The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
123
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structure length |
123
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Chain Sequence |
KKKVKRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structures of complexes of the small ribosomal subunit with tetracycline, edeine and IF3.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RRNA
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| total genus |
18
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| structure length |
123
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| sequence length |
123
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-03-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1N36 K; 4YHH K; 4JV5 K; 4DUY K; 2VQE K; 4DV6 K; 1IBM K; 2UUA K; 4NXN K; 4JI5 K; 4X64 K; 5BR8 K; 1IBL K; 4KHP K; 4GKJ K; 2E5L K; 1XNQ K; 2UUC K; 4CW7 B; 4DR1 K; 5AJ3 K; 5LMU K; 4DR5 K; 4X62 K; 1HNX K; 4DV3 K; 4JYA K; 1XNR K; 2UXD K; 4B3S K; 4LF4 K; 4DR2 K; 4DR7 K; 2F4V K; 3J81 O; 4JI4 K; 2ZM6 K; 4K0K K; 4JI2 K; 4LFC K; 4NXM K; 4YY3 K; 4DV5 K; 4AQY K; 4LF9 K; 4V19 S; 1HNZ K; 2UU9 K; 3J7A P; 1N34 K; 4DR6 K; 4LFB K; 1J5E K; 5FLX O; 4CVN E; 4X65 K; 4LFA K; 4OX9 K; 1IBK K; 2HHH K; 4DR4 K; 3OTO K; 4LF5 K; 2UXC K; 4GKK K; 1HR0 K; 3T1Y K; 4DV7 K; 4DV1 K; 4DV2 K; 4B3T K; 2VQF K; 3J80 O; 5A2Q O; 4JI6 K; 4JI3 K; 5IT9 O; 4X66 K; 5LL6 Z; 4DR3 K; 4LF6 K; 4DUZ K; 4JI1 K; 4DV4 K; 1I94 K; 4B3M K; 1XMO K; 5LMN K; 1FJG K; 1XMQ K; 1N33 K; 2UXB K; 3T1H K; 3JAM O; 4JI7 K; 4JI8 K; 4LF8 K; 2UUB K; 4B3R K; 4DV0 K; 4JI0 K; 1HNW K; 4LF7 K; 1N32 K; 5IWA K; 3J7Y P; #chains in the Genus database with same CATH topology 2W42 A; 2E6M A; 4U7B A; 3IG1 A; 5HL7 L; 1EWR A; 4DV6 K; 2O8B B; 1XUP O; 4EAH D; 4BE0 A; 1UOC A; 2HND A; 3WXM B; 4U67 L; 3SQ4 A; 4H5R A; 2QM1 