1ITGA

Crystal structure of the catalytic domain of hiv-1 integrase: similarity to other polynucleotidyl transferases
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
155
structure length
142
Chain Sequence
DCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the catalytic domain of HIV-1 integrase: similarity to other polynucleotidyl transferases.
pubmed rcsb
molecule tags Dna integration
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 INTEGRASE
total genus 44
structure length 142
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1994-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1itgA00
1A5VA 2BE2A 4BE1A 4M3TA 4CGGA 4DQIA 3SQ1A 1U47A 3THVA 3O3GA 1R0AA 1ITGA 3AA3A 4OLBA 3D0PA 1Q8IA 3OJUA 3NCIA 4FW2A 3CQ8A 3QO9A 3O3FA 5HROA 1WSHA 3U3YA 5SWMA 4DFJA 4E7KA 1Q9XA 3V1QA 2A1RA 4B8AB 4E7LA 3DOLA 4CJEA 1EXQA 3VQAA 3AO3A 3QIOA 1U48A 3MEEA 1RT2A 3AVHA 5FROA 4CJSA 3OYCA 4DTUA 4DSKA 3K58A 2HW3A 4IFYA 5KTQA 4NYNA 1TKZA 3K5MA 4JS4A 3SUOA 4OKKA 4DWIA 1UA1A 3ZSWA 3ZSQA 4CHZA 5E41A 1S1UA 4W5OA 1A5XA 2HHWA 2ZD1A 2D0AA 1N5YA 3LDSA 1JLEA 4Q0BA 4KI4A 1IKWA 2HHXA 1WSFA 3F73A 2XY6A 3KK1A 3QEIA 2IGIA 4OLAA 3LWLA 3QEVA 1HYVA 1D9DA 3AVGA 4O44A 3LZIA 1KFSA 3V9ZA 1K6YA 1NK0A 4FJKA 2Y1JA 1BI4B 5JS2A 2KFZA 3VQ4A 3TAFA 4O55A 4Z4CA 4CHQA 1UAXA 3WNGA 2KZZA 5HRSA 4NCGA 3SUQA 2OZSA 2P5GA 4DSIA 2W42A 1Z25A 1RBTA 4FVMA 2KW4A 2WONA 4XIUA 1O1WA 4DQQA 4BDPA 1TVRA 2EX3A 1SUQA 4M3RA 3PX4A 5KGXA 3AO1A 4KB0A 1HJRA 1NK4A 4GVMA 4ELVA 1BI4A 1KVCA 2RKIA 4RW9A 2ATQA 3KLIA 2FBXA 4Q5VA 3SQ4A 4E7IA 3SQ0A 5KGWA 1LW2A 4CEZA 2ZQBA 3V1OA 4FLWA 5DMRA 1WSJA 3V81A 3ZSXA 1I39A 1UOCA 2ITGA 1D5AA 2QK9A 3M8PA 3NF8A 3VN5A 4AHTA 3VQ7A 4CF1A 3P1GA 3SV3A 2EHGA 4CJKA 5J2QA 1VSHA 4KFBA 4CESA 1NOZA 