1C6V | Genus

Total Genus 42

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	42
sequence length	159
structure length	148
Chain Sequence	NSDLGTWQMDCTHLEGKIVIVAVHVASGFIEAEVIPQETGRQTALFLLKLAGRWPITHLHTDNGANFASQEVKMVAWWAGIEHTFGEAMNHHLKNQIDRIREQANSVETIVLMAVHCMNHKRRGGIGDMTPAERLINMITTEQEIQFQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__161201218504272__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__161201218504272__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1C6V/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__161201218504272__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"161201218504272","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1C6V/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__161201218504272__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Dna binding protein
source organism	Simian immunodeficiency virus
publication title	X-ray structure of simian immunodeficiency virus integrase containing the core and C-terminal domain (residues 50-293)--an initial glance of the viral DNA binding platform. pubmed doi rcsb
molecule keywords	PROTEIN (SIV INTEGRASE)
total genus	42
structure length	148
sequence length	159
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date	1999-12-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00665	rve	Integrase core domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.420.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H	1c6vA00

4Y1CA 1KFSA 1HQUA 2ZE2A 1UAXA 1RT7A 2G8IA 1TAUA 4BE1A 4BDYA 2RKIA 2EX3A 1CZBA 3ITHA 4B9VA 4CF0A 4DS5A 4KAZA 4OKJA 3D0PA 3A2FA 5T7BA 1WNSA 2O4IA 1ZBUA 1BI4A 4CIGA 2OZMA 3OYKA 4N47A 3KTQA 4C8NA 4CHYA 3AVBA 4FZZA 3KKSA 3QEIA 1VSEA 4LH4A 2P1JA 1T7PA 4H4MA 1HJRA 1TK8A 1ITGA 5CY4A 5C24A 3SPYA 3NF8A 4DG1A 1BL3A 1VRUA 4ID1A 4CFDA 1HQEA 5CZ2A 3B6OA 3TARA 3IG1A 3T3FA 3S3MA 3RR8A 4FK0A 1IKXA 3DYAA 1TV6A 4OLAA 4KREA 1IH7A 5HRSA 4W5OA 4FLWA 4KHWA 4E7HA 4FW2A 3PX6A 4E3SA 4EZ9A 1YT3A 5I42A 4IFYA 4BACA 1C0UA 3AVMA 4CESA 2B6AA 2WONA 1RTJA 4AHTA 4DS4A 4KHSA 5CYQA 1S1UA 2BANA 4Z4FA 1JKHA 4E7JA 3ZT1A 4CK1A 2BGGA 