A; 3FZM A; 3CM6 A; 1IV0 A; 3FLC O; 2VWK A; 1OVQ A; 1VHX A; 1NGJ A; 5AZI A; 4H0T B; 3QIC A; 4Z94 A; 4WCE L; 3T69 A; 1X9J A; 1RBV A; 5I9E B; 3E66 A; 4PA1 A; 4EP5 A; 3THW B; 4FJL A; 3NGZ A; 1C0F A; 4DTO A; 5BPN A; 3L3U A; 5ADX A; 3BUZ B; 1U4B A; 3VA3 A; 3THX B; 1S1U A; 1U2V B; 3FE1 A; 4N76 A; 1VSM A; 3RWU A; 1TKD A; 4FJG A; 4F8R A; 1IG8 A; 1C0T A; 4LF9 K; 3SMS A; 4CCH A; 2KKZ A; 4K42 A; 1YT3 A; 1N34 K; 3CYM A; 3ENH A; 4GVM A; 1REV A; 2E8A A; 3O4Q A; 1ASU A; 5BRF A; 4CF8 A; 1B92 A; 3TAG A; 2XO7 A; 1M1K O; 1ZC6 A; 2YJE A; 3CJA A; 3CPW M; 3QEW A; 4KH4 A; 3KKS A; 4E7I A; 1WUA A; 5M1K A; 1EO1 A; 3FGU A; 4IO8 A; 4ZTJ A; 2HVI A; 4CBW A; 4AHR A; 3DXM A; 2QKB A; 3PSI A; 3IRX A; 1J9A A; 3H1Q A; 3HK2 A; 2YKM A; 5HP1 A; 1X9W A; 2ASP A; 2EHG A; 5LJW A; 3VQ5 A; 4ISG A; 3LDN A; 1YF5 L; 1I94 K; 1S6Q A; 2H3G X; 5AQQ A; 4CGG A; 3TAR A; 1LAV A; 3MAQ A; 2O8D A; 3VGL A; 4Z4F A; 1NK0 A; 4CEB A; 4ID1 A; 1TAU A; 5E84 A; 4Z0U A; 3H1V X; 4C1N K; 4DG1 A; 4XEI A; 1SUQ A; 4H03 B; 3P5J A; 4DSL A; 4F4K A; 5C2D A; 5EVZ A; 1RDD A; 1JCG A; 3P1G A; 3L3V A; 3VEZ A; 4CEA A; 1KLN A; 5KTQ A; 2G8U A; 2FC0 A; 4NXN K; 3DLK A; 2QW9 A; 5BR8 K; 4N5S A; 4FJI A; 4Q0B A; 4FJM A; 4AHU A; 2UUC K; 4C8K A; 1WAJ A; 4OJR A; 3PX0 A; 1JKH A; 1TGO A; 3NF6 A; 1VQO N; 3DRR A; 2F7T A; 2PYJ A; 3OYE A; 1JLA A; 4PKG A; 4CJT A; 3E9P A; 1QQO A; 1SS6 A; 1NBW A; 2YX6 A; 1R0A A; 3QER A; 1ZBF A; 1XC3 A; 3TSU A; 3B6O A; 4XH4 A; 4FYD A; 1NGC A; 1RT7 A; 1VRT A; 4XH5 A; 3H45 C; 3JXU A; 3NE6 A; 1NG9 A; 1VSK A; 3MN6 A; 4CGJ A; 2X6N A; 1GLC G; 1NK4 A; 3LM2 A; 5HRR A; 1YIT N; 3UKR B; 2Z1G A; 4JAX A; 4KFB A; 4B9S A; 4DR6 K; 1QZ6 A; 1B9F A; 1TKT A; 3C94 A; 3LDP A; 1Q8I A; 3RSE B; 3HP6 A; 4FM2 A; 4ELT A; 2A1R A; 3ZX2 A; 4GKK K; 2HBK A; 4KKO A; 2ZJQ L; 3Q7C A; 3V4I A; 1KVC A; 2GUI A; 3FFI A; 5D3G A; 1S6P A; 4BRF A; 2D0P A; 1C6V A; 3THW A; 3NH0 