4CJWA 4CJFA 1HRHA 2X78A 4KPYA 1YVUA 3P83D 4LH4A 1CXQA 3BDPA 3AVMA 5HRNA 4FM0A 3KK2A 2XRIA 4KAZA 3HPHA 2Z1IA 5DK5A 3CG7A 3ZT0A 4B8CA 1Q9YA 3BGRA 4B9TA 2RPIA 2DY4A 3IG1A 3QERA 4BE0A 2YNIA 4HVJA 1BQNA 4GMJB 3C6TA 3FFIA 4HUFA 4CFDA 3NF6A 2E6LA 1KTQA 2G8VA 2HVHA 4CJVA 3QNOA 2WOMA 1S1VA 4B9LA 3IRXA 1TGOA 1ZBFA 4QAGA 3V9XA 1SL0A 1ZBIA 4PQUA 4DTNA 4DU4A 4NCAA 4N56A 4KTQA 2KFNA 4MQ3A 4N41A 4AHUA 4CGJA 1GOBA 2P1JA 2I5JA 1WSEA 3G0ZA 1FKPA 4O0JA 1EETA 4DSJA 4FYDA 4M41A 3M8RA 4DS5A 3PO4A 1B92A 1C1BA 1GOAA 3KLGA 3KD1E 2FC0A 4B9NA 1RCHA 1XWLA 1X9SA 1NJZA 4PWDA 4CJRA 4ZTJA 1S9GA 1HYZA 1QE1A 3AVIA 3ZSVA 3I8DA 4L8RB 4RW7A 2Y1IA 3C6UA 3VQBA 3RMAA 3O3HA 3T19A 3JYTA 4DSFA 3LP2A 3AVLA 1HMVA 5I42A 4B3OA 4N47A 1RTJA 3V4IA 4CGFA 4KTZA 3KKRA 3AO4A 4DLGA 4FXDA 2IOCA 2E6MA 4PA1A 4FJJA 4O4GA 4F4KA 3DM2A 2XY7A 4F3TA 1TKTA 3B6OA 3K2PA 3T1AA 3S3NA 4B9MA 1RT7A 3TAMA 5T7BA 3HP6A 2D0CA 2XY8A 1NK8A 4AHVA 3L2RA 3F9KA 1VSLA 3OYGA 4ID5A 3SPZA 4J2DA 2XHBA 1S1XA 1BGXT 2OPSA 3V1RA 5C25A 1KSPA 4KHSA 4CFAA 3S3OA 1L3VA 4FJIA 1FK9A 4G1QA 1RTHA 5C42A 1U45A 4J2AA 3RMDA 4FK2A 2RN2A 1RDAA 4KREA 3AV9A 1LAVA 3SPYA 3DLHA 3WNEA 1ZBUA 1DLOA 3AVNA 1KVAA 1S6QA 4Z4GA 1LW0A 2KQ2A 3G10A 3HP9A 3NGZA 3L2WA 4DU3A 2KTQA 4M42A 3MAQA 3HL8A 4FLXA 4DQRA 1D8YA 3P5JA 2YV0X 4BDZA 3PO5A 1L3SA 4CIEA 3QIPA 4IBNA 1T8EA 1ZYQA 3TAGA 4C8KA 3NAEA 1JLQA 1EKEA 4C8OA 1NK7A 4O5BA 3K5NA 3CFPA 2DTUA 1HPZA 4KB1A 3V6DA 4WE1A 2BGGA 4C8MA 4FJLA 1RBUA 2VG6A 4HUGA 4QOZB 1TAUA 3HPOA 4IFVA 4FZZA 3ZT4A 4KHYA 2IS3A 4FZXC 1TAQA 1I3AA 1L5UA 3HSTB 4KHQA 2P51A 3TAPA 4FM1A 1WAJA 2G8IA 4M3UA 2YKNA 1C1AA 2HNDA 4M45A 2P5OA 2FBYA 3PX0A 1YT3A 3M8SA 4DLEA 2HNZA 1ZBLA 4CJPA 4LY7A 2HMIA 1QS4A 1VRTA 2GV9A 4HUEA 4FLYA 4DTPA 4OVLA 1Y97A 4CIFA 4C8NA 1U4BA 