1BL3A

Catalytic domain of hiv-1 integrase
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
152
structure length
142
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of the catalytic domain of HIV-1 integrase free and complexed with its metal cofactor: high level of similarity of the active site with other viral integrases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Dna integration
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 47
structure length 142
sequence length 152
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-07-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1bl3A00
4KTQA 1Z25A 2IAJA 4CEFA 1G15A 3AVIA 1T03A 1SKRA 5FRMA 1J9AA 3PO4A 4IDKA 4O4GA 4DU3A 4DTSA 4CIFA 1S1TA 1NKEA 4OPJA 4EP5A 3D0PA 3SYZA 4O44A 4CF2A 3AA5X 4C8LA 1NK6A 1TAUA 1JKHA 2HNZA 3FFIA 3KKSA 4DTUA 1RT6A 5J2NA 4DU1A 1NK8A 4RW6A 2YNHA 1EX4A 3LP2A 4FW1A 4ID1A 1S9EA 5FROA 5I3UA 1MU2A 2HNDA 1RDAA 4CJVA 4CEBA 3LWMA 5HROA 3PY8A 2P5GA 3LPTA 4KFBA 3LALA 4DLEA 1XHZA 3LWLA 1DTQA 1YT3A 4KAZA 1BQNA 4CK2A 4C8OA 2KZZA 3L2UA 3THVA 4DFKA 5JS2A 4B9TA 1N6QA 4ELUA 4FM1A 3V9ZA 3ZSVA 3SPZA 2HHSA 4GVMA 1SKWA 1RT2A 2ZE2A 2YKMA 1VSHA 5C25A 4C8NA 2X6SA 3OYCA 3VN5A 2WONA 4FZXC 1C0TA 4EP4A 2W42A 3VQDA 2G8WA 4UQGA 4HTUA 1D5AA 1NK5A 3ZSQA 3RMBA 4M45A 4EZ9A 4FJIA 4NCBA 1BL3A 4JS4A 4Z4EA 1IKVA 4FYDA 5HLFA 4OKJA 3I0RA 2KQ2A 3DRRA 4CHYA 1YVUA 4GW6A 4Z4HA 1NJXA 1LV5A 1KFSA 3DLHA 4AILC 4IKFA 4PWDA 3ZT3A 4I9QA 3NH0A 4FLZA 3NGZA 2B6AA 1NOYA 2D0AA 5T7BA 1JLGA 4HUGA 4FW2A 2Y1JA 3AVMA 4IG0A 5CYMA 5CZ1A 4E19A 3OS0A 4B9NA 2FBXA 1U4BA 4PY5A 2YNIA 1RBSA 2P51A 3KK2A 2PZSA 2BANA 3VQ8A 4B9LA 3C6TA 3V1RA 1RBUA 3DOLA 1TVRA 4B9UA 2ETJA 4OGEA 4ZTFA 3ZT1A 2BDPA 4CEDA 2VG7A 2HB5A 2ATQA 3NDKA 3KJVA 