1HYZA

Hiv integrase core domain complexed with a derivative of tetraphenyl arsonium.
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
154
structure length
142
Chain Sequence
SPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQEFGQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Identification of a small-molecule binding site at the dimer interface of the HIV integrase catalytic domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 51
structure length 142
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1hyzA00
4FW1A 3OYGA 4OLBA 4FZXC 1VSEA 1S1TA 3DLBA 1FK9A 3I8DA 4B9UA 1J54A 3B6OA 3ZSYA 2ZE2A 3PO4A 3OYKA 3P1GA 1WN7A 1IO2A 3BDPA 1L3VA 1BQNA 3BGRA 4CJWA 2RF2A 4CHOA 4FJXA 1KTQA 3ASMA 3LP3A 4FJKA 1VSMA 4O5BA 3IG1A 3ALYA 4E7IA 2YKNA 3SYZA 1TKDA 1TL3A 4CEZA 1U49A 2PY5A 1RBSA 3ULDA 3RMDA 4F4KA 3VQPA 1B9FA 3MXJA 1C0MA 3AVHA 1VSJA 4M41A 1C6VA 3THVA 1KLNA 1L3UA 4DQIA 4F3OA 4KHWA 4CIFA 2QK9A 3SPZA 4CGIA 4LH5A 4DSFA 1NKBA 3NF9A 3SI6A 2IOCA 4E3SA 1RDCA 2FBVA 3KLGA 4B3OA 2EHGA 3TAMA 4DQSA 3NBPA 4FYDA 1RILA 2WOMA 3HPHA 3VQ4A 2P5OA 5HLFA 4B8CA 3ZSZA 3HL8A 3PY8A 4KTQA 3LP1A 2F8TA 4W5QA 1TAUA 4LH4A 3LALA 4N56A 3SNNA 4C8KA 2LSNA 4Z4EA 4L8RB 3QIPA 3OYFA 4CJVA 3RR7A 2I5JA 1FKOA 4FLVA 4KHNA 3OYDA 4CJPA 2HHSA 1IKYA 1I39A 4CCHA 1LW2A 2FC0A 4CFAA 5J2QA 1NKEA 4FK2A 3KLIA 1ITGA 1KRPA 3DOKA 3DLRA 1BIZA 3SUOA 1QSYA 4ICLA 3T19A 2GBZA 2P5GA 2XY8A 3KLEA 5KTQA 1D8YA 1SL0A 4BDPA 2GUIA 1TK5A 1T05A 2OPRA 1DLOA 3AO4A 4N5SA 1TKTA 4CHNA 1JLGA 3QO9A 4OJRA 2AJQA 1JLFA 3EY1A 5D3GA 3O3FA 4AHVA 3CYMA 3NGYA 4FJHA 4CGDA 4K8ZA 3LAMA 3SQ0A 1J5OA 4E0DA 4J2DA 3G0ZA 3MEEA 5HRRA 3V81A 1KSPA 3S3NA 3JYTA 3ISNC 3OYMA 3V9UA 3K5NA 3C94A 1ASWA 1EXQA 2P1JA 4CJRA 1Z26A 3VA0A 