1ITGA

Crystal structure of the catalytic domain of hiv-1 integrase: similarity to other polynucleotidyl transferases
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
155
structure length
142
Chain Sequence
DCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the catalytic domain of HIV-1 integrase: similarity to other polynucleotidyl transferases.
pubmed rcsb
molecule keywords HIV-1 INTEGRASE
molecule tags Dna integration
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 44
structure length 142
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1994-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1itgA00
3QERA 1HJRA 3S9HA 1NKCA 3AO1A 4RW4A 1RT2A 1HNIA 3LZIA 1QTMA 4FXDA 1VK0A 4AH9A 3O3FA 3KK3A 3FFIA 2OA8A 4KHSA 3MECA 3OYJA 3K57A 1RBSA 2VG6A 4CJKA 5T7BA 4OPKA 2YKMA 1BI4A 1CZBA 5HRRA 5JS2A 3CG7A 4N56A 3S3OA 3KLIA 4B9UA 3CFOA 3DRPA 4AHUA 3WNGA 2ITGA 3OYEA 2X78A 4Z4GA 2KW4A 2XY8A 4RG8A 3LWMA 3OY9A 3L3UA 4M3XA 3HO1A 4J2AA 4FLZA 3QINA 3KLHA 1D9DA 3ZT1A 4LH4A 3K58A 2VG5A 1X1PA 3DLEA 4C8MA 2D0CA 2OPSA 2IS3A 3VQCA 1X9SA 1WSJA 3AVIA 1HRHA 5KGXA 4FJNA 2R7YA 4H4OA 5E41A 3NH0A 3TAQA 1LWCA 3P5JA 4XIUA 4FLWA 1WSFA 3PX6A 1SKSA 1VRTA 1JLAA 3M8PA 3RMBA 1XC9A 4FZXC 2DFFA 3ZSVA 4CEZA 2KZZA 1SKWA 1R0AA 3PO4A 2IDOA 3V1RA 4DQIA 3OYIA 1BCMA 1J5OA 4DQQA 1BQMA 1HYZA 4CHQA 4O4GA 4ID1A 4KHYA 3F9KA 1CXUA 1WSIA 2OZSA 1NK4A 4LD0A 1ASVA 4CK3A 1EXQA 2E6MA 1SUQA 3OJSA 2YHBA 4DSFA 1SL1A 2P5OA 4C8KA 4HCCA 4CERA 1UWBA 1A5VA 3TI0A 3I0SA 3VQQA 4JLHA 3PY8A 2P5GA 4FJ8A 1BIUA 3A2FA 5HRNA 4E89A 4H4MA 1JXBA 3S3MA 3E01A 3KD1E 4W5OA 1XI1A 2E4LA 2FBTA 3LPTA 5C24A 3AVNA 1QSYA 5HRSA 4I7FA 4AHTA 3C95A 1HPZA 3DLBA 3EYZA 1IH7A 1BCOA 3HK2A 1KCFA 1WSHA 5J2PA 3K5OA 5HROA 2DY4A 4DSJA 1CLQA 