1F21A

Divalent metal cofactor binding in the kinetic folding trajectory of e. coli ribonuclease hi
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
152
structure length
152
Chain Sequence
KQVEIFTDGSALGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHAEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERADELARAAAMNPTLEDTGYQVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Divalent metal cofactor binding in the kinetic folding trajectory of Escherichia coli ribonuclease HI.
pubmed rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE HI
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
total genus 44
structure length 152
sequence length 152
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2000-05-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1f21A00
4DSJA 1TK8A 3U3GA 1S6PA 4OPJA 2BE2A 1I39A 3K58A 4HUGA 3SV4A 5J2QA 2Y1JA 2G8WA 3K5MA 4ELUA 3V9ZA 1T8EA 4HHTA 1D9DA 1C1BA 1ZBLA 4CJ4A 1JLGA 4GW6A 4B08A 4CHNA 1IKVA 1HPZA 3T1AA 1HNVA 4CF1A 3RTVA 4FLVA 1SKRA 1KSPA 1JKHA 4CGGA 1IKWA 3NF6A 2XO7A 5FRMA 1ZBIA 2B4JA 4I9LA 4FJ8A 4E7HA 1U47A 1NK6A 3ZSWA 1J5OA 4MQ3A 4FK4A 1ZBHA 1CZBA 4FJGA 3DOKA 4BACA 4HTUA 3AA4A 1A5XA 3NH2A 1ASVA 3M8RA 4FLYA 3F9KA 3ZT4A 5T7BA 3AVGA 4CJQA 3RRGA 1LWFA 1NK4A 3PX4A 1VSJA 1YTAA 4RW6A 2I5JA 1C6VA 2JLEA 4KRFA 4E7IA 3ULDA 3L2VA 1C0TA 4I2QA 4CF0A 1KVBA 4KKOA 3WNGA 1IKXA 5HRSA 5SZTA 3EZ5A 4DSEA 5HRPA 3QEIA 2VG5A 3KKSA 1JXEA 1NKCA 3QETA 3P5JA 4FW2A 2W42A 3QEPA 2OPRA 3U3YA 1RBTA 3CQ8A 3DLHA 4LY7A 2IOCA 3TAEA 4ZTJA 4KI6A 1UWBA 1JLQA 1S1VA 3HO1A 2FBTA 3E01A 2HMIA 4NCAA 4C8NA 4KFBA 4CJ5A 1VSHA 5J2PA 4CHQA 3OYIA 4IFVA 4KV8A 3NE6A 4FJHA 3JYTA 3AVAA 2IDOA 4BDZA 3PX0A 3NCIA 3G10A 1WAJA 3VQAA 2HW3A 4FJKA 4ICLA 1KVAA 1O1WA 3VQEA 3KK3A 3NGIA 1SKSA 4CFCA 