The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Recognition of cognate transfer RNA by the 30S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
31
|
| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-03-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3J81 O; 1XNR K; 4DV7 K; 4LF4 K; 4B3S K; 2HHH K; 3OTO K; 2UUC K; 4DR2 K; 4LF5 K; 5LMU K; 3T1H K; 4YHH K; 3J80 O; 1HR0 K; 4K0K K; 4DV4 K; 4DR4 K; 4DV5 K; 5IWA K; 2UXB K; 4DV2 K; 4DR3 K; 4GKK K; 2VQF K; 4DV0 K; 4X66 K; 3J7A P; 4JI3 K; 4DR7 K; 4JI2 K; 4B3R K; 2E5L K; 1N34 K; 4DV6 K; 1N32 K; 1N36 K; 1IBL K; 4LFB K; 4NXN K; 4X64 K; 5LL6 Z; 1IBK K; 4JV5 K; 5A2Q O; 4LF8 K; 4AQY K; 1HNX K; 1N33 K; 4KHP K; 4B3M K; 1XMO K; 4JI4 K; 4JI6 K; 1FJG K; 4B3T K; 1HNW K; 4DV3 K; 1XNQ K; 1HNZ K; 2UUA K; 4DUY K; 4X65 K; 4JI8 K; 4YY3 K; 4LF7 K; 3JAM O; 5BR8 K; 4DR6 K; 4DV1 K; 4V19 S; 4CW7 B; 2UUB K; 4DR5 K; 2F4V K; 2ZM6 K; 4CVN E; 1XMQ K; 1IBM K; 2VQE K; 3T1Y K; 4NXM K; 3J7Y P; 4LFA K; 4OX9 K; 4DUZ K; 1J5E K; 4JI5 K; 5IT9 O; 2UU9 K; 4DR1 K; 4LF9 K; 4X62 K; 4JI1 K; 1I94 K; 5LMN K; 4GKJ K; 2UXD K; 4JYA K; 5FLX O; 4LF6 K; 4LFC K; 2UXC K; 4JI7 K; 5AJ3 K; 4JI0 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DTS A; 4MDA A; 4LF4 K; 2HHU A; 1KFS A; 1B92 A; 3CCE N; 3K0S A; 5AQM A; 1U45 A; 4G1Q A; 3EKU A; 3KK1 A; 2V7Y A; 4K0K K; 3KK7 A; 3T69 A; 4FJM A; 5AZJ A; 4BE2 A; 4C8O A; 3L3V A; 2F9W A; 4FWQ A; 4CED A; 4WFN L; 2OTJ N; 3C6A A; 4H03 B; 1E4G T; 3LPU A; 3HYF A; 5M1F A; 3CCJ N; 4DU4 A; 3O9R A; 3VPZ A; 3KKS A; 3M8R A; 4GMJ B; 3QEV A; 3RR7 A; 4DFJ A; 4O0I A; 2BAN A; 1VQM N; 4OPK A; 1T3V A; 4KHW A; 2FSK A; 3DXM A; 3CC2 N; 1MWM A; 4BDY A; 2F8S A; 1XHZ A; 1XC9 A; 1VAZ A; 3NH1 A; 5BR9 A; 4JV5 K; 1SS6 A; 4LF8 K; 1DEJ A; 4JKG A; 3VES A; 3TAP A; 4M7Y A; 4JI4 K; 1YHQ N; 3C6U A; 2WUS A; 5SWM A; 3VQP A; 3NH0 A; 4K43 A; 4JHD B; 5AQS A; 2O8C A; 1LOT B; 2OZS A; 4H4O A; 4B9N A; 1ZBH A; 4GVM A; 5FPN A; 4K41 A; 