1EXQA

Crystal structure of the hiv-1 integrase catalytic core domain
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
154
structure length
147
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEDGIPYVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the HIV-1 integrase catalytic core and C-terminal domains: a model for viral DNA binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL POLYPROTEIN
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 44
structure length 147
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-05-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1exqA00
4DG1A 3NFAA 1IKXA 5CZ2A 2X6NA 1VSLA 4CEEA 3SPYA 3OS1A 1U4BA 4NCAA 3HO1A 1HYVA 2OPQA 3RWUA 1EXQA 3HT3A 1CXUA 2YHBA 1BHLA 4B9UA 3TAQA 1BI4A 5C25A 1LV5A 2PZSA 1Q8IA 3AVHA 1XWLA 3AVIA 3TARA 3PO4A 1I3AA 2A1SA 1EX4A 1TL3A 4CJWA 1HMVA 5JS1A 5KI6A 2HHUA 1FKPA 1C1BA 1RTJA 3MEEA 4CJVA 1ZBLA 4FJLA 3D45A 1WN7A 1A5XA 4B9MA 1BGXT 1VSEA 4CIFA 4IFYA 3QETA 4FJ8A 1U48A 4EP4A 3OJUA 3QERA 3AVGA 4KHUA 1UA1A 3NH0A 4AHSA 1GOCA 3HP9A 3SUNA 3KK3A 1NJWA 4JS4A 5CZ1A 3NAEA 1BCOA 1QS4A 2F96A 3CM5A 1C0TA 2VG6A 4O55A 5HP1A 1J54A 3HK2A 1CXQA 1TKDA 4C8KA 4LY7A 4LH5A 3TWHA 1T8EA 4IKFA 2E6LA 3CQ8A 3K5OA 2D5RA 3DLGA 3RTVA 4GMJB 3VA0A 3OYJA 2XHBA 5J2QA 3SQ0A 1TVRA 1ZYQA 3KTQA 2WONA 3DLRA 4RW8A 4CEAA 1VRTA 3K5MA 3PV8A 1NKCA 1CZBA 2KW4A 3VQDA 4BACA 1TGOA 3SZ2A 2P51A 4ID1A 1SL1A 4HTUA 4B9LA 4E7HA 3HPGA 3MECA 3VQPA 4FJ9A 2KZZA 1YVUA 3K58A 1TK0A 3VQ4A 2YKMA 3HP6A 1NK4A 3KK2A 4CJ3A 3EZ5A 4DF8A 3KKSA 4FW1A 1BCMA 3OYHA 4M3ZA 2DTUA 1ITGA 4FM0A 2HW3A 2FBYA 3V81A 3RMCA 4OKEA 5T7BA 3ULDA 1WSGA 3VQEA 1RBRA 3U3YA 3OYCA 3AA2A 3SUPA 5SZTA 5HROA 4DTNA 1IH7A 2KTQA 2OPRA 4DLEA 3S3OA 1KSPA 4CGGA 4CCHA 1VSFA 1TK5A 4FYDA 4Q0BA 1B92A 3TAEA 1YT3A 4KHQA 1JXBA 1RT4A 3I0RA 4GW6A 4KV8A 3DRSA 2DFEA 3CFOA 4E1MA 1ASVA 3ZT3A 4M45A 3LZIA 4Z4EA 1VRUA 5DMRA 3L8BA 4CK1A 3OYNA 3LZJA 1RTDA 3NDKA 3AO3A 5I3UA 4TSXA 4KAZA 4W5OA 3VQ9A 