The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Recognition of cognate transfer RNA by the 30S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
31
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-03-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4YHH K; 1IBM K; 3J7Y P; 5LMU K; 2UXD K; 4DR1 K; 4X62 K; 4B3M K; 1N33 K; 4DR3 K; 1I94 K; 4K0K K; 4JV5 K; 4DV0 K; 4OX9 K; 4LF9 K; 1IBK K; 4GKK K; 4DV4 K; 1XNR K; 2E5L K; 2HHH K; 4JYA K; 4B3R K; 2UUB K; 4CW7 B; 4LF8 K; 5IT9 O; 4DV7 K; 4V19 S; 1HNW K; 5LL6 Z; 5LMN K; 2UU9 K; 5A2Q O; 4DR7 K; 3J80 O; 2UUC K; 4DR4 K; 5IWA K; 4GKJ K; 4B3T K; 4DV2 K; 1XNQ K; 2UXC K; 1XMO K; 2VQF K; 4LFC K; 4DV1 K; 4LFA K; 1J5E K; 4JI1 K; 4LF7 K; 4LF5 K; 4JI0 K; 1HNZ K; 5AJ3 K; 4JI8 K; 4JI6 K; 3J7A P; 1IBL K; 3J81 O; 1FJG K; 4AQY K; 3OTO K; 4JI4 K; 2UXB K; 1N36 K; 4NXN K; 4DR6 K; 4YY3 K; 3T1H K; 4DV3 K; 1HR0 K; 4KHP K; 4LF6 K; 4X65 K; 4LF4 K; 4DUZ K; 2VQE K; 4B3S K; 4JI2 K; 4JI5 K; 3JAM O; 1XMQ K; 4DV5 K; 2F4V K; 1HNX K; 4JI7 K; 4DR2 K; 4NXM K; 4DUY K; 1N32 K; 4DR5 K; 2UUA K; 4JI3 K; 5FLX O; 4X66 K; 2ZM6 K; 5BR8 K; 4CVN E; 3T1Y K; 4X64 K; 4LFB K; 1N34 K; 4DV6 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3AV9 A; 3NGZ A; 1OH8 A; 1O1W A; 3ZLJ A; 4DQR A; 4XH1 A; 4FZX C; 4EIA A; 3DAW A; 3OYB A; 4CJF A; 3CFP A; 3IG1 A; 3HT3 A; 1CZ9 A; 4YOU A; 3SPY A; 2G8W A; 2B5J A; 2UYT A; 4CF2 A; 4BRM A; 4B08 A; 3NGI A; 2QK9 A; 4CGG A; 3CG7 A; 4B1X B; 5FPE A; 3J7Z O; 4DV7 K; 3QEP A; 3ATV A; 1P90 A; 4KFB A; 3ATU A; 5KI6 A; 4DFP A; 1VSJ A; 5LMN K; 2DFH A; 3VEO A; 1L3S A; 5DM6 L; 4AM6 A; 3QIP A; 3A0I X; 3ITH A; 3ULD A; 2OA8 A; 5M1N A; 4FOI A; 3HPO A; 4CIG A; 2D0C A; 4FJN A; 1LOT B; 2WFB A; 4U7B A; 1NJW A; 3TSP A; 1KSP A; 2ITG A; 3TSQ A; 2YCH A; 2XY7 A; 4MDB A; 3O9S A; 5JIC A; 2YHY A; 3HM9 A; 3TWH A; 1X9J A; 3O9R A; 3PSI A; 2IC3 A; 3FZM A; 3KK7 A; 5E84 A; 3OW2 M; 1C0U A; 3ENO A; 3ZEU A; 4WCE L; 3SQ1 A; 2P9U A; 