1BWFO

Escherichia coli glycerol kinase mutant with bound atp analog showing substantial domain motion
Total Genus 162
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
162
sequence length
498
structure length
494
Chain Sequence
EKKYIVALDQGTTSSRAVVMDHDANIISVSQREFEQIYPKPGWVEHDPMEIWATQSWTLVEVLAKADISSDQIAAIGITNQRETTIVWEKETGKPIYNAIVWQCRRTAEICEHLKRDGLEDYIRSNTGLVIDPYFSGTKVKWILDHVEGSRERARRGELLFGTVDTWLIWKMTQGRVHVTDYTNASRTMLFNIHTLDWDDKMLEVLDIPREMLPEVRRSSEVYGQTNIGTRIPISGIAGDQQAALFGQLCVKEGMAKNTYGTGCFMLMNTGEKAVKSENGLLTTIACGPTGEVNYALEGAVFMAGASIQWLRDEMKLINDAYDSEYFATKVQNTNGVYVVPAFTGLGAPYWDPYARGAIFGLTRGVNANHIIRATLESIAYQTRDVLEAMQADSGIRLHALRVDGGAVANNFLMQFQSDILGTRVERPEVREVTALGAAYLAGLAVGFWQNLDELQEKAVIEREFRPGIETTERNYRYAGWKKAVKRAMAWEEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structures of Escherichia coli glycerol kinase variant S58-->W in complex with nonhydrolyzable ATP analogues reveal a putative active conformation of the enzyme as a result of domain motion.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLYCEROL KINASE
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 162
structure length 494
sequence length 498
chains with identical sequence Y
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 1998-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1bwfO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1bwfO01
3KHYA 4PKGA 4FWQA 3BF3A 4WQ4A 3JXUA 4EHTA 5EX5A 2QWQA 4M7XA 5JLHA 5KQ8A 3R8EA 1ZC6A 3D7EO 3LDOA 4FWKA 3WXJA 4B1YB 4I6MB 2D1KA 2P9KB 2D0OA 1NLVA 2PAVA 2P9NA 3SMPA 1KXPA 1YUWA 1G99A 3TU5A 4JAXA 3BP8A 3HM8A 1E4GT 5BRFA 4GY2B 4ISEA 3VEYA 1JCGA 2OANA 1T44A 3H3OB 2H3GX 3WXIA 4NO7A 5AZIA 4BRHA 4E1JA 4EFHA 4EHUA 1HX1A 1QQNA 3CJBA 4IWVA 3O6WA 2E2OA 3ATUA 1BO5O 2YHWA 3D2EA 