1GLJO

Escherichia coli glycerol kinase mutant with bound atp analog showing substantial domain motion
Total Genus 165
50100150200250300350400450020406080100120140160
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
165
sequence length
498
structure length
494
Chain Sequence
EKKYIVALDQGTTSSRAVVMDHDANIISVSQREFEQIYPKPGWVEHDPMEIWATQSWTLVEVLAKADISSDQIAAIGITNQRETTIVWEKETGKPIYNAIVWQCRRTAEICEHLKRDGLEDYIRSNTGLVIDPYFSGTKVKWILDHVEGSRERARRGELLFGTVDTWLIWKMTQGRVHVTDYTNASRTMLFNIHTLDWDDKMLEVLDIPREMLPEVRRSSEVYGQTNIGTRIPISGIAGDQQAALFGQLCVKEGMAKNTYGTGCFMLMNTGEKAVKSENGLLTTIACGPTGEVNYALEGAVFMAGASIQWLRDEMKLINDAYDSEYFATKVQNTNGVYVVPAFTGLGAPYWDPYARGAIFGLTRGVNANHIIRATLESIAYQTRDVLEAMQADSGIRLHALRVDGGAVANNFLMQFQSDILGTRVERPEVREVTALGAAYLAGLAVGFWQNLDELQEKAVIEREFRPGIETTERNYRYAGWKKAVKRAMAWEEH
50100150200250300350400450400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Phosphotransferase
source organism Escherichia coli
publication title Crystal structures of Escherichia coli glycerol kinase variant S58-->W in complex with nonhydrolyzable ATP analogues reveal a putative active conformation of the enzyme as a result of domain motion.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLYCEROL KINASE
total genus 165
structure length 494
sequence length 498
chains with identical sequence Y
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 1998-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1gljO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1gljO01
3VEXA 5AFUA 4YDUA 3B8AX 1U6ZA 4K43A 4FWNA 4QS9A 2QWNA 1XUPO 3IUCA 4BGAA 5BRDA 4CBWA 4GY2B 4FWRA 2VYPA 3QICA 3CJ7A 5LJVA 3M1FA 3LDLA 2Q0RA 1HKBA 4XEIA 2W41A 3TPQA 2A42A 2YJEA 1GLDG 2W40A 3MN7A 3SJHA 2P9NB 4BR5A 5AQLA 4CZJA 4FL9A 3RSEA 2YI1A 5BN9A 3LM2A 5BN8A 5KPZA 3F9MA 2IVNA 