1ITGA

Crystal structure of the catalytic domain of hiv-1 integrase: similarity to other polynucleotidyl transferases
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
155
structure length
142
Chain Sequence
DCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the catalytic domain of HIV-1 integrase: similarity to other polynucleotidyl transferases.
pubmed rcsb
molecule keywords HIV-1 INTEGRASE
molecule tags Dna integration
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 44
structure length 142
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1994-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1itgA00
3MEEA 4C8MA 4EZ6A 3CFOA 5K14A 2DFFA 3SPYA 2PY5A 4FJ5A 4RW8A 1TK8A 4FJHA 2HHTA 3L2WA 1BL3A 5FROA 4RW4A 1JLQA 1KVBA 2HNDA 1EXQA 4CJ5A 3ZSYA 4DG1A 4XIUA 3QEWA 4PA1A 4AHVA 1GOAA 4DF8A 2G8KA 1Z25A 3LAMA 4I7FA 1B92A 5T7BA 3HT3A 1NJXA 1ITGA 4IFVA 3SUQA 4N47A 3KLFA 3VA0A 4CJSA 4FXDA 1EETA 3CFRA 2JGUA 4NCBA 2YNHA 1Q9YA 2P5OA 4O4GA 3E01A 2ATQA 2E4LA 3KD1E 4B8AB 2HHVA 3B6PA 4CJTA 1LWFA 3A2FA 3PO5A 4CK2A 2HHXA 4DLGA 4KHUA 1HYSA 1JLGA 2G8HA 1WAFA 3TAGA 1B9DA 3CYMA 3NF9A 5J2MA 3NAEA 4FLXA 4IKFA 4E3SA 1UOCA 4E1NA 1VSEA 2KZZA 1QHTA 2YHBA 4O55A 4Z4CA 4DQSA 3WNHA 4LSLA 2E6LA 3T19A 2QKKA 4KREA 4L8RB 3CM5A 1SUQA 2VG6A 2KZMA 1RDCA 5C24A 3PO4A 1TL1A 3K5LA 5J2QA 1U48A 3KIOA 4NCAA 4O5BA 1NK6A 4OPJA 1WSIA 3OJUA 2YNIA 4OKKA 4E7LA 1ZBIA 4M3XA 3ZT4A 3V9WA 2FBYA 1N5YA 2OPPA 3NF6A 3ZSZA 1FXXA 4CFBA 3M8SA 3V1QA 4HHTA 3SV4A 3K57A 4CJWA 3LWMA 2LSNA 3I0RA 2OPQA 2B4JA 5KI6A 2W42A 4IDKA 5HRPA 1GOBA 4OKJA 4DTMA 3HM9A 2BANA 3OS0A 4CF0A 1BQMA 1YTUA 4CF2A 3ASMA 3TI0A 1FK9A 2RPIA 1RT6A 1T05A 4CF9A 2PYLA 1SKSA 4R5PA 5HRNA 3QEXA 3AVCA 1BGXT 1JLCA 1RT2A 1VSFA 3KLGA 2X6NA 4RW9A 