The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
123
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structure length |
123
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Chain Sequence |
KKKVKRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
Crystal structures of complexes of the small ribosomal subunit with tetracycline, edeine and IF3.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S RRNA
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| total genus |
18
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| structure length |
123
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| sequence length |
123
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-03-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DV1 K; 4JI0 K; 4OX9 K; 5AJ3 K; 5IWA K; 4JI3 K; 4NXM K; 4LFC K; 4DR6 K; 4YY3 K; 1N34 K; 1HNX K; 1N32 K; 2UXB K; 4DV7 K; 3T1Y K; 2ZM6 K; 4LFA K; 4JI2 K; 4B3T K; 4DV4 K; 4DUY K; 4X64 K; 3J80 O; 4X66 K; 2VQE K; 4LF8 K; 1N33 K; 4NXN K; 4GKJ K; 1XMO K; 4DV6 K; 4B3R K; 4JI7 K; 1FJG K; 4CW7 B; 1IBL K; 5A2Q O; 1I94 K; 4JV5 K; 4JYA K; 4X62 K; 4CVN E; 4JI4 K; 5BR8 K; 4JI8 K; 4K0K K; 4X65 K; 2UXC K; 1N36 K; 4LFB K; 4DR5 K; 5FLX O; 4DR7 K; 3T1H K; 4LF6 K; 4YHH K; 5LMN K; 2UUB K; 4B3S K; 1IBM K; 4DV5 K; 4JI1 K; 4KHP K; 2VQF K; 4AQY K; 1XMQ K; 2F4V K; 4DV0 K; 3JAM O; 1HR0 K; 2E5L K; 4DV2 K; 2UU9 K; 4DR2 K; 4LF9 K; 4V19 S; 1XNQ K; 3J7A P; 2UUC K; 2UXD K; 5LL6 Z; 4DR3 K; 1J5E K; 2UUA K; 4DUZ K; 4GKK K; 4LF7 K; 1HNZ K; 4B3M K; 1XNR K; 3J81 O; 4JI5 K; 4DV3 K; 5LMU K; 4DR4 K; 3J7Y P; 1IBK K; 4DR1 K; 5IT9 O; 2HHH K; 1HNW K; 4LF5 K; 4LF4 K; 3OTO K; 4JI6 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3LAL A; 4R5P A; 2KW4 A; 4HUE A; 3CCM N; 1DKG D; 2FBV A; 4CCH A; 3AVB A; 1VQ4 N; 1V4T A; 3WUH A; 4EFH A; 4LFC K; 4YOW A; 3AO5 A; 3QIC A; 3HOT A; 3M8P A; 4A62 A; 4LFA K; 2R7Y A; 4FPB A; 2O8E B; 4DLG A; 1W9H A; 4X66 K; 1IKW A; 3VEZ A; 5M1P A; 3NVM A; 4M3X A; 1BIU A; 4CJ3 A; 3MN9 A; 2AA4 A; 5FPE A; 3DM2 A; 