1GLFO

Crystal structures of escherichia coli glycerol kinase and the mutant a65t in an inactive tetramer: conformational changes and implications for allosteric regulation
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
EKKYIVALDQGTTSSRAVVMDHDANIISVSQREFEQIYPKPGWVEHDPMEIWATQSSTLVEVLAKADISSDQIAAIGITNQRETTIVWEKETGKPIYNAIVWQCRRTAEICEHLKRDGLEDYIRSNTGLVIDPYFSGTKVKWILDHVEGSRERARRGELLFGTVDTWLIWKMTQGRVHVTDYTNASRTMLFNIHTLDWDDKMLEVLDIPREMLPEVRRSSEVYGQTNIGGKGGTRIPISGIAGDQQAALFGQLCVKEGMAKNTYGTGCFMLMNTGEKAVKSENGLLTTIACGPTGEVNYALEGAVFMAGASIQWLRDEMKLINDAYDSEYFATKVQNTNGVYVVPAFTGLGAPYWDPYARGAIFGLTRGVNANHIIRATLESIAYQTRDVLEAMQADSGIRLHALRVDGGAVANNFLMQFQSDILGTRVERPEVREVTALGAAYLAGLAVGFWQNLDELQEKAVIEREFRPGIETTERNYRYAGWKKAVKRAMAWEEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
publication title Glycerol kinase from Escherichia coli and an Ala65-->Thr mutant: the crystal structures reveal conformational changes with implications for allosteric regulation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (GLYCEROL KINASE)
total genus 168
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence X, Y, Z
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 1998-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1glfO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1glfO01
2QWPA 1WUAA 1GLLO 2IVPA 3EO3A 3D2EB 2A42A 2YHWA 5AQJA 2KHOA 2E2PA 1BU6O 3UKUA 3CETA 3LM9A 2CGJA 3HI0A 4BR7A 5BR9A 3H1QA 3SLCA 4B1XB 4K41A 4MLEA 1NGEA 4RCHA 4EAHD 5AR0A 1DKGD 1NM1A 1KAYA 2CGLA 3DXKB 4CZMA 4H5NA 5JICA 4DHYA 2NZTA 3O4WA 5FPNA 1E4GT 2P9SA 3WUHA 5AQPA 1BG3A 3FFKB 4ISFA 2Q2RA 1HLUA 4DCHA 3D2FB 5AQXA 4EHUA 1V4TA 1BO5O 4BVOA 3SMSA 3O8MA 1LCUA 3GL1A 4CZEA 3ATUA 3WQUA 5EOYA 5FPEA 3CHWA 5FPDA 3H1VX 3CQXA 