1HRHA

Crystal structure of the ribonuclease h domain of hiv-1 reverse transcriptase
Total Genus 37

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
130
structure length
125
Chain Sequence
YQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNKGRQKVVPLTNTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPGGNEQVDKLVSAGI

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase(endoribonuclease)
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Crystal structure of the ribonuclease H domain of HIV-1 reverse transcriptase.
pubmed rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE H
total genus 37
structure length 125
sequence length 130
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1991-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1hrhA00
1D5AA 4CE9A 2X6SA 4H4OA 4E1NA 4RW7A 1JLEA 1EETA 4BE0A 3RMAA 2O4IA 1BQMA 3AV9A 2A1RA 4PY5A 3SQ4A 1FXXA 1KLNA 4HUEA 3QNOA 4FLXA 5HROA 4FZXC 4Z0UA 3NE6A 2FBYA 4FK4A 3ZT3A 3G0ZA 1JLGA 4NYFA 2FBVA 4DWIA 4H4MA 4BE1A 1BISA 2KFZA 5JS1A 4FW2A 3LPUA 4CJTA 4DS5A 3RRHA 1UWBA 2YHAA 3KKSA 3KD1E 3ZCMA 4BDZA 4DFKA 1VSJA 4KI4A 1HJRA 3CYMA 1EP4A 4F3TA 3RWUA 3QO9A 3ZSZA 3ZSRA 4CEBA 4CEOA 1C1AA 1VSDA 4Q5VA 3NGZA 2GV9A 1TK5A 1NK6A 3BGRA 3V9ZA 2G8VA 4I2QA 2BE2A 3CQ8A 1T7PA 3LAKA 3THVA 2P5GA 4DQIA 3DLHA 1XHXA 2HB5A 4CEEA 4JRPA 2OZMA 3OS0A 4RG8A 3OYIA 4MFBA 1KVBA 2PY5A 3OS2A 1KVCA 1U04A 3HVRA 4K8XA 3MEEA 2HMIA 3LWLA 4L8RB 4K8ZA 3HK2A 1VSFA 4HUGA 4DF4A 5K14A 3LWMA 3NBPA 4CIFA 1EXQA 3P5JA 5I3UA 4OLBA 2XO7A 1RBSA 1XWLA 3LP2A 3M8SA 4FZYA 2E6LA 3WNFA 5HLFA 1EKEA 4DQSA 1LWEA 4IFVA 2IAJA 3C94A 4FJGA 3LDSA 4E1MA 1VSKA 5C24A 2HHTA 2VG6A 1TL1A 3VQ4A 4KTWA 4IKFA 3DOLA 2Y1JA 4O44A 3MXIA 4KFBA 4LH5A 2Q3SA 1BIUA 4E89A 3SQ2A 1B9DA 2YKMA 3DLRA 4KTZA 4DU3A 