1GOAA

Cooperative stabilization of escherichia coli ribonuclease hi by insertion of gly-80b and gly-77-> ala substitution
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
156
structure length
156
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQGWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Cooperative stabilization of Escherichia coli ribonuclease HI by insertion of Gly-80b and Gly-77-->Ala substitution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE H
molecule tags Hydrolase(endoribonuclease)
source organism Escherichia coli
total genus 48
structure length 156
sequence length 156
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1993-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1goaA00
4KHUA 3RRHA 1BIUA 1EX4A 4Y1CA 3NDKA 2KQ2A 4F8RA 1VSKA 5D3GA 2Q3SA 3LANA 4FJLA 2JLEA 4ELUA 4ELTA 4FXDA 1NK5A 2NUBA 1UA1A 1NJXA 2VG5A 1CZ9A 4CF2A 4Z4FA 4CFDA 1TK0A 1JXBA 4DQQA 3SUOA 3SV4A 4RW7A 4FW1A 3L8BA 4RG8A 3T3FA 1UAXA 3NCIA 4M3TA 1ASWA 4FLZA 3H08A 1LW0A 4N47A 2E6LA 4DFKA 3A2FA 1RILA 1VSJA 4HHTA 3AO1A 4FJ7A 4K8XA 3RMDA 4PY5A 3LP1A 4E1MA 3FFIA 5J1EA 4CEAA 5FRNA 1S1UA 2HB5A 4HVJA 3OYMA 1IKVA 4MFBA 4C8MA 2BGGA 2RF2A 1LWEA 4E7JA 3PY8A 1G15A 3V1RA 4CGFA 2G8FA 1YT3A 2VWKA 1C0MA 3DRPA 4O44A 4CF8A 1TK5A 4HCBA 4CHPA 3L2VA 4FM0A 4DSJA 3SYZA 1HNVA 4FLYA 3S3NA 1C1CA 3OYFA 1J5OA 2OZSA 2HHUA 3VQ5A 3TAPA 3OVNA 4DLEA 3VQ6A 2HHWA 1X9MA 1QQCA 4OKEA 4FJXA 1JLEA 4CGIA 1B9FA 3G10A 3LWLA 4FJHA 1TAQA 1W9HA 1JKHA 3NF7A 1IKWA 2P5OA 3B6OA 3KLEA 1BCOA 4CEZA 4O0JA 3P83D 1CXUA 1JLQA 3DLRA 4E7LA 3AA5X 1A5VA 1KCFA 5J2NA 3QNNA 4IFYA 3S3MA 1NKBA 1NK9A 2PYLA 3UIQA 4KKOA 1TAUA 4CK1A 3JYTA 4B9LA 3PX0A 1BGXT 1WSIA 1VSMA 4DQPA 4E3SA 2FBXA 4FZZA 2I5JA 3DOLA 1DTQA 1RT1A 3OYHA 4N56A 4DU1A 4ZTJA 1EKEA 3QIOA 3IAYA 1U47A 3C94A 2OYQA 1QSYA 1RBUA 4LH5A 5T7BA 3RTVA 1TV6A 1RT5A 3F9KA 3HL8A 3LPTA 5HP1A 4CHZA 1Z26A 4AHTA 4FVMA 3THVA 2WOMA 4OPJA 1EXQA 1SL0A 2F8TA 1QSSA 3NF8A 1C1BA 1DLOA 1JLCA 2YNHA 4CGJA 4FJ5A 