1GOBA

Cooperative stabilization of escherichia coli ribonuclease hi by insertion of gly-80b and gly-77-> ala substitution
Total Genus 50

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQAITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
2040608010012014014012010080604020
01020304050Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH4 (128-142)S1 (5-13)TIV1 (15-18)S3 (31-42)TIV4 (148-151)AH1 (44-57)TII1 (98-101)EMPTYS4 (63-69)AH2 (72-88)TI'1 (88-91)TI1 (92-95)TI2 (122-125)S2 (18-28)AH3 (101-112)S5 (114-120)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase(endoribonuclease)
source organism Escherichia coli
publication title Cooperative stabilization of Escherichia coli ribonuclease HI by insertion of Gly-80b and Gly-77-->Ala substitution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE H
total genus 50
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1993-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1gobA00
1JLGA 2P51A 2X74A 4H4OA 1WAFA 4KI6A 3KK3A 3QLHA 3CFOA 4CF2A 4BDYA 3I0RA 4E89A 2RKIA 4MFBA 3F9KA 4CJUA 3K58A 5I42A 3PO4A 2AJQA 1RILA 4BE0A 4EP4A 4FLVA 2VG5A 3L2UA 4CJTA 1KFSA 2G8UA 4C8LA 3V9ZA 2F8SA 3PO5A 3SPYA 3DLGA 4JLHA 2HNDA 4FJNA 3V4IA 3CM5A 3QETA 3HK2A 3RMBA 2DFHA 4YFUA 1WSFA 3HP9A 4E19A 1NK8A 2RF2A 3NGYA 4CIFA 3LWLA 1FK9A 1KVAA 4CJKA 3AVNA 1UA0A 1S9EA 4IG3A 4E7HA 4PUOA 3SQ1A 1TK5A 4CJRA 3AV9A 3KKSA 3LDSA 4DTMA 1TK0A 4KPYA 1HNIA 1BQNA 2B4JA 3AA3A 1RBVA 4CJLA 4CJSA 4E1NA 1RT2A 5E41A 4FM2A 3ZSYA 4B9NA 1DTTA 4F2RA 2EX3A 2W42A 2RPIA 4C8KA 4DQPA 3OYKA 1MU2A 4I2PA 2P1JA 4CJQA 4F3TA 4I7FA 2Y1IA 4ELTA 2P5GA 5CZ2A 2XY6A 3VQQA 1Z25A 3V9UA 4B8CA 2Q3SA 2YNFA 1K6YA 1U4BA 2PYJA 1A5VA 1N6QA 1RNHA 2WONA 4FM1A 3V9XA 4M41A 4Z4IA 3NAEA 4PWDA 1HNVA 2F8TA 1ZYQA 4HCCA 4CGHA 2YNGA 1BCMA 3AA5X 