1GLJO

Escherichia coli glycerol kinase mutant with bound atp analog showing substantial domain motion
Total Genus 165
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
165
sequence length
498
structure length
494
Chain Sequence
EKKYIVALDQGTTSSRAVVMDHDANIISVSQREFEQIYPKPGWVEHDPMEIWATQSWTLVEVLAKADISSDQIAAIGITNQRETTIVWEKETGKPIYNAIVWQCRRTAEICEHLKRDGLEDYIRSNTGLVIDPYFSGTKVKWILDHVEGSRERARRGELLFGTVDTWLIWKMTQGRVHVTDYTNASRTMLFNIHTLDWDDKMLEVLDIPREMLPEVRRSSEVYGQTNIGTRIPISGIAGDQQAALFGQLCVKEGMAKNTYGTGCFMLMNTGEKAVKSENGLLTTIACGPTGEVNYALEGAVFMAGASIQWLRDEMKLINDAYDSEYFATKVQNTNGVYVVPAFTGLGAPYWDPYARGAIFGLTRGVNANHIIRATLESIAYQTRDVLEAMQADSGIRLHALRVDGGAVANNFLMQFQSDILGTRVERPEVREVTALGAAYLAGLAVGFWQNLDELQEKAVIEREFRPGIETTERNYRYAGWKKAVKRAMAWEEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structures of Escherichia coli glycerol kinase variant S58-->W in complex with nonhydrolyzable ATP analogues reveal a putative active conformation of the enzyme as a result of domain motion.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLYCEROL KINASE
molecule tags Phosphotransferase
source organism Escherichia coli
total genus 165
structure length 494
sequence length 498
chains with identical sequence Y
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 1998-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1gljO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1gljO01
2A42A 5CE3A 3BEXA 2P9SB 2IVNA 1E4FT 2FF6A 2CGKA 2GELA 1XC3A 3FZFA 1ZC6A 3BP8A 1BG3A 2CH5A 3O8MA 4H5NA 1GLJO 3CETA 3EZWA 2ASPA 3VPZA 4FL9A 4BG8A 2NZTA 3H45C 2P9SA 2HMPA 1X9JA 3EO3A 3ENHA 3MN6A 4BRMA 3U9DA 4CD3A 3D7EO 1HX1A 4IZ9A 3WXJA 2I7NA 3GE1A 3LDPA 4A62A 3C7NB 2VYPA 2YJEA 2E20A 2OANA 1JCGA 3HBTA 5ELZA 3O80A 4BVPA 5AQJA 4CZGA 3VGKA 4FWKA 3CIPA 