A; 1NJY A; 3CQ8 A; 3PX4 A; 4FOI A; 4FXD A; 1WN7 A; 1W2B M; 4H5W A; 1L3V A; 3P4I A; 2KTQ A; 1U2V A; 3MWP A; 3H6E A; 2Q3S A; 5J1E A; 5GIO A; 4IJN A; 4CEE A; 4GW6 A; 4R5P A; 1JXB A; 1A5V A; 4DQ8 A; 2O8F A; 2EX3 A; 5C2F A; 4NYN A; 2OYQ A; 2P9U A; 3MX5 A; 3HL8 A; 2RF2 A; 5AQG A; 3AO4 A; 4KHW A; 4C1N I; 4FLX A; 3C7N B; 1MA9 B; 1IKY A; 2GX9 A; 3MED A; 3NF7 A; 3OYB A; 3ZSX A; 3CC4 N; 3AV9 A; 4KRE A; 3O4W A; 4L3Q A; 1VAZ A; 4CEF A; 3M8P A; 4BGA A; 4FM0 A; 3D0P A; 3SBT A; 4KAZ A; 1HNI A; 3OYJ A; 3KJV A; 3PO5 A; 1GLE G; 3ITH A; 1NGH A; 4FLT A; 2A3Z A; 2B4J A; 3A5N C; 1K6Y A; 2D0B A; 4M3T A; 4K25 A; 4KI4 A; 3HPH A; 4BR2 A; 1NK8 A; 2DFH A; 4O55 A; 4M7Y A; 3OYN A; 4NB4 A; 4DR5 K; 4H5N A; 4CHN A; 1DEJ A; 1S5J A; 4XIU A; 4IOC L; 4KTQ A; 2E2O A; 2P9P A; 4CF0 A; 3G25 A; 1EWQ A; 4DR2 K; 4KH6 A; 1NGE A; 3LP1 A; 3J81 O; 1E3M A; 1S3X A; 3EY1 A; 3M3Z A; 3AVG A; 1V4S A; 3ZET B; 2IIR A; 1X3M A; 3E01 A; 3QBW A; 2ITG A; 3FFK B; 2BGG A; 3SJH A; 4CGH A; 5AQU A; 2NRR A; 2OZM A; 3L2R A; 1YVN A; 3D6R A; 3OYC A; 2ATQ A; 2WUS A; 1IG9 A; 2QTD A; 3TAE A; 1IBK K; 4M7X A; 4B8A B; 4PKH A; 1BQN A; 3VGM A; 3KD1 E; 2I5J A; 3ZSV A; 3T1Y K; 3MX2 A; 3R1X A; 1M90 O; 4CZE A; 4YOV A; 3VQE A; 4BQZ A; 4FL9 A; 4CJR A; 3CC7 N; 4JI6 K; 1QVG M; 1BCM A; 3AA3 A; 3ENB A; 4FJ8 A; 1HX1 A; 1S1V A; 4IDK A; 3OS1 A; 1VSD A; 4OKK A; 4WQ4 A; 1NGG A; 3KWG A; 3PLA A; 1BCO A; 5KRT A; 4MO5 A; 3MMV A; 3UE5 A; 3VPZ A; 2F9W A; 2P9S B; 1L5U A; 1CZ9 A; 2QI2 A; 1D5A A; 4JI7 K; 3OA9 A; 4MLE A; 3QEI A; 4FO0 A; 4FZX C; 4H0X B; 4H4M A; 3AVM A; 4JKC A; 3ZSQ A; 2XY5 A; 1SL1 A; 3O3F A; 5LY3 A; 4HHT A; 3QFU A; 1YTU A; 1VQ6 N; 1UWB A; 3AVK A; 4OGC A; 3CMA N; 2GEL A; 4JRP A; 3QEV A; 3CCL N; 2F9T A; 3AVF A; 3HST B; 4BRC A; 4FJN A; 4DTU A; 1WSH A; 2O8E A; 4B9U A; 1IKV A; 5AZJ A; 3J7Z O; 5CYQ A; 3CCV N; 1EET A; 3BY5 A; 3LDO A; 2R7Y A; 3HPO A; 3K58 