1BOTO

Crystal structure of the complex between escherichia coli glycerol kinase and the allosteric regulator fructose 1,6-bisphosphate.
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
497
structure length
497
Chain Sequence
KKYIVALDQGTTSSRAVVMDHDANIISVSQREFEQIYPKPGWVEHDPMEIWATQSSTLVEVLAKADISSDQIAAIGITNQRETTIVWEKETGKPIYNAIVWQCRRTAEICEHLKRDGLEDYIRSNTGLVIDPYFSGTKVKWILDHVEGSRERARRGELLFGTVDTWLIWKMTQGRVHVTDYTNASRTMLFNIHTLDWDDKMLEVLDIPREMLPEVRRSSEVYGQTNIGGKGGTRIPISGIAGDQQAALFGQLCVKEGMAKNTYGTGCFMLMNTGEKAVKSENGLLTTIACGPTGEVNYALEGAVFMAGASIQWLRDEMKLINDAYDSEYFATKVQNTNGVYVVPAFTGLGAPYWDPYARGAIFGLTRGVNANHIIRATLESIAYQTRDVLEAMQADSGIRLHALRVDGGAVANNFLMQFQSDILGTRVERPEVREVTALGAAYLAGLAVGFWQNLDELQEKAVIEREFRPGIETTERNYRYAGWKKAVKRAMAWEEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of a complex of Escherichia coli glycerol kinase and an allosteric effector fructose 1,6-bisphosphate.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (GLYCEROL KINASE)
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 178
structure length 497
sequence length 497
chains with identical sequence Z
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 1998-08-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1botO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1botO01
2D1KA 3H46O 4BRPA 3VF2A 4H0OA 3LDPA 2E20A 4ISFA 5BN9A 3L4IA 4CBXA 4WQ5C 1NGJA 4Y0WA 3ZETB 4BQLA 4Z94A 5AFUA 2ASPA 3A5LC 3FZHA 1RFQA 3VERA 5KQ8A 3LM2A 4ISGA 3A5MC 1J6ZA 1U2VA 3CJ9A 5EVZA 4A62A 4WQ5A 4H0VB 4PL7A 4BRNA 2YHWA 5AZIA 5AQRA 3H6EA 3M3ZA 5ADXH 1KAZA 5BR9A 4IJAA 2P9LA 3ZX3A 2E88A 1OKJA 2E2OA 5B8HA 5I9EB 2YJEA 4FWQA 3QMLA 2P9SB 4CZIA 1BO5O 2FF6A 3ID8A 4FOEA 4H5VA 3QFUA 3LDLA 5TKYA 1X3MA 2J4RA 3RSEA 3CJBA 1NGCA 4FWKA 3LDQA 4AM6A 5AQTA 5AQYA 1BWFO 3O6WA 1LOTB 4A2AA 3J8AA 3VEOA 3BF3A 4CD1A 3WXKA 4K41A 4H5TA 1C0FA 3QBXA 2P9UA 3WT0A 3WXIA 1HKCA 3FZLA 4IZ9A 3GG4A 3QFPA 3I8BA 5AZJA 1SQKA 2HF4A 4FWPA 4BGAA 2IIRA 