3OYGA 3SPYA 2I5JA 2E6MA 4CE9A 4FLTA 3LZIA 1NK9A 3VQAA 4N76A 5CY4A 1TAQA 4Z0UA 4FK2A 4B9VA 1REVA 3TAGA 2O4GA 5KGWA 3TAEA 4E7HA 4CF1A 1KSPA 4K8XA 5KTQA 3QETA 4Z4GA 1SL2A 1B9DA 1L3UA 3VQ6A 4PQUA 3DOKA 1SKSA 1JLAA 3OYMA 3S3NA 3VQ9A 2A1SA 4AHCA 3HP6A 3V9WA 2G8IA 2RKIA 4XIUA 2IOCA 1ZYQA 2OZMA 3ZT2A 4FJ7A 2HHXA 3RWUA 3O3HA 3P83D 4RW8A 4DTRA 4DQQA 2BGGA 3IS9A 4N41A 1X1PA 1ZBHA 4AHVA 2RN2A 4CF9A 3LP3A 3ZSRA 2OPQA 3SJJA 3AA3A 3NF8A 4E7JA 3V6DA 3SV3A 4DFPA 1TK5A 4KPYA 3MEDA 4Y1DA 4BDZA 1BI4B 2VG6A 3WNEA 3QNNA 1D8YA 3V9SA 3MEEA 4MQ3A 3SUOA 4FVMA 1S1XA 1VSMA 2XO7A 3TABA 3DLKA 4I2PA 3SUPA 2HMIA 1ASUA 1Z26A 2E6LA 2Z1JA 3NF7A 4CJTA 1W0HA 4Z4IA 3WNFA 4HVJA 4F2RA 3V1OA 3QNOA 4FJGA 5SWMA 1T7PA 4KHQA 4M41A 4CK1A 5HRSA 4FJMA 4Z4CA 5C42A 4DLGA 3QIOA 1RDCA 2FC0A 2X78A 4W5QA 3K57A 4DQIA 4WE1A 3OYLA 4CERA 1KCFA 5FRNA 1UWBA 3HJFA 1HYZA 1C6VA 1WSHA 2X74A 3CG7A 1WSJA 1CXQA 1VRTA 5J2PA 4M3RA 1SL0A 1QHTA 3D45A 4CJRA 3OYHA 1D9FA 3QESA 3VQ7A 4CGGA 1QTMA 1U45A 1SV5A 4HCCA 2GBZA 2YNGA 4LH5A 3TI0A 3MXMA 3PO5A 3AVLA 4KI6A 4QOZB 3KLFA 3T3FA 1TK0A 1S1WA 3DLBA 1ZBUA 4GMJB 4CJ3A 5K14A 3AO4A 4B9MA 1BQMA 4DTMA 4CIEA 4CJQA 4DQRA 3SQ4A 3NFAA 1S6QA 3HP9A 3VQEA 3SV4A 3SCXA 3HT3A 3QERA 4DS4A 2KFZA 1VRUA 1RT7A 4BWMA 1BHLA 1RDBA 5CYQA 4DQSA 3QEWA 4EZ6A 1HRHA 3M8SA 1WAJA 4ZTJA 4KHSA 2Z1HA 1QSLA 4BACA 1UOCA 2HHUA 1A5WA 4E7IA 2DTUA 2YKNA 4CFAA 1RBVA 4AHRA 3BGRA 1QSYA 1EP4A 2RPIA 3U6FA 4BE2A 4ELVA 3RRGA 3DRPA 3ZSWA 3QEXA 1L3TA 1RTIA 1VSEA 4YFUA 1X9SA 3ALYA 1A5XA 2DFFA 2DFHA 3ZSOA 4DF4A 4CGJA 3AO2A 4CGFA 4DSJA 2XRIA 3KD1E 4FJ9A 4M3TA 2OPPA 1UA1A 5JS1A 1WSGA 2B4JA 4Z4FA 4BDYA 3I8DA 1F21A 3OYBA 3V9UA 1NKBA 4DS5A 3F9KA 3AVKA 3OS2A 4Q5VA 4CIGA 4KHYA 2QXFA 3KK1A 3TAPA 2HVIA 1RBRA 1VSKA 2JLEA 1ZBFA 1S1VA 3AO5A 