2WOMA 3ITHA 3RMDA 3SNNA 1NK9A 4OPJA 4M3WA 5EU7A 1VSJA 4CEAA 3V6DA 3VQEA 5I42A 4AHCA 4K8XA 1D5AA 3VQ4A 4CEDA 3HP6A 4CF9A 3KLEA 2B4JA 2HHQA 1S9GA 2ZQBA 1T7PA 4DSLA 2DFEA 1VSIA 4CF1A 3RRHA 1RILA 1NK6A 4FLXA 4OLBA 2YNHA 4BDPA 2G8HA 2RKIA 1HMVA 3OYFA 1ZBUA 2D5RA 1NK8A 1J53A 4CK1A 3D0PA 4DTRA 2OPQA 4C8LA 4PQUA 2XO7A 3RMAA 3OYHA 3UIQA 4OVLA 1W9HA 1TKDA 5J1EA 5HBMA 3P1GA 1D8YA 1F21A 1YTUA 1LAWA 2HHVA 3AVHA 1NJXA 3NF7A 1RTJA 3LALA 3VQ6A 3LZJA 1DTQA 5J2QA 1NJYA 1SKRA 4I2QA 1N6QA 3MEEA 1NKEA 4KHQA 3NDKA 3V9XA 3ISNC 4KFBA 3ZSYA 4HHTA 4DTNA 4AHRA 3RRGA 3ZSQA 5CYMA 4CFBA 4DTUA 3JSMA 4OKEA 3NAEA 2XRIA 3NF8A 4F8RA 1JLQA 3QNNA 4KI4A 1L3TA 1TL3A 1KVAA 1IKYA 1RDBA 3VQAA 1C1CA 1TKTA 2F96A 1VSDA 4CEOA 4QCLA 3VQ8A 2VG7A 3AVJA 4B8AB 4I2PA 4J2BA 3HYFA 4CHYA 4M42A 1U49A 4BDYA 4DTOA 1CZ9A 1RTDA 4O0IA 1EX4A 2IC3A 3KIOA 4M3YA 3HT3A 3CM6A 4FJIA 4CFCA 3I8DA 2F8TA 2FBXA 4CGIA 4CEQA 2JLEA 2XY6A 5CYQA 2HB5A 1C1BA 4CHNA 3OYDA 3AO5A 4CHOA 1JLCA 5HP1A 3ZSRA 2A1SA 3SPZA 1T03A 4CJ3A 4DQPA 4FJMA 4PUOA 1I3AA 2BDPA 2KQ2A 3NBPA 1TL1A 5CZ1A 2PZSA 3KK1A 2FC0A 5D3GA 4FK0A 4FZZA 1HYVA 1CXQA 3G10A 1C1AA 3NGYA 1ASWA 4KREA 4AHSA 3NCIA 4LH5A 1TV6A 3H08A 3CQ8A 2E6LA 3QO9A 1KLMA 3AVLA 1U47A 4B9VA 4NYFA 1RBUA 2I5JA 4AILC 1RT3A 3MXIA 1X9WA 4OJRA 4OGCA 1S1UA 1ZBIA 3OJUA 1WLJA 2YNIA 2RPIA 4H8KA 3AVFA 4ZTFA 4BWJA 4CGFA 3AO3A 3K5MA 4CJSA 3WNFA 1RDCA 4Y1DA 3SYZA 4QAGA 1JKHA 3U3GA 1JLFA 4CGHA 4CJ5A 4FZYA 3HL8A 3O4NA 1L3SA 4KO0A 1WN7A 2X74A 3O3GA 2HHXA 3CFPA 5FROA 2IOCA 3SQ1A 1LV5A 4FM2A 3AVCA 3VN5A 4CJFA 1HNVA 4BE2A 1Z26A 3TABA 3OS2A 4GVMA 2GBZA 2P1JA 3MEDA 4DS5A 1XHZA 2HHSA 3QEXA 3AVMA 2HHUA 4CGDA 1FXXA 4E7KA 4CJUA 3ULDA 2EHGA 3MEGA 3NH1A 3O3HA 3AVKA 4DSIA 1TK8A 4Z4EA 1RT1A 1RT7A 4BE1A 2EX3A 1W0HA 3AVBA 4LSLA 