A; 3HVT A; 4RW6 A; 3WEE A; 3KLE A; 2ASM A; 4PQU A; 4A2A A; 4OPA A; 4HUG A; 1HNV A; 1N6Q A; 3EYZ A; 1ATR A; 4CI6 A; 4FK4 A; 4BY9 C; 1XQS C; 2F96 A; 1H1V A; 5JMV A; 4FOE A; 3L2U A; 4N56 A; 4B3S K; 3OBY A; 4JRQ A; 2OCE A; 4O5F A; 3BP8 A; 3ZT3 A; 4LH4 A; 2ZM6 K; 3LZI A; 3CCE N; 4DWI A; 2E4L A; 4ILH A; 4O8K A; 3ZEU A; 1OVY A; 4LFC K; 2RHK A; 2VGM A; 4UQG A; 1JJ2 M; 3AVA A; 5AQO A; 4AF1 A; 3J7A P; 4Z4C A; 2YKN A; 3CG7 A; 4JS5 A; 3OW2 M; 3C6A A; 2A5X A; 4CE9 A; 1WSE A; 4DR4 K; 2WBN A; 3SQ0 A; 4E1M A; 1RDU A; 3HT3 A; 2QK9 A; 3QNN A; 4ELV A; 4CIF A; 4KB0 A; 3AGR A; 1IH7 A; 3HP9 A; 2P9K B; 3KHY A; 3V9Z A; 3T3F A; 5F1X A; 5LL6 Z; 4CBU A; 4AHV A; 4FWO A; 4YDU A; 4J2A A; 4DSF A; 2Q2R A; 3AA4 A; 1ESV A; 4DV4 K; 1KD1 O; 3T1A A; 3AVI A; 3K9K A; 3CIP A; 3THY B; 3MDQ A; 3NAE A; 1BQM A; 4FWP A; 2V7Y A; 5AQS A; 4DQR A; 4RTF D; 4BR5 A; 4DSI A; 4FK0 A; 5EXW A; 1C1B A; 3OVN A; 4BRL A; 1K8A O; 3LAL A; 5FDL A; 4BC4 A; 1YUW A; 3VEO A; 3CXC M; 1VQK N; 3M8Q A; 3KZB A; 4AH9 A; 1SV5 A; 3D45 A; 4JK8 A; 1HJO A; 3CFR A; 4HUE A; 1C0M A; 1RFQ A; 5FPE A; 3IAY A; 1LWF A; 3MN7 A; 5AQK A; 5TKY A; 2PY5 A; 3ZT4 A; 1QSL A; 3IKM A; 2P9S A; 2Q0U A; 4KB1 A; 3F5T A; 1QQC A; 3UKU A; 4JKB A; 4PL7 A; 3O08 A; 1JCF A; 5DK5 A; 3VTH A; 1T7P A; 2VG7 A; 4BC2 A; 3BDP A; 4JHD B; 4RW4 A; 2UXD K; 2IDO A; 1GOB A; 2YHA A; 5CYM A; 1SKS A; 2BE2 A; 3KLF A; 4BGB A; 4F3O A; 3KLH A; 5JS2 A; 2GWJ A; 2GV9 A; 1NK5 A; 1ZBU A; 4CZI A; 3M8S A; 4F2R A; 1YJW N; 3NDK A; 1Y64 A; 3PSF A; 3O1W A; 3K5L A; 1J5E K; 3QDK A; 3G6E N; 4OX9 K; 4H0Y B; 4O0I A; 1SL2 A; 1TK0 A; 3CPE A; 4BC5 A; 5BPL A; 3DLL L; 1HR0 K; 4B1X B; 4B9N A; 3W3D A; 3CC2 N; 2E88 A; 5I3U A; 3HXM A; 4CES A; 4CHO A; 1EQY A; 2QWQ A; 4X66 K; 1WOQ A; 4GV9 A; 1FXX A; 3ULE B; 4FW2 A; 3PX6 A; 4NCA A; 2Z1I A; 3MWT A; 3AAR A; 2V7Z A; 1VRU A; 4BRN A; 4W5R A; 4RG8 A; 5CZ1 A; 1SQK A; 3OYL