4CJ5A 4IG0A 4CEQA 4FLZA 4KO0A 3QEWA 4HHTA 2JGUA 4J2EA 2QKKA 3LANA 5HRPA 3HYFA 3RMCA 4M3ZA 3HK2A 4HCCA 1TL1A 1JL1A 3WNFA 3TI0A 3KJVA 2G8FA 1ASWA 3OJSA 4ELTA 1BQMA 2HB5A 3AA2A 3VQQA 3KTQA 4W5NA 3CM6A 4FJ7A 2X74A 4ELUA 3ULDA 1RBRA 1IG9A 1NK6A 1QHTA 3OYFA 1KLNA 1C0UA 3IAYA 2G8UA 4AH9A 2VWKA 4PUOA 2HHVA 1A5WA 2HVIA 3LAMA 4I9LA 2YNGA 2D5RA 5FDLA 1BIUA 3IS9A 4CERA 1UA0A 3HJFA 3L2VA 3KKSA 3OS1A 2IDOA 4KHUA 1HNVA 1VSIA 3NH2A 4F8RA 3CFOA 4JLHA 4FK0A 3SZ2A 4CF9A 3VQCA 3NDKA 1VSMA 1VSJA 3OYLA 4LSNA 3OYMA 4CFBA 4DTJA 4FLUA 1BCMA 1JLAA 2F8SA 3OYNA 2HHSA 1RT5A 3SI6A 3K57A 1RILA 1J5OA 2D0BA 1S1WA 2IC3A 4DF8A 2HNYA 4FJNA 1RNHA 1WSIA 2QKBA 1J53A 3RRHA 2FBVA 1L3TA 3NGYA 4KV8A 1WLJA 4E89A 3OY9A 3LALA 3ISNC 3OYJA 5C24A 4FJHA 1SL2A 5J2PA 3ZSZA 5J2NA 1MU2A 1S5JA 3AVFA 4RW6A 4RG8A 3NFAA 3VQ5A 2YKMA 4I2QA 4BWJA 5KRTA 3HM9A 3NGIA 1N6QA 4FJ5A 1VSEA 2ZE2A 5EU7A 4W5TA 2VWJA 4B08A 4DSEA 4E1MA 3OYEA 3LPTA 1X9WA 4KKOA 1LWCA 1YTAA 4YFUA 1NKCA 3MXIA 3KD5E 3SCXA 3HXMA 3WNHA 1X1PA 3NBPA 4CF2A 4KHWA 1QSLA 4ZTFA 3OYKA 3L3UA 1BIZA 1CXUA 3ZT1A 2G8HA 1REVA 1NJXA 4AHCA 4Z0UA 3A2FA 3SYZA 1QTMA 1HYSA 3NF9A 3OS0A 4B9VA 3MECA 3TR8A 1JL2A 1TK8A 3RTVA 3NHGA 1BHLA 4AILC 4JS5A 2XY5A 3RMBA 3HVTA 1FXXA 4DTXA 4Y1DA 4DU1A 1QQCA 4I9QA 3LP1A 5KI6A 3KLHA 3AVKA 2G8WA 4B9UA 4F2SA 4DF4A 5HRRA 3ZCMA 1NKEA 2PYLA 4M3XA 4LD0A 3DRPA 4BDYA 2YHBA 1SV5A 1T03A 2HHQA 1EP4A 5HP1A 2PYJA 1CZBA 4IDKA 4O0IA 4FCYA 2OYQA 2E4LA 3CFRA 3SNNA 4DTRA 1FKOA 3ZSYA 4CJ4A 1NOYA 3VA0A 1S6PA 1ASUA 3O4QA 3V9SA 1L3UA 3KLFA 3NH0A 3AVAA 2OPPA 3DLEA 3LAKA 1IKVA 3SV4A 1DTTA 1GOCA 4FM2A 4OJRA 3V9UA 5HBMA 4QCLA 1UWBA 1JLFA 3TAQA 4NCBA 1BCOA 4TSXA 5J1EA 1Z26A 4OPKA 4HTUA 4CEOA 1X9MA 2OZMA 1EX4A 1IKYA 3OYHA 3U3GA 1VRUA 4DQSA 3HVRA 1XHXA 4CGHA 1J9AA 