1EXQA

Crystal structure of the hiv-1 integrase catalytic core domain
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
154
structure length
147
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEDGIPYVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the HIV-1 integrase catalytic core and C-terminal domains: a model for viral DNA binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL POLYPROTEIN
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 44
structure length 147
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-05-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1exqA00
3EYZA 4O0IA 1X9SA 4CFCA 1BGXT 3BDPA 1BIZA 4Q5VA 3RR7A 4EP4A 2YV0X 4CK2A 4KFBA 3TAEA 4CHYA 1D5AA 1RT4A 1J9AA 2KW4A 3RMDA 3QEVA 2ZQBA 1CXQA 3DLGA 3K2PA 4B8CA 4M3YA 3HVRA 3VQ5A 3DRPA 4DQRA 2E6LA 3QERA 4Z0UA 3SQ2A 2JLEA 4UQGA 4KAZA 1KFDA 3IS9A 4CF0A 2A1RA 4B9SA 2X6SA 1JXEA 1DTTA 1C1BA 4E19A 2X74A 4NCBA 1TK0A 3V6DA 4KTZA 5KRSA 4FLUA 1C6VA 5J2MA 3QEIA 1F21A 4Z4HA 3MAQA 5SZTA 3DLHA 4CJLA 3M8RA 1S1XA 1UAXA 2YHBA 5KGXA 2BGGA 3KD5E 1LAVA 3AV9A 4GVMA 3K58A 2X78A 2JGUA 3L3UA 4CGIA 1S1VA 2VG5A 4W5QA 3OYMA 3LWLA 4DU4A 4DTSA 3MXMA 4CJTA 4J2DA 4FJKA 3HJFA 1U45A 5FROA 2OZSA 1RTIA 4Z4FA 1L3UA 3M8QA 1YTAA 2ATQA 2LSNA 3KLIA 5J2PA 4C8LA 1BIUA 4KI4A 1KVBA 3ZSVA 2G8FA 4ELVA 1ASUA 4B9LA 1NK7A 3NGZA 4BDZA 4DS4A 3TAGA 4MQ3A 1HRHA 4IBNA 4OVLA 2O4IA 3NE6A 4BWMA 3NHGA 1RCHA 2R7YA 4E1NA 4O0JA 3SZ2A 4F2SA 3AVAA 3QEPA 3OYDA 4F3OA 4DTUA 3ZSYA 1KRPA 2HNDA 4DSFA 4CJUA 1HNVA 4FLWA 2IOCA 4FM0A 2B5JA 3CFOA 3F9KA 3VQEA 3LPUA 5CY4A 4DTRA 4KHQA 1U4BA 2Q3SA 1Q9YA 1HJRA 4CJVA 1U47A 4OPJA 1IKVA 3AO5A 4KPYA 3V9UA 2I5JA 4BACA 3DRRA 3OJUA 4EZ6A 1YTUA 1CZBA 1LW0A 4YFUA 3SPYA 2O4GA 2Z1IA 1BCOA 4CGHA 