4OKKA 3T19A 3TAFA 3B6PA 3AO4A 5HBMA 1NKEA 2HNZA 3V9WA 2O4IA 2GV9A 4OKJA 3AVKA 3AVCA 4EP5A 4JS4A 4DTSA 4DFPA 1HYVA 2FC0A 4FYDA 3AO2A 3TAPA 3P1GA 4W5TA 3V9SA 4CHZA 3AO3A 4KRFA 1U49A 1ZBIA 4CGJA 2NUBA 3CQ8A 1U04A 3M8RA 1NKCA 4OKEA 4DU3A 1SKSA 4O4GA 2YNHA 4H4MA 4Z4CA 3ASMA 4CECA 1I39A 4FM0A 4DQSA 4YNQA 5FDLA 3LP1A 4KFBA 4Z0UA 3V1QA 1RT4A 2KW4A 3AVBA 3LP2A 4CGFA 4CJFA 1JXBA 5J2MA 3A2FA 4LD0A 3VQ7A 2G8WA 3TI0A 4JS5A 4CIEA 2QXFA 1W0HA 4FJKA 5CYQA 4E1MA 3PX4A 1TL1A 1LW2A 1NK5A 1ZBFA 3E01A 4CHNA 3L8BA 1BIUA 4BWJA 4B9TA 4KB0A 4DFMA 1VSIA 3V1OA 3RRHA 1QSYA 3C94A 2IGIA 4I2QA 3LWMA 3SQ2A 2DFFA 1B9FA 4KTZA 3VA3A 4CEOA 3I8DA 4FK0A 4M3TA 4Z4GA 4IFYA 1HMVA 1VSDA 5CYMA 4O0IA 3AA4A 4N5SA 2QK9A 1DTQA 2XY7A 1QTMA 1SKWA 4CEAA 4DQRA 3QERA 1T05A 4CJPA 1L3TA 2XY5A 1HYSA 3OYGA 4DTXA 3D0PA 3K5MA 4NYNA 4PA1A 4KHNA 3L3UA 1C1AA 3CYMA 4FLZA 3MXMA 1N5YA 3HL8A 3QINA 3KTQA 1Q9YA 1SV5A 4E7KA 4FZYA 3AVJA 3DYAA 4DTNA 1TAUA 3TAMA 4QOZB 4IFVA 1C0MA 5HRPA 1JLFA 4DQIA 1EP4A 1NJWA 4CGDA 1U48A 3HPGA 1RBUA 1D8YA 3KLFA 4DU4A 3TAGA 3ZT0A 4DS4A 3HT3A 3HPOA 4E7JA 3MXIA 1VSJA 1S1UA 3WNEA 4FJGA 4DFKA 1O1WA 3VQCA 1NKBA 1A5XA 4FJIA 2ZD1A 4FK4A 4CF1A 4CF0A 1JLAA 4N41A 3SQ4A 5FROA 3OYEA 4M3YA 1YT3A 4FJLA 4M45A 1S1VA 4B3OA 1WNSA 4UQGA 2KZZA 1HQEA 3KLHA 4DQQA 1J54A 3TABA 1YTAA 4CK1A 3EY1A 4Z4HA 3V1RA 3AVIA 4KHQA 4AHTA 2QKKA 2HVIA 3V81A 5CZ1A 2XRIA 3O3FA 2DFEA 3C6TA 3P83D 2BANA 1ZBUA 2OPRA 3HM9A 1UWBA 3LP0A 1KTQA 3SNNA 1VSMA 2VG6A 3DLKA 4HUEA 1BI4B 3VQ9A 1C1BA 1XC9A 1SL2A 4EZ9A 4M3ZA 3AVFA 3OYDA 4PQUA 4I9QA 1RTHA 3HYFA 3SPZA 1VRTA 3TAEA 1RT5A 3LAKA 4M3RA 4FJXA 3LPTA 3M8PA 5T7BA 4CF9A 5HROA 1KVBA 1REVA 1WLJA 2HNYA 3NHGA 2JGUA 4QAGA 4RW9A 3QEIA 4N76A 4CFBA 4KI4A 4CHQA 1T03A 2E6MA 4M3XA 4J2EA 4AHUA 3OJSA 1QE1A 4JRQA 5KRSA 3DM2A 2HHTA 3OS0A 3SI6A 4KHYA 2YKNA 1S6QA 4CEZA 4DTRA 