1GOAA

Cooperative stabilization of escherichia coli ribonuclease hi by insertion of gly-80b and gly-77-> ala substitution
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
156
structure length
156
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQGWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Cooperative stabilization of Escherichia coli ribonuclease HI by insertion of Gly-80b and Gly-77-->Ala substitution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE H
molecule tags Hydrolase(endoribonuclease)
source organism Escherichia coli
total genus 48
structure length 156
sequence length 156
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1993-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1goaA00
3AO3A 5CY4A 3OYJA 1XC9A 3VQPA 3QIPA 3C94A 3UIQA 3TANA 1KSPA 3PO4A 1HRHA 4Y1CA 1F21A 1G15A 3ITHA 1CXQA 2X74A 3KKRA 5C24A 1Z26A 1FK9A 3AVAA 1EKEA 1RT6A 2ZD1A 4KFBA 3ZT1A 3HJFA 1WLJA 1YTUA 1WSHA 4Y1DA 4DTUA 2OYQA 2RKIA 1JLBA 3AVNA 4AH9A 4N47A 3AVMA 1W9HA 3M8PA 2X78A 4IBNA 4CIFA 1C1BA 3HYFA 2ZE2A 3A2FA 2WOMA 3SNNA 1VSHA 2PZSA 4F2SA 4K8XA 4M3WA 4PWDA 4CJKA 1VRUA 2OPRA 4CJ3A 3OYEA 4DS5A 3DOKA 4N5SA 3SQ4A 2FBXA 4DSJA 3NGYA 3KLFA 1KVAA 2HVHA 3OYLA 3S3NA 4AHSA 1QSYA 3M8RA 2HHSA 1KCFA 2YNHA 3VQ4A 1NK8A 1RT7A 4KAZA 3JYTA 2GV9A 5SWMA 1NJYA 1C1AA 1T03A 4CECA 1L3TA 2HHQA 4IFVA 4DU1A 1BI4A 3SUPA 3OYAA 4CJTA 2Q3SA 1C0UA 4IFYA 3B6PA 3NH0A 2YV0X 4E1MA 3DMJA 1JLCA 2G8VA 2XRIA 1X1PA 1HMVA 5JS1A 2GBZA 4HVJA 4CEQA 4C8OA 4M3XA 3IRXA 3TAMA 1QHTA 2RF2A 3OS2A 3SCXA 3D45A 3QNNA 4ELTA 4YNQA 1RDAA 3OYGA 4KHQA 2BDPA 4DFPA 3HPOA 4K8ZA 5FDLA 4KHWA 1C6VA 3NH1A 3VQEA 2Z1JA 4OLAA 3ZT2A 4IG3A 4F4KA 4FJ8A 2BANA 4JLHA 4NCGA 3VQ8A 4RW6A 2KTQA 3PY8A 3QEWA 1YTAA 3QEIA 4LH4A 3V9UA 2YKMA 2EX3A 