2P51A 4PWDA 2KTQA 3C95A 3SQ0A 1NJWA 1GOCA 4CF8A 2DFHA 1SL1A 3I0SA 4DTOA 1RCHA 2A1SA 2X74A 1S1UA 4CGGA 4CGIA 4IFYA 3AO5A 5HBMA 4CGFA 3L2QA 4JS4A 4CJQA 4DQRA 2KW4A 3OYMA 5T7BA 3PX6A 1D9FA 1WSGA 4KAZA 3O4QA 4CERA 5KGWA 2YV0X 1L3UA 2G8KA 4HCBA 2VG5A 4H8KA 2OPRA 4OKJA 4AHCA 1Q9XA 4C8LA 3T3FA 1IKYA 2Z1JA 1VSEA 1ASVA 4J2BA 4FJXA 3V4IA 4E7LA 4N56A 4KI6A 4DTSA 4N47A 2OPPA 4B9TA 2R7YA 2ZQBA 4DG1A 4AHUA 4CIEA 1J5OA 3D0PA 3ZSOA 4O0IA 4CFCA 1T03A 4FLZA 1XC9A 1RTIA 1B92A 4I9LA 2PZSA 2GUIA 4E19A 4CJFA 1W9HA 1LWFA 3HP6A 4E7HA 5D3GA 1RDBA 3CM5A 4B3OA 3AVBA 4M41A 4FJ7A 4E7IA 4MQ3A 4B9LA 3PX4A 4CHOA 2Z1HA 4CGDA 4CJKA 4CJLA 1DTQA 4Z4IA 1TGOA 3IRXA 1N5YA 2HHVA 4OGEA 3KLIA 4CHYA 4ELVA 2E4LA 3S3NA 3RR8A 3PY8A 3TI0A 2HHUA 1JLFA 5KRSA 1WSHA 3VA3A 1VSMA 4DSFA 4DTPA 1J9AA 3C6TA 4B8CA 1LW0A 4J2EA 3LZIA 4CJEA 4FLUA 5KGXA 4QCLA 4CF9A 4ZTFA 2X78A 3P83D 3NGIA 1NJZA 4E0DA 3SYZA 4PUOA 2BGGA 3RR7A 3VQQA 2IOCA 4BDYA 1D8YA 3ULDA 4DU1A 3SQ1A 4F2RA 4DTRA 2KQ2A 1KCFA 4IDKA 3V1RA 3NF8A 4FK2A 3OYFA 3KJVA 4O4GA 4EP5A 1NOYA 3ZSXA 4AHTA 5CYQA 3OJSA 1U49A 1KRPA 4ICLA 3ZT0A 1U48A 5EU7A 2RN2A 1JLCA 2IC3A 2XRIA 4CFBA 1NK8A 2EX3A 4DU4A 1A5VA 3QEIA 4FJNA 4CFDA 3WNEA 1TV6A 2XY7A 1KFDA 2D5RA 4CJ4A 3NH1A 1NKEA 1L5UA 3OYJA 4KTQA 3HYFA 4FJIA 4CHNA 4NYNA 5KRTA 5HP1A 1TK8A 4CEDA 4TSXA 3HSTB 1XHZA 4EZ9A 3K5OA 3TANA 2ITGA 3E01A 3VQPA 1MU2A 3FFIA 4AHVA 4AILC 2LSNA 1W0HA 5J2QA 2XY6A 4C8MA 3OYKA 3V81A 1J53A 3UIQA 4WE1A 3KLHA 4G1QA 3CFRA 4I2PA 1Z25A 3ZT2A 1C6VA 3NCIA 1SKRA 5FRMA 1BL3A 2HHSA 1UOCA 4PA1A 2YHBA 2FBXA 1VSLA 4KO0A 4CK3A 3PV8A 4CJVA 1RDCA 4B8AB 3DLGA 1C1CA 2VWJA 3VQ9A 1SL0A 4FJMA 1YTAA 1NK7A 3EZ5A 3RRGA 1TAQA 3SV4A 1YT3A 1KFSA 4FCYA 3HL8A 4IG0A 5CY4A 2OYQA 4LH4A 4Y1CA 3VQ5A 1S6QA 1HYSA 1RTHA 1KTQA 4CJ5A 3CG7A 1TKTA 3H08A 1IO2A 4M3WA 