1C6VA

Siv integrase (catalytic domain + dna biding domain comprising residues 50-293) mutant with phe 185 replaced by his (f185h)
Total Genus 42
204060801001201400510152025303540
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
159
structure length
148
Chain Sequence
NSDLGTWQMDCTHLEGKIVIVAVHVASGFIEAEVIPQETGRQTALFLLKLAGRWPITHLHTDNGANFASQEVKMVAWWAGIEHTFGEAMNHHLKNQIDRIREQANSVETIVLMAVHCMNHKRRGGIGDMTPAERLINMITTEQEIQFQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S3 (84-88)TI1 (57-60)S1 (60-68)TIV1 (67-70)AH1 (94-106)TIV3 (118-121)EMPTYO1 (108-110)S4 (112-114)AH2 (124-133)TI3 (119-122)S5 (136-138)TIV2 (79-82)S2 (71-78)TVIII1 (89-92)TI2 (78-81)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Dna binding protein
source organism Simian immunodeficiency virus
publication title X-ray structure of simian immunodeficiency virus integrase containing the core and C-terminal domain (residues 50-293)--an initial glance of the viral DNA binding platform.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (SIV INTEGRASE)
total genus 42
structure length 148
sequence length 159
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1c6vA00
3QEIA 2XY5A 4KHWA 3ZSYA 1C1AA 3LANA 4FJJA 1HQEA 2FBYA 1ITGA 1TAQA 2R7YA 1U04A 3CM5A 1R0AA 1D5AA 3RTVA 4CERA 3ZT4A 4RG8A 4JS4A 3V4IA 4CEZA 2Y1IA 1RBRA 1CZBA 4BE2A 3KKRA 3PO4A 2B6AA 2X6SA 3VQEA 3KK3A 2HHQA 1EP4A 1QSSA 4DSJA 4GMJB 3ZSVA 1TK0A 2X78A 1XHXA 1RDDA 2OPPA 4DSFA 3RMBA 3PY8A 4F4KA 3K2PA 5DK5A 4AHUA 1J5OA 4KB0A 2FBVA 2VWJA 5K14A 1ZBHA 4KFBA 4HHTA 4M3XA 3DRRA 3S3MA 4DTMA 1UA1A 1BCOA 3V81A 5I42A 4CESA 3RMCA 1QSLA 4FJHA 1GOCA 1ASVA 1LW2A 3M8SA 4CJSA 1SKSA 1NKEA 3G10A 1A5XA 2E6LA 5FROA 4HCBA 1TV6A 5KGXA 4QAGA 3CFPA 4TSXA 4DFKA 5KI6A 4CHPA 1RT6A 5J2NA 3SUPA 3RMAA 2HB5A 4I2PA 4BDYA 4DSIA 2G8VA 1VSFA 1JLBA 1N6QA 1HMVA 2KW4A 