4FO0A 4WQ5A 1YUWA 3ULEB 3VOVA 5EXWA 3A8YA 3GDQA 2A40A 1HJOA 3R8EA 4FOIA 2P9KB 3C7NA 4NO7A 4IO8A 3DXMB 3U8XA 1HKGA 1WOQA 4HTLA 5EX5A 1YAGA 4Z94A 2IIRA 1LCUA 2CGLA 3VENA 4H0PA 1BOTO 4FWPA 1MA9B 3LDLA 1BU6O 5AQUA 4EFHA 2GEMA 2P9PB 3ULEA 2GUPA 3EN9A 4M7YA 4CBWA 2P9KA 3FGUA 3H1VX 3ZX2A 1QQMA 4IJNA 3VGLA 3W0LA 3BF3A 3O5BA 3SLCA 2ZWHA 4HWIA 5AQQA 5BPNA 2BUPA 3L6QA 2QWRA 3WUHA 2Q1NA 4QS7A 3MMVA 3SK3A 2W40A 2Q0UA 2P9PA 2Q0RA 4ISGA 3GOIA 3VETA 3HZ6A 3UKRB 4DCHA 4NB4A 4ISFA 5BREA 3S41A 3FLCO 1NGEA 2CGJA 2A5XA 1NGBA 4CZIA 3MN7A 3O1BA 4BRDA 3ZX3A 4K43A 2E2PA 2V7YA 3TU5A 3WEEB 3QICA 5AQIA 3UB5A 3UKRA 2VWBA 4QS8A 2A3ZA 2QWLA 2ZGYA 2EWSA 3L0QA 4H0VB 3M1FA 3TPQA 4I6MB 3H3NO 5AFUA 1Z05A 4FWMA 3FZMA 4BRCA 3GL1A 3VEZA 1SAZA 4K42A 4BRAA 1NLVA 1NGJA 1GLFO 2ASOA 2QWQA 4IJAA 3A5MC 3WEEA 3ZEUB 1Q18A 1QHAA 3KVGA 5KQ8A 1IG8A 4BREA 2V51B 1R59O 5LJVA 4BR2A 3RSEB 2A6AA 2P9UB 4WQ4A 2FSKA 4I6MA 4L3QA 2GWJA 4DHYA 4JNEA 5LJWA 5BN8A 3VERA 1C0GA 4BC2A 2QWPA 3MN9A 4CZHA 4H5VA 3U9ZA 3M6GA 3VEVA 3ZEUA 3AARA 2NRHA 1HKBA 2Q97A 3VEWA 1QQNA 1RDWX 2E2OA 3A5NC 5BPLA 2QM1A 4FOEA 3A5OC 4FWNA 3RSEA 4CZEA 2P9UA 4B9QA 2UYTA 3JS6A 5TKYA 4B1YB 3ZX0A 1JCFA 2KHOA 2IVPA 2V52B 5AQXA 1KXPA 4BC4A 4BRQA 3FZKA 5AQTA 1ATNA 3GG4A 4BR4A 5AQZA 5E84A 3G25A 4EHTA 4RCHA 1V4SA 3LM2A 2GTDA 4BRGA 4BVOA 1NGGA 2ASMA 3BUZB 3H46O 1BWFO 2CH6A 5AFUH 3DAWA 3KZBA 2AP1A 4JHDB 1QZ5A 5AQYA 4XH4A 2P9LB 3U4LA 2PAVA 1J6ZA 4IWVA 4MLHA 3CJBA 4O8KA 5AQFA 4J8FA 4BRFA 3MCPA 4H0XB 2E2NA 4H5TA 3I8BA 5AQGA 4YDUA 1TYQB 3J8AA 4BR0A 3VGMA 4CZMA 3AAPA 4BC3A 1TUUA 2E2QA 2P9LA 3ENOA 1OKJA 1GLEG 2QWOA 2FSJA 3R6MA 3WQUA 4BROA 1MWMA 2E88A 4WQ5C 5AQPA 4BRPA 1T6DA 5AQSA 3QBXA 1G99A 1E4GT 2QWMA 3DJCA 3CI5A 4H5RA 3UKUB 3DXMA 4AM7A 1TYQA 4PL7A 4A61A 4DB3A 1X3MA 5KPZA 3MN5A 4FWQA 1GLAG 1NMDA 4RTFD 