1EXQA

Crystal structure of the hiv-1 integrase catalytic core domain
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
154
structure length
147
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEDGIPYVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the HIV-1 integrase catalytic core and C-terminal domains: a model for viral DNA binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL POLYPROTEIN
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 44
structure length 147
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-05-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1exqA00
3NAEA 1L3UA 1IH7A 3TAQA 3MXIA 2YNFA 2I5JA 1REVA 1JL2A 3AVBA 4KI6A 2P5OA 1C0TA 2OPPA 2QXFA 2P5GA 4CHOA 2GUIA 5HBMA 3DLGA 4YNQA 1IKWA 3CM5A 3MECA 5HRSA 4AHVA 3IAYA 2X78A 3NBPA 1TK8A 2HHVA 1KLNA 4W5RA 3SI6A 1UOCA 3MEDA 3TAMA 3OS0A 1YTAA 1RDDA 4M3ZA 3A2FA 3OYCA 3LP3A 1KFSA 1NJXA 3LAMA 1JLEA 1GOCA 1Q9XA 1IG9A 1ASVA 2P1JA 1VRUA 3NCIA 1CXQA 4M42A 2IAJA 1T8EA 2RKIA 2KZMA 4RW8A 4CF8A 3LPTA 1XWLA 1NK8A 2KQ2A 4CE9A 4W5TA 3CFPA 3U3GA 5KRSA 4KHSA 1XC9A 4FZYA 3TR8A 4CEQA 4E7KA 3AA3A 1S1XA 4OKKA 2OPSA 3NGZA 1KVCA 3K5NA 3ZSWA 3NE6A 1NKBA 3FFIA 3HO1A 1J53A 4BE1A 1VSHA 4CFDA 3C95A 1BIZA 3OYEA 2DFHA 1BL3A 5KRTA 3IRXA 3O3GA 1J5OA 4B9LA 1IO2A 4OLAA 1ZBIA 1TAQA 4CK1A 3I0SA 4O0IA 5FDLA 4BACA 3L2UA 4Z4CA 1A5VA 3LALA 4KTWA 3V9WA 2YV0X 2KZZA 4JLHA 2B6AA 4ICLA 4LSNA 4PQUA 4FJ7A 3OYKA 2BGGA 3S3OA 1WSJA 4FJ8A 3O4NA 1WNSA 2Q3SA 2IC3A 3G10A 4OKJA 5CZ1A 3T3FA 1EXQA 1TKZA 1HYVA 1TKXA 3E01A 4HUGA 3OJUA 3SYZA 4CCHA 4KB1A 4J2BA 4KV8A 4FK2A 2AJQA 3HPHA 4E7IA 2O4GA 3SNNA 1J9AA 1S1WA 2IGIA 4I2QA 3HVTA 1I3AA 3VN5A 4W5QA 4DQSA 1KCFA 2HMIA 4FJIA 3VQEA 3SPYA 3LP0A 3UIQA 1TAUA 4Z4HA 3ZT0A 3CFOA 