A; 4HUF A; 5C10 A; 3JAM O; 1HQU A; 4EZ9 A; 3C6H A; 1T6C A; 1NGA A; 4E3S A; 3TAF A; 1Q9X A; 1BI4 A; 1F21 A; 2WFB A; 1KVA A; 3DYA A; 5EOY A; 3RVC A; 4CFA A; 4OO1 J; 3M1F A; 4CED A; 1NM1 A; 1CXQ A; 2P5G A; 1TK5 A; 1ZBH A; 4B1Z A; 2VWB A; 3LAK A; 3V9S A; 3ZT1 A; 5KPZ A; 2KQ2 A; 1YIJ N; 2OPR A; 3VQB A; 3THY A; 1KAX A; 4NLB A; 2IVP A; 3JS6 A; 4YOT A; 1OH8 A; 1Z25 A; 3R6M A; 3C95 A; 4GVE A; 3RMB A; 3L4I A; 3WQT A; 1P8Z A; 4FJJ A; 2P1J A; 1IKX A; 1Q9Y A; 4JD2 B; 3H3N O; 3VQP A; 2A6A A; 4CJS A; 1X3N A; 3FR0 A; 5K14 A; 2PBD A; 1KTQ A; 2FBV A; 5AQN A; 1HJR A; 4NXM K; 4YY3 K; 4DV5 K; 3ENO A; 4IKF A; 4MDB A; 3LDQ A; 4O8U A; 4RWT A; 1K8K B; 4DFM A; 4A59 A; 1BU6 O; 4CJE A; 1NK9 A; 1LV5 A; 3A5O C; 2NRX A; 2HHV A; 2KW4 A; 3HPG A; 4GY2 B; 3O9Q A; 3OYG A; 3OTO K; 1HPZ A; 4CEO A; 4Z4G A; 4I9L A; 1KQS M; 1IJJ A; 4B1U B; 4C8L A; 1S9G A; 4DV7 K; 1NOY A; 3AVC A; 2HHS A; 4I9Q A; 1T05 A; 4QS8 A; 3S3M A; 2ZF5 O; 4FW1 A; 2RN2 A; 3RRH A; 1WLJ A; 2HF4 A; 3G10 A; 5KRS A; 3SUO A; 1QHA A; 1TV6 A; 3L4Q A; 2YHB A; 4IG0 A; 3ULD A; 4ZTF A; 3NF9 A; 4HCB A; 1DT9 A; 3D2F B; 1KAY A; 1JLF A; 1NWK A; 2P5O A; 3I33 A; 2HHQ A; 1XMO K; 3Q7B A; 4A2B A; 1N33 K; 1CXU A; 3OYD A; 3DOL A; 3DXK B; 4EFH A; 5AQW A; 3A5M C; 3CCM N; 4Z4I A; 1UAX A; 1YAG A; 5EY4 A; 2G8K A; 3ZSR A; 4YOW A; 3V1O A; 3CCR N; 3HOT A; 3VF6 A; 3TAP A; 4OVL A; 3WNF A; 4DF8 A; 4IEE A; 2G8V A; 1LWE A; 2NRW A; 3O9T A; 4JN4 A; 3C6T A; 5H1S Q; 3ULE A; 4PL8 A; 2IVO A; 5BR9 A; 2IOC A; 4WF9 L; 3EN9 A; 3LPT A; 2JGU A; 3VQ9 A; 4O4G A; 2XY7 A; 3MXJ A; 3G0Z A; 3MN5 A; 2W6L A; 1RDW X; 2P9L B; 4DV3 K; 4JYA K; 3T7Z A; 5E41 A; 5SWM A; 1N8R O; 2DTU A; 1U45 A; 4E1N A; 4YOY A; 5M1Q A; 3ZSO A; 1U48 A; 4DR7 K; 4LSL A; 3GL1 A; 3NGI A; 1XWL A; 3VMF B; 2RE2 A; 4PHT X; 4FPA A; 4O5B A; 5KGW A; 3VQ4 A; 4W5Q A; 3EE9 A; 3BF3 A; 5CE3 A; 3D7E O; 3SNN A; 3C6U A; 3HJF A; 4DU4 