2G8UA 3L2QA 4PQUA 4O44A 3SUOA 1N5YA 4CEOA 2YNGA 4C8NA 4NCBA 3ISNC 4YFUA 4FJIA 2RF2A 1JL2A 3AA5X 3LPTA 3OJSA 1K6YA 3OYLA 4FJ5A 1NK5A 4FJ9A 4CJKA 4CEDA 4KRFA 1ZYQA 4E3SA 4CHYA 1JL1A 4AHCA 3KD1E 5HRSA 4CF9A 3HM9A 4DQRA 4FVMA 4DSLA 2Y1JA 4DF8A 1YTAA 4FJXA 1I39A 3OYJA 3SJJA 1RT3A 4HUGA 1WAFA 2OZSA 4DWIA 3MEDA 3HSTB 3HYFA 2OZMA 3T19A 1LWEA 4I9LA 4CF8A 1L3VA 2QK9A 1HNVA 3DRPA 3KLIA 1JLAA 4ZTFA 3UIQA 3RMDA 5HRRA 4CJTA 4N5SA 3AO1A 4M3UA 2P5OA 1YVUA 2KQ2A 1B9FA 4F3OA 3QLHA 1HRHA 4IFYA 4DTXA 4BDZA 1WSFA 1WSEA 4B8AB 2YHBA 3QNOA 4DS4A 2PZSA 3VQDA 2VG7A 4CGHA 4CJPA 1VSIA 4O4GA 3ZT0A 3CM6A 2RN2A 3VQ4A 4CECA 4CJEA 3QEWA 1XWLA 3P83D 4E1NA 3OYKA 4DFJA 2ZQBA 2YV0X 3HPGA 3MEGA 4OGEA 2RPIA 3H08A 4R5PA 2Z1HA 1TL3A 4IDKA 4DTUA 3MEEA 1NK0A 1U48A 1BI4B 4DS5A 4K8XA 3L3VA 1KTQA 1KRPA 1DTTA 3TAMA 4HCCA 4KHUA 3QERA 5C25A 4KHNA 2JGUA 3I8DA 4FLTA 1WNSA 5HLFA 2X6NA 4RW4A 4CCHA 1TKZA 4FM0A 4FJ7A 4OPJA 3C6TA 3P1GA 4KHSA 1WLJA 3AA4A 5CY4A 4HUFA 3D45A 3U3YA 3AVFA 4MFBA 1NOYA 1C6VA 3AA3A 2Z1JA 1RBTA 3OJUA 4C8KA 2OYQA 3AV9A 4FK4A 1VRTA 3OYIA 4B3OA 2Z1GA 1WSIA 3L3UA 1ASWA 4EP4A 3NF6A 3OYBA 1BCMA 1FXXA 2WOMA 4M42A 1TGOA 4RW6A 1KVCA 4PWDA 3AVKA 3QIOA 3EY1A 3L8BA 4W5QA 3O3FA 3HXMA 3BDPA 4C8LA 3DLRA 3QEVA 1HYVA 3ALYA 1RDBA 2IS3A 4O0IA 5J2QA 1BIUA 3AVCA 1CZ9A 4KKOA 4E7HA 4ZTJA 4CJ4A 1RTJA 1JKHA 4OKKA 1QSYA 4Z4IA 4Q0BA 2EX3A 1NJYA 1RCHA 1QQCA 4DU4A 1NKCA 3TR8A 3SUNA 4FK0A 1ZBIA 4M3TA 1ZBUA 3LAKA 4DU3A 4AHSA 3MXIA 4E89A 3NFAA 2IAJA 2HMIA 3ZSXA 3V9WA 3SPZA 4B9NA 2QKKA 1VSJA 3EZ5A 1RDAA 4DTPA 2HHVA 1U4BA 4KPYA 2F8TA 3AVMA 4GW6A 4CJFA 4FJLA 4E1MA 2HHTA 4KB1A 2FBTA 4J2AA 2PYJA 3SNNA 4I9QA 3K5OA 3VQ8A 1L3UA 1ASUA 4CFDA 1TKXA 3LPUA 3AVIA 2WONA 4AHTA 2Q3SA 3CQ8A 4CFCA 3ASMA 3O4QA 4DFPA 5HRNA 1C0TA 1EKEA 3LP3A 3V1OA 1LWCA 1B92A 3SQ2A 4B9UA 1A5WA 4FW1A 3DI6A 5JS2A 4ZHRA 3G0ZA 4NCGA 1XI1A 1C0UA 4CJQA 1Q9YA 1X9MA 