1SKWA 4I9QA 3AVLA 4CJEA 1WSEA 5C24A 2HNYA 1Q8IA 4PY5A 2DTUA 2X6SA 4HHTA 4CJQA 3LANA 1JL2A 3ZSVA 2YHBA 4CERA 3ZT2A 1RBUA 3MEGA 3MXMA 4CEAA 1MU2A 1HYZA 1KCFA 1VSHA 4W5OA 2HHVA 4FJLA 1RTJA 2VG6A 4CEEA 1HRHA 3VQ5A 2HMIA 4JLHA 3B6PA 1S9EA 5J2PA 2YKMA 2E6MA 2IC3A 2VG5A 4KO0A 3TAEA 4FK0A 4KHSA 1WSGA 4B9SA 4M3TA 2OZMA 4DU1A 4H4OA 4AHRA 4O55A 3RR8A 4F2RA 3D0PA 3OYIA 3TAPA 3RRGA 1RT6A 2HNZA 3CG7A 2RN2A 3HSTB 5J1EA 3IS9A 2BE2A 3JSMA 4OPKA 3QINA 3VQEA 3CFRA 1BI4A 1IH7A 4FM2A 2IAJA 3KD5E 1LWCA 2NUBA 2YNIA 5KI6A 3RWUA 5E41A 3U6FA 5SZTA 3O3GA 4DFMA 3MAQA 2KQ2A 3QEXA 3TAGA 2Y1IA 4FXDA 3QNOA 3OYAA 5KGWA 3CFPA 3SQ2A 2BANA 4BWMA 3RTVA 2E4LA 3DI6A 4C8NA 4CGJA 1QE1A 3OS1A 4FM0A 2PYJA 2OPPA 4CJKA 5FROA 1S1XA 2ATQA 1ZBHA 1JKHA 2HNDA 2BGGA 4W5RA 1X1PA 1YTUA 1JLQA 3OYBA 4F3TA 1A5WA 4M42A 4KHQA 4DU3A 4Z4GA 4BE2A 1U48A 2KTQA 1KVAA 3LPTA 2XY7A 1QHTA 4DFPA 3A2FA 1HJRA 4CGGA 4Z4CA 4NCBA 1RTIA 2B4JA 4IKFA 5C42A 3QIOA 4FJ9A 3NFAA 4GVMA 1ZBIA 2YNGA 3I0RA 4DS4A 4ZTJA 4FZZA 1REVA 3AVGA 4BWJA 4DTOA 2VWKA 3HVTA 3MECA 2HW3A 2ITGA 2G8UA 3QEPA 3KK2A 3L2UA 5J2MA 1ZBLA 1C1BA 4FLWA 1JLEA 4KTZA 4CHZA 4CK3A 4BE1A 3DLEA 1R0AA 3M8QA 4FJGA 3DRPA 3VQ7A 3SUPA 3K58A 4E7JA 4FJ5A 1T03A 4DLEA 1O1WA 4EP5A 4Y1DA 4O44A 4M3UA 1UWBA 3VQ8A 3RMAA 1UA0A 4QCLA 2Z1GA 2B6AA 1KVCA 1JL1A 3AO1A 2VG7A 3L2WA 2OA8A 4M3YA 4CJLA 1VRTA 2Z1HA 2Z1JA 3ZT1A 3K5MA 2Q3SA 3RRHA 3HP9A 2Y1JA 1NK9A 2QKKA 2HHTA 1SKSA 4CJ5A 2W42A 1ASVA 2RKIA 4OVLA 4J2AA 1S6PA 4FJMA 3V4IA 3EZ5A 4KI6A 1A5VA 4AILC 2YNFA 1J53A 3AVKA 3ZSRA 4FM1A 1F21A 1XWLA 1U4BA 5KRTA 3NH0A 1IG9A 3ZSWA 2OYQA 1VSDA 1RTHA 1CZ9A 3EYZA 3WNHA 2KFZA 1IKWA 4CEBA 1KFSA 3NCIA 3PX4A 3L3UA 4IBNA 4FW2A 1GOBA 4JRQA 3O4NA 3S9HA 4OLAA 4CECA 3WNFA 3QERA 4ID1A 1XI1A 1SUQA 