1S5JA 2RN2A 1IKYA 2KTQA 1KFSA 3LAMA 1NJYA 1JLFA 4KB0A 4KV8A 1BCMA 1S1TA 4Z4IA 3MEEA 3V4IA 4RW6A 3DRSA 3LP2A 4KTWA 3VQ8A 4M3ZA 3DYAA 3ZCMA 2G8KA 4Q0BA 3VQCA 2QKKA 2P51A 4B9NA 3AA4A 3KKRA 1RTIA 2X6NA 3VQDA 2BDPA 1GOCA 1RCHA 3KLIA 1T05A 1IH7A 3MAQA 4IBNA 5CYQA 3M8RA 4YNQA 1REVA 4DTMA 1XC9A 3OYBA 4JS4A 2WONA 1NJZA 3KD5E 3L3UA 2DFEA 4DQRA 3MEGA 2Y1JA 5HRNA 1RBSA 5JS1A 4NCBA 5C25A 4W5OA 1WSJA 3AVMA 1VSLA 1K6YA 2D0AA 4DFPA 1KVBA 4QOZB 2Z1HA 4FM1A 4L8RB 4FK2A 3SI6A 4E89A 4DQIA 4C8NA 4CJPA 4KAZA 2KFNA 4LH4A 3SUNA 5C24A 4CJVA 4NCAA 2KFZA 1NOZA 1LWCA 1SKWA 1HNIA 3K58A 4DTPA 2YNGA 3NF9A 4QCLA 4WE1A 4M41A 2VG6A 4AHRA 4UQGA 1X9SA 1KRPA 4QAGA 4OGEA 3RR8A 4F4KA 3O4NA 4H4OA 3AA3A 3NHGA 4CJUA 3IS9A 4IG0A 4EP5A 1YTAA 3KK2A 1FKOA 2AJQA 4JRQA 1BI4B 3V9SA 3NH2A 2IOCA 4ID1A 1QSLA 5KI6A 4CFCA 3ALYA 3EYZA 4OGCA 4DF8A 3ULDA 2PY5A 4DTNA 3KJVA 4CEFA 2VWJA 3T19A 1HQUA 4BE2A 3K57A 3V9ZA 3LPUA 3LZJA 3PV8A 1LW2A 3KTQA 4B9TA 4EZ9A 1TKTA 3IRXA 3V81A 4G1QA 2FC0A 3WNFA 3AVGA 3U3GA 4CGGA 4FLXA 3BDPA 3VN5A 1EP4A 1UA0A 3AVIA 5SZTA 3OYIA 3TAGA 5HROA 3VQAA 1D8YA 4W5QA 4E0DA 2YKMA 1XI1A 4BWMA 4KI4A 4CIFA 3VQ4A 3VQPA 1LAWA 2RPIA 5DK5A 3HT3A 4HUFA 3D45A 1RTHA 3U3YA 4TSXA 3C6UA 3ASMA 3P5JA 3CFOA 3AVHA 2FBVA 1T8EA 3M8SA 3QNOA 1IO2A 2DFHA 1NK8A 3I0SA 4CJQA 3RWUA 4LD0A 4CJFA 1QHTA 5HRPA 4BDZA 2EHGA 3SV3A 4N5SA 4DU4A 4CJWA 4RW4A 3ZSWA 4C8LA 5KGWA 4CK3A 3TANA 3ZSOA 1U4BA 2KZZA 4DLGA 2X74A 4FYDA 4NYFA 1CLQA 3TAEA 1NK0A 2B4JA 1SL2A 3LZIA 2O4IA 3OYGA 4CIGA 4FJJA 1C6VA 3AVJA 3C6TA 4DTXA 2ZD1A 3O4QA 3QEXA 4M45A 5KRSA 1IKXA 1A5WA 1RT2A 1ZBFA 3ZT4A 5HBMA 2F8SA 3KLHA 4MQ3A 3HK2A 3K5OA 4AH9A 4FK0A 2EX3A 1HPZA 1ZBUA 3TAFA 1NK4A 1I39A 3PO5A 4FJKA 5K14A 4BWJA 4JS5A 3TI0A 1XHXA 3QEWA 4DFMA 1ITGA 4PA1A 3SQ1A 4CCHA 3ITHA 3OYCA 3HM9A 4CJEA 2P5GA 4FM2A 1WAFA 4C8OA 1U04A 3AA2A 3OJSA 1TVRA 3LP3A 1S6QA 2OPRA 4B3OA 4PWDA 3SNNA 4CJ3A 4CEDA 1VRTA 1J9AA 5CZ1A 3OJUA 2HHTA 3HYFA 3SJJA 1SUQA 2DTUA 1L3TA 2GUIA 3OYDA 5CYMA 2IC3A 4I2QA 3QEVA 2QKBA 2XHBA 