4Z4IA 2XRIA 5HLFA 3AO4A 4ID5A 3V9ZA 2E6LA 3S3MA 3CQ8A 1QS4A 3OYJA 4F8RA 1RTHA 4AHSA 5CYQA 3NH0A 3NH2A 4FM0A 5C24A 1U47A 4IFVA 1SUQA 2P51A 3C6UA 4NYNA 3SUOA 3THVA 4O4GA 3RWUA 4Z4GA 2ATQA 2IDOA 3M8QA 3M8SA 3V9SA 1CXUA 1EX4A 2OZMA 3L3VA 1XI1A 2HHUA 4DTUA 1BQMA 4B9MA 3DRPA 4E7JA 1RCHA 3OYMA 4B9SA 3V1OA 3QEVA 2F8TA 3F9KA 5C42A 3LPUA 4G1QA 3LZJA 4FLYA 4DTOA 2YKMA 3DLEA 4CIGA 5HROA 4KHWA 3L2VA 3NF7A 2ZE2A 1VSDA 4DSLA 3ULDA 4CJRA 2QK9A 1HMVA 3VQ4A 3HP6A 3K59A 1CZBA 3KD1E 4HCBA 4OJRA 3KD5E 4FCYA 4DTPA 3QO9A 1NOYA 4DFJA 4OGCA 2ZD1A 1RDBA 4LH4A 3KK1A 1F21A 1FKOA 5E41A 3RRHA 4IG0A 2IS3A 3SQ2A 4FJMA 1S1VA 1WAFA 1SKSA 4DF4A 3AO2A 2Z1HA 1WLJA 3AVAA 4FK0A 1HQUA 3NFAA 4I9LA 3SCXA 4E0DA 2EX3A 1NJZA 3I0RA 3MXMA 2A1RA 1MU2A 2HNYA 3CYMA 3ZCMA 4DFPA 3PX4A 1T7PA 1NJWA 2QKKA 2HHXA 5J1EA 3KLFA 4K8XA 1RDCA 1RILA 1RT2A 2DFFA 3ZT2A 2G8VA 3QIOA 4BDZA 2HB5A 1JLFA 4ELVA 2KTQA 1FKPA 3S9HA 2X6SA 1EKEA 4FM1A 1L3TA 3DRSA 3WNGA 3T1AA 3RMAA 1LWFA 1SKWA 3RTVA 2YHBA 4F2RA 1ZBHA 1BCOA 1QSSA 2Z1IA 3U3YA 4DF8A 1RTIA 2FBXA 4ELUA 3RR7A 1D5AA 3SUQA 2RF2A 2FC0A 3NDKA 3PY8A 1HYZA 4O55A 1WSGA 1YT3A 3VQAA 3RRGA 4E7HA 4PY5A 1L3VA 3TAGA 4Z4EA 4EP4A 3O3HA 4YFUA 2XY5A 2VG5A 1LV5A 1WSIA 1IKYA 2W42A 4LD0A 1RT4A 4N76A 4KTQA 4KHUA 3DOLA 3B6PA 4H4MA 4CJ4A 1FXXA 4N56A 4CEDA 1EETA 2YNHA 3OY9A 1C1AA 3DLHA 4DSKA 4KI4A 3LWLA 2G8FA 3D0PA 4KFBA 5KGXA 1HQEA 2HHSA 4CFAA 3PX0A 4TSXA 1UA1A 4IKFA 4FJNA 2XHBA 3V1RA 1LAWA 1X9WA 4C8OA 4DSJA 5EU7A 1W9HA 4I9QA 1KTQA 4Y1CA 2BANA 2QKBA 3SQ1A 3K5MA 1EP4A 1ASUA 4AILC 3DMJA 1Q9YA 3LP1A 4CF0A 4GVMA 3TARA 4W5NA 1C0UA 2ZQBA 4M3RA 4CEEA 4CJ5A 2GBZA 3TABA 4PA1A 1NK4A 1VSLA 3V1QA 4E89A 1U48A 3AVKA 4ZHRA 1RTJA 4MQ3A 2FBVA 4QAGA 4CJLA 2PYLA 4JRPA 3AO3A 3OYBA 4FJLA 4M3UA 3PO4A 1L5UA 