4CJ7A 1H1VA 3CQYA 3GBTA 3VGLA 4DHYA 1QZ6A 4CI6A 1OKJA 3DXKA 3MN9A 1T6CA 4BC2A 5AQTA 3ZEUA 1JCFA 3O5BA 3VENA 3FR0A 3O1BA 3ULEB 3AY9A 4BVOA 5FPMA 4CZEA 5JLFA 2GTDA 3CERA 4FWNA 1NWKA 4JHDB 1RDWX 4B1XB 4B1WB 4B1ZA 4PL7A 3A8YA 3EZWA 3VETA 3J8AA 3CJ9A 4PKHA 3R9PA 3WQTA 4JD2A 2E1YA 5AZJB 4ISFA 3MMVA 2Q36A 1ATNA 3GE1A 5TKYA 3QFPA 4CZJA 3ATVA 2V51B 5AQFA 2IVNA 4B9QA 3ENHA 4BVPA 3L4IA 3QFUA 3HSCA 2QXLA 5AR0A 4XEIA 1KAXA 4H5WA 4XH1A 3DAWA 2A41A 5F0XA 3O8MA 3LDQA 5AQHA 2QWRA 3KZBA 5AFUH 3G25A 4BC4A 3FE1A 1R59O 3ZETB 4RTFD 5AQGA 3BEXA 2ZGYA 3HI0A 3VEXA 2D4WA 2A40A 4RWTA 3VEZA 2Q31A 3FFKB 1EQYA 4AM7A 1MA9B 3CHWA 5BRHA 5I9EB 3FGUA 3VEVA 3VF2A 3WEEB 4BR5A 3CETA 3ID8A 4A61A 4J8FA 2QW9A 3AAPA 2IIRA 4CZIA 1NGJA 3CJCA 1Q18A 3VESA 1GLLO 2EWSA 4B1VA 1J6ZA 2E2QA 4A2BA 3U9DA 4BRGA 4EAHD 5AQZA 1RFQA 2F9TA 4H03B 4FWOA 1QQOA 4NB4A 1D4XA 1NGDA 3O80A 2A42A 3VEOA 3OHRA 3VERA 2E1ZA 3DWLA 2P9LB 4AM6A 1NGFA 5BPLA 2E8AA 4IO8A 1TYQB 3L0QA 1BA0A 2ASMA 5BPNA 3D2EB 3LDNA 1QHAA 2ZF5O 3D2FB 1KAZA 5E26A 3GL1A 4Z94A 5BRDA 1HKBA 2W40A 2NZTA 4MLHA 3DXMA 3F9MA 1CZAN 4MLEA 3LDLA 4BC5A 3MN6A 1Z05A 3O4WA 3ZEUB 5BPMA 5EVZA 4HTLA 5AQXA 3FZHA 5AQSA 5BREA 1ESVA 3LL3A 4FWSA 5F1XA 4FSVA 5FPDA 1X3MA 4BRNA 2YCHA 4DCHA 1NGIA 3DJCA 2FSNA 4CZGA 3C7NA 3U9ZA 2FLOA 2CH6A 3CQXA 5BR9A 2ASPA 3M6GA 2P9PB 2GELA 5AQQA 3FZMA 3UKRB 4BGAA 2QWNA 5AQIA 4KBOA 3ZX2A 4DQ8A 2I7NA 1XC3A 4FL9A 2P9UB 1YAGA 2Q97A 3SK3A 3H6EA 4FWMA 2AP1A 3A5NC 2P9IA 5FPEA 4MO4A 5B8HA 5AQKA 1K8KB 4H0PA 1X9JA 2A6AA 5ADXH 1Y64A 4BQLA 4BR7A 3LM9A 3GOIA 1NGCA 2FXUA 4BRDA 1YVNA 3GDQA 5AQRA 3O08A 4CBXA 3AAQA 2HOEA 4BRAA 4H5VA 3M1FA 5ADXA 4H5TA 3EL2A 1SQKA 1GLJO 1U2VA 3QB0A 3RSEA 3H1QA 4BQZA 3WT0A 3UKUA 1HKCA 1MDUB 3EO3A 2CGJA 3I33A 3H46O 2QWLA 2W41A 3WXLA 3R6MA 1NGBA 4FPAA 1NM1A 2E2NA 5BN9A 