1HQEA 3RRHA 3ZSVA 2KZMA 1Q9YA 1DLOA 3HL8A 4CHYA 3L2UA 1GOBA 2EX3A 4DSLA 1FK9A 3DLEA 4OLBA 1WAJA 3IS9A 4DTSA 4E19A 3T3FA 1JLFA 4CJQA 4CHPA 4CF9A 1S1XA 1XI1A 2RKIA 3AVFA 3NHGA 4Y1DA 4Y1CA 2P1JA 3NF9A 4DTRA 3PX4A 1EP4A 3C6TA 1HNIA 5CYMA 4Z4IA 3HSTB 2D0BA 4ZTJA 1D9FA 2HHVA 2BANA 3OS2A 4W5NA 3E01A 3QIOA 5CYQA 2BGGA 1IKYA 1G15A 2HHQA 3HJFA 2HHTA 2GUIA 4ZHRA 3NF6A 4Z4HA 3TANA 2OYQA 4DU4A 1KCFA 3MXJA 1NK8A 4J2AA 2ZD1A 3HPOA 3NF8A 4N41A 3LWMA 5SWMA 4DU1A 3AVKA 3B6PA 1JLBA 3G10A 4KHWA 3LP0A 4KHSA 1ZBIA 4DFJA 3ITHA 1R0AA 3NE6A 1TK8A 3AVLA 4IG3A 1D5AA 1T03A 1TAUA 1KLNA 1RDCA 4OJRA 4FLXA 1RTIA 4CJUA 4DQRA 1RTHA 1U45A 4E3SA 2B4JA 1HPZA 3KK1A 1Y97A 2HVHA 3VQ5A 3QEPA 2HHWA 2GBZA 4BDYA 1T7PA 3K5LA 3TAMA 4BE2A 4CK2A 2RF2A 5HRNA 3RMDA 1RILA 4O5BA 3OJSA 1W9HA 1FXXA 3RMBA 4CHQA 3NGIA 1U04A 3ISNC 1TKXA 1RT6A 1J5OA 1L5UA 3V9UA 4K8XA 3VQ7A 3HVRA 4HHTA 2Y1IA 3K59A 2HMIA 4FJNA 1NK0A 3QLHA 4MQ3A 4BWJA 1S6PA 1S9EA 4CJKA 4L8RB 2RPIA 3SCXA 4OGEA 1J53A 1A5WA 3ASMA 4CERA 1UAXA 1BIUA 1X9MA 4F2SA 4KTQA 1JLGA 4LSLA 1QE1A 4DQSA 2HHSA 1F21A 2ATQA 1L3VA 3L3VA 1GOAA 4GVMA 4E7KA 1JL2A 2YV0X 3BGRA 2ITGA 4J2BA 1K6YA 4CJTA 4NCBA 4OPJA 1TAQA 1HYZA 2WOMA 2IAJA 1NK5A 3LWLA 1LWEA 1S1TA 2YKNA 2Z1JA 2OA8A 2OZSA 4DTPA 1LWFA 1VSIA 3OYLA 4CF2A 4OLAA 2NUBA 3M8PA 1N5YA 4ELUA 1X1PA 1REVA 3DM2A 4AHCA 4YFUA 4E7IA 3PO5A 4OVLA 2QKBA 4AHUA 1LW0A 4LH4A 4KTZA 1RDDA 3RR8A 1C1CA 3KD5E 4FVMA 4M3XA 1JLQA 3NCIA 3L3UA 5KRTA 2BE2A 4F3OA 4RW6A 3WNGA 4FLZA 4JRPA 4QOZB 3S9HA 4FZZA 4FM2A 2IS3A 3WNHA 2HHXA 4CEZA 3AV9A 1C0MA 3CYMA 4CF0A 3V6DA 4FJHA 3ZT4A 1RT1A 1CZ9A 4HUFA 3AA4A 1SKWA 3MAQA 1RBUA 4F3TA 1XC9A 4FLTA 4FJXA 1S1UA 1HQUA 1WSHA 3AO4A 3AVMA 4CFAA 1NK9A 2KQ2A 4DSIA 3RRGA 3HVTA 2DFHA 3SUQA 1WSEA 2JGUA 4B8CA 4CIGA 4B08A 4CHZA 1W0HA 4CFBA 5K14A 1IKVA 4MFBA 2XY6A 2QXFA 4E89A 4Z4FA 1JLAA 4Q5VA 3C95A 4FK0A 2VG5A 1QHTA 2Y1JA 3VQCA 3V9WA 3KKRA 3C94A 2EHGA 1LAWA 3LPTA 3PX6A 4W5QA 3EY1A 3AO1A 2E4LA 4O4GA 2IGIA 2JLEA 5C24A 3D0PA 1SL0A 