4CCHA 3OYHA 4FM0A 3CQ8A 4JS4A 1JLAA 4I2PA 4OGEA 3PV8A 2O4GA 3VQEA 4LSNA 3ZSOA 1YT3A 1LWEA 4E89A 5HRRA 3EYZA 1IKVA 3VA3A 3LALA 4FJNA 4FJXA 3QO9A 4Z4EA 3IRXA 1C0MA 1JKHA 3IG1A 1QQCA 5DK5A 4DMNA 4FLUA 4E7JA 3AA5X 1WSEA 4GMJB 4OKEA 4HVJA 2HW3A 4CIGA 5CZ2A 2E6MA 3DLRA 1RBUA 4MQ3A 3S3NA 3ULDA 2GBZA 3VQ6A 3TAFA 1D8YA 1REVA 4CEDA 1TAQA 4E0DA 4CERA 1IO2A 4Q0BA 1RT5A 1B9FA 4J2DA 3QEPA 3K58A 1D9DA 4CJVA 1KRPA 3OS1A 3LWLA 1HPZA 4FJ7A 1TV6A 1X9MA 3S9HA 3M8PA 3V1OA 2KW4A 2YKMA 4CJUA 4DTOA 3L2VA 3MXMA 3AO4A 1S9EA 1ZYQA 2KQ2A 3LP2A 2O4IA 4QOZB 3MEDA 4Z4HA 1VRUA 3VQAA 4DFJA 3SQ1A 1T7PA 5KRTA 4EZ9A 4F4KA 1NK8A 1RTIA 1S9GA 1NK7A 3SZ2A 1VSLA 3AVFA 3F9KA 3PX4A 1LW0A 1L3VA 3KK1A 5SZTA 3OYCA 3V81A 4C8LA 2AJQA 4EP5A 4KPYA 3NF8A 3P83D 4CE9A 4DQQA 3IS9A 1WAJA 4PQUA 1JL1A 1SV5A 4M42A 2WONA 4AHUA 1IKYA 3S3MA 1NK9A 5FDLA 4F2SA 2YKNA 1J9AA 2ZQBA 1NK5A 2OZMA 1S6QA 2PYJA 3K2PA 3DOLA 1SKWA 3QNNA 4B9LA 4FZYA 3C94A 2DY4A 3LANA 3M8QA 3EZ5A 1U47A 4F3TA 3NGYA 2OPSA 4CJRA 4LH5A 4UQGA 1D9FA 3NCIA 1RT3A 1RTHA 3O4QA 3AA4A 1UA0A 4W5OA 1I3AA 5HBMA 3L3UA 1WLJA 3NH2A 4AILC 4AHSA 4O0JA 3LPUA 3HPOA 3VQCA 2XY8A 4KRFA 4RW7A 3NGZA 3QINA 1KFDA 2EHGA 4O0IA 3EY1A 4F2RA 3O4NA 4FW1A 2G8WA 4B9MA 2ZD1A 3NBPA 3K5MA 4W5NA 4B8CA 3V1RA 3DRSA 4DU4A 1LWCA 4B9VA 4FVMA 3WNGA 4O44A 3ZT0A 4FM1A 3G10A 2HVIA 1UWBA 3DLBA 4B9UA 3AO3A 1IG9A 1DTQA 3B6OA 4ID5A 4NCGA 5CZ1A 1JXEA 4CJKA 5DMRA 3T3FA 3RMAA 2X6SA 4TSXA 4FZXC 2YHAA 3SCXA 4Z4GA 1S1VA 3RRHA 1RDBA 1G15A 4EP4A 2R7YA 4GVMA 4DTUA 4N41A 1YTAA 5D3GA 4LD0A 3AO5A 3U3YA 4CEAA 2A1SA 4B08A 1ASUA 2FBTA 4K8ZA 2X78A 1RBRA 3K5OA 4B9NA 1NKBA 2D0BA 4DSFA 1LAVA 4NYFA 4FJJA 4H4MA 3OYEA 5I3UA 1K6YA 3MXIA 2HHSA 1BISA 4HUEA 2YNGA 5I42A 3MECA 4CJ3A 2XY7A 4OVLA 4CF8A 4CHYA 3HP6A 4DTPA 3V9ZA 