2ITMA 3ZX3A 1ATSA 1XUPO 3MK6A 2FSKA 4I6MA 4FOIA 1NGHA 1YXQA 1NGEA 3VF6A 3VEWA 2CH5A 4K43A 2PBDA 5AQPA 3MCPA 2HF3A 5AQJA 4L3QA 3LM2A 4A2AA 1ZXOA 5E84A 4CD1A 1GLBG 3ENOA 3U8XA 2UYTA 3I8BA 1NMDA 3GG4A 3H1VX 4IJNA 3CJAA 1BG3A 2A5XA 1WUAA 3P4IA 4M7YA 4BC3A 1ATRA 2P9SB 2YHXA 5CE3A 3IFRA 3CJ7A 2FF3B 3HTVA 2HMPA 2Q2RA 4BRCA 4CZLA 4BREA 2NRHA 1JCEA 2E88A 4QS7A 3UE5A 1MWKA 2Q1NA 1X3NA 1BOTO 1GLAG 1QZ5A 2P9NB 3C7NB 3ULEA 5JICA 3KVGA 4BR4A 2ZWHA 4XH4A 2YI1A 1SZ2A 4CD3A 4PKIA 4BROA 4JHDA 3A0IX 4QS9A 4CZHA 4LC9B 2CGLA 1LCUA 5AZIB 4FO0A 2BUPA 4GNIA 3BF1A 3M3ZA 1IG8A 4JN4A 3QMLA 3EKSA 4F9OA 2GEMA 5AQVA 4FWRA 4O5FA 3IMXA 4WYBA 2J4RA 2VCPA 3H45C 3U4LA 5KPTA 2BTFA 3DXKB 3BUZB 4EIAA 2E2PA 4A62A 2QWPA 5LJVA 1BDGA 1V4SA 1C0GA 4BR2A 3QICA 3UB5A 4BRQA 2KHOA 4C23A 3ZETA 1NGGA 4DB3A 2QWMA 3EN9A 2VWBA 4B1UB 4XH5A 4FPBA 4K42A 3MDQA 4H0OA 1S3XA 3WEEA 2DPNA 1LOTB 1KAYA 4BRKA 1NBWA 1S22A 1WOQA 4K41A 4JD2B 1SAZA 3L6QA 2YJEA 3C0BA 3VGMA 2ZGZA 2V7YA 5BN8A 1DKGD 4JNEA 2VYPA 1BU6O 4FOEA 3FLCO 3WXKA 4RCHA 5AQLA 1XQSC 1RGIA 2QWOA 2P9LA 1TYQA 4CZFA 1QQMA 1C0FA 3HBTA 1HLUA 3WUHA 3S41A 3JS6A 2FF6A 1U6ZA 3TPQA 4IJAA 3D2FA 1HPMA 4ISGA 1HJOA 3QBXA 4BRLA 2F9WA 4YDUC 3VPZA 1E4FT 2I7PA 2GWJA 1V4TA 4MO5A 2FSJA 4H0XB 2P9KA 3QBWA 2IVOA 5F2RA 4H5NA 1GLCG 1GLDG 4O8KA 5AQNA 1ZBSA 2P9PA 3EKUA 5AQOA 3O1WA 4YDUA 3UKRA 4CZKA 4BG8A 1HKGA 2E20A 3H3NO 4Y0WA 3MN7A 2YHYA 4IZ9A 2P9UA 2NLXA 2Q0RA 3B8AX 1MWMA 4BR9A 1BWFO 3W3DA 3HZ6A 1K8KA 4FWPA 4K25A 3VGKA 4CBWA 4BG9A 5KPZA 1IJJA 5ELZA 4IXCA 5AQWA 3DXMB 4H0YB 1HUXA 4CBUA 3IUCA 4H0VB 5FPNA 3QDKA 3CJ1A 5JMVA 1NGAA 5AQUA 2CGKA 2GUPA 2V7ZA 1P8ZA 2V52B 2QM1A 3SLCA 5AQMA 2D0PA 1Z6RA 5AFUA 3A5LC 4QS8A 4BRMA 3AARA 4BRIA 2ASOA 3FZLA 4BRPA 2IVPA 1BUPA 2Q0UA 3MN5A 4H5RA 5LY3A 3CI5A 4H0TB 3SJHA 5EOYA 2P9IB 3A5OC 