1TKZA 2RKIA 4CEBA 1Q9XA 2G8HA 3OYEA 3SUPA 4NYNA 4PQUA 5C42A 3K5LA 3KK3A 2A1RA 2HHXA 4CECA 3HVRA 4NCGA 1RBTA 3B6PA 3KLFA 1WN7A 3S9HA 5FDLA 3SQ4A 3DLGA 3DRRA 1SV5A 4H8KA 2O4GA 3LP0A 4RW9A 1QS4A 4DG1A 1KVCA 4B9SA 1BISA 4J2DA 4DSEA 3AVNA 4FJNA 3PX6A 4IG3A 3SCXA 2X78A 3JSMA 3D0PA 1TKXA 2IDOA 4B9UA 4KHSA 1RBVA 2YV0X 2JGUA 1B9DA 1JL2A 1RT4A 2D0CA 4ZHRA 4XIUA 3NE6A 3WNEA 4E7IA 1BQMA 3BGRA 2OZMA 4AHSA 1D9FA 4HCCA 2G8IA 3TABA 4DU3A 4M3RA 2E6MA 3CQ8A 1N5YA 5I42A 3NGZA 1R0AA 5EU7A 3K2PA 3CM5A 1SL1A 4H4MA 1SKSA 1RT3A 1CZBA 3SZ2A 1T03A 1TK8A 3DLHA 1ASUA 1HMVA 4Z4HA 4DTUA 1Y97A 4O4GA 2W42A 4F2RA 1C0UA 4M3YA 1VSFA 4CJKA 3RR7A 2BE2A 4I7FA 2QXFA 4I2PA 4EZ6A 1X1PA 1S6PA 1JL1A 5FRMA 3M8QA 4KFBA 2XY6A 1U49A 1NOYA 1RT7A 2YNIA 4DTSA 4F3OA 4M42A 5HLFA 2F96A 3CYMA 3VA0A 3I8DA 1Q9YA 1UOCA 4ZTFA 1WSFA 2GBZA 2Z1IA 3NBPA 4PUOA 1D5AA 1HRHA 1O1WA 2IGIA 1I3AA 2R7YA 3QLHA 2XRIA 3TR8A 3WNHA 2QK9A 1RT6A 4CK2A 4AHVA 2G8WA 4YFUA 3DLKA 1L3UA 3AO3A 4DSLA 2HNDA 4KHYA 1Q8IA 4ID5A 4EP4A 4J2EA 3TWHA 3AVAA 4OKKA 2GV9A 3MXJA 3VQBA 1F21A 3OYKA 2HHVA 4KREA 3SQ2A 4F3TA 1J53A 1U45A 1B92A 1L5UA 3HJFA 1NK6A 3SQ0A 1VSEA 3SPYA 2P1JA 4J2BA 3RRGA 3AV9A 3EY1A 4FLTA 1WSHA 3SPZA 5CY4A 2VG7A 4CHNA 3DMJA 2DFFA 1ZBLA 4DFJA 4ELVA 3V9UA 2ZQBA 3AVLA 4W5TA 4FZYA 1YTUA 2OA8A 3HSTB 5KRTA 1RDCA 4O5BA 2HVIA 5FROA 4KO0A 3LDSA 4HTUA 2HW3A 3QETA 1HJRA 5J2QA 1WAJA 1X9WA 4B9VA 4DSFA 3HP6A 4ICLA 3OS2A 3L2UA 4CGHA 3MEDA 1S9GA 3WNGA 4JRPA 3HO1A 4CJ4A 1ZBIA 4C8KA 4FJ8A 3ZT3A 3PO4A 2KZMA 2B6AA 4CHQA 4R5PA 4F2SA 4KI6A 5CZ2A 4B8CA 3OY9A 1L3VA 1VRUA 2YNFA 5KGXA 3TAMA 4I9LA 4GVMA 3AVFA 3DM2A 3LALA 1N6QA 4O55A 1WLJA 4CE9A 3AVKA 1BQNA 3VQEA 3CG7A 1S1VA 3QESA 3AO4A 2IAJA 4Y1DA 3V9WA 4DTRA 1C1AA 3TAQA 4FLUA 4Z4EA 1U48A 4BDYA 2YHAA 4N76A 4W5RA 4B08A 3RMBA 3L2RA 4FJIA 2XY5A 1S1XA 2OPPA 4DQSA 3OYLA 1ZYQA 3NF6A 3K59A 1Z25A 3CM6A 5SWMA 4FJGA 1MU2A 3T1AA 4BDPA 2Z1JA 4CESA 2FBTA 4CJSA 4DWIA 3ZSRA 2HNYA 3PX4A 3O3HA 4OLAA 1EETA 1S9EA 3DOKA 3OYAA 1NKEA 1VSIA 1LV5A 4I9QA 3DLBA 