1ASVA 2QK9A 3QERA 3MEGA 3HSTB 2PZSA 4CIFA 2QKBA 3SV3A 3VQ5A 4CGJA 3SQ4A 1WSHA 4DU1A 3CG7A 4DSJA 4KB1A 1KLMA 1KCFA 3OVNA 3OYBA 4FK2A 3KKSA 5CY4A 1J53A 1RBTA 3DLKA 3AO2A 1NKCA 1RDAA 3KLHA 4FLWA 4FLTA 1BI4B 3WNEA 3ZT1A 1J5OA 4E7HA 1EKEA 2DFHA 2IS3A 4DQIA 5SWMA 3OYJA 1KTQA 2VWKA 3VQ7A 3VQ9A 5E41A 3RTVA 4I9LA 3SUNA 5HLFA 1NJYA 1Q9XA 4W5QA 4IG3A 3OYMA 4M3RA 3P1GA 3HYFA 4DS4A 2KTQA 4OGCA 5CYQA 2P51A 1SL2A 4FLVA 4FJ8A 2G8IA 1F21A 1XWLA 1A5WA 4FZZA 4RG8A 3OYAA 4FM2A 4BE2A 2FBVA 4BACA 3ZSVA 4JLHA 3NH1A 2XRIA 4M3YA 1TKXA 4RW6A 2P1JA 1JLFA 1S1UA 2HVHA 1TAUA 1C1BA 1RT1A 2X74A 1CZBA 4DSEA 3QLHA 1W9HA 3DRPA 3KLEA 2A1RA 4N76A 3DYAA 1CZ9A 4KB0A 3T1AA 4CK1A 2F8SA 4Q5VA 3D0PA 4DFKA 1W0HA 2IDOA 3LP1A 2KFZA 3VQ8A 2Y1IA 4KI6A 4HUFA 3NDKA 1NK0A 4FCYA 3HL8A 3C95A 2G8VA 1L5UA 4ELTA 5J2PA 3LP3A 4JRPA 3G0ZA 3HJFA 3HVRA 3MXJA 4E19A 4CIEA 4DFPA 1SL1A 3KKRA 1CXQA 3HVTA 4CESA 4BE1A 4CF1A 3V9SA 3DM2A 1I39A 1O1WA 4IBNA 4CJLA 4M41A 1RCHA 4AHTA 3CM6A 5J1EA 3JSMA 2XHBA 3ALYA 3VQDA 3TAEA 3DLGA 2WOMA 1C0TA 3L8BA 3RR8A 3TANA 3LDSA 1NJWA 5JS2A 4FW2A 4KTWA 3L3VA 4FLYA 1S6PA 5CYMA 3RR7A 1S5JA 2BE2A 1R0AA 1Z26A 4WE1A 3M8RA 2IAJA 4ELVA 3L2RA 2GV9A 1LW2A 3K59A 3SQ2A 3TAMA 1L3SA 2RN2A 2RKIA 3H08A 1BHLA 1TL3A 1VSDA 3NE6A 2VWJA 4BE0A 1HQEA 3TAQA 4B9TA 4J2BA 2KFNA 1EX4A 3AVMA 4KHYA 4DTJA 4YFUA 4DSKA 1NJZA 1L3TA 1N6QA 1RTJA 4LY7A 3ZSQA 3TARA 3VQQA 1HJRA 2HHUA 3HPGA 4FJKA 4PUOA 3AA3A 4CECA 3SUPA 4DS5A 1U45A 1S1XA 3AVJA 1ZBFA 3NF7A 3ITHA 3OJSA 1VRTA 3AVAA 4MFBA 4BDYA 3S3OA 3KD5E 1ASWA 3QIOA 3AVBA 3OYGA 2YNFA 4DTSA 1XC9A 3V9UA 4W5RA 1TGOA 2VG5A 4K8XA 4JS5A 3LPTA 1UAXA 1QSSA 1TVRA 3AVKA 1WN7A 3PX0A 4E1MA 4IG0A 3AA2A 4AHRA 2I5JA 3ZT3A 1VSKA 5HRSA 3PUFA 1VSHA 1Y97A 1YVUA 1WSGA 4FJLA 1JL2A 3KTQA 2ITGA 1XI1A 