1R59O 4BC4A 2FSNA 3EN9A 2P9PA 3FE1A 3BEXA 3CI5A 4PKGA 4MO4A 3UKRB 3WUHA 5F1XA 4BRFA 3QBXA 3GE1A 3H1VX 3VGMA 3VEZA 4BVOA 2YJFA 3JS6A 4WQ5A 5AQIA 3M6GA 1YXQA 3MN9A 1TYQA 1KXPA 3OHRA 1RGIA 2FF3B 3U9DA 4BRCA 2NZTA 1D4XA 2D0OA 3U4LA 2V52B 3MDQA 4CZIA 3SMSA 2I7NA 2E20A 1HJOA 2GELA 3CJ9A 3LDNA 1LOTB 3A5OC 4A2AA 3C7NA 4JHDB 5EOYA 2VCPA 4H0TB 3WXLA 1JCEA 3GDQA 5KPRA 3ID8A 3AY9A 3ENHA 3U8XA 3DXKB 1JCGA 3O1BA 4JD2B 1NMDA 3M3ZA 2GWKA 4BREA 3CERA 2AP1A 4FSVA 2FXUA 4A2BA 2A40A 4FWQA 2FSJA 3D2FA 2F9TA 4IJNA 1YUWA 3WEEA 1NGGA 1C0GA 3O4WA 2CH5A 2YHXA 4QS8A 2HF4A 5AQYA 3RSEB 1HLUA 2BUPA 4H5RA 5AQGA 2E88A 1MWKA 1HPMA 4J8FA 2P9PB 4DHYA 1H1VA 5AQRA 4B9QA 3FGUA 1E4FT 5BPNA 3DAWA 1TUUA 3MN6A 1C0FA 1ZBSA 4IO8A 3UB5A 2Q2RA 4AM7A 4CZEA 2ASOA 2ZGYA 1DGKN 4CBXA 2GTDA 1J6ZA 3LDPA 3EL2A 2V51B 2Q97A 1TYQB 4H0YB 5FPMA 1BWFO 5AQSA 4RWTA 3LDOA 3W0LA 4XH4A 3ZETA 2Q1NA 4CD1A 4DQ8A 3VEYA 3O1WA 3R8EA 3QFPA 3I33A 2Q0UA 1X9JA 3QDKA 2WUSA 5AQVA 3WQUA 4AM6A 3A8YA 3QB0A 4JN4A 1V4TA 5AQKA 4BRNA 1EQYA 3ZX2A 2NRHA 3L4IA 3C7NB 4IJAA 3VERA 3G25A 3KHYA 4BRHA 3BUZB 1HX1A 2V7ZA 1SAZA 4FOEA 3DJCA 3WXIA 1SQKA 4H0OA 4KBOA 2GEMA 4BR2A 5JICA 4I6MA 2AA4A 4A62A 5AQMA 4F9OA 1HKCA 3H46O 4H0PA 2QWQA 3R6MA 4PL8A 3CJ1A 1K8KA 4BRGA 1MWMA 3D2FB 3AAQA 3MK6A 1NGJA 3WEEB 3CIPA 2VWBA 2ZGZA 2ITMA 2P9KA 3VGLA 3ZX3A 4GNIA 1BA0A 5FPDA 4H5NA 1GLFO 3WQTA 5AZIA 4BC2A 5AQHA 3EZWA 5EX5A 5FPEA 2P9SA 4BR4A 4FO0A 3JXUA 5I9EB 4K25A 4BVPA 1KAYA 5AZJA 2P9LA 4PKIA 4MLEA 5E26A 1XQSC 4XH1A 3VF4A 4L3QA 2E2PA 3AARA 1LCUA 3MCPA 3LL3A 5JLFA 2P9IA 3VEOA 1NBWA 1MDUB 3ZETB 3CETA 4BG8A 4NB4A 4H0XB 3FZKA 4WQ4C 3ULEA 1ESVA 3D2EB 4BRQA 2CH6A 1Z6RA 4BRDA 1NGFA 4Z94A 3C0BA 4O5FA 5KQDA 5BRFA 5E84A 5BPMA 3DWLA 4ISGA 4ISEA 1RDWX 3CQXA 2QWLA 2F9WA 4K42A 5ELZA 5EY4A 2EWSA 2E1YA 1GLAG 2IVPA 4CBUA 3ZEUB 4BG9A 1X3NA 