3SUOA 4FK0A 4EP4A 3QIPA 4LSNA 2DTUA 3OJUA 4CFAA 4KB1A 3EY1A 2DFEA 4C8OA 5SWMA 3JSMA 5C42A 3DOKA 3NF6A 5DMRA 4GW6A 1FKOA 3DLEA 4CJ3A 1Q9YA 2I5JA 4DQPA 4FJ5A 4M45A 1WSIA 4BDPA 3B6OA 2BDPA 1K6YA 3SUNA 4F3OA 1UA0A 4FJ9A 1TVRA 1JL1A 3L2UA 2BANA 3TAEA 4HCCA 1KVAA 3ITHA 4BACA 3SZ2A 1I3AA 3I8DA 4M3XA 3TR8A 1NJXA 3PO5A 3SUQA 5C25A 1HMVA 1A5WA 2G8HA 1SV5A 4CJSA 3V1QA 1CZBA 5HRSA 3HM9A 4OPJA 3NFAA 4CIGA 3V9XA 1L3VA 3AVAA 4KHWA 3HPGA 1L3TA 1CXUA 3AVHA 5SZTA 3TARA 2RF2A 4KB0A 2HVIA 2FBTA 3AVMA 3AVCA 3VN5A 1RBTA 4AHSA 4KPYA 3DRSA 4CECA 3OYDA 2QK9A 4UQGA 4E3SA 2P5OA 1RBRA 4FLYA 1HPZA 2IGIA 3WNHA 1NK4A 2YNHA 4CJUA 5JS2A 1JLAA 4HHTA 3SV3A 1YVUA 1ZBFA 4DLEA 1D9DA 2PYLA 1RNHA 4OKEA 3KLFA 1TKDA 1HQUA 2D0BA 4CEFA 4RW6A 1NK9A 3TABA 3MXJA 4CEZA 2DFFA 3KLGA 4FJ8A 5CYMA 1NKBA 3WNGA 4E7KA 4M42A 3QEVA 3SPZA 3NDKA 3T19A 3QETA 1S9GA 4NCBA 4Z4FA 3IS9A 4HUFA 1BI4A 3D45A 2OZSA 2YKNA 4N5SA 2QKKA 4Z4EA 3JYTA 2ETJA 3OYNA 3SUPA 4Z4GA 4CK1A 3MAQA 4FVMA 1QTMA 4PQUA 4DFPA 1JXEA 3AA2A 3AVJA 1ZBHA 3F73A 2Z1GA 4F4KA 2RPIA 1TKZA 2IDOA 4OJRA 4JRQA 1ASUA 1GOAA 3KKRA 4BWMA 4DMNA 3O3HA 3OY9A 4GMJB 3OYLA 3NHGA 1NK0A 3A2FA 4DSIA 4W5NA 1WSJA 1I39A 1EX4A 1ZYQA 3MEDA 3AVNA 1HYZA 5KI6A 3U3GA 4FLWA 1NJYA 4B9VA 4RW4A 4ELUA 1RT3A 3OS1A 4OPKA 4ZTJA 3PO4A 4CF0A 4B9MA 3NF9A 4ID5A 4KV8A 4FZZA 3T1AA 1A5XA 1S1XA 3AVLA 3U3YA 2B5JA 2NUBA 3HPOA 1X9MA 3AO2A 3CFOA 2F96A 2GBZA 4XIUA 3ASMA 3K57A 3SI6A 3SPYA 3AO3A 2HNDA 2VG7A 3OYBA 2DY4A 3V1OA 1HRHA 4AH9A 3QEPA 3G10A 4DSLA 3TAQA 1RILA 3OYEA 2Z1IA 1S1TA 4KHSA 1YTUA 3MEGA 1ZBLA 2F8SA 1WLJA 3VQ7A 2VWKA 2ZD1A 3V9SA 4DTXA 1X9SA 1LV5A 1ZBIA 4YNQA 4KHNA 5E41A 5CZ2A 3KTQA 1IKWA 2E6MA 2D0CA 1TK0A 2OPQA 3DRPA 3TAMA 4DQQA 1Z26A 3ALYA 3AO4A 2QKBA 4FW1A 4QOZB 1RT2A 3LP3A 5J2MA 4N76A 3LZJA 2HHQA 3PUFA 3DRRA 3S3OA 