1HRHA

Crystal structure of the ribonuclease h domain of hiv-1 reverse transcriptase
Total Genus 37

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
130
structure length
125
Chain Sequence
YQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNKGRQKVVPLTNTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPGGNEQVDKLVSAGI

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase(endoribonuclease)
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Crystal structure of the ribonuclease H domain of HIV-1 reverse transcriptase.
pubmed rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE H
total genus 37
structure length 125
sequence length 130
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1991-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1hrhA00
3SI6A 3VQDA 3DMJA 1LAVA 1JXBA 5CZ2A 4IBNA 3K57A 4JLHA 2RPIA 1C1CA 4W5TA 4ZTJA 4E7IA 3S3NA 1KFDA 3VQ4A 1TKDA 4QOZB 1JLQA 1UWBA 3DLHA 2P5OA 4NCAA 4KHQA 3U3YA 4M42A 4B9LA 4DTOA 2HHSA 2FBXA 2YHBA 3DM2A 3P1GA 1WSIA 3AVJA 1TKXA 3I0SA 1FK9A 2HHTA 2XY6A 4M3WA 4I2QA 4DS4A 4FK2A 4B8CA 1BQMA 4KTWA 3AO4A 2HVIA 4CJFA 3KK2A 3TAEA 4FYDA 3RMAA 3ISNC 3AVAA 1N5YA 3ZT4A 3KIOA 3EYZA 2F8SA 1BI4B 4DTRA 2E4LA 4DLGA 3S3MA 3DOLA 1ZBLA 1Z25A 2YNHA 4Z4CA 4YFUA 3HJFA 1HRHA 1S1UA 1BL3A 2ZE2A 3OYHA 3HPHA 3ZSXA 4KHUA 4CJEA 4AHTA 1TK5A 2G8KA 3PO5A 4M3RA 3ASMA 1C0MA 2W42A 3AVBA 4J2AA 1HYVA 2QKBA 4RW8A 1J5OA 3AA3A 1K6YA 5J2MA 4B9TA 2HHXA 1B92A 2YKNA 3OYEA 3EY1A 1TL1A 1NK8A 1S1WA 2P51A 1QHTA 4B9SA 4KTQA 3DLRA 2Z1HA 2JGUA 4CF8A 4E1NA 3LDSA 3OYLA 5J2PA 1NJZA 1T03A 3BDPA 4KRFA 3CFOA 3RMCA 3DRRA 1U4BA 1J9AA 3NGYA 4E7HA 3AA2A 4K8ZA 3L2VA 3HVTA 4W5NA 5HRPA 4OPKA 1SV5A 3AO1A 3O3FA 5HRNA 3P83D 4E7KA 1S9GA 1WLJA 2Q3SA 4HTUA 3SUQA 3WNHA 3U6FA 4ID1A 3S3OA 1KFSA 3UIQA 3PO4A 5JS1A 1DTQA 3SPZA 2PY5A 4KAZA 2IDOA 4KB0A 4N76A 1YVUA 3A2FA 2FBYA 4WE1A 2YNGA 4TSXA 3C94A 4W5QA 3T3FA 5J2NA 3AVIA 3NBPA 4NCGA 2EHGA 3T19A 1X9WA 1D9FA 4FJIA 4RW7A 3LP2A 1WAFA 1UOCA 4HCBA 1KTQA 2HHVA 