4M3WA 1NKCA 3LAKA 2YV0X 3VQ4A 4K8ZA 1HJRA 3OY9A 3S3MA 4TSXA 4FJ5A 4FLUA 4NCAA 3CFRA 3HYFA 4DTNA 3NBPA 3KK3A 3QEIA 4CCHA 2KW4A 2P5OA 1C0MA 2HHTA 1WSEA 4KHWA 1KFDA 4OGCA 4W5RA 5KRSA 5DK5A 3DI6A 5J2MA 1BI4A 2YHAA 4LSLA 2QKBA 4FZYA 1VSLA 4NCGA 4F4KA 3ZSYA 3M8RA 4KB0A 2EX3A 1I39A 1WSFA 4F3OA 1L3VA 1RT3A 1LWEA 2DFEA 3OYEA 1IKYA 3O3GA 1X9MA 3LAMA 4ID5A 4OJRA 4DG1A 1JL2A 1FK9A 1NK0A 3EYZA 3C95A 4DWIA 2HNYA 3NCIA 3HPGA 1L3SA 4M3YA 3RR7A 5J2QA 4FJHA 5KRTA 3SQ1A 3OYIA 3MEGA 3K5LA 4AH9A 3TAMA 3AO3A 1IG9A 4CF0A 4CHOA 3TAQA 1JLFA 4QCLA 3DYAA 4CFDA 1GOBA 3E01A 1ASWA 4IG3A 3ZSZA 3K59A 4KHNA 3HSTB 2IGIA 4Y1CA 4E7LA 1VSFA 2EHGA 3UIQA 1ASVA 1TL1A 3AVJA 2R7YA 1B9FA 4O55A 4RW4A 4DQPA 1NJYA 3ITHA 3C94A 3QEVA 4W5OA 4W5NA 3P5JA 4CJEA 3TANA 1FXXA 3SQ0A 3CFPA 2XY5A 1HQUA 5D3GA 3U3GA 4IFVA 4CGIA 3VQ5A 3H08A 4CJKA 1DTTA 4OVLA 4OKEA 1HNVA 1EKEA 4PA1A 3LPUA 3P1GA 3LP0A 4KTZA 4E7KA 4DTOA 1VSJA 1CZ9A 2G8VA 4F2SA 2KFNA 1S9GA 3MECA 4F8RA 3SQ2A 1DLOA 3DLEA 4PUOA 1RILA 4L8RB 1BCMA 4AHTA 4Q0BA 2XY6A 1VSIA 3CYMA 5DMRA 3O4QA 1JLEA 1RDDA 3K2PA 3ZT0A 3SUNA 1XC9A 3TR8A 4FM2A 1Q8IA 4CECA 1JXEA 4CFBA 3RMAA 4RG8A 4N47A 4BDPA 5KI6A 4OLAA 1HPZA 3DMJA 4RW7A 4DTJA 3OS1A 1RT4A 3RRHA 2QK9A 1WN7A 3AVAA 3OYNA 3K58A 2YHBA 3NAEA 4DSIA 4FZZA 1KTQA 4CJLA 3A2FA 3V1QA 4CEEA 1C1AA 4FM0A 3NH2A 4FK0A 4M3XA 4O5BA 1CXUA 4QAGA 3QO9A 2D0BA 4CJPA 5HP1A 1T05A 3L3VA 4J2DA 5HBMA 3ASMA 3AVBA 1TGOA 3AVGA 3DLGA 2PY5A 4C8KA 3KLIA 3VQBA 4CHZA 3KTQA 1FKPA 2JGUA 5J1EA 4W5TA 4E89A 2XHBA 3CQ8A 2HHQA 3C6UA 1WNSA 2HHVA 3PX6A 1KRPA 1LAVA 1BIUA 1JLQA 3OJSA 3JSMA 2Y1IA 4B9SA 1BGXT 1KVCA 3CM5A 3HXMA 2Q3SA 2FBVA 2XY7A 1JLBA 3QIPA 3TAFA 1TKDA 4DFJA 1TL3A 3OYJA 1WAFA 4F3TA 5SZTA 1ZBLA 2KTQA 1VK0A 4AHUA 1R0AA 3IRXA 1N5YA 3DM2A 4DSLA 