4FO0 A; 3I0S A; 2KFN A; 2E2P A; 1HJR A; 2XY5 A; 4FWN A; 1FJG K; 1S1U A; 2FSN A; 4FJ8 A; 3TAN A; 4M3R A; 4EZ6 A; 1K6Y A; 4CEC A; 3H46 O; 3FZK A; 5AQK A; 5BPL A; 2ITM A; 3PUF A; 1VRT A; 1G99 A; 5MLC Q; 1OH5 A; 2A3Z A; 4BRP A; 3ZEU B; 4GVM A; 3CHW A; 3TSQ A; 1UOC A; 4MFB A; 1TAQ A; 2OCE A; 2X6S A; 3MX5 A; 4EHU A; 1U6Z A; 1EWR A; 1NGG A; 4L3Q A; 1RBS A; 4CJP A; 5J2Q A; 4M7X A; 3DLK A; 1SUQ A; 1JL1 A; 4FK0 A; 4YDU C; 3E1Y A; 4K42 A; 3V81 A; 4BR9 A; 3OYC A; 3MN6 A; 3TSU A; 4F3O A; 4DSE A; 3DI6 A; 3HRG A; 5AQR A; 4AHU A; 4LF9 K; 2QWQ A; 5H1S Q; 4CZI A; 1RBR A; 5AQT A; 1IV0 A; 2UXD K; 3RR7 A; 3THW B; 3U9D A; 3LPU A; 4JKE A; 3KJV A; 5EXW A; 1YTA A; 2QWR A; 1HRH A; 3ID8 A; 3VQ8 A; 1D9F A; 1HNZ K; 4HCC A; 1KSP A; 4MO5 A; 4BR2 A; 1S72 N; 4QCL A; 3UKU A; 5C25 A; 2YJE A; 5AQN A; 3J7Y P; 1KAX A; 1Q86 O; 5HLF A; 3ZSZ A; 1ZBF A; 2BUP A; 3EZ5 A; 4ZTJ A; 4LF4 K; 4N56 A; 1GLA G; 4JHD A; 3V1O A; 4K8X A; 4Q5V A; 4KTZ A; 3SMS A; 3NH2 A; 3VEN A; 2VYP A; 3MEG A; 3F9K A; 3V9S A; 3TSP A; 4KHQ A; 2QWL A; 4ICL A; 3WXI A; 1JCG A; 4FJ7 A; 1X3M A; 4N47 A; 3GDQ A; 3RRH A; 4DV7 K; 3VF6 A; 5CYQ A; 5HOO A; 2VQE K; 4E1N A; 4DMN A; 1VQN N; 1N33 K; 2GTD A; 2A6A A; 3T7Z A; 2V7Z A; 3AV9 A; 2YHA A; 5AQQ A; 1XMO K; 4ELT A; 4BQZ A; 3O3H A; 3OJU A; 3G71 N; 2QWO A; 4O0J A; 1VQM N; 4KH6 A; 2G8H A; 4IJN A; 5FPN A; 3H1V X; 4Z4C A; 3WQU A; 4KAZ A; 4K0K K; 4C8N A; 2UXC K; 1S1T A; 2DFE A; 4FWL A; 4DTJ A; 3BGR A; 4N5S A; 3BY5 A; 1IG8 A; 1SKS A; 5C2F A; 1O1W A; 4DU3 A; 1Q9Y A; 1LWC A; 4CK3 A; 1ZC6 A; 4BY9 C; 2ASP A; 2Q1N A; 5KTQ A; 1TYQ A; 3KKS A; 1WAF A; 2I7N A; 3O9R A; 4CBU A; 1C1A A; 1L5U A; 3VGL A; 5KPT A; 2OPS A; 1DEJ A; 5GAG P; 1YT3 A; 1SS6 A; 2ZGY A; 3VTH A; 4KHN A; 1CXQ A; 4JLH A; 1G15 A; 3A5N C; 4AH9 A; 4DV2 K; 3GG4 A; 4MQ3 A; 4CZL A; 1RDU A; 3I33 A; 1NMN A; 1RT6 A; 1BO5 O; 1XNQ K; 2WBN A; 3QO9 A; 4I6M B; 4JKH A; 4FLY A; 5AZJ B; 5LL6 Z; 3SNN A; 3CM5 A; 4AHC A; 3RVC A; 1VSL A; 4JK7 A; 2D0A A; 3AVH A; 3NGI A; 3TAE A; 1A5W A; 3TAB A; 2HB5 A; 1XNR K; 4YOR A; 4IKF A; 2BDP A; 3LP3 