1GLFO

Crystal structures of escherichia coli glycerol kinase and the mutant a65t in an inactive tetramer: conformational changes and implications for allosteric regulation
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
EKKYIVALDQGTTSSRAVVMDHDANIISVSQREFEQIYPKPGWVEHDPMEIWATQSSTLVEVLAKADISSDQIAAIGITNQRETTIVWEKETGKPIYNAIVWQCRRTAEICEHLKRDGLEDYIRSNTGLVIDPYFSGTKVKWILDHVEGSRERARRGELLFGTVDTWLIWKMTQGRVHVTDYTNASRTMLFNIHTLDWDDKMLEVLDIPREMLPEVRRSSEVYGQTNIGGKGGTRIPISGIAGDQQAALFGQLCVKEGMAKNTYGTGCFMLMNTGEKAVKSENGLLTTIACGPTGEVNYALEGAVFMAGASIQWLRDEMKLINDAYDSEYFATKVQNTNGVYVVPAFTGLGAPYWDPYARGAIFGLTRGVNANHIIRATLESIAYQTRDVLEAMQADSGIRLHALRVDGGAVANNFLMQFQSDILGTRVERPEVREVTALGAAYLAGLAVGFWQNLDELQEKAVIEREFRPGIETTERNYRYAGWKKAVKRAMAWEEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Glycerol kinase from Escherichia coli and an Ala65-->Thr mutant: the crystal structures reveal conformational changes with implications for allosteric regulation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (GLYCEROL KINASE)
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 168
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence X, Y, Z
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 1998-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1glfO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1glfO01
3EN9A 4B1YB 1E4FT 5AQQA 4PL7A 4MO4A 4BGAA 4A62A 1QQOA 3WQUA 5EY4A 2QWQA 3RSEB 3H1VX 3SMPA 3VGMA 5LJVA 2P9KA 2WUSA 4BR7A 2FF6A 4RWTA 3UB5A 3S41A 4A2BA 4FWKA 3CJ1A 1E4GT 1S3XA 3H45C 4BG9A 1ZBSA 1MWMA 2IVNA 3AARA 2QWRA 1XC3A 1DEJA 3CJ7A 4EFHA 2PAVA 2V7YA 2ZGYA 4H0PA 3EL2A 2NZTA 4JD2B 3CJAA 5BRFA 1HLUA 4ISEA 1NGHA 3R9PA 3HTVA 3FZHA 1NM1A 2ASOA 1J6ZA 2VCPA 1RDWX 2ASMA 2YJFA 4EHUA 3L6QA 5AZJA 5AQFA 