1GOCA

Cooperative stabilization of escherichia coli ribonuclease hi by insertion of gly-80b and gly-77-> ala substitution
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
156
structure length
156
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQAITQGWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Cooperative stabilization of Escherichia coli ribonuclease HI by insertion of Gly-80b and Gly-77-->Ala substitution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE H
molecule tags Hydrolase(endoribonuclease)
source organism Escherichia coli
total genus 48
structure length 156
sequence length 156
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1993-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1gocA00
3HPHA 1NK5A 3DOLA 3QIOA 1ZBIA 3SUNA 1TKZA 3ZSOA 2IAJA 4JS4A 1JXBA 3L3VA 1HYSA 5C42A 1L3TA 3DLBA 1A5XA 1VSEA 4HVJA 1WAFA 3DRRA 3QEXA 3BDPA 4OGEA 1S1XA 4Z4FA 5KI6A 5FRNA 4H8KA 3HP9A 4KB0A 1KFDA 3NF6A 4FJ8A 1RTHA 1NK9A 4DTXA 3I0RA 4CF1A 4Q5VA 4DFJA 5HROA 1ZBUA 1EP4A 2VG6A 3IS9A 4NCGA 4RW9A 3U3YA 1KLNA 2ZQBA 4F4KA 3TAGA 4CJUA 1A5VA 4CGFA 3HP6A 3DRSA 3M8SA 3OYNA 3PX0A 3MEDA 4YFUA 3RMDA 4E0DA 2IC3A 1UA1A 1EX4A 4FM0A 4FJKA 1S1TA 4E1NA 4FXDA 1VRUA 1J53A 3L2UA 4Z4CA 3AVMA 1KCFA 4FCYA 3QETA 4C8NA 1GOCA 3RR7A 3HSTB 1BQMA 3KIOA 3ASMA 4O5BA 3V9XA 1RT1A 4CJ5A 3OYBA 4DTUA 1QTMA 2HHTA 4FLVA 3ITHA 1HRHA 4KHNA 1NJXA 1QE1A 1HQUA 3U3GA 2QKKA 1HNVA 3AVIA 3KLFA 3AVLA 4N5SA 4AHRA 4DG1A 4HTUA 3AVGA 2FBVA 2XY5A 3RMAA 3TARA 2HB5A 2XO7A 3KLIA 1EKEA 4CFBA 3HPOA 2YNIA 4M3ZA 4LH5A 3OYIA 3ZT3A 2BGGA 1RNHA 5CZ2A 3KLHA 4CGGA 3NH1A 3VQCA 5KRSA 1KVAA 3OYMA 3OJUA 1RT5A 4M42A 3M8PA 3IG1A 3K5LA 4DQRA 4B9MA 4C8OA 4PQUA 3DRPA 2YV0X 4CJWA 4Y1DA 1WSJA 2FC0A 4O44A 1L5UA 2D0BA 3LP3A 2RKIA 4DF8A 