2HVHA 2HHQA 1WSEA 1RTDA 3QEPA 4OLBA 2IS3A 1J54A 1ASVA 4DTJA 2PZSA 1C0TA 1NJWA 4E19A 1HYSA 4Z4CA 3ZT1A 4FLVA 2D0BA 2KW4A 3LAKA 4KPYA 3F73A 4CJTA 3V1OA 2HHSA 2LSNA 4IDKA 3VQ7A 4KTQA 3HPOA 3ZT2A 4CF1A 2X6SA 1WNSA 2XY8A 1LWFA 2ATQA 3IG1A 4N41A 4E1NA 3KK1A 4OJRA 4KHWA 1GOAA 4KRFA 4CEOA 3QIPA 4LY7A 2B5JA 4HUGA 3MXMA 3NFAA 3QEIA 1BI4A 1TKDA 1BIZA 2YHBA 3K5NA 4LSLA 2ZE2A 1TL3A 4CERA 1BHLA 4GMJB 3OYJA 3OS0A 4CF0A 2G8VA 2HMIA 3EZ5A 4CEQA 2G8UA 4OKJA 3ZSZA 3KD1E 3E01A 3VQ9A 3HXMA 3NAEA 1DTTA 2ITGA 4IKFA 3P1GA 1RDBA 3ZSVA 1VSHA 4E7KA 4AILC 5HRRA 1JLGA 4DSIA 3NH1A 4LSNA 3QO9A 3QERA 1XHZA 1KLMA 2E4LA 4CHYA 4CFAA 4CGDA 5HRSA 4KHNA 2XO7A 1VSDA 4CIEA 1KTQA 4KB1A 4AHCA 1GOBA 2Y1IA 3CFPA 1KLNA 4CEEA 1HYVA 1WSGA 1ZBHA 1L3SA 1XWLA 1RDDA 3HVTA 3RMAA 4B8AB 4CF9A 3L2QA 4M3WA 4DS4A 3AVBA 4J2AA 1JLBA 1JXEA 3AO5A 4KHQA 1FXXA 1RTJA 4E7HA 4KTZA 1LAVA 2OPQA 4DF4A 1TGOA 1UWBA 3O3FA 4DS5A 5J2PA 3HPGA 2OPSA 2DY4A 2FBYA 3L2WA 1A5XA 3LWMA 3AO2A 2BANA 3L3VA 4RW8A 4M3UA 3NGYA 1D9DA 3SUQA 1RNHA 5E41A 4CFBA 1T7PA 4FK4A 4DMNA 5I3UA 1NKCA 3TARA 3QINA 1IG9A 4M3XA 1KVAA 4FCYA 4B9MA 1W0HA 2YKNA 1RBRA 4O0IA 4FLWA 4FZXC 4FJMA 3V6DA 1QE1A 3MECA 4HUEA 4CHOA 3M8PA 3G0ZA 4BE1A 4JLHA 4AHUA 3CFRA 2Z1GA 4GW6A 2XY7A 3KIOA 3K5MA 4BACA 1BL3A 3O3GA 4FW2A 1HYZA 3HPHA 4CJ5A 4IFVA 4Q5VA 3NH0A 3OS1A 1CXQA 5DMRA 4OVLA 2HNZA 4BE0A 3RMCA 1HQEA 1FKPA 3ZSQA 1NK7A 3ISNC 3DLEA 3HP9A 4DTOA 4W5NA 3I0RA 4CJRA 3KLGA 1KSPA 1JLAA 3DI6A 5KTQA 4CJLA 2PYJA 3PUFA 3VQQA 1KFDA 3C95A 3OYNA 3NGIA 3U6FA 3MXIA 4FJ9A 3ZSYA 3AVCA 2A1SA 3ZT0A 4K8ZA 1YVUA 1S1WA 3V1QA 5JS2A 1RDAA 3KKSA 1TL1A 2ETJA 4DSKA 1VK0A 3V9XA 1QTMA 3VA3A 4Z0UA 3S3OA 1SKRA 5J2MA 4OPKA 1FK9A 2D5RA 3ZSXA 4Z4GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KHUA 3C6HA 3NDKA 2KQ2A 4M7XA 1VQMN 1KQSM 4ELUA 2ZM6K 2CGJA 3N4QA 3SV4A 4RG8A 5BN9A 4JK7A 3A2FA 5C0YA 1Q81O 5BPLA 1BU6O 2FSKA 3D7EO 4HVJA 2BGGA 1LWEA 3CPEA 1YT3A 1TK5A 1C0MA 4EIAA 4CF8A 4CHPA 3VPZA 3PSIA 3OYFA 2HHUA 3FFKB 3TAPA 3OVNA 3AAQA 1QQCA 