4IJNA 5AQLA 1JCEA 3JS6A 5BPNA 3M6GA 3ZX3A 1Z05A 1BG3A 3GE1A 1V4TA 2ITMA 1HKGA 1YXQA 1HPMA 2D0OA 4FO0A 4JHDB 1NGGA 2W40A 2FF3B 3CI5A 1DKGD 2NLXA 3C7NB 2E2OA 3IDHA 3CQXA 3FZMA 2FSJA 4B1UB 2ZGZA 5KPZA 3CJ9A 4K43A 5JMVA 4H5NA 5AQNA 2IVPA 1D4XA 3H3OB 3G25A 5AQXA 3VERA 2Q36A 5AZIA 2E1ZA 5AQJA 2Q0UA 2P9LB 1BA0A 1BOTO 3LDPA 5I9EB 1MDUB 3O8MA 1NGJA 3DXMA 1BO5O 3D2EA 5AR0A 3FR0A 3CERA 5ADXH 3AAQA 5BRDA 4BROA 5BPMA 1WOQA 4LC9B 4BVPA 1NGDA 1SAZA 3FGUA 3MK6A 4H5VA 1R59O 4WQ5A 5KQ8A 4CZLA 3HBTA 4MLHA 2D4WA 3AAPA 4BC3A 1NLVA 3LM2A 2E20A 2HOEA 3RSEA 3QB0A 3UKRB 3KVGA 1V4SA 1LCUA 1U2VB 3BEXA 4H0VB 4IWVA 4QS8A 3W3DA 3QDKA 3IMXA 1GLJO 4IXCA 1TUUA 5AQHA 3P4IA 3QICA 4JAXA 2AP1A 3L0QA 1KXPA 1H1VA 2QW9A 3M3ZA 5AQWA 5BN9A 1NGBA 3I8BA 1QZ5A 5FPEA 4A61A 2HMPA 4JD2A 5ADXA 1U6ZA 1NBWA 1YAGA 4BRMA 2E2QA 4FPAA 2BTFA 3AY9A 3VEOA 1XQSC 4NB4A 4QS7A 2GTDA 4MO5A 2QM1A 4BGBA 2ZF5O 1KAXA 3FZLA 2EWSA 1RFQA 3SLCA 4MLEA 2V7ZA 4AM6A 4H5RA 3R8EA 2V51B 3JXUA 1S22A 4CZMA 2GWJA 3C0BA 2V52B 2YCHA 3VEZA 2OANA 4CI6A 1SZ2A 4H0OA 4BRFA 3FZFA 3CIPA 1GLCG 3VEYA 5AQIA 2P9UB 3U9ZA 4BR0A 4JHDA 4WQ5C 4YDUA 3SJHA 2D0PA 4H5WA 3ZETB 1SQKA 3VENA 2ZWHA 3R6MA 4CD3A 1DGKN 4C23A 4BC4A 3QFUA 2VWBA 3WT0A 3WXJA 1ZC6A 5F1XA 4O5FA 3QBWA 3ENOA 4XH1A 2F9TA 2P9LA 3DJCA 4FWLA 4BVOA 1K8KB 3SMSA 5KPRA 4BQZA 1YUWA 4K41A 3WXIA 5JLHA 2CGJA 2FSKA 3LDNA 4CZKA 3MDQA 2I7PA 3QMLA 4CBXA 5BPLA 4CZIA 4GY2B 4M7XA 2Q0RA 3VOVA 1G99A 3UKUB 4K42A 5BN8A 3WEEB 3ZX0A 3H6EA 5AQSA 3EO3A 4FOEA 4A2AA 1XUPO 3TPQA 3HZ6A 3GDQA 3ULEA 3FZKA 3UKRA 3LDOA 4KBOA 1U2VA 2KHOA 2P9PA 5BRHA 3A0IX 3A5NC 5JICA 3GG4A 3IUCA 4HTLA 3CQYA 4BRLA 4FWMA 3WXKA 4B1VA 2Q1NA 3DAWA 4EIAA 1KAYA 1BDGA 3A8YA 3VEVA 2A41A 1GLAG 2E1YA 5E26A 1IG8A 2GWKA 1Y64A 3LDLA 4K25A 3BF3A 3QBXA 4IJAA 1ATRA 4PKHA 3H46O 5AQYA 