1F21A

Divalent metal cofactor binding in the kinetic folding trajectory of e. coli ribonuclease hi
Total Genus 44

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
152
structure length
152
Chain Sequence
KQVEIFTDGSALGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHAEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERADELARAAAMNPTLEDTGYQVE

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS2 (18-28)S1 (5-13)S3 (31-42)TIV1 (15-18)TII2 (124-127)TIV2 (27-30)AH4 (128-142)AH1 (44-58)S4 (63-69)AH3 (101-112)AH2 (72-88)TI1 (92-95)TI2 (148-151)TII1 (98-101)TIV3 (88-91)S5 (114-120)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
publication title Divalent metal cofactor binding in the kinetic folding trajectory of Escherichia coli ribonuclease HI.
pubmed rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE HI
total genus 44
structure length 152
sequence length 152
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2000-05-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1f21A00
3ISNC 3WNFA 1REVA 1VRUA 4CJLA 3KD5E 3AO4A 2YV0X 4FW1A 1VK0A 3V1RA 4CJVA 3G0ZA 3V4IA 1QSLA 1BL3A 3AA3A 3OS1A 3S3OA 2X74A 4ICLA 4KTZA 1CZ9A 3MECA 2F8TA 4I2PA 4BDZA 4OGEA 3OYBA 4CESA 4C8KA 4Q0BA 4IDKA 1BGXT 3ZSZA 3KJVA 4DTSA 1S6PA 4I9QA 1KTQA 1NJZA 3LANA 2YNIA 3K5OA 4F3TA 3LWMA 2QKKA 4DTNA 3RWUA 3VQQA 3ZSRA 3B6OA 1J9AA 1O1WA 4C8NA 4KI4A 2NUBA 3VQAA 3HK2A 4JLHA 4DSEA 3SUPA 2ZQBA 3VQ9A 1TV6A 1SKRA 2IDOA 2HNYA 2JGUA 1NK8A 1KCFA 4Z4CA 4KHYA 1SUQA 1TKZA 4M41A 5KTQA 4CECA 3QERA 1CXUA 4HCCA 4FJ8A 1K6YA 4DTXA 5KRSA 2ATQA 3PUFA 1BQNA 3ZCMA 4FJ9A 3SCXA 3MXIA 1T03A 1JXEA 2QK9A 2DTUA 1JKHA 3K5NA 1NK4A 3AO1A 3OYGA 4O0JA 4DTUA 2FBYA 3ZT4A 3TI0A 2OPQA 3DLEA 3V9UA 2WOMA 3KLGA 2QKBA 4KKOA 4RW7A 2XRIA 3AVKA 3HM9A 3DLKA 4B8CA 3TANA 4HVJA 4JRPA 3SI6A 3SQ4A 