1BWFO

Escherichia coli glycerol kinase mutant with bound atp analog showing substantial domain motion
Total Genus 162
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
162
sequence length
498
structure length
494
Chain Sequence
EKKYIVALDQGTTSSRAVVMDHDANIISVSQREFEQIYPKPGWVEHDPMEIWATQSWTLVEVLAKADISSDQIAAIGITNQRETTIVWEKETGKPIYNAIVWQCRRTAEICEHLKRDGLEDYIRSNTGLVIDPYFSGTKVKWILDHVEGSRERARRGELLFGTVDTWLIWKMTQGRVHVTDYTNASRTMLFNIHTLDWDDKMLEVLDIPREMLPEVRRSSEVYGQTNIGTRIPISGIAGDQQAALFGQLCVKEGMAKNTYGTGCFMLMNTGEKAVKSENGLLTTIACGPTGEVNYALEGAVFMAGASIQWLRDEMKLINDAYDSEYFATKVQNTNGVYVVPAFTGLGAPYWDPYARGAIFGLTRGVNANHIIRATLESIAYQTRDVLEAMQADSGIRLHALRVDGGAVANNFLMQFQSDILGTRVERPEVREVTALGAAYLAGLAVGFWQNLDELQEKAVIEREFRPGIETTERNYRYAGWKKAVKRAMAWEEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structures of Escherichia coli glycerol kinase variant S58-->W in complex with nonhydrolyzable ATP analogues reveal a putative active conformation of the enzyme as a result of domain motion.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLYCEROL KINASE
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 162
structure length 494
sequence length 498
chains with identical sequence Y
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 1998-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1bwfO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1bwfO01
4O5FA 3DXMA 5AQHA 3QMLA 2A42A 1LCUA 3KZBA 5KPTA 3BUZB 4EHUA 1G99A 1D4XA 1BO5O 4B1UB 2IIRA 5JMVA 4BR0A 1P8ZA 4FWNA 5AQSA 1K8KA 3ZX3A 2QWQA 1SAZA 4WQ4C 1C0GA 4MO4A 3ULEB 3VEYA 5AQQA 2E2NA 4MLHA 3EO3A 4B1WB 4WQ5C 3IMXA 4MO5A 3HI0A 3BF3A 3FLCO 1YUWA 3UKRA 3ULEA 4XH4A 1NGCA 4XEIA 2Q97A 3G25A 5AQTA 1KAXA 3EZWA 2QWOA 3J8AA 3CJ1A 2HMPA 1TUYA 1QQNA 1BDGA 4M7XA 3DXKA 4L3QA 