4CHZA 4DG1A 3K5NA 4ELTA 4W5RA 3LZJA 2E6MA 4LH4A 4OGEA 1U45A 2HB5A 5SZTA 1S6PA 1DTTA 2IC3A 3CM5A 1LWFA 3S9HA 3AO5A 2I5JA 2VG5A 4GMJB 1X9SA 5D3GA 1JLBA 4F3TA 3L2UA 1EETA 1VSMA 4HHTA 3SV3A 3PV8A 4AHCA 4FXDA 1VSDA 4HVJA 4PQUA 1BIUA 4W5OA 5C42A 4CGJA 3SJJA 3DLGA 3K59A 5HRRA 4O0JA 1WN7A 4Z4HA 4AHSA 1JL1A 4C8OA 4DFMA 1C0TA 2OPQA 1HPZA 4IKFA 3VQAA 4CEFA 1I39A 4N5SA 1KVBA 1JLEA 3E01A 1SUQA 1RBRA 4CHNA 3V4IA 4RG8A 1NOYA 3K5OA 4O55A 4M3TA 2HW3A 1JLGA 1EX4A 4FLZA 3D0PA 4B9UA 4FJXA 3OYCA 3QNNA 4CFCA 3OYIA 1RBVA 1VSEA 2DFEA 1T05A 2G8VA 4Y1DA 2X74A 4GVMA 3QETA 2R7YA 2ITGA 4RW6A 2E6LA 1S1TA 1LWEA 2Y1IA 3LANA 3AA5X 4FJ9A 3KLHA 1TK0A 1S1XA 1XHXA 3V81A 3OS2A 1N6QA 1RT5A 3JSMA 3K5LA 2B6AA 1C0UA 1C6VA 4LSNA 3OJSA 2KFZA 2P1JA 4E89A 4BDPA 4LY7A 4H8KA 2F96A 4CJ3A 3D45A 3TANA 4CJLA 4KREA 4KPYA 1VSHA 3VQBA 3V9WA 3OYAA 3L8BA 2F8TA 4FW1A 3L3VA 2OZSA 3M8RA 4E7JA 4DF4A 4CJKA 4DSIA 4B9NA 4CEEA 1HNVA 4CJWA 4ZTFA 1JLFA 2G8WA 1CLQA 4N56A 3DLEA 3CFPA 2Z1IA 4CIFA 1UA1A 4H4MA 4FM0A 3LWMA 4E7LA 3OYKA 1B9DA 1BGXT 1JLCA 3DI6A 4FM2A 4DU3A 4DMNA 1YTAA 3NCIA 2BANA 3OYMA 3QERA 4OLAA 1QS4A 3ZSRA 4EZ9A 1L3TA 3SQ0A 2OPRA 4M41A 4J2EA 4HUEA 5HP1A 3L2RA 4CE9A 3TAPA 2IS3A 2B4JA 3RR8A 4DQIA 3FFIA 1VRUA 1CXUA 3KKRA 3HYFA 5KGXA 2FC0A 4DU4A 2D0BA 3F73A 2VWJA 3SZ2A 4B8AB 3LZIA 5I3UA 1EP4A 1LV5A 4DSEA 1VSJA 4RW9A 4CJ5A 3KLGA 4OJRA 4C8NA 3C6UA 4JS5A 3SYZA 1RDDA 1IKYA 4CEZA 2O4IA 2RF2A 1S5JA 4BE0A 1VSLA 3KJVA 3HK2A 4EP4A 2KZMA 4B3OA 3DOKA 3ZSWA 4AHVA 4LSLA 1QSLA 3QNOA 2ATQA 2QKKA 1C1BA 5HLFA 2Z1GA 3NH1A 1L3SA 2GBZA 4KO0A 3OS0A 2KZZA 4AH9A 4PY5A 1KVAA 1IH7A 4FLXA 4FLWA 5KRTA 3TARA 3KTQA 4FJMA 4N41A 4CGFA 1TVRA 4FJKA 3NDKA 1HMVA 5I42A 4CK1A 4Z4FA 4G1QA 5JS2A 1BISA 5KGWA 3CFRA 1BI4A 4M3ZA 4FK4A 4Q0BA 3OYJA 3KD1E 3DRSA 4BE2A 4DSFA 1HYSA 3QEIA 1RT6A 3MEEA 3SPYA 4FJ8A 3VQEA 2OYQA 2O4GA 3ZSYA 5SWMA 3KK3A 4HUFA 3V9ZA 4JRPA 1CZ9A 4DSLA 1FKOA 1RNHA 3IG1A 1U49A 5CYMA 3RWUA 4FCYA 2HNZA 4CGIA 1JLAA 4DFJA 4CFDA 3VQ6A 2KTQA 5DK5A 4CHOA 1XWLA 4M3XA 1A5XA 4PA1A 2HNDA 