2I7NA 4H0PA 2D1KA 2Q36A 2FF6A 3LDPA 5E84A 2P9PA 1EQYA 4AM7A 4XH4A 3ENHA 1QQNA 5BN8A 1HKCA 3VGMA 5AQHA 5AFUH 4BRIA 3QMLA 3RSEA 3DWLA 3C7NA 5LY3A 1T6DA 5B8HA 3G25A 4WQ4A 3WXJA 2Q0UA 5KPZA 3CERA 5AQKA 4EFHA 4BC5A 2NLXA 3DXMB 1GLBG 1X9JA 4BR9A 1NGFA 2E88A 3MK6A 1SZ2A 1JCGA 4Y0WA 2FLOA 3ZETA 3IUCA 5KQDA 2FSKA 3S41A 3UE5A 4CZFA 1KXPA 2E1YA 4O5FA 4A61A 3ZEUA 1Z05A 4BG8A 1CZAN 1BA1A 4XH5A 1K8KB 4FWLA 5KQ8A 5F1XA 3GOIA 4BROA 2V7YA 3CJBA 2BUPA 1MWKA 4B1UB 4BRQA 3U9DA 3H45C 2A40A 1ATRA 3ID8A 4KBOA 5KPTA 3JXUA 5AZIA 3VETA 2CH6A 4BR5A 2E2OA 3M6GA 3O80A 1HKBA 1JCEA 3CJ9A 2F9WA 3UKRB 1QQOA 2E2QA 2V51B 4CZGA 2E1ZA 5BPNA 2DPNA 1Q18A 1NGJA 1TUUA 1TYQB 2ASOA 2ZF5O 3GE1A 3KHYA 4BRKA 1ATNA 3KZBA 1G99A 1NGBA 3R8EA 3OHRA 3WXKA 4CZKA 3DAWA 4FWMA 4C23A 3A8YA 3MDQA 4B1ZA 2P9NB 4I6MA 4CI6A 2D0OA 3HBTA 5AQFA 1LOTB 4BRAA 4CD1A 4FWRA 5EVZA 3O6WA 5AQLA 3ZX2A 1ZXOA 3FZFA 4QS7A 4XEIA 1RDWX 1Z6RA 4CBWA 4ISGA 4BREA 3C7NB 5ELZA 2Q31A 1E4FT 3GBTA 3TU5A 3CI5A 2NRHA 3IMXA 2CGKA 3LDNA 5FPMA 2WUSA 2D0PA 1J6ZA 4H5RA 3SJHA 2QWOA 2QWMA 4QS8A 1OKJA 4BRFA 4BRHA 3WQTA 3ZETB 4Z94A 2QXLA 1U2VA 3ULEB 3A5OC 3M1FA 4CBXA 4A62A 4K25A 3LM2A 4E1JA 4HTLA 1XC3A 3W0LA 4BRLA 3LDOA 4FPBA 4CZJA 4M7XA 1HX1A 1C0GA 1GLFO 4DQ8A 3VGLA 3FR0A 2ITMA 4JHDA 4WQ5A 2HF3A 2P9UA 2BTFA 3MN5A 1S3XA 2FSNA 4ISEA 5AQUA 3ZX3A 2P9IB 4O8KA 3VEVA 5JLFA 4IZ9A 3VENA 5ADXH 1X3MA 2E8AA 3AY9A 1QZ5A 3MN6A 1YUWA 2V52B 3VEZA 5AQOA 3A5NC 3DJCA 3HZ6A 4FPAA 5F2RA 3BF1A 3CQYA 2E20A 3FZHA 5BRFA 2P9KA 4BC2A 3CIPA 4FO0A 4FWSA 1MA9B 3F9MA 3HM8A 3CJAA 4LC9B 4CD3A 5BREA 3VGKA 1BA0A 1NGCA 3I33A 4GNIA 5F0XA 1Y64A 1BWFO 2EWSA 2YCHA 2VCPA 2P9LA 4J8FA 1D4XA 1GLDG 4PL8A 2CH5A 3FGUA 5EXWA 3MN7A 4BQZA 4FWQA 3D2EA 2A6AA 3UKUB 3O08A 1XQSC 4A2BA 1RGIA 5LJVA 5BPMA 4FL9A 3LDLA 4H0YB 1U6ZA 