1GOAA

Cooperative stabilization of escherichia coli ribonuclease hi by insertion of gly-80b and gly-77-> ala substitution
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
156
structure length
156
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQGWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Cooperative stabilization of Escherichia coli ribonuclease HI by insertion of Gly-80b and Gly-77-->Ala substitution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE H
molecule tags Hydrolase(endoribonuclease)
source organism Escherichia coli
total genus 48
structure length 156
sequence length 156
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1993-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1goaA00
1K6YA 1UAXA 3V81A 4C8LA 4FK4A 3B6OA 3V6DA 1X9SA 3KD5E 4DU1A 2PYJA 3SQ1A 2G8IA 3HPGA 3LP0A 5EU7A 3OVNA 4DTXA 3TARA 1T03A 4R5PA 1Q9XA 4CIFA 4Z4GA 4KHUA 1NOZA 4F2SA 3M8QA 4CJPA 2Y1IA 4ZTJA 4IFVA 4KRFA 3AO3A 2HNDA 1RILA 2G8WA 3KJVA 2ATQA 4CHPA 4E7LA 5HRNA 4QAGA 4RW6A 1BGXT 4KTZA 3IAYA 4Z0UA 3NF9A 1VK0A 5HBMA 4BACA 1JKHA 1S9GA 1ASVA 4BE2A 4FM0A 1KSPA 1HPZA 3HXMA 2VWKA 1TKXA 3AVLA 3ULDA 3QEXA 5CYMA 3O4QA 1XHXA 3T3FA 3WNGA 1NKEA 2HHXA 5HRPA 5KGWA 4CGGA 4LSLA 4M42A 1LWEA 1RT6A 4F2RA 3HM9A 5K14A 3D0PA 1IH7A 1ZBHA 3VQCA 4B08A 2QKBA 1BHLA 2Y1JA 4IFYA 3SUOA 4I9LA 3OYBA 2IS3A 2OPRA 5J2PA 4DTSA 4KTWA 2G8HA 4OLBA 1SL2A 3ALYA 3PO5A 3KK2A 4C8KA 3IG1A 5J2QA 3AA5X 2HHUA 4E0DA 4B8AB 4BDZA 4BE0A 4NCAA 1WNSA 3ZSYA 1C1AA 4CGIA 4FLTA 4FXDA 1KLMA 1VSJA 4QOZB 3DI6A 3WNEA 3ZT3A 3QETA 3QIPA 1BCOA 4BE1A 1A5VA 2E6LA 3DLRA 4DF4A 1ASUA 4BWMA 4DQSA 4CGFA 4HTUA 5C42A 1IKXA 5KRTA 4DSKA 1NK5A 1WSGA 1JLFA 4CEZA 3U6FA 1TKTA 4NCBA 4QCLA 1S1UA 3OJSA 2XO7A 3RRHA 1RBSA 4CFAA 3KD1E 1WSJA 1QTMA 