1DGKN 1GLFO 1TUYA 3IDHA 5AZJA 2A3ZA 4WQ5C 5AQYA 2GWKA 4BR0A 3FZKA 1TUUA 4M63C 3WQUA 3A5MC 4FWLA 3FZFA 3VF4A 3LDPA 3ZX0A 4BGBA 2YJFA 5EXWA 1BA1A 2WUSA 2HF4A 1GLEG 5EY4A 4CZMA 4BRFA 4WQ4C 3VOVA 2AA4A 5KQDA 5LJWA 4WQ5A 1U2VB 4HWIA 3RSEB 3SMSA 3UKUB 1DEJA 5KPRA 1T6DA 4PL8A 3W0LA 2P9SA 3CIPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KHYA 4PKGA 5IWAK 2ZE2A 4EHTA 3D0PA 5JLHA 2QWQA 4M7XA 5KQ8A 4JS5A 3T19A 1WSEA 5C12A 4FWKA 4CE9A 3WXJA 2HMIA 4XIUA 1X9MA 3L2WA 1C1BA 2P9KB 2PAVA 3AO5A 3SMPA 3HOTA 4N41A 4N56A 3V9XA 1CXUA 2G8IA 4OJRA 3U3GA 3BP8A 3HM8A 5GINA 3QEPA 3P31A 2NRVA 3PX4A 1T44A 3IS9A 2IDOA 4EFHA 4BRHA 4FXDA 3H08A 3MECA 3O6WA 1E3MA 3OYEA 4KHYA 4BY9C 1BO5O 2YHWA 3PIPL 1TAUA 4PWDA 1H1VA 2NRWA 1IBLK 1JLFA 4CJUA 3DXKA 4M3RA 2ZJQL 3LP1A 5J2QA 4C8LA 1HYSA 1HMVA 2HHUA 5JVHL 1D9FA 5C25A 4DR1K 1BI4A 3CERA 3ZCMA 4DU4A 1KCFA 1RDWX 4B1XB 4C8MA 3VQCA 4PL7A 3DYAA 3AO1A 3R9PA 3MX5A 3NBPA 4ISFA 3GE1A 2HW3A 3ATVA 4M3YA 3HSCA 2QXLA 1XMOK 2OPPA 4XEIA 1QTMA 1KAXA 4XH1A 4FJNA 3DAWA 3SBGA 3U3YA 2VGMA 4W5TA 2WTUA 1BL3A 5AQHA 2HBJA 3G25A 1RBSA 1RCHA 4LF9K 3V6DA 3V9WA 4DV2K 3BEXA 4M42A 3HI0A 2HHSA 3VEXA 2D4WA 4RWTA 5TKWA 3VEZA 3K5NA 3FFKB 1MA9B 4CGJA 2DTUA 4BR5A 5KI6A 2HBLA 4C1NI 3I55N 4ILHA 1NOZA 3VESA 5M1PA 4FM2A 2EWSA 3WNHA 4CJWA 4BDZA 4CECA 1J6ZA 2E2QA 4A2BA 3U9DA 5H1SQ 1F21A 2BDPA 4YORA 1RFQA 1JKHA 4NB4A 4Q5VA 3OS2A 3HP6A 1DT9A 2A42A 1LWEA 4EP4A 1X9WA 3OHRA 3DWLA 2P9LB 5T7BA 5GADP 4FLTA 2E8AA 4BDPA 3ENBA 4KHWA 4KHQA 1C0MA 2ASMA 3SYZA 4ELVA 4LF4K 3MX2A 3LDNA 2ZF5O 1YI2N 3T7ZA 1NJXA 1KAZA 4KTZA 3M5RA 5M1NA 4A5BA 1NJZA 3AO4A 3KTQA 2NZTA 3TANA 4KHNA 3TAQA 4MLEA 1XHXA 5BPMA 3RMCA 4HTLA 5BREA 3FZHA 4HTUA 3KK7A 3NH0A 4DCHA 4RG8A 3U9ZA 3RRHA 1RDBA 1U4BA 1RT7A 2GUIA 3CM5A 3O3FA 3CQXA 5HOOA 3DLRA 3K5OA 3TAFA 