3SQ4A 1L5UA 3U3GA 5K14A 1Q9XA 1QTMA 3NGZA 4CF9A 3QIOA 3ITHA 3CYMA 4IFYA 5KI6A 3V1OA 1ITGA 4Y1CA 3OY9A 3KLFA 1T8EA 4L8RB 3CQ8A 1RTJA 4MFBA 3OYBA 2D0CA 3ULDA 4NCBA 5FRNA 3QEVA 2XY7A 2KQ2A 4FZXC 1QSYA 3OYFA 4FJGA 1KCFA 4O5BA 4F8RA 3ZSVA 3QLHA 2HHUA 1IKVA 3P5JA 4CGHA 2B5JA 3G10A 2Z1JA 4CGDA 3KLEA 3THVA 4DTNA 5KTQA 1CZBA 1LAWA 3HP9A 1J54A 3SQ1A 5HROA 3LALA 1WSJA 3MXMA 1SKRA 1BIZA 3KD5E 1BHLA 3MEDA 3RRHA 2P5GA 5C25A 4I7FA 4CJ4A 2HNYA 2XY8A 4CEOA 3NHGA 1SL0A 4F2SA 4CJSA 3RRGA 1NK0A 1IG9A 2IAJA 1T7PA 1GOAA 4AILC 4CEDA 1ZBIA 3AVFA 4OGCA 4IFVA 1VSIA 4ID5A 4IG0A 4DQRA 2G8UA 3IAYA 4ZHRA 3AVKA 2KFNA 1REVA 1MU2A 3HP6A 3MXIA 1NK6A 4ELVA 2WOMA 3AO3A 1QQCA 3LPUA 2ZD1A 4BDZA 3TAGA 2G8HA 3MECA 1ASVA 1RT3A 3VQ7A 3L2WA 3NF8A 4IG3A 3I8DA 3TWHA 2HMIA 2PYLA 1BCMA 2D5RA 2YNIA 2XHBA 2OPSA 1U47A 5HRSA 4CEBA 4CJUA 3TABA 4O44A 4LD0A 3VQQA 1RT2A 4CJTA 1IO2A 1J53A 1KLMA 1Y97A 1LW2A 4BWMA 2Y1JA 4J2BA 3VQ5A 1IKXA 1S1VA 5CYQA 3HM9A 2DFHA 3AVHA 2OPPA 3DYAA 3L2QA 2YNFA 1NK9A 3SNNA 4EP5A 3SQ2A 3B6OA 3NF7A 4NYNA 5T7BA 1B9FA 3ZCMA 4FJLA 4FJ7A 3RMBA 1JKHA 1QE1A 5CY4A 4QCLA 4ELUA 3QIPA 1RBSA 3AVNA 3HSTB 3ZT3A 4DQQA 1U48A 2DY4A 3KKSA 3OJUA 4CF1A 3CG7A 1WSGA 3G0ZA 2RKIA 3M8PA 1RT1A 4FW2A 3M8SA 4DSKA 4HCCA 3RTVA 1RBUA 2GUIA 2BGGA 4N47A 1ASWA 2QXFA 5KRSA 1RTDA 4FJ5A 1BCOA 1ZBFA 4CECA 4CF0A 4F4KA 3AO2A 3LAMA 4B08A 1NK7A 3HL8A 2A1RA 3TAQA 3RMDA 1HQEA 4JS4A 3HXMA 3QINA 1I3AA 3WNFA 3ZT2A 4FLUA 1FXXA 3OS1A 1VSFA 3ZSZA 2A1SA 1TV6A 1WNSA 4NYFA 3KK1A 1TKTA 4YNQA 4R5PA 4E3SA 3PX6A 1W0HA 2XY5A 5CZ1A 1EKEA 3HVRA 3DLKA 3V6DA 4FZYA 4DFPA 1KLNA 3NH0A 2EX3A 4FVMA 3QEXA 1RILA 3TAMA 1WAJA 3IS9A 3AVGA 1D8YA 4KI4A 1KVCA 1S9EA 1UAXA 3HO1A 3VQ9A 3PX0A 4BDYA 1TAQA 3TI0A 1U04A 3CM6A 4DSJA 4KV8A 4DS5A 2YHAA 2X6NA 1Q9YA 4XIUA 3V9UA 1RTIA 4RW4A 3PX4A 1S6QA 3HT3A 5EU7A 1UA0A 3MXJA 2IOCA 2X78A 3V1QA 3MEGA 1NK4A 4KI6A 3H08A 3K2PA 4HUGA 4F3OA 4M45A 4JRQA 1WSEA 3ZT0A 4C8LA 3DRPA 2PZSA 3RR7A 4E0DA 2X6SA 4Z0UA 4CERA 4DTPA 4FJJA 5HBMA 4CESA 2JLEA 3QEPA 1LW0A 1CXQA 