2HW3A 4FLVA 3V9XA 1Y97A 2O4IA 3VA0A 4FJJA 1WSIA 1U04A 3L2RA 1U49A 1TKTA 1Q9YA 4KHUA 4IFYA 3I0SA 4ZHRA 4CEZA 1C1CA 3AO1A 3MXJA 3WNHA 3M8PA 4DMNA 1XI1A 2OPRA 4I2QA 1KLNA 4FK4A 1HNIA 3SZ2A 1XHXA 2G8UA 4JRQA 3PX4A 3CM6A 3QLHA 4CK3A 3JYTA 2WOMA 3LP1A 4CGHA 1SUQA 5CZ2A 4HCBA 3KKRA 1QE1A 2GUIA 5HRRA 1Q9XA 4KB1A 1CLQA 1QQCA 2A1RA 3AV9A 2F96A 3T19A 3EZ5A 1J54A 2VG5A 3KD5E 4JS5A 2F8SA 1LW0A 4B3OA 1LW2A 1RNHA 1NK4A 3S9HA 4B8AB 2ZQBA 1GOAA 3L8BA 1KLMA 4CF8A 4KREA 2HVHA 1J53A 1QSSA 3KLGA 1JL1A 3OYAA 4CGDA 1NOZA 1IO2A 1RCHA 4KRFA 3ISNC 1QS4A 3VA3A 1TKZA 1TKXA 3ZSXA 4KO0A 1UAXA 3OYKA 1ITGA 1LWFA 4FJNA 3RR8A 2ITGA 3G10A 2D5RA 4CJWA 3B6OA 1HMVA 4MFBA 4BWJA 4HUEA 1SL1A 4ELTA 3TWHA 1L5UA 2G8KA 4FLXA 5C24A 1EETA 3EY1A 3NGYA 3VQCA 3OVNA 4HUFA 2G8HA 3OJUA 5I42A 3L3UA 3OYFA 1YTAA 1KVAA 4OKKA 1RT5A 3MAQA 4J2EA 2QKKA 3NGIA 4DSKA 4LD0A 4AHSA 3HVRA 2OYQA 3O3FA 4E3SA 1U48A 4FCYA 3DLRA 1X9WA 1HYVA 4DSEA 1IKXA 3AVCA 4CHPA 4IBNA 1U47A 4M3UA 2F8TA 4BE1A 4JRPA 4KI4A 1I3AA 3M8QA 4KTWA 4DSFA 4DFMA 2PYJA 3QEPA 4J2BA 1LWCA 3AA4A 2IS3A 2VWJA 3V81A 4E1NA 1J5OA 4FJXA 4LY7A 3NHGA 2RF2A 3HL8A 3AVNA 1KVBA 1YTUA 4CHNA 3IAYA 5E41A 4DU4A 1NJZA 3CFOA 3G0ZA 2PYLA 4FLWA 3NF9A 4RW9A 3KLHA 3SUQA 3RMDA 4FJ8A 4N56A 3PV8A 1GOCA 2KZMA 2DY4A 2NUBA 3LDSA 3HPOA 1RTDA 3ULDA 4E0DA 1B92A 4CEQA 1JXBA 2BE2A 3AVFA 2AJQA 3VQPA 4C8MA 4YNQA 1S6PA 3QINA 4KKOA 4CESA 1A5VA 2IDOA 1S1UA 2XY8A 3VQQA 1IKWA 4R5PA 3HVTA 4O0JA 4FXDA 4O0IA 2D0CA 1T8EA 3NE6A 3WNGA 1O1WA 1UA0A 3HO1A 2ZD1A 4FJLA 2P1JA 1K6YA 4LSNA 1BISA 1W9HA 2B5JA 1C0UA 3B6PA 5KGXA 3L2WA 3F73A 1D9DA 4NYNA 2HHWA 5HRPA 3SI6A 3L2VA 4CEAA 4H8KA 5FDLA 4G1QA 1BCOA 2Z1GA 3OYDA 1TK8A 4CJFA 1BIZA 2E4LA 4CJSA 4N5SA 1JLCA 4ICLA 3PUFA 4J2AA 4H4OA 2FBTA 3TARA 3RTVA 1HQEA 4DTXA 