2FSKA 2V52B 4QS8A 3DAWA 1ZXOA 2YI1A 3C7NA 4RWTA 3IUCA 2V7ZA 3D7EO 4BC2A 3DXKB 3R6MA 1QHAA 5FPNA 2P9PA 1V4TA 1K8KA 3D2FA 5AFUH 3QB0A 1XC3A 4H0YB 4BRIA 4EHUA 1SZ2A 1QQNA 1S22A 3VEVA 5BRDA 4BQZA 2Q0UA 4FWLA 2VYPA 2KHOA 3DXMB 3CQYA 2Q97A 1P8ZA 1U6ZA 2QW9A 2QM1A 2Q36A 1D4XA 5AQLA 3SLCA 2BUPA 4BVPA 2P9NA 3R8EA 3GE1A 3LDOA 1HJOA 4EFHA 1WOQA 3JXUA 3BP8A 3VOVA 4L3QA 3F9MA 5AQHA 3R9PA 1NLVA 1JCEA 3CI5A 3ZEUA 1GLJO 5FPMA 3UE5A 1JCGA 2W41A 4B1UB 4RTFD 4B1XB 2FSNA 1BG3A 2P9SA 3O1WA 3HM8A 4I6MB 4BRFA 3M6GA 3C0BA 3WQTA 5EXWA 4KBOA 4BR5A 4PKIA 1YVNA 1NGFA 1MWKA 4JN4A 2E2QA 4MO5A 1ESVA 2FSJA 2FLOA 1CZAN 2NLXA 4IXCA 4FPAA 5FPEA 3HZ6A 4BR9A 2GWKA 2P9IB 1XUPO 2YCHA 4BR7A 3UKRB 1DEJA 3B8AX 5AQZA 1NGGA 1QZ5A 3WEEB 3HTVA 2QWLA 1HLUA 3FZKA 4GY2B 3QBWA 1GLCG 4BREA 5LY3A 4CZFA 2VWBA 3U9DA 3HI0A 4FL9A 2NZTA 1GLDG 2E1ZA 5E84A 3SMPA 2FF3B 3U4LA 3DXKA 2AP1A 1QZ6A 2BTFA 2D0OA 2EWSA 2CH5A 4C23A 1HKGA 1ZBSA 4H0XB 5FPDA 4E1JA 5AQJA 4CBWA 4MLEA 5AQXA 4BR2A 2A40A 3WXLA 4BRMA 3ULEA 3FE1A 1KXPA 4RCHA 2GUPA 5EX5A 3GOIA 3EZWA 1TUUA 1YUWA 1BDGA 1MA9B 1R59O 5JICA 2W40A 4GNIA 3HSCA 3EN9A 2PAVA 4NB4A 4BVOA 3BF1A 2GEMA 3H45C 4JD2A 5AQGA 3UKUB 4FO0A 1Q18A 2A6AA 5BPNA 5BPLA 1RDWX 3VPZA 3D2EB 2QWQA 3MN7A 5LJVA 1TYQB 4I6MA 3S41A 1BUPA 3A5NC 1YXQA 2DPNA 1MWMA 3HBTA 1NGDA 1HUXA 4FWOA 2ZGYA 3VGLA 3G25A 1NWKA 5AQPA 4BG9A 4WQ4C 2E1YA 4BRLA 1GLFO 4H0TB 3IMXA 1GLEG 4M7YA 4CZHA 4BGBA 4H03B 1NBWA 1QQOA 2P9KB 3WUHA 4BRCA 3UKRA 3SJHA 1HX1A 5BREA 4FWNA 3VF6A 2A42A 3WEEA 1DGKN 3A5OC 2IVNA 3GBTA 4CZJA 4BRQA 2ZF5O 3M1FA 1V4SA 4O5FA 4HTLA 4FPBA 2QWOA 2UYTA 2Q1NA 3ZETA 1NGEA 1TUYA 2V51B 2Q2RA 3FZFA 3SK3A 2A3ZA 2ASMA 5JLHA 1YAGA 2YHYA 2QWMA 3CJ7A 3TU5A 5BN8A 5AQWA 4BRHA 1BOTO 1E4GT 2D0PA 2HMPA 2I7NA 1MDUB 3CERA 1U2VB 5AQFA 4BR0A 4PKGA 4F9OA 1XQSC 4A2BA 4XH1A 3VETA 3VGKA 5F1XA 5JMVA 1WUAA 4BR4A 4H5WA 2E8AA 1H1VA 3ZX2A 1SAZA 3O4WA 3KZBA 4PKHA 4BRGA 1Y64A 4CZKA 5E26A 4MO4A 2QWNA 3MMVA 4QS9A 4CZLA 3FR0A 4BC4A 4JAXA 