4FLXA 2G8IA 2Y1JA 4CEOA 3OS0A 4KI6A 4CE9A 1T03A 1EP4A 1VSEA 4FJ8A 5HRNA 2XY8A 4QAGA 1RDCA 2P1JA 4H4OA 4B9VA 3KK1A 1HYZA 2HVIA 3T1AA 3ZSRA 3ZSOA 4DSKA 4H8KA 4CJFA 4CECA 4CGJA 4C8MA 3LZIA 3CM5A 3ZT0A 4CJ4A 1X9WA 1X9MA 4DWIA 3KK2A 3TAFA 3AVFA 3HXMA 5HRPA 3LWMA 3RR8A 2F8TA 1TAUA 2KQ2A 4OPKA 2QK9A 2HHWA 4FLVA 4F2RA 3VQAA 1NK6A 4FW2A 1CXUA 5FDLA 2G8UA 4B3OA 4DF4A 2B4JA 4LH4A 4F3TA 1IKYA 4NCGA 4KHWA 4CHZA 3VQ7A 3F73A 1HYSA 5KGWA 1U04A 4CERA 1R0AA 3HPOA 3S3OA 1RBRA 3VN5A 1D8YA 5EU7A 3OY9A 3QIPA 3MECA 4E7LA 1WAFA 2FBVA 4RW6A 3OVNA 2XRIA 4HHTA 4DLGA 4FJJA 3KLEA 2A1SA 1S9EA 1RT6A 3DOLA 2ZE2A 1S5JA 2F96A 4N5SA 4FK2A 1RDBA 1I39A 1BCMA 3ZSQA 3AVBA 1WSJA 2HHTA 3I8DA 1TKDA 1Y97A 1RILA 1WSGA 2HNYA 3PO5A 3S3MA 1WAJA 1QSLA 3B6PA 3AVMA 4CF1A 5J2NA 4FZYA 4AHUA 2HW3A 1JLCA 1ZBUA 4IG3A 3K5LA 4KTQA 3QLHA 4E89A 3DLBA 4OKKA 1T05A 4FJMA 2KFNA 4J2BA 4I7FA 4HUEA 3SUPA 3TARA 3L2WA 3K57A 3TI0A 3WNEA 3S3NA 3PUFA 3EZ5A 3PX4A 2OPPA 1TK5A 4DQPA 2YHAA 1WSHA 3SNNA 3OYEA 4E1MA 1QQCA 4CGFA 3AVIA 2OPQA 1FXXA 4IFYA 5T7BA 4W5OA 1XHZA 3LP2A 2D0CA 1FKPA 4N41A 2KTQA 3OYJA 5C42A 3HO1A 3QETA 2EX3A 1JLEA 1Z25A 1TL3A 3ASMA 4LH5A 3VQBA 4HVJA 4CJKA 3OJSA 1O1WA 3AVKA 2DFFA 1UA0A 4F4KA 4FLTA 3C95A 4NYFA 2HHSA 3SUNA 3SQ1A 4CJWA 4DTMA 4DTOA 3SUOA 3EY1A 3VQ6A 2Y1IA 1VRTA 3NF6A 2RN2A 1G15A 2HB5A 1RBUA 4FLZA 2IS3A 1UOCA 3KKSA 4CJEA 3KLHA 1UA1A 4FZZA 1ZBFA 4CHQA 4DMNA 3K59A 3DM2A 1NK0A 1KSPA 4AH9A 5I3UA 3T19A 4Y1CA 3RMCA 3D45A 1ZBHA 3KTQA 3V4IA 2WONA 3VQPA 1LV5A 4DS5A 1ZBIA 3AA5X 5JS2A 1S6PA 3K5NA 4IKFA 3A2FA 1TK8A 2QKBA 1CLQA 1W0HA 3AO4A 5DK5A 1KCFA 3L3VA 1NK4A 4HCBA 4QCLA 3OYFA 2XHBA 2E6MA 3NCIA 4JS4A 3OS2A 1NOYA 4Q0BA 3OYIA 1NKCA 2DFHA 2WOMA 3QEXA 4AHVA 1SL1A 1D9DA 1DLOA 4C8KA 4DFMA 3CQ8A 3PX6A 1ASWA 