3V9SA 3THVA 2A1RA 4OKJA 2D0AA 4IG3A 3WNHA 1RT5A 1S1TA 1UOCA 3L2UA 4DWIA 4FJKA 4CE9A 3KLGA 3LWLA 5DK5A 2G8FA 3LP3A 4HUEA 1QSSA 1QSLA 1IG9A 2X6NA 4RW8A 4DF4A 2KTQA 3OYAA 2HHWA 4CJEA 2GUIA 3OYNA 4E3SA 1C0UA 5J2MA 4CFDA 4B9TA 4O55A 5KGWA 4KAZA 2XHBA 4JRPA 1VSHA 4K8ZA 4KI6A 1J54A 3VQPA 4WE1A 1RDDA 3CFRA 3TAPA 1KRPA 1KSPA 3IG1A 2D0BA 3T19A 1DTTA 1S6QA 3L3VA 2Y1JA 4FLYA 4E1MA 2YHAA 3SPYA 4CJWA 4IKFA 1U45A 2PYLA 5FRMA 3ZSXA 4CCHA 3O4QA 3SI6A 1RDAA 4FM1A 1NK7A 4FJHA 3ALYA 4CEFA 2BGGA 1WAFA 5KRSA 3SUPA 1JXEA 4F4KA 1IO2A 3M8SA 4CEEA 3PX0A 5HRPA 4ICLA 3HPGA 4FVMA 4CJVA 4F3OA 3DLRA 4E7IA 2RN2A 4JS4A 1FK9A 2O4GA 3OYMA 3MXMA 4DU1A 2BE2A 4KPYA 2DFHA 3TR8A 3RR7A 3BGRA 1I39A 4ZTJA 3OYKA 3TAFA 3SJJA 1UA1A 1EP4A 1HYSA 1RTHA 4B9SA 3LANA 1RT4A 1TVRA 3WNEA 4CJPA 3U6FA 4J2EA 4FJ9A 4CIFA 2YV0X 3PUFA 4C8OA 1NOYA 3LPUA 3PV8A 2X6SA 1NK5A 4B9MA 2KFZA 3K2PA 3G0ZA 4DFJA 3LDSA 1T8EA 4B3OA 1NKBA 2Z1GA 3SV3A 2HVIA 1Q9XA 3SV4A 1QE1A 4FLTA 1NJZA 2LSNA 3AV9A 4W5RA 3PO5A 3TAEA 1DLOA 5C42A 3OYCA 4FCYA 3RR8A 4CGJA 1N5YA 4EZ9A 4FJ7A 3NE6A 3MXJA 4UQGA 3NHGA 2OPRA 3V9ZA 2DTUA 1K6YA 3ZSWA 4MQ3A 2VWJA 2NUBA 1UAXA 1WAJA 4CJ4A 4HUFA 5I3UA 4KB0A 3SUNA 2B5JA 3QLHA 4ID5A 2G8KA 4CECA 1B92A 4DG1A 1NJWA 4DFPA 3DLHA 4EZ6A 4DLEA 4F3TA 3ASMA 4MFBA 4E0DA 2RF2A 1A5WA 3NGIA 1D9FA 1KVBA 1XHXA 3LP1A 3TARA 1RT6A 4NCGA 1S6PA 3DLGA 1SL0A 3KTQA 4LSNA 2HNZA 3KKRA 1WSGA 3NF9A 3NFAA 4YNQA 1VRUA 3DLKA 4DTJA 4FK2A 4M45A 4B8CA 4R5PA 3NGZA 3V9WA 1C6VA 4OKKA 1GOCA 1L5UA 4KB1A 5KTQA 1ZBHA 4Z4CA 1WNSA 2KFNA 3LP0A 2ATQA 3V4IA 4GW6A 4E7JA 2QKBA 4O0JA 4BACA 4B9NA 5J2NA 1KFDA 1S9EA 2HNYA 3HPOA 3L2QA 1TAUA 4CF0A 5KRTA 4DS4A 2IAJA 2QKKA 3KD5E 2Q3SA 5JS1A 2QK9A 1JLGA 3KKSA 3LAKA 1O1WA 3AO4A 4DMNA 4DSKA 3DM2A 2IGIA 1BGXT 1TK0A 1QQCA 