3EZ5A 2XY5A 3LZJA 3ISNC 1NK6A 5JS2A 4CEDA 3CFOA 4JRQA 5HRRA 1VK0A 3U3GA 4FLXA 2HHSA 3NF9A 2D0AA 4C8KA 4CHQA 1BQNA 3VQPA 3DI6A 5KTQA 4ELVA 1JLCA 4ID5A 3TI0A 2BDPA 1S9GA 1KVCA 4NCGA 4E7LA 3ZSOA 4CJUA 4KI6A 3DMJA 3AA5X 2QKKA 2G8KA 4Q5VA 1XC9A 3RMBA 2OPPA 3QEPA 2B4JA 3LALA 3FFIA 3CFRA 2HB5A 1TVRA 2G8HA 2BE2A 1XI1A 3UIQA 1FK9A 4CGFA 1RTHA 4JS5A 1S1TA 4YNQA 4M3TA 4DQSA 5D3GA 4QCLA 4CE9A 1RBRA 3I0RA 2HNYA 1WSJA 3NH0A 1TKDA 4FZYA 1VSIA 3KD5E 3KLHA 2G8VA 4CFAA 3D45A 1KTQA 3AA4A 1SKRA 3M8PA 2D0BA 1WSEA 2YV0X 1C1CA 2RN2A 4JRPA 3LWLA 3HP9A 1TK0A 1QSYA 3V1QA 4KI4A 4FLZA 1Y97A 1HYSA 1L3TA 3PX4A 4KFBA 5CZ1A 1TKTA 4O0IA 4CF8A 1NK7A 3OS2A 2IS3A 4AHSA 1RT4A 1WSHA 5FROA 4AILC 4HTUA 2AJQA 3VA0A 4WE1A 4DTOA 3ULDA 3V9XA 1C0MA 4PA1A 3K5MA 4M42A 2R7YA 1NOZA 3AO5A 3L2QA 1R0AA 4CERA 4I2PA 3V1OA 3AA3A 4OLBA 1NK5A 3I0SA 3HPGA 3LP3A 3M8RA 3O4NA 1KSPA 4FJJA 3QETA 1CXUA 4OGEA 4Y1DA 4CFBA 3TAGA 2P5OA 3PUFA 4CJPA 2Z1JA 3F73A 4FJ5A 3NGZA 4CJWA 5HROA 1Z26A 3AVJA 4RW7A 3WNGA 4L8RB 3S9HA 1S1XA 4E1NA 3TANA 2X6SA 2XY7A 3KLIA 4ZTJA 1RNHA 1ASUA 1KFDA 4QOZB 1QS4A 4E0DA 3ZCMA 5I3UA 2FBTA 4RW4A 4DU4A 3DOKA 5HRPA 1LWEA 1X1PA 3G0ZA 4N41A 1WLJA 3ZSZA 1BCMA 4B9TA 4FVMA 3ZSRA 3OYCA 2I5JA 1RDCA 1U49A 4MQ3A 4HVJA 4DFJA 2KFNA 3VN5A 3AVHA 3OYEA 4FW1A 4DTSA 4IG3A 3V81A 4FLTA 4DSKA 4CEQA 4J2EA 4BDPA 1C1BA 4DWIA 2XY6A 3G10A 2PYJA 2HHUA 3V9ZA 2NUBA 3AO1A 3CG7A 2JGUA 1T8EA 4IKFA 3OY9A 3S3NA 4PY5A 1Q8IA 1RDAA 4CJSA 4I2QA 2F96A 3T19A 3CYMA 3SUNA 2XO7A 1LV5A 2ZD1A 4KTWA 2OPSA 4M3XA 3ZSVA 1WAFA 4FJIA 4I9LA 3OYJA 3PV8A 4W5QA 1CZ9A 3HSTB 4CK2A 3HPOA 3OYFA 1UOCA 4FZXC 1U04A 3NDKA 1BI4B 4CF9A 5JS1A 3VQ4A 4ZTFA 2OPQA 3SUQA 4QAGA 4I9QA 3AO2A 1NK0A 3IAYA 2FBVA 1VSMA 2YHAA 1X9SA 3NF6A 3V1RA 4CEEA 4XIUA 4M3UA 3ASMA 4M41A 4Z4EA 1J9AA 1NJWA 1HNIA 4FJKA 4KO0A 2XY8A 4CHNA 4BE2A 4CJFA 4F3TA 4DTUA 3NGYA 4FLVA 3AVFA 1DTTA 4O0JA 1HYZA 4B08A 3P1GA 4NCAA 4DQPA 4GW6A 3QNOA 3HYFA 3HK2A 4KKOA 4FJHA 4M3ZA 3KK1A 3BDPA 4IG0A 3SQ1A 1SL1A 3ZT3A 1N5YA 2KFZA 1L3SA 2IOCA 3DLKA 2D5RA 1XWLA 3VQ8A 3NCIA 1U45A 4B9UA 3V4IA 4R5PA 1TKZA 3CFPA 4FLYA 4F8RA 2HVIA 3DLBA 4CJVA 1T03A 3LP2A 3ZSXA 4CJ3A 4NCBA 2YNIA 1ZBLA 1CXQA 4FYDA 