1EXQA

Crystal structure of the hiv-1 integrase catalytic core domain
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
154
structure length
147
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEDGIPYVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Crystal structure of the HIV-1 integrase catalytic core and C-terminal domains: a model for viral DNA binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL POLYPROTEIN
total genus 44
structure length 147
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-05-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1exqA00
1RTHA 3V9SA 2FBVA 2X74A 1GOAA 1YTUA 1BIUA 1B9DA 3OYDA 1HYSA 2G8KA 2HHWA 5K14A 3V6DA 1BI4B 4H4OA 1TKDA 2OA8A 4PY5A 3S3OA 3HT3A 4CGIA 5C25A 3NH1A 2ETJA 4OKJA 3P5JA 4MFBA 2FBTA 4DTUA 3MXMA 1VSHA 2EX3A 3QINA 4B9VA 3V1OA 3ZSZA 3LDSA 2I5JA 3V4IA 4RW4A 2DFHA 4OKKA 3QIOA 3OJSA 4KAZA 2Z1GA 1HMVA 4BE0A 3SPYA 3HJFA 1X9WA 3SCXA 1HQEA 3O3FA 4CJQA 3SUPA 5HP1A 4K8ZA 4O5BA 4PWDA 4OPJA 4ZTFA 3AVNA 4CJPA 1JKHA 3QESA 1TK0A 2HHXA 1NK6A 1ZBIA 3VQCA 1BI4A 3HPOA 4E7HA 3M8PA 3T3FA 3AVFA 3KLFA 1C6VA 3ZSWA 1TK8A 4PQUA 1CXUA 4FJMA 3PX4A 4CFDA 1NJYA 4Z4GA 1YTAA 1XHXA 4B9TA 1C1AA 2ZQBA 4E19A 4DTPA 3CFOA 3NF9A 4O0IA 4N5SA 4DSIA 4I9LA 5HROA 4BDZA 1Z25A 4F2RA 1B92A 3PX6A 4FM2A 4KPYA 1FXXA 3NDKA 4FCYA 3S3MA 4DS4A 4OLBA 4N47A 5T7BA 2OZMA 1WSJA 4C8OA 2BANA 1HRHA 3ZSYA 2XO7A 3G0ZA 3JSMA 1LAVA 3DRPA 2XY7A 4GMJB 4DSFA 1SL0A 2D0CA 1B9FA 2OPPA 4CEOA 4KTWA 4H4MA 4M42A 3OVNA 4OGCA 4FJLA 4EZ6A 1L3VA 4AHUA 4GVMA 3THVA 3D45A 3ZCMA 3AVKA 2HNYA 1LW0A 5J1EA 4DTXA 1IKVA 4AHTA 3V9XA 1RBUA 1RT5A 1VSEA 2GUIA 4JS4A 5KI6A 1VSLA 1Z26A 2G8HA 4KHSA 1TAUA 4O55A 1SKRA 2RPIA 2B5JA 1T05A 2HW3A 4LY7A 2IGIA 4TSXA 1SKSA 2G8VA 1NK7A 