4DQSA 4FJHA 5HRRA 3L8BA 1NK5A 2KZMA 1JLAA 3VQQA 3AO3A 4PQUA 3AVJA 4BE0A 1J54A 3M8SA 3MEDA 1KFSA 3AVGA 2PZSA 4QOZB 3AA3A 4CJPA 3V9SA 4DTPA 4B9TA 1CZ9A 4M41A 4KTWA 4CEDA 1TV6A 3NGYA 3NBPA 4NCAA 4CJSA 1RT3A 4O55A 3QNNA 1ITGA 1RT1A 3M8PA 1B9FA 1GOCA 3DI6A 3O3FA 3PX0A 1NJYA 4MFBA 1VSFA 4LD0A 1KTQA 3DOKA 3G10A 1NOZA 3RMBA 1IKWA 3V9XA 2XY5A 1TKZA 3OYKA 4BDYA 3DRSA 4ZHRA 3K5OA 4CIGA 4HUFA 3QEWA 1NK9A 4M3XA 4AILC 1A5VA 4E7IA 1BQNA 3DLEA 1WSEA 4FJGA 2OA8A 3AVHA 2IC3A 1VSIA 1T7PA 1TKTA 3H08A 4GMJB 4BWJA 3SYZA 3ZSXA 4CJ5A 2HHXA 4KKOA 1VSLA 2X6NA 3AVCA 3FFIA 1KLNA 1Q8IA 3CYMA 4Z4IA 4W5NA 3U6FA 5J1EA 4C8OA 1RBSA 1LWFA 2VG7A 3SQ0A 1VSKA 3V1OA 4ZTFA 3ITHA 1EKEA 4RG8A 3JYTA 1VK0A 4CEZA 2P5OA 4CIFA 1TGOA 2DFEA 3AO1A 1L3VA 3WNFA 4E7HA 1QSSA 2QKKA 3LP0A 1C1AA 4EZ9A 1HYVA 3V1RA 1S1WA 3TWHA 4Y1DA 3DLKA 3KLFA 3KIOA 3CFRA 3AVLA 2BE2A 1QHTA 4HUGA 1WSFA 4CK3A 5SWMA 3RRGA 3I0RA 4DG1A 3OS1A 1N5YA 3QIOA 4M45A 4ELTA 2HVHA 1LWEA 4DSIA 1HNIA 3RMAA 3QO9A 3HP6A 3TAQA 3NF8A 1XHXA 3AA4A 4DSEA 2E4LA 1B9DA 3NF9A 3TANA 4CCHA 3AA2A 3HYFA 3ZT3A 1EX4A 1NK8A 2W42A 4CFDA 4B9MA 2D5RA 1RTDA 4OKEA 3NH0A 4KHYA 1ZBLA 4FJIA 2FBTA 4OJRA 2XY7A 4BE1A 3WNGA 5C24A 1NJWA 4KRFA 4E7KA 4M42A 2F8SA 5KTQA 1QSYA 2G8HA 3ZT4A 1JXBA 2G8WA 4I9LA 2NUBA 3UIQA 1TVRA 4M3WA 1B92A 4G1QA 3VA3A 1RDAA 4C8NA 5HRSA 5E41A 4CEFA 3OYCA 1RNHA 3VQ4A 1C0UA 4KV8A 2G8VA 4CEBA 2HHVA 1K6YA 1A5WA 5C25A 3SCXA 4XIUA 3LDSA 2ZD1A 2YNFA 1D9FA 4OLBA 2YNIA 1TAQA 4ICLA 5HBMA 3HM9A 2Z1GA 2DTUA 4LSLA 2PYLA 3IRXA 4CJRA 2PYJA 1ASVA 2HMIA 3G0ZA 1KLMA 2BDPA 3HSTB 3ZSWA 4AHTA 4N47A 1VSJA 4ID5A 1GOAA 4OGEA 1BISA 2IGIA 4W5RA 1LAWA 3B6OA 4CJ3A 4AHSA 3D0PA 3S9HA 5CYMA 5HROA 4FJ7A 4FJXA 1TKXA 3V9ZA 2ITGA 1SUQA 2D0AA 4EP5A 3TAPA 1NKEA 1BI4B 3P5JA 2YNGA 3NFAA 