1CZ9A

Atomic resolution asv integrase core domain (d64n) from citrate
Total Genus 51

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
139
structure length
139
Chain Sequence
QIWQTNFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALN

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
3H1 (69-71)EMPTYS2 (76-82)TI1 (82-85)S1 (60-67)S3 (88-93)TVIa1 (71-74)TIV1 (72-75)AH2 (124-127)S4 (117-120)AH3 (129-138)AH1 (98-112)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Avian sarcoma virus
publication title Atomic resolution structures of the core domain of avian sarcoma virus integrase and its D64N mutant.
pubmed doi rcsb
molecule keywords AVIAN SARCOMA VIRUS INTEGRASE
total genus 51
structure length 139
sequence length 139
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-09-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1cz9A00
2IOCA 4OGCA 3K57A 4CEQA 3I0RA 2AJQA 3LPUA 1FKPA 4DTSA 1X9MA 1N5YA 3ZT4A 1ZBFA 3V1OA 1BIUA 3AA2A 4DS4A 2XO7A 5J2MA 5KGXA 4CK3A 3C95A 4AH9A 1Q9XA 1TK5A 1RT7A 4QAGA 4FLUA 2FBVA 4CIFA 1JKHA 2G8FA 2GV9A 4BWJA 3HM9A 3TAPA 5I42A 4O0JA 2VG7A 3RR7A 1CXQA 4CJ4A 3LP3A 4GMJB 4CHPA 5CYMA 1JXEA 2D0BA 5KI6A 3O4NA 3LZIA 4KO0A 1RTIA 3AVGA 4KHUA 4H4OA 4DG1A 1U04A 5KRSA 4Q5VA 3OS1A 1DLOA 4Y1DA 4IG3A 4K8XA 4M3TA 4PY5A 5HRPA 4OLAA 3K59A 4B9TA 1NJZA 3AO2A 2QXFA 3D45A 1S1UA 3S3OA 4FM1A 4FLXA 4OKJA 1IG9A 4Y1CA 4FK0A 4F3TA 1RT4A 3VQDA 3TABA 4BWMA 3DLEA 4DFPA 2Z1JA 3A2FA 4JRQA 1J54A 1EP4A 4N41A 2WONA 4KRFA 3NGIA 3DOLA 1SL1A 1WSGA 4O4GA 3NF9A 1IKVA 4RW7A 4E1MA 3SPZA 1IH7A 4F2RA 4FYDA 2PYLA 3FFIA 3KK1A 4HUFA 1UA0A 4M45A 3QETA 4ZTJA 4KHYA 3LAKA 3U3YA 2IC3A 5CY4A 3EYZA 3QIOA 4GW6A 1RBRA 3RTVA 4CJEA 2OA8A 3AO4A 2G8IA 1S6PA 4CJFA 3PX4A 3VN5A 3AA3A 4CESA 4QCLA 4HUEA 1REVA 4DS5A 1T7PA 