4F8RA 1ASVA 5DMRA 4CECA 3VQPA 2X6SA 2OPSA 1DTTA 4LH5A 3KD1E 1TVRA 2KQ2A 3NGIA 4CJRA 1TK5A 5J2PA 4Q5VA 3VQAA 4RW7A 1S1TA 3KKSA 1TL3A 3SQ4A 1NJXA 3RR7A 2NUBA 3RMBA 1JLBA 3WNGA 5JS1A 4NCAA 3QEWA 1BCOA 1A5XA 1IH7A 5HRSA 2HNDA 3PV8A 1BISA 2DTUA 2G8UA 2XY8A 3ZSVA 1S9GA 4DQQA 2DFEA 1VSIA 2F8SA 3OYJA 3TAQA 2QKBA 1QSLA 4W5RA 1QHTA 2X6NA 4KI6A 1KFDA 1S1UA 3QEXA 3AVHA 4C8LA 3CFRA 4M3XA 3CM6A 1RCHA 5FRNA 3LPTA 4AHRA 1J5OA 4DG1A 1KVCA 1BHLA 3OYEA 2BGGA 2VG6A 2D5RA 3VQ9A 1U49A 3C95A 4CJSA 2QKKA 4CIFA 3DM2A 4RW6A 5HRRA 4CJLA 1K6YA 4FLYA 3SYZA 3SNNA 4M3ZA 2QK9A 1RDDA 1IKYA 1HQUA 4FJXA 1HYZA 4CJFA 2D0BA 2Q3SA 4FXDA 2YV0X 2IAJA 3AA2A 3SUOA 3U3GA 1KFSA 2FBYA 4QAGA 4HCCA 3AA4A 1CXQA 4CJWA 1GOBA 1BCMA 4J2DA 4O4GA 1RT7A 4CHOA 3PO5A 3AVMA 1NK4A 4B9SA 1Q9YA 4LSNA 1T03A 3E01A 3RTVA 3K2PA 2O4GA 3C94A 2F8TA 3TR8A 3OYLA 3K5OA 4FJJA 1HNVA 1JLEA 1WAFA 4CJKA 3WNEA 4CGFA 1NKEA 3SQ2A 3HVTA 3PY8A 2GBZA 1LV5A 1BGXT 2XRIA 2IOCA 4RW8A 3HL8A 3OYBA 3KLGA 1TL1A 4YNQA 3L2UA 3B6OA 4DTNA 3SI6A 2A1RA 4M3TA 4F3TA 1ASWA 1XWLA 3V1RA 3ZT3A 1D9DA 1J9AA 3WNHA 1HJRA 4ELVA 2A1SA 1I39A 4FLTA 1L3UA 4FJ9A 3SUNA 4C8MA 3EYZA 4L8RB 4CJ4A 3ULDA 1FKPA 4E0DA 3LP3A 3DLRA 4BWMA 4ELTA 3HM9A 2OPQA 1ASUA 2D0AA 3RRGA 1QSYA 3RR8A 2HHUA 2Z1IA 3L2RA 4FJKA 3NCIA 3LP0A 4W5OA 5I42A 4OLAA 1W9HA 1KLNA 4IG3A 2RN2A 2YNFA 4KHYA 1T7PA 1X9SA 4F3OA 3ZT0A 4FVMA 1IKXA 4Z0UA 3TAEA 2YKMA 2JLEA 2F96A 4CIGA 4Y1DA 1EKEA 3OYAA 3QNNA 4LD0A 5KRTA 4DFMA 3OYFA 1JL1A 1VSKA 1D8YA 4FJGA 5C42A 3NF7A 3HYFA 3K5NA 2VWJA 4KHUA 3TANA 4AHSA 3OYIA 2OZSA 4CJTA 1Q9XA 4M41A 3SQ0A 1RBSA 4I7FA 4CGGA 3CG7A 2YHBA 3O3HA 1X1PA 3PUFA 4E1NA 1LWCA 2Z1HA 3SV4A 2KFZA 3ASMA 4W5QA 1NJWA 3B6PA 3ZT2A 4BE1A 1NOZA 3MECA 3MXJA 4BWJA 4BDPA 1QTMA 1HNIA 4CEZA 4OGEA 2B4JA 