2KFZA 4HCBA 2YHBA 4CECA 5KRSA 1C0UA 2D0CA 3NF7A 1S6PA 3MAQA 1NK4A 1TKDA 5J1EA 4B8CA 2F8SA 1I39A 4C8MA 3OYCA 1TK8A 2RPIA 3VA3A 2F96A 4DSLA 1U47A 5J2MA 1RDAA 4F4KA 1RTHA 3LP2A 4DWIA 4H4OA 1TAUA 4FZXC 4KTQA 3V9SA 3QEWA 4FYDA 3L2RA 3OY9A 5I3UA 2IGIA 4OKKA 2P5GA 1NK9A 1JLGA 1RT4A 3QEPA 3AV9A 4C8OA 1IKYA 1KCFA 3UIQA 4FJXA 1HRHA 4FM1A 4CGHA 2ZD1A 1U4BA 1ZBLA 1S1WA 3KKSA 4CHQA 4KHWA 1JL2A 4N47A 3KIOA 3S9HA 4N56A 1RT5A 3AVAA 4FJ5A 4E7JA 4FJKA 2BGGA 1TGOA 1WSFA 1NKCA 2YKNA 2HVIA 1TK5A 1JLQA 2DY4A 1J54A 4GVMA 1RNHA 1TL3A 3DYAA 1TV6A 4AHRA 1T7PA 1IO2A 4CJQA 4PUOA 4JRPA 4W5TA 2OPQA 4F3OA 3DM2A 1Q9YA 5C25A 4W5QA 3PUFA 4LY7A 3NF6A 4OKEA 4I7FA 5CYQA 3ZT0A 3QO9A 4M3WA 3LPTA 3VQ5A 3NGZA 4PY5A 3DRRA 4DSFA 4CK3A 3DRSA 2X6SA 4YFUA 3MXMA 3NFAA 3P5JA 4FM2A 4AHCA 3OS2A 4FJ7A 4W5OA 1WLJA 4HUGA 4BDYA 1XI1A 1U49A 4NYFA 4CIGA 5HLFA 1S6QA 2EX3A 4E7IA 2G8VA 3LP3A 3CYMA 3L2WA 2OZMA 1LWFA 3M8RA 2D0AA 3LDSA 3CM5A 3TABA 1SKSA 1NK6A 2IAJA 3QLHA 4O4GA 4B9LA 4B9SA 4N41A 2QK9A 4I2QA 4YNQA 4E7KA 3NH2A 3TAEA 3U3YA 3PV8A 3SUNA 4CFDA 2HMIA 3HP9A 2B5JA 1ITGA 4AHUA 3IRXA 2IC3A 3K5NA 1S1VA 4EP4A 3ZSOA 1N6QA 3ASMA 1JLEA 1A5WA 4Z4HA 3CFRA 3V1RA 1L3TA 4FJGA 3ITHA 1XC9A 3VQ6A 1UOCA 2X6NA 1T05A 3M8PA 2XY5A 1NK0A 4DS4A 3AO2A 4H4MA 4ELUA 3T19A 4NCGA 3U3GA 1VSHA 4FJ8A 4Z4EA 1RT1A 4MFBA 1LAVA 4CK1A 4KHNA 4E1MA 1SKRA 2GUIA 3AVKA 4FZZA 3K59A 3NDKA 3G10A 4DS5A 3D45A 1C1CA 3DLBA 1VSEA 3IS9A 4CF2A 3O3HA 2B4JA 3OYDA 1RT2A 1R0AA 4Q0BA 5FROA 2YNFA 3MEEA 4CEAA 1T8EA 1KRPA 4Y1CA 4RW8A 5JS2A 4CJEA 4J2DA 3C94A 5FRMA 2FC0A 2AJQA 1VSMA 4ZHRA 2HW3A 3QERA 1NJWA 3HK2A 5HROA 3PX0A 3KLFA 4F8RA 1IKWA 1SL1A 4CJSA 3CM6A 1JLBA 3QEIA 3VQDA 3SYZA 1JLCA 4CEDA 2IDOA 3WNFA 3OYKA 1WN7A 4AHVA 3SPZA 3SQ2A 1S9EA 1KFSA 5J2NA 4CE9A 2FBYA 3DOKA 1NJZA 3DLGA 5CZ1A 