1IO2A 1QS4A 1YT3A 4DU1A 2IDOA 3TABA 1JLBA 4RW9A 4J2EA 3P1GA 1ZYQA 4DQIA 4ID1A 4CFBA 3NH2A 3VQ9A 3KLGA 1VRUA 1XI1A 2VWKA 1LW2A 2OPRA 4O5BA 4CEAA 1W9HA 4DU3A 4I2PA 1U48A 3C6UA 1HPZA 4ZTJA 2KZZA 3NDKA 4M3ZA 4DTXA 4DFJA 3V9WA 2XY6A 2DY4A 2RPIA 3C6TA 3NH1A 4PY5A 2D0BA 2GBZA 3JSMA 1JL2A 4PA1A 1WNSA 1NJZA 3BGRA 1XC9A 3KD1E 4KHNA 3U3YA 3O4NA 3L2RA 1J5OA 3DYAA 1RT7A 5I42A 1JKHA 3QNOA 4ELUA 2FBYA 2GV9A 4Z4EA 3HP9A 4B8AB 4J2AA 4M3RA 3MEGA 3AVNA 3MEEA 1IKXA 1A5XA 4E7JA 3PV8A 2P5GA 4GW6A 4PWDA 2Z1HA 3RRHA 1RDDA 3MXIA 1SL0A 1L3SA 3LP3A 3OYLA 4LY7A 4DSLA 2HNZA 5JS1A 4I2QA 4IFVA 3ALYA 4I9QA 4DSJA 2YKNA 1C0TA 4BE2A 4JRPA 2QXFA 3AO2A 2OZMA 3ULDA 3TAMA 5FRNA 1TL1A 4CF9A 4FXDA 4F8RA 3SQ4A 3C94A 4CEQA 4CGDA 2PY5A 4KREA 2VWJA 4R5PA 5FRMA 3KKRA 4FVMA 4JS5A 3LAMA 1IG9A 3I0SA 2P51A 1S1UA 3RWUA 1BI4A 1Z26A 1S1TA 4DTJA 1BL3A 3PY8A 4FJ9A 2Z1JA 5DMRA 1VSDA 1QTMA 4KHSA 1Q9XA 4B9UA 3LALA 3K5MA 4HTUA 4K8XA 2RKIA 3CM6A 3VQDA 1HQUA 5HLFA 3DMJA 5CZ1A 3OYBA 1C1CA 1RTJA 3HPHA 4DQQA 1RT2A 3DLRA 3WNHA 5D3GA 4OKJA 2EHGA 3U3GA 4IDKA 3ZT1A 3V1QA 4FW1A 1SKRA 1VSMA 4OGCA 4M3UA 1XWLA 1NKBA 4BDPA 3LP1A 1KVAA 3NF7A 3O4QA 4O4GA 1EETA 4RW8A 3SUQA 3KJVA 4CIEA 3HK2A 1J53A 4Z4CA 1SL2A 4OLAA 3HVTA 3MXJA 4CGGA 5CZ2A 4FJNA 4WE1A 1REVA 4CF8A 3TR8A 4CK1A 4N76A 3ZCMA 4DTNA 4K8ZA 1GOBA 1BHLA 4AHCA 3SV4A 4RW7A 3LPTA 3P83D 4E0DA 4FJLA 2G8KA 2HHUA 2HHQA 1T8EA 5KI6A 5HP1A 4E3SA 2AJQA 1EXQA 4O44A 2RF2A 3ZT2A 3HPGA 4CJQA 1U49A 4FCYA 4IG0A 4NYNA 3L2QA 4KHUA 3T3FA 4FK4A 3KK3A 1KVCA 2B6AA 1QE1A 4JLHA 3O3GA 3RTVA 4YNQA 4AHRA 4H4MA 3VA0A 2ETJA 4DF8A 3E01A 3L2VA 1LWCA 2XO7A 3O3HA 1I3AA 3IG1A 3NAEA 2OPSA 4DLEA 4FZXC 1JLQA 1MU2A 1RBTA 3ISNC 3NGIA 4JRQA 3OYHA 4KO0A 2VG6A 1RBVA 1WLJA 1WN7A 4CESA 2IAJA 1JL1A 1SKSA 3PO4A 