4A 1LW2A 3NF9A 1D9DA 3NFAA 3LWLA 3ALYA 4HUEA 4L8RB 3TAMA 4KREA 1S9GA 2E6LA 1VK0A 4NCGA 1C1AA 1U04A 4CFBA 4IG0A 4BWMA 1BGXT 4BDYA 4DFMA 2KTQA 4CFCA 2XHBA 4DF4A 4H4MA 4CJPA 4O44A 1JLBA 3V81A 4ICLA 2HHWA 4KI4A 1RT7A 4F2RA 2NUBA 3S3NA 1WN7A 3HP9A 5KRTA 2ZD1A 4W5OA 1WAFA 1BCMA 4Y1DA 1TK8A 3U3GA 2Z1JA 1C1CA 1FKPA 4M45A 5C24A 3JYTA 4HTUA 3VQEA 4FJIA 2FBYA 2XY5A 4KB1A 4M3WA 4CF8A 3ZSVA 1WSHA 1JL1A 3TR8A 1RNHA 3QEIA 3ZSZA 2PY5A 3ISNC 1A5WA 1LW0A 3QLHA 1RT5A 4RW9A 3LALA 3SUNA 4OJRA 3AVFA 4KRFA 3OS0A 3MEGA 3LZJA 1VRUA 3MXJA 4CEDA 1XI1A 3VQ9A 4CCHA 1Z26A 4W5RA 1CXQA 4MFBA 4HHTA 1RDDA 3SYZA 2BDPA 3F9KA 2P5GA 3O3HA 4JLHA 4DFKA 4I2PA 1VSIA 1SL1A 2HHSA 4FJJA 2YKNA 4DTJA 3K2PA 4WE1A 3DLHA 3G0ZA 4FLZA 4DSEA 1NK6A 2PZSA 4B9SA 4FJMA 4NYNA 3SUPA 3VQAA 1ZBFA 4CF2A 3LANA 4GMJB 4CGHA 1WSFA 4CIFA 4E1NA 3NHGA 1NKCA 3KLHA 3OYJA 1JL2A 4N56A 1LWEA 1W9HA 2FBVA 1DLOA 5HRPA 4N76A 2Y1JA 5DK5A 4CJRA 5J2NA 4E0DA 1J54A 3V1RA 3LP1A 3LAMA 4DFPA 1UOCA 4OLBA 1EETA 4FCYA 2HMIA 4CGDA 1NOYA 3AA5X 3AVNA 1R0AA 1YTAA 2R7YA 1RDAA 3VA3A 4DU3A 4LY7A 1KRPA 4KHSA 4Z4IA 3OY9A 3OYLA 3K5NA 4H4OA 4CECA 2FC0A 3NF8A 2PYLA 3TAEA 2OZSA 5HLFA 1W0HA 3VQDA 4KKOA 1XHXA 1IKVA 1IKXA 4CJFA 1NK0A 3KK2A 4CFAA 2ATQA 4CJUA 5J2QA 4FK0A 3KIOA 2ZE2A 3AVJA 4LD0A 1C6VA 3TAGA 1HQEA 1JLGA 4CK2A 2IS3A 4KB0A 2YHAA 3LP3A 2F8SA 3CM6A 3K59A 4DU4A 3V9SA 4RW4A 4BE1A 4LSNA 4Q0BA 3HPOA 1QHTA 3KKRA 3KJVA 1I3AA 1NKEA 4DSJA 4CESA 3NBPA 4J2DA 3HO1A 1RT4A 1TKXA 1B9FA 4NCBA 1KCFA 4F4KA 1J53A 4CEAA 4E89A 2KFZA 4OLAA 4DF8A 3KK3A 3V4IA 4OVLA 2GUIA 4ID5A 2G8HA 4B9UA 1VSHA 3DM2A 4I7FA 4O0JA 4CE9A 3I0SA 4FZXC 4UQGA 2X74A 4OKEA 4Z4CA 2BANA 4IFVA 1C1BA 1T8EA 1KFDA 3B6OA 1A5XA 1REVA 1YVUA 3TAFA 4DMNA 4W5NA 5KGWA 3QEWA 4LH5A 3HVTA 3MXMA 1NJWA 3TAQA 1ZBLA 2HVHA 3KLEA 4O5BA 4CJVA 5CZ2A 3SCXA 3ZT2A 3VQ4A 3AVHA 2DFEA 5K14A 1WSJA 3AO1A 3M8SA 2HNZA 3NH0A 1NOZA 4DTUA 3SQ4A 1SKRA 1RBRA 2G8KA 2HHUA 1S6PA 4CEQA 4Z4HA 1QSLA 4RW8A 5D3GA 1IKYA 3M8QA 3L2VA 1XWLA 3V1QA 3QO9A 3KLIA 1VSDA 4XIUA 4JS5A 3V9WA 4F2SA 4J2AA 1DTQA 3QNOA 1CXUA 1IH7A 1HNIA 4DTNA 3CYMA 2VWJA 2VWKA 4DLEA 4LH4A 4MQ3A 4CFDA 2VG7A 3V9XA 1TKDA 2ZQBA 1RCHA 1S5JA 2GBZA 4PQUA 3AO2A 4BE2A 1T7PA 3SQ1A 