2HMIA 1A5XA 3NFAA 1HNVA 2HHWA 1RNHA 4B9SA 4BDPA 4KHQA 1SKRA 1TK5A 3QETA 4KHSA 4W5TA 4CHQA 2DFEA 1KFSA 3VQPA 4I9QA 3OYDA 2XY6A 4KV8A 4FLZA 1IKWA 1BQNA 3HO1A 4DLEA 3QEVA 3V4IA 4CGGA 1HQUA 4CGIA 3V9XA 1VSIA 1C0UA 3OY9A 1C1CA 3C6UA 4AH9A 3SYZA 1RTDA 4CJFA 4CK3A 3QEIA 1RT7A 4G1QA 2XO7A 2F96A 3QESA 3PX6A 4DQRA 4B3OA 1J54A 2P5GA 2BGGA 2FBXA 3SQ0A 1BIUA 3JYTA 3RRGA 3RWUA 4CEOA 4Z4IA 3OYFA 1NKEA 1C1AA 4J2AA 5EU7A 4CGFA 4CEQA 1RBVA 1LAWA 4J2EA 2D0AA 3L2QA 3ZSWA 4GW6A 5C42A 3HXMA 1RDDA 1KSPA 1BCOA 1WSJA 1TKTA 3AVGA 4ID1A 1HYVA 1LV5A 4DQPA 3HP9A 3SUOA 1KVCA 1Q8IA 2Q3SA 4E7KA 1X9SA 2Y1JA 1QSYA 1TKDA 3KJVA 3K5NA 3AVIA 1TKZA 5KTQA 3DMJA 3F73A 4F3OA 4DTXA 4KKOA 4BWMA 3AVNA 4N5SA 1VSJA 5HP1A 1UA1A 2GUIA 1IH7A 1TK0A 2VG7A 3OYKA 1MU2A 4OLAA 4BDZA 2IOCA 4KFBA 4CFDA 4I2QA 5HROA 4CJ4A 3P5JA 1NOZA 2OZSA 4F8RA 4H8KA 1WSFA 4ZTFA 3VQBA 3TWHA 4C8OA 4KTQA 1BIZA 4KHWA 3RMBA 3KK3A 4FJGA 3ZSRA 3DRRA 4DWIA 1WNSA 2OPRA 1ZBUA 3ZT2A 3NHGA 2ZE2A 4KI4A 3KLIA 1CXUA 4LH4A 2HNZA 2D5RA 3DLHA 3SJJA 2Z1JA 4DSLA 1HRHA 3TR8A 1KVAA 2BDPA 5JS1A 3DLEA 4C8NA 4CEBA 4YNQA 1FKPA 4BWJA 1S1WA 1DLOA 3ZSXA 3I0SA 4CGHA 2B5JA 3VN5A 1GOCA 4FJ9A 2Z1IA 3U3GA 4CEFA 4DTRA 3SI6A 2QXFA 2OYQA 3QNOA 4Z4FA 1QS4A 4PY5A 3BGRA 5J2NA 1A5VA 4ZTJA 1HNIA 4NYNA 3TABA 1S1TA 5FRNA 4HTUA 4DSIA 4QCLA 3L2UA 3HK2A 1BCMA 2RF2A 3NH0A 1IKXA 3O3GA 4Y1CA 3I8DA 3SPZA 4KHNA 5FRMA 1VSMA 1ZBHA 2HB5A 4KO0A 4JRQA 4DFMA 3O3FA 3KK2A 1KLNA 1NOYA 4PWDA 1X1PA 2B6AA 3DI6A 2HNYA 1NK4A 4FYDA 1DTTA 3O3HA 1QE1A 4QAGA 4CHNA 4OPKA 4Y1DA 1D5AA 4Z0UA 4CEEA 3THVA 4ELUA 2IGIA 2HHQA 3HPHA 1JXBA 5KRSA 1CLQA 4ICLA 1HYZA 2Z1HA 4M3TA 5C25A 3RMCA 3VQ4A 3LAKA 4C8KA 3QIPA 4E7IA 1QSLA 3PY8A 2F8TA 3BDPA 4DTNA 4M3UA 4HUGA 1XHZA 4M3WA 3D45A 4AHCA 1JLEA 4IFYA 4ZHRA 4FJMA 2Z1GA 