3LZIA 4ZTJA 4KTQA 3K5LA 5CYMA 3SQ1A 1JL2A 4IFYA 4CF8A 3HSTB 4BE2A 1WSIA 4OPKA 4E7IA 3L3VA 5SWMA 3TAFA 2G8IA 1A5VA 4DFPA 4F4KA 1JLQA 3KKRA 4NYFA 2PY5A 3U6FA 5J2NA 1RTJA 3A2FA 3G10A 3C6UA 4CJ3A 3LWMA 4FJ7A 3T1AA 3VQBA 4Q0BA 2LSNA 2KZZA 1WLJA 2XHBA 1SUQA 4FJNA 2P5GA 1C1CA 3U3YA 4HTUA 5I3UA 4CEAA 3SJJA 3UIQA 5KGXA 1ZYQA 3AV9A 1UAXA 3EY1A 4M3WA 4HHTA 3SPZA 4DTMA 3AVCA 5CZ2A 4CGHA 3TARA 1WSFA 3AVAA 5SZTA 1RDAA 4O0JA 3KLEA 3OYKA 3L8BA 4CESA 4RW9A 4Z4HA 4KREA 1NOYA 4B8AB 2IS3A 3TAGA 1LWEA 3QNOA 4J2AA 1D9FA 3MEGA 3LANA 4KB0A 1IKWA 1SV5A 3VN5A 4AHVA 1RNHA 3L3UA 1XC9A 4DF8A 1UA1A 4FJ5A 3P1GA 3TI0A 1TAQA 4FYDA 3NF6A 4FM0A 4CCHA 4XIUA 4FLWA 4DQRA 3IAYA 3CQ8A 5KGWA 4HUGA 3K58A 3HP9A 1Q8IA 3DMJA 1ZBLA 4DU3A 1ZBHA 1SL1A 3NFAA 3H08A 5CY4A 2IC3A 3V9UA 1N6QA 4FK4A 1S1WA 3NGZA 4DLEA 3V9WA 4FZXC 4M3YA 1VK0A 1KLMA 1U45A 4FLVA 4FJIA 1REVA 3CYMA 3ALYA 3CFPA 4IFVA 3KK2A 3PX0A 3IS9A 3KIOA 1VSDA 4ID5A 1LWFA 4E7KA 3LWLA 2KW4A 4E89A 3LAKA 3SV3A 1EP4A 1WN7A 2VG5A 3RMAA 4M3RA 1LAWA 4DTSA 4AILC 3O4QA 2P5OA 4KHQA 4CF0A 2HHQA 4PA1A 1L3SA 3MEEA 1BL3A 4AH9A 1EETA 3DOKA 5FDLA 4G1QA 5JS2A 1BIZA 1GOCA 1L3TA 2PYLA 3DLBA 3AO1A 1DLOA 2P51A 3SZ2A 1VSMA 1NK8A 4CJVA 4M3UA 2DY4A 3AO5A 4UQGA 3TABA 5KTQA 2EHGA 2AJQA 4I2PA 1NJZA 1HYVA 1Y97A 3AVJA 1J54A 1RDBA 1RT1A 3TWHA 1S5JA 2B6AA 2FBXA 4CEFA 3NAEA 3AO3A 4GW6A 4C8NA 1KVBA 5DK5A 2E4LA 4OJRA 4J2EA 4FJ8A 3NH2A 2HMIA 4B08A 1VSFA 3LALA 1UOCA 1U48A 2HB5A 4CK1A 1NKBA 5KRSA 4DQPA 4HUEA 1RBRA 2P1JA 2RF2A 2VG7A 4LSLA 2YKNA 2KZMA 4FK0A 1F21A 1KRPA 1ZBUA 1I3AA 3KLIA 5HRNA 3HP6A 1S6QA 1IO2A 1TGOA 2E6LA 2ITGA 3DOLA 1WSGA 4CF9A 4CF1A 1KVAA 4HVJA 3OYNA 1RT2A 2ZD1A 4DQSA 3QETA 2XY6A 1KSPA 3NBPA 4Z4FA 5CYQA 3AA3A 3HO1A 2YNHA 3HXMA 1IG9A 3FFIA 2YNIA 4CHZA 