2B5JA 3EY1A 3QEIA 1UA0A 4FJXA 3DRPA 2IOCA 1QSSA 4FJLA 1NJYA 5CY4A 3VQ6A 4CHOA 4GW6A 4DFMA 3P1GA 3PX4A 3OYIA 1JL1A 4OPJA 2G8WA 4B9SA 4FLYA 1LAWA 2YNHA 4E3SA 1QS4A 3AVAA 1QTMA 1YTUA 3LP0A 2IAJA 1UAXA 4BE1A 3QETA 4NYFA 3LP3A 3SQ2A 2AJQA 3ZT1A 4JRQA 3C6TA 3NF8A 5CZ1A 1ASVA 4KFBA 4AHVA 4CIFA 4HTUA 5CZ2A 3I8DA 1VSLA 2PY5A 4N47A 3E01A 4BWMA 4CK1A 4R5PA 4E7HA 2HNDA 1ASWA 5FROA 1T7PA 4N41A 1D9FA 1L3UA 1SKSA 1L3VA 3L2QA 2W42A 4HUGA 1GOBA 4LH5A 3LALA 4DTPA 3QIOA 3QESA 4E19A 3L2RA 3CFPA 1ASUA 1JLCA 2ZE2A 3C95A 4E7JA 2EX3A 3VQEA 4CJPA 3HO1A 1TVRA 2D0BA 4DQRA 4DLEA 4LSLA 4M3YA 2FBTA 2GUIA 4O55A 4CJSA 3DLBA 3AVHA 3MEDA 4QAGA 1NJXA 5JS2A 3OVNA 4BWJA 4E7KA 4AHCA 5J2QA 3CYMA 4CERA 4EZ6A 4KAZA 3QEPA 1NKCA 1EX4A 3SNNA 3DLGA 3OY9A 4B9MA 4CE9A 5E41A 1ZBHA 2KFNA 4HCBA 3M8SA 4FM0A 3SPYA 3M8QA 2E4LA 4K8XA 3IRXA 1LWEA 4W5QA 1KVBA 3VA3A 4IKFA 2BANA 3QEXA 3DMJA 4CEBA 4O0IA 3LZJA 2E6MA 3NE6A 1W0HA 2DFHA 3AVLA 4LD0A 1LWCA 3VQ4A 3EYZA 3SUNA 4B9LA 2G8KA 1EXQA 4F3OA 3KLIA 1W9HA 3HVTA 3VQ7A 4FJ7A 3DM2A 3V6DA 3G10A 1RBUA 2R7YA 4MQ3A 4IG0A 4RG8A 3TABA 1LW2A 2HHWA 3PV8A 3ALYA 1WSGA 2YNGA 1F21A 1B9DA 1WSHA 1NOZA 1RTHA 2KQ2A 2Z1IA 3HP9A 3ZSQA 4DQQA 3RMBA 1S9EA 3S9HA 1LV5A 1KLNA 4FJ5A 4QOZB 2Z1HA 3O3HA 4DQPA 3LZIA 3QNNA 1ZYQA 4F8RA 1JL2A 4KI6A 5DMRA 1C0MA 1CZBA 3K5MA 1KFSA 1HYSA 1U45A 2QXFA 2YHBA 4FJJA 4CFBA 4E0DA 2PYLA 3OYJA 4W5TA 2HVIA 4CJ3A 3TWHA 2X78A 4KHQA 4CEDA 4DTOA 1KSPA 3TAMA 1S6QA 3VQPA 3U3YA 3T1AA 3K57A 2D0AA 4CJTA 4RW9A 3KK2A 4OVLA 3F73A 2DY4A 4RW8A 2LSNA 4DTMA 1FKPA 4CEZA 3K5LA 5J2NA 1Q8IA 3DLRA 1XI1A 4B9NA 1WSJA 3QEVA 4N5SA 1DTQA 4CJ5A 1VSDA 3P5JA 4FK2A 4KHSA 3SUQA 2GBZA 1J53A 2G8VA 4W5NA 1C0UA 3V9ZA 4FXDA 1KVAA 4CJ4A 3V9SA 3L2WA 3RTVA 3CM5A 1SKWA 4C8OA 2VG6A 1S1TA 1WAFA 2D5RA 3VQ8A 1ZBLA 2RPIA 1TL1A 3NGZA 3RRHA 4KTWA 2HVHA 1EETA 2YKNA 4FJKA 3DI6A 4K8ZA 