3CM5 A; 5HLF A; 4B1V A; 3NAE A; 3K9J A; 4IDH A; 1VQ7 N; 4CCH A; 4DSL A; 3MEG A; 5KGX A; 3HO1 A; 4I9Q A; 3GL1 A; 3WEE A; 4PKI A; 3AVG A; 1CLQ A; 3ZSQ A; 4FOI A; 5AFU H; 3SI6 A; 1XUP O; 1EX4 A; 5CHI A; 2IVP A; 1YVN A; 3G0Z A; 4FK4 A; 3IUC A; 3VEO A; 5DMR A; 4BRN A; 2BE2 A; 5AQI A; 4OX9 K; 2P9P A; 1X3M A; 3VGK A; 3PIO L; 3EZ5 A; 4KTW A; 1NK4 A; 1ILY A; 3M6G A; 3W0L A; 4OKE A; 2A6A A; 4HWI A; 3CM6 A; 1RTI A; 3MN9 A; 4EZ6 A; 4X62 K; 1BIU A; 1CXU A; 4CHZ A; 1UOC A; 3QFU A; 2W6K A; 5BRD A; 5F1X A; 5KQ8 A; 1TL3 A; 3WXJ A; 3A2F A; 3PSI A; 4M7X A; 4F3T A; 1TL1 A; 1VQ6 N; 3DXM B; 5ADX A; 2P9K A; 5AQY A; 3MXJ A; 4IOC L; 2EX3 A; 5C25 A; 4BC5 A; 4J8F A; 3VEZ A; 3T1H K; 1ZBL A; 4CJ4 A; 4CIG A; 3E9P A; 4JKG B; 3G71 N; 3U6F A; 4O4G A; 4FJ7 A; 1HNV A; 1HKC A; 2AA4 A; 4DTM A; 4FK2 A; 3S41 A; 1LWF A; 5F2R A; 3HOT A; 3OA9 A; 3ZX0 A; 2VQF K; 1U6Z A; 1YT3 A; 4JKE A; 5C2D A; 2Q0U A; 2YHY A; 2VGN A; 3HSC A; 4PUO A; 3LDP A; 3AVF A; 1NOZ A; 2AJQ A; 2F7T A; 3SV4 A; 1JLE A; 2E88 A; 1XC3 A; 4CHN A; 3ZLJ A; 3LWM A; 3PSF A; 2QWN A; 3QBX A; 5AQK A; 3VA3 A; 4AF1 A; 4BRK A; 1XWL A; 1LCU A; 4FM0 A; 3MMV A; 4C8K A; 3BGR A; 3V9Z A; 1WAJ A; 2WBN A; 3FZM A; 3MX2 A; 2Y1J A; 2JGU A; 4K42 A; 4JKD A; 4BR7 A; 2I7N A; 3D7E O; 1HNZ K; 2YV0 X; 3IAY A; 4DUY K; 1XQS C; 1KAZ A; 4BRL A; 2JWK A; 4FWS A; 4V19 S; 2UUB K; 3CJ9 A; 4MO4 A; 3ENB A; 1DTT A; 3VQ5 A; 3NCI A; 1DKG D; 1IJJ A; 3NF7 A; 2NNW A; 3SAH A; 4FYD A; 4FWR A; 3K9K A; 2EHG A; 4JEP A; 1MU2 A; 4H5V A; 3CCR N; 3EO3 A; 1ZC6 A; 4B8C A; 2XRI A; 3D2F A; 2Q1N A; 2WON A; 3L4Q A; 4QAG A; 1W2B M; 4R79 A; 4IFY A; 2GUI A; 4GY2 B; 5CYM A; 1HKB A; 3NF9 A; 5AJ3 K; 3DMJ A; 3V1R A; 4N5S A; 3NFA A; 4LD0 A; 1CXQ A; 2E1Z A; 4FJL A; 2P9L B; 2WTU A; 3CJA A; 3K58 A; 5KRT A; 2QA4 N; 3GOI A; 2HHW A; 1BG3 A; 3THW A; 4CZF A; 4H0O A; 4XIU A; 1NGB A; 3IS9 A; 3DI6 A; 4GNI A; 3CCM N; 3QER A; 1YXQ A; 2A41 A; 4A57 A; 3HM9 A; 1JKH A; 3V6D A; 4FXD A; 3LP1 A; 