4YDUC 2Q0RA 5JLFA 4K25A 4EAHD 2QXLA 3SMSA 2QWPA 2GELA 1HKBA 3VGMA 3RSEB 1TYQA 3VENA 4HWIA 2F9TA 1NGBA 4H5NA 4CJ7A 2E2PA 4JHDB 3IFRA 3MN5A 4FWSA 1BA0A 1T6CA 2P9UB 5F0XA 3FZMA 2CGKA 1GLBG 5EY4A 5KPTA 5AZJB 2GWJA 1S3XA 1Z6RA 2P9KA 3JS6A 3H1QA 1EQYA 3UB5A 4NO7A 3IDHA 4PL8A 4BROA 5AQNA 3EO3A 4IO8A 5F2RA 1X9JA 3H3NO 2CH6A 1C0GA 2E2NA 3MK6A 2ZGZA 5ELZA 2P9PB 4J8FA 1QQMA 3CQXA 1ATNA 5BRHA 3GDQA 3DXMA 3FFKB 2OANA 1T44A 3AARA 3O08A 4K42A 3LM9A 3EKSA 5KPZA 3ENHA 3VF4A 2NRHA 3VEYA 4B1WB 4BC3A 2HF3A 4BRDA 5CE3A 4FWMA 2P9NB 5AQVA 2ITMA 4IWVA 3ATVA 4XH5A 4MLHA 2YJFA 3CIPA 5AR0A 4CD3A 3AY9A 4M7XA 4EIAA 2HOEA 2VCPA 4CI6A 2IVPA 3BUZB 4BG8A 5BRFA 1ATSA 3ZEUB 4O8KA 4H0PA 3BEXA 3EKUA 3LL3A 3VEXA 3GL1A 1K8KB 4CZEA 4B1VA 3MN6A 4A61A 1T6DA 4BRAA 2ZWHA 4CZGA 2P9IA 2QWRA 4B9QA 4JNEA 5AQOA 3ZX0A 2AA4A 3CHWA 3MN9A 4JHDA 2PBDA 2H3GX 4WQ4A 3U8XA 3I33A 3O80A 4AM7A 3ATUA 3O8MA 1HPMA 1NGIA 3AAQA 3TPQA 5KQDA 5AQQA 2D4WA 4B1YB 3QICA 3QDKA 1NMDA 2V7YA 4FOIA 2Q31A 2WUSA 1NGHA 1G99A 3VEWA 4B1ZA 3EL2A 3A8YA 4ISEA 3U9ZA 4K43A 4FWRA 2A5XA 5AZIB 1DKGD 3W0LA 1E4FT 1RGIA 2CGLA 3OHRA 3ULEB 5EOYA 3DWLA 1NM1A 1ZC6A 4LC9B 4BRKA 2P9LB 1JCFA 1X3NA 3VESA 2GTDA 3KHYA 3L0QA 4H5RA 2YHXA 5ADXA 3A0IX 3UKUA 3KVGA 3FLCO 4FSVA 3O5BA 4DCHA 3D2EA 4JD2B 3FGUA 1KAYA 2CGJA 1GLLO 4BC5A 3CJAA 3CETA 3O1BA 3MDQA 5AQIA 4EHTA 1ATRA 4YDUA 5AQKA 4M63C 1GLAG 5AQSA 3W3DA 4DHYA 2IVOA 3H1VX 1LCUA 3MCPA 4WYBA 4XH4A 4DB3A 2ASOA 2I7PA 3WXJA 2A41A 3H3OB 3DJCA 5AQMA 3AAPA 1Z05A 1BU6O 5AQUA 3C7NB 4XEIA 3VEZA 2F9WA 5BPMA 3L6QA 3WQUA 1KAXA 3CJ1A 4IJNA 4CZMA 1IG8A 3LDNA 4DQ8A 2FXUA 1BA1A 3CJCA 4QS7A 5LJWA 1IJJA 1NGAA 3ENOA 3P4IA 5KPRA 3D2FB 4CBUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2D1KA 3VN5A 3LDPA 3C95A 2E20A 4ISFA 1FJGK 4YOYA 1VQLN 4Y0WA 3PSIA 3G71N 5DMRA 5KQ8A 4Z4IA 3LM2A 1RBVA 3OJUA 1U47A 4JLHA 3HPOA 1ZBLA 1NKEA 5GINA 3E9PA 2O8FB 5HOOA 1ITGA 1S1VA 2RPIA 3SBTA 3OYBA 5AQRA 3H6EA 3VQ5A 4KFBA 4OPAA 4DQQA 4AILC 3AGKA 