3D45A 3QETA 3TAPA 3V81A 3KTQA 2OYQA 4CJ3A 4CFBA 4M3WA 3AVIA 4H8KA 4CGGA 1LAVA 3LAKA 4LY7A 1B9FA 4FW1A 3C6TA 1LW0A 5I42A 3MXJA 1TK0A 3DOKA 3KKRA 3NF9A 1RBUA 2D5RA 3HYFA 4O0JA 3OJSA 3KK2A 3HM9A 3RMCA 4L8RB 5FRMA 4HUFA 3RMDA 3NF6A 3DYAA 4Z4FA 5KTQA 3WNEA 5T7BA 3K5OA 1S1TA 3AO1A 4O44A 4XIUA 4OPJA 3V4IA 1RBSA 4BWJA 3AVFA 4FW2A 1U45A 4K8ZA 4M3YA 3NH1A 4B9UA 3NGYA 3VQ7A 4AHCA 4DTSA 4M3XA 4M3TA 1U4BA 2A1SA 4JRQA 3KIOA 4PUOA 1A5XA 3EZ5A 3SZ2A 1JLBA 2Y1IA 4ELTA 2G8KA 4KHQA 3AV9A 3P83D 1SL0A 2HNZA 2D0BA 1D9FA 1HRHA 3HL8A 4E1NA 3LWMA 4FLZA 1TK5A 2G8IA 3M8RA 4AHTA 3AVMA 4DSFA 4JS5A 2OZSA 3ZSYA 4FJJA 4DQPA 3TANA 3PV8A 5CY4A 4F3TA 4LH5A 2YNGA 3K57A 4RW4A 3QNNA 3HP9A 3AVJA 3DRRA 3QERA 1WSEA 4CIEA 4E3SA 1FK9A 1BI4A 4DTMA 3TAFA 3SUPA 2XY8A 4E19A 1RBVA 3TI0A 2KW4A 1TVRA 1Z26A 3PX6A 5JS1A 4W5OA 1DTQA 1I39A 4DSIA 1YTUA 4PWDA 4CERA 4JS4A 2OA8A 3DLBA 1NKCA 3OYNA 4FK4A 1RNHA 3AVNA 4OKEA 3AVHA 3VQ9A 3ISNC 1T03A 1TKTA 3OS2A 4DQIA 2VG6A 1Y97A 2B5JA 4ZTJA 1BGXT 1TKDA 4IBNA 4FLXA 4CIFA 2YHAA 1GOAA 3V6DA 3H08A 1VK0A 3MEGA 3K2PA 4Q0BA 3SJJA 3VQ5A 3QIPA 3QESA 1ZBLA 4EZ6A 4ZTFA 1HNIA 1NKEA 1D8YA 4KB0A 4NCGA 1HNVA 1KLMA 4CECA 1C0MA 1VSJA 2YKNA 1JLGA 2IOCA 3RMBA 1HYSA 3OYLA 3T19A 4DFKA 4H4OA 3KLGA 1JKHA 2FBYA 5DK5A 1TL1A 3NF8A 4CJPA 4DU3A 1ASWA 4QOZB 3OYGA 4I7FA 4M45A 3WNFA 2XY6A 3V9XA 2OPQA 3MEEA 4CJTA 1KFDA 3PUFA 4CHZA 3ASMA 4HVJA 5C25A 4KPYA 1C6VA 1VSMA 3VQPA 5FROA 5SZTA 4BDYA 1N6QA 3SQ0A 1NK5A 4DMNA 1DTTA 4B9NA 1S1UA 2ETJA 1T05A 2HVIA 1G15A 1JL1A 5CZ2A 1Z25A 1WSHA 4DLGA 1S9EA 1XHZA 3ZT1A 4BDPA 1NK6A 1RDAA 2ITGA 3BGRA 4WE1A 2B4JA 1S5JA 2DTUA 2G8WA 1VSFA 3OYAA 4FLWA 1JXEA 1B92A 4DTNA 3P5JA 3HJFA 3AA5X 4R5PA 1DLOA 2XO7A 2FBTA 4N47A 2DY4A 1IKXA 1CLQA 4HCCA 3KKSA 1LWCA 2HNDA 4DTJA 2D0AA 