1BIUA 2DFEA 1FKOA 4DTJA 1DTQA 1WSJA 1LV5A 1J54A 1WAJA 3I8DA 1QSSA 4B9TA 4RW4A 2G8KA 4B9LA 1JLQA 4M3UA 4M41A 4CHZA 3TAFA 4CEOA 2IS3A 3IAYA 5HRRA 4DTMA 1VSFA 1CZBA 2KQ2A 3ZSVA 4CJRA 4BACA 3IG1A 3ZT3A 1RBVA 3TARA 4B9NA 1D8YA 4DQQA 1Y97A 3SQ1A 1BIZA 1S6QA 3OYKA 3S9HA 5CYQA 3TI0A 4IKFA 2R7YA 3JSMA 1ZYQA 2E4LA 1NKCA 2XO7A 2OPQA 1B92A 4BDZA 1X9SA 3HPHA 3VQ7A 3NE6A 2OZMA 2IDOA 4JS4A 4HCCA 4G1QA 4ZTJA 3L2QA 5HRSA 5CZ1A 4W5RA 4CHOA 4CJPA 1VSLA 4BDPA 1HYVA 1Q8IA 4E7KA 4M3ZA 3AO1A 1C0MA 2B6AA 2ITGA 3K5OA 3K5MA 4Z0UA 4Z4EA 4RW8A 1ZBIA 3V81A 3LPTA 4BDYA 4F2RA 4E7LA 1NKEA 1WN7A 1RTHA 3ZT4A 5KGXA 1ITGA 3P5JA 1TKXA 3DI6A 4IDKA 5KRTA 1Z25A 3NBPA 4CF2A 4W5TA 3TAGA 1U47A 2WONA 5K14A 1QSLA 1GOAA 4FJ9A 3RMDA 3PX0A 1RT4A 3SPYA 3DRRA 4FYDA 3QNOA 3NDKA 2XY6A 4PY5A 1B9FA 1RBTA 2DFHA 1Q9YA 1S9GA 3V9ZA 3G10A 2G8FA 4CCHA 3NF8A 4EZ6A 4EP5A 1GOBA 3LPUA 4HUFA 3NF6A 4DFKA 4E19A 3QESA 2PYLA 1SUQA 3KK1A 1T05A 3AA5X 3MEDA 3SUQA 4KHUA 2DTUA 3RWUA 4ICLA 3SPZA 2PYJA 1HYSA 1RT3A 1K6YA 4DSEA 4DTRA 4J2EA 4ZTFA 4KHYA 2HVIA 1LW0A 1JXEA 1IO2A 3VQ5A 1HJRA 1J5OA 4PQUA 3KD1E 1S1XA 4CEZA 1ASUA 2OPPA 4KO0A 3OYMA 4E0DA 3T3FA 3QIOA 3ZSXA 4B8CA 3EY1A 2YKNA 4OGEA 3VQCA 3OY9A 3TWHA 2Y1IA 1S9EA 4FW2A 3NAEA 2XY5A 1SKWA 3AA3A 4KHNA 2D0AA 4C8NA 2G8WA 2QKKA 4CJFA 4CJSA 2BE2A 1NK7A 4FJKA 1WAFA 4DLGA 1JL1A 2IOCA 3O3HA 4PUOA 1JL2A 3V1RA 4CFDA 4ID1A 4LY7A 1NK4A 2HNDA 3LAMA 1BL3A 3ZSOA 3VQ6A 1S5JA 5D3GA 3O3GA 1HNIA 3TAEA 3RMAA 3P83D 3K5LA 4QCLA 3IS9A 1JXBA 1NJZA 4CK3A 5SZTA 4JS5A 1NJWA 5T7BA 3SQ0A 4B9MA 4N76A 4FW1A 1WNSA 3ZCMA 4MQ3A 1NKBA 4DSFA 1A5XA 4N41A 3SV3A 4CHYA 1CZ9A 2YHBA 3AO5A 1XHZA 4FJNA 1JKHA 4CHQA 3FFIA 5CZ2A 1UA1A 4OPKA 4B9SA 1UA0A 1JLAA 2VWKA 4CEEA 3OYHA 4CIGA 2F96A 3L2VA 2HW3A 4YFUA 3ZSRA 1FXXA 4ZHRA 1QQCA 2JLEA 3ZSYA 4CF1A 