4FXDA 1JLEA 1VSJA 4JLHA 4LSLA 2HHQA 2KZZA 2VG5A 1KRPA 4PWDA 3KLGA 4M3WA 3LP1A 4CEFA 4M3RA 2O4GA 2ATQA 3C6UA 5KRSA 1X9MA 3OYDA 4DLGA 5HLFA 4C8LA 1RTDA 2HHVA 4Z4GA 4N56A 3OYLA 4CCHA 3OYBA 4RW6A 1W9HA 1QHTA 3OJSA 1U48A 4KB0A 2XHBA 4HUGA 4C8MA 3VA3A 3SUPA 4M45A 3NBPA 3L2RA 3RMDA 4O5BA 1IKVA 3DRSA 3THVA 2HNZA 2G8UA 3AA2A 3DM2A 3LAMA 2QKBA 4LSNA 1TKXA 1BIUA 2Z1IA 3L3UA 1GOBA 1RT5A 1XHZA 3O4QA 3RR7A 1UA0A 1WAJA 2IGIA 3ZSYA 5FRNA 4FK4A 2GV9A 3VQ7A 4B9SA 1NKBA 1RT3A 4UQGA 2Q3SA 1RT1A 1NJYA 4Q0BA 1CLQA 1RBTA 1JL2A 1G15A 1TGOA 2E6LA 2WOMA 1JLGA 1BGXT 3AVAA 5J1EA 5KRTA 1S1VA 3I8DA 4BE0A 1D9FA 2YHBA 4K8ZA 2DFEA 1WSGA 4DSLA 4W5RA 4GMJB 4CEBA 4OPJA 2VWJA 4FJ7A 3F9KA 3HVTA 2D0CA 3NF7A 3AV9A 1YTAA 1DLOA 3AVGA 4CJTA 1QTMA 3QLHA 4FJMA 4J2DA 4HUEA 1A5VA 4DTMA 2Z1GA 5KGXA 3NHGA 4JS4A 5J2MA 3VQEA 4CF1A 3SNNA 1NK4A 5DK5A 2YKNA 4DQRA 4CJEA 3HT3A 4GVMA 1RTIA 2VG6A 4CJLA 2ITGA 1LWCA 1RT2A 2KW4A 4KTQA 1RILA 3JYTA 3IRXA 1A5XA 4J2BA 3M8SA 4CGJA 3RTVA 1RDDA 2X6NA 2OPRA 3NAEA 4PQUA 4DSFA 1TK5A 4KHUA 3C6TA 3OYGA 1LW2A 1HNVA 3OJUA 1RBSA 1J5OA 4KHNA 3DRRA 3S3OA 3AVLA 3EYZA 4C8OA 3K5OA 3M8QA 4RW8A 3OVNA 3KK2A 3U6FA 3QNNA 1QQCA 4CGIA 4CIEA 4O4GA 4Z4HA 4OPKA 4HCBA 4IBNA 4W5NA 4ICLA 3HVRA 5HBMA 3RRHA 3K2PA 2DFFA 4KV8A 3V9SA 4FJ9A 4E7KA 1BIZA 1I3AA 4O55A 1U4BA 2X74A 4K8XA 3ALYA 1U47A 2A1SA 4LD0A 1ASWA 3P5JA 4DTNA 4F2RA 4H8KA 3VQBA 3TAFA 1Q9XA 4DQIA 4EP4A 3LWMA 1BCOA 2KTQA 2HHWA 1UA1A 2G8WA 3JSMA 1VRTA 3MEEA 4MFBA 3VQ6A 3K57A 3PO4A 3OYHA 1W0HA 3LANA 4NYFA 5FDLA 2GUIA 2QXFA 1HPZA 1I39A 3QIPA 3CM6A 4IFVA 4NYNA 4BWMA 3NH1A 3K58A 4DF4A 1KVBA 5DMRA 4CK3A 3TAEA 3QO9A 3HL8A 3ZSQA 4E1MA 1IO2A 1YTUA 4DSIA 1D5AA 4DQQA 4KHQA 4KRFA 2LSNA 3NH2A 3V6DA 3IS9A 3K5LA 4FJGA 4KPYA 4EP5A 4CEAA 3DLHA 4DTJA 1L5UA 1KVAA 3CM5A 1LAVA 3WNFA 3HM9A 4Z4IA 2IAJA 4TSXA 1TL3A 2OZSA 3KKRA 4DFPA 1B9DA 2ZQBA 4CECA 3OYMA 2KQ2A 2OA8A 1JLFA 3EY1A 3KD1E 2B5JA 4EZ6A 3DLEA 4OJRA 3LPUA 3HXMA 2VWKA 1FKOA 5KGWA 3LDSA 4ELTA 1A5WA 4AHCA 2VG7A 3OS0A 4F3OA 2YNFA 4DTRA 1HRHA 4LH5A 1WN7A 3V9UA 4FM0A 3SQ0A 2A1RA 5KI6A 4KHYA 1UWBA 4M3YA 3QESA 1FXXA 4H4OA 3U3YA 3SPZA 1LAWA 5HP1A 1HMVA 3TAPA 3AO3A 1JLQA 1GOAA 4FM1A 