1BA1 A; 3MAQ A; 3C95 A; 3H1V X; 4Y0W A; 4NXN K; 3AO3 A; 4C8N A; 3P39 A; 3M8Q A; 1L5U A; 2O4G A; 1NK5 A; 1QSL A; 5HOO A; 4MLH A; 4UY8 O; 1HPM A; 1WN7 A; 1RTJ A; 2KZM A; 4QS7 A; 1VSM A; 3QFP A; 5KPZ A; 3OS2 A; 1LWE A; 3LM2 A; 1SKW A; 2HF3 A; 3QO9 A; 3E66 A; 2KQ2 A; 3ZEU B; 3ZX3 A; 4FJ5 A; 4O44 A; 3WQU A; 1RBS A; 2RHK A; 1IKV A; 1CZA N; 1H1V A; 2VGM A; 4LF7 K; 4N41 A; 4L8R B; 4DR5 K; 2VYP A; 2YHW A; 3WNH A; 5EOY A; 3R1X A; 3OYM A; 4CF1 A; 4CJR A; 5KPR A; 2KHO A; 1VSL A; 3UKR A; 2FSN A; 2HF4 A; 4H0P A; 3I8B A; 2CGK A; 4JI5 K; 3TR8 A; 5IT9 O; 4EAH D; 4B3O A; 2Q2R A; 4LF9 K; 5TKW A; 3VF4 A; 1JL1 A; 3L4I A; 1U2V B; 2G8U A; 3K5O A; 4WFB L; 2NZT A; 4CJW A; 5CZ2 A; 4O0J A; 4B9V A; 3VGM A; 4CD3 A; 2UYT A; 3AO5 A; 2BH1 A; 2A42 A; 1DT9 A; 3KLF A; 1TK0 A; 3MN7 A; 3VN5 A; 4CZE A; 4LY7 A; 3IMX A; 4FZY A; 3HZ6 A; 2UUC K; 1HX1 A; 5AQJ A; 4DF8 A; 3M3Z A; 1X1P A; 2FF3 B; 3AGR A; 3OHR A; 4RW7 A; 3GDQ A; 4KPY A; 1T8E A; 4CEC A; 4YOX A; 4DTN A; 1JXE A; 4IO9 L; 1W7A A; 5KTQ A; 5JIC A; 2DPN A; 3SQ1 A; 2IS3 A; 3EE8 A; 2DFH A; 3ZSV A; 3JSM A; 4BGB A; 2HHV A; 4NYF A; 3LAL A; 5AQF A; 1BWF O; 3FZL A; 1MDU B; 3KD5 E; 4U67 L; 1N32 K; 2E2N A; 4GVE A; 3DLG A; 5C2F A; 2QWL A; 3FZF A; 1TVR A; 4HTL A; 4JKC A; 4O55 A; 3ZET A; 4YOV A; 2IC3 A; 3FE1 A; 3PIP L; 1JLF A; 4YFU A; 3HST B; 3MEC A; 5H1S Q; 2PZS A; 1DLO A; 4FZX C; 1QVF M; 4IFE A; 4OLA A; 2X78 A; 3O8M A; 4DG1 A; 1NMD A; 5HP1 A; 4I7F A; 4M3R A; 2A1R A; 2GEM A; 1NJY A; 4DQI A; 1JLC A; 1SV5 A; 3TAE A; 5BRH A; 4BAC A; 3A5M C; 3O08 A; 4YNQ A; 1WBD A; 5AQG A; 3AVI A; 4YY3 K; 1NGA A; 3ITH A; 4H0Y B; 5BN9 A; 4ELT A; 3SK3 A; 1NLV A; 1NGF A; 2HMP A; 2ZWH A; 4JD2 A; 1VQ8 N; 1REV A; 4OPH A; 4OKJ A; 4CEO A; 5LY3 A; 4CK1 A; 3TAR A; 1VQP N; 3U9Z A; 1C1A A; 4CJS A; 2Y1I A; 2XO7 A; 1JL2 A; 3PO4 A; 2VWK A; 4C8L A; 1VQ9 N; 3HVR A; 4NB4 A; 2P5G A; 3ASM A; 3TAN A; 4FLW A; 5I3U A; 1HQE A; 3QIO A; 1VK0 A; 4B9U A; 4GKJ K; 1Z25 A; 1DTQ A; 