1I94K 4DTRA 3CCEN 4DQ8A 4MDAA 1XC3A 4FL9A 5JS1A 2Q97A 4FWMA 2P9IA 3IAYA 4B9MA 1LWFA 1X9JA 4OPJA 2OZSA 1VQ6N 1LW2A 4CEBA 4X65K 4BQLA 4BR7A 3E66A 2FXUA 4BRDA 1HQUA 3AAQA 4RW8A 4UQGA 3M1FA 1XMQK 1SQKA 3VA0A 1U2VA 3QB0A 4BDYA 3WNFA 3H1QA 2F8SA 2HVIA 3VQ7A 4M3TA 4JKFA 2G8FA 4IEEA 3OYMA 2CGJA 3NGIA 5DMRA 4DU3A 2O8CB 3H46O 2QWLA 4CHZA 1XWLA 1NGBA 4FPAA 4CGFA 4DTOA 1TK0A 4CCHA 5CY4A 1QSLA 3NVKA 3S3NA 2P1JA 3OJSA 1NGHA 1YXQA 3I0RA 3VEWA 3OBWA 1BIUA 3VQEA 1EP4A 3LP2A 4JKAA 1SKRA 3DLLL 4KI6A 4CD1A 3THVA 4PA1A 2WFBA 4JRQA 1GLBG 3U8XA 4WF9L 1U47A 4IEIA 2G8KA 3S3MA 3CF5L 3SQ2A 1KC8O 1BG3A 4DSLA 4M7YA 4U7BA 3N4PA 2VWKA 3I56N 1VQMN 3DLKA 2WOMA 3P83D 5C10A 1Q86O 1BCOA 2HB5A 3HTVA 4NCAA 2JGUA 3EEQA 4BRCA 2VQEK 3PY8A 1JCEA 1VRUA 4DR6K 3C95A 3CMAN 2Q1NA 1X3NA 1U04A 2BANA 4K8XA 4NYFA 3KVGA 4KFBA 2G8HA 4A5AA 4PKIA 4JHDA 3VQ9A 1KRPA 1LCUA 1BHLA 1J53A 4CJ5A 3DLBA 2BUPA 3BF1A 4JN4A 4F9OA 4O5FA 2J4RA 1LV5A 4JLHA 2VCPA 1X1PA 4UY8O 2NNWA 3CPWM 2OTLN 4O8UA 5KPTA 2BTFA 4FLXA 4DSJA 3DXKB 3OS1A 4JKEA 4CJ4A 3CM6A 2IOCA 1WSFA 2XRIA 3J81O 2GBZA 1NKEA 1BI4B 4XH5A 3SZ2A 4OLBA 5DM6L 4AHSA 1XC9A 4K42A 4FYDA 4AHUA 4BRKA 3B6OA 4DTMA 1YJWN 1BISA 1CLQA 1NK9A 4YOTA 4DFMA 2F8TA 4G9ZA 2YJEA 4GMJB 3C0BA 2V7YA 1VSFA 2OCEA 1JL1A 3LZJA 4DV7K 3F5TA 2ZJPL 1NMNA 1RGIA 5C42A 4Z0UA 4ID1A 3JYTA 1TYQA 4E7HA 1HLUA 4CGDA 4OGCA 3FFIA 2RF2A 4C8NA 1HPMA 5E41A 4ISGA 3QEWA 1RT6A 3NMUA 3A2FA 4DTNA 1L3TA 1HJOA 2F9WA 2Z1GA 2Z1IA 3NGZA 3G10A 4R5PA 3T1YK 2P9KA 3C6AA 4K8ZA 4J2DA 2IVOA 1GLCG 1C6VA 3LPUA 3RWUA 1ZBSA 4DR4K 3AVGA 1FKOA 1S1WA 1N6QA 3HPOA 4YDUA 2HSTA 3UKRA 4M3XA 4BG8A 1WLJA 4DR3K 2XY5A 2HBKA 4Y0WA 1HNXK 2YHYA 2P9UA 4IDHA 3TAPA 2Q3SA 3DMJA 3RR7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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