4B1WB 1GLDG 2I7PA 3O1WA 1TUYA 5JICA 5FPMA 3WXLA 5F2RA 3ZETB 4BR9A 1QQOA 5AQWA 3O6WA 5AR0A 3UKUA 5AQVA 1SZ2A 4Y0WA 1HPMA 1KAZA 3L4IA 5LY3A 3AAQA 2P9IB 4BRHA 3CHWA 3ZETA 5KPTA 3CJAA 4BG9A 1XUPO 3MDQA 3DWLA 3LL3A 3QB0A 1HUXA 4JN4A 3CJ7A 5AQNA 3WXKA 3LDNA 2F9WA 2Q31A 3FZLA 4BR7A 1X3NA 2H3GX 4H5WA 1BUPA 5ADXA 3FFKB 3O4WA 4M7XA 4BR5A 1DEJA 4BRIA 2GWKA 3GBTA 2P9IA 3A5LC 3OHRA 3QBWA 1NGAA 4LC9B 1HLUA 2HF4A 3CERA 1NGFA 4BRLA 4K25A 1V4TA 4JAXA 5AQLA 2V7ZA 5B8HA 3FE1A 2D1KA 1Z6RA 4XEIA 1C0FA 1NBWA 2E1ZA 1NGIA 1YXQA 3KHYA 2ZGZA 4H0YB 4K41A 5KPRA 3A0IX 4QS9A 5BN9A 4XH5A 4RWTA 4A2BA 4B1ZA 2F9TA 3JXUA 4XH1A 3VEYA 3VEOA 2FXUA 1BDGA 4WQ4C 1QZ6A 4FWRA 4BGBA 1JCEA 4PKHA 1GLCG 5KQDA 5AQKA 3C0BA 4GY2B 4MLEA 5BRDA 5F0XA 4BRNA 4B1VA 1ESVA 1XQSC 2E8AA 4BRKA 1NGCA 1KAXA 4FWSA 3H1QA 2FSNA 2YJFA 1LOTB 2FLOA 1BA1A 3DXKB 5ADXH 2QXLA 3I33A 3H6EA 3CQXA 3SMPA 2QWNA 4PL8A 1NWKA 4FWOA 3CJ9A 5E26A 3CJ1A 3WQTA 4BQLA 2E1YA 3QMLA 4O5FA 3F9MA 4CBXA 4AM6A 2D0OA 3ATVA 5FPNA 4PKGA 1YVNA 5BRHA 1NM1A 3QFUA 3CJCA 3DXKA 4BC5A 3IUCA 5JLHA 1NGHA 4JHDA 1T6CA 2AA4A 3D2FB 2HF3A 4BQZA 3VESA 5AQHA 2PBDA 2ZF5O 3EKUA 5EVZA 4ISEA 3FZHA 4CZLA 4PKIA 5FPDA 3LM9A 4WYBA 5JMVA 3VF4A 3R9PA 4B1UB 4YDUC 4A2AA 1KAYA 3B8AX 1U2VB 1WUAA 3IMXA 1IJJA 2J4RA 3SJHA 1RFQA 3D2FA 1RGIA 1Y64A 3HSCA 1ATRA 1GLBG 1ATSA 3AY9A 1GLLO 3HTVA 3EL2A 4JD2B 4EAHD 1HKCA 2YCHA 1NGDA 4CZKA 3ATUA 2IVOA 2FF3B 3M3ZA 2WUSA 1U2VA 5EOYA 1ZXOA 4M63C 3D2EB 5BR9A 4EIAA 2P9NB 4IXCA 4H0TB 4CJ7A 5EY4A 1S22A 3SMSA 2YHXA 3VEXA 5AQRA 3FR0A 2ITMA 4DQ8A 1U6ZA 4JD2A 3IFRA 4GNIA 4KBOA 3ID8A 3WT0A 1DGKN 5JLFA 4FWLA 3W3DA 4EHUA 1K8KB 3WXIA 4BGAA 3EKSA 3HM8A 4H03B 3QFPA 3VF2A 3D2EA 2HOEA 2P9NA 4FPBA 2VCPA 3HI0A 4FPAA 5BRFA 3P4IA 5AQOA 1MDUB 1SQKA 2D0PA 2YHYA 2BTFA 1MWKA 3IDHA 3LDQA 5F1XA 4MO4A 2Q2RA 4CI6A 