1QHAA 2E2OA 1BOTO 2HMPA 4FWKA 2P9UB 4I6MB 3UKUA 3VETA 1GLCG 2J4RA 5AQQA 3O8MA 4EHTA 1K8KB 4JNEA 2QWMA 4EFHA 2E2NA 5KQ8A 4BQLA 4O8KA 2A41A 2P9KB 1NGCA 5CE3A 3CJAA 3J8AA 5EXWA 3GL1A 2Q31A 2DPNA 3H1QA 5EVZA 4BROA 1NLVA 3A5NC 1SZ2A 2QW9A 3VF2A 5AZIB 4BRAA 1S22A 1YVNA 4DB3A 4B1WB 1NGBA 2P9SB 3CJCA 4BR0A 3BF3A 4RCHA 3U9ZA 3MN5A 4BQZA 4DCHA 4WQ4A 3H3NO 4MLHA 1T44A 4PL7A 4C23A 4BRKA 2E8AA 2P9LB 4FWOA 4A61A 3A5MC 2UYTA 1WOQA 2P9IB 3VF6A 4M63C 1CZAN 3QBWA 5ADXH 5LJWA 4CZGA 2YHYA 1XC3A 3LDQA 4H5TA 1NGHA 3FR0A 3ATUA 2D4WA 3HTVA 4H5VA 4BC5A 3QFUA 4CZLA 1ZXOA 4MO5A 2YHWA 1ATNA 3UKRA 4FPAA 3VENA 3HSCA 4FPBA 3UKUB 4EAHD 3O80A 1E4GT 2A6AA 2OANA 3VEVA 5AR0A 1T6CA 3VGKA 3UE5A 3VPZA 4B1VA 3O5BA 5AQPA 2CGKA 2FLOA 1BDGA 4XH5A 5JMVA 2E2QA 2QXLA 1OKJA 3VESA 5BR9A 5AQWA 3MMVA 3EO3A 4BRLA 2QM1A 3HBTA 4WQ5C 1HKGA 4IXCA 1GLJO 3FZMA 3FLCO 4RTFD 3L0QA 5BRHA 5AQNA 5FPNA 2KHOA 2PAVA 1QQOA 3GBTA 4QS7A 2IIRA 3DXKA 5F0XA 3EKSA 3L6QA 4CZMA 5BREA 3IDHA 4E1JA 2GUPA 3A5LC 1S3XA 2NLXA 3LM9A 1GLBG 4BGBA 3AAPA 1U2VA 1ATSA 2A3ZA 2D1KA 4CJ7A 1IG8A 3FZFA 1P8ZA 2ZF5O 2FF6A 3FZHA 3ATVA 3GG4A 3R9PA 1NGEA 3KVGA 4CZHA 1DEJA 5AFUH 3KZBA 2E1ZA 3DXMA 3I8BA 1X3MA 4FOIA 3WXKA 4FWMA 4H03B 5B8HA 2BTFA 4ISFA 4CI6A 4EIAA 5BPLA 2IVOA 1QZ6A 4CZFA 3HM8A 1MA9B 3HZ6A 4BRMA 4WYBA 4Y0WA 4HWIA 4M7YA 4PKHA 4B1YB 3CJBA 5ADXA 1QZ5A 2CGJA 4H0VB 3O08A 1Y64A 4B1XB 3D7EO 3VOVA 3IFRA 4HTLA 3SK3A 3FZLA 1ZC6A 1YAGA 3ZX0A 1BUPA 4CZKA 5JLHA 3CHWA 3BF1A 1NGAA 4BR7A 1DKGD 2QWOA 3H3OB 5AZJB 1NM1A 2ASPA 2ASMA 4M7XA 2FSKA 3HI0A 2V7YA 1ATRA 3P4IA 4K41A 2I7PA 5AQXA 4EHUA 5AQJA 4IZ9A 1KAXA 4H5WA 4NO7A 3BP8A 2HF3A 1TUYA 3WT0A 4BRPA 1BA1A 1BU6O 1U2VB 3ULEB 5TKYA 3TU5A 1HUXA 3SMPA 4FWPA 1IJJA 2GWJA 4YDUC 3W3DA 5AQFA 2P9NA 4IWVA 4CD3A 5AQTA 1NWKA 3H6EA 2HOEA 1NGDA 4FWSA 3DXMB 1KAZA 1V4SA 1BG3A 