1LWFA 1XHXA 4IDKA 3KIOA 2XY8A 1B9DA 2GUIA 3LALA 3HXMA 3CFRA 3CFPA 4B9LA 1T7PA 4FJ9A 3NH1A 3NDKA 1ZBHA 2IC3A 3QEVA 2Z1JA 2HHSA 3NF8A 4CERA 4BDZA 1BL3A 4CESA 4GW6A 1WSGA 4ID5A 3T3FA 3NGIA 3RMAA 1VSFA 2QKBA 4F4KA 4IBNA 4I9LA 4CK3A 2A1SA 2RN2A 3NE6A 3ZSZA 3OYJA 2EHGA 3U3YA 3ULDA 4B9MA 4RW7A 1JLEA 3O3HA 1KLNA 3S3NA 2G8VA 2P5OA 4CCHA 1JL1A 2HHXA 1EXQA 2KZMA 2G8KA 4LY7A 3OYIA 4C8MA 1NOYA 1CXQA 1NK7A 3OYHA 5HP1A 5EU7A 1XWLA 1HRHA 4DS5A 4KTWA 4AILC 4DF8A 2HHVA 3ZSRA 3QNOA 1NK9A 1RT7A 1KRPA 3H08A 4CJEA 4DWIA 1NJXA 3MECA 1G15A 4HUGA 3FFIA 3QEXA 1UOCA 1SL0A 1FXXA 4DFJA 3OYNA 1QQCA 4M3WA 4HHTA 3EZ5A 3M8SA 5FRNA 1JLBA 1RTIA 2OPSA 4RW6A 3VQDA 3OYFA 1KSPA 2G8IA 4B8AB 4TSXA 4B9VA 4NCGA 4W5NA 1BI4A 4CHPA 2FBYA 4DLGA 1NK4A 4KV8A 3QIPA 3QEWA 4C8OA 4KB1A 1TAQA 4O44A 3U3GA 3KD5E 2ETJA 1RTJA 1S5JA 2YKMA 3AVLA 4H8KA 4Y1DA 3NF7A 1BISA 2HB5A 3MAQA 3DLHA 3NF6A 1VK0A 3OYMA 2DTUA 2A1RA 1D9FA 4ICLA 1S6PA 4DTPA 1WAJA 5JS2A 3L2QA 4Z4FA 4K8ZA 3O4NA 1IKWA 4L8RB 4LH5A 3WNHA 5SWMA 5DMRA 1S1TA 2Z1GA 3HVRA 3RR7A 3WNGA 1RBRA 1S1WA 4IG0A 1HPZA 3KKRA 1RT6A 5J2QA 2BDPA 1LWEA 1SKRA 5KTQA 3TARA 3ALYA 3DMJA 4DTUA 1U45A 3K5LA 4JRPA 1BCOA 3QNNA 2KTQA 4B9UA 3L2VA 1WSJA 4KTQA 4HVJA 3OS1A 1KCFA 4OPKA 3LZJA 3VQBA 4DSKA 1D5AA 3V6DA 3HO1A 2DY4A 2X78A 1IH7A 1KVCA 2FBVA 3NCIA 2VWJA 4EZ6A 3MEDA 1Q8IA 4AHCA 1X1PA 5CY4A 4DTOA 2YHBA 5J2PA 3IAYA 2ZE2A 3ZSWA 1BQMA 5C42A 4RW4A 2OA8A 2YV0X 4K8XA 1ASVA 3G0ZA 4B9SA 4DSIA 1LWCA 4OLBA 1VSLA 4FXDA 3ZT3A 4CHOA 4O0JA 1HQUA 1RDAA 3DRSA 4XIUA 3SV4A 4FW2A 4FZZA 1IKYA 4B08A 4W5OA 3QIOA 4FJ8A 3AA2A 5K14A 4DSEA 4Y1CA 2XO7A 3O3GA 2HW3A 1U47A 1X9WA 2XHBA 1NK0A 1LAVA 4CEDA 4QCLA 3VQEA 5C25A 1TVRA 4CJWA 4CJVA 3S3OA 1WSIA 3ZSQA 1SL1A 3RR8A 3ZSXA 2IDOA 5HRRA 2Z1HA 4F3OA 4ELUA 4FJ7A 3TANA 1EX4A 1RCHA 4FLWA 1CZBA 1GOBA 3HSTB 1FKOA 1TL3A 3AO5A 4AH9A 3RTVA 