4OJRA 4B9UA 1KFDA 4RG8A 4CGIA 2KFNA 4E89A 1A5XA 2XY8A 3S3NA 1SL2A 4NCBA 5J2NA 3TAGA 3PX0A 2YKMA 1NKEA 1BI4B 1B92A 4M3WA 2NUBA 3AO3A 3T1AA 3THVA 3OJUA 4CFDA 3ITHA 4CFBA 4CHQA 1TL1A 3I0SA 1KTQA 1LW0A 2KZMA 3TAFA 2D0CA 5K14A 4CIGA 4DQSA 1SKSA 3SJJA 3ZSXA 4LD0A 2RN2A 4CGGA 2P1JA 4FK4A 2XY6A 4KHQA 1UWBA 1JLAA 1ZBUA 1RDBA 2Y1JA 4B9NA 1YTAA 1HRHA 3CM5A 4M3ZA 3L2RA 2HHVA 1C6VA 2G8VA 3KIOA 4CEAA 2EHGA 3CG7A 4HVJA 2JGUA 1U45A 4B8CA 3O3FA 3V81A 1LAVA 3P1GA 4E7HA 3KKRA 3L2WA 1J5OA 1T05A 1TKZA 4ID5A 3ZSZA 4OPKA 4C8MA 2HVHA 4CJWA 3MAQA 4ZTFA 3DM2A 4FK2A 1QE1A 2BE2A 3OYIA 3TR8A 3OYCA 3RRGA 1BQNA 3VQBA 1VSIA 4LSNA 4DLGA 4DQIA 3LAMA 3C6UA 2ITGA 4BE2A 3VA3A 3ZT0A 4M3UA 3ZSQA 3NHGA 1ZYQA 4K8ZA 3SQ2A 4I2PA 3DYAA 4RW4A 3NGZA 3NF8A 4EP5A 1DTTA 1B9DA 5HRSA 2FBXA 4KHNA 1JLGA 1HMVA 3F9KA 3KTQA 1RTDA 1A5VA 1MU2A 3PUFA 4YNQA 3DI6A 1K6YA 3AVFA 3HP6A 3L2VA 3H08A 4NCGA 4DTRA 3QEIA 2Y1IA 3NGYA 3QIPA 3RMAA 1HQEA 3S9HA 5HBMA 4IFYA 4R5PA 4DTPA 2BDPA 2X78A 1J9AA 1Y97A 3SYZA 5FROA 2PZSA 3KLIA 2G8KA 3OS2A 1TGOA 3TWHA 2QKBA 4B8AB 4FJ8A 1RDDA 4ZHRA 5CZ1A 4CJLA 3F73A 3SQ1A 4OKEA 2P5GA 1D9FA 4FJMA 1LWCA 3OYEA 4KTQA 4J2EA 1GOCA 3TAMA 4W5NA 2YNFA 1NJWA 2O4GA 1LV5A 3CM6A 2FBYA 2YNHA 3CFOA 2X6SA 4CJ5A 4AHVA 2YKNA 4CEEA 3L8BA 3ULDA 2A1SA 4W5RA 3NBPA 4CK2A 3NH2A 1N6QA 1SUQA 1X9SA 2OYQA 4BE1A 3S3MA 2E4LA 4AHSA 3G10A 1X1PA 3NF6A 4KKOA 1VK0A 3BGRA 1NJXA 1S9EA 3VQ4A 3C94A 1BCMA 3DRPA 1C1AA 1C1CA 3M8SA 2R7YA 3ZT3A 3AVBA 4DU3A 1C0MA 2JLEA 3T3FA 1KVCA 4G1QA 4KTWA 4RW6A 2HB5A 3M8RA 1RNHA 4E7IA 1F21A 3SUOA 3VQ6A 3QINA 4CGFA 4CJQA 4CJKA 4W5TA 3V9SA 2YV0X 3AVCA 3OYAA 4B9SA 3WNHA 4CF0A 3KD1E 1I3AA 3VQ5A 2DFFA 1GOBA 3B6PA 1TKDA 3HK2A 3AVIA 3V1QA 1KSPA 2D0AA 4CJSA 4FJXA 3HT3A 1BGXT 1RT5A 4IFVA 3WNGA 3RMBA 3QEWA 4B9LA 3UIQA 1JLCA 4CEFA 4CEDA 4ID1A 1EKEA 4DFKA 