3VA0A 4B9VA 4DTMA 1RTHA 2FBVA 2BDPA 4UQGA 3OVNA 4OVLA 4PUOA 1HJRA 2DFFA 1Q8IA 1QSSA 4CJVA 3M8QA 3LP3A 4GW6A 4DWIA 1ZBHA 4CEAA 4FZZA 5FRMA 1ASUA 3L3UA 4CEQA 2DTUA 4CHYA 1RDAA 1SKSA 4CF2A 1X1PA 4KHWA 4OKEA 2XRIA 4OKKA 4FLYA 1X9MA 1RBTA 4Z4GA 1VRTA 5E41A 3VN5A 1FKPA 2D0AA 1WSHA 4CIGA 4FK0A 1XC9A 4C8KA 4DQPA 3LP1A 1NKBA 4FLVA 4M3UA 4Q5VA 2G8FA 3O3GA 1BQNA 1WSFA 4J2DA 4O0IA 1NJWA 4KB1A 1LWCA 3LAKA 4I2PA 4LH5A 4CFAA 3QEWA 1ZYQA 4E1MA 4BACA 1SL2A 2HHQA 1L3VA 1NJYA 3TAFA 1SKWA 4CHQA 3V9XA 4DQSA 4DTJA 3SUNA 1XHZA 3LPTA 4ICLA 1NOZA 3VA3A 4KHYA 4Z4EA 4FJNA 4CK2A 4CIEA 1JXEA 4IDKA 4DF8A 3BGRA 3JYTA 1TKZA 3AVMA 5J1EA 2VG7A 4B9MA 1W9HA 2NUBA 3ZT1A 3ALYA 3AV9A 2VWKA 4H4OA 5FROA 3LP0A 3WNEA 3SCXA 1ZBUA 3OYNA 1TAUA 1GOBA 3ZSQA 3NGIA 3MAQA 3T1AA 1HNIA 4QAGA 1TK8A 4F2RA 3VQPA 4CJRA 1L3UA 4C8MA 3NF9A 4I9QA 3DLBA 1RDCA 4FM1A 3OYDA 3HPGA 2OA8A 3AVLA 4OKJA 2HVHA 1RDBA 3KLIA 1RT7A 3SUOA 2HHWA 2AJQA 4DFKA 3K5MA 1C1AA 3QESA 1YTUA 4KKOA 3NAEA 3TR8A 3NH2A 4FJHA 1VSKA 3B6PA 1D5AA 2BE2A 5FDLA 1XI1A 1VK0A 2ZQBA 4BWJA 4KHNA 3C6TA 4OPJA 3HPOA 4AHUA 4BE1A 1R0AA 2GV9A 3NFAA 2FBTA 3AVCA 3PUFA 3V1RA 1DLOA 3PY8A 1GOCA 2RN2A 1A5WA 1O1WA 1NKCA 1Z26A 3VQCA 1NKEA 4DLEA 3ZSOA 4DTSA 3O4NA 3V9SA 4DTUA 2QK9A 4DTXA 3O3HA 1KRPA 3VQ8A 1YT3A 1NJXA 1RT4A 4CJQA 1NK5A 3QO9A 4I9LA 1IKWA 4CCHA 4K8XA 4AHRA 3AA4A 3NF6A 2WONA 1SL1A 2PYJA 4KFBA 4PWDA 4CHPA 1TL3A 3SUPA 1D9DA 2G8IA 3EZ5A 1TGOA 3I0RA 4CFBA 3OYGA 1HYZA 2OZMA 3C95A 4CK3A 2YV0X 3NE6A 4O4GA 3WNGA 4CJPA 2KW4A 5J2QA 2ETJA 3IRXA 1JL2A 1G15A 3K58A 1EXQA 3O4QA 3F9KA 3SV4A 2XO7A 1KSPA 4KTZA 1F21A 4CGGA 4OLBA 1A5VA 4MQ3A 4FLTA 1HQUA 2IGIA 4KHSA 4M3YA 4DU1A 4E19A 1RCHA 2VG6A 2YKMA 5DMRA 2LSNA 4EZ6A 4Z4IA 3LWLA 5C24A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JNEA 1GLEG 3VQDA 1LAVA 5CZ2A 4IBNA 5IT9O 2RPIA 1C1CA 4JD2B 4W5TA 4ZTJA 3S3NA 3VQ4A 1TKDA 4QOZB 1UWBA 3DLHA 2ZJPL 2YHWA 4NCAA 4PL7A 2HHSA 2FBXA 3AVJA 2E2QA 1TKXA 3I0SA 2HHTA 3CQXA 4M63C 3ULEB 4B8CA 1R59O 4CJFA 4JKCA 3G71N 2E5LK 2P9LB 