A; 3VN5 A; 3KLG A; 4KKO A; 1TKZ A; 3NF6 A; 1GLF O; 3P83 D; 3EN9 A; 5FPM A; 3SUO A; 3HZ6 A; 4IBN A; 1J9A A; 3HL8 A; 1QHA A; 4NLB A; 4CGG A; 1XHZ A; 4GMJ B; 2QKK A; 3EL2 A; 4IG3 A; 3L4Q A; 1RT1 A; 3VEX A; 5BRH A; 1TK0 A; 3KZB A; 1YIJ N; 1E4F T; 2DY4 A; 5HRP A; 2RPI A; 4DR6 K; 2CH5 A; 2UXB K; 3EE9 A; 3TAM A; 4BQL A; 2WC9 A; 4CFD A; 2P9I A; 4DUY K; 3QEI A; 4BE1 A; 3O1W A; 1ASW A; 1CZ9 A; 1VQ8 N; 2F8S A; 2F9W A; 4NO7 A; 3D6R A; 1VSD A; 4ZHR A; 4DV6 K; 3EE8 A; 5I42 A; 4IO8 A; 5AQL A; 1C0T A; 4IG0 A; 1I94 K; 3PY8 A; 1I3A A; 5T7B A; 5BRE A; 1VQK N; 3PX0 A; 4B08 A; 5TKY A; 2ASM A; 3DXM B; 4RW4 A; 1ZBL A; 1BIZ A; 4DSK A; 1XC9 A; 2EHG A; 3OHR A; 2A41 A; 3T1H K; 3P39 A; 3CCR N; 2ZE2 A; 3QNO A; 1JJ2 M; 3C6T A; 4DFP A; 2YCH A; 4JI1 K; 3SJH A; 2Z1G A; 1Q18 A; 4KHU A; 1VAZ A; 4C8L A; 2P9P B; 1FKO A; 1NGF A; 4CJU A; 1JXB A; 5AQZ A; 4FJH A; 2WFB A; 3HPG A; 3VEY A; 5FPD A; 2E6L A; 5LY3 A; 3JSM A; 4JKC A; 3O4Q A; 1NKC A; 1YI2 N; 4B1W B; 2P9K A; 3QFU A; 1XQS C; 3CCQ N; 4RW7 A; 5JIC A; 1Q82 O; 4DR3 K; 1WBD A; 3QML A; 3AVC A; 4IFV A; 1J53 A; 2HBL A; 4FZY A; 2PYJ A; 4CGH A; 4E7K A; 4FVU A; 2B6A A; 1NGJ A; 4M3Z A; 3PV8 A; 3KIO A; 2YNI A; 1S5J A; 5ELZ A; 1KAY A; 1Z6R A; 3DXK A; 3K58 A; 4EZ9 A; 3KLE A; 1IG9 A; 5AQS A; 3LDP A; 3T19 A; 2OPR A; 2X78 A; 5F0X A; 3T3F A; 5TKW A; 4AM6 A; 4OKK A; 1KFS A; 5AQH A; 1Z26 A; 3VQ7 A; 4QS7 A; 3NH0 A; 1VQO N; 4JRQ A; 3S3M A; 2E2Q A; 2BAN A; 3QET A; 2E1Y A; 3CC2 N; 2W40 A; 1QSL A; 1YHQ N; 1R0A A; 2FBY A; 3VF4 A; 4AHR A; 1T03 A; 4C1N K; 4OKE A; 4CES A; 3ATV A; 1QS4 A; 3VPZ A; 2O8E A; 4BRI A; 4FZX C; 3L6Q A; 4KB1 A; 3LAM A; 3QIO A; 4KH5 A; 1IJJ A; 1JL2 A; 3LZI A; 3MED A; 4R79 A; 4ISG A; 4IFE A; 1K73 O; 4BG8 A; 1U04 A; 3F2K A; 2GEM A; 1U4B A; 2F8T A; 1LV5 A; 1F21 A; 4M3T A; 4FOI A; 4FLT A; 3U3G A; 4ID5 A; 2F96 A; 2QXL A; 1YTU A; 4KHP K; 4AQY K; 1OH6 A; 2D1K A; 1XMQ K; 5AQG A; 3ZEU A; 1U47 A; 2F4V K; 1YXQ A; 1JKH A; 2KKZ A; 4G9Z A; 2HBJ A; 4KHW A; 2Y1I A; 2OTJ N; 4KI6 A; 3R1X A; 2UU9 K; 4CHN A; 1C0M A; 2I7P A; 3H6E A; 3D2E