5J2MA 3MEDA 4OLBA 4BE2A 3KD5E 3OS1A 2FBXA 1WSIA 4OGCA 2HVHA 1Z25A 3VQQA 3C95A 2FBVA 1CXUA 1SL1A 3G0ZA 3AVMA 1BI4A 1W0HA 3K5NA 3SUPA 4M3XA 3S9HA 1YTUA 1VSDA 4RG8A 4F3OA 4FLWA 1IO2A 3DYAA 3QO9A 3L2RA 3QEWA 1EKEA 4CJLA 4DTPA 3TANA 3NBPA 2WOMA 1RTIA 1KCFA 4Z4IA 1TGOA 3LAMA 1WSHA 4I2PA 4XIUA 1U49A 4M3TA 2QXFA 3LDSA 4E1NA 1L3UA 4FJ5A 1DLOA 4Z4CA 4BWMA 3TABA 4KHWA 3ZCMA 4DU4A 3AVKA 4CF2A 3RR8A 1C1CA 3DRSA 1J54A 4NYNA 2XY6A 4HUEA 3EYZA 1XWLA 1MU2A 3I0RA 3MEGA 4CK3A 4Y1DA 4CHPA 1C0MA 1VK0A 1KVCA 5JS2A 4O44A 3AVNA 1K6YA 3H08A 3VQ7A 3HSTB 5I3UA 5K14A 1JL2A 3B6PA 5HBMA 1TKZA 2EX3A 4DFKA 4O55A 3AVBA 4RW4A 4CJUA 4F2RA 1B9DA 2F96A 1QTMA 1RTHA 3KJVA 3K59A 3PX6A 4CEQA 2A1RA 1WNSA 5DK5A 3ZSOA 1SKWA 1X9MA 4N5SA 5JS1A 2YNGA 4R5PA 2BANA 4BWJA 3ITHA 4CE9A 4B9UA 3T19A 4FJ9A 2HHWA 4FCYA 4RW8A 4CJKA 2QKKA 3K2PA 4DTXA 1HQUA 1QS4A 2Z1JA 4B9LA 4E7JA 3OYJA 1ZBFA 3V1RA 4E7KA 1RT6A 4M3WA 1HJRA 1X1PA 3NGYA 1GOBA 4CEBA 1TK5A 3WNFA 3HL8A 3SZ2A 5CZ1A 2ETJA 3HPOA 3LZIA 1LWCA 3IS9A 4CK2A 3PUFA 2FBYA 4PA1A 3CFOA 3QLHA 4Z4HA 4FM1A 4FXDA 1RBSA 3KLHA 1HRHA 3ZSVA 3SQ0A 1NK8A 3PY8A 1HYVA 4M3UA 2KZZA 4KB0A 3P83D 4C8KA 2D0CA 3DLKA 4B8CA 3L2QA 2HHTA 4B3OA 2DTUA 2IGIA 1TK0A 4CEAA 1SUQA 1WSEA 3QEVA 3QINA 1S9GA 2P51A 4C8OA 2OPSA 3OYAA 3RMBA 2KTQA 3KK2A 4CERA 2VG7A 2X6NA 4DTRA 1LW0A 4AHCA 1LV5A 4DTUA 4HVJA 3NH1A 1ZBUA 4CJFA 3OYDA 4DTMA 3U6FA 4OPKA 4DTOA 4E89A 4E1MA 2Z1GA 1J9AA 1XHXA 2HHSA 4CJPA 5C42A 3WNHA 1RNHA 3DMJA 4LH5A 4CGDA 4DSKA 4DLEA 4GMJB 1DTQA 1EP4A 1KLMA 2NUBA 4B9MA 2P1JA 4H8KA 3SUQA 4EP5A 1L3VA 4L8RB 2G8FA 2FC0A 4FLTA 2BGGA 4AHVA 4OGEA 1TVRA 3K5OA 3RMCA 5I42A 5KGWA 1BIUA 5C25A 3HYFA 1RT3A 3QERA 4E7LA 4DSLA 3O3GA 1JLAA 1NJZA 3K5LA 1VRTA 3AVFA 1Q9XA 1RCHA 4OKKA 4CJWA 4W5NA 4DG1A 1FXXA 4J2DA 2R7YA 3HXMA 4BE0A 5HP1A 3NF7A 3ZSRA 