2G8UA 4KKOA 1IKVA 1HQUA 3QETA 3QEPA 4DMNA 4FK0A 4O55A 2IGIA 2OA8A 1RTDA 2FC0A 1ZBFA 4E89A 3LZJA 4FK4A 3QINA 3KJVA 4AHUA 1TL3A 4H4MA 1VSIA 4DSIA 3VA0A 3S3MA 3RRHA 4C8MA 1VSKA 3AVLA 2HHWA 4O4GA 4ELUA 4FM1A 3I0RA 3DRSA 4BE2A 4CF9A 4CIEA 1LAWA 1O1WA 3QERA 1CLQA 4OKJA 3CFOA 3ZSQA 2FBYA 1J9AA 4KTWA 5JS2A 4CJVA 4JRQA 4GVMA 3RTVA 1BQMA 4M3YA 3DLHA 2O4GA 3PUFA 3OYBA 3NF9A 3HP6A 3M8SA 3RR8A 1SV5A 2D0CA 5FROA 4DTOA 1XI1A 2RN2A 4MFBA 1U48A 1BCMA 2KW4A 3AVCA 1Q9XA 5I42A 3MEEA 3U3GA 3VN5A 1S1UA 3TAPA 4O0IA 3RMBA 5HRPA 3PO5A 1I3AA 1UOCA 3LAKA 3OS0A 4LSNA 4J2BA 3AO2A 1TK0A 2LSNA 3AA4A 4FLTA 4GW6A 4CGFA 1R0AA 3K57A 4FK2A 4F3TA 1TKDA 3C6TA 1IH7A 4FLUA 4LH5A 4Q0BA 3QO9A 4HUEA 2YNIA 1RBRA 1CXUA 5KTQA 3KLGA 2VG5A 1L3UA 4QOZB 1TK8A 5J2MA 1TK5A 3BDPA 5C25A 4Z4IA 4CEFA 1EXQA 1XWLA 3LP3A 5C42A 4ELVA 4M3TA 2EHGA 2IAJA 3HSTB 4DFMA 3PX6A 1S6PA 1SL0A 1NJXA 4KHSA 4LD0A 1X9WA 2KZZA 1IKXA 1TL1A 1VSMA 4CESA 3LWMA 3SUOA 1U49A 1T8EA 3OYCA 4KPYA 3V1OA 1L3SA 1RT5A 3TR8A 1FKPA 4DU4A 1KLNA 3DOLA 1IKWA 5CYMA 1HQEA 1S1VA 3CG7A 4CERA 4C8KA 4FJ5A 2JGUA 1N5YA 2P5OA 1KFSA 4KTQA 3PX4A 3HPGA 3L2RA 2HNYA 1SKRA 4I2QA 3RR7A 2Y1JA 1WSIA 4F3OA 3HL8A 1RILA 3NHGA 2KZMA 5J1EA 1RTJA 3F9KA 4KV8A 2HB5A 2O4IA 4OPJA 4DS4A 1RCHA 4H4OA 1TKZA 4BE0A 3MXMA 3V6DA 1SKSA 3K59A 4FJIA 3VQDA 1LWCA 2XY8A 3AVJA 3LP2A 3NH2A 4HTUA 3WNEA 4CFCA 2VWJA 3O4QA 3NGZA 1BGXT 3L3VA 4CJ5A 3OYFA 2D0BA 4KI4A 4CJ4A 4I9QA 3T19A 3F73A 3CFPA 4CFAA 2IC3A 1U04A 4FM2A 3DLKA 2P5GA 2OZSA 4NCBA 1JLFA 3KLIA 3SUNA 3NFAA 2Z1IA 3AVFA 4JRPA 4CJWA 4AHVA 2OPSA 4KREA 2XHBA 1VSJA 3LP1A 4J2DA 5FRNA 3WNFA 2G8HA 1TGOA 4BE1A 4NYFA 1RBSA 3THVA 1T7PA 1RDBA 1TAQA 1B9DA 3KLEA 4DQSA 4WE1A 4FJLA 1C1CA 3OYNA 5FRMA 4FLXA 3SJJA 4FZYA 2G8IA 3M8QA 4GMJB 4UQGA 3DLEA 2B5JA 3CM5A 4BWMA 1REVA 4CGGA 