1VRT A; 2OPR A; 1WSH A; 3OBW A; 1G99 A; 4MQ3 A; 1UA0 A; 2E6M A; 4KTQ A; 1TKX A; 1ZYQ A; 2VWB A; 2JLE A; 5HRR A; 4JI0 K; 3T1A A; 3UB5 A; 3NVM A; 3LP0 A; 3LP3 A; 4CZJ A; 3OYF A; 5LMU K; 4PKH A; 4EFH A; 1VQ5 N; 4Z4E A; 3UE5 A; 4AHT A; 1WSF A; 4FL9 A; 4IXC A; 5GAH P; 4DF4 A; 2O8B B; 4JKA A; 2QTD A; 3VTI A; 4DU3 A; 2G8W A; 4BDP A; 4W5O A; 3TAB A; 3TAF A; 4KO0 A; 2OPS A; 4IWV A; 3O1B A; 1VSI A; 5AQT A; 4B3R K; 5BN8 A; 3SZ2 A; 3MCA B; 4JKB A; 4O8K A; 4CF8 A; 3K5L A; 3AVL A; 4TSX A; 3RWU A; 4F8R A; 3HRG A; 2FF6 A; 3HL8 A; 5TKY A; 4JS5 A; 3ZCM A; 1IG8 A; 5M1P A; 1UA1 A; 4B9L A; 3G10 A; 4JD2 B; 4FJI A; 4A61 A; 5BPN A; 1NBW A; 2Q0R A; 3O3G A; 1S72 N; 1VQK N; 3RSE A; 4IKF A; 2YKM A; 3K5N A; 4E1M A; 3LDO A; 4ILG B; 1EQY A; 4I6M A; 2KTQ A; 2Z1H A; 4CEQ A; 2DFF A; 4H5T A; 4O5B A; 5M1N A; 3MK6 A; 2HNZ A; 4BY9 C; 4RWT A; 3TSP A; 2ITG A; 3L2W A; 3UKU A; 4X65 K; 5J2N A; 4BRM A; 3CCQ N; 1TYQ A; 5BRF A; 4J2E A; 5M1K A; 3FFI A; 4EHU A; 1HYS A; 3WXI A; 4ISF A; 1D5A A; 2ZF5 O; 2FBT A; 1QVG M; 1IBM K; 3D6R A; 2NUB A; 3R3L A; 3BZK A; 1B9F A; 3T1Y K; 4CBU A; 1QE1 A; 3NF8 A; 1J5E K; 4FJX A; 1KAX A; 2I5J A; 1Q18 A; 3IDH A; 3SQ4 A; 1WB9 A; 1ZBU A; 1C6V A; 3V9U A; 2W42 A; 1WSE A; 4E3S A; 3AA4 A; 1KCF A; 2H3G X; 1ASW A; 3V1O A; 3TSU A; 2GTD A; 3BUZ B; 2O8D B; 1TK8 A; 4FJH A; 3W3D A; 3AVH A; 1KTQ A; 5J2Q A; 1C0F A; 2HHH K; 3PX4 A; 1NJI O; 3OVN A; 1A5W A; 3BEX A; 3ULE B; 5AFU A; 2D0A A; 4CGF A; 4YOY A; 3G6E N; 4ELV A; 3RSE B; 1A5X A; 4DV2 K; 4DR3 K; 5T7B A; 3CCL N; 4KH4 A; 3PY8 A; 3CCU N; 4I6M B; 4A5B A; 3J7A P; 1X3N A; 2D0C A; 1KVB A; 3KWI A; 3CJ7 A; 1N8R O; 4HUG A; 4E19 A; 3LDQ A; 1JXB A; 3LPT A; 3F9M A; 1IH7 A; 1FKO A; 3U9D A; 5LJW A; 4FVM A; 3EY1 A; 1ASU A; 4DSI A; 1YF5 L; 3F9K A; 1YIT N; 1ASV A; 1WSG A; 1WSI A; 1S9E A; 3P31 A; 1OVY A; 2QWR A; 3VQ9 A; 3M8S A; 4CGG A; 1K9M O; 2O8F B; 4CJ7 A; 3OS1 A; 1NK0 A; 1J53 A; 2CGL A; 3VEN A; 2RN2 A; 4BE1 A; 2A5X A; 4FM1 A; 