4OKEA 1X9MA 4FJXA 2NRXA 4JNEA 1TAQA 1JKHA 3NF7A 2P5OA 4BQLA 3T69A 3KLEA 4O0JA 4IO9L 2NRVA 4WYBA 3Q7CA 4M3UA 1A5VA 1KCFA 5J2NA 1VQ4N 4IFYA 3FR0A 2PYLA 4CK1A 2O8DA 4B9LA 1VSMA 1IBMK 3WXIA 1Q7YO 4N56A 3D2EB 3QIOA 2OYQA 5JVGL 1QSYA 1M1KO 3LPTA 1DT9A 5GAHP 3CMAN 4CZGA 1Z26A 4FVMA 4OPJA 1SL0A 3W0LA 1C1BA 1DLOA 4FWOA 4FJ5A 3TU5A 3SAFA 3O1BA 1JLFA 2BTFA 4M7YA 4RW6A 3DRSA 3LP2A 4KTWA 3DYAA 2G8KA 4CI6A 2QKKA 4B9NA 2X6NA 4FWNA 3HTVA 4DUZK 2BDPA 1GOCA 3KLIA 4GV9A 3M8RA 4JKAA 1REVA 3WT0A 3THWB 2P9IB 1K6YA 2D0AA 1Q82O 1VQ9N 4JYAK 3AGRA 3SI6A 3HI0A 4YOUA 4C8NA 4CJPA 3B8AX 3H46O 4LH4A 4DHYA 5C24A 4CJVA 2P9UB 4DTPA 3NF9A 4M41A 1KRPA 5AQQA 4DR6K 3AA3A 1VQON 4DV7K 1YTAA 1FKOA 1JCGA 1VQLN 3T19A 4BE2A 1LW2A 2ZGYA 4EZ9A 1TKTA 5F0XA 4CGGA 4F9OA 4FWSA 1D8YA 2YKMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4KHU A;  3C6H A;  3NDK A;  2KQ2 A;  4M7X A;  1VQM N;  1KQS M;  4ELU A;  2ZM6 K;  2CGJ A;  3N4Q A;  3SV4 A;  4RG8 A;  5BN9 A;  4JK7 A;  3A2F A;  5C0Y A;  1Q81 O;  5BPL A;  1BU6 O;  2FSK A;  3D7E O;  4HVJ A;  2BGG A;  1LWE A;  3CPE A;  1YT3 A;  1TK5 A;  1C0M A;  4EIA A;  4CF8 A;  4CHP A;  3VPZ A;  3PSI A;  3OYF A;  2HHU A;  3FFK B;  3TAP A;  3OVN A;  3AAQ A;  1QQC A;  4OKE A;  1X9M A;  4FJX A;  2NRX A;  4JNE A;  1TAQ A;  1JKH A;  3NF7 A;  2P5O A;  4BQL A;  3T69 A;  3KLE A;  4O0J A;  4IO9 L;  2NRV A;  4WYB A;  3Q7C A;  4M3U A;  1A5V A;  1KCF A;  5J2N A;  1VQ4 N;  4IFY A;  3FR0 A;  2PYL A;  4CK1 A;  2O8D A;  4B9L A;  1VSM A;  1IBM K;  3WXI A;  1Q7Y O;  4N56 A;  3D2E B;  3QIO A;  2OYQ A;  5JVG L;  1QSY A;  1M1K O;  3LPT A;  1DT9 A;  5GAH P;  3CMA N;  4CZG A;  1Z26 A;  4FVM A;  4OPJ A;  1SL0 A;  3W0L A;  1C1B A;  1DLO A;  4FWO A;  4FJ5 A;  3TU5 A;  3SAF A;  3O1B A;  1JLF A;  2BTF A;  4M7Y A;  4RW6 A;  3DRS A;  3LP2 A;  4KTW A;  3DYA A;  2G8K A;  4CI6 A;  2QKK A;  4B9N A;  2X6N A;  4FWN A;  3HTV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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