3LDOA 4CBUA 3UE5A 5AZJB 5I9EB 3H3OB 1K8KA 2Q36A 2YHWA 1T44A 3CQYA 1D4XA 3QDKA 1ZBSA 4CZFA 1S3XA 1BA0A 4MO5A 1DKGD 5AQMA 5AZIB 3BF1A 5AZJA 4CD1A 3VF6A 1EQYA 2DPNA 2YI1A 1H1VA 4F9OA 4H0OA 5BPMA 2NLXA 2W41A 5FPEA 4FSVA 2QW9A 3MK6A 4B1XB 4C23A 2A41A 1CZAN 1P8ZA 5AZIA 4CZJA 4E1JA 3O08A 2D4WA 1BO5O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YNHA 1EX4A 4CGDA 1A5VA 1N6QA 2G8IA 3O3FA 5BR8K 2YHBA 4NCBA 3K9JA 3FZFA 2WTUA 3L2UA 3O8MA 1EETA 3U3YA 2ASPA 3P31A 1XNRK 4EP5A 4FL9A 2FC0A 3H45C 1KQSM 4G1QA 3MN6A 4I2PA 3KTQA 4CD3A 3VQEA 4EZ9A 1T3VA 4N47A 3WXJA 4JKAA 4OO1J 2KZMA 4BWMA 4HCCA 2VYPA 2E6LA 2YJEA 3OS1A 1U49A 1BIUA 3CQ8A 3TAQA 5CZ2A 5ELZA 1VQON 1N5YA 1NG9A 3ZT1A 5AQJA 5GAGP 2I5JA 3VGKA 3CIPA 3DLKA 5SWMA 3R8EA 1J54A 1U47A 2VGNA 5J2PA 3ZT3A 3LDSA 4KB1A 1RDBA 1WOQA 3R3LA 4KFBA 3THXB 4DTNA 1HMVA 4GKKK 2IS3A 3VENA 1ZBIA 4FWPA 3MWPA 1MA9B 3K5NA 4HUFA 3V1RA 2GEMA 2P9PB 1L5UA 1FKOA 4DR1K 3ZX2A 2ITGA 3W0LA 3BF3A 3O5BA 3THXA 3SLCA 4WFBL 3ZT2A 4QOZB 2BUPA 3EZ5A 2Q1NA 3MMVA 3HPGA 5I3UA 2P9PA 2HVIA 4RW8A 3KWIA 1I3AA 3OYDA 3DLLL 3UKRB 4DUZK 3RR8A 2P5OA 4BY9C 3S41A 1RTDA 3MN7A 4CEZA 4LFCK 2E2PA 3TU5A 4JI2K 3TSQA 3UKRA 4E7JA 4DTSA 3TPQA 3MEEA 5AFUA 3TSPA 4CJKA 3V9WA 3VEZA 1SAZA 4IOXA 3HO1A 5FRMA 3ZEUB 2HBKA 2VGMA 3T69A 4AHVA 1IG8A 3AV9A 3I56N 3F73A 2V51B 5CHIA 1YT3A 2FSKA 4DHYA 3CFOA 3AVKA 5LJWA 3NCIA 1C0GA 2QWPA 1N34K 3M6GA 3ZEUA 1IKYA 1C0TA 4FYDA 3VEWA 1QQNA 3HPOA 4CZEA 4FWNA 3AVLA 3JS6A 4CJQA 3NVMA 2OPQA 3V6DA 2X74A 3DLRA 4DV4K 4BR4A 5AQZA 2XY8A 4ELUA 3BY5A 4RCHA 4FJMA 4CJWA 3CCVN 2CH6A 4CHOA 3VN5A 1ASUA 1QZ5A 1FXXA 3KWGA 4Q0BA 2P9LB 4AH9A 3QIOA 4PUOA 1J6ZA 4IWVA 4LH5A 4MLHA 4J2EA 3CJBA 3CCQN 3SQ2A 1YJNN 3I8BA 3MXMA 5AQGA 3EYZA 4YDUA 4JLHA 2G8WA 1EXQA 4BR0A 1RT3A 3QESA 1P90A 2P9LA 5DK5A 3PV8A 4CHYA 3WQUA 