3I0SA 3LPTA 3VQBA 4C8MA 4HUEA 4HUGA 1NKEA 3AVHA 3NDKA 4CJRA 1LAWA 3HVTA 4QAGA 4B8CA 2VWJA 3CFPA 3MXMA 1NKCA 1L3UA 1QSLA 3RR8A 4LH4A 3L2WA 3MEEA 4CFDA 2HHQA 4FJMA 4BACA 1Y97A 3QINA 3O4NA 1KRPA 4CF8A 3KJVA 2YNGA 1J54A 5K14A 1J9AA 4O55A 4IFVA 4I2QA 3CM6A 2Z1JA 1NK7A 4J2BA 2HHXA 4W5NA 1T8EA 4Z0UA 3VQ8A 3ZSZA 2OA8A 4KAZA 1C0MA 3K58A 2WONA 3RRHA 1JL1A 1VRTA 1KVCA 4ZTJA 2P1JA 1CLQA 3AO4A 4CK1A 2GBZA 4CF0A 3AA5X 2PYLA 3CG7A 4GMJB 1RTJA 4YNQA 1RT3A 4FM1A 2W42A 1X9SA 2FBXA 3K57A 1HMVA 2HNYA 4F8RA 4KHWA 4DTNA 3HK2A 1L3VA 4AHSA 2KTQA 1X1PA 1TV6A 4AHCA 4N56A 4E7LA 2XY6A 1IKYA 3NF9A 1XI1A 3KD1E 4KB1A 1F21A 3TWHA 2E6MA 4DSLA 3DMJA 4DTJA 4CK3A 3QERA 1RDDA 3V1RA 1YTAA 4E7KA 3DI6A 4DSKA 3A2FA 4E7IA 5KRTA 4IDKA 3HO1A 4RW7A 4KREA 1IKVA 2BE2A 4TSXA 4Z4IA 4J2EA 3OYDA 3ZSYA 3T1AA 4DQSA 1R0AA 3AV9A 3KKSA 1SL1A 3KTQA 4J2DA 3I8DA 4DSFA 3SV4A 2O4IA 3DOKA 1BHLA 3OVNA 1D5AA 1S1UA 4FLWA 2Y1IA 2ETJA 3WNFA 4CIFA 4FLXA 4E7HA 1WSEA 1NK4A 3AO5A 1X9MA 4M3XA 1QS4A 1DTTA 2Z1GA 2G8UA 3NH0A 4KHSA 4DTOA 4BE1A 3KLEA 2ITGA 2X6SA 3DLHA 4CHPA 2DFHA 3JSMA 4CHQA 4FW2A 1U47A 2G8HA 2JLEA 4FM2A 1ZBHA 4K8XA 4UQGA 4LSLA 2HHUA 1RBSA 4CEFA 2P5OA 1VSFA 3K5MA 1VSMA 3SUOA 4FJLA 3AO2A 4LD0A 3O3HA 3KD5E 5CYMA 4CERA 4OJRA 3DLKA 4WE1A 3SYZA 1RT2A 3S3MA 4OLAA 3V6DA 1XHXA 2ZD1A 1IKXA 1ASVA 4OPKA 1Q9YA 1O1WA 4AH9A 3LANA 1NKBA 3H08A 4CGDA 5J2PA 2KZZA 1S9GA 3AA2A 2QKBA 3L2QA 4E89A 3P1GA 4MQ3A 2GV9A 4R5PA 3V9SA 2E6LA 5E41A 1U45A 4KPYA 2B5JA 3OYKA 4KI4A 1JLBA 5J2NA 1MU2A 3K2PA 3O3FA 2DFEA 1JLAA 1RT7A 4DS5A 5HRRA 4NYFA 3SUPA 1HJRA 1SL0A 2G8IA 1Z26A 3NBPA 4KTWA 3TAEA 4RW4A 4CIEA 4CIGA 4OVLA 1NK8A 3NGYA 5D3GA 4B3OA 1BGXT 4LY7A 3QEVA 3L3UA 2G8FA 3V1QA 3PX6A 4DTMA 4CGIA 1JLCA 4E19A 5C25A 1D8YA 4DSJA 2BDPA 3AVKA 1IH7A 4CF2A 3TI0A 4Z4HA 1TKXA 5HRNA 