1IH7A 3THVA 1N6QA 3V81A 5K14A 1HMVA 1L3TA 2OYQA 1RT5A 1UWBA 1SV5A 3L2UA 2FBXA 4B9NA 1L5UA 4DFPA 4DFKA 4FK0A 3LAKA 3LZJA 4KB1A 1HQEA 2YNHA 1JLGA 4CHPA 4B08A 3OYNA 4PUOA 1YVUA 4TSXA 3HT3A 4RW4A 4N56A 4HCCA 3QINA 3IAYA 4FLYA 1S6QA 1DTQA 2BANA 3ZSZA 1S9GA 4FM1A 3SI6A 1SKWA 1NJXA 3CG7A 4CHNA 1C0MA 2YKMA 2FC0A 4CF2A 3SV3A 3SPZA 4L8RB 4KB0A 1FKOA 3QESA 4FM2A 4CFAA 2KFZA 1FK9A 5J2QA 1BQMA 4CHOA 4W5TA 3OYAA 1RTHA 3VQCA 1WSIA 3LANA 4M3TA 2GUIA 3CFPA 3VQ8A 4LSNA 5CYQA 5KRTA 3OYGA 3SJJA 4Z4GA 4FJ5A 4FYDA 3HL8A 4CEEA 1X1PA 1VSHA 1JLFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CCRN 4CFCA 3BDPA 2HBJA 4Q5VA 2YV0X 1IV0A 2KW4A 3ZEUA 4BC4A 3QEVA 2NRVA 1XNRK 5LJVA 4B8CA 3QFUA 3SQ2A 4KAZA 3IS9A 4IEEA 1OVYA 2X74A 4NCBA 2IVNA 1HUXA 4KTZA 3OHRA 3DLHA 4A2AA 2H3GX 3CQXA 4DR5K 2Q36A 4DCHA 3AV9A 3A5OC 4CGIA 3A5LC 3CCMN 1S1VA 4W5QA 3MXMA 4CJTA 1RTIA 4Z4FA 1WBBA 3ZSVA 4M7XA 3NGZA 3THWA 4A61A 4DS4A 2O8CA 2NRWA 4OVLA 4HWIA 4BWMA 3NHGA 1RCHA 3SZ2A 4JHDB 4O0JA 2F4VK 2YHWA 4UY8O 4K41A 3UKUB 4CJUA 4FLWA 5EY4A 3O4WA 4FM0A 3CFOA 3VQEA 4DTRA 2UXCK 4IO8A 1U4BA 3OW2M 4CJVA 5LJWA 2KKZA 3AO5A 4KPYA 3V9UA 3DRRA 1Q7YO 2VGNA 3CPEA 3P38A 2Z1IA 1J6ZA 4J8FA 4CGHA 4FLXA 4JI0K 1C0FA 3SJHA 4KI6A 1VSEA 2O8BB 2ZJRL 5HRNA 4QAGA 2P1JA 4JKAA 2HVIA 2QTDA 3T1AA 3ZSOA 4CJFA 1T6DA 4CGJA 4H5VA 5IWAK 4CJ4A 4K0KK 3CCVN 3TAFA 1TUYA 3AVFA 5AFUA 5KQ8A 2WBNA 4FW2A 2QWLA 1ATNA 3QICA 3F73A 1YJNN 4CERA 3OY9A 2FBVA 4HHTA 3WXKA 2A1SA 1S9EA 1ZBSA 2F9WA 1I39A 3ZSQA 4DV6K 3I8DA 3ZYYX 1ESVA 1RILA 1WSGA 2HNYA 2VYPA 3R8EA 3WXMB 5F2RA 3PO5A 4B1YB 4BRCA 1QSLA 4EAHD 4DB3A 4CF1A 1WB9A 3WUHA 3JAMO 4FZYA 4AHUA 1JLCA 3QLHA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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