4BRPA 2NRZA 4AHSA 4IDKA 2QWMA 3P38A 3CI5A 3UKUB 3OJSA 4PL7A 3VTIA 3MN5A 1GLAG 1GLDG 2I7PA 5JICA 1TUYA 5FPMA 3ITHA 3TAPA 4DSLA 3O6WA 3UKUA 1HPMA 1HYVA 2FBVA 4DV1K 3PO5A 2UUBK 4LF4K 3QNOA 1FK9A 2QEXN 1BCOA 4IFYA 3AVCA 3AGKA 3CJ7A 3WXKA 4OKEA 5M1NA 2H3GX 4CHPA 1VSDA 1LWEA 2GWKA 5GINA 3AVIA 1TKXA 1OH8A 4CJLA 2YV0X 3CERA 5AQLA 2V7ZA 4C8KA 1C0FA 4LF7K 4E1NA 1IBLK 3DLHA 1Q82O 2B4JA 3G4SN 4KRFA 5BN9A 4RWTA 4KH5A 3OYJA 1VQKN 3N4QA 3VEYA 2DY4A 4M45A 4WQ4C 4BGBA 4RW9A 3LP2A 1GLCG 1EWQA 1WN7A 4DV2K 3F2KA 1KCFA 4CF9A 1CZ9A 4N76A 1Q8IA 2O4IA 4BRNA 4B1VA 3J81O 1N32K 1NGCA 4FWSA 3ZSXA 4CW7B 4OJRA 4OPAA 1LOTB 4FM0A 1X9SA 3PY8A 4B9UA 1RTIA 4CF1A 4M3XA 3DMJA 4K8ZA 4F3TA 3I33A 1EWRA 2G8HA 3D0PA 1LAWA 3CXCM 3ZT4A 1T03A 3S9HA 3CJ9A 3WQTA 4CJTA 4CEEA 4FLWA 4BDYA 3VQDA 1TKTA 4CF2A 3IUCA 3TAGA 5LMUK 4JI6K 3PIPL 1T6CA 1VSJA 2HHWA 1J5OA 3HP9A 4BQZA 5AQHA 4OKKA 2XHBA 5EVZA 4DU4A 4YFUA 3I8DA 5HROA 5C0YA 4LF8K 3WNGA 4B1UB 3CC7N 1K6YA 2X6NA 1KAYA 5EU7A 3LZJA 4I9QA 3B8AX 3IMXA 4E7LA 2J4RA 1S1XA 1VSHA 1RFQA 2HNZA 3O9QA 4HUEA 4BE1A 4JKGB 3QERA 3SAGA 1TK0A 1ATSA 1GLLO 4NXNK 3EL2A 2QKBA 5C2DA 4CZKA 4WFAL 4GVMA 2KTQA 3N4PA 2IVOA 1FJGK 2FF3B 1WAJA 4KO0A 3NGIA 1ZXOA 2PYLA 5KGWA 2ZQBA 2IAJA 4IXCA 3L2WA 4JKGA 3RMDA 3DLGA 1RT1A 1WBDA 1HPZA 2P5GA 4W5QA 4KAZA 1DGKN 3OVNA 4JI3K 3T1YK 4CEQA 3TARA 3WXIA 4BGAA 3S3OA 3EKSA 3HM8A 4H4MA 2YNIA 3WXMB 3QFPA 1VSKA 1C0MA 2ZD1A 4HUGA 2HB5A 4FPBA 3DOKA 4MDBA 4ILHA 4H4OA 5AQOA 1MDUB 1SQKA 2YHYA 3QEVA 1VQPN 2D0AA 4CI6A 4CBUA 2OCEA 4BE0A 5J1EA 2F8TA 2Q36A 2YHWA 1U4BA 4CJFA 2PFUA 1NJWA 3VQPA 1L3SA 1K73O 5FROA 1RBSA 2D0CA 4CZFA 4CF8A 1OH5A 2ATQA 5AQMA 3V4IA 4RW4A 4CGHA 4DSFA 1EQYA 4M3TA 3BGRA 3H08A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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