5FRNA 4M3TA 2YHAA 4JLHA 4PQUA 2Q3SA 2ZE2A 3VQQA 1RCHA 1VK0A 4M3YA 4B9NA 2LSNA 1CLQA 1NOZA 3O3FA 4BDPA 1Q9XA 3FFIA 2VWKA 3AA3A 4HCBA 3NGYA 4E7LA 5J2PA 4B9TA 4J2EA 4FK2A 1A5VA 1VSDA 4Z0UA 3TI0A 1SKRA 5HRRA 4CJLA 4CECA 4KFBA 3ZT1A 3PX0A 1QTMA 3DLKA 4KHYA 4CF1A 4CIEA 3L2WA 2P5GA 4F8RA 4KB1A 1BQMA 5CY4A 4FM1A 4JS5A 2XO7A 3SI6A 2G8WA 2Z1IA 5I42A 2O4GA 4K8ZA 3HXMA 4HUGA 4CE9A 1RDBA 1JXEA 1BQNA 2B6AA 3QIPA 3QEWA 1B9FA 4I2PA 2VWJA 1WLJA 5J2NA 1RT7A 3T1AA 4FK4A 3OYDA 3ZSWA 2ZQBA 1KVBA 3SQ1A 4ICLA 3OYBA 4CESA 1RT2A 1Z25A 4EZ6A 4B9SA 4O44A 1FKOA 3DRRA 3SV3A 4Z4GA 1KLMA 2X6SA 3DYAA 4I2QA 4CEFA 4FXDA 4PY5A 4CEDA 2YNGA 2YNHA 1HJRA 2Z1GA 3DLHA 4M3RA 4O0IA 4C8OA 4DSEA 3TAGA 3DOKA 3ZT0A 3IG1A 5KTQA 4J2DA 2HNDA 4B9VA 2XY5A 3NBPA 2G8KA 2DFFA 3DMJA 4OKJA 2XY8A 1NK7A 1EETA 2XRIA 4FJIA 4M41A 1ASUA 4FJJA 3SV4A 4H4MA 4KKOA 4CGHA 3ZSRA 3KJVA 4XIUA 2G8IA 3AVNA 3V9ZA 3LALA 3AVCA 4KTWA 1UA0A 1HRHA 3VQAA 4BE0A 1XHXA 3TR8A 1NKEA 4CGFA 3AA5X 4PWDA 1WSIA 1L3UA 4KPYA 3O3HA 1RDAA 1WNSA 3CG7A 1JKHA 2OPPA 3THVA 1IG9A 4EP5A 1WSFA 4WE1A 3ZT2A 4FLVA 1UWBA 3VQBA 2FC0A 2ETJA 4AH9A 4BE1A 4DTMA 3ZSXA 4AHTA 1DTTA 3P1GA 4OKKA 4FJ5A 4KRFA 5J1EA 4B8AB 3P83D 4F2RA 3NH2A 4FW2A 3OVNA 3U6FA 4ELVA 1QQCA 3PY8A 2F8TA 1D9DA 2F8SA 3QNNA 4DSJA 4OPKA 4W5RA 3U3GA 4FZYA 2KFNA 4CJFA 4RG8A 4FJMA 4DFMA 4CJSA 4ID5A 4N5SA 4DU3A 1D8YA 3CM6A 4UQGA 4N47A 2A1RA 4FJKA 3SJJA 4QCLA 1BL3A 3KLGA 4IDKA 4H8KA 2QK9A 4IG0A 4O0JA 4EZ9A 2IC3A 5FRMA 2X78A 3LP2A 3TAPA 5J2MA 2G8VA 1TKTA 4NCGA 3K5NA 5KRSA 3V9XA 4CF8A 2G8UA 2OZMA 3NF7A 4CJ5A 2O4IA 3LPUA 3RMAA 4DWIA 1WSJA 1TV6A 1SKSA 4YNQA 1S5JA 2FBXA 5KGXA 1ZBFA 1KRPA 3ZSYA 4KB0A 1JLCA 1SUQA 1TKZA 1LW2A 2W42A 2G8FA 3I8DA 1U49A 3KIOA 3KD1E 4CK3A 4DFPA 1RBSA 1NJXA 2HVIA 3QO9A 1DTQA 3DLBA 1MU2A 4C8NA 2IOCA 3HPHA 1NJZA 1RBVA 3LDSA 1QSYA 3F9KA 3PUFA 3V1QA 1L3SA 1L3TA 3LAMA 4RW4A 4CJRA 4E7JA 3MEDA 2VG7A 3UIQA 1RBTA 1S1WA 4RW7A 4PA1A 2Z1HA 3DOLA 1JL1A 5HLFA 4DQQA 2B5JA 1TL1A 1I39A 4DTXA 4DQPA 