4FLUA 4HVJA 4F2RA 1IH7A 1HQUA 1B9DA 1TKTA 3K5MA 4KHQA 3PX4A 4JRQA 4CJWA 4DQSA 1XHZA 2HHSA 3TARA 4CHNA 5HBMA 3KK1A 4KAZA 5J2MA 3VQCA 3V6DA 2DFHA 1IKVA 4CIFA 4DSEA 3VQ7A 5FRNA 3AVHA 1KVBA 3JSMA 4DTJA 1S9GA 4H8KA 1JLQA 3KLHA 3K5NA 4DQIA 3IRXA 4CEQA 2XRIA 1RDCA 1Q9XA 1S1VA 4W5TA 2DFEA 4CJ5A 1NK4A 3AO4A 4FCYA 5C42A 1T7PA 1Z25A 1U45A 4FJGA 4CK2A 4CHOA 4IG3A 4KREA 1BHLA 2P1JA 4RW7A 1REVA 3KK2A 4PA1A 1S5JA 4Y1DA 3AVJA 4ELVA 1VSDA 4K8ZA 1ZBLA 3KLFA 2VG5A 1QTMA 2KFZA 4OKJA 2G8HA 1RBSA 5JS1A 4Z0UA 3K59A 4FW2A 1EXQA 1LW0A 4KTZA 1TK8A 4N41A 3L2WA 3HT3A 3NCIA 1TL1A 1HJRA 2DFFA 1MU2A 1RNHA 4HTUA 4FLWA 1RBVA 1JXEA 4FM1A 4CGFA 3SQ4A 3QIPA 3QNNA 1UA0A 4OPKA 1KSPA 3NDKA 1S1XA 4G1QA 4QCLA 1NK9A 3DLGA 5HRPA 4B9TA 3AVBA 2YHAA 3AVLA 3F9KA 5E41A 3NGIA 2B5JA 5D3GA 1S1UA 3FFIA 3TAGA 1J9AA 3KKSA 2QXFA 1GOBA 3C6UA 4CJVA 4KO0A 4CIGA 2P5GA 4CEAA 2VWKA 1BGXT 4Q5VA 3S9HA 4E0DA 3MECA 1NK7A 3VA0A 2E6MA 1JLCA 1L5UA 4KI6A 3HPOA 4N76A 3ITHA 2QKBA 2BDPA 2BANA 3SQ1A 4DG1A 3VQAA 1SL2A 4Z4EA 1EX4A 3SYZA 5EU7A 4FLVA 4CF0A 4OJRA 4W5OA 2FBXA 2X74A 1RT7A 1VSMA 3TWHA 5J2PA 4CGDA 3SZ2A 3RR7A 4BWMA 3NH1A 1W9HA 4QOZB 1L3SA 4B9LA 2YKNA 3ZSZA 5T7BA 1S1TA 1DLOA 4FLXA 1NJXA 4BE1A 3QESA 3L2UA 3S3NA 4FLZA 1VSHA 1BI4A 3V9UA 3ULDA 1X9SA 4CJLA 2D0CA 1NKBA 3AVGA 4E7LA 1SL0A 3HP9A 4PY5A 3KD5E 3TANA 4L8RB 1RTDA 3OYHA 1D8YA 4LD0A 4LH4A 3V9ZA 3TAPA 1IKXA 1RT5A 3K58A 5HROA 3OYFA 3SUQA 4F8RA 4CK3A 2ETJA 2OPQA 2XHBA 2D5RA 2XO7A 3OYCA 1VRUA 3LWLA 4ID1A 4FJMA 2GUIA 1T8EA 2F8SA 1WSGA 3V9XA 3RR8A 3NAEA 5FDLA 3ZT2A 4CK1A 4CGIA 3IS9A 2E4LA 3DLHA 4AH9A 1RT4A 3OYNA 1SKRA 1BQNA 4JLHA 4DLGA 3OYMA 4DF4A 2A1RA 1WSHA 3I0SA 3V1QA 5CYMA 4W5RA 4XIUA 1NK8A 4KTQA 3NE6A 1X9WA 1JLEA 3ZSQA 1IO2A 3D0PA 3B6OA 2OA8A 4DSKA 1WSJA 2HHXA 3VN5A 3LAMA 3V9SA 4E7KA 2KZZA 3OY9A 3LDSA 4DTNA 3SV4A 2Z1IA 4GVMA 1T03A 3MAQA 4M41A 3NF8A 1FKOA 4O5BA 3VQ5A 1RTHA 