1IO2A 4FJXA 4DU4A 1S9EA 2FBYA 2YKMA 2IDOA 3B6OA 3P83D 4BWMA 3TAMA 3OYCA 2HHWA 1FKOA 4GW6A 3S3NA 1RTDA 4M3UA 1BISA 1BL3A 3FFIA 2R7YA 2X6NA 4MFBA 4CEZA 2XY7A 2Y1JA 1NK0A 4FLTA 3NF7A 3E01A 1QSYA 4M3RA 3F9KA 1VSJA 3RWUA 1HYVA 4IBNA 4N47A 1KVBA 1DLOA 1HQEA 3AVBA 3NE6A 4DFKA 2OPRA 3PO4A 4FJIA 1NK6A 4FK0A 4JLHA 3PUFA 4CEDA 4N76A 1B92A 4RW6A 4DQIA 4AHVA 3EYZA 4Z4GA 2F96A 3T3FA 1Q9XA 4IFYA 3DM2A 3NFAA 4EZ6A 4OKJA 4FVMA 4DU3A 3TAQA 2A1RA 1LWCA 4N41A 4FZYA 4J2AA 4HUFA 2DY4A 1KLMA 1REVA 3AO1A 3VQ5A 3HM9A 1TGOA 3UIQA 2DTUA 1WSIA 4I2PA 4PWDA 4W5QA 4FJGA 3TABA 1U48A 4OKEA 4CJTA 1WN7A 3DYAA 1I3AA 2VG7A 4M3WA 1SV5A 3VQDA 2RN2A 1NJYA 1Q8IA 4FJHA 1WSGA 1T03A 4C8LA 3SQ4A 3D0PA 1XHZA 3PY8A 1NJWA 1KTQA 1CZ9A 2P5GA 2OZMA 3WNEA 3VQ6A 1ASWA 4ZTFA 1ITGA 4BE2A 2Z1IA 5KGXA 2YNFA 3NCIA 3PX4A 3MXIA 3PO5A 5HRPA 4IG3A 4FZZA 1B9DA 4CHNA 3NF8A 3K5NA 1IG9A 3QEPA 4NCAA 2YNHA 4CFAA 4KFBA 2HMIA 4FZXC 4QCLA 3G10A 4EZ9A 3PV8A 4PY5A 1UA0A 3ZSRA 1D9DA 1RT6A 1TK8A 4B9LA 3AA4A 4FLYA 2X74A 1WLJA 1BIZA 1X9WA 1TKDA 2HW3A 4O4GA 4CJ3A 5EU7A 5I3UA 3MXJA 4DQPA 5HBMA 2KZMA 3EZ5A 4ELTA 3LZJA 4B9UA 3IAYA 4AILC 4RG8A 3O3GA 4B9VA 1LW0A 4B9NA 4AHUA 4CFCA 3LALA 3SQ1A 1RBTA 1SKRA 4FJNA 4EP4A 3QNNA 2IOCA 3OYJA 4G1QA 1RT4A 1BQNA 4DU1A 1G15A 3O4QA 3JYTA 4OPJA 1QQCA 3RMBA 4B9TA 1S6QA 3VQQA 1WSHA 4B8AB 2KW4A 2OPQA 4CEEA 4O0IA 4EP5A 1UWBA 1RDBA 5HRSA 3NAEA 2NUBA 3SZ2A 3LAMA 3MEGA 3OYLA 3QESA 1L3SA 1YVUA 4CJ4A 4CEQA 2WOMA 2F8TA 1HYZA 4F2RA 4QOZB 1RTIA 3DLEA 1U49A 3P5JA 1N5YA 3DLRA 2JGUA 3ZCMA 3VA0A 3CM5A 3ZT4A 3CQ8A 4JRPA 4OKKA 2KFNA 1LWFA 4DSIA 2GUIA 3LZIA 3OYFA 2A1SA 2LSNA 3SPZA 4CEAA 4KO0A 1UOCA 3OYGA 3OYHA 4FJ7A 4ELVA 3LWLA 4F2SA 3RMCA 2KQ2A 4DLGA 3VQ9A 4FYDA 2HHSA 1S5JA 1C1BA 1GOBA 4DFPA 2BANA 3QEIA 5CZ1A 4CEBA 3OYAA 3CFRA 3VQ4A 