4DQPA 2JGUA 3V9UA 3NAEA 4OPJA 3RMAA 4Q5VA 2E4LA 4ICLA 1FK9A 3NGYA 4DTMA 3QESA 4ZTFA 4FLUA 1DTQA 1TKZA 1FXXA 3LWLA 1J9AA 2OPPA 4O0JA 3TR8A 4DMNA 4IG0A 2XY8A 4HVJA 1REVA 2G8KA 4B3OA 1RBVA 3L2UA 2EHGA 3K5OA 4CFCA 3EYZA 4DU4A 4M41A 4K8XA 1BQMA 5KTQA 3FFIA 2YNGA 5I42A 4RW4A 4N5SA 1FKPA 1LAWA 2FBVA 3NF8A 3QIOA 1RDCA 2BANA 4O55A 4FJNA 3AVMA 3HYFA 3THVA 4DTNA 1GOCA 3V9XA 1S1XA 4DF8A 1SL0A 1TVRA 4CHYA 3AVCA 3OYNA 1UWBA 1IG9A 4B9TA 1VSDA 3CQ8A 1KTQA 4KAZA 2PZSA 4CGDA 3AVGA 2VG6A 2RKIA 4M3UA 3I8DA 1Q8IA 1I3AA 1X9MA 1GOAA 4CHNA 4M3ZA 2HHTA 2OZSA 3ZSQA 3OS0A 4RG8A 1VRTA 4W5NA 1A5XA 4ELTA 4M3TA 2FBTA 1EX4A 2Z1JA 1WAJA 3ISNC 1NOYA 4J2AA 3LANA 4Z4FA 2QXFA 1DLOA 4CJVA 1UA0A 4DLGA 1D8YA 3RR8A 3VQBA 1SV5A 3DRPA 4Z4CA 4DLEA 3V9ZA 1HNVA 2VG5A 1VSKA 3KLGA 1RTJA 2OA8A 1F21A 5DK5A 4CEOA 3AO5A 1RBUA 1RT7A 3VQ4A 1U45A 3KTQA 4RW9A 1HMVA 3NH1A 1XHZA 4AH9A 5DMRA 2YNIA 2HHWA 1CXUA 2D5RA 3HJFA 2DTUA 1S1TA 4CJ3A 1EXQA 3BGRA 3HVRA 2W42A 1KVCA 1ZYQA 3DLKA 1KFDA 3OYLA 4IG3A 3NBPA 3F73A 3RTVA 2X78A 3TAQA 1EP4A 1WSIA 2ZE2A 3AO1A 4JS4A 4OGCA 2PY5A 1RTIA 4EZ9A 3MXJA 2DFFA 1BISA 4E7HA 4ID5A 4FW1A 4FLWA 3LZIA 4FLZA 1LV5A 3CFPA 1QSSA 4N76A 4CJ4A 4LH5A 3LALA 3K5LA 2R7YA 2KW4A 3HT3A 3SNNA 2P51A 1Z26A 5FRNA 3EZ5A 1BCMA 4DQQA 1NJYA 2HNYA 3SV3A 3TAMA 3VQ9A 2GBZA 4CGJA 3RMCA 4KI6A 4BWJA 4E3SA 3A2FA 2RF2A 1LW2A 4ID1A 1CXQA 3VQ7A 5C24A 2XY6A 1G15A 3SI6A 1J5OA 5CZ2A 1VSFA 3ZSWA 3QNNA 4B9NA 2P5OA 4L8RB 3PX6A 1U04A 3LAMA 4CJUA 4LD0A 3VQEA 1TK0A 3L2QA 4G1QA 1LW0A 4DFJA 1W0HA 1HYVA 4KKOA 3LAKA 4H8KA 1LWCA 2E6MA 3M8SA 4DTRA 3SQ4A 4FJLA 5T7BA 3HPHA 4FZYA 2WOMA 3S3NA 4WE1A 1CLQA 1CZ9A 4B9MA 1BI4B 1X1PA 3G0ZA 1QSYA 4IDKA 3C6UA 3KK3A 4JS5A 4FVMA 3DLEA 2NUBA 4C8NA 3ZT1A 4O0IA 3K5MA 1SKWA 1KLNA 1HYSA 3F9KA 4OPKA 2YHAA 3SUQA 1QHTA 4FW2A 