4FPBA 4FWMA 2GWKA 4CZIA 2E2QA 3SLCA 3HM8A 3I33A 3W3DA 1U2VA 2BTFA 5BR9A 5AQUA 3TU5A 2EWSA 1ATSA 1QQOA 4NO7A 2QWNA 1HPMA 4K41A 2W40A 5FPDA 1NWKA 3D2FB 3WXLA 1JCEA 5AZJA 4BR5A 1HKGA 1E4GT 4NB4A 3WT0A 4DCHA 1QHAA 3D2FA 4JHDA 4IZ9A 3MDQA 1X3NA 3LDQA 3WQUA 2YHYA 4A61A 3M1FA 1XC3A 4CJ7A 3AY9A 4BVOA 5E26A 2IVPA 3D2EA 4H5VA 3LDPA 2P9IA 4I6MB 1NGJA 1GLAG 1GLFO 4FWKA 4JAXA 4BGBA 5I9EB 4I6MA 3M6GA 4FWLA 4BQZA 3FZLA 3ENOA 4IXCA 4QS7A 5KQDA 3OHRA 4IO8A 3VERA 5BREA 4QS8A 4FL9A 1RDWX 1YAGA 1MDUB 3LDNA 4CZMA 1QQMA 2VYPA 4ISFA 4PL7A 3UB5A 2GUPA 1MA9B 4FOIA 4BR4A 4BRCA 1NGAA 4PL8A 5AZIB 3W0LA 2P9SB 2P9NA 4H0OA 3CJCA 5AQNA 4EFHA 1S3XA 3WQTA 2YJEA 1GLDG 3CJ9A 3L6QA 2FSJA 5AZIA 2ITMA 2D4WA 1NBWA 3QBWA 2GEMA 3VGMA 3MMVA 3A5NC 5EXWA 3GOIA 2A6AA 5BPNA 1EQYA 3GDQA 3CQYA 4O8KA 3ZEUB 4CBUA 5BN8A 3H45C 5FPMA 1HKBA 3O80A 1GLJO 3ZETA 1MWKA 1SQKA 1X3MA 2V51B 3FR0A 2YI1A 4YDUA 3BF1A 2P9KB 3O8MA 4MLEA 2GWJA 2QWPA 4JD2B 3VENA 4H5WA 4AM7A 2PAVA 4BGAA 2DPNA 3A8YA 3CJAA 2YJFA 3UKUB 5FPEA 3D7EO 3H3OB 4JD2A 4H0PA 5EX5A 4C23A 5KQ8A 2FSKA 1T6DA 3C7NB 3EN9A 4YDUC 1TUUA 1YXQA 1NGGA 4EAHD 5AQXA 1R59O 5TKYA 3FGUA 4RCHA 3VGLA 5AQFA 1RGIA 1XQSC 3ATUA 5AQYA 2I7NA 1ZC6A 1ATNA 1NGFA 1E4FT 4WYBA 4M63C 4F9OA 2FF3B 5B8HA 3ID8A 3CJ7A 2E20A 3O5BA 2P9LB 5LY3A 3F9MA 1NGDA 1KAYA 1ZBSA 2IVOA 5AQRA 4J8FA 4A2AA 4BQLA 4CI6A 3QDKA 4Y0WA 4FWPA 3BP8A 3GBTA 3JS6A 3JXUA 2A41A 4GY2B 1C0FA 4PKHA 3P4IA 4FWOA 3MN9A 2F9WA 3VEWA 1H1VA 3FZFA 3CQXA 4BREA 4GNIA 1KXPA 3QFPA 2F9TA 5AQMA 5AQJA 3H1QA 3U9ZA 3GE1A 5LJWA 2A5XA 5BPMA 2FLOA 1HLUA 4XH1A 3MK6A 1DGKN 1BG3A 5BN9A 1WUAA 5KPZA 2A3ZA 5F1XA 2Q2RA 3LDOA 1CZAN 1LOTB 1NM1A 3AAQA 3R6MA 3VF2A 3SMSA 3VEZA 4EIAA 5JLHA 4CD1A 4BRPA 3RSEB 5AQOA 3KHYA 4HTLA 5ELZA 1U6ZA 2ASMA 1JCFA 4K25A 3DWLA 3C0BA 3FZMA 3A5LC 2W41A 2E2PA 