1ZBUA 4CFCA 4KKOA 4DG1A 3HXMA 3ZSRA 3VA0A 3VQCA 4DFMA 3HPOA 3QEIA 3HPGA 4RW9A 3JYTA 3V9UA 3SV3A 3HVRA 4GW6A 2PZSA 1RT5A 3NGIA 4FZXC 4CJVA 1BI4B 1JLAA 4J2DA 1WN7A 3ZT3A 3KLIA 2XY7A 4CESA 1KSPA 3DI6A 4Z0UA 4DWIA 4FJ5A 4NYFA 1QTMA 4KRFA 3C94A 1SV5A 1C1BA 3DLRA 5D3GA 3HK2A 4KREA 2KFNA 4BWMA 4EZ9A 4CGHA 2RPIA 3SPZA 3AVLA 5DMRA 1QHTA 2BE2A 4DQQA 1KRPA 1W0HA 4UQGA 3VA3A 2HVHA 1RTDA 4MFBA 4OVLA 4NCAA 3QLHA 4B3OA 5CYMA 4KO0A 2NUBA 3JSMA 1JLQA 4CHNA 1S9GA 3VQ8A 1HJRA 2VWKA 2Y1JA 2PYJA 4FXDA 5HRPA 4DSEA 1TL3A 4CEAA 4CEFA 2O4IA 2LSNA 1HPZA 2E6MA 4M41A 3F73A 5J2MA 1U49A 4BE0A 3KLHA 1QSYA 1NJYA 1CZ9A 2VWJA 3QNOA 1RT7A 2EHGA 4RG8A 2Z1JA 4CJSA 1JXBA 4B9VA 1N5YA 3O3FA 3WNHA 4FYDA 1U04A 4N5SA 2KFZA 1NOZA 1S6QA 2BDPA 1S6PA 1ZBFA 2GV9A 4CHYA 3AO5A 4CEOA 4CHPA 1GOBA 3U6FA 1SL2A 3QEXA 3L2RA 3ZSQA 2X74A 4FJ9A 4CF1A 4KHNA 3SQ4A 3LP2A 3ZSZA 4DTXA 3OYDA 4GMJB 1BIUA 1Q8IA 2F8SA 3L2WA 4DU4A 1UA0A 5KI6A 4FJKA 4CGIA 5KGWA 4CJUA 3VQ6A 3HSTB 1B9DA 5J2PA 1J54A 1O1WA 3ALYA 1WSFA 1L3SA 3TWHA 4HUEA 4CGFA 3ZSOA 3L3UA 2JGUA 3I8DA 4FLTA 4NCBA 4RW6A 4E7LA 3L2QA 1NK7A 3QEWA 4B8CA 3IG1A 4FM2A 3K5LA 1K6YA 4DS5A 5I3UA 3MAQA 4RW7A 3KLEA 4HTUA 4DTRA 1X1PA 4N41A 3DM2A 4CJKA 1KVAA 3P1GA 4BE2A 2E4LA 4IG3A 1RT6A 3M8PA 4CF9A 1VSEA 1BQNA 1LWEA 4DQRA 3NHGA 2G8UA 3ZT4A 4B9TA 3RR8A 2Z1GA 3IS9A 4CEZA 4LSLA 1LW2A 4CK2A 2F96A 1X9SA 5HP1A 1RBRA 4C8LA 3KK3A 4KHYA 4F2SA 1UAXA 3L8BA 3AA2A 1KVBA 3VQBA 2PY5A 4OGEA 5K14A 4CJEA 4DS4A 4C8MA 4FJHA 1SL1A 4KTZA 4CF2A 4F4KA 1NK9A 4FJXA 3G0ZA 3CFRA 1QE1A 3EYZA 4KAZA 5J2NA 3CG7A 3LANA 1ZYQA 3PO5A 1TGOA 4O5BA 3OYIA 1BISA 4FJGA 2HHTA 1BHLA 2HW3A 4ID1A 4CK3A 2OPRA 3VQQA 3ITHA 4CJWA 4OLBA 4Q5VA 4FLVA 4CGDA 5SWMA 1QQCA 1C1CA 1YVUA 5JS2A 4AH9A 3QEPA 3LZIA 5FRNA 2HHWA 4FLUA 