3S9HA 1B9FA 3NHGA 1T7PA 1S6PA 3KKRA 1U4BA 3SNNA 1JLEA 4FW1A 4AHTA 4FK4A 3LWMA 3K5OA 4I7FA 1WAJA 1KSPA 1HNIA 3V1OA 1XC9A 1JKHA 2ATQA 3LPUA 4CESA 3MAQA 3LDSA 1SL2A 4ID1A 3DLGA 4FLZA 1EETA 2O4GA 1W0HA 2XY8A 4O0JA 2EHGA 4M45A 3ZT1A 4H4OA 2B4JA 4ZHRA 3AVAA 3V9WA 1SKWA 4CEOA 4Y1CA 4F3TA 1TKTA 1TAQA 4CK2A 3ISNC 5DK5A 4CJVA 1RBRA 3KK1A 4Z4EA 3LP2A 5JS2A 3G0ZA 2VG5A 4FJ5A 3AO3A 4C8KA 5KTQA 5SWMA 2YKNA 5C24A 1LV5A 3TR8A 4CHOA 4E3SA 2HNZA 3VQ7A 4CE9A 3ZSWA 4LSNA 3S3OA 1NOYA 4K8ZA 1VSKA 3L8BA 2OYQA 3SPYA 5DMRA 1S1VA 1VSDA 3L2VA 1FK9A 4CJEA 1BI4B 5CYQA 4B9SA 3ALYA 1FXXA 4L8RB 3AVJA 1BI4A 3OY9A 1NJZA 4BWJA 1C0UA 3SCXA 1KFSA 2PY5A 1LWEA 3T19A 3VQEA 4CJKA 2DFFA 3ULDA 3WNHA 3AA3A 2B6AA 3QNOA 4FK2A 4HCBA 5I42A 4ICLA 5JS1A 1BIUA 1GOAA 1RILA 3ZSXA 1K6YA 2RPIA 3HYFA 2IGIA 3U6FA 1TK5A 4E1MA 3SJJA 4HCCA 4IKFA 1N6QA 1YTUA 5T7BA 3F73A 4CGHA 2KFZA 3VN5A 4CJQA 1RDAA 4W5TA 4BDYA 4DSEA 4JS5A 3CYMA 2E4LA 4DTPA 4DQQA 1RDCA 5HP1A 4KI6A 3VQPA 4FJ9A 5FRMA 2OPPA 4Q0BA 4CCHA 1QHTA 4HHTA 1WNSA 1Z25A 4OGCA 1XWLA 2D0AA 4DFMA 3IRXA 3V4IA 3CFOA 2G8VA 1FKPA 4I9QA 3QLHA 1NOZA 1CXQA 2OZSA 4DMNA 2PYJA 1J5OA 2XRIA 5FDLA 4DLEA 2VWKA 3THVA 4F3OA 1TK0A 2HHVA 4DS4A 1VSIA 3LP0A 3D45A 4PA1A 3KLGA 1JLFA 4KKOA 3HPGA 4KHYA 3C94A 4I9LA 2D5RA 4CJSA 1JLQA 1U04A 3C6TA 3QEWA 1HPZA 3WNGA 2RF2A 2QXFA 4GVMA 4FLUA 1TVRA 1CZBA 4CECA 1C0TA 1W9HA 1JLGA 4NYNA 4KRFA 3TAPA 1ASUA 4JRQA 3TAFA 2HVHA 3OS2A 2Q3SA 1VK0A 1ZBFA 3QIPA 4CJFA 4BE0A 3OS1A 1JXEA 1CXUA 2ZE2A 5J2MA 2QK9A 5HLFA 3MECA 1JL2A 3HT3A 3M8QA 4M3TA 2X78A 4ID5A 3OYEA 4DF4A 3V9ZA 4CJPA 2EX3A 1D9FA 3NGIA 3HXMA 1LAVA 3M8RA 1ZBLA 4ELUA 1TAUA 5J1EA 1T05A 1TL1A 3SQ0A 1I39A 4XIUA 1SKSA 3NGZA 3ZSVA 4M3YA 2AJQA 4KTZA 3B6PA 4H4MA 1S1WA 1QSSA 4KHQA 3SV3A 2HVIA 3BGRA 4BDZA 4NCBA 3KK3A 3HL8A 1RBVA 