1X3N A; 3K57 A; 1D4X A; 1IKX A; 2KKZ A; 1MWK A; 5KQD A; 2HHV A; 1NMD A; 3HVT A; 4FLY A; 3O80 A; 1GLJ O; 4CF0 A; 4PL7 A; 3MEE A; 3FZH A; 2A42 A; 1DTT A; 1VQO N; 3VEW A; 5ADX H; 3HST B; 4A62 A; 4O55 A; 3SK3 A; 1OVQ A; 1XMQ K; 3WXM B; 3HO1 A; 1ATS A; 2PBD A; 1TUY A; 1RNH A; 3BZK A; 3I55 N; 1W9H A; 4A5A A; 5C10 A; 2E1Y A; 3E01 A; 5BN8 A; 4LFB K; 2GEL A; 4JI6 K; 5FDL A; 4DSL A; 4E3S A; 1IBM K; 2OCE A; 3NCI A; 1GLF O; 1YVN A; 4OKK A; 5AQF A; 1ZYQ A; 3LDS A; 3KD1 E; 3OYC A; 4FJI A; 3M8P A; 3HRG A; 1TK0 A; 2ASM A; 3NVK A; 3HP9 A; 3IMX A; 1KXP A; 4GKK K; 4BWM A; 1WBD A; 4CD1 A; 1X9S A; 3M8Q A; 1TV6 A; 3GG4 A; 4B3R K; 1UA0 A; 3CHW A; 3LL3 A; 1NK7 A; 1RT2 A; 1T44 A; 3CC4 N; 1DGK N; 4KKO A; 1L3U A; 4LSL A; 3C6T A; 2FF3 B; 5K14 A; 3VEX A; 4OLA A; 3VTH A; 3DWL A; 1YIJ N; 1P8Z A; 1JJ2 M; 2P9N A; 3T69 A; 5AQO A; 3CC7 N; 1L3V A; 4KHS A; 3TTF A; 3EE8 A; 3PIP L; 4CHP A; 2W42 A; 1W2B M; 4RW7 A; 2QI2 A; 1ATR A; 4E19 A; 2GWK A; 4LF7 K; 2YJF A; 3SBT A; 3UKU B; 1S22 A; 3H3O B; 3QEV A; 3BDP A; 1HX1 A; 3C94 A; 1NJY A; 2DPN A; 4BRP A; 4CGJ A; 3MX2 A; 4CJS A; 1QZ6 A; 3J7A P; 3R3L A; 4DTM A; 2RHK A; 4RWT A; 4B1U B; 4CFC A; 3WEE B; 2Z1J A; 4FK4 A; 4BRO A; 5J1E A; 4PL8 A; 3KJV A; 3D6R A; 2BH1 A; 3EZ5 A; 3THW B; 3ZET B; 4DV3 K; 4BR9 A; 4H0O A; 3CCJ N; 2HF3 A; 3G0Z A; 3AO3 A; 4RW4 A; 4J2D A; 1NM1 A; 3FFI A; 4CE9 A; 3KVG A; 4BC4 A; 3G25 A; 3VQC A; 3H08 A; 3LDL A; 3RVC A; 4FLW A; 3DLE A; 2Q2R A; 1YAG A; 5I42 A; 2GUI A; 1QS4 A; 3ZSW A; 2P1J A; 3WNF A; 3KD5 E; 3L2R A; 1V4T A; 4CEQ A; 1YUW A; 5EXW A; 5J2Q A; 3G6E N; 2QWL A; 1TK5 A; 2HST A; 3WXJ A; 5C2F A; 3ZCM A; 1BU6 O; 3CQ8 A; 3VEZ A; 1B9D A; 1YTU A; 1RT3 A; 4A2B A; 4BR4 A; 4DV6 K; 5J2N A; 3AAP A; 5LMU K; 2P9L A; 3V9W A; 4CZK A; 4JS4 A; 4OX9 K; 3FE1 A; 5KRT A; 1D9D A; 1RT4 A; 3PO4 A; 1HYV A; 1LWC A; 3O8M A; 3DMJ A; 2E5L K; 4AHR A; 4ID1 A; 1BL3 A; 2FC0 A; 4WFA L; 3VGM A; 1TL3 A; 4H8K A; 5CE3 A; 1Z26 A; 4I2P A; 1RDA A; 