4DMNA 3NF8A 4PA1A 3ZX3A 2E88A 1OKJA 1VSDA 5SWMA 3PY8A 3VQPA 4CJTA 3QMLA 4B9SA 1RDBA 4CZIA 1BO5O 1P90A 2FC0A 4B9MA 3K5LA 1G15A 3DRRA 5TKYA 1ZBUA 1NGCA 2F96A 5AQTA 5AQYA 5HBMA 4HUEA 1SKSA 4DFKA 3O6WA 2BE2A 2P1JA 5C10A 3VEOA 1HYVA 4CD1A 2Z1JA 4N56A 4LFBK 3WXIA 4IZ9A 3NDKA 1HQEA 3QFPA 4FWPA 4BGAA 3IG1A 3MAQA 4W5NA 1NK6A 1ZXOA 4RWTA 4JI3K 2V7ZA 4DV5K 5MLCQ 2HHUA 4NYFA 3DXKB 4C8KA 4KH5A 3OYJA 2P9PA 4DLEA 3KLFA 3D2FA 1XI1A 4H0YB 2KLAA 4EHUA 3VEVA 1TVRA 1RILA 2Q0UA 3SV4A 3OYMA 1C1AA 1HRHA 1F21A 2VYPA 3AVHA 2P5OA 2HHTA 2KHOA 2Q97A 1P8ZA 3M8RA 2Q36A 1D4XA 2ZJQL 1R0AA 3CCVN 2BUPA 4FK4A 4BVPA 2P9NA 1IKYA 3KJVA 3K5MA 1FK9A 3LDOA 2GV9A 4EFHA 3V1OA 1WOQA 3JXUA 1L3SA 1U45A 3CI5A 3HYFA 2PYLA 3NVKA 1BG3A 2P9SA 1NK4A 3NHGA 1RCHA 4PKIA 1YVNA 4E7LA 4DR5K 1ESVA 2FLOA 1BCOA 4IXCA 3B6PA 5J1EA 2EHGA 3CM5A 4JS5A 3HZ6A 1JLGA 4CGDA 2I5JA 4JK7A 2GWKA 4B3OA 3MWPA 4CEOA 3DLLL 4PUOA 3C65A 4CFAA 1SKWA 1DEJA 3C6TA 3O9UA 4I2QA 4V19S 2JWKA 2HMIA 1QZ5A 4CEDA 4CESA 1GLCG 4BREA 5LY3A 1X9WA 1REVA 3HI0A 4FL9A 2FF3B 3E01A 1QZ6A 2EWSA 2O8EB 3QEVA 1HKGA 1WBBA 1ZBSA 4E1JA 5AQJA 4CBWA 4MLEA 4CEQA 2XY6A 4DTNA 3WXLA 2Y1JA 4KI6A 4OKJA 2VQEK 4HUFA 2IS3A 1YITN 3DLGA 4OGEA 1TUUA 1N36K 1C6VA 4GVMA 3OYFA 2W40A 3EYZA 3HSCA 4FM2A 3EN9A 5CY4A 4FYDA 4BVOA 3BF1A 2GEMA 2VWKA 1VQ9N 1QSSA 5AQGA 4ID5A 4FVUA 4DFPA 1Q18A 4M3XA 5BPLA 3I0SA 4FVMA 1RTDA 2F7TA 4CE9A 3TI0A 2F8TA 4FJJA 1VSKA 2VG5A 4DU1A 1JXBA 3MN7A 4BE0A 3S41A 3ALYA 3OYIA 3HBTA 1NGDA 1HUXA 2IOCA 3VGLA 3G25A 1NWKA 4H4OA 3O3FA 4BRLA 1GLFO 4H0TB 1I39A 1GLEG 4KTQA 4BGBA 5J2MA 1NBWA 1QQOA 3WUHA 4BRCA 3UKRA 4DV0K 4CF1A 2XHBA 1HNVA 3VF6A 4KHSA 3RR8A 1WSJA 3A5OC 3GBTA 2ZF5O 1V4SA 1TL3A 2ETJA 3L4QA 4CJEA 3ZETA 5IWAK 2AJQA 2Q2RA 3FZFA 4CFBA 2ASMA 2D0CA 4HHTA 5JS1A 4EZ9A 2YHYA 1S1TA 3L8BA 3L2WA 3QERA 1NMNA 3DM2A 3SAHA 5BN8A 4BRHA 3CFPA 4Z4CA 2D0PA 2HMPA 1U2VB 4H8KA 1Q82O 4X64K 1XQSC 3VGKA 1WUAA 3IRXA 3ZX2A 3O4WA 2W6LA 2YHAA 4CZKA 4LFCK 5M1NA 3IKMA 1M1KO 4CZLA 4JAXA 