5J2NA 1HYZA 4FJJA 4HTUA 3LAMA 4AHVA 1J53A 1RTDA 1QS4A 1Y97A 3DOLA 2KFNA 3MEGA 4FJ5A 3PY8A 1ASWA 3BGRA 4R5PA 4W5RA 3KK1A 3AVAA 1L3SA 4NCBA 4WE1A 3VN5A 4N47A 4E3SA 3ZSOA 2OPPA 3QO9A 5HRSA 4IKFA 4G1QA 2ITGA 3IRXA 4RW8A 4J2DA 1A5WA 1C0UA 3IG1A 3K5OA 2OYQA 1RDDA 1UA1A 2YNIA 1X9SA 4OLAA 3SJJA 4ZTJA 3RWUA 2F96A 5KGWA 1TK8A 2ATQA 3SQ0A 1WSEA 4NCAA 1C1CA 3SZ2A 1R0AA 2BE2A 2YHAA 4DU1A 4FCYA 3B6OA 4NYFA 1VRUA 4CK2A 3OYAA 4E0DA 5SZTA 4LSLA 3SUNA 4O55A 3K5NA 4MQ3A 3RMCA 3CM6A 3OJUA 4GMJB 3SUQA 3HP6A 3L2RA 1VSKA 1WSHA 3NGZA 3DLBA 4DTJA 5JS1A 2Z1IA 3SUOA 5I3UA 3ZT2A 4OGCA 4DSLA 2B6AA 1RT1A 2IAJA 3T1AA 3VQ8A 4CJ3A 3LPUA 3QEPA 4ELVA 1QHTA 1YVUA 3THVA 4DSFA 3RRGA 1NOZA 3L3VA 4BE1A 4FZXC 2FBTA 3I0SA 3ITHA 3UIQA 1TKTA 3TAQA 5KI6A 3KJVA 3PX6A 1TKZA 3LANA 4OVLA 3KLGA 4FW1A 3AVMA 3VQ4A 3SYZA 3JYTA 3KD1E 4W5QA 4RG8A 2BGGA 3BDPA 1EKEA 3CG7A 3PX0A 1XI1A 1LV5A 2FBXA 3DOKA 1J5OA 3DLEA 1CZ9A 1X9MA 1J9AA 2O4GA 4ZHRA 1NJYA 1S1XA 2X6SA 5HLFA 4FK2A 5KRTA 4CF8A 4KHUA 3SV3A 1QSLA 3ZT4A 4CIGA 4GVMA 3F73A 4DSJA 2D0CA 3VA0A 4FLXA 1SUQA 3O4QA 4Q5VA 1F21A 2E4LA 3AVHA 1L3VA 3RMDA 1JL2A 1B92A 1GOCA 2VG7A 4CEEA 1IG9A 1Z26A 1EETA 1IKVA 1I3AA 3DRPA 3OY9A 4KKOA 2D0BA 2PZSA 1RBSA 2LSNA 3ZSVA 3HJFA 3IS9A 4HUFA 2X6NA 1IKXA 2R7YA 4FLUA 4CEBA 4KREA 3PUFA 3M8QA 1CLQA 3NH2A 2HVHA 1WN7A 1JXEA 2JLEA 4FVMA 5HRNA 4CFCA 3NH0A 4CGIA 1RDBA 4LSNA 3OYLA 1HJRA 1T8EA 2OZSA 3ISNC 2G8HA 1BGXT 2ZQBA 5J1EA 3S3MA 3DLRA 3C95A 4DMNA 3HPHA 3OYBA 1L3UA 4F8RA 4CGGA 4FJMA 2HHQA 4OJRA 4M42A 2KQ2A 1QSSA 2I5JA 1W9HA 3K2PA 3HVTA 3C6UA 4CEQA 3SCXA 1VSEA 1L5UA 2PY5A 3OYCA 1C6VA 4BACA 3NBPA 4FLYA 4E7LA 4CFAA 3SUPA 1VSHA 3QESA 1XHZA 1JLCA 2G8FA 4LH4A 2OPQA 3TR8A 3P5JA 4KAZA 2D0AA 4OGEA 1ITGA 3K59A 4DG1A 1GOAA 4CHYA 1RT3A 4BWMA 3PV8A 1NJZA 5FRMA 2GBZA 3MEEA 1S9GA 4M3UA 2E6LA 3VQ6A 3VQPA 3EYZA 1DLOA 