3MXJA 4OKJA 3L2UA 1XHZA 2XO7A 1TK0A 2O4GA 3AO5A 4CCHA 2B4JA 4CJ3A 1TK5A 3NH1A 1WSGA 5J2MA 4EZ6A 4UQGA 4AHSA 4Z4FA 4H4MA 3DI6A 1VK0A 3ALYA 4DFPA 2VG5A 3OVNA 4KHNA 1ASVA 4DSLA 3TAEA 3RR7A 5CZ1A 4OPJA 1RT1A 4OGCA 4E3SA 1LV5A 5CY4A 5CYMA 1RDDA 4DFKA 1BISA 1F21A 2YNHA 3VQDA 3I0SA 1SKWA 1IH7A 1HQUA 1TV6A 4CHOA 3QLHA 4E7HA 4DTOA 4W5RA 4CEEA 3RRGA 4GW6A 5CZ2A 3S3MA 2RF2A 4I2PA 2DFHA 2GUIA 4CJTA 4E19A 3TABA 4H8KA 4CF0A 1XI1A 3DMJA 3SJJA 1U49A 1SKSA 4N76A 4CECA 5FRMA 3HPGA 4Y1CA 1QSSA 3I0RA 1U04A 2Q3SA 4F2RA 1C0TA 1RTIA 3V9WA 1W0HA 2G8KA 1WAFA 5CYQA 1ZBHA 2Z1GA 3DYAA 4EP4A 2QXFA 3UIQA 1YTUA 2LSNA 3AVCA 3KIOA 3AVJA 3NE6A 3L8BA 4EP5A 4CK1A 4RW4A 3S9HA 1LWEA 4LH5A 1B9FA 3ZSRA 4C8LA 2X6NA 1KCFA 2IAJA 4DTSA 4DQPA 4M3WA 1RBSA 3KLEA 4B9SA 4K8ZA 4M3YA 1IO2A 2BANA 3QEPA 2YNFA 4E1NA 3OYDA 1JXBA 3SUPA 1NJWA 3U6FA 2KZMA 1RBVA 1NK9A 3DLGA 4DG1A 3RR8A 1C6VA 3K5LA 4Z4IA 4CE9A 2GBZA 3QETA 4CEBA 4HCBA 3TWHA 2YHAA 5D3GA 4JRQA 3AVBA 1SKRA 4IG3A 3MEGA 5FRNA 3AA5X 3SUNA 1RT3A 4BE2A 4DTMA 2HHUA 3OYBA 4NYFA 4BACA 1RDCA 1J54A 3ITHA 3QESA 3VQ6A 3EYZA 3LP0A 1RTDA 2A1SA 1HQEA 3MXMA 4E7JA 2VG7A 4F3OA 2NUBA 1NK5A 4FJ8A 4ZHRA 4CFCA 3OS2A 1WN7A 1S9EA 3ZSOA 4ICLA 4RW8A 3QNNA 1KLMA 3VA3A 1CZ9A 1LWFA 3KK3A 4FZYA 4DFMA 3EY1A 1TKXA 1BL3A 1W9HA 4OKEA 4FLVA 3K5OA 3L2QA 2DFEA 4CIGA 1S1TA 4CEFA 2Z1HA 3DLBA 3QINA 5JS1A 1B9DA 2HHTA 2JLEA 3LWMA 4DS4A 4FK4A 2ETJA 3LZJA 4JRPA 1RDBA 1KVBA 1JLBA 4CHNA 1TL3A 2B5JA 3DRSA 5K14A 4EZ9A 1T7PA 4PY5A 2F96A 1C1CA 4I7FA 5I3UA 1D9FA 2O4IA 1JLCA 3JSMA 3O4NA 1VSDA 4BWMA 2OPQA 4E0DA 3T3FA 4CEAA 5SZTA 2Z1JA 1VSKA 4KTWA 4OGEA 1G15A 3ASMA 3L3VA 3LPUA 4CF8A 3M8QA 2DFFA 3PY8A 2X6SA 3TANA 1KRPA 4Z4HA 3DOKA 4J2BA 3ZT3A 4CHPA 3CYMA 3VQPA 1HNIA 3H08A 3VQEA 4CHYA 3K59A 1NJYA 3HT3A 