1GOCA 4PA1A 3MEDA 3IRXA 4CEFA 4EP4A 4E7KA 3SUQA 3RMCA 3HVRA 1SL1A 1RTDA 2JLEA 2IS3A 3ZT0A 1UOCA 3RMBA 3SV3A 4KB0A 3LPUA 3TAFA 3PX0A 2G8HA 4FJ7A 2X74A 5KGXA 1U47A 4N76A 3VQDA 3V1RA 4H4MA 3SZ2A 3SUNA 3OJSA 3L2RA 3AVJA 4YNQA 4WE1A 1NJYA 3NE6A 4CJTA 4AHTA 4ELTA 1RT5A 4EZ6A 1LWFA 4DTRA 3VQCA 5J2NA 1T7PA 3ZSXA 3V9XA 3LZIA 3LDSA 4RW9A 4R5PA 1HNVA 1NK5A 2DFEA 1NOYA 1GOAA 2QKBA 2HVIA 2VWJA 3CQ8A 3HK2A 4DTJA 4DSEA 4ELVA 3L2QA 4CK2A 4B8AB 1A5XA 3P5JA 3DLGA 3ITHA 3KKSA 4CEOA 3AA3A 3AO5A 3O3HA 4DTXA 4DF8A 1G15A 2EX3A 3OYJA 4DLGA 2ZD1A 3F9KA 3TANA 4KPYA 4FK4A 3DLKA 1BI4B 5FDLA 1X9MA 1D5AA 4KV8A 3LZJA 4M3RA 4F8RA 4CF1A 4E89A 3LWMA 3CFOA 2R7YA 1S6QA 3SCXA 1Z25A 4Z4HA 2Z1IA 3AVMA 1B9DA 4DFKA 3IAYA 1HYVA 1EKEA 3V9ZA 4Y1CA 3ZCMA 5HBMA 5DK5A 4DQPA 3K57A 4DSJA 4OGCA 5CZ1A 1RT1A 1JLBA 1VSKA 2D5RA 1L5UA 2KW4A 3HPGA 2YNHA 2X6NA 1C0TA 4B9MA 1WNSA 4HTUA 3TARA 5HROA 4FLUA 2B5JA 4RW6A 1Q9XA 4JS4A 4DU4A 1DTTA 2HHQA 1EX4A 2XRIA 3QLHA 1TK8A 3PO5A 1NOZA 4DF4A 4GMJB 4C8OA 1D9FA 3OJUA 3TAQA 1X9SA 2P51A 1ASUA 1S1VA 4KHUA 3HJFA 1S5JA 1J9AA 1TVRA 3C6TA 5CYQA 4CHYA 3L8BA 1NK0A 1LAWA 5JS1A 4KAZA 4PWDA 3VQ9A 3LAKA 4G1QA 3M8SA 4BACA 4FCYA 4YFUA 1JLAA 3QEWA 3VA3A 3TR8A 3V9SA 4CGFA 4CJUA 3VQQA 4CF2A 4KKOA 4DTMA 3CM5A 2A1SA 4E1MA 1ZBFA 3DYAA 4DQQA 2XY5A 2KZZA 1NJWA 2PZSA 4M3ZA 2YHAA 3D45A 3OS0A 4FZYA 3PUFA 1CLQA 2OZSA 2G8KA 3LP0A 1VRUA 1NKCA 1BGXT 3TWHA 3NF7A 1XHZA 3VQ6A 4FJJA 4OGEA 1VSIA 4I7FA 2D0AA 4FJNA 3KJVA 3DRRA 3KKRA 4GW6A 3HT3A 1SL2A 1N5YA 4CFBA 3M8RA 3AO3A 3OYLA 4MQ3A 5SWMA 3OY9A 4CF8A 4PQUA 3HXMA 1RDDA 2HVHA 3HPOA 3DMJA 1RBVA 4BDYA 3SQ1A 2D0BA 1WAJA 2GV9A 3O4QA 2F96A 4RW4A 4W5NA 3NF8A 3C6UA 2G8IA 2A1RA 2QXFA 3OYEA 3V1OA 3MXIA 3QETA 1BCMA 3NDKA 1X9WA 3H08A 1NK6A 1DTQA 