3CYM A; 3D2E B; 5GAD P; 4JNE A; 2QKB A; 4DQS A; 3THX A; 3PX6 A; 2UUA K; 4B9M A; 4CZI A; 2QWM A; 4ZHR A; 1JJ2 M; 4JKH A; 4CE9 A; 2FC0 A; 2XY5 A; 3MN5 A; 4WQ5 C; 1NK8 A; 1ZXO A; 5HRP A; 1S1T A; 3ZSO A; 1WLJ A; 5J2P A; 3QEX A; 3DRS A; 3QLH A; 4DLE A; 2PYJ A; 4F3O A; 4XH4 A; 1Q81 O; 3BF1 A; 2O8E A; 4DLG A; 3PO5 A; 5BPM A; 4CGJ A; 3OYK A; 2UU9 K; 4H5R A; 1SKR A; 3LAK A; 4JS4 A; 3TTC A; 4BRP A; 1L3T A; 4JI1 K; 2F96 A; 1YTA A; 2CGJ A; 4CEZ A; 4Z4G A; 4FPA A; 3FFK B; 2XY6 A; 3CQ8 A; 4IEE A; 2HB5 A; 4Z4C A; 3U3G A; 3C7N B; 1NKB A; 3T7Z A; 3OYI A; 4DTO A; 3DLH A; 3H6E A; 3VTH A; 1C1B A; 1D4X A; 3ZT2 A; 4Z4H A; 4FJ8 A; 1E3M A; 3OTO K; 1JLB A; 3SQ0 A; 5AZJ B; 1Z05 A; 3OJS A; 5JLF A; 1C0G A; 4IFV A; 2HBJ A; 4JRP A; 4CIF A; 3SUP A; 1BCO A; 2CH6 A; 4Z4I A; 3AO4 A; 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2HNY A; 3FGU A; 3QEW A; 3K2P A; 4PKG A; 4JRQ A; 3DRP A; 5I9E B; 1SKS A; 4LF5 K; 4FLY A; 1HUX A; 1Z26 A; 1U48 A; 4B9S A; 3HK2 A; 3P83 D; 3AV9 A; 1KSP A; 4OGC A; 4M3Y A; 3VQ7 A; 3IRX A; 1S9G A; 4H0X B; 3T3F A; 1BHL A; 2Q97 A; 1X9W A; 1T7P A; 1RT1 A; 1NK9 A; 1QHT A; 4Y1C A; 4FCY A; 4E7I A; 1VRU A; 4AHR A; 1KRP A; 1NGD A; 1Q9X A; 3IFR A; 1DGK N; 2Z1J A; 3HM8 A; 4CFB A; 4H4M A; 3SUQ A; 3S3N A; 1YVU A; 2HHT A; 4MFB A; 5AQX A; 4BVO A; 4N76 A; 4DQP A; 3OYL A; 3R6M A; 4Q5V A; 5AQP A; 4W5Q A; 1U49 A; 5GAE P; 2EWS A; 2F9T A; 2V52 B; 1OVQ A; 2ETJ A; 3CG7 A; 4KH6 A; 4OLB A; 3OJU A; 4B3T K; 1RIL A; 4A2A A; 4CJU A; 4AH9 A; 2HHX A; 3K59 A; 3F2K A; 3C6H A; 1WOQ A; 2KKZ A; 4FZZ A; 3WQT A; 4M42 A; 4UQG A; 2E1Y A; 2PYL A; 4CK3 A; 4CZG A; 1VSE A; 4CF9 A; 1EP4 A; 4RW6 A; 1KLN A; 4NXM K; 1CZ9 A; 2NRT A; 4KRF A; 3KLG A; 3HBT A; 4FK0 A; 1IKX A; 2YX6 A; 3CC4 N; 3D2F B; 3M1F A; 4BC2 A; 4XH1 A; 4RW4 A; 1RT6 A; 3NE6 A; 4BC4 A; 4DHY A; 2G8V A; 4RW9 A; 3TTD A; 2OA8 A; 4DS4 A; 3I0S A; 4CZK A; 4H5N A; 1S22 A; 3MED A; 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