1S9GA 4CGDA 4PUOA 3OY9A 4CFDA 4DS4A 4DTJA 4LSNA 3V1OA 3OYMA 3MXMA 4E1NA 3KLEA 1KTQA 3AO5A 1ZBHA 2HB5A 3M8RA 1X9SA 2BDPA 4CHOA 5FDLA 4IBNA 3ZSQA 3SPZA 4M3UA 1RNHA 4CEQA 1HNVA 4DQIA 3SNNA 2HNYA 5HBMA 4Z4CA 4KHNA 1QSLA 3HM9A 2PYLA 2DY4A 1SV5A 3H08A 1C1AA 1LAVA 3O4QA 4FLWA 3DI6A 2E6MA 3QEIA 4C8LA 3S3MA 2G8HA 4KI4A 2KFZA 5EU7A 2X74A 2YNIA 3KLIA 3G0ZA 3F73A 4FLYA 1RT3A 3SYZA 4HUEA 4DS5A 1QSSA 4DF4A 3AVBA 4OGCA 3AVAA 1VSMA 5FROA 4M3WA 1S6QA 2GV9A 1S1VA 4FJGA 1VSHA 4HCCA 3VA3A 1NKBA 4FZXC 1KVCA 4FCYA 3TAFA 1YTAA 3ZCMA 4CEOA 1EKEA 3QEVA 2RN2A 3TABA 4I9QA 1LWCA 1RT5A 3ALYA 3HYFA 3QESA 4B3OA 2QKKA 3I0SA 4DLGA 4CFCA 3L2RA 4DFKA 3OS0A 3A2FA 5HRPA 4FJ7A 2YNFA 1IO2A 3QINA 5DK5A 4IFVA 4AILC 1O1WA 3L2QA 4F4KA 4JRQA 4CJEA 4HVJA 4CGJA 3WNEA 1IKWA 1KFDA 1C0UA 3B6OA 3LAKA 1ZBUA 4AHVA 3V9SA 4I7FA 4KREA 1Z26A 4DMNA 3L2VA 3M8SA 4N76A 3K57A 3O4NA 4ELTA 3MEGA 4RW9A 3P5JA 3OYGA 3M8QA 1BISA 1NK6A 4E0DA 3VN5A 4QAGA 2PYJA 4G1QA 1NOYA 3O3GA 2D0AA 4CEBA 4H4OA 4CJPA 2HNZA 2FBVA 1XHZA 4BWMA 1UOCA 1N6QA 2XY7A 1NJYA 4AHRA 3ZSOA 4BDZA 4CHNA 3S3NA 3QEXA 3CFRA 2IDOA 3V4IA 4LD0A 5KGWA 3SQ2A 1J9AA 4CGIA 3CFPA 4C8MA 4ZTFA 1U47A 1JLEA 3V1RA 2FBTA 4R5PA 4KI6A 1C6VA 1B9DA 4N56A 3NGZA 3KLFA 2OPSA 3JSMA 3LP3A 3T19A 3IRXA 3ZSZA 3RR7A 5JS2A 1SL2A 3LANA 3JYTA 1WAFA 4DSFA 5C42A 4NYNA 3IAYA 3QNOA 2D0CA 2P5OA 4W5TA 3VQ8A 5E41A 1KVAA 3AO2A 3DRPA 4I9LA 3OYIA 4KO0A 3SQ4A 3MXIA 1VSJA 3LP1A 4DTOA 4NYFA 3OYKA 5D3GA 1X9WA 1T05A 2PY5A 1HYSA 3VQ6A 3K2PA 1VSKA 3NH1A 1ASWA 3WNFA 4FLUA 4M42A 2AJQA 2I5JA 4DTUA 5HRSA 3OYAA 3AVJA 3EYZA 1YTUA 3SUOA 1KFSA 2R7YA 1BI4B 3OYEA 3C6UA 3BDPA 1BIZA 4DSKA 3KLHA 4CJ4A 3OYFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ULEB 5CZ2A 4NCAA 2O8BB 4CEEA 3G6EN 3HO1A 3O1WA 1HYVA 3RWUA 2YHBA 3TAQA 3UKRA 1Q8IA 3AVHA 3A8YA 1XWLA 3PO4A 1KQSM 1HMVA 3C6AA 5KI6A 3DXMA 1BA1A 5AQNA 1EWQA 5IT9O 1IBLK 4IFYA 3QETA 4XEIA 4FJ8A 3OJUA 4KHUA 5EY4A 3QERA 2O8EB 4AHSA 3SUNA 3HP9A 4A59A 1BCOA 2F96A 3HK2A 4H0XB 