1CXQA 4FK2A 4M3WA 4Z4CA 2AJQA 1U47A 4B9VA 5CYQA 5C24A 3VQPA 4KTWA 5FRMA 4FJ8A 3NBPA 2LSNA 3HPHA 2W42A 3RRHA 1NK6A 4EZ6A 1TK5A 3TI0A 4W5NA 1FKPA 2KTQA 2ITGA 4ICLA 4CEEA 1NJZA 1BQMA 4LSNA 3IG1A 3MXJA 4M3RA 4DLEA 3ZSWA 2OPSA 4KV8A 2HNZA 1O1WA 2HNDA 2ATQA 2HNYA 2O4GA 2YNIA 3DRSA 4E7JA 1KFSA 4RW8A 5J1EA 1L3TA 1LAWA 1KVAA 3NF9A 1JLGA 3RRGA 3HJFA 2G8WA 4CEBA 3C95A 3VQ6A 3QEXA 4CIEA 3SCXA 4DTSA 3PV8A 1NOZA 1JXBA 1S9EA 1UWBA 3P5JA 1S6QA 2G8KA 1Y97A 3ZT1A 3NF7A 3QO9A 2B4JA 2PYLA 4F3TA 4F2SA 1RILA 4IBNA 4IFVA 4HUEA 3LZJA 3CFOA 5DMRA 5KGWA 1IKWA 4ELTA 3MXMA 1C1CA 3C94A 3VQQA 4DMNA 5SZTA 4OGCA 4FJNA 1VSKA 2P51A 1KLMA 3I0RA 3AVNA 3WNHA 3A2FA 1LV5A 2RKIA 3IAYA 4DQPA 3PUFA 3KJVA 1TVRA 4IKFA 2BGGA 3NGZA 4WE1A 1BIZA 4FZXC 4M3YA 1C1BA 2GV9A 1TAUA 2GBZA 1D9FA 2KZMA 4FZYA 4CFBA 1JLFA 2YNFA 3KLGA 4CGGA 3DLEA 1W0HA 4JRPA 3S3OA 1FK9A 2IDOA 3LP0A 4BE0A 2PY5A 4LY7A 4B08A 3M8RA 1KFDA 1QS4A 4N56A 4DQQA 3NH0A 3HVRA 1D9DA 1A5VA 4H4MA 3OS1A 3HK2A 3EYZA 4FJKA 2EHGA 1BISA 3OVNA 4B8CA 4I7FA 3TAEA 1IG9A 2DY4A 3KLEA 2F96A 3ZSOA 3QEPA 3TAFA 5KRSA 3SI6A 4FZZA 4JS5A 1KCFA 3VQ9A 3OS0A 4LH5A 3OYAA 2D0AA 5HP1A 1SKWA 4DTRA 3VA3A 2DTUA 2O4IA 2JLEA 3B6PA 4H4OA 3WNGA 1S6PA 5CZ1A 4DU1A 2XY6A 3PX6A 5I3UA 3T1AA 4J2EA 1I3AA 1RTIA 3VQBA 4DFMA 4Z4HA 4M45A 2KFNA 4CE9A 3OYEA 4B9SA 4M3ZA 5CZ2A 4OLBA 3HVTA 1F21A 4J2DA 1SL1A 3O3GA 4LSLA 4CJUA 1XC9A 3M8QA 4CJ3A 2FC0A 3K57A 3CG7A 4NYFA 4Z4FA 3U6FA 4Z4GA 2HHUA 3AO2A 3E01A 1T05A 5KTQA 3TABA 3AO3A 1QE1A 3RWUA 3DYAA 2G8IA 4E19A 3WNEA 3LZIA 1G15A 1U49A 2HHWA 2IOCA 2A1SA 4BWJA 3QINA 3WNFA 4AHRA 4NYNA 3OYGA 3JYTA 3LP2A 1VK0A 4BACA 1C0MA 1UAXA 3SQ0A 4CJRA 1J54A 1ZBFA 2BE2A 2HVHA 1HPZA 4IG0A 3BGRA 1LAVA 3AO5A 4CEFA 2I5JA 4YNQA 3K5LA 1Q8IA 3M8PA 1SUQA 3L2VA 2YKMA 3F73A 1KLNA 3SV3A 3DLKA 2NUBA 1TKDA 2YNHA 3AVAA 1Z26A 3O3HA 5KRTA 3HP6A 3DOKA 4PUOA 1QHTA 4FXDA 3NGYA 4O0JA 