1WNSA 3NF7A 4FJJA 4FXDA 3K5NA 1S6PA 2QXFA 4NCAA 4KREA 3AVGA 3DM2A 1LAVA 1BCMA 4CHQA 1QSSA 4FJKA 4CEAA 1WSFA 3QEXA 3AA5X 1WAJA 3L3VA 3DI6A 1RT4A 4IG3A 3L2WA 3K58A 3KD5E 2KZMA 5CZ1A 1RBUA 3RMDA 2FC0A 4W5RA 3ZT4A 3O3FA 3CM6A 5FROA 3RTVA 4M3TA 4I9QA 3DLBA 3EYZA 1RDDA 1RT1A 4O55A 4DSEA 1HNIA 1UA1A 4Z4HA 4DTJA 1WN7A 4FYDA 2PYJA 1Q8IA 5FDLA 1XI1A 2XHBA 1Y97A 2HNZA 4R5PA 1IKVA 4Y1DA 3ISNC 3AA4A 3KK1A 4DTUA 4QAGA 3F9KA 3VQBA 4ELTA 4M3ZA 1F21A 4DTMA 3NH2A 3KK2A 1CLQA 3QIOA 1FKPA 2AJQA 1JLQA 4FLTA 2Y1IA 3BDPA 4FJHA 1BQNA 3M8RA 3S9HA 3L3UA 1RT6A 5FRNA 3K2PA 1DLOA 2WOMA 3AVKA 3VQEA 4AHRA 3VQ6A 3PX0A 2HHWA 3OVNA 1U4BA 4KHUA 4I7FA 1BI4B 4FJLA 4DFMA 4CHPA 3OYGA 5J1EA 3NAEA 3QEWA 1TL3A 2KZZA 4C8KA 4CGHA 4B9NA 3M8PA 1TAUA 3VQAA 1SKSA 4CGJA 4CCHA 4JS5A 3V9UA 1R0AA 4N41A 4FM1A 3IAYA 3QNNA 3I0RA 1BGXT 4RW8A 1KLMA 3OYCA 3TAPA 1CXQA 4W5TA 3SNNA 1S1WA 2EHGA 3HXMA 1C0UA 1HQEA 1LAWA 2O4GA 4J2DA 3MXMA 3RMBA 1TKXA 3ZSVA 1HNVA 3HPHA 3QESA 4J2AA 4KKOA 1HYVA 1DTTA 4DLGA 3TAFA 4LD0A 4CESA 1RTDA 4FM0A 1JLBA 3VQDA 1IH7A 3V6DA 3CFPA 3L2VA 1NKCA 4CJWA 2YNIA 1U47A 4DS4A 1BHLA 3K5LA 3TAGA 4CF1A 4ZHRA 4O0JA 3RMCA 1ITGA 3MECA 1N6QA 3LALA 1C0TA 3KIOA 1RT5A 4O5BA 1QQCA 5J2PA 4GVMA 4DSJA 1RTJA 4OVLA 3QLHA 1S1VA 3HVTA 4C8NA 2OA8A 1VRUA 1JXBA 2WONA 3KLEA 2F8TA 4DFJA 4OLAA 4DSKA 2IS3A 3C6UA 4KRFA 1T8EA 1QSLA 1ZBUA 4Z4CA 3HJFA 4M3UA 3KK3A 2RKIA 1VSIA 1FK9A 1SUQA 1QSYA 1BCOA 2G8FA 3AVFA 4E7JA 1GOBA 1WAFA 2JGUA 3DMJA 4BWJA 2XY5A 1J54A 5HRPA 1VRTA 4OGCA 4FM2A 3O3GA 4CEQA 5HRRA 1RDAA 3M8QA 1KSPA 2X6NA 3AVIA 1ASWA 1O1WA 4JLHA 3ZSQA 2ATQA 2HNYA 4HVJA 4DTNA 2ZE2A 4KHYA 1CZ9A 3LANA 2W42A 4CF2A 4FLVA 5I42A 1RT7A 4HTUA 3ZSYA 3VQCA 4Q0BA 4B08A 2G8WA 3LP0A 1S5JA 2YNGA 3VQ8A 3L8BA 4F2SA 3ZT1A 1SL2A 1L3SA 3DYAA 5HRNA 2KFNA 1QS4A 1REVA 3O4NA 2HHXA 