5FRM A; 5HL7 L; 4CF8 A; 2RPI A; 1EP4 A; 3F9K A; 5AQL A; 3H46 O; 4DTR A; 4QAG A; 5AFU A; 2WOM A; 2R7Y A; 3CJ7 A; 1JL2 A; 1HJR A; 3OS2 A; 1S1V A; 2I7N A; 1X9W A; 4FJ5 A; 5AQZ A; 2BAN A; 5F0X A; 4XH4 A; 5F1X A; 4UY8 O; 1KAX A; 4W5O A; 4BG8 A; 3CMA N; 2JLE A; 3MEG A; 4I6M A; 4FLX A; 5JLF A; 3IKM A; 3THV A; 3QBW A; 1EX4 A; 4DF4 A; 1KLM A; 4CJP A; 5AQP A; 2QWM A; 1V4S A; 1B9F A; 4PKG A; 4FCY A; 3L6Q A; 4O8U A; 5KQ8 A; 4BRA A; 4Z4I A; 5EU7 A; 4CER A; 4H4M A; 1RT6 A; 1ESV A; 4Y1C A; 3LP3 A; 4W5N A; 3A5L C; 3VQ8 A; 4WE1 A; 4LF6 K; 1NGJ A; 3KTQ A; 3TTC A; 5BR9 A; 2VQE K; 4KO0 A; 3PX0 A; 3WXK A; 3R8E A; 4M7X A; 2F4V K; 3PSF A; 3QEW A; 3S3M A; 3RSE B; 4NXM K; 2G8H A; 2YV0 X; 3BF3 A; 3U4L A; 1TKZ A; 1YT3 A; 1T6C A; 3E1Y A; 3CJC A; 4FVU A; 3VA0 A; 5FRO A; 2HHT A; 2NZT A; 3D2E A; 4YOT A; 1I39 A; 1J54 A; 3Q7C A; 4DV0 K; 2V7Z A; 2FXU A; 3CCS N; 3U3G A; 4CK2 A; 1QZ5 A; 1YI2 N; 4IXC A; 2KHO A; 4Q0B A; 2O8F A; 3TI0 A; 1B92 A; 2CGJ A; 1QVF M; 1BCM A; 1C6V A; 2D4W A; 4H0Y B; 3H45 C; 4OPJ A; 2OYQ A; 4PQU A; 4OPK A; 4NLB A; 3RMD A; 3T19 A; 4M45 A; 1WAJ A; 4N5S A; 1JL1 A; 3NAE A; 2XRI A; 4BR0 A; 4CJL A; 3J80 O; 3TR8 A; 2EX3 A; 3HPG A; 1NMN A; 1SL1 A; 4JKC A; 4AH9 A; 4CJ4 A; 4GKJ K; 5AFU H; 4JK8 A; 2P9P A; 1XMO K; 1C1B A; 4F4K A; 3ZT3 A; 3R6M A; 2O8D A; 2WUS A; 1ZXO A; 5HRR A; 1KCF A; 4LF5 K; 1HNZ K; 1E3M A; 3NBP A; 5BRH A; 4BRI A; 2YHW A; 3WQU A; 5LJW A; 2O8C B; 2FSK A; 4AQY K; 2YNG A; 2YHB A; 2WTU A; 4PHT X; 4KI4 A; 1JCF A; 1BQM A; 4IFE A; 1EQY A; 3I56 N; 4JNE A; 2A5X A; 4BRE A; 1WBB A; 4KBO A; 4CIE A; 3HOS A; 2KTQ A; 3L2U A; 1QHT A; 4C8K A; 1GLB G; 1LAV A; 1SV5 A; 3L3U A; 4NO7 A; 3OYD A; 4DU1 A; 4CFB A; 3J8A A; 4WQ4 A; 4GNI A; 4DTS A; 3WXI A; 3EZW A; 3V9U A; 4XH5 A; 4FJL A; 3SBG A; 1C0F A; 3E9L A; 4OPA A; 3LAL A; 2NRT A; 2CGL A; 5KPT A; 3VQ4 A; 4K8Z A; 1LWF A; 2QWN A; 4JKA A; 2HW3 A; 4FWK A; 2GV9 A; 5BN9 A; 4W5Q A; 3TU5 A; 1VSF A; 2IOC A; 3MN7 A; 4O8K A; 