4ZHRA 1NK0A 4NYFA 1NOYA 3TR8A 1CXQA 4B9TA 1NK9A 2HHVA 4FVMA 2GBZA 4JLHA 1UA0A 1EX4A 3VQCA 3S3OA 3ISNC 1NK5A 5DMRA 3AA3A 2E4LA 5EU7A 3RWUA 5KI6A 1WSJA 3SYZA 3TAMA 4JS4A 2IAJA 1VRUA 1NJWA 3KLFA 4IG3A 4DSFA 3SUOA 4Z0UA 4OKEA 1FKPA 1I3AA 3KLIA 3OYCA 3ZSYA 1L3SA 1RILA 5KRSA 2DY4A 4FJJA 3SQ2A 1GOAA 1S1XA 4CHZA 2YHAA 3VN5A 3LZJA 3VQ5A 4KREA 3SUNA 2Z1HA 2LSNA 4YNQA 3ZT3A 4N56A 3MXMA 1U4BA 4CJVA 2PY5A 1RDCA 3MEEA 5KRTA 3DLBA 2RN2A 3OYGA 3VQ4A 3AVLA 1NKBA 3TAGA 2YV0X 3ASMA 3OYFA 4F8RA 1BISA 1RBUA 3CFRA 3CYMA 3ZT2A 1TAUA 4FJLA 4G1QA 1ASWA 4CJRA 1SV5A 1IH7A 1TKTA 3NF8A 4CHYA 4FLUA 3QNNA 3KD1E 3HK2A 1FK9A 3LPUA 4YFUA 2OA8A 2OPQA 1KRPA 3NFAA 3ZSXA 4DQRA 1RBVA 4OVLA 4CGHA 2PZSA 3JSMA 3V1OA 1R0AA 1KLNA 3SV3A 4CEDA 3HP6A 4DFJA 3S3NA 4C8LA 5HRRA 4EZ6A 4CJ3A 4PUOA 3SPZA 1JLCA 1XC9A 1ITGA 3NHGA 3DLGA 1VSEA 4CGFA 4CECA 1WAFA 4Y1CA 2PYLA 4DQPA 3LP2A 4MFBA 3TAQA 1LAVA 3NH0A 1N6QA 3AO5A 4M3RA 5C24A 3OYKA 4DU3A 1A5WA 4DTJA 4Q5VA 2P5OA 4KI4A 1QSSA 2EHGA 2IS3A 3HPGA 3IRXA 3VQPA 2F8TA 2GV9A 3TARA 2XY5A 4N76A 2G8HA 4RW9A 3VA3A 1QHTA 4FJMA 3IAYA 4FJNA 2HNDA 3OS0A 1RBRA 4AHSA 1NJYA 3K57A 3OJUA 1XI1A 3SCXA 4H4OA 1S5JA 3AV9A 3IG1A 4WE1A 3O3FA 4E3SA 4DS4A 3THVA 1N5YA 2DFEA 4FK0A 4FM0A 4K8XA 4M42A 1BIZA 4FW1A 4K8ZA 4KHYA 3LANA 3O4NA 3PV8A 1EXQA 4CFDA 3CFPA 1S1TA 1UAXA 1S1WA 2YKMA 2XHBA 1U04A 4CF8A 3EY1A 2B5JA 4CCHA 3V9UA 4CESA 5D3GA 4KB1A 2KZMA 4JS5A 4HCCA 4FJXA 3AO3A 4OJRA 1F21A 1YVUA 4KO0A 4DFMA 4CIFA 4B8AB 4KAZA 4KHQA 1TAQA 4F3TA 1ASUA 4CFBA 1L3TA 3HM9A 2RF2A 4M41A 3C6UA 3AO4A 2VG6A 3CM6A 2D5RA 3DM2A 3LP0A 5FROA 4CF9A 1X9SA 5HROA 4H4MA 1IG9A 2JGUA 3QNOA 4N47A 4AILC 1S1UA 4CJTA 1C1AA 5J1EA 3MAQA 4BDPA 1JLFA 2F8SA 2IC3A 5SWMA 1HYSA 3OVNA 4O4GA 3I8DA 5KTQA 4OLAA 4M45A 3QEXA 1KFSA 3AO1A 5CY4A 4I7FA 4FLZA 4AHUA 4AHRA 1QSYA 