3KKSA 4AHRA 2ETJA 4CGDA 4CHOA 3K5MA 1A5WA 4JLHA 3HPOA 4ELVA 3K5OA 3KK2A 5SWMA 3ZSWA 2HHWA 3PY8A 2XY7A 1NK6A 1LWFA 3V1RA 4CJVA 3SPYA 4FJ7A 2O4IA 1HNVA 3LALA 3QEXA 1RBUA 3NAEA 1BL3A 4IBNA 1T8EA 4GVMA 1EX4A 3ZT2A 4B9VA 1FKOA 4O44A 1TVRA 4L8RB 3QNNA 2G8WA 3HXMA 4KHSA 4DLEA 2YHBA 4CF8A 2P51A 2GUIA 3VQ9A 4KB0A 1QQCA 2QK9A 5KGWA 4CHZA 1NKCA 3ZSRA 3QERA 5HP1A 4J2AA 4J2DA 4AHTA 4QOZB 4F2SA 3KLGA 3DMJA 2OZSA 2XHBA 1RTHA 4KV8A 4OPJA 4KI6A 3LDSA 1NOYA 3AVMA 3V9WA 1S1TA 3QEPA 3VQ7A 3OS0A 4F3OA 2VG6A 1ZBIA 4IDKA 1BHLA 1RT1A 2RKIA 1VSJA 1EETA 4E19A 3OYBA 3SUPA 1Q9YA 4C8LA 2KW4A 1QSLA 5J1EA 1W0HA 1CLQA 3M8QA 1IKWA 3G0ZA 3NF7A 4BACA 4DU4A 1RDAA 1WSFA 1LW2A 5EU7A 3SQ0A 2OPQA 1XHZA 1U49A 1L5UA 2G8UA 3AVAA 4ELTA 2HW3A 2HHQA 1KCFA 1UA1A 3SUNA 1YVUA 1TKXA 4YFUA 4EZ6A 4FCYA 4CFCA 3LP0A 4C8OA 1DTQA 1NJYA 4PWDA 1NK8A 3ISNC 4CJPA 3CFRA 3LZJA 3LWLA 4FW1A 5KRTA 1X9WA 3P5JA 3LP1A 4KREA 4FJIA 2HHTA 5T7BA 1TAQA 2IAJA 1XHXA 1CXUA 1WSJA 4N76A 1BQMA 2I5JA 3V9ZA 3QESA 2WOMA 5FRNA 1RT6A 3OJSA 3DLGA 3PO5A 4MQ3A 3ALYA 4NYNA 1D5AA 4TSXA 2HHXA 3JSMA 4DSIA 4BDZA 4KPYA 5JS1A 5HLFA 4HHTA 3RR8A 3V9UA 4J2BA 2KTQA 3OYFA 5E41A 3HPHA 3V9XA 3C6TA 3TARA 3AVHA 3OYNA 4FZXC 4ELUA 1RILA 3O3HA 3SI6A 1SKWA 1KLNA 4DSKA 4CF2A 3AO5A 2KFZA 5FRMA 2GBZA 4OVLA 4AHUA 3CFPA 4DFMA 1BIZA 4CJTA 2OPRA 2PYJA 1SV5A 4FVMA 3VQQA 3ZSVA 4W5OA 1JLFA 1QHTA 4IG0A 4AILC 2ZD1A 4FJ9A 3NDKA 3ZSOA 1JLQA 1I39A 4OGEA 3ASMA 4E0DA 4FW2A 2B6AA 4O0IA 5J2PA 3QO9A 2G8HA 4Z4IA 5C25A 4LY7A 3D0PA 2XY5A 3DOKA 3NH0A 1BI4A 1HYVA 1W9HA 3AVJA 1FK9A 3AO1A 3LPTA 1IKYA 1TV6A 2HNDA 1RCHA 1B9FA 3L3VA 4NYFA 2D5RA 5HRRA 4JRPA 3SQ4A 1NK0A 4OLBA 4Z4GA 4IKFA 4DTMA 2BGGA 1VRTA 2ATQA 5DMRA 1JLEA 3O3GA 3SCXA 1NKBA 1D8YA 5HROA 3L2UA 3DLRA 1KVBA 1QS4A 3DRSA 4I9QA 4HTUA 1QSYA 4DWIA 4EZ9A 1VSFA 3K58A 3OY9A 3MECA 