2PYLA 5FRMA 3KLEA 1NKEA 3MAQA 3VQCA 1VSKA 5SWMA 2G8FA 4AHUA 1RT6A 2GBZA 3NGIA 3OS1A 4B9MA 3DOLA 3KK3A 3SZ2A 3SI6A 2W42A 3SYZA 5C25A 1T05A 1JXBA 1QE1A 4CJ5A 2DY4A 1SKSA 1JLBA 4E19A 3MXJA 3HP6A 2OYQA 1XHXA 1QSLA 3LZIA 4RG8A 3PY8A 3TAMA 3LPTA 1J54A 3ZSWA 4B8CA 5SZTA 1EKEA 1REVA 1S9EA 1EXQA 3C94A 3BGRA 4DMNA 3CQ8A 3VQQA 4CHZA 1LW0A 1Z25A 1KCFA 2E6MA 4CGGA 3O3GA 1RBUA 3AVKA 3SUOA 1F21A 1HYVA 3TR8A 3SCXA 5K14A 4W5TA 1ASVA 4DTPA 1KLNA 3AVIA 3L8BA 4ZHRA 3DRPA 4OKKA 2YNGA 2Y1JA 4B9LA 1ZBFA 1VSLA 4AHVA 4LY7A 1D9DA 1WSIA 4G1QA 3AVNA 4CGHA 3PX0A 1X9WA 3LP0A 2RF2A 3QEWA 3QEXA 1NK9A 3TAQA 4DF8A 1SL0A 1NJXA 3L2UA 2QK9A 2HNDA 4Z4CA 2FBXA 4FK2A 1BQMA 2HW3A 3HPHA 1SL2A 2HHXA 3SV3A 3VQAA 2Z1HA 2P5GA 2IDOA 1JLAA 1NKCA 4N5SA 2F8SA 4DU1A 4BWJA 1LWFA 2PZSA 2DFHA 1Q9YA 1S6PA 1RCHA 3AO4A 3VQ5A 3RRGA 3ZT2A 1L3VA 1FKPA 3KLFA 4KB1A 4KTZA 4OKEA 4CGDA 4CIFA 3QEVA 3HJFA 3MXMA 2KZMA 2XRIA 1O1WA 3RWUA 4CFCA 3K5NA 3PO5A 3OYNA 3DLGA 5J2QA 4DSJA 2JLEA 4AHRA 1NJZA 2X78A 3C95A 3RMAA 1ZBIA 1MU2A 1SUQA 1WSFA 3DLRA 3QINA 1TL1A 4CJ4A 4F4KA 3LAKA 3RMCA 2PY5A 4FLUA 1EX4A 2RPIA 4DU3A 4N76A 3OYIA 1S1WA 3SJJA 4IDKA 1S6QA 1IKWA 4OVLA 4CJKA 1VSFA 2HVHA 3P83D 4FJNA 3NE6A 4DFMA 3K59A 4CJRA 3TWHA 1BISA 4DFKA 5J2NA 1JXEA 2ETJA 3HO1A 1B92A 3KIOA 3MECA 3WNHA 4FJLA 2Y1IA 1IKYA 1N6QA 1TAQA 1ZYQA 4FJ8A 1KLMA 5E41A 2E4LA 2YNHA 1C1AA 4FJXA 4E7IA 5HRNA 3V9WA 3TABA 4FM2A 3L3VA 1DTQA 1BHLA 4CJQA 4B9NA 4AH9A 3SQ2A 4HUFA 5C42A 3SV4A 4B8AB 3MXIA 3L2VA 1JL1A 1SV5A 4DSEA 3OYAA 4F2SA 2HHTA 4DLEA 4OGCA 4ELUA 1C6VA 3VQDA 4CEZA 4Z0UA 3VQ9A 4CF2A 3L2WA 1D8YA 1EETA 1J53A 3QERA 3B6PA 1B9FA 2P51A 4HCCA 2IC3A 1C0TA 1GOCA 1SKWA 3QIOA 4B3OA 4I7FA 3NFAA 3KJVA 2FC0A 3MEGA 4HHTA 1IG9A 4BDZA 3E01A 5J2PA 3O3HA 4J2AA 3H08A 4CHOA 2DTUA 4O44A 5EU7A 3ZT0A 3ZT4A 2F8TA 1EP4A 4RW9A 2FBYA 4FCYA 4E89A 1S5JA 4YFUA 1L3UA 3WNEA 2HMIA 3SQ4A 3O3FA 4CEOA 1VSHA 2YKMA 1VSDA 3AVCA 3T1AA 5CYMA 3MEDA 1RDBA 4DTXA 1K6YA 4PUOA 1NOYA 1RBVA 1QSSA 4CHPA 2EHGA 1YVUA 1ZBHA 1NK8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1C6VA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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