B; 4B9U A; 1TYQ B; 2OAN A; 5GIO A; 3KLF A; 4H5V A; 4GV6 A; 3WNF A; 4OGE A; 1N5Y A; 3H1Q A; 3ATU A; 4RG8 A; 5AQX A; 3W0L A; 4BVP A; 3NDK A; 1J5E K; 2UUA K; 1NMD A; 3AA5 X; 3TAQ A; 1GOC A; 4CFB A; 4FL9 A; 4CF9 A; 4PHT X; 3I55 N; 3THW A; 3ZSY A; 2OA8 A; 4CJ5 A; 5JVG L; 4F8R A; 4BRA A; 3VQP A; 3QIP A; 3HM9 A; 1TUU A; 4BRG A; 3KLI A; 1HQE A; 4C23 A; 4AM7 A; 1RBV A; 4FM2 A; 4DQP A; 5CR4 A; 4CZE A; 2YNH A; 1NU0 A; 4W5R A; 2AP1 A; 4J2B A; 4GV3 A; 3G6E N; 3OYH A; 2CGK A; 5GAD P; 4LSN A; 1NGD A; 1BG3 A; 1IH7 A; 3CET A; 2ZM6 K; 5E26 A; 4OLA A; 3A5M C; 1RT5 A; 3MXM A; 1RDB A; 2VWB A; 2GWK A; 4B3T K; 4A2B A; 3MX2 A; 2FSK A; 4CF2 A; 2JWL A; 3ZX0 A; 1WSI A; 2VCP A; 3ENB A; 4DWI A; 4OGC A; 4MDB A; 4JS5 A; 3R9P A; 1KC8 O; 2NRW A; 3CG7 A; 2PY5 A; 4CW7 B; 4DTP A; 3LM9 A; 3MWP A; 1IKX A; 4RW9 A; 3KD1 E; 1NGC A; 4JKB A; 3OS2 A; 4BR0 A; 1TL1 A; 4RTF D; 3VOV A; 4LFB K; 4CEZ A; 5J2M A; 3V9U A; 3VQB A; 4CGJ A; 4ELV A; 1UA1 A; 1Z05 A; 4DR7 K; 1EXQ A; 1XUP O; 2XY8 A; 3FE1 A; 1WUA A; 1ATR A; 4B3S K; 3CIP A; 3O9Q A; 4C1N I; 4FWP A; 2NRV A; 3CJB A; 2ZQB A; 3RMD A; 3BP8 A; 5C10 A; 1HJO A; 1K8A O; 1HX1 A; 5ADX A; 3CF5 L; 3CQX A; 5M1F A; 3CM6 A; 4O55 A; 3SPY A; 3OYJ A; 2EX3 A; 1BWF O; 4QAG A; 1JLG A; 2HHS A; 4CEO A; 4JKG A; 3UE5 A; 2HND A; 3LM2 A; 3WXL A; 4B1X B; 1BOT O; 2E6M A; 1YJ9 N; 3CC7 N; 1LAW A; 5AFU H; 1RT2 A; 2QWP A; 5AR0 A; 3SBT A; 4WCE L; 5DMR A; 1X3N A; 4Z4I A; 5CZ1 A; 4KRF A; 3NF7 A; 1EET A; 4A5A A; 4DTX A; 4ILH A; 1L3S A; 1J54 A; 3NF8 A; 4B3M K; 1UAX A; 3O1B A; 3L2Q A; 1JLA A; 3RR8 A; 4IOA L; 3PX6 A; 4C8O A; 4BGB A; 3S41 A; 1SL2 A; 1IBK K; 3OYK A; 3CXC M; 4FK4 A; 1ZXO A; 3DLR A; 1LWE A; 3SQ0 A; 4FOE A; 3J8A A; 4DSJ A; 1ASU A; 2E2O A; 1MWK A; 1NLV A; 4YDU A; 5CHI A; 4A5B A; 1VQ7 N; 4OX9 K; 4H0V B; 5CE3 A; 1RT7 A; 4CIF A; 3DXK B; 5JMV A; 4JI3 K; 2OZM A; 4DF8 A; 4HUF A; 5AQY A; 3ZLJ A; 4HWI A; 5M1N A; 3HP6 A; 4H03 B; 4CEF A; 3ASM A; 4CZG A; 4FWR A; 2FSJ A; 4DQ8 A; 4JI2 K; 5C42 A; 4GVE A; 4FJN A; 4LF8 K; 4CJE A; 3C65 A; 4YOY A; 4BRL A; 4MO4 A; 5AZI B; 