4FJKA 3ZCMA 2Z1IA 4DF8A 3S3OA 3T1AA 2IC3A 3DRSA 2GV9A 1IH7A 3IG1A 3NF6A 4FLYA 2OA8A 5EU7A 4CFCA 3LANA 2LSNA 1XWLA 2VWKA 4JLHA 3AVHA 4LH4A 4CJ4A 4HHTA 4DTPA 3U3YA 4OLBA 4I7FA 3LZJA 3NH1A 1RBTA 1RT1A 2OPSA 4B8CA 4OPKA 3ZT4A 3KIOA 1CZBA 1WLJA 3V4IA 3HM9A 3MXIA 3SNNA 3L2QA 4NYFA 1LAWA 4CHQA 4CJ5A 4BE0A 1NJWA 3RMCA 4I9LA 1C1BA 1TV6A 3KLEA 4CEOA 4M42A 1RTJA 4B08A 3PX0A 2OZSA 4E1MA 3K5MA 1ZBIA 3O4NA 2YNFA 2G8FA 1S5JA 1EXQA 2X6NA 3K5OA 3BDPA 4M3ZA 2FBYA 3HPHA 4H4MA 1HYSA 1FKOA 3HK2A 1VSDA 4KV8A 1RTHA 5HRNA 1NK7A 3AA2A 3K5NA 4CJUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4MDBA 1T03A 2ZF5O 4O4GA 4DU3A 3TTDA 3EE8A 2DPNA 1BWFO 1DKGD 3WXJA 4DR2K 4FWOA 4C8LA 4LF7K 3KKSA 1NK8A 1RT6A 5J2NA 4DU1A 1WB9A 3AARA 3LP2A 4JEPA 3WEEB 2VGNA 3DXMB 3LALA 4DLEA 3F2KA 1YT3A 4C8OA 4K0KK 5JS2A 3J7YP 3M3ZA 4B9TA 3C6AA 4GVMA 3B8AX 4AQYK 3MX2A 2VGMA 3A5NC 4CZMA 5CHIA 1XC3A 2X6SA 3WXIA 3OYCA 1HR0K 2FF6A 2BTFA 4FZXC 1C0TA 4EP4A 5JICA 5KPRA 3J81O 4HTUA 1TUUA 2Q1NA 3T7ZA 4BRLA 3JAMO 4NB4A 1T6CA 1NGJA 4NCBA 1BL3A 4JS4A 4GV3A 5HLFA 2KQ2A 3DRRA 1LV5A 1KFSA 4PWDA 3A5MC 3CJBA 2B6AA 4QS8A 4IO9L 3OS0A 3QB0A 5CZ1A 5CYMA 2E2NA 1U4BA 4PY5A 2YNIA 1RBSA 2PZSA 1OH7A 1NJIO 2BUPA 4B9UA 3ZT1A 4BR0A 3OYGA 2I5JA 2E6MA 4CE9A 3EO3A 1REVA 3TAGA 2O4GA 5KGWA 1KSPA 4K8XA 5KTQA 3MWTA 3CXCM 1SKSA 1JLAA 5IT9O 1T6DA 2HF4A 1WBBA 3ZT2A 1MA9B 3CCJN 4LF9K 4ISGA 4DTRA 4DQQA 1X1PA 4BG8A 2RN2A 4CF9A 3LP3A 3AA3A 1OH5A 4PL8A 4DFPA 5AZJA 4BDZA 3MEEA 1C0GA 1EWQA 4U67L 4BVPA 3TABA 3DLKA 4I2PA 5BPLA 5M1KA 2HMIA 3NF7A 4CJTA 1NMDA 4FJGA 1N36K 2KHOA 2A40A 4BC4A 4Z4CA 4H0YB 5C42A 1X3MA 4GV6A 1V4TA 3IDHA 4WE1A 4CERA 3SAGA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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