2JWLA 5GAEP 2YHBA 4EAHD 2UUAK 2GELA 4E3SA 4ILHA 3RSEB 1TYQA 3M8SA 3VENA 4BWJA 1NGBA 2O8CA 4CJ7A 3SJJA 3O3GA 3RMAA 4JHDB 4FJ8A 4C1NK 3IFRA 1BA0A 4B3TK 3FZMA 4LF9K 3AO5A 3O3HA 5EY4A 4FW2A 5KPTA 5AZJB 5TKWA 1Z6RA 2Z1GA 3BZCA 2P9KA 3OYCA 1LW0A 1EQYA 5LL6Z 2EX3A 1YI2N 4BROA 1Y97A 1CZBA 3EO3A 2Q3SA 4JKEA 5F2RA 1X9JA 4DR4K 1C0GA 4JKGB 5ELZA 3VQQA 1MU2A 5BRHA 3DXMA 3FFKB 4JYAK 4ID1A 1KCFA 3TTDA 3CM6A 4K42A 3ENHA 3VEYA 4KO0A 4DR6K 4BC3A 4LY7A 3CF5L 4DWIA 4CGHA 2X74A 4FWMA 5AQVA 2ITMA 3RR7A 1FXXA 3ATVA 1W2BM 2E6MA 2YJFA 3LZJA 3DLHA 3AY9A 1CXUA 3LANA 4M7XA 3O9SA 3SNNA 2W6KA 4RW4A 1KSPA 1L3TA 4J2AA 2HHHK 4DF8A 3THXB 4CI6A 1QHTA 3BUZB 4I2PA 1ATSA 4O8KA 4H0PA 1I94K 1JL2A 3EKUA 3LL3A 1LAWA 1WNSA 4JI1K 2P9IA 1BCMA 1RDUA 2ITGA 1T8EA 2D0BA 3HP6A 4ILJA 4FM1A 1C0UA 5KTQA 1HPZA 3I33A 4AM7A 3U3GA 3J7ZO 1VQ7N 2Z1HA 1NGIA 3SUOA 4B1YB 2OCEA 3K9KA 3AVKA 3KK2A 3QDKA 4U7BA 2P5GA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2RF2 A;  2YKM A;  4NLB A;  4B9L A;  2V7Y A;  1FKO A;  2WUS A;  1NGH A;  5BR8 K;  3A8Y A;  1QSL A;  1M90 O;  4K43 A;  1KVC A;  3ITH A;  1RGI A;  1IBM K;  3C6H A;  4JI0 K;  4JRQ A;  4LC9 B;  1BI4 A;  5A2Q O;  4CJU A;  1JCF A;  2NNW A;  1X3N A;  4ZHR A;  5I42 A;  3AVF A;  4O44 A;  2ZJP L;  3V9U A;  5FRN A;  3KHY A;  4Z4H A;  4M3R A;  3HL8 A;  4YHH K;  1Q86 O;  1VQ4 N;  3KVG A;  2ZJR L;  3SUQ A;  4WFN L;  3PIP L;  3O5B A;  4FLU A;  3D45 A;  3D2E A;  4JD2 B;  3VMF B;  1KAY A;  1HNZ K;  3KK3 A;  4BC5 A;  3CJA A;  3NFA A;  1KFS A;  2FBT A;  3MDQ A;  2KZM A;  4R79 A;  4DFJ A;  3SAF A;  2D5R A;  2OPP A;  3LDS A;  4FZZ A;  3AGR A;  2IVO A;  1L5U A;  3HRG A;  3MCP A;  4WYB A;  4DB3 A;  3TSP A;  3NF9 A;  1Z25 A;  4O5B A;  4WFA L;  3QES A;  3L6Q A;  3WQU A;  3CJ1 A;  1EWQ A;  3BGR A;  1IG8 A;  3LDN A;  1XNQ K;  1UAX A;  1BA1 A;  3CJC A;  5LJW A;  4JKC A;  4CIE A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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