4DU3A 3V9WA 2BDPA 3PX4A 3DLHA 2HHSA 3O3GA 2B6AA 4KV8A 2HVHA 1B9FA 1HQEA 1VSIA 4GW6A 1X9WA 1L3VA 3KLIA 3KLEA 4DTOA 4DG1A 4CJLA 3NE6A 2ZQBA 2Z1HA 4CEQA 4CF9A 5D3GA 5HRSA 2HNZA 4CCHA 3NH0A 2VG7A 1BI4A 4I2PA 4AILC 3MEGA 4OLAA 3SPYA 4DTJA 2DFHA 3QEVA 2Z1GA 3SQ0A 1NKBA 4DFMA 4CESA 4K8ZA 3ZCMA 2I5JA 3EY1A 4DTUA 1EETA 4FK0A 3HP6A 4HUEA 2XRIA 1NK7A 3RRGA 1TAQA 4Y1DA 4PA1A 4FK2A 4CF8A 3VA0A 4KREA 1N5YA 3ZSRA 2ETJA 1RDBA 1D9FA 4PWDA 4FJJA 3C95A 4HHTA 1ASWA 4F3TA 3AA2A 4J2EA 1YTUA 3L3VA 4AHTA 1ZBFA 4O44A 3H08A 3O3FA 3OYEA 3RR7A 3JYTA 2HHQA 1RT3A 1C1BA 2VWJA 2O4IA 4FJMA 2KZMA 3TAFA 3PY8A 4UQGA 3V4IA 1RTDA 4CJKA 1TL1A 4FLXA 4LSNA 4IKFA 4FLYA 3LP1A 4CJFA 3JSMA 4W5RA 3T1AA 2Z1IA 3VN5A 3QNOA 4CJTA 1VSLA 1CZBA 1Y97A 4FLVA 1C0TA 3OYJA 3AVBA 4KHYA 4J2BA 2WONA 4CJWA 2XY7A 4CHZA 2X74A 1QQCA 3SUPA 2G8FA 4CJ5A 3ZSXA 3PO4A 1HQUA 3OYFA 3BDPA 4M3YA 2JLEA 3OYIA 2KFNA 3AA4A 1HJRA 2GV9A 5KI6A 3LPUA 2YV0X 1Z25A 3O4NA 4KI4A 1B9DA 1NK8A 2XHBA 3TI0A 4DQRA 4DFKA 3MECA 4XIUA 3WNHA 3P1GA 4FJIA 1QS4A 3CFOA 4KHQA 3ZSVA 3RMBA 1RBTA 1RBRA 4M3RA 3AVJA 4MQ3A 3NHGA 2P1JA 3AA3A 3AVFA 3AVHA 3P83D 3QINA 4IBNA 1NJXA 1L5UA 3HPOA 2LSNA 3SJJA 5CY4A 1QSLA 4CIEA 2OPSA 3ZSZA 1SUQA 1WAFA 2OYQA 1IKVA 1O1WA 3RWUA 3S3MA 1EKEA 3HO1A 3B6PA 3OJUA 4OVLA 1C0MA 2DFEA 3RMDA 3LZJA 3SV4A 4OGEA 2QKKA 1VRUA 3MEDA 3MXIA 1XWLA 1B92A 4E19A 3TWHA 4FJHA 1HYZA 4OJRA 1ZBIA 3V1QA 4CHOA 1BL3A 1KVBA 2D0BA 4E89A 4TSXA 5HRRA 5SZTA 4EP5A 2F8TA 3AO4A 4DFPA 2G8UA 1ZBUA 1WSEA 4CEFA 1BIUA 3L3UA 4E1NA 3LWMA 2PYLA 1YT3A 4KB1A 2YKMA 4GMJB 4JLHA 3ZT4A 4AHSA 3KLHA 1JXEA 4BDPA 3OS1A 1RDDA 3E01A 4KHSA 3ZT2A 1L3SA 4EZ6A 5FDLA 3L8BA 3K57A 1MU2A 3TAGA 1DTTA 4NYNA 4CERA 3C6TA 4CK2A 3V1OA 4M3XA 4O5BA 1L3UA 2IOCA 1YTAA 2RN2A 4M45A 4CFBA 4HCCA 2HHVA 3NCIA 3VQPA 3HVTA 