4KHNA 5KI6A 3JYTA 3OYBA 1REVA 4YFUA 1S5JA 1VSLA 4AHVA 2G8WA 3DI6A 4M3RA 4RW7A 4FJXA 4F2RA 1FKOA 2OPPA 3QEWA 4Z4HA 4ELUA 3HVRA 2GV9A 2O4IA 1IKXA 2G8UA 3OYGA 3VA3A 1FKPA 4CIGA 4O5BA 1BHLA 4CJTA 4BE0A 5CY4A 4KTQA 1TKZA 4CF8A 1BISA 3ZT2A 2PYJA 4M3ZA 3TAGA 4NCBA 1RCHA 3SZ2A 1UA0A 1IKWA 3VQBA 1VSFA 4HVJA 2HHTA 3P83D 4B9LA 1BQNA 4OGEA 2FBYA 1ASUA 4TSXA 5HLFA 3L8BA 5CZ2A 3K59A 2Z1HA 1TGOA 5DMRA 3RTVA 1RNHA 1BIZA 1LWFA 1RBRA 4FW1A 5C25A 3V9UA 4DFMA 2G8VA 4Z4FA 4J2DA 2XY7A 3KJVA 4BDZA 4I9LA 4CHPA 2ZD1A 4BWMA 1Q9YA 4IDKA 3TANA 1QS4A 3DRRA 4NYNA 3VQ5A 1T05A 1LAVA 4DTXA 4L8RB 4IFVA 4EP5A 4DTPA 3RMCA 3DOLA 1IKVA 3AO2A 2W42A 1BL3A 3OS1A 1L3VA 4M3TA 4Z0UA 2Z1JA 3D45A 4FJJA 1S1XA 4DQRA 4KV8A 4PA1A 3ZT0A 4N5SA 1L3UA 3V1QA 4EP4A 4N76A 4HUGA 3CYMA 3PX4A 1RBTA 1ZYQA 4KTWA 3T1AA 1VSMA 3ZT3A 2PY5A 5FDLA 3QNOA 3AVAA 4N47A 4OLAA 3OYLA 1Z25A 3TWHA 4FLVA 3L2WA 3QETA 1RTIA 3SUOA 1JLBA 1GOBA 3ZCMA 4W5QA 3DYAA 3OVNA 3K5NA 3SQ0A 1KLNA 4DFKA 1JLEA 3B6OA 3HXMA 4C8NA 4Z4IA 4JRQA 2HVHA 3HJFA 4ELTA 4DQSA 3RWUA 2Z1IA 3IS9A 3B6PA 1SV5A 1YT3A 2OYQA 3NF6A 1U4BA 3DRSA 4HTUA 2G8IA 4CFAA 4DTMA 4FYDA 1YVUA 1XWLA 1G15A 3HVTA 3TAMA 3QEPA 4KKOA 5SZTA 4CF2A 1EKEA 1ZBFA 4E1NA 3AA3A 1Y97A 3K5LA 1YTAA 1EETA 1C0TA 1HQUA 3C94A 3I0RA 2XY5A 3F73A 2AJQA 4DU4A 1A5XA 3IRXA 4LY7A 4CIEA 3OS0A 4KHUA 3AVGA 4IBNA 3ZSZA 1J9AA 1TKXA 3DMJA 3KK2A 1TK5A 4CESA 3AA5X 4DTSA 4FJ5A 1S1VA 2KZMA 4DF8A 3BDPA 4RW9A 1RBVA 1KVCA 2YKNA 3V81A 4FJLA 4CK2A 1QHTA 2JGUA 4JS5A 3S3NA 3T3FA 4KHWA 1U04A 3KLFA 3L2VA 1JL1A 1WSEA 2HMIA 4FM0A 3M8QA 2ETJA 3SCXA 3LAMA 5K14A 4QOZB 4W5NA 3IAYA 4Q0BA 1GOAA 2BANA 4KRFA 2WONA 4B08A 4G1QA 1JL2A 3QIPA 1LW2A 2ZE2A 3VQ9A 3VQ7A 3NH2A 3HM9A 3SQ4A 4HCBA 1MU2A 3MAQA 2OZMA 3AA4A 3DOKA 4O44A 2HW3A 1ITGA 4M41A 