A; 4BRP A; 1G15 A; 3AGK A; 3W0L A; 1VQP N; 1BUP A; 1RNH A; 1RTD A; 4NO7 A; 4BRO A; 4FWS A; 4HCC A; 3OY9 A; 3VF2 A; 4B9Q A; 3OJS A; 4IJA A; 4KI6 A; 3RMC A; 2O8B A; 1J6Z A; 4JNE A; 2BAN A; 3K5N A; 4I2Q A; 3EKS A; 3CER A; 4BAC A; 3OYK A; 4FLZ A; 1KXP A; 1FKP A; 2KLA A; 1BIZ A; 2GEM A; 4FWK A; 4B08 A; 3CCQ N; 1FK9 A; 4PKI A; 2V51 B; 4FWN A; 2FLO A; 1HPM A; 1JXE A; 3S3N A; 3SZ2 A; 4FJ7 A; 4B3R K; 5TKW A; 2NZT A; 3DMJ A; 4CEQ A; 4AHT A; 2HHT A; 2YCH A; 1QSS A; 5EU7 A; 3PY8 A; 1S9E A; 1GLJ O; 1N32 K; 2YI1 A; 3THX A; 4ISE A; 3SJJ A; 1VQ7 N; 2VQE K; 4A61 A; 2UUA K; 4EIA A; 4KBO A; 2VGN A; 1ASW A; 4Y1D A; 2Z1H A; 4BRG A; 5FRM A; 1BDG A; 3D2F A; 3AVJ A; 1RBS A; 2KFZ A; 4B1V A; 3E9L A; 1TVR A; 2YHY A; 3O1B A; 4KTZ A; 2AA4 A; 1G99 A; 3O9R A; 3A8Y A; 4N47 A; 2FBT A; 4KHN A; 4X62 K; 3DXK A; 3K2P A; 2QXL A; 3AVN A; 1XNR K; 1Y97 A; 1Z26 A; 4LF4 K; 3IUC A; 3MEE A; 3KK2 A; 4KHS A; 1Q86 O; 4IWV A; 2KZZ A; 1XHX A; 1LCU A; 3PV8 A; 3R3L A; 4OLA A; 4OPK A; 1KFD A; 3PIO L; 4CZK A; 4CF1 A; 1P90 A; 3E1Y A; 2P9N B; 1VQ8 N; 3DOK A; 1QQM A; 1BL3 A; 4CVN E; 4BQL A; 4BG8 A; 4BR4 A; 1XHZ A; 1TKX A; 2LSN A; 3VER A; 1GOA A; 5JLF A; 2P9L A; 1BOT O; 3O8M A; 4CBX A; 3TR8 A; 2NRZ A; 2OA8 A; 3SMP A; 3IS9 A; 3VEV A; 3KK7 A; 4C23 A; 3J80 O; 1NMD A; 3TAN A; 1GOC A; 3AA5 X; 3EO3 A; 1GLF O; 4CJP A; 2BTF A; 4DLE A; 3DLG A; 3WUH A; 4BR9 A; 4JKG B; 1S1W A; 4E19 A; 1JLE A; 1NU0 A; 1FJG K; 4FJK A; 1RBU A; 2P9I B; 4M42 A; 2I7N A; 1ITG A; 1KLM A; 3VQ7 A; 4DU3 A; 5AQP A; 4OLB A; 4K43 A; 3I8B A; 2HMP A; 4BRI A; 1W0H A; 1JL1 A; 4MFB A; 1SKW A; 5LJV A; 4JI5 K; 3UKR A; 3DRS A; 4KV8 A; 4PY5 A; 3MXM A; 4UY8 O; 3P83 D; 3RSE A; 3DLE A; 3SI6 A; 4H0V B; 5AQI A; 2E5L K; 4M63 C; 4I6M B; 3PO4 A; 3DLR A; 2HHU A; 2AJQ A; 2NRH A; 5AJ3 K; 2ZJR L; 5BRE A; 2ZWH A; 4CD3 A; 1T44 A; 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