4BRGA 5JLFA 4BC2A 5AFUH 5TKYA 5LY3A 2QWNA 2QWLA 1HUXA 4I6MB 3ZEUB 3MCPA 3IFRA 4BRQA 2QWOA 4FWRA 5KPTA 3FFKB 2Q97A 5EX5A 1Z6RA 3BF1A 2NRHA 4BRNA 3WUHA 2DPNA 4WYBA 4H0YB 2YI1A 3O1BA 1BA1A 5KQDA 4CZGA 4BR4A 4EHTA 1C0FA 2FXUA 3B8AX 2P9UA 3M1FA 4BRHA 5BREA 2A3ZA 1HX1A 4XEIA 3ZETA 3D7EO 3EKUA 4FWSA 1X3NA 2CGLA 3U4LA 1NGCA 3WQTA 1JCGA 5AQZA 4FL9A 4BRIA 1YVNA 5AFUA 1BU6O 5AQVA 2Q31A 1ZXOA 1X9JA 2VYPA 3MN6A 4EAHD 4BQLA 4CZEA 2QWPA 3ENHA 3OHRA 1RGIA 1QZ6A 5FPDA 1K8KA 4J8FA 1IJJA 4JN4A 4AM7A 2P9IB 1GLEG 1GLDG 3KHYA 2GUPA 4Z94A 4ISFA 1X3MA 3WXLA 2HF4A 3GL1A 4BRKA 3LM9A 2J4RA 4PKIA 3W0LA 3FE1A 2AA4A 3UKUA 1JCFA 4BRDA 3L4IA 3O80A 3WEEA 3VGLA 2D1KA 2P9SB 4BR9A 1HKBA 4JNEA 3MN9A 4BC5A 2W41A 2FLOA 4PL8A 1MA9B 3C7NA 2QXLA 4NO7A 3O1WA 2P9NB 2HF3A 4B9QA 3O5BA 3H3NO 1TYQB 4CBUA 5BR9A 4XH5A 1HJOA 4WQ4A 2E2PA 3VPZA 2YJEA 5AQTA 4CZFA 4BREA 5AQOA 1QQMA 1T44A 2YHXA 4CJ7A 2E8AA 3U9DA 3D2FB 3CHWA 1EQYA 1GLFO 1T6CA 2Q2RA 1HKCA 3KZBA 4M63C 4FOIA 4B1XB 4XH4A 3A5OC 4I6MA 3ZEUA 4CBWA 3DXKB 2H3GX 1NWKA 2E2NA 3F9MA 3VF6A 2BUPA 4RTFD 3ZX2A 2A40A 3DWLA 2A6AA 1QHAA 4H0XB 1WUAA 1NMDA 3A5MC 1NGFA 1ATSA 3I33A 3VETA 3MN7A 5AQGA 3H1QA 3ATUA 1Q18A 1KAZA 3J8AA 5F2RA 4BG8A 2FSNA 3CJBA 1GLBG 3GOIA 3TU5A 5CE3A 1NGIA 4CZHA 2CH6A 5EOYA 4CZJA 2P9KB 4DHYA 5LJWA 2UYTA 5ELZA 2PBDA 3HI0A 4B1WB 3VGKA 4IO8A 5EVZA 4H03B 4YDUC 4CD1A 4L3QA 3ID8A 1NGAA 4HWIA 5EXWA 4H0TB 4H5TA 5AQPA 2IVOA 1MWKA 3LL3A 4DQ8A 4F9OA 1NGEA 4BRAA 3QFPA 4WQ4C 2YHWA 4O8KA 4BRCA 2CGKA 4M7YA 2A5XA 3EKSA 3VF2A 3O08A 1GLLO 3EZWA 3BUZB 4DB3A 2I7NA 2P9IA 3GBTA 5B8HA 5AQUA 1LOTB 3MMVA 3O6WA 5F0XA 5FPMA 2GEMA 5AZJB 3HSCA 2P9SA 4FPBA 3VF4A 4PKGA 1C0GA 2GELA 5AQRA 4FWPA 5AQMA 4E1JA 2F9WA 4FWOA 3BP8A 4FSVA 2P9NA 4B1ZA 4FWNA 3ATVA 4BR2A 2CH5A 2A42A 1TYQA 2E88A 3SK3A 5E84A 