4CGFA 4CJ5A 4PUOA 4FXDA 4HUFA 3LDSA 1S1TA 3L2WA 1TL1A 3O4QA 3EYZA 1TL3A 3RR8A 3PX4A 1BISA 3C94A 1HJRA 5SWMA 3TAPA 3KLGA 3DLRA 5HRNA 4EZ9A 4CGIA 3TI0A 4DS4A 4H8KA 3CFRA 1RTDA 2G8WA 4DQPA 3KD1E 4B9NA 3KLFA 5KGXA 3NE6A 3MEEA 3VQ8A 1JLQA 3ZSYA 3K5MA 3ZSXA 3LPTA 2W42A 3SJJA 3SV3A 4KTWA 3AVIA 3OS1A 2G8VA 4RW7A 1HYVA 3NF7A 3HXMA 3AVLA 4CK3A 4JRPA 2VG5A 1JLFA 4B9MA 3VQ7A 3ASMA 1BI4A 1QSSA 4AHCA 3OJSA 1S6QA 2EHGA 4DQQA 4ID1A 4OGEA 3OYEA 1NJYA 1EP4A 2YNFA 3V9ZA 4IG3A 1T05A 3DLKA 3NGYA 3VQCA 4CF0A 3IRXA 1QS4A 5I42A 2A1RA 4F8RA 1G15A 2I5JA 2E6MA 4DTXA 3WNEA 3QEPA 4M3RA 4CHYA 2Z1IA 3NGZA 4BDZA 1XHZA 2OZMA 2FBXA 1VSMA 3BDPA 2Y1IA 1XC9A 4W5QA 1L3TA 2QKBA 3SZ2A 3PO5A 4KHNA 2OPQA 5HRSA 3QESA 1VRTA 3OYFA 3T19A 3O3GA 4FLXA 4CHZA 1SKWA 4DSFA 1NJZA 2XY8A 3LP2A 3QIPA 5JS1A 3TABA 2Z1GA 2YV0X 3DYAA 3RMCA 3AV9A 1X9MA 3WNGA 1O1WA 2D0AA 3WNHA 2VG6A 2B5JA 5DMRA 4CHPA 1DTTA 2XO7A 5E41A 1NJXA 4BDPA 3CFOA 2AJQA 1D5AA 1ZYQA 1Z25A 4Z4GA 1UWBA 1RT6A 3RMDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L5UA 3H1VX 3O9QA 4JHDA 4ELTA 5C10A 3ZT1A 2HHVA 3ZCMA 5FRMA 2KQ2A 4CZEA 1XNQK 2I7PA 4AQYK 3MCAB 2FSKA 4E7HA 2A1SA 3L6QA 4CHOA 3CMAN 2W41A 4IEIA 4CBWA 4IDKA 3THXB 1RGIA 3MDQA 2HHQA 1RT3A 4JS4A 4EHTA 3G71N 1YJNN 4AHVA 3O3FA 4DQIA 4CI6A 4FM0A 1BA1A 4A5BA 3IUCA 3DWLA 1NLVA 3C6TA 2D1KA 2E1YA 3BF3A 3MN6A 4DWIA 3CD6N 2CGJA 3AVAA 2XY6A 4ELUA 1NGBA 4DQRA 1T03A 1QSYA 5AFUH 2HHTA 4B8CA 5JMVA 2WC9A 4E19A 3TU5A 4LFAK 1FJGK 2F4VK 1JLAA 4CJLA 2GX9A 5AQIA 5AQKA 4FWRA 4I9QA 3TSUA 3WXKA 2ASPA 3THVA 1F21A 4CEBA 3O8MA 4E1MA 3T7ZA 1J5OA 3LAKA 5AZIB 3HOTA 2V52B 4C8OA 3S3MA 1CZAN 3HSTB 4C8NA 4JD2A 3QEXA 4WQ5C 4JKBA 1K8KB 3FFKB 3RWUA 4ILGB 4FJNA 4KH5A 3LP0A 1BHLA 1ZC6A 3P4IA 3CC7N 4LF9K 1MWKA 3OTOK 1VQ4N 3V6DA 3MECA 4O8UA 2YNGA 4KHPK 4CEOA 2YI1A 3AARA 4YOUA 1HQUA 4W5TA 3O4WA 2O8DA 1HMVA 3D7EO 4DG1A 1L3VA 3CG7A 1TUUA 1XQSC 2IVNA 2H3GX 4M7YA 5CYMA 4DTRA 2ZJRL 2E5LK 3CCJN 4E7KA 4BQLA 3NDKA 3OBYA 4CZFA 1C0MA 3QIOA 3CQXA 3HM9A 1C0FA 2FF3B 2RKIA 3O4NA 4HTLA 1NK8A 4R5PA 3CCSN 4N47A 1RBTA 2YNIA 3KKSA 5JLFA 2V7ZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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