4F2SA 4CEBA 4W5TA 4I9QA 4DLGA 4FJGA 4RW6A 2FBVA 1KTQA 3EY1A 1X9MA 2Y1IA 5FRNA 4CJRA 2B6AA 1U48A 1C0MA 4CGGA 3VA0A 3QESA 3HSTB 2F8SA 1SL2A 1VSEA 3EZ5A 4GMJB 4ELVA 4FK4A 4M3UA 3LP2A 3V1OA 5SWMA 3QEIA 3QEVA 3SQ2A 3QIOA 3SUQA 4E19A 1VSKA 2YNFA 1B9DA 1LWEA 3AA2A 1KFSA 1NOZA 4Y1CA 1NK0A 1HQEA 4ZHRA 2YNGA 3M8RA 4FW2A 4Q5VA 3L2RA 4IG0A 3ZT4A 4CJLA 4E7LA 4E7HA 3ZSOA 1Q8IA 4PWDA 1BI4B 4FLUA 2VWKA 3CM5A 3HP9A 3C6UA 3VQDA 4NCAA 4N41A 1TAQA 3HPHA 1B9FA 1ZBLA 3C6TA 2HNDA 2P51A 1S1WA 4DU3A 4DSEA 4CJQA 3U3YA 4KTZA 4CHZA 4PY5A 4IFYA 1LW0A 2QXFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QERA 3S9HA 1NKCA 1HNIA 1XMQK 5KQ8A 5BPLA 4AH9A 3KK3A 4B3RK 4KHSA 4B3SK 2YKMA 5JS2A 3S3OA 3M5RA 3KLIA 4JN4A 4AHUA 3WNGA 3OYEA 4BRAA 3PIOL 4M3XA 3CQXA 4GNIA 4FLZA 3KLHA 3ZT1A 4BR9A 3FFKB 3I55N 3J7AP 2D0CA 1X9SA 2IS3A 1WSJA 3AVIA 2D0OA 3P5JA 2NRVA 4JI2K 4XIUA 1SKSA 4JKGB 3PX6A 1JLAA 2CGLA 3M8PA 3J81O 3RMBA 2CGKA 4FZXC 2DFFA 4CEZA 3ZETA 3PO4A 1BCMA 4NO7A 2E2PA 2P9UA 4GV6A 2P9LB 3CCQN 3F9KA 1EXQA 2E6MA 3OJSA 1S3XA 4DSFA 2P5OA 4C8KA 4KH6A 5AQMA 2F9WA 1KC8O 5AQXA 2E8AA 2E4LA 2FBTA 2E20A 3CJ9A 1NNEA 4BR5A 5HRSA 4I7FA 3C95A 3DLBA 1N8RO 1BCOA 1BU6O 1KCFA 5J2PA 3K5OA 2DY4A 1ZXOA 1CLQA 2CGJA 2WOMA 3MK6A 4FWQA 3E9PA 4CEAA 4IEIA 3VQEA 3GDQA 4WFAL 3H46O 1D5AA 1IBMK 5AZIB 3HP6A 2HHQA 3W3DA 4BRMA 4FOIA 1HMVA 4BRHA 4FWLA 4DTRA 4BROA 2P9KA 4X66K 3RVCA 5J1EA 4GY2B 2HHVA 1LAWA 3NF7A 3O9UA 5C2FA 3MEEA 3ISNC 4KFBA 3ZSYA 3EZWA 4DTNA 4IFEA 3RRGA 2A3ZA 3ZSQA 4CFBA 3JSMA 4H0XB 3EE8A 4F8RA 2PAVA 1HKGA 4JI7K 1TL3A 1TKTA 2QWMA 1JCEA 1VSDA 3VQ8A 2F4VK 3FR0A 4I2PA 1KAYA 5KPRA 1U49A 3CCJN 3BF1A 4BDYA 5BN8A 1RTDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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