2IIRA 3ULEB 1OKJA 1QQNA 1T6DA 3HM8A 2P9PB 3LDQA 1BWFO 3CETA 3FLCO 3CJCA 1P8ZA 3D2FA 4QS9A 3VEWA 1ATNA 3U8XA 2YHYA 3MN5A 4BRPA 1BUPA 5AZIB 3O4WA 4DCHA 3DXKA 4FWQA 3UE5A 2QWMA 3DXMB 3VEXA 3D2EB 4BR5A 2ASPA 4GNIA 3VESA 1TUYA 5FPNA 1ESVA 5AQKA 3A5LC 4IZ9A 4Y0WA 1CZAN 4RCHA 4ISGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OBWA 2Z1IA 5AQQA 3HXMA 4BGAA 4BE0A 2QWQA 3H1VX 3K9KA 1NK6A 4B9LA 4RWTA 3UB5A 4A2BA 2KKZA 3H45C 1S3XA 4YFUA 1ZBSA 1MWMA 2IVNA 3AARA 2BE2A 4IOXA 1TK0A 3CJ7A 4EFHA 5FRNA 2PAVA 2ZGYA 3CCSN 4JD2B 3WNGA 1S1XA 2QKKA 1YJNN 4IFYA 4ISEA 4C8MA 3R9PA 3OYMA 1J6ZA 4I9QA 3LDSA 3L6QA 3SV3A 5AZJA 1BI4A 3M6GA 3ZX3A 1T7PA 3LWLA 1TAUA 1LW0A 2OPSA 1Q81O 4CK3A 3E9PA 3P5JA 1V4TA 2ITMA 3B6OA 4R5PA 1T03A 1HPMA 4FO0A 3CXCM 2DFHA 4N41A 1QSYA 2E2OA 3CQXA 2ZGZA 3AVJA 4JI6K 4CGHA 1S1UA 3BZCA 4JI1K 3DLBA 1D4XA 1N34K 4FLVA 1RTJA 3NF7A 4JKGB 4OLAA 5AQJA 2P9LB 1BA0A 3THWA 1JLAA 2BH1A 3O8MA 1BO5O 3AVNA 3CCEN 4J2EA 3UIQA 2P51A 5BPMA 4FW1A 1WOQA 2OCEA 3TTCA 1NGDA 3MK6A 3ZCMA 3ZSYA 4R79A 1LAVA 2EX3A 4CK1A 1FKPA 4DV1K 4DKWA 3J7YP 4JRQA 3DRRA 4CEEA 1QVGM 3RWUA 4DU4A 1EXQA 4C8LA 3RSEA 1HNVA 1WSHA 1XMQK 3KIOA 3CMAN 2XY5A 4DS5A 1NK8A 4ELVA 5AQHA 1RCHA 3QICA 3WNHA 1KXPA 4JKAA 2QW9A 4X66K 4CIEA 5H1SQ 1W9HA 5AQWA 5BN9A 1VQ8N 3D0PA 5FPEA 4A61A 5AJ3K 3OW2M 5ADXA 1U6ZA 2E2QA 4CHQA 3AA2A 1NU0A 1UOCA 3PUFA 3MXJA 4Z4IA 4OPAA 3AY9A 4JYAK 3NVKA 4NB4A 1LW2A 2HVHA 4MO5A 2QM1A 1KAXA 4FM2A 4E89A 3SLCA 3ASMA 2V7ZA 4MLEA 3NDKA 3V4IA 1S22A 4CZMA 4FLYA 4HCBA 2GWJA 3C0BA 3KD1E 2X6NA 3O3FA 2YCHA 4CJ3A 4CI6A 1L3SA 4AF1A 1GOAA 1OH7A 4JK9A 1RDCA 2XY8A 1N5YA 2YX6A 2B6AA 1WSFA 2P9UB 3U9ZA 4BR0A 5LMUK 1ZYQA 3MX2A 2D0PA 4AHSA 3ZETB 4JI3K 4L8RB 5J1EA 4DSIA 1B92A 3IG1A 2WTUA 3LANA 4PWDA 1BIZA 3OYIA 4CD3A 1DGKN 3TAGA 2O8FB 5FRMA 4E1NA 