2XHBA 3VA3A 1RCHA 4W5OA 3OJSA 4BDPA 3HJFA 2G8WA 1C6VA 1VSHA 1SUQA 1VSLA 3C6UA 4M41A 1TL3A 1WSFA 1C1AA 4CHZA 4B08A 4CF9A 1C1CA 4FJJA 3AVFA 3OS0A 3SI6A 1ZYQA 4KTQA 3SQ2A 4W5RA 5J2QA 1BCMA 1RBUA 3C95A 3VQAA 4PUOA 2YHAA 4E7JA 2FBTA 2P51A 4IG0A 1UAXA 3KK2A 3V9UA 4DTSA 3ZT2A 3HVRA 3SUQA 4OLBA 1BCOA 2OPSA 2Z1HA 3EY1A 3V81A 2PZSA 3K59A 1EXQA 3TANA 2G8KA 3AVNA 2D0CA 1YT3A 2I5JA 2YHBA 2HNDA 3LP1A 5KGWA 4CGJA 3L2RA 3RTVA 4DWIA 1LW2A 2F8SA 3ZSQA 3LAKA 4KHUA 2IS3A 3ZT0A 3QO9A 3NH2A 1IKWA 1DTQA 5FROA 4CJLA 4DTRA 4RW8A 5SZTA 4CHYA 4KV8A 3RRGA 3AVCA 5CY4A 1A5WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3FE1A 3QIOA 5GIOA 1TKZA 4BG8A 1JXBA 3VMFB 1A5XA 4HVJA 1WAFA 1YHQN 3DJCA 4Z4FA 4BR2A 5FRNA 4H8KA 3EL2A 1JCGA 4JKDA 3VPZA 3DWLA 1RGIA 4DFJA 3IS9A 2HHVA 4H0XB 3EZWA 2VYPA 1ZC6A 3M8SA 4B1XB 1EX4A 4FM0A 5E84A 4ISGA 4FXDA 1X9JA 1QZ5A 2IVOA 3HSTB 3VETA 4M3UA 3ASMA 4IWVA 1RT1A 4BR5A 3ID8A 1QE1A 1HQUA 3AVIA 1JCFA 3AVLA 4DG1A 4HTUA 3AVGA 5JVHL 2P9LA 2NRXA 2O8CB 3KLIA 1GLEG 3OBYA 3HPOA 3ZT3A 1RNHA 3NH1A 3A5MC 1M1KO 4GY2B 3K5LA 4C8OA 3DXKA 3M3ZA 1L5UA 3HZ6A 3WQTA 2RKIA 4DF8A 3I0SA 3VQBA 1NKEA 3D2EB 1BDGA 4JNEA 1LAWA 3CFPA 1ZXOA 5F0XA 3L2WA 3MEEA 3QMLA 2UXBK 4FWPA 3O4NA 1J9AA 3TU5A 3CM6A 2Z1JA 1HKGA 4Z0UA 3VQ8A 3ZSZA 3K58A 2WONA 3RRHA 2DPNA 1VRTA 3CXCM 2P1JA 1IG8A 3AO4A 4CK1A 5C15A 2PYLA 4YNQA 3K57A 4KHWA 1HUXA 4H5NA 3CCUN 3HK2A 3NF9A 2I7PA 2E6MA 1GLAG 3CCSN 4DTJA 4JYAK 3ZEUA 2E1YA 3V1RA 2A3ZA 3DI6A 4IDKA 1O13A 3ULEA 1YJWN 4J2EA 3OYDA 4IEIA 3WT0A 2P9SB 3VTHA 4YOYA 3A5OC 3MX5A 3I8DA 4GNIA 3OVNA 1S1UA 2Y1IA 2ETJA 3D2FA 1NK4A 1T6CA 1QS4A 2Z1GA 2G8UA 4QS7A 4DTOA 1NWKA 3KLEA 2X6SA 3DLHA 4X66K 3JSMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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