2QWNA 3DXKA 1RFQA 4H03B 2OANA 2A5XA 3J8AA 3L0QA 4BRGA 1V4SA 2P9SB 2H3GX 2QWLA 3C0BA 4BR0A 2PBDA 4L3QA 1DGKN 3MMVA 2V7ZA 1U2VB 1BUPA 4CZIA 5BN9A 3CJ7A 5KPRA 1SAZA 4IWVA 1BDGA 1YAGA 3BF3A 3D2FA 1S22A 5AZJA 1QZ6A 4FWKA 3QFUA 1GLJO 4WYBA 5AQTA 1ZC6A 3IDHA 4H5WA 3VEYA 3AAPA 5JMVA 4JHDB 2A3ZA 1KAZA 1YXQA 3R6MA 5JLHA 2P9PB 4MO5A 3FZKA 4BVPA 4EIAA 4QS9A 3EKUA 4FWPA 3H46O 5TKYA 3UB5A 3WXIA 4IJNA 5BRDA 1HPMA 1T44A 3VF4A 2A41A 3GG4A 5EX5A 3A0IX 3RSEB 4BGAA 2GWKA 3TPQA 4YDUA 1NGIA 2P9KB 4B1VA 1P8ZA 3QBXA 5AQZA 4H5TA 2J4RA 3EL2A 2E2NA 4IJAA 1C0FA 1HUXA 4FSVA 1ZBSA 3H6EA 3DXMA 2FSJA 4CBUA 4WQ5C 3BP8A 3SMPA 4NO7A 4BC4A 4NB4A 2ASMA 2QM1A 2YHYA 4BRDA 2GELA 3I8BA 4CJ7A 4HWIA 2ASPA 3LL3A 3P4IA 3CJCA 5LJWA 4PKHA 3WEEA 3O1WA 3ZEUB 2IIRA 3QDKA 4EHTA 4JN4A 1R59O 2Q1NA 4PKIA 2FF3B 1K8KA 1MDUB 4H5VA 4K42A 4BRCA 4RWTA 4FOIA 3A5LC 3L6QA 5AQGA 3LDQA 4WQ4C 2GTDA 3VF6A 1KAXA 3ZX0A 4JNEA 5AZIB 4B1YB 3H3NO 4H0XB 5E26A 3VOVA 4B9QA 3O1BA 2Q0RA 1X3NA 5AQVA 2W41A 4GY2B 4M63C 3UKRA 5AZJB 2QW9A 3VERA 4FWOA 5ADXA 4BRMA 3QB0A 1TYQA 1MWMA 3EZWA 4FWNA 3A5MC 5AFUA 4BG9A 3KVGA 2VWBA 3QBWA 4DB3A 4JD2A 1T6CA 2IVOA 4I6MB 1NGHA 2PAVA 2P9NA 3U8XA 1GLAG 3ENOA 1YVNA 5EY4A 3O5BA 3FLCO 2GWJA 3GDQA 1BOTO 5AQWA 3VESA 4BR4A 1NBWA 4BQLA 4BR2A 5I9EB 3EKSA 2YJFA 1NLVA 5AQSA 3WT0A 4CZLA 1WOQA 3U4LA 4AM6A 1GLCG 4JAXA 3CJ1A 2GEMA 1NWKA 1TUYA 5AQYA 4B1WB 4IXCA 4A2AA 2VYPA 1HKGA 3VEOA 2D4WA 3SK3A 3M3ZA 1GLEG 3FE1A 4F9OA 5BRHA 4IO8A 2W40A 3AARA 3U9ZA 2F9TA 4H0VB 1DEJA 4FOEA 4MLHA 3WEEB 2ZGZA 3ULEA 4K43A 3FZMA 2QWQA 2AP1A 2UYTA 3MCPA 1QHAA 3VEXA 4BGBA 4BRPA 2YJEA 2HOEA 3IFRA 3AAQA 3BEXA 1NGDA 4YDUC 3W3DA 2ZGYA 1IG8A 3B8AX 4PL7A 4H0OA 3VEWA 4BC3A 5AQIA 2ZWHA 2P9UB 1SQKA 1NMDA 4RTFD 5BPLA 2GUPA 2P9IA 3ATVA 3VF2A 3D7EO 2Q97A 4MO4A 4BRNA 2YI1A 