3KLEA 1IO2A 1D9DA 3NDKA 3QIPA 4CHNA 2FBVA 4H4OA 1NKEA 2PYJA 4PWDA 4ZTJA 1A5VA 4F2RA 4M42A 4CK3A 4EZ9A 4BDPA 1HPZA 5D3GA 4HHTA 4DU4A 3U6FA 2P5GA 4M3TA 4JS4A 2BDPA 2OA8A 4FJGA 3S3NA 3OYNA 3LPUA 3HPOA 1ZBUA 2XO7A 5I42A 4J2DA 1S1UA 4KREA 4B3OA 1HMVA 5HRRA 4IFVA 2X6SA 3OYEA 3KK1A 2XHBA 4FJMA 1RDBA 1VRTA 2XY6A 1RT3A 3RMDA 3TAEA 4M3RA 4M3UA 3SYZA 1L3TA 3HSTB 3NF6A 1VSKA 4IG3A 4EP5A 1RBTA 1NK6A 1NK7A 5JS1A 1BCMA 4B9UA 4Z4EA 3V1QA 3AVIA 1I3AA 3V81A 2G8UA 3OYDA 4CF9A 5FRMA 1CXQA 1FXXA 3I0SA 4CF1A 5KGXA 4CHQA 1RT2A 1BISA 4E7IA 4C8MA 1HJRA 4CGGA 3TAGA 4CCHA 2P1JA 1KVCA 4DMNA 1HYVA 2IS3A 3T19A 4PA1A 4CFCA 2VWJA 3TAPA 4CFAA 5HRSA 4GMJB 4DS5A 4OKEA 2DFFA 4KHUA 4FJNA 2ZD1A 3KD1E 1VSFA 1I39A 3QO9A 4DTJA 1HYZA 4FZYA 3NH0A 3ULDA 1HNIA 2XY7A 3PO4A 3CG7A 3MXMA 1IKXA 3SQ0A 2OZSA 4DQSA 3DOLA 4FLTA 1YVUA 4CGHA 4DSFA 4CGJA 2FBXA 3PX6A 5J1EA 3L8BA 1JLAA 2F96A 3VA0A 1TKDA 3ZSOA 3JYTA 4KB1A 3KKRA 4LH4A 1NK0A 4J2AA 2X6NA 1LAVA 4CF0A 3V9WA 3S3MA 1BI4A 4MFBA 2F8SA 1A5WA 1C6VA 3NGYA 3M8PA 1RT1A 5C42A 1LWFA 2HNZA 2Q3SA 4UQGA 3I0RA 3OS0A 4JS5A 3HJFA 3NCIA 1S1VA 2PZSA 1HQUA 3BGRA 1SL1A 4OLBA 1A5XA 1BIZA 3HYFA 4E1MA 4FW2A 1IH7A 4Z4HA 3K59A 3CFOA 4BACA 3RR7A 4FLZA 2EHGA 4I2QA 2RF2A 3VQ5A 1S1XA 1X9SA 3PO5A 4Y1CA 4KHWA 4Z4FA 1DTTA 4CEEA 4CIEA 2VWKA 3OYKA 2I5JA 4RW6A 3HT3A 1C0TA 4CJRA 2RKIA 4FVMA 3VQCA 3CQ8A 4BE0A 1WNSA 5C24A 4DFPA 3PY8A 4ZHRA 3CFRA 3MXJA 3SQ1A 4E1NA 4CGIA 1RT7A 4O44A 3OYLA 3NGIA 5HROA 1U49A 5DK5A 3AA5X 2G8FA 2JLEA 1JXBA 3AO2A 1Z25A 4Z0UA 2HB5A 4FZZA 4F2SA 1RCHA 2DFEA 3LDSA 4FLXA 2HW3A 1RT6A 3V1OA 4AHTA 1VSHA 4I9LA 5EU7A 3VQBA 1U4BA 2HHUA 3LP2A 4H4MA 1RT5A 3O4NA 1TL3A 3CM6A 1CLQA 5HRNA 3RMCA 3AO5A 1MU2A 3HPGA 3HP6A 3QINA 4EP4A 1T8EA 1D5AA 3L2UA 1JLGA 2IC3A 4ID5A 3ZSYA 1T05A 1J54A 4B08A 4O5BA 4DSJA 4GVMA 3B6PA 3KTQA 4LSNA 1RDCA 4YNQA 1VSJA 3VN5A 3AO3A 