3OJU A; 2XY5 A; 3LM2 A; 3V1Q A; 4BE1 A; 2F7T A; 2OPQ A; 3OYK A; 3ZT1 A; 3DOL A; 4KV8 A; 4CK3 A; 4KH6 A; 3WNE A; 4A57 A; 4CJT A; 3DI6 A; 4BRG A; 1XNR K; 1NK8 A; 2ZJR L; 5HRP A; 4IO9 L; 3SUN A; 4FO0 A; 2YJE A; 2OTJ N; 4FJ9 A; 2CH6 A; 1HYS A; 1LCU A; 3NMU A; 3ZEU B; 5A2Q O; 3AAQ A; 4FJJ A; 2P9U B; 4DR4 K; 2HMI A; 3THX A; 5IWA K; 1RTH A; 4NCG A; 4DV2 K; 1K9M O; 4FM1 A; 1ILY A; 2BGG A; 4H0X B; 5E41 A; 4YDU A; 3LM9 A; 2FBT A; 4BRN A; 1XC9 A; 3ISN C; 2V51 B; 3I8B A; 1J5E K; 4JI0 K; 4CZE A; 4B9N A; 3QES A; 2OZM A; 1IV0 A; 3EKU A; 4JKG A; 4DCH A; 3AAR A; 1HRH A; 2QA4 N; 3C6H A; 3G71 N; 1GLA G; 1NK4 A; 2O4G A; 4AF1 A; 1Q82 O; 4NXN K; 4CJR A; 4YOX A; 4Z94 A; 1YVU A; 1GLL O; 4KHP K; 4FM0 A; 3CCM N; 1T3V A; 4A5B A; 1HLU A; 2PYJ A; 1RTD A; 4CHZ A; 1REV A; 1FXX A; 3SQ0 A; 2Q1N A; 3V4I A; 5E26 A; 2IIR A; 4DLE A; 4GVM A; 4CF1 A; 1LWE A; 4IEE A; 4KRF A; 5HRS A; 3HPH A; 2D5R A; 5GAG P; 3ID6 A; 3RR8 A; 4BQZ A; 3RRG A; 2X6N A; 4EP4 A; 1S1T A; 1NJI O; 4CVN E; 4CJE A; 4JRP A; 1HQE A; 2E20 A; 3C7N A; 3I33 A; 4HTU A; 2O8B A; 1NGA A; 3CI5 A; 2HNZ A; 3NE6 A; 2P9S A; 1K73 O; 3UIQ A; 4JV5 K; 2ZJQ L; 4JKB A; 2PFU A; 3E66 A; 3OYN A; 2E2O A; 3MX5 A; 4JHD A; 1YJ9 N; 1IKY A; 2RF2 A; 1J53 A; 3LZI A; 3EN9 A; 1ITG A; 1XHZ A; 4OVL A; 5AQI A; 5CR4 A; 3ZT2 A; 3A2F A; 2YKN A; 4CEA A; 4AHT A; 4CBW A; 4CHN A; 4B3O A; 5C0Y A; 3AA5 X; 4O0I A; 1R59 O; 5EX5 A; 1LW2 A; 4MLE A; 4DQP A; 2E6L A; 1QSY A; 2VG6 A; 4Z0U A; 2AJQ A; 4FWQ A; 1W7A A; 4JKD A; 3NF9 A; 3UE5 A; 1RBU A; 3LZJ A; 4E0D A; 4DQI A; 3VEN A; 4RW8 A; 3JSM A; 2IVO A; 3OBY A; 2ZF5 O; 1GOC A; 3R1X A; 3VN5 A; 4C1N I; 5M1F A; 1HNI A; 5AJ3 K; 2B6A A; 3KK3 A; 4CJU A; 3CC2 N; 3FZL A; 3ZX3 A; 2WON A; 1KAZ A; 3D0P A; 2NRX A; 3ENB A; 1Q9X A; 4F9O A; 4UQG A; 4F3O A; 2AP1 A; 4CK1 A; 1FK9 A; 3IS9 A; 5H1S Q; 5F2R A; 1A5V A; 3QEI A; 1N36 K; 2ZGZ A; 3AVB A; 1VSL A; 4JEP A; 2A40 A; 4HUG A; 5AZI A; 1JLG A; 3I0R A; 4IBN A; 4A61 A; 4CJW A; 