2ZWHA 1GLEG 1JCFA 2D0PA 4BC3A 4LC9B 5AQOA 2A5XA 3ENOA 1NGIA 2PBDA 3H45C 1G99A 1Z05A 1QQNA 1QQMA 2QWRA 3GOIA 2QWPA 3VEWA 5KPTA 3QMLA 3SLCA 1T6DA 4B1UB 3D2EA 2Q36A 5AQUA 3CQYA 3WXJA 5F2RA 3EKUA 1WUAA 3S41A 2YCHA 3A0IX 3IMXA 1BO5O 4B1ZA 1GLLO 3FFKB 4BR9A 3O6WA 1RFQA 2H3GX 3ZEUA 5LY3A 4JHDA 5AQZA 2CGLA 4BRIA 1Q18A 2P9UA 4JAXA 4FWLA 4JD2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1XNRK 3DRSA 2HBLA 3F9KA 4QS9A 1WSGA 4KPYA 1XUPO 3SBGA 4IOAL 4BGAA 4KTQA 4GY2B 3CCSN 4ELTA 4V19S 3LDLA 3TAFA 2W40A 3SJHA 3U6FA 2P9NB 4LSLA 2OCEA 4FL9A 4FJMA 3RSEA 5D3GA 2KTQA 3LM2A 3T19A 3WNGA 5DM6L 2F8TA 4BE1A 1HYSA 3M8PA 4BC4A 3SJJA 1VK0A 4PKGA 4MO4A 5F1XA 4BRFA 3VGMA 3THWA 4DV4K 3JS6A 4F8RA 4WQ5A 5GINA 3THVA 3SUOA 3O9SA 3P31A 4CHNA 2DFHA 2NZTA 5KGXA 1EWRA 4OPAA 4CJFA 1UA0A 3CC2N 3SMSA 3L4QA 4DWIA 3CJ9A 1EKEA 3PIOL 1WBBA 1LOTB 4MDAA 3A5OC 3LP1A 4A2AA 3C7NA 5EOYA 5KPRA 4H0TB 4LF8K 1SL2A 4E7HA 4JLHA 1NMDA 1IKWA 3SNNA 4CIFA 3LAMA 3LWLA 4FXDA 1LWEA 4FSVA 3NMUA 1VQ9N 2XY8A 3CPEA 3OJUA 4JI2K 3OS2A 2CH5A 3V9ZA 1U49A 4JI4K 3V9UA 3RSEB 2E4LA 2BUPA 5IWAK 1HNIA 4H5RA 2HW3A 1S5JA 3HVTA 3OA9A 1H1VA 4B9QA 1E4FT 5BPNA 4FJKA 1TKDA 1JJ2M 4H4OA 3DOLA 1ZBFA 4YOTA 4HTUA 1C0MA 2Q2RA 2VGNA 4CZEA 2ZGYA 3VQ5A 3ZSQA 4Z4GA 2WTUA 3CFRA 4BWJA 1VQ5N 4CJTA 4LF7K 2V51B 4BE2A 5FPMA 1BWFO 4RWTA 3MEDA 1RDAA 3W0LA 3AA5X 3CCJN 4CD1A 4DQ8A 3R8EA 4FJNA 2G8VA 1IBLK 1XNQK 5AQKA 1KFDA 5DK5A 4JK7A 3ZX2A 1K8AO 1QSYA 3C7NB 4Z4FA 3VERA 4KV8A 2IC3A 3KHYA 1NJIO 4B8AB 3J80O 1VSIA 1SL1A 4DUZK 4H0OA 4KBOA 2BE2A 1NK8A 1IH7A 4HVJA 1HKCA 4H0PA 3K5MA 4U67L 1MWMA 4DUYK 1NOYA 1RCHA 4M3ZA 3J7ZO 3CIPA 4BDYA 2P9KA 3VGLA 3QNNA 1IO2A 3PO5A 4R5PA 2FC0A 1GLFO 1RBRA 5SZTA 4KTZA 3EZWA 3KLFA 2KFZA 3THXA 1S1XA 3EE9A 3VA3A 4TSXA 5AZJA 2A1SA 5KGWA 5E26A 3I8DA 3D0PA 3S3MA 4L3QA 5JVHL 2NRWA 1VQKN 3VEOA 