4RTFD 3VESA 3WUHA 2P9UB 3TPQA 3SJHA 3LM9A 2ASPA 3M3ZA 3LL3A 2J4RA 3H46O 5AQGA 4BRAA 5ADXH 2E2OA 3CERA 3O6WA 4ISEA 1SZ2A 3WEEB 4H0YB 4BRMA 3CETA 2P9SA 3IUCA 5F2RA 1NMDA 2VCPA 4BG9A 4H5RA 1BA0A 2HF4A 3B8AX 2QW9A 1HUXA 4FWQA 4B1VA 2CGLA 3IDHA 4IJNA 3FE1A 3VEXA 4M7YA 4DB3A 1T44A 2Q1NA 3VF6A 1IJJA 3ZEUA 2E1YA 4DHYA 2E8AA 2CH6A 4CZKA 1BWFO 3CIPA 5AR0A 4B1YB 3AARA 4B9QA 3QICA 1BU6O 3L0QA 4K43A 3ZX2A 2P9KA 1GLBG 4BR7A 1OKJA 1BUPA 2P9PB 4FOEA 1GLEG 1JCGA 1NGBA 2V7ZA 5BRDA 2OANA 4CZGA 2ASOA 3CHWA 2NLXA 2KHOA 3UKUA 5EVZA 3CJBA 4KBOA 5BRHA 4LC9B 2GTDA 4PKIA 1V4TA 3S41A 5F0XA 4JN4A 3C7NA 4BVPA 3ZX0A 3DXMB 3MN6A 2D0PA 1NLVA 4BRNA 3AAPA 4FO0A 4JNEA 1GLCG 1XUPO 4H5NA 5AQIA 5EY4A 4BRDA 4B1ZA 4CZJA 1K8KB 4EHTA 4QS9A 2CH5A 3GL1A 1BA1A 3L4IA 3LM2A 4CZLA 4BG8A 3ENHA 3CI5A 1QZ5A 3WXKA 4CZHA 2QWRA 1RFQA 2VWBA 2E1ZA 3VOVA 2QWLA 1HJOA 4H0VB 5AQWA 2E88A 2P9LA 5CE3A 2HOEA 3UKRB 3O08A 5AQPA 3U9DA 3FZKA 4IWVA 4BC2A 3QB0A 4BR2A 4A62A 2IVNA 3VPZA 3BEXA 4BRIA 1NGEA 2AP1A 2YHXA 4FWSA 4CZFA 1YVNA 3DXKB 2ZGZA 1TYQB 2CGKA 4PKGA 4FWRA 4CZEA 1TYQA 4AM6A 4H0XB 1U2VB 4A2BA 4CD3A 2Q31A 2QXLA 1QZ6A 5AQKA 4CBXA 2Q36A 3VEOA 3A5OC 4BC4A 3R8EA 1Z6RA 4E1JA 4XH5A 5AZJB 4B1XB 2AA4A 5EOYA 4FSVA 4H0TB 4JHDB 4H03B 1NGIA 3RSEA 3A5MC 3LDLA 4BROA 4Z94A 2QWMA 3O1BA 3SMPA 3H1VX 3MN7A 3ATVA 2D1KA 1DKGD 3R9PA 3MN5A 1MWMA 3D2EB 3HSCA 2P9IB 3UE5A 3I8BA 3U8XA 2ZWHA 2BUPA 4BRGA 3MCPA 2WUSA 3A0IX 2UYTA 1Y64A 3O4WA 3QBXA 2V52B 5FPNA 2ZF5O 4IJAA 1GLLO 5AQVA 2I7PA 4BRQA 4BC5A 3QFUA 2GELA 3SK3A 2P9UA 5BRFA 5ADXA 1X9JA 1NGHA 3O1WA 5JLFA 1ZXOA 2Q0UA 4BRHA 5E84A 3FZHA 2HF3A 1HKCA 3WEEA 1WOQA 3EL2A 3DAWA 2YCHA 2PBDA 3KVGA 3EKSA 2P9NB 1J6ZA 1V4SA 1S22A 1T6CA 4HWIA 3WXJA 3FFKB 2FXUA 3WXIA 3VETA 4CBWA 3U4LA 1KAZA 3H6EA 2D0OA 3HTVA 1DEJA 2QM1A 2Q0RA 3H3NO 4BRKA 