3JYTA 2B4JA 3IS9A 4F4KA 3RMCA 4KB1A 3P83D 4BDYA 1R0AA 2IS3A 4CF9A 2HMIA 3KD5E 4DTOA 4Z4FA 4E7KA 3LP2A 3ZCMA 3OYKA 1XC9A 4FM2A 1RT2A 2HNZA 2VG5A 3RMDA 4DU1A 1C0TA 3KLEA 4C8NA 4FM0A 1RTJA 4CGHA 1D9DA 4KAZA 2DFEA 1VSMA 4NCAA 1T03A 4M3YA 1BCOA 1VSEA 4CK1A 4DQQA 3IG1A 3OYHA 4EP4A 1WAFA 1U47A 2IGIA 4CJRA 3SUQA 3RRHA 4B3OA 1WSEA 4FXDA 4PA1A 1S1WA 3QEVA 4E7LA 1YT3A 4DQRA 2OPPA 4I9LA 4FJGA 1J53A 4FLVA 1HNIA 4W5QA 4HUGA 1ASUA 4CIEA 1L3UA 1CZBA 1HJRA 3HPGA 4ICLA 4CE9A 1RBSA 4H4MA 1U4BA 2BANA 2E6LA 1ZBLA 1TKTA 5I3UA 2QKKA 5D3GA 3MEEA 3HJFA 3AVLA 4O55A 4DTUA 4CJ3A 3VQPA 3OYDA 3NE6A 4FLZA 3CQ8A 4XIUA 1FXXA 3ZSYA 1VSDA 3K5NA 4Z4EA 4FLWA 4Z4CA 3KK3A 1C1BA 2P5OA 1UAXA 4CEOA 3SV4A 2LSNA 3IRXA 2Z1GA 3HSTB 2VWKA 2OPSA 3HYFA 1NOZA 3V4IA 1QTMA 1S1VA 2DY4A 5CYQA 5JS2A 3EZ5A 1RBTA 4H8KA 3B6OA 4CEBA 3EY1A 3DLKA 3TI0A 3MXIA 4CHYA 1QSSA 5C24A 4B08A 4CERA 1YTUA 4E7JA 1JL2A 2FC0A 1UOCA 1KLMA 3U6FA 3HL8A 3ZT1A 4M42A 3WNFA 2HHSA 4Q0BA 2ZE2A 4BE0A 1RT3A 3V6DA 4UQGA 3PO4A 2B5JA 3O4QA 4CJUA 4HCBA 3U3GA 3K2PA 4DQPA 4DMNA 3RWUA 3VQCA 3DRRA 4DSFA 3TANA 4I7FA 1Z26A 2IDOA 5J2QA 3AA4A 2F8TA 1WN7A 2Z1IA 4E1NA 3BDPA 4AHCA 1TK8A 2YNGA 4FLTA 3OYJA 3HVTA 4DSLA 4JS4A 3SV3A 4CFAA 3OYLA 4WE1A 1KRPA 3MXJA 3K5LA 3AA5X 3MXMA 3CYMA 4DFJA 4M3XA 3MEGA 4N47A 4CEZA 3TAQA 4Z0UA 1VRUA 4KFBA 3MEDA 4M3RA 4LH5A 3WNEA 4DTXA 3OYMA 1U48A 2Z1HA 1NK7A 4DTNA 2YHAA 1L3VA 3AV9A 4CHNA 3L2QA 4DSJA 1IO2A 3VA0A 1KFSA 2RF2A 1HQUA 3NH1A 1KVAA 4N56A 4DTJA 1WNSA 1WAJA 4CF1A 4FJ5A 3E01A 3IAYA 1NK4A 2X6NA 3QLHA 1HYSA 1HYZA 2HHUA 4BDPA 2FBTA 3DLBA 1GOAA 5CZ2A 3KLHA 3OVNA 2PY5A 1WSHA 3NFAA 2KQ2A 3VQ8A 4N5SA 1IKXA 1HPZA 1VSHA 4OKKA 1Q8IA 1Z25A 3AVKA 3VQAA 4O5BA 2RPIA 4CGJA 3I8DA 4M41A 4RW9A 1SKRA 1L3SA 4FJHA 4FJKA 4KHWA 1WLJA 1XWLA 4F8RA 1LWEA 2F96A 3KLFA 3DLHA 3T19A 3SZ2A 1XI1A 