4B3OA 2VG6A 1KVBA 2W42A 4CGHA 1W0HA 3AVHA 2X6SA 3DLGA 3MXJA 2KFNA 3U3YA 5DMRA 4ID5A 3AVGA 3G0ZA 3RRGA 4DSLA 1NOZA 4E7JA 3S3OA 1SL2A 1VSDA 4DLEA 3VQQA 1ZBUA 4RW9A 4XIUA 3OYDA 1ZBHA 4FLYA 3VQAA 3LP0A 3BGRA 4OJRA 4OKEA 3VQBA 3ALYA 4N56A 4O44A 3VA3A 4DTSA 4Z4FA 1UAXA 3NF7A 4B9VA 3AV9A 3ASMA 4CHNA 3ZSWA 3HXMA 4Z4GA 4B8AB 1NK6A 1NOYA 1RNHA 1BI4B 3ZT0A 2DFFA 3CFRA 1SL1A 3L2UA 1QTMA 3NGIA 2P1JA 4FLZA 5HROA 3L8BA 2F8SA 2AJQA 4CFBA 3AO4A 5I3UA 3T1AA 4R5PA 1KVCA 1WSFA 2A1SA 1HPZA 3TABA 4EZ9A 3DLBA 4O5BA 4CJEA 3MECA 4CEBA 4DF8A 4Z4HA 1JLGA 1RT2A 1YVUA 4CEAA 3EZ5A 5J2PA 4KI6A 1EP4A 2D5RA 3SV4A 4OKKA 1LWFA 4CGDA 3V9XA 5J2NA 4DU3A 2I5JA 3C6UA 2X6NA 1D9DA 3AA2A 1BQNA 4Z4CA 4HCBA 1I39A 3KKSA 4E1NA 4DTNA 3H08A 1IG9A 4EP4A 2FBTA 3KD5E 3OYIA 4TSXA 3OJSA 4FJJA 1N6QA 4CHPA 4AHTA 2Z1GA 1L3VA 1A5WA 5KI6A 4CGJA 1LW2A 2YNFA 4AHRA 2HHVA 4CJLA 5HBMA 1NK0A 3OS1A 3KK3A 2E6MA 1RTIA 2HNZA 2YNGA 3AVBA 3CQ8A 2VG7A 4DTXA 4E7IA 4FJGA 1NK5A 4HHTA 3RMCA 4PA1A 3HM9A 1VRTA 1VSEA 3K2PA 1ASVA 1VK0A 2HMIA 1YT3A 4O0JA 3B6OA 1U4BA 4FZXC 1TAUA 1RDCA 3HP9A 4CGIA 4CE9A 2DY4A 4E7HA 3SI6A 1WSGA 1LAVA 3U6FA 4AILC 4KRFA 3QEVA 2HHTA 4CF0A 1ZBLA 1KTQA 3V4IA 3V9WA 4M45A 1ASWA 4FJMA 1TVRA 4RG8A 1HNVA 3SZ2A 4DQIA 3QLHA 4KTZA 3OVNA 4H8KA 1RT1A 4DG1A 2ETJA 3V9SA 3K5NA 3NCIA 3ZSZA 4AHCA 3HVRA 3K58A 4FJXA 4OVLA 3L2WA 5KRSA 1NK9A 3CYMA 3HO1A 4KB1A 1S1WA 4DTPA 5DK5A 4B08A 3KTQA 4CJQA 4CF8A 1J53A 4NYNA 3LALA 1RBUA 3LWLA 1KLMA 4J2AA 4DSKA 1EETA 1C0TA 2P51A 3VQ9A 4HUGA 4DF4A 5KGWA 4DFJA 2QKBA 4Q5VA 3E01A 4F8RA 3KIOA 5E41A 4FXDA 3OJUA 1D5AA 4B9UA 4FLVA 1JLEA 3ULDA 1DLOA 2FBVA 4I9LA 3LDSA 4FM0A 3QEXA 1HYZA 1U45A 4FJ7A 4W5OA 3P1GA 4I2PA 1WSEA 4CK1A 4CEDA 3ISNC 2A1RA 3CM6A 3V1QA 2Z1HA 1TV6A 4CJUA 2QK9A 1A5VA 1BCOA 1S1TA 3LZIA 1RDDA 2E6LA 