5JICA 1Q18A 4FPAA 1ATRA 5AQLA 5AFUH 5AFUA 1IG8A 3VGKA 3ZETB 3VEVA 1Z05A 1ESVA 4K42A 3HBTA 2P9PA 3DJCA 2A40A 5AQZA 4BR9A 2YHWA 2NZTA 4RWTA 2FSNA 2H3GX 2V7YA 3IFRA 4H5TA 4WQ4A 4DQ8A 2FF6A 4BRFA 1BOTO 1HX1A 2NRHA 3EKUA 3HZ6A 3GG4A 5LJVA 2ZGYA 2CGJA 4WQ5A 4BC3A 4BRLA 5BPLA 5KPRA 4ISGA 3VF4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4O5FA 4FK4A 3DXMA 1LCUA 4FLVA 1YJ9N 1JLAA 4EHUA 4CJEA 3NE6A 2FBTA 3AVAA 4FWNA 1K8KA 4E3SA 3OYHA 4WQ4C 3EYZA 1NJYA 4CF9A 3V9SA 3VEYA 2UXBK 2O8BA 1C0TA 2D0AA 1KLMA 4WQ5C 1OH7A 1QTMA 3BF3A 3ZSWA 3ULEA 1VQ5N 4KREA 4GMJB 2Z1IA 5K14A 2Y1JA 5M1NA 5BR8K 3DXKA 4FWMA 4B3TK 3KTQA 4DR4K 2E2QA 1ZBLA 4FM0A 1HYZA 3SQ0A 3CMEN 3G10A 4CGFA 4NO7A 2O8CA 3O3HA 4K41A 3L8BA 5HRPA 3D2FB 2UUAK 4O5BA 5AZJA 1YJWN 4WFNL 1X1PA 1E4GT 4NXNK 2JWLA 5J2MA 4JHDA 4CVNE 3WQUA 1W9HA 4W5RA 4A61A 4BE2A 1XC3A 4DV4K 3DRPA 5E26A 1VSLA 3D2EA 1ZBHA 2P9IA 4ILHA 1GLAG 3L2WA 3QEXA 2OYQA 1RT3A 1GLFO 2ZD1A 3TAFA 4BGBA 5I9EB 3P5JA 3M6GA 3TSQA 4CFDA 4IO8A 3VERA 2HHVA 4CHOA 3ZT0A 1RDDA 2VYPA 2FC0A 1WSEA 4DSLA 4KI6A 1W2BM 3OS1A 3MECA 4YOYA 3OY9A 3WXMB 1NGAA 4PL8A 5AZIB 3DLHA 2I5JA 3W0LA 4JI5K 4H0OA 4DTXA 3T19A 4EFHA 4KHQA 1XMOK 5J2NA 4DQPA 2FSJA 1RT6A 2IGIA 3QBWA 5CY4A 4ELUA 5EXWA 4B3SK 3GOIA 3CQYA 4E0DA 2WONA 3H45C 3NCIA 1EO1A 3S3MA 1G15A 4GKJK 3QIOA 1Q8IA 4MDBA 1GLJO 4KTWA 4IOCL 2HMIA 1Q86O 2HSTA 1X3MA 1YI2N 3MCAB 3TSUA 4A5BA 2P9KB 4FCYA 1ZBIA 3QETA 4E7HA 5I42A 2E4LA 4IFVA 3G6EN 4JI7K 4IEEA 2QWPA 4JD2B 4DF8A 4AM7A 3SQ1A 1U45A 2PAVA 2DPNA 4CECA 3A8YA 2PFUA 3CJAA 3UKUB 3D7EO 5EX5A 4H0PA 4KAZA 3DM2A 4AF1A 1WNSA 5KQ8A 4Q5VA 2VWKA 1R59O 3FGUA 2BDPA 4DLGA 3SCXA 4A57A 1VK0A 4DV1K 4RCHA 2QA4N 4LD0A 1TVRA 3VTIA 1QVFM 3AVNA 1P90A 1EX4A 1E4FT 3AVLA 3QEVA 3ID8A 1RDAA 1QSYA 3O5BA 2YNGA 1S1VA 1S1WA 3PUFA 4Q0BA 5AQRA 