1GOAA 4AHSA 3TARA 4KPYA 3NH1A 3KK3A 3OYAA 2IGIA 4M3XA 2KZZA 1RT4A 3TR8A 4NYNA 1HNVA 2YHAA 4KV8A 3C94A 2G8IA 1EP4A 1QHTA 4M45A 4CEOA 4OLAA 3QNOA 2KW4A 3MEEA 4N56A 2HHQA 3WNEA 2B6AA 5FDLA 4CHZA 4W5OA 5KI6A 3WNHA 3OS2A 4LY7A 3O3FA 1U48A 4J2BA 4OKJA 2HHTA 4AHRA 1EKEA 4CEFA 1VSIA 2E6LA 3SV4A 5I3UA 4O4GA 3OYFA 4RW4A 3EZ5A 3O3GA 3T3FA 3ZSWA 2O4IA 1C1AA 2VG7A 3VQDA 3AVBA 3AVJA 3IG1A 3ITHA 3D45A 4OKKA 4WE1A 3NHGA 4KB0A 1L5UA 5HBMA 3THVA 1RDAA 5J2PA 3UIQA 3F9KA 3SV3A 3RR8A 3HL8A 2XY5A 3IAYA 3LAMA 5K14A 4DS4A 1TK5A 4AHUA 1WSEA 1U04A 3AVNA 4DFJA 1RTIA 4Z4GA 3M8RA 1IKYA 1RBRA 3ZT0A 3MAQA 3DRSA 5KRTA 3LPTA 5SWMA 1RBVA 4IFYA 5SZTA 4DTRA 3AV9A 1FK9A 3OYMA 1RNHA 3AVCA 1QE1A 2XY8A 3RMAA 1BHLA 1XC9A 4J2EA 1R0AA 2RN2A 3NF7A 4CHYA 3TAFA 1VSEA 3NH2A 2Y1JA 2OPPA 2OYQA 2P51A 4DF8A 1NKBA 4F4KA 3C6UA 3NBPA 3ZSVA 1WSFA 1SL0A 1BIUA 3HPHA 1ITGA 2YKMA 2A1SA 3KLHA 3AVFA 1FKOA 1C1CA 5CYQA 3SJJA 4H8KA 3WNGA 4I7FA 4OGCA 3HVRA 1QSYA 4ELVA 4IBNA 1JLEA 3A2FA 4CGFA 1BQMA 1KFDA 1L3SA 1BCOA 3OJSA 1SV5A 1YT3A 5KGWA 2VG5A 4OPKA 4CJUA 1RBSA 3QLHA 4NCBA 4FLUA 4DQIA 3LAKA 4KTQA 1JLQA 4BE2A 3TAQA 2Z1JA 4FZXC 2GV9A 3OYCA 4DSLA 3O4QA 4YFUA 4DLGA 1B9FA 4Q5VA 4HUFA 1X9MA 4L8RB 1TKTA 4CJFA 1B92A 5FRNA 2HHSA 1XWLA 2FC0A 1QQCA 1J5OA 1IKVA 3DOKA 2KTQA 1WSIA 2D0CA 1ZBFA 4NCGA 4AH9A 4CGDA 3KLFA 2WONA 4CEAA 5J2MA 4B8AB 4FM2A 5HLFA 4B9TA 2Y1IA 4DG1A 2P5OA 3RRGA 4PUOA 2KZMA 1HRHA 4CK2A 2G8HA 4OJRA 2O4GA 2HHXA 4B9VA 1XHXA 4AILC 1N5YA 1LW0A 4Y1DA 3H08A 1WAJA 1ZBIA 4FM1A 1NJWA 1KRPA 4CJKA 1JLFA 1SL2A 3V9XA 3BDPA 3L2VA 3ZT2A 4W5RA 1UOCA 4DU3A 4N76A 4DFKA 4CJEA 4DSIA 1TAUA 1UA1A 1TKXA 4CF2A 1RILA 3ZT3A 1G15A 3FFIA 4CFDA 2Z1GA 4DSKA 4FJIA 1UWBA 1X9WA 4ID1A 5HP1A 3L3UA 4FK4A 1C1BA 1YTAA 3NFAA 4E89A 3KKSA 4ZTFA 1TK0A 4FK0A 4NCAA 4FCYA 3LWLA 4M3ZA 3AA2A 4CF8A 3ZSXA 3HXMA 5C25A 3SUOA 3QEWA 1Q9XA 