3OYGA 2KZZA 3OYHA 2HB5A 5JS1A 4KB0A 3VQAA 1D9DA 5E41A 1W9HA 4KO0A 4FCYA 2FBXA 1BQNA 4HUFA 1GOBA 2Q3SA 1JLAA 3OYMA 3I0SA 4PQUA 3OYAA 4CJRA 4RW7A 4I9QA 2KTQA 2O4GA 3CG7A 4FJ9A 3I0RA 3TANA 3HL8A 3NGIA 2A1RA 3L2VA 4DSJA 3TAPA 5SWMA 4ELVA 1J53A 3DMJA 1S5JA 4CEBA 5KGXA 1FKOA 1KVAA 1JL1A 4DSEA 3KK1A 4Z4IA 1RCHA 3DOLA 4JRQA 3SZ2A 1YVUA 4B9VA 4LH4A 4DTPA 3AVIA 4KPYA 3K58A 1JXBA 1UA1A 1BIZA 4CF1A 4DSIA 3HSTB 2YNHA 1HNIA 1WSHA 3AVNA 4B9UA 4DQIA 3S3OA 5HP1A 1U48A 2ITGA 1C6VA 4CF0A 3SCXA 1QE1A 4OKJA 2KQ2A 3KKRA 3K2PA 1D5AA 4KFBA 2A1SA 4CEEA 3VQQA 2BE2A 3VQ8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1N34K 1HR0K 3SQ1A 3HPGA 5EU7A 4DTXA 5AQNA 1OVQA 3C6HA 3M8QA 4IDHA 2Y1IA 4KRFA 3O5BA 1RILA 1NGBA 3KJVA 3H1QA 4CHPA 5AQGA 3WXKA 1BGXT 3IAYA 5HBMA 1KSPA 1YHQN 3ID6A 3AVLA 3ULDA 5CYMA 3A5LC 1VQ6N 2HHXA 1YAGA 3RVCA 3DXMB 1ZBHA 1ATRA 4B08A 2QKBA 1BHLA 2Y1JA 4IFYA 5LJVA 3OYBA 2IS3A 2CH6A 2VWBA 4DTSA 1HNXK 4YY3K 3AA5X 3H46O 4DQ8A 3HBTA 4NCAA 1SQKA 3NMUA 4IOAL 1VSJA 3DI6A 3DXMA 3CF5L 4BE1A 2HBKA 4H5RA 4BWMA 5AQLA 4Z94A 1IKXA 4V19S 4QCLA 1TKTA 4BY9C 3RRHA 3CPEA 4CFAA 2KFZA 5JLFA 2QWRA 2Q2RA 3TSUA 1HNZK 1C0UA 2D0CA 3MAQA 3C65A 3K9JA 1H1VA 4CW7B 1HLUA 3VA3A 2O8DB 2E2OA 3VENA 4A59A 4IZ9A 3DLLL 4F4KA 3LP2A 2OTLN 3HTVA 1IV0A 3V9SA 3OY9A 5HOOA 2HOEA 4KH5A 1NK9A 3AV9A 3O9SA 1HRHA 5AQQA 4CGHA 4JKCA 3I33A 4KHWA 4FJKA 4E7JA 1TGOA 2ZF5O 4X62K 1JLQA 3DYAA 3R1XA 4AHRA 3DWLA 2O8DA 1M1KO 2WC9A 5AQZA 4PUOA 4W5TA 2OPQA 4F3OA 4B1XB 4I7FA 3QO9A 4M63C 3VQ5A 4M3WA 2OANA 2E5LK 4DSFA 2X6SA 4XEIA 4C1NI 4FPBA 2HF3A 4HUGA 1WLJA 1XI1A 1U49A 2O8CB 3A5OC 2EX3A 2OZMA 4JI6K 1LWFA 5JLHA 3LDSA 1DEJA 1YVNA 2IAJA 4O4GA 4B9LA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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