3ISNC 1DEJA 3PIPL 3T1HK 1N5YA 4EIAA 3L6QA 2E4LA 3DOLA 4YOVA 4IJNA 5TKYA 2VYPA 1Z25A 2YNHA 1ZBLA 2BH1A 3CJ7A 2OCEA 1S1UA 1BL3A 3UKUB 1C0FA 4AHTA 3THWA 1TK5A 4NXNK 2O8DB 1T44A 1HLUA 4PKIA 4OPAA 2QKBA 1JJ2M 2V7ZA 3EY1A 3G4SN 2AA4A 1S1WA 1QHTA 4KTQA 3DXKB 4E1NA 1S72N 1U4BA 4A5AA 3NGYA 4YDUC 4K8ZA 3L2VA 3HVTA 4I6MA 1EQYA 5BR9A 3R8EA 4E7KA 1NGGA 3U6FA 3TSUA 2FSJA 3PO4A 2F7TA 2QWLA 1DTQA 2W40A 4KB0A 4N76A 2FBYA 4JK8A 2YNGA 3C94A 5J2NA 4FJIA 2ZGYA 3AVIA 1D9FA 2EHGA 5AZIA 4HCBA 1WAFA 5AR0A 4W5RA 1U45A 1NWKA 3TTCA 3AO5A 2VG5A 4GMJB 4C23A 1X9SA 3L2UA 1EETA 4DKWA 4IDHA 5BPNA 5AQSA 3UE5A 3DLGA 3VENA 4AHSA 3ID8A 2OPQA 5HL7L 1WBBA 3J81O 1ATNA 4CZHA 3K5OA 4O55A 2HW3A 1EX4A 4FLZA 2O8EB 4CFCA 2P9UA 2G8VA 4K41A 4JHDB 4GVMA 2FF6A 2R7YA 3WXJA 2W6KA 3KLHA 1S1XA 1XHXA 3K5LA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4JNE A;  1GLE G;  3VQD A;  1LAV A;  5CZ2 A;  4IBN A;  5IT9 O;  2RPI A;  1C1C A;  4JD2 B;  4W5T A;  4ZTJ A;  3S3N A;  3VQ4 A;  1TKD A;  4QOZ B;  1UWB A;  3DLH A;  2ZJP L;  2YHW A;  4NCA A;  4PL7 A;  2HHS A;  2FBX A;  3AVJ A;  2E2Q A;  1TKX A;  3I0S A;  2HHT A;  3CQX A;  4M63 C;  3ULE B;  4B8C A;  1R59 O;  4CJF A;  4JKC A;  3G71 N;  2E5L K;  2P9L B;  3ISN C;  1DEJ A;  3PIP L;  3T1H K;  1N5Y A;  4EIA A;  3L6Q A;  2E4L A;  3DOL A;  4YOV A;  4IJN A;  5TKY A;  2VYP A;  1Z25 A;  2YNH A;  1ZBL A;  2BH1 A;  3CJ7 A;  2OCE A;  1S1U A;  1BL3 A;  3UKU B;  1C0F A;  4AHT A;  3THW A;  1TK5 A;  4NXN K;  2O8D B;  1T44 A;  1HLU A;  4PKI A;  4OPA A;  2QKB A;  1JJ2 M;  2V7Z A;  3EY1 A;  3G4S N;  2AA4 A;  1S1W A;  1QHT A;  4KTQ A;  3DXK B;  4E1N A;  1S72 N;  1U4B A;  4A5A A;  3NGY A;  4YDU C;  4K8Z A;  3L2V A;  3HVT A;  4I6M A;  1EQY A;  5BR9 A;  3R8E A;  4E7K A;  1NGG A;  3U6F A;  3TSU A;  2FSJ A;  3PO4 A;  2F7T A;  2QWL A;  1DTQ A;  2W40 A;  4KB0 A;  4N76 A;  2FBY A;  4JK8 A;  2YNG A;  3C94 A;  5J2N A;  4FJI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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