5J2NA 3OYMA 4AH9A 3DOLA 4O0JA 4CGIA 4DSIA 1QSLA 3C6TA 3VQ9A 3AVCA 3LAKA 3M8QA 3AO2A 2WONA 4N41A 4CFAA 1LAWA 4F4KA 3FFIA 4FK2A 1BCMA 2B6AA 4W5QA 1GOCA 2HHUA 4I9QA 1J53A 3TAFA 4TSXA 3LWLA 1T7PA 2P5GA 3VQ8A 1JLEA 4BE1A 3HP9A 4DQSA 3RMAA 1WN7A 2D0AA 3CM5A 4AHTA 3LP1A 3V81A 3SI6A 2QK9A 2E6MA 1A5VA 4DTNA 2ZQBA 3SJJA 3DRRA 3UIQA 4Q0BA 2VWJA 2QKBA 2KQ2A 4JRQA 3HT3A 5HLFA 4CHOA 3T3FA 3LWMA 1T05A 1Q9YA 2OZMA 1S6QA 1WSGA 3NGZA 3ZSZA 4CEOA 4W5OA 1RT7A 3SNNA 1D9FA 2ITGA 3OYEA 4LSNA 2OYQA 1JL1A 1RDAA 1UOCA 2HB5A 3L2WA 1WSFA 1UA1A 3KLGA 4FLXA 4DTSA 4B9VA 3KK1A 4ELVA 3BGRA 1RDBA 3ZSQA 3L2UA 5HRNA 2XRIA 3D45A 2KFNA 2ATQA 3VQBA 3MECA 4FJ7A 1HNIA 3CG7A 1T03A 1Y97A 2KFZA 3NDKA 2Y1IA 2G8IA 1Z26A 1D5AA 5CYMA 3KIOA 4KHNA 2GUIA 3O4QA 2X78A 4IBNA 1B9FA 3SQ4A 2HHXA 1BQMA 4M3YA 4CEFA 3M8SA 2DFHA 1IKYA 3SPYA 3DLRA 1VSIA 3NAEA 1KFDA 4E0DA 4O5BA 4B9SA 1D8YA 4FZZA 4FZYA 3ZT0A 4DU1A 4KPYA 3RRHA 1NJXA 1JLBA 1NOZA 5CYQA 4FYDA 3D0PA 1FKOA 1XHZA 4ZTFA 2Z1IA 4QAGA 3O3HA 2G8KA 4DF4A 2HNZA 4CEZA 4W5RA 1B92A 4HCBA 4HUFA 2ZE2A 1VSLA 4NCBA 3KLEA 4KTZA 4DQIA 1HQEA 4J2AA 2O4GA 3RMDA 4E19A 3DRPA 5FDLA 3OYNA 1L5UA 4DQQA 3VA0A 3VQ6A 4QOZB 1U45A 4IFYA 3V9WA 2PYJA 4IKFA 2X6SA 2Q3SA 1REVA 5KGXA 3MXJA 3AVHA 4Z4EA 1U48A 1VSKA 4CK1A 3KKRA 4RW7A 3ZT1A 3OYHA 3SQ1A 3KTQA 1VSMA 4KTQA 2YNHA 1TL3A 4CGJA 3M8PA 1W9HA 1Q8IA 3L3UA 4DLGA 4B9NA 3V9XA 4UQGA 3TAPA 3F73A 1CZ9A 1BGXT 3WNEA 1SL2A 3QIOA 4DFPA 3OY9A 2RKIA 4DWIA 3AVIA 1BL3A 2YHBA 3QIPA 1JXBA 1RTJA 3OYBA 2D0BA 3TWHA 3PO5A 3LP3A 1RT5A 4J2EA 1S9EA 4CJEA 2ZD1A 4ID1A 4CIEA 3V6DA 2O4IA 4DS5A 1HMVA 2OPPA 2XY8A 4Z4GA 4JRPA 1WLJA 5E41A 3TI0A 1VSFA 1X9WA 4KHUA 3I0SA 3AA2A 3RR7A 3P1GA 2OZSA 1CLQA 3HPHA 3L8BA 3OYLA 3HVTA 2DFFA 4O0IA 3LALA 2HNYA 1C0UA 4C8MA 1TKXA 4CEEA 1TL1A 4FM2A 3MXIA 1BI4B 2YKNA 