2GV9A 1QS4A 3I0SA 3DI6A 3VQ4A 2YNGA 2G8WA 4KKOA 2IDOA 3HK2A 1FKOA 1C0TA 4CIEA 4DSEA 2E6MA 1BQNA 1NK0A 5HLFA 4DS5A 4CFCA 1SKWA 3DRSA 3DLHA 4DU1A 4KO0A 1RBTA 3LP2A 3QIPA 4JLHA 4CGJA 4CK3A 3PO4A 3QERA 4I9QA 3KD5E 4Z4IA 5D3GA 1UA0A 1FK9A 4CK2A 4KRFA 4CHYA 4KI4A 3ZT1A 5J2QA 3P83D 1S9EA 4B9MA 4W5TA 2ZE2A 3LPUA 2Y1IA 4NCBA 2QXFA 3RWUA 1WNSA 4FW2A 1DTQA 3LP1A 3M8RA 3NE6A 4ZHRA 3I8DA 2HVHA 2KTQA 3TAMA 1S1XA 1NKCA 3K5MA 4LH4A 4E3SA 4QCLA 1C1BA 3HPHA 2KFNA 4Z4EA 3OY9A 3S9HA 1TKZA 2ATQA 2OYQA 1KCFA 4W5NA 4JRQA 1JLCA 3L2WA 3NF8A 4CFBA 3MXIA 1CZ9A 4DMNA 4KHWA 3M8SA 4FLXA 4OVLA 3VQDA 2WONA 3V9ZA 3KTQA 3MEDA 1D5AA 3NGYA 4IKFA 3JYTA 4E1MA 4WE1A 1U47A 2BDPA 1XHZA 1RBVA 4KHNA 1A5WA 4FZZA 3V81A 1NK5A 3VA3A 1NK9A 4EP5A 1CLQA 2R7YA 4DU4A 3VQ7A 3ZT4A 4CEBA 4KTZA 3BGRA 4DFJA 5CZ1A 4F2SA 5C24A 3EZ5A 4CJEA 4R5PA 1RTIA 3VA0A 4ID1A 1JLAA 3L2VA 3RRHA 4JS5A 4DQIA 3WNFA 1VSJA 4CHQA 1HPZA 3I0RA 3RMDA 1EX4A 3AVLA 1RT4A 1WAJA 4O44A 1TKXA 1L5UA 1LW2A 5J2MA 1YT3A 4B3OA 3ZSXA 3AVBA 4KFBA 4FJHA 3VQQA 4FW1A 1S6PA 4I2QA 4EP4A 4CERA 4KB1A 5FRMA 3F9KA 4Y1CA 3VQ8A 3ZSRA 1JXBA 3OS1A 3ZSQA 3K59A 4MQ3A 4FLZA 4NYNA 4QOZB 1N5YA 4AHCA 3OYCA 3AO4A 1BQMA 2HHSA 1JXEA 4JRPA 3QEVA 3SUQA 3QO9A 3ISNC 4YFUA 3D0PA 3ZSOA 1SL2A 1QSSA 1VRUA 2O4IA 1TV6A 3VQ6A 4DTOA 1QQCA 4FZYA 4HCBA 1W0HA 1RT6A 2VWKA 1CZBA 2BE2A 4KV8A 1XI1A 3BDPA 4DSJA 3L2QA 3KK3A 4DSKA 4CFAA 4N76A 2WOMA 1U04A 5E41A 3QEIA 2Z1JA 1C0UA 2HNZA 3DLKA 5EU7A 4E7LA 4B9LA 3NHGA 1WSEA 4CF2A 2G8FA 3KLHA 1X9MA 1S1VA 1UWBA 3DRRA 4FK2A 3AO2A 1U4BA 4ELUA 1R0AA 4CEEA 3TAPA 4FLUA 1C0MA 5HBMA 1O1WA 4ICLA 3KK1A 4IBNA 2X78A 3S3NA 1WSHA 4CGDA 3HVRA 4N41A 3DLEA 3DLGA 3AA5X 4DSLA 2DFFA 4DTRA 4CEDA 1G15A 2HHTA 3OS0A 2W42A 1VRTA 3NH0A 4DF4A 3M8QA 1JLGA 3MAQA 4PUOA 