2XY7A 1CLQA 3OYDA 3L2RA 4AHVA 2HW3A 1DTQA 3DOLA 1RT2A 4CHQA 4DTOA 3KIOA 4C8OA 4OKEA 1GOAA 3THVA 3ZT3A 3HO1A 1VSEA 4ID5A 4ELUA 3PX0A 3LP1A 1WN7A 3V1RA 3U3GA 2IC3A 2G8FA 1SV5A 4FYDA 3HL8A 3TAQA 2ZE2A 1HNIA 1WAJA 4I2QA 4MQ3A 2IGIA 4E7IA 1S1WA 3SPYA 4AILC 4N47A 4EP5A 4CF2A 4NCAA 3NH2A 2VG6A 3LWMA 3DLBA 3KTQA 1EETA 4CGJA 4CFAA 3T3FA 3PO5A 3CFRA 4B9MA 4KHYA 4FM2A 1X1PA 3CYMA 4OLAA 5SWMA 2D0BA 1NJWA 4EZ9A 1YT3A 4FLYA 3O4NA 3NHGA 4J2BA 1HYSA 3DM2A 3QETA 1YTUA 4UQGA 2ZD1A 4CHZA 4KI4A 1VSLA 1RBUA 4CF1A 4OVLA 3ZSRA 2OPRA 2XY8A 3ZCMA 1LWFA 4Y1CA 4BDPA 1CXUA 1HYZA 3AA2A 3LALA 2HVIA 4C8MA 1J53A 1RT1A 4RW9A 3OS2A 1IKYA 4O55A 1BL3A 3DMJA 1UOCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JKCA 1KC8O 2W6KA 4G9ZA 2XY5A 3THXA 4KHWA 4JI3K 3CQXA 5BRHA 3CM5A 4CERA 3E9OA 4RG8A 4JS4A 2O8CA 2HF4A 4DV0K 3V4IA 1QVGM 2Y1IA 1RBRA 1SS6A 3CC4N 3KK3A 4DSJA 4GMJB 3PY8A 2OPPA 2VWJA 4M3XA 3DRRA 3S3MA 4GV9A 3D2FB 1BCOA 3V81A 1IBKK 5I42A 5AQWA 3M8SA 2E6LA 4A5AA 1BA0A 1YI2N 3D2FA 5J2NA 1YUWA 3SUPA 3RMAA 4DSIA 2KW4A 3L2QA 4PQUA 3SUOA 1XQSC 5CR4A 5AQJA 4U7BA 1K6YA 2Q0UA 3PSIA 4KRFA 4E3SA 5B8HA 3KD1E 2O8EB 4FJXA 4DF8A 1YTAA 1I39A 3TTCA 3SJJA 4DV1K 2O8BB 3MDQA 2OZSA 4DWIA 1IV0A 3C6HA 5AQIA 1MA9B 4CF8A 2O8EA 4ZTFA 4CJTA 2QWQA 4N5SA 3QDKA 1DKGD 4M3UA 2P5OA 4YY3K 1HRHA 2WC9A 5A2QO 1LCUA 3LM2A 3VOVA 4DTXA 1VQ4N 4BDZA 1WSFA 1WSEA 4B8AB 2YHBA 3QNOA 4FWPA 3O9TA 3VQDA 4BR9A 1YJNN 4MO5A 2A5XA 5EVZA 1VSIA 4JNEA 3ZT0A 3CM6A 1QHAA 1HUXA 5AQNA 2QWOA 5M1KA 1Q82O 2QWLA 2ZQBA 2RPIA 4IDKA 3MCAB 3MEEA 3THWB 3L3VA 1KRPA 1DTTA 5C25A 5FPEA 1S3XA 3CCJN 4FJ7A 4OPJA 3C6TA 4KHSA 1K8KB 1WLJA 4MFBA 1YITN 3AA3A 2Z1JA 4JKEA 1K8KA 1WSIA 1HNZK 4YOWA 4K0KK 2WOMA 1FXXA 1KVCA 3CCVN 3FZFA 3BDPA 3MWPA 1HYVA 3ALYA 5C0YA 2IS3A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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