3H6EA 1T8EA 3K5OA 3DLGA 3EO3A 1QQOA 3OYJA 5J2QA 3SQ0A 3KTQA 1ZYQA 3KWIA 3K5MA 1NKCA 3ZX0A 3VQDA 2HBMA 3C0BA 4ID1A 3HPGA 3VQPA 1TK0A 4I6MB 3VQ4A 2YKMA 3FZLA 3O9QA 3KKSA 1BCMA 4XH1A 3OBYA 3GOIA 4WQ5C 3VQEA 3AA2A 3VPZA 2OPRA 1KSPA 4CGGA 1MWKA 3I0RA 4E1MA 4DR2K 3ZT3A 3G71N 4M45A 4CK1A 2P9UA 3LZJA 2P9SA 3AO3A 4KAZA 4W5OA 2QI2A 5AZIB 1XNRK 3HL8A 4WFBL 4CHYA 3L2UA 1GOBA 4DSLA 3OHRA 3MN6A 3IS9A 3T3FA 1JLFA 3U4LA 1XI1A 3AVFA 1Q82O 4JEPA 3C6TA 5CYMA 3HSTB 2HHVA 3LDLA 3QIOA 3ATVA 4U7BA 4K25A 3HJFA 2HHTA 4BRDA 4Z4HA 3HOSA 3AVKA 4YOWA 4KHWA 1ZBIA 2QWQA 4BRAA 1D5AA 1TAUA 4DQRA 1U45A 2B4JA 3KK1A 3SLCA 3VQ5A 3AARA 2HHWA 3TAMA 4BE2A 4B3SK 5HRNA 3RMDA 2FLOA 3DAWA 3WT0A 1FXXA 1H1VA 3RMBA 1SZ2A 3ISNC 1RT6A 5AZJB 1L5UA 4K8XA 4JD2A 3VQ7A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3ULE B;  5CZ2 A;  4NCA A;  2O8B B;  4CEE A;  3G6E N;  3HO1 A;  3O1W A;  1HYV A;  3RWU A;  2YHB A;  3TAQ A;  3UKR A;  1Q8I A;  3AVH A;  3A8Y A;  1XWL A;  3PO4 A;  1KQS M;  1HMV A;  3C6A A;  5KI6 A;  3DXM A;  1BA1 A;  5AQN A;  1EWQ A;  5IT9 O;  1IBL K;  4IFY A;  3QET A;  4XEI A;  4FJ8 A;  3OJU A;  4KHU A;  5EY4 A;  3QER A;  2O8E B;  4AHS A;  3SUN A;  3HP9 A;  4A59 A;  1BCO A;  2F96 A;  3HK2 A;  4H0X B;  3H6E A;  1T8E A;  3K5O A;  3DLG A;  3EO3 A;  1QQO A;  3OYJ A;  5J2Q A;  3SQ0 A;  3KTQ A;  1ZYQ A;  3KWI A;  3K5M A;  1NKC A;  3ZX0 A;  3VQD A;  2HBM A;  3C0B A;  4ID1 A;  3HPG A;  3VQP A;  1TK0 A;  4I6M B;  3VQ4 A;  2YKM A;  3FZL A;  3O9Q A;  3KKS A;  1BCM A;  4XH1 A;  3OBY A;  3GOI A;  4WQ5 C;  3VQE A;  3AA2 A;  3VPZ A;  2OPR A;  1KSP A;  4CGG A;  1MWK A;  3I0R A;  4E1M A;  4DR2 K;  3ZT3 A;  3G71 N;  4M45 A;  4CK1 A;  2P9U A;  3LZJ A;  2P9S A;  3AO3 A;  4KAZ A;  4W5O A;  2QI2 A;  5AZI B;  1XNR K;  3HL8 A;  4WFB L;  4CHY A;  3L2U A;  1GOB A;  4DSL A;  3OHR A;  3MN6 A;  3IS9 A;  3T3F A;  1JLF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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