4FWO A; 3QML A; 1S9G A; 2P9I A; 1Q86 O; 4JI2 K; 2ZJP L; 1S1W A; 3VES A; 3SV3 A; 4FSV A; 3SAG A; 1VRT A; 3K5O A; 1VQM N; 4E7I A; 1E4G T; 5GIO A; 2P9L B; 3CCR N; 4FW1 A; 1OH7 A; 4AHU A; 4DKW A; 4DUY K; 5HRN A; 3VF2 A; 1RIL A; 4JI3 K; 5BR8 K; 2X74 A; 1D9F A; 3BF1 A; 1JLF A; 4Z4G A; 4B1Z A; 3K5M A; 4Q5V A; 4X64 K; 1U47 A; 3CJ1 A; 2IVP A; 3O5B A; 3AO1 A; 4DU3 A; 4KTZ A; 4CGF A; 2HHS A; 3OS0 A; 4ISG A; 2QXF A; 4GVE A; 4DTP A; 2UXD K; 2ZGY A; 3MXM A; 2PYL A; 4E7H A; 3VGL A; 1TVR A; 1NNE A; 2E88 A; 1RT7 A; 4CZJ A; 1MDU B; 5KRS A; 2HHQ A; 4W5R A; 5M1P A; 3LPU A; 5JVH L; 2HBM A; 4RW9 A; 3GL1 A; 4BAC A; 4LF8 K; 2F9W A; 3HZ6 A; 3LP0 A; 3VEV A; 1MU2 A; 2FSN A; 4I6M B; 5KGX A; 2DFF A; 3MWP A; 4ISF A; 4L3Q A; 2VGN A; 3U6F A; 2HND A; 3PY8 A; 1RDC A; 2HBJ A; 1Y97 A; 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3R9P A; 2KZM A; 3N4P A; 4CHQ A; 3OVN A; 3HVR A; 1Y64 A; 3MEC A; 2Z1H A; 1K6Y A; 4GW6 A; 4K41 A; 1QTM A; 1JLE A; 3DYA A; 2W40 A; 5J2P A; 4FWS A; 4JKF A; 1KQS M; 4E89 A; 3HYF A; 1Q7Y O; 1WNS A; 2P51 A; 4LFA K; 2JWK A; 2XHB A; 5HOO A; 5J2M A; 3RR7 A; 1JLB A; 1ZBI A; 4FJ7 A; 3SZ2 A; 1BI4 A; 2E1Z A; 3O3G A; 1RCH A; 3HSC A; 3KKS A; 3U9D A; 2HHW A; 3CXC M; 2BUP A; 5GIN A; 4LY7 A; 4C23 A; 1QQC A; 4R79 A; 3CCE N; 2HVH A; 2HHX A; 4BC5 A; 3C0B A; 3Q7B A; 4LF4 K; 4OGE A; 2E8A A; 2W6L A; 5EVZ A; 1HYZ A; 1NU0 A; 2G8F A; 4IWV A; 3CPW M; 1A5X A; 4E1J A; 1I3A A; 3LDO A; 1NGF A; 1N32 K; 1X1P A; 4DR5 K; 3TAB A; 4X66 K; 4BRL A; 3T1Y K; 1H1V A; 5AQV A; 3OYG A; 2KFZ A; 5HLF A; 2HBK A; 2HBL A; 1WLJ A; 2ATQ A; 2FSJ A; 1SKW A; 4IJA A; 4DR1 K; 4DF8 A; 1QVG M; 2OPP A; 1XC3 A; 1GLD G; 1U2V A; 2YHX A; 3O4Q A; 4WQ5 C; 1G99 A; 1IG8 A; 5M1Q A; 4MQ3 A; 4YNQ A; 3THX B; 3AGK A; 4RG8 A; 3K9K A; 4JK9 A; 1CXU A; 5HBM A; 4K8X A; 5IT9 O; 3AVM A; 3VQ5 A; 2YKM A; 4BR7 A; 4YOW A; 1FKO A; 2GUP A; 4CEC A; 3VQE A; 4V19 S; 1HNW K; 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