4KHSA 4LD0A 3ALYA 4J2BA 1RT1A 2HVIA 2HHQA 4ID5A 4BDYA 4IDKA 4CJSA 4GVMA 4F2SA 2G8VA 1NKEA 3C94A 1QQCA 2A1SA 1BQNA 4CIGA 4PY5A 4EP4A 1LWEA 1TKDA 1YT3A 4LSLA 1G15A 1BCOA 1BHLA 4FZXC 4FJIA 1DTTA 3V1QA 2G8UA 3NF9A 4DMNA 2RPIA 1NK7A 1LW2A 1RDDA 2X74A 3HVRA 1RT4A 3L3VA 2YNIA 3LPTA 3V4IA 3VQDA 3DLEA 4QCLA 2KW4A 4IG0A 1SL0A 3AA5X 4ELTA 3V9SA 1RT2A 3B6OA 4OKJA 3OJSA 3AVJA 2XY7A 3S3MA 4NCGA 1RTDA 3HJFA 1EETA 1ZYQA 4DF8A 3DI6A 1HYZA 4EZ9A 3PO4A 4W5TA 3OS2A 4LH4A 5FRNA 3A2FA 4M3ZA 2YNFA 3BDPA 4PWDA 1QE1A 4KTWA 2E6LA 3QESA 2AJQA 2BDPA 1TV6A 4PQUA 1KTQA 4Z4FA 5CZ2A 2VWKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3M6GA 4DSJA 4OPJA 2BE2A 2Y1JA 2CGLA 3IDHA 4BRAA 1JLGA 4YOWA 1KSPA 3RTVA 2P9SB 1YJWN 2XO7A 5LL6Z 3WUHA 4I9LA 2RHKA 3ZSWA 4FJGA 4HTUA 1A5XA 3M8RA 3F9KA 3ZT4A 4CJQA 4DV2K 1NK4A 1VQKN 2UXBK 4PKIA 1YTAA 1C6VA 2JLEA 4H0YB 5AQVA 4KRFA 3L2VA 5GAHP 1C0TA 3GOIA 3WNGA 4CF0A 4BC5A 1IKXA 4K41A 5HRSA 4DSEA 2W40A 3QEIA 1JXEA 1NKCA 4CZFA 3QETA 3H1QA 3U3YA 1RBTA 3DLHA 4M7XA 2E20A 2UUCK 2Q2RA 3A5MC 3E01A 4BG8A 2HMIA 1BA0A 4KFBA 4CJ5A 4CHQA 3OYIA 4KV8A 2ZGZA 3AVAA 3JYTA 4BC4A 4BDZA 3PX0A 3VQAA 2YHWA 3KK3A 5LJWA 2V7ZA 1KQSM 3OS1A 1WSIA 2WUSA 4DR2K 2FBVA 4JKCA 1VSDA 1DT9A 2O8FB 1IO2A 3DAWA 3AGKA 3DYAA 2P9UB 2QTDA 1EKEA 2GUPA 3TANA 1RTIA 4Z4IA 1XC3A 1VQON 5FPEA 4XIUA 3O80A 2QXFA 4NO7A 1DLOA 4H0XB 3UB5A 3TABA 5M1PA 3RR8A 3AVKA 4CF2A 1C1CA 2VQFK 2XY6A 2GTDA 3VENA 4QS7A 2QWNA 2WBNA 4CHPA 3CJBA 3AVNA 3H08A 3VQ7A 2P9LB 1BU6O 4C1NK 5CE3A 4A59A 4RW4A 4CJUA 1B9DA 2F96A 4H0PA 3PX6A 3ZSOA 5DK5A 1YI2N 4N5SA 4BWJA 4CE9A 4FJ9A 2HHWA 3T19A 1D4XA 2P9KA 2QKKA 3K2PA 4EHTA 2ASPA 3EEQA 2Q36A 4X66K 1OH8A 4E7JA 3KZBA 3CCEN 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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