4FLWA 4CJQA 1WLJA 4FYDA 1RTJA 4CIGA 3K58A 2ITGA 3AVMA 3NF9A 4PY5A 4CEQA 1HQEA 3DYAA 1XHZA 4PQUA 1DLOA 4FLVA 3PX0A 3SPZA 2BGGA 1IKWA 1S5JA 3DLHA 4TSXA 4CHPA 3OJUA 3D0PA 1NOYA 1KLMA 3IS9A 4DF4A 1S1WA 2B4JA 3JSMA 2A1RA 3LP1A 2OPRA 3AA4A 4ELUA 3KIOA 1Q9YA 4DWIA 1RDDA 1WN7A 3AVGA 4BDYA 4KRFA 4HUEA 4KHNA 3MEGA 1Y97A 3ASMA 4Z4IA 2OZMA 1X1PA 1JLBA 4CJWA 1VSMA 2ETJA 4ELTA 5T7BA 4M3WA 1BI4B 4KO0A 3OYHA 2HMIA 2OPSA 3P83D 2YNFA 5CYMA 1N6QA 2KFZA 3SZ2A 3L3VA 1TK8A 1D8YA 1RTDA 2BE2A 3DRRA 1U47A 1Z26A 1S9GA 1TAQA 5HRPA 4E7LA 4C8LA 3U3GA 4FJHA 2HHVA 1GOCA 1IG9A 4XIUA 3NAEA 1TGOA 3K2PA 1NK5A 4DU1A 1NK9A 4G1QA 4QCLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3UKRA 3WNFA 4JYAK 4CJLA 2AP1A 1BUPA 2YV0X 1VK0A 3ZLJA 3L4QA 3G0ZA 4DKWA 3W0LA 2X74A 4KTZA 2UUCK 2F8TA 4BDZA 3OYBA 1HKGA 4Q0BA 1BGXT 4DTSA 1KTQA 2YNIA 2O8BB 3LWMA 2QKKA 4DTNA 3SAHA 3RWUA 2W6LA 4KI4A 1O1WA 3VGLA 3EO3A 3A0IX 3VQAA 1NG9A 3D6RA 3HK2A 3VQ9A 1LCUA 4A5BA 4JKDA 2HNYA 1NGBA 4YDUA 2V51B 2HMPA 3KK7A 3WXJA 3ZCMA 3DXMA 3SCXA 3NMUA 1JXEA 2QK9A 1NWKA 2GTDA 2KKZA 3OYGA 2FSNA 4RWTA 2WOMA 4RW7A 1UA0A 3SQ4A 4FJXA 3L6QA 1NJYA 2PFUA 5CY4A 2QWLA 3VERA 3OYIA 1JL1A 4OPJA 3U8XA 4B9SA 4FLYA 1LAWA 1YTUA 3HTVA 3W3DA 3LP0A 2IAJA 1UAXA 4NYFA 4JNEA 1VQNN 1N34K 2HBKA 4B1ZA 5CZ1A 5F2RA 4AHVA 2GWJA 1VSLA 3J81O 4N47A 4E7HA 5FPMA 5BRHA 1ASWA 1T7PA 4N41A 1NGFA 1D9FA 1M1KO 2O8FA 2W42A 1IBLK 2HBMA 2EX3A 2D0PA 4C1NI 4KH4A 2D0BA 2GUIA 3CERA 3FFKB 1VQMN 3BF1A 3OVNA 4BWJA 1GLBG 4BC4A 4QS8A 4KAZA 1BWFO 3DLGA 3J8AA 3CCUN 4B9MA 4FWPA 4CE9A 4FM0A 3SPYA 3H45C 4L3QA 5AQYA 3IRXA 4W5QA 3VA3A 4FWLA 4CEBA 4MO5A 4BRPA 3WXIA 3HSCA 3BY5A 3CHWA 3SUNA 1LWCA 3THYB 2G8KA 3KLIA 1W9HA 1BO5O 1VQ4N 4FOEA 3DM2A 3G10A 3SK3A 4IG0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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