2YHAA 3DRPA 4C8LA 3AVIA 1X9MA 1D9FA 4KB0A 2HHUA 5HLFA 3D0PA 4LSLA 4BWJA 3C95A 2B4JA 2ZQBA 1IKYA 2RPIA 4CK2A 1EX4A 2F8TA 2KFZA 3HK2A 4FLWA 2ATQA 4QAGA 4W5QA 1DTTA 2NUBA 1TKTA 3SYZA 4DQRA 1GOCA 1L5UA 3EYZA 4W5NA 1QS4A 3MEGA 3MXIA 4DWIA 3MAQA 4FZZA 5EU7A 4IG0A 3AVKA 3DYAA 3PV8A 2BGGA 4OGCA 4RW7A 4E3SA 5HP1A 2HHXA 1BHLA 2GUIA 1UWBA 2QXFA 3TAQA 3DLRA 2PY5A 4OLBA 4M42A 1BISA 1KRPA 1KFDA 1QE1A 4I7FA 3KLHA 4NCAA 3SQ2A 3L3UA 3HT3A 4M3RA 4L8RB 3O3FA 3HVTA 1LWEA 3I0SA 2XY7A 4FJHA 1XHXA 4FVMA 4FCYA 1MU2A 5HRNA 5J2QA 3O4NA 3KK2A 4DQPA 3WNHA 3LANA 3DM2A 3WNGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2O8DB 3AO3A 4DV7K 1HRHA 3ITHA 1ZBSA 2A40A 3G4SN 1Z26A 3CCRN 1RT6A 2ZM6K 4CZFA 1HKBA 3I8BA 4A59A 4DTUA 2X78A 4CIFA 1SQKA 2ZE2A 2P9PB 2WOMA 4M3WA 2OPRA 4BRGA 4CJ3A 3OYEA 3SQ4A 2HVHA 3OYLA 4X64K 3S3NA 3EL2A 4O8UA 2O8BA 4JYAK 2YNHA 4IDHA 1NJYA 2HHQA 1BI4A 3OYAA 2YHXA 4CJTA 1EWRA 3QBWA 3B6PA 1BDGA 4E1MA 5KQ8A 2QWMA 3AY9A 2G8VA 4B9QA 4C8OA 3RSEA 4FWRA 3IRXA 4M3XA 2RF2A 2O8CB 4ELTA 4YNQA 1RDAA 4KHQA 4DFPA 1BOTO 1WUAA 5AQTA 4KHWA 1RGIA 2Z1JA 4OLAA 4IG3A 4JKAA 3DAWA 2KTQA 3PY8A 4H0XB 3QEIA 1BIUA 2DFEA 5FPNA 3G25A 3VESA 3VEVA 1WSJA 1WAJA 1QSSA 4B9TA 4BC3A 3DWLA 4B9LA 1GLEG 3PSFA 4CHZA 4CJRA 4B9NA 4DQQA 3SQ1A 1BIZA 5CYQA 1V4TA 4EFHA 3TI0A 3GDQA 1ZYQA 3GOIA 2CGLA 3ULEB 4JI2K 3HPHA 4ISFA 1V4SA 4PKGA 5AQGA 2ASPA 3PSIA 2NRXA 4BDPA 4GNIA 3K5OA 4Z0UA 4BDYA 4J8FA 5KGXA 3G6EN 3TAGA 4FWPA 4W5TA 2WONA 1XC3A 1GOAA 4BROA 3FGUA 2ZGYA 3PX0A 1RT4A 3SPYA 4QS9A 1B9FA 1RBTA 2G8FA 1IJJA 3G10A 4MO4A 1GOBA 3NF6A 3ZYYX 2Q36A 3QESA 3BF1A 3KVGA 3KK1A 3MEDA 3SPZA 2PYJA 2E2PA 2YHYA 4KHYA 1HJRA 1J5OA 3PIOL 3OYMA 4BC4A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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