2HMPA 3FZLA 2YHXA 5AQMA 1QQMA 5AQQA 1NGAA 5AQNA 4CZHA 1NGGA 4PKGA 1H1VA 3R9PA 5CE3A 4XH1A 2AA4A 4H0TB 3VPZA 3L4IA 5AQRA 1ATSA 4JD2B 3BUZB 4M7YA 3MN9A 3WXLA 1JCFA 3H3OB 2QWRA 3QICA 1IJJA 3HTVA 2IVNA 1ESVA 2HF4A 2FXUA 3JS6A 3QFPA 1HJOA 1XUPO 2I7PA 3EN9A 3HSCA 2P9LB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QWPA 4X62K 3QINA 3OVNA 4CEFA 2RE2A 1TV6A 2NNWA 3LAKA 3QIPA 5AQJA 2E2PA 3P38A 5BR9A 3L8BA 4MFBA 4K41A 1NM1A 1KAYA 5E41A 3O9QA 2F7TA 2ZE2A 3J7AP 4CFAA 4E89A 5I42A 2QK9A 1J5OA 1RDDA 3FFKB 1G15A 1QVGM 5JVHL 3NVKA 3DI6A 1OVQA 3SBGA 4DCHA 2B6AA 4J2DA 4AHTA 1YTAA 1WNSA 4BVOA 3SMSA 1X9SA 4KFBA 4CZEA 1LAVA 3ATUA 2YNGA 5FPEA 5FPDA 3OYGA 4H0PA 2D1KA 2NRWA 2FF6A 3TAMA 5E84A 3KK2A 3NH2A 3ENHA 5CYQA 4JS4A 4CJEA 4GV9A 1EXQA 3VGMA 5AFUH 4FLZA 4M3UA 3F5TA 4CVNE 3VMFB 4DLGA 2I5JA 1QHTA 4LH4A 3THYB 4W5QA 4CERA 5BR8K 5B8HA 3G25A 3VQQA 2Q0UA 5KPZA 1WSIA 3PY8A 4EFHA 3TTDA 1FKPA 1WAJA 4BC5A 1X9JA 4BR9A 1K9MO 2E88A 2WFBA 3QEWA 1DT9A 2OZMA 2FLOA 3UE5A 4BE2A 4CZFA 4DSEA 4A61A 2E1YA 3ZEUA 1WSGA 4CJTA 5DM7L 1U04A 4DQPA 1K8KB 3V9UA 3NF9A 3HK2A 5HRRA 1RT3A 4BROA 4OKEA 3NMUA 5K14A 1EP4A 2BUPA 1N8RO 4B1UB 3AVCA 1NK9A 4FK0A 5KPTA 3JXUA 5AZIA 3BGRA 1N6QA 2E2OA 1HR0K 4JKCA 4LF6K 4IDKA 2V51B 4CZGA 3HPGA 3O4NA 3CC7N 1W97L 1KFSA 2GBZA 4DTMA 4FZYA 4CZKA 3DAWA 4FWMA 3O3FA 4JI8K 4AHSA 3CD6N 3MDQA 2YNIA 5SZTA 4JKAA 1VQ9N 1LW2A 4DTSA 1LWCA 4YFUA 4FLXA 5HP1A 1RBVA 1ZBIA 2D0OA 1LOTB 1VSHA 2A1SA 3QO9A 3HJFA 3O6WA 3KJVA 3G10A 2ZQBA 3C6HA 4XEIA 1RDWX 1Z6RA 3KLEA 4CBWA 4OPKA 3TABA 4FJ9A 3GBTA 4KO0A 4DQIA 1ZBFA 2O4GA 2HNZA 2G8FA 3SJHA 1VQ6N 4J2EA 3THXA 5C24A 2ZD1A 4LY7A 3WXMB 2UUAK 4PUOA 1YJ9N 3A5OC 4FJJA 3LM2A 3O9TA 3SJJA 3K2PA 4CHOA 4BRLA 5C2FA 4Z4FA 1HX1A 4DQ8A 2Z1IA 3IAYA 4WQ5A 2P9UA 1XNRK 1KRPA 4O8KA 4Z0UA 