5FRNA 3KIOA 1HQUA 1FXXA 2FBXA 3OYNA 3ZSQA 1L3SA 4Q0BA 4BDZA 2DFHA 4OKJA 3QEVA 3PX6A 3ZSOA 4DWIA 3AA2A 1JXBA 4IG0A 5DMRA 1JXEA 4AHUA 1QSSA 1S1UA 1SKRA 3SV4A 1BIUA 3L3VA 4PUOA 1YT3A 3OS2A 3AVIA 4DMNA 4E7LA 1I3AA 4Q5VA 4HUGA 3DOLA 5CY4A 4C8MA 4CJSA 4O4GA 3WNEA 4CFCA 3HP6A 4FJIA 3NH1A 2FBTA 5K14A 1S1WA 4CEDA 1Y97A 4JS5A 1U45A 4FVMA 3VQBA 4ZTFA 4CHQA 4OKKA 1ZYQA 3KLFA 1CXUA 4J2BA 2O4GA 4IFYA 2D0CA 1TL1A 3M8PA 5HP1A 2XY6A 4CE9A 1C1CA 3P83D 1JLCA 1RBRA 2IGIA 3AV9A 4LY7A 4O0JA 1VSFA 2HHWA 1YTAA 4CJ4A 4DQRA 1N6QA 4I9LA 5CYMA 1S9GA 3K5LA 4BE0A 4NCAA 3V9WA 4FJ8A 3VN5A 4KHYA 1XHXA 4I2QA 3I0SA 4E1NA 3VQAA 4B08A 4CJ3A 2ZQBA 1K6YA 4QAGA 4CF9A 1NJXA 1W0HA 2X78A 2FBYA 2DFFA 3AO2A 5EU7A 2O4IA 4CESA 3SQ4A 4CIEA 4DTNA 1QS4A 1BL3A 5CZ2A 4KI4A 4Z4FA 1HNIA 1RT3A 1TKZA 3NGIA 1RT4A 4B9LA 4OPJA 1YVUA 3T3FA 1T8EA 3UIQA 4HUEA 4KFBA 4J2EA 4DG1A 2G8VA 4B9TA 3QNNA 3U3GA 1UA1A 4IG3A 4DS5A 1CXQA 1RT7A 1QSLA 4OKEA 1BISA 1C0UA 1RDAA 4FLZA 4XIUA 2G8FA 1WSIA 4HCBA 4CK1A 1SV5A 4H8KA 4EZ9A 4DSIA 3HM9A 4N41A 4JRPA 1TV6A 3LWLA 3G10A 4AH9A 4DSLA 3S3MA 1BCOA 4AHSA 1L3TA 4N47A 1RNHA 4ID5A 4LSLA 2HB5A 4C8LA 1Q9YA 1WLJA 1VK0A 3OVNA 4CGHA 1WSJA 3ZT3A 3HO1A 4HCCA 3T1AA 4DTSA 3DRSA 1C1AA 1HPZA 2G8WA 4B9NA 1WAFA 3K59A 3K2PA 4FLTA 2ETJA 3AVCA 3KK3A 2KFNA 4W5TA 1BQMA 3AVNA 3SJJA 5JS2A 1NJZA 2F8SA 2KZMA 3FFIA 2HHUA 3OYHA 4HVJA 2XO7A 5C25A 4KB1A 5T7BA 5I42A 4RG8A 1D9DA 3C95A 4E19A 1NK7A 4RW7A 3NHGA 4DSKA 2HHXA 1QQCA 4E7HA 1KLMA 5KRSA 4CF0A 2XHBA 1W9HA 3AVBA 4NCGA 3F73A 4F2SA 3HYFA 1RBTA 1EP4A 3NAEA 4AHCA 2WONA 4CIGA 3SPYA 3NF6A 4B9VA 4M3XA 3CM6A 4FLYA 4QOZB 3KD1E 4KTWA 3V6DA 1LW0A 4MFBA 1UAXA 4TSXA 3ZT4A 1LWEA 3NGZA 1LV5A 4NYNA 1ZBUA 3QESA 4HUFA 1NK4A 4KRFA 4M45A 5HRSA 1QTMA 1TGOA 3NH2A 