3IG1A 4BDYA 4M45A 5HRPA 3T19A 2YHAA 2HVIA 1RILA 1JLFA 1YVUA 1ITGA 1QE1A 4CJUA 3CM5A 4HUFA 3RMCA 4DFKA 1ZBFA 3AVGA 3OS2A 2PZSA 3VQEA 1MU2A 3F73A 4IG0A 1RTDA 1RT3A 3O3GA 3VQ5A 4DTJA 3V1QA 5FROA 4H8KA 4CE9A 4DLGA 2XY5A 4Z4CA 3OYGA 3OJUA 4EZ9A 4CHNA 2HHVA 4CHPA 4N56A 3ITHA 1KTQA 3O4NA 2FC0A 4BACA 4E7JA 4CEQA 2PYJA 4B9NA 4C8KA 4IDKA 4FM1A 3HPGA 3IRXA 4B8CA 4J2BA 3C6TA 1EXQA 4B9UA 3QLHA 4RG8A 1J53A 2JGUA 2Y1JA 1RDCA 3KJVA 3OYHA 1TKTA 4K8XA 3LAMA 2OPRA 3K57A 4DWIA 3OYMA 2RKIA 1T8EA 4OKEA 3LZJA 3QEPA 3DYAA 4NCGA 3AVIA 4CJ5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3FR0A 2FBVA 1N33K 1GOAA 1BIUA 3OYDA 3U9ZA 3ENOA 4IEEA 1NJIO 2HHWA 3MCPA 2QWMA 5K14A 4H4OA 3HT3A 3NH1A 1VQON 2ETJA 4OKJA 4MFBA 2FLOA 3CPWM 2DFHA 4JKGB 2Z1GA 2ASPA 2AP1A 3SUPA 4B3TK 4PWDA 2HF4A 5KPZA 1Z6RA 4ILHA 1NK6A 3O80A 4GV9A 1BOTO 3T1HK 3ZSWA 5AQQA 5AQZA 4FJMA 2QWQA 3G25A 3MX5A 4B1ZA 1YTAA 3TTDA 4E19A 3CFOA 1T6CA 3SMSA 4BDZA 3E9OA 1YJWN 3F2KA 1FXXA 1QHAA 3NDKA 3S3MA 4DS4A 5T7BA 2OZMA 3VESA 1HRHA 2YJFA 3G0ZA 1B9FA 2OPPA 4CEOA 4KTWA 4WQ4A 4BR2A 4FJLA 4EZ6A 1BO5O 1RGIA 3D45A 3KK7A 5M1FA 3A5LC 4A57A 1RT5A 4B3RK 3EL2A 3A5MC 1SKRA 5JMVA 2RPIA 2B5JA 1T05A 3SAHA 2IGIA 2P9NA 3TTFA 2YX6A 5DMRA 2IVPA 2OPSA 1TVRA 3NGIA 2ZJPL 1TK5A 5J2PA 3VQAA 3SQ4A 4BRNA 1HKGA 5HL7L 5M1PA 4PKHA 2IVNA 5HRSA 2F7TA 3OYJA 4B1YB 4W5RA 4KI6A 1KFDA 2Q0RA 3CM6A 1H1VA 3M1FA 4YDUC 3ZETB 2VG6A 2QKKA 5HRRA 5C12A 2QK9A 1RDDA 1IKYA 1HQUA 2KLAA 2D0BA 2Q3SA 3SUOA 2HF3A 2BH1A 1KFSA 2FBYA 4QAGA 5AJ3K 3KVGA 5BRDA 3A5OC 1FJGK 1RT7A 3IDHA 4CHOA 1T03A 4BVOA 3E01A 3RTVA 1K9MO 4IOCL 3OYLA 1WAFA 3PSIA 5IWAK 3SQ2A 3HVTA 1LV5A 1BGXT 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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