3KK2A 4BDPA 3DI6A 3JSMA 3VQ5A 4ID1A 1TKXA 4OPJA 4KO0A 2D5RA 4AHSA 3DRRA 3L2WA 4E7IA 2HMIA 3OVNA 3K57A 3WNFA 4DLEA 4FJHA 2WOMA 3KLIA 1ASUA 1JKHA 3U6FA 3TWHA 3OS2A 3G10A 3VQAA 1LAWA 4FLTA 3KLEA 4CEFA 1TKDA 2HHUA 2PYLA 4Z4EA 4CJ4A 1CXUA 5KGXA 4J2BA 1TV6A 3MXJA 1FKPA 3AVGA 3NFAA 2B5JA 4KHWA 1LW0A 3ZCMA 4PY5A 2IS3A 3AO1A 4O5BA 1UAXA 4N56A 4AHRA 4ZTFA 1YTUA 4F2SA 4Q0BA 1C0TA 2VWKA 2IOCA 4CFDA 3D45A 2KFZA 4CE9A 4HCBA 1BHLA 1BIZA 1NK6A 1D9DA 4CJ5A 2OZMA 4BE2A 1KLMA 3LP3A 5D3GA 3LZIA 4J2AA 1IO2A 3ZT1A 4DF4A 2Y1JA 5DK5A 1JLQA 3S9HA 1ZBLA 2HHWA 1RBTA 5C24A 1RDCA 1Q9XA 4C8NA 3NF9A 1TGOA 4KHSA 1KFDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P51A 4H4OA 1WAFA 4KI6A 1YAGA 4CF2A 4BDYA 3K58A 3THWA 3PO4A 3VTIA 3B8AX 1VQ7N 4XEIA 4H5WA 3SJHA 5CR4A 3TTCA 1OH6A 3QETA 1NU0A 2DFHA 1QZ5A 2E8AA 3Q7CA 2VCPA 2RF2A 3NGYA 2FF6A 1UA0A 4CJRA 3AV9A 3LDSA 1NGBA 1V4TA 1HNIA 2W6LA 1RT2A 4FM2A 3ZSYA 1DTTA 3CI5A 2W42A 1DKGD 1Q86O 4C8KA 4DQPA 3OYKA 4FSVA 4CJQA 3K9KA 3PIOL 2P5GA 1Z25A 2NRWA 3V9UA 1M1KO 1BOTO 1U4BA 2UU9K 2GTDA 3V9XA 4Z4IA 3CCSN 4CBWA 2YNGA 3AA5X 3B6PA 3PSFA 2HNZA 4PHTX 4DR5K 2GV9A 3AVKA 2GWJA 4JS4A 3TAPA 3P1GA 1NGDA 3UE5A 4LF5K 4KRFA 1U49A 1VQMN 3M8RA 4OKEA 1SKSA 3O4WA 4H4MA 4Z4CA 1I39A 4JKFA 2QWMA 4FM0A 5FDLA 4CGFA 1L3VA 3LP2A 2KW4A 4B9UA 4WFNL 2PFUA 3VQ7A 3WEEA 4CIEA 2QXFA 3VETA 3T7ZA 4ILGB 1ZBFA 5GINA 1BIUA 4BWJA 4B9TA 4KB0A 1VSIA 3V1OA 3RRHA 2P9UA 1QSYA 1NGGA 4KTZA 4CEOA 3I8DA 3IDHA 4FK0A 1HMVA 5CYMA 1SKWA 1VQ6N 3IFRA 4CEAA 2QEXN 1HYSA 4FLZA 2P9KB 3KTQA 1Q9YA 5FPNA 2ZJQL 4DTNA 4BY9C 3A8YA 2OTJN 4A2BA 1EP4A 4CW7B 2IVOA 4F9OA 3KLFA 3TAGA 4EAHD 1VSJA 1FW6A 4FJGA 3FZFA 1JLAA 5FROA 1U6ZA 4M3YA 4FJLA 1YF5L 2GX9A 4IXCA 1S1VA 3D6RA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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