3FFIA 3ASMA 2GV9A 4IEEA 3QEIA 2PYLA 4IG3A 3OJSA 1KSPA 3FZKA 2E6MA 3ZLJA 5J2QA 1Z6RA 1OVQA 4BRDA 3VQ6A 5HBMA 3ZSZA 1GOBA 1RT6A 4OPKA 3L2UA 1EP4A 1RDWX 4GKKK 4W5NA 4LFBK 4CEBA 1WBDA 2OZMA 4GKJK 1TV6A 2O4GA 4B9UA 3AVAA 3F5TA 4J2AA 4DR4K 1GLCG 3EZ5A 2HMIA 2HHSA 1LW2A 3E9LA 4JI8K 2QWMA 1QVGM 5KQ8A 1TAQA 4BQLA 4DTNA 2P9KB 5CE3A 4CEDA 5EXWA 3H1QA 3LZIA 5EVZA 1NLVA 2QKKA 5DM7L 1TKXA 4DB3A 5HRNA 3N4QA 4B1WB 3CJCA 3THXB 3BF3A 3D6RA 4BQZA 4WQ4A 3H3NO 1T44A 4CGDA 4C23A 2DY4A 2HHWA 1BI4A 1WOQA 2XRIA 3TANA 4M63C 2UXDK 3QBWA 5LJWA 2YHYA 3V1RA 4M3YA 3QETA 4B3RK 2X78A 3NCIA 4CK3A 3LDQA 1ASWA 4H5TA 4CGIA 2D4WA 5M1NA 1L3TA 2JLEA 3OBYA 3OTOK 4MO5A 4ZTJA 1TK0A 3UKRA 4FPAA 3HPGA 4FPBA 4RW8A 4FZXC 3AA2A 1EO1A 4CJVA 3VEVA 4N76A 5DMRA 5CZ2A 3UE5A 3O5BA 5KI6A 2OTLN 3PY8A 2IAJA 2X6SA 3SUQA 4OVLA 3QEXA 5BR9A 2JWLA 3KLEA 4IFYA 2E6LA 1C1BA 3EO3A 4BRLA 4DV1K 3HBTA 3CQ8A 1ZBUA 3O9QA 3DI6A 1HQEA 2HNYA 4CFBA 1BL3A 3AA4A 4DSLA 4Y1CA 5FPNA 3KWIA 4W5TA 2KHOA 2PAVA 1QQOA 2O8EA 1HMVA 2Z1HA 3KKSA 5HRPA 3QEVA 3DXKA 5F0XA 1SL0A 5BREA 3AVHA 1LAVA 3A5LC 3AGKA 2NLXA 3NAEA 1KLMA 3AAPA 3WNFA 3OYMA 4E7JA 5IT9O 1NK6A 4NXMK 3PLAA 1HPZA 1M1KO 3P83D 1VQ4N 2D1KA 1IG8A 5C24A 2ZF5O 2R7YA 3GG4A 2PYJA 4C8LA 4CZHA 5AFUH 3KZBA 2RF2A 1QSSA 1X3MA 2VG5A 4FOIA 2NRXA 2YNFA 5B8HA 4CE9A 3ZT2A 1SKRA 3Q7BA 4DF8A 2HBMA 3HM8A 4FW1A 1KFSA 4WYBA 3AA3A 4CGFA 5I3UA 1KC8O 1D8YA 1Z25A 4E19A 1NJYA 3D7EO 3OS1A 1Y97A 1BUPA 3EYZA 4DU1A 4DKWA 5HROA 4IKFA 1REVA 2YHBA 4FK4A 1J53A 4ID1A 3RVCA 1HNZK 3I0RA 3OYFA 4BR7A 5FROA 1DKGD 2QWOA 2ASPA 4K41A 1VRUA 2JWKA 1L3VA 4EHUA 4IZ9A 3TTCA 4H5WA 5CR4A 3BP8A 2G8HA 2HF3A 1E3MA 3BZCA 1HNVA 5LL6Z 4FYDA 1BU6O 3E9OA 3ENBA 1UA1A 1B9FA 2DFEA 1S1UA 2YNIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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