2E5LK 3NHGA 4A2AA 4BQLA 3JXUA 2ZQBA 3VQPA 1XWLA 4DV5K 2W6KA 3IKMA 3J7ZO 1C1AA 4DS4A 4GNIA 1T8EA 4A5AA 2F9TA 2HBMA 3J7YP 4NCGA 4OJRA 5JS1A 3VN5A 4WCEL 3KLGA 3NH0A 3C65A 1BG3A 2IDOA 3CFRA 4FW2A 1WUAA 1WBBA 2NRRA 4IEIA 1LOTB 1LWFA 3PSIA 1LW0A 4DKWA 1E3MA 4CD1A 4BRPA 4CW7B 4HTLA 1L3TA 1IO2A 1U6ZA 4XIUA 1CXQA 4EP5A 3CCMN 2KFZA 4DR1K 2YHBA 3D0PA 3DWLA 5GIOA 4FLTA 4RW6A 2W41A 4O0IA 1RT5A 1KSPA 1BQNA 1HJRA 2D5RA 5SWMA 3TPQA 4YFUA 3TAGA 1RTDA 3SJHA 3M3ZA 2RN2A 2J4RA 4FZXC 3CERA 3LAMA 2P9SA 2VCPA 4H5RA 2HF4A 3HP6A 4F4KA 4X64K 1FXXA 3IDHA 3FE1A 4IOXA 2E6LA 3IS9A 2NRWA 2Q1NA 1Q9XA 4FM1A 2E8AA 2CH6A 1BWFO 1NJZA 3MX5A 1VSJA 1RCHA 4FJLA 2GUIA 4ILJA 3QICA 4CERA 3SAFA 1GLEG 4E1MA 4E7KA 4DFJA 2UXCK 1B92A 1YF5L 3PX0A 2V7ZA 5BRDA 4GV9A 1WSIA 1JLBA 2NLXA 4J2EA 4KBOA 3ZSVA 4LC9B 2GTDA 4PKIA 1V4TA 1RTIA 4E1NA 3I8DA 4UY8O 4JN4A 3NF7A 4JKEA 3SBGA 1NLVA 4BRNA 1BIUA 4FVUA 1GLCG 1XUPO 4H5NA 4FJ5A 1ZBUA 3DLLL 3PIOL 3G71N 2G8UA 3GL1A 4CFAA 4HUFA 1BA1A 3L4IA 1DTQA 1VQMN 4FLYA 4NCBA 1QZ5A 4CEEA 3PLAA 4CZHA 4M3WA 4H0VB 2E88A 2HOEA 3UKRB 1JLCA 3AO3A 1YHQN 1IKWA 1OH6A 3ZYYX 1RBVA 3BDPA 4KHNA 2F8TA 3SPYA 2YHXA 3OYBA 3OYJA 3NFAA 1TK5A 1NG9A 4GV3A 3C6HA 1TL1A 2G8WA 4ELVA 3E66A 2QI2A 3L2RA 1R0AA 3NH1A 1TYQA 4AM6A 1U2VB 4A2BA 4LFBK 5C2FA 2Q31A 1QZ6A 3VQ4A 2IS3A 3R8EA 2NRXA 4XH5A 2WBNA 4OPHA 1C1CA 1RDUA 4OPJA 5EOYA 1VSEA 4CK2A 4FJGA 2B5JA 3RR7A 3TR8A 3ZCMA 4OLAA 3LAKA 3SMPA 3DLBA 3H1VX 3ATVA 5M1QA 4OX9K 3R9PA 4OPKA 4Y1CA 1KVBA 3UE5A 4M3RA 1KD1O 4BRGA 4CFBA 5FPNA 3O4WA 3QBXA 1GLLO 4OLBA 3OYKA 2G8KA 3QFUA 2P9UA 4CJFA 3MXIA 4X62K 4DF4A 3THXB 1U4BA 2UU9K 3CC2N 3AVFA 1ZXOA 5CYQA 3PSFA 2YCHA 2RKIA 3QERA 1TK0A 3KVGA 1GOBA 3AVJA 3EKSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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