4Y1DA 4IFYA 3S3NA 3BDPA 1QSLA 4AHRA 1TV6A 3OVNA 4I2PA 1D9DA 1A5WA 4EP5A 3KJVA 2WOMA 4B8AB 3SV4A 4E1MA 1VRTA 4HHTA 2RN2A 4DU1A 3DLKA 3SUNA 3K58A 2G8HA 2X6NA 4J2EA 1RBTA 1WAJA 1X9MA 4QCLA 4C8KA 4J2AA 1VSKA 2HHQA 3OS1A 4FVMA 3HT3A 3QINA 4CEBA 4FZZA 1XHXA 3OYFA 3OYHA 2WONA 2JLEA 3AA4A 1JLCA 4CJQA 4B08A 5HRNA 3B6OA 1ITGA 5HRRA 5J2QA 3CM6A 3AVGA 4C8NA 1RT3A 4OPKA 4CHQA 1NK0A 2R7YA 3ZSXA 1R0AA 2YNIA 1IKVA 4IDKA 3TAEA 1RT1A 3ZSVA 3O4QA 4CJFA 2DFEA 1BCMA 3AVCA 3EY1A 4CGJA 1UWBA 2VG7A 4F3OA 2D0CA 3VQDA 3LDSA 1VSIA 4DLEA 1SKRA 4AHUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1O13A 3MXIA 2YNFA 3CF5L 1JL2A 4IO8A 2P5OA 2QXFA 4XH4A 1SAZA 2GUIA 5HBMA 1IKWA 3CM5A 1HKCA 3MECA 1NGGA 3AARA 4BRHA 3IAYA 2X78A 5IT9O 3P39A 4CBUA 2HHVA 3SI6A 3OS0A 4PL7A 3ATVA 1GOCA 3KVGA 1VRUA 1CXQA 2IAJA 1T8EA 2RKIA 5GAEP 1N33K 1BA0A 3LDLA 2P9SA 4CEQA 1YXQA 3AA3A 4U7BA 1KVCA 3FFIA 5GAHP 4BE1A 2YJFA 2VGMA 4B9LA 1HLUA 2QWNA 4OLAA 1LOTB 3L6QA 1P8ZA 1TAQA 3ZX2A 1BOTO 4Z4CA 2YV0X 2O8FA 3VEZA 1K9MO 3VEYA 4ICLA 4RTFD 4PQUA 4A5BA 1WSJA 1QQOA 2NRVA 4FJ8A 4OKJA 2IC3A 1NLVA 5CZ1A 3T3FA 1TKZA 4JN4A 3SYZA 1TKXA 4KB1A 4FXDA 4J2BA 4FK2A 4X64K 2O4GA 4YOXA 2W40A 3VEXA 5HL7L 1S1WA 2IGIA 3R9PA 1TAUA 2O8EB 5E26A 3ZT0A 3CFOA 5TKWA 2P9NB 4ID5A 4JI3K 3V9ZA 1NGBA 3NH0A 4AHSA 2YHXA 2UU9K 3NH2A 1K8AO 4CVNE 4B1YB 4NYNA 4K42A 2WC9A 3FZHA 2ATQA 3M8SA 1CXUA 3L3VA 4MLHA 3DRPA 3EE8A 3OYMA 3QEVA 1NMDA 3J8AA 4G1QA 1U6ZA 3VERA 3DLEA 2W41A 4BR5A 3ULDA 3KZBA 4F9OA 5CR4A 5KPTA 1CZBA 3KD1E 4FCYA 3QO9A 4CZIA 3CCSN 4OGCA 3KK1A 5H1SQ 1S1VA 1FJGK 1WLJA 5ADXH 3NFAA 3C0BA 2A1RA 4DFPA 2HNYA 3CJ7A 3P31A 4IO9L 3PX4A 2HHXA 2E8AA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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