2AJQA 4AHRA 1TKDA 4KRFA 3QEXA 4FJXA 3ZT2A 4CGDA 3PX6A 3DRRA 4CEDA 1VSFA 3NF7A 1XC9A 4CJQA 2PY5A 3HO1A 4LSLA 1CLQA 4FJMA 1QSYA 4CJLA 1DTQA 3AA4A 3PUFA 4R5PA 4DMNA 3RWUA 3C95A 3OYIA 3MEDA 4IKFA 3DLRA 1WNSA 2PZSA 5KRSA 3B6PA 3C94A 3CM5A 3DLKA 2OPRA 1KFDA 4H4OA 3LP3A 4FW1A 3EZ5A 2R7YA 1RT6A 4N5SA 1SL1A 4K8XA 4Z4EA 3AO2A 5HLFA 4FLTA 3PV8A 1NKBA 4CGIA 1RT4A 3TARA 4CJUA 1LAWA 2F8TA 1JKHA 4MFBA 4CK3A 1IKXA 3SQ2A 2OA8A 4FJ9A 1JXEA 4ID1A 2FBTA 3D45A 3VQ9A 4YNQA 3OYAA 4FJGA 4KI6A 1JLGA 4CK2A 3VQ8A 4W5QA 1T05A 3E01A 1C0MA 2BDPA 2B6AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1A5VA 1U47A 3O9SA 1R0AA 1O13A 1Q8IA 3O3FA 3ZEUA 5HROA 1WSHA 3U3YA 1IBLK 4YY3K 5SWMA 2E1YA 3V1QA 2A1RA 3C0BA 2GWJA 3GG4A 4DV5K 2ZM6K 3OYCA 4DSKA 5KTQA 3ZSWA 4W5OA 4H0VB 5FPNA 3VERA 4H5NA 1JLEA 3MN5A 5BRDA 1WSFA 2Q1NA 1NGJA 4JI2K 3F73A 3QEVA 1HYVA 3VF4A 4FJKA 1BI4B 4YOYA 2KFZA 3BUZB 1S72N 4CHQA 2OZSA 4DSIA 3MX5A 4XH4A 4BR7A 1RBTA 3BZKA 3DWLA 1O1WA 4DQQA 2WUSA 4DR2K 4IEEA 4M3RA 3AO1A 3E9PA 1HJRA 4ELVA 4GVMA 1KVCA 1GLJO 4RW9A 4E7IA 1LW2A 4GKKK 5LJVA 1WSJA 2ITGA 1UOCA 1D5AA 2ZWHA 3M8PA 3NF8A 3P1GA 1ILYA 1VSHA 4H0YB 4CESA 4KPYA 2X78A 3A5LC 4PL7A 1YVUA 2VGNA 3AY9A 3U8XA 5BPMA 1Q9YA 4B9TA 3J7AP 3QERA 3MDQA 3C6TA 1IBKK 2ASPA 3WEEA 2O8BB 3B8AX 4CJVA 3IRXA 3T69A 1ZBFA 3TPQA 1SL0A 1FW6A 4AF1A 4DTNA 3H6EA 4XEIA 4MQ3A 1VQ7N 1GOBA 1EETA 4WQ4C 4FYDA 2QA4N 3NVKA 1B92A 1C1BA 3KD1E 1YAGA 3O1WA 4M63C 4PWDA 4CZEA 4C1NI 3AVIA 4JHDA 3ZSVA 4KHPK 3L6QA 1HKGA 4N47A 1RTJA 2WC9A 3N4QA 4CGFA 3KKRA 4FXDA 5AQNA 2A3ZA 3E9OA 3C6HA 4ISFA 4G9ZA 3CCJN 1RT7A 2HSTA 2G8VA 1QQNA 4AHVA 2XHBA 3DJCA 4DV6K 5BPLA 2QWRA 5C42A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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