3M8PA 4LH4A 5DK5A 4KI4A 4JS5A 2YNIA 2Q3SA 1RBVA 1S5JA 2W42A 3NCIA 1S1XA 2VWJA 2HVIA 1TL3A 2HNYA 1O1WA 4FLYA 2DFHA 4DF8A 1JLBA 1ZBHA 5HRNA 3KJVA 1G15A 4PQUA 2EX3A 4E3SA 2A1RA 2KZZA 4CECA 2XRIA 3PX6A 1JXBA 4LSLA 1S9GA 4C8KA 1TK0A 1BISA 1SL0A 4DSEA 2E6MA 1C0UA 1VSLA 3LANA 3AVNA 4PUOA 3LWMA 2ZQBA 4DF4A 3HVRA 4KTZA 3SNNA 1TAUA 3OYGA 2DTUA 1VSKA 3L3UA 2OZMA 1NK5A 4FJLA 1ASVA 4FZYA 4RW8A 1WSIA 1JL1A 1RDCA 5KTQA 2F8SA 3HP9A 2X74A 1CZ9A 4MFBA 1LAWA 1EXQA 4CCHA 4Z4HA 5SZTA 4HCCA 5C42A 3QNOA 1L3TA 1ITGA 4B9MA 3TAEA 3PV8A 1NK9A 4FJJA 4FJNA 3HO1A 4I2QA 3VQEA 4FZZA 1ASWA 5FDLA 1S6QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3K57A 3CIPA 3I0RA 4CJ7A 3V1OA 2YHWA 1LCUA 4X65K 1Q9XA 3C95A 4AH9A 2A41A 2Q36A 3EE9A 5KPRA 4FLUA 4CIFA 4CZJA 1YI2N 3C65A 4CZLA 1HKCA 2NRXA 4IWVA 4GMJB 5EX5A 3O4NA 4C1NI 3LZIA 4WQ5C 5GIPA 2ASPA 5LY3A 1U04A 5KRSA 2E2PA 4Q5VA 5BR9A 3F2KA 1NMDA 2P9KA 5LJWA 4K8XA 4M3TA 4OLAA 1NJZA 1RGIA 3VF2A 4FLXA 4MLHA 4Y1CA 4JKBA 3ULEA 3DLEA 4M63C 4BREA 4N41A 2WONA 4KRFA 3R6MA 3DOLA 4K25A 1IKVA 3TTFA 3BZCA 2PYLA 3KK1A 4H0PA 4FL9A 4JN4A 3U3YA 5CY4A 3QIOA 5AQOA 1VQMN 4JI6K 4CESA 1ZXOA 1WBBA 4B9UA 4CGIA 3R1XA 1SL2A 3S3NA 4H5NA 1NKEA 1B92A 3THVA 2HBKA 1TL1A 3VGMA 1SKSA 4CIGA 4DQSA 2RN2A 2WBNA 4KHQA 1JLAA 1I94K 5C0YA 4H0YB 3CM5A 3L2RA 5M1QA 1C6VA 3UKRA 3KIOA 3SAGA 3ID8A 1U45A 2HBJA 3P1GA 3L2WA 4ID5A 2E2OA 1QE1A 1J5EK 3THYA 3LAMA 2P9PB 3O08A 4M3UA 3ZSQA 1ZYQA 3SQ2A 4H5WA 3DYAA 3DJCA 3NGZA 1Y64A 5AZJB 1DTTA 4OPAA 4KHNA 2D1KA 1HMVA 3F9KA 1MU2A 1BO5O 3AVFA 2UYTA 3QEIA 3HO1A 2HW3A 3RMAA 1HQEA 4BC5A 4R5PA 1J9AA 1OH6A 4LFCK 3TWHA 4CJLA 4FJMA 2P5GA 4J2EA 1GOCA 1XUPO 2YNFA 1NJWA 2YNHA 3O5BA 2X6SA 5DM6L 4FWLA 3W3DA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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