3AA5X 3U3YA 3KTQA 3PV8A 3WNGA 2OPSA 2PYLA 3K5OA 1WSFA 2OPQA 1EETA 4CJFA 3L2VA 4K8XA 4UQGA 3DM2A 1KFDA 3AVFA 2RPIA 4ELUA 1TAQA 3E01A 3LP2A 2YV0X 3AVAA 1RT2A 4I2PA 4NYFA 1XC9A 1TKXA 4IFVA 1HQEA 1CZBA 3AA4A 4CEQA 1RCHA 5I3UA 5HRPA 1BHLA 2E6LA 4CFDA 4ZHRA 1NK8A 4LD0A 1FKPA 3S3OA 2BDPA 4DFJA 3TI0A 1B92A 1TK0A 4Z4IA 3KLHA 1RDBA 4M3WA 5FRMA 4KREA 5HRNA 3DLHA 1HMVA 4Z0UA 1VSLA 4FLXA 3TABA 1HYSA 4DTPA 2IDOA 1LAVA 4DTUA 4RW8A 1KVBA 3OYCA 4O0IA 3QEIA 4LSNA 4CHPA 2DY4A 3KK1A 1IKXA 2JGUA 4IDKA 1IKVA 1WSHA 3V1QA 1U04A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DPNA 2OCEA 1FK9A 3FZMA 2QWMA 3Q7BA 4FJXA 1U6ZA 5BRFA 3ALYA 3SYZA 4CEZA 2ZJQL 4YDUA 3ULDA 3VQPA 1KC8O 3MXJA 1C0MA 1C6VA 5AQTA 1WBBA 4CIFA 2FBVA 3U4LA 4DQSA 3NBPA 1RILA 2P5OA 1VQ7N 3LP1A 4CVNE 4LH4A 4N56A 3SNNA 3MWPA 1LOTB 4L8RB 3P31A 2I5JA 1FKOA 4LFBK 4OPAA 5AQPA 4KHNA 1V4TA 1IKYA 4JKGA 3QBXA 4CCHA 4CFAA 3T7ZA 4MO5A 3DLRA 3T19A 3O9QA 3KLEA 1D8YA 1TK5A 1E4FT 1JLGA 4OJRA 2AJQA 1JLFA 4JHDA 3CYMA 3D2EA 4AHVA 3O4WA 2GWJA 3M6GA 3SQ0A 1J5OA 2P9UB 2CGJA 3G0ZA 3JYTA 3ISNC 3V9UA 3K5NA 1ASWA 4CJRA 3F9MA 3EKSA 2DTUA 4BR2A 4UY8O 3LANA 5KQDA 4MDBA 3ZT2A 1IJJA 1DT9A 2E8AA 2O8CA 3WXMB 4W5OA 1RTJA 2HMIA 2YKMA 3QFPA 3TAEA 4KHSA 1WSGA 2QM1A 2F9WA 4XH4A 3S41A 4DU1A 4H4OA 2WBNA 4O55A 3RR8A 3OYIA 2HNZA 3CG7A 5J1EA 3I56N 5BR9A 2IAJA 3KD5E 5E84A 2YNIA 1YI2N 3RWUA 5E41A 5SZTA 4FXDA 3TTCA 2Y1IA 1J5EK 3SQ2A 3OYAA 2P9NA 2E4LA 4C8NA 4CGJA 3ZLJA 4CJKA 1YVNA 5FROA 1ZBHA 2WTUA 2BGGA 4W5RA 3OYBA 3LDNA 4KHQA 3D2FA 3CHWA 3VETA 1QHTA 4DFPA 1HUXA 1HJRA 2GELA 4CGGA 1DGKN 3CPWM 5C42A 3QIOA 1ESVA 4BRKA 5AQHA 1REVA 3AVGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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