4W5QA 4W5OA 1WSEA 1C1BA 3AO1A 3NH0A 3HT3A 1T05A 3QINA 1JL2A 3DLKA 4DF8A 3LPTA 4EZ6A 2XY8A 1IKXA 4IBNA 1LWCA 4BE2A 4KHQA 1S9EA 2D0AA 3OYAA 3HO1A 3S3MA 1VK0A 3K59A 1LW2A 4NCGA 1SKWA 1X1PA 3P1GA 5J2NA 3VA0A 4CHZA 1QHTA 2P1JA 3NGYA 4M3YA 3TWHA 1X9WA 3V9WA 3L2RA 3SCXA 1BIZA 2G8IA 3LAMA 1RBVA 3AA3A 1QE1A 3LP1A 4OKKA 5KTQA 4YFUA 1NK5A 1C0MA 4RW9A 5DK5A 4F8RA 3QERA 3OYHA 2HW3A 1G15A 4LY7A 2OPSA 4CJPA 4LSLA 1NOZA 4ID1A 3B6PA 4B9SA 3K5MA 3SJJA 2G8UA 1JKHA 2B6AA 1B9FA 2B4JA 4CK2A 1VSHA 4B9UA 1U45A 4CJRA 3U6FA 1IG9A 3IG1A 4M3RA 3ZSWA 2YNFA 2HVHA 1UAXA 2JLEA 3HP9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H4OA 4RW7A 3MN9A 3UKUA 1FXXA 3QNOA 4WQ4C 4QS8A 4FK4A 1JLGA 2W6KA 4DWIA 2CGJA 4DV1K 2KFZA 1IG8A 2E8AA 4CJTA 3KD1E 4BDZA 4DFKA 3R3LA 3CYMA 1EP4A 4HTLA 4LFCK 4F3TA 4NLBA 4CEOA 1NBWA 3LM2A 3V9ZA 2BE2A 1DT9A 1XHXA 2VCPA 2OZMA 4RG8A 4MFBA 1KVBA 3OS2A 3HVRA 3MEEA 3IKMA 2JWKA 4HUGA 4DF4A 3LM9A 4OLBA 4CIFA 4BRLA 1QVGM 5I3UA 1RBSA 4JKCA 5FPDA 3TSPA 3J7AP 2IAJA 4DUZK 1ATSA 3DAWA 4IZ9A 2VG6A 4JN4A 4KTWA 5DM7L 3U9DA 4E89A 4FWLA 5GIPA 2YKMA 2E2PA 1HNWK 1N32K 3C95A 4MLEA 4IOAL 3CERA 1MWKA 2NRHA 4CGGA 4CGIA 4JS4A 1XMOK 4LFAK 4CERA 4CZEA 3ZLJA 1C0FA 1IKYA 2Z1JA 1ASVA 1Q86O 2O8FA 3V4IA 4DTSA 2IVOA 4B1VA 2ZQBA 1GLAG 3O9UA 3CI5A 3D6RA 3CF5L 4FLZA 1YIJN 5EOYA 4E19A 4EFHA 4FJ7A 4E7IA 4B9LA 4JEPA 4CJKA 4JI3K 4Z4IA 1TGOA 3IRXA 3UKUB 3A5NC 4OGEA 3KLIA 3PY8A 1JLFA 1WSHA 4CW7B 3ZX2A 1KAXA 4J2EA 3LZIA 4CJEA 3THWA 4ZTFA 3NGIA 4PUOA 1D8YA 1HLUA 4B1YB 3WQUA 3SQ1A 5AQNA 4JI6K 4IDKA 3V1RA 4FK2A 3NF8A 3OYFA 4BVOA 4O4GA 3T7ZA 3OJSA 1U49A 2NRRA 3ZT0A 1U48A 3FFKB 5EU7A 3ZETA 2XRIA 2A40A 2XY7A 3NH1A 3KVGA 4KTQA 3EN9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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