3R3L A; 4FCY A; 3WEE B; 4ZTF A; 1U2V B; 4B3R K; 1NWK A; 4YOT A; 1CZA N; 1NJX A; 1JCF A; 5M1O A; 5I9E B; 3MEC A; 4I7F A; 1RTD A; 5JLH A; 4CEQ A; 2PZS A; 4NCG A; 3TTF A; 3LDO A; 1I39 A; 4Z4E A; 4NCB A; 3VF2 A; 4F2R A; 1EP4 A; 3AO3 A; 4WFA L; 3O4W A; 2VG6 A; 4H0X B; 4K43 A; 4FK2 A; 3MCP A; 2ZJR L; 4TSX A; 1SKR A; 5J2P A; 3KK1 A; 4FM1 A; 5M1K A; 3DXM A; 4WQ4 C; 3OYN A; 1VQ9 N; 3SLC A; 5KRT A; 3WXM B; 2I5J A; 1C0U A; 1X9W A; 1DT9 A; 3VTI A; 3OYE A; 3B6O A; 1RDW X; 5HRO A; 4LH4 A; 1B92 A; 4LH5 A; 4IXC A; 1KFD A; 1T3V A; 1S1W A; 3RMA A; 2P9P A; 1VSM A; 5C12 A; 2FC0 A; 5EU7 A; 1RIL A; 4FJM A; 3ULE A; 3U3Y A; 2HHX A; 4CGF A; 4J8F A; 2HW3 A; 3O3G A; 3TAP A; 2NRT A; 4OPH A; 4FJG A; 3LDL A; 4BC3 A; 3OJS A; 4FXD A; 1NGE A; 1HYZ A; 1QZ5 A; 4PL7 A; 3BF3 A; 5E41 A; 1Q81 O; 3ZX2 A; 3NGZ A; 4DSI A; 2FF6 A; 3Q7B A; 3CCS N; 3DJC A; 5KGX A; 3GBT A; 3C95 A; 2PBD A; 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5JS1 A; 2NUB A; 4FWM A; 3O9S A; 2QW9 A; 1J6Z A; 3CCV N; 3LWL A; 2YI1 A; 2DFH A; 5IT9 O; 3SUQ A; 2NZT A; 1U45 A; 4PKG A; 2QTD A; 1WSH A; 3HJF A; 2PFU A; 2GEL A; 4FW1 A; 2IIR A; 4DTO A; 4QOZ B; 3B6P A; 3M1F A; 3QES A; 5HBM A; 4BRD A; 1HLU A; 3K5N A; 3CCL N; 3T1Y K; 1CXU A; 4IDH A; 4RW6 A; 2IC3 A; 4DTN A; 1KLM A; 1QE1 A; 3SPZ A; 4EAH D; 2O8C B; 1BL3 A; 4NXN K; 3G0Z A; 3RSE B; 1WAJ A; 4IEE A; 2ITG A; 3JYT A; 4JI7 K; 5BRD A; 4KTQ A; 1NK8 A; 3CCU N; 3PIP L; 2D0B A; 1HQU A; 3LDQ A; 5JS2 A; 3V6D A; 3OYB A; 3L2U A; 2HMI A; 4BRC A; 1X9J A; 1TAU A; 4CZM A; 1N36 K; 3ZSV A; 4WFN L; 1L3T A; 3S3O A; 1HYV A; 4G1Q A; 2IS3 A; 2W6K A; 4CHP A; 3HBT A; 4H8K A; 2HNY A; 4BAC A; 1T44 A; 3V1Q A; 1BA0 A; 4KH4 A; 2E5L K; 2P9N B; 4BC4 A; 1NJZ A; 3SK3 A; 3MDQ A; 2O8B B; 5JLF A; 4H5T A; 1QVF M; 1EKE A; 3AVL A; 1QHT A; 3V9W A; 1HKC A; 1W0H A; 3ITH A; 3MCA B; 4YNQ A; 2UUC K; 4AHV A; 3SAF A; 3H3N O; 4CER A; 3AVG A; 3C6U A; 4CJF A; 2P51 A; 3NE6 A; 1A5X A; 5FRM A; 3HST B; 2QA4 N; 3ULE B; 3KD5 E; 4CJQ A; 2V52 B; 1NGB A; 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