3VEVA 3VENA 1X3MA 2W6KA 4KTZA 2VGMA 4K8ZA 3KLIA 2V52B 1HMVA 1VQ4N 3S9HA 3NCIA 2WC9A 3CCSN 3C6AA 4FO0A 3K0SA 3HM8A 4LC9B 3ZT1A 4PY5A 3I33A 4GNIA 4DFKA 1S9GA 1BCOA 1VSEA 5F0XA 1TL3A 4CGGA 1Y64A 3ZSRA 2EWSA 2VCPA 3SAHA 4MQ3A 3KK7A 1GLDG 3RR7A 4DKWA 4YHHK 4CF8A 3OYNA 3CFRA 3L2WA 3O9RA 1RGIA 3LP0A 5BPMA 4HUEA 4FL9A 1TKDA 4JK9A 2P1JA 3AVHA 4H0YB 2QWNA 2D0AA 4KPYA 3L0QA 1ILYA 1X9MA 2QWLA 1S5JA 3AGRA 5C25A 5KGXA 1YF5L 2V7ZA 3ZSYA 1VQLN 4DMNA 3DRPA 3V1QA 1EX4A 1RT4A 2HW3A 3CJ7A 1NG9A 5KPRA 3C95A 1NOYA 3KLGA 3D2FA 1S22A 3U6FA 5AZJA 1REVA 3ZT4A 1QZ6A 4FWKA 1VQON 5SWMA 2VQFK 1VSIA 5AQTA 1ZC6A 3VEYA 4LD0A 1VRTA 2A3ZA 4B9TA 2YNHA 4UY8O 1YXQA 3R6MA 4MO5A 3QNOA 4EIAA 2G8IA 1JLQA 2HHXA 3WXIA 4CHZA 3AVGA 4FK2A 4CJSA 1U48A 2KLAA 2GWKA 1VSMA 2J4RA 3EL2A 2VGNA 4C8OA 3E9LA 2HHVA 3DXMA 1Q9XA 2FSJA 4WQ5C 4M3WA 4NO7A 4DTNA 4GVMA 4BC4A 2ASMA 1WBBA 3F73A 4HWIA 3DOKA 3LL3A 1CLQA 5LJWA 4FLTA 3RR8A 3O1WA 3ZEUB 1NJWA 4N41A 3P83D 2Q1NA 4PKIA 4H5VA 1NK6A 1RTIA 4C8MA 5M1PA 4A5AA 3ZX0A 1HQUA 3SYZA 3HYFA 5AZIB 3ZYYX 4B1YB 4B9QA 2G8KA 5AQVA 3OYHA 1HPZA 3AVLA 2KQ2A 4CJUA 3G4SN 3UKRA 2QW9A 3OS0A 4FWOA 1ZBHA 4E1NA 1KQSM 3QB0A 3PLAA 1TYQA 1MWMA 5J2NA 4FJIA 3JSMA 4CIEA 4FWNA 4F4KA 3ENBA 4IFEA 5AFUA 2VWBA 3CCJN 4JD2A 1J53A 1GLAG 3THWA 1YVNA 3O5BA 4YOWA 2HVIA 2UXDK 1NBWA 1NLVA 4C1NI 3ZSZA 2ETJA 1RT1A 3TAFA 4JI3K 1EETA 1QSYA 4FJMA 3DLLL 1WN7A 5DK5A 2GEMA 1NK5A 2X78A 3KWGA 3WNFA 4IG3A 2UXCK 1N32K 1RDAA 4IXCA 4U7BA 4YOUA 2VYPA 3B6PA 3VEOA 2PZSA 3SK3A 3THXB 3MXJA 4OLBA 3NH0A 5HROA 5BRHA 3AARA 4JK7A 4F3TA 3DM2A 4E3SA 2VG5A 1KTQA 4CEQA 2UYTA 3MCPA 1QHAA 3OA9A 3PV8A 3AAQA 2F8TA 4FZZA 4DV5K 4CGFA 2JLEA 2ZGYA 1IH7A 2OCEA 4OPAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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