1ZC6A 1L3UA 4KHNA 3G0ZA 4F2SA 3ENOA 1U48A 4XH1A 3OYEA 5KPRA 4GKKK 4K41A 3WXIA 4NCBA 4CZKA 3QMLA 4CBXA 4CK2A 5BPLA 1ZBUA 1M90O 5KRTA 1L5UA 3G4SN 3UKUB 4K42A 3F9KA 3EE9A 4A59A 3K2PA 3RRHA 4DFPA 1HNIA 1HNXK 3UKRA 4KBOA 2ETJA 1W0HA 3E66A 4RW6A 1EKEA 3GG4A 1RBTA 3HOTA 1C6VA 3J80O 4ZTJA 3SAGA 1YIJN 1SV5A 4DWIA 2FBXA 4JI7K 2Z1GA 3NF8A 4FLXA 1RBUA 2GWKA 2HHVA 1JLEA 4KH4A 4JKFA 3AA4A 4PKHA 5AQYA 2OZMA 3PSIA 5AFUH 5TKYA 4AHTA 4V19S 2QWNA 3CFPA 1RT4A 2QWLA 2PY5A 4I6MB 5FLXO 1BHLA 2HMIA 3FFKB 2Q97A 5EX5A 3K9JA 3CCLN 2P5GA 2O8EA 1RDBA 3SJJA 4E3SA 2DPNA 1IKXA 4M41A 2VQFK 3CPWM 1WNSA 4BR4A 2G8KA 1KTQA 3QNOA 3IKMA 3LPTA 4BWJA 4CEDA 1R0AA 4BRHA 4CEZA 3D45A 1RBSA 1X3NA 1YF5L 3CD6N 4I2QA 4B9UA 3AVGA 4BACA 3NH1A 4JKBA 1VQON 2ZJPL 5AQVA 1WSGA 4OKKA 3VQDA 4EAHD 4JKCA 3ENHA 3ID6A 4J8FA 1QTMA 4AM7A 2P9IB 4AH9A 2GUPA 4U67L 4ISFA 1HYZA 3V6DA 4NCAA 3LM9A 2J4RA 2DFEA 3W0LA 3L4IA 1T3VA 3NE6A 2P9SB 2RN2A 4CFDA 3F73A 4H4OA 1HKBA 3K58A 3L8BA 2W41A 4LY7A 4FJ9A 3ISNC 4PL8A 3ALYA 1MA9B 3M8QA 1VQPN 4NYNA 4NO7A 4CFBA 3CC7N 4FJIA 2P9NB 1WLJA 1NK0A 3HJFA 1HJOA 4WQ4A 3CCMN 5E41A 2RHKA 3VPZA 2YJEA 3SUQA 4BREA 4O8UA 4CEBA 1QQMA 2O4GA 1RNHA 3O9RA 3S9HA 1S1WA 5K14A 1GOBA 2YHXA 4CJ7A 2G8IA 2E8AA 5C12A 1GOCA 3DOLA 2Q2RA 4FYDA 4WFBL 4Z0UA 3TAQA 3ZEUA 1MU2A 3OS2A 2A40A 3ZT2A 1ZBIA 1UAXA 4KREA 2KQ2A 3M8RA 1QHAA 4H0XB 4M45A 2Z1JA 3RTVA 1RT1A 3MEDA 4W5OA 3ATUA 4DR2K 4GV6A 3J8AA 2XO7A 2FSNA 1TK5A 3OYHA 4Z4FA 3ENBA 4DFJA 3WXMB 4DR4K 4CZHA 1RBRA 5EOYA 3C6HA 2KTQA 3VGKA 5EVZA 4H03B 4YDUC 3H08A 4RW9A 4M3UA 2O8DA 1J9AA 2IVOA 1MWKA 1U45A 4F9OA 3DLGA 1S6PA 3SQ4A 2YHWA 2CGKA 4HUEA 1OH5A 1Q7YO 1K6YA 4KI4A 3ZSWA 4X62K 4KB0A 1LOTB 3MMVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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