3CFPA 2XY5A 3UIQA 1HMVA 4FK0A 3RMDA 2DTUA 3U6FA 4CFAA 1EP4A 2JLEA 4H4OA 4CJQA 4M3ZA 3DOKA 2YV0X 3LP0A 4DF4A 2EX3A 1JLBA 3C6TA 4OJRA 4DU3A 3FFIA 4CEZA 1XHXA 1U49A 1QTMA 3SNNA 4CHPA 1X9WA 3OS2A 1U04A 3OYIA 2G8UA 3IAYA 1FKOA 4KTZA 3MAQA 3V6DA 4HCCA 4FJIA 3LZIA 2ETJA 4CJEA 4CJPA 4CGDA 1RT4A 1RILA 1ZBLA 2G8FA 2IC3A 1BI4A 3AV9A 2NUBA 4FK4A 4HCBA 3OYNA 2OA8A 4CHOA 1L3UA 4N56A 1RBSA 3WNFA 3AVHA 4OLBA 1C6VA 2D0CA 4CHZA 5KGXA 3LZJA 1U4BA 1T8EA 4M45A 2FC0A 5KGWA 3OYLA 3NGIA 4KAZA 1VK0A 3ZCMA 3TAPA 1SL0A 3AO1A 3ISNC 1T03A 3AVLA 4CFCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MEEA 5M1FA 3CFOA 5K14A 4FWKA 1TK8A 1BL3A 1BO5O 3OBWA 4RW4A 5FROA 4HCBA 4OO1J 3CC4N 1GOAA 5GAHP 4I7FA 1B92A 2A6AA 1ITGA 4IFVA 4X65K 2FSKA 4FWRA 3EE9A 2YNHA 3E01A 2ATQA 4KH4A 4FOEA 3VF6A 3KD1E 4JKGB 3B6PA 3PO5A 1LWFA 2HHXA 2CH5A 4KHUA 3BF3A 2G8HA 5M1OA 2BUPA 3CYMA 3L4IA 4AM6A 1SZ2A 4WFNL 2UXCK 4DV6K 4E3SA 4E1NA 3M6GA 1VSEA 3R3LA 2KZZA 4O55A 2NRXA 2E8AA 4KREA 1U2VA 2VYPA 5J2QA 3CJ9A 3KIOA 1NK6A 4H0OA 1YVNA 3OJUA 2YNIA 3ZT4A 3V9WA 2P9SB 1N5YA 3NF6A 4HHTA 4CJWA 3LWMA 3J81O 2NRTA 2B4JA 5KI6A 5HRPA 3H3OB 4DTMA 4XH4A 2ZJRL 3HM9A 4JI1K 4JHDB 1BQMA 1YTUA 1VQKN 3TI0A 2Q0RA 1T05A 2HBKA 1SKSA 3THYB 4R5PA 1BGXT 1JLCA 1RT2A 4WQ5A 4CCHA 1JLAA 3GE1A 4I2PA 3PV8A 3ZSOA 4FJNA 4E89A 5HRRA 1IKVA 4M7YA 3PSFA 1YITN 3ULEB 2QWQA 2E2NA 4GMJB 4HVJA 1QHAA 3U8XA 3IMXA 5CZ2A 4MQ3A 3VQ6A 1DKGD 1REVA 1TAQA 1B9FA 2WC9A 4FSVA 3MWTA 3M8PA 3V1OA 4CJUA 3MXMA 3UKRA 3L2VA 4J8FA 2ZGZA 1S9EA 4DR5K 2YI1A 1IV0A 2O4IA 2WFBA 1NK8A 1RTIA 5C2DA 3D2EA 1O13A 3O1WA 1XMOK 3OYCA 3FZMA 4CE9A 4DR1K 1RDWX 1JL1A 2WONA 1GLFO 4F2SA 1NK5A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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